Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401621.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_474.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3944
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Warning! 277 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:287 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--3586 Score: 2632
Period size: 171 Copynumber: 21.0 Consensus size: 171
** * * *
1 GAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATGTCCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * * * * * *
66 TTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAAAATTCAATTATAATCTATTTGAACAAAAAATGTAAAAACATT
66 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATT
* * * * *
131 CAACCTAAAGTAAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGT
131 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
172 GAGTAATAAGG-TATTTGATGGCATGGGTGACTATAAAT-AAGCTTTTCCTGCCAGTGAATGGCT
1 GAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCT
* * * * * *
235 TTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTTTCATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-A
64 TTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACA
** * * *
299 TTCATGTTAAAGTCAATTGTGAG-CTATAAAACCATTTAAAGC
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ********** * * **
341 AAGTAATAAGGNNNNNNNNNNCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGATTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * * * *
406 TTTTTCACGTTTCTTGAA-GTAGAAATTTAATTATAA-CTTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAACA
66 TTCTTCACGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAC-
* ********** * *
468 ATTCAACCTAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAACTATTTAAAGT
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * *
512 AAATAATAAGGCTTTCGAAGTCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAATGGCCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * * * * * * *
577 TTCTTCACATTTCTTGAGATAGACATTTAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAACT
66 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATT
* * * *
642 CAACTTAAAGTCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
131 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
683 GAGCAATAAGGC--TCGAAGGCATGGGTGATTATAAATGGACTTTACTTGCCAATAAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * * * * *
746 TTCTTCACGATTCTTGAGGTAGATATTTAATTATAATCTATGTTAACCAAAAATGTAAAAAAACA
66 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAACA
* *
811 TTCAACTTAAAGTCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * *
854 AAGTAATAAGGCTTTGGAATGCATGGGTGACTATAAATGTACTTTTCTTGTCAATGAAT--ATTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* ** * * ** * *
917 TTTTTCACGTTTCTTGTGGTAGGCATTCAATTATAATCTGATTTAATAAAAAATTTTAAAAA-AA
66 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAACAT
* * * *
981 TCAACTTCAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTCAAGC
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ********** * * * *
1023 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGNNNNNNNNNNTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATAAAT-GATTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * * *
1087 CTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAA-CATGTTTTAACC-AAAATTTAAAATA-
66 -TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AC
* * * * * *
1149 ATTCAACCTAAAATGAATGATGACATTAGAAAGCCATTTAAAGC
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * *
1193 TAGTAATAAGACTTTTGAAGTCATGGGTAACTATAAATGGACTTTACTTGTCAATGAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * * * * * *
1258 TT-TTCACATTTTTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATT
66 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATT
* *
1322 CAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAATATAAAACTATTTAAAGC
131 CAACTTAAAATCAATTATGAG---AT---TATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * ********
1369 GAGTAATAAGGCTCTCAAAGGTATGGGTGAGTATAAATGGACTTTACTTGTCAATGANNNNNNNN
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
** * * * ** * * * * *
1434 NNCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATATTTGATTATAATCTATGTTAACTAAAAATGAAGAAAAAAA
66 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG--TAAAAACA
* *
1499 TTCAACTTAAAGTCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
********** ** *
1542 GAGTAANNNNNNNNNNGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTGACGAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * * * * *
1607 TT-TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAACTAAAATG-CAAAACAAT
66 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAC-AT
* *********
1670 TAAACTTAAAATCAATTATGAGATTNNNNNNNNNNTTTAAAGC
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * * **
1713 GAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATAGATGACTATAAATAGAGTTTTGTTGCCAGTGAATATC-TT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * ** * * * *
1777 TTCTTTATGTTTCTTGTGGTAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTAACAAAAAATTTAAAAAAAAA
66 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAACA
* * * * *
1842 TTCAACTTCAAATCGATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGT
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * *
1885 GACTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAAAGAATGGCCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
** * * * *
1950 TTCTTCATATTT-TCCAAGGTAGAAATTCAATTATAATCTGTTTAAACCAAAAATGCAAAAACAT
66 TTCTTCACGTTTCT-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACAT
********** *
2014 TCANNNNNNNNNNAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGC
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
2056 GAGTAATAAGGCATTT-GATGGCATGGGTGACTATAAAT-AAGCTTTTCTTGCCACTGAATGGCT
1 GAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCT
* * * * *
2119 CTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAGTTATCATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-A
64 TTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACA
* * **
2183 TTCAAGTTAAAGTCAATTATGAGGCTATAAAACCATTTAAAGC
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ********** * * * * ***
2226 AAGTAANNNNNNNNNNGAAAGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATTATTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * * *
2291 TTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTTAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAACAAT
66 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAC-AT
********** *
2355 TCANNNNNNNNNNAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * ** * *
2397 AAATAATAAGGCTTTCAAAGTTATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTCCCAATGAATGGCCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * * * * * * * *
2461 TTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTTAATTGTAATCTATTTT-AGCTAAAATATAAAAAAATT
66 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATT
* * ********
2525 CAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCANNNNNNNN
131 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
** * * * * * *
2566 NNGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTACTTGCTAATAAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * * * * *
2631 TTCTTCACGATTCTTGAGGTA-AGCATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAATAT-AAAACAA
66 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAC-A
* * * ***
2694 TTTAACTTAAACTCAATTATGAGATTATGAAGTTATTTAAAGC
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
*** * * * *
2737 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAATGACTATAAATGCACTTTTCTTACAAATGAAAGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
* * * * *
2802 TTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTAAATTATTAT-T-TATTTAACCAAAAGTGT-AAAACAA
66 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT-TTTAACCAAAAATGTAAAAAC-A
* * * *
2864 TTCAACTTAAAATCGATTATAAGATTACAAACCCATTTAAAGC
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
2907 GAGTAATAAGGATGTT-AAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTCTCATG--AATGAATGGCT
1 GAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCCAATGAATGGCT
* * * * * *
2969 TTCTT-TTCACGTTTCTCAATG-ATGACATTTAATTACAATCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAA
64 TT-TTCTTCACGTTTCTTAAGGTA-GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* *
3032 GATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGC
127 CATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * ** *
3077 GAGTAATAATGCTTT-TAATGACATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATCAATGGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
* * * * *
3141 TTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT
65 TTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACAT
* * * *
3206 TTAACTTAAAATCAATGATGAAGA-TAAAAAACTATTTAAAGC
130 TCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGC
** ** * **
3248 GAGTAATAAGGCTTTTTAAGGCATAAGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGTCAATGAATTACTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
* * * * * * **
3312 TTTCTTTCACATTGCTCAAGGTAAACATTCAATTATTAT-TTTTTTAATAAAAAATGT-AAAACA
65 TTTC-TTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAC-
* * *
3375 ATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCTATTTAAAGC
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * *
3419 AAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTGTAAACAGG-CTTTTCTTGCGAATAAATGGCTC
1 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
* ** * * * * * * *
3483 TTTCTTTATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATTTGTGTTAAGCGAAAATGTAAAAAAAT
65 TTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACAT
* * *
3548 TCAACTTAAAATCAATGATGAGGTTATAAAACTATTTAA
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
3587 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2650, Mismatches: 688, Indels: 154
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.00
169 442 0.17
170 638 0.24
171 1110 0.42
172 147 0.06
173 165 0.06
174 4 0.00
176 65 0.02
177 44 0.02
179 29 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
Found at i:1014 original size:511 final size:507
Alignment explanation
Indices: 1--3586 Score: 2652
Period size: 511 Copynumber: 7.0 Consensus size: 507
* * * *
1 GAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATGTCCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTT
* * * * * * * * * *
66 TTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAAAATTCAATTATAATCTATTTGAACAAAAAATGTAAAAACATT
66 TTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
* * * * * * *
131 CAACCTAAAGTAAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTATTTGATGGCAT
131 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTGAAGGCAT
* * * * *
196 GGGTGACTATAAAT-AAGCTTTTCCTGCCAGTGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGA
195 GGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGA
* * ** * *
260 CATTCAATTTTCATCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCATGTTAAAGTCAATTGTGAG-C
259 CATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGAT
*********
323 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGNNNNNNNNNNCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
324 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-CTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
388 TTGTCAATAAATGATTTTTTTTTCACGTTTCTTGAAGTAGAAATTTAATTATAA-CTTGTTTTAA
388 TTGTCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATC-TGATTTAA
* * ********** * *
452 CTAAAAATATAAAACAATTCAACCTAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAACTATTTAAAGT
451 -TAAAAATATAAAA-AAATCAA-CTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * *
512 AAATAATAAGGCTTTCGAAGTCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAATGGCCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTT
* * * * *
577 TTCTTCACATTTCTTGAGATAGACATTTAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAACT
66 TTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
* * * * * *
642 CAACTTAAAGTCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGC-TCGAAGGCATG
131 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGCATG
* * * * * *
706 GGTGATTATAAATGGACTTTACTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCACGATTCTTGAGGTAGATA
196 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACA
* * * *
771 TTTAATTATAATCTATGTTAACCAAAAATGTAAAAAAACATTCAACTTAAAGTCAGTTATGAGAT
261 TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAA-ATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGAT
* * *
836 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAATGCATGGGTGACTATAAATGTACTTTTC
324 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * *
901 TTGTCAATGAAT-ATTTTTTTTCACGTTTCTTGTGGTAGGCATTCAATTATAATCTGATTTAATA
388 TTGTCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGATTTAAT-
* * * *
965 AAAAATTTTAAAAAAATCAACTTCAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTCAAGC
452 AAAAA-TATAAAAAAATCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
********** * * **
1023 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGNNNNNNNNNNTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATAAAT-GATTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTT
* * * *
1087 CTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAA-CATGTTTTAACC-AAAATTTAAAATAA
66 -TTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
* * * * * * * * *
1150 TTCAACCTAAAATGAATGATGACATTAGAAAGCCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTTGAAGTC
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGC
* * * * *
1215 ATGGGTAACTATAAATGGACTTTACTTGTCAATGAATGGCTTTTT-TTCACATTTTTTAAGGTAG
193 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAG
* * *
1279 ACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGA
258 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAG-
* * * * *
1344 TTATAAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTCAAAGGTATGGGTGAGTATAAATGG
322 --AT---TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT-TTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* ********* * * *
1409 ACTTTACTTGTCAATGANNNNNNNNNNCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATATTTGATTATAATCT-
381 ACTTTTCTTGTCAATGA-ATGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTG
* *
1473 ATGTTAACTAAAAATGAAGAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTA
445 AT-TTAA-TAAAAAT--ATAAAAAAA-TCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
1538 AAGC
504 AAGC
*********** * ** *
1542 GAGTAANNNNNNNNNNGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTGACGAATGG-CTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTT
* * ** * * * ** *
1606 TTTTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAACTAAAATGCAAAACAATT
66 TTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
* *********
1671 AAACTTAAAATCAATTATGAGATTNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCA
131 CAACTTAAAATCAATTATGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCA
* * * * * * ** * * **
1736 TAGATGACTATAAATAGAGTTTTGTTGCCAGTGAATATC-TTTTCTTTATGTTTCTTGTGGTAGA
194 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGA
* * * *
1800 CATTCAATTTTAATCTGTTTTAACAAAAAATTTAAAAAAAAATTCAACTTCAAA-TCGATTATGA
259 CATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTT-AAAGTCAATTATGA
* * ** * * *
1864 GATTACAAAATCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTT
321 GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * ** ** * *
1929 TTCTTGTCAAAGAATGGCCTTTTCTTCATATTT-TCCAAGGTAGAAATTCAATTATAATCTG-TT
385 TTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCT-TGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGATT
* ** * ********* *
1992 TAAACCAAAAATGCAAAAACATTCANNNNNNNNNNAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGC
448 T-AA-TAAAAATATAAAAA-AATCA-ACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
2056 GAGTAATAAGGCATTT-GATGGCATGGGTGACTATAAATA-AGCTTTTCTTGCCACTGAATGG-C
1 GAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCC
* * * *
2118 TCTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAGTTATCATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAA
64 T-TTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
* * ** * ********* *
2182 ATTCAAGTTAAAGTCAATTATGAGGCTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAANNNNNNNNNNGAAAG
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTGAAGG
* * * *** * *
2247 CATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATTATTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATA
192 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTA
* * * * * **********
2312 GACATTTAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCANNNNNNNNNNAATTATGAG
257 GACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAG
* * **
2377 ATTATAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCAAAGTTATGGGTGACTATAAATGGAC-TT
322 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
** * * *
2441 TCTTCCCAATGAATGGCCTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTTAATTGTAATCT-ATTTT
386 TCTTGTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGA-TTT
* * ********
2505 AGCT-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCANNNNNNNN
449 A-ATAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
** * * * * *
2566 NNGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTACTTGCTAATAAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTT
* * * * *
2631 TTCTTCACGATTCTTGAGGTA-AGCATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAAACAAT
66 TTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT
* * * ***
2695 TTAACTTAAACTCAATTATGAGATTATGAAGTTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCA
*** * * * * * *
2760 TAAATGACTATAAATGCACTTTTCTTACAAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGA
194 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGA
* * * * * * * * *
2825 CATTAAATTATTATTTA-TTTAACCAAAAGTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCGATTATAAGAT
259 CATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGAT
* * * *
2889 TACAAACCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATGTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTCT
324 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT-TTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT-T
* ** * * *
2954 CATG--AATGAATGGCTTTCTT-TTCACGTTTCTCAATG-ATGACATTTAATTACAATCTGTTTT
387 CTTGTCAATGAAT-GCTTT-TTCTTCACGTTTCTTGAGGTA-GACATTTAATTATAATCTGATTT
** * *
3015 AGCCAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCATTTAAAGC
449 A-ATAAAAATATAAAAA-AATCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * *
3077 GAGTAATAATGCTTTTAATGACATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATCAATGGCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTT
* *
3142 TTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
66 TTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
* * * * *
3207 TAACTTAAAATCAATGATGAAGA-TAAAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGCA
131 CAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCA
** * ** * * *
3271 TAAGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGTCAATGAATTACTTTTTCTTTCACATTGCTCAAGGTA
194 TGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TTCACGTTTCTTAAGGTA
* * * * * * *
3335 AACATTCAATTATTAT-TTTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCATCTTAAAATCAATTATGAG
257 GACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAG
* * * * *
3399 ATTATAAAGCTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTGTAAACAGG-CTT
322 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTAAAGGCATGGGTGACTATAAA-TGGACTT
* * * ** ** * * *
3463 TTCTTG-CGAATAAATGGCTCTTTCTTTATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATTTG-TG
385 TTCTTGTC-AATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGAT-
** * * * *
3526 TTAAGCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATGATGAGGTTATAAAACTATTTAA
447 TTAA-TAAAAATATAAAAAAA-TCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
3587 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2404, Mismatches: 584, Indels: 172
0.76 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
509 116 0.05
510 321 0.13
511 777 0.32
512 289 0.12
513 203 0.08
514 154 0.06
515 115 0.05
516 106 0.04
517 39 0.02
518 50 0.02
519 111 0.05
520 95 0.04
522 25 0.01
523 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (507 bp):
GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTT
TTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGCATG
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACA
TTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
TCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGATTTAATAAAA
ATATAAAAAAATCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
Found at i:2638 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 2--3586 Score: 2277
Period size: 340 Copynumber: 10.5 Consensus size: 340
1 G
* * *
2 AGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATGTCCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTTT
** * * * * * * * *
67 TCTTCATGTTTCCTAAGGTAAAAATTCAATTATAATCTATTTGAACAAAAAATGTAAAAACATTC
66 TCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAGC-AAAAATATAAAAAAATTC
* * * * * * * * * *
132 AACCTAAAGTAAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTATTTGATGGCATG
130 AACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTAAAGGCATG
* * * *
197 GGTGACTATAAATA-AGCTTTTCCTGC-CAGTGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGA
194 GGTGACTATAAATAGA-C-TTTCTTGCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGA
* * * * ** * * *
260 CATTCAATTTTCATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTCATGTTAAAGTCAATTGTGAG-C
257 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
*
323 TATAAAACCATTTAAAGCA
322 TATAAAACTATTTAAAGCA
********** * * ***
342 AGTAATAAGGNNNNNNNNNNCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGATTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTTT
* * * * * *
407 TTTTCACGTTTCTTGAA-GTAGAAATTTAATTATAA-CTTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAAT
66 TCTTCACATTTCTT-AAGGTAGACATTTAATTATAATC-TATTTTAGC-AAAAATATAAAAAAAT
* ********** ** * * *
470 TCAACCTAAAATCNNNNNNNNNNTTAT-AAAACTATTTAAAGTAAATAATAAGGCTTTCGAAGTC
128 TCAACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AAAGGC
* * * * * **
534 ATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CATTGAATGGCCTTTTCTTCACATTTCTTGAGATA
191 ATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTGCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATA
* * * * * * *
598 GACATTTAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAGTCAACTATGAG
255 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
**
663 ATTATAAAACTATTTAAAGTG
320 ATTATAAAACTATTTAAAGCA
* * * * * *
684 AGCAATAAGGC--TCGAAGGCATGGGTGATTATAAATGGACTTTACTTGCCAATAAATGGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTTT
* * * * *
747 TCTTCACGA-TTCTTGAGGTAGATATTTAATTATAATCTATGTTAACCAAAAATGTAAAAAAACA
66 TCTTCAC-ATTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTAT-TTTAGCAAAAATAT-AAAAAA-A
* * * * * * *
811 TTCAACTTAAAGTCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAATGC
127 TTCAACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AAAGGC
* * *** *
876 ATGGGTGACTATAAAT-GTACTTTTCTTG-TCAATGAAT--ATTTTTTTTCACGTTTCTTGTGGT
191 ATGGGTGACTATAAATAG-AC-TTTCTTGCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGAT
* * * * * *
937 AGGCATTCAATTATAATCTGATTTAATAAAAAATTTTAAAA-AAATCAACTTCAAATCAATTATG
254 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA-TATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * *
1001 AGATTACAAAACTATTTCAAGCG
318 AGATTATAAAACTATTTAAAGCA
********** * * * **
1024 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGNNNNNNNNNNTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATAAAT-GATTTC
1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTT-
* * * * * *
1088 TTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAA-CATGTTTTAACCAAAATTTAAAATAATT
65 TTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATC-TATTTTAGCAAAAATATAAAAAAATT
* * * * ** * * * *
1152 CAACCTAAAATGAATGATGACATTAGAAAGCCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTTGAAGTCAT
129 CAACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTAAAGGCAT
* * * * * *
1217 GGGTAACTATAAATGGACTTTACTTG-TCAATGAATGGCTTTTT-TTCACATTTTTTAAGGTAGA
193 GGGTGACTATAAATAGACTTT-CTTGCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGA
* * * * *
1280 CATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAATTATGAGAT
257 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG--
*
1345 TATAAATATAAAACTATTTAAAGCG
320 -AT---TATAAAACTATTTAAAGCA
* * * * * *********
1370 AGTAATAAGGCTCTCAAAGGTATGGGTGAGTATAAATGGACTTTACTTGTCAATGANNNNNNNNN
1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTTT
* ** * * * * * *
1435 NCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATATTTGATTATAATCTATGTTAACTAAAAATGAAGAAAAAAAT
66 TCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAGC-AAAAAT--ATAAAAAAAT
* * * * **********
1500 TCAACTTAAAGTCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAANNNNNNNNNNGAAGGCA
128 TCAACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAA-TAAGGCTTTAAAGGCA
* * * * *
1565 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-GACGAATGGCTTTTT-TTCATGTTTCTCAAGGTAG
192 TGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTGCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAG
* * ** *
1628 ACATTCAATTATAATATGTTTTAA-ACTAAAATGCAAAACAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
256 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA-AAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
********* *
1692 ATTNNNNNNNNNNTTTAAAGCG
320 ATT-ATAAAACTATTTAAAGCA
* * * * * * **
1714 AGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATAGATGACTATAAATAGAGTTTTGTTGCCAGTGAAT-ATCTT
1 AGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTT
* ** ** * * * * *
1777 TTCTTTATGTTTCTTGTGGTAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTAACAAAAAATTTAAAAAAAAA
65 TTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAGC-AAAAA--TATAAAAAAA
* * * * * * * *
1842 TTCAACTTCAAATCGATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTTTCAAAGGT
127 TTCAACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AAAGGC
* * ** *
1907 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG-TCAAAGAATGGCCTTTTCTTCATATTT-TCCAAGGT
191 ATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTGCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-CAAGAT
* * * **********
1970 AGAAATTCAATTATAATCTGTTTAAACCAAAAATGCA-AAAAC-ATTCANNNNNNNNNNAATTAT
254 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAT--ATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
2033 GATATTATAAAACCATTTAAAGCG
317 GAGATTATAAAACTATTTAAAGCA
* * * *
2057 AGTAATAAGGCATTT-GATGGCATGGGTGACTATAAAT-AAGCTTTTCTTGCCACTGAATGG-CT
1 AGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCCT
* * * * * * * * *
2119 CTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAGTTATCATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA
64 -TTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTT-AGCAAAAATATAAAAAAA
* * * ** * * *********
2183 TTCAAGTTAAAGTCAATTATGAGGCTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAANNNNNNNNNNGAAA-G
127 TTCAACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAA--TAAGGCTTTAAAGG
* * ***
2247 CATGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTAC-CAATGAATTATTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGA
190 CATGGGTGACTATAAATAG-AC-TTTCTTGCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGA
* * * * **********
2310 TAGACATTTAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCANNNNNNNNNNAATTATG
253 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATG
2375 AGATTATAAAACTATTTAAAGCA
318 AGATTATAAAACTATTTAAAGCA
* ** *
2398 AATAATAAGGCTTTCAAAGTTATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTCCCAATGAATGGCCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTTT
* * *
2462 TCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTTAATTGTAATCTATTTTAGCTAAAATATAAAAAAATTCA
66 TCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAGCAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * **********
2527 ACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATCANNNNNNNNNNGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGG
131 ACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AAAGGCATGG
* * * ** *
2592 GTAACTATAAATAGACTTTACTTGCT-AATAAATGGCTTTTTCTTCACGATTCTTGAGGTA-AGC
195 GTGACTATAAATAGACTTT-CTTGCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGA-C
* * * *
2655 ATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAAACAATTTAACTTAAACTCAATTATGAGATT
258 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** *
2720 ATGAAGTTATTTAAAGCG
323 ATAAAACTATTTAAAGCA
* *** * * * * *
2738 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAATGACTATAAATGCACTTTTCTTACAAATGAAAGGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTTT
** * * * * * * * * *
2803 TCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTAAATTATTATTTATTTAACCAAAAGTGTAAAACAATTCA
66 TCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAGCAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * ** *
2868 ACTTAAAATCGATTATAAGATTACAAACCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATGTTAAAGGCATGG
131 ACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTAAAGGCATGG
* *
2933 GTGACTATAAATGGACTTTC-T-CATGAATGAATGGCTTTCTT-TTCACGTTTCTCAATGAT-GA
195 GTGACTATAAATAGACTTTCTTGC-TCAATGAATGGCTTT-TTCTTCACGTTTCTCAA-GATAGA
* * * *
2994 CATTTAATTACAATCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAA-AGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
257 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAACA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
3058 TTATAAGACCATTTAAAGCG
321 TTATAAAACTATTTAAAGCA
* * * * ** * *
3078 AGTAATAATGCTTTTAATGACATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATCAATGGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTTT
* * * * *
3143 TCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTT
66 TCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTT-AGCAAAAATATAAAAAAATTC
*
3208 AACTTAAAATCAATGATGAAGA-TA-AAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGCA
130 AACTTAAAATCAATGATG-AGATTATAAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTAAAGGCA
** * ** * * *
3271 TAAGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTG-TCAATGAATTACTTTTTCTTTCACATTGCTCAAGGTA
192 TGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTGCTCAATGAATGGCTTTTTC-TTCACGTTTCTCAAGATA
* * * * * *
3335 AACATTCAATTATTAT-TTTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCATCTTAAAATCAATTATGAG
255 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
*
3399 ATTATAAAGCTATTTAAAGCA
320 ATTATAAAACTATTTAAAGCA
** * * * *
3420 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTGTAAACAGG-CTTTTCTTGCGAATAAATGG-CTC
1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCT-
* * * * * * * * * *
3483 TTTCTTTATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATTTGTGTTAAGCGAAAATGTAAAAAAAT
64 TTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTAT-TTTAGCAAAAATATAAAAAAAT
*
3548 TCAACTTAAAATCAATGATGAGGTTAT-AAAACTATTTAA
128 TCAACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAAAC-ATTTAA
3587 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2522, Mismatches: 623, Indels: 198
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 4 0.00
339 113 0.04
340 890 0.35
341 477 0.19
342 386 0.15
343 226 0.09
344 157 0.06
345 8 0.00
346 96 0.04
347 6 0.00
349 155 0.06
350 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTTT
TCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAGCAAAAATATAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAGGCATGGG
TGACTATAAATAGACTTTCTTGCTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATT
CAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACTATTTAAAGCA
Done.