Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401638.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4756.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8080
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.11, T:0.28
Warning! 1873 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1510 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1219--2866 Score: 1531
Period size: 171 Copynumber: 9.6 Consensus size: 170
1209 NNNNNNNNNN
* * ** *
1219 TCATAATTGATTTTAAGGTGAACTTTCGT--ATGTTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* ** ** * * *
1282 TTACCTTGAAAAATGTGAGGAAAAAGTCC-TTCATTGGTACGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
64 TTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAG-CCATTCATTGGCAAGAAAA-CCCATTTATAGTCACCCA
*
1346 ATCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACC
127 ATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACC
* * *
1390 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATGTTTTTATGAAAATAGATTTTAATTGAATGTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* * * * * *
1454 TGCCTTGGGAAACGTGGAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAACTCTAATTATAGTCA-CCAAT
65 TTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAC-CCATTTATAGTCACCCAA-
* * *
1518 TCCTTCGAAAGCCTTACTACTTC-CTTTAAATAGTTTTGTAATCC
128 TCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTATAA-CC
* * *
1562 -CATAATTGATTTGAAGTCGAATGTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATAT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* ** * * *
1625 TTTTCTTGAAAAATATGAAGAAAAA-CCAATTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTAGAGTCACCAA
64 TTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGGCAAGAAAAC-CCATTTATAGTCACCCA
* * *
1689 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTATAAAT-GATTTTATAACC
127 ATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAACC
* * * * * *
1733 TTATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTCTTGC-GTTTTTAGTTAAAACATG-TTACAATTGAATGT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACA-GATTATAATTGAATGT
* * * * * ** *
1796 TTTCCTTGGAAAACGTGAGGAAAAAGTCATTCATTGGTACA-AAAGGCCATTTATAGTCACACAA
64 TTTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAACCCATTTATAGTCACCCAA
* * * *
1860 TCTTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAACC
128 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACC
* * * * * * * *
1903 TGATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTACATTTTATGTGAAAAAAAATTGTAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* * * * * * *
1967 GCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCC-ATT
66 TCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-CCCATTTATAGTCACCCAATC
* * * * **
2031 CTTATAAAAGCCTTACTACTTC-CTTTAAATGGTTTTGTAATT
130 CTT-CAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTATAACC
* * *
2073 TCATAATTAATTTTAAGCTGAATGTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* * * * *
2138 TTCCTTGAGAAACATGAACAAAAATCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAG
65 TTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-CCCATTTATAGTCACCCAAT
* *
2203 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATC
129 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACC
* * * * *
2245 TCATAATTGATTTTAGGTTGAGTTTTTTTACA-ATTTTAGTTCAAACATATTATAATTGAATGTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* ** * * * *
2309 TGCCCCGAGAAACATAAAGAAAAA-CTAATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA
65 TTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAAAA-CCCATTTATAGTCACCCAA
* * * *
2373 GT-CTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTTAATAGTTTTATAATC
128 -TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACC
* ** *
2416 TCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* * * *
2481 TCCTAGGGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGC
66 TCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA-CCCATTTATAGTCACCCAATC
* * * *
2546 CTTCAAAAGCCTTATCAC-CTTCTTTAAATGGTTTTATAGCC
130 CTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATAGTTTTATAACC
* * * * * **
2587 TTAAAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* * * ** * *
2652 TCC-TGGAGACACATGAAGAAAAA-CCAATACATTGGCAAGCCAAGTCCATTTCTGGTCACCCAA
66 TCCTTGG-GAAACATGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGGCAAG-AAAACCCATTTATAGTCACCCAA
* * * *
2715 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
128 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACC
* * * * **
2758 TCATAATTAATTTTAAGTTGAGTGTTTTTAAAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
** ** * * * *
2823 AGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAACCCATTCGTTGGGAAGAAAA
65 TTCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
2867 GCTCATTACT
Statistics
Matches: 1220, Mismatches: 213, Indels: 88
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 60 0.05
170 158 0.13
171 643 0.53
172 339 0.28
173 19 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
TCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAACCCATTTATAGTCACCCAATCC
TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACC
Found at i:2220 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1219--2873 Score: 1695
Period size: 342 Copynumber: 4.8 Consensus size: 340
1209 NNNNNNNNNN
* * ** *
1219 TCATAATTGATTTTAAGGTGAACT-TTCGTATGTTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* * ** * * * *
1283 TACCTTGAAAAATGTGAGGAAAAAGTCC--TTCATTGGTACGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA
64 TGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA--CCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * *
1346 ATCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
127 AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * *
1411 A-TTTTTTACATGTTTTTATGAAAATAGATTTTAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGGAGAA
192 ATTTTTTTACAT-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAA
* * * * * * *
1475 AAAGCCATTTATTGGCAAGAAAA-CTCTAATTATAGTCA-CCAATTCCTTCGAAAGCCTTACTAC
256 AAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGC-CCATTTATAGTCACCCAA-GCCTTCAAAAGCCTTATTAC
*
1538 TTCCTTTAAATAGTTTTGTAATCC
319 TT-CTTTAAATAGTTTTATAA-CC
* * *
1562 -CATAATTGATTTGAAGTCGAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATG--TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
** * * * * *
1626 TTTCTTGAAAAATATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAACTCCATTTAGAGTCACCAAAG
64 TGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAG
* * * * * *
1691 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTATAAATGATTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAC
129 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * *
1756 TTTCTTGC-GTTTTTAGTTAAAACATG-TTACAATTGAATGTTTTCCTTG-GAAAACGTGAGGAA
194 TTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACA-GATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAG-AAACATGAAGAA
* * * * * * *
1818 AAAGT-CATTCATTGG-TACAAAAGGCCATTTATAGTCACACAATCTTTCAAAAGTCTTATTACT
256 AAA-TCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
*
1881 TGCTTTAAATGGTTTTATAACC
320 T-CTTTAAATAGTTTTATAACC
* * * * *
1903 TGATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTACA-TTTTATGTGAAAAAAAATTGTAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTACATTTTTA-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* * * * * *
1967 GCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCC-ATTTATTGACAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCC-AT
65 GCCTTGAGAAACATGAAG-AAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAG
* * * * * * *
2030 TCTTATAAAAGCCTTACTACTTC-CTTTAAATGGTTTTGTAATTTCATAATTAATTTTAAGCTGA
129 CCTT-CAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* *
2094 ATGTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAACAA
192 AT-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAA
*
2159 AAATCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
256 AAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-
*
2224 TCTTTAAATAGTTTTATAATC
320 TCTTTAAATAGTTTTATAACC
* * * * * *
2245 TCATAATTGATTTTAGGTTGAGTTTTTTTACAATTTTAGTTCAAACATATTATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
** * * * * *
2310 GCCCCGAGAAACATAAAGAAAAACTAATTCACTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGT
65 GCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGC
* * * * *
2375 CTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTTAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTT
130 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
** * * *
2440 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTCCTAGGGAAACATGAAGAAAAAT
195 TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAT
* *
2505 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATCACCTTCTT
260 CCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA-CTTCTT
* *
2570 TAAATGGTTTTATAGCC
324 TAAATAGTTTTATAACC
* * * * * * *
2587 TTAAAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* * * * ** * *
2652 TCCTGGAGACACATGAAGAAAAACCAATACATTGGCAAGCCAAGTCCATTTCTGGTCACCCAAGC
65 GCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGC
* * *
2717 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGTG
130 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-
* * ** ** * *
2782 TTTTTAAAATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTAGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAA
194 TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* * * *
2847 CCCATTCGTTGGGAAGAAAAGCTCATT
259 TCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
2874 ACTCTTTTAA
Statistics
Matches: 1094, Mismatches: 186, Indels: 64
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 9 0.01
340 119 0.11
341 69 0.06
342 484 0.44
343 394 0.36
344 19 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG
CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCC
TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAATC
CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTCTTTA
AATAGTTTTATAACC
Found at i:2687 original size:513 final size:507
Alignment explanation
Indices: 1252--2873 Score: 1921
Period size: 512 Copynumber: 3.2 Consensus size: 507
1242 TTTCGTATGT
* * *
1252 TTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAATGTGAGGAAAAAGTCCTTCATT
1 TTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAGGAAAAAGTCATTCATT
* * *
1317 GGTACGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
66 GG-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAT-CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTT
* * *
1382 TTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATGTTTTTATGAAAATAGATTTTAATT
129 TTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA--TTTTTGTGAAAAAAGATTATAATT
* * *
1447 GAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGGAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAA-CTCTAATTATAGT
192 GAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGC-CCAATTATAGT
* * * *
1511 CACCAATTCCTTCGAAAGCCTTACTACTTCCTTTAAATAGTTTTGTAATCC-CATAATTGATTTG
256 CACCAA-TCCTTCAAAAGCCTTACTACTTCCTTTAAATGGTTTTGT-A-CCTTATAATTGATTTT
* * * * *
1575 AAGTCGAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTTTCTTGAAAAATA
318 AAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACA
* *
1640 TGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAA-CTCCATTTAGAGTCACCAAAGCCTTCAAAAGCCT
383 TGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGC-CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCT
* * * ** * * **
1704 TATTACTCTCTATAAATGATTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTCTTGCGT
447 TATTACTCTCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACAA
* * *
1766 TTTTAGTTAAAACATGTTACAATTGAATGTTTTCCTTG-GAAAACGTGAGGAAAAAGTCATTCAT
1 TTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAG-AAACGTGAGGAAAAAGTCATTCAT
* * * * * *
1830 TGGTACAAAAGGCCATTTATAGTCACACAATCTTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTT
65 TGGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAATC-TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTT
* * * *
1895 TTATAACCTGATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTACATTTTATGTGAAAAAAAATTGTAATTG
129 TTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTT-TGTGAAAAAAGATTATAATTG
* * *
1960 AATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTCCAATTATAGTCA
193 AATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAGTCA
* * * ** *
2025 CCCATTCTTATAAAAGCCTTACTACTTCCTTTAAATGGTTTTGTAATTTCATAATTAATTTTAAG
258 CCAATCCTT-CAAAAGCCTTACTACTTCCTTTAAATGGTTTTGTACCTT-ATAATTGATTTTAAG
* *
2090 CTGAATGTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATG
321 TTGAATGTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATG
* *
2154 AACAAAAATCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
385 AAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTAT
*
2219 TACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAGTTTTTTTACAA
450 TACTCTCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACAA
* * ** * * * * * *
2278 TTTTAGTTCAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCCCGAGAAACATAAAGAAAAACTAATTCACT
1 TTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAGGAAAAAGTCATTCATT
* *
2343 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTTAATAGTT
66 GG-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAA-TCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTT
* * * *
2408 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
129 TTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTT-GTGAAAAAAGATTATAATT
* * * * * *
2473 GAATATTTTCCTAGGGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTC
192 GAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAGTC
* * *
2538 ACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTA-TCACCTT-CTTTAAATGGTTTTATAGCCTTAAAATTGATTTT
257 ACC-AATCCTTCAAAAGCCTTACT-A-CTTCCTTTAAATGGTTTTGTA-CCTTATAATTGATTTT
* * * * * *
2601 AGGTTTAAT-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTGGAGACACA
318 AAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACA
* ** * * * *
2665 TGAAGAAAAACCAATACATTGGCAAGCCAAGTCCATTTCTGGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTT
383 TGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
2730 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAGTGTTTTTAAAA
448 ATTACTCTCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACAA
* * * * ** ** *
2791 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTAGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAACCCATTCG
1 -TTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTA-CCTTGAGAAACGTGAGGAAAAAGTCATTCA
*
2855 TTGGGAAGAAAAGCTCATT
64 TT-GGAAGAAAAGCCCATT
2874 ACTCTTTTAA
Statistics
Matches: 944, Mismatches: 141, Indels: 46
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 9 0.01
512 337 0.36
513 334 0.35
514 253 0.27
515 11 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (507 bp):
TTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAGGAAAAAGTCATTCATT
GGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAATCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTT
ATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGTGAAAAAAGATTATAATTGAAT
GTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACCA
ATCCTTCAAAAGCCTTACTACTTCCTTTAAATGGTTTTGTACCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA
TGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAA
AACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT
CTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTACAA
Found at i:4019 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3302--5384 Score: 2110
Period size: 172 Copynumber: 12.1 Consensus size: 170
3292 NNNNNNNNNN
* * * * * *
3302 TTGGGTGTCTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCA-GTTTTCCCAAAGAA
1 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGGAA
* ** *
3366 AATATTCAATTATGTTCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG
65 AACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
3431 GTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATGAGGTTTTTGAAGGC
129 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * *** * * *
3473 TTCGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTGCCAAT-AACTTCATTTTTCTTCACG-TTCCCAAAGAT
1 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAA-TGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGA-
* * * * *
3536 AAACATTTATTTATAATCTGTTTTAAGCAAAAGTATAAAAAAAATCAACTTAGAATCAATTATGA
64 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
3601 GATCATAAAACGATTTAAAGAGAGTTATAAAGCTTTTGAAGGC
128 GATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * *
3644 TTGGGTGACTATAAA-GGGAATTTTCTTTCCAATGAAAGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCA
1 TTGGGTGACTATAAATGGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAA
* * * *
3708 AACATTCAATTATAATCTGGTTTAACTAAAAATGTGAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
65 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
3773 ATTATAAAACCATTTAACGAGATTAATAAGGCTTTTGAAAGC
129 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * *
3815 TTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAA
1 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAA
* * * *
3880 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAACCATTCAGCTTTAGATCAATTATG-G
66 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
3944 CACTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGC
129 -ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * *
3987 TTGGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGTGG-TTTTCTTCATGTTTCTAAAGGTA
1 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATG-GGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAA
* * *
4051 AACATTCAATTATAACCTGATTTAAGCAAAAATATAAAATTAAAATTCAACTAAAAATCAATTAT
65 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATAT-AAA--AAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* *
4116 GTCG-TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTGTTGAAGGC
126 G-AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * **
4161 TTGGGTGACTATTAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCTA
1 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAA
* * *
4226 ACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAATAACTCAACTTAAAATCAATTATGAG
66 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
4291 ATTATTAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
129 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* ** * * *
4333 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTGAATTAGTTTTTCTTCACGTTTCACGAGGAAA
1 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAA
* * * * *
4398 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAGCTCTACTTAAAATCAATTTTGAG
66 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* **** * *
4463 ATTATAAAACCATGTAACTCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGT
129 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * *
4505 TTTGGTGACTATAAAGGGGCTTTTCTTGACAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGAAA
1 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAA
* * * * * * * *
4570 ACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAACATTTAGCTTAAAACCAATTACGGG
66 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
4635 ATTACAAAACCATTTAAA-AGAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGA
129 ATTATAAAACCATTTAAAGAG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
** * * * * * * * *
4677 AGGGGTGACTGTAATTGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCCGAGGAAA
1 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAA
* * * * *
4742 ACATTCAATTACAATCTTTTTTCACATAAAACAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCA-A
66 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * **
4805 GTTCTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGATGTA
130 -TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * ** *
4847 TTGGGTGCCTATAAATGGTCTTTTCATGCCAATGAATGACTTTTTC--CATACGTTTTTCAAGGA
1 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCAT--GTTTCTCAAGGA
* *** * *
4910 AAACATTCAATTGTAA-CATGTTTTAACCAAAAACGCAAGAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATG
64 AAACATTCAATTATAATC-TGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* *
4974 AGGTTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
127 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* *
5018 TTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAA
1 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAA
* * * ** *
5083 ACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAATACATTCAGTTTAAAATCAATTATGGG
66 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
5148 ATTACAAAACCATTTAAAG-GAAGTAGTAATGCTTTCGAAGGA
129 ATTATAAAACCATTTAAAGAG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* * * ** * * * * * **
5190 ATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTTTCATTAAATGGCTTTTTCTTAACGTTTC-CTAAGGTG
1 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGAA
* * * * **
5254 AATATTCAATTACAATCTGTTTTCACAAAAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAAG
65 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
5318 CTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGGA
129 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
* *
5360 TTAGGTGACTATAAATTGGCTTTTC
1 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTC
5385 GTACTAATGA
Statistics
Matches: 1579, Mismatches: 291, Indels: 85
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 2 0.00
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175 2 0.00
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
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TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAA
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
Found at i:4024 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3995--4034 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
3985 GCTTGGGTGA
3995 CAATAAATG-GGCTTTTCTTGC
1 CAATAAATGTGG-TTTTCTTGC
*
4016 CAATGAATGTGGTTTTCTT
1 CAATAAATGTGGTTTTCTT
4035 CATGTTTCTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
21 15 0.88
22 2 0.12
ACGTcount: A:0.23, C:0.15, G:0.20, T:0.42
Consensus pattern (21 bp):
CAATAAATGTGGTTTTCTTGC
Found at i:5415 original size:513 final size:513
Alignment explanation
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Period size: 513 Copynumber: 4.1 Consensus size: 513
3292 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
3302 TTGGGTGTCTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGC-TTTTGCTTCA-GTTTTCCCAAAGA
1 TTGGGTGACTATAAATTGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACGTTTTTCTTCACGTTTT-TCAAGGA
* ** * * * *
3365 AAATATTCAATTATGTTCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
65 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
3430 GGTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATGAGGTTTTTGAAGGCTTCGGTGACTATAAATGGGCTT
129 GATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGGCTT
* ** * * * * *
3495 TTTTTGCCAAT-AACTTCATTTTTCTTCACG-TTCCCAAAGATAAACATTTATTTATAATCTGTT
193 TTCTTGCCAATGAA-TTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGA-AAACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * * *
3558 TTAAGCAAAAGTATAAAA-AAAATCAACTTAGAATCAATTATGAGATCATAAAACGATTTAAAGA
256 TTAAGCAAAAATATAAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTACAAAACCATTTAAAGA
* ** ** * * *
3622 GAGTTA-TAAAGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAGGGAATTTTCTTTCCAATGAAA-GGGT
321 GAG-TAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCCAAT-AAATGGCT
* * * * * * *
3685 TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGGTTTAACTAAAAATGTGAAAACA
384 TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAA
** * * *
3750 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAACGAGATTAATAAGGCTTTTGAAA-G
449 TTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGG
*
3814 C
513 A
* * * *
3815 TTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATG-GGTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGT
1 TTGGGTGACTATAAATTGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACGTTTTTCTTCACGTTT-TTCAAGGA
* * * * *
3878 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAT-ATAAAAACCATTCAGCTTTAGATCAATTAT
65 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGA-AAAAA--GTTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * *
3942 G-GCACTACAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACAATAAATGGG
127 GAG-ATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGG
* * *
4006 CTTTTCTTGCCAATGAATGTGG-TTTTCTTCATGTTTCTAAAGGTAAACATTCAATTATAACCTG
190 CTTTTCTTGCCAATGAAT-TGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTG
* * * *
4070 ATTTAAGCAAAAATATAAAATTAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGTCG-TTATAAAACCATTT
254 TTTTAAGCAAAAATATAAAA-T-AAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GGATTACAAAACCATTT
* * ** * **
4134 AAAGAGAGTAATAAGGCTGTTGAAGGCTTGGGTGACTATTAA-TAGACTTTTCTTGCCAACGAAT
316 AAAGAGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA-TAATTGGACTTTTCTTGCCAATAAAT
* * * * *
4198 GGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCT-AACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATAA
380 GGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGG-TAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATATAA
* ** * * *
4262 AAATAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
444 AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* *
4327 GAAGGC
508 AAAGGA
* * * ** *
4333 TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAGTGAATTA-GTTTTTCTTCACGTTTCACGAGGAA
1 TTGGGTGACTATAAATTGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACGTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGAA
* * * *
4397 AACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAGCTCTACTTAAAATCAATTTTGA
66 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG--AAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * **** * * *
4462 GATTATAAAACCATGTAACTCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTTGGTGACTATAAAGGGGCTT
129 GATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CTTGGTGACTATAAATGGGCTT
* * *
4527 TTCTTGACAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGAAAACATTCAATTATAATATGTTTT
193 TTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
** * * * * *
4592 AATAAAAAATGTAAAA-AACATTTAGCTTAAAACCAATTACGGGATTACAAAACCATTTAAA-AG
258 AAGCAAAAATATAAAATAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTACAAAACCATTTAAAGAG
* *
4655 AAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAAGGGGTGACTGTAATTGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTT
322 -AGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTT
* * * * * * *
4720 TTTTTCATGTTTCCCGAGGAAAACATTCAATTACAATCTTTTTTCACATAAAACAT-AAAAAATT
386 TTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATT
* * * *
4784 CAACTTAAAATCAATTATCAAG-TTCTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGATGTA
451 CAACTTAAAATCAATTA-CAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGA
* * *
4847 TTGGGTGCCTATAAA-TGGTCTTTTCATGCCAATGAATGAC-TTTTTCCAT-ACGTTTTTCAAGG
1 TTGGGTGACTATAAATTGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGACGTTTTT-CTTCACGTTTTTCAAGG
* * *
4909 AAAACATTCAATTGTAA-CATGTTTTAACCAAAAACGCAAGAAAGTTCAACTTAAAATCAATTAT
64 AAAACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTAT
*
4973 GAGGTTATAAAA-TCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGG
127 GAGATTATAAAACT-ATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG-GTGACTATAAATGGG
*
5037 CTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTTAATTATAATCTGT
190 CTTTTCTTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* * **
5102 TTTAA-CTAAAAATGTAAAATACATTCAGTTTAAAATCAATTATGGGATTACAAAACCATTTAAA
255 TTTAAGC-AAAAATATAAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTACAAAACCATTTAAA
* * ** *
5166 G-GAAGTAGTAATGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTTTCATTAAATGGC
319 GAG-AGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGC
* * * * * * *
5230 TTTTTCTTAACGTTTCCTAAGGTGAATATTCAATTACAATCTGTTTTCACAAAAAATGT-AAAAA
383 TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAA
* * *
5294 ATTCAACTTAAAATCAATTACAAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTAAAGG
448 ATTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
5359 A
513 A
* * * * *
5360 TTAGGTGACTATAAATTGGCTTTTCGTACTAATGAATGACTTTTTTC-TCACGTTTT
1 TTGGGTGACTATAAATTGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACGTTTTTCTTCACGTTTT
5416 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1341, Mismatches: 213, Indels: 94
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
511 1 0.00
512 13 0.01
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520 5 0.00
521 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (513 bp):
TTGGGTGACTATAAATTGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACGTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGAA
AACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTC
TTGCCAATGAATTGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAG
CAAAAATATAAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTACAAAACCATTTAAAGAGAGTA
GTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTT
CATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
TAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGA
Found at i:7078 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6274--8076 Score: 1750
Period size: 171 Copynumber: 10.5 Consensus size: 170
6264 NNNNNNNATT
*
6274 GGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAA
1 GGTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAA
* * * * *
6339 AACATTCAACTTAAAATCAATTATG-GGATTACAAAATCATTTAAGGA-AGTAGTAAGGCTTTTA
64 AACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGG-TTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
** * *
6402 AAGGCTTGAATGACTATAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGAATG
128 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATG
* * * *
6445 GGTGTTTCTTTATGTTTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAAATGTGAA
1 GGTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT-AA
* * * * * *
6510 AAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGACTGATAAGGCTTTTA
63 AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
*
6574 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGAGAATGAATG
128 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATG
* * * * * *
6617 GGTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATGTTAACAAAAAATATAAAA
1 GGTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * * * * * *
6682 GCCATTCAGCTTGAAATC-ATT-TGTAGGACTACAAAACTATTTAAA-ACGAGTAATATGGCTTT
65 -ACATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGG-TTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTT
* *
6744 TCAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-ACCAATAAATG
126 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGA-CAATGAATG
* * * * * * *
6789 GCTTTTTTCTTTATCTTTCCCAATGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTATCAAAAAATGTAAG
1 G-GTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA-
* * * **
6854 AAA-GTTGAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTG
63 AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* *
6918 AAGGCTTGTGTGACTAT-AATGGGCTTTTCTTGAAAATGAATG
128 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATG
** * * *
6960 ACTTTTTCTTCAGGTTTACCGAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA
1 GGTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAA
* * * * * * *
7025 AAAATTCAACTAAAAATCAATTTTGAGGCTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGTCTTTTAA
64 AACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGA
** * *
7090 AGGCTTGGGTGACTATAAATGGGGATTTCTTGCCAATGACTG
129 AGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATG
* * * *
7132 GGTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAACA
1 GGTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * * *
7197 ACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTATTGAA
65 ACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAA
*
7262 CGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-ACCAATGAATG
130 GGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGA-CAATGAATG
* *
7303 GGTTTTTCTTCATGGTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAACA
1 GGTTTTTCTTCAT-GTTTCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * *
7368 ACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTATTGAA
65 ACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* *
7433 TGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-CAAATGAATG
130 GGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGAC-AATGAATG
* * ** * * * *
7474 TGTCTTTCTTCATGTTTTTTAA-GATAAACATTCAATTATAGTCTGCTTTAACGAAAAATATAAC
1 GGTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGGA-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA-
** * * * * * *
7538 AGCCATTCAGCTTAAAATCATTTATG-GGACTACAAAACCATTTAAAAAGTA-TAATAGGGCTTT
63 AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGG-TTATAAAACCATTTAAAGAG-AGTAATAAGGCTTT
* * *
7601 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATAAACG
126 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATG
********************** * * * *
7646 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAACGTAAGA
1 -GGTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
** * ** *
7711 ATGTTCAACTTAGAATCAATTATGAGGTTAT-AAATTATTTAAACAGAGTAATAAGGCTTTTGAA
65 ACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * *
7775 GGCTTGGCTGACTAT-AATGGGCTTTTCTTGAAAATGAATA
130 GGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATG
** * * * * * *
7815 ACTTTTTCTTGAGGTTTACAAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAN
1 GGTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
********* ** *
7880 NNNNNNNNNTTAAAATCAATGT-TGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAATCATTTGA
65 ACATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGA
* *
7944 AGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGTCAATGAATG
129 AGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATG
* * * * *
7986 GGTATTTCTTCATGTTTCCCAGGGCAAACATTAAATTATAATCTGTTTCAACTAAAAATGTAAAA
1 GGTTTTTCTTCATGTTT-CCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
8051 ACATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
65 ACATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
8077 ATTA
Statistics
Matches: 1326, Mismatches: 267, Indels: 78
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 77 0.06
170 146 0.11
171 588 0.44
172 453 0.34
173 58 0.04
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
GGTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
CATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGACAATGAATG
Found at i:7103 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 6274--8076 Score: 1712
Period size: 343 Copynumber: 5.3 Consensus size: 341
6264 NNNNNNNATT
* * *
6274 GGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAA
1 GGTTTTTCTTCAGGTTTC-CAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA
* * ** *
6339 AACATTCAACTTAAAATCAATTATG-GGATTACAAAATCATTTAAGGA-AGTAGTAAGGCTTTTA
65 AACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGACTACAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTA
** * * * *
6402 AAGGCTTGAATGACTATAAATGGTCTTTTCTTGTCAATGAATGGGTGTTTCTTTATGTTTTCCAA
130 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTTATGTTTCCCAA
* *
6467 GGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
195 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAATGT--AAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
6532 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGACTGATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
257 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
*
6597 GCTTTTCTTGAGAATGAATG
322 GCTTTTCTTGAAAATGAATG
* * * * * *
6617 GGTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATGTTAACAAAAAATATAAAA
1 GGTTTTTCTTCA-GGTTTCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA
** * * * * *
6682 GCCATTCAGCTTGAAATC-ATT-TGTAGGACTACAAAACTATTTAAAACGAGTAATATGGCTTTT
65 AACATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGGACTACAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
6745 CAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTTCTTTATCTTTCCC
129 AAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG-GTTTTTCTTTATGTTTCCC
* * *
6810 AATGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTATCAAAAAATGTAAGAAAGTTGAACTTAAAATCAAT
193 AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAA-AAA-TTCAACTTAAAATCAAT
* * *
6875 TATGAGGTTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGTGTGACTAT-AATG
256 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATG
6939 GGCTTTTCTTGAAAATGAATG
321 GGCTTTTCTTGAAAATGAATG
** *
6960 ACTTTTTCTTCAGGTTTACCGAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA
1 GGTTTTTCTTCAGGTTT-CCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA
* * * * *
7025 AAAATTCAACTAAAAATCAATTTTGAGG-CTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGTCTTTTA
65 AACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGACTACAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTA
** * * *
7089 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGGATTTCTTGCCAATGACTGGGTTTTTCTTCAAGTTTCCCAA
130 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTTATGTTTCCCAA
* *
7154 GGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAACAACATTCAACTTAAAATCAATTA
195 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAA-AA-ATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
7219 TGAGATTTTAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTATTGAACGCTTGGGTGACTATAAATGGG
258 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGG
*
7284 CTTTTCTT-ACCAATGAATG
323 CTTTTCTTGA-AAATGAATG
* * *
7303 GGTTTTTCTTCATGGTTCCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAC
1 GGTTTTTCTTCA-GGTTTCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA
* ** * * *
7367 AACATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTTTAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTATTG
65 AACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGACTACAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTA
* * * * * * ***
7431 AATGCTTTGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCAAATGAATGTGTCTTTCTTCATGTTTTTTAA
130 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTTATGTTTCCCAA
** * * * * * * *
7496 GATAAACATTCAATTATAGTCTGCTTTAACGAAAAATATAACAGCCATTCAGCTTAAAATCATTT
195 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAA-A--AATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * ** *
7561 ATGGGACTACAAAACCATTTAAAAAGTA-TAATAGGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATG
257 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATG
** * *
7625 GGCTTTTCTTGCCAATAAACG
321 GGCTTTTCTTGAAAATGAATG
********************** * * ** *
7646 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAACGT-AAG
1 -GGTTTTTCTTCAGGTTTCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA
** * * * ** * *
7710 AATGTTCAACTTAGAATCAATTATGAGG-TTA-TAAATTATTTAAACAGAGTAATAAGGCTTTTG
65 AACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGACTACAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTA
* ** *** * * * *
7773 AAGGCTTGGCTGACTAT-AATGGGCTTTTCTTGAAAATGAATAACTTTTTCTTGAGGTTTACAAA
130 AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTTATGTTTCCCAA
* * * ********
7837 GGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAANNNNNNNNNNTTAAAATCAATGT
195 GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAA--AATTCAACTTAAAATCAAT-T
* * * ** * *
7902 -TGAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAATCATTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAG
257 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGG
**
7966 GCTTTTCTTGTCAATGAATG
322 GCTTTTCTTGAAAATGAATG
* * * * * * *
7986 GGTATTTCTTCATGTTTCCCAGGGCAAACATTAAATTATAATCTGTTTCAACTAAAAATGT-AAA
1 GGTTTTTCTTCAGGTTT-CCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA
8050 AACATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
65 AACATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
8077 ATTA
Statistics
Matches: 1192, Mismatches: 244, Indels: 51
0.80 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 140 0.12
341 77 0.06
342 320 0.27
343 464 0.39
344 145 0.12
345 45 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
GGTTTTTCTTCAGGTTTCCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA
ACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGACTACAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTAA
AGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTCTTTATGTTTCCCAAG
GCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT
TTCTTGAAAATGAATG
Done.