Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401665.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4781.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6769
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Warning! 509 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:688 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9--3960 Score: 2637
Period size: 171 Copynumber: 23.2 Consensus size: 169
1 ATTACTTA
* * **
9 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTTAAATTTTTTATTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT-TTTACATTTTTGGTTAAA
** * * ** * ** * * * *
74 ATATGCTATAATTGAA-ATTTGCCTCAAGAAATGCAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCATGGAAAG
64 ATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * ** * * * *
138 TCCATTTATAGTAACTTAAACCTTTGAAAACCTTCTTACTCA
128 TCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * *
180 CTGTAAACGCTTTTATAATCTCATAATTGCTTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTAGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * *
245 CAGATTATAATTGAATGTCTAC-TTGAGAAATGTGAAGAAATAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGT
65 TATATTATAATTGAATGTTTGCTTTGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
309 CTATTTATAGTCACCCATGTCTTTGAAAGGCTTATTACTAG
129 CTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* ** *
350 TTTTAAATAATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAC
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAA-
* ** * * * * *
415 A-GT-TTATAATT-ATATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATGCTTTGGCAA-AGAA
64 ATATATTATAATTGA-ATGT-TTGCTTTGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA-AA
* * * * *
476 AGTCCATTTATTGTCA-CTCATACCTTCGAAGGCCTTATTACTCA
126 AGTCTATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
520 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAGGTTAAATTTTTCTACATTTTTGCTTGAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTT-AAA
* *
585 A-ATATTATAATTGAATGTTTGCTTCTGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAGGAAAAG
64 ATATATTATAATTGAATGTTTGCTT-TGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* ** ** *
649 TCCATTTATAGTCACCTAAACCAACGAAAGTCTTATTACTCG
128 TCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * **
691 CTTTAAATGGTATTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTTAA-TTTTTATATTTTTTATTAAAAT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * ** * ** * * * * *
755 ATATTATAGTTGAATATTTACCTCAGAAAATGTGCTGTAAAAGCTATCCATTGGCACGAAAAGTT
66 ATATTATAATTGAATGTTT-GCTTTGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* *
820 TATTTATAGTCACTTAAT-CCTTTGAAAGCCTTATTACTC-
130 TATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
859 ATTGTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAACATTTTTACATTTTTGGTTAAA
1 CTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * * * * * *
924 ACAGATTATAATTGAGTCTTTACCATGGAAAATGTGAAGAAATAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
64 ATATATTATAATTGAATGTTT-GCTTTGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * *
989 TCTGTTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCT
128 TCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
1031 TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAA-TAGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * ** *
1095 TAGAATATAATTGAATGTCTG-TCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAG-CATGCATTGATAGGAAAAG
65 TATATTATAATTGAATGTTTGCT-TTGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * *
1158 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAGGCCTTTTTACTCG
128 TCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
1200 CTTGAAATGATTTTATAATCTCATAATAGATTTT-AGATTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTCAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * ** *
1264 ATAGATTATAATTGAATGTCTGCCATGGGAAGCACGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAG
64 ATATATTATAATTGAATGTTTG-CTTTGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * * *
1329 TTTATTTAAAGTCACCCAAGACTTCAAAAGCCTTACTACTCG
128 TCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * ** * *
1371 TTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTCACTTTCAA-TTGCTTTTTTCTATATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAA
* * * ** * * * * *
1435 ACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAGGCTATTCATTGACAA-AAAAG
64 ATATATTATAATTGAATGT-TTGCTTTGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * ** * *
1499 TCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGGTTTATTACCCA
128 TCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
1541 CTTTAAATGATTTTATAATTTCATAA-TGATTTTAAG-TAAATTTTTTA-ATATTGTTGGTGAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TT-TTGGTTAAA
* * * * * * * *** *
1603 ATTTTTTATAATTAAATGTTCGTTTTAGGAAACGTAAAGCTTAACCCATTCATTGG-AGAGAAAA
64 ATATATTATAATTGAATGTTTGCTTT-GAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAA
* ** * * * **
1667 GTTTATTTATTTTTA-CTCATACCTTTGAAAGTATTATTACTCG
127 GTCTATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
1710 GTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTACACATTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * **
1775 TATATTATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGT
65 TATATTATAATTGAATGTTTGCTTTGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
*
1840 CTATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCG
129 CTATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
1881 CTTTAAATCGTTTGATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * *
1946 TATATTATAATTAAATATCT-C-TAG-AAACATGAAGCAAAAGACATTCATTAGAG-AA-AAAAG
65 TATATTATAATTGAATGTTTGCTTTGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-GCAAGAAAAG
* * *
2006 TTCT-TTTATAGTTA-CTCATGCTTTCGAAAGCATTATTACTCG
128 -TCTATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * *
2048 CTTTAAATGGTTTCATAATCTAACAAGTGATTTTAACTTGAGTTTGTTTACATTTTT-ATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAA
*** ** * * * * *
2112 TATATTATAATTGAATGTCCACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTTATTGGCACGAAAAAG
65 TATATTATAATTGAATGT-TTGCTTTGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAAG
* * * *
2177 TCCATTTATAGTCA-CTCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACCCG
128 TCTATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
2219 CTTTAAATGGTTCTATAATCTCTTAATT-AGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * * * ** * * *
2283 ACAGATAATATTTGAGTGTTTACATCGAGAAACGCAAAGAAAAAGCTATTTATTGGTAAGAAAAG
64 ATATATTATAATTGAATGTTTGCTTTGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * ** * *
2348 TCCATCTATAGTGACCCGTGTCATT-GAAAGCCTCATTACAT-G
128 TCTATTTATAGTCACCTATG-CCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCG
* * *
2390 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTAAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * ** * * * * * * * **
2455 AAAATAATTTTTGAATGTCTACATTGAGAAACATAAAGAAAAATCTATTCATTCTCAAGAAAAGT
65 TATATTATAATTGAATGTTTGCTTTGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
2520 CTATTTACAGTTACCCATACCTTCGAAAGTCTTATTACTCG
129 CTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * *
2561 CTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATATTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * *
2626 TATATTATAATTGAATG-TT-CATCTAGAAAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCACA-AAA
65 TATATTATAATTGAATGTTTGC-T-TTG-AAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAA
* * * * * * *
2688 AGTCTATTTGTAGTCA-CTCAAGCCTTCAAAATCTTTGTGACTCG
126 AGTCTATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* ** * * * *
2732 CTTTAGATAATTTTATAATCTTATAATTGACTTTAAGTTTCAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * ** * * * * **
2797 CAGATTATAATTGATTGTCTG-TGTCAAGAAATGTGAGGAAAAAGCAATGCATTGATAAGAAAAG
65 TATATTATAATTGAATGTTTGCT-TTGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * * *
2861 TCCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAGGCCTTGTTACTTG
128 TCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* *
2903 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTATATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * *
2968 CAGATTAAAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATGTGAA-AAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGT
65 TATATTATAATTGAATGTTTGCTTTGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
******************
3032 GC-ATTTATAGTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTACTCG
129 -CTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * ** *
3073 CTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTGTAACATTTTTTATCAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAA
* * ** * * * *
3138 CATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACTTGAACG-AAAAGCCATTTATTTGCAACAAAAG
65 TATATTATAATTGAATGTTTG-CTTTGAAAACGTGAA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * ** * *
3202 TCCATTTATAGTCACTTATGCTTTTGGTAGTCTTATTACTCA
128 TCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
3244 CTTTACATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTAGGTTAAAAT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * * * * *
3309 AAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAAG-AAAGTC
66 ATATTATAATTGAATGTTTGCTTTG-AAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* *
3373 TATTTATAGCCA-CTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
130 TATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
** * * * * *
3413 CGATAGATTGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATGTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * *
3478 TATATTCTAATTGAATGTTTGCTTTCGAAAATGTGAAG---AA-TCATTCATTGGTAAGAAAAGT
65 TATATTATAATTGAATGTTTGCTTT-GAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * *
3539 CTATTTACAGCCACTTAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCG
129 CTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * *
3580 CTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTGTGATTAACA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * *
3645 TATACTATAATTGAATATTTACCTTGGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCACA-AAAAG
65 TATATTATAATTGAATGTTT-GCTTTGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAG
* * * * *
3709 TCTTATTTGTAGTC-TCTCAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCA
128 TC-TATTTATAGTCACCT-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *********
3752 CTATAAATGCTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATNNNNNNNNNNTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * *
3817 AAAATTATAATTGAATGTCTAT-C-TTGAGAAACGTGTAGAAATAGCCATCCATTAGCAAGAAAA
65 TATATTATAATTGAATGT-T-TGCTTTGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * * *
3880 GTCTGTTTATAGTCACCAACGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCA
127 GTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* *
3923 CTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
3961 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2964, Mismatches: 704, Indels: 226
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 36 0.01
167 239 0.08
168 78 0.03
169 363 0.12
170 714 0.24
171 1340 0.45
172 189 0.06
173 4 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
ATATTATAATTGAATGTTTGCTTTGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
ATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
Found at i:934 original size:340 final size:335
Alignment explanation
Indices: 9--3960 Score: 2454
Period size: 340 Copynumber: 11.6 Consensus size: 335
1 ATTACTTA
* *
9 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTTAAATTTTTTATTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TT-TTTACATTTTTTATTAAA
** * * * *
74 ATATGCTATAATTGAAAT-T-TGCCTCA-AGAAA-TGCAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCATGGA
63 ATATATTATAATTG-AATGTCTACCTCAGA-AAATTG--AAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAA
* * * * * *
135 AAGTCCATTTATAGTAACTTAA-ACCTTTGAAAACCTTCTTACTCACTGTAAACGCTTTTATAAT
123 AAGTCCATTTATAGTCAC-TAATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
199 CTCATAATTGCTTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
186 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-ATTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
* * * * * *
264 TACT-TGAGAAATGTGAAGAAATAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATG
250 TACTCTGA-AAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATG
* * * *
328 TCTTTGAAAGGCTTATTACTAG
314 CCTTCGAAAGTCTTATTACTCG
* ** * **
350 TTTTAAATAATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAC
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTACATTTTTTATTAAA-
* ** * *
415 A-GT-TTATAATT-ATATGTCTACCTTGGGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATGCTTTGGCAA-AGA
63 ATATATTATAATTGA-ATGTCTACC-TCAGAAA-ATTGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGA-A
* * * *
475 AAGTCCATTTATTGTCACTCATACCTTCGAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
123 AAGTCCATTTATAGTCACTAATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * *
540 TCATCATTGATTTTAGGTT-AAATTTTTCTACATTTTTGCTTGAAAA-ATATTATAATTGAATGT
187 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAA-TTTT-TATATTTTTGGTT-AAAATAGATTATAATTGAATGT
* * * *
603 TTGCTTCTGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAA
249 TTAC-TCTGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAT
* **
668 ACCAACGAAAGTCTTATTACTCG
313 GCCTTCGAAAGTCTTATTACTCG
* * * *
691 CTTTAAATGGTATTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTTAATTTTTATATTTTTTATTAAAATA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTACATTTTTTATTAAAATA
* * * ** * * * **
756 TATTATAGTTGAATATTTACCTCAGAAAATGTGCTGTAAAAGCTATCCATTGGCACGAAAAGTTT
66 TATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAAT-TGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
*
821 ATTTATAGTCACTTAAT-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCATTGTAAATAGTTTTATAATCTCATA
129 ATTTATAGTCAC-TAATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCATT-TAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
885 GTTGATTTTAAGTTGAACATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTCTTTAC-CA
192 ATTGATTTTAAGTTGAA-ATTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTC-
* * * * * * *
949 TGGAAAATGTGAAGAAATAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCCATGCCTTC
255 T-GAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTC
*
1014 GAAAGTCTTATTACTCT
319 GAAAGTCTTATTACTCG
* * * * **
1031 TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAA-TAGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTACATTTTTTATTAAAA
* * * * * * * ** *
1095 TAGAATATAATTGAATGTCTGTCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAG-CATGCATTGATAGGAAAAGT
64 TATATTATAATTGAATGTCT-ACCTCAGAAAATTGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
** * * * * * *
1159 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAGGCCTTTTTACTCGCTTGAAATGATTTTATAATCTCA
127 CCATTTATAGTCACTAATACCTT-TGAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * *
1223 TAATAGATTTT-AGATTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTCAAATAGATTATAATTGAATGTCTGC
190 TAATTGATTTTAAG-TTGAA-ATTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTAC
* * * * * *
1287 -CATGGGAAGCACG--AAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTAAAGTCACCCAAG
253 TC-T--GAA-AACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATG
* * * *
1349 ACTTCAAAAGCCTTACTACTCG
314 CCTTCGAAAGTCTTATTACTCG
* * * * * *
1371 TTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTCACTTTCAA-TTG-CTTTTTTCTATATTTTTAGTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTAC-AT-TTTTTA-TTAA
* * * * * * *
1434 AACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAGGCTATTCATTGACAA-AAAA
62 AATATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAA-TTGAAGAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * ** * * *
1498 GTCTATTTATAGTCACCCAA-GCCTTCT-AAAGGTTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATAATT
125 GTCCATTTATAGTCA-CTAATACCTT-TGAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATGGTTTTATAATC
* * *** *
1561 TCATAA-TGATTTTAAG-T-AAATTTTTTAATATTGTTGGTGAAAATTTTTTATAATTAAATGTT
187 TCATAATTGATTTTAAGTTGAAA-TTTTT-ATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
*** * * *** * * ** *
1623 CGTTTTAGGAAACGTAAAGCTTAACCCATTCATTGG-AGAGAAAAGTTTATTTATTTTTA-CTCA
250 TACTCT-GAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT-A
* * *
1686 TACCTTTGAAAGTATTATTACTCG
312 TGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCG
* * *
1710 GTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTACACATTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTACA-TTTTTTA-TTAAAA
* * **
1775 TATATTATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACA-TGAAGCAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAG
64 TATATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGAAA-ATTGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * * * *
1839 TCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTGATAATCTCA
126 TCCATTTATAGTCACTAATACCTTTGAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
1904 CAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATT-AA-ATAT-C
190 TAATTGATTTTAAGTTGAAA-TTTTT-ATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTAC
* * * * *
1965 TCT-AGAAACATGAAGCAAAAGACATTCATTAGAG-AA-AAAAGTTCT-TTTATAGTTA-CTCAT
253 TCTGA-AAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATT-G-GCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACCT-AT
*
2025 GCTTTCGAAAG-CATTATTACTCG
313 GCCTTCGAAAGTC-TTATTACTCG
* * * * * *
2048 CTTTAAATGGTTTCATAATCTAACAAGTGATTTTAACTTGAGTTTGTTTACA-TTTTTATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATT-TTTACATTTTTTATTAAAA
* * *
2112 TATATTATAATTGAATGTCCACCTCAGGAAACA-TGAAGCAAAAGCCATTTATTGGCACGAAAAA
64 TATATTATAATTGAATGTCTACCTCA-GAAA-ATTGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAAA
* * * *
2176 GTCCATTTATAGTCACTCAAGT--CTTCGAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTCTATAATC
125 GTCCATTTATAGTCACT-AA-TACCTTTGAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * * *
2239 TCTTAATT-AGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTAAAAACAGATAATATTTGAGTGTT
187 TCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-ATTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
* * * * * * * **
2303 TACATC-GAGAAACGCAAAGAAAAAGCTATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTGACCCGT
250 TAC-TCTGA-AAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAT
* * *
2367 GTCATT-GAAAGCCTCATTACAT-G
313 G-CCTTCGAAAGTCTTATTAC-TCG
* * ** *
2390 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTAAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTACATTTTTTATTAAAA
* * * ** * * * * * **
2455 AAAATAATTTTTGAATGTCTACATTGAGAAACA-TAAAGAAAAATCTATTCATTCTCAAGAAAAG
64 TATATTATAATTGAATGTCTAC-CTCAGAAA-ATTGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * ** * * * *
2519 TCTATTTACAGTTACCCATACCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCA
126 TCCATTTATAGTCACTAATACCTTTGAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * ** * * *
2584 TAATTCATATTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTCA-T
190 TAATTGATTTTAAGTTGA-AATTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACT
* * * *
2648 CTAGAAAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCACA-AAAAGTCTATTTGTAGTCA-CTCAAGC
254 CT-G-AAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATGC
*
2711 CTTC-AAAATCTT-TGTGACTCG
315 CTTCGAAAGTCTTAT-T-ACTCG
* ** * * * * **
2732 CTTTAGATAATTTTATAATCTTATAATTGACTTTAAGTTTCAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGA-ATTTTTACATTTTTTATTAAAA
* * * *** * * * **
2797 CAGATTATAATTGATTGTCTGTGTCA-AGAAATGTGAGGAAAAAGCAATGCATTGATAAGAAAAG
64 TATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGA-AAAT-TGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
** * *
2861 TCCATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAGGCCTTGTTACTTGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTC
126 TCCATTTATAGTCACTAATACCTTTGAAAGCCTTATTAC-T-CATTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
2925 ATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTTTGC
189 ATAATTGATTTTAAGTTGAAATTT-TTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTAC
* * * ******
2990 -CTTGAGAAATGTGAA-AAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTGC-ATTTATAGTCACNNNNNN
253 TC-TGA-AAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCTATGC
************
3052 NNNNNNNNNNNNTATTACTCG
315 CTTCGAAAGTCTTATTACTCG
* * * *
3073 CTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTGTAACATTTTTTATCAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-T-ACATTTTTTATTAAAA
* * * * * * *
3138 CATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACTTGAACGAAAAGCCATTTATTTGCAACAAAAGT
64 TATATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAA-TTGAA-GAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * ** * * *
3203 CCATTTATAGTCACTTATGCTTTTGGTAGTCTTATTACTCACTTTACATAGTTTTATAATCTCAT
127 CCATTTATAGTCACTAATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
3268 AATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTAGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTAC-CT
191 AATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTC-
* * * * *
3332 TGAAAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAAG-AAAGTCTATTTATAGCCA-CTCATGCCTT
255 TG-AAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATGCCTT
* *
3395 TGAAAGCCTTATTACTCG
318 CGAAAGTCTTATTACTCG
** * * * * * **
3413 CGATAGATTGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATGTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTACATTTTTTATTAAAA
* * * * * *
3478 TATATTCTAATTGAATGTTTGCTTTC-GAAAATGTGAAG--AA-TCATTCATTGGTAAGAAAAGT
64 TATATTATAATTGAATGTCTAC-CTCAGAAAAT-TGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * *
3539 CTATTTACAGCCACTTAA-GCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCA
127 CCATTTATAGTCAC-TAATACCTTTGAAAGCCTTATTACTC-ATTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * *
3603 TAACTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTGTGATTAACATATACTATAATTGAATATTTAC-
190 TAATTGATTTTAAGTTGAAA-TTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACT
* * * * * * *
3667 CTTGGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATTCATTAGCACA-AAAAGTCTTATTTGTAGTC-TCTCAAG
254 C-T-GAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTC-TATTTATAGTCACCT-ATG
*
3730 CCTTCGAAAG-CTTTATTACTCA
314 CCTTCGAAAGTC-TTATTACTCG
* * * ******** **
3752 CTATAAATGCTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATNNNNNNNNNNTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT--TTTTACATTTTTTATTAAAA
* * * * ** * * *
3817 AAAATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGTAGAAATAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGT
64 TATATTATAATTGAATGTCTA-CCTCAGAAAATTGAAGAAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
** * ** * * *
3882 CTGTTTATAGTCACCAACGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCACTTCAAATAGTTTTATAATCTCAT
127 CCATTTATAGTCACTAATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
3947 AATTGATTTTAAGT
191 AATTGATTTTAAGT
3961 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2834, Mismatches: 619, Indels: 314
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
336 84 0.03
337 126 0.04
338 225 0.08
339 340 0.12
340 824 0.29
341 570 0.20
342 514 0.18
343 148 0.05
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (335 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTACATTTTTTATTAAAATA
TATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAATTGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACTAATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
ATTTTAAGTTGAAATTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACTCTGAAAA
CGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGTC
TTATTACTCG
Found at i:1573 original size:680 final size:674
Alignment explanation
Indices: 9--3960 Score: 2789
Period size: 680 Copynumber: 5.8 Consensus size: 674
1 ATTACTTA
* * *
9 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTTAAATTTTTTATTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-CTTTT-TTTACA-TTTTTATTAAA
* * * * * * * * **
74 ATATG-CTATAATTGAA-ATTTGCCTCA-AGAA-ATGCAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCATGGA
63 ACA-GATTATAATTGAATATCTACCTCAGAAAACATG--AAGCAAAAGCTATTCATTGACA-AAA
* ** * * * * * * *
135 AAGTCCATTTATAGTAACTTAAACCTTTGAAAACCTTCTTACTCACTGTAAACGCTTTTATAATC
124 AAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTT-AAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATAATC
* * * *
200 TCATAATTGCTTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTAGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
188 TCATAA-TGATTTTAAGTTGAA-ATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTT
* * * *
265 AC-TTGAGAAATGTGAAGAAATAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGT
251 ACATGGAGAAATGTGAAGAAATAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGC
* * * *
329 CTTTGAAAGGCTTATTACTAGTTTTAAATAATTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
316 CTTTGAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* ** *
394 TTTTTACATTTTTGGTT-AAACAGTTTATAATT-ATATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAA
381 TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAATATAATTGA-ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * *
457 GCCATGCTTTGGCA-AAG-AAAGTCCATTTATTGTCACTCATACCTTCGAAGGCCTTATTACTCA
445 GCCATGCATT-G-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
520 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAGGTTAAATTTTTCTACATTTTTGCTTGAAA
508 CTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-TACATTTTTGATT-AAA
* * * *
585 A-ATATTATAATTGAATGTTTGCTTCTG-AAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAGGAAAA
571 ATATATTATAATTGAATGTCT-CAT-AGAAAAACG-AAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AAAAA
* * ** * *
648 GTCCATTTATAGTCACCTAA-ACCAACGAAAGTCTTATTACTCG
632 GTCTATTTATAGTCACCCAAGA-CTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
691 CTTTAAATGGTATTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTT--TAATTTTTATATTTTTTATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGCT-TTTTTTACA-TTTTTATTAAAA
* * * * ** ** * * * *
754 TATATTATAGTTGAATATTTACCTCAGAAAATGTGCTGTAAAAGCTATCCATTGGCACGAAAAGT
64 CAGATTATAATTGAATATCTACCTCAGAAAACATGAAGCAAAAGCTATTCATTGACA-AAAAAGT
** ** * *
819 TTATTTATAGTCACTTAATCCTTTGAAAGCCTTATTACTCA-TTGTAAAT-AGTTTTATAATCTC
128 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTT-AAAGCCTTATTACCCACTT-TAAATGA-TTTTATAATCTC
* * *
882 ATAGTTGATTTTAAGTTGAACATTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTCTTTAC
190 ATA-ATGATTTTAAGTTGAA-ATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTA-
* * *
947 CATGGA-AAATGTGAAGAAATAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCCATGCC
252 CATGGAGAAATGTGAAGAAATAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCC
* * * * *
1011 TTCGAAAGTCTTATTACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAA-TAGAATTT
317 TTTGAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* ** * *
1075 TTTTATATTTTTGGTTAAAATAGAATATAATTGAATGTCTGTCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAG-
382 TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGC
* * * * *
1139 CATGCATTGATAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCTAAGGCCTTTTTACTCGCTTG
447 CATGCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTG
* * * *
1204 AAATGATTTTATAATCTCATAATAGATTTT-AGATTGAATGTTTTTACATTTTT-AGTTCAAATA
512 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAAT-TTTTTACATTTTTGA-TTAAAATA
* * ** * *
1267 GATTATAATTGAATGTCTGCCATGGGAAGCACG-AAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTT
574 TATTATAATTGAATGTCT--CAT-AGAAAAACGAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAAAGTC
* *
1331 TATTTAAAGTCACCCAAGACTTCAAAAGCCTTACTACTCG
635 TATTTATAGTCACCCAAGACTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
1371 TTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTCACTTTCAA-TTGCTTTTTTCTATATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGCTTTTTT-TACATTTTTA-TTAAA
*
1435 ACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAGAAAACATGAAG-AAAAGGCTATTCATTGACAAAAAAG
63 ACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAGAAAACATGAAGCAAAA-GCTATTCATTGACAAAAAAG
* ** *
1499 TCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGGTTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATAATTTCA
127 TCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT-TAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATAATCTCA
* * **** * *
1564 TAATGATTTTAAG-T-AAATTTTTTAATATTGTTGGTGAAAATTTTTTATAATTAAATG-TT-CG
191 TAATGATTTTAAGTTGAAA-TTTTT-ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTAC-
* ** * * ** * * ** * * *
1625 TTTTAGGAAACGTAAAG-CTTAACCCATTCATTGG-AGAGAAAAGTTTATTTATTTTTACTCATA
253 ATGGA-GAAATGTGAAGAAAT-AGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATG
* * * *
1688 CCTTTGAAAGTATTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAT
315 CCTTTGAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
** * * * * *
1753 TTTTACACATTTTTAGTTAAAATATATTATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAA
380 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
* * * * *
1818 GCCATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCT
445 GCCATGCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * *
1883 TTAAATCGTTTGATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATA
510 TGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-ACATTTTTGATTAAAATA
* * * * * *
1948 TATTATAATTAAATATCTC-TAGAAACATG-AAGCAAAAGACATTCATTAGAG-AAAAAAGTTCT
574 TATTATAATTGAATGTCTCATAGAAAAACGAAAGAAAAAGCCATTCATT-G-GCAAAAAAG-TCT
* * * * *
2010 -TTTATAGTTACTCATG-CTTTCGAAAGCATTATTACTCG
636 ATTTATAGTCACCCAAGAC-TTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * * *
2048 CTTTAAATGGTTTCATAATCTAACAAGTGATTTTAACTTGAGTTTGTTTACATTTTTATTAAAAT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-CTTTTTTTACATTTTTATTAAAAC
* * * * * * *
2113 ATATTATAATTGAATGTCCACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTTATTGGCACGAAAAAGT
65 AGATTATAATTGAATATCTACCTCAGAAAACATGAAGCAAAAGCTATTCATT-G-ACAAAAAAGT
* * * * * * *
2178 CCATTTATAGTCACTCAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCTT
128 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTT-TAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
* * * * *
2243 AATTAGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTAAAAACAGATAATATTTGAGTGTTTACAT
192 AATGA-TTTTAAGTTGAA-ATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACAT
* * ** * * * * * * * * * *
2308 CGAGAAACGCAAAGAAAAAGCTATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTGACCCGTGTCATT
255 GGAGAAATGTGAAGAAATAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTT
* * * *
2373 GAAAGCCTCATTACAT-GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTT
320 GAAAGTCTTATTAC-TCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * ** * * * *
2437 TTACATTTTTGG-TAAAAAAAAATAATTTTTGAATGTCTACATTGAGAAACATAAAGAAAAATCT
384 TTACATTTTTGGTTAAAATAGAAT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * * *
2501 ATTCATT-CTCAAGAAAAGTCTATTTACAGTTACCCATACCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTG
448 ATGCATTGAT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTG
* * ** *
2565 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATATTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATA
512 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGATTAAAATATA
* *
2630 TTATAATTGAATGT-TCATCTAGAAAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCACAAAAAGTCTA
576 TTATAATTGAATGTCTCA--TAGAAAAACG-AAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AAAAAGTCTA
* * * * * * *
2694 TTTGTAGTCACTCAAGCCTTCAAAATCTTTGTGACTCG
637 TTTATAGTCACCCAAGACTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* ** * * * * *
2732 CTTTAGATAATTTTATAATCTTATAATTGACTTTAAGTTTCAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGC-TTTTTTTACATTTTT-ATTAAAA
* * *** ** * * * * *
2797 CAGATTATAATTGATTGTCTGTGTCA-AGAAATGTGAGGAAAAAGCAATGCATTGATAAGAAAAG
64 CAGATTATAATTGAATATCTACCTCAGA-AAACATGAAGCAAAAGCTATTCATTGACAA-AAAAG
* * *** *
2861 TCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTTGAAGGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
127 TCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTT-AAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * * * *
2925 ATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTTTGC
190 ATAA-TGATTTTAAGTTGAAATTT-TTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTAC
* * * * *******
2990 CTTGAGAAATGTGAA-AAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTGC-ATTTATAGTCACNNNNNNN
253 ATGGAGAAATGTGAAGAAATAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACCCATGCC
*********** * * *
3053 NNNNNNNNNNNTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATAGATTTTAAGTTGAATTT
317 TTTGAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * ** * * * * * * * *
3118 TGTAACATTTTTTATCAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAACTTGAACG-AAAAG
382 TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAG
** * * ** * * * ** * *
3182 CCATTTATTTG-CAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCTTTTGGTAGTCTTATTACTCACT
446 CCATGCA-TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * * * *
3246 TTACATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTAGGTTAAAATAA
510 TGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGATTAAAATAT
* * * * * * *
3311 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAAGAAAGTCTAT
575 ATTATAATTGAATGTCT-CATAGAAAAAC-GAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAGTCTAT
* * * * **
3376 TTATAGCCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
638 TTATAGTCACCCAAGACTTCAAAAGCCTTATTACTCG
** * * * * **
3413 CGATAGATTGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAC-TTTTTTATATGTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG--CTTTTTTTACAT-TTTTATTAAA
* * * * * * * ** * **
3477 ATATATTCTAATTGAATGTTTGCTTTC-GAAAATGTGAAG---AATC-ATTCATTGGTAAGAAAA
63 ACAGATTATAATTGAATATCTAC-CTCAGAAAACATGAAGCAAAAGCTATTCATTGACAA-AAAA
* * * ** * * * * *
3537 GTCTATTTACAGCCACTTAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTC
126 GTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTT-AAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATAATCTC
* * * * * * * *
3602 ATAACTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTGTGATTAACATATACTATAATTGAATATTTAC
190 ATAA-TGATTTTAAGTTGAAA-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTA-
* * * * * *
3667 CTTGGA-AAATGTGAAGCAAA-AGCCATTCATTAGCACA-AAAAGTCTTATTTGTAGTCTCTCAA
252 CATGGAGAAATGTGAAG-AAATAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTC-TATTTATAGTCACCCAT
* ** * * *
3729 GCCTTCGAAAG-CTTTATTACTCACTATAAATGCTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGA
314 GCCTTTGAAAGTC-TTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
********** * * * *
3793 ATNNNNNNNNNNTTTTGGTTAAAA-AAAATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGTAGAA
378 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGAA-TATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
* * * ** * ** * *
3857 ATAGCCATCCATT-AGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCACCAACGCCTTTGAAAGCTTTATTACT
442 AAAGCCATGCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * *
3921 CACTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
506 CGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
3961 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2599, Mismatches: 563, Indels: 219
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
676 54 0.02
677 225 0.09
678 124 0.05
679 352 0.14
680 710 0.27
681 473 0.18
682 183 0.07
683 209 0.08
684 222 0.09
685 47 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (674 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGCTTTTTTTACATTTTTATTAAAACA
GATTATAATTGAATATCTACCTCAGAAAACATGAAGCAAAAGCTATTCATTGACAAAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATG
ATTTTAAGTTGAAATTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACATGGAGAA
ATGTGAAGAAATAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGT
CTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
TTTGGTTAAAATAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATGCATTG
ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGA
ATGTCTCATAGAAAAACGAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCA
AGACTTCAAAAGCCTTATTACTCG
Found at i:4889 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4656--6752 Score: 1746
Period size: 171 Copynumber: 12.3 Consensus size: 171
4646 TTAGAGAACG
* * * *
4656 TGAAGAAAAAGCTATTGATTTGG-AAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTTGAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * *
4720 TATTACTCGCTTTAAAAGGATTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTCT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTT
* *
4785 TGGTTAAAA-ATATTATAAATAAATGTCTGAATCTGAAAACA
130 TGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGAATCTGAAAACA
* * * * *
4826 TGAAGAATAAGCCATTCATTGGTATGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTT
* * * *
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66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTT
* * *
4956 GGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAAATTTAAAAACA
131 GGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGAATCTGAAAACA
********** * *
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1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTT
* * * * *
5062 ATTACTTGCTTTAAATGATTTTGTAATTTCATAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTTACA-TTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTT
* * * ** *
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131 GGTTAAAATATATTATAATTG-AATGTCTGAATCTGAAAACA
* * * * * *
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1 TGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * **********
5231 TATTAGTCG-TTGTAAATCGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTNNNNNNNNNNTTATTTTACATT
65 TATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTT-TTTTACATT
* * * * * *
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* * * * * * *
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1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGC-CACCCAAGCCTTTGA-AAGCC
** * ********** * *
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* * * **
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128 TTTGGTTAAAATATATTATAATTGA-ATGTCTGAATCTG-AAAACA
* ** * ** * **
5508 TGAAGAAAAAGCCATGCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTT
* * * * *
5573 ATTACACACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTTATTTTAATTTGAA-TTCTTTTACATTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTT-TTTTACATTTT
* * ** *
5637 TGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTTGAAAACA
130 TGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGAATCTGAAAACA
* * ** * ** * **
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1 TGAA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * * * * * *
5743 TATTACTTGTTTTAAATGGTATTATAATCTCATAATTGATTTCAAGATGAATTTTTTTATATTTC
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* * * * **
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* * * *
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1 TGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * *
5914 TTTTACTCGCTTTAAAGGGATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTTACATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTT
* ** *
5978 TGGTTAAAA-ATATTATAAATGAATGTCTGAATCCAAAAACG
130 TGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGAATCTGAAAACA
* ** * *
6019 TGAAGAAAAACCCATTCATTAACAAGAAAAG-CTCATTTATAGCCACCGAAGCCTTTAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGCCACCCAAGCCTTTGAAAGCCT
* * * *
6083 TATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTATATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTT
* * *
6148 TGGTTAAAATATATTAAAATTGAATGTCTAAATCTG-AAATA
130 TGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGAATCTGAAAACA
* *
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1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTT
* * * * **
6254 ATTACTGGTTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATT-ATTTTTAAGTCAAACTTTTTTACATTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTT
* ** * *
6318 TAGTTAAAATATATTATAAACGAATGTTTGAATCTAAAAACA
130 TGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGAATCTGAAAACA
* * * * *
6360 TGAAGAAAAAGCCATTCATGGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAATGCCTT
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTT
* * * * *
6425 ATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGATT-AAATTGCTTTATATTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAACTT-TTTTACATTT
* * * ** * *
6488 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-CTTGCCTC-AACAAATA
129 TTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTC-TGAATCTGA-AAACA
* * * *
6531 TGAAAAAAAAAAGCTATCCATTGGCAAGGAAAAAG--CATTTATA-CTCACCCATGCCTTTGAAA
1 TG--AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-G-AAAAGTCCATTTATAGC-CACCCAAGCCTTTGAAA
* * ** *
6593 GTCTTATTACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATA
61 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACA
* * * *** *
6658 TTTTTTGGTTAAAA-AAATTATAATTAAAAT-TTTTCCT-TTAGAAACA
126 -TTTTTGGTTAAAATATATTATAATT-GAATGTCTGAATCTGA-AAACA
* * *
6704 TAAAGAAAAAGCCATGCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
1 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCA
6753 TTCCTTCAAA
Statistics
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ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTT
GGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGAATCTGAAAACA
Found at i:5314 original size:341 final size:331
Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 5.9 Consensus size: 331
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* *
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*
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** * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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56 AAAGGA-TTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTTACATTCTTGGTTAAA-AATA
* * *
5138 TTATAAATGAAAT-TTTGAATCCAAAAATATGAAGAGA-AAGCCATAT-ATGGGCAAGGAAAGTC
119 TTATAAAT-AAATGTCTGAATCCAAAAACATGAAGA-ATAAGCCAT-TCATGGGCAAGAAAAGTC
* * * * *
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********** * *
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** *
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* * * * * **
5354 ATTGGTAAGAAAAGTGCATGTATA-CTCACTCATGCATTT-AGAAGCCTTATTACTCGCTCCAAA
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* * ********** * * * * *
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* * * * ** ** * * * **
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120 TATAAATAAATGTCTGAATCCAAAAACATGAAGAATAAGCCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATT
* * ** * * * * * * * *
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185 TATAGCCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGATTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *** *
5610 ATTTTAATTTGA-ATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTTGA
250 ATTTTAAGTTGAGCTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTAAATTTAA
*
5674 AAACATGAATGAAAAGTCATTCATTGGC
314 AAACATGAA-G-AAA---A---A--GCC
* ** * ** * ** * * *
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1 AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGAT-TT
* * * * * * *
5766 ATAATCTCATAATTGATTTCAAGA-TGAATTTTTTTATATT-TCTAGTTAAAACAGT-GTATAAT
65 GTAATCTCATAATTGATTTTAA-ATTGAACTTTTTTACATTCT-TGGTTAAAA-A-TATTATAAA
* * * ** * ** *
5828 TGAATGCCT-ACAT-TAGAGGACATGAAGAA-AAACCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTAT
126 TAAATGTCTGA-ATCCA-AAAACATGAAGAATAAGCC-ATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * ** * * *
5890 AGCCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAAGGGA-TTTATAATCTCATAATTGAT
188 AGCCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAA-TGATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * **
5954 TTTAAGTTGA-ATGTTTTACATTTTTGGTT-AAAAATATTATAAATGAATGTCTGAATCCAAAAA
252 TTTAAGTTGAGCTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTAAATTTAAAAA
* *
6017 CGTGAAGAAAAACCCATTCATTAAC
317 CATGAAG-AAAA---A-GC-----C
* * * * *
6042 AAGAAAAG-CTCATTTATAGCCACCGAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTC-CATTTATAGCCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGATTT
* * * * * * *
6106 ATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTA-AAATTG
65 GTAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTTACATTCTTGGTTAAAA-ATATTATAAA-TA
* ** * * * * *
6170 AATGTCTAAAT-CTGAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA
128 AATGTCTGAATCCAAAAACATGAAGAATAAGCCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCA
* * * ** *
6234 CCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTGGTTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATT-ATTTTTAA
193 CTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAA
** * * * * ** * * *
6298 GTCAAACTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAAACGAATGTTTGAATCTAAAAACATGA
257 GTTGAGCTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTAAATTTAAAAACATGA
6363 AGAAAAAGCC
322 AGAAAAAGCC
* * * * *
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1 A---A---G----AAAAGTCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * * * * * *
6438 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATT-AAATTGCTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA
56 AAAGGATTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAACTT-TTTTACATTCTTGGTTAAAA-ATA
* * ** * * * * * *
6502 TTATAATTGAATG-CTTGCCT-CAACAAATATGAAAAAAAAAAGCTATCCATTGGCAAGGAAAAA
119 TTATAAATAAATGTC-TGAATCCAA-AAACATG--AAGAATAAGCCATTCATGGGCAA-G-AAAA
* * * * *
6565 G--CATTTATA-CTCACCCATGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGC-TTCAAATGGTTTTATAATC
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** *
6626 TCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTTGGTT-AAAAAAATTATAATT
241 TCATAATTGATTTTAAGTTGAGCTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAAAAAATTATAATT
6683 AAAATTTTTC
Statistics
Matches: 1290, Mismatches: 275, Indels: 203
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
331 3 0.00
334 1 0.00
335 1 0.00
336 4 0.00
337 2 0.00
338 3 0.00
339 105 0.08
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347 1 0.00
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352 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (331 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGATTTG
TAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTTACATTCTTGGTTAAAAATATTATAAATAAAT
GTCTGAATCCAAAAACATGAAGAATAAGCCATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTC
AAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AGCTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTAAATTTAAAAACATGAAGAA
AAAGCC
Done.