Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401674.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_479.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10793
ACGTcount: A:0.27, C:0.08, G:0.10, T:0.26
Warning! 3135 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4474 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3900--5127 Score: 1231
Period size: 170 Copynumber: 7.2 Consensus size: 169
3890 AAGGCATTCA
* * * *
3900 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTTCTTCAAAAGCGTTATTACTCGCCTTAAATGA
1 TTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
3965 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAATTCTCATTAAAACAAACTATAAT
64 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTCTTATTAAAACAGACTATAAT
* ** * * *
4030 TGAATGCCTGCCTCGAGAAACTTATAGAAAAACCTATTTAT
129 TGAATGCTTGCCTTAAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTAT
* * *
4071 GTGGAACAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
1 TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * *
4136 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTTAC-TTTTTTCATTAAAACATATTATA
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTACATTTCTT-ATTAAAACAGACTATA
* * * * ** *
4200 ATTAAATGTCTAG-GTTAAGAAACATGAAAGAAAAAGGCATTCA-
127 ATTGAATG-CTTGCCTTAAGAAACATG-TAGAAAAACCCATTTAT
* * * *
4243 TAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGG
1 TTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *
4308 TTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTACATTTCTTATTAAAACAGACAATAAT
64 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTCTTATTAAAACAGACTATAAT
* *
4373 TGAATGCTTGCTTTAAGAAACCTGTAGAAAAACCCATTTAT
129 TGAATGCTTGCCTTAAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTAT
* * *
4414 TTGGAAGAAAAGTCCATTTATATTCTCTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
1 TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * *
4479 TTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTCAGA-TTTATACATTT-TTCATTAAAACAGACTATAA
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTCTT-ATTAAAACAGACTATAA
* * *** * *
4542 TTGAATGCCTGCCTCAAGAAGTGTGCAAAAAAACCCATTTAT
128 TTGAATGCTTGCCTTAAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTAT
* * *
4584 TTAGAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCATTTCCTTCAAAAGCC---TTACTCACTTTAAATGAT
1 TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * *
4645 TTTACAATCTCATTATTTATTTTAAGTTTAATTATTTTTA-ATTTTTTTGTTAAAACAGATTATA
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTACA-TTTCTTATTAAAACAGACTATA
* * * * * ** *
4709 ATTCAATG-TCTACGTTAAGAAACGTG-AAAAAAAGGACATTTAC
127 ATTGAATGCT-TGCCTTAAGAAACATGTAGAAAAA-CCCATTTAT
*** * *
4752 TAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
1 TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * *
4817 TTTGTAATCTCATAATTGAATCTAAGTTGAGTTTTTTACATTTCTCATTAAAATAGACTATAATT
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTCTTATTAAAACAGACTATAATT
* * ** * * * *
4882 AAATACTTGCCTCGAGAAACCTATAGAAAAATCTATTTAT
130 GAATGCTTGCCTTAAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTAT
* * * * * * *
4922 TTGGAAGAAAAGTCTATTTATATTCTCCCGTTCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGAT
1 TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * *
4987 TTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATT-AAAGAGACTATAATT
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTCTTATTAAAACAGACTATAATT
* * * *
5051 GAATGCCTGCTTTAAAAAACATGTAGAAAAACTCATTTAT
130 GAATGCTTGCCTTAAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTAT
* * *
5091 TTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTC
1 TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTC
5128 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 864, Mismatches: 162, Indels: 64
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 41 0.05
167 8 0.01
168 64 0.07
169 121 0.14
170 389 0.45
171 61 0.07
172 84 0.10
173 95 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTCTTATTAAAACAGACTATAATTG
AATGCTTGCCTTAAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTAT
Found at i:4803 original size:338 final size:335
Alignment explanation
Indices: 3905--5127 Score: 1200
Period size: 343 Copynumber: 3.6 Consensus size: 335
3895 ATTCATTGGT
* * *
3905 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTT-CTTCAAAAGCGTTATTACTCGCCTTAAATGATTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CC-TTTCCTTCAAAAGC---CTTACTCACTTTAAATGATTTT
* * * * *
3969 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACA-ATTCTCATTAAAACAAACTATAATTG
61 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTA-ATTTTTTTATTAAAACAGACTATAATTG
* ** * * * * * *
4032 AATGCCTGCCTCGAGAAACTTATAGAAAAAC-CTATTTATGTGGAACAAAAATCCATTTATAGTC
125 AATG-CTGCTTTAAGAAACATGTAGAAAAACAC-ATTTATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
*
4096 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
188 ACCTATTCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
4161 GTTCAATTATTTTTACTTTTTTCATTAAAACATATTATAATTAAATGTCTAG-GTTAAGAAACAT
252 GTTC-A-GATTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCT-GCCTCAAGAAACAT
** *
4225 GAAAGAAAAAGGCATTCA--TAGG
314 GAAA-AAAAACCCATTTATTTA-G
* * *
4247 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
1 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-TTCCTTCAAAAGCC---TTACTCACTTTAAATGATTTT
* * * *
4312 ATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAAT-TTTTTACA-TTTCTTATTAAAACAGACAATAATTG
61 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTA-ATTTTTTTATTAAAACAGACTATAATTG
* * * *
4375 AATGCTTGCTTTAAGAAACCTGTAGAAAAACCCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATATTC-
125 AATGC-TGCTTTAAGAAACATGTAGAAAAACACATTTATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* *
4439 TCTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAA
189 CCT-ATTCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * *** *
4504 GTTCAGATTTATACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAGTGTGCA
252 GTTCAGATTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTGCCTCAAGAAACATGAA
4569 AAAAAACCCATTTATTTAG
317 AAAAAACCCATTTATTTAG
*
4588 AAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCATTTCCTTCAAAAGCCTTACTCACTTTAAATGATTTTACAA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-TTTCCTTCAAAAGCCTTACTCACTTTAAATGATTTTATAA
* * * * *
4652 TCTCATTATTTATTTTAAGTTTAATTATTTTTAATTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTCAATG
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA-TATTTTTAATTTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * * * *
4717 TCTACGTTAAGAAACGTG-AAAAAAAGGACATTTACTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
129 -CTGCTTTAAGAAACATGTAGAAAAA-CACATTTATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT
* * * * *
4781 ATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGAATCTAAGTTG
192 ATTCCTTCAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTC
* * * * * * * *
4846 AGTTTTTTACATTTCTCATTAAAATAGACTATAATTAAATACTTGCCTCGAGAAACCT-ATAGAA
256 AGATTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTGCCTCAAGAAACATGA-AAAA
* * *
4910 AAATCTATTTATTTGG
320 AAACCCATTTATTTAG
* * * * * * *
4926 AAGAAAAGTCTATTTATATTCTCCCGTTCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCTTTCCTTCAAAAGC---CTTACTCACTTTAAATGATTTTA
* * *
4991 TAATCTCGTAATTGATTTTAAG-TTAA-ATTTTTTATATTTTTTATT-AAAGAGACTATAATTGA
62 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTAAT-TTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGA
* * * *
5053 ATGCCTGCTTTAAAAAACATGTAGAAAAACTCATTTATTTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTC
126 ATG-CTGCTTTAAGAAACATGTAGAAAAACACATTTATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
5118 CTATTCCTTC
190 CTATTCCTTC
5128 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 737, Mismatches: 116, Indels: 58
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
336 43 0.06
337 11 0.01
338 200 0.27
339 122 0.17
340 40 0.05
341 52 0.07
342 48 0.07
343 220 0.30
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (335 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTTTCCTTCAAAAGCCTTACTCACTTTAAATGATTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTAATTTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCT
GCTTTAAGAAACATGTAGAAAAACACATTTATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTC
CTTCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAGATT
TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTGCCTCAAGAAACATGAAAAAAAACCC
ATTTATTTAG
Found at i:4911 original size:508 final size:508
Alignment explanation
Indices: 3900--5127 Score: 1626
Period size: 508 Copynumber: 2.4 Consensus size: 508
3890 AAGGCATTCA
* * * * *
3900 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTTCTTCAAAAGCGTTATTACTCGCCTTAAATGA
1 TTGG-AAGAAAAGTCCATTTATATTC-TCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * *
3965 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAATTCTCATTAAAACAAACTATAAT
64 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAAT
* * * * * * *
4030 TGAATGCCTGCCTCGAGAAACTTATAGAAAAACCTATTTATGTGGAACAAAAATCCATTTATAGT
128 TGAATGCCTGCCTCAAGAAA-TTGTAGAAAAACCCATTTATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
4095 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
192 CACCCATTCCTTCAAAAGCC-T-TTACTCACTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTA
* * *
4160 AGTTCAATTATTTTTACTTTTTTCATTAAAACATATTATAATTAAATGTCTAGGTTAAGAAACAT
255 AGTTCAATTATTTTTAATTTTTTCATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACGTTAAGAAACAT
* *
4225 GAAAGAAAAAGGCATTCATAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAACCTT
320 GAAAGAAAAAGGCATTCATAGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAACCTT
* * *
4290 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTACATTTCTT
385 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAATCTAAGTTGAATTTTTTACATTTCTC
* * * * *
4355 ATTAAAACAGACAATAATTGAATGCTTGCTTTAAGAAACCTGTAGAAAAACCCATTTAT
450 ATTAAAACAGACAATAATTAAATACTTGCCTCAAGAAACCTATAGAAAAACCCATTTAT
*
4414 TTGGAAGAAAAGTCCATTTATATTCTCTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
1 TTGGAAGAAAAGTCCATTTATATTCTC-CATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* *
4479 TTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTCAGA-TTTATACATTTTTCATTAAAACAGACTATAAT
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-A-ATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAAT
* * *
4543 TGAATGCCTGCCTCAAGAAGTGTGCAAAAAAACCCATTTATTTAGAAGAAAAGTCCA-TTATAGT
128 TGAATGCCTGCCTCAAGAAAT-TGTAGAAAAACCCATTTATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* *
4607 CA-CCATTTCCTTCAAAAGCC-TTACTCACTTTAAATGATTTTACAATCTCATTATTTATTTTAA
192 CACCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTTACTCACTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAA
* ** * *
4670 GTTTAATTATTTTTAATTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTACGTTAAGAAACGTG
256 GTTCAATTATTTTTAATTTTTTCATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACGTTAAGAAACATG
* **
4735 -AA-AAAAAGGACATTTACTA-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAGGCCT
321 AAAGAAAAAGG-CATTCA-TAGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAACCT
* * *
4797 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGAATCTAAGTTGAGTTTTTTACATTTCT
384 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAATCTAAGTTGAATTTTTTACATTTCT
* * * * *
4862 CATTAAAATAGACTATAATTAAATACTTGCCTCGAGAAACCTATAGAAAAATCTATTTAT
449 CATTAAAACAGACAATAATTAAATACTTGCCTCAAGAAACCTATAGAAAAACCCATTTAT
* * *
4922 TTGGAAGAAAAGTCTATTTATATTCTCCCGTTCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGAT
1 TTGGAAGAAAAGTCCATTTATATTCT-CCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAT
* * * *
4987 TTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATTTTTTATT-AAAGAGACTATAATT
65 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATT
* * * * * *
5051 GAATGCCTGCTTTAAAAAACATGTAGAAAAACTCATTTATTTAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
129 GAATGCCTGCCTCAAGAAA-TTGTAGAAAAACCCATTTATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
5116 TCCTATTCCTTC
193 ACCCATTCCTTC
5128 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 625, Mismatches: 78, Indels: 28
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
507 68 0.11
508 270 0.43
509 100 0.16
511 3 0.00
512 26 0.04
513 153 0.24
514 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (508 bp):
TTGGAAGAAAAGTCCATTTATATTCTCCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
ATGCCTGCCTCAAGAAATTGTAGAAAAACCCATTTATTTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
CATTCCTTCAAAAGCCTTTACTCACTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCA
ATTATTTTTAATTTTTTCATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACGTTAAGAAACATGAAAGA
AAAAGGCATTCATAGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAACCTTATTACT
CACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAATCTAAGTTGAATTTTTTACATTTCTCATTAAA
ACAGACAATAATTAAATACTTGCCTCAAGAAACCTATAGAAAAACCCATTTAT
Found at i:8052 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7721--8089 Score: 451
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
7711 NNNNNNNNTT
* *
7721 GAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGACTTTTTCTACATGTCTCTCA
1 GAAGGAATGGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGACTTTTTCTACACGTCTCTCA
* * * * * * * *
7786 AGGCATGCATTCAATTATTGTCTGTTTTAATGAAAAATTTGAAAAACTTCTACTTAAAATCAATT
66 AGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATC
* **
7851 ATGAGATTAGAAAAGCATTTAAGCTAGTAATAA-GATTTAC
131 ATAAGATTAGAAAAGCATTTAAAATAGTAATAAGGATTT-C
* *
7891 GAAGGAATGGAAGACTATAAATGGACTTTTC-TCTCAAATAAATGAGTTTTTCTACACGT-TTTC
1 GAAGGAATGGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAAATAAATGACTTTTTCTACACGTCTCTC
* **
7954 AAGACAGGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGTGAAATGTAAAAAAATTCAAC-TATAAATCAA
65 AAGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA-AAATCAA
* * *
8018 TCATAAGATTATAAAA-CTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTT
129 TCATAAGATTAGAAAAGC-ATTTAAAAT-AGTAATAAGGATTTC
* *
8061 GAAGGAATAGATGACTATAAATGGACTTT
1 GAAGGAATGGAAGACTATAAATGGACTTT
8090 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 23, Indels: 10
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.02
169 76 0.44
170 88 0.51
171 4 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
GAAGGAATGGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGACTTTTTCTACACGTCTCTCA
AGACAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATC
ATAAGATTAGAAAAGCATTTAAAATAGTAATAAGGATTTC
Found at i:9569 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9028--10646 Score: 1441
Period size: 172 Copynumber: 9.5 Consensus size: 171
9018 GGGGCAGGTG
* * * * ** * *
9028 TTCAATTACAGCCTGTTTTAA-CGAAAGATG-TAAAAAATTTTATTTAAAATAAATTATGAGATT
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATGAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
9091 ATACAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTT-T
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** * **
9155 T-TCCAAATAAATGGGTTTTTCTAT-ACGTTTCCTA-AGACAAGA-A
130 TGT-C-AATGAATGCTTTTTTCT-TCATGTTT-CTATAG-GTAGACA
* * * * * * *
9198 TTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAGAAATGTAAAAAATTTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
9263 TAAAACCATTTAAAGAGAATAATAAGGCTTTCGAAGGAATTG-GTGATTATAAATGGAC-TTTGT
66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGAGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * ** * *
9326 TGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCGATGTGGACA
130 TGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTATAGGTAGACA
* * *
9368 TCCAATTATAGTCTGTTTTAA-CTAAAAATGAAAAAACAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGAT
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATGAAAAAA-AATTGAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
9432 AATAAAACCATTTAAAGTGAGCAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGTCTTTTC
64 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
*
9497 TTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTATAGGTAGATA
129 TTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTATAGGTAGACA
* * * * *
9540 TTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATA
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATG-AAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * * *
9605 ATAAAACCATTTAAAATGAGTACTAAGACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * **
9670 TCTCAATAAATG-TCTTTTTCTTTACGTTTCTCA-ACATAGACA
130 TGTCAATGAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCT-ATAGGTAGACA
* * *
9712 TTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CTAATAATGTAAAAACAATTGAACATAAAATCAATTATGAGAT
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATG-AAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** * *
9776 TATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTGAAAAAATAAGAGACTATAAAT-GAATTTCT
64 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTT-T
** *
9840 CTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCGATA--TAGACA
128 CTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCT--ATAGGTAGACA
** * *
9884 TTCAATTATAACCTGTTTTAATTAAGAAA-GTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGAT
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAA-AAATG-AAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
9948 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACCTTTC
64 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
* * *
10013 TTG-CAAATGAATTCTTTTTTTTTCATGTTTCTAGAGGTAGACA
129 TTGTC-AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTATAGGTAGACA
* * * ** *
10056 TTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAA-TCAACTTAAAATTAATTACAAGTTT
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATG-AAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
10120 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
10185 T-CCAAATAAATAGGTTTTTT-TGCATGTTTCCT-GAGGTACACA
130 TGTC-AATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTT-CTATAGGTAGACA
* * * *
10227 TTCAATTACAGTCTGTTTTAA-CAAAAAAT-ATAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-AAAAATGAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
10290 ATAAAACCATTTAAAGCAATTCATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCT
65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** * * *
10355 TCTCAAT-AATTGGGTTTTTC-ACATGTTT-TTTAAGGCA-AGCA
130 TGTCAATGAA-TGCTTTTTTCTTCATGTTTCTAT-AGGTAGA-CA
* * * * *
10396 TTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAGTT-AACTTAAAATCAATTATGAGCTTA
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * * * * * ***
10460 TAAAACGATTTAAAGCGAGTAATAAGAATTTTAAAAGAATGTGTGGCTAGAAAAAAACTTTTCTT
66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * *
10525 G-CTAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGATA--TAGATA
131 GTC-AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTC-T-ATAGGTAGACA
* * * *
10566 TTTAATTATAATCTGTTTTAATCAAAGAA-GTAAAAATAATTGAACTTAAAATTAATTATGAGAT
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAA-AATG-AAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGAT
*
10630 TATAAAACTATTTAAAG
64 TATAAAACCATTTAAAG
10647 TGAATAATTG
Statistics
Matches: 1197, Mismatches: 201, Indels: 100
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 2 0.00
169 144 0.12
170 204 0.17
171 296 0.25
172 532 0.44
173 17 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
GTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTATAGGTAGACA
Done.