Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401681.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4796.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 745
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ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Found at i:511 original size:159 final size:162
Alignment explanation
Indices: 237--961 Score: 471
Period size: 170 Copynumber: 4.3 Consensus size: 162
227 TATTACTCGG
* * * * * * *
237 TTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAATTTTAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAT
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAATTGAA-TTTTTTACA-TTTTGGTAAAAAC
* * * ** * * * ** *
302 ATATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATATAAAACAAAAGCCA-TCATTGGTAATAAAAGT-
63 AAATAATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAAAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTC
* *
365 CACTTA-AG-CC-T-TCGAAAGCCTTATTACACAC
128 CACTTATAGCCCATCTCAAAAACCTTATTACACAC
*
396 TTTAAATAGTTCTT-TAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTGGTAAAAAC
1 TTTAAATAGTT-TTATAATCTCATAATT-GTTTTAAATTGAAT-TTTTTACATTTTGGTAAAAAC
* * * *
460 AAATAATATTTGAGTGTCTGCCTTGAGAAACGTAAAAAAAAAGCTATTCATTGACAGGAAAAGTC
63 AAATAATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAAAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTC
* * **
525 CATTTATAGTCACCCATGCCATTAAAAACCTTATTACATGC
128 CACTTATAG---CCCAT--C-TCAAAAACCTTATTACACAC
566 TTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAATTGAACTTTTTTACATTTATGGTAAAAA
1 TTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATT-GTTTTAAATTGAA-TTTTTTACATTT-TGGTAAAAA
* * * **
630 CAAATAATATTT-AATATCTACCATGAGAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTTTCAAGAAAAGT
62 CAAATAATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAAAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGT
* * ** * *
694 CCATTTACAGCTACCCATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGC
127 CCACTTATAG---CCCAT--C-TCAAAAACCTTATTACACAC
** * *** * * * *
736 TCGAAAT-GATTTTATAATCTGATAATTGATTTTAGGCTAAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAA
1 TTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAATTGAAT-TTTTTACA-TTTTGGTAAAAA
* * * * * * *
800 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATTAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
62 CAAATAATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAAAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGT
* ** * * *
865 CCATTTATAGCGGCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
127 CCACTTATA---GCCCAT--C-TCAAAAACCTTATTACACAC
* * * *
907 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATTTTGTTATATTTT
1 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAATTGAATTTT-TTACATTTT
962 TGATTAAAAT
Statistics
Matches: 459, Mismatches: 79, Indels: 45
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
158 46 0.10
159 53 0.12
160 8 0.02
161 2 0.00
165 2 0.00
166 1 0.00
169 5 0.01
170 198 0.43
171 142 0.31
172 1 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (162 bp):
TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTAAATTGAATTTTTTACATTTTGGTAAAAACAAA
TAATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAAAAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCAC
TTATAGCCCATCTCAAAAACCTTATTACACAC
Found at i:673 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 379--961 Score: 658
Period size: 170 Copynumber: 3.4 Consensus size: 168
369 TAAGCCTTCG
* *
379 AAAGCCTTATTACACACTTTAAAT-AGTTCTT-TAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATGTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TT-TTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATGTT
* * * *
441 TTTACATTTTGGTAAAAACAAATAATATTTGAGTGTCTGCCTTGAGAAACGTAAAAAAAAAGCTA
63 TTTACATTTTGGTAAAAACAAATAATATTT-AATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCTA
*
506 TTCATTGACAGGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATGCCATTA
127 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-CGACCCATGCC-TTA
* * *
549 AAAACCTTATTACAT-GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAATTGAACT-TTT
1 AAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTT
* *
612 TTACATTTATGGTAAAAACAAATAATATTTAATATCTACCATGAGAAACATAAAGAAAAAGCTAT
64 TTACATTT-TGGTAAAAACAAATAATATTTAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCTAT
** * *
677 TCATTTTCAAGAAAAGTCCATTTACAGCTACCCATGCCTTCA
128 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCGACCCATGCCTT-A
* ** * * * *
719 AAAGTCTTATTACTCGCTCGAAATGATTTTATAATCTGATAATTGATTTTAGGCTAAATGTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTT
* * * * * * * * *
784 ATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATTAAGAAAAAGCCATT
66 ACA-TTTTGGTAAAAACAAATAAT-ATTTAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCTATT
* *
849 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCGGCCCATGCCTTTG
129 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCGACCCATGCC-TTA
* *
890 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAAT-TTTGT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTT-T
*
954 TATATTTT
65 TACATTTT
962 TGATTAAAAT
Statistics
Matches: 348, Mismatches: 51, Indels: 28
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.02
170 192 0.55
171 147 0.42
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTT
ACATTTTGGTAAAAACAAATAATATTTAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCTATTCA
TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCGACCCATGCCTTA
Found at i:870 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 372--1243 Score: 717
Period size: 171 Copynumber: 5.1 Consensus size: 169
362 AGTCACTTAA
* * *
372 GCCTTCGAAAGCCTTATTACACACTTTAAAT-AGTTCTT-TAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTT
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TT-TTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTT
* * * * * * * * * * *
434 GAATGTTTTTACA-TTTTGGTAAAAACAAATAATATTTGAGTGTCTGCCTTGAGAAACGTAAAAA
63 AAAT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGA
*
498 AAAAGCTATTCATTGACAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
127 AAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT-ACCCAT
* * *
542 GCCATT-AAAAACCTTATTACAT-GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAATTG
1 GCC-TTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-
* * * * * * * * * *
605 AACTTTTTTACATTTATGGTAAAAACAAATAAT-ATTTAATATCTACCATGAGAAACATAAAGAA
63 AAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAA
** *
669 AAAGCTATTCATTTTCAAGAAAAGTCCATTTACAGCTACCCAT
128 AAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-TACCCAT
* ** * * *
712 GCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTCGAAATGATTTTATAATCTGATAATTGATTTTAGGCTAAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* *
777 TGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATTAAGAAAA
66 T-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAA
* **
842 AGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCGGCCCAT
130 AGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-TACCCAT
** * * *
883 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * * ** * *
948 TTTTGTTATATTTTT-GATTAAAATATATTATAATTAAACGTCTTTC-TAGGAAAACGTAAAGCA
66 TTTT-TTATATTTTTAG-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATAAAG-A
** * * * *
1011 AAAA-CTAGCCATTGGCACA-AAAAGTTCATTTATAGTTACTCAA
127 AAAAGCTATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAG-TACCCAT
* * * * * * *
1054 ACCTTCAAAATCATTGTTACTCTCTTTAGAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTA
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
* * *** * * * *
1118 ATTTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGTGTCAGGAAACATGAGGAAA
65 ATTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAA
* * * *
1182 AAGCAATGCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAT
129 AAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT-ACCCAT
* * *
1224 ACCTTCGAAAGCTTTATTAC
1 GCCTTCAAAAGCCTTATTAC
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 111, Indels: 48
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 15 0.03
170 270 0.48
171 276 0.49
172 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAA
GCTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTACCCAT
Found at i:1126 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 373--1243 Score: 879
Period size: 341 Copynumber: 2.6 Consensus size: 341
363 GTCACTTAAG
* * * * *
373 CCTTCGAAAGCCTTATTACACACTTTAAATAGTTCTT-TAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGA
1 CCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT-TTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAA
* * * * * * * * * *
436 ATGTTTTTACA-TTTTGGTAAAAACAAATAATATTTGAGTGTCTGCCTTGAGAAACGTAAAAAAA
64 ATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATAAAGAAA
* * * * *
500 AAGCTATTCATTGACAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCATTAAAAACCTTATTACATG
129 AAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACATG
* * *
565 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAATTGAACTTTTTTACATTTATGGTAAAAA
194 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATATTAAATTGAACTTTTTTACATTTATGATAAAAA
* * ** **
630 CAAATAATATTTAATATCTACCATGAGAAACATAAAGAAAAAGCTATTCATTTTCAAGAAAAGTC
259 CAAATAATAATTAATATCTACCAGGAGAAACATAAAGAAAAAGCTAGCCATTGGCAAGAAAAGTC
**
695 CATTTACAGCTACCCATG
324 CATTTACAGCTACCCAAA
** * * *
713 CCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTCGAAAT-GATTTTATAATCTGATAATTGATTTTAGGCTAAA
1 CCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* *
777 TGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATTAAGAAAA
65 TGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATAAAGAAAA
* *
842 AGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-CGGCCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-TC
130 AGCAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACAT-
* * * * *
905 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAA-TTTTGTTATATTTTTGATTAA
193 GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATATTAAATTGAACTTTT-TTACATTTATGATAAA
* * * * * *
969 AATATATTATAATTAA-ACGTCTTTCTAGGA-AAACGTAAAGCAAAAA-CTAGCCATTGGCACA-
257 AACAAATAATAATTAATA--TC-TACCAGGAGAAACATAAAG-AAAAAGCTAGCCATTGGCA-AG
* * * *
1030 AAAAGTTCATTTATAGTTACTCAAA
317 AAAAGTCCATTTACAGCTACCCAAA
* * * *
1055 CCTTCAAAA-TCATTGTTACTCTCTTTAGATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAA
1 CCTTCAAAAGTC-TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
* ** * * * *
1119 T-TTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGTGTCAGGAAACATGAGGAAA
65 TGTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATAAAGAAA
* * * * * *
1182 AAGCAATGCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCTTTATTAC
129 AAGCAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
Statistics
Matches: 436, Mismatches: 79, Indels: 31
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.01
340 63 0.14
341 261 0.60
342 97 0.22
343 12 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
CCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
GTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATAAAGAAAAA
GCAATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACATGCT
TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATATTAAATTGAACTTTTTTACATTTATGATAAAAACA
AATAATAATTAATATCTACCAGGAGAAACATAAAGAAAAAGCTAGCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTTACAGCTACCCAAA
Found at i:1211 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 373--1243 Score: 545
Period size: 170 Copynumber: 5.1 Consensus size: 168
363 GTCACTTAAG
* * * * *
373 CCTTCGAAAGCCTTATTACACACTTTAAATAGTTCTT-TAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGA
1 CCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTT-TTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAA
* * * * * * * * **
436 ATGTTTTTACATTTTGGTA--AAAACAAATAATATTTGAGTGTCTGCCTTGA-GAAACGTAAAAA
64 AT-TTTTTATATTTT-TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT---TTCAGGAAACATAAGGA
* * * * * **
498 AAAAGCTATTCATTGACAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
124 AAAAGCAATGCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTGACCCAAA
* * * *
543 CCATT-AAAAACCTTATTACAT-GCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAATTG
1 CC-TTCAAAAGCATTATTAC-TCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-
* * * ** * * * * * ** *
605 AACTTTTTTACATTTATGGTAAAAACAAATAAT-ATTTAATATCTACCATGAGAAACATAAAGAA
62 AAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTTCA-G-GAAACATAAGGAA
* * ** * * **
669 AAAGCTATTCATTTTCAAGAAAAGTCCATTTACAGCT-ACCCATG
125 AAAGCAATGCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAG-TGACCCAAA
** * * *
713 CCTTCAAAAGTC-TTATTACTCGCTCGAAAT-GATTTTATAATCTGATAATTGATTTTAGGCTAA
1 CCTTCAAAAG-CATTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
*
776 ATGTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATTAA-G
64 AT-TTTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT---TTCAGGAAACA-TAAGG
* * * * * **
838 AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCGGCCCATG
123 AAAAAGCAATGCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTGACCCAAA
** * * * *
884 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * * * * * *
949 TTTGTTATATTTTTGATTAAAATATATTATAATTAAACGTCTTTCTAGGAAAACGTAAAGCAAAA
66 TTT-TTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTTC-AGG-AAACAT-AAGGAAAA
* * * *
1014 A-CTA-GCCATTGGCACA-AAAAGTTCATTTATAGTTACTCAAA
127 AGCAATG-CATTGACA-AGAAAAGTTCATTTATAGTGACCCAAA
* * * * *
1055 CCTTCAAAATCATTGTTACTCTCTTTAGATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAAT
1 CCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* *
1120 TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTGTGTCAGGAAACATGAGGAAAAAG
66 TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-T-TCAGGAAACATAAGGAAAAAG
* * *
1185 CAATGCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATA
129 CAATGCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTGACCCAAA
* *
1225 CCTTCGAAAGCTTTATTAC
1 CCTTCAAAAGCATTATTAC
Statistics
Matches: 554, Mismatches: 108, Indels: 78
0.75 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 2 0.00
169 20 0.04
170 265 0.48
171 248 0.45
172 17 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
CCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
TTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTTCAGGAAACATAAGGAAAAAGCA
ATGCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTGACCCAAA
Done.