Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_018401685.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_480.0, whole genome shotgun sequence

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Warning! 658 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:290 original size:171 final size:171

Alignment explanation

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* * 8737 CTTTTCTTGACAGTGAAAGGCTTTTTCTTCCCCT-TTTTC-GAGATAAACATTCAAATATTATTT 1 CTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTT--CATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATAT * * * * * * * 8800 GTTCTAATAAAAAATGTAAAACAATTAAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAA 64 ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA * * * 8865 ACGAGTAATAAGGATTTCAAAGACTTAAGTGACTATAAATGGA 129 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGA * * * * ** * * * 8908 CTTTCCTTACTAATGGATAACTTTTGCTTCAAATTTCGC-AAGGCAGACATTTAATTACAATATA 1 CTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAATTATAATATA * * * * 8972 TTTTAACAAAAAATGTAAAATAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAT 65 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG * * * * * ** * * 9037 TGAGTAAAAAGGGTTTTGAACG-CATGGGTGACTATAGATCGA 130 CGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACTTAAGTGACTATAAATGGA * * * * * * * * * 9079 CTTTTCTTACTAATGAAT-AGCTTTTTCTTCTCAT-TTT-TTAAGGTAAACATTCAAATATTATG 1 CTTTTCTTGCCAATGGATGA-CTTTTGC-T-TCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATA * * ********** * 9141 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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 66 TTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC ***************************************** 13119 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 131 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGA ************************************************* * ** 13160 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAAAGCAAGTAATA- 1 CTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAA-TTA-TAATAT * * * * * ****** ** * * * * * * ** 13224 A--GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA--T-GCATGACTTTTGCCTCTTGTTTCCTAAGGC 64 ATTTTAACAAAAAATGTA-AAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATG-----AGATT-ATAAAAC * * ** * * ** * * * ** 13284 AAGTATTCAA-TTA-TAATATA---TTT-TAATA-AAAAAT-ATTAAAAAATTTAA 121 CA-T-TTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACT-ATAAA-TGGA *** **** * ** * ** ** * 13332 CTTAAAATTAATTATGAGATTA-TAAAAT-CATTTAAAGTGACTAATAAGGCTCTTAAACGCATG 1 CTT-TTCTTGCCAATG-GATGACT--TTTGC--TT-CA-TGTTTCCTAAGG----TAGA--CAT- * * ** * * *** * * * 13395 GGT-GACTATAGATGGACTTTTCTTACAAATGAATAGCTTTTTCCTCACAATTCTTAGCGTAGAC 51 --TCAATTATA-AT--ATATTT-TAACAAA--AA-A----TGT-AAAAAAATTC--AACTTA-A- * ** * ** * * ** * 13459 ATTCAAATATTATCTG-TTTTAGCAAAAAATGT-AA--GA-AAACTTAA--C-TTAAAATGAATT 98 AATC--A-ATTATGAGATTATA--AAACCATTTAAAGCGAGTAA--TAAGGCTTTCGAA-GACTT * * * 13516 ATGAGATTATAAA---A 155 AAGTGACTATAAATGGA ** ** * * * *** ** * * 13530 CCGTTTAAATTGAGTAAT--AAGGCTTTTGACGACTT-AAG-CAACTATAAATGGACTTTTC--T 1 -C-TTT-TCTTG-CCAATGGATGACTTTT---G-CTTCATGTTTCCTA-AGGTAGAC-ATTCAAT * * * **** * * * 13589 TCCTAATGGATGACTTTT-GCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAA-TTACAATAT-ATTTTA 56 T-ATAAT--AT-A-TTTTAAC--AAAAAAT-GTAA---AAAAATTCAACTTA-AA-ATCA-ATT- ** * * * * **** * * * ** * * * 13651 AAAAAAATACTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAAT 106 ATGAGATTA-TAAAACCATTTAA-AGCGAGT-AA-TAAG-GCTT-TCGAA-GACTT-AAGTGACT 13715 AATAAA--G- 163 -ATAAATGGA *** * *** * ** * * *** * 13722 C-TTTCGAACGC-ATGGGTGACTACAGATGGACT-TTTCTTATCA-AT-GA-ATGGTTTTTTCCT 1 CTTTTCTTGC-CAATGGATGACTTTTGCTTCA-TGTTTCCTA--AGGTAGACAT--TCAATT-AT * ** *** * * * * * ** * * * * * * 13781 CACGT-TTTCCTATGTAGACAT-TCAAATATTATCTGCTT-TAACCAA--A-AATATAAAAAAAC 59 AATATATTT--TAACAAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC * * * * * ** * * * 13840 TTAACTTAAA---ATTAATTATGAGATTATATAACTATTTAAAGTGAGTA-ATAA-GG- 121 --CATTTAAAGCGAGTAA-TAAG-GCTT-TCGAA-GACTT-AAGTGACTATA-AATGGA *** * * * * * * * 13893 CTTTTGAAGACTTAA--G-TGACTCTAAATAGACTT-TTCTTTCC-AATGCATGACTTTTGCTTT 1 CTTTTCTTG-C-CAATGGATGACT-T---TTG-CTTCATGTTTCCTAAGGTA-GAC-ATT-C--- * * * * * 13953 ATGTTTCCTGAAGCAGCT-TTCAATTCAAAAATATTTTAACAAGAAATGTAAAAAAATTTAACTT 53 A--ATT-AT-AA-TA--TATT---TT-AAC---------A-AA-AAATGTAAAAAAATTCAACTT * * * * * ** * ** * 14017 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAACTCATGGGCGA 96 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGA * * 14082 CTATAGATGAA 161 CTATAAATGGA * * * * * * ** ** * * * ** * 14093 CTTTTCTTACCAACGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCC-AATATAGGCATTCAAATATCACCTGT 1 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ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA * * * ** * * * 14558 GCGAGTAATAAGGCTTTCGGAGGCATGGGTAACTACAGATGGA 129 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGA * ** * * * * * * * 14601 CTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCCCT-ATGTAGACATTCAAATATTATCTG 1 CTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTT-CCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATA * * ** * 14665 TTTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAATGCCATTAAAAG 65 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG * * * * 14730 CAAGTAATAAGGATTTCAAAGACTTAAGCGACTATAAATGGA 130 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGA ** * * * * 14772 CTTTTCTTATCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGTTAGACATTCAATTATAATATAT 1 CTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATATAT * * * * * ** 14837 TTT-A-AAAATATATAAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATTAGATTACAAAATTATTTAAAG 66 TTTAACAAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG * * ** ** * * * 14900 CGAGTAATAAGACTTTCGAACAAATGGGTGACTAGAGATGAA 130 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GTTTTAATTAACAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAAGCGATTATAAAACTTTTTAA 64 ATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA * * * ** * 18989 ACCGAGTAATATGGCTTT-TAA-ACTCATGGGTGACTATAGATGGA 128 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACT--TAAGTGACTATAAATGGA * ** * * * * * * 19033 CTTTTCTTGCCAATGAAT-AGCTTTCT-CTTCCCGTTTCTTCAA-GTAGACAATCAAATGTTATC 1 CTTTTCTTGCCAATGGATGA-CTTT-TGCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATA * * * * 19095 TGTTTTAATAAAAAA--TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATACAACCATTTAA 63 TATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA * * ** * * 19158 AGCGATTAATAAGGCTTTCGAATG-CATGGGTGACTATAGATGTA 128 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACTTAAGTGACTATAAATGGA * * * * * * * * * 19202 CTTTT-TATGCCAATGAATGGCTGTTT-CTTTCCT-TTT-TTGAGGTAGATATTCAAATATTATC 1 CTTTTCT-TGCCAATGGATGACT-TTTGC-TTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATA * * * 19263 TGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAA 63 TATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA * * * * * ** 19327 AGCGAGTAATAAGGCATTCGAACG-CATGAGTGACCATAGACAGA 128 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACTTAAGTGACTATAAATGGA * ** * * * * * ** * * * 19371 CTTTT-TTTCCTAATAAAT-ATATTTTTCTTCACGTTTCTTGATATAGACAATCAAATAGT-ATC 1 CTTTTCTTGCC-AATGGATGA-CTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTA-TAATA * * * * * * * * 19433 TGTTTTAACTAGAAATGT-AAAAAATTCAGCTTAAAAGCAATAAAGAGATAATAAAACCATTTAA 63 TATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA * * * * * 19497 AGCGAGTAATTAGGTTTTCAAATG-CAT-GGATGACTATAAATGGA 128 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACTTAAG-TGACTATAAATGGA * * * * *** * * * * * * 19541 CTTTTATTGACAATGAAT-AGCTTTTTCTTCCCATTT-CTCGAGATAGATATTCAAATATTATCT 1 CTTTTCTTGCCAATGGATGA-CTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATAT * * * * ** 19604 GTTTTAACAAAAACTGTAAAACAATTCAACTTACAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTTAAA 64 ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA * ** 19669 GCGAGTAGTAAGAATTTC-AAGGACTTAAGTGACTATAAATGGA 129 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACTTAAGTGACTATAAATGGA * * * * * * * * 19712 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Indices: 13225--22756 Score: 7041 Period size: 341 Copynumber: 28.0 Consensus size: 341 13215 CAAGTAATAA * * * * * * * 13225 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT-CAATGCATGACTTTTGCCTCTTGTTTCCTAAGGCA-AGT 1 GTGACTATAGATGGACTTTTCTT-TCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA-C * * * * * * * * 13288 ATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATTAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATT 64 ATTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT * * * 13353 ATAAAATCATTTAAAGTGACTAATAAGGCTCTT-AAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTC 128 ATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTC * * * ** * 13417 TTACAAATGAATAGCTTTTTCCTCAC-AATT-CTTAGCGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTA 191 TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCTAAG-GTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTA * * * * ** ** 13480 GCAAAAAATGTAAGAAAACTT-AACTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAATTGAG 255 ACAAAAAATATAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG * * * ** 13544 TAATAAGGCTTTTGACGACTTAA 319 TAATAAGGCTTTCGAAGACATGG ** * * * * * 13567 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14779 TATCAATGGATGACTTTTGCTTCACG-TTTCTTGAGTTAGACATTCAATTATAATATATTTT-A- 192 TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAAC * * * * * 14841 AAAATATATAAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATTAGATTACAAAATTATTTAAAGCGAGTA 257 AAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA * * * 14906 ATAAGACTTTCGAACAAATGG 321 ATAAGGCTTTCGAAGACATGG * * * ** * 14927 GTGACTAGAGATGAACTTTTCTTGTCC-ATGAATGGCTTTTTCTTC-TCGTTTTTTTAGGTAGAC 1 GTGACTATAGATGGACTTTTCTT-TCCAATGAATGACTTTTTCTTCAT-GTTTCCTAAGGTAGAC * * * * 14990 TTTCAAATATTATTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATT 64 ATTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT * ** ** * ** * * * 15055 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAAAACTTAAGCGACTATACATGGACTTTTGT 128 ATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCT * * * * * * * * * * * * * * * 15120 TACGAATGGATGACCTTTGCCTCATG-TTGCCCAAGGCAGACGTTCAATTATAATATATTTTAAC 192 TACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAAC * * 15184 AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGCGAGTAA 257 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA * * ** 15249 TAAGGCTTACAAAGGTATGG 322 TAAGGCTTTCGAAGACATGG * * ** * * ** * 15269 TTCACTATAGATGGACTTTTCTTGT-TGATAAATGATTTTTTCTTCACATTTGCCT-ATGTAGAC 1 GTGACTATAGATGGACTTTTCTT-TCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-CCTAAGGTAGAC * * * * * * 15332 AGTCAAATATTATTTGTTTTTACCAAAAAGAT-AAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGAT 64 ATTCAAATATTATCTG-TTTTAACAAAAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT * * * * ** * * * 15396 TATAAAGTCATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTCGAA-GACTTAAGTGATTATAAATAGACTTTT 127 TATAAA-ACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACG-CATGGGTGACTATAGATGGACTTTT ** * * * * * * * * * * * 15460 CTTGTCAATGGATGAG-TTTTGCCTCACG-TTTCTTAAGGAAGACATTCAATTCTAATATATATT 190 CTTACCAATGAATG-GCTTTTTCTTCACGTTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTT * * * * * * ** 15523 GACAAAAAATATAAAAAATTTCAATTTAAAATCAATGATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAG 254 AACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG * * 15588 TAATAAGGCTTTCCAACACATGG 319 TAATAAGGCTTTCGAAGACATGG * * * ** * * * 15611 GTGACTATAGATGAAGTTTTCTTAT-CAATGAATGGCTTGGTCTTC-TCGTTT-CTTAGAGAAAA 1 GTGACTATAGATGGACTTTTCTT-TCCAATGAATGACTTTTTCTTCAT-GTTTCCTAAG-GTAGA * * * * * 15673 CATTTAAATATTATCTGTTTAAATAAAAAATATAAAAAAATAT-AACTTAAAATTAATTATGAGA 63 CATTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGA * * * * * * 15737 TTATAAAACCATTTAAAGCTATTAATAAGGCTTTCAAACACATGAGTGACTATAG-TAGACTTTT 126 TTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTT * * * * * * * * * 15801 TTTGCAAATGAATGTCTTTATCTTTATGTTTCTCGATATA--TA-A-ATTCAAATATTATCTATT 190 CTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TC-CTA-AGGTAGACATTCAAATATTATCTGTT * * * * 15862 TTAATAAAAAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAGTAAGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG 252 TTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG ** * 15926 AACAATAAGGCTTTCGAATG-GATGG 317 AGTAATAAGGCTTTCGAA-GACATGG * * * * ** * 15951 GTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGCTTTTTTCTTCCT-TTTTTTGAGGTAGACA 1 GTGACTATAGATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGAC-TTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACA * * * * 16015 TTCAAATATTATCTGTTTTAACCAAAAAA-GTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAAATATGAAATT 65 TTCAAATATTATCTGTTTTAA-CAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT * * * 16079 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACACATGGGTGTCTATATATGGACTTTTC- 128 ATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCT * *** * * * * 16143 TAGCTAATGAACATCTTTTTCTTCACGTTTT-CTAATGTATACATTCAAATATTTTCTGTTTTAG 192 TA-CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAA * * * * * * * 16207 CCATAAATGTAAAAAATTTTAACTTAAAATTAAATATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGT 256 CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGT * 16271 AATAAGGCTTTCGAACACATGG 320 AATAAGGCTTTCGAAGACATGG * * * * * 16293 GTGACTATATATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAATGTAGACAT 1 GTGACTATAGATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACAT * * * * 16358 TCAAATATTATCTGTTTTGATC-AAAAATTTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTAT 66 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ATAAAACCATTGAAAGCAAGTGATAAGGATTTCGAA-GACTTAAGTGGGTATAAATAGACTTTTC 128 ATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACG-CATGGGTGACTATAGATGGACTTTTC * ** * * * * * 16825 TTACCAATGGATAACTTTTGCCTCATG-TTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATATTA--TATTTT 191 TTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCTAAGGTAGACATTCAA--ATATTATCTGTTTT * * * 16887 AA-AAAAAGTA-AAAAAAAAT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG 254 AACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG * * 16949 TAATAAGGCATTCGAATGA-ATGA 319 TAATAAGGCTTTCGAA-GACATGG ** ** * 16972 GTGACTATAGATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGACTTTTTCTTC-TCGTTTTTTGAGGT-GAAC 1 GTGACTATAGATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGACTTTTTCTTCAT-GTTTCCTAAGGTAG-AC * ** 17035 ATTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATGCAAAACAATTCAACTTAAAATCAACCATGAGATT 64 ATTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT * * * * * * * * * 17100 ATAAAACCTTTTAAAGTGAATAATAAGGATTTTGAA-GACTTAAGCT-ACTATAAATGGACTTTT 128 ATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACG-CAT-GGGTGACTATAGATGGACTTTT * * * * * * * 17163 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17571 AAAAAACAT--AAAAATTTAACTTAAAATCAAGTAAGATATTATAAAACTGTTTAAAGTGAGCAA 257 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA 17634 TAAGGC-TTCGAATG-CATGG 322 TAAGGCTTTCGAA-GACATGG * * 17653 GTGACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCTCAT-TTT--TGAGGTAGAC 1 GTGACTATAGATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGACTTTTTC-T-TCATGTTTCCTAAGGTAGAC * * * 17715 ATTCAAATATTATCTGCTTCAACGAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT 64 ATTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT ** * * * * * 17780 ATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAATGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT 128 ATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCT * * * * * ** * * 17845 TGCTAATGAGCAT--CTTTTTCTTCACGTTTCCCT-ATGTAAATGTTCAAAAATTATCTATTTTA 192 TACCAATGA--ATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTA * * * * * * * 17907 ATCAAAAAA-GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAAGAAATTATACAACCATTTAAAGTGAG 255 A-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG * * 17971 TAATAAAGCTTTCGAATG-TATGG 319 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* 18397 ATCAAATATTATCAGTTGTAATTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAAAAAATTA 65 TTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA * * ** * * * * 18462 TAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAATCTTTCAAATGCATGGGTGACTATAGATAGACTTTCCTT 129 TAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTT ** * * * * * ** 18527 ATGAATGAAAGGCTTTTTCTTTC-CATTTTTC-GAGGTAGGCATTCAAATATTATCCATTTTAAC 193 ACCAATGAATGGCTTTTTC-TTCACGTTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAAC * ********** * * 18590 AAAAAATGTAANNNNNNNNNNCCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA 257 AAAAAATATAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTA * * 18655 ATAAGGCTTCCG-AGCATATGG 321 ATAAGGCTTTCGAAG-ACATGG * * * * 18676 GTGACTATAGATAGACTTTT-TTTGCTAATGAAT-ATCTTTTT-TCTCATGTTTCCCAATGTAGA 1 GTGACTATAGATGGACTTTTCTTT-CCAATGAATGA-CTTTTTCT-TCATGTTTCCTAAGGTAGA * * * * 18738 CATTCAAATGTTATATGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTAAGAGAT 63 CATTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT * * * * * * 18802 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Indices: 50--22756 Score: 11800 Period size: 342 Copynumber: 66.3 Consensus size: 341 40 AATGTAGATG * * 50 TTCAAATATTAT-TAGTGTTAACAAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAAATCAATTATGAGAT 1 TTCAAATATTATCTA-TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGAT * * * **** * * * 114 TATAAAACCATCTAAAGCGAGTAAT-AGGCTTTCGAACACTTAAACGACTATAAATAGACTTATC 64 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAGATGGACTTTTC * * * * * * * * * * 178 TTGCCAATGGATAACTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACTTTCAATTATAATATATTTTAAT 129 TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAA- * * * * * * * ** 243 GAAAAAATGTGAAATAATTCAATTTAAAATCTATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTCTA 193 -CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA * * * * * * ** *** 308 ACAAGGCTTCCGTAGGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTAATAATGAATACCTTTTTCTT 257 ATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTT * * * ** * 373 CAT-ATTTCATGATATAAACAA 322 C-TCGTTTCTTAAGGTAGAC-A * * * 394 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* * * 3602 TGTCAATGGATAACTTTTGCTTCATG-TTCTTTAAGGTGGATATTCAATTATAATATATTTCAAC 130 TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTC-CTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAA- * * ** * * 3666 CAAAAATGTAAAAAAGTTTAACAAAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA 193 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAA * ** ** ** * * * 3731 TAAGGCTTAT-GAA-GACTTAAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGGAT-ATCTTTTGC 258 TAAGGCTT-TCGAACG-CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGT-TTTTTC * * * 3793 TT-TATGTTTCCTGAGGTAGACA 320 TTCT-CGTTTCTTAAGGTAGACA * * * * * * * * * 3815 TTCAATTATAATATATTTCAACCAAAAATGCAAAAAAGTTCAGCTTAAAATCAATTATAAGATTA 1 TTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA * * * * * * ** * * 3880 GAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTAAGTGACTATAAATGGA-TATCTCT 66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAGATGGACT-TTTCT ** * * * * * * * * * * 3944 TATCAACGGAA-GACTTTTACTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAGC 130 TGCCAA-TGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAAC * * * * * * * * 4008 AAAAAATATAAAAATACTT-AACTTAAAATAAATTATTAGACTATAAAATAATTGAAAGCGACTA 194 -AAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA * * * * * * * * ** 4072 ATAAGGCTTTCAAATGCATGGGTGATTATAGATAGACTTTTTTTTCTAATGAATGACTTTTTCTT 257 ATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTT * * 4137 CTCATTTTTTAAGGTAGACA 322 CTCGTTTCTTAAGGTAGACA * * * * 4157 TTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAAGTAAATTATGAGATTA 1 TTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA * * * 4222 GAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAACG-CATAGGTGACTATAGATGGACTTTTCT 66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCT * * ** * ** * 4286 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTGTCATTTTTTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACA 130 TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAAC- ******************** * * 4351 AAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA 194 AAAAA--TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA * * * * * 4416 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-TCACGTTTCTTGAGGCAAACA 320 TTCTCGTTTCTTAAGGTAGACA ** * * ** * ** * * 4839 TTCAGTTATAAAACTA-TTT-A-AAATGA-GTAATAAGGTT----TTCAAA-C-A-TATGGGTGA 1 TTCAAATAT-TATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT--GAGA * *** * * * * * * * 4893 TTATAGATAGA-CTTTTCCTGCCAATGAAT--GTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAT--GTAAAC- 63 TTATA-A-A-ACCATTTAAAGCGAGT-AATAAGGC--TTTC--GAAG----AC-ATGGGT-GACT * ** * *** ** * * * 4952 ATTCAAATATTATCTGTTTAAAAAAAATATATAAAAAAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCCTGAT 114 A-T-AGAT-GGA-CT-TTT-------CT-TGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTTCCTAAG * * * * * * 5016 ATAGACATTCAAATATTATCAGTTTTATCTAAAAATCTAAAAAAATTCAACATAAAATCTATTAT 165 GTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT * * * ** * 5081 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTGTCCAA-GACTTAAGCGACTATAAATGG 229 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCGAACG-CATGGGTGACTATAAATGG * * * ** * * * * 5144 ACTTATCTTGCCAATAAATAATTTTTGCTT-TACGTTTCTCAAGGCAGACT 292 ACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTCT-CGTTTCTTAAGGTAGACA ** * * * * * 5194 TTCAGCTATAATATATTTTAACAAAAAATGCAAAACAATTCAACTTAAAATCTATTATGAGATTA 1 TTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA * * * * ** * * * 5259 TAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAAGCATTCTG-AGGCATAAGTGGCTATAGTTAGACTTTTCT 66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGACATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCT * * * * * * 5323 TGACAATGAATAACTTTTTCTTCACATTTCCTGACGTAGACACTCAAATATTATCTGTTTTAAAC 130 TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTT-AAC * * * 5388 AAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAATCATTTAAAACTAGTAAT 194 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT * ** * * * *** * 5452 AAGGCTTTCGAA-GACTTAAGCGACTATCAATGGACTTTTCCTACCAAT-AGATGACCTTTGCTG 259 AAGGCTTTCGAACG-CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATGGTTTTTTCT- * * * 5515 T-ACGTTTCTCAAGGCT-GCCA 321 TCTCGTTTCTTAAGG-TAGACA * * * * 5535 TTCTATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAGTT-AACTTAAAATCAATTATGAGAT 1 TTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT * * ** * 5599 TATAAAACCATGTAAAGCGACTAATATA-TTTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTT 64 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAGATGGACTTTT * * * ** * ** * * ** * ** * * 5663 CTTACCAA-AAGAGGACTTTAGCCTT-ACATTTCCCGATGTAAACATTCAGTTATAAAATATTAT 128 CTTGCCAATGA-ATGACTTT-TTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTT * * * * * * 5726 AATAAAAAATGTTAAAAACTTTAACTTAGAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAACA-AG 191 AA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAA-AGCG * * ** * * *** 5789 AGTAATAAGGCTGTCGAA-GAATCAAGTGACTATAAATGGACTTTTATTACCAATGGATAACTTT 253 AGTAATAAGGCTTTCGAACGCAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTT * * * * 5853 TACTTCAT-GTTTCCTAAGGCAAACA 317 TTCTTC-TCGTTTCTTAAGGTAGACA ** * * * * ** * * 5878 TTCAGTTATAATATATTTTCATAGCAATTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA 1 TTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA * ** ** * 5943 TAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAAGGTATTAGTGACTATAGTTGGACTTTTCTT 66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTT ** * * * * 6008 ATCAACGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTTATGTAGACATTCAAATATTAT-TGGTTTTAACA 131 GCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCT-GTTTTAAC- * * * * 6072 AAAAAGGTAAAAAAATTCGATTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAA 194 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAA * * * ** ** 6136 TAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCCTATTAATGAATGCATTTTTCTTC 258 TAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTC * * 6201 AT-GTTT-TCCAATGTAGACA 323 -TCGTTTCT-TAAGGTAGACA * * 6220 TTCAAATATTATCTATTTTGACAAAAAATATAAAAAAATT---C----AATCAATTATGAGATTA 1 TTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA * * * * ** * * * * 6278 TAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTCGAAGACTTAAGTGACAATAAATAGTCTTTTCTT 66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTT * * * * * * * * * 6343 GCCAATGGATGACTTTTGCTTTACGTTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAA 131 GCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAACAA * * * * 6408 AAATTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAA 196 AAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATA * * * * ** * * * 6473 AAGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTGTTGTCAGTGAATGATTTTTTCTTCAC 260 AGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTCTC * * 6538 GTTTCTCAATGTAGACA 325 GTTTCTTAAGGTAGACA * * * * * * * * * * 6555 TTCAAATATTATTTGTTTTAACCAAAAATCTAATAACATTCAAGTAAAAATTAATTATGAGAGTA 1 TTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA * ** * 6620 TAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAGATGGAGTTTTCTT 66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTT * ** * * * * 6685 GCCAATGAATGGC-TTTTCTTTGCGTTT-CTTAGTGTAGGCATTCAAATATTATCTGTTCTAATA 131 GCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAG-GTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAA-C * * * * * * 6748 AAAAATGTAAACAAATTCGAGTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGC-A-CATA 194 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA-A * * ** * * * * * *** * * 6811 TAAGGCTTTC-AAAGACTTAAGCGACTATAAATAGACTTTCCTTGCCAATGCATGACATTTGCCT 258 TAAGGCTTTCGAACG-CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTT * * 6875 CTGGTTTCTTGAGGTAGACA 322 CTCGTTTCTTAAGGTAGACA * * * * * * * 6895 TTGAATTATAATATATTTTAACAAAAAGTGTAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTA 1 TTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA * * * * * * * 6960 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTTGAATG-TATAGGTGACTATAGATTGACCTTTCT 66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCT * * * * * * * 7024 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCCCAATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAGTC 130 TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTA-AC * * * * 7089 -GAAATGTAAGAAAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGATTGA-AAAA-CTATTTAAAGCGAGTA 194 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-ATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTA * * * * * 7151 ATAAGGCTTAC-AAAGTCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCT 257 ATAAGGCTTTCGAACG-CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCT * * 7215 TCTC-TTTTTTCACGGTAGACA 321 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TTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA ******** * * * **** * * 7643 NNNNNNNNTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAACGACTATAAATGAACTTTTCTT 66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTT * * * * * * * * * * * 7708 ACCAATGGATGACTTTTACTTCATGTTT-CTCAAGGCA-AGCACTCTATTATAATATATTTTAAC 131 GCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGA-CATTCAAATATTATCTGTTTTAAC * * * ***************** 7771 AAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATTAATTATGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 194 -AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA----------GATTATAAAATCATTTA ********************** * ** * * * * * 7836 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCATGACTGCCTATATACGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-G 248 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGG * * * * 7900 TCTTTTTCTTCACATTTCTTGATGTAGACA 313 T-TTTTTCTTCTCGTTTCTTAAGGTAGACA * * * * * * * * 7930 ATCAAATATTATCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAAAATT-AACTTGAAATCAATTATAATACTA 1 TTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA * * ** * 7994 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAACG-CATGAGTGACTATAGACAGAGTTTTCT 66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCT * * * * ** * * 8058 TGCTAATGAAGGGCTTTTTCTTCTCGTTTTTTAAGGTACACATTCAATTATTATCTGTTTTAACA 130 TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAAC- * ********** * * * 8123 AAAAATATNNNNNNNNNNAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA-CTATTTCAAGTGAGTAA 194 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAA * * ** * * * * * 8187 TAAGGCTTTCAAATGCATGACTGA-T-TAGAGTGGATTTTTCTTGCCAATAAATATGTCTTTTTC 258 TAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATA-AATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GGT-TTTTTC * * 8250 TTCAT-GTTTCTTGATGTAGACA 320 TTC-TCGTTTCTTAAGGTAGACA * * * * * 8272 TTCAAATATTATTTGTTTTAATCAAAAAA-GTAAAACAAATTCAACTTAAAAAT-AATTAAGCGG 1 TTCAAATATTATCTATTTTAA-CAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGA * * * * ** 8335 TAATAAAACCATTTAGAGCGAATAATAAAGCTTTCGAACG-CATGGGCAACTATAGATGGACTTT 63 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACATGGGTGACTATAGATGGACTTT * * * ** * * * * 8399 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* * * * * * 8808 AAAAAATGTAAAACAATTAAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTAAAACGAGTAA 193 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAA * * * ** * * * *** * 8873 TAAGGATTTC-AAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTCCTTACTAATGGATAACTTTTGCTT 258 TAAGGCTTTCGAACG-CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTT *** ** * 8937 CAAATTTCGCAAGGCAGACA 322 CTCGTTTCTTAAGGTAGACA * * ** * * * 8957 TTTAATTACAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAATAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTA 1 TTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA * ** * * * * 9022 TAAAAGCATTTAAATTGAGTAAAAAGGGTTTTGAACG-CATGGGTGACTATAGATCGACTTTTCT 66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCT * * * * ** * * * 9086 TACTAATGAAT-AGCTTTTTCTTCTCATTTTTTAAGGTAAACATTCAAATATTATGTATTTTAAC 130 TGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAAC * * ********** 9150 AAAAAATGAAAAAAAATTTAACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTA 194 -AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTA * * * * * * ** * * * 9214 GTAAGTCTTTCGATCACATTGGTGACTATAGATACACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTGTCTT 257 ATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTT * * 9279 CTCATTGT-TTTAGGTAGACA 322 CTCGTT-TCTTAAGGTAGACA * * * * * ** 9299 TTCAGATATTATCTGGTTTT-ACCAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAACTCAATTATGAGGCT 1 TTCAAATATTATCT-ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT * * * * *** * * 9363 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTTGAAGACTTAAATGACTATAAATGGACTTTTCC 65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCT * * * * * * * * * * * 9428 TGCCAATGGATGACTTTTACCTCAAG-ATCCCAAGGTAGACATTCTATTATAATATATTTTAACA 130 TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAAC- ** * * ** * 9492 AAAAATGTAAAAATGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAAGCATTTAAATTGAGTAAA 194 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT * * * * ** 9557 AATGCTTTCGAACGCATGGGTAACTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCT 259 AAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTCT * * * * * 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ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGT * * * ** * * * * * *** * 11255 AATAAGGATTTTGAA-GACTTAAGCGTCTATAAATGGACTTTTCATGCCAGT-AGATTACTTTTG 256 AATAAGGCTTTCGAACG-CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA-ATGGTTTTTT * * * 11318 C--CTCGTGTTCCTGAA-GCAGATA 319 CTTCTCGT-TT-CTTAAGGTAGACA * * * * * * * 11340 TTCAATTATAATATATTTTAACAAAATATGTAAAAAATTTTAACTTAAAATCTATTATGAGATTA 1 TTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA * * * * * * * 11405 TAAAAACATTTAAATCGAGTAAAAAGGCTTTC-AAAAGCGA-GGGTGACTATTGACGGGCTTTTC 66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA-C-ATGGGTGACTATAGATGGACTTTTC * * * * * 11468 TTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCTCGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTGAA 129 TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAA * * 11532 AAGAAAAT-T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGT 193 CA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGT ** * * * * ** * * 11594 AATAATTCTTTCAAACGCATGAGTGACTAT-AGTGGACTTTTCTTGCCAACAAAT-ATCTTTTCC 256 AATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGT-TTTTTC * * * 11657 TTCACGTTTCTCAATGTA-AGCA 320 TTCTCGTTTCTTAAGGTAGA-CA * * * * * * * 11679 TTCAAATATTATCTGTTTTAACCAGAAATAT-AAAAAATTTAAATTGAAATCAATTATGAGATTA 1 TTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA * * * * * 11743 TAAAACTATTTAAAACGAGCAATAAGGCTTTCAAATG-CATGAGTGACTATAG-TGGACTTTTCT 66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCT * * ** * * * * 11806 TGTCAATGAATG-TTCTTTTCTTCATATTT-CTCAATGTCGAGATTCAAATATTATCTATTTTAA 130 TGCCAATGAATGACT-TTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAA * * * * 11869 TCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA 193 -CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA * * * * * * * 11933 ATAAGACTTTCAAACGCATGGATGACTATAGATGGACTTTTCCTGA-CGATGAATGGCTTTTTCT 257 ATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTACCAATGAATGGTTTTTTCT * * * 11997 TCTCGTTTTTTGAGGTAAACA 321 TCTCGTTTCTTAAGGTAGACA * * * * * 12018 TTTAAATATTATCTGTTTTAATATAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TA 1 TTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA * * * * * 12081 AACAAACCATTTAAGGCGAGTAATAAAGCTTTCAAACG-CATGGGTGACTATAGATGGACTTTTT 66 TA-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACATGGGTGACTATAGATGGACTTTTC ** * * * 12145 TTTTCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AATGTA-ATCATTCAAATATTATCTGTTTTA 129 TTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACG-TTTCCTAAGGTAGA-CATTCAAATATTATCTGTTTTA * ** * ** * * 12208 ACCAAAAATATAAAAAATATT-AACTTAAAATCAATTAAAAAATTATAGTACCATTTAAAGCGAA 192 A-CAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAG * * * * * * 12272 TAATAAGCCATTCGAACGCATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTC 255 TAATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTC * * 12337 TTC-CTGTTTGTTGAGGTAGACA 320 TTCTC-GTTTCTTAAGGTAGACA * * * * * * * 12359 TTTAAATGTTATCTGTTTTAACAAACAATAG-AAAAAAATTTAACTTCAAATCAATTATGAGATA 1 TTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT * * * 12423 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TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCTCATTTTTTAAGGTAGACATTGAAATATTATTTTTTTTAACA 130 TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAAC- * * * 12891 AAAAATGTAAACAAATT-AACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAA-CTATTTAAAGCAAGTAA 194 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAA *********************************** 12954 TAAGGCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 258 TAAGGCTT----------------------TCGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT ***************************************** 13019 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 301 ACCAATGAATGGTTTTTTCTTCTCGTTTCTTAAGGTAGACA ***************************************************************** 13060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 1 TTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA ***************************************************************** 13125 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 66 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TTGCTAATGAAT-ATCTTTTT-TCTCATGTTTCCCAATGTAGACATTCAAATGTTATATGTTTTA 129 TTGCCAATGAATGA-CTTTTTCT-TCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTA * * * 18760 ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTAAGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTA 192 ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA * * * * * * * * 18825 ATAAGGCTTTTGAACTCATAGATGATTATAGATGGACTTTTCTTACCAAGGAAT-GTCTTTTTCC 257 ATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGT-TTTTTCT ** * 18889 TCAT-GTTTCCCAATGTAGACA 321 TC-TCGTTTCTTAAGGTAGACA * * ** * * * * * 18910 TTCAAATACTATCTGTTTTAATTAACAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAAGCGATT 1 TTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT ** * * ** ** 18975 ATAAAACTTTTTAAACCGAGTAATATGGCTTTTAAACTCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCT 65 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCT * * * * * 19040 TGCCAATGAAT-AGCTTTCTCTTCCCGTTTCTTCAA-GTAGACAATCAAATGTTATCTGTTTTAA 130 TGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAA * * * * * * 19103 TAAAAA-ATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATACAACCATTTAAAGCGATTAA 193 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAA * * * * * * 19167 TAAGGCTTTCGAATGCATGGGTGACTATAGATGTACTTTT-TATGCCAATGAATGGCTGTTTCTT 258 TAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TACCAATGAATGGTTTTTTCTT * * * * 19231 -TCCTTTTTTGAGGTAGATA 322 CTCGTTTCTTAAGGTAGACA * * * 19250 TTCAAATATTATCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTA 1 TTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA * * * ** 19314 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTCGAACG-CATGAGTGACCATAGACAGACTTTT-T 66 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCT * * * * * ** * * 19377 TTCCTAATAAAT-ATATTTTTCTTCACGTTTCTTGATATAGACAATCAAATAGTATCTGTTTTAA 130 TGCC-AATGAATGA-CTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAA * * * * * * * 19441 CTAGAAATGT-AAAAAATTCAGCTTAAAAGCAATAAAGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTA 193 C-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA * * * * * * * * 19505 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Indices: 23611--24700 Score: 767 Period size: 342 Copynumber: 3.2 Consensus size: 331 23601 TACTTTAACT * * * * * ** * 23611 AAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGAAAT 1 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT * * ** * * 23676 AAGGCTTTCGAATGCATGAGTGACTATAGATAGACATTTCTTGCTAATGAA-CATCTTTTTTTTC 66 AAGGC-TT----T---T--GTGACTATAGATGGACTTTTCTTGAAAATGAATGA-CTTTTTCTTC * * * * * * * ** 23740 ACATTTCCCGATG-AGACGTTCAAAAATTATCTGTTTTAATCAAAAAAGTAAA-AACATTCAACT 120 ACATTTCCTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAACAA-ATAAAACT * * * * * * * * 23803 TAAAATCAATTATGATATTATAAAA-TCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAATG-CATGAG 184 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTGAAAGCAAGGAATAAGGATTTCGAA-GACTTAAG * * * * * * ** * * * * ** 23866 TGACTATAGATGAACTTTTCTTACCAATGAATGTCTT-TTTCTTCGCGCTTCCTAATGTAGACAA 247 CGACTATAAATCAACTTTTCTTACCAATGGAT-ACTTGTTGCTTCAAGTTTCCTAAAGCAAACTT * * * * 23930 TCAAATATTACCTGT-TTTAATC 311 TCAATTA-TA-ATATATTTAATA * * * * * 23952 AAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATTAATTAAGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAAT 1 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT *** * * 24016 AAAATTTTTAAACGCATGGATGACTATGGATGGACTTTTCTTGAAAATGAATGACTTTTTCTTCC 66 -AAGGCTTT-------T-G-TGACTATAGATGGACTTTTCTTGAAAATGAATGACTTTTTCTTCA * * * **** 24081 CATTTCTTGAGGTAGACATTCAAATATTATTTTTTTTAA-CAACAAATGTAAA-ACAATTCCGCT 121 CATTTCCTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACCAA-AAATGTAAACA-AATAAAACT ** * * 24144 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGC-ATTGAAAGTGAGTAATGAGGATTTCGAAGACTTAAGC 184 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTGAAAGCAAGGAATAAGGATTTCGAAGACTTAAGC * * * 24208 GACTATAAAT-AGACTTTTCTTACTAATGGATAACTT-TTGCTTCAAGTTT-TTCAAGGCAAACA 248 GACTATAAATCA-ACTTTTCTTACCAATGGAT-ACTTGTTGCTTCAAGTTTCCT-AAAGCAAAC- 24270 TTT-AATTATAATATATTTTAATA 309 TTTCAATTATAATATA-TTTAATA * * 24293 AAAAATATAAAAAAATTTAAGTTAAAATC-GATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA 1 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAG-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA * * 24357 TAAGGCTTTTNNNNNNNNNNGTGACTATAGATGGACTTTTCTT-ACCAATGAATGATTTTTTCTT 65 TAAGGCTTTT----------GTGACTATAGATGGACTTTTCTTGA-AAATGAATGACTTTTTCTT * * 24421 CACGTTTCCCT-ATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAACAAATAAAAC 119 CACATTT-CCTGAGGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAACAAATAAAAC * * * * * * 24485 TTAAAATTAGTTGTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGGAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGC 183 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTGAAAGCAAGGAATAAGGATTTCGAAGACTTAAGC * * * * * 24550 GACTATAAATCAACTTTTCTTACCAATGGATGCTTGTTGTTTCATGTTTCCTAAAGTAGACTTTC 248 GACTATAAATCAACTTTTCTTACCAATGGATACTTGTTGCTTCAAGTTTCCTAAAGCAAACTTTC * 24615 AATTATAATATATTTAATC 313 AATTATAATATATTTAATA * * * * 24634 AAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAGTTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT 1 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT 24699 AA 66 AA 24701 AACTTTTGAA Statistics Matches: 605, Mismatches: 105, Indels: 78 0.77 0.13 0.10 Matches are distributed among these distances: 334 1 0.00 336 1 0.00 339 3 0.00 340 107 0.18 341 238 0.39 342 246 0.41 343 9 0.01 ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.35 Consensus pattern (331 bp): AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT AAGGCTTTTGTGACTATAGATGGACTTTTCTTGAAAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCCTGA GGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAACAAATAAAACTTAAAATCAATTA TGAGATTATAAAACTATTGAAAGCAAGGAATAAGGATTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATCAA CTTTTCTTACCAATGGATACTTGTTGCTTCAAGTTTCCTAAAGCAAACTTTCAATTATAATATAT TTAATA Done.