Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401694.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4808.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Warning! 442 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2595 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 371--3568 Score: 2649
Period size: 171 Copynumber: 18.7 Consensus size: 171
361 AAGGCATGCT
* * * * * * * * * *
371 AATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATATTCTGTTTTCA-TCAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAA
* *
435 AATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAA
65 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
499 GCTATT-GAAGGCTTAAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
130 GCT-TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * *
541 AATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCTTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA
* ** * * * *
606 ATGCAAAAAAATGAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCAATTTAAAGCTAGTAATAAGA
66 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * * *
671 CTTTCGAAGGCATGGGTAACTAAAAATAAACTTTTCATACC
131 CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
** * * * * *
712 AATAAATGGCATTTT-CTTCGTAGTTTCTCAA-GACAGACATTCAGTTATTACATATTTTAACTA
1 AATGGATGGC-TTTTGCTTCAT-GTTTCTTAAGGA-AGACATTCAATTATAATATATTTTAACTA
* ** * * *
775 AAAATATAAAAACTTTTAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
63 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * **
840 TGGCTTTCGAA-GATATGAGAGACTATAAAT-GTACTTTTCTTTTC
128 AGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCC
* * *
884 AATGGATGGCTTTTGCTT--TGCTTTCCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTT-CTTAAGGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA
* * ** *
946 AAATATAATAAAAGTTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
64 AAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * *
1011 AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
128 AGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * *** * ** * * *
1055 AATGAATAGCTTTTTAATCACGTTTCCCACTA-CAA-ACATTCAA--ATACTATCTGTTCTAACT
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTA--AGGAAGACATTCAATTATAATATAT-TT-TAACT
* * * * **
1116 AAAAAAGT-AAAAAATTCACCTTCAAATCAATTATGAGTTTATAAGGCCATTTAAAGCGAGTAAT
62 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* *
1180 AAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GTACTTTTCTTGAC
127 AAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCC
* ** * * * *
1225 AATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTAC-CGAGGCACACATTCAGTTAGAATATATTTTAACTAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTTAAGGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA
* * * * * * *
1289 AATGTAACAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAGCAAGTAATGAT
65 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * *
1354 GCTATCGAAGGCATGAGTGATTGTAAATGGACTTTTCTTCCC
130 GCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * *
1396 AATGGATGGCTTTTACCTCATGTATCGTAAGGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAACA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA
* * *
1461 ATATAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
66 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * *
1526 CTTTCGAATGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT
131 CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * * * *
1567 AATGAATGTCTTTT-TTTCACGTTT-TATGATGTAA-ATATGT-AATTATAAT-TTTTTTTACCA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-T-AAGGAAGACAT-TCAATTATAATATATTTTAACTA
* ** * *
1627 AAAATGTGAAAAAATGAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATA
63 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * **
1692 AAGCTTTCGAAGGCTTTAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTATC
128 AGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * *
1736 AATGGATGGCTTTTGCATCACGTCTCTTGAA--ACTGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTT-AAGGA-AGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA
* * * * * **
1799 AAATATAAAAAAATTAAACTTGAAATCAAGTATGATATTATAAAACCATTTAACA-TAAGTAATA
64 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAATA
* * * *
1863 AGGCTTTCAAAGG-TATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTTCC
128 AGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATAGACTTTTC-TTGCC
* * * * *
1908 -ATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTTTTAA-AATAGAAATTTAATTATAATATATTTTAA-TAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGA-AGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA
* * *
1970 AAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAA
65 AA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
2035 AGCTTTTGAAGGCTCGAGTCACTGTAAAT-GAACTTTTCTTGCT
129 GGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCC
* * *
2078 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCGAA-GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TAAGGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA
* * ** *
2141 AA-ATATTAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
65 AATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
2205 GGCTTTTGAAGACAT-AGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTACC
129 GGCTTTCGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* ** * * ** ** * * ***
2248 AATGTATGATTTTTTCTTCACGTTTCCCACTGCAGACATTCAAATATAATCCGTTTTAACTAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA
*** * * * * * ** * *
2313 AAAAATAAAAAATTCAACTTCAAATTAATTATAAGAGTAT-TAGGCTTTGTAAAGCAAGTAATAA
66 ATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT-TAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
2377 CGCTGTT-GAATGCTTGCGTGA-TAGTCAATAGACTTTTCTTCCC
129 GGCT-TTCGAAGGCTTGAGTGACTA-TAAATAGACTTTTCTTGCC
* * *
2420 AATGGATGGCTTTTGCCTCATGTATCGTAAGGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA
* *
2485 ATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG
66 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
** * * * * *
2550 CTTTTAAAGACCTAAGTGGCTAT-AATAGACTTTTCTTGTC
131 CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * ** * * * *
2590 AATGGATGGCTATTACTTCATGTTTCCCAAAGCAA-ACATTCAATTATAAAATATTTTCATTAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTTAAGGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA
* * * * * *
2654 AATGTAGAACAAGTT-AACTTAAAATCAACTATGAGATTATCAAATCATTTAAA-CCACGTAATA
65 AATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATA
* * * *
2717 AGGCTTTTCGAAGG-TTTATGTGATTATAAATTGACTTTTCTTGCA
128 AGGC-TTTCGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * ** * * * *
2762 AATAGATGG-TTATTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTTAGTTATAATAT-TGTTTAACCAA
1 AATGGATGGCTT-TTGCTTCATGTTTCTTAAGGAAGACATTCAATTATAATATAT-TTTAACTAA
* * * * * * * *
2825 CAATGCAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGACTACAAAATCATTTAAAAG-AAGTAATA
64 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATA
* * *** ** *
2889 AGACTTTCAAAAAATTGAGCAACTATAAATAGACTTTTCTTGTC
128 AGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * *
2933 AATGGATGGCTTTTACTACAAGTTT-TCAGAGGCAA-ACACTCAATT-TAATATATTTTAA-TAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTA-AGG-AAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-A
* * * *
2994 AAAATATAAGAAAA-TCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
63 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * *
3058 AAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGCC
128 AGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * * *
3102 AATGAATAG-TTTTGGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATATTCTGTTTTCAC-AAA
1 AATGGATGGCTTTT-GCTTCATGTTTCTTAAGGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA
* * * ** *
3165 AATGTAAAAAACTTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTGCAGCGAGTAATAAC
65 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* *
3230 GCTTTCGAAGGCTTGAATGACTATAAATAGAC-TTTCTTACC
130 GCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * *
3271 AATAGATGGATTTTGCTTCATATTT-TCTAAGGTAGATATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TAAGGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAA
* * * * * * * *
3335 AATATAAAAAAATTAAACTTAAAAACAATTGTAAGATTATAAAAGCATTTAAAGCTAGTACTAAG
65 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
3400 GCTTTCAAAGGCTTGAGCGACTATAAAT-GAACTTCTCTTGTC
130 GCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCC
* * * * * *
3442 AATGGATAGCTTTTGTTTTATGTTT-TTCAAGGCAA-ACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTT-AAGG-AAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAA
* * * *
3505 AAATGTAAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATTAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
64 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
3569 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2421, Mismatches: 512, Indels: 189
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 12 0.00
169 292 0.12
170 723 0.30
171 990 0.41
172 396 0.16
173 8 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGAAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA
ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC
Found at i:4746 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4267--7187 Score: 2305
Period size: 171 Copynumber: 17.1 Consensus size: 170
4257 NNNNNNATGA
* * * * * * *
4267 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTCGCTAAAAATGTA
1 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTCACCAAAAATGTA
* * * * * * *
4332 AAAAACTTCAACTTTAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAACGCTTTT
66 AAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * *
4397 GAAGGCTTGAGTGAATATAAATTGACTTTGCTTGCCAATGG
130 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
* * * * * * *
4438 ATGGTTTTTGCTTCACAT-TTTCC-AAGGTAGAGATTCAAATATAATCTGTTTT-AACAAAAA--
1 ATGGCTTTTGCTT--CATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTCACCAAAAATG
* * * * ** *
4498 TAAAAATATT-AGGCTTAAAAACAATTGTGAGATTACAAAAGTATTTAAAGTTG-GTAATAAGGC
64 TAAAAA-ATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGC
* *
4561 TTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGG
126 TTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
* * * ** * ** *
4606 ATGGCTTTCGCTTTATGTTTCCCAAAACAGACATTTAATTATAATATATTTTCATTAAAAATATA
1 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTCACCAAAAATGTA
* * * * * * *
4671 GAAAAAGTCAACTTAAAATCAACTATGACATTATCAAACCATTTAAACCAACTAATAAGGCTTTC
66 -AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * ** *
4736 GAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGACATTTCTTGTCAATAG
130 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
* * * * * * * * * *
4777 AT-GATTGTTTCTTTATATTTCCTAAGGTAGACATTCAGTTATAATATTTTTTGACCAATAATGC
1 ATGGCTT-TTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTCACCAAAAATGT
* * * *
4841 AAACAAATTGAACTTAAAATGAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
65 AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** ** * *
4906 CGAAGAATTGAGCAATTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGG
129 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
* * *
4948 ATGGCTTTTGCTAT-AAGTTT-CTAGAGGCAAACATTCAGTTATAATATATTTT-AGCCAAAAAT
1 ATGGCTTTTGCT-TCATGTTTCCTA-AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTCA-CCAAAAAT
* *
5010 GTATGAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCT
63 GTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * *
5074 TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAGTGA
127 TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
* * * * * *
5118 ATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTGATGCAGACATTCAAATACAATCTATTTTCACCAAAAATGTA
1 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTCACCAAAAATGTA
* * * * * *
5183 AAAGACTTCAACTTTAAATCAATTATGAGATT-TCAAAATCATTTCAA-CAAGTAATAACGCTTT
66 AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* ** * *
5246 TGAAGGCTTGAGTGACTATAAATTAACTTTTCTTACTATTGG
129 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
* * * * * * * *
5288 ATGGCTTTTGCTTCACAT-TTTCC-AAAGTAGATATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATA
1 ATGGCTTTTGCTT--CATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTCACCAAAAATG
* * * ** * *
5351 TAAAAATATTAAACTTAAAAACAATTGTGAGATTATAAAAGTATGTAAAGCTAGTAATAAGGCTT
64 TAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * ** *
5416 TTGAAGACTTGAGTGACTATAAATGGACTCCTCTTACCAAAGG
128 TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
* * * ** *
5459 ATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCTGAA-GCAGACATTCAATTATAATACATTTTTATTAAAAATAT
1 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTCACCAAAAATGT
* * * * * *
5523 AGAAAAAAGTCAACTTAAAATCAACTATGATATTATCAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTT
65 --AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * ** * * *
5588 TCGAATGCTTGAGTGATTATAAATTAACTTTTCTTTCTAATAG
128 TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
* * * * * * * * *
5631 AT-GATTGTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGATATTTAGTTATAATAT-TGTTTGACCAATAATG
1 ATGGCTT-TTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATAT-TTTCACCAAAAATG
* * * * * * * *
5694 CAAACAAATTGAATTTAAAATTAATTATGAGACTCTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTT
64 TAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** ** * * *
5759 TCGAAGAATTGAGCAACTATAAATAGAATTTTCTTATCAATGG
128 TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
* * * * * * *
5802 ATGGCTTTTGCTACAAGTTT-CAAGAGGAAGACATTTAGTTACAATATATTTT-AGCCAAAAATG
1 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTA-AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTCA-CCAAAAATG
* *
5865 TACGAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTT
64 TA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
5929 TCGAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGAATTCTCTTGCCAGTGA
128 TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
* ** * * * * *
5972 ATGGCTTTTACTTCATGTTTGTTGAGGTAGACATTC-ATATATAATCTGTTTTCACTAAAAAATG
1 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAAT-TATAATATATTTTCAC-CAAAAATG
* * * *
6036 CAAGAAACTTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTT
64 TAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
6101 TTGAAGACTTGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAGTAG
128 TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
** * * * * * * * * * *
6144 ATGGCTTTTGCTTCACATTT-TTGAAGGTAGATATTCAAATATGATCTGTTTTAACTAAAAATAT
1 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTCACCAAAAATGT
* * * * * * * *
6208 AAAGATATTAAACTTAAAAAT-AATTGTAAAATTATATAAA-TATTTAAAGCTAGTAATAAGACT
65 AAA-AAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * *
6271 TT-TAGAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTATCAGTAG
127 TTCGA-AGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
* * * * * * * **
6315 ATGACTTTTTCTTTATGTTTCTCGAA-GCGGACATTTAATTATAATATATTTTTATGAAAAATGT
1 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTCACCAAAAATGT
* * * * * * * *
6379 AGAAAAAGTCAACTTAAAATTAACTACGAAATTATCAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTT
65 A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
6444 CGAAGGCTTGAGTAATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAG
129 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
* * * * * * * * * *
6486 AT-GATTGTTTCTTTACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAGTTACAATATTTTTTGACCAAAAATGC
1 ATGGCTT-TTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTCACCAAAAATGT
* *
6550 AAACAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
65 AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* *** ** * *
6615 TGAAGAAGTGAGCAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGG
129 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
* * * * * * * * *
6657 ATGGCTTTTGCTAT-AAGTTTTCAAAGGCAGACATTTAGTTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT
1 ATGGCTTTTGCT-TCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTCACCAAAAATGT
* * * * *
6721 AAAAAAATAAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAAGCTTTC
65 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * **
6786 GAAAGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATNN
130 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
******** * * * ** *
6827 NNNNNNNNTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATAACCTGTTTTCACCAAAAATGTA
1 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTCACCAAAAATGTA
* * * * *
6892 AAAAACTTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTT
66 AAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * *
6957 GAAGGCTTGAGTGAATATAAATTGACTTTGCTTACCAATGG
130 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
* * * * * * *
6998 ATGACTTTTGCTTCACAT-TTTCC-AAGGTAGAGATTCAAATATAATCTGTTTTAACC-AAAA--
1 ATGGCTTTTGCTT--CATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTCACCAAAAATG
* * * ** *
7058 TAAAAATATT-AGGCTTAAAAACAATTATGAGATTACAAAAGTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCT
64 TAAAAA-ATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * *
7122 TTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTCTCTTACCAATGG
127 TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
*
7166 ATGGCTTTTGCTTTATGTTTCC
1 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC
7188 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2182, Mismatches: 493, Indels: 154
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.00
167 12 0.01
168 223 0.10
169 16 0.01
170 561 0.26
171 1062 0.49
172 292 0.13
173 12 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTCACCAAAAATGTA
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
Found at i:5152 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 4267--7187 Score: 2187
Period size: 341 Copynumber: 8.6 Consensus size: 337
4257 NNNNNNATGA
* * * * * *
4267 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTCGCTAAAAATGTA
1 ATGGCTTTTGCTTCAAGTTTC-TAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAGCCAAAAATGTA
* * * * * * *
4332 AAAAACTTCAACTTTAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAACGCTTTT
65 AAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * *
4397 GAAGGCTTGAGTGAATATAAATTGACTTTGCTTGCCAATGGATGGTTTTTGCTTCACAT-TTTCC
129 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTT--CATGTTTCC
* * * * * *
4461 -AAGGTAGAGATTCAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAT-AAAAATATT-AGGCTTAAAAACAAT
192 TGAGGTAGACATTCAAATATAATATGTTTTACCAAAAATGAAAAA-ATTCA-ACTTAAAATCAAT
* * ** *
4523 TGTGAGATTACAAAAGTATTTAAAGTTG-GTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
255 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
* *
4587 GGACTTCTCTTACCAATGG
319 AGACTTTTCTTACCAATGG
* * * * ** * * ** *
4606 ATGGCTTTCGCTTTATGTTTCCCAAAACAGACATTTAATTATAATATATTTTCA-TTAAAAATAT
1 ATGGCTTTTGCTTCAAGTTT-CTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTT-AGCCAAAAATGT
* * * * * * *
4670 AGAAAAAGTCAACTTAAAATCAACTATGACATTATCAAACCATTTAAACCAACTAATAAGGCTTT
64 A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
4735 CGAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGACA-TTTCTTGTCAAT-AGAT-GATTGTTTCTTTATATTT
128 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-ATTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTT-TTGCTTCATGTTT
* ** * * * *
4797 CCTAAGGTAGACATTCAGTTATAATATTTTTTGACCAATAATGCAAACAAATTGAACTTAAAATG
190 CCTGAGGTAGACATTCAAATATAATATGTTTT-ACCAAAAATG-AAA-AAATTCAACTTAAAATC
* * * ** ** *
4862 AATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGAATTGAGCAATTATAA
252 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAA
4927 ATAGACTTTTCTTACCAATGG
317 ATAGACTTTTCTTACCAATGG
* * *
4948 ATGGCTTTTGCTAT-AAGTTTCTAGAGGCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAGCCAAAAATGT
1 ATGGCTTTTGCT-TCAAGTTTCTA-AGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAGCCAAAAATGT
* *
5012 ATGAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT
64 A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* *
5076 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAGTGAATGGCTTTTACTTCATGTTTCCT
128 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT
* * * * * * *
5141 GATGCAGACATTCAAATACAATCTATTTTCACCAAAAATGTAAAAGACTTCAACTTTAAATCAAT
193 GAGGTAGACATTCAAATATAATATGTTTT-ACCAAAAATG-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
5206 TATGAGATT-TCAAAATCATTTCAA-CAAGTAATAACGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
255 TATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAA-
* *
5269 TA-ACTTTTCTTACTATTGG
318 TAGACTTTTCTTACCAATGG
* * * * * * * * *
5288 ATGGCTTTTGCTTCACATTTTCCAAAGTAGATATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATA
1 ATGGCTTTTGCTTCA-AGTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAGCCAAAAATGTA
* * * ** * * *
5353 AAAATATTAAACTTAAAAACAATTGTGAGATTATAAAAGTATGTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTT
65 AAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * ** * * * *
5418 GAAGACTTGAGTGACTATAAATGGACTCCTCTTACCAAAGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCCTG
129 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTG
* * * ** *
5483 AAGCAGACATTCAATTATAATACAT-TTTTATTAAAAATATAGAAAAAAGTCAACTTAAAATCAA
194 AGGTAGACATTCAAATATAAT--ATGTTTTA-CCAAAA-AT-GAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * * *
5547 CTATGATATTATCAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAATGCTTGAGTGATTATAAAT
254 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAA-
* * *
5612 TA-ACTTTTCTTTCTAATAG
318 TAGACTTTTCTTACCAATGG
* * * * * * * * *
5631 AT-GATTGTTTCTTCACGTTTCCTAAGGTAGATATTTAGTTATAA--TATTGTTTGACCAATAAT
1 ATGGCTT-TTGCTTCAAGTTT-CTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATT-TTAG-CCAAAAAT
* * * * * * * *
5693 GCAAACAAATTGAATTTAAAATTAATTATGAGACTCTAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACT
62 GTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
** ** * ** * * *
5758 TTCGAAGAATTGAGCAACTATAAATAGAATTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTACAAGTTTC
126 TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTC
** * * ** * * *
5823 AAGAGGAAGACATTTAGTTACAATATATTTTAGCCAAAAATGTACGAAAA-TCAACTTAAAATCA
191 CTGAGGTAGACATTCAAATATAATATGTTTTA-CCAAAAATG-A-AAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
5887 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTGAGTGATTATAAA
253 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAA
* * * * * *
5952 TGGAATTCTCTTGCCAGTGA
318 TAGACTTTTCTTACCAATGG
* * * * * * *
5972 ATGGCTTTTACTTCATGTTTGTTGAGGTAGACATTC-ATATATAATCTGTTTTCA-CTAAAAAAT
1 ATGGCTTTTGCTTCAAGTTT-CTAAGGCAGACATTCAAT-TATAATCTATTTT-AGC-CAAAAAT
* * * *
6035 GCAAGAAACTTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCT
62 GTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * **
6100 TTTGAAGACTTGAGTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAGT-AGATGGCTTTTGCTTCACATTT
126 TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTTGCTTCATGTTT
* * * * * *
6164 -TTGAAGGTAGATATTCAAATATGATCTGTTTTAACTAAAAAT-ATAAAGATATTAAACTTAAAA
190 CCTG-AGGTAGACATTCAAATATAATATGTTTT-ACCAAAAATGA-AAA-A-ATTCAACTT-AAA
* * * * * *
6227 AT-AATTGTAAAATTATATAAA-TATTTAAAGCTAGTAATAAGACTTTT-AGAGGCTTGAGTGAC
249 ATCAATTATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGCTTGAGTGAC
* * * * *
6289 TATAAATGGACTTCTCTTATCAGTAG
312 TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGG
* * * * * * *
6315 ATGACTTTTTCTTTATGTTTCTCGAA-GCGGACATTTAATTATAATATATTTTTATG--AAAAAT
1 ATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCT--AAGGCAGACATTCAATTATAATCTA-TTTTA-GCCAAAAAT
* * * * * * * *
6377 GTAGAAAAAGTCAACTTAAAATTAACTACGAAATTATCAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCT
62 GTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * *
6442 TTCGAAGGCTTGAGTAATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AGAT-GATTGTTTCTTTACGTT
126 TTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTT-TTGCTTCATGTT
* ** * * *
6505 TCCTAAGGTAGACATTCAGTTACAATATTTTTTGACCAAAAATGCAAACAAATTGAACTTAAAAT
189 TCCTGAGGTAGACATTCAAATATAATATGTTTT-ACCAAAAATG-AAA-AAATTCAACTTAAAAT
* *** **
6570 CAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAGTGAGCAACTATA
251 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATA
*
6635 AATAGACTTTTCTTGCCAATGG
316 AATAGACTTTTCTTACCAATGG
* * * * * *
6657 ATGGCTTTTGCTAT-AAGTTTTCAAAGGCAGACATTTAGTTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT
1 ATGGCTTTTGCT-TCAAG-TTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAGCCAAAAATGT
* * * * *
6721 AAAAAAATAAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAAGCTTTC
64 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * ********** *
6786 GAAAGCTTGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTACCAATNNNNNNNNNNTGCTTCATGTTTCTT
129 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAA-TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT
* ** *
6850 GAGGCAGACATTCAAATATAACCTGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTTAAATCAAT
193 GAGGTAGACATTCAAATATAATATGTTTT-ACCAAAAATG-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
6915 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTTGAAGGCTTGAGTGAATATAAATT
255 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATA
*
6980 GACTTTGCTTACCAATGG
320 GACTTTTCTTACCAATGG
* * * * * * * *
6998 ATGACTTTTGCTTCACATTTTCCAAGGTAGAGATTCAAATATAATCTGTTTTAACC-AAAA--TA
1 ATGGCTTTTGCTTCA-AGTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAGCCAAAAATGTA
* * * ** *
7060 AAAATATT-AGGCTTAAAAACAATTATGAGATTACAAAAGTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTT
65 AAAA-ATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
7124 TGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GAACTTCTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCC
128 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAA-TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC
7188 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2040, Mismatches: 455, Indels: 174
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 2 0.00
338 15 0.01
339 261 0.13
340 121 0.06
341 701 0.34
342 587 0.29
343 333 0.16
344 20 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
ATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAGCCAAAAATGTAA
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
AGGCTTGAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAG
GTAGACATTCAAATATAATATGTTTTACCAAAAATGAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTT
TCTTACCAATGG
Found at i:7698 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7274--8015 Score: 638
Period size: 172 Copynumber: 4.3 Consensus size: 171
7264 NNNNNNATAG
* * * * * *
7274 AAAAAGTCAACTTAAAATCAACTATGACATTATCAAACCATTTAAACCAAGTAATAAAACTTTCG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAAGCTTTTG
* * * * * *
7339 AAGGCTTGAGTGATTATAAATAGACTTTTCTTTC-CAATAAATGATTGTTTCTTCATGTTTTCTA
66 AAGGCTTGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTTCTCAATGAATGCTT-TTGCTTCATGTTTCCTA
* * * * * *
7403 AGGTACATATTCAGTTATAATAT-TGTTTGACTAAGAATGCAA
130 AGGCAAACATTCAGTTATAATATAT-TTTAACTAAAAATGTAA
** * *** * *
7445 AAAAATTGTACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTAG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAAGCTTTTG
*** * * * *
7510 AAAATTTGAGTAACTATAAATGGACTTTT-TTTCTCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCAA
66 AAGGCTTGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTTCTCAATGAAT-GCTTTTGCTTCATGTTTCCTA
*
7574 AGGCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAA
130 AGGCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAA
* * * *
7616 AAAAA-TCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACAACTAATAAAGCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAAGCTTTTG
* * * * * * *
7680 AAGGCTTTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACT-AATGAATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTTG
66 AAGGCTTGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTTCTCAATGAAT-GCTTTTGCTTCATGTTTCCTA
** * * *
7744 AGGCAAACATTCAAATATACTCTATTTTCACTAAAAATGTAA
130 AGGCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAA
* * * * *
7786 AAAAACTTCAACTTTAAATCAATTATGAGATTTTAAAACTATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAAGCTTTT
* * * * * * * *
7851 GAAGGCTTGAGTAACTATGAATAGACTTCTCTTGC-CATTGGATGGGTTTTACGTT-ATATTTTC
65 GAAGGCTTGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTTCTCAATGAAT-GCTTTTGC-TTCAT-GTTTC
* * * ** * * *
7914 C-AAGGTAGATATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAA
127 CTAAGGCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATGT-AA
* * * * * *
7959 AAAAATTTAAGTTAAAAAT-ATTTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAA
1 AAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAA
Statistics
Matches: 461, Mismatches: 99, Indels: 21
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 139 0.30
171 136 0.30
172 169 0.37
173 17 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAAGCTTTTG
AAGGCTTGAGTAACTATAAATAGACTTTTCTTTCTCAATGAATGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAA
GGCAAACATTCAGTTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAA
Done.