Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401706.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4820.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5094
ACGTcount: A:0.28, C:0.12, G:0.10, T:0.30
Warning! 992 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1797 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1483--3298 Score: 1240
Period size: 171 Copynumber: 10.6 Consensus size: 168
1473 NNTTTAACTC
* * ** *
1483 TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACC-TCAAGAAACAT-CAAGAAAA
1 TTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGGA-AAACATGTAAGAAAA
* * * * * * * * *
1546 ATACATTCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAATTACCTATTCCTTCGAAGGCCTTATTACTCGC
63 A-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* *
1611 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT
127 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
1653 TTTCTTACATTTTTCATCAAAACATACCATAATTGTATGCTTGCCTTGGAAAACATGTAA-AAAA
1 TTT-TTACATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTACCTTGGAAAACATGTAAGAAAA
* ** * * *
1717 AGCTATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTGTCCCATTCCTGCAAAAGCCTTGTTACCCAC
63 AGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
1782 TTTAAAAT-ATTTTATAATTTCATACTTAATTTTAAATTGAAAT
127 TTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG-AAT
* * * * *
1825 TTTTTACATTTTTGGTTAAAA-ACGATTATAATTGAATGTCTA-CATCGAGAAACGTG-AAGAAA
1 TTTTTACATTTTT-ATTAAAACA-GACTATAATTGAATGT-TACCTTGGA-AAACATGTAAGAAA
* * **
1887 AAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAATTCTTATTACTCA
62 AAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * *
1952 CTTTAAATGGTTTTATACTCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT
126 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT
* *
1995 TCTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTTTAATTGAATGTTTACCTT-GAGAAACATG-AAGAA
1 T-TTT-TACA-TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTACCTTGGA-AAACATGTAAGAA
* * * *
2058 AAAGACATTCATTGTC-AGCAAAAGTCCATTTACAGTCAGCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACT
61 AAAG-CATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* ** *
2122 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTTTGTTGGAT
124 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT
* * * ** *
2167 TGTCTTACATTTTTCATTAAAACACACTATAATTGAATGCCTACC-TCAAGAAACGTGT-AGAAA
1 T-TTTTACATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTACCTTGGA-AAACATGTAAGAAA
* * *
2230 AAGCCATTCATTAGG-AA-AAAATGTCCATTTATAGTCTCCCACTCCTTCAAAAGCCTTGTTACT
62 AAG-CATTCATT-GGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
** * * *
2293 TGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAGTTTTAAATT-AATTTT
124 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA---T
* * * * * **
2340 GTTTTTACATTTTTGATTTAAAA-AGGCTATAATTCAATGTCTGTCATAGGGAGGA-ATGTTAAG
1 -TTTTTACATTTTT-A-TTAAAACAGACTATAATTGAATGT-T-ACCT-TGGAAAACATG-TAAG
* * * * * ** ** *
2403 CAAAAGCCATCCATTAGCACGAAAAGTCCATTTATAGTGATTCAAGCCTT-AGAAAGTCTTATTA
59 AAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA-AAAGCCTTATTA
** * * * * * * *
2467 CTTGCTTTAAATGGTTTCATAAACTAAAAATTGACTTTAAGCTGAAT
122 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT
**
2514 TTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-TCAAA-ATGTAAAGAAA
1 TTTTT-ACATTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGGAAAACATGT-AAGAAA
* * *
2577 AAGACATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-
62 AAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
2641 TTTTCAAATAGTTTTATAGTCACA-AAGTTAATTTTAAGTTGAATT
126 CTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTAATTTTAAGTTGAA-T
* * * ** ** *
2686 TTTTTACATTTCTAGTTAAAAAAG-CTCTAATCAAATGTCTACCTTGG-GGA-ATGTGAAGCAAA
1 TTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGGAAAACATGT-AAGAAAA
* * ** * * * * *
2748 AGCCATCCATTCGCTCGAAAACTCTATCTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTTATTACTCA
63 AG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCA
* * * *
2813 CTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTTAAGTTCAACT
126 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-T
* * * *
2857 CTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCCACC-TCGAGAAAC--GTCAAGAG
1 -TTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGGA-AAACATGT-AAGA-
* * * * *
2919 AAATA-CATTCATTGACACA-AAAAGTCCTTTTATAGTCACCAATTCCTTCGAAAGCCATATTAC
60 AAA-AGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * *
2982 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTTAATT
123 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-T
* * * * **
3029 TTTTTACATTTTTCATCAAAACATACTATAATTGTATGCTTGCCTTGGAAAATGTGT-AGAAAAA
1 TTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTACCTTGGAAAACATGTAAGAAAAA
* ** * * * * *
3093 GCTATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTGTCCCATCCCTTC-AAA-CCGTGTTTCCCAC
64 GC-ATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* * * *
3155 TTCAAAAT-ATTTTATAATCTCATACTTAATTTTAAATTGAATT
127 TT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-T
* * * * * * * *
3198 TTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTAAATGTCTA-CATCGAGAAACGTG-AAGAAAA
1 TTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTTGGA-AAACATGTAAGAAAA
* *
3261 AGGCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
63 A-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
3299 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1292, Mismatches: 278, Indels: 153
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.00
169 112 0.09
170 121 0.09
171 572 0.44
172 242 0.19
173 109 0.08
174 40 0.03
175 5 0.00
176 79 0.06
177 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TTTTTACATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTACCTTGGAAAACATGTAAGAAAAAGC
ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT
Found at i:4879 original size:340 final size:342
Alignment explanation
Indices: 4322--5087 Score: 875
Period size: 340 Copynumber: 2.2 Consensus size: 342
4312 CCATTAGTGC
* ** * * * * * * * *
4322 AAAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
1 AAAAAGTCCATTTATAGTGTCTCATTCCTTCAAAAGC-CTTGTTACCCGCTTCAAAAGGATTTAT
* * * * * *
4387 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGAGAAAATAGACTTTAATTGAA
65 AATCTCATACTTGATTTTAAATTGAATTCTTTGTAAATTTCTAGAGAAAACAGACTTTAATTGAA
* * * * * * *
4452 TCTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATGGGCAGAAAAAGTCTATTTACAGTCACC
130 TATCCACCTTCAGAAACAGGAAGAAAAAGGCATTCATGAGAAGAAAAAGTCCATTTACAGTCACC
* * *
4517 GATTCCTTCGAAAGCTTTATTACTTG-TTTAAAATGGTTTTATAATCTTATAACTGAATTT-AGG
195 GATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAACTGAATTTAAGG
* * * * *
4580 TTAGATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACATACTATAATTGAAT-GCTTGCATCAAGAAACGTGT
259 TTA-A-TTTTTTACATTTTTCATCAAAACAGACTATAATTAAATAGC-TACATCAAAAAACGTGT
4644 AAAAAAAG-CCATTCATTAGAAA
321 -AAAAAAGTCCATTCATTAGAAA
* **
4666 AAAAAGTCCATTTATGGTGTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTCAAAA-GATTTATA
1 AAAAAGTCCATTTATAGTGTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACCCGCTTCAAAAGGATTTATA
* **
4730 ATCTCATACTTAATTTTAAATTGAATT-TTT-TAAATTTCTAGCTAAAACAGA-TTATAATTGAA
66 ATCTCATACTTGATTTTAAATTGAATTCTTTGTAAATTTCTAGAGAAAACAGACTT-TAATTGAA
* * * *
4792 TATCCACCTTCAGAAATAGGAAGAAAAATGCATTCATTGATAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCAC
130 TATCCACCTTCAGAAACAGGAAGAAAAAGGCATTCA-TGAGAAGAAAAAGTCCATTTACAGTCAC
* * * * * *
4856 CTATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATCATCTCATAATTGATTTTAAGT
194 CGATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGAATTTAAGG
* * * *
4921 TTAATTTTTTATATTTTTCATCAAAATAGATTATAATTAAATAGCTACCTCAAAAAACGTGTAAA
259 TTAATTTTTTACATTTTTCATCAAAACAGACTATAATTAAATAGCTACATCAAAAAACGTGTAAA
* *
4986 AAAGTTCATTCATTAGCAA
324 AAAGTCCATTCATTAGAAA
* * * *
5005 GAAAAGTCCATTTATAGTGTCTCATTTCTTCAAAAGCCTTGTTACCCGTTTCAAAAGGTTTTATA
1 AAAAAGTCCATTTATAGTGTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACCCGCTTCAAAAGGATTTATA
5070 ATCTCATACTTGATTTTA
66 ATCTCATACTTGATTTTA
5088 CATTAAA
Statistics
Matches: 355, Mismatches: 60, Indels: 18
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
338 7 0.02
339 110 0.31
340 148 0.42
341 15 0.04
342 30 0.08
343 13 0.04
344 32 0.09
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
AAAAAGTCCATTTATAGTGTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACCCGCTTCAAAAGGATTTATA
ATCTCATACTTGATTTTAAATTGAATTCTTTGTAAATTTCTAGAGAAAACAGACTTTAATTGAAT
ATCCACCTTCAGAAACAGGAAGAAAAAGGCATTCATGAGAAGAAAAAGTCCATTTACAGTCACCG
ATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGAATTTAAGGTT
AATTTTTTACATTTTTCATCAAAACAGACTATAATTAAATAGCTACATCAAAAAACGTGTAAAAA
AGTCCATTCATTAGAAA
Found at i:4998 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 4323--5087 Score: 603
Period size: 170 Copynumber: 4.5 Consensus size: 167
4313 CATTAGTGCA
* * * *
4323 AAAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* ** *
4388 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGAGAAAATAGACTT-TAATTGAA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTA-TCAAAACAGA-TTATAATTGAA
** ** * * * * **
4452 TCTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATGGGCAG
126 TAGCTACCTCAAAAAACGTGTA-AAAAAGGCATTCATTGAAAG
* * * * * *
4495 AAAAAGTCTATTTACAGTCACCGATTCCTTCGAAAGCTTTATTACTTG-TTTAAAATGGTTTTAT
1 -AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTAT
* * * * * * * *
4559 AATCTTATAACTGAATTTAGGTTAGATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACATACTATAATTGAAT
64 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTACATTTTT-ATCAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * *
4624 -GCTTGCATCAAGAAACGTGTAAAAAAAGCCATTCATTAGAAAA
127 AGC-TACCTCAAAAAACGTGT-AAAAAAGGCATTCATT-GAAAG
* ** * * * * *
4667 AAAAGTCCATTTATGGT-GTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTCAAA-AGATTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * *
4730 ATCTCATACTTAATTTTAAATTGAATTTTTTAAATTTCTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTATC-AAAACAGATTATAATTGAATAG
* * * *
4795 CCACCTTCAGAAATA-G-GAAGAAAAATGCATTCATTGATAAG
129 CTACC-TCA-AAAAACGTGTA-AAAAAGGCATTCATTGA-AAG
** *
4836 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATCA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
4901 TCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTATATTTTTCATCAAAATAGATTATAATTAAATAGC
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT-ATCAAAACAGATTATAATTGAATAGC
* *
4966 TACCTCAAAAAACGTGTAAAAAAGTTCATTCATTAGCAAG
130 TACCTCAAAAAACGTGTAAAAAAG-GCATTCATT-GAAAG
** * * * *
5006 AAAAGTCCATTTATAGT-GTCTCATTTCTTCAAAAGCCTTGTTACCCG-TTTCAAAAGGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTAT
*
5069 AATCTCATACTTGATTTTA
64 AATCTCATAATTGATTTTA
5088 CATTAAA
Statistics
Matches: 465, Mismatches: 103, Indels: 51
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.02
169 106 0.23
170 172 0.37
171 96 0.21
172 48 0.10
173 35 0.08
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTATCAAAACAGATTATAATTGAATAGCT
ACCTCAAAAAACGTGTAAAAAAGGCATTCATTGAAAG
Done.