Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401722.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4836.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1833
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.10, T:0.26
Warning! 481 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:392 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1181 Score: 1233
Period size: 172 Copynumber: 6.9 Consensus size: 170
* * * * * *
1 CTTTGTACATTGTTGGTCAAAAAAGATTATAATTCAATGTCAACATCTAGAAACATGAAGGTAAA
1 CTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGG-AAA
* * * * * * *
66 TGAATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTAATAATAACCCATTCTTTCAAAAAGCCTTATTACTCGC
65 -GGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCAC
* *** *
131 TTTAAA------TATAATGC-CATAATTGATTTTTAGTTGAATT
128 TTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTGAAATTTGAATT
* * * * * * * **
168 -TTT-TGCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGCATGTCAATCTCGAGAAACACAAAGAGAAA
1 CTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAG-GAAA
** * * *
231 GGTATTTGTTGGCAATAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCACT
65 GG-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * *
296 TTAAATGGTTTTGTAATCTCAAACTTGGTTAAAATTTGAATT
129 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATT
* * *
338 CTTTGTACATTTTTGGTCAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACGTCAAGAAACATGAAGGAAAA
1 CTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGG-AAA
* * * *
403 GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-GTTATTAGTCAACCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACACAC
65 GG-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* ** *
467 TTTAATTTGG-TTTATAATCGAAAAATTGATTTAAATTTGAATT
128 TTTAA-ATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATT
* ** * *
510 CTTTGTATATTTTTAGTTAAAATGGATTATAATTGAATGTTAACCTCAAGAAACATGAGGGAACA
1 CTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGGAA-A
* * * * *
575 GG-TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTAACCCATTCATCCAAAAGCCTTATTACTCACTT
65 GGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
639 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATT
130 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATT
* * * * **
680 CTTTGTATATTTTTTGCTAAAAAAGATTATAATTCAATGTCAACCTCAAGAAATGTGAAGGTAAA
1 CTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGG-AAA
* ** * * *
745 GGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTTTATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACACACT
65 GG-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * *
810 TTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTAAATTTGAATT
129 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATT
* * * * *
852 ATTTGTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
1 CTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAG-GAAA
* *
917 GG-TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTT
65 GGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
*
981 TAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATT
130 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATT
* * * * ** *
1022 CTTTGTACA-ATTTAGTTAAAAAAGATTATAATTCAATGTCAGCGTCAAGAAATGTGGAGGTAAA
1 CTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGG-AAA
* * * * *
1086 GGCATTCATTGG-AAGGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTTAAAAACTCATATTACTCG
65 GG-ATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCA
* *
1150 CTTTACATGGTTTTATAATGC-CATAATTGATT
127 CTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATT
1182 TTAAGTTGAT
Statistics
Matches: 842, Mismatches: 145, Indels: 49
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 23 0.03
165 80 0.10
166 4 0.00
169 50 0.06
170 258 0.31
171 55 0.07
172 368 0.44
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
CTTTGTACATTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGGAAAG
GATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATT
Found at i:675 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 1--1218 Score: 1407
Period size: 342 Copynumber: 3.6 Consensus size: 337
* * *
1 CTTTGTACATTGTTGGTCAAAAAAGATTATAATTCAATGTCAACATCTAGAAACATGAAGGTAAA
1 CTTTGTACATTTTTGGTCAAAAAAGATTATAATTCAATGTCAACGTCAAGAAACATGAAGGTAAA
* * * * *
66 TGAATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTAATAAT-AACCCATT-CTTTCAAAAAGCCTTATTACTC
66 GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCAA-CCATTCCTTT--AAAAGCCTTATTACAC
* * * ** * ** *
129 GCTTTAA---ATATAAT-GCCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTT-TGCATTTTTGGTTAAAAC
128 ACTTTAATGTTTATAATCG-CAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTATATTTTTAGTTAAAAC
* * * * ** * ** * *
189 AGACTATAATTGCATGTCAATCTCGAGAAACACAAAGAGAAAGGTATTTGTTGGCAATAAAAGTC
192 AGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACA-TGAGGGAAAGG--TTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * *
254 TATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAA
254 CATTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAA
* * *
319 CTTGGTTAAAATTTGAATT
319 ATTGATTGAAATTTGAATT
* *
338 CTTTGTACATTTTTGGTCAAAAAAGATTATAATTGAATGTCAACGTCAAGAAACATGAAGGAAAA
1 CTTTGTACATTTTTGGTCAAAAAAGATTATAATTCAATGTCAACGTCAAGAAACATGAAGGTAAA
* *
403 GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTATTAGTCAACCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACACACT
66 GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCAACCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACACACT
* *
468 TTAATTTGGTTTATAATCGAAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAAT
131 TTAA--T-GTTTATAATCGCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTATATTTTTAGTTAAAAC
* *
533 GGATTATAATTGAATGTTAACCTCAAGAAACATGAGGGAACAGGTTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
192 AGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAGGGAA-AGGTTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
* * * *
598 TTTACAGTAACCCATTCATCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
256 TTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAAT
663 TGATTGAAATTTGAATT
321 TGATTGAAATTTGAATT
* * * **
680 CTTTGTATATTTTTTG-CTAAAAAAGATTATAATTCAATGTCAACCTCAAGAAATGTGAAGGTAA
1 CTTTGTACATTTTTGGTC-AAAAAAGATTATAATTCAATGTCAACGTCAAGAAACATGAAGGTAA
* ** * * *
744 AGGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTTTATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACACAC
65 AGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCAACCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACACAC
* *
809 TTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTAAATTTGAATTATTTGTATATTTTTAGTTAAAA
130 TTT-AAT-G-TTTATAATCGCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTGTATATTTTTAGTTAAAA
* **
874 CAGATTATAATTGAATGTCAACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTTCATTGGTAAGAAAAGTCC
191 CAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATG-AGGGAAAGGTTCATTGGTAAGAAAAGTCC
939 ATTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAA
255 ATTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAA
1004 TTGATTGAAATTTGAATT
320 TTGATTGAAATTTGAATT
* * * * ** *
1022 CTTTGTACA-ATTTAGTTAAAAAAGATTATAATTCAATGTCAGCGTCAAGAAATGTGGAGGTAAA
1 CTTTGTACATTTTTGGTCAAAAAAGATTATAATTCAATGTCAACGTCAAGAAACATGAAGGTAAA
* * * * *
1086 GGCATTCATTGG-AAGGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTTAAAAACTCATATTACTCG
66 GGCATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTAATAGTCAACCATTCCTTTAAAAGC-CTTATTACACA
* * * * * *
1150 CTTTACATGGTTTTATAAT-GCCATAATTGATTTTAAGTTG-ATGTTTTTTACATTTTTAATTAA
129 CTTTA-AT-G-TTTATAATCG-CAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TTTTGTATATTTTTAGTTAA
1213 AACAGA
189 AACAGA
1219 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 758, Mismatches: 101, Indels: 40
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
336 21 0.03
337 92 0.12
338 6 0.01
340 2 0.00
341 120 0.16
342 459 0.61
343 15 0.02
344 43 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (337 bp):
CTTTGTACATTTTTGGTCAAAAAAGATTATAATTCAATGTCAACGTCAAGAAACATGAAGGTAAA
GGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCAACCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACACACT
TTAATGTTTATAATCGCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGTATATTTTTAGTTAAAACAGAT
TATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAGGGAAAGGTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATT
GAAATTTGAATT
Done.