Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401727.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4841.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1854
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Warning! 46 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:500 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1851 Score: 1735
Period size: 171 Copynumber: 10.8 Consensus size: 170
* * * * * **
1 GTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTGTAAATGGACTTTTTTTTGTCAATGAATGCTTACT
1 GTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTTATCAATGAATGCTTGTT
* * **
66 TCATCA--TTTTTCTCCAGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAATCAAAAATGTTAAAAAAT
65 TCTTCACGTTTTT-T--AGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGAAAAAAAAT
*
129 TCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAGAAA-CATTTAAAGCGA
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * * *
173 GTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTGTAAATGGGCTTTCTTTTGTTAATGAGTGCTTGTT
1 GTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT-TCTTATCAATGAATGCTTGTT
** ** *
238 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGGTATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAT-ATAAAAAAATT
65 TCTTCACGTTT-TTTAGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGA-AAAAAAATT
* * *
302 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGTGT
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * * *
345 GTAATAAGGCTTTTGATGGAATAGGTGGCTGTAAATAGACTTTTCTTGTCAATTAATAG-TTCTT
1 GTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAAT-GCTTGTT
* * * *
409 TCTTAATGTTTTTTGGGCTAGACATTCAATTATA-TCTGTTTTAATCAAAAATGCAAAAAAAATT
65 TCTTCACGTTTTTTAGG-TAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATG-AAAAAAAATT
* * *
473 CAACTTAAAATCGACTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCGA
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * *
516 GTAATAAGACTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGAGTTTTCCTATCAATGAATGCTTGTTT
1 GTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTT
* * * * *
580 CTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCG
66 CTTCACGTTT-TTTAGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGAAAAAAAATTCA
* * *
645 TCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAA
130 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * *
686 CTAATAAGTCTTTTTAAGGAATGGGTGGCTATAAAT-GACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTT
1 GTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTT
* * * * *
750 CTTCATGTTTCTTAAAGTACACATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCA
66 CTTCACGTTT-TTTAGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGAAAAAAAATTCA
* *
815 ATTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
130 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* *
856 GTAATAAGCCTTTTTAAGGAATGGGTGGCTATAAAT-GAACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTT
1 GTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTT
** * * * * ** *
920 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATATTCTATTTTAATCAAAAATTCAAAAAAATTT
65 TCTTCACGTTT-TTTAGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGAAAAAAAATTC
* ** *
985 AACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAA
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * *
1027 GTAATAAGCCTTTTAAAAGAATGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTATCAATGAATGCTTATT
1 GTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTT
** * * ** *
1091 TCTTCACGTTTCTTGCGGTAGTCATTAAATTATGGTCTGTTTTGATAAAAAAT-ATAAAAAAATT
65 TCTTCACGTTT-TTTAGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGA-AAAAAAATT
* ** *
1155 CAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAAGAATTTAAAGTGA
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * * * * *
1198 GTAATAAGACATTTGAAGGAATGGTTGACTGTAAATAAACTTTTCTTGTCAAAGAATACATCTTT
1 GTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTT
* * * * * *
1263 CTTCACGTATCTTAAGGTAGACAATCAATTATACTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTCA
66 CTTCACGT-TTTTTAGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGAAAAAAAATTCA
* ********** * *
1328 ACATNNNNNNNNNNATAAGATTATAAAACCATTTAAAACGA
130 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* ***********
1369 GTAACAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGNNNNNNNNNNCTTGTTT
1 GTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTT
* * ** * *
1434 CATCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATGTTCTGTTTTAATAAAAAATGCAAAAAAATTAA
66 CTTCACGTTT-TTTAGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGAAAAAAAATTCA
* * * *
1499 ACTTACAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAA
130 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * *
1540 GTAATAAGCCTTTTAAAGGAAAGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGCTTGTTN
1 GTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTT-
********* * * * *
1605 NNNNNNNNNTCTTGAGGTAGACATTCAATTATGCTCTGTTTTAATAAAAAATGCAAAAAAAATTA
65 TCTTCACGTTTTTTAGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATG-AAAAAAAATTC
* *
1670 AACTTCAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* **************** * *
1712 GTAATAAGACTTTTGANNNNNNNNNNNNNNNNAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTGTTT
1 GTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTT
* * *
1777 CTTCACGTTTTTTAAGGTAGATATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCA
66 CTTCACGTTTTTT-AGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGAAAAAAAATTCA
1842 ACTTAAAATC
130 ACTTAAAATC
1852 GAT
Statistics
Matches: 1382, Mismatches: 274, Indels: 47
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 299 0.22
171 770 0.56
172 308 0.22
174 3 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTT
CTTCACGTTTTTTAGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGAAAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
Found at i:1454 original size:513 final size:512
Alignment explanation
Indices: 1--1851 Score: 2042
Period size: 513 Copynumber: 3.6 Consensus size: 512
* * * * * * *
1 GTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTGTAAATGGACTTTTTTTTGTCAATGAATGCTTACT
1 GTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAAC-TTTTCTTATCAATGAATGCTTATT
* * ** * * *
66 TCATCATTTTTCTCCAGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAATCAAAAATGTTAAAAAATTC
65 TCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
* *
131 AACTAAAAATCAATTATGAGATTATAGAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAAT
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAAT
* * * * * *
195 GGGTGGCTGTAAATGGGCTTTCTTTTGTTAATGAGTGCTTGTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGG
194 GGGTGGCTGTAAAT-GACTTT-TCTTGTCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGA
* * *
260 TATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
257 CATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
325 TATAAAACCAATTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTGATGGAATAGGTGGCTGTAAATAGACTTTTC
322 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTC
* * * * * *
390 TTGTCAATTAATAGTTCTTTCTTAATGTTTTTTG-GGCTAGACATTCAATTATA-TCTGTTTTAA
387 TTGTCAATGAATACTTGTTTCTTCACGTTTCTTGAGG-TAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAA
* * * * *
453 TCAAAAATGCAAAAAAAATTCAACTTAAAATCGACTATGAGATTATAAATCCATTTAAAGCGA
451 TCAAAAATGC-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAA
* * * * * *
516 GTAATAAGACTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGAGTTTTCCTATCAATGAATGCTTGTTT
1 GTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGCTTATTT
* * *
580 CTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCG
66 CTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * * *
645 TCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAACTAATAAGTCTTTTTAAGGAATGG
131 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGG
* * * * *
710 GTGGCTATAAATGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTTAAAGTACACATT
196 GTGGCTGTAAATGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATT
* *
775 CAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTCAAATCAATTATGAGATTATA
261 CAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
840 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTTAAGGAATGGGTGGCTATAAAT-GAACTTTTCTTA
326 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATAG-ACTTTTCTTG
* ** * *
904 TCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATATTCTATTTTAATCAA
390 TCAATGAATACTTGTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAATCAA
* * * * *
969 AAATTCAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGCAA
455 AAATGCAAAAAAATTAAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAA
* *
1027 GTAATAAGCCTTTTAAAAGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGCTTATTT
1 GTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGCTTATTT
* * * * ** *
1092 CTTCACGTTTCTTGCGGTAGTCATTAAATTATGGTCTGTTTTGATAAAAAATATAAAAAAATTCA
66 CTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCA
* ** * *
1157 ACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAAGAATTTAAAGTGAGTAATAAGACATTTGAAGGAATGG
131 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGG
* * * * * * * * *
1222 TTGACTGTAAATAAACTTTTCTTGTCAAAGAATACATCTTTCTTCACGTATCTTAAGGTAGACAA
196 GTGGCTGTAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACAT
* * * ********** *
1287 TCAATTATACTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAACATTCAACATNNNNNNNNNNATAAGATTAT
260 TCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
1352 AAAACCATTTAAAACGAGTAACAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
325 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTG
********** * * *
1417 NNNNNNNNNNCTTGTTTCATCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATGTTCTGTTTTAATAAA
390 TCAATGAATACTTGTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAATCAA
*
1482 AAATGCAAAAAAATTAAACTTACAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAA
455 AAATGCAAAAAAATTAAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAA
* * *
1540 GTAATAAGCCTTTTAAAGGAAAGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTATCAATGGATGCTTGTT
1 GTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTATCAATGAATGCTTATT
********** *
1604 NNNNNNNNNNTCTTGAGGTAGACATTCAATTATGCTCTGTTTTAATAAAAAATGCA-AAAAAAAT
65 TCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAAT--ATAAAAAAAT
* * * *****
1668 TAAACTTCAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGANNNNN
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAA
*********** *
1733 NNNNNNNNNNNAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTTTTAAGGTAGA
193 TGGGTGGCTGTAAAT-GACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGA
* *
1798 TATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATC
257 CATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
1852 GAT
Statistics
Matches: 1110, Mismatches: 216, Indels: 21
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
510 1 0.00
511 251 0.23
512 185 0.17
513 488 0.44
514 163 0.15
515 22 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
GTAATAAGCCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGCTTATTT
CTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGG
GTGGCTGTAAATGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATT
CAATTATACTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGT
CAATGAATACTTGTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAATCAAA
AATGCAAAAAAATTAAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAA
Done.