Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401728.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4843.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4494
ACGTcount: A:0.21, C:0.09, G:0.08, T:0.23
Warning! 1775 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:302 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 4--1023 Score: 968
Period size: 171 Copynumber: 6.0 Consensus size: 172
1 TAT
* * **
4 CTCAGGAAACGTGAAG-AAAAGAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTAT-GACCT---ATTC
1 CTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-CCTCCCATTC
* *
64 CTTTAAAAGCCTAATTAC-ACGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAAT
65 CTTTAAAAGCCTTATTACTA-GCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
*
128 TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCGAA
129 TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAA
* * * *
172 CACAAGAAATGTGAA-AAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATATATAGCCTCCCAATCC
1 CTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCC
* * * *
236 TTCAAAAGGCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
66 TTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * *
301 TTTTACATTTATGATTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCCAT
131 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTAA
* * * * * *
343 TTCAAGAAATGTGAAG-AAAATAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATCTTCCCACTCC
1 CTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCC
* * *
407 TTGAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTCTGATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATT
66 TTTAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * ** * * *
471 TTTTAACATTTTTTACAAAAACAAACAATAATTGAATGTCTAT
130 TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAA
** ** * ** * * * *
514 CTTGAGAAACATGAATGGAAAAAGTG--TTCATTATCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATT
1 CTCAAGAAATGTGAA--GAAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATT
* * * * * *
577 CTTTTAAAAGCCTTATCAC-ACGCTTTGAATGGTTTTGTAATCTCATAATTCATTTTCAGTTGAA
64 CCTTTAAAAGCCTTATTACTA-GCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * *
641 TTTTTTTACATTTTTCATCAAAACAGACTATAAATGAACGTCT-A
128 TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAA
** * *** * *
685 C-CTTGACAATCGTGAAGGAAAA-AGCATTCATTGATGAGAAACGTCCATTTATAGCCTCCTATT
1 CTCAAGA-AAT-GTGAAGAAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATT
* * * * * *
748 CCTTTAATAGCCTTTTTACTCG-TTCTAAATGG-TTTCATAATCTCATAATTAAATTTAAGTTTA
64 CCTTTAAAAGCCTTATTACTAGCTT-TAAATGGTTTTC-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* *
811 ATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
127 ATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAA
** ** ** * *
857 CTTGAGAAAAATGAAGAAAAA-AGCACTT-ATTGGCAAGAAAAGTCTTTTTATAGCCTCACATTT
1 CTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGAGCA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTC
* * * * * *
920 CTTCAAAAGCTTTATTACTCA-CTTTAAATTGCTTTCTACTCTCATAAATT-ATTCTAAGTTGAA
65 CTTTAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAA
** *
983 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGT
128 TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
1024 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 687, Mismatches: 136, Indels: 55
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 46 0.07
169 2 0.00
170 14 0.02
171 482 0.70
172 135 0.20
173 3 0.00
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
CTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCC
TTTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAA
Found at i:779 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 9--995 Score: 960
Period size: 343 Copynumber: 2.9 Consensus size: 339
1 TATCTCAG
*
9 GAAA-CGTGAAGAAAAGAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTAT-G-ACCTATTCCTTTAAA
1 GAAATCGTGAAGAAAAGAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCTCCTATTCCTTTAAA
* * *
71 AGCCTAATTACACGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
66 AGCCTTATTACTCG-TTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* *** **
136 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCGAACACAAGAAATGTGAA-AAAAAGAGCATTC
130 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAAAATGAAGAAAAAGAG-ATTC
* * * * * *
200 ATTGGCAAGAAAAGTTCATATATAGCCTCCCAATCCTTCAAAAGGCTTATTACTAGCTTTAAATG
194 ATTAGCAAGAAAAATCCATATATAGCCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATCACTAGCTTTAAATG
* * *
265 GTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATGATTAAAACAGATAATA
259 GTTTTATAATCTAATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATCATCAAAACAGATAATA
* * *
330 ATTGAATGTCCATTTCAA
324 AATGAACGTCCACTT--A
* ** * * * * *
348 GAAAT-GTGAAGAAAATAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATCTTCCCACTCCTTGAA
1 GAAATCGTGAAGAAAAGAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGC-TCCTATTCCTTTAA
* * * *
412 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTGATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTAA
65 AAGCCTTATTACTC-GTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* ** * * * * *
477 CATTTTTTACAAAAACAAACAATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAATGGAAAAAGTG-T
129 CATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAAAATGAA--GAAAAAGAGAT
* * * * * * * *
541 TCATTATCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATTCTTTTAAAAGCCTTATCAC-ACGCTTTGA
192 TCATTAGCAAGAAAAATCCATATATAGCCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATCACTA-GCTTTAA
* * * *
605 ATGGTTTTGTAATCTCATAATTCATTTTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATCAAAACAGACT
256 ATGGTTTTATAATCTAATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATCATCAAAACAGA-T
*
670 -ATAAATGAACGTCTACCTT-
320 AATAAATGAACGTCCA-CTTA
* *
689 GACAATCGTGAAGGAAAA-AGCATTCATTGATGAGAAACGTCCATTTATAGCCTCCTATTCCTTT
1 GA-AATCGTGAA-GAAAAGAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG-CTCCTATTCCTTT
* * * * *
753 AATAGCCTTTTTACTCGTTCTAAATGG-TTTCATAATCTCATAATTAAATTTAAGTTTAATTTTT
63 AAAAGCCTTATTACTCGTT-TAAATGGTTTTC-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* *
817 TTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAAATGAAGAAAAA-AGC
126 TTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAAAATGAAGAAAAAGAG-
* * ** * * * * * * *
881 ACTT-ATTGGCAAGAAAAGTCTTTTTATAGCCTCACATTTCTTCAAAAGCTTTATTACTCA-CTT
190 A-TTCATTAGCAAGAAAAATCCATATATAGCCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATCACT-AGCTT
* * * * * *
944 TAAATTGCTTTCTACTCTCATAAATT-ATTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
253 TAAATGGTTTTATAATCTAAT-AATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
996 TTTGTTAAAA
Statistics
Matches: 523, Mismatches: 102, Indels: 43
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 41 0.08
340 1 0.00
341 8 0.02
342 199 0.38
343 257 0.49
344 10 0.02
345 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
GAAATCGTGAAGAAAAGAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCTCCTATTCCTTTAAA
AGCCTTATTACTCGTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAAAATGAAGAAAAAGAGATTCAT
TAGCAAGAAAAATCCATATATAGCCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATCACTAGCTTTAAATGGT
TTTATAATCTAATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATCATCAAAACAGATAATAAA
TGAACGTCCACTTA
Found at i:1023 original size:514 final size:511
Alignment explanation
Indices: 29--998 Score: 1249
Period size: 514 Copynumber: 1.9 Consensus size: 511
19 GAAAAGAGCA
* *
29 TTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATGACCTATTCCTTTAAAAGCCTAATTACACGCTTTAAATG
1 TTCATTGATAAGAAAAATCCATTTATGACCTATTCCTTTAAAAGCCTAATCACACGCTTTAAATG
* * *
94 GTTTTCTAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATA
66 GTTTTCTAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATCAAAACAGACTATA
* * * *
159 ATTGAATGTCGAACACAAGAAATGTGAAAAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATATATA
131 AATGAACGTCGAACACAAGAAATGTGAAAAAAAGAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATATATA
* * * *
224 GCCTCCCAATCCTTCAAAAGGCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTT
196 GCCTCCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTCATAATCTAATAATTAAATT
* * **
289 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTATGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCCATTTCAAGAAATG
261 TAAGTTGAATTTTTTTACATTTATCATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCCACTTCAAGAAAAA
* * * * *
354 TGAAGAAAATAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATCTTCCCACTCCTTGAAAAGCCTT
326 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCACACTCCTTCAAAAGCCTT
* *
419 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTGATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTAACATTTTT
391 ATTACTCACTTTAAATGGCTTTCTGATCTCATAATTGATTCTAACTTGAATTTTTTAACATTTTT
484 TACAAAAACAAACAATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAATGGAAAAAGTG
456 TACAAAAACAAACAATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAATGGAAAAAGTG
* * *
540 TTCATT-ATCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATTCTTTTAAAAGCCTTATCACACGCTTTG
1 TTCATTGAT-AAGAAAAATCCATTTAT-G--ACCTATTCCTTTAAAAGCCTAATCACACGCTTTA
* *
604 AATGGTTTTGTAATCTCATAATTCATTTTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATCAAAACAGAC
62 AATGGTTTTCTAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATCAAAACAGAC
* ** * ** *
669 TATAAATGAACGTC-TAC-CTTGACAATCGTGAAGGAAAA-AGCATTCATTGATGAGAAACGTCC
127 TATAAATGAACGTCGAACACAAGA-AAT-GTGAA-AAAAAGAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * * * * *
731 ATTTATAGCCTCCTATTCCTTTAATAGCCTTTTTACTCG-TTCTAAATGGTTTCATAATCTCATA
189 ATATATAGCCTCCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTT-TAAATGGTTTCATAATCTAATA
* * * *
795 ATTAAATTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCT
253 ATTAAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATCATTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCCA-CT
* * * *
859 T-GAGAAAAATGAAGAAAAAAGCACTT-ATTGGCAAGAAAAGTCTTTTTATAGCCTCACATTTCT
316 TCAAGAAAAATGAAGAAAAAAGCA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCACACTCCT
* * *
922 TCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATTGCTTTCT-ACTCTCATAAATT-ATTCTAAGTTGAATT
380 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTCTGA-TCTCAT-AATTGATTCTAACTTGAATT
*
985 TTTTTACATTTTTT
443 TTTTAACATTTTTT
999 GTTAAAACAG
Statistics
Matches: 390, Mismatches: 56, Indels: 23
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 2 0.01
511 22 0.06
512 4 0.01
513 8 0.02
514 341 0.87
515 13 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (511 bp):
TTCATTGATAAGAAAAATCCATTTATGACCTATTCCTTTAAAAGCCTAATCACACGCTTTAAATG
GTTTTCTAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATCAAAACAGACTATA
AATGAACGTCGAACACAAGAAATGTGAAAAAAAGAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATATATA
GCCTCCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTCATAATCTAATAATTAAATT
TAAGTTGAATTTTTTTACATTTATCATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCCACTTCAAGAAAAA
TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCACACTCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCACTTTAAATGGCTTTCTGATCTCATAATTGATTCTAACTTGAATTTTTTAACATTTTT
TACAAAAACAAACAATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAATGGAAAAAGTG
Done.