Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401741.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4856.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:1289 original size:122 final size:122
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Indices: 1065--1289 Score: 267
Period size: 122 Copynumber: 1.8 Consensus size: 122
1055 TCTATTAAAA
* * **
1065 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGAGAGTAATAGGACTTTCGAAGGAATGGGTGACTAT
1 TCAATTATAAGATTATAAAACCATTTGAAGAGAGTAATAGGACTTTCAAAGGAATAAGTGACTAT
* * * *
1130 AAACAGACTTTTCTTATCAATAGATGGCTATTTCTTCATGTTATCCAAGGTAGAAAT
66 AAACAAACTTTTCATACCAATAGATAGCTATTTCTTCATGTTATCCAAGGTAGAAAT
* * **
1187 TCAATTATAAGATTATAAAACTATTT-ACAGTGAGTAATAAGG-CTTTCAAAGGCTTAAGTGACT
1 TCAATTATAAGATTATAAAACCATTTGA-AGAGAGTAAT-AGGACTTTCAAAGGAATAAGTGACT
* * *
1250 ATAAATAAACTTTTCATGCCAATGGATAGCT-TTTACTTCA
64 ATAAACAAACTTTTCATACCAATAGATAGCTATTT-CTTCA
1290 CATTTCTCGA
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 15, Indels: 6
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
121 4 0.05
122 78 0.92
123 3 0.04
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Consensus pattern (122 bp):
TCAATTATAAGATTATAAAACCATTTGAAGAGAGTAATAGGACTTTCAAAGGAATAAGTGACTAT
AAACAAACTTTTCATACCAATAGATAGCTATTTCTTCATGTTATCCAAGGTAGAAAT
Found at i:1593 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1187--4842 Score: 2820
Period size: 171 Copynumber: 21.5 Consensus size: 170
1177 AGGTAGAAAT
* * * * * * **
1187 TCAATTATAAGATTATAAAACTATTTACAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
** * * * * ** * * * * **
1252 AAATAAACTTTTCATGCCAATGGATAGCTTTTACTTCACATTTCTCGACGTAAATGTTCAATTAT
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * *
1317 AATATATTTTAA-TAAAAAAATAAAAAATT--A-TTAAAA
131 AATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAA
* * * * *
1353 TCAATTATGAGATTATAATACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * *
1418 AAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTAAAGGCAAACATTCAATTAT
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTAT
*
1483 AATCT-TTTTCAACCAAAAATGTAGAAAAATTCAACCTAAAA
131 AATCTATTTT-AACCAAAAATATA-AAAAATTCAACCTAAAA
** * ** * *
1524 AGAATGATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGGGTGACAAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * ** ** *
1589 AAATGGACTTTCCTTGCCAAAGCATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAAGTAGACATATC-ATTA
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACAT-TCAATTA
* * *
1653 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAA
130 TAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACCTAAAA
* * * *
1695 TCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGATTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * * * *
1760 AAATGGACTTTTTTTACCAATGGATGGCTATTTCTTCATGTTTCTC-ATGTAGACATTCAATTAT
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * *
1824 AAT-TTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAA
131 AATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAA
* * * * ** **
1864 TCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTACAA-CAAGTAAGAAGGTTTTCGCAA-GTTTGAATGACT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCATGGGTGACT
* * * ** * * *
1927 ATAAATGGACTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTT-GAGGTAAATATTCAAT
64 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAAT
* * * **
1991 TATAGTATATGTTAATAAAAAATATTAATAAAATTCAA-CTAAAAA
128 TATAATCTATTTTAACCAAAAATA-TAA-AAAATTCAACCT-AAAA
** * * * * * *
2036 TCAATTATGAGATTATAAAATTATTTATAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTAGGTGGCTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * *** * * ** *
2101 AAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATGGATTTTTCTT-AACATTTTCAGACGCAGATGTTTAATTA
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCA-AGGTAGACATTCAATTA
* * *
2165 TAATATATTTT-ACCAAAAATATAAAAAAGTCTAA-CTTAAA
130 TAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTC-AACCTAAAA
* * ** ** * * * * *
2205 TTAATTATGAGATTACAAAACTGTTTAAAGTAAGTAATAAGGATATC-AAGGACCTAGGTGGCTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CATGGGTGACTA
* * * ** * * *
2269 TAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATAGAC-TTTTCTTCACATTTCTT-GAGTTAGATATTCAAT
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAAT
* *
2332 TATAATCTATTTTAACCTAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAAA
128 TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACCT-AAAA
* *
2377 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * *** * * * *
2442 AAATGGACTTTTGTTGCAAATGAATAAATTTTTCTTGAAG-TTTTCTACGATAGACATTCAATTA
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTA
* ** * *
2506 TAATTTATTTGGA-TAGAAAATGTTAAAAAATTCAACCTAAAA
130 TAATCTATTTTAACCA-AAAAT-ATAAAAAATTCAACCTAAAA
* ** * * * * *
2548 ACAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAATCAGGCTTTCAAAAGCAAGGGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * * *
2613 AAATGCACTTTT-TT-CCTAATGAATGACTTTTT-TTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATT-
66 AAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * *
2674 TAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAACACTTCAATCTAAAA
130 TAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACCTAAAA
* ** * * *
2716 TAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACCTTT-GAAGGCATTGATGACAA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTA
* * * * * ** * * *
2780 TAAAAGGACTTTTCTTGTCAATGCATGACTTTTTCTTTCCA--TATTTCAAGACAAATAATCAAT
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TT-CATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAAT
* * ** * **
2843 TATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAAATTCAATTTAAAA
128 TATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAA-AAATTCAACCTAAAA
* * *
2888 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGCCTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* *
2953 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * *
3018 AATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACCTACAA
131 AATCTATTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACCTAAAA
* * * * * * *
3059 TCAGTTATGAAATTATGAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGGCATGGATAACTG
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCATGGGTGACTA
* ** * ** * * **
3123 TAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATTACTTTTTCTTTATGTTTTTTGAGTTAGGCATTCAAAAA
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * *
3188 GT-ATCTGGTTTTTACCAAATATATAAAAAAAATCAACATAAAA
130 -TAATCT-ATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAA
* * * ** * * * *
3231 CCCATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-ATGTAATAAAACTTTCAAATGTATGGGCGACTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTA
* * * * * * * * * * * * *
3295 TAGATGGATTTTTCTTACCAATGAGTAGATTTTTCTTTACGTTTCTCAAAGTATACACTCAACTA
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * *
3360 TTATCTATTTTTACTAGAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAA
130 TAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACCTAAAA
* * * * * *
3402 CCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGGTGACTAG
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * * *
3467 AAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTCTCTTCATG-TTTTCTGAGGCAAACATCCAATT
66 AAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTC-AAGGTAGACATTCAATT
* * * * *
3530 ATAATCTGTTTTAA-CTAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAG
129 ATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAA
* * * * * *
3572 TCAATTATGAGATTATAGAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * * * ** * *
3637 AAATAGACTTTTCTTGCCAATGATTGGCTTTGTCTTTATGGTTCCCATGGTAGATATTCAATTAT
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * *
3702 AATCTATTTTAGCTAAAAATTTAAAAGCATTCAACCTAAAA
131 AATCTATTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACCTAAAA
** * * * *
3743 TCTTTTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGGCCTTAGAAGGTATGGGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * * * *
3808 AAATGGACTTTT-TCTGTCATTGCATGACTTTTTCTTCAAG-TTTCCAAAGGTAGACATTCAATT
66 AAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTC-AAGGTAGACATTCAATT
* * * * *
3871 ATATTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCTA-TTAAAA
129 ATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAA
* * * ** *
3913 TCAATTATGAGATTATAAAATCATTCGAAA-AGAGTAATAAGATTTTCGAAGGTATGGGTGACTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATT-TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTA
* ** * * * * * *
3977 TAAACGGACTTTTCTTATCAATGGATAG-TTATTTCTTCACGTTTTCCATGGTAGAGATTCAATT
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT-TTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATT
* * * * *
4041 ATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAGTTTAATCTAAAA
129 ATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAA-TTCAACCTAAAA
* * * * * * * ** * **
4084 TCAATAATGACATTATAAAACTATTTACAGTGGGTAATAAGGCTTTCAAAAACTTAAGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
** * * * * * ** * * * * *
4149 AAATAAACTTTTCATACAAATGGATAGG-TTTTGCTTCA-CATTTCCTGAGGTAAATATTTAATT
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTTTC-AAGGTAGACATTCAATT
* * ** * **
4212 GTAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTAAATTTAAAA
129 ATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAA
* ** * * * *
4254 TCAATTATGAGATTATAATACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGATTTTGAAGGCTTAGGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * * * * * * *
4319 AAATAGATTTTTCCTGCCAATTATTAGCTTTTTCTTCACG-TTTTCAAAGGCAAACATTCAATTA
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTA
** *
4383 TAATCT-TTTTCAATAAAAAATATAGAAAAATCCAACCTAAAA
130 TAATCTATTTT-AACCAAAAATATA-AAAAATTCAACCTAAAA
* * *
4425 TCAATGATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TCTTCGAAGGCATGAGTGACTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCATGGGTGACTA
* * * * ** **
4489 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGCATGACTTTTTCTTCAAGTGTCCCAAGACAGACATTCAATTA
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * * *
4554 TATTTTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAA
130 TAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAA
* * * *
4595 TTAATTATGA-AGTTATAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTA
1 TCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTA
* * *
4659 TAAATGGACTTTTC--GCACTAATGAATGGCTTTTTCTTTATG-TTTTCAAGTTTAGACATTGAA
65 TAAATGGACTTTTCTTGC-C-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAG-GTAGACATTCAA
* * * *
4721 TTATAATATATTTTAACCAAACATATAAAAAGGTTCAACTTAAAA
127 TTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACCTAAAA
* * * * * * *
4766 TCAATTCTGAGATTATAAAACCACTTAACA-CGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGATGACTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTA
4830 TAAATGGACTTTT
65 TAAATGGACTTTT
4843 TATGCTAATG
Statistics
Matches: 2779, Mismatches: 611, Indels: 195
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 4 0.00
166 113 0.04
167 12 0.00
168 96 0.03
169 284 0.10
170 657 0.24
171 1088 0.39
172 508 0.18
173 17 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTAT
AATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAA
Found at i:2070 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1187--4842 Score: 2877
Period size: 341 Copynumber: 10.7 Consensus size: 340
1177 AGGTAGAAAT
* * * ** * * **
1187 TCAATTATAAGATTATAAAACTATTTACAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
** * * * * * *
1252 AAATAAACTTTTCATGCCAATGGATAGCTTTTACTTCACATTTCTCGACGTAAATGTTCAATTAT
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAATATTCAATTAT
* ** * *
1317 AATATATTTTAAT-AAAAAAATAAAAAATT--A-TTAAAATCAATTATGAGATTATAATACCATT
131 AATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* ** *
1378 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TAGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAA
196 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * * * * *
1442 TGGCTTTTTCTTCATGTTTTTAAAGGCAAACATTCAATTATAATCTTTTTCAACCAAAAATGTAG
260 TGACTTTTTCTTCATGTTTCT-CAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATATAA
*
1507 AAAAATTCAACCTAAAA
324 AAAAATTCAACTTAAAA
** * *** * *
1524 AGAATGATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCCTTCGAAGGCATGGGTGACAAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * * * * *
1589 AAATGGACTTTCCTTGCCAAAGCATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAAGTAGACATA-TC-ATT
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTA-A-ATATTCAATT
* * * *
1652 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACC
129 ATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * *
1717 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGATTATAAATGGACTTTTTTTACCAATG
193 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * *
1782 GATGGCTATTTCTTCATGTTTCTCATGTAGACATTCAATTATAAT-TTTTTTAACCAAAAATATA
258 AATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATATA
*
1846 AAAAAAATCAACTTAAAA
323 AAAAAATTCAACTTAAAA
* * * ** **
1864 TCAATTATGAGATTATAAAAGCATTTACAA-CAAGTAAGAAGGTTTTCGCAA-GTTTGAATGACT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGCAAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCATGGGTGACT
* * * * **
1927 ATAAATGGACTTTTCATGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTGAGGTAAATATTCAATT
64 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAATATTCAATT
* * * * *
1992 ATAGTATATGTTAATAAAAAATATTAATAAAATTCAA-CTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
129 ATAATCTATTTTAATCAAAAAT-GTAA-AAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** * * * *
2056 TTATTTATAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCT-TAGGTGGCTATAAATGGACTTCTCTTGCCA
191 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
** * * ** * * *
2120 ATGAATGGA-TTTTTCTTAACAT-TTTCAGACGCAGATGTTTAATTATAATATATTTT-ACCAAA
255 ATGAAT-GACTTTTTCTT--CATGTTTCTCAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAA
*
2182 AATAT-AAAAAAGTCTAACTT-AAA
317 AATATAAAAAAATTC-AACTTAAAA
* * ** * * * * * *
2205 TTAATTATGAGATTACAAAACTGTTTAAAGTAAGTAATAAGGATATC-AAGGACCTAGGTGGCTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CATGGGTGACTA
* * * * ** * *
2269 TAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATAGAC-TTTTCTTCACATTTCTTGAGTTAGATATTCAATT
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAATATTCAATT
* *
2333 ATAATCTATTTTAACCTAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
129 ATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * *
2398 CATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCAAAT
192 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * ** *
2463 GAATAAATTTTTCTTGAAGTTT-TCTACGATAGACATTCAATTATAAT-TTATTTGGA-TAGAAA
257 GAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTC-A-GGTAGACATTCAATTATAATCTT-TTTTAACCA-AAA
* * *
2525 ATGTTAAAAAATTCAACCTAAAA
318 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* ** * * * *
2548 ACAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAATCAGGCTTTCAAAAGCAAGGGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * * *
2613 AAATGCACTTTT-TT-CCTAATGAAT-GACTTTTT-TTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATT
66 AAATGGACTTTTCTTGCC-AATGGATAG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAATATTCAATT
* * * *
2674 -TAATCTATTTTAA-CTAAAAATATAAAACACTTCAATCTAAAATAAATTATGAGATTATAAAAC
129 ATAATCTATTTTAATC-AAAAATGTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
** * * * * * * *
2737 CATTTAAAGCGAGTAATAATACCTTT-GAAGGCATTGATGACAATAAAAGGACTTTTCTTGTCAA
192 CATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTCAAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * ** * * * * * **
2801 TGCATGACTTTTTCTTTCCATATTTC-AAGACAAATAATCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAA
256 TGAATGACTTTTTC-TT-CATGTTTCTCAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAA
* *
2865 TGTAAAACAAATTCAATTTAAAA
319 TATAAAA-AAATTCAACTTAAAA
* *
2888 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGCCTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * *
2953 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAATATTCAATTAT
* * * * * * * *
3018 AATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACCTACAATCAGTTATGAAATTATGAAACTAT
131 AATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * *
3083 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAGGGCAT-GGATAACTGTAAATGGACTTTTCTTGCTAATGA
195 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATAGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * * ** *
3147 ATTACTTTTTCTTTATGTTTTTTGAGTTAGGCATTCAAAAAGT-ATCTGGTTTTT-ACCAAATAT
259 ATGACTTTTTCTTCATG-TTTCTCAGGTAGACATTCAATTA-TAATCT--TTTTTAACCAAAAAT
* *
3210 ATAAAAAAAATCAACATAAAA
320 ATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * ** * * * *
3231 CCCATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCATGTAATAAAACTTTCAAATGTATGGGCGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * * * * * * * *
3296 AGATGGATTTTTCTTACCAAT-GAGTAGATTTTTCTTTACGTTTCTCAAAGTATACACTCAACTA
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAATATTCAATTA
* * * * *
3360 TTATCTATTTTTA-CTAGAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAACCAATTATGAGATTATAAAACC
130 TAATCTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* ** *
3424 TTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TAGGTGACTAGAAATGGACTTTTCTT-CTCAA
193 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAA
* * * * * * * *
3487 TGAATGGCTTTCTCTTCATGTTTTCTGAGGCAAACATCCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAT
256 TGAATGACTTTTTCTTCATG-TTTCTCAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAAT
* *
3551 ATAAAAAAATACAACTTAAAG
320 ATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * *
3572 TCAATTATGAGATTATAGAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * * * * * * *
3637 AAATAGACTTTTCTTGCCAAT-GATTGGCTTTGTCTTTATGGTTCCCATGGTAGATATTCAATTA
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAATATTCAATTA
* * * **
3701 TAATCTATTTT-AGCTAAAAATTTAAAAGCATTCAACCTAAAATCTTTTATGAGATTATAAAACC
130 TAATCTATTTTAATC-AAAAATGTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * *
3765 ATTTCAAGCGAGTAATAAGGCCTT-AGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TCTGTCAT
193 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAA
* * * * *
3828 TGCATGACTTTTTCTTCAAGTTTC-CAAAGGTAGACATTCAATTATATTCTGTTTTAACTAAAAA
256 TGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTC--AGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAA
*
3892 TATAAAAAAATTCTA-TTAAAA
319 TATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * ** *
3913 TCAATTATGAGATTATAAAATCATTCGAAA--AGAGTAATAAGATTTTCGAAGGTATGGGTGACT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATT-TAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACT
* ** * * *
3976 ATAAACGGACTTTTCTTATCAATGGATAG-TTATTTCTTCACGTTT-TCCATGGTAGAGATTCAA
64 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTT-TTTCTTCACGTTTCT-CAAGGTAAATATTCAA
* * * * * * *
4039 TTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAGTTTAATCTAAAATCAATAATGACATTATAAAA
127 TTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * ** * ** * * *
4104 CTATTTACAGTGGGTAATAAGGCTTTCAAAAACT-TAAGTGACTATAAATAAACTTTTCATACAA
191 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * ** * * * * * * * **
4168 ATGGAT-AGGTTTTGCTTCACATTTCCTGAGGTAAATATTTAATTGTAATATATTTTAATAAAAA
255 ATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTT-CTCAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAA
* *
4232 ATAT-AAAAAATTAAATTTAAAA
318 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * *
4254 TCAATTATGAGATTATAATACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGATTTTGAAGGCTTAGGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * * * *
4319 AAATAGATTTTTCCTGCCAAT-TATTAGCTTTTTCTTCACGTTT-TCAAAGGCAAACATTCAATT
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TAGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAAATATTCAATT
* * * *
4382 ATAATCT-TTTTCAATAAAAAATATAGAAAAATCCAACCTAAAATCAATGATGAGATTATAAAAC
129 ATAATCTATTTT-AATCAAAAATGTA-AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * *
4446 CATTTAAAGCAAGTAATAAGG-TCTTCGAAGGCAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
192 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCAAAGGTATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * * ** *
4509 ATGCATGACTTTTTCTTCAAGTGTCCCAAGACAGACATTCAATTAT-ATTTTGTTTTAA-CAAAA
255 ATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTC-AGGTAGACATTCAATTATAATCTT-TTTTAACCAAAA
* *
4572 ATGTAAAAAAATTTAACTTAAAA
318 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * *
4595 TTAATTATGA-AGTTATAAAACTATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTA
1 TCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTA
* * * * * * * *
4659 TAAATGGACTTTTC--GCACTAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTT-TCAAGTTTAGACATTGAA
65 TAAATGGACTTTTCTTGC-C-AATGGATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG-GTAAATATTCAA
* * * * * * *
4721 TTATAATATATTTTAACCAAACATATAAAAAGGTTCAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAA
127 TTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * ** *
4786 CCACTTAACA-CGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TAGATGACTATAAATGGACTTTT
191 CCATTTAA-AGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
4843 TATGCTAATG
Statistics
Matches: 2628, Mismatches: 573, Indels: 232
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 106 0.04
338 17 0.01
339 130 0.05
340 326 0.12
341 1321 0.50
342 260 0.10
343 446 0.17
344 18 0.01
345 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAATATTCAATTAT
AATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
GACTTTTTCTTCATGTTTCTCAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATATAAAA
AAATTCAACTTAAAA
Done.