Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401742.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4857.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3540
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.11, T:0.34
Warning! 465 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1632 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1149--3540 Score: 2060
Period size: 171 Copynumber: 14.1 Consensus size: 170
1139 NNNNNNNNNN
* * * **
1149 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATATTTTTT-TATTTTTCT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAG
* * *** * * * *
1213 TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTTGGAAACATGTAGAAAAGGCATTCATTGGTAAGA
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* *
1278 AATGT-TCATTTATAGTCAC-CTATCCCTTCAAAAGCCTTATT
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** * * * * *
1319 ACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGA-TTTAAGGTGAATTTTTTCATATTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* * * * * * *
1383 CAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCT-TAGAAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTCATTAGGAG
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* * * *
1446 GAAAAGT-TCATTTATAGACTCTCATTCCTTTAAAAACCTTATT
128 GAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * *
1489 ATTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTGAATGTTTTTAGATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* * * * *
1554 TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGGAGAGGAAGGCATTCATTAGCAAGT
66 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGA-AAAGGCATTCATTAGCAAGA
* * *
1619 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCCTTATT
130 AAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* *
1660 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCA-ACATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTA
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTA
* * *
1724 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGAAGAGAAATGCATTCATTAG-AA
64 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGA-AAAGGCATTCATTAGCAA
* *
1788 AACAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATTCTTTCAAAAGCCTTATT
128 GA-AAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
1832 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAG
* * * *
1896 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCAT-GAGAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTCATTAGCA
65 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAAGAAACGTGA-AG-AAAAGGCATTCATTAGCA
* * * *
1959 AG-AAAGTCAATTTATAGTCAC-CTATTCCCTCAAAAGTCTTCTT
127 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* *
2002 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTGTTTTTTACAATTTT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-T-TTTTTTACATTTTT
* * * * * ** *
2066 GGTTAAAATATATTGTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAGGGCATTCATTAGCA
63 AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA-GGCATTCATTAGCA
* * * *
2131 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCTTTGTT
127 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
2175 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTGA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTAC
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
* * ** * * * * *
2239 TTAAAAAAG-GTACTAATTGAATGTCCGCCT-AAGGGAATGTGAAGTGAAAGCCATCCATTAGCA
65 TTAAAACAGACTA-TAATTGAATGTCTACCTCAA-GAAACGTGAAG-AAAAGGCATTCATTAGCA
* * * ** *
2302 TGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGT-CTTTGAAAGCCTTACT
127 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
2346 ACTTGCTTTAAATGGTTTTGTGAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* * * * * *
2411 TTAAACAGACTATAATTGAATTTCTACCTCAAGAAA--TG-TG--AAGGTATTCATTGGCAAAAA
66 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAGGCATTCATTAGCAAGAA
* *
2471 AAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATT
131 AAGTCT-ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
2511 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGCTAAATTTTCTTACATTTTCA-T
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* * * ** ** * *
2575 TAAAACAGATTATTATTTAATG-CATGTCTCACTAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTTAG-AA
66 TAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAGGCATTCA-TTAGCAA
* * * *
2638 GAAAAGTCCATTTATATTCTA-TCATTCCTTTAAAAGTCTTATT
128 GAAAAGTCTATTTATAGTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * *
2681 ACTCACTTTAAAAGATTTTATAATTTCGTAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* ** * * * * *
2746 TAAAATAGACTATAATTGAATGT-TGACCTTGAGAAACATGTAGAAAATGCCGTTCATTAGGAAA
66 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA-GGCATTCATTA-GCAA
* * * * * * * *
2810 AAAAAGTCCATTTATAATCTCCCAATCTTTCAGAAGCCTTATT
128 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
2853 ACTCGCTTTAAATGGTTTCATAGTCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTTCGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* * * ** ** * * * *
2917 TAAAAAAGGCTATAATTGAATGTTTGTCT-TGGAGAACGTGAAGCAAAAGGCATCCATTGGTATG
66 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGA-AACGTGAAG-AAAAGGCATTCATTAGCAAG
* * ** *
2981 AAAAGTCCATTTATAGTTACTCAAGCCTTCAAAAGCCCTATT
129 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
3023 ACTTGCTTT-AATGGTTTGATAAACTAACAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTAG
* * * * * * * *
3087 CTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGC-TTCATTGGCGAC
65 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAGGCATTCATTAGCAAG
* *
3151 AGAAGT-TCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGACTTATT
129 AAAAGTCT-ATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * *
3193 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTGAGTTGAATTTTTTCATATTTTTGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
* * * * * * *
3258 TAAAATAGATTATAATTGAAAGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGAGAAAGGCATTCATTGGTAAGA
66 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGA-AAAGGCATTCATTAGCAAGA
* * * * *
3323 AAGGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCCTTATT
130 AAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* *
3364 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTATTTACATTTTTCA-
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AG
* * * * * * * *
3428 TTAAAACGGACTATAGTTAAATGTTTACCTCAAAAAATGTGTAAAAAAAGTCATTCATT----AG
65 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTG-AAGAAAAGGCATTCATTAGCAAG
* * *
3489 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCGTTATT
129 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
3531 ACTCGCTTTA
1 ACTCGCTTTA
Statistics
Matches: 1796, Mismatches: 354, Indels: 147
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
164 28 0.02
165 94 0.05
166 2 0.00
167 49 0.03
168 8 0.00
169 90 0.05
170 448 0.25
171 680 0.38
172 317 0.18
173 75 0.04
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAGGCATTCATTAGCAAGAA
AAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
Done.