Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397298.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_11.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 284433
ACGTcount: A:0.29, C:0.10, G:0.10, T:0.29
Warning! 64595 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 2
Found at i:1312 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 485--1962 Score: 1514
Period size: 172 Copynumber: 8.6 Consensus size: 171
475 NNNNNNNNNN
** *
485 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GTCTAGAGTGAC
1 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGGTGAC
* * ** * *** *
549 TATAAATGGATTTTTTTTGTCAATGAATAG-CTTTCGCTTCACGTTACCCAAGGCAGACATTCAA
65 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAA
* * *
613 TTATAGTCCT-TTTGAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAA
129 TTATAAT-CTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * *
656 AATCAATTATAAGATTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATTGGTGGCT
1 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * * * * * *
721 ATATATTGACTTCTT-TT-ACTAATGACTGCCTTTTTCTTCATGTTCCTCAT-A-GTAGACATTT
66 ATAAATGGACTT-TTCTTGTC-AATGAATGTCTTTTTCTTCACGTT--TCTTGAGGTAGACATTC
* * *
782 AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTATAAAAAATTTAACTTAA
127 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAA
* *
828 AATCAATTTTGAGATTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
1 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * * * *
893 ATAAATGGACTTTTTTTATTAATGAATGTCATTCTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
66 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
* *
958 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATATACAAAAAATTCAAATCAA
131 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAA
* * * *
1000 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCATTCGAAGAAATGGGTGACT
1 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* * * * ** *
1065 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATT
66 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
* * * *
1130 ATAGTTTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAAATCAACTTAA
131 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * * ** *
1171 AATCAATTATAACATTATAAAACTATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTTTAAGGTGTGGGTTG-T
1 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG-TGAC
* *
1235 TATAAATGGACTTTTCTTGTCGA-GAAAT-TTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAA
65 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATG-AATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAA
* * *
1298 TTATACTCTGTTTTAATCTAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAA
129 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * ** * *
1340 AATCAATTTTGATATTATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTAACT
1 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* ** * * * * * * * *
1405 ATATATGGACTTTTAGTGTCAATGGATGGCTTATGCTTCACGTTCCTTAAGGAAAACATTCAATT
66 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
* * * **
1470 AT-AGCTCTTTTAGCCAAAAACCTAAAAAAATTCAACTTAAA
131 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AA
* * *
1511 AAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACA
1 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
** * *
1575 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTTGCTTTATGTTTCTT-ATGGTAGACATTCAA
66 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTT-CTTCACGTTTCTTGA-GGTAGACATTCAA
** * * *
1638 TTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATACAAAGAATTGAAATTAA
129 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
1682 AATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAATGAGGCTTTTGACGGAATGAGTGACT
1 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
* ** * * * *
1747 ATAAATAGACTTTTCTTGTTTATGAATATCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAAATATTCAATT
66 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
* * *
1812 ATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAA
131 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
1853 AATCAATTATG-GCATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATTGGTGGC
1 AATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * *
1917 TATAAATGGACATTTCTTG-CTAATGAATATCCTTTTCTTCACGTTT
65 TATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTT
1963 TGTAACACTC
Statistics
Matches: 1072, Mismatches: 207, Indels: 56
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 103 0.10
170 204 0.19
171 327 0.31
172 429 0.40
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATT
ATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
Found at i:1944 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 485--1962 Score: 1566
Period size: 343 Copynumber: 4.3 Consensus size: 341
475 NNNNNNNNNN
* * *
485 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GTCTAGAGTGAC
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-GGGTGAC
* * * * *** *
549 TATAAATGGATTTTTTTTGTCAATGAATAGC-TTTCGCTTCACGTTACCCAAGGCAGACATTCAA
65 TATAAATGGACTTTTCTTGT-AATGAAT-GCTTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAA
* * * * * * *
613 TTATAGTCCT-TTTGAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAG
128 TTATAAT-CTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
* * * * *
677 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATTG-GTGGCTATATATTGACTTCTT-TTAC
192 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAA-TGAGTGACTATAAATAGACTT-TTCTTGC
* * * * * * * * *
740 TAATGACTGCCTTTTTCTTCATGTTCCTCATA-GTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAA
255 CAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTA-AGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
* * *
804 AAATGTATAAAAAATTTAACTTAA
319 AAATATA-AAAAAAATCAACTTAA
* * * *
828 AATCAATTTTGAGATTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACT
* * * * *
893 ATAAATGGACTTTTTTTATTAATGAATGTCATTCT-CTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
66 ATAAATGGACTTTTCTT-GTAATGAATG-CTTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAAT
*
957 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATACAAAAAATTCAAATCAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
129 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA-AAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
* * * *
1022 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCATTCGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
193 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
* * *
1087 TGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAAAT
258 TGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT
*
1152 ACAAAAAAAATCAACTTAA
323 ATAAAAAAAATCAACTTAA
* * * * * * * *
1171 AATCAATTATAACATTATAAAACTATTTAAATCAAGTAATAAGGCTTTTTAAGGTGTGGGTTG-T
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGG-TGAC
* * *
1235 TATAAATGGACTTTTCTTGTCGA-GAAAT-TTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAA
65 TATAAATGGACTTTTCTTGT-AATG-AATGCTTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAA
* * * * *
1298 TTATACTCTGTTTTAATCTAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGATATTATAAAA
128 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
* * ** * * * ** *
1362 CCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTAACTATATATGGACTTTTAGTGTCAA
193 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
* * * * * * * * *
1427 TGGATGGCTTATGCTTCACGTTCCTTAAGGAAAACATTCAATTATAG-CTCTTTTAGCCAAAAAC
258 TGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT
* *
1491 CTAAAAAAATTCAACTTAAA
323 ATAAAAAAAATCAACTT-AA
* * *
1511 AAT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACA
1 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACT
** * *
1575 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTGCTTTATGTTTCTT-ATGGTAGACATTCAAT
66 ATAAATGGACTTTTCTT-GTAATGAATGCTTTTTGCTTCACGTTTCTTGA-GGTAGACATTCAAT
** * *
1639 TATAATCTGTTTTAATAAAAAATATACAAAGAATTGAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
129 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA-AAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
* * * * * ***
1704 CTATTTAAAGGGAGTAATGAGGCTTTTGACGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTTTA
193 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
** * * * *
1769 TGAATATCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAAATATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAAT
258 TGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT
1834 ATAAAAAAAATCAACTTAA
323 ATAAAAAAAATCAACTTAA
* * *
1853 AATCAATTATG-GCATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATTGGTGGC
1 AATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGAC
* * *
1917 TATAAATGGACATTTCTTGCTAATGAATATCCTTTT-CTTCACGTTT
65 TATAAATGGACTTTTCTTG-TAATGAAT-GCTTTTTGCTTCACGTTT
1963 TGTAACACTC
Statistics
Matches: 945, Mismatches: 164, Indels: 52
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 96 0.10
340 183 0.19
341 3 0.00
342 183 0.19
343 326 0.34
344 152 0.16
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACT
ATAAATGGACTTTTCTTGTAATGAATGCTTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTA
TAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCATTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
ATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATA
AAAAAAATCAACTTAA
Found at i:6937 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6580--6938 Score: 374
Period size: 169 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
6570 TTATTACTGG
* * * *
6580 CTTTAAATGGTTTTACAATTTCATAATTGATTTTAAGTCGATTTTTTTTAATTTTTTATTAAAAC
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATCGATTTTTTTTAATTTTATATTAAAAC
* * *
6645 AGAATATAATTGAATGCCTACCTCAAAAAACATATAGAAAAAGCCATTCTTTAAGAAAATAAATC
66 AGAATATAATTGAATGCCTACCTCAAAAAACATATAGAAAAAGCAATTCATTAACAAAATAAATC
* * *
6710 TATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAACCCTTAATACTCA
131 CATTTATAGTCTCACATTACTTCAAAACCATTAATACTCA
* *
6750 -TTATAAAAGGTTTTATAATCTCAT-ATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTT-A-TTTATAGTTAA
1 CTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATCG-ATTTTTTTTAATTTTATA-TTAA
* * ** * * *
6811 AATAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGA-AGAAAAAAG-AATTCATTGACAAGAA
63 AACAGAATATAATTGAATGCCTACCTCAAAAAACAT-ATAG-AAAAAGCAATTCATTAACAA-AA
* * ** *
6874 -AAGTCCATTTATAGT-TACCCATTACTTCAAATGCATTAGTACTCA
125 TAAATCCATTTATAGTCT-CACATTACTTCAAAACCATTAATACTCA
*
6919 CTTTAAATGGTCTTATAATC
1 CTTTAAATGGTTTTATAATC
6939 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 26, Indels: 17
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.04
169 111 0.72
170 38 0.25
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATCGATTTTTTTTAATTTTATATTAAAAC
AGAATATAATTGAATGCCTACCTCAAAAAACATATAGAAAAAGCAATTCATTAACAAAATAAATC
CATTTATAGTCTCACATTACTTCAAAACCATTAATACTCA
Found at i:7250 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 6189--7258 Score: 543
Period size: 170 Copynumber: 6.3 Consensus size: 168
6179 ATTCATTAGG
* * * **********
6189 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAGGCTTTATTACTCACTNNNNNNNNNNTTA
1 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTA
* * * * * *
6254 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATGCTTA-CTTATAAA-A-ATTATAATTA
66 CAATCTCA-AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACAT-TTTAGATTA-AAACAGAATATAATTG
** * *** **
6316 AATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAGAAAGGTATTC-TTGGC
127 AATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGA-AAAAACATTCATTGAT
* * * * *
6358 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATA-GTTTT
1 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGGTTTT
* * ********** * * *
6422 ATAATCTTAAAATTGATTNNNNNNNNNNTTCTTTGTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATCATT
65 ACAATC-TCAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACA-TTTTAGATTAAAACAGAATATAATT
* * * *
6486 GAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACTTTCATTGAC
126 GAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-ACATTCATTGAT
********** ** *
6530 AAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACNNNNNNNNNNAAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTT
* * * **
6594 ACAATTTCATAATTGATTTTAAGTCGATTTTTTTTA-ATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGA
65 ACAATCTCA-AATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTAGATTAAAACAGAATATAATTGA
* ** * * *
6658 ATGCCTACCTCAAAAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTC-TT--T
128 ATGTCTACCTTGAGAAACGTGA-AGAAAAA-ACATTCATTGAT
* * * *
6697 AAGAAAA-TAAATCTATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAACCCTTAATACTCA-TTATAAAAGG
1 AAGAAAAGT---TC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAAAGG
* * * ** * *
6760 TTTTATAATCTCATATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTTATTTATAG-TTAAAATAGATTATAAT
61 TTTTACAATCTCAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTT-TAGATTAAAACAGAATATAAT
* ** * *
6824 TGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGAATTCATTGAC
125 TGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAA-CATTCATTGAT
* * * * * * * *
6869 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTACTTCAAATGCATTAGTACTCACTTTAAATGGTCTTA
1 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTA
* ********* * ** * **
6934 TAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTAAATTTTTTCACATTTTTTATTAAAAAAGGCTATAATTGAA
66 CAATC-TCAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTAGATTAAAACAGAATATAATTGAA
* * * * * * *
6999 TGTCTTCCTTG-GAGAATGTTAAGCAAAAGCTATCCATTGGT
129 TGTCTACCTTGAGA-AACGTGAAGAAAAAAC-ATTCATTGAT
* * ** ** ** ** *
7040 ACGAAAAGTCCATTTATAGTCACGTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAAGGTTTTC
1 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTA
* *
7105 CAATCTCAAGATTGAGTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTAGATTAAAACAGAATATAATTGAAT
66 CAATCTCAA-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTAGATTAAAACAGAATATAATTGAAT
*
7170 GTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATACATTCATCGAT
130 GTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-ACATTCATTGAT
7210 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
1 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
7259 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 659, Mismatches: 204, Indels: 75
0.70 0.22 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 7 0.01
168 8 0.01
169 187 0.28
170 226 0.34
171 155 0.24
172 73 0.11
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTA
CAATCTCAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTAGATTAAAACAGAATATAATTGAATG
TCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACATTCATTGAT
Found at i:7944 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 7436--8752 Score: 906
Period size: 171 Copynumber: 7.7 Consensus size: 168
7426 NNNNNNNNNN
* * * * * *
7436 CCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTGATAATCTTA-
1 CCATTTATAGTCTCTCATTCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAT
* * *
7500 ATATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTGTACATTTTTTG-TTAAAATAGACTATCATTGAATGTCTA
65 A-ATTGATTTTAAGTTG-ATT-TTT-TACA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * * *
7564 CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACGTATTCATTGACAAGAAAAGT
125 CCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * *
7608 TCATTTATAGTCACAT-ATTTCTTTAAAAGCCTTATTATTGGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTA
1 CCATTTATAGTCTC-TCA-TTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCA
* ** * * *
7672 TAATTGATTTTAAGTCGATTTTTTTTTATTTTTTTATTAAAACAGACAATAATTGAATGCCTACC
64 TAATTGATTTTAAGTTGA-TTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * ** * * *
7737 TCAAAAAACGT-ATAGAAAAATCCATTCTTTAAG-AA-AATAAAT
127 TCGAGAAACGTGA-AGAAAAAAGCATTCATT-GGCAAGAA-AAGT
** * *
7779 TTATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAACCCTTAATACTCG-TTGTAAAAGGTTTTATAATCTCA
1 CCATTTATAGTCTCTCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAAAGGTTTTATAATCTCA
* * ** * *
7843 T-ATTGATTTAAAATTGATTTTTTTTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTC
64 TAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC
*
7907 GAGAAACGTGAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGT
129 GAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * ** *
7947 CCATTTATAGT-TACCCATTCTTTCAAATGCATTATTATTCACTTTAAGTGGTCTTATAATCTCA
1 CCATTTATAGTCT-CTCATTCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCA
* * * *
8011 TAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTACATTTTTGAATAATAA-AGGCTATAATTGAATGTCTTC
64 TAATTGATTTTAAGTT-GA-TTTTTTACATTTTTGATTAA-AACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * *
8075 CTTGAGGAACGTGAAG-CAAAAGCCATCCATTAGTACGAAAAGT
126 CTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * ** *
8118 CCATTTATAGT-TACGTAAGTCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAATCGATTTTATAATCTCA
1 CCATTTATAGTCT-C-TCATTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCA
** * *
8182 -AGATTGAGCTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTAGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
64 TA-ATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * ** * *
8246 TTGATAAACCTGAATAAAAAAGCATTCATCGATAGGAAACGT
127 TCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
8288 CCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAGATA-GTTTTATAATCTCA
1 CCATTTATAGTCTCTCA-TTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA-AAAGGTTTTATAATCTCA
** * * *
8352 TAATTGATTTTAAGTCAAAATTTTTAAAATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
64 TAATTGATTTTAAGT--TGATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * *
8417 TC-AGAAAACGT-ATAG-AAAAAGCTATTCTTTAAG-AA-AACAAAT
127 TCGAG-AAACGTGA-AGAAAAAAGC-ATTCATT-GGCAAGAA-AAGT
** * * * *
8459 TAATTTATAGTCTCTCATTCCTTTGAAAGTCTTAATACTC-ATTGTAAAAGGTTTTATAATCTCA
1 CCATTTATAGTCTCTCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAAAGGTTTTATAATCTCA
* * * * **
8523 TAATT-AATTTAAATTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGGTTAT-ATTGAATGTCTACC
64 TAATTGATTTTAAGTTG-AT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
* * * *
8586 TCAAGGAACATGAA-AAAACAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGT
127 TCGAGAAACGTGAAGAAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* ** * * * * * * *
8628 CCATTTATAGTAC-C-CATTCCTTCAAGTGGCTTACTACTCACTTTAAATGATCTTATAGTCTCA
1 CCATTTATAGT-CTCTCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCA
* *
8691 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAA-AGGGCTATAATTAAATGTCT
64 TAATTGATTTTAAGTTG-A-TTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACA-GACTATAATTGAATGTCT
8753 GCCTTGGGGA
Statistics
Matches: 904, Mismatches: 185, Indels: 114
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 6 0.01
168 143 0.16
169 113 0.12
170 226 0.25
171 337 0.37
172 72 0.08
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
CCATTTATAGTCTCTCATTCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA
GAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
Found at i:8347 original size:341 final size:333
Alignment explanation
Indices: 7514--8784 Score: 1042
Period size: 339 Copynumber: 3.7 Consensus size: 333
7504 TGATTTTAGG
* * * *
7514 TTGAATTCTTTGTACATTTTTTG-TTAAAATAGACTATCATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
1 TTGAATT-TTT-TACA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
* * * * ** * *
7578 AAGAAAAACGTATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACATATTTCTTTAAAAGCCTTAT
63 AA-AAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-ACCCATTTCTTCAAATG-CTTAT
* ** * * * * *** **
7643 TATTGGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAATTGATTTTAAGTCGATTTTTTTTTATTTTTTTA
125 TACTCACTTT-AAT-GTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAAAATTTTTTACATTTTTA
* * * ** ** * * * *
7708 TTAAAACAGACAATAATTGAATGCCTACCTCAAAAAACGT-ATAGAAAAATCCATTCTTTAAGAA
187 TTAAAA-AGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAACGTGA-AGCAAAAGCCATCCATTAAGAA
* ** * * * ** * *
7772 AATAAATTTATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAACCCTTAATACTCGTTGTAAAAGGTTTTATA
250 AACAAATCAATTTATAGTCTCTAAGTCCTTCAAAAGTCTTAATACTCATTGTAAAAGATTTTATA
* *
7837 ATCTCAT-ATTGATTTAAAA
315 ATCTCATAATTAACTT-AAA
** * *
7856 TTG-ATTTTTTTTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAACGTGAAG
1 TTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-
7920 AAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCA-TTCTTTCAAATGCATTATTA
65 AAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TACCCATTTC-TTCAAATGC-TTATTA
* * *
7984 TTCACTTTAAGTGGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTTACATTTTTGAAT
127 CTCACTTTAA-T-GTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATTTTT-ATT
* *
8049 AATAAAGGCTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGGAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-AGTACGA
189 AA-AAAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAAG-A-AA
* * * **
8113 A-AAGTCCATTTATAGT-TACGTAAGT-CTTCAAAAGTCTTATTACTTGC-TT-TAATCGATTTT
251 ACAAATCAATTTATAGTCT-C-TAAGTCCTTCAAAAGTCTTAATAC-T-CATTGTAAAAGATTTT
* **
8173 ATAATCTCA-AGATTGAGCTTAGG
312 ATAATCTCATA-ATT-AACTTAAA
* * * * *
8196 TTGAATTTTTTACATTTTAGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGATAAACCTGAAT
1 TTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-
* * ** * * *
8261 AAAAAAGCATTCATCGATAGGAAACGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGTCTTATTAC
65 AAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-ACCCATTTCTTCAAATG-CTTATTAC
* * * * *
8326 TCGCTTTAGATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAAATTTTTAAAATTTTTCATTA
128 TCACTTTA-AT-GTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATTTTT-ATTA
* * * * * * *
8391 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACC-TCAGAAAACGT-ATAGAAAAAGCTATTCTTTAAGAAAA
190 AAA-AGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-GAACGTGA-AGCAAAAGCCATCCATTAAGAAAA
* * * ** *
8454 CAAATTAATTTATAGTCTCTCATTCCTTTGAAAGTCTTAATACTCATTGTAAAAGGTTTTATAAT
252 CAAATCAATTTATAGTCTCTAAGTCCTTCAAAAGTCTTAATACTCATTGTAAAAGATTTTATAAT
*
8519 CTCATAATTAATTTAAA
317 CTCATAATTAACTTAAA
* * * * *
8536 TTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGGTTAT-ATTGAATGTCTACCTCAAGGAACATGAA
1 TTGAAT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA
* * *
8600 AAAACAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTACCCATTCCTTCAAGTGGCTTACTAC
65 AAAA-AAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTACCCATTTCTTCAAAT-GCTTATTAC
* * *
8665 TCACTTTAAATGATCTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
128 TCACTTT-AATG-TCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTA-TTA
* * * * *
8730 AAAAGGGCTATAATTAAATGTCTGCCTTGGGGAACATGAGGCAAAAGCCATCCAT
190 AAAA-GGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAT
8785 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 740, Mismatches: 148, Indels: 85
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
338 31 0.04
339 321 0.43
340 103 0.14
341 273 0.37
342 12 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (333 bp):
TTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAA
AAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTACCCATTTCTTCAAATGCTTATTACTCA
CTTTAATGTCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTATTAAAAAGG
CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGGAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAAGAAAACAAATCAAT
TTATAGTCTCTAAGTCCTTCAAAAGTCTTAATACTCATTGTAAAAGATTTTATAATCTCATAATT
AACTTAAA
Found at i:10816 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 10151--11425 Score: 1174
Period size: 170 Copynumber: 7.5 Consensus size: 168
10141 NNNNNNNNNN
* * * **
10151 AAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAATTTCTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCTAAAAGCCTTATTACT--CTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
10215 TGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAGCAAACTATAATTAAATG-
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * *
10279 CTTTCCTAG-GAAAGCATGTAGAAAAATCTATTCATT-AGGAAA
129 C-TACCTCGAGAAA-CGTGAAGAAAAAGC-ATTCATTGA-GAAA
* * *
10321 AATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAAAGCCGTATTACTCGCTTTAATTGGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCTAAAAGCCTTATTACT--CTTTAAATGGTTTTATAA
* ** *
10385 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTT-TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* ** * *
10450 TCTACCTTGAGAAATTTGAAGAAAAAGGTATTCATTTGCA-AGA
128 TCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCA-TTG-AGAAA
* * * * *
10493 AAAGTTCATTTATAGTCACCTACTCCTTC-AAAAACTTTATTACTGGCTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCTAAAAGCCTTATTACT--CTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
10557 TCTCAT-ATTGATTTTAAGTCGAATTGTTTTAAATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGC
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * **
10621 CTGCCT-TAGAAAAC-ACATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAA
129 CTACCTCGAG-AAACGTGA-AGAAAAAG-CATTCATTGAGAAA
* * *** * *
10662 ACAAATCCGTTTATAGTCTTTCATT-CTTCTAAAAGCCTTAATACTCATTGTAAAAGGTTTTATA
1 A-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCTAAAAGCCTTATTACTC-TT-TAAATGGTTTTATA
* * *
10726 ATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATGT-TTTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAAT
63 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TCTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAT
* * *
10790 GTCTATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAG-ATTTCATTTGTA-AGA
127 GTCTACCTCGAGAAACGTGAAG-AAAAAGCA-TTCA-TTG-AGAAA
* * *
10834 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC-AAATGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGAG-TTTATA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCTAAAAGCCTTATTACT--CTTTAAATG-GTTTTATA
* ** *
10897 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTAAATTAAAATAGACTATAATTGAATG
63 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * *
10961 TCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTTA-TCAGTAAGA
128 TCTACCTCGAGAAACGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGAG-AA-A
* * * *
11004 AAAGTTCATTTATAATCACCCATT-CTTTTAAAAGCCTTACTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCTAAAAGCCTTATTACTC--TTTAAATGGTTTTATAA
* ** *** * *
11068 TCTCAAAATTGATTACAAGTTGAATTCTTTATACATTTTGGGTTAAAACAGATTATAATTGAATA
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTT-TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* *
11133 TCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGA
128 TCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGAGAA-A
*
11176 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCT-AAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCTAAAAGCCTTATTACT--CTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
11240 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTCATTAAAACAGACTATAAGTGAATGC
64 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * *
11305 CTGCCTC-AGAAAACGT-ATAGAAAAAGTCATTCTTTAAGAAA
129 CTACCTCGAG-AAACGTGA-AGAAAAAG-CATTCATTGAGAAA
* * * * * *
11346 ATAAATCAATTTATAGTCTCCCATTCCTT-TAAAAGCCTTAATACTCGTTGTAAAAGGTTTTATT
1 A-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCTAAAAGCCTTATTACTC-TT-TAAATGGTTTTATA
11410 ATCTCATAATTGATTT
63 ATCTCATAATTGATTT
11426 CAAATTGAGT
Statistics
Matches: 916, Mismatches: 140, Indels: 97
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 4 0.00
169 22 0.02
170 326 0.36
171 325 0.35
172 228 0.25
173 8 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCTAAAAGCCTTATTACTCTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
ACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGAGAAA
Found at i:11227 original size:342 final size:343
Alignment explanation
Indices: 10151--11433 Score: 1447
Period size: 341 Copynumber: 3.8 Consensus size: 343
10141 NNNNNNNNNN
* * * ***
10151 AAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AATTTCTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAGTTTTATAA
* * * * * *
10215 TGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAGCAAACTATAATTAAATGC
66 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAAATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGC
* * * * * * * * *
10280 TTTCCTAG-GAAAGCATG-TAGAAAAATCTATTCATTAGGAAAA-ATGTCCATTTATAGTCACCC
131 CTGCCTTGAGAAAACGTGATAGAAAAAGCCATTCA-TAAGAAAACAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * ** * *
10342 ATTCCTTCAAAAGCCGTATTACTCGCTT-TAATTGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT
195 ATTCCTTTAAAAGCCTTAATACTCG-TTGTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAATT
* **
10406 GAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATTTGAAG
259 GAATTCTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG
*
10471 AAAAAGGTATTCATTTGCAAGA
323 AAAAAGG-ATTCATTTGTAAGA
* * * * * *
10493 AAAGTTCATTTATAGTCACCTACTCCTTCAAAAACTTTATTACTGGCTTTAAATG-GTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAGTTTTATAA
* *
10557 TCTC-ATATTGATTTTAAGTCGAATTGTTTTAAATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGC
66 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAAATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGC
** * * * ***
10621 CTGCCTT-AGAAAAC-ACATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAACAAATCCGTTTATAGTCTTTC
131 CTGCCTTGAGAAAACGTGATAGAAAAAGCCATTCA-TAAGAAAACAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * *
10684 ATT-CTTCTAAAAGCCTTAATACTCATTGTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATT
195 ATTCCTT-TAAAAGCCTTAATACTCGTTGTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAATT
* * * * **
10748 GAATGT-TTTTATATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACGTGAAG
259 GAAT-TCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG
*
10812 AAAAAAGATTTCATTTGTAAGA
323 AAAAAGGA-TTCATTTGTAAGA
* * *
10834 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAATGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGAG-TTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAGTTTTATAA
* ** * *
10898 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTAAATTAAAATAGACTATAATTGAATGT
66 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAAATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGC
* * * * *
10962 CTACCTTGAG-AAACGTGA-AGAAAAAAG-CATTTATCAGTAAGAA-AAGTTCATTTATAATCAC
131 CTGCCTTGAGAAAACGTGATAG-AAAAAGCCATTCATAAG-AA-AACAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
11023 CCATTCTTTTAAAAGCCTTACTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTACAAGT
193 CCATTCCTTTAAAAGCCTTAATACTCGTTGTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAAT
* *
11088 TGAATTCTTTATACATTTTGGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAA
258 TGAATTCTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAA
11153 GAAAAAGGCATTCA-TTGATAAGA
322 GAAAAAGG-ATTCATTTG-TAAGA
* *
11176 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCTAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAAT-AGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAGTTTTATAA
* * *
11240 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTCATTAAAACAGACTATAAGTGAATGC
66 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAAATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGC
* * * * * * *
11305 CTGCC-TCAGAAAACGT-ATAGAAAAAGTCATTCTTTAAGAAAATAAATCAATTTATAGTCTCCC
131 CTGCCTTGAGAAAACGTGATAGAAAAAGCCATTC-ATAAGAAAACAAGTCCATTTATAGTCACCC
* *
11368 ATTCCTTTAAAAGCCTTAATACTCGTTGTAAAAGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTCAAATTG
195 ATTCCTTTAAAAGCCTTAATACTCGTTGTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAATTG
11433 A
260 A
11434 GTCATTCTAG
Statistics
Matches: 786, Mismatches: 128, Indels: 53
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 5 0.01
341 338 0.43
342 312 0.40
343 128 0.16
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (343 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAGTTTTATAA
TCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTAAATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGC
CTGCCTTGAGAAAACGTGATAGAAAAAGCCATTCATAAGAAAACAAGTCCATTTATAGTCACCCA
TTCCTTTAAAAGCCTTAATACTCGTTGTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTCAAATTGA
ATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAA
AAGGATTCATTTGTAAGA
Found at i:12776 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12482--14255 Score: 1185
Period size: 171 Copynumber: 10.4 Consensus size: 170
12472 CATTAGGAAA
* * * * * *
12482 AAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAACTGGTTTTAAAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
12547 TCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTTGAACAGAT-TATAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GGTT-AAAAAATGTATAATTGAATG
* * * *
12611 TCTAGCTTGGGAAACATGAATAAAAAGGTATTCATTGTCAAG
129 TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAG
* ** * *
12653 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCATGGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
12718 TCTCA-AATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTCAAAAAATGCTATAATTAAATG
66 TCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAATG-TATAATTGAATG
* * ** * * **
12782 TCTGCCTTGGGGAATGA-GAAGCAAAAGCCAACCATTAG-CACA-
129 TCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GTCA-AG
* * * * *
12824 AAAATTCCATTTATAGTCACTCAAAT-CTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* ********** * * *
12888 ATGTCATAATNNNNNNNNNNTTGAATTTTTTTACATTTCTAGTTAAAACAGA-CTATAATTGAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-A-ATGTATAATTGAAT
** * ** * * *
12952 GTCTACCTCAAGCAATGTAAAGAAAAAAGTATTCATTAG-CAAG
128 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GTCAAG
* ** * ** *
12995 AAAAGTCTATTTATAGTCACTAATAACTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
13060 TGTCACAATTGATTTTAAGTT-AAGTTCTTTTTACATTTCTAGTTAAAACAGA-CTATAATTGAA
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAA-A-ATGTATAATTGAA
* ** * * *
13123 TGTCTATCTCAAGAAACTTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
127 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAG
* * * * *
13167 AAAAATAC-GTTTATAGTCACTCATT-TTTCAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATN
1 AAAAGT-CTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
********* * **
13230 NNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCTCTTAAACAAAT-TATAATTGAAT
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GGTTAAA-AAATGTATAATTGAAT
* * * *
13294 GTTTACCTTGAGAAACATAAACAAAAAGGGCATTCATCT-ACAAG
128 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GGCATTCAT-TGTCAAG
* **********
13338 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
13403 TCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTAGGTTAAAACAGAT-TATAATTGAATG
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-A-ATGTATAATTGAATG
* * * * *
13467 TCTTCCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAAGCATTTATTGGT-AAC
129 TCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGGCATTCATT-GTCAAG
* * *
13510 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * ** * **
13574 TCTCA-AATTTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA-CTATAATAAAAT
66 TCTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-A-ATGTATAATTGAAT
* * * * * **
13637 GCCTACCTAGGGAAGCAT-ATAGAAAAAGCCATTCATTGAAAAG
128 GTCTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAAGGCATTCATTGTCAAG
* * * *
13680 AAAAGT-TCATCTATAG-C-CTTCCATTCCTTCAAATGCCTTATTACGCACTTTAAATGGTTTTA
1 AAAAGTCT-ATTTATAGTCAC-T-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
13742 CAATCTCATAATTGATTTTAAGTCGAATTTGTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGAT-AATAATTG
63 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAA-A-ATGTATAATTG
* * * * *
13806 AATGCCTACCTAGA-AAACATGGAGAAAAATGCATTCATTGCCAAG
125 AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAG
* * * * ** * *
13851 AAAAGTCTATATATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACTTTTTAACTGGTTTTATTA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * *
13916 TGTTAAAATTGATTTGAAGTTCAATATTTTTCACATTTTTGATTAAAACAGAT-TATAATTAAAT
66 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-A-ATGTATAATTGAAT
* * * * * * *
13980 TTTTACCTTCAAAAACATGAAAAAAAAGGCATTCATTGGCATG
128 GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAG
* ** **********
14023 AAAAGT-TCATTTATATTCACTCATTCCTTCAAAAGTTTTATTACTCGCTTTAANNNNNNNNNNA
1 AAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
14087 ATCTCATAATTGATTTTATGTTTAATTTTTTAACATTTTGGGTTAAAAAAGGTTATAATTGAATA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAATG-TATAATTGAATG
* * * * * *
14152 TTTTCCTTGTGAAACATGAA-ACAAAAGCCATCCATTAGT-ACG
129 TCTACCTTGAGAAACATGAAGA-AAAAGGCATTCATT-GTCAAG
* ** * *
14194 AAAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
14256 NNNNNNNNNN
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AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAATGTATAATTGAATGTC
TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGTCAAG
Found at i:15012 original size:340 final size:340
Alignment explanation
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Period size: 340 Copynumber: 2.2 Consensus size: 340
14362 NNNNNTCGAG
* * * **
14372 AAACATGAAG--ATAAAGGCATTCACTAGTAAGAAAAG-TCTATTTATAA-TCACTCATTCCATC
1 AAACATGAAGAAAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTTC-ATTTA-AAGTCACACATTCTTTC
* * * *
14433 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAACTAAAAATTGAGTTTAAGTTGAATGTTTTT
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** * * * *
14498 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATTATTGAATGTCTACCTCTAGAAAAGTAAAGAAAAAGATATT
129 ACATTTTTCATTAAAACAAATTA-TATTGAATGTCTACCTCCAAAAAAGTAAAGAAAAAGACATT
* *
14563 CTTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTAGTACTCGCTTTAAAT
193 CTTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCA-CCATTCTTTCAAAAGCCTTAATACTAGCTTTAAAT
14628 AGTTTTATAATCTTATAATTGATTATAGGTTGAATTCTTTTACATTTTTGG-TTAGAAC-AGATT
257 AGTTTTATAATCTTATAATTGATTATAGGTTGAATTCTTTTACA-TTTTGGCTTA-AACTA-ATT
* **
14691 ATAATTGAATGC-CTGCCTTAGC
319 ATAATTGAAT-CTCTACCTTAAA
* *
14713 AAACATGAA-CAAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTAAAGTCACCCATTCTTTCAA
1 AAACATGAAGAAAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTAAAGTCACACATTCTTTCAA
*
14777 AAGCCTTATTACTCT-CGTTAAACGGTTATATAA-TATCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-GTTTT
66 AAGCCTTATTACT-TGCGTTAAACGGTTATATAACTA--AAAATTGAGTTTAAGTTGAATGTTTT
* *
14839 TACA-TTTTCATTAAAACAAACGTTA-ATTGAATG-CTTGCCTCCAAAAACATGT-AA-TAAAAG
128 TACATTTTTCATTAAAACAAA--TTATATTGAATGTC-TACCTCCAAAAA-A-GTAAAGAAAAAG
* * *
14899 CCATTCATTTAG-GAGAAAAGTCCATTTATAACTCA-CATTCTTTCGAAAGCCTTAATACTAGCT
188 ACATTC-TTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAA-TCACCATTCTTTCAAAAGCCTTAATACTAGCT
********* *
14962 TTAAA-ATGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTA-A-GTTGAATTTTTTTACATTTTGGCTTAAA
251 TTAAATA-GTTTTATAATCT--TATAATTGATTATAGGTTGAATTCTTTTACATTTTGGCTTAAA
*
15024 CTAATTATAATTGAATCTTTACCTTAAA
313 CTAATTATAATTGAATCTCTACCTTAAA
* * * * * *
15052 AAACGTGAAGAAAAAAAAGCATTCATTGGTAA-AAAAGGTCCATTTATAGTCACATATTCTTTCA
1 AAACATGAAGAAAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAA-GTTCATTTAAAGTCACACATTCTTTCA
15116 AAAGCCTTATTA
65 AAAGCCTTATTA
15128 TTTATTTTAA
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AAACATGAAGAAAAAAAGGCATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTAAAGTCACACATTCTTTCAA
AAGCCTTATTACTTGCGTTAAACGGTTATATAACTAAAAATTGAGTTTAAGTTGAATGTTTTTAC
ATTTTTCATTAAAACAAATTATATTGAATGTCTACCTCCAAAAAAGTAAAGAAAAAGACATTCTT
TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCATTCTTTCAAAAGCCTTAATACTAGCTTTAAATAGTT
TTATAATCTTATAATTGATTATAGGTTGAATTCTTTTACATTTTGGCTTAAACTAATTATAATTG
AATCTCTACCTTAAA
Found at i:17495 original size:170 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 8.8 Consensus size: 171
16895 AGATTATAAT
* * * * * ** *
16905 TGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAGAAGTCTATTTAAAATCACATATCCCTTCAAAAGCCTT
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* * * * * *
16970 ACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTAATCATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTT
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* * * * *
17035 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACA
131 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACG
* * * * *
17076 TAAAGAAAAAGGCATTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAGTCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
17141 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTT
* * * * * *
17206 TA-CTAAAACGGACTATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAATG
130 TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACG
* * ** *
17247 TGAAGAAAAAGGTATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAACCACCTATTCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* *
17312 ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACA-TTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
** * * * *
17376 AGTTAAAACAGATTATAATCAAATTTTTACCTTGAGAAACA
131 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACG
*
17417 TGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
17482 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTT-AGGTCAATATTTTTTACATTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTT
* * * ** * *
17546 TCA-TTAAAATAGATTATAATTGATTGTTTGTCTCGGGAAACA
130 T-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACG
** * * * **
17588 TGTAA-AAAAAACCATTTATTAAG-AA-AAAATGTTTATTTATAGTCTCTTATTCCTTC---A--
1 TG-AAGAAAAAGGCATTCATT-AGCAAGAAAA-GTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * *
17645 --TA--A---G-TTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTCAGTTGAA-TTTTTTATATT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * * * * * *
17701 TTTTGTTAAAGCAAACTATAAGTGAATGCCTGCCTCCA-AAATCG
128 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-CG
* * * * *** * * *
17745 TGTAA-AAAGAGCCATTCATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTTTCATTCTTTTAAAACCCT
1 TG-AAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * *
17809 TATTACTCGCTTTAAAAT-GTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT
65 TATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * *
17873 CTGGCTT-AAACTA-AATATAATCGAATCTCTACCTTGA-AAACG
129 TTAG-TTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACG
* * *
17915 TGAAGAAAAAAGTATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAGGCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
*
17979 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTATTTTACATTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTT
* *
18043 TTTGTTAAAACATG-TTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAAC-
129 TTAGTTAAAACA-GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACG
* * * *
18085 TTAA-AACGAAAGGCATTCATTGGCAA-AAGAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
1 TGAAGAA--AAAGGCATTCATTAGCAAGAA-AAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * * *
18148 CTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
** * **
18212 TTTCA-TTAAAATTGATTATAATTGAATGTATACCTTAAGAAACG
128 TTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACG
* * * * *
18256 TGAAGAAAAAAAG-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCCT
1 TGAAG-AAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
18320 TATT-GTCCACTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTT
65 TATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
18384 TTAGTTAAAA
129 TTAGTTAAAA
18394 TGGGCTATTA
Statistics
Matches: 1097, Mismatches: 169, Indels: 104
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.40
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TGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACG
Found at i:17539 original size:341 final size:340
Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 10.6 Consensus size: 340
16895 AGATTATAAT
* * * * * * *
16905 TGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAGAAGTCTATTTAAAATCACATATCCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * *
16970 ACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTAATCATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * *
17035 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTTATTAGCA
131 AGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-AAAAAGGCATTCATTAGCA
* *
17100 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
195 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * * *
17165 AATGTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTACTAAAACGGACTATAATTGAAT
260 AATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTCACTAAAACTGATTATAATTGAAT
*
17230 GTCTA-CTTCAAGAAATG
324 GTCTACCTT-AAGAAACG
* * **
17247 TGAAGAAAAAGGTATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAACCACCTATTCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTT
*
17312 ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACA-TTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * *
17376 AGTTAAAACAGATTATAATCAAATTTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCA
131 AGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-AAAAAGGCATTCATTAGCA
* * *
17441 AGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
195 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
17506 AATCTGATAATTGATTTTAGGTCAATATTTTTTACATTTTTCATTAAAA-TAGATTATAATTGAT
260 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAA-ATTTTTTACATTTTTCACTAAAACT-GATTATAATTGAA
* ** *** *
17570 TGTTTGTCTCGGGAAACA
323 TGTCTACCTTAAGAAACG
* * * * *
17588 TGTAA-AAAAAACCATTTATTAAG-AA-AAAATGTTTATTTATAGTCTCTTATTCCTTC---A--
1 TG-AAGAAAAAAGCATTCATT-AGTAAGAAAA-GTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGC
* *
17645 --TA--A---G-TTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTT-CAGTTGAA-TTTTTTATAT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAC-GTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * * * * *
17700 TTTTTGTTAAAGCAAACTATAAGTGAATGCCTGCCTCCA-AAATCGTGTAAAAAGAGCCATTCAT
127 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAA-CATG-AAAAAAAGGCATTCAT
* * * *** * * * *
17764 TTGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTTTCATTCTTTTAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAAAT-G
190 TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGG
* * ** * * *
17828 TTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTCTGGCTTAAACTAAATATAA
254 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTTCACTAAAACTGATTATAA
* * *
17893 TCGAATCTCTACCTTGA-AAACG
318 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACG
* * * *
17915 TGAAGAAAAAAGTATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTAG-TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCT
* *
17979 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTATTTTACATTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTT-TTTTACATTT
* * *
18043 TTTGTTAAAACATG-TTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAAC-TTAAAACGAAAGGCATTCATT
129 TTAGTTAAAACA-GACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAA--AAAGGCATTCATT
* * *
18106 GGCAA-AAGAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGAT
191 AGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * *
18170 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTCATTAAAATTGATTATAATT
255 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCACTAAAACTGATTATAATT
*
18235 GAATGTATACCTTAAGAAACG
320 GAATGTCTACCTTAAGAAACG
* * * *
18256 TGAAGAAAAAAAG-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTTAAAAGCCT
1 TGAAG-AAAAAAGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
18320 TATT-GTCCACTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAC-TTGAATTTTTTTACATT
65 TATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-ACGTTGAATTTTTTTACATT
** * * * * * * * *
18383 TTTAGTTAAAATGGGCTATTATTGAATGTCTGCCTTG-GGAA-ATGTAAAGCAAAAGCCATCCAT
128 TTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATG-AAA--AAAAGGCATTCAT
* * * * * * * **
18446 TGGCATG-AAAG-CC--TTATTGCTCA--C--T--TT-AAATG-GTT-TTA-TAATCTCATAGTT
190 TAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CT-TTAAAT
* ** ** * ** ** * *
18497 GATTTTA-AGAT-GAATTTTTTACATTTT-AGATTAAA--ATAGACTATAATTGAATNNNNNNNN
252 GGTTTTATA-ATCTCA-TAATTA-ATTTTAAG-TTAAATTTTTTAC-ATTTTTCACT--------
** * ** * * *
18557 NNAGAAACGTGAAGAAAAAAGCAT-TCATCAGC--AAGAAAAG
304 --A-AAAC-TGATTATAATTGAATGTC-T-ACCTTAAGAAACG
** *** * ** ** * * * ** *** * *
18597 TCTA-TTTATAGTCACCCATTCA--ATCAAAAGCCT-TAT-TACTCGATTTAAATGGTTTTATAA
1 TGAAGAAAAAAG-CATTCATT-AGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACCT--ATTCCTTCAAAA
* * * * * * * * **
18657 -TCTCA-TAGTGGATTTTAAGATGAATTTT-T--T-TACATATTTCATTACAACAAGATAT-AA-
61 GCCTTATTACTCG-CTTTAA-ATG-GTTTTATAATCT-CATAATTGATT-TTAC--G-T-TGAAT
** * * ** * * * * * ** * *
18714 TTGATTGCCTACTT-G-GAGAAACTG--TAGAA--AAA--TCCA-TTC----ATTAGGAAGAAAA
117 TTTTTTACATTTTTAGTTA-AAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAA
* * **** * * * * * * * *
18766 GTCCATTGA-TAGTC--TCTCATTCC-TTCAAAAG-C-CTCATTAC-TC----G-CTT-TAAATG
181 G-GCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATT-TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
** * * * * * * * *
18818 GTTTTATAA---TCTTATAAT-TGAT--TTTA-----AGATGAATTGTTTTACATTTTTAATTAG
243 ACTTTA-AATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTCACTAA
* ** *
18872 AACAGATTATAATTGAATGTCTGGCTTGAA-AAACA
306 AACTGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACG
* * * * ** **
18907 TGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCA-CTCATTCCTTGGAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCT
* * *
18971 TATTACCCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTA-GTTGAATTTTTTTACATTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTACGTTGAATTTTTTTACATTT
** * * * * * * * * * * * *
19035 TGGGTTAAGAA-AGGCTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCCTTG
129 TTAGTTAA-AACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-AAAAAGGCATTCATTA
* ** * * * *
19099 GCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATT
192 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
* * * **** * *
19163 TTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACAGTTTAGGTTAAAACAGACTATAATTG
256 TTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCACTAAAACTGATTATAATTG
* * *
19228 AGTGTCTACCTCAAGAAACA
321 AATGTCTACCTTAAGAAACG
* * * * *
19248 TAAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TTCATTCCTTCAAATA-CC
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAA-AGCC
* *
19311 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGA-TTTGAATTTTTTATACAT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-ACGTTGAATTTTTT-TACAT
* * * * ** * * **
19375 TTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATATAAACAAAAAGGCATTTGTT
127 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-AAAAAGGCATTCATT
* * * * * * * *
19440 GGCAAGAAATGTCTATTTGTA-TCCACCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGCT
191 AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * * * * *** ** *
19504 TTTATAATGTCATAA-CAGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAA
255 TTTATAATCTCATAATTA-ATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTCACTAAAACTGATTATAA
** *
19568 TTGAATGTCTACCTTGTGAAACA
318 TTGAATGTCTACCTTAAGAAACG
* * *
19591 TGAAG-AAAAAGATATTTA-TAGGTAATAAAAGTCT-TTGTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAG
1 TGAAGAAAAAAG-CATTCATTA-GTAAGAAAAGTCTATT-TATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAG
* * * *
19652 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACA
62 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACA
* * ** * * *
19716 TTTTTAGTTCAAACAGACTATAATTGAATGTCTATATCGAGGAAA-GTTAAGAAAAAGGTATTCA
126 TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAA-AAAAAGGCATTCA
* * * *
19780 TTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAG
189 TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * * * * * *
19845 TTTTATAGA-CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTGCA-TTATGAGTTAAAACAT-ATT
254 TTTTATA-ATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT-TTT-TACATTTTTCA-CTAAAAC-TGATT
* **
19907 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATA
314 ATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACG
** * * * * *
19934 CAAAGAAAAAGGCATTCATT-GCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TCCTTTTAAAAGCC
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTAG-TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCC-TTCAAAAGCC
** * ********** * * *
19997 TTCCTACTCACTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTATATTT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * * **
20062 TTAGTTAAAATAGACTATTATTGAGTGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATCGG
129 TTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-AAAAAGGCATTCATTAG
* * * *
20127 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAACAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
193 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
20192 ATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTA-ATATTTTTAGTTAAAACAT-ACTATAATT
258 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTACAT-TTTTCA-CTAAAAC-TGATTATAATT
20255 GAATGTCTACCTTAAGAAACG
320 GAATGTCTACCTTAAGAAACG
* * * * * *
20276 TGTAG-AGAAAGACATTAATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATCC-ATTTCTTCAAAAGCC
1 TGAAGAAAAAAG-CATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCAAAAGCC
* * * * * *
20339 TTATAACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGA-TTTGCAGTTCAACTTTTTTATATT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAC-GTTGAATTTTTTTACATT
* * * * ** *
20403 TTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAAGGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT
128 TTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA-AAAAAGGCATTCATT
20467 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2420, Mismatches: 592, Indels: 416
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
307 1 0.00
308 5 0.00
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311 24 0.01
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314 2 0.00
316 1 0.00
317 1 0.00
319 3 0.00
320 2 0.00
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326 5 0.00
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334 15 0.01
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336 2 0.00
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338 9 0.00
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344 11 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TGAAGAAAAAAGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACATTTTT
AGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAGGCATTCATTAGCAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCACTAAAACTGATTATAATTGAATGT
CTACCTTAAGAAACG
Found at i:18129 original size:498 final size:499
Alignment explanation
Indices: 16905--18393 Score: 1291
Period size: 498 Copynumber: 2.9 Consensus size: 499
16895 AGATTATAAT
* * * * * * ** ** *
16905 TGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAGAAGTCTATTTAAAATCACATATCCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * *
16970 ACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAACTAATCATTGATTTTAAGTAGAAT-TTTTTTACATTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT-CAATATTTTTTACATTTT
** * * * * * *
17034 TGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATCAAGAAACA--TAAAGAAAAAGGCATTTATT-
130 TCATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGTAAA-AAAAA-CCATTCATTA
* *
17096 AGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCAC-CTAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
193 AG-AA-AAAATGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTT-------C--A-TA---AGTTTAAATGG
**
17159 TTTTATAATGTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTACTAAAACGGACTATAA
242 TTTTATAATGTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTACTAAAACAAACTATAA
* * * ** *
17224 TTGAATGTCTACTTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAA
307 GTGAATGCCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGTCTATTTATAA
* * *
17289 CCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
372 CCACCTATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
* * * * *
17354 ACGTTGAATTTTTTTACATTTTAGTTAAAACAGATTATAATCAAATTTTTACCTTGAGAAACA
437 AAGTTAAATTTTTTTACATTTTAGTTAAAACAGAATATAATCAAATCTCTACCTTGAGAAACA
* *
17417 TGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
17482 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAGGTCAATATTTTTTACATTTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAATATTTTTTACATTTTT
* * * * ** * *
17547 CATTAAAATAGATTATAATTGATTGTTTGTCTCGGGAAACATGTAAAAAAAACCATTTATTAAGA
131 CATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGTAAAAAAAACCATTCATTAAGA
** * *
17612 AAAAATGTTTATTTATAGTCTCTTATTCCTTCATAAGTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTG
196 AAAAATGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCATAAGTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTG
** * * *
17677 ATTTTCA-GTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAGCAAACTATAAGTGAATGCCTGCCTCCA-
261 ATTTT-ATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTACTAAAACAAACTATAAGTGAATGCCTACCTCAAG
* * ** ** * *
17739 AAATCGTGTAA-AAAGAGCCATTCATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-TTTCATTCTTTTA
325 AAAT-GTG-AAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGTCTATTTATAACCACCT-ATTCCTTCA
*
17802 AAACCCTTATTACTCGCTTTAAAAT-GTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTT
387 AAACCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * *
17866 TACATTTCTGGCTT-AAACTA-AATATAATCGAATCTCTACCTTGA-AAACG
451 TACATTT-TAG-TTAAAAC-AGAATATAATCAAATCTCTACCTTGAGAAACA
* *
17915 TGAAGAAAAAAGTATTCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
*
17979 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAT-TTATTTTACATTT
65 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAATATT-TTTTACATTT
** **
18043 TTTGTTAAAACATG-TTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAAC-T-TAAAACGAAAGGCATTCAT
129 TTCATTAAAACA-GATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGTAAAA--AAAACCATTCAT
* *
18105 T-GGCAAAAGAA-GTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
191 TAAG-AAAA-AATGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT-------C--A-TA---AGTTTAAATG
* * * * * * *** *
18168 ATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTCATTAAAATTGATTATA
241 GTTTTATAATGTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTACTAAAACAAACTATA
* ** * * ***
18232 ATTGAATGTATACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAAGATTCATT-GGTAAGAAAAGTCTATTTAT
306 AGTGAATGCCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGG-AAGAAAAGTCTATTTAT
** * * * * * * * * *
18296 AGTCACCCATTTCTTTAAAAGCCTTATT-GTCCACTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGAT
370 AACCACCTATTCCTTCAAAACCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAT
* *
18360 TTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
434 TTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTAGTTAAAA
18394 TGGGCTATTA
Statistics
Matches: 805, Mismatches: 129, Indels: 87
0.79 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
496 5 0.01
497 10 0.01
498 326 0.40
499 75 0.09
500 4 0.00
502 2 0.00
503 1 0.00
505 2 0.00
507 1 0.00
508 2 0.00
510 11 0.01
511 180 0.22
512 175 0.22
513 7 0.01
514 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (499 bp):
TGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAATATTTTTTACATTTTT
CATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGTAAAAAAAACCATTCATTAAGA
AAAAATGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCATAAGTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTG
ATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTTACTAAAACAAACTATAAGTGAATGCCTACCTCAAGA
AATGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAAAAGTCTATTTATAACCACCTATTCCTTCAAAAC
CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
TTTAGTTAAAACAGAATATAATCAAATCTCTACCTTGAGAAACA
Found at i:18990 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 18453--20466 Score: 1870
Period size: 171 Copynumber: 11.8 Consensus size: 171
18443 CATTGGCATG
* * *
18453 AAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGATGAA-TTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* ********** * * *
18517 ACA-TTTTAGATTAAAATAGACTATAATTGAATNNNNNNNNNNAGAAACGTGAAGAAAAAAGCAT
66 ACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCAT
** * * **
18581 TCATCAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCAATCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
* * *
18623 AAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTGGATTTTAAGATGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * **
18687 TACATATTTCA-TTACAACAAGA-TATAATTGATTGCCTA-CTTGGAGAAAC-TGTAGAAAAATC
65 TACAT-TTTTAGTTAAAAC-AGACTATAATTGAATGTCTACCTT-GAAAAACATGAAGAAAAAGG
* *
18748 CATTCATTAGG-AAGAAAAGTCCATTGATAGTCTCTCATTCCTTCA
127 CATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
* * * * *
18793 AAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGATGAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * ** *
18858 ACATTTTTAATTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGGCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGTATT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATT
* **
18923 CATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACTCATTCCTTGG
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
* * *
18964 AAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * ** * * *
19029 ACATTTTGGGTTAAGAA-AGGCTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGTAAAAGCCAT
66 ACATTTTTAGTTAA-AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCAT
* * * * * *
19093 CCCTTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGT-CTTTA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTCA
* * * *
19135 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
19199 ACA-GTTTAGGTTAAAACAGACTATAATTGAGTGTCTACC-TCAAGAAACATAAAAAAAAAAGCA
66 ACATTTTTA-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGGCA
* *
19262 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCATTCCTTCA
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
* * * *
19305 AATA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTGATTTGAATTTTTT
1 AA-AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
19369 ATACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAATATAAACAAAAAGGC
65 -TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGGC
** * * * * *
19433 ATTTGTTGGCAAGAAATGTCTATTTGTA-TCCACCCATACCTTCA
128 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACTCATTCCTTCA
* * * * ** *
19477 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATGTCATAACAGGTTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * ** **
19542 ATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATGAAGAAAAAGATATT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATT
* * * * *
19607 TATAGGTAATAAAAGT-CTTTGTATAGTCACTCATTCCTTCA
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATT-TATAGTCACTCATTCCTTCA
* *
19648 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* ** * * * * *
19712 TACATTTTTAGTTCAAACAGACTATAATTGAATGTCTATATCGAGGAAA-GTTAAGAAAAAGGTA
65 TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAAACATGAAGAAAAAGGCA
* * * *
19776 TTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTCA
129 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
* * *
19819 AAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAGA-CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT
* * * * * *
19883 GTGCATTATGAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATACA--AAGAAAAAGG
64 TTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA-AAA-ACATGAAGAAAAAGG
* * *
19946 CATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TCCTTTTA
127 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC-TTCA
** ********** *
19991 AAAGCCTTCCTACTCACTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * *
20056 ATATTTTTAGTTAAAATAGACTATTATTGAGTGTCTACC-TCAAGAAACTTGAAGAAAAAAGCAT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGGCAT
* *
20120 TCATCGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCA
* * * * *
20162 ACAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTA
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
20227 ATATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACGTGTAGAGAAAGACAT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGGCAT
* * *
20291 TAATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCCATTTCTTCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTCA
* * * ** * *
20333 AAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTGCAGTTCAACTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *
20398 ATATTTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAAGGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
66 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAGGCAT
20462 TCATT
130 TCATT
20467 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1510, Mismatches: 287, Indels: 93
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 17 0.01
170 324 0.21
171 873 0.58
172 287 0.19
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATT
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
Found at i:19919 original size:514 final size:510
Alignment explanation
Indices: 18453--20466 Score: 1977
Period size: 514 Copynumber: 3.9 Consensus size: 510
18443 CATTGGCATG
* * * *
18453 AAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGATGAA-TTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * ********** *
18517 ACATTTTAGATTAAAATAGACTATAATTGAATNNNNNNNNNNAGAAACGTGAAGAAAAA-AGCAT
66 ATATTTTTGGTTAAAA-AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGA-CAT
* * * **
18581 TCATCAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCAATCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAA
129 TCAT-AGGAATAAAAGTC-ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAA
* * * * * *
18645 ATGGTTTTATAATCTCATAGTGGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATATTTCA-TTACAACAAGA
191 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACAT-TTTTAGTTAAAAC-AGA
* * * * ** * *
18709 -TATAATTGATTGCCTA-CTTGGAGAAAC-TGTAGAAAAATCCATTCATTAGGAAGAAAAGTCCA
254 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAAGAAACGTGTAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTA
* * * * * *
18771 TTGATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAT
319 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * * **
18836 TGATTTTAAGATGAATTGTTTTACATTTTTAATTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGGCTTGA
384 TGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTT-A
* * * * * **
18901 A-AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACTCATTCCTTGG
448 AGAAATATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA-TCCTTCA
* *
18964 AAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * * *
19029 ACATTTTGGGTTAAGAAAGGCTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGTAAAAGCCATC
66 ATATTTTTGGTTAA-AAAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATT
* * * * * * *
19094 CCTTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
130 CATAGGAAT-AAAAGT-CATTTATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * *
19158 TGATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTACA-GTTTAGGTTAAAACAGACT
192 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTA-GTTAAAACAGACT
* * ** * * *
19221 ATAATTGAGTGTCTACCTC-AAGAAACATAAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
256 ATAATTGAATGTCTACCTCGAAGAAACGTGTAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATT
**
19285 TATAGTCATTCATTCCTTCAAATA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
321 TATAGTCACCCATTCCTTCAAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * *
19349 GATTTTGATTTGAATTTTTTATACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAA
385 GATTTTAAGTTGAATTCTTT-TACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAA
* ** * * *
19414 GAAATATAAACAAAAAGGCATTTGTTGGCAAGAAATGTCTATTTGTA-TCCACCCATACCTTCA
449 GAAATATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT-CACCCAT-CCTTCA
* * * * * ** *
19477 AAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATGTCATAACAGGTTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * *
19542 ATATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGTGAAACATGAAGAAAAAGATATT
66 ATATTTTTGGTTAAAA-AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATT
* *
19607 TATAGGTAATAAAAGTCTTTGTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
130 CATAGG-AATAAAAGTCATT-TATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* *
19672 AGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTCAAACAGACTA
193 GGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTA
** * *
19736 TAATTGAATGTCTATATCGAGGAAA-GT-TAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATT
257 TAATTGAATGTCTACCTCGAAGAAACGTGT-AGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATT
* ** *
19799 TATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAGA-CTCAAAATT
321 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA-ATCTCAAAATT
* * * *
19863 GATTTTAAGTTGAATTCTTTGTGCATTATGAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
385 GATTTTAAGTTGAATTCTTT-TACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAA
* * *
19928 GAAATACAAAGAAAAAGGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCTTTTA
449 GAAATATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCC-TTCA
** ********** *
19991 AAAGCCTTCCTACTCACTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * ** *
20056 ATATTTTTAGTTAAAATAGACTATTATTGAGTGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAA-AGCAT
66 ATATTTTTGGTTAAAA-AGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGA-CAT
* * * *
20120 TCATCGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAACAGCCTTATTACTCGCTTTAA
129 TCATAGG-AATAAAAG-TCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * *
20184 ATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TATTTTAATATTTTTAGTTAAAACATAC
191 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGAC
* * * * *
20248 TATAATTGAATGTCTACCT-TAAGAAACGTGTAGAGAAAGACATTAATTGGCAAGAAAAGTCTAT
255 TATAATTGAATGTCTACCTCGAAGAAACGTGTAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTAT
* * * * *
20312 TTATAGTCATCCATTTCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATT
320 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
** * * * * ** *
20377 GATTTGCAGTTCAACTT-TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAAGGTCTACCTTAA
385 GATTTTAAGTTGAA-TTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAA
* * *
20441 GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT
449 GAAATATAAAGAAAAAGGCATTCATT
20467 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1232, Mismatches: 232, Indels: 76
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AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ATATTTTTGGTTAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTC
ATAGGAATAAAAGTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAAT
TGAATGTCTACCTCGAAGAAACGTGTAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
AAGTTGAATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATAT
AAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCTTCA
Found at i:22336 original size:21 final size:21
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22298 ATAGTCTTTC
22308 ATTCCTTTAAA-GGCTTTATT
1 ATTCCTTTAAATGGCTTTATT
*
22328 ATTCACTTTAAATGGTTTTAT
1 ATTC-CTTTAAATGGCTTTAT
22349 AATCTCCAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTCCTTTAAATGGCTTTATT
Found at i:22700 original size:171 final size:171
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Indices: 21966--22703 Score: 648
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21956 NNNNNNNNNN
** * * *
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1 ATTCCTTCAAAAGCT-TT-TTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTT
** * * * ** *
22030 AAATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGGCTTAAGAAACATGAAG
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* * *
22095 AAAAAAGCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTC
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* * *
22138 ATTTCTTCAAAAGCTGTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCAT-ATTGATTATAAGTTG
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******************** * *
22202 AA-TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGACTATAATTGAGTGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGA
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* * *
22266 AAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATATATAGTCTTTC
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* * * * * *
22308 ATTCCTTTAAAGGCTTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCA-AATTGATTTTAATTT
1 ATTCCTTCAAAAGCTTT-TTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCT-CATAATTGATTTTAAGTT
** * * * * ** *
22372 AAATTCGTTTTACATTTTTCATTGAAACAAACTATAATTGAATGTCT--TTCTTGAAAAATGTAA
64 AAATTTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATG-AA
* * * * * *
22435 -AGAAAAAGTATTCATTGGCAAGGAAAGTTCGTTTATAGTCTCTC
128 GA-AAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTC
*
22479 ATTCCTTCAAAAGTCATTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTT-
1 ATTCCTTCAAAAG-CTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * *
22543 AATTTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGAGTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGA
65 AATTTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGA
* ** *
22608 AAAAAGCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGT-TTTC
130 AAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTC
*
22649 TATTCCTTCGAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTG
1 -ATTCCTTCAAAAG-CTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTG
22704 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 438, Mismatches: 115, Indels: 27
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Matches are distributed among these distances:
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ATTCCTTCAAAAGCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
ATTTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAA
AAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTC
Found at i:25560 original size:170 final size:170
Alignment explanation
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25240 CTACTTACAG
* * **
25250 TCTCTCATTCCTTTAAAAGTCATTTTACTCATTTTAAATATTTTTATGATCTCATAATTGATTCT
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* * *
25315 AAATTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATCGACAATAATTGAATCTCTGCTTTGAGAAATGT
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*
25380 GAAAAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAGAAGTCCATATATAA
130 GAAAAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAA
*
25421 TCTCTCATTCCTTCAAAACCTC-TTTACTCATTTTAAATGGCTTTATGATCTCATAATTGATT-T
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* * * * *********
25484 CAAGTTGAA-TTTTTTAGCATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGACTGTCTACCNNNNNNNNN
65 -AAATTGAATTTTTTTA-CATTTTTCATTAAAATAGACAATAATTGAATCTCTACCTTGAGAAAT
* * *
25548 NTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAG
128 GTGAAAAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAA
25591 TCTAC-CATTCCTT
1 TCT-CTCATTCCTT
25604 TAAAGGCTTT
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 25, Indels: 9
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.05
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ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.10, T:0.39
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TCTCTCATTCCTTCAAAACTCATTTACTCATTTTAAATAGCTTTATGATCTCATAATTGATTCTA
AATTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACAATAATTGAATCTCTACCTTGAGAAATGTG
AAAAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAA
Found at i:28080 original size:171 final size:169
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27743 NNNNNNNNNN
* * * * * *
27753 CGTTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTATATATTTTTGGTTA
1 CGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTTGTT-
* * * * * * *
27818 AAAACAGACAATAATTGAATGTTTACTTTCAA-AAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTTAGCAAGA
64 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGA
* * *
27882 AAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
127 AAAGTCCA-TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* ** * * * * * *
27926 TGCCTTAAATGGTTCTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAAATATTTTACATTTTTTATTAA
1 CGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * * * *
27991 AACAGACTATAATTGAAAGTCTGCCTTGAGAAATGTGAAGATAAAAGCATTCATTAGCAAGGAAA
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**
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* * **
28097 CGTTTTAAATAGTTTTATGAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAA
1 CGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * ** * * * *
28162 AACAAACTATATTTGAATGTCCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTTATTGGTAAGAAAA
66 AACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAA
* * *
28227 GTCCATATATAGTCTCACATTCCTTCAAATGCCGTT-TTAGT
130 GTCCAT-TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCC-TTATTACT
* * * *
28268 CATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAAGTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTGAA
1 CGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * * * *
28333 AACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTAAAGAAAGAAGCATCCATTGGCAAGAGAA
66 AACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * *
28398 GTCCATATATAGTCTTTCATTCCTTCCAATGCCGTT-TTATT
130 GTCCAT-TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCC-TTATTACT
* * * *
28439 CATTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAAGTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTGTTA
1 CGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTA
* * * **
28504 AAACTGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAATGTGAGGATAAAAGCATTCATTGATAAGAAA
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* * *
28569 AGTTCACTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-TTGTTTTACT
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* * * *
28611 CGTTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTCTCAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAA
1 CGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* ** * * * *
28676 AACAGACTATAATTGAATTTCTTTCTTGAGAAACATGAAGAAAGAAGCATTCATTGGTAAGAGAA
66 AACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAA
* *
28741 GTCCATATATAGTCCCTCATTCCTTCAAAA--CTTCTTTACT
130 GTCCAT-TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACT
* * * **
28781 CATTTTAAATGGCTTTATGATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATT-A
1 CGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * ** * * *
28845 AACTAGAATATAATTAAATGTCTATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAGA
66 AAC-AGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAA
* * * * *
28910 AGTCTATATATAGTCTCCCATTCCTTTAAAGGCTTTATTACT
129 AGTCCAT-TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
** * * * * **
28952 CACTTTAAATGATTTTATAATCTCCA-AATTGATTTTAATTTGAATTCGTTTTACATTTTTCATT
1 CGTTTTAAATGGTTTTATGATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTT
* * **** * * * * *
29016 AAGACAGACTATAATTGACTGTCCATATTGAGAAACGTGAAAAAAAAAGTATTCATTGGTAAGGA
64 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTG-AAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAA
** * *
29081 AAGTCTGTTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTAGT
128 AAGTC-CATTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *
29124 CGTTTTAAATAGTTTTATGATCTAATAATTGATTTTAAGTTGATATTTTTTTTTTACATTTTTGG
1 CGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-A---TTTTTTTACATTTTTTG
* * * ** ** * *
29189 TTAAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCCAGAAATTTGAAGAAAAATGCCTTCGTTGGCAA
62 TT-AAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAA
* * * * * * *
29254 GAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCGAAAGTCGTATTATT
125 GAAAAGTCCA-TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * *
29300 CGCTTTAAATGGTTCTATAATCTTATAATTGATATTAAGTTGATTTTTTTTATATTTTTTGTTAA
1 CGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * * * * *
29365 AACAGACTATAATTGAATGTATGCCTTGAGAAATGTTAAGATAAAACCATTTATTGGCAAGAAAA
66 AACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGA-AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAA
* * *
29430 GTCCACTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAAG-TTGTTTTACT
130 GTCCA-TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACT
* * * *
29471 CGTTTTAAAAGGTTTTATGATCTCATTATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACAGTTTTTGTTAA
1 CGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * * *
29536 AACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAGAAGCATTCATTGGTAAGAAAA
66 AACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAA
* * ** ** *
29601 GTCCATATATAGTTTTTCATTTATTTGAAAG-CTTTTTACT
130 GTCCAT-TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * **
29641 CATTTTAAATGATTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATTTTTTTTTTACATTTTTCATT
1 CGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--ATTTTTTTACATTTTTTGTT
* * * * * * *
29705 AAAACAGACTATTATTGAATGTTTGACTCAAGAAACGTGAAGAAAGAAGCATCCATTGGTAAGAG
64 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAA
* * *
29770 AAGTCCATATAGAGTCTTTCATTCCTTCAAATGCCGTT-TTA-T
128 AAGTCCAT-TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCC-TTATTACT
* * * *
29812 ACATTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAAGTGA-TTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTA
1 -CGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTA
* * * *
29876 AAACAGAGTATAATTGAATGTCTGCCTTCAGAAATGTGAGGATAAAAGCATTCATTGGCAAGAAA
65 AAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGA-AAAAGCATTCATTGGCAAGAAA
* * *
29941 AGTCCACTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAG-TTGTTTTACT
129 AGTCCA-TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACT
* * *
29983 CATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAA
1 CGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * * * * * * *
30048 AAGAGCCTATAATTAAATTTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAGAAGCATTCATTGGTAAGAAAA
66 AACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAA
*
30113 GTCCATATATAGTCTCTCATTCTTTCAAAA-CCTCT-TTACT
130 GTCCAT-TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACT
* * * * * * *
30153 CATTTTAAATGGCTTTATGATCTTATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TTTGTTTTATTA
1 CGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTTGTTA
* * * * *
30217 AAATAGAATATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAA
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* ** *
30282 AGTCCATATATAGTCTCTCATTCCTTTAAGGGCTTTATTACT
129 AGTCCAT-TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
** * * * **
30324 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCA-AATTGATTTTAATTTGAATTCGTTTTACA-TTTTCATT
1 CGTTTTAAATGGTTTTATGATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTT
* * * * * * * * *
30387 GAGACAGATTATAATTAAATGTCCGTCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGGA
64 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAA
* * *
30452 AAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGT
128 AAGTCCA-TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
30495 CGTTTTAAATAGTTTTATAATTTAATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTTTGGTTA
1 CGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTGTT-
* * * * ** * * * *
30560 AAAACAGACAATAATTGATTGTTTACCTCCAGAAACTTCAAGAAAAATGCCTTCGTTGGCAAGAA
64 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAA
* * * *
30625 AAGTCTATTTATAG-CCCCCGATTCCTTCAAAAG-CTGTATTATT
128 AAGTCCA-TTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACT
* * * * * *
30668 CGCTTTAAATGGTTCTATAATTTTATAATTGATATTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
1 CGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * * ** * *
30733 AACGGACTATAATTGAATGTTTGCTTTGGGAAATGTGAAGATAAAAGCATTCAGTGGCAAGAAAA
66 AACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGA-AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAA
* * *
30798 GTCTACTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGTCGTT-TTACT
130 GTCCA-TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACT
* * * * **
30839 TGTTTTAAATCGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTATATTTTTCATTAA
1 CGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
30904 AACAGACT
66 AACAGACT
30912 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2478, Mismatches: 438, Indels: 142
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 9 0.00
170 464 0.19
171 1308 0.53
172 399 0.16
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
CGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA
AACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
TCCATTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
Found at i:31544 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 31096--31576 Score: 506
Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 169
31086 NNNNNNTTAT
* * * * *
31096 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGATTCATTGGTAAAAA
1 TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGATTCATTGGCAAGAA
* ** * *
31161 AAGTCTATATATAATTTCTCATTCCTTCGAAAGCCTTT-TTACTCATTTTAAATAATTTTATGAA
66 AAGTCTATTTATAGCTTCT-ATTCCTTCAAAAG-CTTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTAT-AA
* *
31225 G-TCATAATTGATTTTAGGTTGAATCTTTTTACATTTTTTAC
128 GCTCATAATTGATTTAAGGTTGAATCTTTTTACATTTTTGAC
* * *** * *
31266 TGAAATAGACTATAACTGAATGTCCGTCTCAAGAAAC-GAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGG
1 TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAG-ATTCATTGGCAAGA
** * * *
31330 AAAGTCCGTTTGTAGTCTCTCT-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATACTTTTATAA
65 AAAGTCTATTTATAG-CT-TCTATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTATAA
* * **
31394 GCTAATAATTGATTGTAAGG-TGAATTTTTTTACATTTTTGGT
128 GCTCATAATTGATT-TAAGGTTGAATCTTTTTACATTTTTGAC
* * * *
31436 TAAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCTCCAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCGTTGGCAAG
1 T-AAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAG-ATTCATTGGCAAG
* *
31501 AAAAGTCTATTTATAGCTTCTGATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATA
64 AAAAGTCTATTTATAGCTTCT-ATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATA-ATTTTATA
*
31565 ATCTCATAATTG
127 AGCTCATAATTG
31577 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 48, Indels: 20
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 16 0.06
170 116 0.46
171 36 0.14
172 84 0.33
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAGATTCATTGGCAAGAA
AAGTCTATTTATAGCTTCTATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTATAAGCT
CATAATTGATTTAAGGTTGAATCTTTTTACATTTTTGAC
Found at i:32706 original size:163 final size:154
Alignment explanation
Indices: 32495--32801 Score: 429
Period size: 163 Copynumber: 1.9 Consensus size: 154
32485 AGAAACGTGA
*
32495 AGAAAAAAGCATTCATTTGAAGTCCATTTATAGTTTCTCATTCCCTCAAAGCTGTTTTACTCATT
1 AGAAAAAAGCATTCATTGGAAGTCCATTTATAGTTTCTCATTCCCTCAAAGCTGTTTTACTCATT
* *
32560 TTAAATGGTTTTATGATCTCACGATTGATTTTAAACTG-ATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACA
66 TTAAATGGTTTTATGATCTCACAATAGATTTTAAACTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACA
32624 GACTATAATTGAATGTCTGCCTTG
131 GACTATAATTGAATGTCTGCCTTG
* *
32648 AGAANNNNNNNNNNNAAAA-CATTTATTGGAAGTCCATTTATAGTTTCTCATTCCCTCAAAGTTG
1 AGAA-----------AAAAGCATTCATTGGAAGTCCATTTATAGTTTCTCATTCCCTCAAAGCTG
* *
32712 TTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATAGATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTT
55 TTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCACAATAGATTTTAAACTGAATTTTTTTACATTTT
*
32777 TCATTAAAATAGACTATAATTGAAT
120 TCATTAAAACAGACTATAATTGAAT
32802 CTATACCTCA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 8, Indels: 13
0.86 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
153 4 0.03
163 87 0.65
164 43 0.32
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (154 bp):
AGAAAAAAGCATTCATTGGAAGTCCATTTATAGTTTCTCATTCCCTCAAAGCTGTTTTACTCATT
TTAAATGGTTTTATGATCTCACAATAGATTTTAAACTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACA
GACTATAATTGAATGTCTGCCTTG
Found at i:33141 original size:172 final size:167
Alignment explanation
Indices: 32933--33283 Score: 372
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 167
32923 NNNNAATTCG
** * * *
32933 TTTTACATTTTTCATTGAAACAGACTATAATTGAATGTCTT-TCT-TGAAAAACGTGAAGAAAAA
1 TTTTACATTTTTCATAAAAACAGACAATAATTGAATGT-TTACCTCT-AAAAACGTAAAG-AAAA
* * * * ***
32996 AT-TATTCATTGGCAAGGAAAGTCCGTTTCTATTTTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
63 ATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTC-CGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* *
33059 TTTTAAAT-AGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATGTT
127 CTTTAAATGA-TTCTAT-A---AATAATTAATTTTAAGTTGAAT-TT
* *
33105 TTTTACATTTTT-AGTAAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACTTAAAGAAAAAT
1 TTTTACATTTTTCA-TAAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCTAAAAACGTAAAGAAAAAT
* * * *
33169 GCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTTCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
65 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
*
33234 TAAATGATTCTATAAATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
130 TAAATGATTCTATAAATAATTAATTTTAAGTTGAATTT
33272 TTTTACATTTTT
1 TTTTACATTTTT
33284 TGTTAAAANN
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 21, Indels: 17
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 14 0.09
168 21 0.14
171 11 0.07
172 104 0.68
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (167 bp):
TTTTACATTTTTCATAAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCTAAAAACGTAAAGAAAAATG
CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATGATTCTATAAATAATTAATTTTAAGTTGAATTT
Found at i:33863 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 33490--34988 Score: 1236
Period size: 171 Copynumber: 8.8 Consensus size: 169
33480 NNNNNNNNNN
* * * * *
33490 TACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAACAAAGAAGCAT
1 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCT-AAGAAACATGAAGAAAAAAGTAT
* * * * * * * *
33555 TCATCGATAAGAGAAGTCCATATATAGTCTCCCATTCCTTCAAATGCCGTTTTAGTCAATTTAAA
65 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATTTCTTTAAAAGCC-TTTTACTCATTTTAAA
* *
33620 TGGTTTTTATGATCTCATAA-GCGATTCTAAGTTGAATTTTTT
129 TGG-TTTTATGATCTCATAATTC-ATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * *
33662 TACATTTTTTATTAAAACGGACTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAAGTAT
1 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTA-AGAAACATGAAGAAAAAAGTAT
* * *
33727 TTATTGGTAAGAAAAGTCTATATATAGTCTCCCATTTCTTTGAAAGCCTTTTCACTCATTTTAAA
65 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATTTCTTTAAAAGCCTTTT-ACTCATTTTAAA
********** *
33792 TGGTTTTATGATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATCTTTT
129 TGGTTTTATGATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * ** *
33833 TACATTTTTCATTGAAACAGACTATAATTGATTGTTTGTCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAATAT
1 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTG-CCTAAGAAACATGAAGAAAAAAGTAT
* * * * ********
33898 TCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTCA-TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNN
65 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATTTCTTT-AAAAGCCTT-TTACTCATTTTAA
** * *
33962 NNGGTTTTATGACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT
128 ATGGTTTTATGATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * *
34004 TACATTTTACATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACCTAAAGAAAAAAGCAT
1 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCT-AAGAAACATGAAGAAAAAAGTAT
* * * * * * * *
34069 CCATTGCTAAGAAAATTTCATATGTAGTCCCCCA-TTCTTTTGAAAGCCTTTTTACTTATTTTAA
65 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATTTC-TTTAAAAGCC-TTTTACTCATTTTAA
* * *
34133 ATGGTTTTATGATCTCATAGTTGATTTTAATTTG-ATTTTTT
128 ATGGTTTTATGATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTT
* ** * * * *
34174 T-TATTTTTTGTTAAAGCAGACTATAAATAAATGTCTGCCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTAT
1 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCC-TAAGAAACATGAAGAAAAAAGTAT
* * * ***
34238 TCATTGGTAAGAAAAGTTCATATATAGTCTCTCATTCCTTCGTAAGCCTTTTTACTCATTTTAAA
65 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATTTCTTTAAAAGCC-TTTTACTCATTTTAAA
* * *
34303 TGATTTTATGATCTCATAATTCATTTGAAGTTGAATATTTT
129 TGGTTTTATGATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
34344 TACATTTTTCATTGAAACAAACTATAATTGAATGTTTACCTCCAGAAACTTGAAGAAAAATA-TA
1 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCT-AAGAAACATGAAGAAAAA-AGTA
* *** * * * * *
34408 TTCGTTTCCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGA-TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTA
64 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATTTCTTT-AAAAGCCTT-TTACTCATTTTA
* * * *
34472 AATGGTTCTATAATCTCATAATTAATTTT-AGATTAAATTTTTT
127 AATGGTTTTATGATCTCATAATTCATTTTAAG-TTGAATTTTTT
* * *
34515 TACATTTTTTC-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATAAAGATAAAAGCA
1 TACA-TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCT-AAGAAACATGAAGAAAAAAGTA
* * * * * * **
34579 TTCATTAGTAAGAAATGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTTGTTTTACTCATTTTAA
64 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATTTCTTTAAAAG-CCTTTTACTCATTTTAA
* **
34644 ATAGTTTTATGATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTNN
128 ATGGTTTTATGATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTT
******** * * * * * *
34686 NNNNNNNNTCATTAAAACATACTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACAAGGAGAAAAAAGCAT
1 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCT-AAGAAACATGAAGAAAAAAGTAT
* * * ** *
34751 TCATTGGTAAAAAAAAGTCCATATATAGTCTCCAATTCCTTCGAACGCCTTTTTACTCATTTTAA
65 TCATTGGT-AAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATTTCTTTAAAAGCC-TTTTACTCATTTTAA
** *
34816 ACAGTTTTATGATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATATTTT
128 ATGGTTTTATGATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
34858 TACATTTTTCATTGAAACAGACTGTAATTGAATGT-TCGTCTTTAGAAACATAAAGAAAAAAGTA
1 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-G-CCTAAGAAACATGAAGAAAAAAGTA
* * * * * * * * *
34922 TTCATTGGCAAGGAAGGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAA
64 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATTTCTTTAAAAGCCTT-TTACTCATTTTAA
34987 AT
128 AT
34989 AGTNNNNNNN
Statistics
Matches: 1041, Mismatches: 257, Indels: 59
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 126 0.12
170 39 0.04
171 608 0.58
172 266 0.26
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTAAGAAACATGAAGAAAAAAGTATT
CATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATTTCTTTAAAAGCCTTTTACTCATTTTAAATG
GTTTTATGATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTT
Found at i:34635 original size:511 final size:508
Alignment explanation
Indices: 33490--34988 Score: 1575
Period size: 511 Copynumber: 2.9 Consensus size: 508
33480 NNNNNNNNNN
* * * *
33490 TACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAACAAAGAAGCAT
1 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATAAAGAAA-AAGCAT
* * * * *
33555 TCATCGATAAGAGAA-GTCCATATATAGTCTCCCATTCCTTCAAATGCCGTTTTAGTCAATTTAA
65 TCATTGATAAGA-AATGTCCATATATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTGTTTTACTCATTTTAA
* * *
33619 ATGGTTTTTATGATCTCATAAG-CGATTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACGGA
129 ATGG-TTTTATGATCTCAT-AGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CATTTTTTATTAAAACAGA
* *
33683 CTATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTTATTGGTAAGAAAAG-TCTA
191 CTATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTC-A
* * * * ***
33747 TATATAGTCTCCCATTTCTTTGAAAGCCTTTTCACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCANNNN
255 TATATAGTCT-CCATTCCTTCG-AAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGATTTTATGATCTCA-TAA
****** * * ** *
33812 NNNNNNTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTCATTGAAACAGACTATAATTGATTGTTTGTCTTAA
317 TTCATTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTGAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAA
* *
33877 GAAATGTGAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAA
382 GAAATGTGAAGAAAAAAATATTCATTGCCAAGAAAAATCCATTTATAGCCTCTCATTCTTTCAAA
********** * * *
33942 AGCCTTATTACTNNNNNNNNNNGGTTTTATGACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT
447 AGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTCTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * * * *
34004 TACATTTTACATTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACCTAAAGAAAAAAGCAT
1 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATAAAG-AAAAAGCAT
* * * * * * ** *
34069 CCATTGCTAAGAAAAT-TTCATATGTAGTCCCCCATTCTTTTGAAAGCCT-TTTTACTTATTTTA
65 TCATTGATAAG-AAATGTCCATATATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAG-CTGTTTTACTCATTTTA
* * * *
34132 AATGGTTTTATGATCTCATAGTTGATTTTAATTTG-ATTTTTTTTATTTTTTGTTAAAGCAGACT
128 AATGGTTTTATGATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGACT
* *
34196 ATAAATAAATGTCTGCC-ATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATA
193 ATAATTGAATGTCTGCCTA-GAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATA
34260 TATAGTCTCTCATTCCTTCGTAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGATTTTATGATCTCATAATTC
257 TATAGTCTC-CATTCCTTCG-AAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGATTTTATGATCTCATAATTC
* *
34325 ATTTGAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTGAAACAAACTATAATTGAATGTTTACCTCCAGA
320 ATTT-AAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTGAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGA
* * * * *
34390 AACT-TGAAGAAAAATATATTCGTTTCCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTC-CGATTCTTTCAAA
384 AA-TGTGAAGAAAAAAATATTCATTGCCAAGAAAAATCCATTTATAGCCTCTC-ATTCTTTCAAA
*
34453 AGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTAATTTT-AGATTAAATTTTTT
447 AGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTCTATAACCTCATAATTAATTTTAAG-TTAAATTTTTT
34515 TACATTTTTTC-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATAAAGATAAAAGCA
1 TACA-TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATAAAGA-AAAAGCA
* * *
34579 TTCATT-AGTAAGAAATGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTTGTTTTACTCATTTTA
64 TTCATTGA-TAAGAAATGTCCATATATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTGTTTTACTCATTTTA
* * * ********* * *
34643 AATAGTTTTATGATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTNNNNNNNNNNTCATTAAAACATAC
128 AATGGTTTTATGATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTCATTTTTTATTAAAACAGAC
* * * * * * *
34708 TATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACAAGGAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAAAAAAAGTCCAT
192 TATAATTGAATGTCTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGT-AAGAAAAGTTCAT
*
34773 ATATAGTCTCCAATTCCTTCGAACGCCTTTTTACTCATTTTAAA-CAGTTTTATGATCTCATAAT
256 ATATAGTCTCC-ATTCCTTCGAA-GCCTTTTTACTCATTTTAAATGA-TTTTATGATCTCATAAT
* *** **
34837 TCATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTGAAACAGACTGTAATTGAATGTTCGTCTTTA
318 TCA-TTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTGAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAA
** * * * * ** ** *
34902 GAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGGAAGGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAA
382 GAAATGTGAAGAAAAAAATATTCATTGCCAAGAAAAATCCATTTATAGCCTCTCATTCTTTCAAA
**
34967 AGCCTTATTACTCGTTTTAAAT
447 AGCCTTATTACTCAATTTAAAT
34989 AGTNNNNNNN
Statistics
Matches: 815, Mismatches: 143, Indels: 54
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 12 0.01
511 399 0.49
512 23 0.03
513 81 0.10
514 291 0.36
515 9 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (508 bp):
TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCATT
CATTGATAAGAAATGTCCATATATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTGTTTTACTCATTTTAAAT
GGTTTTATGATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGACTATA
ATTGAATGTCTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATATATA
GTCTCCATTCCTTCGAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGATTTTATGATCTCATAATTCATTTAA
GTTGAATATTTTTACATTTTTCATTGAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGA
AGAAAAAAATATTCATTGCCAAGAAAAATCCATTTATAGCCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATT
ACTCAATTTAAATGGTTCTATAACCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTT
Found at i:34663 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 33490--34991 Score: 1455
Period size: 342 Copynumber: 4.4 Consensus size: 342
33480 NNNNNNNNNN
* * * * *
33490 TACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAACAAAGAAGCAT
1 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTAT
* * * * * * * * *
33555 TCATCGATAAGAGAAGTCCATATATAGTCTCCCATTCCTTCAAATGCCGTTTTAGTCAATTTAAA
66 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAA
* * * * **
33620 TGGTTTTTATGATCTCATAA-GCGATTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACGGAC
131 TAG-TTTTATGATCTCATAATTC-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACATAC
* * * * *
33684 TATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTTATTGGTAAGAAAAGTCTATA
194 TATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGCTAAGAAAAGTCTATA
* * *****
33749 TATAGTCTCCCATTTCTTT-GAAAGCCTTTTCACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCANNNNN
259 TATAGCCTCCCA-TTCTTTCGAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATT
***** *
33813 NNNNNTAAGTTGAATCTTTT
323 AATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * ** *
33833 TACATTTTTCATTGAAACAGACTATAATTGATTGTTTGTCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAATAT
1 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTAT
* * * * *********
33898 TCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNN
66 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAA
** * * * *
33963 NGGTTTTATGACCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTACATTAAAACATATTA
131 TAGTTTTATGATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACATACTA
** * * * * *
34028 TAATTGAATGTTTGTCTCAAGAAACCTAAAGAAAAAAGCATCCATTGCTAAGAAAA-TTTCATAT
196 TAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGCTAAGAAAAGTCT-ATAT
* * * * *
34092 GTAGTCC-CCCATTCTTTTGAAAGCCTTTTTACTTATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAGTTG
260 ATAG-CCTCCCATTCTTTCGAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTA
*
34156 ATTTTAATTTG-ATTTTTT
324 ATTTTAAGTTGAATTTTTT
* ** * * * *
34174 T-TATTTTTTGTTAAAGCAGACTATAAATAAATGTCTGCCAT-GAGAAACATGAAGAAAAAAGTA
1 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCC-TCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTA
* * **
34237 TTCATTGGTAAGAAAAGTTCATATATAGTCTCTCATTCCTTCGTAAGCCTTTTTACTCATTTTAA
65 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAA
* * * *
34302 AT-GATTTTATGATCTCATAATTCATTTGAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTGAAACAAAC
130 ATAG-TTTTATGATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACATAC
* * * * * *
34366 TATAATTGAATGTTTACCTCCAGAAACTTGAAGAAAAATA-TATTCGTTTCCAAGAAAAGTCTAT
194 TATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGCTAAGAAAAGTCTAT
* * * * * * *
34430 TTATAGCCTCCGATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATT
258 ATATAGCCTCCCATTCTTTCGAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATT
*
34495 AATTTT-AGATTAAATTTTTT
323 AATTTTAAG-TTGAATTTTTT
* * *
34515 TACATTTTTTC-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATAAAGATAAAAGCA
1 TACA-TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTA
* * *
34579 TTCATTAGTAAGAAATGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-TTGTTTTACTCATTTTA
65 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT-TTTTACTCATTTTA
**********
34643 AATAGTTTTATGATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTNNNNNNNNNNTCATTAAAACATAC
129 AATAGTTTTATGATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACATAC
* * * * * *
34708 TATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACAAGGAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAAAAAAAGTCCAT
194 TATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGCT-AAGAAAAGTCTAT
* * * * **
34773 ATATAGTCTCCAATTCCTTCGAACGCCTTTTTACTCATTTTAAACAGTTTTATGATCTCATAATT
258 ATATAGCCTCCCATTCTTTCGAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATT
* *
34838 CATTTTAAGTTGAATATTTT
323 AATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * ** *
34858 TACATTTTTCATTGAAACAGACTGTAATTGAATGT-TCGTCTTTAGAAACATAAAGAAAAAAGTA
1 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-GCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTA
* * * * * *
34922 TTCATTGGCAAGGAAGGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAA
65 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAA
34987 ATAGT
130 ATAGT
34992 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
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TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGTAT
TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAA
TAGTTTTATGATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACATACTA
TAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGCTAAGAAAAGTCTATATA
TAGCCTCCCATTCTTTCGAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTAAT
TTTAAGTTGAATTTTTT
Found at i:35965 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 35751--36146 Score: 447
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 172
35741 TCCAATTTCA
* ** * * *
35751 TCAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTTATTTGAGTTTT
1 TCAAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTTATTTGAGTTTT
* * * *
35816 TTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAAGG-TCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAA
66 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAGGTTC-ACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAA
* ** *
35880 GCT-TTCATTGGTAAGAAAAATCTATATATAGTCTCCCATTCCT
130 G-TATTCACTACTAAGAAAAATCCATATATAGTCTCCCATTCCT
* **********
35923 TCGAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGA-TTTTANNNNNNNNNN
1 TCAAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTTATTTGAGTTTT
* ** *
35987 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTCACCTTGAGAAACATAAAGAGAAAAG
66 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAGGTTCACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAG
* * *
36052 TATTCACTACTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCATTCTT
131 TATTCACTACTAAGAAAAATCCATATATAGTCTCCCATTCCT
* *
36094 TCAAAAGTCATTTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTT
1 TCAAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTT
36147 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
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ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
TCAAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTTATTTGAGTTTT
TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAGGTTCACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAG
TATTCACTACTAAGAAAAATCCATATATAGTCTCCCATTCCT
Found at i:36243 original size:171 final size:158
Alignment explanation
Indices: 35987--36303 Score: 278
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 158
35977 NNNNNNNNNN
* ** * * * * *
35987 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTCACCTTGAGAAACATAAAGAGAAAAG
1 TTTTACATTTTACATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TCTGCATAAGAAACATGAAGAAAAAAC
* * *
36052 TATTCACT-ACTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGTCATTTTACTCGTTT
65 TATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATATATAGTCTC-CATTCCTTCAAAAG-CATTTTACTCGTTT
*
36116 TAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNN
127 TAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTT----------A
*** *
36158 TTTTACATTTTACATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGTCATAAGAAATGCGAAGAAAAAAT
1 TTTTACATTTTACATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTG-CATAAGAAACATGAAGAAAAAAC
* * * *
36223 TATTTATTGGCACA-AAAAGTCCATTTATAGTCTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
65 TATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATATATAGTCTCCATTCCTTCAAAAGCATT-TTACTCGTTTT
*
36287 AAATAGTTTTATAATCT
128 AAATAGTTTTATGATCT
36304 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 19, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (158 bp):
TTTTACATTTTACATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCATAAGAAACATGAAGAAAAAACT
ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCATTCCTTCAAAAGCATTTTACTCGTTTTAAA
TAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTA
Found at i:36335 original size:171 final size:162
Alignment explanation
Indices: 36158--36480 Score: 307
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
36148 NNNNNNNNNN
* *
36158 TTTTACATTTTACATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTGT-CATAAGAAA-TGCGAAGAAAA
1 TTTTACATTTTACATTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTATCCACAA-AAACT-CGAAG-AAA
* * * *
36220 AAT-TATTTATTGGCACA-AAAAGTCCATTTATAGTC-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
62 AATGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGCCTTCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
*
36282 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTAANNNNNNNNNNTAAGTTGAATTTT
126 GCTTTAAATAGTTCTATAATCTAA----------TAAGTTGAATTTT
*** * * *
36329 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTATCCCCAAAAACTTGAAGAAAAATG
1 TTTTACATTTTACATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATCCACAAAAACTCGAAGAAAAATG
* **
36394 CATTCCTTGGCAAGAAAAGTGTATTTATAGCCTTCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
66 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTTCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
36459 AAATGGTTCTATAATCTCATAA
131 AAATAGTTCTATAATCTAATAA
36481 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 18, Indels: 21
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.36
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TTTTACATTTTACATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTATCCACAAAAACTCGAAGAAAAATG
CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTTCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATAGTTCTATAATCTAATAAGTTGAATTTT
Found at i:37030 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 36682--37371 Score: 431
Period size: 172 Copynumber: 4.0 Consensus size: 170
36672 NNNNNNNNNN
* * ** *
36682 ATTCCTTCGAAAGCCTTTTTTCTTGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTTGAAAGCCTTTTTACTAATTTTAAATGGTTTTATGATCACATAATTGATTTTAAGTTG
* * *
36747 AATTTTTTTCATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAA
66 AATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
* *
36812 AAAGTATTTATTGATAAGAAAAGTTTATATATAGTCTCCC
131 AAAGTATTCATTGATAAGAAAAGTTCATATATAGTCTCCC
*
36852 ATTCCTTTGAAAGCCTTTTTACTAATTTTACATGGTTTTATGATCACATAATTGATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTTGAAAGCCTTTTTACTAATTTTAAATGGTTTTATGATCACATAATTGATTTTAAGTTG
* ********** * *
36917 AATCTTTTTACATTTTTCATTGAAANNNNNNNNNNTTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAA
66 AAT-TTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
* * * *
36982 AAAAGTATTCATTCG-TAAGCAAAGTTCGTTTATAGTCTCTTC
130 AAAAGTATTCATT-GATAAGAAAAGTTCATATATAGTCTC-CC
* * ** * **********
37024 -TTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTTGAAAGCCTTTTTACTAATTTTAAATGGTTTTATGATCACATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * *
37088 AATTTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCT-AGAAACTTCAAG
66 AA-TT-TTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAG
********** ** * * *
37152 AAAAANNNNNNNNNNGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGCCTCCA
128 AAAAAAGTATTCATTGATAAGAAAAGTTC-ATATATAGTCTCCC
* ** * * * * * * * * *
37195 ATTTCTTAAAAAGTCTTATTGCT-CTCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGACTTTACA-C
1 ATTCCTTTGAAAGCCTTTTTACTAAT-TTTAAATGGTTTTATGATCACATAATTGATTTTA-AGT
* * * *
37258 TGAATTTTTTAACATTTTTTCGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAA
64 TGAATTTTTT-ACA-TTTTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA
* * * ** * *
37323 GAGAAAAGCATTCAGTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCTCTC
127 GAAAAAAGTATTCATTGATAAGAAAAGTTC-ATATATAGTCTCCC
37367 ATTCC
1 ATTCC
37372 GTCACAAGCC
Statistics
Matches: 387, Mismatches: 119, Indels: 26
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Matches are distributed among these distances:
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ATTCCTTTGAAAGCCTTTTTACTAATTTTAAATGGTTTTATGATCACATAATTGATTTTAAGTTG
AATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAA
AAAGTATTCATTGATAAGAAAAGTTCATATATAGTCTCCC
Found at i:38227 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 37889--38662 Score: 666
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 171
37879 NNNNNNNNNN
* * * * * * * ** * *
37889 TAATTAAACATCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGCTTTCGTTGGTAAGAAGAGTCTATATA
1 TAATTGAATATCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * * ** *
37954 TAGTTTTCC-GTTCCTTCGAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTCT-TGATCTCATAATTG
66 TAG-TCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTCTATAATCTCATAATTG
* * * * ** *
38017 GTTTTAGGTTGAATCTTTATACATTTTCCATTGAAACAGACTA
129 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTA
* *** ** * *
38060 TAATTGAATGTCCGTCTTTAGAAACGTAAAGAAAAAAGTATTCATTGCCAAGAAAAGT-TCGTTT
1 TAATTGAATATCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCT-ATTT
* *
38124 ATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAACTGA
65 ATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGA
* * *
38189 TTTTCAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTA
130 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTA
* * * * *
38231 TAATTGAATATCTGCCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAAGTATTC-TTTCGTAAGAAAAGT-TCGTT
1 TAATTGAATATCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTGC-CAAGAAAAGTCT-ATT
* * * * * * *
38294 TATAGTTTCCTCTTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTG
64 TATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTG
* * *
38359 ATTTTAAGTTGAATTGTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGA-TAA
129 ATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACT-A
* * * * * * ** *
38403 TAA-TGAATGTTTACCTCTAGAAACTTCAAGAAAAATGCATTTGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
1 TAATTGAATATCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * * * *
38467 TAGCCTCCAATTCCTTAAAAAGTCC-TATTGCTCTCTTTAAATGGTTCTAAAATCTCATAATTGA
66 TAGTCTCCTATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGA
* ** * * *
38531 CTTTAAACTGAATTTTTTTACATTTTTTCATTAAAATAAACAA
130 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-ATTAAAACAGACTA
* * * * *
38574 TAATTGAATATCTACCTCGAGAAACCTGAAGTAAAAAAACATTCAGTGGCAAGAAAAGTCTATTT
1 TAATTGAATATCTACCTCGAGAAACGTAAAG-AAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCTATTT
*
38639 ATAGTCT-CTCATTCCGTCAAAAGC
65 ATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGC
38663 TATTTTAATA
Statistics
Matches: 488, Mismatches: 101, Indels: 27
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 24 0.05
171 362 0.74
172 57 0.12
173 45 0.09
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TAATTGAATATCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCTATTTA
TAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGAT
TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTA
Found at i:38992 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 38738--39051 Score: 400
Period size: 170 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
38728 AGGTCGGTCT
* *
38738 ATTTATAGCCTCGATTCCTTCAAAAGTGTTATTACTCGCTTAAAATGGTTCTATAATCTCATAAT
1 ATTTATAGCCTCCATTCCTTCAAAAGTGTTATTACTCACTTAAAATGGTTCTATAATCTCATAAT
* * * **
38803 TGATTTTAACATAAATTTTTATACATTTCTT-ATTAAAATATACTATAATTAAATGTCTGGCTCA
66 TGATTATAACATAAATTTTTATACATTT-TTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCA
38867 AGAAACATGAAGAAAAAAGCTTTAATTGACAAGAAAAGTCC
130 AGAAACATGAAGAAAAAAGCTTTAATTGACAAGAAAAGTCC
* * * *
38908 ATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAAAAGTTGTT-TTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCAT-
1 ATTTATAGCCTC-CATTCCTTCAAAAG-TGTTATTACTCACTTAAAATGGTTCTATAATCTCATA
** * * ** * *
38971 ATTGATTATAAGTTGAATTTTTTTATGTTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAGTGTCTACCTC
64 ATTGATTATAACATAAATTTTTATACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTC
*
39036 AAGAAACGTGAAGAAA
129 AAGAAACATGAAGAAA
39052 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 20, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.02
170 76 0.63
171 39 0.32
172 4 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ATTTATAGCCTCCATTCCTTCAAAAGTGTTATTACTCACTTAAAATGGTTCTATAATCTCATAAT
TGATTATAACATAAATTTTTATACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAA
GAAACATGAAGAAAAAAGCTTTAATTGACAAGAAAAGTCC
Found at i:41072 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 40632--41169 Score: 496
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 168
40622 CTTGAGGCAG
*
40632 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAACAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** ** ** * * *
40697 TTATAGAACCATTTAAAGCAAGTAATAACACTTTTAAAGGAATCA-GAGGCTATAAATGGACTTA
65 -TATA-AAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-AAGGAGACTATAAATGGACTT-
* * * * * * * *
40761 TT-TTGCCAACGAATGC-ATTTTCTTCAAGTTTCTGGAGGTAA
126 TTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTATGAAGCTAA
* * * *
40802 ACATTCAATTATTGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGT---AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * **
40867 GACTGTAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAAGGAGACTCTAAACAGACTT
63 GA-TATAAAA-TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAAGGAGACTATAAATGGACTT
*
40932 TTCTTACCTATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTATGAAGACT-A
126 TTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTATGAAG-CTAA
*
40975 ACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAAA-GTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ** * *
41039 ATAATAAAATGATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGAATGGGAGACTAGATATGGA-TTT
64 AT-ATAAAAT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAAGGAGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
41103 CTCTTACCAATGAATACTTTTCTCTTCACATTTCTTGAGGC-AG
127 -TCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTT-ATGAAGCTAA
* *
41146 ACTTTCAATTATAGTCTATTTTAA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
41170 CGANNNNNNN
Statistics
Matches: 300, Mismatches: 53, Indels: 29
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 41 0.14
171 125 0.42
172 83 0.28
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174 7 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
ATAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT
ACCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTATGAAGCTAA
Found at i:41215 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 41190--41230 Score: 82
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
41180 NNNAAAATTC
41190 AACTTAAAATCAATTATGGG
1 AACTTAAAATCAATTATGGG
41210 AACTTAAAATCAATTATGGG
1 AACTTAAAATCAATTATGGG
41230 A
1 A
41231 TCATAAAACC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 21 1.00
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Consensus pattern (20 bp):
AACTTAAAATCAATTATGGG
Found at i:41237 original size:20 final size:20
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Indices: 41194--41238 Score: 72
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
41184 AAATTCAACT
*
41194 TAAAATCAATTATGGGAACT
1 TAAAATCAATTATGGGAACA
*
41214 TAAAATCAATTATGGGATCA
1 TAAAATCAATTATGGGAACA
41234 TAAAA
1 TAAAA
41239 CCATGTAAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 23 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.09, G:0.13, T:0.29
Consensus pattern (20 bp):
TAAAATCAATTATGGGAACA
Found at i:42147 original size:170 final size:170
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Indices: 41831--43495 Score: 1488
Period size: 170 Copynumber: 9.7 Consensus size: 170
41821 NNNNNNNNNC
* *** * * **
41831 ATAAAACCATTTAAAACAAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGAGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * *
41896 TGCTAATGAACAGTTTTTTCTTCACGTTTCTCA-A-GAAAGATATTCAATTATACTCTGTTTTAA
66 TGCCAATGAA-TGCTTTTTCTTCAAGTTT-TTAGAGGTAA-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* *
41959 TGAAAAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGACATT
128 TGAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
42002 ATAGAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-ATCTGGAGGCTATAAATAGACTTTTC
1 ATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-TGGAGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * *
42066 TTGCCAACGAATGCATTTTCTTTAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTTTGTTTTAACT
65 TTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-T
* * * *
42131 -AAAAATATAAAAAAATTCAACTTTAAATTAATTATTAGATT
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* * *
42172 ATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATTGGAGACTATAAACT-TACTTTCC
1 ATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGAGACTATAAA-TGGACTTTTC
** * ** *
42236 TTGCCAATGAATATTTTTTTCTTCATGTTTCTTA-AGACAAACATTCAATTATAGTCTGTTTCAA
65 TTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCAAGTTT-TTAGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * * * *
42300 TGAAAAATGA-AAAAAGATTCAACTTGAAATTAATTATGAGATC
128 TGAAAAAT-ATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
42343 ATAAAA-TCATTTAAAATGAGTGAA-AAAGCGTTTAAAGGAA-TGTGCGACTATATATGGACTTT
1 ATAAAACT-ATTTAAAGTGAGT-AATAAGGCTTTTGAAGGAATTG-GAGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * *
42405 TTTTACCAATTAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAGACATTTCAATTATAGTCTGTTT
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* *
42469 TAATGAAAAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATC
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* *
42515 ATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
1 ATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTG-GAGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * *
42579 TTGCCAATGAATAGTTTTTTCTTCACA-TTTCTCGAGATAGA-ATTGAATTATAATCTGTTTTAA
65 TTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCA-AGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * *
42642 TAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATT
128 TGAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* ** * * ** * * *
42685 ATAGAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTATGAAGGAATCAGAGGCTAAAAATAGACTTTTCT
1 ATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGAGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * * * **
42750 TGCCAACAAATGCATTTTTCTTCAAGTTTCTAGAGTTAAACATTTAATTATTGTCTATTTTAACA
66 TGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATG
* *
42815 AAAAATGTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATTAGATT
130 AAAAAT-ATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
42857 ATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGAGACTACAAACGGACTTTCCT
1 ATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGAGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * ** * *
42922 TACCAGTGACTACTTTTTTCATCACGTTTCT-GAAGACAAACATTCAATTATAGTCTATTTGAAT
66 TGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCAAGTTTTTAG-AGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT
** * * * *
42986 GAAAAATGGAAAAAGATTCAACTT-AAATTAATTATGAGATC
129 GAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
43027 ATAAAA-TCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCGTTTGAAGGAA-TGTGAGACTATATATGGACTTTT
1 ATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTG-GAGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * *
43090 TTTACCAATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCTTA-AGGTAGATATTTCAATTATAGTCTGTTTC
64 CTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCAAGTTT-TTAGAGGTAAACA-TTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * *
43154 AATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATC
126 AATGAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
43199 ATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
1 ATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTG-GAGACTATAAATGGACTTTTC
** * * * * * *
43263 TTATCAATGAATAG-TTTTTTTTCACA-TTTCTCGAAGTGAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
65 TTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCA-AGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * *
43326 TGAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGAAT
128 TGAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * *
43369 ATAGAACCATCTAAAGTGGGTGATAAAGCTTTTGAAGGAATAGGA-AGCTATAAATAGACTTTTC
1 ATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGAGA-CTATAAATGGACTTTTC
**
43433 TTGCCAGCGAATGCATTTTTCTTCAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTA
65 TTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTA
43496 NNNNNNNNNN
Statistics
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TGCCAATGAATGCTTTTTCTTCAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGA
AAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
Found at i:42843 original size:342 final size:341
Alignment explanation
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Period size: 342 Copynumber: 4.9 Consensus size: 341
41820 NNNNNNNNNN
* ** * *
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1 CATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
42171 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATTG-GAGACTATAAACT-TACTTT
1 CATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGAGACTATAAA-TGGACTTT
* * * ** * * *
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64 TCTTGCCAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * * *
42299 ATGAAAAATG-AAAAAAGATTCAACTTGAAATTAATTATGAGATCATA-AAATCATTTAAAATGA
129 ATGAAAAATGTAAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACT-ATTTAAAGTGA
* * ** * * * * * * ** * *
42362 GTGAAAAAG-CGTTTAAAGGAATGTGCGACTATATATGGACTTTTTTTACCAATTAATACTTTTT
192 GT-AATAAGAC-TTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTT
* * * * *
42426 TCTTCATGTTTCTCA-AGGCAGACATTTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAAT
255 TCTTCAAGTTTCT-AGAGGTAAACATTT-AATTATTGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAAAAT
* *
42490 TTAATTTAAAATCAATTATGAGAT
318 TCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
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1 CATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
* * *
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* * **
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131 GAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACTATTTAAAGTGAGTAA
* *
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* * * * *
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*
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324 TAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
42856 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTG-GAGACTACAAACGGACTTTC
1 CATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGAGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * * *
42920 CTTACCAGTGACTACTTTTTTCATCACGTTTCT-GAAGACAAACATTCAATTATAGTCTATTTGA
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* * * * * * *
42984 ATGAAAAATGGAAAAAGATTCAACTT-AAATTAATTATGAGATCATA-AAATCATTTAAAATGAG
129 ATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACT-ATTTAAAGTGAG
* * ** * * * * * * **
43047 TAAAAAGGCGTTTGAAGGAATGTGAGACTATATATGGACTTTTTTTACCAATGAATGTTTTTTTC
193 TAATAAGAC-TTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTC
* * * * * * * *
43112 TTCATGTTTCTTA-AGGTAGATATTTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAACAATTC
257 TTCAAGTTTC-TAGAGGTAAACATTT-AATTATTGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAAAATTC
43176 AACTTAAAATCAATTATGAGAT
320 AACTTAAAATCAATTATGAGAT
43198 CATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
1 CATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
** * **
43263 TTATCAATGAATAGTTTTTT-TTCACATTTCTCGA-AGTGAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
66 TTGCCAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGACAG-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * * *
43326 TGAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGAATATAGAACCATCTAAAGTGGGTG
130 TGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACTATTTAAAGTGAGTA
* *
43391 ATAA-AGCTTTTGAAGGAAT-AGGAAGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAGCGAATGCATTTTTC
195 ATAAGA-C-TTTGAAGGAATCA-GAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTC
* * *
43454 TTCAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTA
257 TTCAAGTTTCTAGAGGTAAACATTTAATTATTGTCTGTTTTA
43496 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1072, Mismatches: 221, Indels: 64
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (341 bp):
CATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
TTGCCAATGAATAGTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGACAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
GAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACTATTTAAAGTGAGTAA
TAAGACTTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTTCA
AGTTTCTAGAGGTAAACATTTAATTATTGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTATGAGAT
Found at i:43037 original size:684 final size:685
Alignment explanation
Indices: 41830--43495 Score: 2524
Period size: 684 Copynumber: 2.4 Consensus size: 685
41820 NNNNNNNNNN
* ** * *
41830 CATAAAACCATTTAAAACAAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTC
1 CATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * *
41895 TTGCTAATGAACAGTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGAAAGATATTCAATTATACTCTGTTTTAAT
66 TTGCCAATGAATAGTTTTTTCTTCACATTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
* * *
41960 GAAAAATATAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGACATTATAGAACTATTTAAAGCGAGTAA
131 GAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACTATTTAAAGCGAGTAA
* * *
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196 TAAGACTTTTGAAGGAATC-AGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTT
* * *
42088 TAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTTTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACT
260 CAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* *
42153 TTAAATTAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATTGGAG
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* ** * * * * *
42218 ACTATAAACTTACTTTCCTTGCCAATGAATATTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGACAAACATTCA
390 ACTACAAACGGACTTTCCTTACCAATGAATACTTTTTTCATCACGTTTCTGAAGACAAACATTCA
*
42283 ATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGAAAAAAGATTCAACTTGAAATTAATTATGAGATCATAAA
455 ATTATAGTCTATTTCAATGAAAAATGAAAAAAGATTCAACTTGAAATTAATTATGAGATCATAAA
*
42348 ATCATTTAAAATGAGTGAAAAA-GCGTTTAAAGGAATGTGCGACTATATATGGACTTTTTTTACC
520 ATCATTTAAAATGAGT-AAAAAGGCGTTTAAAGGAATGTGAGACTATATATGGACTTTTTTTACC
* *
42412 AATTAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAA
584 AATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAA
* *
42477 AATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGAT
649 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
42514 CATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
1 CATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
*
42579 TTGCCAATGAATAGTTTTTTCTTCACATTTCTCGAGATAGA-ATTGAATTATAATCTGTTTTAAT
66 TTGCCAATGAATAGTTTTTTCTTCACATTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
* * *
42643 AAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAGAACTATTTAAAGCAAGTAA
131 GAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACTATTTAAAGCGAGTAA
* * *
42708 TAAGACTTATGAAGGAATCAGAGGCTAAAAATAGACTTTTCTTGCCAACAAATGCATTTTTCTTC
196 TAAGACTTTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTTC
* * * * * *
42773 AAGTTTCTAGAGTTAAACATTTAATTATTGTCTATTTTAACAAAAAATGTTAAAAAAATTTAACT
261 AAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACT
*
42838 TAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGAG
325 TAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATTGGAG
* *
42903 ACTACAAACGGACTTTCCTTACCAGTGACTACTTTTTTCATCACGTTTCTGAAGACAAACATTCA
390 ACTACAAACGGACTTTCCTTACCAATGAATACTTTTTTCATCACGTTTCTGAAGACAAACATTCA
* *
42968 ATTATAGTCTATTTGAATGAAAAATGGAAAAAGATTCAACTT-AAATTAATTATGAGATCATAAA
455 ATTATAGTCTATTTCAATGAAAAATGAAAAAAGATTCAACTTGAAATTAATTATGAGATCATAAA
*
43032 ATCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCGTTTGAAGGAATGTGAGACTATATATGGACTTTTTTTACCA
520 ATCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCGTTTAAAGGAATGTGAGACTATATATGGACTTTTTTTACCA
** * * *
43097 ATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGATATTTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAA
585 ATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAA
* *
43162 ATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
650 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
43198 CATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
1 CATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
**
43263 TTATCAATGAATAGTTTTTT-TTCACATTTCTCGA-AGT-GAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
66 TTGCCAATGAATAGTTTTTTCTTCACATTTCTCGAGA-TAG-ACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * * * *
43325 ATGAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGAATATAGAACCATCTAAAGTGGGT
129 ATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACTATTTAAAGCGAGT
* * *
43390 GATAA-AGCTTTTGAAGGAAT-AGGAAGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAGCGAATGCATTTTT
194 AATAAGA-CTTTTGAAGGAATCA-GAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTT
*
43453 CTTCAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTA
257 CTTCAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTA
43496 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 888, Mismatches: 85, Indels: 18
0.90 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
682 2 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (685 bp):
CATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTC
TTGCCAATGAATAGTTTTTTCTTCACATTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT
GAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACTATTTAAAGCGAGTAA
TAAGACTTTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTTC
AAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
AAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATTGGAGA
CTACAAACGGACTTTCCTTACCAATGAATACTTTTTTCATCACGTTTCTGAAGACAAACATTCAA
TTATAGTCTATTTCAATGAAAAATGAAAAAAGATTCAACTTGAAATTAATTATGAGATCATAAAA
TCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCGTTTAAAGGAATGTGAGACTATATATGGACTTTTTTTACCAA
TGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAA
TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
Found at i:44092 original size:171 final size:168
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 168
43735 ATAAACGGAT
* ** * *
43745 TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTTTCAAGATGGACATTCAATTATAGTCTGTT
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* *
43810 TCAATGAAAAATGTAAAACAAATTCAAATTAAAATCAATT-TGGAGATTATAAAACCATTTAAAG
66 TCAATGAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * *
43874 TGAGTAATAAAGCTTTTAAAATAATAGAAGACTATATATGGAC
129 TGAGTAAT-AAGATTTTGAAGGAATAG-AGACTATAAAT-AAC
* * * *
43917 TTTTCTTACAAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTGTAGTCTGTT
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* ** * * * *
43982 TTAATGAACGATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAGAACCATTTAAAGCG
66 TCAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
*
44047 AGTAATAAGGATTTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATACAC
131 AGTAATAA-GATTTTGAAGGAAT-AGAGACTATAAATA-AC
* * * * * * * * *
44088 TTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCAAGTTTCT-AGAGGTAAACATCCAATTATTGTCTAT
1 TTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGATAGACATTCAATTATAGTCTGT
* ** * ********** * *
44152 TTTAACCAAAAATATAAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATNNNNNNNNNNAACTATTTAAAA
65 TTCAATGAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
*
44217 TGAGTAATAAGATCTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAACGAAC
129 TGAGTAATAAGAT-TTTGAAGGAAT-AGAGACTATAAA-TAAC
* * *
44260 TTTTCTTACCAATAAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATGGATATTCAATTATAGTCTGTT
1 TTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTT
* * * * * *
44325 TCAATGAAAAATATAAAAAGATTCAACCTAAAATCAATCATGAGATCATAAAACCATTTAAAATA
66 TCAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * * * *
44390 AGTAAAAAGGCTTTCGAAGGAATGGAAAACTATATATAGAC
131 AGTAATAA-GATTTTGAAGGAATAG-AGACTATAAATA-AC
44431 TTTTCTTACCAATG
1 TTTTCTTACCAATG
44445 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 422, Mismatches: 94, Indels: 25
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.01
171 209 0.50
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173 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
TTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTT
TCAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
AGTAATAAGATTTTGAAGGAATAGAGACTATAAATAAC
Found at i:45521 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 45086--45705 Score: 602
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 168
45076 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
45086 CAATTATTAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATTAGAGACTAT
1 CAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACGAGTAA-AAAGCTTTTCAAAGGAATGAGAGACTAT
* * * *
45150 AAACGAACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGACAAACATTCAATTAT
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGAC-AACATTCAATTAT
* * ** *****
45215 AATCTGTTTCAATGAAAAATGGAAAAAGTTTCAACTNNNNNN
129 AGTCTGTTT-AATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAT
**** *
45257 NNNNTATGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGC-TTTCAAAGGAATG-GAAGACTA
1 CAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAA-GCTTTTCAAAGGAATGAG-AGACTA
* * * * * * * *
45320 TATATCGAGTTCTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCGAACATTCAATTA
64 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGAC-AACATTCAATTA
*
45385 TAGTCTGTTGTAATGAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTATAT
128 TAGTCTGTT-TAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAT
*
45426 CAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAACAGCTTTTGAAA-GAATGAGAGACTAT
1 CAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAA-AGCTTTTCAAAGGAATGAGAGACTAT
** * ** *
45490 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAGGCTTTTTTCTTTATATTTCTTGAGACAGACATTCAATTAG
65 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGACA-ACATTCAATTAT
* * *
45555 AGTTTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAAT
129 AGTCTG-TTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAT
* ** * * * * * *
45597 TAATTACAAAATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGATTTTCAAAGGAAAGGGAGAATATA
1 CAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAAGCTTTTCAAAGGAATGAGAGACTATA
* *
45662 TATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCT
66 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATATTTCT
45706 TAAGCTAGAC
Statistics
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0.79 0.15 0.05
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168 1 0.00
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172 1 0.00
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Consensus pattern (168 bp):
CAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAAGCTTTTCAAAGGAATGAGAGACTATA
AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGACAACATTCAATTATAG
TCTGTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAT
Found at i:45718 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 45267--45719 Score: 550
Period size: 169 Copynumber: 2.7 Consensus size: 168
45257 NNNNTATGAG
* ** * * * *
45267 ATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGAATGGAAGACTATATATCGAGTTC
1 ATCATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAAGATTTTCAAAGGAATGGGAGACTATATATGGACTTT
* * *
45332 TCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGC-GAACATTCAATTATAGTCTGTTGT
66 TCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAA-GCAG-ACATTCAATTAGAGTCTGTTGT
* * ** *
45396 AATGAAAAATTAAAAAAATTCAACTTATATCAATTATGAG
129 AAAGAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTACAAA
* * * *
45436 ATCATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAACAGCTTTTGAAA-GAATGAGAGACTATAAATGGACTT
1 ATCATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAA-AGATTTTCAAAGGAATGGGAGACTATATATGGACTT
* * * * * *
45500 TTCTTGCCAATGAAGGCTTTTTTCTTTATATTTCTTGAGACAGACATTCAATTAGAGTTTGTTTT
65 TTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAG-CAGACATTCAATTAGAGTCTGTTGT
* *
45565 AAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATTAATTACAAA
129 AAAGAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTACAAA
* * *
45607 ATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGATTTTCAAAGGAAAGGGAGAATATATATGGACTTT
1 ATCATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAAGATTTTCAAAGGAATGGGAGACTATATATGGACTTT
*
45672 TCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGCTAGACATTC
66 TCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGC-AGACATTC
45720 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 38, Indels: 12
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Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.14, T:0.34
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ATCATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAAGATTTTCAAAGGAATGGGAGACTATATATGGACTTT
TCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGCAGACATTCAATTAGAGTCTGTTGTAA
AGAAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTACAAA
Found at i:48401 original size:170 final size:169
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Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 169
47965 GACTGACATA
* * * * *
47975 CAATTATAGTCTATTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCCATTATAAGATCATA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATA
* * *
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* * * * * * *
48104 CCAATAAATACTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCAAACTTT
128 CCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAGCATT
* ** * **********
48146 CAACTATAGTCTAATTTATTGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTNNNNNNNNNNTATGAGATCATA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATA
* ** * *
48211 AAACTATTTAAATTGAGTAAAACAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGCACTTTTCTTGC
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* * * *
48276 CAATGAATGC-TTTTTCTTTACGTTTTTCGAGGTAAGTATT
129 CAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAGCATT
* * * *
48316 CAATTACAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATCATA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATA
* * * * *
48381 GAACCATTTAAAACGAGTAAAAAAGCTTTCGAAGGAGTGAGAGACTATATATAGACTATTCTTAT
66 AAACCATTTAAAACGAGT-AAAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATAT-GACTTTTCTTAC
* * * *
48446 CGATGAATGCTTTTTTCTCCACGTTTCTTAAGG-CAGACATT
129 CAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAG-CATT
* * * * * *
48487 CAATAATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTAACAAAATTCATCTTAAAAAT-AATTATGAGATTAA
1 CAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATCAT
* * * * * * * *
48551 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATCAAAGGCTATAAATAGACTTTTCTTG
65 AAAACCATTTAAAACGAGTAA-AAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATAT-GACTTTTCTTA
* * * * *
48616 CCAAGGAATACATTTTTCTTCAAGTTTCT-AGAGGTAAACATT
128 CCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCA-AGGTAAGCATT
* ********** * * *
48658 CAATTATTGTCTGTTTTAACTNNNNNNNNNNAAAAACTTTAACTTAAATTCAATTATGAGATCAT
1 CAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCAT
* * * *
48723 AAAATCATTTAAAATGAGTAAAAAGGTGTTCGAAGGAATGAGAGACTATATATGGACTTTTCTTA
65 AAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGCT-TTTGAAGGAATGAGAGACTATATAT-GACTTTTCTTA
48788 CCAATGAATGCTTTTTTCTT
128 CCAATGAATGCTTTTTTCTT
48808 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 514, Mismatches: 135, Indels: 25
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 132 0.26
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.34
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CAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATA
AAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATATGACTTTTCTTACCA
ATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAAGCATT
Found at i:48461 original size:341 final size:341
Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 2.4 Consensus size: 341
47960 CTCGAGACTG
* * * * * * *
47970 ACATACAATTATAGTCTATTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCCATTATAAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
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66 TCATAAAACCATTTAAAAC-GAGTAAAAAAGCTTTCGAAGGAATGAGAGACTATATATG-ACTTT
* * * * *
48099 TCTTACCAATAAATACTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCAAACTTTCAACT-ATAGTCTAATTT
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** ********** * * **
48163 ATTGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTNNNNNNNNNNTATGAGATCATAAAACTATTTAAATTGAG
193 AACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGATCAAAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * *
48228 TAA-AACAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAAT-GCACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTT
258 TAATAA-AGCTTTTGAAGAAATCAAAGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAAGGAATACATTTT
* * * *
48290 TCTTTACGTTTTTCGAGGTAA
321 TCTTCAAGTTTCTAGAGGTAA
** * * *
48311 GTATTCAATTACAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * *
48376 TCATAGAACCATTTAAAACGAGTAAAAAAGCTTTCGAAGGAGTGAGAGACTATATATAGACTATT
66 TCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAAGCTTTCGAAGGAATGAGAGACTATATAT-GACTTTT
* * * * * **
48441 CTTATCGATGAATGCTTTTTTCTCCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATAATAGTCTGTTTTAA
130 CTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATAATAGTCTAATTTAA
* * *
48506 CGAAAAATGTAACAAAATTCATCTTAAAAATAATTATGAGATTAAAAAACCATTTAAAGCGAGTA
195 CGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGATCAAAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* *
48571 ATAAGGCTTTTGAAGAAATCAAAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAGGAATACATTTTTCTT
260 ATAAAGCTTTTGAAGAAATCAAAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAGGAATACATTTTTCTT
48636 CAAGTTTCTAGAGGTAA
325 CAAGTTTCTAGAGGTAA
* ********** * *
48653 ACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTNNNNNNNNNNAAAAACTTTAACTTAAATTCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
48718 ATCATAAAATCATTTAAAATGAGT-AAAAAGGTGTTCGAAGGAATGAGAGACTATATATGGACTT
65 ATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAAGCT-TTCGAAGGAATGAGAGACTATATAT-GACTT
48782 TTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTT
128 TTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTT
48808 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 400, Mismatches: 89, Indels: 14
0.80 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 245 0.61
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
TCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAAGCTTTCGAAGGAATGAGAGACTATATATGACTTTTC
TTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATAATAGTCTAATTTAAC
GAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTATGAGATCAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
TAAAGCTTTTGAAGAAATCAAAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAGGAATACATTTTTCTTC
AAGTTTCTAGAGGTAA
Found at i:50690 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 50400--51992 Score: 1658
Period size: 171 Copynumber: 9.3 Consensus size: 171
50390 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
50400 AGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATCAGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATTCATTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTT
* * ** * **
50465 TCTTTAAGTTTCTGGAGGTAAACATTCAATTA-ATGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAT
66 TCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATA-GTCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAAT
* * * *
50529 TCAACTAAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAACA
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* * * * * *
50572 AGTAATAAGTCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAACAGAC-ATTCTTTGCCAATGAATACTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTC-TTACCAATGAATGCTTTT
* * * *
50636 TTCTTCACGTTTCTTAAGAT-GAACAATCAATTATAGTCTGTTTTAGTAAAAAATGTAAAAAGAT
65 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAG-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAT
* * *
50700 TCAACTTAAAATCAATTATGAGCTTTTAGAACCATTTAAAACG
129 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACG
* * * * * *
50743 AGTAAAAAGACTTTCGAAGGAATGAAAAACTA-AATATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAA-ATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTT
* * *
50807 TTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAGAAATGTAAAAAAA-T
65 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT
* ** *
50871 CAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAAATATTTAAAATG
130 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACG
* * * * * *
50913 AGTAAAAAGGTTTTTGAAGGAATGAAAGACTATATATGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTT
* * * *
50978 TC-TCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAGTATGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTC
66 TCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC
*
51042 AACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCA-TTAAAACG
131 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACG
* * *
51082 AGTAA-AACGACTTTTGAAGGAATGAGAGGCTATAAGTAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTT
1 AGTAATAA-GGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTT
* * * *
51146 ATCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
65 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT
* *
51211 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCG
130 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACG
* * * * *
51253 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTT
* * * * ** * *
51318 TCTTTAAGTTT-TTGGAGGTAAACATTCAATTATTTTCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAACGA
66 TCTTCACGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAA-AA
* * * * * * *
51381 TTCAACTTCAAATTAAATATTAGATTATAAAACTATTTGAAACT
128 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACG
* * * * * * *
51425 AGTAATAAGCCTTTTGAAGAAATGGGAGACTATAAA-CGAACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTT
* * * * * * *
51489 TTCGTCACATTT-TTCAA-GAAGGACATTCAATTATTGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAATTGA
65 TTCTTCACGTTTCTT-AAGGTA-GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAA--AA
* * * **
51552 AA-TCAAATTAAAATCAATT-TGAAGATTATAAAATCGTTTAAAGTG
126 AATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAACG
* * * * * *
51597 AGTAATAAGGCCTTT-AATGGAATGGGAGACTATATATGGAGTTTTCTTACCAATGAATACTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAA-GGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTT
* * * * * *
51661 CTCTTTACATTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAAA-GTAAAAAAAT
65 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAAATGTAAAAAAAT
* * *
51725 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAGCCATTTAAAATG
129 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACG
* ** *
51768 AGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAACGGACTTTTCTTACCAATGACA-GTTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGA-ATGCTTTT
* ** * * * *
51832 TTTTTCATATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTACAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
65 TTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATT
* *
51897 CAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAATG
130 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACG
** * * *
51939 AGTAA-AACAACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAAT
1 AGTAATAA-GGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAAT
51993 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1191, Mismatches: 198, Indels: 65
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 116 0.10
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173 12 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTT
TCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACG
Found at i:53191 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 52819--54058 Score: 1244
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 170
52809 NNNNNNAGAG
* * * * * * *
52819 ACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTT-TTAAAGAAGGACATTC
1 ACTATATATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTA-GACATTC
* * * * *
52883 AATTATAGTCTGTTTCAATAAAAAATGTAAAATGAATTCAAATTAAAATCAATT-TAGAGATTAT
65 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATCAT
* * * *
52947 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAA-GCCTTTAAAGGAATGGGAG
128 AAAACCATTTAAAATGAGTAA-AAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGAA
* * * * **
52991 GCTATATATAGACTTTTCTTACTAATGAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCA
1 ACTATATATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
* *
53056 ATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCACTTATGAGATCATAAA
66 ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAA
* * * * *
53121 ACCATTTAAAATGACTACAATGACATTTGAAGGAATAGGAA
131 ACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGAA
* **
53162 ACTATATATGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTTTTTTC-TCTATGTTTCTTGAGGTAGACATTC
1 ACTATATATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTC-ATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
*
53226 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTCATAA
65 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAA
* ***
53291 AACCATTTAAAGTGAGTAAAATTACTTTTGAA-GAAT-GAA
130 AACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGGAA
** **
53330 TGACTATA-AGTGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTACCTTCACATTTCTCAAGGTAGACAT
1 --ACTATATA-TGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* ** * * *
53394 TCAA-TATAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTAT
63 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCAT
* ** * * *
53458 AGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATCGGAT
128 AAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGAA
* ** * * * * * * *
53502 GCTATA-AAAGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTATCTTAAAGTTTCT-AGAGGTAAACATTC
1 ACTATATATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGTAGACATTC
* * * * * * *
53565 AATTATTGGCTGTTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTGTTAGGTTAT
65 AATTATAGTCTG-TTTTAATGAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCAT
* * * *
53630 AAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGCAG
128 AAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGG-AA
* * * * * * * * * * **
53674 ACTATAAACGAAATTTCCTT-GCATATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGATGGACAAGC
1 ACTATATATGGACTTTTCTTACCA-ATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
* * * * *
53738 AATTATAATCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAGATTCATCCTAAAATCAATTATGAGATCATAA
65 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAA
* * * * *
53803 AATCATTTAAAATGAGTAAAAGGGCTTTCGAATGAATGAAAA
130 AACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATG-GAA
* * ** *
53845 ACTATATATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTATTCACATTTCTCAAGGTGGACATTCA
1 ACTATATATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
* *
53910 ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATTAATTATGAAATCATAA
66 ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAA
* * * *
53974 AGCCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGTAGGAATGAGAG
130 AACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATG-GAA
* *
54016 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTCTTCA
1 ACTATATATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCA
54059 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 888, Mismatches: 158, Indels: 45
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 128 0.14
170 78 0.09
171 453 0.51
172 176 0.20
173 48 0.05
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ACTATATATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAA
ACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGGAA
Found at i:56157 original size:172 final size:172
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Indices: 55838--56162 Score: 438
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
55828 NNNNNNNTTG
* *
55838 AATTCGTTTTACATTTTTCATTGAAACAGACCATAATTGAATGTTCTTCTTGAAAAATGTGAAGA
1 AATTCGTTTTACATTTTTCATTGAAACAAACCATAATTGAATGTTCTTCTTGAAAAACGTGAAGA
* * * * ***
55903 AAAAAGTATTCATTGGCAAGGAAATTCCGTTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTNNN
66 AAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCTCTCATTCCTACAAAAACCTTATTACT
******* *
55968 NNNNNNNAATGGTTTTATAATCTCCAAATTGATTTTCATTTC
131 AGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCCAAATTGATTTTCATTTC
* *
56010 AATTCGTTTTACATTTTTCATTGAAACAAACTATAATTGAATG-TCTTTCTTGAGAAACGTGAAG
1 AATTCGTTTTACATTTTTCATTGAAACAAACCATAATTGAATGTTC-TTCTTGAAAAACGTGAAG
*
56074 AAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCTC-CTATTCCTACAAAAACCTTATTA
65 AAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCTCTC-ATTCCTACAAAAACCTTATTA
56138 CTAGTTTTAAATAGTTTTATAATCT
129 CTAGTTTTAAATAGTTTTATAATCT
56163 AATAATTAAT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 20, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
171 3 0.02
172 128 0.98
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
AATTCGTTTTACATTTTTCATTGAAACAAACCATAATTGAATGTTCTTCTTGAAAAACGTGAAGA
AAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCTCTCATTCCTACAAAAACCTTATTACT
AGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCCAAATTGATTTTCATTTC
Found at i:56194 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 55835--56196 Score: 435
Period size: 172 Copynumber: 2.1 Consensus size: 172
55825 NNNNNNNNNN
* *
55835 TTGAATTCGTTTTACATTTTTCATTGAAACAGACCATAATTGAATGTTCTTCTTGAAAAATGTGA
1 TTGAATTCGTTTTACATTTTTCATTGAAACAAACCATAATTGAATGTTCTTCTTGAAAAACGTGA
* * * *
55900 AGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGGAAATTCCGTTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
66 AGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCTCTCATTCCTACAAAAACCTTATT
********** * * * * *
55965 NNNNNNNNNNAATGGTTTTATAATCTCCAAATTGATTTTCAT
131 ACTAGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAG
* * *
56007 TTCAATTCGTTTTACATTTTTCATTGAAACAAACTATAATTGAATG-TCTTTCTTGAGAAACGTG
1 TTGAATTCGTTTTACATTTTTCATTGAAACAAACCATAATTGAATGTTC-TTCTTGAAAAACGTG
*
56071 AAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGTCTC-CTATTCCTACAAAAACCTTA
65 AAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCTCTC-ATTCCTACAAAAACCTTA
56135 TTACTAGTTTTAAATAGTTTTATAATCT-AATAATTAATTTTAAG
129 TTACTAGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA-AATTAATTTTAAG
56179 TTGAATT-GTTTTTACATT
1 TTGAATTCG-TTTTACATT
56197 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 26, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
171 5 0.03
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TTGAATTCGTTTTACATTTTTCATTGAAACAAACCATAATTGAATGTTCTTCTTGAAAAACGTGA
AGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCTCTCATTCCTACAAAAACCTTATT
ACTAGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAG
Found at i:56954 original size:147 final size:147
Alignment explanation
Indices: 56678--56955 Score: 358
Period size: 147 Copynumber: 1.9 Consensus size: 147
56668 GTTTTACTCA
* * *
56678 TTTTAAATGATTTTATGATCTCATAAGTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTGAAA
1 TTTTAAATGATTTTATGATCTCATAAGTGATTTCAAGTAGAATCTTTTTACATTTTTCATTGAAA
********** * *
56743 CAGACTATANNNNNNNNNNTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGT
66 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGT
56808 CTATATATAGTTTCTCT
131 CTATATATAGTTTCTCT
* * *
56825 TTTTAAATTATTTTATGATCTCATAATTGATTTCAGGTAGAATCTTTTTACATTTTTCATTGAAA
1 TTTTAAATGATTTTATGATCTCATAAGTGATTTCAAGTAGAATCTTTTTACATTTTTCATTGAAA
* * * *
56890 CAGACTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGATAAGGAAAGT
66 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGT
56955 C
131 C
56956 CGTTTATAGT
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 22, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
147 109 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (147 bp):
TTTTAAATGATTTTATGATCTCATAAGTGATTTCAAGTAGAATCTTTTTACATTTTTCATTGAAA
CAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGT
CTATATATAGTTTCTCT
Found at i:57102 original size:173 final size:170
Alignment explanation
Indices: 56825--57535 Score: 686
Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 170
56815 TAGTTTCTCT
* * ** * * * *
56825 TTTTAAATTA-TTTTATGATCTCATAATTGATTTCAGGTAGAA-TCTTTTTACATTTTTCATTGA
1 TTTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTTACATTTTT-GTTAA
* * *
56888 AACAGACTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGATAAGGAAA
64 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAA
* * *
56953 GTCCGTTTATAGTCTCCCATTCTTTCCAAAGTC-TTATTACTCA
129 GTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTT-CAAAGTCATT-TTACTCA
* *
56996 TTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTTATTTTAAATTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
1 TTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTTACATTTTT-GTT-AA
* ** * * * * *
57061 AATAGAAAATAATTGAATGTTTACCTCT-AGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTTGGTAAGAAA
64 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAA
* * * *
57125 AGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAGAAG-CCTTATTACTCA
128 AGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA-AAGTCATT-TTACTCA
* * * * *
57169 CTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAAATGATTTTAATTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAA
1 TTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTTACA-TTTTTGTTAAA
* * * * *
57233 ACAGACTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAATGTGAAGATAAAAGCATTCATGGA-AGAGAAAA
65 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATA-AGAAAA
* *
57297 GTCCACTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAACGTCATTTTACTCG
129 GTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAA-GTCATTTTACTCA
* * * * * *
57340 TTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATGGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATATTTTT-TTAAA
1 TTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTT-TACATTTTTGTTAAA
** * * * **
57404 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGGAAGAAGCATTCGTTGGGAAGAGAAA
65 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGA-AAA
* * * *
57469 -TCCATATATA-ACATCTCATTCCTTCAAAAGTCGTTTTACTCG
129 GTCCATTTATAGTC-TCTCATTCCTTC-AAAGTCATTTTACTCA
*
57511 TTTTAAATAGTTTTATGATCTCATA
1 TTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
57536 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 445, Mismatches: 78, Indels: 34
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.02
171 256 0.58
172 53 0.12
173 128 0.29
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTTACATTTTTGTTAAAA
CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAGTCATTTTACTCA
Found at i:58462 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 58156--58488 Score: 409
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
58146 NNNNNNNNNN
* * * *
58156 TTAAAATAGACAATAATTGAATGTATACCTCCAGAAACTTGAAGAAAAATGCATACGTTGGCAAG
1 TTAAAACAGACAATAATTGAATGTATACCTCCAGAAACATGAAGAAAAATGCATACATTGACAAG
* * * *
58221 AAAAATCTATTTATAGCCTCTGATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAA
66 AAAAATCCATTTATAGCCTCTCATTCCTACAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAA
* * *
58286 TCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATCGTTCC
131 TCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATCGTTCC
* * * ** * * *
58327 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGGACAAA-GCATTCATTGATAA
1 TTAAAACAGACAATAATTGAATGTATACCTCCAGAAACATGAA-GAAAAATGCATACATTGACAA
* * * * *
58391 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTACAAAAGTCTTTTTACTCGTTTTAAATGGCTT-TAT
65 GAAAAATCCATTTATAGCCTCTCATTCCTACAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTCTAT
*
58455 GATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
129 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
58489 CATTTTTCAT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 25, Indels: 4
0.82 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
171 128 0.95
172 7 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTAAAACAGACAATAATTGAATGTATACCTCCAGAAACATGAAGAAAAATGCATACATTGACAAG
AAAAATCCATTTATAGCCTCTCATTCCTACAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAA
TCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATCGTTCC
Found at i:61401 original size:171 final size:158
Alignment explanation
Indices: 61173--61504 Score: 287
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 158
61163 ATTCGTTGGC
* ** *
61173 AAGAAAAGTCTATTTATAGACTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGTTTTAAATG-TCTTT
1 AAGAAAAGTCTATATATAGACTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGAT-TTT
* * * *
61237 ATGATCT-CATAATTAATTTTAACTTGAATT-TTTGTAGATTTTTCATTAAAATTGATTATAATT
65 ATAATCTCCA-AATTAATTTGAACTTGAATTCTTT-TACATTTTTCATTAAAA--GACTATAATT
*
61300 GA-ATGCTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAANNNNNNNNNNGT
126 GATATCCTTA-CTCAA-AAACATGAAGAAAAAA----------GT
* * * * *
61344 AAGAAAAGTCTATATATAGTCTCCCATTCCTTTAAAGGCTTTTTTACTCA-CTTTAAATGATTTT
1 AAGAAAAGTCTATATATAGACTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGATTTT
* * *
61408 ATAATCTCCAAATTGATTTGAATTTGAATTCGTTTTACATTTTTCATTGAAAGACTATAATTGAT
65 ATAATCTCCAAATTAATTTGAACTTGAATTC-TTTTACATTTTTCATTAAAAGACTATAATTGA-
*
61473 TATCCTTATTCAAAAACATGAAGAAAAAAGT
128 TATCCTTACTCAAAAACATGAAGAAAAAAGT
61504 A
1 A
61505 TTCATTGGTA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 18, Indels: 25
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
160 3 0.02
170 27 0.20
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172 25 0.18
173 3 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (158 bp):
AAGAAAAGTCTATATATAGACTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGATTTTA
TAATCTCCAAATTAATTTGAACTTGAATTCTTTTACATTTTTCATTAAAAGACTATAATTGATAT
CCTTACTCAAAAACATGAAGAAAAAAGT
Found at i:62365 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 62065--63784 Score: 1575
Period size: 171 Copynumber: 10.1 Consensus size: 171
62055 NNNNNNNNCG
* * * * * *
62065 AGAAACATGAAGAAAGAAGCATTCATTGGTAAGAGAAGTCTATATATAGTCTTTCATTCCTTCAT
1 AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCATTCCTTCAA
* * * * *
62130 ATGCCGTTTTGCTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAAGTGATTTTAAGTCGAATTTTTTTA
66 AAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* *
62195 CA-TTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
131 CATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTA
** * * * * *
62235 AGAAATTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATCTATAGTTTTTCATTCCTTCGA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCATTCCTTCAA
* * *
62300 AAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATCGATTTTAGGTTGAATATTTTTA
66 AAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* *
62365 CATTTTTCATTGAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTTA
131 CATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * * *
62406 AGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGCAAAGTCCGTTTATAGTCTCTCATTCCTTCAA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCATTCCTTCAA
* * ** * *
62471 AAGCCTTATTACTCGTTTTAAATTATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTT
66 AAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTT
* * * **
62535 TACATTTTTGATTAAAAACAGA-TAATAATTGAATGTTTACGTCC
129 TACATTTTTCATT-AAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * * * * * *
62579 AGAAACTTGAAGAAAAATGCAATT-GTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAAGC-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCATTCCTTCA
* ** * * * *
62643 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTCTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTT--A-------
65 AAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * *
62699 A-ATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGATTGTCTGCCTTG
130 ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTA
** *
62740 AGAAATATGAA-AATAAAAGCATTCATTGGTAACAAAAGTCCACT-TATAGTCTCTCATTCCTTC
1 AGAAACGTGAAGAA-AAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA-TATATAGTCTCTCATTCCTTC
* ** * *
62803 AAAAGTCGGTTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATGTTAAGTT-AGATTTTT
64 AAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTT
** * **
62867 TTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTCCTCG
128 TTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * * * *
62911 AGAAACATGAA-AAAAGAAGTATTCATTGATAAGAGAAGTCCATATATAGCCTCCCATTCCTTCA
1 AGAAACGTGAAGAAAA-AAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCATTCCTTCA
* * * * *
62975 AATA-CCATTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAAGTGATTTTAAATTGATTTTTTT
65 AA-AGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
63039 TATATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTAACTTG
129 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * *
63082 AGAAATGTGAAGATAAAAA-CGTTAATTGATAAGAAAAGTCCACT-TATAGTCTCTCATTCCTTC
1 AGAAACGTGAAGA-AAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA-TATATAGTCTCTCATTCCTTC
* *** *
63145 AAAAG-TTGTTTTACTTGGTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTT
64 AAAAGCCT-TTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * *
63209 TCATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAGTCTTTGCCTTA
128 TTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTA
* ** * *
63253 AGAAACATGAA-AATAGGAGCATTCATTGGTAAGAGAAGTCCATATATAGTCTCTCATTCCTTCG
1 AGAAACGTGAAGAA-AAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCATTCCTTCA
* * * * *
63317 AAA-CCTCTTTACTCATTTTAAA-CGTCTTTATGAAT-TCATAAATGATTTTAAGCTGAATGTTT
65 AAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGT-TTTATG-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* *
63379 TTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA
128 TTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * *
63423 AGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATTCCTT-TA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCATTCCTTCAA
* * * * *
63487 AAGGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCCA-AATTGATTTTAATTTGAATTCGTT
66 AAGCCTTT-TTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT
* * * *
63551 TTATATTTTTCATTGAAACTGACTAGAATTGAATGT-T-CGTCTTA
128 TTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC--CTTA
* * * * * * * * *
63595 AGAAATGTGGAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGGAAAGTCCGTTTGTAGTCTCCCA-TCCTTTCA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCATTCC-TTCA
** * * * *
63659 AAAGCCTCATTACTCGTTTTAAA-GAGTTTTA-GAATCTAATAATTTATTTTAAGTAGAATGTTT
65 AAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATG-GTTTTATG-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTT
** * *
63722 TTTACATTTTTGGTTAAAA-ACACATAATAATTGAATGTTTACCTCT-
127 TTTACATTTTTCATTAAAACAGAC-T-ATAATTGAATGTCTACCT-TA
* *
63768 AGAAACTTAAAGAAAAA
1 AGAAACGTGAAGAAAAA
63785 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1276, Mismatches: 219, Indels: 107
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
160 5 0.00
161 113 0.09
162 10 0.01
163 2 0.00
169 6 0.00
170 263 0.21
171 542 0.42
172 171 0.13
173 158 0.12
174 5 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCATTCCTTCAA
AAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTA
Found at i:65174 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 64687--67822 Score: 1897
Period size: 171 Copynumber: 18.4 Consensus size: 171
64677 NNNNNNNNCT
* * * * *
64687 TAAAATCAATTATTAGATTAT-AAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATGGGAG
1 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG
* * * ** * **
64751 ACTATAAACGGACTTTTCTTGCTAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATGGACATTCA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCA
* * * * * *
64816 ATTGTGGTCTGTTTCAATGAAATATGTAAAAAGATTCATCC
131 ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
********** * * * * * *
64857 TAAAATCAANNNNNNNNNNATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAGGGATTTCGAAGGAATGAAAA
1 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG
* * * * * ** *
64922 ACTATATATGGACTTTTCTTACCTATGAATGCTTTTTTCTTGACGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCA
**********
64987 NNNNNNNNNNGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
131 ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
* *
65028 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAGCTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG
********** * * *
65093 ACTATAAATGGANNNNNNNNNNCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCATACATTTA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCA
* ** *
65158 ATTATAGTCTGTTTTAAGGAACCATATAAAAAAATTCAA-C
131 ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
* * * * * ** * * * *
65198 TTAAATCAATTATGACATTATAGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATCAGAG
1 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG
* ** * ***********
65263 GCTATAAGA-AAACTTTTCTTGCCAACGAATG-TATTTTTCTNNNNNNNNNNGGAGGTAAACATT
66 ACTATAA-ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATT
* ** *
65326 CAATTATTGTCTGTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACT
129 CAATTATAGTCTG-TTTTAATGAAAAATGT-AAAAAAATTCAACC
* * * *********
65371 TAAAATCAATTAAT-AGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAANNNNNNNNN
1 TAAAATCAATT-ATGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA
* * * ** * *
65435 NACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATGAACATTC
65 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTC
* * * *
65500 AATTATGGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAGATTCATCC
130 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
* * * * *
65542 TAAAATTAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAAAGGGCTTTTGAAGGAATGAAAA
1 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG
* * * ** * ** * *
65607 ACTATATATGGACTTTTCGTACCAATGAATATTTTTTTCCTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCA
* * *********
65672 ATTATAATATGTTTTAATGAAAAATGTAAAAANNNNNNNNN
131 ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
* ** * * *
65713 NAAAATCAATTATGAGATCATAAAGTTATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTGTGAAAGAATGAGAG
1 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG
********** * * * *
65778 ACTATAAATGGNNNNNNNNNNCCAATGAATGGTTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACATTGA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCA
* * ** * * *
65843 ATTATAGTCTATTTTAAGGAACCATATAAAAAAATTAAACA
131 ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
** * * * * *
65884 TAAAATCAATTATGAGATTGTAGAA-TCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTAGA
1 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAACT-ATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA
* * * * * * *
65948 GGCTATAAATAGACTTTTTTTTGCCAACGAATG-TATTTTTCTTCAAGTTTATGGAGGTAAACAT
65 GACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACAT
**
66012 TCAATTATTA-TCTGTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA---AA--
128 TCAATTA-TAGTCTG-TTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
* * *
66051 T----TCAACTTA--A-AT-AT-AAACTATTTAGATATGAGTAATAAGAGC-TTTGAAGGAATGT
1 TAAAATCAA-TTATGAGATCATAAAACTATTTA-AAATGAGTAAAAAG-GCTTTTGAAGGAATGA
* *** ***
66106 GAGACTATAAATGGA-TTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACGAACA
63 GAGACTATAAATGGACTTTT-CTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACA
** * * *
66170 AGCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAGATTCATCC
127 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
********** * * * *
66215 TNNNNNNNNNNATGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAGGGCTTTTGAAGCAATG-GAA
1 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG
* * * * * * ** *
66279 ATTGATATATGGAATTTTCTTACCAATGGATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTC
66 ACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTC
* * *
66344 AATTATAGTCTGTTTTAA-AAAAAATGTAAAAAAAGTCAACT
130 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
* *
66385 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAGCCT-TTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAACGAATGAGA
1 TAAAATCAATTATGAGATCATAAA-ACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA
* * * * ** *
66449 GACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTGTCAAGGCAAACATTC
65 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTC
* * ** * *
66514 AATTATAGTCTATTTTAAGGAATCATATAAAAAAATTCAACT
130 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
********** * * * *** * *
66556 TAANNNNNNNNNNGAGATTATAGAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAG
1 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG
* * * * *
66621 GCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTTCAAGTTT-TTAGAGGTAAACATTC
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTT-GAGGTAAACATTC
* * * *
66685 AATTATTGTTTGTTTTCAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
130 AATTATAGTCTGTTTT-AATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
* * * *
66728 TAAAATTAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG
1 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG
* * * * ** *
66793 ACTATAAACGGAGTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTC-TGAAG-ACTAACATT
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTA--AACATT
* * * *
66856 CAATTATAGTTTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAGATTCATCC
129 CAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
* * * * *
66899 TAAAATGAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTCGAAAGATAGGA-A
1 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGA-ATGAGA
* * * * * * * ** *
66963 AACTACATATGAACTTTTCTTACAAATGAATACTTTTTTCTTCCCGTTTCTTGAGGTAGACATTC
65 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTC
********** * *
67028 AATTATAGTCNNNNNNNNNNAAAAATGTAAAAAAATTCTACT
130 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
* * * * *
67070 TAAAATCACTTAGGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAATGGCATTTGAAGGAATTG-GA
1 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAA-TGAGA
* * * * * ** ** * * *
67134 GACTATATATGGACTTCTCTTACCAATGAATACTTCTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGATATTC
65 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTC
* ***********
67199 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAANNNNNNNNNNT
130 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
* * * * * * *
67241 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAACGACTCTTGAAGGACTAAGAG
1 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG
** * * * * * *
67306 ACTATAAGCGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTATCTTTATATTTCTTAAGGTAGACATTCA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCA
** ***********
67371 ATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAANNNNNNNNNNT
131 ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
* * * ** * * * * *
67412 TAAAATCAATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTAAAGAAATTAGAG
1 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG
* * * * * * * *
67477 GCTATAAATAGACTTTTATTGCCAACGAATG-TATTTTTCTTTAAGTTTCTGGTGGTAAACATTC
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTC
* * * *
67541 AATTATTGTCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAATTAAACT
130 AATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATGT-AAAAAAATTCAACC
* * * * * * * *
67584 TAAAATTAATTATTAGATTATAAAACTTTTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAG
1 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG
** * * * * * * *
67649 ACTATAAACAGAATTTCCTT-CGAAATAAATACTTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAG-AAGGACAT
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAA--ACAT
* * * ** *
67711 TCAATTATAGTTTGTTTCAATGAAAAATATCAAATGAATTCAA-A
128 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAAATTCAACC
* * *
67755 TGAAAATCAATT-TGGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
1 T-AAAATCAATTAT-GAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
67819 AGAC
64 AGAC
67823 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2255, Mismatches: 646, Indels: 128
0.74 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
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161 4 0.00
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164 4 0.00
167 2 0.00
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
TAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAG
ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCA
ATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
Found at i:67445 original size:684 final size:684
Alignment explanation
Indices: 64685--67822 Score: 2198
Period size: 685 Copynumber: 4.6 Consensus size: 684
64675 NNNNNNNNNN
* * * *
64685 CTTAAAATCAATTATTAGATTAT-AAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
* * * ** * * * **
64749 AGACTATAAACGGACTTTTCTTGCTAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATGGACATT
66 AGACTATAAACGGAGTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCCCAAGACGAACAAG
* * * * **********
64814 CAATTGTGGTCTGTTTCAATGAAATATGTAAAAAGATTCATCCTAAAATCAANNNNNNNNNNATA
131 CAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAGATTCATCCTAAAATGAATTATGAGATCATA
* * * * * *
64879 AAACCATTTAAAATGAGTAAAAGGGATTTCGAAGGAATGAAAAACT-ATATATGGACTTTTCTTA
196 AAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGCAATG-GAAACTGACATATGGAATTTTCTTA
** * * ********** *
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* * * * *
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* * * * ********** * * **
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** * * * **
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454 TTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAAGGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * ** * * * *
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519 ATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACAAGTAACAAGACTCTTGAAGGAATAAGAGACTA
* ** ***********
65267 TAAGA-AAACTTTTCTTGCCAACGAATGTATTTTTCTNNNNNNNNNNGGAGGTAAACATTCAATT
584 TAA-ACAGACTTTTCTTGCCAACGAATACATTTTTCTTCAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATT
* *
65331 ATTGTCTGTTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
648 ATAGTCTGTTTTCAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAA
* * *******
65369 CTTAAAATCAATTAAT-AGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAANNNNNNN
1 CTTAAAATCAATT-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
*** * * ** * * *
65433 NNNACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATGAACAT
65 GAGACTATAAACGGAGTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCCCAAGACGAACAA
* * *
65498 TCAATTATGGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAGATTCATCCTAAAATTAATTATGAGATCAT
130 GCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAGATTCATCCTAAAATGAATTATGAGATCAT
* * * * * * * * *
65563 AAAACTATTTAAAGTGAGTAAAAGGGCTTTTGAAGGAATGAAAAACT-ATATATGGACTTTTCGT
195 AAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGCAATG-GAAACTGACATATGGAATTTTCTT
* * * * * * * *
65627 ACCAATGAATATTTTTTTCCTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATGA
259 ACAAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-AA
********** * *** *
65692 AAAATGTAAAAANNNNNNNNNNAAAATCAATTATGAGATCATAAAGTTATTTAAAACGAGTAAAA
323 AAAATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAA
* * ********** ** *
65757 AGGC-TTGTGAAAGAATGAGAGACTATAAATGGNNNNNNNNNNCCAATGAATGGTTTTTTCTTCA
388 AGGCATT-TGAACGAATGAGAGACAATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATACTTCTTTCTTCA
* ** * * * ** * *
65821 TATTTCTTGAGGTAGACATTGAATTATAGTCTATTTTAAGGAACCATATAAAAAAATTAAACATA
452 CATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAAGGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
** * * * * * * * * *
65886 AAATCAATTATGAGATTGTAGAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTAGAGGC
517 AAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACAAGTAACAAGACTCTTGAAGGAATAAGAGAC
* * ** * *
65951 TATAAATAGACTTTTTTTTGCCAACGAATGTATTTTTCTTCAAGTTTATGGAGGTAAACATTCAA
582 TATAAACAGAC-TTTTCTTGCCAACGAATACATTTTTCTTCAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAA
* *
66016 TTATTA-TCTGTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA---AA
646 TTA-TAGTCTGTTTTCAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * *
66051 -TT-CAA-C--TTA--A-A-TAT-AAACTATTTAGATATGAGTAATAAGAGC-TTTGAAGGAATG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAATGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGAATG
* * * **
66105 TGAGACTATAAATGGATTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACGAACA
64 AGAGACTATAAACGGAGTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCCCAAGACGAACA
**********
66170 AGCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAGATTCATCCTNNNNNNNNNNATGAGATCA
129 AGCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAGATTCATCCTAAAATGAATTATGAGATCA
* * * *
66235 TAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAGGGCTTTTGAAGCAATGGAAATTGATATATGGAATTTTCTT
194 TAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGCAATGGAAACTGACATATGGAATTTTCTT
* * *
66300 ACCAATGGATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAAAA
259 ACAAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAAAA
* * *
66365 AAATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAGCCTTTTAAAATGAGTAAAAA
324 AAATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAA
* * * * * **
66430 GGCTTTTGAACGAATGAGAGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTATG
389 GGCATTTGAACGAATGAGAGACAATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATACTTCTTTCTTCACA
* ** *
66495 TTTGTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAAGGAATCATATAAAAAAATTCAACTTAAN
454 TTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAAGGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
********* * * * * * * *
66560 NNNNNNNNNGAGATTATAGAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGGCTA
519 ATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACAAGTAACAAGACTCTTGAAGGAATAAGAGACTA
* *
66625 TAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTTCAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTA
584 TAAACAGACTTTTCTTGCCAACGAATACATTTTTCTTCAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTA
* * *
66690 TTGTTTGTTTTCAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
649 TAGTCTGTTTTCAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * *
66726 CTTAAAATTAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
** * **
66791 AGACTATAAACGGAGTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCTGAAGACTAACATT
66 AGACTATAAACGGAGTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCCCAAGACGAACAAG
*
66856 CAATTATAGTTTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAGATTCATCCTAAAATGAATTATGAGATCATA
131 CAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAGATTCATCCTAAAATGAATTATGAGATCATA
66921 AAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTCGAA--AGATAGGAAAACT-ACATAT-GAACTTTTC
196 AAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGCA-AT-GG-AAACTGACATATGGAA-TTTTC
* ** ********
66982 TTACAAATGAATACTTTTTTCTTCCCGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCNNNNNNNNN
257 TTACAAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAA
* * * *
67047 NAAAAATGTAAAAAAATTCTACTTAAAATCACTTAGGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAA
321 AAAAAATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAA
* * * *
67112 AATGGCATTTGAAGGAATTG-GAGACTATATATGGACTTCTCTTACCAATGAATACTTCTTTCTT
386 AAAGGCATTTGAACGAA-TGAGAGACAATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATACTTCTTTCTT
* * * * **********
67176 CACATTTCTCAAGGCAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAANNNNNNNNNNT
450 CACATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAAGGAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* *
67241 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAA-AACGACTCTTGAAGGACTAAGA
515 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACAAGTAACAA-GACTCTTGAAGGAATAAGA
* * * * *
67305 GACTATAAGCGGACTTTTCTTGCCAATGAATAC-TTTTATCTTTATA-TTTCTTA-AGGTAGACA
579 GACTATAAACAGACTTTTCTTGCCAACGAATACATTTT-TCTTCA-AGTTT-TTAGAGGTAAACA
*********
67367 TTCAATTATAGTCTGTTTT-AACAAAAAATGTAAANNNNNNNNN
641 TTCAATTATAGTCTGTTTTCAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * ** * * * *
67410 NTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTAAAGAAATTAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
* ** * ** * * * **** ***
67475 AGGCTATAAATAGACTTTTATTGCCAACGAAT-GTATTTTTCTTTA-AGTTTCTGGTGGTAAACA
66 AGACTATAAACGGAGTTTCCTTGCCAATGAATACT-TTTTTCTTCACA-TTTCCCAAGACGAACA
** * * * * * * * * *
67538 TTCAATTATTGTCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATTAGAT
129 AGCAATTATAGTCTGTTTCAA-TGAAAAATGT-AAAAAGATTCATCCTAAAATGAATTATGAGAT
* ** * * * * * * **
67602 TATAAAACTTTTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AATGGGAGACT-ATAAACAGAATTT
192 CATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTCG-AAGCAAT-GGAAACTGACATATGGAATTT
* * * * * *
67665 CCTT-CGAAATAAATACTTTTTTCTTCATGTTTTTCAA-GAAGGACATTCAATTATAGTTTGTTT
255 TCTTAC-AAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTA-GACATTCAATTATAGTCTGTTT
* * * ** * * * * * * *
67728 CAATGAAAAATATCAAATGAATTCAAATGAAAATCAATTTGGAGATTATAAAACTATTTAAAACG
318 TAA-AAAAAATGT-AAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATCATAAAACCATTTAAAATG
* * *
67793 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAC
381 AGTAAAAAGGCATTTGAACGAATGAGAGAC
67823 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2008, Mismatches: 397, Indels: 96
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
670 1 0.00
671 69 0.03
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673 238 0.12
674 3 0.00
675 3 0.00
676 3 0.00
677 4 0.00
679 1 0.00
680 5 0.00
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687 66 0.03
688 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (684 bp):
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
AGACTATAAACGGAGTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCCCAAGACGAACAAG
CAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAGATTCATCCTAAAATGAATTATGAGATCATA
AAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGCAATGGAAACTGACATATGGAATTTTCTTAC
AAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAAAAAA
ATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTAGGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGG
CATTTGAACGAATGAGAGACAATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATACTTCTTTCTTCACATT
TCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAAGGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACAAGTAACAAGACTCTTGAAGGAATAAGAGACTATA
AACAGACTTTTCTTGCCAACGAATACATTTTTCTTCAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATA
GTCTGTTTTCAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
Found at i:67536 original size:856 final size:846
Alignment explanation
Indices: 66228--67806 Score: 1957
Period size: 856 Copynumber: 1.9 Consensus size: 846
66218 NNNNNNNNAT
* *
66228 GAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAGGGCTTTTGAAGCAATGGAAATTGATATATGGAA
1 GAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAGGGCATTTGAAGCAATGGAAACTGATATATGGAA
* * * * * *
66293 TTTTCTTACCAATGGATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
66 TTCTCTTACCAATGAATACTTCTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTT
* * * *
66358 TTAAAAAAAATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAGCCTTTTAAAATGA
131 TTAAAAAAAATATAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGA
* * * * * *
66423 GTAAAAAGGCTTTTGAACGAATGAGAGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTT
196 GTAAAAAGACTCTTGAACGAATAAGAGACAATAAACGGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTAT
* * ** **
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********** * * *
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* *
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* * *
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* * * *
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* * * **
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* ** * *
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* * *
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* *
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* **********
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* * * * * *
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194 GAGTAAAAAGACTCTTGAACGAATAAGAGACAATAAACGGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTT
* * * * * ******
67342 ATCTTTATATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAANNNNNN
259 ATCTTTATATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATT
**** * *
67407 NNNNTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTAAAGAAAT
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* * * * *
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454 ATTCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATTAGAT
* *
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519 TATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAACAGAATTTCC
** * *
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584 TTCGAAATAAATACTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGAAGAACATTCAATTATAGTTTGTTTCAAT
* * * *
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*
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GAGGCTATAAATAGACTTTTATTGCCAACGAATGCATTTTTCTTCAAGTTTCTAGAGGTAAACAT
TCAATTATTGTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATTAGATTA
TAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAACAGAATTTCCTT
CGAAATAAATACTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGAAGAACATTCAATTATAGTTTGTTTCAATGA
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CGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCAAAAATGTAAAAAAATTCTACTTAAAATCACTTA
G
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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** ********** *
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* **********
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*
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* * *
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*
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* * * * *
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TATATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCGTAAT
TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACA
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* * * * * * ** * ** * *
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* * **
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* *
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* *
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75855 NNNNNNNNNN
Statistics
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TTAAAACAAACAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTG
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77437 NNNNNNNNNN
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * **
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* ** * * * ** **
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* * * *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ***
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* * ** * **
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1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAAA
* * * * * * *
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* * **
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* * * * * ***
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* * ** * * * * ** *
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* ** * * * **
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* ** *
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* ** * *** *
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** * * *
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130 AC-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATG
* * * ********** *
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1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAAA
* * * *
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* *
79117 CATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATG
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** * * * *
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1 AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
* * ** * * *
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* * * **
79288 CACGTTTCTCGAGGTAGATATTCAATTATAGTCTATTTTAACA
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* * ** * * * * *
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* * * * * * **
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* * * ***********
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* * * * *
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1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAAA
** * * *
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* * * *
79631 AAGTTTCT--AGTAGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAAAT-
129 CACTTTCTCAAG--GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AATG
* * * *
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1 AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
* * ** ** * * **
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* * ** * * * *
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130 AC-TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATG
* * * **
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* * * *
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* ** * ********* *
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127 TTCA-CTTTCTCAAGGTAGACA-TTCAATTATAGTCTGTTTTAATG
* ** * * * *
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* * * *
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* * * * * * **
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* * *
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Statistics
Matches: 2073, Mismatches: 485, Indels: 150
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Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
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178 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAAA
AAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCA
CTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATG
Found at i:78381 original size:685 final size:679
Alignment explanation
Indices: 77447--80251 Score: 2420
Period size: 685 Copynumber: 4.1 Consensus size: 679
77437 NNNNNNNNNN
* * **
77447 AAAAATGTAAAACAAATTCAAATTAAAATCAATT-TGGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTA
1 AAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTA
* * * * * *
77511 ATAAA-GCCTTTAAAGAAATAAGAGACTATATATGGACTTTTCTTACTAATAAATGCTTGTTTCT
64 A-AAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTT-TTTCT
* * * * * * *
77575 TTACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAACATTCAAC
127 TTACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTAAAC
* * *
77640 TTAAAATCAATTATGAGATCATAAAGCCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATAAGA
192 TTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATAAGA
* * * * *
77705 GACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTTTTCATC-TTTCTTAAGGCACACATT
257 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCA-CATTTCTCAAGGTAGACATT
* * *
77769 CAATTATAGTCTGTTTTAA-GAAACCATATAAAAAAATTCAACTTAAAA-AA-T-TCA-ATTATA
321 CAATTATAGTCTGTTTTAAGGAAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAACAATTATGAGATCATA
**
77829 GAAGC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGA-AGCTATAAATAGACTTTTCTT
385 -AAGCTATTTAAAATGAGTAA-AAGGCTTTTGAAGGAAT-AGAGA-CTATAAATAGACTTTTCTT
* ** * * * *
77892 GCCAAAAAATGTATTTTTCTTCAAGTTTCTGGAGGTAAACATTTAATTATTGTCCATTCTTAACC
446 ACCAATGAATGT-TTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATT-TTAA-C
* * * * *
77957 AAAAATGTAAAAAAAAAAAATTTAACTTCAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAACGA
508 -AAAA---AAAATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTAAAAACGA
* * * * *
78022 GTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAACGAATACTTTTTT
569 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCTTTTTT
* * * * **
78087 CTTCAAGTTTGTCAAGATGGACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATG
634 CTTCAAGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTCAACA
* * * * * *
78133 AAAAATGTAAAAAGATTCAACCTAAAATCGACTATGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAAA
* *
78198 AAGGCTTTCAAAGGAATGGAA-A-ACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTGTTT-TT
66 AAGGCTTTTAAAGGAAT--AAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTT-TTTCTT
* * *
78260 TCATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCGGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTAAAC
128 T-ACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTAAAC
* * * * *
78325 TGAAAATCACTTATGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAACGACATTTGAAGGAATGAGA
192 TTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATAAGA
* * * * * * *
78390 GATTATATATGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTTCTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACACTC
257 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTC
* * *
78455 AATTATAGTCTGTTTT-AGCAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATCGTA
322 AATTATAGTCTGTTTTAAG-GAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA-CAATTATGAGATCATA
* * * * * * *
78519 AAACTATTTAAAATAAGTAAAACGACTTTTGAAGGACTAAGAGACTATAAGTGGACTTTTCTTGC
385 AAGCTATTTAAAATGAGTAAAA-GGCTTTTGAAGGAAT-AGAGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
* * * * * * *
78584 CAATCAATCTTTTTTCTTCACA-TTTCTCAAGGCAGACATCCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA
448 CAATGAATGTTTTTTCTTCA-AGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAA
* * * * * ***
78648 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-CACAATTATAGAACCATTGATGGCGAGTAATAA
512 AAAATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATCA-GATTATAAAACCATTAAAAACGAGTAATAA
* * * * * * *
78712 GGCTTTTGAAGAAATCG-GAGCCTCTAAATAGTCTTTTCTTGCCAACAAATGCATTTTTCTTCAA
576 GGCTTTTGAAGGAAT-GAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCTTTTTTCTTCAA
** * * * *
78776 GTTTCTGGAGGTAAACATTCAATTATTGTATGTTCTTAACC
640 GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTT-TCAACA
* ** *
78817 AAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAATAATTTCAAACGAGTAA
1 AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
* * ** * **
78882 TAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAACGGACTTTCCTTACCAATGAATAAATTTTTCTTT
65 AAAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTCTTT
* ** * * * * *
78947 ACGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAGCCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAGATTCAACCT
129 ACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTAAACTT
* ********** * * *
79012 AAAATCGATTANNNNNNNNNNAAACCATTTAAAAAGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGAATGGAA-A
194 AAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAAT--AAGA
* * * * * *
79076 -ACCATATATAGACTTTTCTAACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTC
257 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTC
* * **
79140 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCACGTATGAGATCATA
322 AATTATAGTCTGTTTTAAGGAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAA-CAATTATGAGATCATA
* * * * *
79205 AAGCTATTTAAAATGAGTAAAACGATATTTGAAGGAATGGGAGACTATATATAGACTTCTCTTAC
385 AAGCTATTTAAAATGAGTAAAAGGCT-TTTGAAGGAAT-AGAGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
* * * *
79270 CAATGAATATTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGATATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAA
448 CAATGAATGTTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAA
* * * * * * * *
79335 AAGTAAAAACATTTTACTTAAAATTAATTATGAGATCATGAAACCATTAAAAACCAGTAA-AATG
513 AAATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTAAAAACGAGTAATAA-G
* * * * * **
79399 ACTTTTGAAGGAATGAGAGATTATAAGTGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTACCTTCATA-
577 GCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCTTTTTTCTTCA-AG
* * **********
79463 TTTCTCAAGGCAGACATTTAATTATAGTNNNNNNNNNNA
641 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTCAACA
* * * * *
79502 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACCATTGATAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAAA
* ** * *
79567 AAGGCTTTTGAAGGAATCGGAGGCTATAAATAGACTTTTCTT-CCAAACGAATGCATTTTTCTTT
66 AAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACC-AATGAATGC-TTTTTCTTT
*
79631 A-AGTTTCT--AGTAGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAAAT-AAAAATGTAAAAAAAATT-
129 ACA-TTTCTCAAG--GTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AATGAAAAATGT-AAAAAAATTA
* * * * * *
79691 AACTTAAAATTAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAGAAGACTTTTGAAGGAATG
189 AACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATA
* * * * ** * * **
79756 GGAGACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAATGAATAATTTTTTCTTCACATTTTTTAAGAAAGACA
254 AGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACA
* * *
79821 TTGAATTATAGTCTATTTCAAGGAAAAATATAAAACAAATTCAAAC-TAAAATCAATT-TGGAGA
319 TTCAATTATAGTCTGTTTTAAGGAAAAATATAAAA-AAATTC-AACTTAAAA-CAATTAT-GAGA
* * * * * * * *
79884 TTATAAA-ATCGTTTAAAGTGAGTAATAAAGCCTTTAAAGGAATGAGAGACTATACATAGACTTT
380 TCATAAAGCT-ATTTAAAATGAGTAA-AAGGCTTTTGAAGGAAT-AGAGACTATAAATAGACTTT
* * *********
79948 TCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACANNNNNNNNNNA-TCTATTTT
442 TCTTACCAATGAATG-TTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAAACA-TTCAATTATAGTCTATTTT
** ** * * ** * * * * *
80012 AATGAAAAATGTATAAAAATTCATGTTAAAATTAATTATGAGATCATAAAGCCATTTAAAACGAG
505 AACAAAAAAAATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTAAAAACGAG
* * * * *
80077 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTT-
570 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCTTTTTTC
* * * * * *
80141 TTCAAGTTTCTGACA-GTAAACATTTAATTATTGTCTAT-TTTTAACC
635 TTCAAGTTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAG--TATGTTTCAACA
* * *
80187 AAAAATGTAAGAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAA
1 AAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
80252 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1692, Mismatches: 370, Indels: 114
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
682 3 0.00
683 138 0.08
684 379 0.22
685 730 0.43
686 328 0.19
687 8 0.00
688 5 0.00
689 41 0.02
690 59 0.03
691 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (679 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAAA
AAGGCTTTTAAAGGAATAAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTTAC
ATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAA
AATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATAAGAGACT
ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATT
ATAGTCTGTTTTAAGGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACAATTATGAGATCATAAAGCTA
TTTAAAATGAGTAAAAGGCTTTTGAAGGAATAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT
GTTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAAAATAAAA
AAATTTAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTAAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAA
GGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCTTTTTTCTTCAAGTTTCTCAAGG
TAGACATTCAATTATAGTATGTTTCAACA
Found at i:79123 original size:856 final size:853
Alignment explanation
Indices: 77447--80251 Score: 3354
Period size: 856 Copynumber: 3.3 Consensus size: 853
77437 NNNNNNNNNN
* * *
77447 AAAAATGTAAAACAAATTCAAA-TTAAAATCAATT-TGGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGT
1 AAAAATGTAAAA-AAATT-AAACTTAAAATCAATTAT-GAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGT
* * * * * * * * *
77510 AATAAAG-CCTTTAAAGAAATAAGAGACTATATATGGACTTTTCTTACTAATAAATGCTTGTTTC
63 AATAACGACATTTGAAGGAATGAGAGACTATATATAGACTTCTCTTACCAATGAATGCTT-TTTC
* ** * ** * *
77574 TTTACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAACATTCAA
127 TTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
* *
77639 CTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAGCCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATAAG
192 CTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATAAG
* ** * * *
77704 AGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTTTTCATC-TTTCTTAAGGCACACAT
257 AGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCA-CATTTCTCAAGGCAGACAT
* **
77768 TCAATTATAGTCTGTTTTAAGAAACCATATAAAAAAATTCAACTTAAAA--AATT--CAATTATA
321 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAACAATTATA
* * * *
77829 GAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAAGCTATAAATAGACTTTTCTTGC
386 GAACCATTGATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATC-GGAGCTATAAATAGACTTTTCTTGC
* * * **
77894 CAAAAAATGTATTTTTCTTCAAGTTTCTGGAGGTAAACATTTAATTATTGTCCATTCTTAACCAA
450 CAACAAATGCATTTTTCTTCAAGTTTCTGGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTCTTAACCAA
*
77959 AAATGTAAAAAAAAAAAATTTAACTTCAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGT
515 AAATGT----AAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGT
* * *
78024 AATAAGGTTTTTGAAGGAATGAA-AGACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAACGAATACTTTTTTC
575 AATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AAGAGACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAATGAATAATTTTTTC
* * **
78088 TTCAAGTTTGTCAAGATGGACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAGATTCAA
639 TTCACGTTTCTCAAGA-AAACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAGATTCAA
* *
78153 CCTAAAATCGACTATGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGAATGGA
703 CCTAAAATCGATTAGGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGAATGGA
*
78218 AAACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTGTTTT-TTCATATTTCTCAAGGTAGACAT
768 AAACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTT-TTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACAT
*
78282 TCAATTATAGTCGGTTTTAATG
832 TCAATTATAGTCTGTTTTAATG
* *
78304 AAAAATGTAAAAAAATTAAACTGAAAATCACTTATGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAA-
1 AAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAT
* *
78368 AACGACATTTGAAGGAATGAGAGATTATATATGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTTCTTTCTTC
66 AACGACATTTGAAGGAATGAGAGACTATATATAGACTTCTCTTACCAATGAATGCTT-TTTCTTC
* * *
78433 ACGTTTCTCGAGGTAGACACTCAATTATAGTCTGTTTTAGCAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
130 ACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * * ** * *
78498 AAAATAAATTATGAGATCGTAAAACTATTTAAAATAAGTAAAACGACTTTTGAAGGACTAAGAGA
195 AAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATAAGAGA
* *
78563 CTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATCAAT-CTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATCCAA
260 CTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAA
78627 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACACAATTATAGAA
325 TTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-ACAATTATAGAA
* * * *
78692 CCATTGATGGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATCGGAGCCTCTAAATAGTCTTTTCTTGCCAA
389 CCATTGATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCGGAG-CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA
*
78757 CAAATGCATTTTTCTTCAAGTTTCTGGAGGTAAACATTCAATTATTGTATGTTCTTAACCAAAAA
453 CAAATGCATTTTTCTTCAAGTTTCTGGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTCTTAACCAAAAA
*
78822 TGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAA-TAATTTCAAACGAGTAATAAG
518 TGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACT-ATTTAAAACGAGTAATAAG
* * *
78886 GCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAACGGACTTTCCTTACCAATGAATAAATTTTTCTTTACGT
581 GCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAATGAATAATTTTTTCTTCACGT
*
78951 TTCTCAAGACAAACATTCAATTATAGCCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAGATTCAACCTAAAA
646 TTCTCAAGA-AAACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAGATTCAACCTAAAA
********** * * *
79016 TCGATTANNNNNNNNNNAAACCATTTAAAAAGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGAATGGAAAACCAT
710 TCGATTAGGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGAATGGAAAACTAT
*
79081 ATATAGACTTTTCTAACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTAT
775 ATATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTAT
79146 AGTCTGTTTTAATG
840 AGTCTGTTTTAATG
* ** * *
79160 AAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCACGTATGAGATCATAAAGCTATTTAAAATGAGTAA
1 AAAAATGT-AAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAA
* * **
79225 -AACGATATTTGAAGGAATGGGAGACTATATATAGACTTCTCTTACCAATGAATATTTTTTCTTC
65 TAACGACATTTGAAGGAATGAGAGACTATATATAGACTTCTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTC
* * **
79289 ACGTTTCTCGAGGTAGATATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAA-AGTAAAAACATTTTACT
130 ACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATA-TAAAAAAATTCAACT
* * * * * *
79353 TAAAATTAATTATGAGATCATGAAACCATTAAAAACCAGTAAAATGACTTTTGAAGGAATGAGAG
194 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATAAGAG
* * ** * *
79418 ATTATAAGTGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTACCTTCATATTTCTCAAGGCAGACATTTA
259 ACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCA
********** * **
79483 ATTATAGTNNNNNNNNNNAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGA
324 ATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAACA-ATTATAGA
79548 ACCATTGATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCGGAGGCTATAAATAGACTTTTCTT-CCA
388 ACCATTGATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCGGA-GCTATAAATAGACTTTTCTTGCC-
* * * **
79612 AACGAATGCATTTTTCTTTAAGTTTCTAGTA-GTAAACATTCAATTATTGTCTGTT-TTAAATAA
451 AACAAATGCATTTTTCTTCAAGTTTCT-GGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTCTTAACCAA
* * *
79675 AAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATTAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAGAA
515 AAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAA
* ** *
79740 GACTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAATGAATAATTTTTTCTTCACA
580 GGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAATGAATAATTTTTTCTTCACG
* * * * * * * *
79805 TTTTTTAAGAAAGACATTGAATTATAGTCTATTTCAAGGAAAAATATAAAACAAATTCAAACTAA
645 TTTCTCAAGAAA-ACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAA-AGATTCAACCTAA
* * * * * * * *
79870 AATCAATTTGGAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAAGCCTTT-AAAGGAAT-GAGAGA
708 AATCGATTAGGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAA-AAAGGCTTTCAAAGGAATGGA-AAA
* * * * ****
79933 CTATACATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACANNNNN
771 CTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACA-TTCA
***** *
79998 NNNNNA-TCTATTTTAATG
835 ATTATAGTCTGTTTTAATG
* * ** * * *
80016 AAAAATGTATAAAAATTCATGTTAAAATTAATTATGAGATCATAAAGCCATTTAAAACGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAT
* * * * * * *
80081 AA-GGCTTTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTT-TTC
66 AACGACATTTGAAGGAATGAGAGACTATATATAGACTTCTCTTACCAATGAATGC-TTTTTCTTC
* * * * * * *
80144 AAGTTTCT-GACAGTAAACATTTAATTATTGTCTATTTTTAACCAAAAATGTAAGAAAAATTCAA
130 ACGTTTCTCGA-GGTAGACATTCAATTATAGTCTA-TTTTAACAAAAAATATAA-AAAAATTCAA
* * * *
80208 CTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAA
192 CTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
80252 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1672, Mismatches: 243, Indels: 66
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
854 5 0.00
855 348 0.21
856 834 0.50
857 353 0.21
858 3 0.00
859 3 0.00
860 126 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (853 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAT
AACGACATTTGAAGGAATGAGAGACTATATATAGACTTCTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTCA
CGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATAAGAGAC
TATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAAT
TATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAACAATTATAGAACC
ATTGATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCGGAGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACAA
ATGCATTTTTCTTCAAGTTTCTGGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTCTTAACCAAAAATGT
AAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTT
TGAAGGAATAAGAGACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAATGAATAATTTTTTCTTCACGTTTCTC
AAGAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAGATTCAACCTAAAATCGATT
AGGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGAATGGAAAACTATATATAG
ACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG
TTTTAATG
Found at i:80819 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 80352--83137 Score: 1609
Period size: 171 Copynumber: 16.3 Consensus size: 171
80342 NNNNNNNNNN
* * * *
80352 AGAGACTATATATGGACTTCTCCTACCAATGAATGCTTCTATT-TTCATGTTTCTTAAGGCAGAG
1 AGAGACTATATATGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTT-T-TTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGAC
* * *
80416 ACTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGATC
64 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATC
* * * *
80481 ATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAACA-ACCTTTGAAGGAATG
129 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAACAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * ** ** * *
80523 AGAGACTATA-AGTTGACTTTTCTTATCAATTAATACTTTTATCTTCATATTTCTCAAGGTA-AA
1 AGAGACTATATA-TGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTTTT-TCTTCACGTTTCTTGAGGCAGAC
* * * * *
80586 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAGTCAATTTAAAATCACTTATGAGATA
64 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATC
* **
80651 ATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAACAGTATTTT-AAGGAATG
129 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAACAGGCTTTTGAAGGAATG
* * *
80693 AGAGGCTATATATGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTTCTTTCTTCACGTTTATTGAGGCAGATA
1 AGAGACTATATATGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTT-TTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACA
* * * *
80758 TTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAACATCAATTATGAGATCA
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCA
* * *
80823 TAAAACCATTTAAAACGAGTAAAACA-ACTTTTGAAGCAATG
130 TAAAACCATTTAAAATGAGTAAAACAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * *
80864 AGAGACTATA-AGTGAACTTTTGTTACCAATGAATGCTTTTATCTTCACATTTCTCGAGGCAGAC
1 AGAGACTATATA-TGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTTTT-TCTTCACGTTTCTTGAGGCAGAC
* * * * * *
80928 AATCAATTATAGTCTGTTTCAATAAAAAATATAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTACGAGATT
64 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATC
* ** * *
80993 ATAGAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGAAATCG
129 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAACAGGCTTTTGAAGGAAT-G
* * * * * * * * * * *
81036 -GAGGCTATAAATAGACTT-TCCTTGCCAA-CAATTTCATTTTTCTTCAAGTTTCTGGATGTAAA
1 AGAGACTATATATGGACTTCT-CTTACCAATGAA-TGC-TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGA
** *
81098 CATTCAATTATTA-TCTGTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAG
63 CATTCAATTA-TAGTCTG-TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * *
81162 ATTATAAAATAATTTAGAATGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGAATG
126 ATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAACAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * * *
81207 AGAGACTATAAACGGACTT-TCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCTT-AGGATAAA
1 AGAGACTATATATGGACTTCT-CTTACCAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG-CAGA
* * * * *
81270 CATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGGAAAAAGATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
63 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* *
81335 CATAAAACCATTTGAAATGAGTAAAA-AGGCTTTTGAAGGTATG
128 CATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAACAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * * *
81378 TA-AAACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATACATTTTTCTTCATGTTTC-TCATGGTAGA
1 -AGAGACTATATATGGACTTCTCTTACCAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GGCAGA
* * *
81441 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCACTTATGAGAT
63 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
81506 CATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAC-GGCATTTCAAGGAATA
128 CATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAACAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * *
81549 AGAGACTATGTATGGGCTTCTCGTACCATTGAATGCTTTTTTCTTCACGTGTCTTGAGCCAGACA
1 AGAGACTATATATGGACTTCTCTTACCAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACA
* * * *
81614 TTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAATAAAACTCAACTTAAAATCAATTAT--G----
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCA
***************************************
81673 --ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
130 TAAAACCATTTAAAATGAGTAAAACAGGCTTTTGAAGGAATG
*************************************************************
81713 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAT
1 AGAGACTATATATGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACAT
* * * *
81778 TCAATTATAGTTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAATATCAATTATGAGATTAT
66 TCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCAT
* * * *
81843 AGAACCATTTAAAGTGAGTAATA-AGGCTTTTGAAAGAATCG
131 AAAACCATTTAAAATGAGTAAAACAGGCTTTTGAAGGAAT-G
* * * * * * * * * *
81884 -GAGGCTATAAATTGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTTTAAGTTT-TTGGAGGTAAAC
1 AGAGACTATATATGGACTTCTCTTACCAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTT-GAGGCAGAC
* * ** * * * *
81947 ATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATGCAAAACAAATTCGACTTAAAATTAATTATTAGAT
64 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
82012 TATAAAACTATTTAAAACGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGAATG
128 CATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAACAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * * * * * * * *
82055 GGAAACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTTTTCTTTATGTTT-TTCAAGAAGGACA
1 AGAGACTATATATGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCA-GACA
* * * * * *
82119 TTCAATTATAATCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAACGAATTCAAATTAAAATCAATT-TGGAAAT
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGAT
* * **
82183 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-AACCTTTT-AAGGAAT-
128 CATAAAACCATTTAAAATGAGTAA-AACAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * *
82225 AGAAGACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTGTTCATGTTTCTTGAGGTCA-A
1 AG-AGACTATATATGGACTTCTCTTACCAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGG-CAGA
* * *
82289 CATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
63 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-
* * *
82354 TC-TAAAGCCATTTAAAACGAGTAAAA-AGGCTTTTGAACGAATG
127 TCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAACAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * *
82397 AGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAGACA
1 AGAGACTATATATGGACTTCTCTTACCAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACA
** ** * *
82462 TTCAATTATAGTCTGTTTTAAGGAACCATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGA-CT
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATC-
* *** * * *
82526 ATAGAACCATTTAAAGCAATTAATA-AGGCTTTTGAAGGAATC
129 ATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAACAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * * ** * * * * *
82568 AGAGGCTACAAATAGACTTTTCTTGCCAACAAATGCATTTTTCTTCAAGTCTCTAGAGGTAAACA
1 AGAGACTATATATGGACTTCTCTTACCAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACA
* * ** * *
82633 TTCAATTATTGTGTGTTTTTAACCAAAACTGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGAT
65 TTCAATTATAGTCTG-TTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
82698 TATAAGACTATTTAAAACGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGAAT-
128 CATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAACAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * *
82740 ACGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTC-TCAGG-ACGA
1 A-GAGACTATATATGGACTTCTCTTACCAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCA-G-
* * * *
82803 ACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATAAAAAATGTAAAAAGATTCATCCTAAAATCAATTATGAGA
62 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
82868 TCATAAAGCTATTTAAAATGAGTAAAA-AAGCTTTCGAAGGAATG
127 TCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAACAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * * ** * *
82912 AAAAAGTATATATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTCTTTCTTCACATTTCTCAAGGAAAACA
1 AGAGACTATATATGGACTTCTCTTACCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACA
* * * ********** *
82977 TTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAANNNNNNNNNNAAATCAATTACGAGATCA
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCA
* * * * *
83042 TAAAACTATTTAAAACGAGT-AAACCGACTTTTGAAGGACTG
130 TAAAACCATTTAAAATGAGTAAAACAGGCTTTTGAAGGAATG
* * *
83083 AGAGACTATA-AGTGGACTTTTCTTACTAATGAATGCTTTTATCTTCACATTTCTT
1 AGAGACTATATA-TGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTTTT-TCTTCACGTTTCTT
83138 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1991, Mismatches: 554, Indels: 140
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
163 55 0.03
165 1 0.00
169 3 0.00
170 175 0.09
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172 330 0.17
173 130 0.07
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
AGAGACTATATATGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACAT
TCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCAT
AAAACCATTTAAAATGAGTAAAACAGGCTTTTGAAGGAATG
Found at i:81327 original size:514 final size:511
Alignment explanation
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Period size: 514 Copynumber: 2.6 Consensus size: 511
80346 NNNNNNAGAG
* * * * * * * *
80356 ACTATATATGGACTTCTCCTACCAATGAATGCTTCTATTTTCATGTTTCTTAAGGCAGAGACTCA
1 ACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTATCTTCATGTTTC-TCAGGCAGACAATCA
* *
80421 ATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGATCATAAA
65 ATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAA
* * * * * *
80486 ACTATTTAAAACGAGTAAAACAACCTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAGTTGACTTTTCTTATCA
130 ACCATTTAAAACGAGTAAAACAACCTTTGAAGAAATGAGAGACTATAAATAGACTTTCCTTACCA
*
80551 ATTAATACTTTTATCTTCATATTTCTCAAGGTAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT
195 ATCAATACTTTTATCTTCATATTTCTCAAGGTAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT
* * *
80616 GTAAAAAAAGTCAATTTAAAATCACTTATGAGATAATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAACAGTA
260 GTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAACAGGA
* * * * *
80681 TTTTAAGGAATGAGAGGCTATATATGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTTCTTTCTTCACGTTTA
325 TTTTAAGGAATGAGAGACTATAAACGGACTTCTCTTACCAATGAATACTTCTTTCTTCACATTTA
* * * * * * * *
80746 TTGAGGCAGATATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAACATCA
390 TTGAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTCAACAAAAAATGGAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
*
80811 ATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAACA-ACTTTTGAAGCAATG-AGAG
455 ATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAA-AGACTTTTGAAGCAATGTA-AA
* **
80868 ACTATA-AGT-GAACTTTTGTTACCAATGAATGCTTTTATCTTCACATTTCTCGAGGCAGACAAT
1 ACTATATA-TAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTATCTTCATGTTTCTC-AGGCAGACAAT
* * * * *
80931 CAATTATAGTCTGTTTCAATAAAAAATATAAAAAAATTCATCTTAAAATCAATTACGAGATTATA
63 CAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATA
* * ** * *
80996 GAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGAAATCG-GAGGCTATAAATAGACTTTCCTT
128 AAACCATTTAAAACGAGTAA-AACAACCTTTGAAGAAAT-GAGAGACTATAAATAGACTTTCCTT
* * ** *
81059 GCCAA-CAATTTCATTTT-TCTTCA-AGTTTCTGGATGTAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTT
191 ACCAATCAA-TAC-TTTTATCTTCATA-TTTCTCAAGGTAAA-ATTCAATTA-TAGTCTG-TTTT
* * * * *
81120 AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAA-TAATTTAGAATGA
250 AACAAAAAATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACT-ATTTAAAATGA
* * * *
81184 GTAATA-AGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAACGGACTT-TCCTTGCCAATGAATACTTTT
314 GTAAAACAGGATTTT-AAGGAATGAGAGACTATAAACGGACTTCT-CTTACCAATGAATACTTCT
* * ** *
81247 TTCTTCACATTTCTT-AGGATAAACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGGAAAAAGAT
377 TTCTTCACATTTATTGAGG-CAAACATTCAATTATAGTCTGTTTCAACAAAAAATGGAAAAAAAT
* * * **
81311 TCAACCTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTGAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGTA
441 TCAACCTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGACTTTTGAAGCAA
81376 TGTAAA
506 TGTAAA
* * *
81382 ACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATACATTTT-TCTTCATGTTTCTCATGGTAGACATTC
1 ACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATGC-TTTTATCTTCATGTTTCTCA-GGCAGACAATC
* * *
81446 AATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCACTTATGAGATCATAA
64 AATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAA
* ** * * * * ** * * *
81511 AACCATTTAAAATGAGTAAAACGGCATTTCAAGGAATAAGAGACTATGTATGGGC-TTCTCGTAC
129 AACCATTTAAAACGAGTAAAACAACCTTTGAAGAAATGAGAGACTATAAATAGACTTTC-CTTAC
* * * * ** * ** ** * * **
81575 CATTGAATGCTTTTTTCTTCACGTGTCTTGAGCCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAA
193 CAATCAATACTTTTATCTTCATATTTCTCAAGGTA-AAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAA
* *
81640 AATGTAATAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGA
257 AATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATGA
81674 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 662, Mismatches: 115, Indels: 57
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
511 6 0.01
512 174 0.26
513 84 0.13
514 388 0.59
515 10 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (511 bp):
ACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTATCTTCATGTTTCTCAGGCAGACAATCAA
TTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAA
CCATTTAAAACGAGTAAAACAACCTTTGAAGAAATGAGAGACTATAAATAGACTTTCCTTACCAA
TCAATACTTTTATCTTCATATTTCTCAAGGTAAAATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATG
TAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAACAGGAT
TTTAAGGAATGAGAGACTATAAACGGACTTCTCTTACCAATGAATACTTCTTTCTTCACATTTAT
TGAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTCAACAAAAAATGGAAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
TTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGACTTTTGAAGCAATGTAAA
Found at i:83087 original size:686 final size:685
Alignment explanation
Indices: 81774--83129 Score: 1815
Period size: 686 Copynumber: 2.0 Consensus size: 685
81764 NNNNNNNNNN
* * * *
81774 ACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAATATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
* ** * * *
81839 TTATAGAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATCGGAGGCTATAAATTGACTTTT
66 CTATAGAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATCAGAGGCTACAAATAGACTTTT
* * * * *
81904 CTTGCCAACGAATGCATTTTTCTTTAAGTTTTTGGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAA
131 CTTGCCAACAAATGCATTTTTCTTCAAGTCTCTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAA
* * *
81969 CCAAAAATGCAAAACAAATTCGACTTAAAATTAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGT
196 CCAAAAATGCAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGT
** *
82034 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAAACTATAAACGGACTTTTCTTGCCAATGAATCCTTTTTCTT
261 AATAAGGCTTTTGAAGGAATACGAAACTATAAACGGACTTTTCTTACCAATGAATCCTTTTTCTT
* * * * * *
82099 TATGTTTTTCAAGAAGGACATTCAATTATAATCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAACGAATTCAAA
326 CACGTTTCTCAAGAAGAACATTCAATTATAATCTGTTTCAATAAAAAATGTAAAAAGAATTCAAA
* * * *
82164 TTAAAATCAATTTGGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAACCTTTTAAGGAATAGAA
391 CTAAAATCAATTTGGAAATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAAACCTTTGAAGGAATAGAA
* * * * ** ** **
82229 GACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTGTTCATGTTTCTTGAGGTCAACATTC
456 AACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTCTTTCTTCACATTTCTCAAGGAAAACATTC
* *
82294 AATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTCTAA
521 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTCTAA
* *
82359 AGCCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAACGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
586 AACCATTTAAAACGAGTAAAAAGACTTTTGAACGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
*
82424 AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAG
651 AATGAATGCTTTTATCTTCATGTTTCTCGAGGCAG
* **
82459 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGGAACCATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
* *
82524 CTATAGAACCATTTAAAGCAATTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGGCTACAAATAGACTTTT
66 CTATAGAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATCAGAGGCTACAAATAGACTTTT
* *
82589 CTTGCCAACAAATGCATTTTTCTTCAAGTCTCTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTGTGTTTTTA
131 CTTGCCAACAAATGCATTTTTCTTCAAGTCTCTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTCT-ATTTTA
* * *
82654 ACCAAAACTGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAGACTATTTAAAACGAG
195 ACCAAAAATGCAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAACGAG
* * *
82719 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATACGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTC
260 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATACGAAACTATAAACGGACTTTTCTTACCAATGAAT-CCTTTTTC
* * *
82784 TTCACGTTTCTCAGGACGAACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATAAAAAATGTAAAAAG-ATTCA
324 TTCACGTTTCTCAAGAAGAACATTCAATTATAATCTGTTTCAATAAAAAATGTAAAAAGAATTCA
** * * * *
82848 TCCTAAAATCAATTAT-GAGATCATAAAGCTATTTAAAATGAGTAA-AAAAGCTTTCGAAGGAAT
389 AACTAAAATCAATT-TGGAAATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAAACCTTT-GAAGGAAT
* *
82911 -GAAAAAGTATATATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTCTTTCTTCACATTTCTCAAGGAAAA
452 AG-AAAACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTCTTTCTTCACATTTCTCAAGGAAAA
* * *********
82975 CATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AANNNNNNNNNNAAATCAATTACGAGA
516 CATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAACAA-TTCAACTTAAAATCAATTACGAGA
* ** * * *
83039 -TCATAAAACTATTTAAAACGAGTAAACCGACTTTTGAAGGACTGAGAGACTATAAGTGGACTTT
580 TTC-TAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGACTTTTGAACGAATGAGAGACTATAAATGGACTTT
*
83103 TCTTACTAATGAATGCTTTTATCTTCA
644 TCTTACCAATGAATGCTTTTATCTTCA
83130 CATTTCTTAA
Statistics
Matches: 576, Mismatches: 88, Indels: 13
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
685 180 0.31
686 338 0.59
687 58 0.10
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (685 bp):
ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAGAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
CTATAGAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATCAGAGGCTACAAATAGACTTTT
CTTGCCAACAAATGCATTTTTCTTCAAGTCTCTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAA
CCAAAAATGCAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGT
AATAAGGCTTTTGAAGGAATACGAAACTATAAACGGACTTTTCTTACCAATGAATCCTTTTTCTT
CACGTTTCTCAAGAAGAACATTCAATTATAATCTGTTTCAATAAAAAATGTAAAAAGAATTCAAA
CTAAAATCAATTTGGAAATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAAACCTTTGAAGGAATAGAA
AACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTCTTTCTTCACATTTCTCAAGGAAAACATTC
AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTCTAA
AACCATTTAAAACGAGTAAAAAGACTTTTGAACGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
AATGAATGCTTTTATCTTCATGTTTCTCGAGGCAG
Found at i:83562 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 83285--83658 Score: 413
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 172
83275 TTTAGAGGTA
* * ** * *
83285 AACATTCAATTATTGTCTGTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATT
1 AACATTGAATTATAGTCTG-TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATT
* * * *
83350 AAATTATAAAACTATTTAAAACTTGTAATAAGGCTATTGAAGGAAT-GGAAGGCTACAAACGGAC
65 AAATCATAAAACCATTTAAAACTAGTAATAAGGCTATTGAAGGAATGGGAA-CCTACAAACGGAC
* * *
83414 TTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTTTCATGTTTCT-AAAG-ACG
129 TTTCCTTACCAATGAATACTTTTTCTTCATATTTCTCAAAGTA-G
* * * *
83457 AACATTGAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAGATTCAACCTAAAATCGATTA-TA
1 AACATTGAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATTA
* * * *
83520 AGATCATAAAACCATTTAAAA-TGAGTAGA-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGAACCTATATATGGA
66 A-ATCATAAAACCATTTAAAACT-AGTA-ATAAGGCTATTGAAGGAATGGGAACCTACAAACGGA
* * * *
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83659 ATATNNNNNN
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AATCATAAAACCATTTAAAACTAGTAATAAGGCTATTGAAGGAATGGGAACCTACAAACGGACTT
TCCTTACCAATGAATACTTTTTCTTCATATTTCTCAAAGTAG
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83276 TTAGAGGTAA
* * *
83286 ACATTCAATTATTGTCTGTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCT-ACTTAAAATCAATTATT
1 ACATTCAATTATAGTCTG-TTTTAATCAAAAATGT-AAAAAAATT-TAACTTAAAATCAATTATG
* * * ** * * * *
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* * * *
83414 TTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTTTCATGTTTC-TAAAG-ACG
125 TTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAAGTA-G
* * * * * * * *
83457 AACATTGAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAGATTCAACCTAAAATCGATTATAAG
1 -ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
83522 ATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAGAAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAACCTATATATGGACTTT
65 ATCATAAAACCATTTAAAACGAGTA-AAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAAACTATA-ATGGACTTT
* *
83587 TCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTGATATTT-TTCAAAGTAG
128 TCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAAGTAG
* * * ********** *
83628 ACATTGAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAATATNNNNNNNNNNAACTTAAAATCACTTATGAG
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-CAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
** * * * * **********
83693 ATCATAAAACCATTTAAAATAAGTAACACGGCATTTGAAGGAATGAGAGATTATNNNNNNNNNNC
65 ATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAA-AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAAACTAT-AATGGACTTT
*
83758 TCTTACCAATGAATGCTTCTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAG
128 TCTTACCAATGAATGCTT-TTTCTTCATGTTTCTTAAAGTAG
*
83800 ACATTCAATTATAGTCTGTTTT-ATCAACAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAA-AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
83864 ATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAAAATGACTTTTGAAGTAATGAGAAACTATAAGTGGACTTT
65 ATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAA-GGCTTTTGAAGGAATGAGAAACTATAA-TGGACTTT
*
83929 TCTTGCCAATGAATGCTT
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83947 AAACATTCAA
Statistics
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TACCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAAGTAG
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* * * **
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* * * * *
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* *
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*** * ** ** *
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1 T-------CATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCT-TGCAAAGAAATGAAAAACTATATAT
* * * *
84415 GGACTTCGCTTACCAAAGAATGCTTCTTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGATATTTAATTATAGTC
58 AGACTTCGCTTACCAAAGAATGCTTCTTTCTTCAAGCTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTC
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123 TGATTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
84519 NNNNNNNNNN
Statistics
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CTTACCAAAGAATGCTTCTTTCTTCAAGCTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGATTTAA
TCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCACT
Found at i:84566 original size:170 final size:159
Alignment explanation
Indices: 84187--84684 Score: 385
Period size: 170 Copynumber: 3.0 Consensus size: 159
84177 AATTATGAGA
* *** * * * *
84187 TCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTGCGAAGGAATGAAAAACTATATATAGACTTTT
1 TCATAAAACTATTTAAAATGAGT-AAAACGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATATATGGAC-TTG
* * * * *
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*
84317 TGAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCACT
128 -CAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCACT
*** * * * *
84351 TNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAATGAGTAAAACGGTATTTAAAGAAATGGGAGACTATATATG
1 T-------CATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAACGCT-TTTAAAGGAATGAGAGACTATATATG
* *
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**
84481 GATTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCANNNNNNNNN
121 GATTTAACAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA-------CT
*
84528 NCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAACGACTTTTAAAGGAATGAGAGACTATA-AGTGGACTTG
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* * * *
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* *
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84685 TTCAATTATG
Statistics
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TCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAACGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATATATGGACTTGCT
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AAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCACT
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Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
86985 NNNNNNNNNN
* * *
86995 AAAATGTACAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATCATAAAGCTATTTAAAACAAGTAAAA
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* ** *
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66 AGGCTTTTGAAGGAATGAGAAACTACAACTGGACTTTTCTTACCAATGAAAGCCTTTTCTTCACA
* ***
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131 TTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAA
********* * ** *
87165 NNNNNNNNNAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATCAAA-CAATTTAAAATGAGTAGA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCAT-AAAGCAATTTAAAACAAGTAAA
* * *
87229 GAGGCTTTTGAAGGAATGAGAAACTATATA-TGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTCTTCA
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* * ** * * *
87293 TATTTTTCTTGATAGATATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAA
129 CATTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAA
*
87335 AAAATGTAAAAAAATTCATCTTAAA
1 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
87360 TTCANNNNNN
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 43, Indels: 4
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TTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAA
Found at i:90025 original size:171 final size:165
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Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 165
89550 NNNNNNNNNN
* * **
89560 TACTCG-TTATAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTGTTTACATTTTT
1 TACTCGCTT-TAAATAATTCTATAATCCCATAATTGAATTTAAGTTGAA-TTT-TTTACATTTTT
* * * * *
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* * *
89688 CAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTC-CGATTCCTTCAAAAACGTTAT
124 CAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCTCTC-ATTCCTTC-AAAA-GTAAT
** * *
89733 TACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGAATTTAGGTTGAATTTATTTACATTTTTTG
1 TACTCGCTTTAAATAATTCTATAATCCCATAATTGAATTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTTG
* * * * * **********
89798 TTAAAATAGAATATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAGGGTNNNNNNNNNNGCATTCATTGGCAAG
65 TAAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAA--ATTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAG
89863 AAAAGTCCACTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCAATT
128 AAAAGTCCA-TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGT-AA-T
* * * * * * *
89904 TACTTGTTTTAAATAATTTTATGATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTG
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* *
89969 TAAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAATATGAAGAAAGAAGCATTCATTGGTAAG
65 TAAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCGAGAAAT-TGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAG
* * *
90034 AAAAGCCCATATATAGT-TTTCCATTCCTTCGAAAG
128 AAAAGTCCAT-TATAGTCTCT-CATTCCTTCAAAAG
90069 CCTTTTTACT
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 60, Indels: 26
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
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Consensus pattern (165 bp):
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AGTCCATTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTAAT
Found at i:92654 original size:171 final size:169
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Period size: 171 Copynumber: 20.0 Consensus size: 169
92245 NNNNNNNNGT
* *
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* * * * *
92318 TAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTT-TA-TATTTAGTTAAAACA
63 TAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACA
* * * * * *
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* * * **
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1 ATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCATTT
* * * * *
92487 TAAATACTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAG
63 TAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAG
* * *
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* * ** *
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1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CCTTTTACTCATTTTA
* * * *
92660 AATGGTTTTATGATCTCATAATTGATGTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAC
65 AATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAC
* ** * *
92724 TATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGATGAAAGAAAC
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* * * *
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1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT-CATTCCTTCAAAAGCC-TTTTACTCATTTT
*** *
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* ** * *
92893 ACTATAATTGAATGTCTACCAAC-AGAAACATAAAGAAAAAAC
128 ACTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAATGTGAAGAAAAAGC
* * * * **
92935 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTTTCCCATTCCTTTGAAAGCCTTTCTACTCATTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTT-TACTCATTTTA
* ** * *
93000 AATAGTATTATGATCTCATAATTGATTTTGGGTTCAATCTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAC
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* * * *
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130 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-TGTGAAG-AAAAAGC
* * * * *
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1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCATTTTA
* * * * * * *
93171 ATTAATTTTATAATCTAATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAATAG
65 AATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTATT-AAAACAG
* * *
93236 A-TAATAATTGAATGTTTAACTCCAGAAACT-TGAAGAAAAATGC
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* * * * ***
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1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCATTTTA
* * * * *
93344 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGAA
65 AATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAC
* * *
93409 TATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAGTGTGAAGATAAAAGC
130 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGA-AAAAGC
* * *
93450 ATTCATTGGCAAGAAGAGTCCACTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCGTTTTACT-AGTTTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CCTTTTACTCA-TTTT
* * *
93514 AAAT-GATTTTATGATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTT-CATTTTTTGTTAAAATA
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*
93577 GACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAGAAGC
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* * * * *
93621 ATTCATTGGTAAGAGAAGTCCATATATAGTCTCTCATTCCTTCAAATGCCGTTTTGCTCATTTTA
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* *
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* * * * * *
93750 CTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGACACGGGAAGAAAAAAGC
129 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAG-AAAAAGC
* * * *
93792 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATTCCTTCAAATGCCGTTTTACTCATTTTA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCC-TTTTACTCATTTTA
* * * *
93857 AAT-GGTTTATGATCTCATAAGTG--TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATT-AAACAGAC
65 AATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAC
* ** *
93918 TGTAA-TGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAGAAAAAGA
130 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTG-AAGAAAAAGC
* * * * * *
93958 ATTCATTGGTAGGAAAAGTCCTATATATAGT-TTTCCATTCCTTCGAAAGCCTTTTTACGCATTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCTCT-CATTCCTTCAAAAGCC-TTTTACTCATTT
** * * * *
94022 TAAAT-GATTTTATGATCTCATTCTTGATTTTAGGTTGAATCTTTTTAAATTTTTTATTGAAACA
63 TAAATAG-TTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACA
* * ***
94086 GACTATAATTGAATATTTACCTCTCTAAACT-TGAAGAAAAATGC
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* * * * * * * * *
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1 ATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGC-CTTTTACTCATTTT
* * * ************ *
94194 AAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTNNNNNNNNNNCCTTATAACAGA
64 AAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA
* ** *
94259 CTATAATTGAATGTCTATCTCGAGAAACAT--AGAAACATTATC
129 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAA-A--AGC
* * *
94301 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTTTCACTCATTTCA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTTT-ACTCATTTTA
* * * * * * * *
94366 AATGGCTTTATGATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATTTTTGTATATTTTTCATTCAAATAGAC
65 AATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAC
* *
94431 TATAATTGAATGTCTACGTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGC
130 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAG-AAAAAGC
* * * * * * * * * * *
94472 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATATATTGTCTCCCATTCCTTTAAAGGCTTTATTACTAACTTCA
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCATTTTA
** * * * * * * *
94537 AACGGTTTTATAATCTC-TAAATTGATTTTAATTTGAATTCGTTTTACATTTTTCACTGAAATAG
65 AATAGTTTTATGATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTATTAAAACAG
* ** * * *
94601 ACTATAATTGTATGTCTTTCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAAGT
128 ACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAG-AAAAAGC
* * * * * * *
94644 ATTCATTGGCAAGGAATGTTCGTTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTA
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* * *
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* * * * * *
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* * * * **
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1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCATTTT
* * * *
94878 AAATGGTTCTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA
64 AAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA
* * *
94943 CTATAAATGAATGTCTGCCTCGAGAAGTGTGAAGATAAAAGC
129 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGA-AAAAGC
* * * * * *
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1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CCTTTTACTCATTTTA
* * *
95050 AAT-GATTTTATGATCTCATTATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA
65 AATAG-TTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA
** ** **
95114 CTATAATTGAATGTCTGGCTTAAGAAACT-TGAAGAAAGAATT
129 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-TGTGAAGAAA-AAGC
* * * * * *
95156 ATTCATTGGTAAGAGAAGTACATATATAGTCT-TACATTCCTTCAAATGCAGTTTTACTCATTTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT-CATTCCTTCAAAAGC-CTTTTACTCATTTT
* ** * *
95220 AAATGGTTTTATGATCTCATACCTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA
64 AAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA
**
95285 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGC
129 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGC
* * * * * * * *
95326 ATTCATAGGTAAGAAAAGTCTATATATAGGT-TCTTATTCGTTCGAAAGCCATTCTACTCATTTT
1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCTCTCATTCCTTCAAAAGCC-TTTTACTCATTTT
* * * * * * *
95390 AAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATCTTTTTACATATTTCAATGAAACAGA
64 AAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA
* *** * ** *
95455 CTATAATTGACTGTCCGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGT
129 CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAG-AAAAAGC
* * *
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1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCATTTTA
* * * ** *
95562 AATAGTTTTATAATCTAATAATTCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAATA
65 AATAGTTTTATGATCTCATAATT-GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTATT-AAAACA
* * *
95627 GACAATAATT-AATTGTCTACCTTGAGAAGTGTGAA
127 GACTATAATTGAA-TGTCTACCTCGAGAAATGTGAA
95662 NNNNNNNNNN
Statistics
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ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTACTCATTTTAA
ATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACT
ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGC
Found at i:95114 original size:855 final size:852
Alignment explanation
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92245 NNNNNNNNGT
* *
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1 ATTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCTCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTT
* * *
92319 AAATAGTTTTATAATCTAATAATT-AATTTTAAGTT-AATTTTTTT-TA-TATTTAGTTAAAACA
64 AAATAATTTTATAATCTAATAATTGAA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACA
* * * *
92380 GATAATAATTGAATGTTTACCGCTAGAAACTTAAAGAGAAATGTATT-AGTTGGCAAGAAAAGTC
127 GATAATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTC
*
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* * *
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254 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCC
* *
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* * *
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384 CAAAAGTCG-TTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* *
92701 TTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGATGAAAGAAA-C
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*
92765 ATTCATTGGTAAGAGAAGTCCATATATAGTCT-TACATTCCTTCAAATGCCGTTTTACTCATTTT
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* *** * *
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** ** * * *
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* ** * * *
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* ** * * * * * * * *
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* *
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* * * *
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1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTA
* * *
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* * *
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* * * *
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* *
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** *
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* * *
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** * * *
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* * *
93625 ATTGGTAAGAGAAGTCCATATATAGTCTCTCATTCCTTCAAATGCCGTTTTGCTCATTTTAAATA
516 ATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCATTCCTTCAAATGCCGTTTTACTCATTTTAAATG
* * *
93690 ATTTTATGATCTCATAAGTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAGACTATA
581 GTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATA
* * * ** *
93755 ATTGAATGT-TTGCCTCAAGACACGGGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATAT
646 ATTGAATGTCTTTCTTCAA-AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATAT
* * * * * *
93819 AGTCTCCCATTCCTTCAAATGCCGTTTTACTCATTTTAAAT-GGTTTATGATCTCATAAGT--GT
710 AGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCC-TTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATT
* ** *
93881 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCA-TT-AAACAGACTGTAA-TGAATGTCTACCTCGAGAAA
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*
93943 CATGAAAGAAAAAGA
839 C-TTAAAGAAAAAGA
* * * * * * * *
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1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAG-TCTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTT
* * * ** * * * * *
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64 AAATAATTTTATAATCTAATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA
* ** * * *
94088 CT-ATAATTGAATATTTACCTCTCTAAACTTGAAGAAAAATGCGTTCGTTTGCACA-AAAAGTCT
129 -TAATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCT
* * * * *** *
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*********** * ** *
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* * ** * * * *
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* * * *
94345 AAAG-CCTTTTCACTCATTTCAAATGGCTTTATGATCTCATAATTGATATTAAGTTGAATTTTTG
386 AAAGTCGTTTT-ACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-
* * * * * **
94409 TATATTTTTCATTCAAATAGACTATAATTGAATGTCTACGTCAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCAT
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* * * * * * * * *
94474 TCATTGGTAAGAAAAGTCTATATATTGTCTCCCATTCCTTTAAA-GGCTTTATTACTAACTTCAA
514 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCATTCCTTCAAATGCCGTT-TTACTCATTTTAA
* * * * * * *
94538 ACGGTTTTATAATCTC-TAAATTGATTTTAATTTGAATTCGTTTTACATTTTTCACTGAAATAGA
578 ATGGTTTTATGATCTCAT-AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA
* * ** * * * * *
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641 CTATAATTGAATGTCTTTCTTCAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
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706 ATATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATT
* * *
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770 AATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTACCTCGA
*
94795 GAAACTTAAAGAAAAATGC
835 GAAACTTAAAGAAAAA-GA
* * * * *
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1 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTA
** * *
94879 AATGGTTCTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAC
65 AATAATTTTATAATCTAATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA-
* * * * * * *
94944 T-ATAAATGAATGTCTGCCTCGAG-AAGTGTGAAGATAAAA-GCATTCATTGGTAAGAAAACTCT
129 TAATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACT-TGAAGA-AAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT
* * * * * * *
95006 ACTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCGTT-TTACTCGTTTTAAATGATTTTATGATCTCATT
192 ATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTCTATAATCTCATA
* * *
95070 ATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGGCTT
256 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * ** * * *
95135 AAGAAACTTGAAGA-AAGAATTATTCATTGGTAAGAGAAGTACA-TATATAGTCT-TACATTCCT
321 GAGAAACGTGAAGATAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACT-TATAGTCTCT-CATTCCT
* **
95197 TCAAATG-CAGTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATACCTGATTTTAAGTTGAATTC
383 TCAAAAGTC-GTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-
95261 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAG-AAAAAG
446 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAG
* * * * * *
95325 CATTCATAGGTAAGAAAAGTCTATATATAGGT-TCTTATTCGTTCGAAA-GCCATTCTACTCATT
511 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATA-GTCTCTCATTCCTTC-AAATGCCGTTTTACTCATT
* * * * *
95388 TTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATCTTTTTACATATTTCAATGAAACA
574 TTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACA
* ** * * *
95453 GACTATAATTGACTGTCCGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
639 GACTATAATTGAATGTCTTTCTTCAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * *
95518 GTTTATTGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAA
704 ATATATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAA
** * * *
95583 TTCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAATAGACAATAATTAATTGTCTACC
768 TT-AATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCATTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTACC
*
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831 TCGAGAA
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ATAATTTTATAATCTAATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATA
ATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
ATAGCCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTCTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAA
ACGTGAAGATAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGT
CGTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTT
TTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGG
TAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCATTCCTTCAAATGCCGTTTTACTCATTTTAAATGGTTTT
ATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
ATGTCTTTCTTCAAAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCTC
CCATTCCTTCAAAAGCCTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTT
GAATTTTTTTACATTTTTCATTTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACTTAAAG
AAAAAGA
Found at i:96318 original size:172 final size:171
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* * * * *
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* * **
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* ** * * * *
96080 AATTTTTATGTATTTTTCATTAAAACAAATTATAATTGAATGTC-TACCTCAAGAAACATGAAGA
1 AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTTCCTCAAGAAACGTGAAGA
** * *
96144 AAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTATATATATAGTCTCCCATTCCCTT-AAAGGCTTTGTTAC
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** * * *
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* * * * * *
96251 AATTTGTTTTGCATTTTTCATTGAAATAGACTATAATTGAATGTCTTTCTTGAA-AAATGTGAAG
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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Statistics
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*
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* * * ** *
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** * * * * **
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* ** *
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* * * * **
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****** * * *
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* * * *
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* * * * ** * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * * **
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* * * *
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* *
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* * *
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* ** ** *
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Statistics
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*** * * * *
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*
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* *
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* * * **** **** * * * * *
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** * * * ** * ** ** ***
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****** *
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319 AAAAAATTCA----ACTT-A---A-A-A
* *
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* * * * * * * * *** * * *
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* ** *
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** * * *
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* * ** * ** *
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* * * * ** *
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* *
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* ** * * *
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* * *
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* * * ********** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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*
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* * * *
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** * * * *** * ****
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* * * * *
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* * * *
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* * * **
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*
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* * * * * ** * * * *
101426 ATATATGAACTTTCCATACCAAGGAATGCTTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGTTAGACATTCAATT
63 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTT-CTTCATATTTCTTAAGGTAAACATTCAATT
* * *
101491 ATAGTCTATTTTAAT-GAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATATCAATTATGAGATCATAAAACC
127 ATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACC
* * * * * * *
101555 ATTTAAAATGAGTAAAAAGG-TTTTGAAAGAATGAAAGACTTTATATAGACTTCTCTTATCAATG
191 ATTTAAAACGAGT-AAAAGGCTTTTGAAGGAATG-GAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATG
* ** * * **
101619 AATACTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT
254 AATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT
*
101684 AAAAAAATTTAACTTAAAA
318 AAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
101703 TCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAAAATGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAAG-CTTTTGAAGGAATGAGAGACTAT
** * * * * * * *
101768 AAGGGGACTTTTCTTACCAATAAATGCTTTTATCCTCACATTTATCAAGGCAGACATTCAATTAT
65 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTT-TCTTCATATTTCTTAAGGTAAACATTCAATTAT
* * * * *
101833 AGTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACTAT
129 AGTCTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCAT
* * * ** * *
101898 TTAAAATGAGTAAAACGACATTTGAAGGAATGGGAGACTATATGTGGACTTTTCTTACCAATGGA
193 TTAAAACGAGTAAAA-GGCTTTTGAAGGAAT-GGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAA
**
101963 TGCTTCTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAG-CTGTTTTAATGAAAAATGTAA
256 TGCTT-TTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAA
102027 AAAAATTCAACTTAAAAA
320 AAAAATTCAACTT-AAAA
* * *
102045 TCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAACGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAAG-CTTTTGAAGGAATGAGAGACTAT
* ** * * * * *
102110 AAGTGGACTTTT-TTGGTCAATGAATTCTTTTATCTTCACATTTCTCAAGGCAAACATCCAATTA
65 AAATGGACTTTTCTT-ACCAATGAATGCTTTT-TCTTCATATTTCTTAAGGTAAACATTCAATTA
* ********** * * *
102174 TAGTCTGTTTTAACAAAAAATANNNNNNNNNNCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAGAACCA
128 TAGTCTGTTTTAATAAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCA
* *** * ***********
102239 CTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCGGAGGCTATAAATAGACTTNNNNNNNNNNCGA
192 TTTAAAACGAGTAA-AAGGCTTTTGAAGGAAT-GGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGA
* * * **
102304 ATGCATTTTTCTTCAAGTTTTTGGAGGTAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTTAACCCAAAATG
255 ATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTA-TAGTCTG-TTTTAACAAAAAATG
102368 TAAAAAAAAATTCAACTTAAAA
317 T--AAAAAAATTCAACTTAAAA
* * ********** *
102390 TCAATTATTATATTATAAAACNNNNNNNNNNGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAA-AAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTAT
* * * * * *** *
102455 AAACGGA-TTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTGAAGACGAACATTTAATTA
65 AAATGGACTTTT-CTTACCAATGAATGC-TTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAAACATTCAATTA
*
102519 TAGTTTGTT
128 TAGTCTGTT
102528 CAAAGAAAAA
Statistics
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TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATA
AATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAG
TCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTA
AAACGAGTAAAAGGCTTTTGAAGGAATGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTT
TTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
TCAACTTAAAA
Found at i:98134 original size:685 final size:682
Alignment explanation
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Period size: 685 Copynumber: 3.1 Consensus size: 682
96797 TGAGGTAGAC
* * *
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* * * **
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* * * * *
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129 TCAATTATAGTCTATTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACCCAAAATCAACTATGAGATCAT
*
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* *
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259 CCAATGAATGCTTCTTTCTTCATGTTTCTCAACGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAA
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324 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACATTGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAC
* * * * *
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389 AACTATTCAAGGAATGAGAAACTATAAGTGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTTTTATCTTCACA
*
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454 CTTCTTAAGGCAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAA
* * * * * *
97326 ATCAATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCGGAGGCTA
519 ATCAATAATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATCGGAGACTA
** ** * *
97391 TAAATAAACTTTTCTTGCAAACGAATGCATTTTTCTTCAAGTTTCTGGAGGTAAACATTCAATTA
584 TAAATAAACTTTTCTTGCAAACGAATGCATTTTTCTTCAACCTTCTCAAAGCAAACATTCAATTA
*
97456 TTA-TCTAT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATT-A
649 -TAGT-T-TGTTTTAACAAAAAATGT--AAAAAAATTCA
* ** *
97492 ACTTAAATTCAATTATTAGATTATAAATTTATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
1 ACTTAAATTCAATTATGAGATTATAAA-CCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * **
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*
97621 TTCAATTATAGTCTATTTCAATGAAAAATGTAAAAAGATTCAACCCAAAATCAACTATGAGATCA
128 TTCAATTATAGTCTATTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACCCAAAATCAACTATGAGATCA
**
97686 TAAAACCATTTAAAATGAGTAGAAAGGCTTTCGAAGGAATGGGAAACTATATATAGACTTTTCTT
193 TAAAACCATTTAAAATGAGTAGAAAGGCTTTCGAAGGAATGAAAAACTATATATAGACTTTTCTT
* * ***
97751 ACCAATGAATGCTT-TTTCTTCATGTTTCTCAACGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATNN
258 ACCAATGAATGCTTCTTTCTTCATGTTTCTCAACGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAA
******** * * * * *
97815 NNNNNNNNAAAAAATTTAACTTAAAATC-ACTTATGAGATCATAAAATTATTTGACATGAGTAAA
323 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACAT-TGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAA
** *
97879 ACTGC-ATTCGAAGGAATGTA-AAACTATATA-TGGACTTCTCTTACCAATGAATG-TTTCTTTC
387 ACAACTATTC-AAGGAATG-AGAAACTATA-AGTGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTTT-TATC
* * * *
97940 TTCATATTTCTTTAGGCAGATATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTTAAAA-AATTCA
448 TTCACACTTCTTAAGGCAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATG-TAAAACAATTCA
********** * *
98004 ACTNNNNNNNNNNAATGAGATCATAAAATCATTTAAAATGAGTAA-AACGACTTTTGAAGGAAT-
512 ACTTAAAATCAATAATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAA-GACTTTTGAAGGAATC
** * * * *
98067 GAGAGACTATAGGTAGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTATCTTCACCCTTCTCAAAGCAAA
576 G-GAGACTATAAATAAACTTTTCTTGCAAACGAATGCATTTT-TCTTCAACCTTCTCAAAGCAAA
98131 CATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA
639 CATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* *
98175 ACTTAAATTCAATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGAATCG
1 ACTTAAATTCAATTATGAGATTATA-AACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-G
** * ** ** * * * * * *
98239 AG-G-CT-TAAATAGACTT-TTTTTGCAAACAAATGCATTTT-CTTTAAGTTTCTGACG-TAAAC
64 AGAGACTATAAACGGACTTCTCTTACCAAGGAAA--CTTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGACAAAC
* * * * * ** * * *
98298 ATTTAATTATTGTC-AGTTTTTAAT-AAATAA---ATAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATTAG
127 ATTCAATTATAGTCTA--TTTCAATGAAA-AATGTAAAAAAATTCAACCCAAAATCAACTATGAG
* ** * ** * * **
98358 CATTA-AAAACCTATTTAAAACAAGTA-ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAACGGAC
189 -ATCATAAAACC-ATTTAAAATGAGTAGA-AAGGCTTTCGAAGGAATGAAAAACTATATATAGAC
* * * ** * * *
98421 TTTCCTTGCCAATGAATACTT-TTTCTTCACATTTTTCAA-GAAAGACATTCAATTATAGTCTAT
251 TTTTCTTACCAATGAATGCTTCTTTCTTCATGTTTCTCAACGCAA-ACATTCAATTATAGTCTGT
* ** * * * * *
98484 TTCAGTAAAAAATGTAAAACGAATTCAAATTAAAATCAA-TTTGGAGATTATAAAA-TCGTTTAA
315 TTTAACAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAACATT-GAGATCATAAAACT-ATTTAA
* * * * * * * * * *
98547 AGTGAGTAATAA-AGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATATA-TAGAGTTTTCTTACCAATGAATA
377 AATGAGTAA-AACAACTATTCAAGGAATGAGAAACTATA-AGTGGACTTCTCTTACCAATGAATG
* * * * * * * * * **
98610 CTTGTT-TCTTCATATTTGTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTGAATGAAAAATGTACA
440 CTT-TTATCTTCACACTTCTTAAGGCAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTA-A
* * * *
98674 AA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAGCCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTG
503 AACAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTG
** ** * * * * *** *
98738 AAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGC-TTATTTTTTCATGTTTCTCG
568 AAGGAATCGGAGACTATAAATAAACTTTTCTTGCAAACGAATGCATT-TTTCTTCAACCTTCTCA
* * * * * ** ** *
98802 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTATAAGGAACCATATAAAAAAATTCA
632 AAGCAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * *
98853 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTT
1 ACTTAAATTCAATTATGAGATTATA-AACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTT
98908 AGAGAGGTAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (682 bp):
ACTTAAATTCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
AGACTATAAACGGACTTCTCTTACCAAGGAAACTTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGACAAACATTC
AATTATAGTCTATTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACCCAAAATCAACTATGAGATCATAA
AACCATTTAAAATGAGTAGAAAGGCTTTCGAAGGAATGAAAAACTATATATAGACTTTTCTTACC
AATGAATGCTTCTTTCTTCATGTTTCTCAACGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAA
ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAACATTGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAACAA
CTATTCAAGGAATGAGAAACTATAAGTGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTTTTATCTTCACACT
TCTTAAGGCAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAAT
CAATAATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATCGGAGACTATA
AATAAACTTTTCTTGCAAACGAATGCATTTTTCTTCAACCTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATA
GTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCA
Found at i:98996 original size:110 final size:110
Alignment explanation
Indices: 98801--99016 Score: 265
Period size: 110 Copynumber: 2.0 Consensus size: 110
98791 CATGTTTCTC
* * ** *
98801 GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTATAAGGAACCATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
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* * *
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* * * *
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1 GAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTAT-AAGAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAA
* * *
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65 TTA-TGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTT
99017 AGAAGGAATG
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 15, Indels: 4
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
109 3 0.03
110 86 0.97
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.14, T:0.29
Consensus pattern (110 bp):
GAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTATAAGAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAAT
TATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTAGA
Found at i:99133 original size:281 final size:281
Alignment explanation
Indices: 98630--99170 Score: 777
Period size: 281 Copynumber: 1.9 Consensus size: 281
98620 CATATTTGTT
* * *
98630 GAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTGAATGAAAAATGTACAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 GAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTCAATAAAAAATGTACAAAAATTCAACCTAAAATCAAT
* * *
98695 TATGAGATCATAAAGCCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATG
66 TATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTAGAAGGAATAAGAGACTATAAATA
98760 GACTTTTCTTACCAATGAATGCTTATTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
131 GACTTTTCTTACCAATGAATGCTTATTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* ** * * *
98825 GTTATAAGGAACCATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACCATTTAAA
196 GTTATAAGAAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAA
98890 GCGAGTAAAAAGGCTTTTAGA
261 GCGAGTAAAAAGGCTTTTAGA
* *
98911 GAGGTAAACATTGAATTATAGTCTGTTTCAATAAAAAATGTA-AAAAGATTCAACCTAAAATCAA
1 GAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTCAATAAAAAATGTACAAAA-ATTCAACCTAAAATCAA
* * *
98975 -TACTGAGATCATAAAATCATTTAAAATGCGTAAAAAGGCTTTAGAAGGAATGGAA-A-ACTATA
65 TTA-TGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTAGAAGGAAT--AAGAGACTATA
* * * *
99037 TATAGACTTTTCTTACTAATGAATTCTT-TTTTCTTCATGTTTCTCGATGTAGACATTCAATTAT
127 AATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTATTTT-TTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTAT
* * * *
99101 AGTCTGTTGTAATAAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCACTTATGAGATCATAAAACCAT
191 AGTCTGTTATAAGAAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCAT
99166 TTAAA
256 TTAAA
99171 ATGTGTAAAA
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 25, Indels: 10
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
280 10 0.04
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282 1 0.00
283 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (281 bp):
GAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTCAATAAAAAATGTACAAAAATTCAACCTAAAATCAAT
TATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTAGAAGGAATAAGAGACTATAAATA
GACTTTTCTTACCAATGAATGCTTATTTTTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
GTTATAAGAAAAAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAA
GCGAGTAAAAAGGCTTTTAGA
Found at i:99209 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 98911--102194 Score: 3253
Period size: 171 Copynumber: 19.2 Consensus size: 171
98901 GGCTTTTAGA
* * * * *
98911 GAGGTAAACATTGAATTATAGTCTGTTTCAATAAAAAATGTAAAAAGATTCAACCTAAAATCAA-
1 GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
98975 TACTGAGATCATAAAA-TCATTTAAAATGCGTAAAAAGGCTTTAGAAGGAATG-GAAAACTATAT
66 TA-TGAGATTATAAAACT-ATTTAAAATGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATGAG-AGACTATAT
* * * *
99038 ATAGACTTTTCTTACTAATGAATTCTTTTTTCTTCATGTTTCTC
128 ATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * *
99082 GATGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTGTAATAAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATCACT
1 GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
99147 TATGAGATCATAAAACCATTTAAAATGTGTAAAATGACATTTGAAGGAAT-AAAGGACTATATAT
66 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATGAGA-GACTATATAT
* * * * * *
99211 GGACTTCTCTTACCAATAAATACTTCTTTCTTCACGTGTCTT
130 GGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * * * * * *
99253 GAGGCAGATACTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAATATTCAATTTAAAATCACT
1 GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
99318 TATGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAACGACATTTGAAGGAATGAGAAACTATATATG
66 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATATG
* *
99383 GACTTCTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTC
131 GACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC
* *
99424 GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
99489 TATGAGATAATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAATGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATA-AGT
66 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATA-T
** * * *
99553 GGACTTTTCTTGTCAATGAATGATTTTATCTTCACATTTCTC
130 GGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * *
99595 AAGGGAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAGCAAT
1 GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * ** * * * * *
99660 TATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATCG-GAGGCTATAAAT
66 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAAT-GAGAGACTATATAT
* * * * * * *
99724 AGACTTTTCCTACCAACGAATGCATTTTTCTTTAAGTTTCTT
130 GGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * * * *
99766 GAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATATATAAAAAAATTGAACTTAAAATTA
1 GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * *
99831 ATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAA
64 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATA
* * ** * * * *
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129 TGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC
** * * * * * *
99938 GAAGAAAGATAGTCAATTATAGTCTGTTTCT-ATGACAAATGTAAAACGAATTCAAGTTAAAATC
1 G-AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT-TAATAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATC
* * * * *
100002 AATT-TGAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAAG-CCTTTAAAGGAATGAGAGACCAT
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* *
100065 ATATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTT
126 ATATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * * *******
100111 GAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAANNNNNNN
1 GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
*** * ** * * * * *
100176 NNNGAGATTATAGAACTATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATA
66 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATATG
* * * * *
100241 GACTATTCTTTCCAACGAATG-TATTTTTCTTCAAGTTTCTG
131 GACTTTTCTTACCAATGAATGCT-TTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * * ** * *
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1 GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * *
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64 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATA
** * * * *
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* *** * * * * *
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* * * *
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65 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATAT
* *
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130 GGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * *
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1 GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
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* * * *
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130 GGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * *
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1 GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
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66 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATATG
* * * *
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* * * * * * * * *
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1 GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * *
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* * * *
101086 TAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-TATTTTTCTTCAAGTTTCTG
129 TGGACTTTTCTTACCAATGAATGCT-TTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * * * * *
101129 GAGGTAAATATCCAATTATTGTGTGTTTT--TAACCAAAATGTAAAAACAAATTCAACTTGAGAT
1 GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAA--AAAATGT-AAAA-AAATTCAACTTAAAAT
* * * *
101192 CAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATA
62 CAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATA
* ** * * *
101257 AACAGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTC
127 TATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC
* ** * * * *
101302 AAGACAGACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAACGAATTCAAATTAAAATCAA
1 GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAA
* * * *
101367 TT-TGGAGATTATAAAACTATTTAAAGTTAGTAATAAAG-CCTTTAAAGGAATG-GCAGACTATA
65 TTAT-GAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAA-AAAGACTTTTGAAGGAATGAG-AGACTATA
* * * * *
101429 TATGAACTTTCCATACCAAGGAATGCTTTTTGCTTCACGTTTC-C
127 TATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * *
101473 TGAGTTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAT-GAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATATCAA
1 -GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
101537 TTATGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAG-GTTTTGAAAGAATGAAAGACTTTATAT
65 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATAT
* * * * *
101601 AGACTTCTCTTATCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCTC
130 GGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * *
101643 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
1 GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
101708 TATTAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAAAATGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATA-AGG
66 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATA-T
* * * * *
101772 GGACTTTTCTTACCAATAAATGCTTTTATCCTCACATTTATC
130 GGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * * *
101814 AAGGCAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCATT
1 GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
101879 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAACGACATTTGAAGGAATGGGAGACTATATGTG
66 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATATG
* * *
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* *
101985 GAGGTAAACATTCAATTATAG-CTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATCAA
1 GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAA
* * * *
102049 TTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAACGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATA-AG
65 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATA-
** * * *
102113 TGGACTTTT-TTGGTCAATGAATTCTTTTATCTTCACATTTCTC
129 TGGACTTTTCTT-ACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * * *
102156 AAGGCAAACATCCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT
1 GAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAAT
102195 ANNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (171 bp):
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TATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATATG
GACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC
Found at i:100142 original size:516 final size:512
Alignment explanation
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Period size: 516 Copynumber: 7.1 Consensus size: 512
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * **
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99430 G
512 G
** *
99431 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
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* * * *
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66 TCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAG-CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATA-TAGACTTT
** * * * * *
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129 TCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTCAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * **
99624 AATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAGCAATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAG
193 AATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAG
* * *
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* * * *
99754 TTTAAGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATATATAAAAAAATTG
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* * * *
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* * *
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* * * * *
99946 ATAGTCAATTATAGTCTGTTTCT-ATGACAAATGTAAAACGAATTCAAGTTAAAATCAATT-TGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTT-TAATGAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATG-
* * * * * *
100009 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAAGCCTTTAAAGGAATGAGAGACCATATATGGACT
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* * * *
100074 TTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTT
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* ********** * * **
100139 TAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAGAACTATTTAAAGCGA
192 TAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGA
* * * * *
100204 GTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATAGACTATTCTTTCCAACGAATGTATTTTT
257 GT-AAAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTT
* * * * *
100269 CTTCAAGTTTCTGGAGGTAAATATCCAATTATTGTCTGTTTTTAACCAAAAATCTA-AAAAAAAT
319 CTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTG-TTTTAACCAAAAATATATAAAAAAAT
* * * * *
100333 TCAACTTACAATCAATTATTAGATTATAAAAGTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA
383 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * ** * **
100398 TGAGAGACTATAAACAGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCCCGTTTC-TCAAGACGG
448 TGAGAGACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGAAAG
* * * *
100462 ACATTCAATTATAGTCTGTTTCT-ATGAAAAATATAAAAAGATTCAACCTAAAATCAGTTATGAG
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTT-TAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
100526 ATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGAATGAGAAACTATATATAGACTTT
65 ATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAA-GCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATATAGACTTT
* * *
100591 TCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTC-TCTAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTT
129 TCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTC-AAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * * *
100655 AATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATC---------ACT-TAAAACTATTTAAAATGTG
193 AATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAG
* * * * * * *
100710 TAAAACGATATTTGAAGAAATGAGAGACTATATATGGACTTCTCTTACCAATGAATGCTTCTTTC
258 TAAAAGGCT-TTTGAAGGAATG-GAGGCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTT-TTTC
* * * **
100775 TTCACGTGTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTATTTTAA-TGAAAA-ATATAAAAAAATTC
320 TTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATATATAAAAAAATTC
* *
100838 AACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAA-AACGACTTTTGAAGGAAT
385 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGGAAT
* * * ** ** *
100902 GAGAGACTAT-AAGGTGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTATCTTCACATTTCTT-AAGGCAT
449 GAGAGACTATAAACG-GACTTTCCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGAAAG
* ** * * * *
100965 ACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGCAAAAAAAATCAACTTAATATTAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * *
101030 TTATAGAACCTTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGACGGAATCGA-AGGCTATAAATAGACTTT
66 TCATAAAACCATTTAAAATGAGTAA-AAAGCTTTTGAAGGAAT-GAGAGACTATATATAGACTTT
* * ** * * * * * *
101094 TCTTGCCAATGAATG-TATTTTTCTTCAAGTTTCTGGAGGTAAATATCCAATTATTGTGTGTTTT
129 TCTTACCAATGAATGCT-TTTTTCTTCACGTTTCTTCAAGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
* * * *
101158 --TAACCAAAATGTAAAAACAAATTCAACTTGAGATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAA
193 AATAA--AAAATGT-AAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA
* * * * *
101221 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAACAGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTT
254 TGAGTAA-AAGGCTTTTGAAGGAAT-GGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGC-TT
* ** ** * * ** * **
101286 TTTCTTCACGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTA-AAACGA
316 TTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATATATAAAAAA
* * * * * *
101350 ATTCAAATTAAAATCAATT-TGGAGATTATAAAACTATTTAAAGTTAGTAATAAAGCCTTTAAAG
381 ATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * * * * *
101414 GAATG-GCAGACTATATATGAACTTTCCATACCAAGGAATGCTTTTTGCTTCACGTTTCCTG-AG
445 GAATGAG-AGACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAG
**
101477 TTAG
509 AAAG
* *
101481 ACATTCAATTATAGTCTATTTTAATG-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAATATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * *
101545 TCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGTTTTGAAAGAATGAAAGACTTTATATAGACTTCTC
66 TCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATATAGACTTTTC
* * *
101610 TTATCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
131 TTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTCAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * * *
101674 TGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTA
195 TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTA
* * *** * *
101739 AAATGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAGGGGACTTTTCTTACCAATAAATGCTTTTATCCT
260 AAA-GGCTTTTGAAGGAATG-GAGGCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTT-TCTT
* ** * * * *
101804 CACA-TTTATCAAGGCAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-CAAAAA-ATGTAAAAAAATTCA
322 CA-AGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATATATAAAAAAATTCA
* * *
101866 ACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAA-AACGACATTTGAAGGAATG
386 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAA-GGCTTTTGAAGGAATG
* *** * * * * * * *
101930 GGAGACTATATGTGGACTTTTCTTACCAATGGATGCTTCTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAA-
450 AGAGACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGAAAG
101992 ACATTCAATTATAG-CTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAG
* * *
102056 ATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAACGACTTTTGAAGGAATGAGAGACTATA-AGTGGACTT
65 ATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAG-CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATA-TAGACTT
** * * * * * *
102120 TT-TTGGTCAATGAATTCTTTTATCTTCACATTTC-TCAAGGCAAACATCCAATTATAGTCTGTT
128 TTCTT-ACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTCAA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
* *********** * * * **
102183 TTAACAAAAAATANNNNNNNNNNCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAGAACCACTTAAGGTG
191 TTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATG
***********
102248 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCGGAGGCTATAAATAGACTTNNNNNNNNNNCGAATGCATTTT
256 AGTAA-AAGGCTTTTGAAGGAAT-GGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGC-TTTT
* * * * *
102313 TCTTCAAGTTT-TTGGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTTAACCCAAAATGTAAAAAAAA
318 TCTTCAAGTTTCTT-GAGGTAGACATTCAATTATTGTCTG-TTTTAACCAAAAATATATAAAAAA
* * **********
102377 ATTCAACTTAAAATCAATTATTATATTATAAAACNNNNNNNNNNGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
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* *
102442 AATGAGAGACTATAAACGGATTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTC-TGAAG-A
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*
102505 CG
511 AG
* * * *
102507 AACATTTAATTATAGTTTG-TTCAAAGAAAAATG-AAAAAA
1 -ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAA
102546 GATNNNNNNN
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TCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATATAGACTTTTC
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AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAA
AAGGCTTTTGAAGGAATGGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTCAAG
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AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAC
TATAAACGGACTTTCCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAGAAAG
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102864 NNNNNNNNNN
* ** * * * *
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1 AATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* ** * * *
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* * ** * *
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********** * * * * *
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1 AATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
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66 AACTATTTAAAACGAGTAATAA-GGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAA-TCGACTTTTCTTGC
* * * * *
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********* * * *
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1 AATTATAGTCTGTTTTAACGAAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 AATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
********** * * * *
103452 AAACTATTTAAAANNNNNNNNNNGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAACGGACTTTCCTTGC
65 AAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAATC-GACTTTTCTTGC
* ** * * *
103517 CAATAAATAATTTTTTCTTCACATTTTTTAAGAAGGACATTC
129 CAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTTAAGAA-AACATTC
* * * ** *
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1 AATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATTAT
* * * * *
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* * * * *
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* * ** * *
103730 AATTATAGTCTGCTTTAAGGAACCATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAG
1 AATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
*
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103806 GCNNNNNNNN
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AATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGACTATAATCGACTTTTCTTGCCA
ATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTTAAGAAAACATTC
Found at i:104869 original size:168 final size:169
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104216 TAAAACGACT
* * * * * * *
104226 TTTGAAGGAATGAGAGACTATA-AGTAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTATCTTCGCATTT
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* * *
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* * * * *** *
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* ********** * * * * * * ** *
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1 TTTGAAA-GAATGAGAAACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCTCA-CT
* * ** ****** *
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* * * * * * * *
104524 AAATACAATTATTAGATTATGAAACAATTTAAAACGAGTAATAACGC
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* * * * * *
104571 TTTTAAAGGAAT-AGGAGACTATAAACAGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCACATT
1 TTTGAAA-GAATGA-GAAACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCTCACT
** * * *
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*
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* * * *
104742 TTTCGAAAGAATGAAAAACTATATATAGAATTTTCTTAGCAAT-AA-A-TTTTTT-TT-TTACGT
1 TTT-GAAAGAATGAGAAACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCTCAC--
* * * *
104802 TTCTCGAGGTAAATATTCAATTAGAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCTACTCAAAA
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* * * *
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* * * *
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1 -TTTGAAAGAATGAGAAACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCTCACTT
* ********* *
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* * * *
105040 AATTATGAAATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAACGAC
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* * * *
105081 TTTTGAAAGAATGAGAAACTATA-AGTAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTATCTTCACATT
1 -TTTGAAAGAATGAGAAACTATATA-TAGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCTCACT
105145 TCTC
64 TCTC
105149 AAGGNNNNNN
Statistics
Matches: 581, Mismatches: 138, Indels: 67
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Matches are distributed among these distances:
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TCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGAAAAAAATTCAACTCAAAATCAA
TTATGAAATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGC
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Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
105243 NNNNNNNNNN
* * * * **
105253 ATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAATGAAGCATTCA
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* *
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105383 TTTGATGATCACATAAGT-GATTTTAANNNNNNNNNNTTTTAC
131 TTTGATGATCACATAA-TCGATTTTAA----------TTTTAC
* *
105425 ATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTTA
1 ATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA
* * ** * * *
105490 TTGGTAAGAAAAGTCTATATATAGTTTTTCATTCCTTCGGAA-GCCTTTTTACTCATTTTAAATG
66 TTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCACATTCCTTC-AAATGCCGTTTTACTCATTTTAAATA
* *
105554 GTTTTATGATCTCATAATCGATTTTA
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Statistics
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ATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA
TTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCACATTCCTTCAAATGCCGTTTTACTCATTTTAAATAG
TTTGATGATCACATAATCGATTTTAATTTTAC
Found at i:107559 original size:171 final size:170
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107208 NNNNNNNNNT
* * * * * *
107218 AAGGCTTTTGAAGGAATCAGGGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTTCA
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* * * * * * * * *
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* * *
107348 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAACATGAGTAAA
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* * * * *
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1 AAGGCTTTT-GAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTC
* * *
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65 A-ATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * *
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* * * * * * * * *
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1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCA
** * * *
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66 AT-T-TCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTG-TTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAATTCAAC
*
107691 TTAAAATCAATTATGAGATCATAAAA-TCATTTAAAACGAGTAAA
127 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAACGAGTAAA
* * * * * * *
107735 ATGACTTTTGAAGGAATTAGAGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTATCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCA
* * * * * *
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66 -ATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* ** * * *
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130 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAAA
* * * * * *
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1 AAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTC-TT
* * ** * * *
107970 GAGTTTCT-AGAGGTAAACATTTGATTATTGTTTATTTTAACT-AAAAATGTTAAAAAAATTCAA
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* * * * *
108033 CTTAAAATTAATTATTAGATTATAAAATTATTTAAAATGAGTAAT
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* * * * * *
108078 AAGGCTTTTAAAGGAATG-GAAAACTATAAATGGA-TTTTCCTAGCCAATGAATACTATTTTCTT
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAG-AGACTATAAATAGACTTTTCTTA-CCAATGAATGCTTTTTTCTT
* * * *
108141 CACGTTTTTCAA-G-AAGGACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAACAAATTCA
64 CA-ATTTCTCAAGGTAA--ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAA-AAATTCA
* **
108204 AATTAAAATCAATT-TGGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATA
125 ACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACT-ATTTAAAACGAGTAA-A
* * * * *
108251 AA-GCCTTTAAAAGAATGGGAGACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTC-TT-
* ** * * * *
108315 CGA-TTCTTGAGGTAGACAATCAACTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
64 CAATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * *
108379 AAAATCAATTATGAGATCATAAAGCCATTTAAAACAAGTAAA
129 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAAA
* * *
108421 AAGGCTTTTGAAAGAATGAAAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCA
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCA
* * * * *
108486 TGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAATAAAATCCAACTTA
66 -ATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * *
108551 AAATCAATTACGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGTAAT
130 AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAAA
* * * **
108592 AAGGCTTTTGAAGGAATCAGA-AGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACG-ATTATATTTTTCTT
1 AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGA-CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCT-TTTTTCTT
* * * * * *
108655 CAAGTTTTTGATGGTAAACATTCCATTATTGTCTGCTTTTAACT-AAAAGTGTAAAAAAAATTCA
64 CAA-TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTG-TTTTAA-TAAAAAATGT-AAAAAAATTCA
*
108719 ACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAA-TAATTTAAAAC
125 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAAC
108758 AAGNNNNNNN
Statistics
Matches: 1119, Mismatches: 203, Indels: 90
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAAA
Found at i:107851 original size:344 final size:340
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Indices: 107217--108757 Score: 1673
Period size: 344 Copynumber: 4.5 Consensus size: 340
107207 NNNNNNNNNN
* *
107217 TAAGGCTTTTGAAGGAATCAGG-GGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTT
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATC-GGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGC-TTTTTCTT
** * * **
107281 CAAGTTTCTAAAGGTAAACATTTAATTATTGTCTATTTTT-ATCCAAAAATATAAAAAGGATTCA
64 CAAG-TTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTGTCT-TTTTTAAT--AAAAATGTAAAAAAAATTCA
* * * *
107345 ACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAACATGAGTAAAAAGG-TTTTCGAAGGAATG
125 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTT-GAAGGAATG
* * * *
107409 AAAAACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTTATATTTCTCAAGGTAGACA
189 AAAAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGAAGACA
** * * *
107474 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCACTTATGAGATCA
254 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* **
107539 TAAAACTATTTAAAATGAGTAA
319 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * * *
107561 -AACGGCATTTGAAGGAATGGGAGATTATATATGGACTTCTCTAACCAATGAATGCTTCTTTCTT
1 TAA-GGCTTTTGAAGGAATCGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGCTT-TTTCTT
* * * *
107625 CATGTGTCTTGAGGAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAACTCAA
64 CAAGT-TCTTGAGGTAAACATTCAATTATTGTCT-TTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * * * *
107690 CTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAATCATTTAAAACGAGTAAAATGACTTTTGAAGGAATTAG
126 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAA
* * * * * * * * *
107755 AGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTATCTTCACATTTCTCAACGCATACATT
191 AAACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGAAGACATT
* * *
107820 CAATTATAGTATGTTTTAACAAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAATATCAATTATGAGATTATA
256 CAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
**
107885 GTACCATTTAAAGCGAGTAA
321 AAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * *
107905 TAAGGCTTTTGAAGGAATCGGAGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTGCTTT
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATCGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGC-TTTTTCTTC
* * ** *
107970 GAGTTTCTAGAGGTAAACATTTGATTATTGT-TTATTTTAACTAAAAATGTTAAAAAAATTCAAC
65 AAG-TTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTT-TTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAAATTCAAC
* * * * * * *
108034 TTAAAATTAATTATTAGATTATAAAATTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGAA
127 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAAA
* * * * *
108099 AACTATAAATGGA-TTTTCCTAGCCAATGAATACTATTTTCTTCACGTTTTTCAA-GAAGGACAT
192 AACTATAAATAGACTTTTCTTA-CCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGAA-GACAT
* ** *
108162 TCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAACAAATTCAAATTAAAATCAATT-TGGAGATT
255 TCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGATT
* *
108226 ATAAAATCATTTAAAGTGAGTAA
318 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * * *
108249 TAAAGCCTTTAAAAGAATGGGAGACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTT
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATCGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGC-TTTTTCTTC
* * * * * *
108314 ACGATTCTTGAGGTAGACAATCAACTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACT
65 AAG-TTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTTTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAAAATTCAACT
* ** * * *
108378 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAGCCATTTAAAACAAGTAAAAAGGCTTTTGAAAGAATGAAAG
128 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAAAA
** *
108443 ACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCA
193 ACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGAAGACATTCA
* * * *
108508 ATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAATAAAATCCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAGA
258 ATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
108573 ACCATTTAAAGCGAGTAA
323 ACCATTTAAAGCGAGTAA
* * *
108591 TAAGGCTTTTGAAGGAATCAGA-AGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGATTAT-ATTTTTCT
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATCGGAGA-CTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGA--ATGCTTTTTCT
* * * *
108654 TCAAGTTTTTGATGGTAAACATTCCATTATTGTCTGCTTTTAACTAAAAGTGTAAAAAAAATTCA
63 TCAAGTTCTTGA-GGTAAACATTCAATTATTGTCT-TTTTTAA-TAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* *
108719 ACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAATAATTTAAAAC
125 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAAC
108758 AAGNNNNNNN
Statistics
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0.80 0.15 0.04
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
TAAGGCTTTTGAAGGAATCGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGCTTTTTCTTCA
AGTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTTTTTTAATAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAAAAACT
ATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGAAGACATTCAATT
ATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
ATTTAAAGCGAGTAA
Found at i:108361 original size:515 final size:509
Alignment explanation
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Period size: 515 Copynumber: 2.9 Consensus size: 509
107231 GAATCAGGGG
* * * * *
107241 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTTCAAGTTTCTAAAGGTAAACATTTAA
1 CTAT-AATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGATTCTAAAGGTAAACATTCAA
* * * * *
107306 TTATTGTCTATTTTTATCCAAAAATATAAAAAGGATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
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* * *
107371 AACCATTTAACATGAGTAAAAAGG-TTTTCGAAGGAATGAAAAACTATATATAGACTTTTCTTAC
126 AACCATTTAA-ACGAGTAAAAAGGCTTTT-GAAGGAATGAAAGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
* *
107435 CAATGAATACTTTTTTCTTTATATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAA
189 CAATGAATACTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AA
* * *
107499 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCACTTATGAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAA-AA
253 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAA
* * * * * * * *
107563 CGGCATTTGAAGGAATGGGAGATTATATATGGA-CTTCTCTAACCAATGAATGCT-TCTTTCTTC
318 -GGCTTTTGAAGGAATGGAAAACTATAAATGGATTTTC-CTAGCCAATGAATACTAT-TTTCTTC
* * * *
107626 ATGTGTCTTGAGGAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAACTCAAC
380 AAGT-TTTTGAGG-AAACATTCAATTATAGTCTGCTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAATTCAAC
* * * * * *
107691 TTAAAATCAATTATGAGATCATAAAATCATTTAAAACGAGTAAAATGACTTTTGAAGGAATTAGA
443 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAAAAAGACCTTTAAAAGAATGAGA
107756 GA
508 GA
* * * * * *
107758 CTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTATCTTCAC-ATTTCTCAACGCATACATTCA
1 CTATAA-TAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGA-TTCTAAAGGTAAACATTCA
* * * * *
107822 ATTATAGTATGTTTTAACAAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAATATCAATTATGAGATTATAGT
64 ATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA-A
* * * * *
107887 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCG-GAGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCC
127 ACCATTTAAA-CGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAAAGACTATAAATAGACTTTTCTTACC
* * * * ** * * *
107951 AACGAATGCATTTTGCTTTGA-GTTTCT-AGAGGTAAACATTTGATTATTGTTTATTTTAACTAA
190 AATGAATACTTTTTTCTTT-ATGTTTCTCA-AGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAA
* * *
108014 AAATGTTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATTAGATTATAAAATTATTTAAAATGAGTAATA
253 AAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATA
* *
108079 AGGCTTTTAAAGGAATGGAAAACTATAAATGGATTTTCCTAGCCAATGAATACTATTTTCTTCAC
317 AGGCTTTTGAAGGAATGGAAAACTATAAATGGATTTTCCTAGCCAATGAATACTATTTTCTTCAA
* * * * *
108144 GTTTTTCAAGAAGGACATTCAATTATAGTCTG-TTTCAATGAAAAATGTAAAACAAATTCAAATT
382 GTTTTTGAGGAA--ACATTCAATTATAGTCTGCTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTT
** *
108208 AAAATCAATT-TGGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAAG-CCTTTAAAAGAATGGGA
445 AAAATCAATTAT-GAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAA-AAAGACCTTTAAAAGAATGAGA
108271 GA
508 GA
* * ** * *
108273 CTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTTACGATTCTTGAGGTAGACAATCAA
1 CTATA-ATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGATTCTAAAGGTAAACATTCAA
* *
108338 CTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAG
65 TTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-
* *
108403 CCATTTAAAACAAGTAAAAAGGCTTTTGAAAGAATGAAAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAA
128 CCATTT-AAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAA
* * *
108468 TGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT
192 TGAATACTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAT
* * * * * **
108533 GTAATAAAATCCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
257 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCT
* * * * * *
108598 TTTGAAGGAAT-CAGAAGCTATAAATAGACTTTT-CTTGCCAACGATTA-TATTTTTCTTCAAGT
322 TTTGAAGGAATGGA-AAACTATAAATGGA-TTTTCCTAGCCAATGAATACTA-TTTTCTTCAAGT
* * *
108660 TTTTGATGGTAAACATTCCATTATTGTCTGCTTTTAACT-AAAAGTGTAAAAAAAATTCAACTTA
384 TTTTGA-GG-AAACATTCAATTATAGTCTGCTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTA
* *
108724 AAATCAATTATTAGATTATAAAATAATTTAAAAC
446 AAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAAC
108758 AAGNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (509 bp):
CTATAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGATTCTAAAGGTAAACATTCAAT
TATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCA
TTTAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAA
TACTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAA
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTG
AAGGAATGGAAAACTATAAATGGATTTTCCTAGCCAATGAATACTATTTTCTTCAAGTTTTTGAG
GAAACATTCAATTATAGTCTGCTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAAAAAGACCTTTAAAAGAATGAGAGA
Found at i:110142 original size:173 final size:169
Alignment explanation
Indices: 109895--110733 Score: 602
Period size: 173 Copynumber: 4.9 Consensus size: 169
109885 NNNNNNNNAG
* * * *
109895 AAAAGTCCGTTTATAGTC-CCCATT-CTTCCAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATAGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTT-CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * *
109958 ATGTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACACTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAAT
65 ATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTTTACA-TTTTCGTTAAAACAGATAATAATTGAAT
* * * * *
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127 GTCTAGCTCTAGAAACATGAAGA-AAAAGCATTCATTGGCAAAA
* * * * * *
110067 AAAAATCTATTTATAGCCTCTAATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* * * *
110132 TCTTATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACTTTTTTGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTC
66 TCTAATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTCGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTC
* * *
110197 T-G-TCTTAAGAAACGTGAGGAAAAAGCATTCATTGGC-AAG
130 TAGCTC-T-AGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAAA
** * * *
110236 AAAAGTCCATACATAGTCTCCCATT-CTTCCGAAAGCCTT-TTCACTAGTTTTAAATAGTTTTAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTT-CGAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * * *
110299 GACCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTACGTTGAAACAGATTATAATTGAAT
64 AATCTAATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTACATTTT-CGTTAAAACAGATAATAATTGAAT
* * *
110364 GTCTACCTCGAGAAACATGAAGAGAAAAGCATTCATTGGTAAAA
127 GTCTAGCTCTAGAAACATGAAGA-AAAAGCATTCATTGGCAAAA
* * * ** *******
110408 AAAAGGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCGAATGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGNNNNNNN
1 AAAA-GTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
*** * * ** * * *
110473 NNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTCTAATTGAAACAAACT-ATAATTAAAT
65 ATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTT-TCGTTAAAACAGA-TAATAATTGAAT
* * ** * *
110537 GT-TCG-TCCGGAGAAACATGAAGAAAAAAGTTTTCAATGGC-AAG
127 GTCTAGCT-C-TAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAAA
* * ** ********** *
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1 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
* *
110645 TCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATG
66 TCTAATAATTGATTTTAAGTT-AATT-TTTTTAC-ATTTTCGTTAAAACAGATAATAATTGAATG
* * * * *
110710 TTTACCCCCAGAAACTTGAAGAAA
128 TCTAGCTCTAGAAACATGAAGAAA
110734 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
TCTAATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTCGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT
AGCTCTAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAAA
Found at i:112341 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 111811--112406 Score: 557
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 172
111801 NNNNNNNNNN
* *
111811 TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCGTT-TTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATT
1 TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATT
* * * * * * * *
111875 GATTTTAACTTAAATCTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTCAATG--ATCGTCTAG
65 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTAACCTCTA-
* * * * *
111938 AGCAACGTTAAGAAAAAA-TATTCATTGGCAAGGAAAGTTCGTT
129 AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATT
* * **********
111981 TATAGTCTCTCATTCCTT-AATAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTNNNNNNNNNNATAATT
1 TATAGTCTCTCATTCCTTCAA-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATT
* * * * *
112045 GATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATGTTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAAAGTTTACCTCT
65 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAT-TTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTAACCTCT
** * * * *
112109 AA-AAATTTGAAGAAAAATGCATTCGTTGACAAGAAAAG-CCTATT
128 AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATT
* * * * *
112153 TATAGCCT-TCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGGTTCTATAATCTTC-TAAT
1 TATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATGATC-TCATAAT
* * * *
112216 TGATGTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTGTAATTGATTGTTAACCTC-A
64 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTAACCTCTA
*
112280 AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATCGGCAAGAAAAGTTCATT
129 AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATT
* * * * *
112324 TATAGTCTCTCATTCCTTCGAAAGCTTTTTTACTCATTTTAAATGTTTTTATGATCTCATAATTG
1 TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTG
*
112389 ATTTTAAGTTGAATTTTT
66 ATTTTAAGTTAAATTTTT
112407 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 331, Mismatches: 79, Indels: 31
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.02
170 69 0.21
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173 10 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (172 bp):
TATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTG
ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTAACCTCTAAG
AAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATT
Found at i:112980 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 112759--113158 Score: 441
Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
112749 NNNNNNNNNN
* * *
112759 CTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACGT
1 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACAT
** * ** * * * *
112824 TTTTGGTGAAAACAGACAATAATTGAATG-TTGACATCCAGAAACT-TGAAGAAAAATGGC-TTT
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* * *
112886 TTTGGCAAGAAAAC-TCTATTTATAGCCTCCTATTCCTTTAAAAGC
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* * * * * *
112931 CTTATTACTCGCATTAAATGGCTCTATAATCTTATAATTAATATTAAGTTG-ATTTTTTTATATT
1 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* *** * *
112995 TTTCATTAAAACAGATTGCAATTGAATGCCAGCCTTAAGAAATAAGAAGAAAAAAGCATTCATTG
66 TTTCATGAAAACAGACAACAATTGAATGCCAGCATCAAGAAATAAGAAGAAAAAAGCATTCATTG
*
113060 GCAAGAAAACTTCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGC
131 GCAAGAAAACTTCATTTATAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGC
* * *
113101 CTTTTTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
1 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT
113159 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 35, Indels: 11
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.02
170 130 0.69
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
CTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
TTTCATGAAAACAGACAACAATTGAATGCCAGCATCAAGAAATAAGAAGAAAAAAGCATTCATTG
GCAAGAAAACTTCATTTATAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGC
Found at i:113776 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 113292--115439 Score: 1573
Period size: 171 Copynumber: 12.6 Consensus size: 170
113282 NNNNNNNNNN
* * * * * *
113292 GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTAATTTCTTTTTTA
1 GCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTT-TTTTATA
* * * *
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** * *
113420 TTTTTGACAAGAAAAG-TCTATTTATAG-CTTTCGATTCCTTCAAAA
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* * * ** * * *
113465 GCCTTATTACTC-TTATTAAATGGCTTTATAGCCTCATAATTGATGTTAAGTTGAGTTTTTTATA
1 GCCTTTTTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATA
* * * * * * * * *
113529 TTTTTCATTAAAAAATATTGTAATTGAATGCTAACCTCAAGAAACATGAAGAAGAAAGCATTCAT
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*
113594 TGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAA
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* * * *
113635 GCTTTTTTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTGTA
1 GCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTTTATA
* * * **
113700 TTTTTCATGAAAACAGAATATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAGGCGTGTAA-AAAAAAGCATTCA
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** * * *
113764 TTGATAAGAAAAGTTTATTTATTGTCTCTCATCCCTTCAAAA
129 TTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
* * * * * * *
113806 GTCGTTTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA
1 GCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATA
* * * * *
113870 TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
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* * * *
113935 TGGTAATAAAAG-TCTATATATAGTCTCCCATTCCTTCAAAA
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** ** * * * * *
113976 GTATTTTTACTCATTTTATATGGTTTTATGATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATCTTTTTATA
1 GCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATA
* * * * * * *
114041 TTTTTCATTGAAAGAGACTATAATTAAATGTTCATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCAT
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* * * *
114106 TGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGACTCTTATTCCTTCAAAA
130 TGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
*** * ** * * * *
114147 GTAGTTTTCCTCATTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTACA
1 GCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTATA
** * *** * * * **
114212 TTTTTCATTAAAACAGACCATAAGTGAATGCCCAACTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAATATTCAT
65 TTTTTCATTAAAACAGAATATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * * ** *
114277 TGGAAAGAACAGTCCATTTATAACCTATCATTCCTTCAAAA
130 TGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
* * * * *
114318 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTTAC
1 GCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTT-TTTTAT
* * *
114383 ATTTTT-AGTTAAAACAG-ATAATAATTGAATGTTGACCTCCAGAAACTTGAAGAAAAATA-CAT
64 ATTTTTCA-TTAAAACAGAAT-ATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA-AGCAT
** * * * * *
114445 TTTTTGGCAAGAAAA-CTCTATTTATAGCCTGTGATTCCTTTAAAA
126 TCATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
* * * * * * *
114490 GCCTTATTACTCGCATTAAATGGCTCTATAATCTCATAATAGATGTTAAGTTGATTTTTTTATAT
1 GCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATAT
*** * * *** * *
114555 TTTTTGCTAAAACAGATTGTAATTGAATGCCAACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATT
66 TTTTCATTAAAACAGAATATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT
*
114620 GGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAA
131 GGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
* * *
114660 GCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTACA
1 GCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATA
* * * * * * * * *
114725 TTTTTTATGAAAATAGAATATAAATGAATGTCTGCCTAGAGAAACGTAAAGAAAAAAGTATTCAT
65 TTTTTCATTAAAACAGAATATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCAT
********** *
114790 TGGCAAGAAAANNNNNNNNNNAGTCTCTCATTCCTTCGAAA
130 TGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
* ** * * * * *
114831 GCCGTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTGACA
1 GCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATA
* **** * * * *
114896 TTTTTCATTGAAACA-AATTATAATTGAATGTCCGTCTTGAGAAATGTGAGGAAAAAAGTATTCA
65 TTTTTCATTAAAACAGAA-TATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCA
* * * * *
114960 TTGGTAAGGAAAGTTCGTTTATAGTCTCCCATTCCGTCAAAA
129 TTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
** * * * *********
115002 ATCTTATTACTAGCTTTAAA-AGTTTTATAATCT-ANNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTTTTTTA
1 GCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTTTA
* ** * * ** *
115065 CATTTTTTGTTAACACAG-ATAATAATTGAATGTTTACCTCCAGAAATTTGAAGAAAAATGCATT
63 TATTTTTCATTAAAACAGAAT-ATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
* ** * * * *
115129 CGTTGATAGGAAAAG-TCTATTTATAGCCTC-CGTTTCTTTCAAAA
127 CATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAA
* ************* *
115173 GCCTTATTACNNNNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
1 GCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATA
* * * * * ** ** * * *
115238 TTTTTTATAAAAACA-AGCTATAATTAAATGTCTGTCTTAAAAAACATGAAGAAAAAAGTATTCA
65 TTTTTCATTAAAACAGA-ATATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCA
* *
115302 TGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
129 TTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
** * * * * *
115344 GCAGTTTTACTCG-TGTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATATTTTTAC
1 GCCTTTTTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTAT
**
115408 ATTTTTCATTAAAACAGACCATAATTGAATGT
64 ATTTTTCATTAAAACAGAATATAATTGAATGT
115440 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
GCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATAT
TTTTCATTAAAACAGAATATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT
GGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
Found at i:114568 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 113292--115439 Score: 1795
Period size: 342 Copynumber: 6.3 Consensus size: 339
113282 NNNNNNNNNN
* *
113292 GCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTT-AATTTCTTTTTT
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA--T-TTTTTT
** * * *
113356 ATGTTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTCACCTCTAGAAACTTGAAGAAAAATA-CAT
63 ACATTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTTGACCTCCAGAAACGTGAAGAAAAA-AGCAT
** *
113420 TTTTTGACAAGAAAAGTCTATTTATAG-CTTTCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TTATTA
126 TCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCT-GATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCATT-TTA
* * ** * * * * * *
113483 AATGGCTTTATAGCCTCATAATTGATGTTAAGTTGAGTTTTTTATATTTTTCATTAAAAAATATT
188 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACT
* * ** * * *
113548 GTAATTGAATG-CTAACCTCAAGAAACA-TGAAGAAGAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCAT
253 ATAATTGAATGTCCAA-CTTGAGAAA-AGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
*
113611 TTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAA
316 TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
* * * * * * **
113635 GCTTTTTTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTGT
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAC
* * **
113699 ATTTTTCATGAAAACAGA-ATATAATTGAATGTTTG-CCTCAAGAGGCGTGTAA-AAAAAAGCAT
65 ATTTTT-ATTAAAACAGATA-ATAATTGAATG-TTGACCTCCAGAAACGTG-AAGAAAAAAGCAT
* * * * * * * *
113761 TCATTGATAAGAAAAGTTTATTTATTGTCTCTCATCCCTTCAAAAGTCGTTTTACTCGTTTTAAA
126 TCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAG-CCTTTTACTCATTTTAAA
* * *
113826 TAGTTTTATGATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTAT
190 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTAT
*** * * * * *
113891 AATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACA-TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAATAAAAGTCTATATA
255 AATTGAATGTCCAACTTGAGAAA-AGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
*
113955 TAGTCTCCCATTCCTTCAAAA
319 TAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
** * ** * * * * * *
113976 GTATTTTTACTCATTTTATATGGTTTTATGATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATCTTTTTATA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * **
114041 TTTTTCATTGAAAGAGACT-ATAATTAAATGTTCATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCA
66 TTTTT-ATTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTTGACCTCCAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCA
* * * * * ** *
114105 TTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGACTCTTATTCCTTCAAAAGTAGTTTTCCTCATTTTAAATAG
129 TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAG-CCTTTTACTCATTTTAAATAG
* * * *
114170 TTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACCATAA
193 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAA
* * * * * *
114235 GTGAATGCCCAACTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAATATTCATTGGAAAGAACAGTCCATTTATAA
257 TTGAATGTCCAACTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* *
114300 CCTATCATTCCTTCAAAA
322 TCTCTCATTCCTTCAAAA
*
114318 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTTAC
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTT-TTTTAC
* *
114383 ATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTGACCTCCAGAAACTTGAAGAAAAATA-CATTT
65 ATTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTTGACCTCCAGAAACGTGAAGAAAAA-AGCATTC
* * * * * *** *
114447 TTTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGCCTGTGATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATG
128 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCATTTTAAATA
* * * * * *** * *
114512 GCTCTATAATCTCATAATAGATGTTAAGTTGATTTTTTTATATTTTTTGCTAAAACAGATTGTAA
192 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAA
* *
114577 TTGAATG-CCAACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAA-TCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTAT
257 TTGAATGTCCAA-CTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
*
114640 AGTCTCTCATTCTTTCAAAA
320 AGTCTCTCATTCCTTCAAAA
* * * * *
114660 GCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTACA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * ** * *
114725 TTTTTTATGAAAATAGA-ATATAAATGAATGTCTG-CCTAGAGAAACGTAAAGAAAAAAGTATTC
66 -TTTTTATTAAAACAGATA-ATAATTGAATGT-TGACCTCCAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* ********** * * *
114788 ATTGGCAAGAAAANNNNNNNNNNAGTCTCTCATTCCTTCGAAAGCCGTTTTACTCATTTTAAATA
128 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAGCC-TTTTACTCATTTTAAATA
* * * * * * *
114853 GTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTGACATTTTTCATTGAAACAAATTATA
192 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATA
** * * * * * *
114918 ATTGAATGTCCGTCTTGAGAAATGTGAGGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGGAAAGTTCGTTTATA
256 ATTGAATGTCCAACTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* *
114983 GTCTCCCATTCCGTCAAAA
321 GTCTCTCATTCCTTCAAAA
** * *********
115002 ATCTTATTACTAGCTTTAAA-AGTTTTATAATCT-ANNNNNNNNNNTTAAGTTGAATTTTTTTTA
1 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-TAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTA
* * * ** *
115065 CATTTTTTGTTAACACAGATAATAATTGAATGTTTACCTCCAGAAATTTGAAGAAAAATGCATTC
64 CA-TTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTGACCTCCAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * * * * * ************
115130 GTTGATAGGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGTTTCTTTCAAAAGCCTTATTACNNNNNNNNNNNN
128 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCATTTTAAATA
* * *
115195 NTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATAAAAACA-AGCTAT
192 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA-CTAT
* *** * * *
115259 AATTAAATGTCTGTCTT-AAAAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTA
255 AATTGAATGTCCAACTTGAGAAAA-GTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
115323 TAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
319 TAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
* * * *
115344 GCAGTT-TTACTCG-TGTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATATTTTTA
1 GC-CTTATTACTCGCT-TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
**
115407 CATTTTTCATTAAAACAGACCATAATTGAATGT
64 CATTTTT-ATTAAAACAGATAATAATTGAATGT
115440 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1435, Mismatches: 326, Indels: 89
0.78 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 9 0.01
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343 198 0.14
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
TTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTGACCTCCAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT
GACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTTTACTCATTTTAAATAGTTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
ATGTCCAACTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC
TCATTCCTTCAAAA
Found at i:114606 original size:684 final size:678
Alignment explanation
Indices: 113298--115439 Score: 2059
Period size: 684 Copynumber: 3.1 Consensus size: 678
113288 NNNNGCCTTA
* *
113298 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTT-AATTTCTTTTT-TATGTT
1 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA--TCTTTTTACAT-TT
* * * **
113361 TTTAGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTTCACCTCT-AGAAACTTGAAGAAAAATA-CATTTT
63 TTCA-TTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTTCATCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAA-AGCATTCA
* * * *
113423 TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCT-TTCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TTATTAAAT
124 TTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGCTCTT--ATTCCTTCAAAAGCGTT-TTACTCATT-TTAAAT
* * * * * * * *
113486 GGCTTTAT-AGCCTCATAATTGATGTTAAGTTGAGTTTTTTATATTTTTCATTAAAA-AATATTG
185 AGTTTTATGA-TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAA-ATTA
* ** * * *
113549 TAATTGAATGCTAACCTCAAGAAACA-TGAAGAAGAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTT
248 TAATTGAATGCCAA-CTTGAGAAA-AGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGAAAG-AAAGTTCATTT
* * * * * * * *
113613 ATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCTTTTTTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGA
310 ATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAA
** * *
113678 TTTTAAGTT-AATTTTTTTTGTATTTTTCA-TGAAAACAGA-ATATAATTGAATGTTTG-CCTCA
375 TTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATA-ATAATTGAATG-TTGACCTCC
** * * * * * * *
113739 AGAGGCGTGTAA-AAAAA-AGCATTCATTGATAAGAAAAGTTTATTTATTGTCTCTCATCCCTTC
437 AGAAACTTG-AAGAAAAATA-CATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTT
* ** * *
113802 AAAAGTCGTT-TTACTCGTTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTA-ATTTTAAGTTGAATTTT
500 AAAAG-CCTTATTACTCGCATTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TAGATTTTAAGTTGATTTTT
*
113865 TTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCA
563 TTACATTTTTTA-TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCA
* * * * *
113930 TTCATTGGTAATAAAAGTCTATATATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGTATTT
627 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCATTT
* * * * * *
113982 TTACTCATTTTATATGGTTTTATGATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATCTTTTTATATTTTTC
1 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTC
* * *
114047 ATTGAAAGAGACTATAATTAAATGTTCATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA
66 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTCATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA
* *
114112 GAAAAGTCCACTTATAGACTCTTATTCCTTCAAAAGTAGTTTTCCTCATTTTAAATAGTTTTATG
131 GAAAAGTCCACTTATAG-CTCTTATTCCTTCAAAAG-CGTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATG
* * ** *
114177 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATATTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACCATAAGTGAATG
194 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAATTGAATG
* * ** *
114242 CCCAACTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAATATTCATTGGAAAGAACAGTCCATTTATAACCTATCA
258 -CCAACTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGAAAGAA-AGTTCATTTATAGTCTCTCA
*
114307 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGA
321 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGA
*
114372 ATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTGACCTCCAGAAACTTGAAGAA
386 ATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTGACCTCCAGAAACTTGAAGAA
** ** * *
114437 AAATACATTTTTTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGCCTGTGATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
451 AAATACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTC
* * * * * *
114502 GCATTAAATGGCTCTATAATCTCATAATAGATGTTAAGTTGATTTTTTTATATTTTTTGCTAAAA
516 GCATTAAATAGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTT-ATAAAA
* * * ** * *
114567 CAGATTGTAATTGAATGCCAACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGT
580 CAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* *
114632 -TCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTT
645 CT-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCATTT
* * * *
114666 TTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTATTACATTTTT
1 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATCTTT-TTACATTTTT
* * * * * * * *
114730 TATGAAAATAGAATATAAATGAATG-TC-TGCCTAGAGAAACGTAAAGAAAAAAGTATTCATTGG
65 CATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTCAT--CTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGG
********** * *
114793 CAAGAAAANNNNNNNNNNAGTCTCTCATTCCTTCGAAAGCCGTTTTACTCATTTTAAATAGTTTT
128 CAAGAAAAGTCCACTTATAG-CTCTTATTCCTTCAAAAG-CGTTTTACTCATTTTAAATAGTTTT
* *
114858 ATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTGACATTTTTCATTGAAACAAATTATAATTGA
191 ATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAATTGA
** * * * *
114923 ATGTCCGTCTTGAGAAATGTGAGGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGGAAAGTTCGTTTATAGTCTC
255 ATG-CCAACTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGG-AAAGAAAGTTCATTTATAGTCTC
* * ** **********
114988 CCATTCCGTCAAAAATCTTATTACTAGCTTTAAA-AGTTTTATAATCTANNNNNNNNNNTTAAGT
318 TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGT
* * * *
115052 TGAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAACACAGATAATAATTGAATGTTTACCTCCAGAAATTTGAA
383 TGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTGACCTCCAGAAACTTGAA
* * * * *
115117 GAAAAATGCATTCGTTGATAGGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCG-TTTCTTTCAAAAGCCTTATT
448 GAAAAATACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTT-AAAAGCCTTATT
************* *
115181 ACNNNNNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTAT
512 ACTCGCATTAAATAGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTACATTTTTTAT
* * * * * *
115246 AAAAACA-AGCTATAATTAAATGTCTGTCTTAAAAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATGGGCAAG
576 -AAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAG
* *
115310 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCAGTT
639 AAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCATTT
* * * *
115350 TTACTC-GTGTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTT
1 TTACTCACT-TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTT
*
115414 CATTAAAACAGACCATAATTGAATGT
65 CATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
115440 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1193, Mismatches: 228, Indels: 73
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
681 2 0.00
682 126 0.11
683 325 0.27
684 728 0.61
685 12 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (678 bp):
TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTC
ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTCATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA
GAAAAGTCCACTTATAGCTCTTATTCCTTCAAAAGCGTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATGAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAATTGAATGCCA
ACTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGAAAGAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCT
TCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTT
TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTGACCTCCAGAAACTTGAAGAAAAATA
CATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCATT
AAATAGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTTATAAAACAGACT
ATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
ATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCATTT
Found at i:116277 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 116100--117401 Score: 669
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 172
116090 NNNNNNNNNN
116100 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATGC-TTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTGCCTC
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-CATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTGCCTC
* * *
116163 AGGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAATAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATTCCTTCA
65 AGGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCA
* * * *
116228 AAAGCGTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTAATGATCTCATAAT
130 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAAT
* * *
116271 TGATTTTAAGTTGAATCTTTTTA-CATTTTTCATTGAAAA-AAATTATAATTG-AA-TCT-CCGT
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATCATTTTTCATT-AAAACAGACTATAATTGAAAGTCTGCC-T
* * * * ********** * *
116331 CTTGAGAAA-TGTGAAGAAAAAAGTATACATTGGCAAGGAAAGTCCNNNNNNNNNNTCTCATTTC
64 C-AG-GAAACT-TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCC
* * **
116395 TTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAA-AGTTTTATAATCGAATAAT
126 TTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAAT
** * * * * *
116441 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TGCATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTTAATGTTTACCTC
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-CATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTGCCT-
* * ** * * *
116505 CA-GAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGCCT-CCATTTCTTT
64 CAGGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCA-TTCCTT
* *
116568 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGG-TTATATAATCTCATAAT
128 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTA-ATAATCTCATAAT
* * * * * * * *
116613 TGATTTTACGTTGAATTCTTTTATAATTTTT-GTAAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTGCTTC-
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATCATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTGCCTCA
*************** * **
116676 NNNNNNNNNNNNNNNAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAA
66 GGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
** ** * *
116741 AAGCAGT-TTACTCGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAAT
131 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAAT
* * * * * *** *
116782 TGATTTTAAGTTGTATATTTTTA-CATTTTTCATTAAAATAGACCATAATTGAATGTCCAACT-T
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATCATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTGCCTCA
** ********** * ** *
116845 GAGAAAAGTGAAGAAAANNNNNNNNNNTGGAAAGAAAAGTCCGGTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
66 G-GAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCA
* * *
116910 AAAGCCTTATTACTCACTCTAAATAGCTTT-ATAATCTGATAAT
130 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTAATAATCTCATAAT
* * *
116953 TAATTTTAAATT-AATTTTTTT-T-ATTTTT-AGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGT-TGACC
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATCATTTTTCA-TTAAAACAGACT-ATAATTGAAAGTCTG-CC
********** ** * ** *
117012 TCTA-GAAACTTGAANNNNNNNNNNTTTTTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGAATCCGATTCCT
63 TC-AGGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCT
* * *
117076 TCAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATGGCTCT-ATAATCTCATAAT
127 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTAATAATCTCATAAT
* * * * ** * * * ****
117122 AGATGTTAAATTGAATTTTTTAAT-ATTTTTTGTTAAAACAGATTGTAATT-AAATGTCAGNNNN
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATCATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAA-GTCTGCCTC
****** * * ** * **
117185 NNNNNNCGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCGAGAAAAGTTTATTTATAGTTTCTTATTCCTTCA
65 AGGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCA
*
117250 AAAGCCCTT-TTACTCCCTTTAAATGGTTCT-ATAATCTCATAAT
130 AAAG-CCTTATTACTCACTTTAAATGGTT-TAATAATCTCATAAT
* ** * * *
117293 TTATTTTAAGTTGAA--TTTTTATGCATTTTTTGTGAAAACAGAATATAATTGAATA-TCTACCT
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-CATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAA-AGTCTGCCT
* *
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117402 NNNNNNNNNN
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AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAAT
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** * * * * * *
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* * ********** *
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* ** * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *
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1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * ** * *
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*
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* * * *
118871 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTCCAATAGCCGTT-TTACTAGTTTTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAAT
* * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * ** *
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1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
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* * * *
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* ** * * * *
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1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * ** * *
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* * * * * * *
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* ** * *
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* * * *
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* * *
119512 TAACTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAAGTATTC
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* * * * *
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1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
119620 AGTTTTATGATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACACACCAT
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* * * ** *
119685 AATTGAATGTTCAACTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAAATATTT
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* * ** * * * *
119728 ATTGGAAAGGAAAGTCCGTTTGTAGTCTCTCATTCCTTCAAAAACCTTATTAGTCGCTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * ** * *
119793 GTTTTATAATCTAATAATTAATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACAATA
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* * * * * * *
119858 ATTAAATGTTTACTTGCAAAAACTTAAAGAAAAATGCATTC
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* ** * * *
119899 GTTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTC-CGTTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
119963 GGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTCATAAAAATAGGCTAT
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTAT
* *
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130 AATTGAATGTCTACC-TGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * * *
120070 ATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCATT-TTACTC-CTTTTAAA
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* * *
120133 TGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACCA
64 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTA
* * * ** *
120198 TAATTGAATGTCCAACTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAATATTT
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* * * * *
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1 ATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
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65 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTA-
* * * *
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* * * *
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1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * ** * * *
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66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTCATTAAAACAGACTAT
* * * *
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* * * *
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1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
120818 AGTTTTATGATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTTATTAAAACAGACTAT
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* * **
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* * * * * ** * **
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1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
120990 GTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTCATTGAAACAGACTATA
66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATA
* * * * *
121055 ATTGAATATCCATCCTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGTATTT
131 ATTGAATGTCTA-CCTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * * * * * *
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1 ATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * **
121159 AGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTGGTTTAAGAA-A-A-
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT-CATTAA-AACAGAC
* * * * *
121221 TAATAATTAAATGTTTACCTCCAGAAACTTGAAGAAAAATGCATTC
127 T-ATAATTGAATGTCTACCT-GAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * * * * * * *
121267 GTTGGCAAAAAAAGTCTATTTACAGCCTCTGATTCCTTTAAAAGCCTTAGTACTCGCATTAAATG
1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * ** * * * *
121332 GTTCTATAATCTCGTAATTGATGCTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTCATTGAAACAGATTGTA
66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATA
* * *
121397 ATTGAATGCCAACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATAC
131 ATTGAATGTCTACC-TGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * * * * *** * * *
121438 TTTAGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCTCTCATTTCTTTAAAATTTTTTTTACTCGTTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
121503 GTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATA
66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATA
* * * ** *
121568 ATTTAATGTCTGCCTTAAGAAATATGAAGAAAAAAGTATTC
131 ATTGAATGTCTACC-TGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * * * * * * * **
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1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTC-TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * ** * * ** *
121673 AGTTTCAGGATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTCATTGTAACAGACAAT
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTAT
* * * * **
121738 AATTGAAAGTCTATCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAATATTC
130 AATTGAATGTCTA-CCTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * *
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1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * *
121837 --TTTA-AATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAACTGTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACAA
66 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTA
* * * ** * *
121898 TAATTGAATGTTTACCTCCAAAAATTTGAAGAGAAATGCATTC
129 TAATTGAATGTCTACCT-GAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* *
121941 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTC-CGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* *
122005 GGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAAAGACTAT
65 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTAT
* * * * * *
122070 AATTGAATTTTTGCTTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTC
130 AATTGAATGTCTACCT-GAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * * *
122112 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGTCGTT-TTACTCGTTTTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
122176 AGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTGTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACT
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* * *
122240 ATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAACATTC
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* * *
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122332 TTCATAATTT
Statistics
Matches: 3086, Mismatches: 622, Indels: 190
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATA
ATTGAATGTCTACCTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
Found at i:119023 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 118358--127230 Score: 6830
Period size: 342 Copynumber: 26.1 Consensus size: 340
118348 NNNAATATTT
* *** * * *
118358 ATTGGAAAGAAAAGTCCGGTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTCTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAATA
** * * * * * * *
118423 GCATTATAATCTAATAATTAATTTTAAATT-AATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAACAAT
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* ********** **
118487 AATTGAATGT-TGACCTCT-AGAAACTTGAANNNNNNNNNNTTTTTTGGCAAGAAAAGTCTATTT
128 AATTGAATGTCT-ACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
** * * * * * * *
118550 ATAGAATCTGATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCATTAAATAGCTCTATAATCTCATAATAGA
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* * * * * * *
118615 TGTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTGTAATTAAATGCCAACC-TGAAGA
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* * * * *
118700 ATTGGCAAGAAAGGTTTATTTATAGTTTCTTATTCCTTCAAAAGCCCTTTTACTCGCTTTAAATG
1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CCTTTTACTCGCTTTAAATA
* * * * * * *
118765 GTTCTATAATCTCATAATTTATTTTAAATTGAATGTTTATGCATTTTTTGTGAAAACAGAATATA
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATA
*
118830 ATTGAATATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
129 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * * *
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* * ** *
118959 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGGCTATAATTGAATGTCTGTCTTAAGAAAC
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* *
119024 ATGAAGACAAAAA-CATTT
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* * * * ** * ** *
119042 ATTGGTAAGAAAAGTCTATATATCGTCTCCCATTAGTTCAAAA-CTGTTTTTACTCATTTTGAAT
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* * ** *
119106 GGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTCATTGAAACAGACTAT
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* * * * * **
119171 AATTGAATAT-TCATCC-AGAGAAATGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCGTTT
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* * * * *
119234 ATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCATTATTACTAGCTTTAAA-AGTTTTATAATCTAATAATTGA
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* ** * * * * *
119298 TTTTACGTTGAATTTATTTTACATTTTTGGTTTAAGCAGA-TAATAGTTAAATGTTTACCTCT-A
256 TTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCT-TGA
* * *
119361 GAAACTTGAAGAAAAATGC-TTT
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* ** * *
119383 AGTTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAACCTCT-ATTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGA
1 A-TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCA-TTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAA
* * * * ** *
119447 TGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTCATAAAAACAGACTA
63 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTA
* * * * *
119512 TAACTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
127 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
* * * * * *
119577 ATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCGTT-TGACTCGTTTTAAATAGTTTTATGATCCCATAATTG
191 ATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
119641 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACACACCATAATTGAATGT-TCAACTTGAG
255 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAG
* ** *
119705 AAAAGTGAAGAAAAAAAATATTT
319 AAACGTGAAG-AAAAAAGCATTC
* * ** * * *
119728 ATTGGAAAGGAAAGTCCGTTTGTAGTCTCTCATTCCTTCAAAAACCTTATTAGTCGCTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAATA
* * * * * *
119793 GTTTTATAATCTAATAATTAATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACAATA
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATA
* * * * * * * **
119858 ATTAAATGTTTA-CTTGCAAAAACTTAAAGAAAAATGCATTCGTTGATAAGAAAAGTCTATTTAT
129 ATTGAATGTCTACCTTG-AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * *
119922 AGCCTC-CGTTTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGAT
193 AGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * *
119986 TTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTCATAAAAATAGGCTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAT
257 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
120051 CGTGAAGAAAAAAGCATTC
322 CGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * * *
120070 ATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCATTTTACTC-CTTTTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CCTTTTACTCGC-TTTAAAT
* * ** *
120134 GGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACCAT
64 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTAT
* * * ** * * *
120199 AATTGAATGTCCAACTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAATATTTATTGGAAAGAAAAGT-TCAGTTA
128 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTA
* * * * * * * *
120263 TAGTCACTTATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTTTATAATGTAATAATTAAT
192 TAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * ** *
120328 TTTAAATTGAATTTGTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACAATAATTGAAT-CCTAACCTCCAA
257 TTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAG
* * * *
120391 AAACTTGAAGAAAAATGTATTT
319 AAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * ** * *
120413 TTTGGCAAGAAAAGTCTGTTTATAGAATC-CGATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCATTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * *
120477 GGCTCTATAATCTCATAATAGATGTTAAGTTGAATTTTTT-TATATTTTCGTTAAAACAGA-TAG
64 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTTTGTTAAAACAGACTA-
* * ** * *
120540 TAATTGAATGCCAACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTTA
127 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * *
120605 TAGTATCTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGAT
192 TAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* ** * * * * * * *
120670 TTTAAGTTGAA-TTTTTAAGCATTTTTTGTGAAAATAGATTATAATTGTATATCTTCCTCGAGAA
257 TTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAA
*
120734 ACGTGAAAAAAAAAGCATTC
321 ACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * * *
120754 ATTGACAAGAAAGGTCTATTTATTGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCGTTTTACTCGTTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCC-TTTTACTCGCTTTAAATA
* * * *
120819 GTTTTATGATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTTATTAAAACAGACTATA
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTTGTTAAAACAGACTATA
* * ** * * *
120884 ATTGAATGTC-AGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAATTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATAT
129 ATTGAATGTCTA-CCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * ** * ** *
120948 AGTCTCTCATTCGTTTAAAAGTGTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATT
193 AGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
121013 TTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTCATTGAAACAGACTATAATTGAATATCCATCC-TGAGAAA
258 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CCTTGAGAAA
* * *
121077 TGTGAAGAAAAAAGTATTT
322 CGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * * * * * *
121096 ATTTGTAAGGAAAGT-TCGTTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTAGCTTTAAA-
1 ATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAAT
* * * *
121159 AGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTGGTTTAAGAA-A-A-
64 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTTG-TTAA-AACAGAC
* * ** * * * *
121221 TAATAATTAAATGTTTACCTCCAGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTTGGCAAAAAAAGTCTAT
125 T-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
* * * * * * * *
121286 TTACAGCCTCTGATTCCTTTAAAAGCCTTAGTACTCGCATTAAATGGTTCTATAATCTCGTAATT
189 TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
** * * * * * *
121351 GATGCTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTCATTGAAACAGATTGTAATTGAATGCCAACCTTGAG
254 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
*
121416 AAACGTGAAGAAAAAAGCATAC
319 AAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * * * * *** *
121438 TTTAGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCTCTCATTTCTTTAAAATTTTTTTTACTCGTTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA-GCCTTTTACTCGCTTTAAATA
* * *
121503 GTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTATA
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATA
* * * ** * * * * *
121568 ATTTAATGTCTGCCTTAAGAAATATGAAGAAAAAAGTATTCGTTGGTAAGAAAAGTTTATATATA
129 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * ** * * ** *
121633 GTCTCAT-ATTCTTTCGAACGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTCAGGATCTAATAATTGATT
194 GTCTC-TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* ** * * * *
121697 TTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTCATTGTAACAGACAATAATTGAAAGTCTATCTTCAGAAAC
258 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
* **
121762 ATGAAGAAAAAAATATTC
323 GTGAAGAAAAAAGCATTC
* * *
121780 ATTGGCATGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGC--------
1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAATA
* * *
121837 --TTTA-AATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAACTGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAAT
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTAT
* ** * ** * *
121899 AATTGAATGTTTACCTCCAAAAATTTGAAGAGAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
128 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * *
121964 AGCCTC-CGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGAT
193 AGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * ** *
122028 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAAAGACTATAATTGAAT-TTTTGCTTCAAGAA
257 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAA
*
122092 ACGTGAAGAAAAAAACATTC
321 ACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * * *
122112 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGTCGTTTTACTCGTTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CCTTTTACTCGCTTTAAATA
* *
122177 GTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTGTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTA
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--T-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTA
* * * * *
122241 TAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATATA
127 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * *** * *
122306 TAGTCTC-CTATTCCTTCAAACGCCTTTTCATAATTTATTTTCAATTGAATTTT-T--T-TACAT
192 TAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCC--TT-ATTACTCGCTTT-AAATG-GTTTTATAATCT-CAT
** ** * * * ** * * * ** * *
122366 TTTTGA-TCAAAATAGACAATAATTGA-ATGCTTATC-TCGAGAAAC-GTGTAGAA--AAATG-C
250 AATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACAT--TTTTCAT-TA-AAACAGACTATAATTGAATGTC
* ** *
122424 -A--TTCATTAAC----A-AAAAAAGTCTATTT
310 TACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAG-C-ATTC
* * * * *
122449 ATT-----G----T-C-------A--C-C-CATTCTTTCAAAAGCTTTATTACTTGTTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAATA
* * * * *
122493 GTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATATTTGGTTAAAATAGACTATA
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATA
* * * * * * *
122558 ATTGAATGTCTA-CTAGAGAAACGTAAAGAAAAGAGTATTCAATGCCAAGAAAAGTCCATTTATA
129 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * ** *
122622 GTCTGCT-ATTCCTTTAAAAGCCTTAGTACTCGCTCTAAAT-AATTTATAATCTAATAATTGATT
194 GTCT-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * ** *
122685 TTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTCT-AGTTAAAACAGACAATAATTGATTGTCTATCTCAAAAAA
258 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
** * *
122749 TATGAAGAAAAAGGAATTC
322 CGTGAAGAAAAAAGCATTC
* ** * * * * * *
122768 AGTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATTACTCGTTTTAAATG
1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAATA
* * * *
122833 GCTTTATAATCTAATAATTGATTTT-AGTT--TTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAGA-TAAT
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGACT-AT
* * ** * * *
122893 AATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAAAAATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCAT
128 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * *
122958 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATT
193 AGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * * **
123023 TTAAGTTGAA-TATTTTAGATGTTTCAATAAAACAGACTATAATTGAGTGTTTGTCTTG-GAAAA
258 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAA
* *
123086 CGTGTA-AAAAAACCTAATT-
322 CGTGAAGAAAAAAGC--ATTC
* * * * * * * * *
123105 ATTTGAAAG-AAAGTCCATTTATAGTGTCCCATTCCTTTAAAAGTCATGTTACACGCTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG-CCTTTTACTCGCTTTAAATA
* * * * * * * *
123169 GTTTCATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTCTTTGCA-TTTTTGATCAAAACAAACAAC
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTTG-TTAAAACAGACTAT
* * * ** * * * * * *
123233 AATTGAATTTTTATCTCAAGAAACGTGTAGAAAAATGCATTCATTGGTAGGATAAGTCCATTTAT
128 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * * * ** *
123298 AGTCACCCAATCCTTGAAAAACATTATTACTCTTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
193 AGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * * *
123363 TTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACATACTAGAATTGAATATTTACCTCGAGAAAC
258 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
* *
123428 ATGAACAAAAAAGCATTC
323 GTGAAGAAAAAAGCATTC
* * * * * *
123446 ATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCGTTCCTTCAAAAGCCTTTGTGCTCGCTTCAAATG
1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTT-TACTCGCTTTAAATA
* * * **
123511 GTTTTATAATATCATAATTGAATTTAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA-TAAT
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACT-AT
* * * * * *
123575 AATTGAATGTTTATCTCGAGAAACATGAAGAAAAATA-CATTCATTGGTAAAAAAAGT-TCATTT
128 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTT
* * * * * * *
123638 ATGGTCACCCGTTTCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
191 ATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * ** *
123703 TTTTAAGTTGAA-TATTTTAGATTTTTCTTTAAAACAGACAATAATTGCGTG-CTTGCCTTGAGA
256 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGA
* * ** *
123766 AATGTGTAGAAAAATCCATTT
320 AACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * * * *
123787 ATT--TAAAAAAAATCTATTTATAGTCT-TGCATTCCTTCAAAAGCCATGTTACACGCTTTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCT-CATTCCTTCAAAAGCC-TTTTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
123849 GGTTTTATAATC-CTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATCAAAACA-AATA
64 AGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACT-
* * * *
123912 ATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACGTGTAGAAAAACA-CATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATT
126 ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* *** *
123976 TATAGTCATC-CATTCCTTCAAAAGCATTATTACTTTTTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATT
190 TATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * ** *
124040 GATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTCGTTAAAACATACTATAATTGAATGTTTGTCTCGAG
254 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
*
124104 AAACATGAAGAAAAAAGCATTC
319 AAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * * * *
124126 ATTGGTAAGAAAA-TTTCATTTACAGTCACTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAAT
* * * * * * *
124190 GGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATATTTTAGATTTTTCT-TTAAAATAGACTAT
64 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGACTAT
* * * * * * ***
124254 AATTGAGTGCCTACTTTGAGAAACGTGTAG-AAAAACCTATTTATTTAAAAGAAAAGTCTATTTA
128 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* * * * *
124318 TAGTAT-TGCATTCCTTCAAAAGCCATGTTACACGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
192 TAGTCTCT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * ** * *
124382 TTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGATCAAAATAGAGAATAATTGAATGTCTATCTCGAGA
256 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
*
124447 AACGTGTAA-AAAAATGCATTC
320 AACGTG-AAGAAAAAAGCATTC
* * **
124468 ATTGGTATG-AAAGCTCTATTTATAGTCAT-TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAA
1 ATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAA
********* * * *
124531 T-GATTTTATAATCT-ANNNNNNNNNNTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCT-TTAAAATAGA
63 TAG-TTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGA
* ** * * * * * * *
124593 CTATAATTGAATGTTTGTCTAGAGAAATGTCAAGAAAAATGCATTCATTGGTAATAAAAGTCTTT
124 CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
* * * *** * *
124658 TTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAATGTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAATCACATAATT
189 TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* *
124723 GATTTTAAATT-AATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTATCTTG
254 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTG
* * *
124786 AGAAACATAAAGAAAAATGCATTC
317 AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * *
124810 ATTGGTAAGAAAAGT-TCATTTAT-GATCACTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAG-TCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAA
* * * * * *
124873 T-GATTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTAGATTTTTCT-TTAAAAGAGACA
63 TAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT-TGTTAAAACAGACT
* ** * * ** * ***
124936 ATAATTGAGTG-CTTGTCTTGAGAAACATGTAGAAAAACCCATTTATTTAAAAGAAAAGTCTATT
126 ATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
* * * * * * *
125000 TCTAGTCT-TGCATTTCTTCAAAAGCCATGTTACACGTTTTAAATGGTTTTATTATC-CTATAAT
190 TATAGTCTCT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAAT
* * * * ** ** * **
125063 TGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGATCAAAACAAAGAATAATTGAACATCTATCTCAA
253 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * *
125128 AAAACGTGTAGAGAAATGCATTC
318 GAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * * * * *
125151 ATTAGTATG-AAAGCTCTATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAAT
* * * * ** *
125215 GGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAGAGAC--T
64 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTAT
* * * * * *** * *
125278 AATTGAATGTTTGCCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAATTTTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTAT
128 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * * * * *
125343 AGCCTCCCATTCCCTCAAAATCCTTGTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATCATAGATT
193 AGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* ** * * * **
125408 TTAAGTTAAATTTTTTTTTATTTTTTATTAAAACAAACAATAATTGAATGTCT-CTCTCAAGAAA
258 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTTGAGAAA
** *
125472 TATGAAGAAAAATGCATTC
322 CGTGAAGAAAAAAGCATTC
** * * * * * * *
125491 ATTGATAATAGAAGTCCT-TTTATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGCGTTATTACTCGTTTTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAAT
* * *
125555 -GATTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAACCAAACTA
64 AG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTA
* * * * * *
125619 TAATTGAATGCCTACCTTGAGAAACATGTA-AACAAAGCCATTCATTGAG-AA-AATAAATCTGT
127 TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTG-GCAAGAA-AAGTCTAT
* * *
125681 TTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
189 TTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
125745 TGATTTTATA-TTGAATTTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTC
253 TGATTTTA-AGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * * *
125809 AACAGACATGAAGAAAAATA-TATTC
316 GAGAAACGTGAAGAAAAA-AGCATTC
* * * * *
125834 ATTGTCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT-TTACTCGCTTTAAATA
* * * * * * * *
125899 GTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAATTTAAATGCTTTTATATTTTTTATCAAAACAGACAATA
65 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATA
* * * * * * * *
125964 ATTGAATGTCTATCTTGAGAAACAT-ATAGAGAAACA-CATTTATTGGTAACAAATGTCTATTGA
129 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGA-AGA-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
* *
126027 TAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTC-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
192 TAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * **
126091 TTTTAAGTTGAGTTTTTTTTTTCTATTTTTCGTTAAAACAAACTATAATTGAATATCTACGTCAA
256 TTTTAAGTTGA--ATTTTTTTAC-ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGA
** * *
126156 GAAATATAAAGGAAAACA-CA-TC
318 GAAACGTGAA-GAAAAAAGCATTC
* * * *
126178 TATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
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* * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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*
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* * * ** * *
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* * * * * *
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*
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* * * **
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**
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* * * * ** **
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*
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* *
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
134385 ATCAAAACAGACAATAATTGAATATTTATCTCAAGAAACG-TGT
129 ATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-GATGT
* * * * *
134428 AGAAAAACACATTCATTGATAACAAAAGTCTATTTATAGTCACACATT
1 AGAAAAATACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
134476 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 846, Mismatches: 195, Indels: 63
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 121 0.14
170 80 0.09
171 500 0.59
172 141 0.17
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AGAAAAATACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCAT
TAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAGATGT
Found at i:134111 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 133229--134475 Score: 1307
Period size: 343 Copynumber: 3.7 Consensus size: 340
133219 NNNNNNAACG
* * * **
133229 TGAAGAAAAAAGCATTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCTTT
1 TGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCAT
* ** *
133294 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTTATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTTATTTTAAGTTGATATTTTTTTACATTTT
* * * * * *
133359 TGA-ATAAAATAGATAATAATTGAATGTTTATCTCAAGAAATATG-AAGAAAAA-AAATTCATTG
131 TGATA-AAAACAGACAATAATTGAAAGTTTACCTCAAGAAACATGTAA-AAAAATACATTCATTG
** * * * * *
133421 GCAAGAAAAGCCCATTTATCGTCACTCATTCCTTCAGAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTT
194 ATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* *
133486 TATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATATTTTATCA-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTG
259 TATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTTGAATTTTTTA-CATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTG
* * *
133550 AGTGCTTGACTCGATAAACA
322 AATGC-TGACTTGAGAAACA
* * * ** * * * ** *
133570 TGTAG-AAAAACTTATTTATT-TAAAAAAAAGTTCATTTACAGTCTTTCAATT-CTTCAAAAGCC
1 TGAAGAAAAAAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
133632 ATGTTACAT-GTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACAT
64 ATATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTTATTTTAAGTTGATATTTTTTTACAT
* * * * * *
133695 TTTTGATCAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAGATGTAGAAAAATGCATTCATT
128 TTTTGATAAAAACAGACAATAATTGAAAGTTTACCTCAAGAAACATGTAAAAAAATACATTCATT
* * * * * **
133760 GGTAAGAAAAGTCAATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAACAGTT
193 GATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
*
133825 TTGTAATCTCATAATTGTTTCTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATT
258 TTATAATCTCATAATTGTTT-TAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATT
* *
133890 AAATGTCTGTCTTGAGAAACA
321 GAATG-CTGACTTGAGAAACA
* * * * * *
133911 TGGAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGGAAAGTCCTTTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAACCCAT
1 TGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCAT
* * * * *
133976 GTTACAT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTAATGTTAAGTTGATATTGTTTTGCATTT
66 ATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTTATTTTAAGTTGATATTTTTTTACATTT
* * *
134040 TTGATAAAAACAGATAATAATTGAAAGTTTACCTCAAGAAGCGTGTAAAAAAATACATTCATTGA
130 TTGATAAAAACAGACAATAATTGAAAGTTTACCTCAAGAAACATGTAAAAAAATACATTCATTGA
* * * * ** *
134105 TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAGTCATTCCTTTATAAGCCTTATCACTTACTCTAAATGGTTTT
195 TAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
134170 ATAATCTCATAGTTGGTATTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGA
260 ATAATCTCATAATT-GTTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
* * *
134235 ATACCTGCCTTGAGAAACG
323 AT-GCTGACTTGAGAAACA
* * * *
134254 TGAAGAAAAAGCCATTCATTTAG-AA-AATAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCC
1 TGAAGAAAAAACCATTCA-TTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * *
134317 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTG-TATTTTTGTATATT
64 ATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTTATTTTAAGTTGATATTTTTTTACATT
* * * * * *
134381 TTTTATCAAAACAGACAATAATTGAATA-TTTATCTCAAGAAACGTGTAGAAAAACACATTCATT
129 TTTGATAAAAACAGACAATAATTGAA-AGTTTACCTCAAGAAACATGTAAAAAAATACATTCATT
* *
134445 GATAACAAAAGTCTATTTATAGTCACACATT
193 GATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATT
134476 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 753, Mismatches: 133, Indels: 39
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 60 0.08
340 163 0.22
341 71 0.09
342 172 0.23
343 281 0.37
344 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCAT
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTTATTTTAAGTTGATATTTTTTTACATTTT
TGATAAAAACAGACAATAATTGAAAGTTTACCTCAAGAAACATGTAAAAAAATACATTCATTGAT
AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGTTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
CTGACTTGAGAAACA
Found at i:134304 original size:514 final size:507
Alignment explanation
Indices: 133229--134475 Score: 1238
Period size: 514 Copynumber: 2.4 Consensus size: 507
133219 NNNNNNAACG
* * * * * * *
133229 TGAAGAAAAAAGCATTCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCTTT
1 TGAAGAAAAATGCATTC-ATTGTAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
133294 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTTATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGTTTTAAGTTGA--ATTTTTTACATTTT
* * * * * *
133359 TGAATAAAATAGA-TAATAATTGAATGTTTATCTCAAGAAATATGAAGAAAAAAAATTCATTGGC
127 TCATTAAAACAGACT-ATAATTAAATGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAAATTCATTGGC
* * * * *
133423 AAGAAAAGCCCATTTATCGTCACTCATTCCTTCAGAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTA
191 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAACCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * **
133488 TAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATATTTTATCATTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAGT
256 TAATCCCATAATTAATGTTAAATTGAATATTTTATCATTTTCATAAAAACAGACTATAATTGAAA
* * * * * * **
133553 GCTTGACTCGATAAACATGTAGAAAAACTTATTTATTTAAAAAAAAGTTCATTTACAGTCTTTCA
321 GCTTGACTCAAGAAACATGTAGAAAAAATCATTCATTGAAAAAAAAGTTCATTTACAGTCAGTCA
* * ** * * *
133618 ATTCTTCAAAAGCCATGTTACATGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTAA
386 ATTCTTCAAAAGCCATATCACATACTCTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTAA
* **
133683 ATTTTTTTACATTTTTGATCAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAGA
451 ATTTTTTTACATTTTTCATCAAAACAGACAATAATTGAATACCTACCTCAAGAAAGA
* * *
133740 TGTAGAAAAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCAATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAATGCATTCATT-GTAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* ** *
133805 ATTACTCGTTTTAAACAGTTTTGTAATCTCATAATTGTTTCTAAGTTGAAGTTTTTTACATTTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTTT-TAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT
* ** * *
133870 CATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGTCTTGAGAAACATGGAGAAAAAACCATTCATTGGCA
128 CATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAA-AATTCATTGGCA
* * * * *
133935 AGGAAAGTCCTTTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAACCCATGTTACAT-GCTTTAAATGGTTTTA
192 AGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAACCCATATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
133999 TAATCCCATAATTAATGTTAAGTTG-ATATTGTTTTGCATTTTTGATAAAAACAGA-TAATAATT
256 TAATCCCATAATTAATGTTAAATTGAATATT-TTAT-CA-TTTTCATAAAAACAGACT-ATAATT
* * * * *
134062 GAAAG-TTTACCTCAAGAAGCGTGTA-AAAAAATACATTCATTGATAAGAAAAG-TCTATTTATA
317 GAAAGCTTGA-CTCAAGAAACATGTAGAAAAAAT-CATTCATTGA-AAAAAAAGTTC-ATTTACA
* * * * * * *
134124 GTCAGTC-ATTCCTTTATAAGCCTTATCACTTACTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGGTA
378 GTCAGTCAATT-CTTCAAAAGCCATATCACATACTCTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATA
* * * * * **
134188 TTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATACCTGCCTTGAGAAAC
442 TTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATCAAAACAGACAATAATTGAATACCTACCTCAAGAAA-
134253 G-
506 GA
* *
134254 TGAAGAAAAA-GCCATTCATT-TAGAAAATAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCATTCAAAAGCC
1 TGAAGAAAAATG-CATTCATTGTA-AAAA-AAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * *
134317 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTGTATATTT
63 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG-TTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTT
* * * * * * * * * *
134382 TTTATCAAAACAGACAATAATTGAATATTTATCTCAAGAAACGTGTAGAAAAACACATTCATTGA
126 TTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-AAATTCATTGG
* * * * *
134447 TAACAAAAGTCTATTTATAGTCACACATT
190 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATT
134476 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 600, Mismatches: 114, Indels: 41
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 66 0.11
511 178 0.30
512 15 0.03
513 55 0.09
514 281 0.47
515 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (507 bp):
TGAAGAAAAATGCATTCATTGTAAAAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCAT
TAAAACAGACTATAATTAAATGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAAATTCATTGGCAAGAA
AAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAACCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
CCATAATTAATGTTAAATTGAATATTTTATCATTTTCATAAAAACAGACTATAATTGAAAGCTTG
ACTCAAGAAACATGTAGAAAAAATCATTCATTGAAAAAAAAGTTCATTTACAGTCAGTCAATTCT
TCAAAAGCCATATCACATACTCTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTAAATTTT
TTTACATTTTTCATCAAAACAGACAATAATTGAATACCTACCTCAAGAAAGA
Found at i:135743 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 135157--135769 Score: 506
Period size: 170 Copynumber: 3.6 Consensus size: 168
135147 NNNNNNNNNN
* * **
135157 ATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAAACATTCAATT
1 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAAACATTCAATT
* * * * *
135222 ATAATCTGTTTTAATCAAATATGTAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAAC
66 ATAATCTGTTTTAGTCAAAAATGT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTAT-AGATTATAAAAC
** *
135287 TATTTAAAACGAGTAATAAAACTTTTGAAGGAATGGGTGACA
129 TATTTAAAA-GAGTAA-AAAACTTTTGAAGGAATAAGTGACT
* * * * * ***
135329 ATAAATAGATTTTTTTTGGCAATGAATG-TATTTTTCTAC-TCGTTTCTAGAGATAGGTATTCAA
1 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTCTTCAT-GTTTCTTGAGATAAACATTCAA
* * * * * *
135392 TTATTATCTCTCTT-GATCAAAAATGCAAAAAAATTCAATCTAAAATAAATTATAGATTATAAAA
64 TTATAATCTGTTTTAG-TCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAGATTATAAAA
* ******* *
135456 -TCATTT-AAAGCGTNNNNNNNNNNTTTTGAAGGAATGAA-AGACT
128 CT-ATTTAAAAGAGT---AAAAAACTTTTGAAGGAAT-AAGTGACT
* * ** * *
135499 ATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTT-TTCATTTCAAACACTAAAT
1 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGAT-AAACATTCAAT
* * * **
135563 TATAGTCTGTTTTAGTGAAACAT-TTTAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAC
65 TATAATCTGTTTTAGTCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTAT-AGATTATAAAAC
* *
135627 TATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATAAGTGACT
129 TATTTAAAA-GAGTAAAAA-ACTTTTGAAGGAATAAGTGACT
* * * *
135669 ATAAATGGACTTTGTTTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTTGACATAGACATTCAAT
1 ATAAATAGACTTT-TCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAAACATTCAAT
** * *
135733 TATTGTCTGTTTTATTCAAAAATGTAAAAGAATTCAA
65 TATAATCTGTTTTAGTCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
135770 CTTANNNNNN
Statistics
Matches: 335, Mismatches: 85, Indels: 43
0.72 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 32 0.10
170 170 0.51
171 60 0.18
172 70 0.21
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAAACATTCAATT
ATAATCTGTTTTAGTCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAGATTATAAAACTA
TTTAAAAGAGTAAAAAACTTTTGAAGGAATAAGTGACT
Found at i:136442 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 135962--136498 Score: 471
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 169
135952 NNNNNNNNNA
* * * ** *
135962 AAAAAATT-AACTTAAAATAAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAAGCTTTT
1 AAAAAATTCAATTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAA-CAAGCTTTT
* * ** * * * * **
136026 GAAGGGATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGGCAATGAATGCATTTTTCTACACATTTCTTG
65 GAAAGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTG
* *
136091 ATATAGACATTCAATTATTATCTGTTTTGATCAAAAATGTT
130 ACATAGACATTCAATTA-TATCTGTTTTAATCAAAAATGTT
* * *
136132 AAAAAATTCAATTTAAAATAAATTAT-AGGATTATAAAACCATTTGAAGCATGTAACATAGCTTT
1 AAAAAATTCAATTTAAAATAAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAACA-AGCTTT
* * ** *
136196 TGAAAGAATGAA-AGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAACGAATGCTTTTTTCTTCATGATTCT
64 TGAAAGAAT-AAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATG-TT-T
* * *
136260 CATGGC--AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTT
126 CTTGACATAGACATTCAATTATA-TCTGTTTTAATCAAAAATGTT
********** *
136303 -AANNNNNNNNNNTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTCAA-AAGGCTTT
1 AAAAAATTCAATTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGT-AACAA-GCTTT
* * * *
136366 CGAATGAATAAGTGACTGTAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTT
64 TGAAAGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTT
*
136431 GACATAGACATTCAATTATTACCTGTTTT-ATCCAAAAATG-T
129 GACATAGACATTCAATTA-TATCTGTTTTAAT-CAAAAATGTT
* *
136472 AAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTAT
1 AAAA-AATTCAATTTAAAATAAATTAT
136499 TATATTNNNN
Statistics
Matches: 284, Mismatches: 66, Indels: 33
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.02
169 8 0.03
170 130 0.46
171 135 0.48
172 2 0.01
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AAAAAATTCAATTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAACAAGCTTTTG
AAAGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGA
CATAGACATTCAATTATATCTGTTTTAATCAAAAATGTT
Found at i:137293 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 136960--137370 Score: 410
Period size: 170 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
136950 NNNNNCAAGG
*
136960 TAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAGAAATTAACTTAAAATCAATTATG
1 TAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAGAAATTAACTTAAAATAAATTATG
** * * * *
137025 AGATTACAAAACTGTTTAAAATGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGATGACAATAAATAAACT
66 AGATTACAAAACCATTTAAAAT-AGTAACAAAGCTTTGGAAGGAATGAAAGACAATAAATAAACT
* * *
137090 TTTCTTGGCAATGAATGCATTTGACTACATGTTTCT-TGATA
130 TTTCTTAGCAACGAATGCATTTGACTACATGTTTCTATGACA
* * * *
137131 TAGACATTCAATTATTGTTTGTTTTGA-TCAAAATGTAAAA-AAATTCAA-TTCAAAATAAATTA
1 TAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAGAAATT-AACTT-AAAATAAATTA
* * * * * * **
137193 TGGGGTTATAAAACCATTTGAAGCAT-GTAACATAGCTTTGGAAGGAATGAAAGACTATAAATGG
64 TGAGATTACAAAACCATTT-AA-AATAGTAACAAAGCTTTGGAAGGAATGAAAGACAATAAATAA
* * ** *
137257 ACTTTTCTTATCAACGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCATGACA
127 ACTTTTCTTAGCAACGAATGCATTTGACTACATGTTTCT-ATGACA
* * *
137303 -A-ACATTCAATTATAGTTTATTTTAA-TAAAAAA-TATTAAA-AATTTAACTTAAAATTAATTA
1 TAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAAAGTA--AAAGAAATTAACTTAAAATAAATTA
137363 TGAGATTA
64 TGAGATTA
137371 TAANNNNNNN
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 36, Indels: 19
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.05
170 143 0.73
171 37 0.19
172 6 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAGAAATTAACTTAAAATAAATTATG
AGATTACAAAACCATTTAAAATAGTAACAAAGCTTTGGAAGGAATGAAAGACAATAAATAAACTT
TTCTTAGCAACGAATGCATTTGACTACATGTTTCTATGACA
Found at i:138804 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 138399--140713 Score: 1515
Period size: 170 Copynumber: 13.6 Consensus size: 170
138389 AATAAATGAG
* *
138399 TTTTTCTACATGTTTCTCGAGGCA-AG-CACTCAATTA-TAGTCTGTTTCAAT-AAAAAT-TATA
1 TTTTTCTACATGTTTCTCGA-G-ATAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAATCAAAAATGTA-A
* * * * * * *
138459 AAATATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGCAAGTAATAAGGGTTTTG
62 AAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTTG
* *
138524 AAGGAATGAGA-GACTATAAATCA-ACTTTTCTTACCATTTG-ATGCT
126 AAGGAATGA-ATGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCA-ATGAATGCT
* * * * ********** * *
138569 TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTANNNNNNNNNNTA-TAGTCTATTTTAA-CTAAAAATATAAAA
1 TTTTTCTACATGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAATC-AAAAATGT-AAA
* * * *
138632 AAAATTAACTTAAAATCAATTATGAAATTACAAAACTGTTTAACACGAGTAATAAAGCTTTTGAA
63 AAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTTGAA
* * * * *
138697 GAAATGGATGGCAATAAATAGACTTTTCTTAG-CAATGAATGCA
128 GGAATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTT-GCCAATGAATGCT
* * *
138740 TTTTTCTACTTGTTTCTCGAAATAGACATTCAATTATTATCTGTTTTGATCAAAAATGTAAAAAA
1 TTTTTCTACATGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAA
* ********** * * **** *
138805 ATTCAATTTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-ATGTAACCCGGCTTTTGAAA
66 ATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGA-GTAATAAAGCTTTTGAAG
* * * * *
138869 GAATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCGACGAATGCT
129 GAATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT
** * * *
138911 TTTTTCTTA-ATGTTTCTC-ATGGCAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAATGAAAAATATTAA
1 TTTTTC-TACATGTTTCTCGA-GATAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAATCAAAAATGTAAA
******************************* * *
138973 ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACCATTTAAAATGAGTAA-AAAGACTTTTGA
63 AAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAAG-CTTTTGA
* * *
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* * * *
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1 TTTTTCTACATGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAA
* * * * **
139146 ATTCAA-TCTCAAATAAATTATG-GATTATAAAA-TCATTTAAAGC-ATGTAACATGGCTTTTGA
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* * *
139207 AGGAATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTGAATGCT
127 AGGAATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT
* ** * *
139251 TTTTTCTTCATGTTTCTC-ATGGCAGACATTCAATTA-TAGTTTGTTTTAA-CAAAAAATGT-TA
1 TTTTTCTACATGTTTCTCGA-GATAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAA
* *
139312 AAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAG---AT-----TATTTAAAATGAGTAA-AAAGGCTTTTG
63 AAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAA-GCTTTTG
*
139368 AAGGAAT-AAGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGCCAATGAATGCT
126 AAGGAATGAA-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT
** * * * *
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1 TTTTTCTACATGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATG--TAAAA
* * * * *
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64 AAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTTGAAG
**
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* * * ** * * *
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1 TTTTTCTACATGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATTATCTGTTT-TAATCAAAAAT-GTAAAA
* * * * * **
139649 AATTTAACTTAAAATAAATAATGCA-ATTATAAAACTATTTAAAACGTGTAACATGGCTTTTGAA
64 AAATTAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTTGAA
* *** * **
139713 GGAATGGGA-GACTATAAAAAATAGACTTTTCTTTTAAATAAATGAG
128 GGAAT-GAATGACTAT---AAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT
** * *
139759 TTTTTCTACATGTTTCTCGAGGCAGACACTCAATTA-TAGTCT-ATTTAAT-AAAAAT-TATAAA
1 TTTTTCTACATGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAATCAAAAATGTA-AAA
* * * *
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* * * * * *
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128 GGAATGAA-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT
* ** * *
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1 TTTTTC-T-ACATGTTTCTCGAGATAGA-CATTCAATTATTATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAA
* * *
139989 AAACAATCAACTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAAGATTTTG
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* ** * *
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126 AAGGAATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-T
* * * * * * * *
140100 ATTTT-TACACGTTTCTCGAGATAGGCTTTCAATTATTTTCTGTCTTGATCAAAAATATAAAAAA
1 TTTTTCTACATGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAA
* * * * * **
140164 ATTCAA-TTCAAAATAAATTATGA-ATTATAAAACTATTTGAAGCGTGTAACATGGCTTTTGAAG
66 ATT-AACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTTGAAG
* **
140227 GAATGAAAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCT
129 GAATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT
* * ** * * *
140269 TTTTTTTTCATGTTTCTC-ATGGCAGACATTCAATTA-TAGTCTATTTTAATGAAAAATGT-TAA
1 TTTTTCTACATGTTTCTCGA-GATAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
*
140331 AAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAA-AAAGGCTTTTGA
64 AAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAA-GCTTTTGA
* * *
140395 AGTAAT-AAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATGCT
127 AGGAATGAA-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT
** * * * * ** * * *
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1 TTTTTCTACATGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAA
* * * *
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66 ATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTTGAAGG
** * *
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* * * * *
140609 TTTTTCT-CTATGTTTCTCAAGATAGACATTTAATTCTTGTCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAA
1 TTTTTCTAC-ATGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA
* * *
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140714 NNNNNNNNNN
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* *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * ********** * *
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* * * * * * *
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*
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* * *
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* ********** * ** *
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* * * * *
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****** * * *
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*
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* * *
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* *
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* *
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* * * *
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* * *
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* *
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320 TTTCTTGCCAATGAATACA
** * * * *
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* * * *
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*** * * * *
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** * * * * * *
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* ** ** * *
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*** * *
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** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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* * **
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318 CTTTTCTTGCCAATGAATACA
* * * *
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1 T-TTTTCTACATGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATTATCTGT-TTGATCAAAAATATAAAAA
* * *
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** *
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128 GGAATGAAAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCATGG
*
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* * * *
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* *
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321 TTCTTGCCAATGAATACA
** * * * * ** * *
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1 TTTTTCTACATGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATTATCTG-TTTGATCAAAAATATAAAAAA
** * * * *
140504 ATTCAACTTAAAAGCAATTATTAGATTATAACACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGG
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**** * * **
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* * * * * * *
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* *
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257 GATTATAAAACTATTTA
140714 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGA
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ATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAAGCTTTTGAAGGAATAAGTGACAATAAATAGACTTTTCTT
GCCAATGAATACA
Found at i:140524 original size:511 final size:508
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138995 NNNNNNNNNN
* * **
139005 AAACCATTTAAAATGAGTAA-AAAGACTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA
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* *
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* * * *
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* ** *
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192 ATGGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTCTTCA
* * *
139261 TGTTTCTCATGGCAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTTAAAAATTCAATTTAA
257 TGTTTCTCATGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-TAAAAATGTTAAAAATTCAATTTAA
* *
139326 AATCAATTATGAG---AT-----TATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACT
321 AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGAAATAAGTGACT
* *
139383 ATAAATAGATTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGATAGACATTCAATT
386 ATAAATAGATTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATT
* * * **
139448 ATTATTTGTTTTATTGAAAAATGCAAAAAAAAATT-AACTTAAAATTAATTATTAGATTATA
451 ATTGTCTGTTTTATT-AAAAAT---ATAAAAAATTCAACTTAAAAGCAATTATTAGATTATA
* * * * *
139509 CAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTG
1 AAACTATTTAAAACGAGTAATAAAGATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTA
* * ** * * * *
139573 CCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTTTTAAGATAGACATTCAATTGTTGTCT-TTTCTAATCA
65 CCAATGAATAC-TTTTTCTACACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATTGTCTGTCT-TAATCA
* * * * *
139637 AAAATATTAAAAAATTTAACTTAAAATAAATAATGCAATTATAAAACTATTTAAAACGTGTAACA
128 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAACA
** * * * ** *
139702 TGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAAAAATAGACTTTTCTTTTAAATAAATGAGTTTTTCTA
193 TGGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTAT---AAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTCTT
* * *
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255 CATGTTTCTC-ATGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAATGT-TAAAA-ATTCAAT
* * *
139829 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAACGAGTAATAAA-GTTTTTGAAGAAATAAG
317 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAA-AAAGGCTTTTGAAGAAATAAG
* * * * * * * ** * *
139893 AGATTATAAATAGACTATTCTTGCCATTGTATGCTTTTTTCTTCACATTTTTCGAGGTAAGCATT
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* * * * * * *
139958 CAATTATCGTCTATTTTAACTAAATATGTAAAAACAATCAACTT-AAAGTCAATTATGAGATTAT
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140022 A
508 A
* * *
140023 AAACTATTTAAAACGAGTAATAAAGATTTTGAACGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGC
1 AAACTATTTAAAACGAGTAATAAAGATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
* * * * *
140088 CAATGAATACATATTTT-TACACGTTTCTCGAGATAGGCTTTCAATTATTTTCTGTCTTGATCAA
66 CAATGAATAC-T-TTTTCTACACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATTGTCTGTCTTAATCAA
*
140152 AAATATAAAAAAATTCAA-TTCAAAATAAATTATG-AATTATAAAACTATTTGAAGCGTGTAACA
129 AAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAATAAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAACA
*
140215 TGGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTTTTCAT
193 TGGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTCTTCAT
140280 GTTTCTCATGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTTAAAAATTCAATTTAAA
258 GTTTCTCATGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAT-AAAAATGTTAAAAATTCAATTTAAA
*
140345 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGTAATAAGTGACTA
322 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGAAATAAGTGACTA
* *
140410 TAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAGTTA
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*
140475 TTGTCTGTTTTTTTAAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAAGCAATTATTAGATTATA
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* * * *
140534 ACACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATAGACTTTTCTTAC
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* * * * * *
140599 CAATGAATGCTTTTTCT-CTATGTTTCTCAAGATAGACATTTAATTCTTGTCTGTTTTAATTAAA
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* * *
140663 AATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATGAAATTATAAAACCATTTA
130 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAAATTATAAAACTATTTA
140714 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1005, Mismatches: 159, Indels: 75
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Matches are distributed among these distances:
503 3 0.00
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AAACTATTTAAAACGAGTAATAAAGATTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
CAATGAATACTTTTTCTACACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATTGTCTGTCTTAATCAAAA
ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAACATGG
CTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTT
TCTCATGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAATGTTAAAAATTCAATTTAAAATCA
ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGAAATAAGTGACTATAAA
TAGATTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATTGT
CTGTTTTATTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAAGCAATTATTAGATTATA
Found at i:142300 original size:170 final size:171
Alignment explanation
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141659 NNNNNNNNNN
* * * * *
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1 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAGACATTC
* * * * * * * *
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* *
141799 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
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* * *
141840 GACTATAAATGGACTTTTTTTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCTTA-ATAGACAT
1 GACTATAAATAGAC-TTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGATAGACAT
* * * * *
141904 TCAATTGTTGTCTT-TTTTAAACAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGACATT
64 TCAATTATAGT-TTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * * **
141968 ATAAAATTATTTAAAGC-ATGTAACATGGCTTTTCAAGGAATGAAA
127 ATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
*** * ** * * * *
142013 GACTATAAATAATGGACTTTTCTTTTAAATAAATGAGTTTTTCTACATATTTCTCGAGACAGGCA
1 GACTATAAAT-A--GACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAGACA
* * * *
142078 CTCAATTATAGTCTGTTTCAAT-AAAAAT-TATAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
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* * *
142141 ATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGAGA
127 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * * * * * * *
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1 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAGACATTC
* * * * *
142251 AATTATAGTTTATTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAAAT-AACTTAAAATCAATTATGAAATTACA
66 AATTATAGTTTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * *
142314 AAACTGTTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGT
130 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* *** * * *
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1 GACT-ATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAGACATT
* * * * * * *
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65 CAATTATAGTT-TGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTA
* * **
142483 TAAAACCATTTAAAGC-ATGTAACATGGCTTTTGAAGGAATGAAA
128 TAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * * * * * *
142527 GACTATAAATGGACTTTTCTTATCGACGAATTCTTTTTTCTTCATGTTCCTC-ATGGTAGACATT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GATAGACATT
* * *
142591 CAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGT-TAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATA
65 CAATTATAGTTTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * *
142655 AAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGACTTTTGAAGGAATAAGT
130 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * * * * *
142697 GACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTGCTTCATTTTTATCGAGATAGATATTC
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAGACATTC
* * * * *
142762 AATTATTGTCTGTTTTATTCAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGA-TATTA
66 AATTATAGTTTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TA
* * *
142826 AAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
130 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
* * *
142868 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTT-TCTCACGTTTCTCGAGAAAGACATT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCT-TCATGTTTCTCGAGATAGACATT
* * * * * * * * * *
142932 CAATTGT-TTTCTATTTTAATAAAAAATGT-AAAACATTTAACTTAAAATTAATTGTTAGAGTAT
65 CAATTATAGTT-TGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
142995 AAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGAGCTTTTGAAGAAATGGGT
129 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGAATGAGT
*
143038 GACTATAAATGGACTTTTCTT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTT
143059 GNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAGACATTC
AATTATAGTTTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGT
Found at i:142521 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 141669--143059 Score: 1435
Period size: 341 Copynumber: 4.1 Consensus size: 342
141659 NNNNNNNNNN
* ** * *
141669 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTTGACAAAGACATTC
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTACATGTTTCTCGACATAGACATTC
* * * *
141734 AAATATTGTCTATTTTATTCAAAAATGTAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAATTATTAGATTATA
66 AATTATTGTCTGTTTTATTCAAAAATGTAAAA-ATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * ** *
141798 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTA
130 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAAACTATAAATGGAC-TTTTCTTA
* * *
141863 CCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCTTAA--TAGACATTCAATTGTTGTCTT-TTTTAA-
194 CCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC--AAGGTAGACATTCAATTATAGT-TTATTTTAAT
* * ** *
141924 ACAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGACATTATAAAATTATTTAAAGC-ATG
256 A-AAAAATGTAAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGA-G
* ** * **
141988 TAACATGGCTTTTCAAGGAATGAAA
318 TAATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGT
*** * * * * *
142013 GACTATAAATAATGGACTTTTCTTTTAAATAAATG-AGTTTTTCTACATATTTCTCGAGACAGGC
1 GACTATAAAT-A--GACTTTTCTTGCCAATGAATGCA-TTTTTCTACATGTTTCTCGACATAGAC
* * * *
142077 ACTCAATTATAGTCTGTTTCAAT-AAAAAT-TATAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
62 ATTCAATTATTGTCTGTTTTATTCAAAAATGTA-AAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * **
142140 TATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGAGAAACTATAAATAAACTTTTC
126 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAAACTATAAATGGACTTTTC
* * *
142205 TTACCATTGTATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTATTTTAAC
191 TTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTATTTTAA-
* * * **
142270 T-AAAAATATAAAAAAAAT-AACTTAAAATCAATTATGAAATTACAAAACTGTTTAAAACGAGTA
255 TAAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTA
*
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320 ATAAAGCTTTTGAAGGAATGAGT
* **
142356 G-GTAATAAATAGACTTTTCTTGGTAATGAATGCATTTTTCTACATGTTTCTCGACATAGACATT
1 GACT-ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTACATGTTTCTCGACATAGACATT
* * * * *
142420 CAATTATTTTCTGTTTTGA-TCAAAGATGTAAAAATATTCAA-TCGAAAATAAATTATGGGATTA
65 CAATTATTGTCTGTTTT-ATTCAAAAATGTAAAAATATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTA
* *
142483 TAAAACCATTTAAAGC-ATGTAACATGGCTTTTGAAGGAATGA-AAGACTATAAATGGACTTTTC
128 TAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAA-ACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * * *
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191 TTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTATTTTAAT
* * * * *
142611 GAAAAATGT-TAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAA
256 AAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
*
142675 -AAAGACTTTTGAAGGAATAAGT
321 TAAAG-CTTTTGAAGGAATGAGT
* * * * * *
142697 GACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTGCTTCATTTTTATCGAGATAGATATT
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTT-CTACATGTTTCTCGACATAGACATT
*
142761 CAATTATTGTCTGTTTTATTCAAAAATGT-AAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGA-TAT
65 CAATTATTGTCTGTTTTATTCAAAAATGTAAAAAT-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-
* * * **
142824 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
128 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAAACTATAAATGGACTTTTCTT
* ** * *
142889 ACCAATGAATGCTTTTTT-TCTCACGTTTCTCGAGAAAGACATTCAATTGT-TTTCTATTTTAAT
193 ACCAATGAATGCTTTTTTCT-TCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTT-TATTTTAAT
* * * * * * * *
142952 AAAAAATGT-AAAACATTTAACTTAAAATTAATTGTTAGAGTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
256 AAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
* * *
143016 TAGAGCTTTTGAAGAAATGGGT
321 TAAAGCTTTTGAAGGAATGAGT
*
143038 GACTATAAATGGACTTTTCTTG
1 GACTATAAATAGACTTTTCTTG
143060 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTACATGTTTCTCGACATAGACATTC
AATTATTGTCTGTTTTATTCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAAACTATAAATGGACTTTTCTTACC
AATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTATTTTAATAAAAA
ATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAG
CTTTTGAAGGAATGAGT
Found at i:143916 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 143508--145087 Score: 993
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143498 NNNNNNNNNN
* ** * * * *
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1 TTCTTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* ** *
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66 CAACTTAAAATTAATT-ATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAA
* * * * * *
143634 TGAGAGGCTATAGATAGACTTTTTTTTCCCAGTAAATGCTTTT
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* * * * *
143677 TACTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAA-GATAAAAAAAT
1 TTCTTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATG-TAAAAAAAT
* *
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65 TCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCAGT-AATAAGGCTTTTAAAGGAA
* * *
143806 TGGGATACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAATGCTTTT
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** * * ** *
143848 TTCTTCATGTTTCTTAAGGGAAACATTCAATTATTGTCTGTTATCTTCAAAAATGTAAAAATATT
1 TTCTTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* ** * * *
143913 CAACTTAAAATCAATTATTTGATTATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAC
66 CAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT
* * *
143978 GAG-TGGCTATAAATAGACTTTTCTTAGCAATGAATACTTTT
129 GAGAT-GCTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATGCTTTT
* * * *
144019 TTGTTCATGTTTCTCT-AGATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCGAAAATATAAACAAAT
1 TTCTTCATGTTTCT-TAAGATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
144083 TCAACTT---A--AA--AT--CATT-TAAAAC-------G-AGTAATAATGCTTTTGAAGAAATG
65 TCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGCAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG
* *** * *
144130 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTCACCAATGAATG-TGTTT
130 AGATGCTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATGCT-TTT
* * * * * * * *
144170 TTCTACACGCTTCTCAGGATAAACATTCAATTATTATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
1 TTCTTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * * * * ** * *
144235 CAAGTTAAAATCAATTATGGGTTTATAAAACCATTTAAAGTATGTAACATTGCTTTTGAAGAAAT
66 CAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCA-GTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT
* * * * ** *
144300 GAGA-GACTATAAAT-GAACTTTTCTTTCAAATAAATGGGTAT
129 GAGATG-CTATAAATAG-ATTTTTCTTACCAATGAATGCTTTT
* ** * * * * * * * *
144341 TTCTATAAT-TTTCTCGAGGTAGGCACTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATCT-AAAATAT
1 TTCT-TCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
144404 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATAAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
65 TCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA
* * * *
144469 TGAG-TGATTATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGTTTTT
128 TGAGATG-CTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATGCTTTT
* * * * ** * **
144511 TTCTTCAAGTTTCTTGAGATAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAATTGAAAATGCAAAAACCTT
1 TTCTTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
* ** *
144576 CAACTTAAAATCAACAATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAA
66 CAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAA
* * * *
144640 TG-GAAGGATATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATCCTTTT
128 TGAG-ATGCTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATGCTTTT
* * * * *********
144682 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTA-AGCAATCAATTATAGTCTGTTTTAA-CTAAAAATANNNNNNNN
1 TTCTTCATGTTTCTTAAGATAGA-CATTCAATTATTGTCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAA
** * * * * *
144745 NNCAACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGA
64 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTTTAAAGGA
* ********** *
144810 ATGAGAGGCTATANNNNNNNNNNTCTTGCCAATGAATGCTTTT
127 ATGAGATGCTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATGCTTTT
* * * *
144853 TTCTTCATTTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATTGTTTTTTTTAATCAAAAATGTAAAAAACTT
1 TTCTTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
*********** * *
144918 CAACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GATTTCTTAAGGAA
66 CAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTTT-TAAAGGAA
* * * *
144982 TGAGAGGCTATAAATAGAATTTTCTTGCCAATGAATTCTTTT
128 TGAGATGCTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATGCTTTT
* ** * * ** * *
145024 TTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACTTTCAATTATAAT-TTTTTTGAATGAAAAATGTAAAAAAAT
1 TTCTTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTT-AATCAAAAATGTAAAAAAAT
145088 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1117, Mismatches: 237, Indels: 112
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
150 1 0.00
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Consensus pattern (169 bp):
TTCTTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
CAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGCAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGA
GATGCTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGAATGCTTTT
Found at i:144171 original size:151 final size:151
Alignment explanation
Indices: 143938--144247 Score: 399
Period size: 151 Copynumber: 2.1 Consensus size: 151
143928 TATTTGATTA
* * * * *
143938 TAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAACGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTT
1 TAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAACGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTC
* * * * * * * *
144003 AGCAATGAATACTTTTTTGTTCATGTTTCTCTA-GATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATC
66 ACCAATGAATACTTTTTTCTACACGCTTCTC-AGGATAAACATTCAATTATTATCTATTTTAATC
* *
144067 GAAAATATAAACAAATTCAACT
130 AAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * *
144089 TAAAATCATTTAAAACGAGTAATAATGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTC
1 TAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAACGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTC
*
144154 ACCAATGAAT-GTGTTTTTCTACACGCTTCTCAGGATAAACATTCAATTATTATCTATTTTAATC
66 ACCAATGAATACT-TTTTTCTACACGCTTCTCAGGATAAACATTCAATTATTATCTATTTTAATC
* *
144218 AAAAATGTAAAAAAATTCAAGT
130 AAAAATATAAAAAAATTCAACT
144240 TAAAATCA
1 TAAAATCA
144248 ATTATGGGTT
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 21, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
150 2 0.01
151 134 0.99
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (151 bp):
TAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAACGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTC
ACCAATGAATACTTTTTTCTACACGCTTCTCAGGATAAACATTCAATTATTATCTATTTTAATCA
AAAATATAAAAAAATTCAACT
Found at i:144373 original size:322 final size:320
Alignment explanation
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Period size: 322 Copynumber: 2.9 Consensus size: 320
143777 TAAAGCAATC
* * * *
143787 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGATACTATAAATGGATTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGATACTATAAATAGACTTTTCTCACCAATGAATGCTTTTTTCT
* * * * * ** *
143852 TCATGTTTCTTAAGGGAAACATTCAATTATTGTCTGTTATCTTCAAAAATGTAAAAATATTCAAC
66 ACACGCTTCTTAAGGGAAACATTCAATTATTATCTATTATAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
** * * *
143917 TTAAAATCAATTATTTGATTATAAAACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAACGAGT
131 TTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAATC-AGTAACAAGGCTTTTGAAGAAACGAGA
* * * * * * * *
143982 GGCTATAAATAGACTTTTCTTAGCAATGAATACTTTTTTGTTCATGTTTCTCTAGATAGACATTC
195 GACTATAAATAGACTTTTCTTAGCAATAAATACGTATTTCTTAATGTTTCTCGAGATAGACACTC
* *
144047 AATTATTGTCTGTTTTAATCG-AAAATATAAACAAATTCAACTTAAAATCATTTAAAACGAGT
260 AATTATAGTCTATTTTAAT-GAAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCATTTAAAACGAGT
* *
144109 AATAATGCTTTTGAAGAAATGGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTCACCAATGAATG-TGTTTTT
1 AATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGAT-ACTATAAATAGACTTTTCTCACCAATGAATGCT-TTTTT
* * *
144172 CTACACGCTTC-TCAGGATAAACATTCAATTATTATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTC
64 CTACACGCTTCTTAAGG-GAAACATTCAATTATTATCTATTATAATCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * ** *
144236 AAGTTAAAATCAATTATGGGTTTATAAAACCATTTAAAGT-ATGTAACATTGCTTTTGAAGAAAT
128 AACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAA-TCA-GTAACAAGGCTTTTGAAGAAAC
* ** *
144300 GAGAGACTATAAAT-GAACTTTTCTT-TCAAATAAATGGGTATTTCTATAAT-TTTCTCGAGGTA
191 GAGAGACTATAAATAG-ACTTTTCTTAGC-AATAAATACGTATTTCT-TAATGTTTCTCGAGATA
* * *
144362 GGCACTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATCTAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
253 GACACTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATC-A-T-T----
144427 TAAGAAAACCATTTAAAGCGAGT
311 T---------A---AAA-CGAGT
* * ** *
144450 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGAT--TATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGTTTTTTT
1 AATAAGGCTTTTAAAGAAATG-G-GATACTATAAATAGACTTTTCTCACCAATGAATGCTTTTTT
* * * * ** * * ** * **
144513 CTTCAAGTTTCTTGAGATAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAATTGAAAATGCAAAAACCTTCA
64 CTACACGCTTCTTAAGGGAAACATTCAATTATTATCTATTATAATCAAAAATGTAAAAAAATTCA
** * * * * **
144578 ACTTAAAATCAACAATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG
129 ACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAATC-AGTAACAAGGCTTTTG-AAGAAACG
* * * * * * * *
144643 A-AGGA-TATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATCCTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTA-AG
192 AGA-GACTATAAATAGACTTTTCTTAGCAATAAATACGTATTTCTTAATGTTTCTCGAGATAGA-
* *
144705 CAATCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATA
255 CACTCAATTATAGTCTATTTTAA-TGAAAAATA
144737 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 502, Mismatches: 83, Indels: 67
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
321 26 0.05
322 226 0.45
323 5 0.01
324 1 0.00
328 1 0.00
337 1 0.00
340 6 0.01
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343 1 0.00
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (320 bp):
AATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGATACTATAAATAGACTTTTCTCACCAATGAATGCTTTTTTCT
ACACGCTTCTTAAGGGAAACATTCAATTATTATCTATTATAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
TTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAATCAGTAACAAGGCTTTTGAAGAAACGAGAG
ACTATAAATAGACTTTTCTTAGCAATAAATACGTATTTCTTAATGTTTCTCGAGATAGACACTCA
ATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCATTTAAAACGAGT
Found at i:145793 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 145477--146311 Score: 825
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 170
145467 NNNNNNAAAC
* * *
145477 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAACGATTAATAAGGCT
1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * * * *
145542 TTTGAAGGAATGAGAAACTAGAAATAGACTTTTCTGGTCATTGAATGCTTTTTTCCTCACA-TTT
66 TTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATACGTTTTTCTTCA-AGTTT
* * *
145606 -TTGAAGGTAGACATTCAGTTATAGTCTATTTTAATAAAAAAT
130 CTCG-AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-AAAAAAT
* * * *
145648 GTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGACATTATATAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* *
145713 TTTGAAAGAATTG-GATG-CTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCGTTTTTGTTCAAGTT
66 TTTGAAAGAA-TGAGA-GACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATACGTTTTTCTTCAAGTT
* *
145776 TCTCGATGTTA-ACATTCAATTATTGTCTGTTTTTAAAAAAACA-
129 TCTCGA-GGTAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTTAAAAAAA-AT
* * * *
145819 GTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCT
1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * * *
145884 TTTG-AAGAAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAGTAAATACATTTTTCTTCATGTTT
66 TTTGAAAG-AATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATACGTTTTTCTTCAAGTTT
* * *
145948 CTCGAGGCATACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAAT
130 CTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-AAAAAAT
* * **
145990 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAAG-GAGTAATAAAAC
1 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * * *
146054 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTCTCAATGAATATGTTTTTCTAT-ACGTT
65 TTTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATACGTTTTTCT-TCAAGTT
* * * *
146118 TCTCGAGATAAACATTCAATTATTA-TTTGTTTTGAACAAAAAT
129 TCTCGAGGTAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTT-AAAAAAAAT
* * * * ** * *
146161 GTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAACTATGGGATTATAAAACTATATAAAGCTTGTAACATGGC
1 GTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** * *
146226 TTTT-AAAGGAATGAGAGACTATAAATAGAC-TTTCTT-TCAAAT-AATTGGGTTTTTCTGCACG
65 TTTTGAAA-GAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AATGAA-TACGTTTTTCTTCAAG
* * *
146287 TTTCTCTAGGTAGGCACTCAATTAT
127 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTAT
146312 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 554, Mismatches: 86, Indels: 49
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 21 0.04
171 443 0.80
172 90 0.16
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
TTTGAAAGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATACGTTTTTCTTCAAGTTTC
TCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAAAAAAAT
Found at i:146121 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 145473--146258 Score: 974
Period size: 342 Copynumber: 2.3 Consensus size: 342
145463 NNNNNNNNNN
* *
145473 AAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAA-ACGATTAATA
1 AAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGA-GAGTAATA
* * * * * * *
145537 AGGCTTTTGAAGGAATGAGAAACTAGAAATAGACTTTTCTGGTCATTGAATGCTTTTTTCCTCAC
65 AGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTGGCCAGTAAATACATTTTTCCTCAC
* * * * * *
145602 ATTTTTGAAGGTAGACATTCAGTTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAA
130 ATTTTCGAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * **
145667 AATCAATTATGACATTATATAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATTGGATGCT
195 AATCAATTATAACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTTGAAAGAATTGGATGCT
* * * *
145732 ATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCGTTTTTGTTCAAGTTTCTCGATG-TTAACATTCAAT
260 ATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATACGTTTTTCTTCAAGTTTCTCGA-GATAAACATTCAAT
* *
145796 TATTGTCTGTTTTTAA-AA
324 TATTATCTGTTTTGAACAA
*
145814 AAACAGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATA
1 AAAC-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATA
* * * * *
145879 AGGCTTTTGAAGAAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAGTAAATACATTTTTCTTCAT
65 AGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTGGCCAGTAAATACATTTTTCCTCAC
* * * *
145944 GTTTCTCG-AGGCATACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
130 ATTT-TCGAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * *
146008 AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAAG-GAGTAATAAAACTTTTGAAGGAA-TGGGTG
194 AAATCAATTATAACATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAAACTTTTGAAAGAATTGGATG
* * *
146071 ACTATAAATAGATTTTTCTTCTCAATGAATATGTTTTTCTAT-ACGTTTCTCGAGATAAACATTC
258 -CTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATACGTTTTTCT-TCAAGTTTCTCGAGATAAACATTC
*
146135 AATTATTATTTGTTTTGAACAA
321 AATTATTATCTGTTTTGAACAA
* * ** * *** *
146157 AAATGTAAAACAAATTCAACTTAAAATCAACTATGGGATTATAAAACTATATAAAGCTTGTAACA
1 AAACGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATA
* *
146222 TGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTT
65 AGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTT
146259 CTTTCAAATA
Statistics
Matches: 380, Mismatches: 56, Indels: 16
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 10 0.03
342 279 0.73
343 91 0.24
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
AAACGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAA
GGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTGGCCAGTAAATACATTTTTCCTCACA
TTTTCGAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATAACATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAACTTTTGAAAGAATTGGATGCTA
TAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATACGTTTTTCTTCAAGTTTCTCGAGATAAACATTCAATTA
TTATCTGTTTTGAACAA
Found at i:147238 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 146624--147278 Score: 544
Period size: 172 Copynumber: 3.9 Consensus size: 171
146614 NNNNNCTCGA
* * * * *
146624 GGCAGACACTCAATTATAGTCT-ATTTAATG-AAAAT-TATAAAATATTCAACTTAAAATCAGTT
1 GGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTA-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* * *
146686 ATGAGATTATAAAACCATTCAAAGCGAGTAATAAAGTTTTTG-AAGAAATAAGAGACTATAAATA
65 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTTGAAAG-AATAAGAGACTATAAATA
* *
146750 GACTTTTCTTGCCATTGTATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCGA-
129 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC-AT
* * * * * * * *
146793 GGTAAACATTAAATTATAATCTGTTTTAACT-AAATATGTAAAAAAAAATAAACTTAAAGTCAAT
1 GGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * * ** * *
146857 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAAGATTTTGAAAGAATGGGTGACAATAAATA
64 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATAAGAGACTATAAATA
* * * *
146922 GACTTTTCTTGCAAATGAATACATTTTTCTACACGTTTCT--T
129 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAT
* * * * ** * * * *
146963 GAGATAGGCTTTCGATTATTTTCTGTCTTGATCAAAAATGTAAAAAAATTTAA-TTCAAAATAAA
1 G-G-CAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTT-AAAATCAA
********** * ** * *
147027 TTATG-GATTATAAAACCANNNNNNNNNNGTAACATGGCTTTTGAAGGAATGAA-AGACTAGAAA
63 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAAT-AAGAGACTATAAA
* *
147090 TAGAC-TTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTTTCATGTTTCTCAT
127 TAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAT
* * * *
147134 GGCAGATATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGT-TAAAAATTTAATTTAAAATCAATTA
1 GGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
* * * * * *
147198 TGAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAAAAAAGCTTTTGAAAGAGTAAGTGGCTATAAATAGA
66 TGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATAAGAGACTATAAATAGA
147263 CTTTTCTTGCCAATGA
131 CTTTTCTTGCCAATGA
147279 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 368, Mismatches: 100, Indels: 35
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 24 0.07
169 116 0.32
170 64 0.17
171 30 0.08
172 130 0.35
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
GGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTTGAAAGAATAAGAGACTATAAATAGA
CTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAT
Found at i:150195 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 149458--151244 Score: 755
Period size: 171 Copynumber: 10.5 Consensus size: 169
149448 NNNNNNNNNN
* * * * **
149458 CAATTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGC-ATGTAA-CATGGCTTTTGAAGGAATTGAAGACTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAT-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
** * ** * * * *
149521 TAAACGGACTTTTCTTTTCAATGAATGCTTTTTTTCTTCACATTTCTCGAGACAGACATTTAATT
64 TAAATAGACTTTTC-TTACAATGAATGC-TTTTTTCTTCATGTTTCT-TAGATAGGCATTCAATT
* * **********
149586 ATAGTCTGTTTTAAT-GAAAAAAGTANNNNNNNNNNAC-TAAAAT
126 ATTGTCTGTTTTAATCGAAAATA-TAAAAAAACTTAACTTAAAAT
* * * ** * * *
149629 C-ATTGATGAGATTATGAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAAAAATGAGAGCCTAT
1 CAATT-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
* * * *
149693 AAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATGCTTTTTACTTCACGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTAT
65 AAATAGACTTTTCTT-ACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTT-AGATAGGCATTCAATTAT
* **********
149758 AGTCTGTTTTAAT-GAAAA-ATGCAANNNNNNNNNNCTTAAAAT
128 TGTCTGTTTTAATCGAAAATAT--AAAAAAACTTAACTTAAAAT
* ** * * * * *
149800 TAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAATTAATAAGGCTTCTGAAGGAATAGGAGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * * * * **
149865 AATAGACTTTTTTTACATTTGATTGCTTTTTTCTTTATCTTT-TTTGAGGGGAACATTCAATTAT
66 AATAGACTTTTCTTACA-ATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAGATAGG--CATTCAATTAT
* * * * *
149929 TGTCTGTTTTATTCAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
128 TGTCTGTTTTAATCGAAAATATAAAAAAACTTAACTTAAAAT
** * * ********** *
149971 CAATTATTCGATTATAAAACTATTTAAAGCGTGTNNNNNNNNNNTTAAAGGAATGGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * *
150036 AATAGACTTTTCTTAGCATTCAATACTTTTTTGTTCATGTTTCTCTAGATAGGCATTCAATTATT
66 AATAGACTTTTCTTA-CAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCT-TAGATAGGCATTCAATTATT
150101 GTCTGTTTTAATCGAAAATATAAAAAAACTTAACTTAAAAT
129 GTCTGTTTTAATCGAAAATATAAAAAAACTTAACTTAAAAT
** * * *
150142 CAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAACGAGTAATAATGCTATTGAAGGAATGGGTGACTGTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * * *
150207 AATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTT-TTCATATTTCTCAGGATAGACATTCAATTGT
66 AATAGACTTTTCTT-ACAATGAATG-CTTTTTTCTTCATGTTTCTTA-GATAGGCATTCAATTAT
********* *
150271 TGTCTGTTTTAATC-AAANNNNNNNNNNAATTTAACTTAAAAT
128 TGTCTGTTTTAATCGAAA-ATATAAAAAAACTTAACTTAAAAT
* * * * * * *
150313 AAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAA-CATGGCTTTTGAAGAAATGAGAGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAT-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT
********* * ** * * * * *
150377 AAATNNNNNNNNNNTT-CAAATAAATGGGTTTTTCTACAAGTTTCTTGAGACAAGCACTCAATTA
65 AAAT-AGACTTTTCTTAC-AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTT-AGATAGGCATTCAATTA
* * * *
150441 TAGTCTGTTTTAAT-GAAAA-ATCTAAAATA-TTCTACTTAAAAT
127 TTGTCTGTTTTAATCGAAAATAT-AAAAAAACTT-AACTTAAAAT
* * * * * **********
150483 CAATTATGAGATAAGAAAATCATTTACAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGNNNNNNNNNN
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * **
150548 AATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGTTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGATAAACATTCAATTATT
66 AATAGACTTTTC-TTACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTT-AGATAGGCATTCAATTATT
* * *
150613 GTCTGGTTTAATTG-AAAT-TGCAAAAAACTTCAACTTAAAAT
129 GTCTGTTTTAATCGAAAATAT-AAAAAAACTT-AACTTAAAAT
* **
150654 CACTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * * ** * * **
150719 AATGGACTTTTCTTACCAAAGAATGATTTTTTCTACACATTTCTTGAGATAGACAATCAATTGCT
66 AATAGACTTTTCTTA-CAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTT-AGATAGGCATTCAATTATT
* * * ** *
150784 GTTTATTTTGATAAAAAATGT-AAAAAA-TTCAACTTAAAAT
129 GTCTGTTTTAATCGAAAATATAAAAAAACTT-AACTTAAAAT
* * * * * * * *
150824 TAATTATGGGATTATGAAACCTTTTAAAGC-ATGTAA-CATAGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAT-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
********** * * ** * * * ** *
150887 TNNNNNNNNNNTTCTTTCAAATAAATGGGTTTTTCTACAAGTTTCTCAAGGCAGGCACTCAATTA
64 TAAATAGACTTTTCTTAC-AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCT-TAGATAGGCATTCAATTA
* * ** **
150952 TAGTCTGTTTTAAT-TAAAA-ATCTAAAATGTTCAACTTAAAAT
127 TTGTCTGTTTTAATCGAAAATATAAAAAAACTT-AACTTAAAAT
* ********** * * *
150994 CAATTATGAGATTAGAAAACCNNNNNNNNNNAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * * * * * **
151059 AGTGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-ATTTTTTCTTCACGTTTCTTGATATAAACATTCAATTATT
66 AATAGACTTTTCTT-ACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTT-AGATAGGCATTCAATTATT
151123 GTCTGTTTTAATCGAAAATAT-AAAAAACTTCAACTTAAAAT
129 GTCTGTTTTAATCGAAAATATAAAAAAACTT-AACTTAAAAT
* ********** ** * *
151164 TAATTATGANNNNNNNNNNCCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGATGA-TAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATG-GGTGACTAT
151228 AAATAGACTTTTCTTAC
65 AAATAGACTTTTCTTAC
151245 CANNNNNNNN
Statistics
Matches: 1195, Mismatches: 370, Indels: 104
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 58 0.05
170 442 0.37
171 660 0.55
172 26 0.02
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
AATAGACTTTTCTTACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAGATAGGCATTCAATTATTGT
CTGTTTTAATCGAAAATATAAAAAAACTTAACTTAAAAT
Found at i:153316 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 153139--153525 Score: 399
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
153129 TAAATAGAGT
* * *
153139 TTCAATTATTGTTTGTTTTTATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT-ATG-GAAT
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATC-ATTGATGAG-AT
* * *
153202 TATAAAA-TCATATAAAGC-ATGTAACATGGCTTTTGAAGGAATGGGA-GACTATAAA-AGGACT
64 TATAAAACT-ATATAAAGCGA-GTAACAAGGCTTTTGAAGAAATGAGAGGA-TATAAATA-GACT
* * * *
153263 GTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCCTTCATGTTTCTGGAGGCAGACA
125 GTTCTTACCAATGAATGCTTTTTACTTCACGTTTCTGAAGACAGACA
********** * * *
153310 TTCAATTATAGTCTGTTNNNNNNNNNNATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTGATGAGATTC
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCATTGATGAGATTA
* * *
153375 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGAGGATATAAATAGACTTTTCTT
66 TAAAACTATATAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGAAATGAGAGGATATAAATAGACTGTTCTT
* *
153440 CCCAATGAATGCTTTTTACTTCACGTTTCTGAAGATAGACA
131 ACCAATGAATGCTTTTTACTTCACGTTTCTGAAGACAGACA
* * *
153481 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAACATTTAACT
1 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACT
153526 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 41, Indels: 12
0.76 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
171 160 0.95
172 6 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCATTGATGAGATTA
TAAAACTATATAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGAAATGAGAGGATATAAATAGACTGTTCTT
ACCAATGAATGCTTTTTACTTCACGTTTCTGAAGACAGACA
Found at i:155504 original size:170 final size:156
Alignment explanation
Indices: 155266--155587 Score: 286
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 156
155256 GTAATAAAGC
** *
155266 TTTTGAAAGAATGAGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTACACGTTT
1 TTTTGAAAGAATGAAAGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTACACATTT
* * * * **
155331 CTCAAGATAGGCATTCAATTATTGTCTATCTTGATGAAAAATGTAAAAAAATTCAATCTAAAATA
66 CTCAAGATAGACATACAATTATAGTCTATCTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAATCT-AAAT-
*
155396 AATTATG-GATTATAAAATCATTTAAAGCGT
128 --TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGT
* * * **
155426 NNNNNNNNNNTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAATTAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTT
1 ----------TTTTGAAAGAATGAAAGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTT
* * * * * * * * *
155491 TTTCATATTTCTCATGGTAGACATACAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTTAAAAATTTAA
56 CTACACATTTCTCAAGATAGACATACAATTATAGTCTATCTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAA
155556 TCTAAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
121 TCTAAATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
155588 ATGAGTAAAA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 24, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
165 5 0.04
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169 12 0.09
170 88 0.69
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (156 bp):
TTTTGAAAGAATGAAAGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTACACATTT
CTCAAGATAGACATACAATTATAGTCTATCTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAATCTAAATTTA
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGT
Found at i:155643 original size:166 final size:169
Alignment explanation
Indices: 155019--155929 Score: 484
Period size: 171 Copynumber: 5.4 Consensus size: 169
155009 NNNNNNNNNN
* * * * ** *
155019 TTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATTAGATTATAAAATTATTTAAAGCG
1 TTAACAAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTAAAA-T-ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACG
** * * * * * * *
155084 AGT-ACTAAGACTTTTAAAAGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCATTGAATACTTTT
64 AGTAAAAAAG-CTTTCAAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTT
* * * * *
155148 TTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
128 TTCTTTACTTTTCTCGAGATAGAAATACAATTATAGTCTGTT
* * * * ********** *
155190 TTAATC-AAAGATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACTATTTAAAAC
1 TTAA-CAAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTAAAAT--ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAC
* * * * * * *
155254 AAGTAATAAAGCTTTTGAAA-GAATGAGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATT
63 GAGTAAAAAAGC-TTTCAAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTT
** * * ** * * * *
155318 TTTCTACACGTTTCTCAAGATAGGCATTCAATTATTGTCTATC
127 TTTCTTTACTTTTCTCGAGATAGAAATACAATTATAGTCTGTT
* ** * * * *
155361 TTGATGAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TCTAAAATAAATTATG-GATTATAAAATCATTTAAAGC
1 TTAACAAAAAATGTAAAAGAATTTAACT-TAAAAT--ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAC
*********** ** * * *
155424 GTNNNNNNNNNNTTTTGAAGGAATGAA-AGACTATAATTAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-TTT
63 GAGTAAAAAAGCTTTCAAAGGAAT-AAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTT
* * *
155487 TTT-TTTTCATATTTCTC-ATGGTAGACATACAATTATAGTCTGTT
127 TTTCTTTAC-T-TTTCTCGA-GATAGAAATACAATTATAGTCTGTT
* *
155531 TTAACAAAAAATGTTAAA-AATTTAA-TCT-AAAT-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGA
1 TTAACAAAAAATGTAAAAGAATTTAACT-TAAAATATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGA
* *
155592 GTAAAAAAGCTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAATGCTTTTTT
65 GTAAAAAAGCTTTCAAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTT
* * *
155657 CTTTACTTTTCTCGAGATAGAAATTCAATTATTGTTTGTT
130 CTTTACTTTTCTCGAGATAGAAATACAATTATAGTCTGTT
*** * * *
155697 TTATTGAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTAAAATCAATTATTAGATTATATAACTATTTAAAACG
1 TTAACAAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTAAAAT--ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACG
* * * * **********
155762 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGTGACTATAAATGNNNNNNNNNNGCCAATGAATGCTTTTT
64 AGTAAAAAAGCTTTCAAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTT
* * * * * *
155827 TCTTTA-TGTCTCTTGAGATAGACATTCAATTGTTGTCTGTT
129 TCTTTACT-TTTCTCGAGATAGAAATACAATTATAGTCTGTT
* * * *
155868 TTAATC-AAAAGTATAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAA
1 TTAA-CAAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTAAAAT--ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
155930 GCGTGTAACA
Statistics
Matches: 568, Mismatches: 148, Indels: 48
0.74 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 7 0.01
166 99 0.17
167 16 0.03
168 15 0.03
169 20 0.04
170 88 0.15
171 312 0.55
172 11 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTAACAAAAAATGTAAAAGAATTTAACTTAAAATATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAG
TAAAAAAGCTTTCAAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTC
TTTACTTTTCTCGAGATAGAAATACAATTATAGTCTGTT
Done.