Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397298.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_11.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 284433
ACGTcount: A:0.29, C:0.10, G:0.10, T:0.29
Warning! 64595 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 2
Found at i:155988 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 155965--156002 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
155955 TGGAAGACTA
155965 TAAAT-AATGAACTTTTTT
1 TAAATAAATG-ACTTTTTT
*
155983 TAAATAAATGAGTTTTTT
1 TAAATAAATGACTTTTTT
156001 TA
1 TA
156003 CATGTTTCTC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 14 0.78
19 4 0.22
ACGTcount: A:0.39, C:0.03, G:0.08, T:0.50
Consensus pattern (18 bp):
TAAATAAATGACTTTTTT
Found at i:156894 original size:168 final size:170
Alignment explanation
Indices: 156188--156902 Score: 431
Period size: 168 Copynumber: 4.2 Consensus size: 170
156178 NNNNNNNAAT
* * * * ** *** *
156188 ATTCGATTATAGTCTATTTTAA-CTAAATATGTAAAAAAAACCAACTTAAAGCCAATTACGAGAT
1 ATTCAATTATTGTCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAT
* * * * *
156252 TATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAA-GATTTTGAACGAAT-GGCTGACAATAAATAGACTTT
65 TATAAAACTATTTATAACGAGTAA-AAAGGCTTTTGAAGGAATAAG-T-ACTATAAATAGACTTT
* * * * ** * *
156315 TCCTGCCAATGAATACATTTGTCTACACATTTCTC-GATATAGGC
127 TCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAG-GATAGAC
* * * *
156359 ATTCAATTATT-T-TGTCTTGATAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTCAAAATAAATTATG-GAT
1 ATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATTAATTATGAGAT
* * * * * ************** *
156420 TATAAAACCATTTGA-AGCGTGTAACATGGCTTTNNNNNNNNNNNNNNNCTATAAATGGACTTTT
65 TATAAAACTATTT-ATAACGAGTAAAAAGGCTTT-TGAAGGAATAAGTACTATAAATAGACTTTT
* * *
156484 CTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCATGG-CAGAT
128 CTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCA-GGATAGAC
* * * *
156527 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CGACAAATGT-TAAAAATTCAATTTAAAATTAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATTGTCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAT
*
156590 TATAAAACTATTTATAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTAACTATAAATAGACTTTTT
65 TATAAAACTATTTATAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATAAGT-ACTATAAATAGACTTTTC
* * * * * *
156655 TTGCCTATGAATGCTTTTTTCTTTATCTTTTTC-GAGATAAAC
129 TTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAG-GATAGAC
* * * * * ********** *
156697 ATTCAGTTATTAT-TATTTTTATTCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTNNNNNNNNNNATTAGAT
1 ATTCAATTATTGTCT-GTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAT
* * **
156761 TATAAAACTATTTA-AAGTGTGTAATAAA-GCTTTTGAAGGAATGGGT-C-ATAAATAGACTTTT
65 TATAAAACTATTTATAA-CGAGTAA-AAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTACTATAAATAGACTTTT
156822 CTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAGGATAGAC
128 CTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAGGATAGAC
*
156865 ATTCAATTGTTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAA
1 ATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAA
156903 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 118, Indels: 51
0.70 0.21 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 161 0.40
169 61 0.15
170 114 0.28
171 62 0.15
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATT
ATAAAACTATTTATAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTACTATAAATAGACTTTTCTT
GCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAGGATAGAC
Found at i:157308 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 157132--157456 Score: 383
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
157122 TAATAAGGCG
* * * *
157132 TTTGAAGGAATGAGA-GACTATAAATTA-ACTTTTCTTGCCATTGTATGCT-TTTTCTTT-ACGT
1 TTTGAAGGAATG-GATGACAATAAA-CAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-TATTTT-TTTAACGT
* * * *
157193 CTCTCAAGGC-AGACATTCGATTATTGTCTGTTTTAATCAAATATGTAAAAAAAATCAA-CTTAA
62 CTCTCAAGACAAG-CATTCAATTATTGTCTGTCTTAATCAAAAATGTAAAAAAAATCAATC-TAA
** *
157256 AATCGATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAGTAAAGCT
125 AATAAATTATG-GATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAGTAAAGCT
* *
157302 TTTGAAGGAATGGATGACAATAAACAGACTTTTCTTGTCAATGAATGTATTTTTTTACACGTTTC
1 TTTGAAGGAATGGATGACAATAAACAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTATTTTTTTA-ACGTCTC
* * * *
157367 TCAAGATAAGCATTCAATTATTGTCTGTCTTGATCAAAAATGTAAACAAATTCAATCTAAAATAA
65 TCAAGACAAGCATTCAATTATTGTCTGTCTTAATCAAAAATGTAAAAAAAATCAATCTAAAATAA
157432 ATTATGGATTATAAAACCATTTAAA
130 ATTATGGATTATAAAACCATTTAAA
157457 GCGTGTAACN
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 17, Indels: 14
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.05
170 59 0.45
171 62 0.47
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTTGAAGGAATGGATGACAATAAACAGACTTTTCTTGCCAATGAATGTATTTTTTTAACGTCTCT
CAAGACAAGCATTCAATTATTGTCTGTCTTAATCAAAAATGTAAAAAAAATCAATCTAAAATAAA
TTATGGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAGTAAAGCT
Found at i:159107 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 158320--159174 Score: 697
Period size: 171 Copynumber: 5.0 Consensus size: 170
158310 ATTTTAACTA
* ** ** *
158320 AAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTGCAAAACTGTTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTT
1 AAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTT
* * * * * * *
158385 GAAGAAATGGGTGGCAATAAAT-AGACTTTTCTTGACAATGAATGCATTTTTCTACACGTTTCTC
66 GAAGGAATGAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * *
158449 AATATAGACATTCAATTATTATCTGTTTTGATCAAAAATGT
130 AAGATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATAAAAAATGT
* * * * * **
158490 AAAAAAAATCAATTTAAAATAAATTATGGGATTATAAAACCATTTGAAGC-ATGTAACATGGCTT
1 -AAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAAGCTT
*** * * ** * *
158554 TTGAAGGAATGAAAAACAATAAATAAACTTTTCTTATCAATGAATAC--TTTT-TTCATGTTTCT
64 TTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCT
* * * * * *
158616 TATAG-CAGACATTCAATTATAGTCTGCTTTAGTGAAAAATGT
129 CA-AGATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATAAAAAATGT
* * * *
158658 TAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTGAAA-TGAGTAA-AAAGGCTT
1 AAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAA-GCTT
* * * *
158721 TTGAAGGAAT-AGGTAACTATAAATAGGA-TTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTT
64 TTGAAGGAATGA-GTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTT
* * * * *
158784 ATCGAGATAGACGTTCAATTATTGTCTGTTTTATTAAAAAATGC
127 CTCAAGATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATAAAAAATGT
********* * * * *
158828 AANNNNNNNNNNCTTAAAATCAATTATTAGA-TATTAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 AA-AAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTT
* * * * ** * *
158892 TTAAAGGAATGGGTGGCTTTAAATGGGCTTTTCTTACCGATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCT
64 TTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCT
* * * * *
158957 CAAGAAAGACATTCAATTATTTTTTGCTTTAATAAAAAATAT
129 CAAGATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATAAAAAATGT
* * * * * * *
158999 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTGTTAGAGTATAAAACCATTTAATGCGAGTAATAGAGCTTTT
1 AAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTT
* ** *
159064 GAAGAAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTCCTTCACGTTTCTCA
66 GAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCA
* * * * *
159129 AGGTCGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATAT
131 AGATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATAAAAAATGT
159169 AAAAAA
1 AAAAAA
159175 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 536, Mismatches: 129, Indels: 39
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 82 0.15
168 44 0.08
169 11 0.02
170 185 0.35
171 209 0.39
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTT
GAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCA
AGATAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATAAAAAATGT
Found at i:161113 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 160399--161228 Score: 486
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 171
160389 NNNNNNNNNC
** * * * *
160399 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGGCAATCAATGCTTTTTTGTTCATGTTT
1 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTT
** * * * * * ****
160464 CTCT-AGATAGGCATTGAATTATTGTTTGTTTTAATCTAAAATATA-AAAAA-ATTCAACTNNNN
66 CT-TAAGATAAACAATCAATTATAGTCTATTTTAA-CTAAAA-ATACAAAAACATTCAACTTAAA
****** * * * *
160526 NNNNNNTATGAGATTATAAAATTATTTA-AAACGAGTAATAATGC
128 ATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTACAAA-GAGTAAGAAGGA
* * * * * *
160570 TTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAAAT-ATGTTTTTCTACACGCT
1 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGT-TTTTTCTTCACGTT
* * * * * * * * * * *
160634 TATCAGGATAAATATTCAATTATTGTCTTTTTTTA-TCAAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAA
65 TCTTAAGATAAACAATCAATTATAGTCTATTTTAACT-AAAAATACAAAAACATTCAACTTAAAA
* * * * ** *
160698 TCAATTATGGGTTTATAAAACCATTT--AAAGCATGTAACATTGC
129 TCAATTATGAGATTATAAAATCATTTACAAAG-A-GTAAGAAGGA
* * * ********* * * * * *
160741 TTTTGAAGAAATGAGAGACTATAAATNNNNNNNNNNTT-CAAATAAATGGGTTTTTCTACAAGTT
1 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTT
* * * * ** * * * * **
160805 TTTTGACACAGGCACTCAATTATAGTCTCTTTTAA-TGAAAAAT-CTAAAATATTCTGCTTAAAA
65 TCTTAAGATAAACAATCAATTATAGTCTATTTTAACT-AAAAATACAAAAACATTCAACTTAAAA
* * *
160868 TCAATTATGAGATAAGAAAATCATTTACAGAGAGTAAGAAGGA
129 TCAATTATGAGATTATAAAATCATTTACAAAGAGTAAGAAGGA
* *
160911 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTTCCAATGAATGTTTTTTTCTTCACGTTT
1 TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTT
* * * * *
160976 CTTAAGATAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAATTGAAAATGCCAAAAAC-TTCAACTTAAAAT
66 CTTAAGATAAACAATCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAAT-ACAAAAACATTCAACTTAAAAT
* * **
161040 CAATTATTAGATTATAAAA-CAATTTA-AAATGAGTAATAAGTC
130 CAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTACAAA-GAGTAAGAAGGA
* * *
161082 TTTTGAAGGAATGTGAG-GA-TATAACTAGACTTTTCTTAGCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGT
1 TTTTGAAGGAATG-G-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGT
* * ** *
161145 TTCTTGAGGTAGGCAATCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAA
64 TTCTTAAGATAAACAATCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATACAAAAACATTCAACTTAAAA
*
161210 TCAATTGTGAGATTATAAA
129 TCAATTATGAGATTATAAA
161229 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 498, Mismatches: 141, Indels: 40
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 138 0.28
171 339 0.68
172 13 0.03
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTCACGTTT
CTTAAGATAAACAATCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATACAAAAACATTCAACTTAAAATC
AATTATGAGATTATAAAATCATTTACAAAGAGTAAGAAGGA
Found at i:161891 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 161578--162386 Score: 683
Period size: 171 Copynumber: 4.7 Consensus size: 170
161568 NNNNNNNNNN
* * * * *
161578 TTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCTATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCT
1 TTGAAGAAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGTTTTTTTCTTCACGTTTCT
* * * * ** *
161643 TGAGGGAAACATTCAATTATTGTCTGTTGTATTCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
66 CGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * *
161708 TTCTTTGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTT
131 TTATTAGATTATAAAA-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
* * * * * * * *
161749 TTCAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTTCAATGAATATTTTTTTATTCATGTTTCT
1 TTGAAGAAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGTTTTTTTCTTCACGTTTCT
* * *
161814 CGAGGTAGACAATT-AATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTGAAATTCA
66 CGAGGTAGAC-ATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
******** *
161878 ATTATTAGATTATAAAAC-TNNNNNNNNNNATTAATAAGGCTT
130 ATTATTAGATTATAAAACAT--TTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
* * * * * * * * * *
161920 TTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAAACTTTTCTGGCCATTGAATGCTTTTTTCCTCACATTTTT
1 TTGAAGAAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGTTTTTTTCTTCACGTTTCT
* * * * *
161985 CGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTCTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCAA
66 CGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
******** * *
162050 TTNNNNNNNNNNAT-AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
131 TT--ATTAGATTATAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
* * *
162091 TTGAAGGAATTTGGG-G-CTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGTATTTTTCTTCAAGTTT
1 TTGAA-GAA-ATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGTTTTTTTCTTCACGTTT
* * * * * * *
162154 CTCGAAGTAAACATTCAATTATTGTTTTTTTTTAGCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATC
64 CTCGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
**********
162219 AATTATTAGATTATAAAACTATTTNNNNNNNNNNATAAGGCTT
129 AATTATTAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
* * * * *
162262 TTGAAGAAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATATATTTTTCTTCATGTTTCT
1 TTGAAGAAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGTTTTTTTCTTCACGTTTCT
* * * ** *
162327 TGAGGAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
66 CGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
162387 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 488, Mismatches: 137, Indels: 26
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 11 0.02
171 455 0.93
172 9 0.02
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTGAAGAAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGTTTTTTTCTTCACGTTTCT
CGAGGTAGACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
TTATTAGATTATAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
Found at i:162259 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 161578--162386 Score: 824
Period size: 342 Copynumber: 2.4 Consensus size: 336
161568 NNNNNNNNNN
161578 TTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCC-TATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTC
1 TTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAT-TGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTC
* * *
161642 TTGAGGGAA-ACATTCAATTATTGTCTGTTGTATTC-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT
65 TTGA-GGAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA-ACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAT
* *
161705 CAATTCTTTGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTCAAGAAATGGGTGACTATA
128 CAATTCTTTGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGAAATGGGTGACTATA
* * * * * * *
161770 AATGGACTTTTTTTTTCAATGAATATTTTTTTATTCATGTTTCTCGAGGTAGACAATTAATTATT
193 AATAGACTTTTCTTGTCAATGAATATATTTTTATTCAAGTTTCTCGAAGTAAACAATTAATTATT
* *
161835 GTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTGAAATTCAATTATTAGATTATAAAACTNNN
258 GTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTGAAAATCAATTATTAGATTATAAAACT---
****
161900 NNNNNNNATTAATAAGGCTT
320 ---ATTTATTAATAAGGCTT
* * * *
161920 TTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAAACTTTTCTGGCCATTGAATGCTTTTTTCCTCACATTT-T
1 TTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCATTGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCT
* * *
161984 TCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTCTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCA
66 T-GAGGAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
********** * * * *
162049 ATTNNNNNNNNNNATAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTTGGG-G-CTATA
130 ATTCTTTGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAA-GAA-ATGGGTGACTATA
* *
162112 AATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGTATTTTTCTTCAAGTTTCTCGAAGTAAAC-ATTCAATTAT
193 AATAGACTTTTCTTGTCAATGAATATATTTTTATTCAAGTTTCTCGAAGTAAACAATT-AATTAT
* * * * * *
162176 TGTTTTTTTTTAGCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTAT
257 TGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTGAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTAT
****
162241 TTNNNNNNNNNNATAAGGCTT
322 TT------ATTAATAAGGCTT
* * * * * * * *
162262 TTGAAGAAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAAT-ATATTTTTCTTCATGTTTC
1 TTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCATTGAATGCT-TTTTTCTTCACGTTTC
* * *
162326 TTGAGGAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
65 TTGAGGAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAA
162387 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 383, Mismatches: 69, Indels: 30
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 10 0.03
342 362 0.95
343 7 0.02
344 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (336 bp):
TTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCATTGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCT
TGAGGAAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
TTCTTTGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTCAAGAAATGGGTGACTATAAAT
AGACTTTTCTTGTCAATGAATATATTTTTATTCAAGTTTCTCGAAGTAAACAATTAATTATTGTC
TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTGAAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAT
TAATAAGGCTT
Found at i:166069 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 165642--166069 Score: 508
Period size: 170 Copynumber: 2.5 Consensus size: 170
165632 NNNNNNNNNN
* * *
165642 CTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 CTGTTTT-ATCAAAAATATAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
165707 AACGAGTAATAATGCTTTTGAA-AGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGT
65 AGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGAGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATAAATGA
* ** *
165771 GTTTTTCTACACGCTTCTCAGGGTAGACATTCAATTATTAT
130 GTTTTTCTACAAGCTTCTCAGGCAAGACACTCAATTATTAT
* * * * *
165812 CTATTTTATCAAAAATGTAAAATAATTCAAGTTAAAATCAATTATGGGTTTATAAAACCATTTAA
1 CTGTTTTATCAAAAATATAAAAT-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
165877 AGC-ATGTAACATCGCTTTTGAAGA-AATGGGAGACTATAAAT-GAACTTTTCTTTCAAATAAAT
65 AGCGA-GTAATAACGCTTTTGAAGAGAATGGGAGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACAAATAAAT
* *
165939 GAGTTTTTCTACAAGTTTGTCAAGGCAAG-CACTCAATTA-TAGT
128 GAGTTTTTCTACAAGCTTCTC-AGGCAAGACACTCAATTATTA-T
* ** *
165982 CTGTTTTAGTGAAAAATATAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGGAAAGCCATTTAA
1 CTGTTTTA-TCAAAAATATAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
*
166047 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
65 AGCGAGTAATAACGCTTTTGAAG
166070 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 216, Mismatches: 34, Indels: 16
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 18 0.08
170 178 0.82
171 20 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CTGTTTTATCAAAAATATAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
GCGAGTAATAACGCTTTTGAAGAGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACAAATAAATGAG
TTTTTCTACAAGCTTCTCAGGCAAGACACTCAATTATTAT
Found at i:167346 original size:168 final size:159
Alignment explanation
Indices: 167052--167373 Score: 313
Period size: 168 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
167042 TATAATTGAT
* * * *
167052 TGTCTATCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTGGTAAGAAACGTCCATTTATAGTAATC
1 TGTCTATCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACC
* * * * *
167117 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGCTTTATAATCTAATAATTGATTTTAATTT
66 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTAAGAATTCATTTTAAGTA
** *
167182 ATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAAANNNNNNNNNNGAA
131 AACTTTTTACATTTTTGATTAAAAAA----------GAA
* *
167221 TGTCTATCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAAA-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACC
1 TGTCTATCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACC
********** *
167285 CATTCCTTCAAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAAGAATTCATTTTAAGTA
66 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTAAGAATTCATTTTAAGTA
*
167350 AACTTTTTACATTTTTGTTTAAAA
131 AACTTTTTACATTTTTGATTAAAA
167374 TAGATGATAA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 26, Indels: 1
0.82 0.17 0.01
Matches are distributed among these distances:
168 98 0.77
169 29 0.23
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (159 bp):
TGTCTATCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACC
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTAAGAATTCATTTTAAGTA
AACTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAGAA
Found at i:168234 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 168050--169125 Score: 826
Period size: 171 Copynumber: 6.3 Consensus size: 170
168040 NNNNNNNAGG
* *
168050 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGTGTTTTTCTACACCTTTCTCGAGATAAACATTCAA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGTGTTTTTCTACACGTTTCTCAAGATAAACATTCAA
* * * *
168115 TTATTGTCTGTTTTGACAAACAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAA
66 TTATAGTCTGTTTTAACAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * *
168180 CTAGTTAAAGCGAGTATTGAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGA
130 CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGA
* * * * * * *
168221 CTATAACTAGACTTTTCTTGA-CAATAAAT-TCTTTTTTCTTCACGTTTTTTAAGGTAAACATTC
1 CTATAAATAGACTTTTCTT-ACCAATGAATGT-GTTTTTCTACACGTTTCTCAAGATAAACATTC
* * *
168284 AATTATAGCCTGTTTTAACGAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTAAAATCACTTATGAGATTATAA
64 AATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
** * *
168349 AACTATTTAAAAAGAGTAATAATGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
128 AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGA
* * * ** ** * *
168392 CTACAAATGGACTTTTCTTACCAAAGAATGAATTTTTCTACACGTTTCTTGAGATAGACAATCAA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGTGTTTTTCTACACGTTTCTCAAGATAAACATTCAA
* * * * *
168457 TTGCTA-TTTGTTTTGATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGGGATTATGAA
66 TT-ATAGTCTGTTTT-AACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AA
* * * * *
168521 ACCT-TTTAAAGCGTGTAACATA-GCTTTTAAAGGAATGAGAGA
128 AACTATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGAATGGGAGA
********** * * * * * * * ** *
168563 CTATNNNNNNNNNNTTCTTTCAAATAAATGGGTTTTTCTACAAGTTTTTCAAGACAGGCACTCAA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGTGTTTTTCTACACGTTTCTCAAGATAAACATTCAA
* * **
168628 TTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATCT-AAAATGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
66 TTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * *
168692 CCATTTCAAA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGA
130 CTATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGA
* * * * * *
168733 CTATAAAATGGACTTTTCTTGA-GAATGAATGTGTTTTTTTTCACGTTTCTTAAGACCAAA-ATT
1 CTAT-AAATAGACTTTTCTT-ACCAATGAATGTGTTTTTCTACACGTTTCTCAAGA-TAAACATT
* * ********** *
168796 CAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAANNNNNNNNNNAATAAATTATGAGATTATA
63 CAATTATAGTCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
168861 AAACCATTCCAAA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
127 AAACTATT-TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGA
* * ** * * * *******
168905 CTATAAATAAACCTTTCTTACCAATGAATGCATTTCTCTATATGTTTCTCAAGATAAANNNNNNN
1 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGTGTTTTTCTACACGTTTCTCAAGATAAACATTCAA
*** * * *
168970 NNNTTGTCTGTTTTGATA-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGTTTATAAA
66 TTATAGTCTGTTTT-A-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* *
169034 ACTATTTAAAGCGTGTAACATA-GCTTTTGAAGGAATGGGAGA
129 ACTATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGAATGGGAGA
* * * * * * *
169076 CTATAAATGGACTTTTTTTTCAAATAAATGGGTTTTTCTACATGTTTCTC
1 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGTGTTTTTCTACACGTTTCTC
169126 GAGGTAAGCA
Statistics
Matches: 692, Mismatches: 187, Indels: 52
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 72 0.10
171 529 0.76
172 85 0.12
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGTGTTTTTCTACACGTTTCTCAAGATAAACATTCAA
TTATAGTCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGA
Found at i:169139 original size:513 final size:513
Alignment explanation
Indices: 168050--169141 Score: 1188
Period size: 513 Copynumber: 2.1 Consensus size: 513
168040 NNNNNNNAGG
* * * * ** * *
168050 CTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGTGTTTTTCTACACCTTTCTCGAGATAAACATTCAA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTTCAAATAAATGGGTTTTTCTACAAGTTTCTCGAGATAAGCACTCAA
* * * *
168115 TTATTGTCTGTTTTGACAAACAATGTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAA
66 TTATAGTCTGTTTTAACAAACAATCTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
168180 CTAGTTAAAGCGAGTATTGAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAACTAGACTTTTCTTGACAA
131 CCAGTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGACAA
* ** *
168245 TAAATTCTTTTTTCTTCACGTTTTTTAAGGTAAACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACGAAAAAT
196 TAAATTCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGCCAAACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACAAAAAAT
* * * * * * *
168310 GTGAAAAAATTCAACTTAAAATCACTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAAGAGTAATAATGCT
261 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAAAGAGTAATAAGGCT
** * *
168375 TTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAAAGAATGAATTTTTCTACACGTTTC
326 TTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATAAACCTTTCTTACCAAAGAATGAATTTCTCTACACGTTTC
** * * * *
168440 TTGAGATAGACAATCAATTGCTATTTGTTTTGATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTA
391 TCAAGATAAACAATCAATTGCTATCTGTTTTGATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
*
168505 ATTATGGGATTATGAAACCTTTTAAAGCGTGTAACATAGCTTTTAAAGGAATGAGAGA
456 ATTATGGGATTATGAAAACTTTTAAAGCGTGTAACATAGCTTTTAAAGGAATGAGAGA
********** * * * *
168563 CTATNNNNNNNNNNTTCTTTCAAATAAATGGGTTTTTCTACAAGTTTTTCAAGACAGGCACTCAA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTTCAAATAAATGGGTTTTTCTACAAGTTTCTCGAGATAAGCACTCAA
* **
168628 TTATAGTCTGTTTTAATGAAA-AATCTA-AAATGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
66 TTATAGTCTGTTTTAA-CAAACAATCTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * *
168691 ACCATTTCAAA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAAATGGACTTTTCTTGA
130 ACCAGTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTAT-AAATAGACTTTTCTTGA
* * * **
168755 GAATGAATGTGTTTTTT-TTCACGTTTCTTAAGACCAAA-ATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAA
193 CAATAAAT-TCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAG-CCAAACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACAA
********** * *
168818 AAAATATAAAAAAANNNNNNNNNNAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTCCAAACGAGTAATA
256 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAAAGAGTAATA
* * * * *
168883 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACCTTTCTTACCAATGAATGCATTTCTCTATAT
321 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATAAACCTTTCTTACCAAAGAATGAATTTCTCTACAC
*********** *
168948 GTTTCTCAAGATAAANNNNNNNNNNTTGTCTGTTTTGATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
386 GTTTCTCAAGATAAACAATCAATTGCTATCTGTTTTGATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * *
169013 AATCAATTATGGGTTTAT-AAAACTATTTAAAGCGTGTAACATAGCTTTTGAAGGAATGGGAGA
451 AATCAATTATGGGATTATGAAAACT-TTTAAAGCGTGTAACATAGCTTTTAAAGGAATGAGAGA
* * * *
169076 CTATAAATGGACTTTTTTTTCAAATAAATGGGTTTTTCTACATGTTTCTCGAGGTAAGCACTCAA
1 CTATAAATAGACTTTTCTTTCAAATAAATGGGTTTTTCTACAAGTTTCTCGAGATAAGCACTCAA
169141 T
66 T
169142 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 460, Mismatches: 113, Indels: 12
0.79 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
512 74 0.16
513 373 0.81
514 13 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (513 bp):
CTATAAATAGACTTTTCTTTCAAATAAATGGGTTTTTCTACAAGTTTCTCGAGATAAGCACTCAA
TTATAGTCTGTTTTAACAAACAATCTATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CCAGTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGACAA
TAAATTCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGCCAAACATTCAATTATAGCCTGTTTTAACAAAAAAT
ATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAAAGAGTAATAAGGCT
TTTGAAGGAATGGGTGACTACAAATAAACCTTTCTTACCAAAGAATGAATTTCTCTACACGTTTC
TCAAGATAAACAATCAATTGCTATCTGTTTTGATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
ATTATGGGATTATGAAAACTTTTAAAGCGTGTAACATAGCTTTTAAAGGAATGAGAGA
Found at i:177693 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 177388--178049 Score: 763
Period size: 170 Copynumber: 3.9 Consensus size: 171
177378 NNNNNNNNNN
* * * * *
177388 TTGATTTTAAGTT-AGATTTTTTTACATTTTACATTAAAACAGACTATAATTAAAAGTTTTCCTT
1 TTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * * *
177452 AAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCATTAGT-AGAAAAAGT-CATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
65 GAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGTAAG-AAAAGTCCATATATAGTCTCTCATTCCTTC
* * *
177515 AAAAGCCTTTTTTCT-AGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAA
129 ATAAGCCTTTTTACTCA-TTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAA
* * * * *
177558 TTGACTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCAATAAAACAAACTATGATTGAATGTCTGCCTTG
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTG
*
177623 AGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTGC-CATTCCCTCA
66 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCT-CTCATTCCTTCA
* * ** *
177686 TAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAATTTTATAATCTGGTGA
130 TAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAA
* *
177728 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACGTTTTTCCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTG
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTG
* * * * * * *
177792 AGAAGCATGAAGAAAAAAGTATTCATT-GACAAGAAATA-TCCATTTGTTA-TCTCTCACTCGTT
66 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAG-TAAGAAA-AGTCCATAT-ATAGTCTCTCATTCCTT
* * * ** *
177854 CAGAAGCCTTATTAGTCGCTTTATATAGTTTTATGATCTCATAA
128 CATAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAA
* * * * *
177898 CTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTTAATATCTACCTTG
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTG
* *
177963 AGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAACTCCATATATAGTCTCTCATTCCTTCAC
66 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCATTCCTTCA-
178027 T-AGCCTTTTTACTCATTTTAAAT
130 TAAGCCTTTTTACTCATTTTAAAT
178050 GGTTNNNNNN
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 69, Indels: 30
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 81 0.20
170 267 0.65
171 60 0.15
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTG
AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCATTCCTTCAT
AAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAA
Found at i:178008 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 177388--178049 Score: 884
Period size: 340 Copynumber: 1.9 Consensus size: 340
177378 NNNNNNNNNN
* * *
177388 TTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTACATTAAAACAGACTATAATTAAAAGTTTTCCTTA
1 TTGATTTTAAGTTAGAATTTTTTACATTTTACATTAAAACAGACTATAATTAAAAGTCTGCCTTA
* ** *
177453 AGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCATTAGTAGAAAAAGTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAA
66 AGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTACAAGAAAAAGTCATTTATAGTCTCTCACTCCTTCAAA
* * * * *
177518 AGCCTTTTTTCTAGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGACTCTAAGTTGAATTTTTTTAC
131 AGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAACTGACTCTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * *
177583 ATTTTTCAATAAAACAAACTATGATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCAT
196 ATTTTTCAATAAAACAAACTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCAT
*
177648 TAGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTGC-CATTCCCTCA-TAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATA
261 TAGTAAGAAAACTCCATATATAGTCT-CTCATTCCCTCACT-AGCCTTTTTACTCATTTTAAATA
177711 ATTTTATAATCTGGTGA
324 ATTTTATAATCTGGTGA
* * * * * *
177728 TTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTACGTTTTTCCTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTG
1 TTGATTTTAAGTTAGAATTTTTTACATTTTACATTAAAACAGACTATAATTAAAAGTCTGCCTTA
* ** * * *
177792 AGAAGCATGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGAAATA-TCCATTTGTTA-TCTCTCACTCGTTC
66 AGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATT-ACAAGAAAAAGT-CATTT-ATAGTCTCTCACTCCTTC
* * * * * *
177855 AGAAGCCTTATTAGTCGCTTTATATAGTTTTATGATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
128 AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAACTGACTCTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
177920 TACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTTAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATT
193 TACATTTTTCAATAAAACAAACTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATT
* *
177985 CATTGGTAAGAAAACTCCATATATAGTCTCTCATTCCTTCACTAGCCTTTTTACTCATTTTAAAT
258 CATTAGTAAGAAAACTCCATATATAGTCTCTCATTCCCTCACTAGCCTTTTTACTCATTTTAAAT
178050 GGTTNNNNNN
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 40, Indels: 10
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
339 67 0.24
340 207 0.75
341 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
TTGATTTTAAGTTAGAATTTTTTACATTTTACATTAAAACAGACTATAATTAAAAGTCTGCCTTA
AGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTACAAGAAAAAGTCATTTATAGTCTCTCACTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAACTGACTCTAAGTTGAATTTTTTTAC
ATTTTTCAATAAAACAAACTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCAT
TAGTAAGAAAACTCCATATATAGTCTCTCATTCCCTCACTAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAAT
TTTATAATCTGGTGA
Found at i:178826 original size:171 final size:163
Alignment explanation
Indices: 178564--178886 Score: 355
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 163
178554 CTCGAGATAA
* * *
178564 ACATTCAATTATTGTCTATTTTCAATGAAAATGTAAAATAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAGTCTATTTTCAATGAAAATATAAAATAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * *
178629 ATCATGAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAACGAATGAGAGACTACATATGGCCTTT
66 ATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAACGCTTTTAAACGAATGAGAGACTACAAATGGACATT
178694 TCTTATCAATGAATACTTTTTTTNNNNNNNNNNCTCAAGGCAG
131 TCTTATCAATGAATACTTTTTTT----------CTCAAGGCAG
* *
178737 ACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AATGAAAA-ATATAAA-AAATTAAACTTCAAATCAATTATGA
1 ACATTCAATTATAGTCTATTTTCAATGAAAATATA-AAATAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
178799 GATCATAAAACTATTTAGAACGAGTAAAGACGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACAT
65 GATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAACGCTTTTAAACGAATGAGAGACTACAAATGGACAT
* *
178864 TTCTTGTCAATGAATGCTTTTTT
130 TTCTTATCAATGAATACTTTTTT
178887 CTTCACATTT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 19, Indels: 4
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 99 0.76
172 11 0.08
173 20 0.15
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (163 bp):
ACATTCAATTATAGTCTATTTTCAATGAAAATATAAAATAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
ATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAACGCTTTTAAACGAATGAGAGACTACAAATGGACATT
TCTTATCAATGAATACTTTTTTTCTCAAGGCAG
Found at i:179151 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 178737--179530 Score: 921
Period size: 342 Copynumber: 2.3 Consensus size: 341
178727 CTCAAGGCAG
* * * * * * **
178737 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAA-TTAAACTTCAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATAATTTGA
* * * * *
178801 TCATAAAACTATTTAGAA-CGAGTAA-AGACGCTTTTAAAGGAATGAGAGACT-ATAAATGGACA
66 TAATAAAACTATTTA-AAGCGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGAATGAGAGA-TGATAAACGAAC-
* * * *
178863 TTTC-TTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCACAA-CAGACATTCAATTATAGTCT-G
127 TTTCGTTGCCAATAAATACTTTTTTCTTAACATTTCT-A-AAGCAGACATTCAATTATAGT-TGG
********** * *
178925 TTTTANNNNNNNNNNTAAAACAATTCAAC-TAAAAATCAATCATGAGAATATAGAACCA-TTGAA
189 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-AATCATGAGAATATAAAACCACTT-AA
* * * *
178988 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCG-GAGGCTATAAATAGATTTTTCTTGCTAAT-AAATG
252 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGACGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAA-G
179051 CATTTTT-TCCAAGTTT-TGGAGGTAA
315 CATTTTTCTCCAAGTTTCTGGAGGTAA
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1 ACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAA--GTTCAACTTAAAATCAATAATTT
*
179141 GATAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGATGATAAACGAACTT
64 GATAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGATGATAAACGAACTT
* * ** *
179206 TCGTTGCCAGTAAATATTTTTTTCTTAATGTTTCTAAAGGTAGACATTCAATTATAGTTGGTTTT
129 TCGTTGCCAATAAATACTTTTTTCTTAACATTTCTAAA-GCAGACATTCAATTATAGTTGGTTTT
* *
179271 AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAGTAATCATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAG
193 AACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATCATGAGAATATAAAACCACTTAAAGCGAG
* *
179336 TTATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGACGCTATACATAGACTTTTCTTGCCAATGAAAGCATTTTTC
258 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGACGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAAGCATTTTTC
*
179401 TTCAAGTTTCTGGAGGTAA
323 TCCAAGTTTCTGGAGGTAA
* * *
179420 ACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAGTTCCACTTAAAATTAATAATTTG
1 ACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATAATTTG
* *
179485 ATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
65 ATAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
179531 NNNNNNNNNN
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TAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGATGATAAACGAACTTTC
GTTGCCAATAAATACTTTTTTCTTAACATTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAGTTGGTTTTAAC
AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATCATGAGAATATAAAACCACTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGACGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAAGCATTTTTCTCC
AAGTTTCTGGAGGTAA
Found at i:179528 original size:172 final size:168
Alignment explanation
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* * *
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* *
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62 GCATTTTTTTCAAGTTTCTGGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * *
179114 AAGTGTTCAACTTAAAATCAATAATTTGATAATAAAACTATTT
127 AA-AGTTCAACTTAAAATTAATAATTTGATTATAAAACTATTT
* * *
179157 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGATGATAA-ACGAAC-TTTCGTTGCCAGTAAA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGCT-ATAATA-G-ACTTTTC-TTGCCAATAAA
* ** * * *
179220 -TATTTTTTTCTTAATGTTTCTAAAGGTAGACATTCAATTATAGT-TGGTTTTAACAAAAAATGT
62 GCATTTTTTTC--AA-GTTTCTGGAGGTAAACATTCAATTATTGTCT-GTTTTAACCAAAAATGT
* * ** * *
179283 AAAAAAA-TTCAACTTAAAAGTAATCATGAGATTATAAAACCACTT
123 AAAAAAAGTTCAACTTAAAATTAATAATTTGATTATAAAACTATTT
*
179328 AAAGCGAGTTATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGACGCTATACATAGACTTTTCTTGCCAATGAAAG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA-GCTATA-ATAGACTTTTCTTGCCAAT-AAAG
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63 CATTTTT-TTCAAGTTTCTGGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
*
179458 AAAGTTCCACTTAAAATTAATAATTTGATTATAAAACTATTT
127 AAAGTTCAACTTAAAATTAATAATTTGATTATAAAACTATTT
*
179500 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA
179531 NNNNNNNNNN
Statistics
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AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGCTATAATAGACTTTTCTTGCCAATAAAGCAT
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TTCAACTTAAAATTAATAATTTGATTATAAAACTATTT
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179653 NNNNNNNNNN
* * ** *
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* ** *
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********** * *
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* * * * * *
179836 TTAAAGAGAGTAAAAAGGATTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAA-CGAACTTTCTTTGCCAATGA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCGGAGGCTATAAATAG-ACTTT-TTTGCCAATGA
* * * * *
179900 ATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAA-TGAAAAATG
64 ATGCATTTTTCTTCAAGTTTCT-AGAGGCAAACATCCAATTATAATCCGTTTTAACT-AAAAATG
*
179963 T-AAAAAAA-TTCAACTTTAAACTAATCATGAGATTATAGAACCAT
127 TAAAAAAAAGTTCAACTTTAAACTAATCATGAGATTATAAAACCAT
* *
180007 TTAAAGCGAGTTATAAGGCTTTTAAAGGAATCGGAGGCTATAAATAGACTTTTTTGGCCAATGAA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCGGAGGCTATAAATAGACTTTTTT-GCCAATGAA
* * * * * * ** **
180072 TGCATTTTTCCTT-AAGTTTATGGATGTAAACATTCAATCATCGTCTATTTTAACTAAAAATGTA
65 TGCATTTTT-CTTCAAGTTTCTAGAGGCAAACATCCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAATGTA
180136 AAAA
129 AAAA
180140 CAATTNNNNN
Statistics
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TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCGGAGGCTATAAATAGACTTTTTTGCCAATGAAT
GCATTTTTCTTCAAGTTTCTAGAGGCAAACATCCAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAATGTAAA
AAAAAGTTCAACTTTAAACTAATCATGAGATTATAAAACCAT
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182663 NNNNNNNNNN
* *
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* *
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* * ***
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* * *
182843 GGCAAACATTTAATTATAGTCAGTTTAATGGAAAATGTAAAAAAAAT-TAACTTAAAATCAATTA
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**********
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* *
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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65 ACGAGATCATAAAACCATTTA-AAACGAGTAAAAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAAACTATAAATG
183142 CATATTTCTT
Statistics
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TTTTCCTGACAATAAATGTTCTTTTCTTCACGTTTGCCAA
Found at i:183126 original size:172 final size:171
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Period size: 172 Copynumber: 3.0 Consensus size: 171
182663 NNNNNNNNNN
* * ** *
182673 GGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTGAATGTAAAATGTAAAAAAATCTAACTTTAAATCAATTA
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*
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* * * ***
182802 CTTTTCCTGA-CAATGAATGTTTTTTTCTTCACGTTTTTTAA
131 CTTTT-CTTATCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTGCCAA
* * * *
182843 GGCAAACATTTAATTATAGTCAG-TTTAATGGAAAATGTAAAAAAAAT-TAACTTAAAATCAATT
1 GGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAAT-AAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATT
********** *
182906 ACGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGNNNNNNNNNNTTTGAAGGAATGAGAAACTATAAATGG
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*
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130 ACTTTTCTTATCAATGAATGCTT-TTTTCTTCATGTTTGCCAA
* * * * * *
183013 GGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAATGAAAAATAAAAAAAAAATCAAACTTCAGATCAATT
1 GGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAAT-AAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATT
* * * * *
183078 ATGAGATCATAAAACTATTTAGAAA-GAGTAAAGAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATG
65 ACGAGATCATAAAACCATTTA-AAACGAGTAAAAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATG
* *
183142 CA-TATTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGT
129 GACT-TTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGT
183178 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 54, Indels: 16
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.33
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GGTAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATAAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTA
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CTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTGCCAA
Found at i:183637 original size:170 final size:169
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Period size: 171 Copynumber: 9.9 Consensus size: 169
183322 TCAAGTTTAG
* * * * *
183332 ATCAATTATGAGATTATAAAATCA-GTAAGA-GCAAGTAAAGAGGTTTTTGAAGGAATGAGAGAC
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* * *
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* *
183460 TATAGTCTGTTTTAACGAGAAATGTAAACAAATTCAACTTAAA
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* * * * *
183503 ATCAATCATGAGATTATAGAACCATTTAAAATGGGTAAAAAGGCTTGTGAAGAAATGAGAGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTA
* * * * *
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* *
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129 ATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAA
* * *
183673 GTCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAAGGAGTAAACAA-GCTTTTGAAGGAATGAGAGACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAA-AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACT
* * * * *
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65 ATAAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTA
* *
183802 TAGTCTATTTTAATGAAAATTGTTAAAAAATTCAACTTAAA
130 TAGTCTGTTTTAATGAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAA
* * *** * * * * * * *
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1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTA
* * * * * * * * *
183908 TAAATAGACTTTTTTTACCAATGAATGCATTTTTCTTCAAGTTT-TTAGAGGTAAACTTTAAATT
66 TAAA-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAAACATTCAATT
**
183972 ATTA-TCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAAATTCAACTTAAA
129 A-TAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAA-AAATTCAACTTAAA
* * * * *
184015 ATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTA
* * * * * *
184080 TAAACAGACTTTTTTTGCTAATAAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTA
66 TAAA-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTA
* * *
184145 TAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAA
130 TAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * *
184186 ATCTATTACGAGATCATAAAACCATTGAAAACGAGTAAAAAGGGTTTTGAAGGAATGATAGACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTA
* * ** * * * *
184251 TAAATGAACTTTTCCTATCAATGAATGCTTCTTTT-TTCATATTTTTCAAGGTAAACATTCAACT
66 TAAA-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATT
* ** * *
184315 ATAGTTTGTTTTAATGAAAAA--TAAAAAA-AAAACTTTAG
129 ATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAA
* * **
184353 ATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAGAATGAG-AAAAGAGGCTTTTGAAAAAATGAGAGACT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAA-AGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACT
* * *
184417 ATAAATGGA-TATTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGCAGACATTCAAT
65 ATAAA-GGACT-TTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAT
*
184481 TATAGTCTTTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
128 TATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAA
* * ** * *
184524 ATCAATCATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCG-GAGGCT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGAGACT
** *** * * * *
184588 ATAAATAAACTTTTCTTGTTGACGAATGCATTTTTCTTCAAGTTTCT-AGAGGTAAACATTCAAT
65 ATAAA-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAAACATTCAAT
* *************** * *
184652 TATTGTCTGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAGTTCAAATTAAA
128 TATAGTCTGTT--TTAATGAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAA
* * * ** * * *
184696 ATCAATAATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAAACTA
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTA
* * * * * *
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* * *
184825 ATAATCCGTTTGAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
129 ATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAA
********** * ** * * * * * *
184867 ANNNNNNNNNNGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGTTATAACGCTTTCGAAGGGATTG-GAGGCT
1 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAA-GGAATGAGAGACT
* * * * * *
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65 ATAAA-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAAACATTCAAT
* *
184995 CATTGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAA
128 TATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAA
185026 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1214, Mismatches: 270, Indels: 79
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Consensus pattern (169 bp):
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TAAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTAT
AGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAA
Found at i:184182 original size:343 final size:342
Alignment explanation
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183322 TCAAGTTTAG
* * * ** * * *
183332 ATCAATTATGAGATTATAAAATCA-GTAAGAGCAAGT-AAAGAGGTTTTTGAAGGAATGAGAGAC
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*
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* * * *
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** * * * * * *
183524 CCATTTAAAATGGGTAAAAAGGCTTGTGAAGAAATGAGAGACTAT--ATAGGAACTTTTCTTACC
193 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATA-G-ACTTTTCTTACC
* * * * * * *
183587 AATGAATAC-TTTTTC-TCTATGTTTCTCA-AGGCAGACATTCAATCA-TAGTCTGTTTTAATGA
256 AATGAATGCATTTTTCTTC-AAGTTT-TTAGAGGTAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACGA
* * *
183648 AAAATGTAAAATAATTTAACTTGAA
318 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * *
183673 GTCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAAG-GAGT-AAACAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGAC
1 ATCAATTATGAGATCATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAAAACAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGAC
* * * * * * *
183736 TATAAATGACTTTTCTTGCCAAGGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTTAATT
65 TATAAAAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATT
* * * * *
183801 ATAGTCTATTTTAATGAAAATTGTTAAAAAATTCAACTTAAACTCAATAATGAGATTATAAAACC
130 ATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAGAACC
* * * * * *
183866 ATTTAAAGCAAATTATAAGACTTTTGAAGAAATCAGAGGCTATAAATAGACTTTTTTTACCAATG
195 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATG
* * *
183931 AATGCATTTTTCTTCAAGTTTTTAGAGGTAAACTTTAAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATGT
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183996 AAAACAAATTCAACTTAAA
325 AAAA-AAATTCAACTTAAA
* * * *
184015 ATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATA-AGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACT
1 ATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAACAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACT
* * * * *
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66 ATAAA-AGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATT
* * * * * * *
184144 ATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAACTCAACTTAAAATCTATTACGAGATCATAAAACC
130 ATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAGAACC
* * * * * * * * *
184209 ATTGAAAACGAGTAAAAAGGGTTTTGAAGGAATGATAGACTATAAAT-GAACTTTTCCTATCAAT
195 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAAT
* * * *
184273 GAATGC-TTCTTTTTTCATA-TTTTTCA-AGGTAAACATTCAACTA-TAGTTTGTTTTAATGAAA
259 GAATGCATT-TTTCTTCA-AGTTTTT-AGAGGTAAACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACGAAA
* * *
184334 AA--TAAAAAAA--AAACTTTAG
320 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* *
184353 ATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAGAA-TGAG-AAAAGAGGCTTTTGAAA-AAATGAGAGA
1 ATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTA-AAGTGAGTAAAACAGGCTTTT-AAAGGAATGAGAGA
* *
184415 CTATAAATGGA-TATTTCTTG-TCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGCAGACATTC
64 CTATAAA-AGACT-TTTCTTGCT-AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTC
*
184478 AATTATAGTCTTTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAG
126 AATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAG
* * ***
184543 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCGGAGGCTATAAATAAACTTTTCTTGTT
191 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTACC
* * * * *********
184608 GACGAATGCATTTTTCTTCAAGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTNNNNNNNNNN
256 AATGAATGCATTTTTCTTCAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTT-TTAACGAAA
******* * *
184673 NNNNNNNAAAAGTTCAAATTAAA
320 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * *
184696 ATCAATAATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAA-AGGCTTTTGAAA-GAATGGGAAAC
1 ATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAACAGGCTTTT-AAAGGAATGAGAGAC
* * * *
184759 TATAAACGAAC-TTTCTTTGAC-AATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTTA
65 TATAAAAG-ACTTTTC-TTG-CTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCA
* ** * **********
184822 ATTATAATCCGTTTGAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAANNNNNNNNNNGATTATAGA
127 ATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAGA
* * * * ** *
184887 ACCATTTAAAGCGAGTTATAACGCTTTCGAAGGGATTGGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCA
192 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTACCA
* * * * * * *
184952 ACGAATGCATTTTTCTTTATGTTTATAGAGGTAAACATTCAATCATTGTCTGTTTTAACTAAAAA
257 ATGAATGCATTTTTCTTCAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACGAAAAA
185017 TGTAAAAAA
322 TGTAAAAAA
185026 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1097, Mismatches: 216, Indels: 79
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 7 0.01
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343 459 0.42
344 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (342 bp):
ATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAAACAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACT
ATAAAAGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTA
TAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAGAACCA
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGA
ATGCATTTTTCTTCAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACGAAAAATGTA
AAAAAATTCAACTTAAA
Found at i:184655 original size:681 final size:682
Alignment explanation
Indices: 183365--184867 Score: 1828
Period size: 681 Copynumber: 2.2 Consensus size: 682
183355 AGTAAGAGCA
* * * * * *
183365 AGTAAAGAGGTTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAA-AGGACATTTCTTG-TCAATGAATGCTTT
1 AGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAACA-GACTTTTTTTGCT-AATGAATACTTT
* * *
183428 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAGAAATGTAAACAAAT
64 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * *
183493 TCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAGAACCATTTAAAATGGGTAAAAAGGCTTGTGAAGAAA
129 TCAACTTAAAATCAATCACGAGATCATAAAACCATTGAAAACGAGTAAAAAGGCTTGTGAAGAAA
* * *
183558 TGAGAGACTATATAGGAACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTCTCTATGTTTCTCAAGGCAGAC
194 TGAGAGACTATAAAGGAACTTTTCCTACCAATGAATACTTTTTCTCTATGTTTCTCAAGGCAAAC
**
183623 ATTCAATCATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAATAATTTAACTTGAAGTCAATTATGAGATC
259 ATTCAATCATAGTCTGTTTTAATGAAAAA-GTAAAATAATAAAACTTGAAGTCAATTATGAGATC
* **
183688 ATAAAACCATTTAAAAGGAGTAAACAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGACTTTTCTT
323 ATAAAACCATTTAAAAGGAGAAAACAAGCTTTTGAAAAAATGAGAGACTATAAATGACTTTTCTT
* * * *
183753 GCCAAGGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTTAATTATAGTCTATTTTAATGA
388 GCCAAGGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGA
* * * *
183818 AAATTGTTAAAAAATTCAACTTAAACTCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAATTATA
453 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAATAATA
* * *
183883 AGACTTTTGAAGAAATCAGAGGCTATAAATAGACTTTTTTTACCAATGAATGCATTTTTCTTCAA
518 AGACTTTTGAAGAAATCAGAGGCTATAAATAAACTTTTCTTACCAACGAATGCATTTTTCTTCAA
* * *
183948 GTTTTTAGAGGTAAACTTTAAATTATTATCTGTT-TTAACAAAAAATGTAAAACAAATTCAACTT
583 GTTTCTAGAGGTAAACATTAAATTATTATCTGTTATTAACAAAAAATGTAAAA-AAATTCAAATT
* *
184012 AAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
647 AAAATCAATAATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
* *
184048 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAACAGACTTTTTTTGCTAATAAATACTTTTT
1 AGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAACAGACTTTTTTTGCTAATGAATACTTTTT
* * * * *
184113 TCTTCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAACTC
66 TCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * *
184178 AACTTAAAATCTATTACGAGATCATAAAACCATTGAAAACGAGTAAAAAGGGTTTTGAAGGAATG
131 AACTTAAAATCAATCACGAGATCATAAAACCATTGAAAACGAGTAAAAAGGCTTGTGAAGAAATG
* * * * * *
184243 ATAGACTATAAATGAACTTTTCCTATCAATGAATGCTTCTTTTTTCATAT-TTT-TCAAGGTAAA
196 AGAGACTATAAAGGAACTTTTCCTACCAATGAATAC-T-TTTTCTC-TATGTTTCTCAAGGCAAA
* *
184306 CATTCAA-CTATAGTTTGTTTTAATGAAAAA-TAAAA-AA-AAAACTT-TAGATCAATTATGAGA
258 CATTCAATC-ATAGTCTGTTTTAATGAAAAAGTAAAATAATAAAACTTGAAG-TCAATTATGAGA
* * * *
184366 TCATAAAACCATTTAGAATGAGAAAAGAGGCTTTTGAAAAAATGAGAGACTATAAATGGA-TATT
321 TCATAAAACCATTTAAAAGGAGAAAACAAGCTTTTGAAAAAATGAGAGACTATAAAT-GACT-TT
* * * *
184430 TCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTA
384 TCTTGCCAAGGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTATTTTA
* * * *
184495 ATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGT
449 ATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAAT
* * * ****
184560 AATAAGGCTTTTGAAGGAATCGGAGGCTATAAATAAACTTTTCTTGTTGACGAATGCATTTTTCT
514 AATAAGACTTTTGAAGAAATCAGAGGCTATAAATAAACTTTTCTTACCAACGAATGCATTTTTCT
* * ***************** *
184625 TCAAGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAGTTCAA
579 TCAAGTTTCTAGAGGTAAACATTAAATTATTATCTGTTATTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
184690 ATTAAAATCAATAATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
644 ATTAAAATCAATAATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
* * *
184729 AGTAAAAAGGCTTTTGAAA-GAATGGGAAACTATAAAC-GAACTTTCTTTGAC-AATGAATACTT
1 AGTAAAAAGGCTTTT-AAAGGAATGAGAGACTATAAACAG-ACTTTTTTTG-CTAATGAATACTT
* * * * *
184791 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTTAATTATAATCCGTTTGAATGAAAAATGTAAAAAAA
63 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAA
184856 TTCAACTTAAAA
128 TTCAACTTAAAA
184868 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 695, Mismatches: 112, Indels: 28
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
679 2 0.00
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686 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (682 bp):
AGTAAAAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAACAGACTTTTTTTGCTAATGAATACTTTTT
TCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATCACGAGATCATAAAACCATTGAAAACGAGTAAAAAGGCTTGTGAAGAAATG
AGAGACTATAAAGGAACTTTTCCTACCAATGAATACTTTTTCTCTATGTTTCTCAAGGCAAACAT
TCAATCATAGTCTGTTTTAATGAAAAAGTAAAATAATAAAACTTGAAGTCAATTATGAGATCATA
AAACCATTTAAAAGGAGAAAACAAGCTTTTGAAAAAATGAGAGACTATAAATGACTTTTCTTGCC
AAGGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAA
ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGA
CTTTTGAAGAAATCAGAGGCTATAAATAAACTTTTCTTACCAACGAATGCATTTTTCTTCAAGTT
TCTAGAGGTAAACATTAAATTATTATCTGTTATTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAA
TCAATAATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
Found at i:186014 original size:169 final size:166
Alignment explanation
Indices: 185586--186069 Score: 508
Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 166
185576 NNNNNNNNNN
* * * *
185586 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGCGTAAAAAGAC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAATATAAAACCATTT-AAATGAGTAAAAAGGC
* * * *
185651 TTGTGAAGGAATGGGAGACTATATATGGACTTTTTTTACCAATGAATGCTTTTTCTTCATA-TTT
65 TT-TGAAGGAAT-GGAGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTCTTCA-AGTTT
* * *
185715 CTCAAGGCAGACATTCAATCATAGTCTGTTTTAATGAAAAA
126 CTTAAGGAAAACATTCAATCATAGTCTGTTTTAATGAAAAA
* * * * * *
185756 TATAAAAACATTCAACTTAAAGTCAATTATGAG-ATCATAAAACCATTTCAAACGAGTAAAAACG
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAAT-ATAAAACCATTT-AAATGAGTAAAAAGG
* *
185820 CTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTGTTCTACACGTTT
64 C-TTTGAAGGAATG-GAGACTATAAATGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTT-TTCTTCAAGTTT
* *
185885 CTTAAGGAAAACATTTAATTATAGTCTGTTTTAATG-AAAA
126 CTTAAGGAAAACATTCAATCATAGTCTGTTTTAATGAAAAA
* ** * * *
185925 TGTAAAAAAATTCAACTTAAACTCAATAATGAGAATATAAAATTATTTAAAGTGAATTATAAGGC
1 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAATATAAAACCATTTAAA-TGAGTAAAAAGGC
* * * *
185990 TCTTGAAGAAATCGGAGGCTATAAAAAGACTTTTCTTGCCAACGAATGTATTTTTCTTCAAGTTT
65 T-TTGAAGGAAT-GGAGACTAT-AAATGACTTTTCTTGCCAATGAATGT-TTTTTCTTCAAGTTT
*
186055 C-TAGAGGTAAACATT
126 CTTA-AGGAAAACATT
186070 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 39, Indels: 24
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.02
169 93 0.35
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171 5 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (166 bp):
TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGAATATAAAACCATTTAAATGAGTAAAAAGGCT
TTGAAGGAATGGAGACTATAAATGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTCTTCAAGTTTCTTAA
GGAAAACATTCAATCATAGTCTGTTTTAATGAAAAA
Found at i:186673 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 186259--186700 Score: 484
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 169
186249 NNNNNNNNNN
* *
186259 GAGATCATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGGTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGAAC
1 GAGATCATAAAACCATTT-AAATGAGT-AAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGAAC
* * *
186324 TTTTCTTATCAATGAATGCTTCTTTT-TTCATGTTTCTCGAGGTAACCATTCAATTATAGTTTGT
64 TTTTCTTGTCAATGAATGCTT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAACCATTCAATTATAGTTTGT
* * * *
186388 TTAATAAGAAATGAAGAAAAAATTAAACTTCAGATCAATTAT
128 TTAAGAAGAAATGAAGAAAAAATTAAACTTAAAATCAATCAT
* * * * * *
186430 GAGATCGTAAAATCATTCAGAATGAGTAAAGAGTCTTTTGAAGAAATGAGAGACTATAAATGGA-
1 GAGATCATAAAACCATTTA-AATGAGTAAA-AGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGAAC
186494 TATTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGA-CATTCAATTATA-TTCT
64 T-TTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCA-ACCATTCAATTATAGTT-T
*
186557 GTTTTAACGAA-AAAT-ATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATCAT
126 G-TTTAA-GAAGAAATGA-AGAAAAAATTAAACTTAAAATCAATCAT
* * * * * *
186601 GAGATTATGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATCAGAGGCTATAAATAAAC
1 GAGATCATAAAACCATTTAAA-TGAGTAA-AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGAAC
* * * *
186666 TTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTTCACGTTT
64 TTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTT
186701 AGATCAATTA
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 32, Indels: 24
0.80 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 13 0.06
171 199 0.88
172 13 0.06
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GAGATCATAAAACCATTTAAATGAGTAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGAACTT
TTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAACCATTCAATTATAGTTTGTTTA
AGAAGAAATGAAGAAAAAATTAAACTTAAAATCAATCAT
Found at i:186794 original size:111 final size:110
Alignment explanation
Indices: 186592--186812 Score: 268
Period size: 111 Copynumber: 2.0 Consensus size: 110
186582 TCAACTTAAA
* * * *
186592 ATCAATCATGAGATTATGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATCAGAGGCTA
1 ATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATCAGAGACTA
*
186657 TAAATAAACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTTCACGTTTAG
66 TAAAGAAAC-TTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTTCACGTTTAG
* * *
186703 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAGAA-CGAGTAA-AGGGGCTTTTAAAGGAATGAGAGAC
1 ATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATA-AGGCTTTTAAAGGAATCAGAGAC
* * * *
186766 TATGAAAGGAAA-TTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTA
64 TAT-AAA-GAAACTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTTCACGTTTA
186813 TCAAGGCAAA
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 12, Indels: 8
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
110 1 0.01
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (110 bp):
ATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATCAGAGACTA
TAAAGAAACTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTTCTTCACGTTTAG
Found at i:186929 original size:282 final size:282
Alignment explanation
Indices: 186419--186929 Score: 767
Period size: 282 Copynumber: 1.8 Consensus size: 282
186409 ATTAAACTTC
* * * * *
186419 AGATCAATTATGAGATCGTAAAATCATTCAGAATGAGTAAAGAGTCTTTTGAAGAAATGAGAGAC
1 AGATCAATTATGAGATCATAAAACCATTCAGAACGAGTAAAGAGGCTTTTAAAGAAATGAGAGAC
* * *
186484 TATAAATGGATATTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAAT
66 TATAAATGGAAATTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGCAAACATTCAAT
* *
186549 TATATTCTGTTTTAACGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATGAAAC
131 TATATTCTGTTTTAACGAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAAC
* *
186614 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATCAGAGGCTATAAATAAACTTTTCTTGCCAAC
196 CATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTGTCAAGGAATCAGAGGCTATAAATAAACTTTTCTTGCCAAC
186679 GAATGCATTTTTCTTCACGTTT
261 GAATGCATTTTTCTTCACGTTT
* * * *
186701 AGATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAGAACGAGTAAAGGGGCTTTTAAAGGAATGAGAGAC
1 AGATCAATTATGAGATCATAAAACCATTCAGAACGAGTAAAGAGGCTTTTAAAGAAATGAGAGAC
186766 TATGAAA-GGAAATTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGCAAACATTCAA
66 TAT-AAATGGAAATTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGCAAACATTCAA
* * * *
186830 TTCTAGTT-TGTTTTAATGAAAAACGTAAAAAAATTCCACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAA
130 TTATA-TTCTGTTTTAACGAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAA
* * *
186894 ATCATTTAAAATGCGTAA-AAGGGCTTGTGAAGGAAT
194 ACCATTTAAAATGAGTAATAA-GGCTTGTCAAGGAAT
186930 GGGAGATTAT
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 23, Indels: 6
0.88 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
281 2 0.01
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (282 bp):
AGATCAATTATGAGATCATAAAACCATTCAGAACGAGTAAAGAGGCTTTTAAAGAAATGAGAGAC
TATAAATGGAAATTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGCAAACATTCAAT
TATATTCTGTTTTAACGAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAAC
CATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTGTCAAGGAATCAGAGGCTATAAATAAACTTTTCTTGCCAAC
GAATGCATTTTTCTTCACGTTT
Found at i:187435 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 186703--187849 Score: 1190
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 170
186693 TCACGTTTAG
* * * * * *
186703 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAGAACGAGTAAAGGGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTA
1 ATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACGAGTAAA-AGGCTTTTGAAGAAATGAGAGACTA
** ** *
186768 TGAAA-GGAAATTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTATCAAGGCAAACATTCAATT
65 T-AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATT
* * * *
186832 CTAGTTTGTTTTAATGAAAAACGTAAAAAAATTCCACTTAAA
129 ATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * *
186874 ATCAATCATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAATGCGTAAAAGGGCTTGTGAAGGAATGGGAGATT
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* * *
186938 ATATATGGACTTTTCTTACCAATGAATGC--TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATC
64 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATT
*
187001 ATAGTGTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
129 ATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
187043 GTCAATGATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTA
1 ATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACGAGT-AAAAGGCTTTTGAAGAAATGAGAGACTA
* * ** * * *
187108 TAAAT-GACTTTTCCTGCCAATGAATATTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACATTTAATTA
65 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTA
* * *
187172 TAGTCTGTTTAAATGAAAAATGTATAAAAATTTAACTTAAA
130 TAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * * * *
187213 CTAAATAATGAGATTATAGAACTATTTAAAGCAAATTACAAGGCTTTTGAAGAAATCG-GAGGCT
1 ATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAAC-GAGTAAAAGGCTTTTGAAGAAAT-GAGAGACT
* * * * *
187277 ATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGCATTTTTCTTCAAGTTTCT-AGAGGTAAACATTCAAT
64 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGCAAACATTCAAT
187341 TATTA-TCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAA
128 TA-TAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAA
* * ** * *
187385 ATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGAAGAGAACGAAAGACT
1 ATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACGAGTAA-AAGGCTTTTGAAGA-AATGAGAGACT
* * * * *
187449 ATAAACGGAC-TCTCTTTACTAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAAT
64 ATAAATGGACTTTTC-TTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAAT
* *
187513 TATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAA
128 TATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * *
187556 ATCAATTACGAGATCATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAAGGGTTTTGAAGGAATGAGAGACTA
1 ATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACGAGT-AAAAGGCTTTTGAAGAAATGAGAGACTA
* * * * * *
187621 TAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATGCTTCTTTT-TTCATATTTTTCGAGGTAAACATTCAATT
65 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATT
* * * * *
187685 ATAGTTTG-TTTAATGAAAAAT-AAAAAAAATTAAACTTCAG
129 ATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * *
187725 ATTAATTATGAGATCATAAAACCATTGAAAATGAGTAAAGAGGCTTTTGAAGAAATGAGAGACTA
1 ATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACGAGTAAA-AGGCTTTTGAAGAAATGAGAGACTA
* ** * * *
187790 TAAATAGA-TATTTCTTGTCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTC
65 TAAATGGACT-TTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTC
187850 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
ATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAGGCTTTTGAAGAAATGAGAGACTAT
AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTAT
AGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
Found at i:189321 original size:172 final size:170
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188653 ATGAATACTG
* * * * * * *
188663 TTTTCTTCATGTTCCTCAAGATGAACATTCAATTATATTCTGTTTCAATGAAAAATCTTAAAAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAA
* * * * ** * *
188728 TTCAACTTAAAATCAATTACGAGATCATAACACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGGTTTTGAAGGA
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* * *
188793 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCTT
131 ATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTT-TCAACGAATGCTT
* * * * *
188834 CTTTTTTTCATGTTTTTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAAT-AAAAAAA
1 -TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
188898 ATTAAACTTCAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAGAATGCGTG-AAG-AGGCTTTTAAA
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AA-GCGAGTAAGAAGGCTTTTGAA
* **
188961 GGAATGAGAGACTATAAATGGA-TATTTCTTGTCAATTAATGCTT
128 GGAATGAGAGACTATAAATGAACT-TTTCTT-TCAACGAATGCTT
* * *
189005 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGG-AACATATTCAATGATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAA-ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAA
* * *
189069 ATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGG
* * * *
189134 AATTG-GAGGCTATAAATAAACTTTTCTTGCTGACGAATG-TAT
130 AA-TGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTTC-AACGAATGCT-T
* *
189176 TTTTCTTCAAGTTTCT-AGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAA
* * * *
189239 AAGTTCAAATTAAAATCAATAATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAA
64 AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAA
* * * * *
189304 GGAATGGGAGACTATAAACGAAC-TTTCTTTGACAATGAGTACTT
128 GGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTT--CAACGAATGCTT
* * * *
189348 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCCGTTTTAATGAAAAAATGTAAAAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATG-AAAAATGT-AAAAA
* *
189413 AATTCAACTTAAAA-CTAATCATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGT
64 AATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
189462 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
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174 7 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAA
TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGA
ATGAGAGACTATAAATGAACTTTTCTTTCAACGAATGCTT
Found at i:190860 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 171
190528 NNNNNNNNNG
* ** * * * *
190538 AGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTC-TCTAATTCCTTCA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATATATAGTCTTC-CACTCCTACA
* * * * * * * * *
190601 CAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTCTTATAATCTCATTATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTT
65 AAACCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
***********
190666 ACATTTNNNNNNNNNNCAGACTATAATTGAATGTTTTCCTTA
130 ACATTTTTCATGAAAATAGACTATAATTGAATGTTTTCCTTA
* * *
190708 AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGAAATA-TCCTTTA-ATAGTC-TCTCACTCTTT
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGAAA-AGT-CTATATATAGTCTTC-CACTCCTA
* * * * **
190770 CAAAAGCCTTATTAGTC-TCTTTATATAGTTTTATGATCTTATCCCTGATTTTAAGTTGAATTTT
63 CAAAACCCTTATTACTCAT-TTTAAATAGTTTTATGATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * *
190834 TTTACATTTTTCATGAAAGTAGACTATAATTGAATATCTACCTTG
127 TTTACATTTTTCATGAAAATAGACTATAATTGAATGTTTTCCTTA
** ** *
190879 AGAAATGTGAAGAAAAAAGCT-TTCATTGGTAAGAAAAGTCTATATATAGTCTTCCATTCCTACA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAG-TATTCATTGACAAGAAAAGTCTATATATAGTCTTCCACTCCTACA
* * * **********
190943 AAACCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATGATCTCGTAATTGATNNNNNNNNNNATTTTTTT
65 AAACCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
*
191008 ACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGT-CTTA
130 ACATTTTTCATGAAAATAGACTATAATTGAATGTTT-TCCTTA
191050 AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATT
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATT
191077 AGCAAAGAGA
Statistics
Matches: 288, Mismatches: 70, Indels: 21
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 19 0.07
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.38
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AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATATATAGTCTTCCACTCCTACAA
AACCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTCATGAAAATAGACTATAATTGAATGTTTTCCTTA
Found at i:192537 original size:343 final size:335
Alignment explanation
Indices: 192179--192873 Score: 779
Period size: 344 Copynumber: 2.0 Consensus size: 335
192169 NNNNNNNNNN
* * * *
192179 TTTTTTAAGATTTTTCATTGAAACAGAA-TATAATTGAATGTTCATCTTGAGGAAA-ATGAAGAA
1 TTTTTTTACATTTTTCATTAAAAC-GAATTATAATTGAATGTTCACCTTGA-GAAACATGAAGAA
*
192242 AACAATATTCATTGGCAAAGAAAGTCCGTTTATAGTCTC-CGATTCCTTCAAAAGTTTTATTACT
64 AACAATATTCATTGGCAAAGAAAGTCCGTTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGTCTTATTACT
* *
192306 TGCTTTAAATAGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAAC-TTTTTTTACATTTTTAATT
128 TGCTTTAAATAGTTTTATAAT---------GATTTTAAGTTGAACTTTTTTTTACATTTTCAATT
* * ** *
192370 AAAACAGACAATGATTGAATGTTTACCTCTATAAACTTGAA-AAACAATGCATTCATTGGTAAGA
184 AAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACTTGAAGAAA-AATGCATTCACCGGCAAGA
* *
192434 AAAGTCTGTTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAACCTTATAACTCACTTTAAATGGTTCTATAAC
248 AAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAACCTTATAACTCACTTTAAATGATTCTATAAC
192499 CTCATGATTAATTTTAAGTTGAA
313 CTCATGATTAATTTTAAGTTGAA
** *
192522 TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACGAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACGAATTATAATTGAATGTTCACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
********** * * *
192587 NNNNNNNNNNTGGCAAAGAAAGTTCGTTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAACGTCTTCTTACTTGC
66 CAATATTCATTGGCAAAGAAAGTCCGTTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGC
* *
192652 TTTAAATAGTTTTATAANNNNNNNNNNGATTTTAAGTTGAACTTTTTTTTACATTTTCAGTTAAA
131 TTTAAATAGTTTTATAA---------TGATTTTAAGTTGAACTTTTTTTTACATTTTCAATTAAA
* *
192717 ACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACTTTAAGAAAAATGCATTCGCCGGCAAGAAAAG
187 ACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCACCGGCAAGAAAAG
* * * * * * *
192782 TTTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAGCTTTATCACTCGCTTTTAATGATTCTATAATCTCA
252 TCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAACCTTATAACTCACTTTAAATGATTCTATAACCTCA
*
192847 TGATTGATTTTAAGTTGAA
317 TGATTAATTTTAAGTTGAA
192866 TTTTTTTA
1 TTTTTTTA
192874 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 296, Mismatches: 42, Indels: 27
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
342 7 0.02
343 129 0.44
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ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (335 bp):
TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACGAATTATAATTGAATGTTCACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
CAATATTCATTGGCAAAGAAAGTCCGTTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGC
TTTAAATAGTTTTATAATGATTTTAAGTTGAACTTTTTTTTACATTTTCAATTAAAACAGACAAT
AATTGAATGTTTACCTCTAGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCACCGGCAAGAAAAGTCTATTTAT
AGCCTCTGATTCCTTCAAAAACCTTATAACTCACTTTAAATGATTCTATAACCTCATGATTAATT
TTAAGTTGAA
Found at i:192858 original size:173 final size:169
Alignment explanation
Indices: 192337--193075 Score: 479
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 169
192327 NNNNNNNNNN
* * *
192337 ATTTTAAGTTGAACTTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACAATGATTGAATGTTTACCTCTAT
1 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA-TTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCTAG
* * *
192402 AAACTTGAA-AAACAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTGTTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAA
64 AAACTTGAAGAAA-AATGCATTCACTGGCAAGAAAAGTTTGTTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAA
* * * * *
192466 AACCTTATAACTCACTTTAAATGGTTCTATAACCTCATGATTA
128 AGCTTTAT-ACTCGCTTTAAATGATTCTATAACCTCATGATTG
*
192509 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAC-GA-ATTATAATTGAATGTTTGCCT-TG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCATTAAAACAGACA--ATAATTGAATGTTTACCTCT-
* ********** * * *
192571 AGAAACGTGAAGAAAANNNNNNNNNNTGGCAA-AGAAAGTTCGTTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
62 AGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCACTGGCAAGA-AAAGTTTGTTTATAGCCTCTGATTCCTTCA
* * * **********
192635 AACGTCTTCT-TACTTGCTTTAAAT-AGTTTTATAANNNNNNNNNNG
126 AAAG-CTT-TATACTCGCTTTAAATGA-TTCTATAACCTCATGATTG
192680 ATTTTAAGTTGAACTTTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCTA
1 ATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTCA-TTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCTA
* * * *
192745 GAAACTTTAAGAAAAATGCATTCGCCGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAA
63 GAAACTTGAAGAAAAATGCATTCACTGGCAAGAAAAGTTTGTTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAA
* *
192810 AGCTTTATCACTCGCTTTTAATGATTCTATAATCTCATGATTG
128 AGCTTTAT-ACTCGCTTTAAATGATTCTATAACCTCATGATTG
********* * * * * * *
192853 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTANNNNNNNNNNTAAAATAGACTATAATTGAATATCTGCCTCGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCTAGA
* * * * * * * * * * *
192918 AACATGAAGAAAAAAGCTTTCATTGTCAAGAAATGTCCT-TTTATAGTCTCTCACTCGTTCAAAA
65 AACTTGAAGAAAAATGCATTCACTGGCAAGAAAAGT-TTGTTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAA
* * * * * * * *
192982 GCATTATTAGTCGCTTTATATAGCTT-TATGATCTCATAACTG
129 GCTTTA-TACTCGCTTTAAAT-GATTCTATAACCTCATGATTG
* * **
193024 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAAAGAGTATAATTGAAT
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAAT
193076 ATCTGTCTTG
Statistics
Matches: 425, Mismatches: 119, Indels: 47
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 4 0.01
171 265 0.62
172 34 0.08
173 115 0.27
174 5 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCTAGAA
ACTTGAAGAAAAATGCATTCACTGGCAAGAAAAGTTTGTTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAGC
TTTATACTCGCTTTAAATGATTCTATAACCTCATGATTG
Found at i:193029 original size:344 final size:342
Alignment explanation
Indices: 192249--193075 Score: 775
Period size: 344 Copynumber: 2.4 Consensus size: 342
192239 GAAAACAATA
* * *
192249 TTCATTGGCAAAGAAAGTCCGTTTATAGTCTC-CGATTCCTTCAAAAGTTTTATTACTTGCTTTA
1 TTCATTGGCAAAGAAAGTCCGTTTATAGTCTCTC-ACTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTA
* ********** *
192313 AATAGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAACTTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGA
65 AATAGCTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTTACA-TTTTCATTAAAACAGA
* * ** * *
192378 CAATGATTGAATGTTTACCTCTATAAACTTGAAAAACAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTGT
129 CAATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACTTGAAAAACAATGCATTCACCGGCAAGAAAAGTCTAT
*
192443 TTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAACCTTATAACTCACTTTAAATGGTTCTATAACCTCATGATT
194 TTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAACCTTATAACTCACTTTAAATGATTCTATAACCTCATGATT
* * * * *
192508 AATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACGAATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAG
259 AATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAAGAACTATAATTGAATATCTGCCTCGAG
* *****
192573 AAACGTGAAGAAAANNNNN
324 AAACATGAAGAAAAAAGCT
***** * * * * *
192592 NNNNNTGGCAAAGAAAGTTCGTTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAACGTCTTCTTACTTGCTTTAA
1 TTCATTGGCAAAGAAAGTCCGTTTATAGTCTCTCACTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAA
* **********
192657 ATAGTTTTATAANNNNNNNNNNGATTTTAAGTTGAACTTTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGA
66 ATAGCTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAAC-TTTTTTTACATTTTCA-TTAAAACAGA
* * *
192722 CAATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACTTTAAGAAA-AATGCATTCGCCGGCAAGAAAAGTTTA
129 CAATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACTTGAA-AAACAATGCATTCACCGGCAAGAAAAGTCTA
* * * * * *
192786 TTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAGCTTTATCACTCGCTTTTAATGATTCTATAATCTCATGAT
193 TTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAACCTTATAACTCACTTTAAATGATTCTATAACCTCATGAT
* **********
192851 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTANNNNNNNNNNTAAAATAG-ACTATAATTGAATATCTGCCTCG
258 TAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAA-AGAACTATAATTGAATATCTGCCTCG
192915 AGAAACATGAAGAAAAAAGCT
322 AGAAACATGAAGAAAAAAGCT
* * * *
192936 TTCATTGTC-AAGAAATGTCCTTTTATAGTCTCTCACTCGTTCAAAAG-CATTATTAGTCGCTTT
1 TTCATTGGCAAAGAAA-GTCCGTTTATAGTCTCTCACTCCTTCAAAAGTC-TTATTACTCGCTTT
* * * *
192999 ATATAGCTTTATGATCTCATAACTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAAAG
64 AAATAGCTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTTACA-TTTTCATTAAAACAG
**
193063 AGTATAATTGAAT
128 ACAATAATTGAAT
193076 ATCTGTCTTG
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 81, Indels: 17
0.80 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
342 29 0.07
343 109 0.28
344 253 0.64
345 4 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
TTCATTGGCAAAGAAAGTCCGTTTATAGTCTCTCACTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAA
ATAGCTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTTACATTTTCATTAAAACAGACA
ATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACTTGAAAAACAATGCATTCACCGGCAAGAAAAGTCTATTT
ATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAACCTTATAACTCACTTTAAATGATTCTATAACCTCATGATTAA
TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAAGAACTATAATTGAATATCTGCCTCGAGAA
ACATGAAGAAAAAAGCT
Found at i:195338 original size:340 final size:332
Alignment explanation
Indices: 194711--195362 Score: 649
Period size: 340 Copynumber: 1.9 Consensus size: 332
194701 NNNNNNNNNN
* *
194711 ATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCACTTTA
1 ATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTCATAACTCACTTTA
* * * * *
194776 AATGGTTCTATAATCTCATGATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACGGATT
66 AATGGTTCTATAATCGCATCATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACT
* * * * * * * *
194841 ATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAATGTATTCATTGGCAAAGAAAGTTTATTT
131 ATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAAGAAAGTTCATTT
* ********** * *
194906 ATAGTCTCTCATTCCTTCNNNNNNNNNNTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATTACTGA
196 ATAGCCTCTCATTCCTTCAAAAGCGTCTTTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTAATAACTGA
** *
194971 TTTTAAGTTGAACTTTGTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATNNNNNNNNNNA
261 TTGGAAGTTGAACTTTGTTTACATTTTTCA-TTAAAACAAACT-ATAATTGAAT----------A
195034 GAAACTTGAAGAAAAATGC
314 GAAACTTGAAGAAAAATGC
* * * *
195053 ATTCGTTGGCAAGAATAGTTTATTTATAGCCTCCGATTCCTT-TAAAGCCTCATTAA-TCGCTTT
1 ATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTCA-TAACTCACTTT
* *
195116 AAATGGTTCTATAATCGCCTCATT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT-AAACAGA
65 AAATGGTTCTATAATCGCATCATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA
*
195179 CTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATTAAGAAAAAAGCATTCA-TAG-ATAAGAAA-TATC
129 CTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCA-AAGAAAGT-T-
* * * *
195241 CATTTATAGCCTTTCATTCCTTCAAAAGCGTCTTTACTC-ATTCTAAATGGTTTTATTATCTCAT
191 CATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAAAAGCGTCTTTACTCGATT-TAAATAGTTTTATAATCTAAT
* * * * *
195305 AATTGATTGGAAGTTTAATTTTTTTTTCATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAAT
255 AACTGATTGGAAGTTGAACTTTGTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAAT
195363 GTTTANNNNN
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 47, Indels: 18
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.01
339 11 0.04
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341 53 0.21
342 42 0.16
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (332 bp):
ATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTCATAACTCACTTTA
AATGGTTCTATAATCGCATCATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACT
ATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAAGAAAGTTCATTT
ATAGCCTCTCATTCCTTCAAAAGCGTCTTTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCTAATAACTGA
TTGGAAGTTGAACTTTGTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATAGAAACTTGAAGA
AAAATGC
Found at i:198272 original size:169 final size:161
Alignment explanation
Indices: 197960--198284 Score: 305
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
197950 AAAGTCCATT
* *
197960 TATAGTCTCTCAATCCTTCAAAACCCTTTTTACTCATTTTAAACGAGTTTATGATCTCATAATTG
1 TATAGTCTCCCAATCCTTCAAAACCCTTTTTACTCATTTTAAACGAGTTTATAATCTCATAATTG
*
198025 ACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATGATTGAATGTCTACCTTGAGA
66 ACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
* * *
198090 AACATGGAG-AAAAAGTATTCATTGGTNNNNNNNNNNCATA
131 AACAAGAAGAAAAAAGCATTCATTGGT----------CATA
* * * * * *
198130 TATAGTCTCCCATTCTTTCACAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATGATT
1 TATAGTCTCCCAATCCTTCAAAACCCTTTTTACTCATTTTAAACGAG-TTTATAATCTCATAATT
********** * *
198194 GA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTNNNNNNNNNNAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTGAG
65 GACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
*
198258 AAATAAGAAGAAAAAAGCATTCATTGG
130 AAACAAGAAGAAAAAAGCATTCATTGG
198285 CAAGAAATGT
Statistics
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0.82 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 57 0.45
170 71 0.55
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (161 bp):
TATAGTCTCCCAATCCTTCAAAACCCTTTTTACTCATTTTAAACGAGTTTATAATCTCATAATTG
ACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
AACAAGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTCATA
Found at i:199293 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 198982--199349 Score: 419
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 172
198972 AAAACAGATA
* * * * *
198982 ATAATTGAATGTTTACCTTTAGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTTGGCAACAAAAGTCTATTT
1 ATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACCTAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAACAAAAGTCTATTT
*
199047 ATAGCCTCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATATCATGATTAA
66 ATAGCCTCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATAGTTCTATAATATCATGATTAA
*
199112 TTTTAAGTTGAA-TTT-TTTACTTTTTTCACTAAAATGGATT
131 TTTTAAGTTGAACTTTGTTTACATTTTTCACTAAAATGGATT
* * *
199152 ATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACCTAAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAA-AGAAAGT-TCGT
1 ATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACCTAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAACA-AAAGTCT-AT
* * * * * *
199215 TTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTG-TTTAAATAGTTTTATAATCT-AGTTA
64 TTATAGCCTCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTC-GCTTTAAATAGTTCTATAATATCA-TGA
* * * ** **
199278 TTGATTTTCAGTTGAACTTTGTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACA
127 TTAATTTTAAGTTGAACTTTGTTTACATTTTTCA-CTAAAATGGATT
199324 ATAATTGAATGTTTACCTCT-AGAAAC
1 ATAATTGAATGTTTACCT-TGAGAAAC
199350 TTGNNNNNNN
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 24, Indels: 14
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.02
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (172 bp):
ATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACCTAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAACAAAAGTCTATTT
ATAGCCTCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATAGTTCTATAATATCATGATTAA
TTTTAAGTTGAACTTTGTTTACATTTTTCACTAAAATGGATT
Found at i:200638 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 200191--200670 Score: 574
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
200181 NNNNNNNNNN
* *
200191 GTTGAACTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTATAGAAACTTG
1 GTTGAACTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGA-AATAATTGAATGTTTACCT-TAGAAACTTG
* * * *
200256 AACAAAAATGTATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATACCTTCAGAAGCCTTAT
64 AAGAAAAATGTATTCGTTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * *
200321 AACTCTCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATGATTAACTTTAA
129 TACTCGCTTTAAATAGTTCTATAATCTAATGATTAACTTTAA
* * * * * *
200363 GTTGAA-TTTGTTTATATTTTTCA-AT-AAAACGAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACG
1 GTTGAACTTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAAAAGAA--ATAATTGAATGTTTACCTT-AGAAACT
* * ** *
200425 TGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAA-AGAAAGTTCGTTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCC
62 TGAAGAAAAATGTATTCGTTGGCAAGA-AAAGTTTATTTATAGCCTC-CGATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
200488 TTCTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATTATTGATTTTAA
125 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTCTATAATCTAATGATTAACTTTAA
*
200534 GTTGAACTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACACTAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACTTG
1 GTTGAACTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGA-AATAATTGAATGTTTACCT-TAGAAACTTG
* *
200599 AAGAAAAATGCATTCGTCGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTAT
64 AAGAAAAATGTATTCGTTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTAT
200664 TACTCGC
129 TACTCGC
200671 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 41, Indels: 26
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 7 0.03
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174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
GTTGAACTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGAAATAATTGAATGTTTACCTTAGAAACTTGAA
GAAAAATGTATTCGTTGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
CTCGCTTTAAATAGTTCTATAATCTAATGATTAACTTTAA
Found at i:201171 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 200863--201264 Score: 474
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
200853 NNNNNNNNTG
*
200863 AGAAACATGAAGAAAAAA-CTATTCATTGACAAGAAATA-TCCATTTATAGTCTCTCATTTCTTC
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGC-ATTCATTGA-AAGAAA-AGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTC
* * * *
200926 AAAAGCGTCTTTACTAATTCTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATCTAAAGTTTAATTTTTT
63 AAAACCCTCTTTACTAATTCTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATCTAAAGTTGAATTTTTT
200991 TTCATTTTTTAATAAAACAAACTATAATTGAATGTTTACCTCA
128 TTCATTTTTTAATAAAACAAACTATAATTGAATGTTTACCTCA
* *
201034 AGAACCATGAA-AAAAGAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTAATTCCTTCA
1 AGAAACATGAAGAAAA-AAGCATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
* ** * * *
201098 AAACCCTTTTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATGATCTCGTAATTGATTTTAAA-TTGAATTTTTT
64 AAACCCTCTTTACTAATTCTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGA-TCTAAAGTTGAATTTTTT
* * * ** **
201162 TAT-ATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGTCTTT
128 T-TCATTTTTTAATAAAACAAACTATAATTGAATGTTTACCTCA
* * *
201205 AGAAACATGAAGCAAAAAGTATTCATTAGCAAAG-AAAGTCCGTTTATAGTCTCTCATTCC
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT-G-AAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCC
201265 CTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 197, Mismatches: 26, Indels: 16
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.03
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172 14 0.07
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAA
ACCCTCTTTACTAATTCTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATCTAAAGTTGAATTTTTTTTC
ATTTTTTAATAAAACAAACTATAATTGAATGTTTACCTCA
Found at i:201955 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 201482--202156 Score: 788
Period size: 170 Copynumber: 4.0 Consensus size: 170
201472 NNNNNNNNNN
*** *
201482 AGTTGAATTGTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTTTACCGCCAGAATC
1 AGTTGAATT-TTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAAC
* * * * * * *
201545 TTGAAGAAAAATACATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTTCTTCAAAAGCAT
63 ATGAAGAAAAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * ** * **
201610 TATAATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATTTTTGAATTTA
127 TTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTA
* * *
201654 AGTTGAA-TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTTAAGAAACGT-
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATG
* * * **
201717 AAAAAAAAATATTCATTGGCAGGAAAAGT-CATTTATAGTCTCTAATTCCTTCAAAAGCCTTTTT
66 AAGAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTT
* **
201781 ACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGACCTTA
131 ACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTA
* * *
201821 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATGATTGAATGTTTACTTTGAGAAACATG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATG
* * * * *
201886 AAGAAGAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATTCCTTCACAAGCCTTTTT
66 AAGAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTT
* *
201951 ACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTA
131 ACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTA
* * *
201991 AGTTGAATTTTTTTACGTTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATG
1 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATG
* * * * * *
202056 AAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAATGTCCCTTTATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAGCCTCTT
66 AAGAAAAAA-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTTT
*
202121 TACTC-TTTCTAAATAGTTTTATTAA-CTCATAATTGA
130 TACTCATTT-TAAATGGTTTTA-TAATCTCATAATTGA
202157 TCTAAACTTG
Statistics
Matches: 429, Mismatches: 66, Indels: 17
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
167 65 0.15
168 68 0.16
169 30 0.07
170 181 0.42
171 75 0.17
172 10 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATG
AAGAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTT
ACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAATTTA
Found at i:202415 original size:282 final size:282
Alignment explanation
Indices: 201931--202441 Score: 806
Period size: 282 Copynumber: 1.8 Consensus size: 282
201921 ATAGTCTCCC
* * * * ** * *
201931 ATTCCTTCACAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTCCACAATCTCATGATTGATTTTAAGTTA
* *
201996 AATTTTTTTACGTTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAA
66 AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
* * * *
202061 AAAAGCATTCATTGACAAGAAATGTCCCTTTATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAGCCTCTTTACTC
131 AAAAGCATTCATTGACAAGAAATATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGACTCTTTACTC
* *
202126 TTTCTAAATAGTTTTATTAACTCATAATTGATCTAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTCGGCAAG
196 ATTCTAAATAGTTTTATGAACTCATAATTGATCTAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTCGGCAAG
202191 AAAAGTTTATTTATAGCCTCTG
261 AAAAGTTTATTTATAGCCTCTG
* * * *
202213 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTCCGCAATCTCATTATTGATTTTGAGTTA
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTCCACAATCTCATGATTGATTTTAAGTTA
*
202278 AATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
66 AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
202343 AAAAGCATTCATTGACAAGAAATATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGACTCTTTACTC
131 AAAAGCATTCATTGACAAGAAATATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGACTCTTTACTC
* * *
202408 ATTCTAAATGGTTTTATGATCTCATCATTGATCT
196 ATTCTAAATAGTTTTATGAACTCATAATTGATCT
202442 GAAGTTTAAT
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 24, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
282 205 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (282 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTCCACAATCTCATGATTGATTTTAAGTTA
AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA
AAAAGCATTCATTGACAAGAAATATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGACTCTTTACTC
ATTCTAAATAGTTTTATGAACTCATAATTGATCTAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTCGGCAAG
AAAAGTTTATTTATAGCCTCTG
Found at i:202455 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 202160--205596 Score: 2135
Period size: 171 Copynumber: 19.9 Consensus size: 169
202150 TAATTGATCT
* * * * ** * *
202160 AAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTCGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
* * **** * * *
202225 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTCCGCAATCTCATTATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACA
66 GCCTT-TTACTC-ATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
*
202290 TTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
129 TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
*
202331 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAATA-TCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAA
* * * * * * *
202395 AGACTCTTTACTCATTCTAAATGGTTTTATGATCTCATCATTGATCTGAAGTTTAATTTTTTTTC
65 AGCCT-TTTACTCATT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *
202460 ATTTTTAATTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTACCTCGAG
128 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* ** *
202502 AAACAT-AAAAAAAGAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAA
1 AAACATGAAGAAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAA
* * * * *
202566 ACCCTTTTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
65 AGCC-TTTTACTC-ATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * **
202631 ATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGTCTTGAG
128 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * *
202673 AAACAAGAAGCAAAAAGTATTCATTAGCAA-AGAAAGTCCGTTTATAGTCTCTCATTCCCTT-AA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT-CCTTCAA
* *
202736 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTT
64 AAGCCTT-TTACTCA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTT
* **
202801 ACATTTTT-AGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTTTACCTCCAG
126 ACATTTTTCA-TTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * * *
202845 AAAC-TTAA-AAAAAATGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTTCTTCAAA
1 AAACATGAAGAAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAA
* * * * * * *
202908 AGCCTTATAATTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTAATTATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
65 AGCCTT-TTACTC-ATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * *
202973 ATGTTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGTTTGCCTTAAG
128 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * ** * * *
203015 AAACGTGAAGAAAAAAACATTCACCGACAGGAAAAGT-CATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
* * * *
203079 GCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTCAAGTTAAATCTTTTTACA
66 GCC-TTTTACTCA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * *
203144 TTTTTCATTGAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTAGAG
129 TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* *
203185 AAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTAGCAA-AGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTTCCTT-AA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCTCTCA-TTCCTTCAA
* *
203248 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT
64 AAGCCTT-TTACTCA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-T
* *
203313 ACATTTTT-AGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTTTACCTTTAG
126 ACATTTTTCA-TTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * ** * * * *
203357 AAACTTGAAGAAAAATGAATTTGTTGGCTAGAAAAGTCTATTTATTGCCTC-CGATTCCTTCAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAA
* * * * * *** ** ** *
203421 AGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTTATGATTGA-GAAAATGGTTCTA-TAATCT
65 AGCCTT-TTACTC-ATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA--GTTGAATTTTTTT
** * * *** * ** * * *
203484 -CATGATTGAGTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTA--TT-A-
126 ACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGA-A-TGTCTACCTTGAG
* * * ** ** * * * *
203525 AAACA-GACA-ATAATTAAATGTC-TGCCTTAGGAAACGTGAAG---A-AAAAAATAT-TCATTA
1 AAACATGA-AGA-AA--AAA-G-CATTCATT-GGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTC
* ** * * * * ** * * ** * * *
203582 GTAGGAAAAGTCATTTACAGTC-TCT-CATTCTTTTAAAAGCCTTTTTACTCG-TTTTAA-AT-A
58 CT-TCAAAAGCCTTTTAC--TCATTTAAATGGTTTTATAA-TC-TCATAATTGATTTTAAGTTGA
* ** * * *** * ** * * *
203642 GTTTTATGATCT-CATAATTGACTTTAAGTTGAAT-TTTTTGTACAT-TTTTCATT-A-
118 ATTTT-T--T-TACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTG-A-ATGTCTACCTTGAG
** * ** * *** *****
203696 AAACA-GACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAAGAAAAAAAAGCATTTACTAGTAAGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCAT-TC-A--TTG-G---CAAG--AAAAGTCCATTTA-TAGT-CTCTC
* * * * * * ** * * **
203760 AGT-CTAT-ATATAGTCTCTCATTCCTACAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTGTAAT
54 ATTCCT-TCA-AAAG-C-CT--TT--TAC-----TCATTTAAATGGTTTT--ATAATCTCATAA-
* ** * * * *
203823 CTCATAATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTTACATTTTTCATTGAAACAAACTATAAATTGAATGT
103 -T--TGATT--TTAA--GTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTAT-AATTGAATGT
203888 CTACCTTGAG
160 CTACCTTGAG
* * * * * * * *
203898 AAACGTGATGAAAAAAGCCTTTATTGGTAAGAAAAGTTCATATATAGTCT-TCCATT-CTTACGA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT-CATTCCTT-CAA
* * *
203961 AAGCCTTTTACTCCTTTTAAATGGTTTTATAAAT-TCATAATTAATTTTAAGTTGAATCTTTTTA
64 AAGCCTTTTACT-CATTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
204025 CATTTTCCATTGAAACAGAATATAATTGAATGTCCATCTTGAG
127 CATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
** * * *
204068 GGACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAA-AGAAAGTCCATTTATAGTCTCTGATTTCTTTC-A
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCTCTCA-TTCCTTCAA
* * * *
204131 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTT
64 AAGCCTT-TTACTC-ATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT
** * * *
204196 ACATTTTTGGTTAAAACAGA-TAATAATTGAACGTTTACCTCT-AA
126 ACATTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCT-TGAG
* * * * * * *
204240 AAACTTGAAGAAAAATGTATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
* *
204305 GCCTTATTACTTGC-TTTAAATGGTTCTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
66 GCCTT-TTAC-T-CATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
204369 ATTTTTCATTAAAAC-GAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
128 ATTTTTCATTAAAACAG-ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * *
204411 AAATATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAATGTACATTTATAGTCTCCCACTCGC-TCAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTC-CTTCAAA
* * * *
204475 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAC
65 AGCCTT-TTACTC-ATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * *
204540 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGCCTTAAG
128 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * * * * * * * *
204582 AAACGTGAAGCAAAAATC-TTCATTCGTAAGAAAAGTCTATATATAGTCTCCCATTCATACGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
* * *
204646 GCCCTTTCACTCATTTTAAATGGTTTTATGAA-CTCATAATTCATTTTAAGTTGAATCTTTTTAC
66 G-CCTTTTACTCA-TTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * *
204710 ATTTTT-ATTGAAATAGAATATAATTGAATGT-TCATCTTAAG
128 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAG
* * * ** * *
204751 GAACATGAAGAAAACAGTATTCATTTCCAACG-AAAGTCCGTTTATAGACTC-CGATTCCTTCAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAA
* * * *
204814 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTG
64 AAGCCTT-TTACTC-ATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT
* * *
204879 ACATTTTT-AGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTTTACCTCT-AG
126 ACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TGAG
* ** * * * *
204923 AAACTTGAAGAAAAATA-CATTTGTTGGTAAGAAAATTCTATTTATAGCCT-TCGATTCCTTCAA
1 AAACATGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAA
* * * *
204986 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTATATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTA
64 AAGCCTT-TTACTCA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
205051 TATTTTTTATTAAAACAGACTATAGTTGAATGTTTGCCTTGAG
127 CATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * * *
205094 AAACGTGAAGAAATAAGCATTCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCTCTCATTTCTTCAATA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
* * * ** *
205159 GCCTTTTTACTTGATTTAAACGGTTTTATGATCTCATAATTGACATTAAGTTGAATTGTTTTACA
66 GCC-TTTTAC-TCATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
205224 TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
129 TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
* * * * **
205265 AAACATGAAAAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATTTGTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
* * * *
205330 GCCTTTTTACTCAATTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATCTTTTTACA
66 GCC-TTTTACTC-ATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * **
205395 TTTTTCATTGAAATAGACTATAATTAAATGTCTGTCTTGAG
129 TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
** * * * * * * *
205436 AAATGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAATAAAAGTCCGTTCATTGTCTCTGATTCCTTAAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
* * * *
205501 GCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCT-ACTAATTAATTTTAAGTTCAATTGTTTTTA
66 GCCTT-TTACTCA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTA
**
205565 CATTTTTGGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATG
127 CATTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAATG
205597 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2552, Mismatches: 541, Indels: 345
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
GCCTTTTACTCATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
TTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
Found at i:202595 original size:453 final size:451
Alignment explanation
Indices: 201734--202610 Score: 1184
Period size: 453 Copynumber: 1.9 Consensus size: 451
201724 AATATTCATT
* * * * * *
201734 GGCAGGAAAAGTCATTTATAGTCTCTAATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTT
1 GGCAAGAAAAGTCATTTATAGCCTCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTC
* ** * *
201799 TATGATCTCATAATTGACCTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATGATTG
66 CACAATCTCATAATTGACCTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTG
* * * **
201864 AATGTTTACTTTGAGAAACATGAAGAAGAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTC
131 AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATATATAGTCTC
* * * * * * *
201929 CCATTCCTTCACAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGT
196 CCATTCCTTCAAAAGACTCTTTACTCATTCTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATCTGAAGT
* * * * * *
201994 TGAATTTTTTTACGTTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAG
261 TGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAA
* * * *
202059 AAAAAAGCATTCATTGACAAGAAATGTCCCTTTATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAGCCTCTTTAC
326 AAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAACCCTCTTTAC
*
202124 TCTTTCTAAATAGTTTTATTAACTCATAATTGATCTAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTC
391 TCTTTCTAAATAGTTTTATGAACTCATAATTGATCTAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTC
* * *
202185 GGCAAGAAAAGTTTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
1 GGCAAGAAAAG-TCATTTATAGCCTCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* * ** * * *
202250 CCGCAATCTCATTATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATT
65 CCACAATCTCATAATTGACCTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATT
*
202315 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAATA-TCCATTTATAGT
130 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGACAAGAAA-AGTCCATATATAGT
* *
202379 CTCTCATTCCTTCAAAAGACTCTTTACTCATTCTAAATGGTTTTATGATCTCATCATTGATCTGA
193 CTCCCATTCCTTCAAAAGACTCTTTACTCATTCTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATCTGA
* * *
202444 AGTTTAATTTTTTTTCATTTTTAATTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACAT-
258 AGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATG
* * *
202508 AAAAAAAGAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAACCCTTT
323 AAAAAAA-AAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAACCCTCT
* * *
202573 TTACTCGTTT-TAAATGGTTTTATGATCTCGTAATTGAT
387 TTACTC-TTTCTAAATAGTTTTATGAACTCATAATTGAT
202611 TTTAAGTTGA
Statistics
Matches: 365, Mismatches: 56, Indels: 8
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
451 10 0.03
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ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (451 bp):
GGCAAGAAAAGTCATTTATAGCCTCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTC
CACAATCTCATAATTGACCTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTG
AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATATATAGTCTC
CCATTCCTTCAAAAGACTCTTTACTCATTCTAAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATCTGAAGT
TGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAA
AAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAACCCTCTTTAC
TCTTTCTAAATAGTTTTATGAACTCATAATTGATCTAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTC
Found at i:202727 original size:624 final size:619
Alignment explanation
Indices: 201544--202781 Score: 1727
Period size: 624 Copynumber: 2.0 Consensus size: 619
201534 CCGCCAGAAT
*
201544 CTTGAAGAAAAATACATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTTCTTCAAAAGCA
1 CTTGAAGAAAAATACATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCA
* * ** * * * *
201609 TTATAATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATTTTTGAATTTAAGTTGAATTTTTTACATTTT
66 TTATAACTCGCTTTAAATAGTTCCACAATCTCATTATTGAATTTAAGTTAAATTTTTTACATTTT
* * * * *
201674 TCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTTAAGAAACGTAAAAAAAAATATTCATTGGCAG
131 TCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAAAAAAACATTCATTGACAA
* * *
201739 GAAAAGTCATTTATAGTCTCTAATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGA
196 GAAAAGTCATTTATAGTCTCTAATTCCTTCAAAAGACTCTTTACTCATTCTAAATGGTTTTATGA
* * *
201804 TCTCATAATTGACCTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATGATTGAATGT
261 TCTCATAATTGACCTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAAACTATAATTGAATGT
* * * * *
201869 TTACTTTGAGAAACATGAAGAAGAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATT
326 TTACCTCGAGAAACATAAAAAAGAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATT
* * *
201934 CCTTCACAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAAT
391 CCTTCAAAACCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* *
201999 TTTTTTACGTTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA
456 TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACAAGAAGAAAAA
*
202064 AGCATTCATTGACAAGAAATGTCCCTTTATAGTCTCTCATT-TCTTCAAAAGCCTCT-TTACTC-
521 AGCATTCATTGACAAGAAATGTCCCTTTATAGTCTCTCATTCCCTT-AAAAGCCT-TATTACTCA
* *
202126 TTTCTAAATAGTTTTATTAA-CTCATAATTGATCTAAA
584 CTT-TAAATAGTTTTA-TAATCTAATAATTGATCTAAA
* * * *
202163 CTTGAAGAAAAATGCATTC-GTCGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAGC
1 CTTGAAGAAAAATACATTCACT-GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGC
* * * * *
202227 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTCCGCAATCTCATTATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATT
65 ATTATAACTCGCTTTAAATAGTTCCACAATCTCATTATTGAATTTAAGTTAAA-TTTTTTACATT
* * * *
202292 TTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTG
129 TTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACAT-AA-AAAAAAACATTCATTG
*
202357 ACAAGAAATA-TCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGACTCTTTACTCATTCTAAATGGTT
192 ACAAGAAA-AGT-CATTTATAGTCTCTAATTCCTTCAAAAGACTCTTTACTCATTCTAAATGGTT
* * * *
202421 TTATGATCTCATCATTGATCTGAAGTTTAATTTTTTTTCATTTTTAATTAAAACAAACTATAATT
255 TTATGATCTCATAATTGACCTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAAACTATAATT
*
202486 GAATGTTTACCTCGAGAAACATAAAAAAAGAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
320 GAATGTTTACCTCGAGAAACAT-AAAAAAGAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATATATAGTC
** * * *
202551 TCTTATTCCTTCAAAACCCTTTTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCGTAATTGATTTTAA
384 TCCCATTCCTTCAAAACCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
202616 GTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACAAGA
449 GTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACAAGA
* * *
202681 AGCAAAAAGTATTCATT-AGCAAAGAAA-GTCCGTTTATAGTCTCTCATTCCCTTAAAAGCCTTA
514 AGAAAAAAGCATTCATTGA-C-AAGAAATGTCCCTTTATAGTCTCTCATTCCCTTAAAAGCCTTA
202744 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGAT
577 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGAT
202782 TTTAAGTTGA
Statistics
Matches: 542, Mismatches: 64, Indels: 21
0.86 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
618 1 0.00
619 97 0.18
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622 21 0.04
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624 227 0.42
625 11 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (619 bp):
CTTGAAGAAAAATACATTCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCA
TTATAACTCGCTTTAAATAGTTCCACAATCTCATTATTGAATTTAAGTTAAATTTTTTACATTTT
TCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAAAAAAACATTCATTGACAA
GAAAAGTCATTTATAGTCTCTAATTCCTTCAAAAGACTCTTTACTCATTCTAAATGGTTTTATGA
TCTCATAATTGACCTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAAACTATAATTGAATGT
TTACCTCGAGAAACATAAAAAAGAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATT
CCTTCAAAACCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACAAGAAGAAAAA
AGCATTCATTGACAAGAAATGTCCCTTTATAGTCTCTCATTCCCTTAAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATCTAAA
Found at i:202878 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 202160--205596 Score: 2866
Period size: 342 Copynumber: 10.0 Consensus size: 341
202150 TAATTGATCT
* * * ** * *
202160 AAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTCGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAA
1 AAAC-TGAAAAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
* **** * * *
202225 GCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTCCGCAATCTCATTATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACA
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
*
202290 TTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
130 TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * *
202355 TGAC-AAGAAATATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGACTCT-TTACTCA-TTCTAAAT
195 TGGCAAAGAAA-GTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCACTT-TAAAT
* * * * * * * * *
202417 GGTTTTATGATCTCATCATTGATCTGAAGTTTAATTTTTTTTCATTTTTAATTAAAACAAACTAT
257 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
202482 AATTGAATGTTTACCTCGAG
322 AATTGAATGTTTACCTCGAG
* ** *
202502 AAACAT-AAAAAAAGAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAA
1 AAAC-TGAAAAAAA-ATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAA
* * * * * *
202566 ACCCTTTTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * ** * * *
202631 ATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACAAGAAGCAAAAAGTATTCA
129 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA
* *
202696 TTAGCAAAGAAAGTCCGTTTATAGTCTCTCATTCCCTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
194 TTGGCAAAGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
*
202760 GTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-TAA
258 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACT-A
*
202824 TAATTGAATGTTTACCTCCAG
321 TAATTGAATGTTTACCTCGAG
* * * * * *
202845 AAACTTAAAAAAAATGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTTCTTCAAAAG
1 AAACTGAAAAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAG
* * * * * *
202910 CCTTATAATTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTAATTATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
66 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * * **
202975 GTTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCACC
131 TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT
* * * * * *
203040 GAC-AGGAAAAGT-CATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGT
196 GGCAAAG-AAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
* * * * *
203103 TTTATAATCTCATAACTGATTTCAAGTTAAATCTTTTTACATTTTTCA-TTGAAACAGACTATAA
260 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAA
* * *
203167 TTGAATGTCTGCCTAGAG
324 TTGAATGTTTACCTCGAG
* *
203185 AAACATGAAGAAAAAA-GTATTCATTAGCAA-AGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTTCCTT-A
1 AAAC-TGAA-AAAAAATGCATTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCTCTCA-TTCCTTCA
* * *
203247 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
62 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-
* * * * *
203312 TACATTTTT-AGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTTTACCTTTAGAAACTTGAAGAAAAATGA
126 TACATTTTTCA-TTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGC
** * * * * * *
203375 ATTTGTTGGC-TAGAAAAGTCTATTTATTGCCTC-CGATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGCTT
189 ATTCATTGGCAAAG-AAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * *** ** ** * * * * *
203438 TAAATGGTTCTATAATCTTATGATTGA-GAAAATGGTTCTA-TAATCT-CATGATTGAGTTTAAG
252 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA--GTTGAATTTTTTTACAT-TTTTAGTTAAAA
** * ** * * *
203500 TTGAAT-TTTTTTACATTTTTTA--T-TA-
314 CAGACTATAATTGA-A-TGTTTACCTCGAG
* * * * *
203525 AAACAGACAATAATTAAATGTC-TGCCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTAGTAGGAA
1 AAACTGA-AA-AA--AAATG-CATTCATT-GG---C---AAG---AAAA-GTCCATT--T----A
* * * ** * * * * ****
203589 AAGTCATTTACAGTCTCTCATTCTTTTAAAAGCCT-TT-TTACTCGTTTTAAATAGTTT-TATGA
44 TAGTC-TCT-CA-T-TC-C-TTC---AAAAGCCTTATTACT-CGC-TTTAAATGGTTTTATA--A
*
203651 TCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTGTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
96 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * * *
203716 TCTACCTTGAGAAACAAGAA-AAAAAAGCATTTACTAG-TAAGAAAAGTCTATATATAGTCTCTC
160 TCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAG-AAAGTCCATTTATAGTCTCTC
* * * * *
203779 ATTCCTACAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
224 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * *
203844 AATCTTTTTACATTTTTCA-TTGAAACAAACTATAAATTGAATGTCTACCTTGAG
289 AATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTAT-AATTGAATGTTTACCTCGAG
* * * * * * *
203898 AAACGTGATGAAAAAA-GCCTTTATTGGTAAGAAAAGTTCATATATAGTCT-TCCATT-CTTACG
1 AAAC-TGA-AAAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT-CATTCCTT-CA
* *
203960 AAAGCCTT-TTACTC-CTTTTAAATGGTTTTATAAAT-TCATAATTAATTTTAAGTTGAATCTTT
62 AAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * ** *
204022 TTACATTTTCCATTGAAACAGAATATAATTGAATGTCCATCTTGAGGGACATGAAGAAAAAAGTA
125 TTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCA
* * *
204087 TTCATTGGCAAAGAAAGTCCATTTATAGTCTCTGATTTCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTA
190 TTCATTGGCAAAGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * *
204151 AATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
254 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * *
204216 -TAATAATTGAACGTTTACCTCTAA
318 CT-ATAATTGAATGTTTACCTCGAG
* * * * * *
204240 AAACTTGAAGAAAAATGTATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAA
1 AAAC-TGAAAAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
* * *
204305 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
*
204370 TTTTTCATTAAAAC-GAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCA
130 TTTTTCATTAAAACAG-ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA
* * * *
204434 TTGGC-AAGAAATGTACATTTATAGTCTCCCACTCGC-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
194 TTGGCAAAGAAA-GTCCATTTATAGTCTCTCATTC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* *
204497 AGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTCA-TTAAAACAGACTA
257 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTA
* * * **
204561 TAATTAAATGTCTGCCTTAAG
321 TAATTGAATGTTTACCTCGAG
* * * * * * * * *
204582 AAACGTGAAGCAAAAAT-C-TTCATTCGTAAGAAAAGTCTATATATAGTCTCCCATTCATACGAA
1 AAAC-TGAA-AAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAA
* ** * *
204645 AGCCCTT-TCACTCATTTTAAATGGTTTTATGAA-CTCATAATTCATTTTAAGTTGAATCTTTTT
64 AG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * *
204708 ACATTTTT-ATTGAAATAGAATATAATTGAATGT-TCATCTTAAGGAACATGAAGAAAACAGTAT
127 ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCAT
** * * * *
204771 TCATTTCCAACGAAAGTCCGTTTATAGACTC-CGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
191 TCATTGGCAAAGAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* *
204835 ATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTGACATTTTTAGTTAAAACAGAC
255 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGAC
* * *
204900 AATAATTAAATGTTTACCTCTAG
319 TATAATTGAATGTTTACCTCGAG
* * ** * * * *
204923 AAACTTGAAGAAAAATACATTTGTTGGTAAGAAAATTCTATTTATAGCCT-TCGATTCCTTCAAA
1 AAAC-TGAAAAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAA
* * * * * *
204987 AGCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTATATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTAT
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * *
205052 ATTTTTTATTAAAACAGACTATAGTTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAATAAGCATTCA
129 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA
* * * * * *
205117 TTGAC-AAGAAATGTCCATTTATAGTCTCTCATTTCTTCAATAGCCTTTTTACTTGA-TTTAAAC
194 TTGGCAAAGAAA-GTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAAT
* * ** *
205180 GGTTTTATGATCTCATAATTGACATTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTA
257 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTA
* *
205244 TAATTGAATGTCTACCTTGAG
321 TAATTGAATGTTTACCTCGAG
* * * * **
205265 AAACATGAAAAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATTTGTTCAAAA
1 AAAC-TGAAAAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
* ** * * * *
205330 GCCTTTTTACTCAATTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATCTTTTTACA
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * ** ** *
205395 TTTTTCATTGAAATAGACTATAATTAAATGTCTGTCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGTATTCAT
130 TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * * * * *
205460 TGGCAATA-AAAGTCCGTTCATTGTCTCTGATTCCTTAAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATAG
195 TGGCAA-AGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * *
205524 TTTTATAATCT-ACTAATTAATTTTAAGTTCAATTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TAA
259 TTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACT-A
205587 TAATTGAATG
321 TAATTGAATG
205597 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT
GGCAAAGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATT
GAATGTTTACCTCGAG
Found at i:203471 original size:28 final size:28
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203429 AACTCGCTTT
*
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1 AAATGGTTCTATAATCTCATGATTGAG
203494 TTTAAGTTGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATGGTTCTATAATCTCATGATTGAGA
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202150 TAATTGATCT
** * * *
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* **** * * *
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*
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* * * * *
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* * * * * * *
202419 TTTTATGATCTCATCATTGATCTGAAGTTTAATTTTTTTTCATTTTTAATTAAAACAAACTATAA
258 TTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAA
* * * * * * * *
202484 TTGAATGTTTACCTCGAGAAACAT-AAAAAAAGAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATA
322 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA-AA-CCTTCATTGGTAAGAAAAGTCTATATATA
** * * * * * * * *
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* * * * ** *
202612 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGTCTTGAGAAAC
449 TTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTT-ATTGAAATAGAATATAATTGAATGTTCATCTTGAGGAAC
* * * *
202677 AAGAAGCAAAAAGTATTCATTAGCAAAGAAAGTCCGTTTATAGTCTCTCATTCCCTT-AAAAGCC
513 ATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAAGAAAGTCCGTTTATAGTCTCTGATT-CCTTCAAAAGCC
*
202741 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATT
577 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATT
* * * *
202806 TTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTCCAG
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* ** * *
202845 AAACTT-AAAAAAAATGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTTCTTCAAAA
1 AAACTTGAAGAAAAATATATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAA
* * * * * *
202909 GCCTTATAATTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTAATTATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTATATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * * * * * * *
202974 TGTTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCAC
131 TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * * * * *
203039 CGACAGGAAAAGTCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTC-ATTTTAAATGGT
196 TGGCAAGAAATGTCATTTATAGTCTCTCATTCC-TCAAAAGCCTTTTTACTCGA-TTTAAATAGT
* * * * *
203103 TTTATAATCTCATAACTGATTTCAAGTTAAATCTTTTTACATTTTTCATTGAAACAGACTATAAT
259 TTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAAT
* * * ** * * * *
203168 TGAATGTCTGCCTAGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTAGCAA-AGAAAGTCCATTTATAG
323 TGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAA-CCTTCATTGGTAAGA-AAAGTCTATATATAG
* * * * * * *
203232 TCTCTCATTTCCTTA--AAAG-CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGAT
386 TCTCCCA-TT-CATACGAAAGCCCTT-TTACTCATTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAAT
* * * * * * *
203294 TTTAAGTTGAATTTTTTATACATTTTTAGTTAAAACAG-ATAATAATTGAATGTTTACCTTTAGA
448 TTTAAGTTGAATCTTTT-TACATTTTTA-TTGAAATAGAAT-ATAATTGAATGTTCATCTTGAGG
* * * ** * ** * * *
203358 AACTTGAAGAAAAATGAATTTGTTGGC-TAGAAAAGTCTATTTATTGCCTCCGATTCCTTCAAAA
510 AACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAAG-AAAGTCCGTTTATAGTCTCTGATTCCTTCAAAA
* *
203422 GCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTTATGATTGAGAAAATGGTTCTATAATCTCAT
574 GCCTTATTACTCGCTTT-AA-------ATAGT-TT-T-A-T-----AA----TC--TAA--T-A-
* ** * *
203487 GATTGAGTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTGCCT
612 -ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTTTACCT
203552 -TAGG
676 CTA-G
* * * * * * * * * *
203556 AAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTAGTAGGAAAAGTC-ATTTACAGTCTCTCATTCTTTTAAAA
1 AAACTTGAAGAAAAATATATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAA
* * * * * * *
203620 GCCTTTTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTGTAC
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTATATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TAC
* *
203685 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAAGAA-AAAAAAGCATTTA
130 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA
* * * * *
203749 CTAGTAAGAAAAGTCTATATATAGTCTCTCATTCCTACAAAAGCCTTTTTACTC-ATTTTAAATA
195 TTGGCAAGAAATGTC-ATTTATAGTCTCTCATTCCT-CAAAAGCCTTTTTACTCGA-TTTAAATA
* * * * *
203813 GTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTTACATTTTTCATTGAAACAAACTATA
257 GTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTAT-
* *
203878 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGATGAAAAAAGCCTTTATTGGTAAGAAAAGT-TCATATA
320 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAA-CCTTCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATATA
* * * *
203942 TAGTCTTCCATTCTTACGAAAG-CCTTTTACTCCTTTTAAATGGTTTTATAAATTCATAATTAAT
383 TAGTCTCCCATTCATACGAAAGCCCTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAAT
* * * *
204006 TTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTCCATTGAAACAGAATATAATTGAATGTCCATCTTGAGGGA
448 TTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTT-TATTGAAATAGAATATAATTGAATGTTCATCTTGAGGAA
* *
204071 CATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAAGAAAGTCCATTTATAGTCTCTGATTTCTTTC-AAAGC
512 CATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAAGAAAGTCCGTTTATAGTCTCTGA-TTCCTTCAAAAGC
*
204135 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTTACAT
576 CTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACAT
* * * *
204200 TTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAACGTTTACCTCTAA
640 TTTTGGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTTTACCTCTAG
* *
204240 AAACTTGAAGAAAAATGTATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAA
1 AAACTTGAAGAAAAATATATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAA
* *
204305 GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
66 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTATATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
*
204370 TTTTTCATTAAAAC-GAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATATGAAGAAAAAAGCATTCA
131 TTTTTCATTAAAACAG-ACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA
* * * *
204434 TTGGCAAGAAATGTACATTTATAGTCTCCCACTCGCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
195 TTGGCAAGAAATGT-CATTTATAGTCTCTCATTC-CTCAAAAGCCTTTTTACTCGATTTAAATAG
204499 TTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTCATTAAAACAGACTATAA
258 TTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAA
* * * * * *
204564 TTAAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAATCTTCATTCGTAAGAAAAGTCTATATATAGT
322 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACCTTCATTGGTAAGAAAAGTCTATATATAGT
* * *
204629 CTCCCATTCATACGAAAGCCCTTTCACTCATTTTAAATGGTTTTATGAACTCATAATTCATTTTA
387 CTCCCATTCATACGAAAGCCCTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTA
*
204694 AGTTGAATCTTTTTACATTTTTATTGAAATAGAATATAATTGAATGTTCATCTTAAGGAACATGA
452 AGTTGAATCTTTTTACATTTTTATTGAAATAGAATATAATTGAATGTTCATCTTGAGGAACATGA
* ** * * *
204759 AGAAAACAGTATTCATTTCCAACGAAAGTCCGTTTATAGACTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATT
517 AGAAAAAAGTATTCATTGGCAAAGAAAGTCCGTTTATAGTCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* *
204824 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTGACATTTTTAG
582 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGG
204889 TTAAAACAGACAATAATTAAATGTTTACCTCTAG
646 TTAAAACAGACAATAATTAAATGTTTACCTCTAG
* * *
204923 AAACTTGAAGAAAAATACATTTGTTGGTAAGAAAATTCTATTTATAGCCT-TCGATTCCTTCAAA
1 AAACTTGAAGAAAAATATATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCT-GATTCCTTCAAA
* * * *
204987 AGCCTTATTACTCACTTTAAAGGGTTATATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTAT
65 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTATATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * *
205052 ATTTTTTATTAAAACAGACTATAGTTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAATAAGCATTCA
130 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCA
* * * * **
205117 TTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCTCTCATTTCTTCAATAGCCTTTTTACTTGATTTAAACGG
195 TTGGCAAGAAATGT-CATTTATAGTCTCTCA-TTCCTCAAAAGCCTTTTTACTCGATTTAAATAG
**
205182 TTTTATGATCTCATAATTGACATTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAA
258 TTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAA
* * * *
205247 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAG
322 TTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAA-CCTTCATTGGTAAGAAAAGTCTATATATAG
** * * * * * *
205312 TCTCCCATTTGTTCAAAAGCCTTTTTACTCAATTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTTT
386 TCTCCCATTCATACGAAAGCCCTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTT
* * * * * **
205377 AAGTTAAATCTTTTTACATTTTTCATTGAAATAGACTATAATTAAATG-TCTGTCTTGAGAAATG
451 AAGTTGAATCTTTTTACATTTTT-ATTGAAATAGAATATAATTGAATGTTC-ATCTTGAGGAACA
* * *
205441 TGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAATA-AAAGTCCGTTCATTGTCTCTGATTCCTTAAAAAGCCT
514 TGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAA-AGAAAGTCCGTTTATAGTCTCTGATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
205505 TATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTACTAATTAATTTTAAGTTCAATTGTTTTTACATTT
578 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTT
* *
205570 TTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATG
642 TTGGTTAAAACAGACAATAATTAAATG
205597 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2337, Mismatches: 340, Indels: 150
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
682 11 0.00
683 758 0.32
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710 4 0.00
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714 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (679 bp):
AAACTTGAAGAAAAATATATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTATATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
TGGCAAGAAATGTCATTTATAGTCTCTCATTCCTCAAAAGCCTTTTTACTCGATTTAAATAGTTT
TATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
ATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACCTTCATTGGTAAGAAAAGTCTATATATAGTCTCC
CATTCATACGAAAGCCCTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTT
GAATCTTTTTACATTTTTATTGAAATAGAATATAATTGAATGTTCATCTTGAGGAACATGAAGAA
AAAAGTATTCATTGGCAAAGAAAGTCCGTTTATAGTCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
GCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
ACAGACAATAATTAAATGTTTACCTCTAG
Found at i:206302 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 205871--206354 Score: 475
Period size: 170 Copynumber: 2.8 Consensus size: 168
205861 NNNNNNNNNT
* * * *** *
205871 TTTTTATTAAAACAGACTGTAGTTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAATAAACATTCATT
1 TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCCATCTTAAGAAACGTGAAGAAA-AAACATTCATT
* * * * * *
205936 GACAAGAAATGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAATGCCTCTTTACTCGTTCTAAATAGTT
65 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTT
*
206001 TTATGATCTCATAATTGATCTTAAGTTTAATTTTTTATAA
130 TTAT-ATCTCATAATTGATCTTAAGTTGAATTTTTTATAA
** * ***
206041 TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTGTCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCNNN
1 TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCCATCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAA-CATTCATT
******* * * ** *
206106 NNNNNNNAAAGTCTATATATAGTCTCCCATTTGTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTT
65 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTT
* *
206171 TTATACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTA-CA
130 TTATA-TCTCATAATTGATCTTAAGTTGAAT-TTTTTATAA
** * * * * *
206211 TTTTTCATTGTAACAGATTATAATTTAAAGTCCATCTTAAGAAATGTAAAGAAAAAAAATTCATT
1 TTTTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCCATCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAACATTCATT
** * * * *
206276 GGTAAGAAAAGTCCATTTACAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATAGTT
65 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTT
206341 TTATAATCTCATAA
130 TTAT-ATCTCATAA
206355 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 57, Indels: 10
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.02
170 199 0.79
171 49 0.19
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCCATCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAACATTCATTG
ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTT
TATATCTCATAATTGATCTTAAGTTGAATTTTTTATAA
Found at i:208663 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 208470--208805 Score: 453
Period size: 169 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
208460 NNNNNNNNNN
*
208470 TTTTCATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAAACAT-AAAGAAAAAAACATTCTT
1 TTTTCATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAA-AAAAAAACATTCAT
* * * * * * ** *
208534 TAGTAGGAAAAG-TCATTTATAGTCTCTTATTCTTTTAAAAGCCTTTTTACTTGTTTTAAATAGT
65 TAGTAAGAAAAGCCCATATATAGTCTCCTATTCGTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGC
* *
208598 TTTAT-GTCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTAACT
130 TTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATCTTTTTAACT
* ** * *
208639 TTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAACAAAAAGCATTCATT
1 TTTTCATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAAAAAAAAACATTCATT
* * *
208704 GGTAAGAAAGGCCCATATATAGTCTCCTATTCGTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGCT
66 AGTAAGAAAAGCCCATATATAGTCTCCTATTCGTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGCT
*
208769 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTT
131 TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATCTTTTT
208806 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 21, Indels: 4
0.85 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 63 0.44
170 51 0.36
171 29 0.20
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTTTCATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAAAAAAAAACATTCATT
AGTAAGAAAAGCCCATATATAGTCTCCTATTCGTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGCT
TTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATCTTTTTAACT
Found at i:208830 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 208470--209083 Score: 516
Period size: 171 Copynumber: 3.6 Consensus size: 169
208460 NNNNNNNNNN
* ** * * *
208470 TTTTCATTAAAACAGACAATAATTAAATGTCTGCCTCAAGAAACATAAAGAAAAAAACATTCTTT
1 TTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAA-AAAAAAGCATTCATT
* * * * * * ** *
208535 AGTAGGAAAAGTCATTTATAGTCTCTTATTCTTTTAAAAGCCTTTTTACTTGTTTTAAATAGTTT
65 GGTAAGAAAAGTCATATATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTT
* * *
208600 TAT-GTCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTAACT
130 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTTAACT
208639 TTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAACAAAAAGCATTCATT
1 TTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAA-AAAAAGCATTCATT
* * * *
208704 GGTAAGAAAGGCCCATATATAGTCTCCTATTCGTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGCT
65 GGTAAGAAAAG-TCATATATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTT
****
208769 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTTNNNN
129 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTTAACT
****** * * * * ** ** *
208810 NNNNNNTTGAAATAGACTATAATTGAATGTTTATCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCCTTCATT
1 TTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAA-AAAAAAGCATTCATT
* * ** *
208875 GGTAAAAAAAGTTCATATATAGTCTCCCATTCCAACGAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTT
65 GGTAAGAAAAG-TCATATATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTT
* * * **********
208940 TTACAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAANNNNNNNNNNT
129 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTTAACT
* * * * * *
208981 TTTTCATTGAAACAGAATATAATTAACTGTCCGTCTTGA-AAACATGAAGAAAAAAGTATTCATT
1 TTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAA-AAAAAAGCATTCATT
* *
209045 GGCAA-AGAAAGTCCATTTATAGTCT-CTGATTCCTTCAAA
65 GGTAAGA-AAAGT-CATATATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAA
209084 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 354, Mismatches: 84, Indels: 13
0.78 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 68 0.19
170 96 0.27
171 188 0.53
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGCATTCATTG
GTAAGAAAAGTCATATATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTTAACT
Found at i:211833 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 211112--212564 Score: 1296
Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 169
211102 NNNNNNNNNN
* * * *
211112 ATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGGAATGAGAGACTATAAATGGAC-TTTCTTTCCCAA
1 ATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAA-GGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTC-TTGCCAA
* * *** ** *
211175 TGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATGGACATTCAATTATAGTC-GATTTTAATAAAAAA
64 TGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTTTTTGGATAAACATTCAATTATAGTCTG-TTTTAATGAAAAA
* *
211239 TGTAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACC
127 TGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * *
211284 ATTTAAAACGAATAAAAAGGGTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCATTGCCAAT
1 ATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTC-TTGCCAAT
* * * *
211349 GAATGCCTCTTTT-TTCATG-TTTCTTGAAGTAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAA
65 GAATG-CT-TTTTCTTCACGTTTTTTTGGA-TAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAA
* * * *
211412 TGTAAAAAATTTTAACTTAAAATTAATCATGAGATTATAGAACC
127 TGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * *
211456 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAGTTG-GAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAC
1 ATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGA-ATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * *
211520 GAATGCATTTTCTTCAAG--TTTTTGAAAGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAAATGAAAAT
65 GAATGCTTTTTCTTCACGTTTTTTTG-GA-TAAACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AATGAAAA-
* * *
211583 AT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACT
126 ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* ** * * * *
211626 ATCTAATGCGAGTAATAAA-GCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTCCTTGCCAAA
1 ATTTAAAACGAGTAA-AAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
* ** * *
211690 GAATACTTTTCTCTTCACGTTTTTTTGGATGGACATTAAATTATAGTCTGTTATAATGAAAAATG
65 GAATGCTTTT-TCTTCACGTTTTTTTGGATAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATG
*
211755 TAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
129 TAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * ** * * * **
211797 ATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTCTGAACAAATGGGAGACTATATATAAACTTTTCTTATCAATG
1 ATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* ** * * *
211862 AATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCATGG-CAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATG
66 AATGC-TTTTTCTTCACGTTT-TTTTGGATAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATG
* * * *
211926 TAAAAAATTTAAACTTCAGATCAATTATGAGATCATAAAACC
129 TAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * *
211968 ATTTAAAACGAGTGAAAAGGGTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGTCTTTTCTTGCCAATG
1 ATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * * *
212033 AATGCTTCTTTTTTCATG-TTTCTTGAGGTAAACATTCACTTATAGTTTGTTTTAATAAAAAATA
66 AATGCTT-TTTCTTCACGTTTTTTTG-GATAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATG
* * * * *
212097 TAAAATATTTTAACTTAAAACCAATCATGAGATTATAGAACC
129 TAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * *** *
212139 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTATGAACG
1 ATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * *
212204 AATGCATTTTTCTTCAAG-TTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATG
66 AATGC-TTTTTCTTCACGTTTTTTTG-GATAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATG
* * **
212268 TAAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATTACATTATAAAATT
129 T-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * *
212311 ATTTAAAGCGAG-AAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGAGACTATAAATTGACTTTCCTTGCCAAT
1 ATTTAAAACGAGTAAA-AAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
** * * *** ** ** **
212375 GAATTTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATGGACATGAAATTATAGTCTGTTAGAATGAAAAATGT
65 GAATGCTTTTTCTTCACGTTTTTTTGGATAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT
* *
212440 GAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAACC
130 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * * * * **
212481 ATTTAAAATGAGTAAAAAGGGTTTTGTACGATTGGGAGACTATATATGGACTTTTCTTATCAATG
1 ATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
212546 AATGCTTTTTTCTTCACGT
66 AATGC-TTTTTCTTCACGT
212565 CTCAAGGCAT
Statistics
Matches: 1041, Mismatches: 206, Indels: 69
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 17 0.02
170 219 0.21
171 516 0.50
172 221 0.21
173 62 0.06
174 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
AATGCTTTTTCTTCACGTTTTTTTGGATAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTA
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
Found at i:212131 original size:513 final size:509
Alignment explanation
Indices: 211115--212615 Score: 1638
Period size: 513 Copynumber: 2.9 Consensus size: 509
211105 NNNNNNNATT
* * * * * *
211115 TAAATCGAGTAATAAGGCTTTTAAGGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTCTTTCCCAATGAAT
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTCCTTACCAAAGAAT
* * *
211180 ACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATGGACATTCAATTATAGTC-GATTTTAATAAAAAATGTAA
66 AC-TTTTTCTTCACGTTTTTTAGGATGGACATTCAATTATAGTCTG-TTTTAATAAAAAATGT-A
* * * * *
211244 AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAATAAAAAGGGTTTT
128 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTT
* * * *
211309 GAAGGAATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCATTGCCAATGAATGCCTCTTTT-TTCATGTTTCT
193 GAAGAAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTC-TTGCCAATGAAT--CTTTTTTCTTCATGTTTCT
* * * *
211373 --TGAAGTAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTTTAACTTAAAATT
255 CATG--GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTTAAACTTAAAATC
* * * * * * *
211436 AATCATGAGATTATAGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAGTTGGAGGCTATAA
318 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA-AAGGGTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAA
* * * * * *
211501 ATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTCTTCAAGTTT-TTGAAAGTAAACATTCAATTATTG
382 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTTCAAGTTTCTTG-AGGTAAACATTCAATTATAG
* * * * *
211565 TCTATTTTAA-ATGAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATC
446 TCTGTTTTAATA-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATCACGAGATTATAAAACCATC
* * * *
211629 TAATGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTCCTTGCCAAAGAAT
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTCCTTACCAAAGAAT
* * * *
211694 ACTTTTCTCTTCACGTTTTTTTGGATGGACATTAAATTATAGTCTGTTATAATGAAAAATGTAAA
66 ACTTTT-TCTTCACGTTTTTTAGGATGGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAA
* * *
211759 AAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTCTGA
130 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGA
* * * * ** *
211824 ACAAATGGGAGACTATATATAAACTTTTCTTATCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCATG
195 AGAAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-CTTTTTTCTTCATGTTTCTCATG
* * * *
211889 GCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTTAAACTTCAGATCAATTAT
259 GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTTAAACTTAAAATCAATTAT
* * *
211954 GAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTGAAAAGGGTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGTC
324 GAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGT-AAAAGGGTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGAC
* * *
212019 TTTTCTTGCCAATGAATGCTTCTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCACTTATAGTTTGTT
388 TTTTCTTGCCAATGAATGCTT-TTTTTTCAAGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTT
* * * * * *
212084 TTAATAAAAAATATAAAATATTTTAACTTAAAACCAATCATGAGATTATAGAACCATT
452 TTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATCACGAGATTATAAAACCATC
* * * * * ** *
212142 TAAAGCGAGTAATAAGGCTCTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTATGAACGAAT
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTCCTTACCAAAGAAT
* * * ** * *
212207 GCATTTTTCTTCAAG-TTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAA
66 AC-TTTTTCTTCACGTTTTTTAG-GATGGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAA
* * * *
212271 AAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATTACATTATAAAATTATTTAAAGCGAG-AAATAAGGCTTT
129 AAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAAA-AAGGCTTT
* * *
212335 TGAAGAAATGAGAGACTATAAATTGACTTTCCTTGCCAATGAATTTTTTTTCTTCATGTTTCTCA
192 TGAAGAAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATCTTTTTTCTTCATGTTTCTCA
* * * ** ** * *
212400 AGATGGACATGAAATTATAGTCTGTTAGAATGAAAAATGTGAAAAGA-TTCAACTTAAAATCAAT
257 TGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTTAAACTTAAAATCAAT
* * * * * * *
212464 TATGAGATTATTAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGGGTTTTGTACGATTGGGAGACTATATATG
321 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGT-AAAAGGGTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATG
** * ** * * **
212529 GACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTTCTTCACG--TCTCAAGGCATATGTTCAATTATAGTCT
385 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTT-TTCAAGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCT
212592 GTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
449 GTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA
212616 AAANNNNNNN
Statistics
Matches: 822, Mismatches: 150, Indels: 33
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
511 48 0.06
512 157 0.19
513 413 0.50
514 203 0.25
515 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (509 bp):
TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTCCTTACCAAAGAAT
ACTTTTTCTTCACGTTTTTTAGGATGGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAA
GAAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATCTTTTTTCTTCATGTTTCTCATGGT
AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTTAAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAGGGTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTT
TCTTGCCAATGAATGCTTTTTTTTCAAGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
TAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATCACGAGATTATAAAACCATC
Found at i:212617 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 211112--212615 Score: 1481
Period size: 342 Copynumber: 4.4 Consensus size: 340
211102 NNNNNNNNNN
* * * * *
211112 ATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTT-AAGGGAATGAGAGACTATAAATGGAC-TTTCTT-TCCCA
1 ATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAA-CGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTAT--CA
* ****
211174 ATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATGGACATTCAATTATAGTC-GATTTTAATAAAAA
63 ATGAATGCTTTTTTCTTCACG-TTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTG-TTTTAATAAAAA
* * *
211238 ATGTAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAAGAGATTATAAAACCATTTAAAACGA-ATAAAAA
126 ATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGA-AATAA
* * *
211302 GGGTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCATTGCCAATGAATGCCTCTTTTTTCAT
189 GGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGAC-TTTCCTTGCCAATGAAT-CCTCTTTTTTCAT
* * * * *
211367 GTTTCTTGAAG-TAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTTTAACTTA
252 GTTTCTT-AAGATAAACATTAAATTATAGTCTGTTATAATGAAAAATGTAAAAGATTTCAACTTA
*
211431 AAATTAATCATGAGATTATAGAACC
316 AAATCAATCATGAGATTATAGAACC
* * * * * * ** *
211456 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAGTTGGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACG
1 ATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAACGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATG
* * * * * * * * * *
211521 AATGC-ATTTTCTTCAAGTTTTTGAAAGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAA-ATGAAAATA
66 AATGCTTTTTTCTTCACG-TTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATA-AAAAATG
* * * ** * *
211584 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATCTAATGCGAGTAATAAAGCTT
129 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGAAATAAGGCTT
* * * * * * *
211649 TTAAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTCCTTGCCAAAGAATACT-TTTCTCTTCACGTTTT
194 TTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATCCTCTTT-T-TTCATGTTTC
** **
211713 TTTGGATGGACATTAAATTATAGTCTGTTATAATGAAAAATGTAAAAAGA-TTCAACTTAAAATC
257 TTAAGATAAACATTAAATTATAGTCTGTTATAATGAAAAATGT-AAAAGATTTCAACTTAAAATC
* * *
211777 AATTATGAGATTATAAAACT
321 AATCATGAGATTATAGAACC
* * * * *
211797 ATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTCTGAACAAATGGGAGACTATATATAAACTTTTCTTATCAATG
1 ATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAACGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATG
* * * * *
211862 AATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCATGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATGAAAAATGT
66 AATGCTTTTTTCTTCACG-TTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGT
* * * * * * *
211927 AAAAAATTTAAACTTCAGATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGAGTGAA-AAGGGTT
130 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAG-AAATAAGGCTT
* * * *
211991 TTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGTCTTTTCTTGCCAATGAATGCTTCTTTTTTCATGTTTCT
194 TTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAAT-CCTCTTTTTTCATGTTTCT
* * * * * * * * * * *
212056 TGAGGTAAACATTCACTTATAGTTTGTTTTAATAAAAAATATAAAATATTTTAACTTAAAACCAA
258 TAAGATAAACATTAAATTATAGTCTGTTATAATGAAAAATGTAAAAGATTTCAACTTAAAATCAA
212121 TCATGAGATTATAGAACC
323 TCATGAGATTATAGAACC
* * * * ** * * *
212139 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTATGAACG
1 ATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAACGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATG
* * * * * * *
212204 AATGCATTTTTCTTCAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAATCAAAAATGT
66 AATGCTTTTTTCTTCACGTTCTCA-AGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGT
* * ** *
212269 AAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATTACATTATAAAATTATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTT
130 AAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGAAATAAGGCTT
* * * *
212334 TTGAAGAAATGAGAGACTATAAATTGACTTTCCTTGCCAATGAAT-TTTTTTTCTTCATGTTTCT
194 TTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATCCTCTTTT-TTCATGTTTCT
* ** * *
212398 CAAGATGGACATGAAATTATAGTCTGTTAGAATGAAAAATGTGAAAAGA-TTCAACTTAAAATCA
258 TAAGATAAACATTAAATTATAGTCTGTTATAATGAAAAATGT-AAAAGATTTCAACTTAAAATCA
*
212462 ATTATGAGATTATTA-AACC
322 ATCATGAGATTA-TAGAACC
* * * * * *
212481 ATTTAAAATGAGTAAAAAGGGTTTTGTACGATTGGGAGACTATATATGGACTTTTCTTATCAATG
1 ATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAACGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATG
* ** *
212546 AATGCTTTTTTCTTCACG-TCTCAAGGCATATGTTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATA
66 AATGCTTTTTTCTTCACGTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTA
212610 AAAAAA
131 AAAAAA
212616 AAANNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
ATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTTGAACGAATGGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATG
AATGCTTTTTTCTTCACGTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGAAATAAGGCTTTT
GAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATCCTCTTTTTTCATGTTTCTTAA
GATAAACATTAAATTATAGTCTGTTATAATGAAAAATGTAAAAGATTTCAACTTAAAATCAATCA
TGAGATTATAGAACC
Found at i:214213 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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213598 NNNNNNNNNN
* **
213608 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCG-GAGGCTATAAATAGACTTTTCTTG-CAAACAAATGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AATGAATGCTTT
* * * **
213671 TTTCTTCA-AGTTTCT-AGAGGTAAACATTCAGTTATTA-TCTGTTTTGACAAAAAATGTAAAAG
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*
213733 AAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAATG
125 AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATG
* * * * * * * *
213780 AGTGAA-AAAGCTTTCGTAGGAATG-GAAGACTATATATGGACTTTGCTTATCAATTAATGCTTT
1 AGT-AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-AGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTT
* *
213843 TTTCTTCACATTT-TACATGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATG-AAAATGTCAAAAAA
64 TTTCTTCACATTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAA
* * * * * *
213906 TTAAACTTCAGATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAGAACG
127 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATG
* * *
213950 AGT-ATAGAGGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAATGCTTTT
1 AGTAATA-AGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTT
214014 TTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAACATT
65 TTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAA-ATT
* * * * * **
214079 TAACTTGAAATCAATCATGAAATTATGAAACCATTTAAAGCG
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATG
* * * * *
214121 AGTAATAAGGCTCTTGAAGAAATCG-GAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAACGAATGCATTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTT
* * * * *** *
214185 TTCTTCA-AGTTT-TTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTTTGTTTTAACCTAAACTGTAAGAAAA
65 TTCTTCACA-TTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAA-AAAA
* * * **
214248 GTTCAACTTAAAATCAATTATTAAATTATAAAACTATTTAAAGCG
127 -TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATG
* * * * *
214293 AGTAATAAAGCTTGTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTT
* * * * **
214358 TCTTCACATTTCTCAAGATGGACTTTAAATTATAGTCTGTTACAATGAAAAATGTAAAAAGATTC
66 TCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAA-ATTC
* * *
214423 AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTGAAATG
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATG
* * * * * *
214464 AGTAAAAAGGATTTTCAACGAATGCGAGACTATATAT-GAACTTTTCTTAGT-AATGAATGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAG-ACTTTTCTT-GTCAATGAATGCTTT
* * * ** * *
214527 TTT-TTCACGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAGTCTAATTTCATGAAAAATATAAAAAGAT
64 TTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAA-AT
* * * *
214591 TAAACTTCAGATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAATG
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATG
* * * **
214634 AGTAA-AGAGGCTTTTAAAGGAATGAGAGACTATAAATGGA-TATTTCTTGTTAATGAATAATTT
1 AGTAATA-AGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACT-TTTCTTGTCAATGAATGCTTT
* * * *
214697 TTT-TTTACATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTGAATGAAAAATATAAAAAAAA
64 TTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT--AAAAAA
* *
214761 TTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAATA
127 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATG
* * * * ** * *
214805 AGTAAAAAGGCTTGTGAAGGAATGAGAGACTATATAT-GAACTTTTTTTACCAGTGAATACTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTT
* * * * *
214869 TTTTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATAATAGTTTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATT
65 TTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATT
* *
214934 CAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAATCATTTAAAATG
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATG
** * * **
214976 AGTAGA-AAGGCTCATGAAGGAAT-A-AGACTATATATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTT
1 AGTA-ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTT
215038 T
65 T
215039 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTT
TCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATG
Found at i:214578 original size:513 final size:508
Alignment explanation
Indices: 213608--215038 Score: 1630
Period size: 513 Copynumber: 2.8 Consensus size: 508
213598 NNNNNNNNNN
* *
213608 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCGGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTG-CAAACAAATGCTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCGGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AACGAATGCATTT
* * * *
213672 TTCTTCAAGTTTCTAGAGGTAAACATTCAGTTATTATCTGTTTTGACAAAAAATGTAAAAGAAGT
65 TTCTTCAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAGT
* *
213737 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAATGAGTGAAAAAGCTT-TCGTAGGA
129 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGT-AAAAAGCTTGT-GAAGGA
* * * * * *
213801 ATG-GAAGACTATATATGGACTTTGCTTATCAATTAATGCTTTTTTCTTCACATTT-TACATGGC
192 ATGAG-AGACTATATAT-GACTTTCCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCT-CAAGGT
* * *
213864 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATG-AAAATGTCAAAAAATTAAACTTCAGATCAATTATGA
254 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * *
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318 GATTATAAAATCATTTA-AATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATG-AAGACTATATATGGACTT
* * **
213993 TTCTT-GTCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
381 TTCTTAGT-AATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAGTCTAATT
* * * * * *
214057 TAATGAAAAATGTAAAAACATTTAACTTGAAATCAATCATGAAATTATGAAACCATTTAAAGCG
445 TAATGAAAAATATAAAAACATTAAACTTCAAATCAATCATGAAATCATAAAACCATTTAAAACG
* *
214121 AGTAATAAGGCTCTTGAAGAAATCGGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAACGAATGCATTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCGGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAACGAATGCATTTT
* ** *
214186 TCTTCAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTTTGTTTTAACCTAAACTGTAAGAAAAGTT
66 TCTTCAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAA-AAAAGTT
* * * **
214251 CAACTTAAAATCAATTATTAAATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTGTGAAGGAAT
130 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAA-AAAGCTTGTGAAGGAAT
* * * *
214316 GAGAGACTATAAATAGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGATGGAC
194 GAGAGACTATATAT-GACTTTCCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGAC
* * ** *
214381 TTTAAATTATAGTCTGTTACAATGAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATT
258 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
214446 ATAAAATCATTTGAAATGAGTAAAAAGGATTTTCAACGAATGCGAGACTATATATGAACTTTTCT
322 ATAAAATCATTT-AAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATG-AAGACTATATATGGACTTTTCT
* *
214511 TAGTAATGAATGCTTTTTT-TTCACGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAGTCTAATTTCATG
385 TAGTAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAGTCTAATTTAATG
* * * * *
214575 AAAAATATAAAAAGATTAAACTTCAGATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAATG
450 AAAAATATAAAAACATTAAACTTCAAATCAATCATGAAATCATAAAACCATTTAAAACG
* * * * * *
214634 AGTAA-AGAGGCTTTTAAAGGAAT-GAGAGACTATAAATGGA-TATTTCTTGTTAATGAAT-AAT
1 AGTAATA-AGGCTTTTGAAGGAATCG-GAGGCTATAAATAGACT-TTTCTTGTCAACGAATGCAT
* * * * * * * ** *
214695 TTTTTTTTACA-TTTCTCA-AGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTGAATGAAAAATATAAAAA
63 TTTTCTTCA-AGTTT-TTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAA
* * *
214758 AAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAAAATAAGTAAAAAGGCTTGTGAA
125 AAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAA-GCTTGTGAA
** * * *
214823 GGAATGAGAGACTATATATGAACTTTTTTTACCAGTGAATACTTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGG
189 GGAATGAGAGACTATATATG-ACTTTCCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGG
* * * *
214888 TAGACATTCAATAATAGTTTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATCATG
253 TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* **
214953 AGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAGAAAGGCTCATGAAGGAAT-AAGACTATATATGGACTT
317 AGATTATAAAATCATTT-AAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAAGACTATATATGGACTT
**
215017 TTCTTACCAATGAATGCTTTTT
381 TTCTTAGTAATGAATGCTTTTT
215039 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 773, Mismatches: 126, Indels: 41
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
510 36 0.05
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (508 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCGGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAACGAATGCATTTT
TCTTCAAGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAGTTC
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGCTTGTGAAGGAATGA
GAGACTATATATGACTTTCCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATT
CAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AATCATTTAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAAGACTATATATGGACTTTTCTTAGTAA
TGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAGTCTAATTTAATGAAAAAT
ATAAAAACATTAAACTTCAAATCAATCATGAAATCATAAAACCATTTAAAACG
Found at i:215562 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 215139--217902 Score: 2141
Period size: 171 Copynumber: 16.2 Consensus size: 170
215129 NNNNNNNNNN
** *
215139 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTACATTTTTTGTCAAAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
* * * * ** * **
215204 ACAATAACTGAAAGT-TTACCTCCAGAAACTTGAAGAAAAATA-CATTTGTTGGCAAGAAAAGTC
65 ACTATAATTGAATGTCTT-CATTGAGAAACGTGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* *
215267 TATTTATAGCCTC-CGATTCCTTCAAAAG--TCTTATGACTCGCTTT
128 CATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTCTT-T-ACTCG-TTT
* * ** * * *
215311 AAATGGTTCTATAATCTCATGATT-ATTTTTTGTTGAATTTTTTTAAAATTTTCAATAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA
* * * * *
215375 CTATAATTGAATGTCTTGATTGATAAATGTGAAGGAAAAAGCATTCA-TGGACAAGAAATGTCCA
66 CTATAATTGAATGTCTTCATTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCA
*
215439 TTTATAGTCTCTCATTCGTTCAAAAGCCTCTTTACTCGTTCT
130 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCTTTACTCGTT-T
* *
215481 AAATGGTTTTATGATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA
* * * * * * *
215546 CTATAACTGAATGTCTTCCTTGTGAAATGTAAAGAAAAAAGCCTTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
66 CTATAATTGAATGTCTTCATTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
215611 ATATAGTCTCCCATTCCTACAAAAGCCTTTTTACTCATTTT
131 TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCTTTACTC-GTTT
* * * * * **
215652 AAATGATTTTATAAACTTATAATTAATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTCATTGTAACAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA
* * * * * *
215717 ATATAATTG-AT-TGTTCACCTTGAGGAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAAAAAAGTCC
66 CTATAATTGAATGTCTTCA--TTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * *
215780 GTTTAGAGCCTCTGATTCCTTCAAAATCCT-TATTACTCGCTTT
129 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCT-TTACTCG-TTT
* * * * **
215823 AAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAAC
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTTACATTTTTCATTAAAAC
* * * * ** * * * *
215888 AAACAATAATTGAAGGT-TTACCTCCAGAAGA-TTGAAGAAAAATGTATTCGTTGGCAAGAAAAG
63 AGACTATAATTGAATGTCTT-CATTGAGAA-ACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * *
215951 TCTATTTAAAGCCTC-CAATTCTTTCAGAAGCCT-TATTACTCGCTTT
126 TCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTCT-TTACTCG-TTT
* * *
215997 AAATGGTTCTATAATCTCATGATTGA-TTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
* * * *
216061 ACTATAATTAAATTTCTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAA-AAAATGTCC
65 ACTATAATTGAATGTCTTCATTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAA-GTCC
*
216125 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCCCTTTACTCGTTCT
129 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCTTTACTCGTT-T
* * * * * * *
216168 AAATGGTTTT-TGGATCTCATAATTGATATGAAGTTTAATTTTTTAATATTTTTCTTTAAAACAG
1 AAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
* * * * **
216232 ACTATAATCGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGATAAGAAAAGTCCA
65 ACTATAATTGAATGTCTTCATTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * *
216297 TATATAGTCTCTCATTCC-TAAGAAAG-TTCTTTTACTCATTTT
130 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCA-AAAGCCTC-TTTACTC-GTTT
* * * * * *
216339 AAATGATTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTT-TATTTTTTATTAAAACAAA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA
* * * * * * *
216403 CTGTAGTTGAATGTCTACATCGAGAAATGTAAAGAAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCAT
66 CTATAATTGAATGTCTTCATTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
216468 TTATAG--TCTCATTTCTTTAAAAGCCTCTTTACTAGTTTT
131 TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCTTTACTCG-TTT
* * * * * *
216507 AAAAGTTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACATA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA
* * * * * * * *
216572 CTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCCTTTATTGGTAAGAAAAGTCTAT
66 CTATAATTGAATGTCTTCATTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
216637 ATATAGTCTTTCATTCCTACGAAAGCCTTTTTACTCATTTT
131 TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCTTTACTC-GTTT
** * * * * *
216678 AAAAAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATCTTTTT-CTATTTTTCATTGAAATAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTCATTAAAACAG
* * * * * *
216742 ACTCTAATTGAATGTCTGTC-TTAAGAAACATGAAAAAAAAAGTATTCATTGGCAAGGAAAGTCC
65 ACTATAATTGAATGTCT-TCATTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * *
216806 GTTTATAGCCTCTGATTCCTTTAAAAGCCT-TATTACTCGCTTT
129 ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCT-TTACTCG-TTT
* * *
216849 AAATAGTTTTATAATTTAATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACA
** * * * * *
216913 GAAAATAATTGAATGT-TTACCTAT-AGAAGCTTGAAGAAAAATGCATTCGTTGGCAAGAAAAGT
64 GACTATAATTGAATGTCTT-CAT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
216976 CTATTTATAGCCTC-CGATTTCTTAAAAAGCCT-TATTACTCGCTTT
127 CCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTCT-TTACTCG-TTT
* * * * * *
217021 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTTACTTTTTTAACATTTTTTATTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA
* * * * *
217086 ATATAGTTGAATG-CTATC-TCGAGAAATGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCA
66 CTATAATTGAATGTCT-TCATTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* *
217148 TTTATAGTCTC-C-CTCCTTCAAAAGCCTCTATACTCGTTTT
130 TTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCTTTACTCG-TTT
* * * * * *
217188 AAATTGTTTTATGATCTTATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTGTCATTAAAACA-A
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA
* * * *
217252 GCTATAATTGAATGT-TTGCCTTGAGAAACGTGAGGAAAAAAGCCTTCATTGGTAAGAAAAGTCC
66 -CTATAATTGAATGTCTT-CATTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * *
217316 ATATATAGTCTC-CTATTCCTACGAAATCCTTTTTACTCATTTT
129 ATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTCTTTACTC-GTTT
********** * * **
217359 AAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTCTTTACATTTTAT-ATTGGAACAG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TCATTAAAACAG
* * * * * * *
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** * * *
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********** * * * *
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1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
* * * * * *
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65 ACTATAATTGAATGTCTTCA-T-TGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * *
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128 CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCT-TTACTCG-TTT
* * * * **********
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1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA
* ** * * * *
217766 CTATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACCTGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAA-AAAATATCCA
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* * *
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1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
217903 NNNNNNNNNN
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * **
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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216168 -
512 A
* * * * * * *
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* * **
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* * * **
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* * ** *
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
217066 ACATTTTTTATTAAAATAGAATATAGTTGAATG-CTATCTCGAGAAATGTGAAG-AAAAAGCATT
386 ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
* * * * * *
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451 CATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCATTCCTACAAAAGCCTCTTTACTCATTTTA
* * * * * * *
217189 AATTGTTTTATGATCTTATAGTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTGTCATTAAAACA-AG
1 AAATGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATCTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA-
* * * ** *
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65 CTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * ***********
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130 ATATAGCCTCTC-ATTCCTTA-AAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGAGTTTTATAATCTAATA
* * ** * *
217380 ATTGATTTTAAGTTGAA-TCTCTTTACATTTTATATTGGAACAGAA-TATAATTGAATGT-TCGC
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* ** * * ** ** * *
217442 CTTAAGGAACA-TGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAA-AGAAAGTCTGTTTATAATCTCTGATTC
254 ATCGA-GAAGATTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGCCTC-CATTT
* * ********** * *
217505 CTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAACT
316 CTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAAT
* * * * * * * * *
217570 TTTTTTATATTTTTGATCAAAACAGACAATAATTGAATGTTTAACTCT-AAAAACTTGAAGATAA
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* * * * * * * * * * *
217634 ATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGACTTTGATTCTTTCCAAAGCCT-TATTAGTCG
444 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCATTCCTACAAAAGCCTCT-TTACTCA
*
217698 CTTT-
508 TTTTA
* * * * **********
217702 AAATGGTTCTATAAACTCATGATTAATTTTAAGTTGAAT-TTTTTANNNNNNNNNNTAAAACAGA
1 AAAT-GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATCTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGA
* * * * *
217766 CTATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACCTGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAA-AAAATATCCA
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* * * * ** * *
217830 TTTATAGTCTCTCATTCGC-TCAAAAGCCTCT-TTACTCGTTTTAAAT-AGTTTTATGATCTCAT
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*
217892 AATTAATTTTA
192 AATTGATTTTA
217903 NNNNNNNNNN
Statistics
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TATAGCCTCTCATTCCTTAAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGAGTTTTATAATCTAATAATT
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAATTTTTATTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTACATCGAGA
AGATTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCATTTCTTTAAAAGC
CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATT
TTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTG
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215129 NNNNNNNNNN
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1 AAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACA-
* * **
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* * * * * * * *
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** * ** * * ** *
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* ** * *
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259 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGG-CAAGAAATGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
* * *
215461 AAAGCCTCTTTACTCGTTCTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT
323 AAAGCCT-TTTACTCGTTCTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
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* * * * *
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* * **
215653 AATGATTTTATAAACTTATAATTAATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTCATTGTAACAGAA
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * **
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1 AAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--ATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAC
* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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319 TTCAAAAG-CCTTTTACTCGTTCTAAATGGTTTTAT-AATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * ** * * * * *
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* ** * *
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* * * * **
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509 TTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACA
* * * * * *
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* * *
216465 CATTTATAGTCTCATTTCTTTAAAAGCCTCTTTACTAGTTTT
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*
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* * ** * * * *
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* * * * ** *
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129 ATATATAG-CCTCCAATTCCTACGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCTCATA
* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
216955 GCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTTCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTT
447 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCGA-TTCCTAAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * * *
217020 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTTACTTTTTTAACATTTTTTATTAAAATAG
511 TAAATGATTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTTATTAAAACAG
* *
217085 AATATAGTTGAATG-CTATCTCGAGAAATGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCA
575 AATATAATTGAATGTCTA-CTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCA
** *
217148 TTTATAGTCTCCCTCCTTCAAAAGCCTCTATACTCGTTTT
639 TTTATAGTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCTTTACTCGTTTT
* * * *
217188 AAATTGTTTTATGATCTTATAGTTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTGTCATTAAAACAA
1 AAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAA
* * ** * * * * *
217252 GCTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAGGAAAAAAGCCTTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
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* * * * * **********
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130 TATATAGCCTCCAATTCCTACGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAAT
* ** * *
217382 TGATTTTAAGTTGAATCTCTTTAC-ATTTTAT-ATTGGAACAGAATATAATTGAATGT-TCGCCT
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * * ** * ** * *
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* * * **********
217700 TTAAATGGTTCTATAAACTCATGATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTANNNNNNNNNNTAAAACAG
510 TTAAATGATTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAG
* * * * *
217765 ACTATAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACCTGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAAAAATA-TCC
575 AATATAATTGAATGTCTACTC-GAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAA-AGTCC
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*
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1 AAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTA
217903 NNNNNNNNNN
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ATATAGCCTCCAATTCCTACGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTGAATCTTTTTCTATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTCCTTAAG
AAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAA
GCCTTTTACTCGTTCTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
TTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATT
GGCAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCGATTCCTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT
TATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGAATATAATTGA
ATGTCTACTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCA
TTCCTTCAAAAGCCTCTTTACTCGTTTT
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218723 NNNNNNNNNN
* * * * * *
218733 ACTTTTCTTACCAATAAAGGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTA
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* ******
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*** *
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* * * * * *
218902 ATTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGCAGACATTCAACTATAGTCTT
1 ACTTTTCTTATCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTA
** * * ********** *
218967 TTTTAACAAAAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACTATTTAAAA
66 TTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAAC-AATTAAAA
* * * * * *
219031 TGAGTAAAAAGGCTTTAGTAGGAATGAGAGACTATATATAG
130 CGAGTAAAGAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGG
* * *
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1 ACTTTTCTTATCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTA
* * * *
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130 CGAGTAAAGAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGG
* * * * * *
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1 ACTTTTCTTATCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTA
*
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66 TTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
219339 NNNNNNNNNN
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221625 NNNNNNNNNN
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** * ** * * * *
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* *
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* * ** * *
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* * * **
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* * *
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* ** *
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** *
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* * * *
222149 CTCATAATTGATCTGAAGCTT-AATTTTTTT-CTATTTTTCATTAAAACATACTATAATTGAATG
1 CTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTAC-ATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * ** *
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* *
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* * * * ** * *
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1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTT
* * * *
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* * ** *
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* * * * *
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1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * * * *
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* * *** ** * *
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* *
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* * * * * *
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128 TTCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
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1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTT
* * ** * *
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* **
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* * * * * *
223004 CTCATAATAGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTCATTATAACAGACTATAATTCAATGTC
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTT
* * * * * *
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* * * **
223134 TCTTCAAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAACAGTTTTATAAT
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* * * *
223175 CTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTTCAATTAAAATAGACAATAATTGAATGT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * * *
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*
223303 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAAT
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* * * * ** *
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1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTT
* ** * * *
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* ** *
223475 TCCTTCAAAA-CCTTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGAT
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* * ** * * * *
223517 CTCATAATTGATCTGAAGTTTTATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAAAAACTATAATTGAATGTC
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTT
* * * ** * * *
223582 TGCCTTGACAAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAACTCCATATATAGTGTCTCAT
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** **
223647 TTGTTCAAAAGCCTT-TGTACTCATTTTAAATGGTTTTATAAT
129 TCCTTCAAAAGCCTTAT-TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * ** * *
223689 CTCATAATAGATTTTAAGTTAAATCTTTTTACATTTTTCATTGTAACAGACTATAATTTAATGTC
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTT
* * * * * * *
223754 CATCTTGAGAAACGTGAAGAACAAAGTATTCATTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGGCTCCCATT
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* * ** *
223819 CCTTCGAAAGCCTTATTAGTTTCTTTAAATAGTTTTATAAT
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* * * * * *
223860 CTCGTAATTGATATTACGTTGAATTTTTTTATATATTTTCATTTAAAATAGA-TAATAATTGAAT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTT-AATTAAAACAGACT-ATAATTGAAT
* * * * * *
223924 GTTTACCTT-AGAAACTTGAAG-AAAATGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATATATAGCTTTCG
63 GTTTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCTCC
* * *
223987 ATTCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTCTATAAT
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* * * * * * *
224031 CTTATGATTAATTTTAAGTTGAAATTTTTTAAATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTT
1 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTT
** * * *
224096 TACCTCAAGAAACATGAA-AAAAGAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAT
66 TACCTTGAGAAACTTGAAGAAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-CAT
* * * * *
224160 TCCTTTAAGATCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAT
129 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
224202 TTAATAATT-ATTTTTAAGTTGAAGTGTTATTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATG
1 CTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATG
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64 TTTACCT
224273 CCAAAAACTT
Statistics
Matches: 2014, Mismatches: 388, Indels: 128
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 38 0.02
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTT
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CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
Found at i:224283 original size:342 final size:341
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Indices: 221635--224284 Score: 2799
Period size: 342 Copynumber: 7.7 Consensus size: 341
221625 NNNNNNNNNN
* * * ** * *
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* * * * * *
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* * *
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** *
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* * * * *
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* * *
221958 GTTTTAAATTGTTCTATAAT
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* **
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1 CTCATGATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
* * * * ** ** *
222043 TGCCATGAGAAATGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGAAATTTTTATTTATAGTCTCTCATA
66 TACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT
* * * * *
222108 ACTTCAAAAGCCTCT-TTACTCG-TTTCAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATCTGAAGCTT-
131 CCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTT-AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTG
* * * * *
222170 AATTTTTTT-CTATTTTTCATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA
193 AATTTTTTTAC-ATTTTT-ATTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTTCAGAAACTTGAAGA
* * ** * * *
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*
222297 CTC-ATTGTAAATGGTTTTATAAT
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* * * ** *
222320 CTTATAATTGATTTTACGTTG-AATCTTTTTACATTTTTCATTGTAACAGACTATAATTTAATGT
1 CTCATGATTGATTTTAAGTTGAAAT-TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * *
222384 CCATCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAAAAAAGAT-CATTTATAGTCTCCCA
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* * ** *
222448 TTCCTTCAAAAGCCTCATTAGTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGA
129 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * *
222513 ATTTTTTTTACATTTTCATTTAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCTTTAGAAACTTGAAG-A
194 A-TTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTTCAGAAACTTGAAGAA
* *
222577 AAATGCATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTT-CGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
257 AAATGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATATATAG-CTTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
222641 CGCTTTAAATGGTTTTATAAT
321 CGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* ** * * *
222662 CTCATGATTGATTTTAAGTTAAAAGCTTTTACATTTTTCGTTAAAACA-AATAATAATTGAATAT
1 CTCATGATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGT
* * *
222726 TTACCTTGAGAAACGTGAA-AAAAGAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCA
65 CTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA-AAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCA
* * * * * * * *
222790 TTCTTTCAAAA-CTTTTTTTACACG-TTGTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTAATCTGAAGTT
129 TTCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTT-TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
222853 TAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAGGA
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* * ** * * * *
222918 AAAAAGCATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATATATAG-TCTCCCAATCGTTCAAAAGCCTT-TTGA
256 AAAATGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATATATAGCT-TCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATT-A
**
222981 CTCATTTTAAATGGTTTTATAAT
319 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
223004 CTCATAATAGATTTTAAGTTG-AATCTTTTTACATTTTTCATTATAACAGACTATAATTCAATGT
1 CTCATGATTGATTTTAAGTTGAAAT-TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * *
223068 CCATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTGTCCCAT
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* * * * *
223133 TTCTTCAAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAACAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAA
130 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** * *
223198 TTTTTTTTACATTTCAATTAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCCTCAGAAACTTGAAG-AAA
195 -TTTTTTTACATTTTTATTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTTCAGAAACTTGAAGAAAA
* *
223262 ATGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
259 ATGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATATATAGCTTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
*
223327 TTTAAATGGTTCTATAAT
324 TTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
223345 CTTATGATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTACATTTTTCGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTT
1 CTCATGATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
* * * * *
223410 TAACTTGAGAAACAG-GAAAAAAAAAAGCATTGATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCTCTCA
66 TACCTTGAGAAAC-GTG-AAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCA
* ** * * * * *
223474 TTCCTTCAAAA-CCTTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATCTGAAGTTT
129 TTCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * *
223538 TATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAAAAACTATAATTGAATGTCTGCCTTGACA-AAACGTGAAG
193 AATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTT--CAGAAACTTGAAG
* * ** * * **
223602 AAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAACTCCATATATAG-TGTCTC-ATTTGTTCAAAAGCCTT-TG
255 AAAAATGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATATATAGCT-TC-CGATTCCTTCAAAAGCCTTAT-
**
223664 TACTCATTTTAAATGGTTTTATAAT
317 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * ** *
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1 CTCATGATTGATTTTAAGTTGAAAT-TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* * * * * *
223753 CCATCTTGAGAAACGTGAAGAACAAAGTATTCATTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGGCTCCCAT
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* * ** * * *
223818 TCCTTCGAAAGCCTTATTAGTTTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATATTACGTTGAA
130 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * *
223883 TTTTTTTATATATTTTCATTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACCTT-AGAAACTTGAAG-A
195 TTTTTTTACAT-TTTT-A-TTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTTCAGAAACTTGAAGAA
* * *
223946 AAATGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATATATAGCTTTCGATTCCTTCGAAAGCCTTATTATTC
257 AAATGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATATATAGCTTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
*
224011 GCTTTAAATGGTTCTATAAT
322 GCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
224031 CTTATGATTAATTTTAAGTTGAAATTTTTTAAATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTT
1 CTCATGATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
** * *
224096 TACCTCAAGAAACATGAA-AAAAGAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAT
66 TACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA-AAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAT
* * * * * *
224160 TCCTTTAAGATCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATTTAATAATT-ATTTTTAAGTTGA
130 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGA
* * * *
224224 AGTGTTATTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCCAAAAACTTGA
194 A-TTTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTTCAGAAACTTGA
224285 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
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344 140 0.07
345 26 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
CTCATGATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
TACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTTACATTTTTATTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTTCAGAAACTTGAAGAAAAAT
GCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATATATAGCTTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
TAAATGGTTTTATAAT
Found at i:224889 original size:169 final size:171
Alignment explanation
Indices: 224708--225161 Score: 431
Period size: 172 Copynumber: 2.7 Consensus size: 171
224698 NNNNNNNNNT
* * *
224708 TTTTATATTTTTCATTAAAACAGAGTATAATTGAATGTTTTCCTTGGGAAACA-CAA-AAAAAAG
1 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTT-CTTGAGAAACATCAAGAAAAAAG
* * * * *
224771 TATTCATTAG-TAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAACTTTTTTACTC-ATT
65 TATTCATTAGCAAAG-AAAGTCCATATATAGCCTCTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGA-T
* *
224834 TTAAATGGCTTTATAATC-ACATAATTGATTTTAAGTT-AAATCC
128 TTAAATAGCTTTATAATCTA-ATAATCGATTTTAAGTTGAAATCC
* * * *
224877 TTTTACATTTTTCATTGATACAGACTATAATTGAATGTCCTTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG
1 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TTTCTTGAGAAACATCAAGAAAAAAG
* * * * * * *
224942 TATTCATTGGCAAAGAAAGTGCGTTTATGGCCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTT
65 TATTCATTAGCAAAGAAAGTCCATATATAGCCTCTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGATTT
* * **
225007 AAATAGTTTTATAATCTAATAATCGATTTTAAGTTGAACTTT
130 AAATAGCTTTATAATCTAATAATCGATTTTAAGTTGAAATCC
** * * * * *
225049 TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTTTCTCT-AGAAACTTGAAGAACAAT
1 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTTTCT-TGAGAAACATCAAGAAAAAA
* * * * *
225113 GCATTCGTTGGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGCCTC-CGATTCCTTCAAAA
64 GTATTCATTAGCAAAG-AAAGTCCATATATAGCCTCTC-ATTCCTTCAAAA
225162 GCNNNNNNNN
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 41, Indels: 19
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTTCTTGAGAAACATCAAGAAAAAAGT
ATTCATTAGCAAAGAAAGTCCATATATAGCCTCTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGATTTA
AATAGCTTTATAATCTAATAATCGATTTTAAGTTGAAATCC
Found at i:225020 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 224538--225163 Score: 477
Period size: 169 Copynumber: 3.7 Consensus size: 170
224528 AAATTGAATT
* ** ** ** *
224538 TTTTACATTTTTCGA-TAAAACAGACTATAATTAAAACTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAA
1 TTTTACATTTTTC-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TTTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAA
* * * * *
224602 -TCATTCATTGGCAACAAAAGTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCCTT-TTACTCGTT
64 GT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAG-CCTTATTACTCATT
* * * * **********
224665 TTAAAT-GATTTTATGATCTCATAATTGACTTTNNNNNNNNNNT--
127 TTAAATAG-CTTTATAATCTAATAATCGA-TTTTAAGTTGAAATCC
* * * *
224708 TTTTATATTTTTCATTAAAACAGAGTATAATTGAATGTTTTCCTTGGGAAACA-CAA-AAAAAAG
1 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTT-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG
* * * * * * * * *
224771 TATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCATTTCTTCAAAAACTTTTTTACTCATTTT
65 TATTCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTT
* *
224836 AAATGGCTTTATAATC-ACATAATTGATTTTAAGTT-AAATCC
129 AAATAGCTTTATAATCTA-ATAATCGATTTTAAGTTGAAATCC
* * *
224877 TTTTACATTTTTCATTGATACAGACTATAATTGAATGTCCTTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG
1 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TTTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG
* *
224942 TATTCATTGGCAA-AGAAAGTGCGTTTATGGCCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-T
65 TATTCATTGGCAAGA-AAAGT-CATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATT
* * **
225005 TTAAATAGTTTTATAATCTAATAATCGATTTTAAGTTGAACTTT
127 TTAAATAGCTTTATAATCTAATAATCGATTTTAAGTTGAAATCC
** * * * *
225049 TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTTTCTCT-AGAAACTTGAAGAACAAT
1 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTTTCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAA
* * *
225113 GCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGC
64 GTATTCATTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAGC
225164 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 364, Mismatches: 72, Indels: 38
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 28 0.08
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172 98 0.27
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGT
ATTCATTGGCAAGAAAAGTCATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAA
ATAGCTTTATAATCTAATAATCGATTTTAAGTTGAAATCC
Found at i:225979 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 225473--226492 Score: 1184
Period size: 343 Copynumber: 3.0 Consensus size: 339
225463 NNNNNNNNNN
* * * * * *
225473 AAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATA-ATAGTAT-TCTATTCTTTCACAAGCCTTT
1 AAGAAAAAAGAATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCGATTCCTTCAAAAGCCTTT
* **
225536 TTACTCATTTTCAATAGTTTTATAATCTCATGATTTCTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTC
66 TTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTC
*
225601 ATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAA
131 ATT-AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-ATGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAA
*
225666 GAAATGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCTTTACTCGTTCTAAAATGGTTTTAT
194 GAAATGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCTTTACTCGTTCT-AAATGGTTTTAT
225731 GATCTCATAATTGATCTGAAGTTTAATTATTTTACATTTTTCATTAAAACATGCTATAATTGAAT
258 GATCTCATAATTGATCTGAAGTTTAATT-TTTTACATTTTTCATTAAAACA-GCTATAATTGAAT
* *
225796 GTCTGCCTTGAGAAACATG
321 GTTTACCTTGAGAAACATG
* * * *
225815 AAGAAAAAAGTATTCATTGATAAGAAAAGACCATATATAGTCTCTC-ATTCGTTCAAAAGCCTTT
1 AAGAAAAAAGAATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCGATTCCTTCAAAAGCCTTT
* * * *
225879 TTACTCATTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTC
66 TTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTC
* * * * * * *
225944 ACTATAACAGACTATAATTCAGTGTCCATCTTGAGAAATATGAAGAAAAAAGTATTTATTGGCAA
131 ATTA-AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-ATGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAA
* * *
226009 GGAAA-GTCCATTTATAGTCTC-CAATTCCTTTAAAAGCCT-TATTACTCACTT-TAAATAGTTT
194 -GAAATGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTCT-TTACTC-GTTCTAAATGGTTT
* * * * * * * *
226070 TATAATCTAATAATTGATTTTAGGTTGACCTTTTTATACATTTTT-AGTTAAAACAGATAATAAT
255 TATGATCTCATAATTGATCTGAAGTTTA-ATTTTT-TACATTTTTCA-TTAAAACAGCT-ATAAT
** *
226134 TGAATGTTTACCTCCAGAAACTTG
316 TGAATGTTTACCTTGAGAAACATG
* * * *
226158 AAGAAAAATA-AATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTC-CGATTCCCTCAAAAGCCTT
1 AAGAAAAA-AGAATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCGATTCCTTCAAAAGCCTT
* ** * * * *
226221 CTTACTCGCTTTAAATAATTTCATATTCTCATGATTGA-TTTAATTTGAATTTTTTTTA-ATTTT
65 TTTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTT
** * * * *
226284 TTGTTCAAACCGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGAT
129 TCATT-AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAA-TGAAGAAAAAAGTATTCATTGAC
* *
226349 AAGAAATGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTCTTTA-TCCGTTCTAAATGATTTT
192 AAGAAATGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCTTTACT-CGTTCTAAATGGTTTT
* *
226413 ATGATATCATAATTGATCTGAAGTTTATTTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
256 ATGATCTCATAATTGATCTGAAGTTTA-ATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG-CTATAATTGA
226478 ATGTTTACCTTGAGA
319 ATGTTTACCTTGAGA
226493 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 566, Mismatches: 89, Indels: 47
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
341 47 0.08
342 206 0.36
343 304 0.54
344 9 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (339 bp):
AAGAAAAAAGAATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCGATTCCTTCAAAAGCCTTT
TTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTC
ATTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAATGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGA
AATGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCTTTACTCGTTCTAAATGGTTTTATGAT
CTCATAATTGATCTGAAGTTTAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGCTATAATTGAATGTTTA
CCTTGAGAAACATG
Found at i:225993 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 225473--226492 Score: 1064
Period size: 172 Copynumber: 6.0 Consensus size: 172
225463 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
225473 AAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCA-TAATAGTAT-TCTATTCTTTCACAAGCCTTT
1 AAGAAAAAAGTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAATTCCTTCAAAAGCCTTT
* * **
225536 TTACTCATTTTCAATAGTTTTATAATCTCATGATTTCTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTC
66 TTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTC
*
225601 ATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
131 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * * *
225643 AAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGAAATGTCTATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTCT
1 AAGAAAAAAGTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAATTCCTTCAAAAGCCTTT
* * * * * * * *
225707 TTACTCGTTCTAAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATCTGAAGTTTAATTATTTTACATTTTT
66 TTACTCATT-TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
*
225772 CATTAAAACATG-CTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATG
130 CATTAAAACA-GACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * *
225815 AAGAAAAAAGTATTCATTGATAAGAAAAGACCATATATAGTCTCTC-ATTCGTTCAAAAGCCTTT
1 AAGAAAAAAGTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAATTCCTTCAAAAGCCTTT
* * *
225879 TTACTCATTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTC
66 TTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTC
* * * * * * *
225944 ACTATAACAGACTATAATTCAGTGTCCATCTTGAGAAATATG
131 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
* ** * * *
225986 AAGAAAAAAGTATTTATTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCTC-CAATTCCTTTAAAAGCCTTA
1 AAGAAAAAAGTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAATTCCTTCAAAAGCCTTT
* * * * *
226050 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAGGTTGACCTTTTTATACATTTTT
66 TTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTT
* ** *
226115 -AGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTTTACCTCCAGAAACTTG
130 CA-TTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
* * * * * *
226158 AAGAAAAATA-AATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTC-CGATTCCCTCAAAAGCCTT
1 AAGAAAAA-AGTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAATTCCTTCAAAAGCCTT
* ** * * * * *
226221 CTTACTCGCTTTAAATAATTTCATATTCTCATGATTGA-TTTAATTTGAATTTTTTTTA-ATTTT
65 TTTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTT
** * * *
226284 TTGTTCAAACCGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAA-AGTG
129 TCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA-TG
* * * *
226328 AAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAATGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGTCTCT
1 AAGAAAAAAGTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAATTCCTTCAAAAGCCTTT
* * * * * * * *
226392 TTA-TCCGTTCTAAAT-GATTTTATGATATCATAATTGATCTGAAGTTTATTTTTTTTACATTTT
66 TTACT-CATTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
*
226455 TCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGA
129 TCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGA
226493 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 697, Mismatches: 133, Indels: 39
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 151 0.22
171 268 0.38
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173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (172 bp):
AAGAAAAAAGTATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAATTCCTTCAAAAGCCTTT
TTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTC
ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG
Found at i:228711 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 227230--230157 Score: 2402
Period size: 171 Copynumber: 17.1 Consensus size: 170
227220 NNNNNNAACG
*** * * *
227230 TGAAGAAAAAAGCATTCATTTATAAGAAAAGTCTATATATAGTCTCTCATTCGTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* ** ********** *
227295 TTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
** * * * ** *
227360 CATTGTAACAGAGTATAATTTAAT-TTCCATATTGAGAAACG
131 -ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTT-TACCTTGAGAAACT
* * *
227401 TGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCT-TCCATTTCTTCAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT-CATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * * *
227465 TATTAGTTGATTTAAATAGTTTTTTAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * * *
227530 CATGTAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCATCAAAAACT
130 TAT-TAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACT
* * * * * *
227572 TGAAG-AAAATGCATTCGTTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTC-CGATTCCTTTAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * *
227635 GATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATGATTGAATTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * * *
227700 TCATTCAAAGAAACTATAATTGAATATTTACCTTGAAAAACG
130 T-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACT
* *
227742 TGAA-AAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTAATTCCTTCAAAA-CCTT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCC-T
* ** * * * * * * * *
227805 TTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTCGTAATTAATCTCAAGTTTAATTTGTTTATATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTT
* * * * * *
227870 TTATTAAAATAGACTATAATTGAATATCTACCTTGTGGAACA
129 TTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACT
* ** * * **
227912 T-AAGAAAAAAAACATTCATTGATAAGAAAAGTCCA--TATAGTCTCCCCTTTGTTCAAAAGCCT
1 TGAAG-AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT
* ** * * * *
227974 TTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTATATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
** * * * * * * *
228039 TCATTGTAATAGACTAAAATTTATTGTTCATCTTGAGAAACG
130 T-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACT
*
228081 TGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAA-AGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * *
228145 TATTAGTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTTACACTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTT
* * * * *
228210 TCATTTAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCTTTATAAACT
129 TTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACT
* * * * *
228253 TGAAG-AAAATGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGGCTC-CGATTCTTTCAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
228316 TATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCGTGATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTAAATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * *
228381 TCATTCAAATAAACTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACA
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*
228423 TGAA-AAAAGAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCCTT-AAAAGCC
1 TGAAGAAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT-CCTTCAAAAGCC
* * *
228486 TTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTATTACATT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATT
* * * **
228551 TTTAGTCAAAAAAGACCATAATTGAATGTTTACCTCCAGAAACT
128 TTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACT
* * * * * * *
228595 TGAAGAAAAAAGCATTCGTTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCTTTCAAAATCCTT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * *
228660 ATAACTCGCTTTAAATGGTTCTGTAATCTCATGATTGAGTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * *
228725 CATTAAAACAGACTATAATTAAAAGTCTACCTTAAGAAACG
131 -ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACT
* * *
228766 TGAAGAAAAAAACATTCATTAGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCTCTCATTCATTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * * *
228830 TTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGACTTTAGGTTCAATTTTTTTTATATTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA-TTT
* * * *
228895 TTAATAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACA
129 TTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACT
** * * * * * * *
228937 CAAAAAAAAAATACTTTCATTAGAAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT
* ** * ********** * *
229002 TTTTACTCATTTTAAATGATTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTTACATTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * ****
229067 TCATTGAAACATACTATAATTGAATGTCCGTCTTGAGAAA-T
130 T-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACT
* * * * * *
229108 ATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGGAAAGTCCGTTTATAGCCTCTGATTTCTTCAAAAGCCT
1 -TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT
********** * *
229173 TATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTAATAATTGATTTGAAGTTGAACTTTTTTTACATTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTT
* * ** *
229238 TTTTTAAAAATAGA-TAATAATTGAATGTTTACCTCCAGAAGCT
129 TTATT-AAAACAGACT-ATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACT
* * * * * * ** *
229281 TGAAGAACAATGCATTCGTTTGCAAGAAAAGTCAATTTCTAACCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * *
229346 ATTATGGTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTACTTTTGTTATATTT
66 ATTA--CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TT
* * *
229411 TTTGTTAAAACAGACTATAGTTGAATGTTTGCCTTGAGAAA-T
128 TTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACT
* * *
229453 GTCAAGAAAAAAACACTTGA-TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG--TCTCATTCCTTCAAAAGCC
1 -TGAAGAAAAAAGCA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * *
229515 TCT-CTACTCGTTTTAAATTGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTACATT
64 T-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * * *
229579 TGTCATTAAAACAGACTATCATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
128 T-TTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACT
* * ** * * * *
229623 TGAAAAAAAAAAGCCTTCATTGATAAGAAAAGTCTATATATAGTCT-TCCATTCCTAT-GAATGC
1 TG-AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT-CATTCCT-TCAAAAGC
* ** * ***********
229686 CTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNCTTTTTACATT
63 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* * *** * * *
229751 TTTCATTGAAACAGAATATAATTGAATGTCCGCCTTAAGGAACA
128 TTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACT
* * * * *
229795 AGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAAAAAAAGTCCGTTTATAGTCTC-CGATTCTTTCAAAAGCC
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCC
* * * *
229859 TTATTACTCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTATATT
64 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATT
* * * * ** *
229924 TTTGATCAAAACAGACAATAACTGATTGTTTACCTCCAAAAACT
128 TTT-ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACT
* * * *
229968 TGAAGAAAAATGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCT-TCGATTCCTTCAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCT
* * * *
230032 TATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATTATTAATTTTAAGTT-ACATTTTTTTATATTT
65 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACA-TT
* *
230096 TTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTT-CCTTGAGAAACG
128 TTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TTACCTTGAGAAACT
230139 TGAAGAAAAAAGCATTCAT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCAT
230158 AGACANNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACT
Found at i:229747 original size:514 final size:510
Alignment explanation
Indices: 227391--230162 Score: 2258
Period size: 514 Copynumber: 5.4 Consensus size: 510
227381 AATTTCCATA
* * ** * *
227391 TTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTTCCATTTCT
1 TTGAGAAACATCAAGAAAAAAACACTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-T-CATTCCT
* * * * * *
227455 TCAAAAGCCTTATTAGTTGATTTAAATAGTTTTTTAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
64 TCAAAAGCCTT-TTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * * *
227520 TTTACA-TTTTCATGTAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCATCAAAAACTTGAAG-AAAATG
128 TTTACATTTTTCAT-TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAG
* * * *
227583 CATTCGTT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTC-CGATTCCTTTAAAAGCCTGATTACT-TGC
192 CATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT--
* * * ** * * * *
227645 TTTAAATGGTTTTATAATATCATGATTGAATTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTCAAAG
253 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAATTAAATCTTTTTACATTTTTCATTAAAAC
* * * * *
227710 AAACT-ATAATTGAATATTTACCTTGAA-AAACGTGAA-AAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAG
318 AGA-TAATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
** * * ** * *
227772 TCCATTTATAGTCTCTAATTCCTTCAAAA-CCTTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATGATCTC
381 T-CATTTATAGTCTCCGATTCTTTCAAAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTC
* * * * * * *
227836 GTAATTAATCTCAAGTT-TAA-TTTGTTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATATCT
444 ATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTG-TTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTT
227899 ACC
508 ACC
* * ** * **
227902 TTGTGGAACAT-AAGAAAAAAA-ACATTCATTGATAAGAAAAGTCCA--TATAGTCTCCCCTTTG
1 TTGAGAAACATCAAGAAAAAAACAC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT--CATTCC
* * *
227963 TTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCT
63 TTCAAAAGCC-TTTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* ** * * * * *
228028 TTTTATATTTTTCATTGTAATAGACTAAAATTTATTGT-TCATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAA
127 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAA
* * * *
228092 GTATTCATTGGCAA-AGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCTCT
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* * * ** * * *
228156 TTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTACGTTGAATTTTTTTTACA-CTTTCATTTAAAA
254 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAATT-AAATCTTTTTACATTTTTCA-TTAAAA
* * * * * * *
228220 TAGACAATAATTGAATGTTTACCTTTATAAACTTGAAG-AAAATGCATTCGTTGGCAAGAAAAGT
317 CAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* *
228284 CTATTTATAGGCTCCGATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCGT
382 C-ATTTATAGTCTCCGATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCAT
* * * * *
228349 GATTGATTTTAAGTTGAAATTTT-TTAAATTTTTCATTCAAATAAACTATAATTGAATGTTTACC
446 AATTGATTTTAAGTTGAAATTTTGTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACC
* * * *
228413 TCGAGAAACATGAA-AAAAGAAGCA-TTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCC
1 TTGAGAAACATCAAGAAAA-AAACACTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG--TCTCATT-C
* *
228476 CTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATT
62 CTTCAAAAGCCTT-TTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * ** *
228540 GTTATTACATTTTT-AGTCAAAAAAGACCATAATTGAATGTTTACCTCCAGAAACTTGAAGAAAA
126 -TTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
* * * * * * *
228604 AAGCATTCGTTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCTTTCAAAATCCTTATAACTCGC
189 AAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-T
* * * * * *
228669 TTTAAATGGTTCTGTAATCTCATGATTGAGTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAAC
253 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAATTAAATCTTTTTACATTTTTCATTAAAAC
* * * * *
228734 AGACT-ATAATTAAAAGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCATTAGCAAGAAAAGT
318 AGA-TAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * *
228798 CATTTATAGTCTCTC-ATTCATTCAAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATGATCTCAT
382 CATTTATAGTCTC-CGATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCAT
* * * * * * *
228862 AATTGACTTTAGGTTCAATTTTTTTTATATTTTTTAATAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGCC
446 AATTGATTTTAAGTTGAAATTTTGTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACC
* * * * *
228927 TTGAGAAACA-CAAAAAAAAAATACTTTCATTAGAAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATTCC
1 TTGAGAAACATCAAGAAAAAAACAC-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT--CATTCC
* ********** * *
228991 TTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAAT-GATTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTAAATC
63 TTCAAAAGCC-TTTTACTCGTTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * *** **
229055 TTTTTACATTTTTCATTGAAACATACTATAATTGAATGTCCGTCTTGAGAAATATGAAGAAAAAA
126 TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAA
* * * * * * ***
229120 GTATTCATTGGCAAGGAAAGTCCGTTTATAGCCTCTGATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCNNNN
191 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TTT
****** * * * * *
229185 NNNNNNGTTTTATAATCTAATAATTGA-TTTGAAGTTGAACTTTTTTTACATTTTT-TTTAAAAA
255 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTT-AAATT-AAATCTTTTTACATTTTTCATT-AAAA
* * ** * * * * *
229248 TAGATAATAATTGAATGTTTACCTCCAGAAGCTTGAAGAACAATGCATTCGTTTGCAAGAAAAGT
317 CAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* ** ** * *
229313 CAATTTCTAACCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATGGTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTC
382 C-ATTTATAGTCTCCGATTCTTTCAAAAGCCTTATTA--CTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTC
* * * * * *
229378 ATAATTGATTTTAAGTT-TACTTTTGTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAGTTGAATGTTTG
444 ATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTGTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTA
229442 CC
509 CC
** *
229444 TTGAGAAATGTCAAGAAAAAAACACTTGA-TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCATTCCTTC
1 TTGAGAAACATCAAGAAAAAAACACTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCATTCCTTC
* * * *
229508 AAAAGCCTCTCTACTCGTTTTAAATTGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTACGTTGAATTTTTT
66 AAAAGCCT-TTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
229573 TACATTTGTCATTAAAACAGACTATCATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAAAGCC
130 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTG-AAGAAAAAAGCA
* * * * * * *
229638 TTCATTGATAAGAAAAGTCTATATATAGTCT-TCCATTCCTAT-GAATGCCTTTTTACTCATTTT
194 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCT-CATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTC-TTTT
* ********* *
229701 AAATGGTTTTATAAACTCATAATTGA-TTTNNNNNNNNNNCTTTTTACATTTTTCATTGAAACAG
256 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAGTTT-AAATTAAATCTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
** * ** * *
229765 A-ATATAATTGAATGTCCGCCTTAAGGAACAAGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAAAAAAAGTC
320 ATA-ATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGC-AAGAAAAGT-
* * *
229829 CGTTTATAGTCTCCGATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGCTT-TATAATCTAAT
382 CATTTATAGTCTCCGATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTCTATAATCTCAT
* * * * * * *
229893 AATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTATATTTTTGATCAAAACAGACAATAACTGATTGTTTACC
446 AATTGATTTTAAGTTGAAATTTTGTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACC
** * * * ** * * *
229958 TCCAAAAACTTGAAGAAAAATGCA-TTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTTCGATTCCT
1 TTGAGAAACATCAAGAAAAAAACACTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TC-ATTCCT
* * * * *
230022 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATTATTAATTTTAAGTT-ACATTT
64 TCAAAAGCCTT-TTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTT
* ** *
230086 TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAG
127 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAG
*
230151 CATTCATAGACA
192 CATTCATTGACA
230163 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1790, Mismatches: 398, Indels: 142
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
508 2 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (510 bp):
TTGAGAAACATCAAGAAAAAAACACTTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCATTCCTTC
AAAAGCCTTTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTAAATG
GTTTTATAATCTCATAATTGAGTTTAAATTAAATCTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATAATA
ATTGAATGTCTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCATTTATAG
TCTCCGATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTT
AAGTTGAAATTTTGTTATATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTACC
Found at i:231873 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 231402--232920 Score: 1422
Period size: 171 Copynumber: 8.9 Consensus size: 170
231392 NNNNNNNACT
* * * * * *
231402 TGAAGAAAAATGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTTCTTCAAGAGCCTT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAG-AAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
231467 ATTACTCGCTTTAAAT-GATTCTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
65 ATTACTCGTTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* *
231531 TTATTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
129 TCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* *
231573 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT-T
* * ** * * *
231638 -TTACTCATTCTAAATAGTTTTAGGATCTCATAATTGATCTGAAGTTTAATTTTTTTACATTTTT
65 ATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * *
231702 CATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACA
130 CATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
*** * *
231743 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGATTAGAACAGTCTATATATAGTCTCTCATTCGTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAA-AGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * ** * *
231808 TTTACTGGTTTTAAATAGTTTTATAATCAAATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTATATTTTT
65 ATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* ** * * * ** *
231873 CAGTGTAACAGACTACAATTTAATGTCCATATTGAGAAACG
130 CATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
** * * *
231914 TGAAGAAAAAAATATTCACTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAACCTT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA-GAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
231979 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTCATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTT
65 ATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTT
* * * * *
232044 T-ATTTAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCTTCAGAAACT
129 TCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * * * *
232086 TGAAG-AAAATGCATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTC-CGAATCCTTCAAAAGCAT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAG-AAAGTCTATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
232149 TATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-ATT
64 TATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * *
232213 TGATTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAACA
129 TCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* **** * * * *
232255 TGGAGAAAAAAGCATTCATTAATGAGAAATGTCCATTTACAGTCTCTCATTCTTTCGAAAGCCTC
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAA-GTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT-
** * * * * * *
232320 T-TTTGTCGTTCTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTAAAGTTTAATTTTTTTATATTTT
64 TATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * **
232384 TCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATG
129 TCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
** * * *
232426 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAATGT-TCATATATAGTCTCCCATTCGTTCAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAA-GTCT-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT
* * ********** * *
232490 TTTTACTCATTTTAAATAGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACACTTT
64 TATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
** * * *
232555 TCATTGTAACAGACTATAATTTAATGTCCATCTTGAGAAACA
129 TCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
** * *
232597 TGAAGAAAAAAGTTTTCATTGGCCAGGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGG-CAAGAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT
********** * * *
232662 NNNNNNNNNNTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAGGTTGAACTTTTTTTACATTTT
65 ATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTT
* * * * * ** *
232727 TGC-TGAAAATAGACAATAGTTGAATGTTTACCTCAAGAAACT
129 T-CATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
* * * *
232769 TGAAGGAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG-CATCTGATTCCTTCAAGAGCCT
1 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAG-AAAGTCTATTTATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * *
232833 TATTACTCACTTTT-AATGGTTCTATAATCTAATTATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
64 TATTACTC-GTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
232897 TTCATTAAAACAGACTATAATTGA
128 TTCATTAAAACAGACTATAATTGA
232921 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1072, Mismatches: 251, Indels: 50
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
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170 252 0.24
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172 174 0.16
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTC
ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA
Found at i:232318 original size:683 final size:683
Alignment explanation
Indices: 231399--232918 Score: 2168
Period size: 683 Copynumber: 2.2 Consensus size: 683
231389 NNNNNNNNNN
* *
231399 ACTTGAAGAAAAATGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTTCTTCAAGAGC
1 ACTTGAAG-AAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAGAGC
*
231464 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTCTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
65 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
* *
231529 TTTTATTAAAA-AAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT
130 TTTCATTAAAACAA-ACTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT
* *
231593 GACAAGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCTTTACTCATTCTAAATAGTTT
194 AACAAGAAAGTCCATTTACAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCTTTACTCATTCTAAATAGTTT
* *
231658 TAGGATCTCATAATTGATCTGAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTG
259 TAGGATCTCATAATTGATCTAAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTG
* *
231723 AATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATTAGAACA-G-TCTATATATAGT
324 AATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAA-ATGTTC-ATATATAGT
* **
231786 CTCTCATTCGTTCAAAAGCCTTTTTACTGGTTTTAAATAGTTTTATAATCAAATAATTGATTTTA
387 CTCCCATTCGTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCAAATAATTGATTTTA
* * *
231851 AGTTGAATCTTTTTATATTTTTCAGTGTAACAGACTACAATTTAATGTCCATATTGAGAAACGTG
452 AGTTGAATCTTTTTACACTTTTCAGTGTAACAGACTACAATTTAATGTCCATATTGAGAAACATG
231916 AAGAAAAAAATATTCACTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAACCTTAT
517 AAGAAAAAAATATTCACTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAACCTTAT
** * *
231981 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTCATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTA
582 TACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTTTTACATTTTTA
* *
232046 TTTAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCTTC-AGAA
647 CTGAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACC-TCAAGAA
* * * * * *
232083 ACTTGAAGAAAATGCATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGAATCCTTCAAAAGCA
1 ACTTGAAGAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAGAGCC
*
232148 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-AT
66 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * *
232212 TTGATTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTGCCTTGAGAAACATGGAGAAAAAAGCATTCATTAA
131 TTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAA
** * * ** * *
232277 TGAGAAATGTCCATTTACAGTCTCTCATTCTTTCGAAAGCCTCTTTTGTCGTTCTAAATGGTTTT
196 CAAGAAA-GTCCATTTACAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCTTTACTCATTCTAAATAGTTTT
* * *
232342 ATGATCTCATAATTGATTTAAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
260 AGGATCTCATAATTGATCTAAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGA
* **
232407 ATGTTTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAATGTTCATATATAGTCTC
325 ATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAATGTTCATATATAGTCTC
***********
232472 CCATTCGTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGT
390 CCATTCGTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCAAATAATTGATTTTAAGT
* * *
232537 TGAATCTTTTTACACTTTTCATTGTAACAGACTATAATTTAATGTCCATCTTGAGAAACATGAAG
455 TGAATCTTTTTACACTTTTCAGTGTAACAGACTACAATTTAATGTCCATATTGAGAAACATGAAG
* * * * * *****
232602 AAAAAAGTTTTCATTGGCCAGGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTNNNNN
520 AAAAAAATATTCACTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAACCTTATTAC
***** * *
232667 NNNNNTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAGGTTGAACTTTTTTTACATTTTTGCTG
585 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTTTTACATTTTTACTG
*
232732 AAAATAGACAATAGTTGAATGTTTACCTCAAGAA
650 AAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAA
*
232766 ACTTGAAGGAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCATCTGATTCCTTCAAGAGC
1 ACTTGAA-GAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAGAGC
* * * * *
232831 CTTATTACTCACTTTTAATGGTTCTATAATCTAATTATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
65 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
*
232896 TTTCATTAAAACAGACTATAATT
130 TTTCATTAAAACAAACTATAATT
232919 GANNNNNNNN
Statistics
Matches: 736, Mismatches: 93, Indels: 13
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
682 66 0.09
683 531 0.72
684 118 0.16
685 21 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (683 bp):
ACTTGAAGAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAGAGCC
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
TTCATTAAAACAAACTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAA
CAAGAAAGTCCATTTACAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCTTTACTCATTCTAAATAGTTTTA
GGATCTCATAATTGATCTAAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAA
TGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAATGTTCATATATAGTCTCC
CATTCGTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCAAATAATTGATTTTAAGTT
GAATCTTTTTACACTTTTCAGTGTAACAGACTACAATTTAATGTCCATATTGAGAAACATGAAGA
AAAAAATATTCACTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAACCTTATTACT
CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAACTTTTTTTACATTTTTACTGA
AAATAGACAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAA
Found at i:232378 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 231402--232658 Score: 1328
Period size: 512 Copynumber: 2.5 Consensus size: 512
231392 NNNNNNNACT
** * * * * * * * *
231402 TGAAGAAAAATGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTTCTTCAAGAGCCTT
1 TGAAGAAAAAAACATTCACTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* *
231467 ATTACTCGCTTTAAAT-GATTCTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
66 ATTACTCGCTTTAAATAG-TTCTATAATCTCATCATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* *
231531 TTATTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGAC
130 TTATTAAAAAAGACAATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGAC
* * * *
231596 AAGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTCTTTACTCATTCTAAATAGTTTTAG
195 AAGAAAGTCCATTTATAGCCTCTCAATCCTTCAAAAGCATCTTTACTCATTCTAAATAGTTCTAG
* * * * * *
231661 GATCTCATAATTGATCTGAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAAT
260 AATCTCATAATTGATCTGAAGTTGAATTTTTTTACATATTTCATTAAAACAAACTATAATTAAAT
* * * * *
231726 GTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATTAGAACAGTCTATATATAGTCTCTC
325 GTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAATGAGAACAGTCCATATACAGTCTCTC
* * *
231791 ATTCGTTCAAAAGCCTTTTTACTGGTTTTAAATAGTTTTATAATCAAATAATTGATTTTAAGTTG
390 ATTCGTTCAAAAGCCTTTTTACTCGTTCTAAATAGTTTTATAATCAAATAATTGATTTAAAGTTG
** * *
231856 AATCTTTTTATATTTTTCAGTGTAACAGACTACAATTTAATGTCCATATTGAGAAACG
455 AATCTTTTTATATTTTTCAGTAAAACAGACTACAATTGAATGTCCACATTGAGAAACG
* *
231914 TGAAGAAAAAAATATTCACTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAACCTT
1 TGAAGAAAAAAACATTCACTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* *
231979 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTCATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTT
66 ATTACTCGCTTTAAATAGTTCTATAATCTCATCATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTT
* * * * * *
232043 TTATTTAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCTTCAGAAACTTGAAG-AAAATGCATTCGTTGG
130 TTA-TTAAAAAAGACAATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGA
* * * *
232107 TAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTC-CGAATCCTTCAAAAGCAT-TATTACTCGCTT-TAAATGGT
194 CAAG-AAAGTCCATTTATAGCCTCTC-AATCCTTCAAAAGCATCT-TTACTC-ATTCTAAATAGT
* * * * *
232169 TCTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-ATTTGATTAAAACAAACTATAAT
255 TCTAGAATCTCATAATTGATCTGAAGTTGAATTTTTTTACATATTTCATTAAAACAAACTATAAT
* *
232233 TAAATGTCTGCCTTGAGAAACATGGAGAAAAAAGCATTCATTAATGAGAA-ATGTCCATTTACAG
320 TAAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAATGAGAACA-GTCCATATACAG
* * * * * **
232297 TCTCTCATTCTTTCGAAAGCCTCTTTT-GTCGTTCTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTT
384 TCTCTCATTCGTTCAAAAGCCT-TTTTACTCGTTCTAAATAGTTTTATAATCAAATAATTGATTT
* * * * *** * *
232361 AAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATG
448 AAAGTTGAATCTTTTTATATTTTTCAGTAAAACAGACTACAATTGAATGTCCACATTGAGAAACG
* * ** * * * *
232426 TGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAA-GAAATGTTCATATATAGTCTCCCATTCGTTCAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAAACATTCACTGGCAAGGAAA-GTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT
* ** ********** * * * *
232490 TTTTACTCATTTTAAATAGTNNNNNNNNNNCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACACTTT
65 TATTACTCGCTTTAAATAGTTCTATAATCTCATCATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* ** * * * * * * ** *
232555 TCATTGTAACAGACTATAATTTAATGTCCATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTTTTCATTGGC
130 TTATTAAAAAAGACAATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT-GA
* * *
232620 CAGGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGC
194 CAAGAAAGTCCATTTATAGCCTCTCAATCCTTCAAAAGC
232659 CTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 610, Mismatches: 121, Indels: 28
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 48 0.08
512 424 0.70
513 136 0.22
514 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (512 bp):
TGAAGAAAAAAACATTCACTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATAGTTCTATAATCTCATCATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
TATTAAAAAAGACAATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGACA
AGAAAGTCCATTTATAGCCTCTCAATCCTTCAAAAGCATCTTTACTCATTCTAAATAGTTCTAGA
ATCTCATAATTGATCTGAAGTTGAATTTTTTTACATATTTCATTAAAACAAACTATAATTAAATG
TCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAATGAGAACAGTCCATATACAGTCTCTCA
TTCGTTCAAAAGCCTTTTTACTCGTTCTAAATAGTTTTATAATCAAATAATTGATTTAAAGTTGA
ATCTTTTTATATTTTTCAGTAAAACAGACTACAATTGAATGTCCACATTGAGAAACG
Found at i:233503 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 233203--234114 Score: 1033
Period size: 171 Copynumber: 5.4 Consensus size: 171
233193 NNNNNNNNNN
* * *
233203 ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAAGCATT
1 ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
* * * * **
233268 CATTGATAAGAAAACTCCATATATAGTCTCAT-ATTCATTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAA
66 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTC-TCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAA
*
233332 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTT
130 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTT
** * * * * * *
233374 ACATTTTTCATTGTAACAGACCATAATTTAATGTCCATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATT
1 ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
* * * *
233439 TATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAAT
66 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAAT
* *
233504 AGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTT
131 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TCTTTTT
* * * * * * * *
233546 ACA-TTGTCATTTAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCTTTAGGAACATGAAG-AAAATGCAT
1 ACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCAT
** * * * *
233609 TTGTTGGCAAGAAAAGTCTATTCATAG-CT-TCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
65 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT-C-ATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTA
*
233672 AAT-GATTCTATAATCTCA-AGATTGATTTTAAGTTGAAAT-TTTTT
128 AATAG-TTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTG-AATCTTTTT
* * * * *
233716 CCATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTG-A-AAAAAAGCATT
1 ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
* * * *
233779 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCGTTCAAAA-CATGTTTTACTCGTTTTAAA
66 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT-TTTTACTCGCTTTAAA
* * * * *
233843 TAGTTTTATGATCTCATAATTGATCTGAAATTTAA-CTTTTTT
130 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATC-TTTTT
*
233885 ACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
1 ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
* * * * * *
233950 CATTGATAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATTCGTTCAAAAGTCTTTTTACTC-ATTTAAAT
66 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAAT
* *
234014 AGTTTTATAATCTAATAATAGATTTTAAGTTGAATCTTTTT
131 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTT
** * * *
234055 ACATTTTT-ATTGTAACAGACTATAATTTAATGTCCATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAG
1 ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAG
234115 TATTNNNNNN
Statistics
Matches: 622, Mismatches: 98, Indels: 44
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 176 0.28
170 99 0.16
171 297 0.48
172 46 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAAT
AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTT
Found at i:235495 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 234441--235846 Score: 1544
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 170
234431 TCAGAAATTA
* * ** * *
234441 GAAG-AAAATGCATTCATTGTCAAGAAAAGTTTATTTATAG-CCCCCGATTCCTTCAAAAGCCTT
1 GAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
234504 ATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTAAATTTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTT
*
234569 CATTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACAT
129 CATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACAT
*
234611 GCAA-AAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCTCTCATTCCCTT-AAAAGCCT
1 G-AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATT-CCTTCAAAAGCCT
* *
234674 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTATTACATAT
64 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TT-TTACATTT
* *
234739 TT-AGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCT-AGAAACTT
127 TTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCT-TGAGAAACAT
* * * * * *
234783 GATGAAAAATGCATTCGTTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCTC-CAATTCCTTCAAAAACCTT
1 GAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * **
234847 ATAACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATGATTGAGTTTAAGTTGGATTGTTTTACATTTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTT
* * * ** ** *
234912 CATTAAAACAGACTATAATTAAAAGTCTGGCTCAAGAAACGT
129 CATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACAT
234954 GAAG-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT
1 GAAGAAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * *
235017 TTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGACTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTT
* *
235082 CATTAAAACAAACTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACAT
129 CATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACAT
* * * * * *
235124 GAAAAAAAAAGCATTCATTAGTAAGGAAAGTCCATATATAG--TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTT
1 GAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
** * *
235187 TTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-CTTAAGTTAAATCTTTTTACATTTTTC
66 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTC
* * * *
235251 ATTGAAATAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACAT
130 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACAT
* * * * * * *
235292 GAAAAAAAAAGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATATATGGTCTCTCATTCCTTCAAAATCCTTT
1 GAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
** *
235357 TTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTTACATTTTTC
66 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTC
* * * *
235422 ATTCAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGT
130 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACAT
* * * * * *
235463 GAAGCAAAAAGTATTCATTGGCAA-AGAAAGTCCGTTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAGTCTT
1 GAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
235527 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAAATGATTTTACGTTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAAT-TTTTTACATTTT
* * * ** * *
235592 T-AGTTAAAGCAGACAATAATTGTATGTTTACCTCCAGAAGCTT
128 TCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACAT
* * * * * * *
235635 GAAGAAAAATGCATTCGTTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTTAAAAGCCTTA
1 GAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * **
235700 TTACTCTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTACTTTTTTTACATTTT
66 TTA--CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTACATTTT
** * * * * *
235765 TTGTTAAAACAGACTATAGTTGAATGTCTGCCTCGAGAAATAT
128 TCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACAT
235808 GAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
1 GAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
235847 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1048, Mismatches: 158, Indels: 57
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 95 0.09
169 56 0.05
170 199 0.19
171 329 0.31
172 247 0.24
173 78 0.07
174 39 0.04
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
GAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTCA
TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACAT
Found at i:237959 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 237135--240673 Score: 2377
Period size: 171 Copynumber: 20.8 Consensus size: 171
237125 NNNNNNNNNN
* * ** **
237135 AAAAAGATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTGAA-AATACTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-AATAAGGCTT
* * * * * *
237199 TTGAAGGAATGAGAGACTATATATGGACTTTTCTTACTAATGAATGCTTTTTTTTTTCATGTTTT
65 TTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTTCTTCACGTTTC
* * *
237264 TCAAGGCAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAATGAAAAATAT
129 TCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT
* * * ** * ** * * *
237307 AAAAAAAGTCAACCTAAAGTTTATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAGACATT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * *
237372 TGAAGGAATGAGAGACTATAAAT-AATTTTTCTTGCCAATGAAT-TTTTTTTCTTTACGTTTCTT
66 TGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC
** * * * * *
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* * * * *
237476 AAAAAAATTCAACTTAAACTCAATCATGAGATTATAGAACTATTTAAAGCGAGTTATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
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66 TGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTCTTCACGTTTCT
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** * * * * *
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1 AA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * *
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* * * *
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* * *
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1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* ** * *
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* *
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130 CAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT
* * * * * * *
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1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-AATAAGGCTT
* * * *
238053 TTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACTTCTTTT-TTCATGTTTC
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*
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129 TCAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT
* * * * **
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1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * *
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* * * * *
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130 CAAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AATGA-AAAATGT
* ** * * *
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1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
********** * * *
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* * * **
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131 AAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT
* ********** ** *
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1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * ** *
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66 TGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC
** * **************
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131 AAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT
*** * * * * *
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1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATA-AGGCT
* * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-
* * * * *
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** * * **
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* * * * *******
239015 AAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTGTTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATNNNNNNN
1 AAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
*** * * * *
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* ** * **
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********** * * ** *
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* * * * * ** * *
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* *
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* * * * *
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* * **
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* * ****************
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********** * * * **
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* * * * * * *
239594 TGAAGGATTTG-GAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGC-ATTTT-TT-AAGTTTTT
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** * * * *
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* * * * **
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******** * ** * *
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* * ** * ** * *
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** * * * *** * * * *
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66 TGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * ********** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * ** ** * * * *
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* * * **
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**********
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1 AAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * *
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** * * * **
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* * * ** * *
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* ** * * ** *
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131 AA
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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** *
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** * * * * * *
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1 CATTAAAACAGA-ATATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAA-GCATTCATTGG
* * * ** * * * * * *
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* *
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244310 NNNNNNNNNN
Statistics
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ATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAATTTTT
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243288 NNNNNNNNNN
* * * * * * * **
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* * *
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*
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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1 CATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCCGTC-TTGAGAAACATAAAGAAAAAAACATTCATTGGC
* * * *
243703 -AAGAAATGTCCATTTATAGTCTCTCATTCGTTCAAAA-ACTTCTTTACTCGTTTTAAACAATTT
65 AAAGAAA-GTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCGTTTTAAATAATTT
* * * * *
243766 TATGATCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTAAAATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATT
128 TATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-AAATTTTT-AGTTAAAACAGACAATAATT
* * * * * * * *
243830 GAATCTCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAA-GCCTTCATTGGTAACAAAAGTCCT-TATATAG
191 GAATGTTTACCTTCAAAAACTTGAA-AAAAAATGCATTCATTGGTAAAAAAAGT-CTATTTATAG
* ** * * * *** * * * *
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243956 TTAAGTTGAATCTTTTTATATTTTT
317 TTAAGTTGAATCTTTTTATATTTTT
* * * * **
243981 CATTGAAACAGAATATAATTGAATGTCCGTCTTGAGGAGCATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCA
1 CATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCCGTCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAACATTCATTGGCA
* * * * ********
244046 AAGAAAGTCCGTTTATAGTCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATNNNNNNNN
66 AAGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTAT
** * * * *
244111 NNTCTAATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGACAATAATTGAA
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* * *
244176 TGTTTACCTTTAGAAACTTGAAAAAAAATGCATTCGTTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGCCTCT
194 TGTTTACCTTCAAAAACTTGAAAAAAAATGCATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGCCTCT
*
244241 AATTCATTCAAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTT
259 AATTCATTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTT
244306 GAAT
324 GAAT
244310 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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343 132 0.25
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
CATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCCGTCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAACATTCATTGGCA
AAGAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTAT
AATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATG
TTTACCTTCAAAAACTTGAAAAAAAATGCATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGCCTCTAA
TTCATTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGA
ATCTTTTTATATTTTT
Found at i:244986 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 244693--245709 Score: 792
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 171
244683 NNNNNNNTCA
* * * *
244693 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTACGTTAAAT-TGTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATCT-TTT
* ** *
244757 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTTCTTGA-G-AGATGAGAAGAAAAAATC
65 TACATTTTTCATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCCATCTTGAGGAACAT-A-AAGAAAAAATC
* * * * *
244820 CTTCATTGGTAAGAGAAGTCTATATATAGTGTCCCATTCCTACG
128 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTACG
** * * *
244864 AAAGCCTT-TTAACTCATTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTT
1 AAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATCTTTT
* * * *
244928 TCCATTTTTCATTGAAACAAAATATAATTGAATGTCCGTCTTGAGGAACATAAAGAAAAAAGT-A
65 TACATTTTTCATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCCATCTTGAGGAACATAAAGAAAAAA-TCA
* * ** *
244992 TTCATTAGCAA-AGAAAGTCTGTTTATAGTCTCTGATTCCT-TG
129 TTCATTGGCAAGA-AAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTACG
* * *
245034 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTG-ATCTTTT
1 -AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATC--TT
* * * * ** * ** * * * *
245098 TTTATATTTTTTATCAAAATAGACA-ATAATTGAATGTTTACCTCCAGAAACTTGAAGAAAAATT
63 TTTACATTTTTCATTAAAACAGA-ATATAATTGAATGTCCATCTTGAGGAACATAAAGAAAAAAT
* * * ***
245162 CATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCTTTA
127 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTACG
* * * *
245207 AAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTAATTTT-AGATTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG-TTGAATCTTTT
* * * * * * ** * *
245271 TATATTTTTTTATTAAAACAGACTATCATTGAATGT-CTTCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAAC
65 TACA-TTTTTCATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCCAT-CTTGAGGAACATAAAGAAAAAATC
** * * * * *
245335 ATTCACAGGCAAGAAATA-TCCATTTATAGTCTCTCATTCGTTCA
128 ATTCATTGGCAAGAAA-AGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTACG
* * * * * *
245379 AAAGCATCT-TTACCCG-TTCTAAATAGTTTTATGATCACGTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTT
1 AAAGCCT-TATTACTCGCTT-TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATCTTT
* * *** ** *
245442 TTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-GAACCATGGAGAAAAAAGC
64 TTACATTTTTCATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCCATCTTGAGGAA-CATAAAGAAAAAATC
* * * * * * * *
245506 TTTCATTGGTAACAAAAATCCATATATAGTCCCCCATTCTTACG
128 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTACG
* * ** *
245550 AAAGTCTTTTTACTCATTTTAAAT-GATTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATCTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATCTTTT
** * * * *
245614 TACATTTTTTGTTGAAACAGAATATAATTGAATGTCCATCTTAAGGAACCTAAAAAAAAAAGT-A
65 TACATTTTTCATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCCATCTTGAGGAACATAAAGAAAAAA-TCA
*
245678 TTCATTGGCAA-AGAAAGTCCATTTATAGTCTC
129 TTCATTGGCAAGA-AAAGTCTATTTATAGTCTC
245710 TGATTCCTTC
Statistics
Matches: 673, Mismatches: 141, Indels: 64
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 13 0.02
171 382 0.57
172 266 0.40
173 12 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATCTTTTT
ACATTTTTCATTAAAACAGAATATAATTGAATGTCCATCTTGAGGAACATAAAGAAAAAATCATT
CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTACG
Found at i:245462 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 244690--245722 Score: 1035
Period size: 343 Copynumber: 3.0 Consensus size: 339
244680 NNNNNNNNNN
* * * * * *
244690 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTACGTTAAATTGT
1 TCAAAAGCATTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATGATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * *
244755 TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTTCTTGAGAGA-TGAGAAGAAAAAAT
66 TTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGT-TTCCTTGAGAAACT-TGAAGAAAAAAT
* * ** *** *
244819 CCTTCATTGGTAAGAGAAGTCTATATATAGTGTCCCATTCCTACGAAAGCCTTTTAACTCATTTT
129 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATATATAGCCTCCCATTCCTTTAAAAGACTTTT-ACTCATTTT
* * * *
244884 AAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTCCATTTTTCATTGAAACAAA
193 AAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTTATTGAAACAGA
* ** * * **
244949 ATATAATTGAATGTCCGTCTTGAGGAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTAGCAAAGAAAGTCTGT
258 ATATAATTGAATGT-CGTCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAACATTCATCAGCAAAGAAAATCCAT
*
245014 TTATAGTCTCTGATTCCT
322 TTATAGTCTCTCATTCCT
* * ** * *
245032 TGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTA-ATAATTGATTTTAAGTTGATCTT
1 TCAAAAGCATTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATGATC-ACATAATTGATTTTAAGTTGA-ATT
* * * * ** *
245096 TTTTTATATTTTTTATCAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCTCCAGAAACTTGAAGAAAAAT
64 TTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTT-CCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAA
* * * * **
245161 TCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCTTTAAAAGACTTATTACTCGCTT
128 TCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATATATAGCCTCCCATTCCTTTAAAAGACTT-TTACTCATTT
* * * * *
245226 TAAATGGTTTTATAATCTCATGATTAATTTT-AGATTGAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAAC
192 TAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAG-TTGAATCTTTTTACA-TTTTTTATTGAAAC
* * * ** *
245290 AGACTATCATTGAATGTCTTCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAAACATTCA-CAGGC-AAGAAATA
255 AGAATATAATTGAATGTCGT-CTTGAGAAACATAAAGAAAAAAACATTCATCA-GCAAAGAAA-A
*
245353 TCCATTTATAGTCTCTCATTCGT
317 TCCATTTATAGTCTCTCATTCCT
* *
245376 TCAAAAGCATCT-TTACCCG-TTCTAAATAGTTTTATGATCACGTAATTAATTTTAAGTTGAATT
1 TCAAAAGCAT-TATTACCCGCTT-TAAATAGTTTTATGATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * *
245439 TTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAACCATGGAGAAAAAA
64 TTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGT-TTCCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAA
* * * * * *
245504 GCTTTCATTGGTAACAAAAATCCATATATAGTCC-CCCATT-C-TTACGAAAGTCTTTTTACTCA
128 TCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATATATAG-CCTCCCATTCCTTTA--AAAGAC-TTTTACTCA
* *
245566 TTTTAAATGATTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTTGTTGAAA
189 TTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTTATTGAAA
* * * * * ** *
245631 CAGAATATAATTGAATGTCCATCTTAAGGAACCTAAA-AAAAAAAGTATTCATTGGCAAAGAAAG
254 CAGAATATAATTGAATGT-CGTCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAA-CATTCATCAGCAAAGAAAA
*
245695 TCCATTTATAGTCTCTGATTCCT
317 TCCATTTATAGTCTCTCATTCCT
245718 TCAAA
1 TCAAA
245723 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 559, Mismatches: 109, Indels: 46
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 10 0.02
342 128 0.23
343 294 0.53
344 126 0.23
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
TCAAAAGCATTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATGATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
TTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTCCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAATCA
TTCATTGGTAAGAAAAGTCTATATATAGCCTCCCATTCCTTTAAAAGACTTTTACTCATTTTAAA
TGGTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTTATTGAAACAGAATA
TAATTGAATGTCGTCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAACATTCATCAGCAAAGAAAATCCATTTAT
AGTCTCTCATTCCT
Found at i:248982 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 248306--249307 Score: 888
Period size: 170 Copynumber: 5.9 Consensus size: 170
248296 NNNNNNNNAA
* * * * * *
248306 AAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAACCCATT-TTA
1 AAAAAAGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTAATTCCTTCAAAAGCC-TTATTA
* * * * * * **********
248370 CTTGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCGTAATTGATTTTATGTTGAATTGTTTTNNNNNNNNNNTT
65 CTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTCATT
* * **
248435 AAAATAGACTATAATTGAATGTATGTCTTGAAAAATGTGAAG
130 AAAACAGACTATAATTGAATGT-TGCCTTGAAAAACATGAAG
* *
248477 AAAAAAGTATTCATTAGCAA-AGAAAGTCCGTTTATAGTCTCTAATTCCCTT-AAATGCCTTATT
1 AAAAAAGTATTCATTAGCAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCTCTAATT-CCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
248540 ATTCG-ATTAAATAATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTT-TATATTTT-A
64 ACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATAT-TTTTCA
** * * *
248602 GTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTTTACTTCCAGAAACTTGAAG
128 -TTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTTGCCTT-GAAAAACATGAAG
* * * * * * * *
248647 AAAAATGTATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCAATTCCTTCAAAAGTCTTATAAC
1 AAAAAAGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
** * * * * *
248712 TCGCATTAAATGGTTCTATAATCTCATGATTGAGTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTCAGTA
66 TCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTCATTA
* *
248776 AAACAGACTATAATTAAATGTTTGCC-TCAAGAAACATGAAG
131 AAACAGACTATAATTGAATG-TTGCCTTGAA-AAACATGAAG
* * * * * * *
248817 AAAAAA-AATTTATTGGCAGGAAAAGT-CATTTATAGTCTCTTATTCGTTCAAAAGCCTTTTTAC
1 AAAAAAGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * *
248880 TCGTTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTCATTA
66 TCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTCATTA
248945 AAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAAACATGAA-
131 AAACAGACTATAATTGAATGT-TGCCTTGAAAAACATGAAG
* * * *
248985 AAAAAAGTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCAATTCCTTC-AAAGCCTTTTTAC
1 AAAAAAGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * *********
249049 TCATTTTAAAAAGTTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTT-AAATCTTNNNNNNNNNNTCATT
66 TCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT-TTATATTTTTCATT
* * *
249113 GAAACAGACTATAATTGAATATT-CATCTTGAGAAACATGAAG
130 AAAACAGACTATAATTGAATGTTGC--CTTGAAAAACATGAAG
* * *
249155 AAAAAAGTATTCATTAGCAAGGAAAGTCCGTTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAAGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * *
249220 TCGGTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTCG-ATTGTTTTTATATTTTT-AG
66 TCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATT-CTTTTATATTTTTCA-
249283 TTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTT
128 TTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTT
249308 TACCTCTATA
Statistics
Matches: 667, Mismatches: 134, Indels: 59
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 83 0.12
169 178 0.27
170 231 0.35
171 144 0.22
172 28 0.04
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAAGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTAATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
TCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTCATTA
AAACAGACTATAATTGAATGTTGCCTTGAAAAACATGAAG
Found at i:249191 original size:508 final size:512
Alignment explanation
Indices: 248326--249331 Score: 1155
Period size: 508 Copynumber: 2.0 Consensus size: 512
248316 TCATTGGTAA
* *
248326 GAAAAGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAACCCATTTTACTTGTTTTAAATGGTTTTATG
1 GAAAAGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAACCCATTTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATG
* * * * ********** *
248391 ATCTCGTAATTGATTTTATGTTGAATTGTTTTNNNNNNNNNNTTAAAATAGACTATAATTGAATG
66 ATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* ** * * *
248456 TATGTCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAAGTATTCATTAGCAAAGAAAGTCCGTTTATAGTCTCTAA
131 TATGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTAGCAAAGAAAGTCCATATATAGTCTCCAA
*
248521 TTCCCTTAAATGCCTTATTATTCGATTAAATAATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAA
196 TTCCCTTAAATGCCTTATTACTCGATTAAATAATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAA
* * * *
248586 TTATTTTTATATTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACTTCCAGAAACTTGAAGAAAA
261 TTATTTTTATATTTCAGTTAAAACAGATAATAATTGAATATTCACTTCCAGAAACATGAAGAAAA
* * * * *
248651 ATGTATTCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTC-CAATTCCTTCAAAAGTCTTATAACTCG
326 AAGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCG
* * *
248715 CATTAAATGGTTCTATAATCTCATGATTGAGTTTAAGTT-GAAT-TTTTTATATTTTTCAG-TAA
390 CATTAAATAGTTCTATAATCTAATAATTGAGTTTAAGTTCGAATGTTTTTATATTTTT-AGTTAA
*
248777 AACAGACT-ATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAAATTTATTGGCAG
454 AACAGA-TAATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAAATTTATTGGCAG
* * * * *
248836 GAAAAGT-CATTTATAGTCTCTTATTCGTTCAAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATG
1 GAAAAGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAACCCATTTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATG
248900 ATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
66 ATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
* *
248965 TCTGCCTTGAAAAACATGAA-AAAAAAGTATTCATTAG-TAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCA
131 TATGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTAGCAAAG-AAAGTCCATATATAGTCTCCA
*
249028 ATT-CCTTCAAA-GCCTTTTTACTC-ATTTTAAA-AAGTTTTATAATC-ACATAATTGATTTTAA
195 ATTCCCTT-AAATGCCTTATTACTCGA--TTAAATAA-TTTTATAATCTA-ATAATTGATTTTAA
********* * *
249088 GTTAAATCT-TNNNNNNNNNNTCA-TTGAAACAGACT-ATAATTGAATATTCATCTT-GAGAAAC
255 GTTAAAT-TAT-TTTTATATTTCAGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATATTCA-CTTCCAGAAAC
* * *
249149 ATGAAGAAAAAAGTATTCATTAGCAAGGAAAGTCCGTTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT
316 ATGAAGAAAAAAGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAAAAGCCT
* ** * * *
249214 TATTACTCGGTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTCGATTGTTTTTATATTT
381 TATAACTCGCATTAAATAGTTCTATAATCTAATAATTGAGTTTAAGTTCGAATGTTTTTATATTT
* * * *
249279 TTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTACCTCTATAAACTTGAAGAAAAA
446 TTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
249332 TGCATNNNNN
Statistics
Matches: 412, Mismatches: 69, Indels: 30
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
506 1 0.00
507 20 0.05
508 200 0.49
509 130 0.32
510 61 0.15
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (512 bp):
GAAAAGTCCATTTATAATCTCTCATTCCTTCAAAACCCATTTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATG
ATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG
TATGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTAGCAAAGAAAGTCCATATATAGTCTCCAA
TTCCCTTAAATGCCTTATTACTCGATTAAATAATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAA
TTATTTTTATATTTCAGTTAAAACAGATAATAATTGAATATTCACTTCCAGAAACATGAAGAAAA
AAGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATAACTCGC
ATTAAATAGTTCTATAATCTAATAATTGAGTTTAAGTTCGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAA
CAGATAATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAAATTTATTGGCAG
Found at i:252327 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 251896--253242 Score: 1333
Period size: 171 Copynumber: 7.9 Consensus size: 171
251886 TTCCGTTTGG
* * * * * * *
251896 AGAAACGTGAAGGAAAATGTATTCATTGGTAAGGAAAGTACATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAA
1 AGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
* * * *
251961 AATCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTT
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTT
** * * *
252026 ATATTTTTGGTTTTAAACAGACAATAATTGAATGTATACCTCTA
130 ATATTTTT-CATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-A
** * * * * * * *
252070 A-AAACTTGAAGAAAAATTCATTCGTTGGTGAGAAAAGTCTATTCATTGGCTCCGATTCCTTCAA
1 AGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
* *
252134 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* *
252199 CT-TTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCCTCA
131 -TATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA
* ** * * * *
252240 AGTAACGCGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGCCTCTCATTCCTTCAA
1 AGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
* * * * * *
252305 AAGTCTTTTTACTTGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * *
252370 TATTTTTCACTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTAA
131 TATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * * * *
252411 AGAAACGTAAAAAAAAAAGCATTCAATGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATTTCTTCAA
1 AGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
* ** * * * *
252476 AAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTCTAATCACATTATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTA
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* *
252541 TATTTTTCATTGAAACAGA-TAATAATTGAATGT-TCATCTTC-
131 TATTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCT-A-CCTCA
* * * * * * *
252582 AGAAACGTGAAGAGAAAAGTATTCATTGGTAAGGAAAA-TACGTTTATAATCTCCCATTCCCTCA
1 AGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCA
** * * *
252646 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTGTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTT
* * * * **
252711 TACATTTTT-AGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTTTACCTTT
129 TATATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA
* ** * * * * ** ***
252754 AGAAACTTGAAGAAAAATGCATTTGTTGGTAGGAAAAGTCTATTTACAGCCTCTGATTTGGTCAA
1 AGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
* * *
252819 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTCTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* * * * * * ** *
252884 CATTTTTCATTATAACAAACGAAAATTGAATGTTTGTCTCC
131 TATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * * *
252925 AGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCGA
1 AGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
* ** * * *
252990 AAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTA
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
* ** * * * * * *
253055 CATTTTTTGTTAAAATAG-TTAATAATTTATTGTTTACCTCT
131 TATTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * * ** * *
253096 AGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTTGGTGAGAAAAATATATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAA
1 AGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
* * * *
253161 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTCTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
253226 TATTTTTCATTAAAACA
131 TATTTTTCATTAAAACA
253243 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 965, Mismatches: 193, Indels: 33
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.01
171 709 0.73
172 146 0.15
173 104 0.11
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
AGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA
TATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCA
Found at i:252549 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 251896--253242 Score: 1551
Period size: 342 Copynumber: 3.9 Consensus size: 341
251886 TTCCGTTTGG
* * * * * *
251896 AGAAACGTGAAGGAAAATGTATTCATTGGTAAGGAAAGTACATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
* * *
251961 AATCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTT
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
* * * * *
252026 ATATTTTTGGTTTTAAACAGACAATAATTGAATGTATACCTCTAA-AAACTTGAAGAAAAATTCA
131 ACATTTTT--ATTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCT-TAAGAAACTTGAAGAAAAATGCA
* * * * *
252090 TTCGTTGGTGAGAAAAGTCTATTCATTGGCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
193 TTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
*
252155 ATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACT-TTTTTCATTAAAACAAAC
258 ATGGTTCTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TATTTTTCATTAAAACAAAC
252219 TATAATTGAATGTCTGCCTC
322 TATAATTGAATGTCTGCCTC
* * * * * *
252239 AAGTAACGCGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGCCTCTCATTCCTTCA
1 -AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCTCCCATTCCTTCA
* * * * * * *
252304 AAAGTCTTTTTACTTGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * * * *
252368 TATATTTTTCACTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTAAAGAAACGTAAAAAAAAAAGCAT
130 TACATTTTT-ATTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAATGCAT
** * * * * * * **
252433 TCAATGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAA
194 TCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * * *
252498 TGGTTTTCTAATCACATTATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTCATTGAAACAGA-TA
259 TGGTTCTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACT-
*
252562 ATAATTGAATGTTCAT-CTTC
323 ATAATTGAATG-TC-TGCCTC
* * * * * *
252582 AGAAACGTGAAGAGAAAAGTATTCATTGGTAAGGAAAA-TACGTTTATAATCTCCCATTCCCTCA
1 AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA-GAAAAGTACATTTATAGTCTCCCATTCCTTCA
* * *
252646 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTGTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* *
252711 TACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTAAATGTTTACCTTTAGAAACTTGAAGAAAAATGCAT
130 TACATTTTTA-TTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAATGCAT
* * * * ***
252776 TTGTTGGTAGGAAAAGTCTATTTACAGCCTCTGATTTGGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
194 TCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * *
252841 TGCTTCTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTATAACAAACGA
259 TGGTTCTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTA
* * *
252906 AAATTGAATGTTTGTCTCC
324 TAATTGAATGTCTGCCT-C
* * * *
252925 AGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCG
1 AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTAC-ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCA
* ** * *
252989 AAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * ** * *
253053 TACATTTTTTGTTAAAATAGTTAATAATTTATTGTTTACCTCT-AGAAACTTGAAGAAAAATGCA
130 TACA-TTTTTATTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCT-TAAGAAACTTGAAGAAAAATGCA
* * *
253117 TTCGTTGGTGAGAAAAATATATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
193 TTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* *
253182 ATGATTCTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACA
258 ATGGTTCTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACA
253243 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 833, Mismatches: 155, Indels: 32
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
341 5 0.01
342 429 0.52
343 296 0.36
344 103 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (341 bp):
AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTT
ACATTTTTATTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACTTGAAGAAAAATGCATTC
GTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
GTTCTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTATA
ATTGAATGTCTGCCTC
Found at i:253197 original size:685 final size:686
Alignment explanation
Indices: 251896--253242 Score: 1849
Period size: 685 Copynumber: 2.0 Consensus size: 686
251886 TTCCGTTTGG
* * * *
251896 AGAAACGTGAAGGAAAATGTATTCATTGGTAAGGAAAGTACATTTATAGTCTCCCATTTCTTCAA
1 AGAAACGTGAAGGAAAATGTATTCATTGGTAAGGAAAATACATTTATAATCTCCCATTCCCTCAA
* * * * *
251961 AATCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTT
66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTGTTT
* * * * *
252026 ATATTTTTGGTTTTAAACAGACAATAATTGAATGTATACCTCTAAAAACTTGAAGAAAAATTCAT
131 ACATTTTTAGTTTAAAACAGACAATAATTAAATGTATACCTCTAAAAACTTGAAGAAAAATGCAT
** * * *
252091 TCGTTGGTGAGAAAAGTCTATTCATTGGCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
196 TCGTTGGTGAGAAAAGTCTATTCACAGCCTCCGATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * *
252156 TGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTCATTAAAACAAACTA
261 TGCTTCTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACGA
* *
252221 TAATTGAATGTCTGCCTCAAGTAACGCGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCA
326 AAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGCGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCA
* ** *
252286 TAGCCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTTTTTACTTGTTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTGAT
391 TAGCCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGAT
* *
252351 TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCACTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTAAAGAAA
456 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCACTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAA
* * * *
252416 CGTAAAAAAAAAAGCATTCAATGGTAAGAAAAGTCCATATATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAGCC
521 CGTAAAAAAAAAAGCATTCAATGGTAAGAAAAATACATATATAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * * * *
252481 TTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTCTAATCACATTATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTT
586 TTATTACTCACTTTAAATGATTCTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTT
*
252546 TTCATTGAAACAGATAATAATTGAATGTTCATCTTC
651 TTCATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTCATCTTC
*
252582 AGAAACGTGAAGAGAAAA-GTATTCATTGGTAAGGAAAATACGTTTATAATCTCCCATTCCCTCA
1 AGAAACGTGAAG-GAAAATGTATTCATTGGTAAGGAAAATACATTTATAATCTCCCATTCCCTCA
*
252646 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTGTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTGTT
* * *
252711 TACATTTTTAG-TTAAAACAGACAATAATTAAATGTTTACCTTTAGAAACTTGAAGAAAAATGCA
130 TACATTTTTAGTTTAAAACAGACAATAATTAAATGTATACCTCTAAAAACTTGAAGAAAAATGCA
* * * **
252775 TTTGTTGGT-AGGAAAAGTCTATTTACAGCCTCTGATTTGGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
195 TTCGTTGGTGA-GAAAAGTCTATTCACAGCCTCCGATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
*
252839 AATGCTTCTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTATAACAAAC
259 AATGCTTCTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAAC
* * * ** * *
252904 GAAAATTGAATGTTTGTCTCCAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATT
324 GAAAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGCGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
252969 TATAGTCTCTCATTCCTTCGAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTG
389 CATAGCCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTG
*** * * * * * **
253034 ATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAG-TTAATAATTTATTGTTTACCTCTA
454 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCACTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTAAA
* * * * ** * * * *
253097 GAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTTGGTGAGAAAAATATATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAA
517 GAAACGTAAAAAAAAAAGCATTCAATGGTAAGAAAAATACATATATAGCCTCCCATTCCTTCAAA
* * *
253162 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTCTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
582 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTCTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTAT
253227 ATTTTTCATTAAAACA
647 ATTTTTCATTAAAACA
253243 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 571, Mismatches: 86, Indels: 9
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
684 4 0.01
685 441 0.77
686 121 0.21
687 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (686 bp):
AGAAACGTGAAGGAAAATGTATTCATTGGTAAGGAAAATACATTTATAATCTCCCATTCCCTCAA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTGTTT
ACATTTTTAGTTTAAAACAGACAATAATTAAATGTATACCTCTAAAAACTTGAAGAAAAATGCAT
TCGTTGGTGAGAAAAGTCTATTCACAGCCTCCGATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
TGCTTCTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACGA
AAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGCGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCA
TAGCCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGAT
TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCACTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAA
CGTAAAAAAAAAAGCATTCAATGGTAAGAAAAATACATATATAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCACTTTAAATGATTCTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTT
TTCATTAAAACAGATAATAATTGAATGTTCATCTTC
Found at i:253914 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 253736--254250 Score: 504
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 169
253726 NNNNNNNNNN
* *
253736 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTAGTAATTAATTTTAAGTTAAAAGTTTTTTACATTTTTAGT
1 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTA-TAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTTACATTTTTAGT
253801 TAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACTCCAGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTTGGTAGGAA
65 TAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACTCCAGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTTGGTA-GAA
*
253866 AAGTCTATTTATAGCCTCCAATTTCGTCAAAAGCCTTATTA
129 AAGTCTATTTATAGCCTCCAATTTCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * ********
253907 CTCGCTTTAAAT-GCTTCTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTT-GAATTTTTTTACNNNNNNNN
1 CTCGCTTTAAATAG-TTTTATAAT-TTATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTTACATTTTTAG
** * * * * *
253969 NNAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGTCTCCAGAAA-TATGAAGAAAAAAAGCATTCATTGGCA
64 TTAAAATAGACAATAATTGAATGTTT-ACTCCAGAAACT-TGAAG-AAAAATGCATTCGTTGG--
* * * * * *
254033 AAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCA-TTCTTTCGAAAGCCTT-TTAA
124 TAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCAATTTC-TTCAAAAGCCTTATT-A
** * *
254079 CTCATTTTAAATAGTTTTATGATTTCATAATTGATTTTAA-TTAAATTTTTTTTACATTTTTAGT
1 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTT-ATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTTACATTTTTAGT
** ** *
254143 TAAAATAGTTAATAATTGAATGTTTACCTTTAGAAACTTGAAGAAAAATACATTCGTTGGTCAGA
65 TAAAATAGACAATAATTGAATGTTTA-CTCCAGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTTGGT-AGA
* * *
254208 AAAGTCTATTCATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
128 AAAGTCTATTTATAGCCTCCAATTTCTTCAAAAGCCTTATTA
254250 C
1 C
254251 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 62, Indels: 36
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 33 0.12
170 19 0.07
171 84 0.32
172 82 0.31
173 45 0.17
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTTTACATTTTTAGTT
AAAATAGACAATAATTGAATGTTTACTCCAGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTTGGTAGAAAA
GTCTATTTATAGCCTCCAATTTCTTCAAAAGCCTTATTA
Found at i:254073 original size:172 final size:159
Alignment explanation
Indices: 253802--254130 Score: 297
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
253792 ATTTTTAGTT
* * * * **
253802 AAAATAGACAATAATTGAATGTTTACTCCAGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTTGGTAGGAAA
1 AAAACAGACAATAATTGAATGTTTACTCCAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGAAAAAAA
* *
253867 AGTCTATTTATAGCCTCCAATTTCGTCAAAAGCCTTATT-ACTCGCTTTAAAT-GCTTCTATAAT
66 AGTCCATTTATAGCCTCCAATTTCGTCAAAAGCCTT-TTAACTCACTTTAAATAG-TTCTATAAT
* *
253930 CTCATAATTGATTTTAGTTGAATTTTTTTAC
129 CTCATAATTGATTTTAATTAAATTTTTTTAC
* *
253961 NNNNNNNNNNAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGTCTCCAGAAA-TATGAAGAAAAAAAGCATT
1 ----------AAAACAGACAATAATTGAATGTTT-ACTCCAGAAACT-TGAAG-AAAAAAGCATT
* * * * *
254025 CATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCA-TTCTTTCGAAAGCCTTTTAACTCATTTTAA
53 CATTGG-AAAAAAAAGTCCATTTATAGCCTCCAATTTC-GTCAAAAGCCTTTTAACTCACTTTAA
* * *
254089 ATAGTTTTATGATTTCATAATTGATTTTAATTAAATTTTTTT
116 ATAGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAATTAAATTTTTTT
254131 TACATTTTTA
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 20, Indels: 11
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 23 0.17
170 14 0.11
171 20 0.15
172 75 0.56
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (159 bp):
AAAACAGACAATAATTGAATGTTTACTCCAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGAAAAAAA
AGTCCATTTATAGCCTCCAATTTCGTCAAAAGCCTTTTAACTCACTTTAAATAGTTCTATAATCT
CATAATTGATTTTAATTAAATTTTTTTAC
Found at i:254953 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 254351--255278 Score: 570
Period size: 171 Copynumber: 5.4 Consensus size: 169
254341 NNNNNNNNNN
* * *
254351 ATTATTAACTATTTTAATAAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
1 ATTATTAACTATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAA
* * * * *
254416 ACTATTTTAAATGAGTAAAAAAGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATATGGACTTTTCTTAGCA
65 ACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCA
*
254481 ATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGAAAAACATTCA
130 ATGAATGCTTTTTTCTTCAAGTTT-TTGAGAAAAACATTCA
* *
254522 ATTATTAACTATTTTAGCAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAA
1 ATTATTAACTATTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAA
********** *
254587 -TCATTTAAAATGAGTNNNNNNNNNNTTGAAGGAATGAGAGACTATAAA-AGGACTTTTCTTGCC
66 CT-ATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATA-GACTTTTCTTACC
* * *
254650 AATGAATGCTTTTTTCTTC-ATTTTTCTCAAGACAAACATGT-A
129 AATGAATGCTTTTTTCTTCAAGTTTT-T-GAGAAAAACAT-TCA
* * * ** ** ** *
254692 ATTA-TAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCCGCTTAAAATCAATTATTTGATTGTCA
1 ATTATTA-ACTATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAA
********** * * * *
254756 AACTATNNNNNNNNNNTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATAGACTTTTCTCACC
64 AACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACC
* * * **
254821 AACGAATGC-ATTTTCATCAAGTTTTTGGAGGTAAACATTCA
129 AATGAATGCTTTTTTCTTCAAGTTTTT-GAGAAAAACATTCA
* * * *
254862 ATTATTAACTATTTTAACAAAAAGTGTAAAAAAAATTCAACCTAAAATGAATTATGATATCATAA
1 ATTATTAACTATTTTAACAAAAA-TAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAA
* * ********** *
254927 AA-TCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGAATAAGAGACNNNNNNNNNNCTTTTCTTGC
64 AACT-ATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
* * *
254991 CAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGAAAAACATTTA
128 CAATGAATGCTTTTTTCTTCAAGTTT-TTGAGAAAAACATTCA
* * ********** *
255034 ATTA-TAGTA-TGTTTTAATGAAAANNNNNNNNNNATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-
1 ATTATTA--ACTATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATA
* ** * * *
255096 AGACTCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGATA-GAATTG-GAGGCTATAAATAGACTTTTCC
63 AAACT-ATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGA-AGGAA-TGAGAGACTATAAATAGACTTTTCT
** * * ** *
255159 TGTCAACGAATG-TATTTTTCTTCAAGTTTCTAGAGTTAAACATTGA
125 TACCAATGAATGCT-TTTTTCTTCAAGTTT-TTGAGAAAAACATTCA
** * * * * *
255205 ATTATTGTCTATTTTAACTTAAAATGTAAAACAAATTTAACTTAAAATCAATTACT-AAATTATA
1 ATTATTAACTATTTTAAC-AAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATCATA
255269 AAACTATTTA
63 AAACTATTTA
255279 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 553, Mismatches: 174, Indels: 59
0.70 0.22 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 13 0.02
170 164 0.30
171 295 0.53
172 69 0.12
173 11 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
ATTATTAACTATTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAA
CTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAA
TGAATGCTTTTTTCTTCAAGTTTTTGAGAAAAACATTCA
Found at i:255087 original size:342 final size:331
Alignment explanation
Indices: 254438--255056 Score: 697
Period size: 342 Copynumber: 1.8 Consensus size: 331
254428 GAGTAAAAAA
* * * * * * * * *
254438 GCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATATATGGACTTTTCTTAGCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGT
1 GCTTTTGAAGGAATCAGAGACTATAAATAGACTTTTCTCACCAACGAATGCTATTTTCATCAAGT
* *
254503 TTCTTGAGAAAAACATTCAATTATTAACTATTTTAGCAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAAT
66 TTCTTGAGAAAAACATTCAATTATTAACTATTTTAACAAAAATATAAAAAAAATCAACCTAAAAT
********** *
254568 CAATTATGAGATCATAAAATCATTTAAAATGAGTNNNNNNNNNNTTGAAGGAATGAGAGACTATA
131 CAATTATGAGATCATAAAATCATTTAAAATGAGTAAAAAAGGCTTTGAAGGAATAAGAGACTATA
* *
254633 AAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATTTTTCTCAAGACAAACATGTAATTATA
196 AAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGAAAAACATGTAATTATA
*
254698 GTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCCGCTTAAAATCAATTATTTGATTGTCAAACTATN
261 GTATGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCCGCTTAAAATCAATTATTTGATTGTCAAACTAT-
254763 NNNNNNNNNTAATAAG
325 ---------TAATAAG
*
254779 GCTTTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATAGACTTTTCTCACCAACGAATGC-ATTTTCATCAAGT
1 GCTTTTGAAGGAATCAGAGACTATAAATAGACTTTTCTCACCAACGAATGCTATTTTCATCAAGT
** *
254843 TT-TTGGAGGTAAACATTCAATTATTAACTATTTTAACAAAAAGTGTAAAAAAAATTCAACCTAA
66 TTCTT-GAGAAAAACATTCAATTATTAACTATTTTAACAAAAA-TATAAAAAAAA-TCAACCTAA
* *
254907 AATGAATTATGATATCATAAAATCATTTAAAATGAGT-AAAAAGGCTTTCGAAGGAATAAGAGAC
128 AATCAATTATGAGATCATAAAATCATTTAAAATGAGTAAAAAAGGCTTT-GAAGGAATAAGAGAC
********** *
254971 NNNNNNNNNNCTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCT-AGAGAAAAACATTTAA
192 TATAAAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGAAAAACATGTAA
255035 TTATAGTATGTTTTAATGAAAA
256 TTATAGTATGTTTTAATGAAAA
255057 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 41, Indels: 9
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.01
340 46 0.20
341 57 0.25
342 127 0.55
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (331 bp):
GCTTTTGAAGGAATCAGAGACTATAAATAGACTTTTCTCACCAACGAATGCTATTTTCATCAAGT
TTCTTGAGAAAAACATTCAATTATTAACTATTTTAACAAAAATATAAAAAAAATCAACCTAAAAT
CAATTATGAGATCATAAAATCATTTAAAATGAGTAAAAAAGGCTTTGAAGGAATAAGAGACTATA
AAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGAAAAACATGTAATTATA
GTATGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCCGCTTAAAATCAATTATTTGATTGTCAAACTATT
AATAAG
Found at i:256645 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 256042--257078 Score: 679
Period size: 171 Copynumber: 6.1 Consensus size: 168
256032 NNNNNNNNNN
* * * * **
256042 AAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATGAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTC
1 AAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTCCTTACCAATGAAT-ACTTTTTCTTC
* * * * * * * *
256107 ATGTTACTTGAGGCAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAAAGAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTT
65 ACGTTTC-TCAAGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
********** * * *
256172 AAAATNNNNNNNNNNATTATAGAACTATTTAAAGCGAG-AA
129 -AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
* * * * * * * *
256212 ATAAGGCTTTCGACGGAATCG-GAGCCAATAAATAGACTTTTCTCACCAACGAATGAATTTTTCT
1 A-AAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGAGACTATAAATAGACTTTCCTTACCAATGAAT-ACTTTTTCT
********** * * * * * * *
256276 TCANNNNNNNNNNGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTAAAATAAAAAATATAAAAAAATTTAA
63 TCA-CGTTTCTCAAGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTT-TAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * *
256341 CTTCAAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAA
126 CTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
* * * * *
256385 TAAGGATTTTGAAGAAATGGGAGACTATAAAT-GTACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTCCTT
1 AAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAG-ACTTTCCTTACCAATGAATACTTTTT-CTT
********* * * * *
256449 CACGTTTCTNNNNNNNNNNATTCAATTATAGTATGTTTCAATGAAAAATATAAAAAGATTCAACT
64 CACGTTTCT-CAAGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* *
256514 TAAAATTATTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
128 T-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
* * *
256556 AAAGGCTTTTGAAGGAATGA-AGGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAAATGTA-TTTTTCT
1 AAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA-GACTATAAATAGACTTTCCTTACCAATGAA--TACTTTTTCT
*
256619 TCACGTTTCTCAAAGCAGACATTCAATTATCA-TCTGTTTTAATG-AAAATGCAAAAAAATTCAA
63 TCACGTTTCTC-AAGCAGACATTCAATTAT-AGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * **********
256682 CTTAAATTCAATTATTAGATTATAAAACTATTTNNNNNNNNNNA
126 CTTAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
* * * * *
256726 TAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAGATTATAAATAGACTTTCCTTATCAAGGAATACTTTTCTCTTC
1 AAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTCCTTACCAATGAATACTTTT-TCTTC
** * * *
256791 ACCCTTCTCAAGACGGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAATATTCAGCT
65 ACGTTTCTCAAG-CAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * *
256855 TAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAATGTGTAA
128 T-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
* * * *
256897 AAAGGCTTTTAAAGGAATGGGAGACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTCTTC
1 AAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTCCTTACCAATGAATAC-TTTTTCTTC
* * * * * *
256962 -CAGTTTCTCGAGGTAAATATTCAATTATAGTTTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAA-T----T
65 AC-GTTTCTC-AAGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
*
257021 T-AA-C--TTATGAGATTATAGAACCATTTAAAACGAGTAA
128 TAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
257058 AAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
1 AAAGGCTTTTGAAGGAATGAG
257079 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 673, Mismatches: 167, Indels: 63
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 48 0.07
163 1 0.00
164 2 0.00
166 2 0.00
168 2 0.00
169 10 0.01
170 130 0.19
171 348 0.52
172 126 0.19
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (168 bp):
AAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTCCTTACCAATGAATACTTTTTCTTCA
CGTTTCTCAAGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
Found at i:256757 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 256557--256886 Score: 357
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
256547 AACGAGTAAA
* * *
256557 AAGGCTTTTGAAGGAATGAAGGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAAATGTA-TTTT-TCTT
1 AAGGCTTTTGAAAGAATGAAGGACTATAAATAGACTTTCCTTATCAAGAAA--TACTTTTCTCTT
**
256620 CACGTTTCTCAA-AGCAGACATTCAATTATCATCTGTTTTAATG-AAAATGCAAAAAAATTCAAC
64 CACCCTTCTCAAGA-CAGACATTCAATTATCATCTGTTTTAATGAAAAATGCAAAAAAATTCAAC
* *
256683 TTAAATTCAATTAT-TAGATTATAAAACTATTTNNNNNNNNNNAT
128 TTAAAATCAATTATGT-GATTATAAAACCATTT----------AT
* *
256727 AAGGCTTTTGAAAGAATG-AGAGATTATAAATAGACTTTCCTTATCAAGGAATACTTTTCTCTTC
1 AAGGCTTTTGAAAGAATGAAG-GACTATAAATAGACTTTCCTTATCAAGAAATACTTTTCTCTTC
* * * * *
256791 ACCCTTCTCAAGACGGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAATATTCAGCTT
65 ACCCTTCTCAAGACAGACATTCAATTATCATCTGTTTTAATGAAAAATGCAAAAAAATTCAACTT
256856 AAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTA
130 AAAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTA
256887 AAATGTGTAA
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 14, Indels: 21
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
168 2 0.01
169 6 0.04
170 84 0.60
171 46 0.33
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
AAGGCTTTTGAAAGAATGAAGGACTATAAATAGACTTTCCTTATCAAGAAATACTTTTCTCTTCA
CCCTTCTCAAGACAGACATTCAATTATCATCTGTTTTAATGAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTATGTGATTATAAAACCATTTAT
Found at i:257855 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 257533--257857 Score: 372
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
257523 NNNNNNNNAT
* * * * * *
257533 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAGTG
1 TATGAGATTATAAAATCACTTAAAACGAGTAAAAACGCTTTTGAAGAAATGAGAGACTATAAATA
* * * * *
257598 GACTTTTCTTACCAATAAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTGCAGTCT
66 GACTTCTCTTACCAACAAATGCATTTTTCTTCATATTTCTGAAGGCAAACATTCAATTGCAGTCT
*
257663 GTTTTAATAAAACATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAC
131 ATTTTAATAAAACATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAC
* * *
257704 TATGAGATTATAGAATCACTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGACA-AATATG-GAGACTATAAA
1 TATGAGATTATAAAATCACTTAAAACGAGTAAAAACGCTTTTGA-AGAA-ATGAGAGACTATAAA
* * * * * **
257767 TAGACTTCTCTTCCCAACAAATGCATTTTTCTTTA-AGTTTCTGGAGGTAAACATTTAATTATTA
64 TAGACTTCTCTTACCAACAAATGCATTTTTCTTCATA-TTTCTGAAGGCAAACATTCAATT-GCA
257831 -TCTATTTTAACTAAAA-ATGTAAAAAAA
127 GTCTATTTTAA-TAAAACATGTAAAAAAA
257858 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 22, Indels: 10
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.01
171 116 0.91
172 10 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TATGAGATTATAAAATCACTTAAAACGAGTAAAAACGCTTTTGAAGAAATGAGAGACTATAAATA
GACTTCTCTTACCAACAAATGCATTTTTCTTCATATTTCTGAAGGCAAACATTCAATTGCAGTCT
ATTTTAATAAAACATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAC
Found at i:259073 original size:343 final size:332
Alignment explanation
Indices: 258472--259235 Score: 710
Period size: 343 Copynumber: 2.2 Consensus size: 332
258462 AAGTCCGTTT
* * * ** *
258472 ATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATTTTTTTATGATCTCATAATTGA
1 ATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGACTTTTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* *** *
258537 TTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGTTAATAATTGAATGTTTAGCTCCAGAA
66 TTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAACAATAATTGAATGTTTACCTCCAGAA
* * * * *
258602 ACTCAAAGAAAAATACATTCGTTGGAGAGAAAATTCTATTTATAGCCTTTGATTCCTTCACAATC
131 ACTCAAAGAAAAATACATTCGTTGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTAATTCCTTCAAAAGC
* * ********** *
258667 TTTATTACTCGCTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNATAACTGATTTTAAGTTAAATTTGTTTACATT
196 CTTATTACTCGCTTTAAATGATTCTATAATATCATAACTGATTTGAAGTTAAATTTGTTTACATT
* * * * *
258732 TTTCATTGAAACAGACAACAATTGAATGTCCATCT-TGAGAAACGTGAAGAGAAAAGTATTCATT
261 TTTCATTAAAACAGACAACAATTAAATGTCCATCTCT-AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATT
258796 GGCAAGAA
325 GGCAAGAA
* *
258804 ANNNNNNNNNNTAGTCTCTCATTCTTTCAAAA-ACTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
1 A----------TAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGACTTT-TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
258868 CT-AGTAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTCTACATTTTTTGTTAAAATAAACAATAATTGAATG
55 CTCA-TAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTT-TACATTTTTTGTTAAAATAAACAATAATTGAATG
* * * * **
258932 TTTACCTCTAGAAACTCGAAGAAAAATGCATTCGTTTGCTAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTAA
118 TTTACCTCCAGAAACTCAAAGAAAAATACATTCGTTGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTAA
* * * * *
258997 TT-CTGTCAAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATGATTCTATAATATCATAATTGATTTGAATTTG
183 TTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTCTATAATATCATAACTGATTTGAAGTTA
* ** * * ***
259061 AATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTGTCTCTAGAAACATGAAGAA
247 AATTTGTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAACAATTAAATGTCCATCTCTAGAAACATGAAGAA
*
259126 AAAAGCATTCATTGGCATGAAAAGTCCATTT
312 AAAAGCATTCATTGGC-----AAG---A--A
* * * *
259157 ATAGTCTCTCATTCCTTCGAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAAT-GATTTTACAATCTCATAATTG
1 ATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGACTTTTTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTG
*
259221 ATTTTAAGTTGAATT
65 ATTTTAAGTTAAATT
259236 TTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 341, Mismatches: 63, Indels: 45
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
332 1 0.00
341 5 0.01
342 69 0.20
343 255 0.75
344 6 0.02
348 3 0.01
351 1 0.00
353 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (332 bp):
ATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGACTTTTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAACAATAATTGAATGTTTACCTCCAGAA
ACTCAAAGAAAAATACATTCGTTGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTAATTCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCGCTTTAAATGATTCTATAATATCATAACTGATTTGAAGTTAAATTTGTTTACATT
TTTCATTAAAACAGACAACAATTAAATGTCCATCTCTAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTG
GCAAGAA
Found at i:259150 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 258445--259238 Score: 532
Period size: 171 Copynumber: 4.6 Consensus size: 170
258435 NNNNNNNNNN
* * * **
258445 GCATTCATTGG-TAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTT-TTTACTCAT
1 GCATTCATTGGCT-AGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATT-CTTCAAAAGCCTTATTT-CTCGC
** * *
258508 TTTAAATTTTTTTATGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTT-TACATTTTTTGTTAAAA
63 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTCTACATTTTTTGTTAAAA
* *** * * * *
258572 TAGTTAATAATTGAATGTTTAGCTCCAGAAACTCAAAGAAAAATA
127 CAAACAATAATTAAATGTTTACCTCTAGAAACTCGAAGAAAAA-A
* ** * * * * * * * *
258617 -CATTCGTTGGAGAGAAAATTCTATTTATAGCCTTTGATTCCTTCACAATCTTTATTACTCGCTT
1 GCATTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATT-CTTCAAAAGCCTTATTTCTCGCTT
* ********** * * ** *
258681 TAAATGGTTNNNNNNNNNNATAACTGATTTTAAGTTAAATTTGTT-TACATTTTTCATTGAAACA
65 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTCTACATTTTTTGTTAAAACA
* * * ** * *
258745 GACAACAATTGAATGTCCATCT-TGAGAAACGT-GAAGAGAAAA
129 AACAATAATTAAATGTTTACCTCT-AGAAAC-TCGAAGAAAAAA
* * ********** * * * *
258787 GTATTCATTGGCAAGAAANNNNNNNNNNTAGTCTCTCATTCTTTCAAAAACTTTATTACTCGCTT
1 GCATTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTC-TTCAAAAGCCTTATTTCTCGCTT
*
258852 TAAAT-AGTTTTATAATCT-AGTAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTCTACATTTTTTGTTAAAA
65 TAAATGA-TTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTCTACATTTTTTGTTAAAA
* * *
258915 TAAACAATAATTGAATGTTTACCTCTAGAAACTCGAAGAAAAAT
127 CAAACAATAATTAAATGTTTACCTCTAGAAACTCGAAGAAAAAA
* * * * *
258959 GCATTCGTTTGCTAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTAATTCTGTCAAAAGCCTTATTTCTTGCTT
1 GCATTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCT-TCAAAAGCCTTATTTCTCGCTT
* * * * * *
259024 TAAATGATTCTATAATATCATAATTGATTTGAATTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
65 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTTGTTAAAACAA
* **
259089 ACTATAATTAAATGTTTGTCTCTAGAAACAT-GAAGAAAAAA
130 ACAATAATTAAATGTTTACCTCTAGAAAC-TCGAAGAAAAAA
* * **
259130 GCATTCATTGGC-ATGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCGAAAGCCTT-TTTACTCAT
1 GCATTCATTGGCTA-GAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATT-CTTCAAAAGCCTTATTT-CTCGC
*
259193 TTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
63 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
259239 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 474, Mismatches: 128, Indels: 41
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.02
171 335 0.71
172 128 0.27
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
GCATTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCTTCAAAAGCCTTATTTCTCGCTTT
AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTTGTTAAAACAAA
CAATAATTAAATGTTTACCTCTAGAAACTCGAAGAAAAAA
Found at i:260307 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 259995--260325 Score: 393
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
259985 NNNNNNNNNN
* * * **
259995 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGTTAATAATTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAACTAATAATTGA
* * * * ** * *
260060 ATGTTTACCTTCAGAAATCTGAAGAAAAATGCATCCGTTGATGAGAAAAGTCTATTTATAGGCTC
66 ATGTCTACCTTCAGAAATCTGAAGAAAAAAGAATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTCATAAGCTC
*
260125 CAATTCCTTCAAAAGGCTTAGTACTCGTTTTAAATGGTTCTA
131 CAATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGTTTTAAATGGTTCTA
*
260167 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATATTTTTTACATTTTTTATTAAAAAAACT-ATAATTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAACTAATAATTGA
* * * * *
260230 ATGTCTGCC-TCGAGTAA-CATGAAGAAAAAAGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTCATAATC
66 ATGTCTACCTTC-AGAAATC-TGAAGAAAAAAGAATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTCATAAGC
* **
260293 TCTC-ATTTCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGTTTT
129 TC-CAATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGTTTT
260326 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 23, Indels: 8
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.02
170 80 0.60
171 26 0.20
172 24 0.18
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (172 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAACTAATAATTGA
ATGTCTACCTTCAGAAATCTGAAGAAAAAAGAATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTCATAAGCTC
CAATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCGTTTTAAATGGTTCTA
Found at i:262071 original size:76 final size:78
Alignment explanation
Indices: 261938--262083 Score: 197
Period size: 76 Copynumber: 1.9 Consensus size: 78
261928 AAGAAACATG
* * * *
261938 AAGAAAAAAGCATTTATTGGCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTATCTCAATCCTTCAAAAGCGT
1 AAGAAAAAAGCATTCATTGG-AGCAAGAAAAGTCCATTCATAATATCTCAATCCTTCAAAAGCCT
262003 TTTTAGTCATTGGC
65 TTTTAGTCATTGGC
* * * *
262017 AAGAAAAAAGCATTCATTGG-G-AAGAAAAGTCTATTCATAATCTCTCATTTCTTCAAAAGCCTT
1 AAGAAAAAAGCATTCATTGGAGCAAGAAAAGTCCATTCATAATATCTCAATCCTTCAAAAGCCTT
262080 TTTA
66 TTTA
262084 CTCGTTTTNN
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 8, Indels: 3
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
76 39 0.66
77 1 0.02
79 19 0.32
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (78 bp):
AAGAAAAAAGCATTCATTGGAGCAAGAAAAGTCCATTCATAATATCTCAATCCTTCAAAAGCCTT
TTTAGTCATTGGC
Found at i:263579 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 263275--264210 Score: 817
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 170
263265 NNNNNNNNNN
* * * *
263275 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * *
263340 GTTCTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTGTTTACATTTTTTAATAAAATAGACTATA
66 GTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTCATTAAAATAGACAATA
*
263405 ATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
130 ATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * * * * * * **
263446 ATTGGTAAGAAAAGTTCATATATAGTGTCTCAATGCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATG
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * * * *
263511 GTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGCTGAATCTTTTTACATTTTTCATTGAAACAGAAAATA
66 GTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACAATA
* *** * * *
263576 ATTGAATGCCCATCTTGAGAAACGTGAAGAGAAAAGTATTC
130 ATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * * *
263617 ATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCTCCCTTTCCTAT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAN
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
********** * * * **
263681 NNNNNNNNNTTCTAATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACA
65 GGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA---ATTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACA
* * * * * *
263746 ACAATTGAATGTTTACCTTC-AGTAA-GTTGAA-AAAAATGCATTT
127 ATAATTGAATGTCTGCC-TCGAGAAACG-TGAAGAAAAAAGCATTC
* * * **
263789 GTTGGCAAGAAAAATCTATTTATACCCTC-CGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
263853 GGTTCTATAATATCAGAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATA-TTTTCATTAAAACAGACTAT
65 GGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTCATTAAAATAGACAAT
* * * * *
263917 AATTGAATGTTTGTCTCGAGAAACATGAAG-AAAGAGTATTC
129 AATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* * * *
263958 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * *** * **
264023 GTTTTGTGATCTCATAATTGATTTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTAGGTCAAAATAGTTAA
66 GTTCTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACAA
* * *
264088 TAATTGAATGT-TGACCTCTAGAAACTTGAAGAAAAATGCATTC
128 TAATTGAATGTCTG-CCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
* *** ** * * *
264131 GTTGATGAGAAAAGTTTATTTATAGGCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
264196 GTTCTATAATCTCAT
66 GTTCTATAATCTCAT
264211 NNNNNNNNNN
Statistics
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174 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
GTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACAATAA
TTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTC
Found at i:264168 original size:342 final size:341
Alignment explanation
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263265 NNNNNNNNNN
*
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1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAATA
* * * *
263340 GTTCTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT-AAATTTGTTTACATTTTTTAATAAAATAGACT-A
66 GTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA--TTTTAGTAAAATAGA-TAA
* * * * * *
263403 TAATTGAATGTCTG-CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATAT
128 TAATTGAATGT-TGACCTCTAGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTTGGTAAGAAAAGTTTATTT
* * * * ** * *
263467 ATAGTG-TCTCAATGCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTG
192 ATAG-GCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATATCACAATTG
* *
263531 ATTTTAAGCTGAATCTTTTTACATTTTTCATTGAAACAGAAAATAATTGAATGCCCATCTTGAGA
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*
263596 AACGTGAAGAGAAAAGTATTC
321 AACATGAAGAGAAAAGTATTC
* * * * * *
263617 ATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCTCCCTTTCCTAT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAN
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCT-TCAAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAAT
********** * * * * *
263681 NNNNNNNNNTTCTAATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACA
65 AGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTTACA-TTTTAG-TAAAATAGATA
* * * * * * * *
263746 ACAATTGAATGTTTACCT-TCAGTAAGTTGAA-AAAAATGCATTTGTTGGCAAGAAAAATCTATT
127 ATAATTGAATGTTGACCTCT-AGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTTGGTAAGAAAAGTTTATT
** * *
263809 TATACCCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATATCAGAATTG
191 TATAGGCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATATCACAATTG
* * ** ****
263874 ATTTTAAGTTGAAT-TCTTTTATA-TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTGTCTCGAG
256 ATTTTAAGCTGAATCT-TTTTACATTTTTCATTAAAACAGAAAATAATTGAATGCCCATCTCGAG
*
263937 AAACATGAAGA-AAGAGTATTC
320 AAACATGAAGAGAAAAGTATTC
*
263958 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAATA
1 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAATA
* * * *
264023 GTTTTGTGATCTCATAATTGATTTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTAGGTCAAAATAGTTAA
66 GTTCTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTA-GT-AAAATAGATAA
* *
264088 TAATTGAATGTTGACCTCTAGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTTGATGAGAAAAGTTTATTTA
128 TAATTGAATGTTGACCTCTAGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTTGGTAAGAAAAGTTTATTTA
*
264153 TAGGCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAAT
193 TAGGCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAAT
264206 CTCATNNNNN
Statistics
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ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAATA
GTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTAGTAAAATAGATAATAA
TTGAATGTTGACCTCTAGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAG
GCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATATCACAATTGATTTT
AAGCTGAATCTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAAAATAATTGAATGCCCATCTCGAGAAACAT
GAAGAGAAAAGTATTC
Found at i:264861 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 264781--264891 Score: 168
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264771 GGCAAGAAAA
* * * *
264781 GTCTATTTATGGCCTTCGATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCCTTAAATG
1 GTCTATTTATAGCCTCCGATTTCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATG
*
264833 GTCTATTTATAGCCTCCGATTTCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
1 GTCTATTTATAGCCTCCGATTTCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATG
264885 GTTCTAT
1 G-TCTAT
264892 AATCTAATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.23, C:0.22, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (52 bp):
GTCTATTTATAGCCTCCGATTTCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAATG
Found at i:265046 original size:223 final size:225
Alignment explanation
Indices: 264632--265046 Score: 547
Period size: 223 Copynumber: 1.9 Consensus size: 225
264622 TCTCATTTTT
* * *
264632 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTCTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTA
* * * *
264697 TTTTTACACTTTTAGTTAAAATAGATACTAATTGAATGTTTACCTCTAAAAACTTGAAGAAAAAT
66 TTTTTACACTTTTAGTTAAAAGAAATACTAATTGAATGTCTACCTCTAAAAACTTGAAGAAAAAA
* * * *
264762 GCAATCGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATGGCCTTCGATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCCT
131 GCAATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATGGCCTTCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCCT
264827 TAAATGGTCTATTTATAGCCTCCGATTTCG
196 TAAATGGTCTATTTATAGCCTCCGATTTCG
*
264857 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AA-TTA
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTCTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTA
* **
264920 TTTTTACA-TTTCTCA-TTAAAAGAAACTA-TAATTGAATGTCTGCCTCTAGTAA-TATGAAGAA
66 TTTTTACACTTT-T-AGTTAAAAGAAA-TACTAATTGAATGTCTACCTCTAAAAACT-TGAAGAA
* * * * * *
264981 AAAAGTATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCTTTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACT
127 AAAAGCAATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCAT-GGCCTTCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
265045 TG
191 TG
265047 TTTTAAATAG
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 21, Indels: 12
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.12, T:0.40
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TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTCTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTA
TTTTTACACTTTTAGTTAAAAGAAATACTAATTGAATGTCTACCTCTAAAAACTTGAAGAAAAAA
GCAATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATGGCCTTCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCCT
TAAATGGTCTATTTATAGCCTCCGATTTCG
Found at i:265151 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 264857--266842 Score: 1656
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264847 TCCGATTTCG
* * *
264857 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AATTAT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-T
* * * * * **
264921 TTTTACATTTCTCATTAAAAGAAACTATAATTGAATGTCTGCCTCTAGTAATATGAAGAAAAAAG
65 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAG
* * * *
264986 TATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCTTTCATTCCT
130 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCT
* * * * * * * *
265028 TCAAAAGCCTTTTTACTTGTTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATCGATTTGAAGTTAAATTTG
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* *
265093 TTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAAG
66 TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAG-AAAAAAG
* * *
265158 CATTCATTGGTACGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCAATT-CT
130 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCT
* * * * * * * *
265200 TCGAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTCTAATCTCACAATTAATTTTGAGTTGAATATT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * ** * * *
265265 TTTACATTTTTCATTGAAACATACAACAATTGAATGACTATCTTGAGAAACGTGAAGAGAAAAGT
66 TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGC
*
265330 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCT
131 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCT
* * * * *
265371 TCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATTGTTTTATAAT-TTAGTAATTGATTTTAAATTGAATGT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAAT-T
* * * * ** * * *
265435 TTTTTACATTTTT-AGTTAAAATAGACAATAATAGAATGTTTATCTCTAGACACTTGAAGAAAAA
64 TTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA
* ** ** * * * * *
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128 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCT
* * * *
265543 TCAAAAGCCTTATTACTCGTATTAAATGATTCTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * * * * *
265608 TTTACATGTTTCATTAAAAGAGACTGTAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAACC
66 TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGC
* * *
265673 ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCTTTCATTCCT
131 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCT
** * * * * * * *
265714 TTGAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATGATCTCATAATTGACTTTAATTTTAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * *
265779 TTTAAATTTTTTATTAAAATAGACGT-TAATTGAATGTCTGCCTTC-AGAAACTTGAA-AAAAAA
66 TTTACATTTTTCATTAAAACAGAC-TATAATTGAATGTCTGCC-TCGAGAAACGTGAAGAAAAAA
* ** * * *
265841 GTATTCATTGATAAGAAATGTCCATATATAATCTCTCATTCCT
129 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCT
* * ** * *
265884 GT-AAAAGCGTTTTTACTTATTTTAAACTGG-GTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATC
1 -TCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
265947 TTTTTATATTTTTCATTGAAACAGA-TAACAATTGAATGT-TCGTCTTGAGAAACGTGAAGAGAA
64 TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCT-GCCTCGAGAAACGTGAAGA-AA
* * * * *
266010 AAA-TATTCATTTGCAAGAAAAGTCCGTGTATAGTCTGC-CATTCTT
126 AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CTCATTCCT
* * *
266055 TCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT-AGTAATTGATTTTAAGTTGAATTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * ** *
266119 GTTTTACATTTTT-AGTTAAAAGAGACAATAATTGAATGTTTACCTTTA-AAAAGTTGAAGAAAA
65 -TTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACG-TGAAGAAAA
* * * * * * * * *
266182 ATGCATTCGTTTGCAAGAAAAATCTATTTATTGCCTCTGATTCCG
127 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCT
* * * * ********** *
266227 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTCTATAATCTCATAACTGATTTNNNNNNNNNNTTG
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * *
266292 TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCAGT-AAGAAATGTGGAGAAAAAAG
66 TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGC-CTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAG
* *
266356 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTGCT
130 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCT
* * * * **********
266398 TAAAAAGCCTTTTTGCTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATCTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TT
** * * * ** ** *
266463 TTTT-CATTTTTGGTTAAAATAG-TTAATAATTGAATGTTTATCTCTCGAAACTTGAAGAAAAAT
65 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAA-
* ** * *
266526 A-CATTCGTTGGTGAGAAAAGTCTATTTATAGGCTC-CGATTCCT
128 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTC-ATTCCT
* ********** * * *
266569 TCAAAAGGCTTATTNNNNNNNNNNAATGGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTATTTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * * **
266634 TTTATATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGCAATATGAAGAAAAAAGC
66 TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGC
* * * *
266699 TTTCATTGGCATGAAAAGTCCATTCATAGTCTCTCATTGCT
131 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCT
* * * * *
266740 TCAAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTAAATATT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
266805 TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
66 TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
266843 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1417, Mismatches: 355, Indels: 86
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 2 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
TTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGC
ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCT
Found at i:265520 original size:343 final size:341
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Indices: 264857--266842 Score: 1679
Period size: 343 Copynumber: 5.8 Consensus size: 341
264847 TCCGATTTCG
** *
264857 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AATTAT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TAT
* * * * * * * **
264921 TTTTACATTTCTCATTAAAAGAAACTATAATTGAATGTCTGCCTCT-AGTAATATGAAGAAAAAA
65 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAACAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACGTGAAGAAAAAA
* * * * * *
264985 GTATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTTGTTT
129 GTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * *
265050 TAAATAGTTCTATAATCTCATAATCGATTTGAAGTTAAATTTGTTTACATTTTTCATTAAAATAG
194 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAATAG
* * * * * *
265115 ACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAAGCATTCATTGGTACGAAAAGTCC
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* * * * * * *
265200 TCGAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTCTAATCTCACAATTAATTTTGAGTTGAATATT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
* * * * *
265265 TTTACATTTTTCATTGAAACATACAACAATTGAATGACTATCTTGAGAAACGTGAAGAGAAAAGT
66 TTTACATTTTTCATTAAAACAGACAACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGT
* *
265330 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTA
131 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * *
265395 AATTGTTTTATAAT-TTAGTAATTGATTTTAAATTGAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAG
196 AATAGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTA-TTAAAATAG
* * * * * ** ** *
265459 ACAATAATAGAATGTTTATCTCTAGACACTTGAAGAAAAATGCATTTGTTTCCAAGAAAAGTCTA
258 ACAATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * *
265524 TTTATAGCCTTTGATTCCG
323 TATATAGTCTCTCATTCCT
* * * * *
265543 TCAAAAGCCTTATTACTCGTATTAAATGATTCTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
* * *** * * **
265608 TTTACATGTTTCATTAAAAGAGACTGTAATTGAATGTTTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAACC
66 TTTACATTTTTCATTAAAACAGACAACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGT
* * * ** * **
265673 ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCTTTCATTCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCATTTTA
131 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
265738 AATAGTTTTATGATCTCATAATTGACTTTAATTTTAATTTTTTTAAATTTTTTATTAAAATAGAC
196 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAATAGAC
** * * ** *
265803 GTTAATTGAATGTCTGCCT-TCAGAAACTTGAA-AAAAAAGTATTCATTGATAAGAAATGTCCAT
260 AATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
*
265866 ATATAATCTCTCATTCCT
324 ATATAGTCTCTCATTCCT
* * * * *
265884 GT-AAAAGCGTTTTTACTTATTTTAAACTGGGT-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATC
1 -TCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAA-TGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATA
* * *
265947 TTTTTATATTTTTCATTGAAACAGATAACAATTGAATGT-T-CGTCTTGAGAAACGTGAAGAGAA
64 TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAACAATTGAATGTCTAC--CTTGAGAAACGTGAAGA-AA
* * * * * *
266010 AAA-TATTCATTTGCAAGAAAAGTCCGTGTATAGTCTGCCATTCTTTCAAAACCCTTATTACTCG
126 AAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
266074 CTTTAAATAGTTTTATAATCT-AGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAA
191 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTA-TTAA
* * * * * * * *
266138 AAGAGACAATAATTGAATGTTTACCTTTAAAAAGTTGAAGAAAAATGCATTCGTTTGCAAGAAAA
253 AATAGACAATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * * * *
266203 ATCTATTTATTGCCTCTGATTCCG
318 GTCCATATATAGTCTCTCATTCCT
** * * *********
266227 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTCTATAATCTCATAACTGATTTNNNNNNNNNNT-T
1 TCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTT-TAAGTTGAATAT
* * * * ** * * *
266291 GTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCAGTAAGAAATGTGGAGAAAAAAG
65 TTTTACATTTTTCATTAAAACAGACAACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAG
* * * * * * **
266356 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTCATTGCTTAAAAAGCCTTTTTGCTCATTT
130 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* ********** *
266420 TAAATGGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATCTTTTTT-CATTTTTGGTTAAAATA
194 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTT-ATTAAAATA
** * * * * **
266484 GTTAATAATTGAATGTTTATCTCTCGAAACTTGAAGAAAAATA-CATTCGTTGGTGAGAAAAGTC
257 GACAATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACTTGAAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
266548 TATTTATAGGCTC-CGATTCCT
321 CATATATAGTCTCTC-ATTCCT
* ********** * * * *
266569 TCAAAAGGCTTATTNNNNNNNNNNAATGGTTATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTATTTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
* * * * * * * * **
266634 TTTATATTTTTTATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGCAATATGAAGAAAAAAGC
66 TTTACATTTTTCATTAAAACAGACAACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAG-
* * * * *
266699 T-TTCATTGGCATGAAAAGTCCATTCATAGTC-TCTCATTGCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGTTT
130 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
266762 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
194 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAATAG
*
266827 ACTATAATTGAATGTC
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266843 NNNNNNNNNN
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TTTACATTTTTCATTAAAACAGACAACAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGT
ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAATAGACA
ATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATAT
ATAGTCTCTCATTCCT
Found at i:266147 original size:684 final size:683
Alignment explanation
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264823 GCCTTAAATG
* * *
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*
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* * * * *
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129 CT-TAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTCCT
* ** *
265028 TCAAAAGCCTTTTTACTTGTTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATCGATTTGAAGTTAAATTTG
193 TAAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTGAAGTTAAATTTG
*
265093 TTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAAG
258 TTTAAATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAAG
* * * *
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* * * *
265223 AAATGGTTTTCTAATCTCACAATTAATTTTGAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTGAAACATA
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*
265288 CAACAATTGAATGACTATCTTGAGAAACGTGAAGAGAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
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* * * * *
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* *
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583 GATTTTAAATTGAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAGACAATAATAGAATGTTTACCTCTA
* * *
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*
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1 GTCTATTTATAGCCTCTGATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGATTCTATAATCT
* * * *
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* * *
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** * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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382 CATTTTAAA-TGGTGTTATAATCTCACAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTG
* * * *
265965 AAACAGATAACAATTGAATG-TTCGTCTTGAGAAACGTGAAGAGAAAAATATTCATTTGCAAGAA
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* * *
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* *
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* * *
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* * *
266203 ATCTATTTATTGCCTCTGATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTCTATAATCTC
1 GTCTATTTATAGCCTCTGATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTCTATAATCTA
* ********* * *
266268 ATAACTGATTTNNNNNNNNNNTTGTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGC
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* * * * * *
266333 AGTAAGAAATGTGGAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTGCT
129 -CTTAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTCCT
* *
266398 TAAAAAGCCTTTTTGCTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
193 TAAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
266440 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (683 bp):
GTCTATTTATAGCCTCTGATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTCTATAATCTA
ATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTCATTAAAAGAGACTATAATTGAATGTCTGCCT
TAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTCCTTAA
AAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTGAAGTTAAATTTGTTT
AAATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAAGCAT
TCATTGATAAGAAAAGTCCATATATAATCTCTCAATTCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAA
TGGTGTTATAATCTCACAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTGAAACAGACAA
CAATTGAATGACTATCTTGAGAAACGTGAAGAGAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATGTA
TAGTCTCCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAGTAATTGAT
TTTAAATTGAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAGACAATAATAGAATGTTTACCTCTAAAA
ACTTGAAGAAAAATGCATTCGTTTCCAAGAAAA
Found at i:266482 original size:684 final size:682
Alignment explanation
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Period size: 684 Copynumber: 2.9 Consensus size: 682
264824 CCTTAAATGG
* * *
264834 TCTATTTATAGCCTCCGATTTCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTATAATCTAA
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* * * *
264899 TAATTGATTTTAAGTTAATTATTTTTACATTTCTCATTAAAAGAAACTATAATTGAATGTCTGCC
66 TAATTGATTTAAAGTGAATT-TTTTTACATTTTTCATTAAAAGAGACTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * * *
264964 TCTAGTAATATGAAGAAAAAAGTATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCTTTCATTCCTT
130 T-AAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTCCTT
* ** * * *
265029 CAAAAGCCTTTTTACTTGTTTTAAATAGTTCTATAATCTCATAATCGATTTGAAGTTAAATTTGT
194 AAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATCAATTT-AAGTTAAATTT-T
*
265094 TTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAAGC
257 TTTCATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAAGC
* * * *
265159 ATTCATTGGTACGAAAAGTCCATATATAGTCTCTCAATTCTTCGAAAGCCTTTTTACTCATTTTA
322 ATTCATTGATAAGAAAAGTCCATATATAATCTCTCAATTCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTA
* * * *
265224 AATGGTTTTCTAATCTCACAATTAATTTTGAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTGAAACATAC
387 AATGGTGTTATAATCTCACAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTGAAACAGAC
* *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* *
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1 TCTATTTATAGCCTCTGATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGATTCTATAATCTA
* * * * *
265584 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATGTTTCATTAAAAGAGACTGTAATTGAATGTTTAC
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* * * *
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129 C-TAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTCCT
** * * * * * *
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193 TAAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-AAATCAATTTAAGTTAAATTTT
* * *
265779 TTTAAATTTTTTATTAAAATAGACGT-TAATTGAATGTCTGCCTTC-AGAAACTTG-A-AAAAAA
257 TTT-CATTTTTCATTAAAATAGAC-TATAATTGAATGTCTGCC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAA
* * * *
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319 AGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATATATAATCTCTCAATT-CT-TCAAAAGCCTTTTTACTCA
* * * *
265903 TTTTAAACTGG-GTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTATATTTTTCATTGAA
382 TTTTAAA-TGGTGTTATAATCTCACAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTGAA
* * * *
265967 ACAGATAACAATTGAATG-TTCGTCTTGAGAAACGTGAAGAGAAAAATATTCATTTGCAAGAAAA
446 ACAGACAACAATTGAATGACT-ATCTTGAGAAACGTGAAGAGAAAAATATTCATTGGCAAGAAAA
* * *
266031 GTCCGTGTATAGTCTGCCATTCTTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTA
510 GTCCATGTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTA
* *
266096 GTAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTGTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAGACAATAATTGAATGTTT
575 GTAATTGATTTTAAATTGAATGTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAAGAGACAATAATAGAATGTTT
* * *
266160 ACCTTTAAAAAGTTGAAGAAAAATGCATTCGTTTGCAAGAAAAA
639 ACCTCTAAAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTTTCCAAGAAAAA
* *
266204 TCTATTTATTGCCTCTGATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTCTATAATCTCA
1 TCTATTTATAGCCTCTGATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTCTATAATCTAA
* ********* * *
266269 TAACTGATTTNNNNNNNNNNTTGTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCA
66 TAATTGATTT-AAAGTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAGAGACTATAATTGAATGTCTGC-
* * * * *
266334 GTAAGAAATGTGGAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTGCTT
129 CTAAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTCCTT
* * ********* *
266399 AAAAAGCCTTTTTGCTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTTGAATCTTT
194 AAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-AAATCAATTTAAGTTAAAT-TTT
** * * ** ** * *
266464 TTTCATTTTTGGTTAAAATAG-TTAATAATTGAATGTTTATCTCTCGAAACTTGAAGAAAAATA-
257 TTTCATTTTTCATTAAAATAGACT-ATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAAG
* * * * * ** * * * ********
266527 CATTCGTTGGTGAGAAAAGTCTATTTATAGGCTC-CGATTCCTTCAAAAGGCTTATTNNNNNNNN
321 CATTCATTGATAAGAAAAGTCCATATATAATCTCTCAATT-CTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTT
** * * * * * * * *
266591 NNAATGGT-TATATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACA
385 TAAATGGTGT-TATAATCTCACAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTGAAACA
* * * * ** * * ** *
266655 AACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGCAATATGAAGA-AAAAAGCT-TTCATTGGCATGAAAAGT
449 GACAACAATTGAATGACTATCTTGAGAAACGTGAAGAGAAAAA--TATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
266718 CCAT-TCATAGTCTCTCATTGCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCA
512 CCATGT-ATAGTCTCCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCT-A
* * * * * * *
266782 -TAATTGTTTTTAAGTTAAAT-ATTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGT
575 GTAATTGATTTTAAATTGAATGTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAAGAGACAATAATAGAATGT
266842 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1107, Mismatches: 184, Indels: 64
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
682 1 0.00
683 8 0.01
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685 221 0.20
686 259 0.23
687 14 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (682 bp):
TCTATTTATAGCCTCTGATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTCTATAATCTAA
TAATTGATTTAAAGTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAGAGACTATAATTGAATGTCTGCCT
AAGAAATGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTCCTTAA
AAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATCAATTTAAGTTAAATTTTTTTC
ATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAAGCATTC
ATTGATAAGAAAAGTCCATATATAATCTCTCAATTCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATG
GTGTTATAATCTCACAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTGAAACAGACAACA
ATTGAATGACTATCTTGAGAAACGTGAAGAGAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATGTATA
GTCTCCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAGTAATTGATTT
TAAATTGAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGAGACAATAATAGAATGTTTACCTCTAAAAAC
TTGAAGAAAAATGCATTCGTTTCCAAGAAAAA
Found at i:268289 original size:171 final size:167
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Indices: 267997--270005 Score: 639
Period size: 171 Copynumber: 11.8 Consensus size: 167
267987 NNNNNNNNNN
* *
267997 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTAATAATTGATTTTAAG-TAGAACTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-G-TTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTA-AA-TTTTT
* * * * *
268061 TTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCCGAAAACTTGAAGAAAAATGCA
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** * ** *
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* * * *
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* * *
268234 ACATGTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCT-TAAGAAATGTGAAGAAAAAAGTAT
64 ACAT-TTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAA-AAAT-TGAAGAAAAAAGCAT
* * *
268298 TCATTGACAAGGAAAGTCCTTTTATAGTCTCCAATTCTTTCA
126 TCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGCCTCCAATTCCTTCA
*
268340 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACTGTTTAATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTT
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* * * ** **
268405 TTCGTTTTTAATTATAACAGA-TAATAATTGAATGTTT--CT--AATGTATTCGTTGGTAAGAAA
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* * ** * ** * * *
268465 AGTCTATTTC-TAGCCTCTG---ATTCCTTCAAAAGCCT--TATTACAAGCTTTA
121 AG-C-A-TTCATTGAC-AAGAAAAGTCCTTTTATAGCCTCCAATT-C---CTTCA
** ** * * * * * *
268514 AGTGATTTTATTA-TCTC-ATAATTGAATTTA-AGT-T--GAATT-ATTTTACA-TT---TTTTC
1 AAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATG--TTTATAATCTAATAATTGATTTTA-AGTTAAATTTTT
* ***** * * ** * * * * *
268568 CTA-AAACGGACTATAATTG----------AATGTCTACCTTGAGAAACA-TAAAGAAAAAGGTA
62 TTACATTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGA-AAA-ATTGAAGAAAAAAGCA
* * ** * *
268621 TTCATTGACAAGGAAAGTCCGTTTATAGTTTGTC-ATTTCTTCA
125 TTCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGCCT-CCAATTCCTTCA
* *
268664 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGATTAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT--GTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAG-TTAA-ATTTTT
* * * * * * * * * * *
268729 TTATATTTTTAGTTAATATAGACAACAATTGATTGTTTACCTCTAGAAACTTGAAGAAAAATGGA
62 TTACA-TTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGA-AAAATTGAAGAAAAAAGCA
* * ** * *
268794 TTCGTGGGTAAGGAAAGT-CTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCA
125 TTCATTGACAAGAAAAGTCCT-TTTATAGCCTCCAATTCCTTCA
* * * ***
268837 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTCTATAATC-ATATAATTAATTTTAAGTTAAATTTACA
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-G-TTTATAATCTA-ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * ** *
268901 TATAGTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACA-TGAAGAAAAAAGCA
63 TACA-TTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGA-AAA-ATTGAAGAAAAAAGCA
* * * *
268965 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTC-ATTCCTTCA
125 TTCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAG-CCTCCAATTCCTTCA
* * ** * * * *
269008 AAAGCATTTTTACTCATTTTAAATGATTTTATGATCTCATAATTGACTTTAAGTTTAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG--TTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * * *
269073 ACATTTTTTATTAAAACAGTCAATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACA-TGAA-AAAAAA-CTA
64 ACA-TTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGA-AAA-ATTGAAGAAAAAAGC-A
* * * * **
269135 TTCATT-AGTAAGAAATGTCCATATATATACTCGC-ATTCCTGT-A
125 TTCATTGA-CAAGAAAAGTCCTTTTATAGCCTC-CAATTCCT-TCA
* * ** * * * *
269178 AAAGCGTTTTTACTCATTTTAAACTGCGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TG-TTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * ** * ** *
269243 ACATTTTTCATT-GAATAGA-TAACAATTGAATGTTCATATTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTAT
64 ACA-TTTTAATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTTTACCTCGA-AAAATTGAAGAAAAAAGCAT
* ** *
269306 TCATTGGCAAGAAAAGTCAGTTTATAGTCTGCC-ATTCCTTCA
126 TCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGCCT-CCAATTCCTTCA
* * * *
269348 AAACCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAGTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-G-TTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTT
* * * ********** *
269413 TACATATTTAGTTAAAATAGACAATAATTGAATNNNNNNNNNNAAAAACTTGAAGAAAAATGCAT
63 TACAT-TTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAAAAA-TTGAAGAAAAAAGCAT
* * *
269478 TCGTTTG-CAAGAAAAGT-CTATTTATAGCCTCCGATTCCGTCA
126 TC-ATTGACAAGAAAAGTCCT-TTTATAGCCTCCAATTCCTTCA
******** *
269520 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG--TTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * *
269585 ACATGTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCATTGAGAAACA-TGAAGAAAAAAGCAT
64 ACAT-TTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGA-AAA-ATTGAAGAAAAAAGCAT
*********** **
269649 TCATTG-GNNNNNNNNNNCTATTTATATTCTCTC-ATTCCTTCA
126 TCATTGACAAGAAAAGTCCT-TTTATAGCCTC-CAATTCCTTCA
* * * * * * *
269691 AAAGTCTTTTTATTCGTTTTAAACGGTTCTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGTT-TATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
* * * * * ** *
269756 ACATTTTTTATCAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAA-TATT
64 ACA-TTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGA-AAAATTGAAGAAAAAAGCATT
* * * * *
269820 CATTGATAAGAAAAGTCCATATATA--CTCTCACATTTCTTTA
127 CATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGCCTC-CA-ATTCCTTCA
* ** * * * *
269861 AAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATTATTTTATAATC-ACATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-T-GTTTATAATCTA-ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* ** * * * * * *
269925 TACATTTTTCATTGTAACAGGCTATAATTTAATGTCTATCTTGAGAAACA-TGAAGAAAAAAGTA
63 TACA-TTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGA-AAA-ATTGAAGAAAAAAGCA
*
269989 TTCATTGGCAAGAAAAG
125 TTCATTGACAAGAAAAG
270006 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1367, Mismatches: 356, Indels: 229
0.70 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
149 10 0.01
150 13 0.01
151 8 0.01
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153 3 0.00
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175 10 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (167 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
ATTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGAAAAATTGAAGAAAAAAGCATTCATT
GACAAGAAAAGTCCTTTTATAGCCTCCAATTCCTTCA
Found at i:268729 original size:324 final size:322
Alignment explanation
Indices: 268119--269445 Score: 1062
Period size: 324 Copynumber: 4.0 Consensus size: 322
268109 ACTTGAAGAA
* * * * *
268119 AAATGCATTTGTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
1 AAATGTATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTA
* *
268184 GCTTTAAATGGTTCTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTAAAGTT-TTTTACA-TGTTTCATTA
66 GCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AA-TTATTTTACATTTTTTCATTA
* **
268247 AAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGGAA
129 AAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGGAA
* * * * * *
268312 AGTCCTTTTATAGTCTCCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACTGTTTAATAATCT
194 AGTCCATTTATAGTTTTCATTTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TATTTTATAATCT
*
268377 AATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTTTCGTTTTTAATTATAACAGATAATAATTGAATG-TT
257 AATAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTTTTCATTTTTAATTA-AACAGATAATAATTGAATGTTT
268441 -TCT
319 CTCT
* *
268444 -AATGTATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTCTAGCCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACAA
1 AAATGTATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTA
* * * * *
268508 GCTTTAAGTGATTTTATTATCTCATAATTGAA-TTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTTC-CTA
66 GCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATT-AATTTTAAGTT-AATTATTTTACATTTTTTCATTA
* * * *
268571 AAACGGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGGAA
129 AAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGGAA
*
268636 AGTCCGTTTATAGTTTGTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCT
194 AGTCCATTTATAGTTT-TCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-ATTTTATAATCT
* * * * * *
268701 AATAATTGATTTTAAGATTAATTTTTTTTTATATTTTTAGTTAATATAGACAACAATTGATTGTT
257 AATAATTGATTTTAAG-TTAA-TTTTTTTT-CATTTTTAATTAA-ACAGATAATAATTGAATGTT
268766 TACCTCT
318 T--CTCT
* * *
268773 AGAAACTTGAAGAAAAATGGATTCGTGGGTAAGGAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAA
1 --AAA--T---G-----T--ATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAA
* *
268838 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTCTATAATCAT-ATAATTAATTTTAAGTTAA--A-TTTA
52 AAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTCTATAATC-TCATAATTAATTTTAAGTTAATTATTTTA
* ** *
268899 CATATAGTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGC
116 CAT-T--TTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGT
* * * * * **
268964 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCATTTTTACTCATTTTA
178 ATTCATTGACAAGGAAAGTCCATTTATAGT-TTTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * *
269029 AATGATTTTATGATCTCATAATTGACTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAG-T
242 AAT-ATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTTCATTTTTAATT-AAACAGAT
* *
269093 CAATAATTGATTGTCTGC-CTT
304 -AATAATTGAATGT-TTCTC-T
* * * * * **
269114 GAGAAACATGAAAAAAAACTATTCATTAGTAAGAAATGTCCATATATATACTC-GCATTCCTGT-
1 ----AA-ATG---------TATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTG-ATTCCT-TC
* * * *
269177 AAAAGCGTTTTTACTCA-TTTTAAACTGCG-T-TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCT
50 AAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAA-TG-GTTCTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAT-T
* * * * ** *
269239 -TTTTACA-TTTTTCATT-GAATAGA-TAACAATTGAATGTTCATATTGAGAAACGTGAAGAAAA
110 ATTTTACATTTTTTCATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA
* * ** * * *
269300 AAGTATTCATTGGCAAGAAAAGT-CAGTTTATAGTCTGCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTTG
174 AAGTATTCATTGACAAGGAAAGTCCA-TTTATAGT-TTTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
269364 CTTTAAATAGTTTTATAATCTAGTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTTACATATTTAGTTAAA
237 CTTTAAATA-TTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTT-AATT-TTTTTTCATTTTTAATT-AA
* *
269429 ATAGACAATAATTGAAT
298 ACAGATAATAATTGAAT
269446 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 821, Mismatches: 119, Indels: 108
0.78 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
323 3 0.00
324 236 0.29
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326 2 0.00
329 3 0.00
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345 9 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (322 bp):
AAATGTATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTA
GCTTTAAATGGTTCTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAATTATTTTACATTTTTTCATTAAA
ACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGGAAAG
TCCATTTATAGTTTTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTATAATCTAATA
ATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTCATTTTTAATTAAACAGATAATAATTGAATGTTTCTCT
Found at i:269217 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 268448--270005 Score: 1063
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 169
268438 GTTTCTAATG
* * * * * * * *
268448 TATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTCTAGCCTCTG-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-AAGCT
1 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-TCTC-GCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCA-TT
* * * * ** *
268511 TTAAGTGATTTTATTATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTTCCTAAAACG
63 TTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACA
* * **
268576 GACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGG
127 GACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAC
* * * * * * **
268619 TATTCATTGACAAGGAAAGTCCGTTTATAGT-TTGTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
1 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-TCTCG-CATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTT
* * ** *
268683 TAAATAATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGATT-AATTTTTTTTTATATTTTTAGTTAATA
64 TAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACAT-TTTTTA-TTAAAA
* * * * * * * **
268747 TAGACAACAATTGATTGTTTACCTCT-AGAAACTTGAAGAAAAATG
125 CAGACTATAATTGAATGTCTGCCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAAC
* * * * * * * * ***
268792 GATTCGTGGGTAAGGAAAGTCTATTTATAGCCTC-CGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTT
1 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-TCTCGC-ATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTT
* * * * *** * * * *
268856 TAAATGGCTCTATAATCAT-ATAATTAATTTTAAGTTAAATTTACATATAGTTTTCATTAAAATA
64 TAAAT-GTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACA
* *
268920 GACTATAATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGC
127 GACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAA-C
** *
268964 -ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCATTTTTACTCATTTT
1 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-TCTCGCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTT
* * * *
269028 AAATGATTTTATGATCTCATAATTGACTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGT
65 AAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA
* *
269093 CAATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAACATGAA-AAAAAAC
129 CTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAC
* * * * *
269133 TATTCATTAGTAAGAAATGTCCATATATATACTCGCATTCCTGT-AAAAGCGTTTTTACTCATTT
1 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAT-CTCGCATTCCT-TCAAAAGCCTTTTTACTCATTT
** * * * *
269197 TAAACTGCGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTCATT-GAATAG
64 TAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAG
* * * *
269261 A-TAACAATTGAATGT-T-CATATTGAGAAACGTGAAGAAAAAAG
128 ACT-ATAATTGAATGTCTGC--CTTGAGAAACATGAAGAAAAAAC
* * ***
269303 TATTCATTGGCAAGAAAAGT-CAGTTTATAGTCT-GCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTTGCT
1 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTATA-TCTCG-CATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATT
*
269366 TTAAATAGTTTTATAATCT-AGTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTTACA-TATTTAGTTAAA
63 TTAAAT-GTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTA-TTAAA
* * ********** * * *
269429 ATAGACAATAATTGAATNNNNNNNNNNAAAAACTTGAAGAAAAATGC
124 ACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-AC
* * * * * * **
269476 -ATTCGTTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTC-CGATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
1 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-TCTCGC-ATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTT
********* * *
269539 TAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATGTTTTATTAAAACAG
64 TAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAG
*
269604 ACTATAATTGAATGTCTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAAAGC
128 ACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAA-C
********** * * * * *
269647 -ATTCATTGGNNNNNNNNNNCTATTTATATTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTTTTTATTCGTTTT
1 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-TCTCGCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTT
* * * * * *
269711 AAACGGTTCTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATCAAAACAAA
65 AAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA
* *
269776 CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAA-
129 CTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAC
** * * * *
269816 TATTCATTGATAAGAAAAGTCCATATATACTCTCACATTTCTTTAAAAGCCTTTTTACTCATTTT
1 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-TCTCGCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTT
* * * * * ** *
269881 AAATTATTTTATAATCACATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTGTAACAGG
65 AAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGA
* ** *
269946 CTATAATTTAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG
129 CTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAC
269987 TATTCATTGGCAAGAAAAG
1 TATTCATTGGCAAGAAAAG
270006 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1084, Mismatches: 254, Indels: 98
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 1 0.00
169 36 0.03
170 332 0.31
171 457 0.42
172 130 0.12
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174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATCTCGCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTA
AATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACT
ATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAC
Found at i:269577 original size:683 final size:671
Alignment explanation
Indices: 268001--270005 Score: 2111
Period size: 683 Copynumber: 3.0 Consensus size: 671
267991 NNNNNNAAAG
* * *
268001 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTAATAATTGATTTTAAGTAGAACTTTTTTTATA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTTATA
* * *
268066 TTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCCGAAAACTTGAAGAAAAATGCATTTGT
66 TTTTTAGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCTCCAAAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGT
* * *
268131 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTGATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
131 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGC
*
268196 TCTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTAAAGTTTTTTACA-TGTTTCATTAAAACAGACTATAA
196 TCTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACAGT-TTTCATTAAAACAGACTATAA
* * ** * * * *
268260 TTGAATGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGGAAAGTCCTTTTATAG
259 TTGAATGTTT-GCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * * *
268325 TC-TCCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACTGTTTAATAATCTAATAATTGATTT
323 TCTTTC-ATTCCTTCAAAAG-CTTTTTACTCGTTTTAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * *
268389 TAAGTTGAACTTTTTTTTCGTTTTTAATTATAACAGAT-AATAATTGAATGT-TTC-T-----A-
385 TAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAG-TCAATAATTGAATGTCTCCTTGAGAAAC
* * * * *
268445 ATG--------TATTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTCTAGCCTCTG-ATTCCTTCAAAAGCCTT
448 ATGAAAAAAAATATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATATATA-TCTC-GCATTCCTT-AAAAGCCTT
* * * * * *
268501 ATTAC-AAGCTTT-AAGTGATTTTATTATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTATTTTACATTT
509 TTTACTCA-TTTTAAACTG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACA-TT
* ** * * *
268564 TTTCCTAAAACGGACTATAATTGAATGTC-TACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGTATTCATTG
570 TTTCATTGAACAGA-TATAATTGAATGTCATA--TTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTG
* * * * * * *
268628 ACAAGGAAAGTCCGTTTATAGTTTGTCATTTCTTCAAAAG
632 GCAAGAAAAGTCAGTTTATAGTCTGCCATTCCTTCAAAAC
* *
268668 CCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGATT-AATTTTTTTTTA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAG-TTGAA-CTTTTTTTA
* * * * * *
268732 TATTTTTAGTTAATATAGACAACAATTGATTGTTTACCTCTAGAAACTTGAAGAAAAATGGATTC
64 TATTTTTAGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCTCCAAAAACTTGAAGAAAAATGCATTC
* * * *
268797 GTGGGTAAGGAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATG
129 GTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
** * *
268862 GCTCTATAATCAT-ATAATTAATTTTAAGTTAAATTTACATATAGTTTTCATTAAAATAGACTAT
194 GCTCTATAATC-TCATAATTAATTTTAAGTTAAATTT-TTTACAGTTTTCATTAAAACAGACTAT
268926 AATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
257 AATTGAATGTTTG-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
268991 AGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCATTTTTACTCATTTTAAATGATTTTATGATCTCATAATTGACT
321 AGTCTTTCATTCCTTCAAAAGC-TTTTTACTCGTTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATT
* *
269056 TTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGTCAATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAAC
384 TTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGTCAATAATTGAATGTCT-CCTTGAGAAAC
* *
269121 ATGAAAAAAAACTATTCATTAGTAAGAAATGTCCATATATATACTCGCATTCCTGTAAAAGCGTT
448 ATGAAAAAAAA-TATTCATT-GTAAGAAAAGTCCATATATAT-CTCGCATTCCT-TAAAAGCCTT
**
269186 TTTACTCATTTTAAACTGCGTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTT
509 TTTACTCATTTTAAACTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTT
* * *
269251 CATTGAATAGATAACAATTGAATGTTCATATTGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAA
573 CATTGAACAGAT-ATAATTGAATG-TCATATTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAA
269316 GAAAAGTCAGTTTATAGTCTGCCATTCCTTCAAAAC
636 GAAAAGTCAGTTTATAGTCTGCCATTCCTTCAAAAC
* * *
269352 CCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAGTAATTGATTTTAAGTTGAA-TTATTTTTAC
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAACTT-TTTTTAT
* **********
269416 ATATTTAGTTAAAATAGACAATAATTGAATNNNNNNNNNNAAAAACTTGAAGAAAAATGCATTCG
65 ATTTTTAGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCTCCAAAAACTTGAAGAAAAATGCATTCG
* * *
269481 TTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCGTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGN
130 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
********* *
269546 NNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATGTTTT-ATTAAAACAGACTATA
195 CTCTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACA-GTTTTCATTAAAACAGACTATA
* ********** *
269610 ATTGAATGTCTGCATTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGNNNNNNNNNNCTATTTATA
258 ATTGAATGTTTGC-TTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * *
269675 TTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTTTTTATTCGTTTTAAACGGTTCTATAATCTCATAATTAATTT
322 GTCTTTCATTCCTTCAAAAG-CTTTTTACTCGTTTTAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* ** * *
269740 TAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATCAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
385 TAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGTCAATAATTGAATGTCT-CCTTGAGAAACA
* *
269805 TGAAGAAAAAATATTCATTGATAAGAAAAGTCCATATATACTCTCACATTTCTTTAAAAGCCTTT
449 TGAA-AAAAAATATTCATTG-TAAGAAAAGTCCATATATA-TCTCGCA-TTCCTTAAAAGCCTTT
* * * *
269870 TTACTCATTTTAAATTATTTTATAATCACATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTC
510 TTACTCATTTTAAACTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTC
* * *
269935 ATTGTAACAGGCTATAATTTAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAA
574 ATTG-AACA-GATATAATTGAATGTC-ATATTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAA
270000 GAAAAG
636 GAAAAG
270006 NNNNNNNNNN
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AAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGTCAATAATTGAATGTCTCCTTGAGAAACATGAAAAA
AAATATTCATTGTAAGAAAAGTCCATATATATCTCGCATTCCTTAAAAGCCTTTTTACTCATTTT
AAACTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTGAACAGATA
TAATTGAATGTCATATTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCAGTTTAT
AGTCTGCCATTCCTTCAAAAC
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271654 NNNNNNNNNN
** * ** * *
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* * * *** * * * *
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* * * *
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* * *********** * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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********* * **
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* * * *
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********** * * * * *
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* * * *
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* * **********
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1 AAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAA
** * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* ** * * * * **
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* ** * *
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* ********* * * *
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1 AAATTCAACTTA-AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAA
* * * * * * *
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65 GGAATCAGAGACTATAAATA-ACTTTTCTTGCCAACGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGG
* * * *
272818 CTAAACATTCAATTATTGTGTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
129 CT-GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGT-AAAA
* **********
272861 AAATTCAA-TTGAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTTG-
1 AAATTCAACTT--AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGA
* * * * * ******
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**** * ** *
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* * * * * *********
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1 AAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAA
****** * * * * *
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65 GGAATCAGAGACTATAAAT-AACTTTTCTTGCCAACGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGG
* * * *
273162 CTGGCATTCAATTACAATCT-CTTTAACGAAAAATGTAAAA
129 CTGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAA
* * * *
273202 AAATTCGACTTAACATCAATTATGAGATTATAGAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAA
1 AAATTCAACTTAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAA
** * * *
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65 GGAATCAGAGACTATAAATA-ACTTTTCTTGCCAACGAATA-CTTTTTTCTTCATGTTTCTAGAG
* * * *
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* * * *
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1 AA-ATTCAACTTA-AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAA
* * * * * * **
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64 AGGAATCAG-AGACTATAAAT-AACTTTTCTTGCCAACGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTAGA
* * * *
273502 GAC-GAACATTCAATTATAGTCTATTTCAATGAAAAATGTAAAA
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* * *
273545 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA
1 AAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAA
* * * * * *
273610 GCAATCAGAGGCTATAAATAGACTTTTTTTGCCAACAAATACATTTTTCTTCAAGTTTCTAGAGG
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* * * * **
273675 -TAAACATTCAATTATTGTTTGTTTTAATGAAAAATAAAAAGA
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* *
273717 AAATTCAACTTACAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-A
1 AAATTCAACTTA-AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAA
* ** * * * * **
273781 AGGAATAAGAGACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTGTTTCTTTATGTTTCTCTAG
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* * *
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1 AAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAA
273923 TAGACTTTCC
Statistics
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GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACGAAAAATGTAAAA
Found at i:272788 original size:342 final size:340
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271863 NNNNNNNNNN
* * * * *
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* *
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* * * *
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* *
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********** * **
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323 ATTAGATTATAAAACTAT
* ********** * *
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1 TTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGAACTTTC-CTTTCCAATGA
* * *
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* * **********
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* * * * * * *
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193 AAAGGAATCAAAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATACATTTTTCTTCAAGTTTCTAG
* * *
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323 ATTAGATTATAAAACTAT
* * * *
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1 TTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGAACTTTCCTTTCCAATGAA
* * * *** * * *
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*********
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* * *
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194 AAGGAATCAAAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATACATTTTTCTTCAAGTTTCTAGA
* * *
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259 GGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTT-ACAATCAAT
* * *
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322 TATTAGATTATAAAACTAT
********** * * * *
272900 TTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAAACTTTTCTTGT-CGATGA
1 TTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGAACTTTCCTT-TCCAATGA
* ********** * * * * * *
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* * * * ** * ******
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129 AAAATATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAGAACCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTT
********* * * * * * * * * *
273094 NNNNNNNNNAGAGACTATAAATAAACTTCTCTTTCCAACGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTAG
193 AAAGGAATCAAAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATACATTTTTCTTCAAGTTTCTAG
* ** *** * * *
273159 AAGCT-GGCATTCAATTACAATCT-CTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCGACTTA-ACATCAA
258 -AGGTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTACA-ATCAA
* * *
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321 TTATTAGATTATAAAACTAT
* * * * ** * * *
273241 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATCAGAGGGTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAACGA
1 TTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGA-ACTTTCCTTTCCAATGA
* * *** ** * *** *
273305 A-AGCATTTTTCTTCAAGTTTCGAGAGG-TAAACATTTAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATG
65 ATA-CTTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGCT-GGCATTCAATTACAATCTGTTTTAA-GAAAAATG
* * * * *
273368 TAAAAAATATTCAACTTACAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCT
127 T-AAAAATATTCAACTTA-AATCAATTATGAGATTATAGAACCATTTAATGCGAGTAATAAGGCT
*** * * * * * *
273433 TTTAAAGGAATGGCAGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATAC-TTGTTTCTTTATGTTT
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* * * * *
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* * *
273559 ATCAATTATGAGATTATAGAACCAT
316 ATCAATTATTAGATTATAAAACTAT
* * * * * * * **
273584 TTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCAATCAGAGGCTATAAAT-AGACTTT-TTTTGCCAACA
1 TTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGA-ACTTTCCTTT-CCAATG
* * ** ** *** * *
273647 AATACATTTTTCTTCAAGTTTCTAGAGG-TAAACATTCAATTATTGTTTGTTTTAATGAAAAATA
64 AATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGCT-GGCATTCAATTACAATCTGTTTTAA-GAAAAATG
* * * * * *
273711 AAAAGAAAATTCAACTTACAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
127 TAAA-AATATTCAACTTA-AATCAATTATGAGATTATAGAACCATTTAATGCGAGTAATAAGGCT
* * ** * * * *
273776 TTTGAAGGAAT-AAGAGACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAATGAATAC-TTGTTTCTTTATGTT
190 TTTAAAGGAATCAA-AGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATACATT-TTTCTTCAAG-T
* * * *
273839 TCTCTAGACG--AACATTCAATTATAGTCTGTTTCAA-TGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
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*
273901 AATCAATTATGAGATTATAAAA
315 AATCAATTATTAGATTATAAAA
273923 TAGACTTTCC
Statistics
Matches: 1360, Mismatches: 316, Indels: 62
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
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TTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAATGAACTTTCCTTTCCAATGAA
TACTTTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGCTGGCATTCAATTACAATCTGTTTTAAGAAAAATGTAAA
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GGAATCAAAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATACATTTTTCTTCAAGTTTCTAGAGG
TAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTACAATCAATTATT
AGATTATAAAACTAT
Found at i:273609 original size:856 final size:840
Alignment explanation
Indices: 272257--275594 Score: 2808
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272247 NNNNNNNNNN
* *
272257 AAATAAACTTCTCTTTCCAACGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGCTGGCATTCAATTAC
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*
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********** *
272387 TAANNNNNNNNNNAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGGGTATAAAAAGACTTTTCTTGCCAACAAAA
131 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATCAGAGGGTATAAAAAGACTTTTCTTGCCAACAAAA
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* * *
272517 CAAATTCAACTTACAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
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272582 AGGAATAAGAGACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTGTTTCTTTATGTTTCTCTAG
326 AGGAATAAGAGACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTGTTTCTTTATGTTTCTCTAG
* * **********
272647 ACAAACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAATATTCAACTTANNNNNNNNNNT
391 ACAAACATTCAATTATAGTCTATTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
272712 GAGATTATAGAACCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCAATCAAAGGCTATAAATAGAC
456 GAGATTATAGAACCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCAATCAAAGGCTATAAATAGAC
* *
272777 TTTTTTTGCCAACGAATGCATTTTTCTTCAAGTTTCTAGAGCTAAACATTCAATTATTGTGTGTT
521 TTTTTTTGCCAACAAATACATTTTTCTTCAAGTTTCTAGAGCTAAACATTCAATTATTGTGTGTT
*
272842 TTAACT-AAAAATGTAAAA-AAAATTCAA-TTGAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAA
586 TTAA-TGAAAAAT-AAAAAGAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAA
********** * * * * *
272904 ANNNNNNNNNNAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCGATGAATACT
648 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAACAAACTTTCCTTGCCAATGAATACT
* ********* *
272969 TTTTTCTTCACGTTNNNNNNNNNNG-ACATTCAATTATAGTCTGTTTCATTGAAAAATATAAAAA
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*
273033 GATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAAGNNNNNNNNNN
777 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAAG----------
273098 NNNNNAGAGACTAT
832 -----AGAGACTAT
273112 AAATAAACTTCTCTTTCCAACGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTAGAAGCTGGCATTCAATTAC
1 AAATAAACTTCTCTTTCCAACGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTAGAAGCTGGCATTCAATTAC
*
273177 AATCT-CTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCGACTTAACATCAATTATGAGATTATAGAACCAT
66 AATATGCTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCGACTTAA-ATCAATTATGAGATTATAGAACCAT
* *
273241 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATCAGAGGGTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAA
130 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATCAGAGGGTATAAAAAGACTTTTCTTGCCAACAAA
* * *
273306 AGCATTTTTCTTCAAGTTTCGAGAGGTAAACATTTAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
195 AACATTTTTCTTCAAGTTTCGAGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATGTAA
273371 AAAATATTCAACTTACAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTT
260 AAAA-ATTCAACTTACAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTT
* *
273436 AAAGGAAT-GGCAGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTGTTTCTTTATGTTTCTC
324 AAAGGAATAAG-AGACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTGTTTCTTTATGTTTCTC
*
273500 TAGACGAACATTCAATTATAGTCTATTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
388 TAGACAAACATTCAATTATAGTCTATTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
*
273565 TATGAGATTATAGAACCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCAATCAGAGGCTATAAATA
453 TATGAGATTATAGAACCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCAATCAAAGGCTATAAATA
* *
273630 GACTTTTTTTGCCAACAAATACATTTTTCTTCAAGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTTT
518 GACTTTTTTTGCCAACAAATACATTTTTCTTCAAGTTTCTAGAGCTAAACATTCAATTATTGTGT
* * * *
273695 GTTTTAATGAAAAATAAAAAGAAAATTCAACTTACAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAA
583 GTTTTAATGAAAAATAAAAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAA
**
273760 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAATGAATACT
648 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAACAAACTTTCCTTGCCAATGAATACT
* * *
273825 TGTTTCTTTATGTTTCTCTAGACGAACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAA
713 TGTTTCTTCACGTTTCTCTAGACGAACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATATAAAAAA
273890 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG---AT-----TA--T-AAA--A-T--------AGAC---
778 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAAGAGAGACTAT
* * * * * ** * * *** *
273928 ---T----TTC-CTTGCCAATGAATACTTTTTTCCTCACGTTACTCGAGGCAAACATTCAATTAT
1 AAATAAACTTCTCTTTCCAACGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTAGAAGCTGGCATTCAATTAC
* * * ** * ** *
273985 AGTTTGTTTTAGTGAAAAATGTAAACAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAGAACCAT
66 AATATGCTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCGACTT-AAATCAATTATGAGATTATAGAACCAT
* ** * * * * * ** *
274050 TTGAAGCAAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATAA-CCATTTCTCACCAACGA
130 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATCAGAGGGTATAAA-AAGACTTTTCTTGCCAACAA
** * ** * * **
274114 ATGCATTTTTCTTCATGTTTCTG-GAGGTAAACATTCAATTATTAACTGTTTGAATAAAAAATGT
194 AAACATTTTTCTTCAAGTTTC-GAGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATGT
* * * *
274178 AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTAAAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-T
258 -AAAAAAATTCAACTTACAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTT
* * * * *
274242 TTAGAAGGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTC
322 TTA-AAGGAATAAGAGACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTGTTTCTTTATGTTTC
* * * * * * * * *
274307 TCAAGGCAGACATTCAATTGTTGTCTGTTTCAATGAAAAATATAAAAAGATACAACTTAAAATCA
386 TCTAGACAAACATTCAATTATAGTCTATTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* *** * * * * * * * ** *
274372 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAAGCTTATGAAGGAATGAGAGAATATATA
451 ATTATGAGATTATAGAACCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCAATCAAAGGCTATAAA
* * * *** * * * * * * *
274437 TGGACTTTTCTTCCCAGTGAATGCTTTTTTCTTTACGTTTCT-GAAGGTAGACATTCAATTATAG
516 TAGACTTTTTTTGCCAACAAATACATTTTTCTTCAAGTTTCTAG-AGCTAAACATTCAATTATTG
* * * *
274501 CT-T-TTTTGAA--AAAAATATATAGAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGCATAAAACT
580 -TGTGTTTT-AATGAAAAATAAAAAG-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACC
* * * * * * * **
274562 ATTTAAAACCAGTAAAAAGACTTTTGAGGGAATGAA-AGATTGTAAATGAACTTTCCTTGCCAAT
642 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AAGAGACTATAAACAAACTTTCCTTGCCAAT
* * * * * * * * * *
274626 AAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGA-TAGACATTCAATCATAGTCTGTTTTAAAG-AAATT
706 GAATACTTGTTTCTTCACGTTTCTCTAGACGA-ACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAAT
* * * * * * *
274689 GTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGATATTATAGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
770 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACGAGT-A-AA----
*
274754 TTTGAAGGAATCGGAGGCTAT
829 ----AA-G-A---GAGACTAT
* * * * * * **
274775 AAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTACTTCAAGTTTTTA-AAGCTAAACATTCAATTA
1 AAATAAACTTCTCTTTCCAACGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTAGAAGCT-GGCATTCAATTA
*** * * * * ** * * * *
274839 TTGTCTGTTTTAACTAAAAATGCAAAAAAAGTTTAACTTGGAATCAATTATTATATTATAAAACC
65 CAATATGCTTTAACGAAAAATGTAAAAAAA-TTCGACTT-AAATCAATTATGAGATTATAGAACC
* * * ** ** ** * **
274904 ATTTAAAGCGAGT-ATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGAGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATG
128 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATCAGAGGGTATAAAAAGACTTTTCTTGCCAACA
* * * * ** * * * **
274968 AATAC--TTTTCTCCCTATGTTTCTCA-AGACAAACATTCAATTGTTGTCTGTTTCAATGAAAAA
193 AAAACATTTTTCT-TC-AAGTTTC-GAGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAA
* * * * * ** *
275030 TGTAAAAAGATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-ATAAGTAAAAAGG
255 TGTAAAAAAATTCAACTTACAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAA-TAATAAGG
* * * ** * * * * * *
275094 GTTTTGAAGAAATGGGAGACTATATATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTACGTT
319 CTTTTAAAGGAATAAGAGACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTGTTTCTTTATGTT
* * * * * **
275159 TCTCGAGACAGACATTCGATTATAG-CTTTTTGTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
384 TCTCTAGACAAACATTCAATTATAGTCTATTT-CAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
** * * * * * * * ** *
275223 TCAATTATGAGAGCATAAAATCATTTAGA-ACGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGAAAGATTG
448 TCAATTATGAGATTATAGAACCATTTA-ATGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCAATCAAAGGCTA
* * * ** *** * * *
275287 TAAATGGAGTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTTACGTTTCTCA-AGCTAGACATTCAATT
512 TAAATAGACTTTTTTTGCCAACAAATACATTTTTCTTCAAGTTTCT-AGAGCTAAACATTCAATT
* *
275351 ATAT-TTTGTTTTAATGAAAAATATAAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
576 AT-TGTGTGTTTTAATGAAAAATA-AAAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAA
* * * * * * * *
275414 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAAGAGTCAA-AGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCC
639 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AAGAGACTATAAACAAACTTTCCTTGCC
* * * ** *** * **
275478 AACGAATGTA-TT-TTTCTTCAAGTTTATGGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
703 AATGAA--TACTTGTTTCTTCACGTTTCTCTAGACGAACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAA
* * * * *
275541 AAACATAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATTATTAGATGATAAAACTATTTAAA
766 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAA
275595 GCAAGTAACA
Statistics
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0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (840 bp):
AAATAAACTTCTCTTTCCAACGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTAGAAGCTGGCATTCAATTAC
AATATGCTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCGACTTAAATCAATTATGAGATTATAGAACCATT
TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATCAGAGGGTATAAAAAGACTTTTCTTGCCAACAAAA
ACATTTTTCTTCAAGTTTCGAGAGGTAAACATTCAATTATTGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAA
AAAATTCAACTTACAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTAA
AGGAATAAGAGACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTGTTTCTTTATGTTTCTCTAG
ACAAACATTCAATTATAGTCTATTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAGAACCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCAATCAAAGGCTATAAATAGAC
TTTTTTTGCCAACAAATACATTTTTCTTCAAGTTTCTAGAGCTAAACATTCAATTATTGTGTGTT
TTAATGAAAAATAAAAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGC
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAACAAACTTTCCTTGCCAATGAATACTTGT
TTCTTCACGTTTCTCTAGACGAACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATATAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAACGAGTAAAAAGAGAGACTAT
Found at i:274021 original size:123 final size:123
Alignment explanation
Indices: 273802--274042 Score: 356
Period size: 123 Copynumber: 2.0 Consensus size: 123
273792 ACTATAAACG
* * * * * *
273802 GACTTTCCTTGCCAATGAATACTTGTTTCTTTATGTTTCTCTAGACGAACATTCAATTATAGTCT
1 GACTTTCCTTGCCAATGAATACTTGTTTCCTCACGTTACTCGAGACAAACATTCAATTATAGTCT
*
273867 GTTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATA
66 GTTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATA
* * *
273925 GACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCCTCACGTTACTCGAGGCAAACATTCAATTATAGTTT
1 GACTTTCCTTGCCAATGAATACTTGTTTCCTCACGTTACTCGAGACAAACATTCAATTATAGTCT
* * * *
273990 GTTTTAGTGAAAAATGTAAACAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATA
66 GTTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATA
274043 GAACCATTTG
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 14, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
123 104 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (123 bp):
GACTTTCCTTGCCAATGAATACTTGTTTCCTCACGTTACTCGAGACAAACATTCAATTATAGTCT
GTTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATA
Found at i:274134 original size:294 final size:296
Alignment explanation
Indices: 273625--274217 Score: 721
Period size: 294 Copynumber: 2.0 Consensus size: 296
273615 CAGAGGCTAT
** * * *
273625 AAATAGACTTTTTTTGCCAACAAATACATTTTTCTTCAAGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTAT
1 AAATAGACTTTCCTTGCCAACAAATACATTTTTCCTCAAGTTACTAGAGGCAAACATTCAATTAT
* * * * *
273690 TGTTTGTTTTAATGAAAAATAAAAAGAAAATTCAACTTACAATCAATTATTAGATTATAAAACTA
66 AGTTTGTTTTAATGAAAAATAAAAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCA
* * ** *
273755 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAATGA
131 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAACGAACTTTCCTCACCAACGA
* * * * *
273820 ATACTTGTTTCTTTATGTTTCTCTAGACGAACATTCAATTA-TAGTCTGTTTCAATGAAAAATGT
196 ATACTTGTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAAACATTCAATTATTA-ACTGTTTCAATAAAAAATGT
*
273884 -AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
260 AAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAA
** * * *
273920 AAATAGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCCTCACGTTACTCGAGGCAAACATTCAATTAT
1 AAATAGACTTTCCTTGCCAACAAATACATTTTTCCTCAAGTTACTAGAGGCAAACATTCAATTAT
* ** * * *
273985 AGTTTGTTTTAGTGAAAAATGTAAA-CAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAGAACCA
66 AGTTTGTTTTAATGAAAAATAAAAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCA
* * * * *
274049 TTTGAAGCAAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAA-TAACCATTT-CTCACCAAC
131 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAACGAA-C-TTTCCTCACCAAC
* * ** *
274112 GAATGCATT-TTTCTTCATGTTTCTGGAGGTAAACATTCAATTATTAACTGTTTGAATAAAAAAT
194 GAATAC-TTGTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAAACATTCAATTATTAACTGTTTCAATAAAAAAT
*
274176 GTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTAAA
258 GTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAA
274215 AAA
1 AAA
274218 CTATTTAAAG
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 43, Indels: 10
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
293 1 0.00
294 129 0.52
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ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (296 bp):
AAATAGACTTTCCTTGCCAACAAATACATTTTTCCTCAAGTTACTAGAGGCAAACATTCAATTAT
AGTTTGTTTTAATGAAAAATAAAAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCA
TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAACGAACTTTCCTCACCAACGA
ATACTTGTTTCTTCATGTTTCTCGAGACAAACATTCAATTATTAACTGTTTCAATAAAAAATGTA
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAA
Found at i:274335 original size:466 final size:466
Alignment explanation
Indices: 273454--274388 Score: 1356
Period size: 466 Copynumber: 2.0 Consensus size: 466
273444 GGCAGACTAT
* * * * * * *
273454 AAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTGTTTCTTTATGTTTCTCTAGACGAACATTCAATTAT
1 AAATAGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTGTTTCCTCACGTTACTCGAGACAAACATTCAATTAT
*
273519 AGTCTATTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACCAT
66 AGTCTATTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAGAACCAT
* * * **
273584 TTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCAATCAGAGGCTATAAATAGACTTTTTTTGCCAACAAA
131 TTAATGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCAATCAGAGGCTATAAATAGACATTTCTCACCAACAAA
*** * *
273649 TACATTTTTCTTCAAGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATTGTTTGTTTTAATGAAAAATAAAA
196 TACATTTTTCTTCAAGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATTAACTGTTTGAATAAAAAATAAAA
* * *
273714 AGAAAATTCAACTTACAATCAATTATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
261 AGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTAAAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTA
* * *
273779 GAAGGAATAAGAGACTATAAACGGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTGTTTCTTTATGTTTCTCT
326 GAAGGAATAAGAGACTATAAACGAACTTTCCTTGCCAATGAATACTTGTTTCTTCATGTTTCTCA
* *
273844 AGACGAACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
391 AGACGAACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATCAATT
273909 ATGAGATTATA
456 ATGAGATTATA
* *
273920 AAATAGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCCTCACGTTACTCGAGGCAAACATTCAATTAT
1 AAATAGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTGTTTCCTCACGTTACTCGAGACAAACATTCAATTAT
* * * * * *
273985 AGTTTGTTTTAGTGAAAAATGTAAACAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAGAACCAT
66 AGTCTATTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAGAACCAT
* * * *
274050 TTGAA-GCAAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATA-ACCATTTCTCACCAACG
131 TT-AATGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCAATCAGAGGCTATAAATAGA-CATTTCTCACCAACA
* * * *
274113 AATGCATTTTTCTTCATGTTTCTGGAGGTAAACATTCAATTATTAACTGTTTGAATAAAAAATGT
194 AATACATTTTTCTTCAAGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATTAACTGTTTGAATAAAAAAT-A
*
274178 AAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTAAAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
258 AAAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTAAAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * *
274242 TTAGAAGGAATGAGAGACTATAAATGAACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTC
323 TTAGAAGGAATAAGAGACTATAAACGAACTTTCCTTGCCAATGAATACTTGTTTCTTCATGTTTC
* * * *
274307 TCAAGGC-AGACATTCAATTGTTGTCTGTTTCAATGAAAAATATAAAAAGATACAACTTAAAATC
388 TCAAGACGA-ACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATC
274371 AATTATGAGATTATA
452 AATTATGAGATTATA
274386 AAA
1 AAA
274389 CCATTTAAAA
Statistics
Matches: 415, Mismatches: 50, Indels: 8
0.88 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
465 2 0.00
466 407 0.98
467 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (466 bp):
AAATAGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTGTTTCCTCACGTTACTCGAGACAAACATTCAATTAT
AGTCTATTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAGAACCAT
TTAATGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGCAATCAGAGGCTATAAATAGACATTTCTCACCAACAAA
TACATTTTTCTTCAAGTTTCTAGAGGTAAACATTCAATTATTAACTGTTTGAATAAAAAATAAAA
AGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTAAAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTA
GAAGGAATAAGAGACTATAAACGAACTTTCCTTGCCAATGAATACTTGTTTCTTCATGTTTCTCA
AGACGAACATTCAATTATAGTCTGTTTCAATGAAAAATATAAAAAAATACAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATA
Found at i:274424 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 273911--275846 Score: 1863
Period size: 171 Copynumber: 11.3 Consensus size: 171
273901 AATCAATTAT
* * * * * * * *
273911 GAGATTATAAAATAGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCCTCACGTTACTCGAGGCAAACA
1 GAGACTAT-AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACA
* * * * *
273976 TTCAATTATAGTTTGTTTTAGTGAAAAATGTAAACAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAATA
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
274041 TAGAACCATTTGAAGCAAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATCA
130 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * ** * * * ** * *
274083 GAGGCTATAAAT-AACCATTTCTCACCAACGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTGGAGGTAAACA
1 GAGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACA
* * * *
274147 TTCAATTATTA-ACTGTTTGAATAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGAT
65 TTCAATTA-TAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
274211 TAAAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAATGA
128 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * *
274255 GAGACTATAAATGAACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACAT
1 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAT
* * * * * *
274320 TCAATTGTTGTCTGTTTCAATGAAAAATATAAAAAGATACAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
66 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
** * *
274385 AAAACCATTTAAAATGAGTAAAAAAGCTTATGAAGGAATGA
131 AAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * * * * *
274426 GAGAATATATATGGACTTTTCTTCCCAGTGAATGCTTTTTTCTTTACGTTTCTGAAGGTAGACAT
1 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAT
* * *
274491 TCAATTATAG-CTTTTTTGAA--AAAAATATATAGAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAG
66 TCAATTATAGTCTGTTTT-AATGAAAAATGTA-A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
274553 CATAAAACTATTTAAAACCAGTAAAAAGACTTTTGAGGGAATGA
128 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * * * * * **
274597 AAGATTGTAAATGAACTTTCCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACAT
1 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAT
* * * * *
274662 TCAATCATAGTCTGTTTTAAAG-AAATTGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGATATTAT
66 TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
274726 AGAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCG-
131 AAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAAT-GA
* * * * * * * * *
274767 GAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATGCATTTTACTTCAAGTTT-TTAAAGCTAAACA
1 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGC-AGACA
* * * ** * *
274831 TTCAATTATTGTCTGTTTTAACT-AAAAATGCAAAAAAAGTTTAACTTGGAATCAATTATTATAT
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
274895 TATAAAACCATTTAAAGCGAGT-ATAAGGCTTTTGAAGAAATGG
128 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * * * * *
274938 GAGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTCTC-CCTATGTTTCTCAAGACAAACA
1 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTC-ACGTTTCTCAAGGCAGACA
* * * * *
275002 TTCAATTGTTGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTA
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*** * * *
275067 TAAAACCATTTAAAATAAGTAAAAAGGGTTTTGAAGAAATGG
130 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * *
275109 GAGACTATATATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGACAGACAT
1 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAT
* * ** **
275174 TCGATTATAG-CTTTTTGTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGCA
66 TCAATTATAGTCTGTTT-TAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*
275238 TAAAATCATTTAGAA-CGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGA
130 TAAAACCATTTA-AAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * * * *
275280 AAGATTGTAAATGGAGTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTTACGTTTCTCAA-GCTAGACA
1 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGC-AGACA
* * *
275344 TTCAATTATATTTTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
275409 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAAGAGTCA
129 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * * * * ** * *
275452 AAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAATG-TATTTTTCTTCAAGTTTATGGAGGTAAACA
1 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACA
** ** * * * *
275516 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATTATTAGATGA
65 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * ** *
275581 TAAAACTATTTAAAGCAAGTAACAAGAATTTTGAAGGAATAA
130 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* ** * * *
275623 GAGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATATTTTTTTTTCTTCGCGTTTCTCTA-GAAGCA
1 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-A-ATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAG-A
* * *
275687 CATTCAATTATAGTATGTTTCAATGAAAAATGTAAAAATATTCAACTT-AAATCAATTATGAGAT
63 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* *
275751 TATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTGGAAGGAATGA
128 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGA
* * * * * *
275795 AAGATTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATACTTTTTTTTTCACATTTC
1 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTC
275847 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.01
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174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAT
TCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGAATGA
Found at i:275552 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 273920--275827 Score: 1986
Period size: 343 Copynumber: 5.6 Consensus size: 340
273910 TGAGATTATA
* * * * *
273920 AAATAGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCCTCACGTTACTCGAGGCAAACATTCAATTAT
1 AAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGCAGACATTCAATTAT
* * * * * * *
273985 AGTTTGTTTTAGTGAAAAATGTAAACAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAGAACCAT
65 AGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * **
274050 TTGAAGCAAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATCAGAGGCTATAAATA-ACCATTTCTCACCAACGA
130 TTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGACTATAAATAGA-CTTTTCTTGCCAACGA
* * * * * *
274114 ATGCATTTTTCTTCATGTTTCTGGAGGTAAACATTCAATTATTAACTGTTTGAATAAAAAATGTA
194 ATGTATTTTTCTTCAAGTTTCTGGAGGTAAACATTCAATTA-TAGCTGTTTTAACAAAAAATAT-
** * * *
274179 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTAAAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
257 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGAGCATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTT
* *
274244 AGAAGGAATGAGAGACTAT
322 TGAAGGAATGAAAGACTAT
* * *
274263 AAATGAACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTGT
1 AAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAA-GCAGACATTCAATTAT
* * * *
274328 TGTCTGTTTCAATGAAAAATATAAAAAGATACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
65 AGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * * * * **
274393 TTAAAATGAGTAAAAAAGCTTATGAAGGAATGAGAGAATATATATGGACTTTTCTTCCCAGTGAA
130 TTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAA
* * * * *
274458 TGCT-TTTTTCTTTACGTTTCTGAAGGTAGACATTCAATTATAGCTTTTTTGAA-AAAAATATAT
195 TG-TATTTTTCTTCAAGTTTCTGGAGGTAAACATTCAATTATAGCTGTTTT-AACAAAAA-ATAT
* * * * *
274521 AGAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGCATAAAACTATTTAAAACCAGTAAAAAGACTTT
257 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGAGCATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTT
* * *
274586 TGAGGGAATGAAAGATTGT
322 TGAAGGAATGAAAGACTAT
* * * * * *
274605 AAATGAACTTTCCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGACATTCAATCAT
1 AAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG-CAGACATTCAATTAT
* * * * * *
274670 AGTCTGTTTTAAAG-AAATTGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGATATTATAGAACCAT
65 AGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * *
274734 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCGGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAA
130 TTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAA
* * * ** * * * **
274799 TGCATTTTACTTCAAGTTTTTAAAGCTAAACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACTAAAAATGCAA
195 TGTATTTTTCTTCAAGTTTCTGGAGGTAAACATTCAATTATAG-CTGTTTTAACAAAAAATATAA
* ** * ** * *
274864 AAAAAGTTTAACTTGGAATCAATTATTATATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-ATAAGGCTTTT
259 AAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATTAGAGCATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTT
* **
274928 GAAGAAATGGGAGACTAT
323 GAAGGAATGAAAGACTAT
* * * * *
274946 AAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTCTC-CCTATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTG
1 AAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTC-ACGTTTCTCAAG-CAGACATTCAATTA
* * *
275010 TTGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCA
64 TAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
** * * * ** * * *
275075 TTTAAAATAAGTAAAAAGGGTTTTGAAGAAATGGGAGACTATATATGGACTTTTCTTGCCAATGA
129 TTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGA
* * * ** * * * *
275140 ATGCT-TTTTTCTTTACGTTTCTCGAGACAGACATTCGATTATAGCTTTTTGTAACAAAAAATGT
194 ATG-TATTTTTCTTCAAGTTTCTGGAGGTAAACATTCAATTATAGCTGTTT-TAACAAAAAATAT
*
275204 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGCATAAAA-TCATTTAGAA-CGAGTAAAAAGGCT
257 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGAGCATAAAACT-ATTTA-AAGCGAGTAAAAAGGCT
* *
275267 TTTGAAGGAATGAAAGATTGT
320 TTTGAAGGAATGAAAGACTAT
* * ** *
275288 AAATGGAGTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTAT
1 AAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGC-AGACATTCAATTAT
* * * *
275353 ATTTTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
65 AGTCTGTTTCAATGAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * * *
275418 TTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAAGAGTCAAAGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGA
129 TTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGA
* * *
275483 ATGTATTTTTCTTCAAGTTTATGGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAACATA
194 ATGTATTTTTCTTCAAGTTTCTGGAGGTAAACATTCAATTATAG-CTGTTTTAACAAAAAATATA
* * * * **
275548 AAAAAATTCAATTTAAAATTAATTATTAGATG-ATAAAACTATTTAAAGCAAGTAACAAGAATTT
258 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGA-GCATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTT
275612 TGAAGGAAT-AAGAGACTAT
322 TGAAGGAATGAA-AGACTAT
* * * *
275631 AAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATATTTTTTTTTCTTCGCGTTTCTCTAGAAGCACATTCAATT
1 AAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATA--CTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCAG-ACATTCAATT
* *
275696 ATAGTATGTTTCAATGAAAAATGTAAAAATATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACC
63 ATAGTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * * * *
275760 ATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTGGAAGGAATGAAAGATTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
128 ATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACG
275825 AAT
193 AAT
275828 ACTTTTTTTT
Statistics
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0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
AAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCAGACATTCAATTATA
GTCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
TAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATCAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAACGAAT
GTATTTTTCTTCAAGTTTCTGGAGGTAAACATTCAATTATAGCTGTTTTAACAAAAAATATAAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGAGCATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAA
GGAATGAAAGACTAT
Found at i:276152 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 275947--277522 Score: 1350
Period size: 172 Copynumber: 9.2 Consensus size: 168
275937 NNNNNNNNNN
* * * *
275947 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATAATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTTGCATTTTTCA
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTACATTTTTCA
* * * * * *
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*
276077 AAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCGAAAGCCTTATT
128 AAAAGTCTATTTATAGCCTCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * *
276119 ATTCGCTTGAAATGGTTCTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACA-TTTTGAT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCAT
* * * * *
276183 TAAAATATACTATAATTGAATGTCTGCTTTGAGAAATGTGAA-AAAAAGGCATTCATTGGTAAGA
66 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCTCT-AGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGA
* * * * * * *
276247 ATAGTCCATTTATAATCTTTCATTCCTTCCAAAGCCTTTTT
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* * * *
276288 ACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCAT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCAT
* * * * ** * **
276353 TGAAACATACTATAATTAAATGTGCTTCTAGAGAAACGCGAAGAAAAAAAATATTCATTGGCAAG
66 TAAAACAGACTATAATTGAATGT-CTGCTCTAGAAACGTGAAG--AAAAAGCATTCATTGGCAAG
* * **
276418 GAAAGT-TCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAATTCTTATT
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* * * * *
276460 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAATTTTATTTTTATATTTTTG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-ATT-TTTTTACATTTTTC
* * * * * * *
276525 GTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCTATAAACTTGAAGAAAAAGACATTCGTTGGC-A
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* * * * *
276589 GAAAAAGTCTATTTATAGTCTTCGACTCTTTCGAAAGCCTTATT
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* * **
276633 ACTCGCTTTAAATGGTTCTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTTG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTACATTTTTCA
* * * * * *
276698 TTAAAACACAATATAATTGAATGTTTGGCT-TAAGAAACGTAAAGAAAAAACCATTCATCGGCAA
65 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-GCTCT-AGAAACGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAA
* * * * * * * * *
276762 GAAAACTCCATTTACAATCTTTCATTTCTTCAAAAACCTTTTT
127 GAAAAGTCTATTTA-TAGCCTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * **
276805 ACTCGTTTTAAATGATTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCAT
* * * * *
276870 TAAAAAAG-CTATAATTGAATGTCTGTCTCGAAAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAA
66 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTG-CTCTAGAAACGTGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGA
* * * *
276934 AAAGTCTATATATAGTCTCCCATTCCTTCAAAACCCTTTTT
129 AAAGTCTATTTATAGCCT-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
*** * * * * * *
276975 ACTTATTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGCTGAATCTTTTTATATTTTTCAT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCAT
* * * * * * * *
277040 TGAAACAGACAACAATTGAATGTCTGCCCTAAGAAACATGAAGGATAAAGTATTCATTGGCAAGG
66 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCTCT-AGAAACGTGAA-GAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
* * * ** *
277105 AAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTTGTTTAAAAGCCTTATT
129 AAAGTCTATTTATAG-CCTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* ** * ** * **
277146 ACTCGCTTAAAATTATTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTATATTTTTTG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTCA
* * * * * * * ** **
277211 TTAAAACAG-TTAATAATTCAATGTTTACCTCCAAAAACTTGAAGAAAAAGACATTGGTTGGTGA
65 TTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCT-GCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAA
*
277275 GAAAAGGT-TATTTATAGCCTCCGATTCCTTCAAAAGTCTTATT
127 GAAAA-GTCTATTTATAGCCTCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
277318 ACTCGCTTTAAATGATTCTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCAT
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCAT
* * * *
277383 TAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGTAACGTGAAGAAAAATGTATTCATTGGCAAGA
66 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTG-CTCTAGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGA
* ** * *
277448 AAAGTCCATTTATAGTTTCTCATTTCTTCAAAAGCCTTTTT
129 AAAGTCTATTTATAGCCTC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATT
*
277489 ACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
277523 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1114, Mismatches: 251, Indels: 79
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 104 0.09
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173 101 0.09
174 45 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCAT
TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCTCTAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAA
AGTCTATTTATAGCCTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
Found at i:277209 original size:513 final size:503
Alignment explanation
Indices: 275947--277522 Score: 1723
Period size: 513 Copynumber: 3.1 Consensus size: 503
275937 NNNNNNNNNN
* * * *
275947 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATAATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTTGCATTTTTCA
1 ACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAATCTTTTTAT--ATTTTTCA
* * * *
276012 TCAAAACAGACGATAATTGATTGTTTAGCTCTAGAAACTTGAAGAAAAATGCATTCGTTGGCAAG
64 TTAAAACAGACAATAATTGAATGTTT-GCCCTAGAAACTTGAAGAAAAA-GCATTCGTTGGCAAG
* * * * *
276077 AAAAGTCTATTTATAGCCTCCGATTCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTGAAATGGTTCTATAA
127 AAAAGTCTATTTATAGTCTTCGATT-TTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTCTATAA
* * * * *
276142 TATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACA--TTTTGATTAAAATATACTATAATTGAATG
191 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACA-AATATAATTGAATG
* * * * *
276205 TCTGCTTTGAGAAATGTGAA-AAAAAGGCATTCATTGGTAAGAATAGTCCATTTATAATCTTTCA
254 TTTGC-TTAAGAAACGTGAAGAAAAA-ACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA-AATCTTTCA
*
276269 TTCCTTCCAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
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* * * *
276333 AATATTTTTACATTTTTCATTGAAACATACTATAATTAAATGTGCT-TCTAGAGAAACGCGAAGA
380 AATATTTTTACATTTTTCATT-AAA-AAACTATAATTGAATGT-CTGTCTCGAGAAACGTGAAG-
* * ** *
276397 AAAAAAATATTCATTGGCAAGGAAAGT-TCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAATTCTTATT
441 AAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAACCCTTTTT
* * *
276460 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAATTTTATTTTTATATTTTTG
1 ACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAA---TCTTTTTATATTTTTC
* * *
276525 GTTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTACCTCTATAAACTTGAAGAAAAAGACATTCGTTGGC-A
63 ATTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTGCC-CTAGAAACTTGAAGAAAAAG-CATTCGTTGGCAA
* * *
276589 GAAAAAGTCTATTTATAGTCTTCGACTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTCTAC
126 G-AAAAGTCTATTTATAGTCTTCGA-TTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTCTAT
*
276654 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACACAATATAATTGAA
189 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACA-AATATAATTGAA
* * * *
276719 TGTTTGGCTTAAGAAACGTAAAGAAAAAACCATTCATCGGCAAGAAAACTCCATTTACAATCTTT
252 TGTTT-GCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAA-CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA-AATCTTT
* * *
276784 CATTTCTTCAAAAACCTTTTTACTCGTTTTAAATGATTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAGTT
314 CATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* ** * *
276849 GAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAAGCTATAATTGAATGTCTGTCTCGAAAAACGTAAAGAA
379 GAATATTTTTACATTTTTCATTAAAAAA-CTATAATTGAATGTCTGTCTCGAGAAACGTGAAGAA
* * *
276914 AAAAGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCTATATATAGTCTCCCATTCCTTCAAAACCCTTTTT
443 AAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAACCCTTTTT
** *
276975 ACTTATTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGCTGAATCTTTTTATATTTTTCAT
1 ACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAG-TTAATCTTTTTATATTTTTCAT
* * * * * * * *
277040 TGAAACAGACAACAATTGAATGTCTGCCCTAAGAAACATGAAGGATAAAGTATTCATTGGCAAGG
65 TAAAACAGACAATAATTGAATGTTTGCCCT-AGAAACTTGAA-GAAAAAGCATTCGTTGGCAAGA
* ** ** *
277105 AAAGTCCATTTATAGTCTTTC-ATTTGTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATTATTTTATAA
128 AAAGTCTATTTATAGTC-TTCGATTT-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTCTATAA
* * ** *
277169 TCTAATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGTTAATAATTCAATG
191 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-TTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAAT-ATAATTGAATG
* * * ** * * * * * *
277234 TTTACCTCCAA-AAACTTGAAGAAAAAGACATTGGTTGGTGAGAAAAGGT-TATTTATAGCCTCC
254 TTT-GCT-TAAGAAACGTGAAGAAAAA-ACATTCATTGGTAAGAAAA-GTCCATTTAAATCTTTC
* * * * *
277297 GATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGATTCTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT
315 -ATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
277362 AAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGTAACGTGAAGA
379 GAATATTTTTACATTTTTCATT-AAA-AAACTATAATTGAATGTCTGTCTCGAGAAACGTGAAGA
* * * * * *
277427 AAAATGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTTCTCATTTCTTCAAAAGCCTTTTT
442 AAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAACCCTTTTT
* *
277489 ACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
1 ACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTG
277523 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 898, Mismatches: 134, Indels: 61
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
512 10 0.01
513 319 0.36
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515 110 0.12
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518 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (503 bp):
ACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTAATCTTTTTATATTTTTCATT
AAAACAGACAATAATTGAATGTTTGCCCTAGAAACTTGAAGAAAAAGCATTCGTTGGCAAGAAAA
GTCTATTTATAGTCTTCGATTTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAATGGTTCTATAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATATAATTGAATGTTTGCTT
AAGAAACGTGAAGAAAAAACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAAATCTTTCATTCCTTCAAA
AGCCTTTTTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTAC
ATTTTTCATTAAAAAACTATAATTGAATGTCTGTCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATT
GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAACCCTTTTT
Found at i:278147 original size:171 final size:170
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Indices: 277841--278148 Score: 388
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
277831 NNNNNNNNNN
* * ** * * *
277841 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTCATTGAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATATAATAATTAATTTCAAGTTAAATCTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
* *
277906 ACAACAATTAAATGTTTGTCTTGAAAAACATGAGGAGAAAAGTATTCATTGGCAAGGAAAGTCCA
66 ACAACAATTAAATGTTTGTCTTGAAAAACATGAAGAGAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
277971 TTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAACCTTATACTCGCTT
131 TTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAACCTTATACTCGCTT
* * ** *
278011 TAAATGGTTTTATAATATAATAATTAATTTCAAGTTAAACTTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATATAATAATTAATTTCAAGTTAAA-TCTTTTTACATTTTTCATTAAAACA
* * * *
278076 GACAATAATTAAATGTTTAG-CTCT-AGAAACTTGAAGA-AAAATGTATTCGTTGGCAAGAAAAG
65 GACAACAATTAAATGTTT-GTCT-TGAAAAACATGAAGAGAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAG
*
278138 TCTATTTATAG
127 TCCATTTATAG
278149 CCTNNNNNNN
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 19, Indels: 7
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 37 0.32
171 76 0.66
172 2 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TAAATGGTTTTATAATATAATAATTAATTTCAAGTTAAATCTTTTTACATTTTTCATTAAAACAG
ACAACAATTAAATGTTTGTCTTGAAAAACATGAAGAGAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAACCTTATACTCGCTT
Found at i:278608 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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278295 NNNNNNNAGA
* * * * * *
278305 CTATGATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGGAAAGTTCAT
1 CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCAT
* * * * **
278370 TTACAATCTTTCATTCCCTCGAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATGCTCTCATAATT
66 ATACAATCTCTCATTCCCTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
278435 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATATTTTTTTAAAAAAAG
131 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATATTTTTTTAAAAAAAG
* *
278476 CTATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCAT
1 CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
278541 ATATATTCTCTCATTCCTTCAAAAGCTTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATT
66 ATACAATCTCTCATTCCCTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
*
278606 GATTTTACGTTA
131 GATTTTAAGTTA
278618 GCAAGGAAAG
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 20, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
171 122 1.00
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Consensus pattern (171 bp):
CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGGAAGAAAAGTCCAT
ATACAATCTCTCATTCCCTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATATTTTTTTAAAAAAAG
Found at i:279032 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 278855--279170 Score: 316
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
278845 NNNNNNNNNN
* *
278855 ATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTACAATTTTCATTAAAAC-TAACTTTAATT
1 ATAATCTCATAATTGATTTTTAA-TTAAATCTTTTTACAATTTTCATTAAAACAT-ACTATAATT
* * * * * *
278918 GAATGGTTGC-CTCGAGTAACGTGAGGAAAAAAATATTCATTGGCAATGAAAGTCCATTTATAGT
64 GAAT-G-TGCGCTAGAGAAACGTAAAGAAAAAAATATTCATTGCCAAGGAAAGTCCATTTATAGT
278982 CT-CTCATTCCTTCAAAAGCNNNNNNNNNNGTTTTAAATGGTTTT
127 CTCCT-ATTCCTTCAAAAGC----------GTTTTAAATGGTTTT
* * * *
279026 ATAATCTCATAATTGATTTTTCATTGAATCTTTTTACATTTTTCATTGAAACATACTATAATTGA
1 ATAATCTCATAATTGATTTTTAATTAAATCTTTTTACAATTTTCATTAAAACATACTATAATTGA
* * *
279091 ATGTGCGTCTAGAGAAACGTAAAGAAAAAAATATTCATTGCCAAGGGATGTCCGTTTATAGTCTC
66 ATGTGCG-CTAGAGAAACGTAAAGAAAAAAATATTCATTGCCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCTC
*
279156 CTTTTCCTTCAAAAG
130 CTATTCCTTCAAAAG
279171 TCTTATTACT
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 16, Indels: 10
0.83 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.02
170 1 0.01
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ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (160 bp):
ATAATCTCATAATTGATTTTTAATTAAATCTTTTTACAATTTTCATTAAAACATACTATAATTGA
ATGTGCGCTAGAGAAACGTAAAGAAAAAAATATTCATTGCCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCTCC
TATTCCTTCAAAAGCGTTTTAAATGGTTTT
Found at i:281429 original size:171 final size:171
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Period size: 170 Copynumber: 4.6 Consensus size: 171
280708 NNNNNNNNNN
* * * ** *
280718 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATATAATAATTGATTTTAAGTT-TTTTTTTTTG
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * *
280782 CATTTTTCATTAAAACAGACGATAATTGAATGTTTAGCTCT-AGAAACTTGAAGAAAAATGCATT
66 CATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATT
** * *
280846 TGTTGGCAAGAAAAG-TCTACTTATAGCCTCTCATTCCTTCAA
130 CATTGGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAA
* * * *
280888 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTCTATAATTTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * *
280953 CA-TTTTCTTTAAAACAGACTATGATTGATTGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTC
66 CATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTC
* * * * *
281017 ATTGGCAAAAAAAGTTCATTTACAATCTTTCATTCCCTCAA
131 ATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAA
* * ** *
281058 AAGCCTTTTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATGCTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* ** * * * *
281123 TATATTTTTTTTCAAA-AG-CTATAATTGAATGTCTACCTTGCGAAACGTAAAGAAAAAAGCATT
66 CAT-TTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATT
* * * * * *
281186 AATTGGGAAGAAAAGTCCATATATATTCTTTCATTCCTTCAA
130 CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAA
* * ** * *
281228 AAGCTTTTTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTATCTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * *
281293 TATTTTTCATTGAAATAGACAACAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTC
66 CATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTC
* *
281358 ATTGGCAAGGAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCTA
131 ATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAA
* *
281399 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT
* * * *
281463 ACACTTTT-AGTTGAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCT
65 ACATTTTTCA-TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCT
281503 CCTGAAATTT
Statistics
Matches: 517, Mismatches: 89, Indels: 17
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.02
170 333 0.64
171 164 0.32
172 10 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (171 bp):
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
CATTTTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTC
ATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAA
Found at i:283026 original size:171 final size:171
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Indices: 282594--283082 Score: 568
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 171
282584 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
282594 ACTTTTCTCTTCAAGTTTCACAAGACGGACATTCAATTGTTGTCTG-TTTGATTGAAAAATGTAA
1 ACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATT-AAAAATGTAA
* *
282658 AAAGATTCTACTTAAAAACAATTATGAGATTATAAAACTTTTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTG
65 AAAGATTCAACTTAAAAACAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTG
* * *
282723 AAGGAATGGGAGACTATCTATTGACTTTTTTTACCAATGAAT
130 AAGGAATGGGAGACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAAT
* * * * * *
282765 GCTTTTTACTTTACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAA
1 ACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATTAAAAATGTAAA
********** * * * * *
282830 AAGATTCAANNNNNNNNNNATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAACGAGTTAAAAGGCTTTTAA
66 AAGATTCAACTTAAAAACAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGA
* *
282895 AGAAATGGGAGGCTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAAT
131 AGGAATGGGAGACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAAT
*
282936 ACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAACAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATTAAAAATGTAAA
1 ACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATTAAAAATGTAAA
* ** * *
283001 AA-ACTTCAACTTCAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGGAAAAAGACTTTTG
66 AAGA-TTCAACTTAAAAACAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTG
*
283065 AAGGAATGAGAGACTATA
130 AAGGAATGGGAGACTATA
283083 AATGGANNNN
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 62, Indels: 4
0.79 0.19 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 248 0.98
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
ACTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATTAAAAATGTAAA
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AGGAATGGGAGACTATATATAGACTTTTCTTACCAATGAAT
Found at i:284226 original size:171 final size:171
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Indices: 283663--284433 Score: 568
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 171
283653 NNNNNNNNNN
* * * * * ** *
283663 TATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATGATATCCTAAAAC
1 TATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAACATCAATTATGAGATTATAGAAC
* ** * * * *
283728 AATTTAAAATGAGTAAAAAGGCATTC-GAAGGAATGAGAGACTATATATGGACTTTTCTCGCCAA
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* * * ** *
283792 TGAAT-TTTTTTTTTTCATATTTCTTGAGGCAAACATTCAAT
130 TGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGGAAACATTCAAT
* * * * * *
283833 TATAGT-TTTTTTAATGAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATA-ACA
1 TATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAACATCAATTATGAGATTATAGA-A
* ** * * * * **
283896 TCATTTAAAATGAGAAAAAAGGATTTTGAA-GATATGAGAGACTATAAAT-GAGCTTTTCTTGNN
65 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGA-ATGAGAGACTATAAATAGA-CTTTTCTTGCC
******** * ****
283959 NNNNNNNNCTTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTTGGCATTCAAT
128 AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGGAAACATTCAAT
* * * * * * * *
284003 TACAATCTGTTTCAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAGCTTAACGTTAATTATGAGATTATAGAAC
1 TATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAACATCAATTATGAGATTATAGAAC
* * **********
284068 CATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATNNNNNNNNNNAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
66 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
284133 GAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGGAAACATTCAAT
131 GAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGGAAACATTCAAT
* * * * * *
284174 TATAGTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAACATCAATTATGTGATCA-CGAAA
1 TATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAACATCAATTATGAGATTATAG-AA
* * * **********
284238 CCATTTAAAACGTGTAA-AACAGCTTCTGAAGGAATGAGAGACTATAAATANNNNNNNNNNGCCA
65 CCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTCTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCA
** * *
284302 ATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGGAAAAATTCAAT
129 ATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGGAAACATTCAAT
* * *
284345 TATAGTCTTTTTTAATAAAAAATGTTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAAC
1 TATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAACATCAATTATGAGATTATAGAAC
*
284410 CATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
66 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
Statistics
Matches: 461, Mismatches: 127, Indels: 25
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.02
169 95 0.21
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171 310 0.67
172 8 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TATAGTCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAACATCAATTATGAGATTATAGAAC
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT
GAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGGAAACATTCAAT
Done.