Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401766.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4879.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3413
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.10, T:0.35
Warning! 317 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1079 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 670--2363 Score: 1550
Period size: 170 Copynumber: 9.9 Consensus size: 170
660 NNNNNNNNNN
* * * *
670 ACATGAAGAAAAAGACATTCATT-AGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTGACCCATTCCTTCAAAAG
1 ACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
* * * * * *
734 CTTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCACAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACA
65 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTAC-
* * * *
799 ATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTAAAAGTCTACCTC-ATGAC
127 ATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAA
* * * * **
842 ACATGAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGCCACTAATTGTTTCAAAAG
1 ACATG-AAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
* * * * * * *
907 CCTTATTACTTGTTTTAAATGTTTTTGTAGTCTCATAATTAATTTTAACTTGAATTTGTTTACAT
65 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACAT
* * *
972 TTTTGGCTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTACCTCGACAA
129 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
* * * * * * *
1014 ACATGAAGAAAAAGGCATTGATTGACAAGAAAAATTCATTTATATTCTCGCATTCCTTTAAAAGC
1 ACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
* * *
1079 CTTATTACT--CTATTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATAT
66 CTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACAT
* * * * * *
1142 TTTTGATTAAAGCACACTGTAAATGAATGTTTACCTCGAGAA
129 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
* ** * * * *
1184 ACGTGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCATTCAAAAGC
1 ACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
* * *
1249 CTTAATACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATATTTTTCATATT
66 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATT
* * * *
1314 TTTGGTTAAAATAGACTACAAATGAATATCTACC-CTGAGAA
130 TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-GAGAA
* * * * * * *
1355 TCATGAAAAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACTCTTTCCTTAAAAAGC
1 ACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
* * * * * * * *
1420 CTTAATAATCACCTTAAATAGTTTTATAAGT-TGATAACTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACAT
66 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACAT
* * *
1484 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGATAA
129 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
* * * *
1526 ACGT-AAAAACAAAGGCATTCATTGACAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAG
1 ACATGAAGAA-AAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
* * ** * * *
1589 TCTTATTACTCGCATTAAATCATTTTCTAATCCCATAATTGATTCTAAGTTGAATCTTTTTACAT
65 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACAT
* ** * * * * * *
1654 TTTTAGTTTTAATAGA-TAAAAATTGACTGTTTACTTCAAGAA
129 TTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
* * * * * *
1696 ACTTGAATAAAAATGTATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAA
1 ACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT-CAAAA
* * * *
1760 G-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTCAT
64 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT
* * *
1824 TTTTGGTTAAAATAGACTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAA
129 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
* * ** * * * **
1866 ACAAGAAGAACAAA-GCATTCATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCTC-CTATTTCTTTTAAA
1 ACATGAAGAA-AAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAA
* * * * * *
1929 CCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTTTATAT
64 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT
* * * * * ** *
1994 TATTGATTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTAAAAAA
129 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
* * * * * *
2036 ACGTGTAGAAAAA--CTATTTATTGAGACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTCTTCAAAAG
1 ACATGAAGAAAAAGGC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAG
* * * *
2099 CCTTTTTAGTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
65 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACAT
* * * * * * *
2164 TTTTTGTTAAAAGAGA-TAAAAATTGACTATCTATCTCAAGAA
129 TTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
* * * * * *
2206 ACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGG
1 ACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
** * * *
2271 CTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTATAGGTTGAATTTTTTGACATT
66 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATT
** * * *
2336 TTTCATTCAAATATACTATAATTGAATG
130 TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
2364 CCTTCTTCAA
Statistics
Matches: 1228, Mismatches: 259, Indels: 71
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 98 0.08
170 498 0.41
171 481 0.39
172 60 0.05
173 90 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTT
TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
Found at i:1317 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 673--3413 Score: 2162
Period size: 341 Copynumber: 8.1 Consensus size: 337
663 NNNNNNNACA
* * *
673 TGAAGAAAAAGACATTCATT-AGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTGACCCATTCCTTCAAAAGCTT
1 TGAAGAAAAAG-CATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * *
737 TATTACTC-ACTTTAAACGGTTTTATAATCACAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTACAAT
64 TATTACTCTA--TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTA-TAT
* * * * * *
801 TTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAAAGTCTACCTC-ATGACACATGAAAGAAAAAGGCATTCAT
124 TTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACGTG-AAGAAAAAAGCATTCAT
* * * ** * * *
865 TGGCAACAAAAGTCCATTTATAGCCACTAATTGTTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATGTT
187 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * * *
930 TTTGTAGTCTCATAATTAATTTTAACTTGAATTTGTTTACATTTTTGGCTAAAACAGAGTATAAT
252 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTCATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * *
995 TGAATGTCTACCTCGACAAACA
316 TGAATATCTACCTCGAGAAACG
* * * * * * *
1017 TGAAGAAAAAGGCATTGATTGACAAGAAAAATTCATTTATATTCTCGCATTCCTTTAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAA-GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
*
1082 ATTACTCTATTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTG
65 ATTACTCTATTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTG
* * * * * *
1147 ATTAAAGCACACTGTAAATGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAA
129 -TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA
* * * *
1212 GAAAAGTCCATTTATAGCCTCTCATTCATTCAAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
193 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
1277 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATATTTTTCATATTTTTGGTTAAAATAGACTACAAATGAATA
258 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTCATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATA
* *
1342 TCTACC-CTGAGAATCA
322 TCTACCTC-GAGAAACG
* * * * * *
1358 TGAAAAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACTCTTTCCTTAAAAAGCCTT
1 TG-AAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * *
1423 AATAATC-ACCTTAAAT-AGTTTTATAAGT-TGATAACTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATT
65 ATTACTCTA--TTAAATGA-TTTTATAA-TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATT
* *
1485 TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGATAAACGT-AA-AAACAAAGGCATTCAT
125 TTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAA-AAA-GCATTCAT
* * * * * **
1548 TGACAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCATTAAATCAT
187 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * * * ** * *
1612 TTTCTAATCCCATAATTGATTCTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTAGTTTTAATAGA-TAAAAA
252 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTCATATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAA
* * * * * *
1676 TTGACTGTTTACTTCAAGAAACT
315 TTGAATATCTACCTCGAGAAACG
* * *
1699 TGAATAAAAATGTATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAAG-C
1 TGAAGAAAAA-GCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-CAAAAGCC
* * *
1762 TTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTT-TCATT
63 TTATTACTCTA--TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAT-ATT
* * * ** * *
1825 TTTGGTTAAAATAGACTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACAAGAAGAACAAAGCATTCATAG
125 TTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTG
* * * * ** *
1890 GTAAGAAAAGTCCATTTATAATCTC-CTATTTCTTTTAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
189 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * * * * * *
1954 TTATAATTTCAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTTTATATTATTGATTAAAACAGATTATAATTA
253 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
** *
2019 AATATCTACCTAAAAAAACG
318 AATATCTACCTCGAGAAACG
* * * * * *
2039 TGTAGAAAAA-CTATTTATTGAGACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTTCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
2103 TTTAGTCGCT-TTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
65 ATTA--CTCTATTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATA-TT
* * * * * *
2166 TTTGTTAAAAGAGA-TAAAAATTGACTATCTATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTG
125 TTTGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTG
* * * * * **
2230 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGGCTTATTACTCATTTTAAATGGTTT
189 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * ** * * *
2295 TATAATTTCATAATTGATTATAGGTTGAATTTTTTGACATTTTTCATTCAAATATACTATAATTG
254 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTCATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
** * * *
2360 AATGCCTTCTTCAAGAAACG
318 AATATCTACCTCGAGAAACG
*
2380 T---------G-------T-A-AA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
1 TGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * *
2426 TTACTCGCT-TTAAACGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTT
66 TTACT--CTATTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATA-TTTT
* * * * * * *
2490 TGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCC
127 TGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCA
* * *
2555 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTGGATTTAAATGGTTTTAT
192 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
2620 AATCCCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTCCT-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
257 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTCATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * *
2684 TGTGTACCTTGAGAAACG
320 TATCTACCTCGAGAAACG
* * * * * * * *
2702 TGAAGGAAAAAACATTTATTGATAAGAAAAATCTATTTTTATTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAA-GAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * ** * * *
2767 GTTAGTCGTTTTAAATGGTTCTATAATAACATAATCGATTTTCAGTTGAATGTTTTTACATTTTT
65 ATTACTC-TATTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTT
* * * * * *
2832 GGTTAAAACATACAATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTTATTGGCA
128 -GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCA
* * * *
2897 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGG---T-T
192 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
2958 --T-T-ATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTCATA-TTTTGTGTGAAAATAGACTGTAATT-AAC
257 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCATATTTTTG-GTTAAAACAGACTATAATTGAA-
* * *
3017 TACCTACCTTGAAAAACG
320 TATCTACCTCGAGAAACG
* * * * * * * *
3035 TGTAA-AAAAA-CATTTATTCAAAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCCAATTTCTTGAAAAGCCTT
1 TG-AAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
* *
3098 ATTACTCGCT-TTAAGT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATT
65 ATTACT--CTATTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTATATT
* * * ** * * * *
3161 TTGGGTTAAAATAGA-TAATAATTGGATGTCTATGT-GAGAAATGCGAAG-AAAAAGTATTTATT
125 TT-TGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT
* * * * * * * *
3223 AGTAAGAAAAGTTCATTTGTAGTCACTCATTCCTTCAGAAGCCTTATTAGTCGTTTTAAATAGTT
188 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* ** * * * *
3288 TTATAATCCCATAATCAATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACTTTTTTTGTTAAAACATACAATAAT
253 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCATA--TTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* *
3352 TGATTATCTACCTCAAGAAACG
316 TGAATATCTACCTCGAGAAACG
* *
3374 TAAAAAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
1 TGAAGAAAAA-GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
Statistics
Matches: 1911, Mismatches: 385, Indels: 205
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
320 1 0.00
321 2 0.00
322 254 0.13
323 5 0.00
324 1 0.00
325 1 0.00
330 65 0.03
331 90 0.05
332 52 0.03
333 37 0.02
334 20 0.01
336 2 0.00
337 2 0.00
338 30 0.02
339 113 0.06
340 256 0.13
341 556 0.29
342 320 0.17
343 43 0.02
344 58 0.03
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
TGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTCTATTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGTT
AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATATCTA
CCTCGAGAAACG
Found at i:2509 original size:151 final size:151
Alignment explanation
Indices: 2235--2514 Score: 400
Period size: 151 Copynumber: 1.9 Consensus size: 151
2225 CATTGACAAG
* * * *
2235 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGGCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTATAA
** * * * * *
2300 TTTCATAATTGATTATAGGTTGAATTTTTTGACATTTTTCATTCAAATATACTATAATTGAATGC
66 TCCCATAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGC
2365 CTTCTTCAAGAAACGTGTAAA
131 CTTCTTCAAGAAACGTGTAAA
*
2386 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTATAA
* * **
2451 TCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTT-ATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATG
66 TCCCATAATTGATTATAAGTTGAATT-TTTTGACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATG
2515 TTTACCTCAA
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 16, Indels: 2
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
151 108 0.96
152 4 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (151 bp):
AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTTATAA
TCCCATAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGC
CTTCTTCAAGAAACGTGTAAA
Found at i:2671 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 2386--3413 Score: 888
Period size: 171 Copynumber: 6.1 Consensus size: 168
2376 AACGTGTAAA
* * *
2386 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAA
*
2451 TCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTAAATG
65 TCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTA-ATTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * *
2515 TTTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCCAG
128 TCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAA-GCATTTATTGACAAG
* *
2557 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTGGATTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAA
* * **
2622 TCCCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGTTTCCTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
65 TCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTAATTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* ** * * *
2687 GTACCTTGAGAAACGTGAAGGAAAAAACATTTATTGATAAG
129 CTACCTCAAGAAACGT-AAAGAAAAAGCATTTATTGACAAG
* * * * * * * *
2728 AAAAATCTATTTTTATTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTGTTAGTCGTTTTAAATGGTTCTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAA
** * * * * *
2793 TAACATAATCGATTTTCAGTTGAATGTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAACATACAATAATTGATTG
65 TCCCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTA-ATTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * *
2857 TCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTTATTGGCAAG
128 TCTACCTCAAGAAACGTAAAG-AAAAAGCATTTATTGACAAG
* *
2899 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAATCCTTATTACTC-ACTTTAAATGG--TT-T-
1 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
2959 -T---ATAATTGATTTTAATTTGAA-TTTTTCATATTTTGTGTGAAAATAGACTGTAATT-AACT
64 ATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATTTTTTG-GTTAAAACAGACTATAATTGAA-T
** * * * *
3018 ACCTACCTTGAA-AAACGTGTAA-AAAAA-CATTTATTCAAAAG
127 GTCTACC-TCAAGAAACGT-AAAGAAAAAGCATTTATTGACAAG
* * * * * * *
3059 AAAAATCCATTTATAGTCTCCAATTTCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * *
3124 TCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTGGGTTAAAATAGA-TAATAATTGGAT
65 TCCCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAAT-TTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAAT
** * * ** * *
3188 GTCTATGT-GAGAAATGCGAAGAAAAAGTATTTATT-AGTAAG
127 GTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGCATTTATTGA-CAAG
* * * * * *
3229 AAAAGTTCATTTGTAGTCACTCATTCCTTCAGAAGCCTTATTAGTCGTTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAA
** * * * * * *
3294 TCCCATAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAACATACAATAATTGATTAT
65 TCCCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAATTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT
* *
3359 CTACCTCAAGAAACGTAAAAAAAAAGGCATTCATTGACAAG
129 CTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAA-GCATTTATTGACAAG
3400 AAAAGTCCATTTAT
1 AAAAGTCCATTTAT
Statistics
Matches: 676, Mismatches: 142, Indels: 78
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
159 2 0.00
160 55 0.08
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ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATAAT
CCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
ACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGCATTTATTGACAAG
Found at i:3340 original size:501 final size:507
Alignment explanation
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Period size: 501 Copynumber: 2.0 Consensus size: 507
2376 AACGTGTAAA
* * *
2386 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGG-TTTAT-A
* * * **
2451 TCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGT
64 T--CATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTCATATTTTGTGTGAAAACAGACTATAATTAAATAC
* **** *
2516 TTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCCAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAT
127 CTACCTCAAGAAATGTAAAGAAAAA-GCATTCATTCAAAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTCAT
* *
2581 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTGGATTTAAATGGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTCAA
191 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTCAA
* * * *
2646 TTTGTTTCCTTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAACGTGAAGGAAA
256 TTTGTTTCATTTTTGGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACGCGAAGGAAA
* * *
2711 AAACATTTATTGATAAGAAAAATCTATTTTTATTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTGTTAGTCGT
320 AAACATTTATTGATAAGAAAAATCTATTTGTAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGT
* * *
2776 TTTAAATGGTTCTATAATAACATAATCGATTTTCAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
385 TTTAAATAGTTCTATAATAACATAATCAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * *
2841 ATACAATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAA-GTATTTATTGGCAAG
450 ATACAATAATTGATTATCTACCTCAAGAAACGT-AAAAAAAAAGGCATTCATTGACAAG
* *
2899 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TT-T-T-
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTATATC
* * * *
2960 ATAATTGATTTTAATTTGAATT-TTTCATATTTTGTGTGAAAATAGACTGTAATTAACTACCTAC
66 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTCATATTTTGTGTGAAAACAGACTATAATTAAATACCTAC
* *
3024 CTTGAA-AAACGTGT-AA-AAAAA-CATTTATTCAAAAGAAAAATCCATTTATAGTCTC-CAATT
131 C-TCAAGAAA--TGTAAAGAAAAAGCATTCATTCAAAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTC-ATT
* * * * * *
3084 TCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAAT
192 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT
* * * * *
3149 TTTTTTTATATTTTGGGTTAAAATAGA-TAATAATTGGATGTCTA-TGTGAGAAATGCGAA-GAA
257 TTGTTTCAT-TTTTGGGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTACT-TGAGAAACGCGAAGGAA
** * *
3211 AAAGTATTTATT-AGTAAGAAAAGT-TCATTTGTAGTCACTC-ATTCCTTCAGAAGCCTTATTAG
319 AAAACATTTATTGA-TAAGAAAAATCT-ATTTGTAGTCAC-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTAG
* ** * * *
3273 TCGTTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTGTTA
381 TCGTTTTAAATAGTTCTATAATAACATAATCAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTA
3338 AAACATACAATAATTGATTATCTACCTCAAGAAACGTAAAAAAAAAGGCATTCATTGACAAG
446 AAACATACAATAATTGATTATCTACCTCAAGAAACGTAAAAAAAAAGGCATTCATTGACAAG
3400 AAAAGTCCATTTAT
1 AAAAGTCCATTTAT
Statistics
Matches: 444, Mismatches: 60, Indels: 34
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
500 10 0.02
501 172 0.39
502 107 0.24
503 28 0.06
504 42 0.09
505 26 0.06
506 3 0.01
508 1 0.00
510 1 0.00
511 2 0.00
513 52 0.12
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (507 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTATATC
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTCATATTTTGTGTGAAAACAGACTATAATTAAATACCTAC
CTCAAGAAATGTAAAGAAAAAGCATTCATTCAAAAGAAAAATCCATTTATAGTCTCTCATTCCTT
CAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTGT
TTCATTTTTGGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACTTGAGAAACGCGAAGGAAAAAACAT
TTATTGATAAGAAAAATCTATTTGTAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCGTTTTAAA
TAGTTCTATAATAACATAATCAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATACAA
TAATTGATTATCTACCTCAAGAAACGTAAAAAAAAAGGCATTCATTGACAAG
Done.