Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401778.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_489.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2653
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.11, T:0.34
Warning! 303 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:801 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 505--1498 Score: 763
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 170
495 NNNNNNNNNN
* * * *
505 TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATATCCACCTTAG-GA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGAGA
** * * * * * **
569 AATGTGAATAAAAAGATATTCATTGGTAAGTAAAGTCCATTTATAGTCACCTACACCTTCAAAAC
65 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAC
* * * * *
634 CGTTTTTACTAGCTTGAAATGCTTTTATCATCTCATAATGGA
130 C-TTATTACTAGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGA
* *
676 ATTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGCCTTAGA-A
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGAGA
* * *
740 AACATGAAGAAAAAGATATCCAGTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAANN
65 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA-A
******** *
805 NNNNNNNNCTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGA
129 CCTTATTACTAGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * * * * *
847 TTTTAAATTGAATTTTTTTCCT-TCTTTCATTAAAACTGATAATTATTGAATGTTTGCCTCAG-G
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATAT-TTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGAG
* * * * * * *
910 AAACATTAAGACAAAGACATCCATTGGGAAAAAAAGT-CATTTTATAGTCACTCATGCCTTTAAA
64 AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
*
974 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTTC-TAATTGA
128 A-CCTTATTACTAGCTTTAAATGTTTTTATAATC-TCATAATTGA
* * * * * *
1018 TTTTAAATAGAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCA-AG
1 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGAG
* * * * * * ** * *
1082 GAAC-GGAAAGAAAAATATATCCATAGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTTAAACATGTCTTTGAA
64 AAACATG-AAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CCTTCAA
* * *
1146 AGCCTTATTACTCA-TTTTAAAAGTTTTTATAATCTCATAATTGA
127 AACCTTATTACT-AGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGA
* * ** * * * * * *
1190 TTTTAAGTTGAATTGTTATGCATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTAAC-TCGACA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGAGA
* * * * * * * *
1254 AACGTGAA-TAAAAGATATCCATTTGTAAGAAAACTCCATTGATATTCACCCATGCCTTCAATAG
65 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA-AA
* * * *
1318 CCTTATTATTCA-CTTTAGATATTTTTATAATCTTATAATTGA
129 CCTTATTACT-AGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGA
********** * * * *
1360 TTTTANNNNNNNNNNTTTTATATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGTATTTCTACC-TCGAGA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGAGA
* * * *
1424 AACATGAAGAAAAAGATATCCATGGGCGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
65 AACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAA
1489 CCTTATTACT
129 CCTTATTACT
1499 CACTTTANNN
Statistics
Matches: 646, Mismatches: 153, Indels: 48
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 133 0.21
171 364 0.56
172 135 0.21
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTTAGAGAA
ACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAACC
TTATTACTAGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGA
Found at i:1919 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1618--2649 Score: 905
Period size: 171 Copynumber: 6.1 Consensus size: 170
1608 NNNNNNNNNN
* *
1618 TCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTTTTACTAGCTTTAAATATTTCTATAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCA
* * * *
1683 TAA-TGAATTTTAAGCT-CAATTTTTTTCCATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTG
66 TAATTG-ATTTTAAG-TAGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTG
* ** *
1746 TCTCGAGAAACGGGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG
129 CCT-GAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
** * * * *
1789 TGTATTTATTGCCACCCACGCCTTCAAAAGTCTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCA
* * * *
1854 TAATTGATTCTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTGAATATCTGTC
66 TAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCC
** *
1919 TCG-GAAAACATGAAGAAGGAGATATCCAATGGCAAGAAAAG
131 T-GAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * ** * * * *
1960 TCCATTTATAATCACCCATGA-TTTTGAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGTTTTTATAATCTC
1 TCCATTTATAGTCACCCA-CACCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTC
* * * * * * *
2024 ATAATTGATTTTAA-AATGAA-TTTTTTGCGTGTTTCATTAAAACT-GATAATTATTGAATGTCT
65 ATAATTGATTTTAAGTA-GAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAA-TAAATAATAATTGAATGTCT
* * *
2086 ACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGGAAAG
128 GCCTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * * *
2130 -CCATTTATAGTTACCTACACCTTCAAAAG-CTTTTTACTCGCTTTAATTGTTTTTATAATATCA
1 TCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCA
* * ** * * *
2193 CAATGGATTTTAAGTCTAATTTTTTTATAATTTTGGTTAAAATAAATAATAATTGAATG--T--C
66 TAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCC
* * * *
2254 T--G--ACGTGAAGAAAAAGATATCCAATGGTAAGAAAGG
131 TGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * * **********
2290 TCCGTTTATCGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCA
* * * * * * * * * *
2355 TAATTAATTTTAAATTA-AATTTTTGTACGTGTTTCAATAAAACT-GATAATTATTGAATGTTTG
66 TAATTGATTTT-AAGTAGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAA-TAAATAATAATTGAATGTCTG
* * *
2418 CCTTAGGAAACTTGAAGAAAACGATATCCATTGGCAAGAAAAG
129 CCTGA-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
* ** * * *
2461 TCCATTTATAGTCACCTAGGCCTTCAAAAGGCTTTTTACTCACTTTAATTATTTTTATAATCTCA
1 TCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCA
* * * * * * *
2526 CAATGGATTTTAAGTTGAGTTTTTATATATTTTTTATTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCC
66 TAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCC
* * *
2591 TGAGAAAATATGAAGAAAAAGATATCTAGTGGCAAGAAAAG
131 TGAG-AAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
2632 TCCATTTATAGTCACCCA
1 TCCATTTATAGTCACCCA
2650 TGCC
Statistics
Matches: 672, Mismatches: 161, Indels: 56
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
160 29 0.04
161 24 0.04
162 61 0.09
163 4 0.01
164 1 0.00
165 2 0.00
166 2 0.00
167 1 0.00
168 44 0.07
169 49 0.07
170 74 0.11
171 379 0.56
172 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTGCC
TGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
Done.