Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401788.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4899.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2066
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.10, T:0.30
Warning! 395 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:912 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 626--1369 Score: 835
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 171
616 NNNNNNNNNN
* * * * *
626 CATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG-CTTAGCTCTAGAAACGTGAAGAAA-AAGATAT
1 CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TAGCTCTAGAAACATGAAGAAACAAGACAT
* * * *
689 TCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTACAAAAGCCATATTACTTGCTTTAAA
65 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAA
*
754 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTTAATTGTTTTTA
130 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAA-T-TTTTTA
* * * * * * * *
798 CATTATTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTAACTCTAGAAACGTGATGAGA-AAGACATT
1 CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAGCTCTAGAAACATGAAGAAACAAGACATT
* *
862 CATTCGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAAT
66 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAAT
927 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTA
131 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTA
* * * ** * * * *
968 GTATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTAAACATCTATCT-TGGGAAACATGAA-AAATAAGGCA
1 -CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAGCTCT-AGAAACATGAAGAAACAAGACA
* * * * * * *
1031 TTCATTAGAAAAAAAAGTCCACTTAGAGTCACCCA-TCCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
64 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTA
1095 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTC-AGTTGAATATTTTTA
128 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTCAAGTTGAAT-TTTTTA
* * * * *
1140 TATTTTTGGCTAAAACACACTATAATTGAATGTCTAGC-CAGAGAAACATGAAGAAACAAG-CTT
1 CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAGCTC-TAGAAACATGAAGAAACAAGACAT
* * * *
1203 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
65 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAA
* *
1268 TGGTTTTGTAAT-TCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
130 TGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTCAAGTTGAA-TTTTTTA
* * * * *
1311 CATTTTTGGTTAAAACACACTATAATTGAGTGTCTAG-TTTGAGAAATATGAAAAAACAA
1 CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAGCTCT-AGAAACATGAAGAAACAA
1370 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 496, Mismatches: 60, Indels: 33
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 16 0.03
171 308 0.62
172 172 0.35
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAGCTCTAGAAACATGAAGAAACAAGACATT
CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTA
Found at i:1564 original size:229 final size:219
Alignment explanation
Indices: 1151--1564 Score: 490
Period size: 229 Copynumber: 1.8 Consensus size: 219
1141 ATTTTTGGCT
* * * *
1151 AAAACACACTATAATTGAATGTCTAGCCAGAGAAACATGAAGAAACAAGCTTTCATTGGCAAGAA
1 AAAACACACGATAATTGAATGTCTAGCCAGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAACAA
* * *
1216 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATT
66 AAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATT
* *
1281 CCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACACACTATAATTGAGTGTCT
131 CCAGAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACACACTATAATTGAGTGTCT
1346 AGTTTGAGAAATATGAAAAAACAA
196 AGTTTGAGAAATATGAAAAAACAA
* * * *
1370 NNNNNNNNNNAAAACAGACGATAATTGAATGTTTA-CCTCGAGAAACATGATGAAAAAAGCATTC
1 ----------AAAACACACGATAATTGAATGTCTAGCC-AGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTC
* * * * * * *
1434 ATTGGTAACAAAAGTCCATTTATAGTCTCATATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTGAAATT
55 ATTGGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATG
* * * *
1499 GTTTTATAA-TCTTAGAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTAACTTTTTTGGTTAAAACAGACTAT
120 GTTTTATAATTC-CAGAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACACACTAT
1563 AA
184 AA
1565 ATGAATGTTC
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 24, Indels: 4
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
228 4 0.03
229 155 0.97
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (219 bp):
AAAACACACGATAATTGAATGTCTAGCCAGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAACAA
AAGTCCATTTATAGTCACACATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTATAATT
CCAGAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACACACTATAATTGAGTGTCT
AGTTTGAGAAATATGAAAAAACAA
Found at i:1906 original size:571 final size:561
Alignment explanation
Indices: 819--1910 Score: 1297
Period size: 571 Copynumber: 1.9 Consensus size: 561
809 AAAATAGATT
* * * **
819 ATAATTGAATGTTTAACTCTAGAAACGTGATGAGAAAGACATTCATTCGTAGGAAAAGTCCATTT
1 ATAATTGAATGTTTAACTCGAGAAACATGATGAAAAAGACATTCATTCGTAACAAAAGTCCATTT
* * *
884 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
66 ATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCAGAATTGA
* * * ***
949 TTTCAAGTTGAATTTTTTAGTATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTAAACATCTATCTTGGGAA
131 TTTCAAGTTGAATTTTTTACTATTTTTGATTAAAACAGACTATAATGAAACATCTACCTCAAGAA
* *
1014 ACATGAAAAATAAGGCATTCATTAGAAAAAAAAGTCCACTTAGAGTCACCCATCCTTTTAAAAGC
196 ACATGAAAAACAAGGCATTCATTAGAAAAAAAAGTCCACTTAGAGTCACCCATCCTTTCAAAAGC
* *
1079 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATATTTTTATATT
261 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTCAGTTGAATATTTTTACATT
** *
1144 TTTGGCTAAAACACACTATAATTGAATGTCTAGCCAGAGAAACATGAAGAAACAAGCTTTCATTG
326 TTTGGCTAAAACACACTATAATTGAACATCTAGCCAGAGAAAAATGAAGAAACAAGCTTTCATTG
* *
1209 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
391 GCAAGAAAAGTCAATTTATAGCCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * *
1274 TGTAATTCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACACACTATAATTG
456 TATAATTCCATAATGGATTTTAAGCTGAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACACACTATAATTG
1339 AGTGTCTAGTTTGAGAAATATGAAAAAACAANNNNNNNNNNAAAACAGACG
521 AGTGTCTAGTTTGAGAAATATGAAAAAACAA----------AAAACAGACG
* *
1390 ATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGATGAAAAA-AGCATTCATTGGTAACAAAAGTCCATT
1 ATAATTGAATGTTTAACTCGAGAAACATGATGAAAAAGA-CATTCATTCGTAACAAAAGTCCATT
* * * * * *
1454 TATAGTCTCATATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTGAAATTGTTTTATAATCTTAGAATTG
65 TATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCAGAATTG
** * ***
1519 ATTTTGAGTTGAATTTTTTAACT-TTTTTGGTTAAAACAGACTATAAATGAATGTTC-ACCTCAA
130 ATTTCAAGTTGAATTTTTT-ACTATTTTTGATTAAAACAGACTAT-AATGAAACATCTACCTCAA
* * * * * * ***
1582 GAAACATGAACAAACAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTTTTCC-TTCA
193 GAAACATGAA-AAACAAGGCATTCATTAGAAAAAAAAGTCCACTTAGAGTCAC-CCATCCTTTCA
* *
1645 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATTATTAATTTT-AGGTTGAAT-TTTT
256 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTCA-GTTGAATATTTT
* * ** * *
1708 TCACATTTTTTGTTTCAACAGACTATAATTGAACATCTA-CCTTGAGAAAAATGAAGAAA-AAGG
320 T-ACATTTTTGGCTAAAACACACTATAATTGAACATCTAGCC-AGAGAAAAATGAAGAAACAA-G
* * ** * **
1771 CATTT-ATTTGCAAGAAAAGTCAATTTATAGCCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTT
382 C-TTTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGCCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
1835 TAAATTGTTTTATAA-TCTCATAATGGATTTTAAGCTGAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACA
446 TAAATGGTTTTATAATTC-CATAATGGATTTTAAGCTGAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACA
*
1899 GACTATAATTGA
510 CACTATAATTGA
1911 ATGTTTGCCT
Statistics
Matches: 441, Mismatches: 69, Indels: 22
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
570 13 0.03
571 408 0.93
572 20 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (561 bp):
ATAATTGAATGTTTAACTCGAGAAACATGATGAAAAAGACATTCATTCGTAACAAAAGTCCATTT
ATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCAGAATTGA
TTTCAAGTTGAATTTTTTACTATTTTTGATTAAAACAGACTATAATGAAACATCTACCTCAAGAA
ACATGAAAAACAAGGCATTCATTAGAAAAAAAAGTCCACTTAGAGTCACCCATCCTTTCAAAAGC
CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTCAGTTGAATATTTTTACATT
TTTGGCTAAAACACACTATAATTGAACATCTAGCCAGAGAAAAATGAAGAAACAAGCTTTCATTG
GCAAGAAAAGTCAATTTATAGCCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT
TATAATTCCATAATGGATTTTAAGCTGAATTTTTTAACATTTTTAGTTAAAACACACTATAATTG
AGTGTCTAGTTTGAGAAATATGAAAAAACAAAAAACAGACG
Found at i:2007 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1380--2066 Score: 798
Period size: 171 Copynumber: 4.0 Consensus size: 170
1370 NNNNNNNNNN
* * * * *
1380 AAAACAGACGATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGATGAAAAAAGCATTCATTGGTAACAA
1 AAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGA-GAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAA
* * *
1445 AAGTCCATTTATAGTCTCATATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTGAAATTGTTTTATAATC
65 AAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATC
* * * *
1510 TTAGAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTAACT-TTTTTGGTT
130 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAA-TATTTTTAGTT
* * *
1551 AAAACAGACTATAAATGAATGTTCACC-TCAAGAAACATGA-ACAAACAAGCATTCATTGGCAAG
1 AAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAA-AAACATGAGA-AAA-AAGCATTCATTGGCAAG
*
1614 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTTTTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAA
63 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAA
* * * * * *
1679 TCTCATTATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTCACATTTTTTGTT
128 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTAGTT
** ** * * * *
1722 TCAACAGACTATAATTGAACATCTACCTTGAGAAAA-ATGAAGAAAAAGGCATTTATTTGCAAGA
1 AAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGA-AAAACATG-AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
* * *
1786 AAAGTCAATTTATAGCCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAAT
64 AAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAAT
* *
1851 CTCATAATGGATTTTAAGCTGAATTTTTTAATATTTTTAGTT
129 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTAGTT
* * * * *
1893 AAAACAGACTATAATTGAATGTTTGCCTTGAAAAACGTCAGAAAAAACCATTTATTGAG-AAGAA
1 AAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGAGAAAAAAGCATTCATTG-GCAAGAA
* * * *
1957 ATGTCCATTTATAGTCATC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGAATCTATAA
65 AAGTCCATTTATAGTC-TCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTG-TTTTATAA
*
2020 TCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTGTTTT-ATATTTTTCA-TT
128 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAATATTTTT-AGTT
2063 AAAA
1 AAAA
Statistics
Matches: 437, Mismatches: 65, Indels: 29
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 115 0.26
171 308 0.70
172 9 0.02
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAA
AGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTAGTT
Done.