Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401789.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_49.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 13503 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4400 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3874--5362 Score: 707
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3864 NNNNNNNNNN
* ** * *
3874 CTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGCCTGTTTGAG
1 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * ***
3939 CCAAAAATGTAAAACAATTTAGCTTAAAATAAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCNNNNN
66 CCAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGC--GAG
***** *
4004 NNNNNA-CTTTTGAATGAATGGGTGACTATAAATGGACA-TTT
129 TAATAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-ATTTT
* * * * * *******
4045 CTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTATCGAGGTAGACATTTAATTATAATCTNNNNNNN
1 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
*** * * * * * * ** *
4110 NNNAAACTGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATAATTTAAAGTGAGT
66 CCAAAAATGTA-AAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
4175 AATCAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAATTTT
130 AAT-AAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAATTTT
* *
4217 CTT-CGTAATGAATGCCTTTTT-TTCCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT
1 CTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTT-CATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * **
4280 AGCCTAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATTAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAATGAG
64 AACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * *
4345 TAGTAAGGCTTTGGAAGGAATGGGTTACTATAAGTAGACATTTT
129 TAATAA-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-ATTTT
* * * ** *** * **
4389 -TTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTAACCCAAACATTCAACAATAATCTGTTTTAA
1 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * * *
4453 CCAAAAATATAAAAAAA-TTCACCTTAAAATCAATTTTGAGATCATAAAACTATTTAAAGCGAGT
66 CCAAAAATGTAAAAAAATTTAACC-TAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* *
4517 AATAAAGCTTCTGAAGGTATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTT
130 AAT-AAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAA-TTTT
* * * *
4559 CTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTC-TCGTTTCTCGTGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
1 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT-ATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* * * **************** *
4623 ACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTANNNNNNNNNNNNNNNNTATAAAACTATTTAAAGCGAGT
65 ACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * *
4687 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGGCTATAACT-GAACATTT
130 AATAA-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAA-TTTT
* * * * * * * *
4729 CTTGCCAATGACTGCCCTCTTCTTTACATTTCTCTAGGTAGACATTCAATTATAATTTTTTTTAA
1 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * ** * ** * * *
4794 TCGAAAAT-TTTAAAAATACTATATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
66 CCAAAAATGTAAAAAAAT-TTA-ACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * * *
4858 TAAAAAGGTTTTTAATGGAATGGGAGGCTATATATGGACTTTT
129 TAATAAGCTTTTGAA-GGAATGGGTGACTATAAATGGAATTTT
* ** *
4901 CTT-CCAAATGAATGGCTTTTTC-T-ATATGTCTCTCGAGACA-AGCATTCAATTATAGTCTGTT
1 CTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCTTCATAT-T-TCTCGAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTT
*** * * ******************** *
4962 TTAGGTAAAAATATAAAAAAATTCAA-CTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAACTATTTAAAGC
62 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACCT-AAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGC
* **
5026 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATAAACATTTT
126 GAGTAATAA-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-ATTTT
* * ** ** * * ** *
5073 -TTGCCAATGTATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGCAAACATTCAACAATAATATGTTTTAA
1 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * * * * * * *
5137 CCAAAAATAT-AAAAACTTCAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCCAGGA
66 CCAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* *********** * *
5201 ATAAGGCTTTTGAAGGTATGANNNNNNNNNNATGGAGTTTG
131 ATAA-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAATTTT
* * * * *
5242 CTTGTCAATAAATACC-TTTT-TTC-TCATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTA
1 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT-ATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* ** * ** * * *
5304 ACCCAAAATACAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAA
65 ACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAA
5363 ACGGGTNNNN
Statistics
Matches: 973, Mismatches: 306, Indels: 80
0.72 0.23 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 42 0.04
169 51 0.05
170 205 0.21
171 416 0.43
172 248 0.25
173 11 0.01
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Consensus pattern (170 bp):
CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
CCAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
ATAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAATTTT
Found at i:7257 original size:131 final size:132
Alignment explanation
Indices: 7016--7267 Score: 346
Period size: 131 Copynumber: 1.9 Consensus size: 132
7006 NNNNNNAAAC
* * * * *
7016 TGTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGAGTATAAAATCATTTAAAGTGACTAATAAGG
1 TGTACAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATAAAAGTATAAAATCATTTAAAGAGACTAATAAGG
**
7081 CTTTTGAAGGAATGGGTCACTATAAATGGAATTTTCTTGGTAATGAATGCCTTTTTTTTGCCAAA
66 CTTTTGAAGGAATGGGTCACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTTGCCAAA
7146 AA
131 AA
* * *
7148 TGTA-AAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATAAAATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGG
1 TGTACAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATAAAAGTATAAAATCATTTAAAGAGACTAATAAGG
* * * * *
7212 CTTTTGAAGGAATGGGTTACTATGGATTGGCA-TTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTT
66 CTTTTGAAGGAATGGGTCACTAT-AAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
7268 CTTTACGTTT
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 15, Indels: 3
0.85 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
131 95 0.91
132 9 0.09
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (132 bp):
TGTACAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATAAAAGTATAAAATCATTTAAAGAGACTAATAAGG
CTTTTGAAGGAATGGGTCACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTTGCCAAA
AA
Found at i:7434 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7141--9027 Score: 1682
Period size: 171 Copynumber: 11.0 Consensus size: 170
7131 CTTTTTTTTG
* * * * * *
7141 CCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATAAAATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTA
1 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
7206 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATGGATTG-GCATTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCT
66 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT-AAATGAAC-TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
* * * *
7270 TTACGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATAATAATCTGTTTTAA
129 TTACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * **
7312 CCCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAGCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTA
1 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
7377 ATAAGGCTTATGAAGGTATGGGTGACTTTAAATGAACTTTGCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCTT
66 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTT-CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
*
7442 CT-CGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
130 -TACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * *
7483 CCAAAAATCT--AAAAATTCAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAAG
1 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCG-AG
* ** * * *
7545 TAATAAGGCTTTTAAAGATGTGTGGGTGATTATAAATG-ACATTTCTTGCCAATGACTACCTTTC
64 TAATAAGGCTTTTGAAG--GAATGGGTGACTATAAATGAAC-TTTCTTGCCAATGAATGCCTTT-
* * *
7609 TTC-TTACATTTCTTGAGGTAGTCATTCAA-T-TAATCTTTTTTAA
125 TTCTTTACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * * *
7652 CCTAAAATTTTAAAAAAATT-ATATTTAAAATTAATTTTTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
1 CC-AAAAATGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAG
* ** * * * * * *
7716 TAATAAGGGTTTCAAAGGAATGAGAGGCTATAAAT-AGACTTTTCTT-CTTAATAAATGGCTTTT
64 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-AC-TTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTT
* * * * * *
7779 TCTATACGTCTCTCGAGGTAGACAGTCAATTATAGTCTGTTTTAG
126 TCTTTACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * * *
7824 GCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTA
1 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA
* *
7889 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAAT-AGACATTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCT
66 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-AC-TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
* * * ** *
7953 TTACTTTTCTTGAGGAAAACATTCAACAATAATCTGGTTTAA
129 TTACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * *
7995 CCAAAACTGTACAAAGAATTCAACTTAAAATGAATTTTGAGATTATAAAATCATTTATAGTGAGT
1 CCAAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
* * * *
8060 AATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATAGAATTTTTTTGCTAATGAATGCCTTTTT-T
65 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
* * * * *
8124 TCCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAG
129 T-TACGTTTCTT-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * *
8167 CTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA
1 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA
* * *
8232 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTTACTATAAAT-AGACATTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCT
66 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-AC-TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
* * ** *
8296 TTATGTTTCTTGAGGCAGACATTCAACAATAATCTATTTTAA
129 TTACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * *
8338 CTAAAACTGTTCAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAG
1 CCAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAG
** * *
8402 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAA-TATTCTTGGTAAAGAATACCTTTTT
64 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GAACT-TTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
* * * * ** *
8466 -TTTCATGTTTCTCGAGTTAAACATTCAATTATAGCCTGTTTTAG
127 CTTT-ACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * *
8510 CCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
1 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * *
8574 ATAAGGCTTTCGAAGGAATGGGAGACCATAAATGGACTTTTCTT-CCTAATTAATGGCTTTCTCT
66 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAAC-TTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCT
** * *** **
8638 ACATGTTTCCCAAGACA-AGCATTCAATTATAATCTGTTTTAA
129 TTACGTTTCTTGAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * * * * *
8680 CTAAAAATAGAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGACATAACAAAACCATTTAAAGTGAGT
1 CCAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
* ** ** * * *
8745 AATAAGGCTCTTGAAGGAATGGAAGACTATAGGTGGACTTTTCCT-CCAAATGAATGGCTTTTTC
65 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAAC-TTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTC
** ** * * * * *
8809 TACACGTTT-TCCAAGGAAGGCATT-AATTTATAGTCTCTTTTGA
128 TTTACGTTTCT-TGAGGTAGACATTCAA-TTATAATCTGTTTTAA
** * * * * * *
8852 GAAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTA
1 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
8917 ATAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTGACTATTAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCTCTT
66 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAAC-TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
* * * * *
8982 CACATTTCTTGAGGTAGACATTCAAGTATATTCTATTTTAA
130 TACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
*
9023 TCAAA
1 CCAAA
9028 TCTATTCAAG
Statistics
Matches: 1401, Mismatches: 263, Indels: 104
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 78 0.06
170 200 0.14
171 624 0.45
172 493 0.35
173 3 0.00
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA
ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTT
ACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
Found at i:8092 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 7142--9006 Score: 1890
Period size: 343 Copynumber: 5.4 Consensus size: 341
7132 TTTTTTTTGC
* * * *
7142 CAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATAAAATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAA
1 CAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAA
* ** * * *
7207 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATGGATTGGCATTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTTCTTT
65 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTT
* * * *
7272 ACGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATAATAATCTGTTTTAACCCAAAA-TGTAAAAAAATTCAACT
130 ACTTTTCTTGAGGAAAACATTCAACAATAATCTGTTTTAA-CCAAAACTGTAAAAAAATTCAACT
* * * * * *
7336 TAAAAGCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTATGAAGGTATGGGTG
194 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTG
* * * * * *
7401 ACTTTAAAT-GAACTTTGCTTGTCAATAAATGCCTTTTTCT-TCTCGTTTCTTGAGGTAGACATT
259 ACTATAAATAG-ACTTTTCTTCTTAATAAATGCCTTTTTCTAT-ACGTTTCTCGAGGTAGACATT
* * **
7464 CAATTATAATCTATTTTAAC
322 CAATTATAGTCTGTTTTAGG
* * * * *
7484 CAAAAATCT-AAAAATTCAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAAGTA
1 CAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATC-ATTTAAAGCG-AGTA
* ** * * *
7547 ATAAGGCTTTTAAAGATGTGTGGGTGATTATAAAT-GACATTTCTTGCCAATGACTACCTTTCTT
64 ATAAGGCTTTTGAAG--GAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGCCAATGAATGCCTTT-TT
* * ** * * * *
7611 C-TTACATTTCTTGAGGTAGTCATTC-A-ATTAATCTTTTTTAACCTAAAATTTTAAAAAAATT-
126 CTTTACTTTTCTTGAGGAAAACATTCAACAATAATCTGTTTTAACC-AAAACTGTAAAAAAATTC
* * * * * **
7672 ATATTTAAAATTAATTTTTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTTCAAAGGAAT
190 A-ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* *
7737 GAGAG-G-CTATAAATAGACTTTTCTTCTTAATAAATGGCTTTTTCTATACGTCTCTCGAGGTAG
254 -AG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTTAATAAATGCCTTTTTCTATACGTTTCTCGAGGTAG
*
7800 ACAGTCAATTATAGTCTGTTTTAGG
317 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGG
* *
7825 CAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTACAAAATCATTTAAAGCGAGTAA
1 CAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAA
* *
7890 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATAGACATTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTT
65 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTT
* *
7955 ACTTTTCTTGAGGAAAACATTCAACAATAATCTGGTTTAACCAAAACTGTACAAAGAATTCAACT
130 ACTTTTCTTGAGGAAAACATTCAACAATAATCTGTTTTAACCAAAACTGTA-AAAAAATTCAACT
* * *
8020 TAAAATGAATTTTGAGATTATAAAATCATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTG
194 TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTG
* * * * ** * * *
8085 ACTATAAATAGAATTTTTTTGC-TAATGAATGCCTTTTTTTCCATGTTTTTCAAGGTAGACATTC
259 ACTATAAATAGACTTTTCTT-CTTAATAAATGCCTTTTTCTATACGTTTCTCGAGGTAGACATTC
8149 AATTATAGTCTGTTTTA-G
323 AATTATAGTCTGTTTTAGG
8167 CTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA
1 C-AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA
* * *
8232 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTTACTATAAATAGACATTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTT
64 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
* * * * * *
8297 TA-TGTTTCTTGAGGCAGACATTCAACAATAATCTATTTTAACTAAAACTGTTCAAAGAATTCAA
129 TACT-TTTCTTGAGGAAAACATTCAACAATAATCTGTTTTAACCAAAACTG-TAAAAAAATTCAA
* *
8361 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
192 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGG
* * ** * * * * *
8426 TGACTATAAATAGAATATTCTTGGTAA-AGAATACCTTTTT-TTTCATGTTTCTCGAGTTAAACA
257 TGACTATAAATAGACTTTTCTTCTTAATA-AATGCCTTTTTCTAT-ACGTTTCTCGAGGTAGACA
* *
8489 TTCAATTATAGCCTGTTTTAGC
320 TTCAATTATAGTCTGTTTTAGG
*
8511 CAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
1 CAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * * *
8576 AAGGCTTTCGAAGGAATGGGAGACCATAAATGGACTTTTCTT-CCTAATTAATGGC--TTTCTCT
66 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCTTT
** * * ** * * * *
8638 ACATGTTTC-CCAAGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAGAAAAAAAATTGA
130 AC-T-TTTCTTGAGGA-AAACATTCAACAATAATCTGTTTTAACCAAAACT-GTAAAAAAATTCA
* * * *
8702 ACTTAAAATCAATTTTGACATAACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTCTTGAAGGAAT-G
191 ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAG
* ** * * ** * * * * * *
8766 GAAGACTATAGGTGGACTTTTCCTCCAAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTT-TCCAAGGAAGGC
256 G-TGACTATAAATAGACTTTTCTTCTTAATAAATGCCTTTTTCTATACGTTTCT-CGAGGTAGAC
*
8830 ATT-AATTTATAGTCTCTTTT-GAG
319 ATTCAA-TTATAGTCTGTTTTAG-G
* * * * * * *
8853 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAA
1 CAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * *
8918 TAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTGACTATTAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCTCTTC
65 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTT
* * *
8983 ACATTTCTTGAGGTAGACATTCAA
130 ACTTTTCTTGAGGAAAACATTCAA
9007 GTATATTCTA
Statistics
Matches: 1269, Mismatches: 206, Indels: 95
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.00
340 82 0.06
341 208 0.16
342 341 0.27
343 619 0.49
344 10 0.01
345 6 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
CAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTA
CTTTTCTTGAGGAAAACATTCAACAATAATCTGTTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGAC
TATAAATAGACTTTTCTTCTTAATAAATGCCTTTTTCTATACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAT
TATAGTCTGTTTTAGG
Found at i:9148 original size:127 final size:127
Alignment explanation
Indices: 8917--9154 Score: 368
Period size: 127 Copynumber: 1.9 Consensus size: 127
8907 AAAACGAGTA
* * * *
8917 ATAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTGACTATTAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCTCTT
1 ATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCTCTT
* * *
8982 CACATTTCTTGAGGTAGACATTCAAGTATATTCTATTTTAATCAAATCTATTCAAGTGATTG
66 CACATTTCTCGAGGTAGACATTCAAGTATAATCTATTTTAACCAAATCTATTCAAGTGATTG
* *
9044 ATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCTCTT
* * *
9109 CACATTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATAATCTTTTTTAACCAAA
66 CACATTTCTCGAGGTAGACATTCAAGTATAATCTATTTTAACCAAA
9155 AACTTTAAAA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 12, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
127 99 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (127 bp):
ATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGCCAATGAATGCCTTTCTCTT
CACATTTCTCGAGGTAGACATTCAAGTATAATCTATTTTAACCAAATCTATTCAAGTGATTG
Found at i:9987 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 9213--10031 Score: 920
Period size: 341 Copynumber: 2.4 Consensus size: 341
9203 TTAAAGCGAA
* * * ** * *
9213 TAATAAAGTTTTTGAAGGAATGGGAGGCTATAAATGGACTTTTCTT-CTAAATGAATGACTTTTT
1 TAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTT
** *
9277 CTATATGTTTCTCGAGACA-AGCATTCAATTATAGTATGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTC
65 CT-TATGTTTCTCGAGGTAGA-CATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC
* * *
9340 AACATAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTCATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
128 AAC-TTAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATG
* * *
9405 AGAGACCATAAATGAACTTTTCTCCCTAATTAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCCAAGAGAGGCA
192 AGAGACCATAAATGAACTTTTCTCCCAAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCCCAAGAGAGGCA
* * * *
9470 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATAGAAACAACATTAAACTTAAAATCAATTTTGACGTA
257 TTAAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATAAAAACAACATTAAACTTAAAATCAATTATGACGTA
*
9535 CTAAAACCATTGAAAGTGAG
322 CTAAAACCATTGAAAATGAG
* * * * ***
9555 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATCAATAAACTTTTGTTGCCAATGAATGCAAAATTT
1 TAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGC-CTTTTT
* * * * * * *
9620 -TAATATTTCTCGAGATAGAGATTCAATTATAGTTTGCTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA
65 CTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * *
9684 CTTAAATTAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAAT-AGG
130 CTTAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGA-G
* * * * * * *
9748 AGACTATAGATGGACTTTTTTTCCAAATGAATGGCTTTTTCTATACGTTTCTCAAG-GAAGGCAT
194 AGACCATAAATGAACTTTTCTCCCAAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCCCAAGAG-AGGCAT
* * *
9812 TAAATTATAGTATGTTTTGACAAAAAATATAAAAC-A-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GAT
258 TAAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATA-AAAACAACATTAAACTTAAAATCAATTATGACG--
* * *
9874 TAC-AAAATCATTTAAAATGGG
320 TACTAAAACCATTGAAAATGAG
*
9895 TAATAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
1 TAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
* * * * * * *
9960 TTCACGTTTCTCTAGGTGGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAACTGTACAAAGAATTCA
66 TT-ATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTA-AAAAAATTCA
10025 ACTTAAA
129 ACTTAAA
10032 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 72, Indels: 24
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.01
340 91 0.23
341 215 0.55
342 79 0.20
343 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
TAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
TTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
TTAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTCAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGAG
ACCATAAATGAACTTTTCTCCCAAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCCCAAGAGAGGCATTAA
ATTATAATATGTTTTAACAAAAAATAAAAACAACATTAAACTTAAAATCAATTATGACGTACTAA
AACCATTGAAAATGAG
Found at i:9999 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9044--10031 Score: 842
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 170
9034 CAAGTGATTG
* * * * *
9044 ATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
* * * * * * *
9109 CACATTTCTCGAGGTA-GACATTTAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAACTTTAAAAAACT-ATA
66 CACGTTTCTCGAGG-AGGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAATTCA-A
* * * *
9172 -TGTAAAATCAATTTTGAGATTATAAGACTATTTAAAGCGAATA
128 CT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * ** * *
9215 ATAAAGTTTTTGAAGGAATGGGAGGCTATAAATGGACTTTTCTT-CTAAATGAATGACTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAAACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCT
* ** * *
9279 AT-ATGTTTCTCGA-GACAAGCATTCAATTATAGTATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAA
65 -TCACGTTTCTCGAGGAGGA-CATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAA
* * * * *
9342 CATAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTCATAGCGAGTA
128 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * *
9385 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACCATAAATGAACTTTTC-TCCCTAATTAATGGCTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAAACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCT
* * * * * * *
9449 ACATGTTTCCCAAGAGAGG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATAGAAACAACATTAA
65 TCACGTTTCTCGAG-GAGGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAA-AA-ATTCA
* * *
9513 ACTTAAAATCAATTTTGACG--TACTAAAACCATTGAAAGTGAGTA
127 ACTTAAAATCAATTATGA-GATTA-TAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * ****
9557 ATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGATGACTATCAATAAACTTTTGTTGCCAATGAATGCAAAATT-T
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGA-GACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
* ** * * * * * *
9620 TAATATTTCTCGA-GATAGAGATTCAATTATAGTTTGCTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAA
65 TCACGTTTCTCGAGGA-GGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAA
* *
9684 CTT-AAATTAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
128 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * ** * *
9726 ATAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAGACTATAGATGGACTTTT-TTTCCAAATGAATGGCTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAAACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCT
* * * *
9790 AT-ACGTTTCTCAAGGAAGG-CATTAAATTATAGTATGTTTTGACAAAAAATATAAAACAATTCA
65 -TCACGTTTCTCGAGG-AGGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAA-AATTCA
* * ** *
9853 ACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAATGGGTA
127 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * *
9897 ATAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
* * * *
9962 CACGTTTCTCTAGGTGGACATTCAATTATAATATGTTTTAATC-AAAACTGTACAAAGAATTCAA
66 CACGTTTCTCGAGGAGGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAATATA-AAA-AATTCAA
10026 CTTAAA
128 CTTAAA
10032 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 651, Mismatches: 131, Indels: 69
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.01
169 79 0.12
170 207 0.32
171 249 0.38
172 107 0.16
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
CACGTTTCTCGAGGAGGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
Found at i:10826 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 10331--11382 Score: 1081
Period size: 172 Copynumber: 6.2 Consensus size: 172
10321 TTTTTTTTCA
* * * * * * * **
10331 AATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTCAAGGAAGACATTAAATTA-TAGTCTGTTTTGATAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTAATCTGTTTTAACCAAA
** * * * * *
10395 AATACAAAATAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAACTG-GTAATAA
66 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAA
** * *
10459 GATTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGCC
130 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTGCC
* *
10502 AATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATT-TTAATCTCTTTTAACCAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTAATCTGTTTTAACCAAA
* * * *
10566 ACTGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
66 AATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * **
10631 GGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATAGAATTTTATTGTT
130 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTGCC
* * * * * * *
10674 AATGAACGCCTTTTTTTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATTACT-TGTTTTATCTAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTAATCTGTTTTAACCAAA
* * *
10738 AATGTAAAAAAATTTAACTTGAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
66 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * *
10803 GCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACA-TTTCTTGTC
131 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA-ATTTTCTTGCC
* * * * * *
10845 AATGAATACCTTTTTCTTCAAGTTTCTCAATGTAGGCATTCAATT-TTAATCTGTTTTAACCCAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTAATCTGTTTTAACCAAA
* * * * *
10909 ACTATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAGAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
66 AATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* *
10974 GGCTTTTGAAGGAAAGGGTGACTATAAAT-GAAATTTTCTTGCT
130 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-AATTTTCTTGCC
* * * * * *
11017 AATGTATGCCTTTTT-TTCCACGTTTCTCAAGGTAGATATTAAATTATT-ATCTGTTTTAGCTAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTT-CACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTAATCTGTTTTAACCAA
* * * *
11080 TAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAGTAA
65 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * *
11143 GGCTTTGGAAAGAATGGGTTACTATAAGTAGACTTTT-TTACC
130 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTGCC
* * * * * * *
11185 AATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTT-AGAGCAAACATTCAA-CAATAATTTGTTTTAACCAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAG-GTAGACATTCAATTATTAATCTGTTTTAACCAA
* ** * *
11248 AAATATAAAAAAATTCAGTTTAAAATCAATTTTGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
65 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * ** * * *
11313 TGCTTCTGAAGGTATAAGTGACTGTAAAT-GAACTTTGCTTGTC
130 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAA-TTTTCTTGCC
* *
11356 AATAAATGCCTTTTTCTTCTCGTTTCT
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT
11383 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 720, Mismatches: 142, Indels: 38
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.01
168 48 0.07
169 82 0.11
170 79 0.11
171 224 0.31
172 277 0.38
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
AATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATTAATCTGTTTTAACCAAA
AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTGCC
Found at i:10933 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 10331--11324 Score: 1221
Period size: 343 Copynumber: 2.9 Consensus size: 340
10321 TTTTTTTTCA
* * * * * *
10331 AATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTCAAGGAAGACATTAAATTA-TAGTCTGTTTT-GATAAA
1 AATGAACGCCTTTTTTTCCACGTTTCTCAAGGCAGACATTAAATTATTA-TCTGTTTTAGCTAAA
* * * * * * *
10394 AA-ATACAAAATAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAACTG-GTAAT
65 AATGTA-AAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAAT
** * *
10457 AAGATTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA
127 AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA-CTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCA
* * * *
10522 CGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTTTAATCTCTTTTAACCAAAACTGTACAAAGAATTCAACTT
191 AGTTTCTTAA-GTAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAACTATA-AAAAAATTCAACTT
*
10587 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGA
254 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGATGA
*
10652 CTATAAAT-AGAATTTTATTGTT
319 CTATAAATGA-AATTTTATTGCT
* ** * *
10674 AATGAACGCCTTTTTTTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATTA-CTTGTTTTATCTAAA
1 AATGAACGCCTTTTTTTCCACGTTTCTCAAGGCAGACATTAAATTATTATC-TGTTTTAGCTAAA
*
10738 AATGTAAAAAAATTTAACTTGAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
65 AATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * *
10803 GCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCAAGT
130 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCAAGT
* * *
10868 TTCTCAATGTAGGCATTCAATTTTAATCTGTTTTAACCCAAACTATATAAAAAATTCAACTTAAA
194 TTCTTAA-GTAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAACTATA-AAAAAATTCAACTTAAA
* *
10933 ATCAATTTTGAGATTATAGAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGGTGACTA
257 ATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGATGACTA
*
10998 TAAATGAAATTTTCTTGCT
322 TAAATGAAATTTTATTGCT
* * * * *
11017 AATGTATGCCTTTTTTTCCACGTTTCTCAAGGTAGATATTAAATTATTATCTGTTTTAGCTAATA
1 AATGAACGCCTTTTTTTCCACGTTTCTCAAGGCAGACATTAAATTATTATCTGTTTTAGCTAAAA
*
11082 ATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTT-AAGCGAGTAGTAAGG
66 ATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * * * * * *
11145 CTTTGGAAAGAATGGGTTACTATAAGTAGACTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTT
131 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCAAGTTT
* * *** * * **
11210 CTTAGAGCAAACATTCAACAATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAGTTTAAAATC
196 CTTA-AGTAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAACTATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * *
11275 AATTTTGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTCTGAAGG
260 AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
11325 TATAAGTGAC
Statistics
Matches: 562, Mismatches: 80, Indels: 22
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
339 63 0.11
340 61 0.11
341 40 0.07
342 45 0.08
343 337 0.60
344 14 0.02
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
AATGAACGCCTTTTTTTCCACGTTTCTCAAGGCAGACATTAAATTATTATCTGTTTTAGCTAAAA
ATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCAAGTTT
CTTAAGTAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAACTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGATGACTATAAA
TGAAATTTTATTGCT
Found at i:17062 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16537--17928 Score: 1400
Period size: 171 Copynumber: 8.1 Consensus size: 171
16527 NNNNNNNNNN
* * ** ** * * *
16537 ATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGGATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * ** **
16602 T-CCTAATTAATTG-CTTTTTC--TACTTGTTTCCCAAGACAGGCATTCAATTATAATCTGTTTT
66 TGCC-AATGAA-TGCCTTTTTCTTTAC--GTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * *
16663 AACTAAAGAT-TAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGACA-T
127 AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * * * * *
16706 A-ACAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGAAGACCATACATGAACTTTT
1 ATA-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATAGG-TGACTATAAATGGACTTTT
* ** * * * * * *
16769 CTT-CCAAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCCCAAGG-AATGCATTAAATTATAGTCTATTTT
64 CTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTT
** * * * *
16832 AAGAAAAAATGTAAAAATATTCAACTCAAAATCAATTATGAGAGT
127 AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * *
16877 ATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTTAAAGAAATAGGTGACTATTAATGGACTTTACT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * ** * * * *
16942 TGCCAATGAATGCCTTTCTCTTAATGTTTCTTAAAGTAAACATTCAATTATAATATGCTTTAACC
66 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
** *
17007 AAATCTGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
131 AAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * * * *
17049 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTGTGAACGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** * *
17114 TGCTAATGAATGCCTTTTT-TTCTACGTTTCTCGAGGTTGAC-TTTAATTATAGTCTG-TTTAAG
66 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-TACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-
* * *
17176 CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAAATT
129 CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * *
17219 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATAGGTGACTATAAATGGACATTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** *
17284 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTATACATTCAACAATAATCTGTTTGAACT
66 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
*
17349 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
131 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * *
17390 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTAT-GAGTGACTGTAAATGGACTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
17454 TTGCCAATAAATGCCTTTTTC-TTATCGCTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA
65 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTA-CGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* *
17518 CTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTGAAATCAATTTTGAGATT
129 CTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * *
17561 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
17626 TGTCAATGAATGCCTTCTTCTTTACATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTTAAC-
66 TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
* *
17690 AAAGAATTTTAAAAAAACT-ATACTTAAAATCAATTTTGAGATT
131 AAA-AA-TGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * *
17733 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGATTTTTGAAGGAATAGGTGGCTATAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * *
17798 T-CCAAACGAATGGCTTTTTCTATATGTTTCTCGAGGCAAGCATTCAGTTATAGTCTGTTTTAA-
66 TGCC-AATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * * *
17861 AAAAAATTGTAGAAAGATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGATT
130 TAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
* * * *
17904 ATAAAAGCATTCATAGGGAGTAATA
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
17929 TAAAAATATA
Statistics
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0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
Found at i:17506 original size:684 final size:682
Alignment explanation
Indices: 16537--17928 Score: 1616
Period size: 684 Copynumber: 2.0 Consensus size: 682
16527 NNNNNNNNNN
* * * * *
16537 ATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGGATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCT
1 ATAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAACGAATAGGAGACTATAAATGGACATTTCT
* * ** *
16602 TCCTAATTAATTGCTTTTTCTACTTGTTTCCCAAGACAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACT
66 TCCTAATGAATTGCTTTTTCTAC-TGTTTCCCAAGACAGACATTCAACAATAATCTGTTTGAACT
* *
16667 AAAGATTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGACATAACAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
130 AAAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATAACAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * *
16732 GGCTTTTGAAGGAATGGAAGACCATACATGAACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTTTTTCTACACG
195 GGCTTTTAAAGGAATGGAAGACCATAAATGAACTTTTCTTCCAAATAAATGCCTTTTTCTACACG
* * * *
16797 TTTCCCAAGGAATGCATTAAATTATAGTCTATTTTAAGAAAAAATGTAAAA-ATATTCAACTCAA
260 CTTCCCAAGGAATACATTAAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAGA-ATTCAACTCAA
*
16861 AATCAATTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTTAAAGAAATAGGTGACT
324 AATCAATTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAGGTGACT
* ** *
16926 ATTAATGGAC-TTTACTTGCCAATGAATGCCTT-TCTCTTAATGTTTCTTAAAGTAAACATTCAA
389 ATAAATGGACATTT-CTTGCCAATGAATGCCTTCT-TCTTAACATTTCTCAAAGTAAACATTCAA
* * *
16989 TTATAATATGCTTTAAC-CA-AATCTGTACAAAGAATTCA-ACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
452 TTATAATATGCTTTAACAAAGAAT-TGTA-AAAAAACT-ATACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
* * * *
17051 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTGTGAACGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
514 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGAGTTGTGAACGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC
* * * * ** * *
17116 CTAATGAATGCCTTTTTTTCTACGTTTCTCGAGG-TTG-ACTTTAATTATAGTCTG-TTTAAGCT
579 CAAACGAATGCCTTTTTCTATACGTTTCTCGAGGCAAGCA-TTCAATTATAGTCTGTTTTAA--A
*
17178 AAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAA-ATT
641 AAAAATTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TGAAGATT
* * * *
17219 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATAGGTGACTATAAATGGACATTTCT
1 ATAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAACGAATAGGAGACTATAAATGGACATTTCT
* * ** *
17284 TGCC-AATGAA-TGCCTTTTTCTTTAC-GTTTCTCGAGGTATACATTCAACAATAATCTGTTTGA
66 T-CCTAATGAATTG-CTTTTTC--TACTGTTTCCCAAGACAGACATTCAACAATAATCTGTTTGA
*
17346 ACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA-AAACCATTTAAAGTGAG
127 ACTAAAAAT-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACA-TA-ACAAACCATTTAAAGTGAG
* * ** *
17410 TAATAAGGCTTTTAAAGGTAT-GAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCC-AATAAATGCCTTTT
189 TAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGA-AGACCATAAATGAACTTTTCTT-CCAAATAAATGCCTTTT
* *** * *
17473 TCTTA-TCGCTTCTTGAGGTAA-ACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAGAAT
252 TC-TACACGCTTCCCAAGG-AATACATTAAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAGAAT
** * * ** *
17536 TCAACTTGAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA
315 TCAACTCAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAA
* * * * * *
17601 TGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAATGCCTTCTTCTTTACATTTCTCGAGGTAGA
380 TAGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGAATGCCTTCTTCTTAACATTTCTCAAAGTAAA
* ** *
17666 CATTCAATTATAATCTTTTTTAACAAAGAATTTTAAAAAAACTATACTTAAAATCAATTTTGAGA
445 CATTCAATTATAATATGCTTTAACAAAGAATTGTAAAAAAACTATACTTAAAATCAATTTTGAGA
* * * * *
17731 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGATTTTTGAAGGAATAGGTGGCTATAAATGGACTTTT
510 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGAGTTGTGAACGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
17796 CTTCCAAACGAATGGCTTTTTCTATATGTTTCTCGAGGCAAGCATTCAGTTATAGTCTGTTTTAA
575 CTTCCAAACGAATGCCTTTTTCTATACGTTTCTCGAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * *
17861 AAAAAATTGTAGAAAGATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGATT
640 AAAAAATTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTGAAGATT
* * *
17904 ATAAAAGCATTCATAGGGAGTAATA
1 ATAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATA
17929 TAAAAATATA
Statistics
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686 9 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (682 bp):
ATAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAACGAATAGGAGACTATAAATGGACATTTCT
TCCTAATGAATTGCTTTTTCTACTGTTTCCCAAGACAGACATTCAACAATAATCTGTTTGAACTA
AAAATTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATAACAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
GCTTTTAAAGGAATGGAAGACCATAAATGAACTTTTCTTCCAAATAAATGCCTTTTTCTACACGC
TTCCCAAGGAATACATTAAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAGAATTCAACTCAAAA
TCAATTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATAGGTGACTAT
AAATGGACATTTCTTGCCAATGAATGCCTTCTTCTTAACATTTCTCAAAGTAAACATTCAATTAT
AATATGCTTTAACAAAGAATTGTAAAAAAACTATACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
TTTAAAGCGAGTAATAAGAGTTGTGAACGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAACGA
ATGCCTTTTTCTATACGTTTCTCGAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAAAAAAATTGTA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTGAAGATT
Found at i:18164 original size:237 final size:238
Alignment explanation
Indices: 17711--18165 Score: 594
Period size: 237 Copynumber: 1.9 Consensus size: 238
17701 AAAAAACTAT
*
17711 ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGATTTTTGAAGGAATAG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGATTTTTGAAGGAATAG
* * * * * *
17776 GTGGCTATAAATGGACTTTTCTTCCAAACGAATGGCTTTTTCTATATGTTTCTCGAGGCAAGCAT
66 GAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAACGAATGGCTTTTTCTACATGTTTATCAAGGCAAGCAT
* * * * * * *
17841 TCAGTTATAGTCTGTTTTAAAAAAAATTGTAGAAAGATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGATTAT
131 TAAATTATAGCCTGTTTTAAAAAAAATTGCAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAC
* *
17906 AAAAGCATTCATAGGGAGTAATATAAAAATATAAAAAAATTCA
196 AAAAGCATTCAAAAGGAGTAATATAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * *
17949 ACTT-AAATTAATTATGAGATTATAAAAGTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTT-AAGGAATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA-GATTTTTGAAGGAATA
* * *
18012 GGAGACTATAGATAGACTTTTCTTTCAAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTATCAAGG-AAGGC
65 GGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAACGAATGGCTTTTTCTACATGTTTATCAAGGCAA-GC
* * *
18076 ATTAAATTATAGCCTGTTTTGATAAAAAA-TGCAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
129 ATTAAATTATAGCCTGTTTT-AAAAAAAATTGCAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAT
* * *
18140 TACAAAATCATTTAAAATGAGTAATA
193 TACAAAAGCATTCAAAAGGAGTAATA
18166 AGGCTTTTAA
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 29, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (238 bp):
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGATTTTTGAAGGAATAG
GAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAACGAATGGCTTTTTCTACATGTTTATCAAGGCAAGCAT
TAAATTATAGCCTGTTTTAAAAAAAATTGCAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAC
AAAAGCATTCAAAAGGAGTAATATAAAAATATAAAAAAATTCA
Found at i:18295 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 17939--18605 Score: 678
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 168
17929 TAAAAATATA
* **
17939 AAAAAATTCAACTT-AAATTAATTATGAGATTATAAAAGTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * * * *
18003 TAAGGAATGGGAGACTATAGATAGACTTTTCTTTCAAATGAATGGC-TTTTTCTACATGTTTATC
66 GAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATAAAT-GCTTTTTTTTAC--GTTTCTC
* * * * * * **
18067 AAGGAAGGCATTAAATTATAGCCTGTTTTGATAAAAAATGC
128 GAGGTAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATGC
* * **
18108 AAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* *
18173 T-AAGGGAATGGCTGACTATAAATAGACTTTTTTTG-TCAATGAATATG-TTTTTTTTACGTTTC
65 TGAA-GGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AAT-AA-ATGCTTTTTTTTACGTTTC
* ** * *
18235 TCGAGGTCGACATTCAATTATAATGTATTTTAACCAAAACTGC
126 TCGAGGTAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATGC
* * * * *
18278 ACAAAGAATTAAACTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTT
1 A-AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
18343 TTGAAGGAATGAGTGACTATAAATTGAATTTTTTTGCTAATAAATGCCTTTTTTTCCAAGTTTCT
64 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATAAATG-CTTTTTTT-TACGTTTCT
* * * *
18408 CGAGGTAAACATTCAATTATAGCCTGTTTTAGCCAAAAATGTG
127 CGAGGTAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATG-C
* * *
18451 AATAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
18516 GAAGGAATGGGTGACCATAAATGGACATTTCTTGCTAATAAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTG
66 GAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATAAATG-CTTTTT-TTTACGTTTCTCG
*
18581 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
129 AGGTAGACATTCAATTATAACCTGT
18606 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 412, Mismatches: 70, Indels: 30
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.02
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172 58 0.14
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATAAATGCTTTTTTTTACGTTTCTCGAG
GTAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATGC
Found at i:19437 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 19038--19449 Score: 429
Period size: 169 Copynumber: 2.4 Consensus size: 168
19028 TTGAGAAGCG
* * * * *
19038 TGTAGAAAAAGGCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCATCTACAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTT
1 TGTAGAAAAAGACATTCA-TTGGAACAAAAGTCCATTTATAGTCTCT-ATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
19103 ATTACTCACTTTACATGGGTTTATAATCTCATAATTAATTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTT
64 ATTACTCAATTTAAATGGGTTTATAATCTCAGAATTAATTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTA
* * *
19168 GTTAAAGCAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCTAAAAATA
129 GTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGCCTCTAAAAACA
** * * *
19208 T-TA-AAATATTACATTCATTGGCAACAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATACCTTCAAAAGCCT
1 TGTAGAAA-AAGACATTCATTGG-AACAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * *
19271 TATTACTCAATTTAAATGGTTTTATTATGC-CAGAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTTATTT
63 TATTACTCAATTTAAATGGGTTTATAAT-CTCAGAATT-AATTTAAATTAAATTTTTTTATATTT
* *
19335 TTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATG-CTTGTCT-TAGAAAACA
126 TTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTC-TGCCTCTA-AAAACA
* * * *
19378 TGTAGAAAAAGCCATTAATTAGGAATAAAAGTCCATTTATGGTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTT
1 TGTAGAAAAAGACATTCATT-GGAACAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTATTCCTTCAAAAGCCTT
19443 ATTACTC
64 ATTACTC
19450 GCTATGAATG
Statistics
Matches: 197, Mismatches: 35, Indels: 19
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.04
169 73 0.37
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
TGTAGAAAAAGACATTCATTGGAACAAAAGTCCATTTATAGTCTCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCAATTTAAATGGGTTTATAATCTCAGAATTAATTTAAATTAAATTTTTTTATATTTTTAGT
TAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGCCTCTAAAAACA
Found at i:19485 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 19038--19492 Score: 429
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 168
19028 TTGAGAAGCG
* * * * *
19038 TGTAGAAAAAGGCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCATCTACAGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTT
1 TGTAGAAAAAGACATTCA-TTGGAACAAAAGTCCATTTATAGTCTCT-ATTCCTTCAAAAGCCTT
* * *
19103 ATTACTCACTTTACATGGGTTTATAATCTCATAATTA-A-TTTAAATTAAATTTTTTTATATTTT
64 ATTACTCAC-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTT
* * * *
19166 TTGTTAAAGCAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCTAAAAATA
127 TAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGCCTCTAAAAACA
** * * *
19208 T-TA-AAATATTACATTCATTGGCAACAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATACCTTCAAAAGCCT
1 TGTAGAAA-AAGACATTCATTGG-AACAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * *
19271 TATTACTCAATTTAAATGGTTTTATTATGC-CAGAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTTATTT
63 TATTACTC-ACTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT
* *
19335 TTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATG-CTTGTCT-TAGAAAACA
126 TTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTC-TGCCTCTA-AAAACA
* * * *
19378 TGTAGAAAAAGCCATTAATTAGGAATAAAAGTCCATTTATGGTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTT
1 TGTAGAAAAAGACATTCATT-GGAACAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * *
19443 ATTACTCGCTATGAATGCTTTTATGATCTTATAATAGATTTTAAGTTAAA
64 ATTACTCACT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAA
19493 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 44, Indels: 27
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.04
169 70 0.31
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
TGTAGAAAAAGACATTCATTGGAACAAAAGTCCATTTATAGTCTCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT
TACTCACTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGT
TAAAACAGACTATAATTAAATGTCTGCCTCTAAAAACA
Found at i:24913 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 24713--25091 Score: 426
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
24703 NNNNNNNNNN
* * * *
24713 TAAGGTTTTTGAAGGAATAAGAGGCTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGTTTTTTCTA-
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTTTTTC-AG
* * * * ** * *
24777 TACGTTTCTTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTTTTTTAACA-AAAAA-AGTAAAAAATTCAAC
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* *
24840 TTAAAATCAATTATAAG-ATTACAAAAGCATTCATAGCAAGTAA
128 TTAAAATCAATT-TAAGCATAACAAAAGCATTCAAAGCAAGTAA
* * * *
24883 TAAGGCTTTTGAAGGCATGAGAGACTATAAATAGAATTTTCTTCCTAATTAATGGCTTTTTCAGC
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTTTTTCAGC
* * *
24948 GCGTTTCTCAATACAGACATTCAATTATACACTGTTTTAAATAAAAATAAAAAAAATTGAACTTA
66 ACGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATACACTGTTTTAAATAAAAATAAAAAAAATTCAACTTA
** * * **
25013 AAATCAATTTTGGCATAATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAA
131 AAATCAATTTAAGCATAACAAAAGCATTCAAAGCAAGTAA
*
25053 TAAGGCTTTTGAAGGAATG-GATGACTGTAAATAGACTTT
1 TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGA-GACTATAAATAGACTTT
25092 GTTACCAATA
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 30, Indels: 10
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.03
170 167 0.96
171 1 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTTTTTCAGC
ACGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATACACTGTTTTAAATAAAAATAAAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTTAAGCATAACAAAAGCATTCAAAGCAAGTAA
Found at i:26925 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 26638--28293 Score: 1541
Period size: 171 Copynumber: 9.7 Consensus size: 169
26628 TAAAACAGTG
*** * ** * * *
26638 TATAATTGAATGTCTGTATTGAGAAACGTGCTG-AAAAAGCCATTAATTAGGAAGAAAAGACCAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTCATT-GGAAGAAAAGTCTAT
* * * * * * * *
26702 TTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATGAATGCTTTTATAATCTTAGAATT
64 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * *
26767 GATTTTAACTTGAATTTTTTACTTTTTTTGTTAAAAAAGAC
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* * * *
26808 TATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACGT-ATAGAAAAAACCATTCATTTGGAAGAAAAGTCTAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGA-AGAAAAAAGCATTCA-TTGGAAGAAAAGTCTAT
* ** * *
26872 TTATAG-CTTCTTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAT
64 TTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* ** * *
26936 TGATTTTAAATATAGTTTTTTTTA-AATTTTTGATTAAAAAAGAT
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* * * * * *
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1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAA-GCATTCATTGGA-AGAAAA-GTCTA
* * *
27043 TTTATAGTCACCCATTCGTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
63 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
*
27108 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAGAGAT
128 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGAT
* ** * * * *
27151 TGTAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACAAGAAGAAAAAGGCATTTATTGACAAGCAAAGT-TCAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTG-GAAGAAAAGTCT-AT
* * ** * *
27215 TTACAGTTACCCAAACCTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
64 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
27280 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGAT
129 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGAT
** * * * * * *
27322 TATTGTTGAATGTTTGCCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAAGAAATA-TCCAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGG-AAGAAA-AGTCTAT
* * * * *
27386 TTATAGTAACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTTGC-TTAAATGGTTTTATAATTTCATAATT
64 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * *
27450 GATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTATTAGCTAAAACAGAC
129 GATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGAT
* * * * * *
27491 AATAATTGAATG-CTTACCTTGAGAAATGTGAAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAATTTTA
1 TATAATTGAATGTC-TACCTCGAGAAACGTG-AAGAAAAAAGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCTA
* * * **
27555 -TTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGTCTTATTACGCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
63 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * *
27619 TGATTTTAAGTTTAATTCGTTGTACAGTTTTGGTTAAAACAGAT
128 TGATTTTAAGTTGAATT--TTTTACATTTTTTGTTAAAATAGAT
* * * * *
27663 TATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAATGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCTATT
* * * * *
27728 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATTTCATAATT-
65 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTG
* * **
27792 AATTTAAGTTGAATTTTTTTAC-TTTTTTGGCTAAAATAGGC
130 ATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTT-GTTAAAATAGAT
* * * * * * *
27833 TATAATTGAATGTTTATCTCGAGAAACTTGAAAAAAAAAGCATTCATTAGCAA-AAAAATTTAAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT-GGAAGAAAAGTCT-AT
* *
27897 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
64 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * *
27962 GATTTTAAGTTGAATTCTTTGTGCA-GTTTTGATTCAAATAGAT
129 GATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATTTTTTG-TTAAAATAGAT
* * *
28005 TATAATTGAATGTCTACCTC-AGAAAACGT-AA-AAAAAAGGAATTCATTGGCAAAAAAAGTGTA
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACGTGAAGAAAAAA-GCATTCATTGG-AAGAAAAGTCTA
* * ** * * *
28067 TTTATAGTCACCAATTCCTTTAAAAATCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT
63 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * ** * *
28132 TGATTTTAAGTTAAATTTCTTTGCATTTTTCATCAAAATAGAC
128 TGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTTGTTAAAATAGAT
* * * * * * * *
28175 TATAATTTAATGCCTTCTTTGAGAAACATGTAG-AAAAAGCTATTCATTCGAAAGAAAAGTCTAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGC-ATTCATT-GGAAGAAAAGTCTAT
* * **
28239 CTATAGTCTCCCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
64 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
28294 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1220, Mismatches: 217, Indels: 97
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 82 0.07
170 378 0.31
171 479 0.39
172 278 0.23
173 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGAAGAAAAGTCTATTT
ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
TTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGAT
Found at i:31398 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 31075--32606 Score: 1292
Period size: 170 Copynumber: 9.0 Consensus size: 170
31065 NNNNNNNNNN
* * *
31075 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATTTCTTCTTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGC--CTTTTT
* * * *
31140 -TTTACGTTTCTCGAGGTAGACA-TCAGTTATAGTCTGTTTAAACTAAAAATATAAAAAAATTCA
63 CTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTT-AACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* *
31203 ACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
127 ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * *
31247 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
* * * * * * *
31312 TATGTTTCTCGACGTAGACATTCAATAATAATCTATTTATCTAAAAATGTAAACAAATTCAACTT
66 CACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* *
31377 AAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTA
131 AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
31417 ATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTGTAAATGGACTTTGCTTGCCAATAAATGCCTTTTCCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
* * * * * *
31482 CTCGCTTCTC-ATGGTAGAC---GAATTATAAACTGTTTTAACCAAAAA-AGTAAAAAAATTCAA
66 CACGTTTCTCGA-GGTAGACATTCAATTATAATCT-ATTTAACTAAAAATA-TAAAAAAATTCAA
**
31542 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTA
128 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * ** **
31585 ATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTTAATGAATGCCTCCTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
* * * * * * * *
31650 CACATTTCTCGAGGTAAATATTTAATTATAATATATTTTAACTAAAAATTTAAAAAAA-ACTATT
66 CACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTA-TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC-A-A
* * *
31714 TTTAAAATCTATTTTGAGATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTA
128 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* ** * * * *
31757 ATAAGGTTTTTGAAGGAATATGAGGCTATAAATGGAGTTTTCTT-CCAAAAGAATAG-CTTTTTC
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAAT-GCCTTTTTC
* * * * * * *
31820 TAT-ATGTTT-TCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAGAAATTT
64 T-TCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCT-ATTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTC
* * * * *
31882 AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAGCATTCATAGCGAGTA
126 AACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* ** * * * * * * *
31927 ATAAGGTTTTTGAAGGAATAAGAGACCATAAATGGACTTTTCTTTCTAATTAATGGCTTTTTCTA
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
* * * * * * * * *
31992 CAAGTTTC-CCAAGTCA-AGCATTCAATTATAATCTGTTTTGATTGAAAATAGGAAAAAAAATTG
66 CACGTTTCTCGAGGT-AGA-CATTCAATTATAATCT-ATTTAACTAAAAATA--TAAAAAAATTC
* * *
32055 AACTTAAAATCAATTTTCG-TATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
126 AACTTAAAATCAATTTT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * *** *
32100 AT-AGAGCTATTGAAGGAATGGATGACTAT-AATGAGACTTTTGTTGCCAATGAATGTAATATT-
1 ATAAG-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
* ** * * *
32162 TTAATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGCTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAA
64 TTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCT-ATTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA
* *
32227 CTT-AAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
128 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * *
32269 ATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGGAGACTATAGATAGG-CTTTTCTT-CTAAACGAATGGCTTTTTC
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTC
* * * * * ** * *** ** *
32332 TACACGTTTCTCAAGGAAGGCATTAAATTATAGCCTGTTTTGGTGAAAAATGCAAAAAAACTCAA
64 TTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * **
32397 CTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAATGAGTA
128 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * *
32440 ATAAGG-TTTTTAATGGAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTTTTTGCCATTGAATGCCTTTTTC
1 ATAAGGCTTTTGAA-GGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
* * * ** * * * *
32504 TGCTCATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAACTACACAAAGAATTCA
64 TTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTA-TTTAACTAAAAATATA-AAAAAATTCA
*
32569 ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAG
127 ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG
32607 TGAGNNNNNN
Statistics
Matches: 1076, Mismatches: 237, Indels: 93
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 9 0.01
168 128 0.12
169 83 0.08
170 321 0.30
171 168 0.16
172 230 0.21
173 137 0.13
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT
CACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
Found at i:31960 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 31075--32606 Score: 1213
Period size: 342 Copynumber: 4.5 Consensus size: 342
31065 NNNNNNNNNN
* * **
31075 ATAAGGCTTTTGAAGG-A-ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CTAATGAATTTCTTCTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATATGAG-G-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAAGAATAGC-T-TT
* * * * * * *
31137 TTTTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATCAGTTATAGTCTG-TTTAAACTAAAAATATAAAAAAATT
62 TTCTATATG-TTCTCAAGGTAGACATCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAATATAAAAAAATT
31201 CAACTTAAAATCAATTATGAA-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
126 CAACTTAAAATCAATTAT-AAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * *
31265 TGGGCGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGACGTAGA
190 TGGGAGACTATAAATGGACATTTCTTGTTAATGAATGCCTTTTTCTTCA-ATTTCTCGAAGTAAA
* * *
31330 CATTCAATAATAATCTA-TTTATCTAAAAATGT-AAACAAATTCAACTTAAAAT-TAATTTTGAG
254 CATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCT-ATTTTGAG
*
31392 ATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTA
318 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * *
31417 ATAAGGCTTTTGAAGG--TATGGGTGACTGTAAATGGACTTTGCTTGCCAATA-AAT-GCCTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATATGAG-G-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAAGAATAG-CTTTT
* * * * ** *
31478 CCT-TCTCGCTTCTCATGGTAGAC--GAATTATAAACTGTTTTAACCAAAAAA-GTAAAAAAATT
63 TCTATAT-G-TTCTCAAGGTAGACATCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAATATAAAAAAATT
* * ** * *
31539 CAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAAT
126 CAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* ** * *
31604 GGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTTAATGAATGCCTCCTTCTTCACATTTCTCGAGGTAAAT
191 GGGAGACTATAAATGGACATTTCTTGTTAATGAATGCCTTTTTCTTCA-ATTTCTCGAAGTAAAC
* * * * **
31669 ATTTAATTATAATATATTTTAACTAAAAATTTAAAAAAAACT-ATTTTTAAAATCTATTTTGAGA
255 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCTATTTTGAGA
*
31733 TTATCAAACCATTTAAAGCGAGTA
319 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* *
31757 ATAAGGTTTTTGAAGGAATATGAGGCTATAAATGGAGTTTTCTT-CCAAAAGAATAGCTTTTTCT
1 ATAAGGCTTTTGAAGGAATATGAGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAAGAATAGCTTTTTCT
* * * * *
31821 ATATGTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAGAAATTTAAC
66 ATATGTTCTCAAGGTAGACA-TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * * **
31885 TTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAGCATTCATAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAAGA
130 TTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGA
* * * * * * *
31950 GACCATAAATGGACTTTTCTT-TCTAATTAATGGCTTTTTCTACAAGTTTC-CCAAGTCAAGCAT
195 GACTATAAATGGACATTTCTTGT-TAATGAATGCCTTTTTCTTCAA-TTTCTCGAAGT-AAACAT
* * * * * * * *
32013 TCAATTATAATCTGTTTTGATTGAAAATAGGAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTCG-TAT
257 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAT-GTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCTATTTT-GAGAT
* *
32077 AATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
320 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* *
32100 AT-AGAGCTATTGAAGGAATGGATGA--CTAT-AATGAGACTTTTGTTGCCAATGAATGTAATA-
1 ATAAG-GCTTTTGAAGGAAT--ATGAGGCTATAAATG-GACTTTTCTTGCCAA--AA-G-AATAG
* * *
32160 --TTTT-AATAT-TTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGCTTTAA-CAAAAAATATAAAAA
58 CTTTTTCTATATGTTCTCAAGGTAGACA-TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAATATAAAAA
* *
32220 AATTCAACTT-AAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
122 AATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * * * * *
32284 GAAAGGGAGACTATAGATAGG-CTTTTCTTCTAAACGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTC-AAG
187 GAATGGGAGACTATAAAT-GGACATTTCTTGTTAATGAATGCCTTTTTCTTCA-ATTTCTCGAAG
* * * ** * ** * * *
32347 GAAGGCATTAAATTATAGCCTGTTTT-GGTGAAAAATG-CAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATT
250 TAA-ACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCTATT
* * * **
32410 ATGAGATTACAAAACTATTTAAAATGAGTA
313 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* ** * * * * * **
32440 ATAAGG-TTTTTAATGGAATGGGTGACTATAAATAGATTTTTTTTTGCC-ATTGAAT-GCCTTTT
1 ATAAGGCTTTTGAA-GGAATATGAGGCTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAAAAGAATAG-CTTTT
* * * * * * *
32502 TCTGCTCAT-TTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACC-AAAACTACACAAAGAA
63 TCT-AT-ATGTTCTCAAGGTAGACA-TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAATATA-AAAAAA
* * *
32565 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAG
124 TTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG
32607 TGAGNNNNNN
Statistics
Matches: 961, Mismatches: 172, Indels: 112
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
336 3 0.00
337 2 0.00
338 145 0.15
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341 37 0.04
342 359 0.37
343 144 0.15
344 40 0.04
345 8 0.01
346 2 0.00
347 1 0.00
348 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
ATAAGGCTTTTGAAGGAATATGAGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAAAGAATAGCTTTTTCT
ATATGTTCTCAAGGTAGACATCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAG
ACTATAAATGGACATTTCTTGTTAATGAATGCCTTTTTCTTCAATTTCTCGAAGTAAACATTCAA
TTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCTATTTTGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTA
Found at i:34651 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 34162--35856 Score: 1290
Period size: 171 Copynumber: 9.9 Consensus size: 170
34152 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
34162 AATGAATACTTTTTTCTTCATATTTCTCATGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATCTTAACCAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-TTTTAACCAAAA
* * * * * * *
34227 ATATGCAAAACATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCTATTT-AAGTTGAGTAATAA
65 ATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAA
* * * *
34291 GGCTCTTAAAGGAATAGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCC
128 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * ** * * *
34334 AATGAATACCTTTTTATTTACGTTTATTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTCACCAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-TTTTAACCAAAA
* * * **
34399 GTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GCATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAG
65 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* *
34463 GCTTTTGGAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCC
129 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* ** *
34505 AATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAACAATAATCTATTTAACCAAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTAACCAAAAA
* *
34570 TGTAAAAAAATTGAACTTAAAAAT-AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGAAATAAGG
66 TGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * *
34634 TTTTTGAAGGTATGGGTGATTGTAAATGGACTTTTCTTGCC
130 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * *
34675 AATAAATGCCTTTTTCTTC-TCGCTTCTCGAGGTAGACATTCAATTACAATCTGTTTTACCCAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCAT-GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-TTTTAACCAAA
* * *
34739 ACTGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTGT-TAGTGAGTAATAA
64 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATT-TAAAGTGAGTAATAA
* * * * * *
34802 GGCGTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGTC
128 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* ** * * **
34845 AATGATTG-CTTTCTTCTTCACATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTTAATTAAAA
1 AATGAATGCCTTT-TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTAACCAAAA
* * * * * *
34909 ATTCTAAAAAAACT-ATATTTGAAATCAATTTTGAGATTGTAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAA
65 A-TGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * ** *
34973 GGTTTTTGAAAGAATAGAAGGCTATAAATGGACTTTTCTT-CC
128 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * * * * **
35015 AAATGAGTGGCTTTTTCTAT-ATGTTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAGTCTGTGTTAATAAA
1 -AATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-TTTTAA-CCA
* * * * * * * *
35079 AAAATGT-AAACAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAAGCATTCATAGCGAGTAATA
62 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * *
35143 AGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACCATAAATGGACTTTTCTTTCT
127 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * ** * ***
35187 AATTAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCCAAGACA-AGCATTCAATTATAATCTGTTTTGATTGAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCT-TTTTAACCAAA
** * *
35251 AATAAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTT-AGTATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
64 AAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * *
35315 AGGCTTTTGAAGTAATAGATGACTAT-AACGAGACTTTTGTTGCC
127 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGCC
*** * * * * * * * *
35359 AATGAATGTAATATT-TTAATATTTCTCGAGGTAGATAATT-AATTATAGT-TTGCTTAAACAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTT-TTTAACCAAA
* * * * * *
35421 ACGTATAAAAAAATTTAACTT-AAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
64 A-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * *
35485 GGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAGATAGAATTTT-TTTCC
128 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
** * * * * * * ****
35527 AAACAAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTCAAGG-AAAGCATTAAATTATAGTCTGTTTTGGTGAA
1 -AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCT-TTTTAACCAA
* * * * * **
35591 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGTGATTACAAAACTATTTAAAACGAGTAATAA
63 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * *
35656 GGTTTTTAAAGGAATGGGTGACTAT-AATAGACTTTTTTTGCC
128 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* ** * ********** *
35698 AATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGNNNNNNNNNNAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
1 AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-TTTTAACCAAAA
* ** * ** * **
35763 CTGCCCAAAGAATTCTGCTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAAGTCATTTAAAGTGAGTAATAAG
65 ATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
35828 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
129 GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
35857 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1199, Mismatches: 282, Indels: 84
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 97 0.08
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171 549 0.46
172 160 0.13
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTAACCAAAAA
TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
Found at i:34919 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 34248--35855 Score: 1389
Period size: 341 Copynumber: 4.7 Consensus size: 342
34238 ATTCAAATTT
* * * * *
34248 AAATCAATTTTGAGATTATAAAGCTATTT-AAGTTGAGTAATAAGGCTCTTAAAGGAATAGGTGA
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGGTGA
* * * * * * *
34312 CCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTATTTACGTTTATTGAGATAGACATTCAA
65 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-CTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAA
* * *
34377 TTATAATATGTTTT-CACCAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GCATTACAA
129 TTATAATCTGTTTTACA-CAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAA
* * * *
34440 AACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTG-C
192 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACATTTCTTGTC
* * ** * * ** * **
34504 CAA-TGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAACAATAATCT-ATTTAACCAA
257 AAACT-AATGGCTTTTTCTACACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAA
34567 AAATGTAAAAAAATTGAACTTAA
321 AAATGTAAAAAAATTGAACTT-A
* * * *
34590 AAAT-AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGAAATAAGGTTTTTGAAGGTATGGGTGAT
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGGTGAC
* * * *
34654 TGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTCTCGCTTCTCGAGGTAGACATTCAAT
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAT-GTTTCTCGAGGTAGACATTCAAT
* * *
34719 TACAATCTGTTTTACCCAAAACTGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
130 TATAATCTGTTTTACACAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * *
34783 TATTGT-TAGTGAGTAATAAGGCGTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGTC-A
195 CATT-TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACATTTCTTGTCAA
* * * * *
34846 A-TGATTGCTTTCTTCTTCACATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCT-TTTTAATTAAAA
259 ACTAATGGCTTT-TTCTACACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAA
* * * *
34909 ATTCTAAAAAAACT-ATATTTG
323 A-TGTAAAAAAATTGA-ACTTA
* * * ** *
34930 AAATCAATTTTGAGATTGTAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATAGAAGGC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGGTGAC
* * * * * *
34995 TATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATGAGTGGCTTTTTCTATATGTTTCTCAAAGCAAACATTCAA
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCT-TATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAA
* * * * * * * *
35059 TTATAGTCTGTGTTAATAAAAAAATGT-AAACAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAA
129 TTATAATCTGT-TTTACACAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * * *
35123 AGCATTCATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACCATAAATGGACTTTTCTT-TCT
193 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACATTTCTTGTCA
* * * ** * * *
35187 AATTAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCCAAGACAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTGATTGAAA
258 AACTAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAA
**
35252 ATAAAAAAAAAATTGAACTTA
323 AT-GTAAAAAAATTGAACTTA
* * * *
35273 AAATCAATTTT-AGTATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAATAGATGA
1 AAATCAATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGGTGA
* * ** * * * *
35337 CTAT-AACGAGACTTTTGTTGCCAATGAATGTAATATTT-TAATATTTCTCGAGGTAGATAATT-
65 CTATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATGAATG-CCTTTTTCTTATGTTTCTCGAGGTAGA-CATTC
* * * * * * *
35399 AATTATAGTTTG-CTTAAACAAAACGTATAAAAAAATTTAACTT-AAATTAATTATGAGATTATA
127 AATTATAATCTGTTTTACACAAAAC-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
35462 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAGATAGA-ATTT-TTTT
191 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACATTTCTTGT
* * * ** *
35525 CCAAACAAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTCAAGG-AAAGCATTAAATTATAGTCTGTTTTGGTG
256 -CAAACTAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTCAAGGTAAA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAATT
*
35589 AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTA
319 AAAAATGTAAAAAAATTGAACTTA
* * * * ** * *
35613 AAATCAATTATGTGATTACAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTGAC
1 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGGTGAC
* * * ** **********
35678 TAT-AATAGACTTTTTTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGNNNNNNNNNNAAT
66 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-ATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAT
** * ** * *
35742 TATAATCTGTTTTA-ACTAAAACTGCCCAAAGAATTCTGCTTAAAATCAATTTTGAGATTACAAA
130 TATAATCTGTTTTACAC-AAAACTG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
** * *
35806 GTCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
193 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAAT
35856 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1015, Mismatches: 214, Indels: 74
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 4 0.00
339 28 0.03
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341 384 0.38
342 239 0.24
343 107 0.11
344 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATAGGTGAC
TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATT
ATAATCTGTTTTACACAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATAGACATTTCTTGTCAAAC
TAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATG
TAAAAAAATTGAACTTA
Found at i:35458 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 34233--35714 Score: 1318
Period size: 512 Copynumber: 2.9 Consensus size: 509
34223 AAAAATATGC
* * * * * *
34233 AAAACATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCTATT-TAAGTTGAGTAATAAGGC-TC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTGTAAG-TGAGTAATAAGGCGT-
* * * * * * * * *
34296 TTAAAGGAATAGGTGACCATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATGAATACCT-TTTTATTTACGTTT
64 TTAAAAGAATAGATGACTATAAA-GAGACATTTCTTGCCAATGAAT-GCTATATTCTTAACATTT
* * * * * * * * * *
34359 ATTGAGATAGACATTCAATTATAATATGTTTTCACCAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
127 CTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCT-TCTTAAACAAAAGTATAAAAAAATTTAACTTAAAATC
* * * *
34424 AATTATG-GCATTACAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGGAGGAATGGGTGACTATA
191 AATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATA
* * * * * * **
34488 AATGGACATTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAACAAT
255 AATGGACTTTTCTT-CCAAATGAATGGCTTTTTCTATATGTTTCTCAAAGCAAACATTCAATTAT
* * ** * * *
34552 AATCTATTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAAATAATTTTGAGATTATAAAACCATT
319 AGTCTGTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA-CATT
* * * * * ***
34617 TAAAGTGAGAAATAAGGTTTTTGAAGGTATGGGTGATTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAAT
383 TAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGAGAGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAAT
* * * ** **
34682 GCCTTTTTCTTCTCGCTTCTCGAGGTAGACATTCAATTACAATCTGTTTTACCCAAAACTGT
448 GCCTTTTTCTACTCGCTTCCCAAGCAAGACATTCAATTACAATCTGTTTTACCCAAAACTAA
* * *
34744 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTGTTAGTGAGTAATAAGGCGTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTGTAAGTGAGTAATAAGGCGTTT
* * * * * * * *
34809 AAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGTCAATGATTGCTTTCTTCTTCACATTTCTCG
66 AAAAGAATAGATGACTATAAAGAGACATTTCTTGCCAATGAATGCTATATTCTTAACATTTCTCG
* * * * * *
34874 AGGTAAACATTCAATTATAATCTTTTTAATTA-AAAATTCTAAAAAAA-CTATATTTGAAATCAA
131 AGGTAAACATTCAATTATAATCTTCTTAA--ACAAAAGTATAAAAAAATTTA-ACTTAAAATCAA
* * * * * * * * *
34937 TTTTGAGATTGTAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATAGAAGGCTATAAAT
193 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAAT
*
35002 GGACTTTTCTTCCAAATGAGTGGCTTTTTCTATATGTTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAGTC
258 GGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTTTTTCTATATGTTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAGTC
* * *
35067 TGTGTTAATAAAAAAATGT-AAACAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAAGCATTCA
323 TGT-TTAAT-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA-CATTTA
* * * * * *
35131 TAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACCATAAATGGACTTTTCTTTCTAATTAATGG
385 AAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGAGAGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGC
* * ***
35196 CTTTTTCTACAT-GTTTCCCAAGACAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTGATTGAAAA-TAAAA
450 CTTTTTCTAC-TCGCTTCCCAAG-CAAGACATTCAATTACAATCTGTTTT-ACCCAAAACT--AA
*
35258 AAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTT-AGTATAATAAAACCATT-TAAAGTGAGTAATAAGGC-T
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAG-ATAATAAAACCATTGT-AAGTGAGTAATAAGGCGT
** * * * *
35320 TTTGAAGTAATAGATGACTATAACGAGACTTTTGTTGCCAATGAATG-TAATATT-TTAATATTT
64 TTAAAAG-AATAGATGACTATAAAGAGACATTTCTTGCCAATGAATGCT-ATATTCTTAACATTT
*
35383 CTCGAGGTAGATA-ATT-AATTATAGT-TTGCTTAAACAAAACGTATAAAAAAATTTAACTT-AA
127 CTCGAGGTA-A-ACATTCAATTATAATCTT-CTTAAACAAAA-GTATAAAAAAATTTAACTTAAA
*
35444 ATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTA
188 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTA
* * * * ** * * * *
35509 TAGATAGAATTTTTTTCCAAACAAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTC-AAGGAAAGCATTAAATT
253 TAAATGGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTTTTTCTATATGTTTCTCAAAGCAAA-CATTCAATT
** * * * * *
35573 ATAGTCTGTTTTGGTGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGTGATTACAAAACT
317 ATAGTCTG-TTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAC-
* * * * * * * *
35638 ATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATGGGTGACTAT-AATAGACTTTTTTTGCCAATG
380 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGAGAGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATA
*
35702 AATACCTTTTTCT
445 AATGCCTTTTTCT
35715 TCACATTTCT
Statistics
Matches: 783, Mismatches: 158, Indels: 60
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 10 0.01
511 291 0.37
512 322 0.41
513 67 0.09
514 92 0.12
515 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (509 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTGTAAGTGAGTAATAAGGCGTTT
AAAAGAATAGATGACTATAAAGAGACATTTCTTGCCAATGAATGCTATATTCTTAACATTTCTCG
AGGTAAACATTCAATTATAATCTTCTTAAACAAAAGTATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGGA
CTTTTCTTCCAAATGAATGGCTTTTTCTATATGTTTCTCAAAGCAAACATTCAATTATAGTCTGT
TTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACATTTAAAGCGA
GTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGAGAGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTT
CTACTCGCTTCCCAAGCAAGACATTCAATTACAATCTGTTTTACCCAAAACTAA
Found at i:36728 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 36516--37325 Score: 601
Period size: 171 Copynumber: 4.7 Consensus size: 167
36506 NNNNNNNNNN
* *
36516 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTATGAAGGAATGAGAGGCTATAAATGGACTTTTC
1 TATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTT-TGAAGGAATG-GAGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * *
36581 TTTCAAATGAATGGCTTTTTCTATACGTTTCTTCAAGCAGGTATTCAATTATAGTCTTTTTTAAC
63 TTCCAAATGAATAGCTTTTTCTATATGTTTC-TCAAGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
* *
36646 CAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCACTTATAAGAT
127 CAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
36687 TATAAAAGCATTCATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAATACCATAAATGGACTTTTC
1 TATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGAATGG-AGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
36752 TTCCTAATTAATGGCTTTTCCTATATGTTTCCCAAGACAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
63 TTCCAAATGAATAGCTTTTTCTATATGTTTCTCAAG-CAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
* * * * * *
36817 TAAAAATAGAAAAAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTGATAT
127 CAAAAA-AG--TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * ********* * *
36861 AATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGNNNNNNNNNNGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTG
1 TATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTTTGAAGGAATGGA-GACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * ** **
36926 TTGCC-AATGAAT--CTAATATTT-TA-ATATTTCTTGAGGTAGACATAGAATTATAGTCTACTT
63 TT-CCAAATGAATAGCT--T-TTTCTATATGTTTC-TCAAGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTT
* *
36986 TAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTATGAGAT
123 TAACCAAAAAA-GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
37030 TATAAAATCATTTAAAGCAAGTCATTAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAGATGGACTTTT
1 TATAAAA-CATTTAAAGCGAGT-AATAAGG-TTTTGAAGGAATG-GAGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
37095 CTTCCAAATGAATAGCTTTTTTTACATGTTTCTCAAGGAAGGCATTAAATTATAGTCTGTTTTGA
62 CTTCCAAATGAATAGCTTTTTCTATATGTTTCTCAA-GCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
** ** * * *
37160 TGAAAAATTTTAAAAAAGTTAACTTAAAATCAATTATGCGAT
126 CCAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
37202 TACAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTTAAAGAATTGGGTGACCATAAATGGACTTTTC
1 TATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGAAGGAA-T-GGAGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * *
37267 ATGCAAATGAATACCTTTTTCT-TCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
63 TTCCAAATGAATAGCTTTTTCTAT-ATGTTTCTC-AAGCAGGCATTCAATTATAGTCTGT
37326 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 495, Mismatches: 113, Indels: 62
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 32 0.06
170 73 0.15
171 227 0.46
172 49 0.10
173 27 0.05
174 83 0.17
175 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
TATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGAAGGAATGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTC
CAAATGAATAGCTTTTTCTATATGTTTCTCAAGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAA
AAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
Found at i:38265 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 37821--38288 Score: 439
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 172
37811 NNNNNNTATG
*
37821 AAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTTACTATAAATGGACA
1 AAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACA
* * *
37886 TTTCTTGCCAATGAATGCCTGTTTCTTTACA-TTTC-CTGATGCAGACATTTAACAGTAATCTGT
66 TTTCTTGCCAATGAATGCCT-TTTCTTTA-AGTTTCTCTGAGGCAGACATTCAACAGTAATCTGA
* * * * *
37949 TTTAACTAAAACTGTACAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTTTG
129 TTTAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATA
* ************ * *
37993 AGATTATNNNNNNNNNNNNAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACT
1 AAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACA
** * * * * * * *
38058 TTTCTTGTTAGTGAAGGCCTTTTTTTCTACGTTTCTCT-AGGTAGACA-TCAATTA-TAGTCT-A
66 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCTT-TAAGTTTCTCTGAGGCAGACATTCAA-CAGTAATCTGA
38119 TTTAAGCTAAAAATGTA-AAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATA
129 TTTAA-CTAAAAATGTACAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATA
* * ** *
38164 AAATTATATAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGACTGGGTGACTATAAATGCACA
1 AAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACA
* * * *
38229 TTTCTTACCAATGAATGCCTCTTTCTTTAAGTTTCTC-AAGGCAGGCATTCAACAATAATC
66 TTTCTTGCCAATGAATGCCT-TTTCTTTAAGTTTCTCTGAGGCAGACATTCAACAGTAATC
38289 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 63, Indels: 20
0.73 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 10 0.04
171 119 0.53
172 92 0.41
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (172 bp):
AAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACA
TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCTTTAAGTTTCTCTGAGGCAGACATTCAACAGTAATCTGATT
TAACTAAAAATGTACAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATA
Found at i:39399 original size:105 final size:105
Alignment explanation
Indices: 39216--39418 Score: 300
Period size: 105 Copynumber: 1.9 Consensus size: 105
39206 ATAAATTATT
* *
39216 AGATTACAAAACCATTTAAAACGAGAAATAAAGTTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
1 AGATTACAAAACCATTTAAAACGAGAAATAAAGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAAT
39281 TTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTC-ACGTTAATTTTG
66 TTTCTTACCAATGAATGCCTTTTT-TTCAACGTTAATTTTG
* * ** * *
39321 AGATTATAAACCCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAAT
1 AGATTACAAAACCATTTAAAACGAGAAATAAAGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAAT
* *
39386 TTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTTTCAACGTT
66 TTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTTTCAACGTT
39419 TCTCGAGCTA
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 10, Indels: 2
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
104 3 0.03
105 84 0.97
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (105 bp):
AGATTACAAAACCATTTAAAACGAGAAATAAAGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAAT
TTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTTTCAACGTTAATTTTG
Found at i:39537 original size:276 final size:276
Alignment explanation
Indices: 39038--39589 Score: 660
Period size: 276 Copynumber: 2.0 Consensus size: 276
39028 ACTTAAAATC
* * * *
39038 AATTTTGACATAATAAAACTATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAAGACTATAG
1 AATTTTGACATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGAAGACTATAA
* * * * **
39103 ATGGACTTTCCTTCCAAATGAATTACTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGAAGGGATTAAATTATAG
66 ATGGAATTTCCTTCCAAATGAATGACTTTTTCTACACGTTTCCCAAGCAAGACATTAAATTATAG
* * *
39168 TCTGCTTTGAGGAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATAAATTATTAGATTACAAAACCATTT
131 TCTGCTTTGAGCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATAAATTATGAAATTACAAAACCATTT
* * * * *
39233 AAAACGAGAAATAAAGTTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
196 AAAACGAGAAATAAAGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTAAAAATAGACATTTCTTACCAATGAATG
39298 CCTTTTTCTTCACGTT
261 CCTTTTTCTTCACGTT
* * * **
39314 AATTTTGAGATTATAAACCCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
1 AATTTTGACATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGAAGACTATAA
* * * * * * * * *
39379 ATGGAATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTT-TTCAACGTTTCTCGAGCTAGACATTTAATTATA
66 ATGGAATTTCCTTCCAAATGAATGACTTTTTCTAC-ACGTTTCCCAAGCAAGACATTAAATTATA
* * * *
39443 GTCTG-TTTTAGCCAAAAATGTAAAACAATTCTA-CTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCA
130 GTCTGCTTTGAG-CAAAAATGTAAAAAAATTC-AGCTTAAAATAAATTATGAAATTACAAAACCA
** * * * * *
39506 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGGCTAAAAATAGACATTTCTTGCCAATGA
193 TTTAAAACGAGAAATAAAGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTAAAAATAGACATTTCTTACCAATGA
*
39571 ATGCCTTTTTCTTTACGTT
258 ATGCCTTTTTCTTCACGTT
39590 TCTCGAGGTA
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 44, Indels: 6
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
275 7 0.03
276 221 0.97
277 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (276 bp):
AATTTTGACATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGAAGACTATAA
ATGGAATTTCCTTCCAAATGAATGACTTTTTCTACACGTTTCCCAAGCAAGACATTAAATTATAG
TCTGCTTTGAGCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATAAATTATGAAATTACAAAACCATTT
AAAACGAGAAATAAAGCTTTTAAAGGAATAGGTGACTAAAAATAGACATTTCTTACCAATGAATG
CCTTTTTCTTCACGTT
Found at i:39621 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 39314--40572 Score: 1261
Period size: 171 Copynumber: 7.4 Consensus size: 171
39304 TCTTCACGTT
* *
39314 AATTTTGAGATTATAAACCCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
1 AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * *
39379 ATGGAATTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTT-TTCAACGTTTCTCGAGCTAGACATTTAATTATA
66 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-TACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATA
* * * *
39443 GTCTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAACAATTCTACTTAAAATC
130 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * *
39485 AATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGGCTAAAA
1 AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * **
39550 ATAGACATTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAACAATAA
66 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAA
* * *
39615 TCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTGAAAATC
131 TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * * *
39656 AATTTTGAGATTATAAAACTATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAA-GATATGGGTGATTGTA
1 AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATA
* * * * * * *
39720 AATGGAGTTTTCTTGCCAATAAATACTTTTTTCTTCT-CATTTCTTGAGGCAGACATTCAATTAT
65 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-TACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTAT
* * *
39784 AATCTATTTCAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
129 AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
*
39827 AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACTATAA
1 AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * * *
39892 ATGGA-TATTTCTTGTCAATGAATGCCTTCTTCTTCACATTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATA
66 ATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATA
* * * *
39956 AT-TTTTTTAACCAAAAAGTTTAAAAAAACT-ATATTTAAAATC
130 ATCTGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATC
* * * * * *
39998 AATTTTGATATTATAAAACCATGTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGGGAGGCTATAA
1 AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* * * * *
40063 ATGGACTTTTCTT-CCAAATGAATAG-CTTTTTCTATACGTTTCTTGAGGCA-AGTATTCAATCA
66 ATGGACTTTTCTTGCC-AATGAAT-GCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGA-CATTCAATTA
* * * *
40125 TAGTTTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTTAAATC
128 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * ** ** *
40169 AATTATAAGATTATAAAAGCATTCAAAGAAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAAGACCATAA
1 AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
** * ** * * * *
40234 ATAAACTTTTCTT-CCTAAAT-AATGACTTTTTCTAGACGTTTTTCAAGATAGGCATTCAATTAT
66 ATGGACTTTTCTTGCC--AATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTAT
* * **
40297 AATCTGTTTTAACTAAAAATAGAAAAAAAATAGAACTTAAAATC
129 AATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* *
40341 AATTTTG-GCATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATA
1 AATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATA
* * ** * * ** * * *
40405 AATAGACTTTTGTTGCCAATGAATGCAATATT-TTAATATTTGTC-AGGGCAGACATTTAATTAT
65 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGA-GGTAGACATTCAATTAT
* * * * * *
40468 AGTCTGCTTTAACAAAAATATATAAAAAAATTTAACTT-AAATT
129 AATCTGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * ** * *
40511 AATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGGGAGACTA
1 AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTA
40573 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 899, Mismatches: 165, Indels: 49
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 78 0.09
171 701 0.78
172 118 0.13
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAA
TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
Found at i:41093 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 40708--41606 Score: 941
Period size: 172 Copynumber: 5.3 Consensus size: 169
40698 NNNNNNNNNN
* * * * * *
40708 AAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGTTTTTAAAGAAATGGGTGGC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * * *
40773 TATAAATCGACTTTTCTTACCAATGAAT-ACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAA
66 TATAAAT-GAATTTT-TTGCCAATGAATGTCCTTTTT-TTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAA
* *
40837 TTATAATCTGTTTTAAC-AAAACTGTGCAAAGAATTCAACTTA
128 TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAGAATTCAACTTA
* * * *
40879 AAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
*** * * ** *
40944 TATAAATAGAATTTTGTTTTTAATGAATGTCATTTTTTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAAT
66 TATAAAT-GAATTTT-TTGCCAATGAATGTCCTTTTTTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAAT
* * *
41009 TATAACCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTA
129 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAGAATTCAACTTA
* *
41051 AAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* ** * *
41116 TATAAATGAACATTTTTTGTCAATGAATACCCTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAAT
66 TATAAATG-A-ATTTTTTGCCAATGAATGTCCTTTTTTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAAT
* * * ** * * *
41181 TATAGTCTGGTTTAACCAAATCTATACAAAGAGTTGAACTTA
129 TATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAGAATTCAACTTA
* * * **
41223 AAATCAATTTTGAGATTATGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGACGAC
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* * *
41288 TATAAATTGAATTTTTTTGCTAATGAATGT-CTTTTTTTCTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAA
66 TATAAA-TGAA-TTTTTTGCCAATGAATGTCCTTTTTTTC-ACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAA
* * * * *
41352 TTATTATCTGTTTTATCTAAATATGTAAAAAAATTAAACTT-
128 TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTA
* * * *
41393 AAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTCAAAG-AAGGTAATAAGGCTTTTGAA-GATATGGGTT
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTG
* * *
41456 ACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATTAAATG-CCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGT-AACATT
64 ACTATAAAT-GA-ATTTTTTGCCAA-TGAATGTCCTTTTT-TTCACGTTTCTTGAGGTAAACATT
** * *
41519 CAACAATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTGA
125 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTA
* * * *
41564 ACATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
1 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
41607 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 601, Mismatches: 110, Indels: 34
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 108 0.18
171 196 0.33
172 286 0.48
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
TATAAATGAATTTTTTGCCAATGAATGTCCTTTTTTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTA
TAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTA
Found at i:41394 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 40708--41606 Score: 1157
Period size: 343 Copynumber: 2.6 Consensus size: 341
40698 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
40708 AAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGTTTTTAAAGAAATGGGTGGC
1 AAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTT-AAAGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAC
* *
40773 TATAAATCGAC-TTTTCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAA
65 TATAAAT-GACATTTT-TTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAA
*
40837 TTATAATCTGTTTTAA-CAAAACTGTGCAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
128 TTATAATCTGTTTTAACCAAAACTGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
* * * ** *
40901 ACCATTTAAAGTAAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGAATTTTGTTTTTA
193 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGACGACTATAAATAGAATTTTGTTTCTA
40966 ATGAATGTCATTTTTTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAGCTAAAAA
258 ATGAATGTCATTTTTTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAGCTAAAAA
*
41031 TGTAAAAAAAATTCAACTT
323 TGTAAAAAAAATTAAACTT
41050 AAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
1 -AAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAG-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
* * *
41115 CTATAAATGAACATTTTTTGTCAATGAATACCCTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAA
64 CTATAAATG-ACATTTTTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAA
* * * * * * *
41180 TTATAGTCTGGTTTAACCAAATCTATACAAAGAGTTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATGAA
128 TTATAATCTGTTTTAACCAAAACTGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAA
* *
41245 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGACGACTATAAATTGAATTTT-TTTGCT
193 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGACGACTATAAATAGAATTTTGTTT-CT
** ** * * *
41309 AATGAATGTC-TTTTTTTCTATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTATCTAAA
257 AATGAATGTCATTTTTTTC-ACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAGCTAAA
*
41373 TATGT-AAAAAAATTAAACTT
321 AATGTAAAAAAAATTAAACTT
* * *
41393 AAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTCAAAGAAGGTAATAAGGCTTTTGAA-GATATGGGTTA
1 AAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGA
* * * *
41457 CTATAAATGGACATTTCTTGCCAATTAAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGT-AACATTCA
64 CTATAAAT-GACATTTTTTGCCAA-TGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCA
** * * * * *
41521 ACAATAATATGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAGAATTCAACTGAACATCAATTTTGAGATTATAA
127 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAACTGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAA
* *
41585 AACTATTTAAAGCGAGTAATAA
192 AACCATTTAAAGTGAGTAATAA
41607 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 483, Mismatches: 63, Indels: 22
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 54 0.11
342 107 0.22
343 172 0.36
344 150 0.31
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
AAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
ATAAATGACATTTTTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTA
TAATCTGTTTTAACCAAAACTGTACAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
ATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATAGACGACTATAAATAGAATTTTGTTTCTAATG
AATGTCATTTTTTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAACCTGTTTTAGCTAAAAATGT
AAAAAAAATTAAACTT
Found at i:43278 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 42969--44994 Score: 1662
Period size: 171 Copynumber: 11.8 Consensus size: 171
42959 NNNNNNNNNN
* * * * *
42969 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAAATTTTTTTTCTAATGACTG
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATG
* * * * *
43034 CCTTTTT-TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAA
66 CCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
* *
43098 ACATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTT
131 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* ** * *
43139 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGGTTACTATAAATGGACATTTCTTTCCAATGAATG
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATG
* * * * * **
43204 TCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGCAAATATTCAACAATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
66 CCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * * *
43269 ATATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAATCATTT
131 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * *
43310 AAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTGTAAATGGACTTTGCTTGT-CAATAAAT
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCCAATGAAT
* * ** * * *
43374 ACCTTTTTCTTCT-TGTTTCTCGGGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAA
65 GCCTTTTTCTT-TACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA
* * *
43438 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTCAGATTATAAAACAATTT
129 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * *
43481 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATTGGTGACAATAAATGGA-TATTTCTTGT-CAATGAA
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTT-TCCAATGAA
** * * * * *
43544 TGCCTTTTT-TTTCAAATTTCTCAGGGTAGACATTCAATTATAATATTTTTTAACAAAAAAGTTT
64 TGCCTTTTTCTTT-ACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-TGT
* * * *
43608 GAAAAAACT-ATATTTAAAATCAAATT-TGGGATTATAAAACCATTT
127 AAAAAAATTCA-ACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTT
** * * * *
43653 AAAGCAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGAGAGGCTATAAATGGACTTTTC-TTCCAAATGAAT
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCC-AATGAAT
* * ** * * * * *
43717 GACTTTTTCTATACGTTTCTTGAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTTTTTTAA-TAAAAAAAGTAA
65 GCCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAA
* * * * * * *
43781 AAACATTTAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAATAGCATTC
129 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * ** * *
43824 ATAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGAATGGAAGACTAGAAATGGACTTTTC-TTCCTAATTAAT
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCC-AATGAAT
* *** * * ** * *
43888 GGCTTTTTCCACATGTTTCCCAAGACAAGA-ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATAGAA
65 GCCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAG-GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-G-T
* * * * **
43952 AAAAAAATTGAACTTAAAATTAATTTTG-GCATAATAAAATAATTT
127 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTT
* * *
43997 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTGC-TGCCAATGAAT
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTTCCAATGAAT
* * * ** * * ** * *
44061 -CCAATATT-TTAATATTTCTCAAGTTAGACATTCAATTATAGTCTACTTTAA-AAAAAATATAA
65 GCC-TTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA
* * *
44123 CAAAATTCAACGT-AAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTT
129 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
** * * * * *
44165 AAAACGAGTAATTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGGCCAGAGATGGACTTTTC-TTCCAAATGAA
1 AAAGTGAGTAA-TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCC-AATGAA
* * * * * * * * *
44229 TGGC-TTTT-TTTACATATTTCTCAAGGAAGGCATTAAATTATAGTATGTTTTGACGAAAAATGT
64 TGCCTTTTTCTTTAC--GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
* * *
44292 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAACTATGCGATTACAAAACCATTT
127 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * ** * * * *
44337 AAAATGAGTAATAAGGTTTTTAAAGGAATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCATGCAAATGAATG
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATG
* * ** * *
44402 CCTTTTTCCTCACGTTTCTTGAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TCAAAATCGTACA
66 CCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-GTA-A
* *
44466 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTT
129 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * *
44509 AAAGTGAGTAAAAAGGCTTTTGGAGGAATGGGTGACTATAAATGAAATTTTCTTGCTAATGAATG
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATG
* * * * **
44574 CCTTTTT-TATACGTTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGA--AAACAACATAA
66 CCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACTAAA-AATGTAA
*
44636 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTT
129 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
********** * * *
44679 AAANNNNNNNNNNAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTGCCAATGAATG
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATG
* ** * ** * *
44744 CCTTTTTTCTTTACGTTTGTTGAGGCAGACATTCAACAATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAA
66 CC-TTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA
* * **********
44809 AAAATTCAACTTAAAATCCATTTTGNNNNNNNNNNACCATTT
130 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * *
44851 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGTATGGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTGCCAAT-AGAT
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGA-AT
* ** *
44915 GCAC-TTTTCTTCT-CATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAACAATGT
65 GC-CTTTTTCTT-TACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA-AATGT
*
44977 AAACAAATTCAACTTAAA
127 AAAAAAATTCAACTTAAA
44995 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1488, Mismatches: 321, Indels: 93
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 42 0.03
169 54 0.04
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171 660 0.44
172 426 0.29
173 102 0.07
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATG
CCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
Found at i:45774 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 45475--47124 Score: 1427
Period size: 171 Copynumber: 9.6 Consensus size: 171
45465 NNNNNNNNNN
* * *
45475 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTC-G
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG
* * * * * * * * *
45539 AGAAA--TAAGAAGAAAAAAGTATTTATTGACAAGCAAAGTCTATTTACAATCACCCATACCTTC
66 -GAAACGT-A-AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
45602 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
128 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * ** * * * *
45646 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAGTTTTGATTAAAACAGATTATTGTTAAATGTTTGCCACAG
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG
* * *
45711 GAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGGAATGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAA
66 GAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * *
45776 AGCCTTATT-GTCCTCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAAT
131 AGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * ** * * *
45817 TAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAGTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG
* * * * * * *
45882 GAAACATGGAA-AAAAAGGCATTCAATAGTAAGAAAATTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
66 GAAACGT-AAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
*
45946 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
130 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * * * *
45988 TGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTATAGTTTTGGTTAAAACAGATTCTACTTGAATGTCTACCT-T
1 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * * ** * *
46052 GAGAAACATCAAGAAAAAGGTAGTCATTAACAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT
65 G-GAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
** * * * * *
46117 AAAAATCTTATTACTTGTTTTAAATAGTTTTCTAATCTCATAAT
128 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * ** * * * * * * *
46161 TAATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTCATTTTTTCTCAAAATAGACTATAATTTAATGCCTTCCTT
1 TGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * ** * * ** *
46226 GGGAAACATATAGAAAAAGTAATTCATTTGG-AAGAAAAGTCCCTCTATAGTCTTCTATTCCTTC
64 AGGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * * * *
46290 AAAACCCTTGTTACTCACTTTAAATGGATTTATTATGTCAAAAT
128 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
** * **
46334 TGATTTTAAGTAAAATTTTTCTT-CTATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGTCT
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTAC-ATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * ** * * * *
46397 TAGGAAATGTGTAGAAAAA-GCTATTAATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATGGTCTCTCATTCCT
63 CAGGAAACGTAAAGAAAAAGGC-ATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
* * * *
46460 TTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGCTTTTATAATCTCATAAT
126 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * * **
46506 TGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAAT-ACTTGTCTC-
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTCA
** ** * *
46569 GAGAAACGTATTGAAAAACCCATTCATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTC
65 G-GAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
*
46633 AAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
128 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * * * * * *
46677 TGATTCTAAATAT-AGTTTTTTTAAAATTTGTGGTGAAAAAAGATTATAATTGAATATCTACCT-
1 TGATTTTAAGT-TGAATTTTTTT-ACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
* * * * *
46740 TGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAATTA-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
64 AG-GAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* **
46804 TAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
127 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * * * *
46849 TGATTTTAAGTTGACTTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATAGATTAGAATTAAATGTTTACCTCA
1 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA
* * * * *
46913 AG-AAC-TAAAAAGAAAAAGGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATACCCTC
65 GGAAACGT--AAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * *
46976 AAAAGACTTATTACTTGCTTTAAATGGATTTATAATCTCAAAAT
128 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* *
47020 TGATTCTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTT
1 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCT
* * *
47084 CA-GAAACGAGAAGAAGAAAAAGGCATTTATTGCCAAGAAAA
63 CAGGAAAC--GTA-AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
47125 AGGCATTTAA
Statistics
Matches: 1194, Mismatches: 241, Indels: 84
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 6 0.01
171 568 0.48
172 377 0.32
173 159 0.13
174 51 0.04
175 32 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG
GAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
Found at i:46659 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 45477--47098 Score: 1496
Period size: 343 Copynumber: 4.7 Consensus size: 339
45467 NNNNNNNNTG
* * * * *
45477 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATA-TCTACCTCGAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATACT-TACCTCAAG
* * * * * * * * * *
45541 AAA-TAAGAAGAAAAAAGTATTTA-TTGACAAGCAAAGTCTATTTACAATCACCCATACCTTCAA
65 AAACT-A-TAGAAAAAGGCATTCATTTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* *
45604 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA
127 AAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTT
* * ** * * * ** *
45669 CAGTTTTGATTAAAACAGATTATTGTTAAATGTTTGCC-ACAGGAAACGTAAAGAAAAAGGCATT
191 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGGCATT
* * * * * *
45733 CATTGGCAAGGAATGTCCATTTATAGTAACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-GTCCTCTTTAAA
255 CATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAA
*
45797 TGGTTTTATAATTTCATAATTA
318 TGGTTTTATAATCTCATAATTA
* * * * *
45819 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAGTTTTGGCTAAAACAGACTATAATTGAATA-TCTACCTCAAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATACT-TACCTCAAG
* * * * * *
45883 AAAC-ATGGAAAAAAAGGCATTCAATAGTAAGAAAATTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
65 AAACTAT--AGAAAAAGGCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* *
45947 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTA
128 AACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-T-
* * * * * * *
46012 T-AGTTTTGGTTAAAACAGATTCTACTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATCAAGAAAAAGGTAGT
190 TCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATT
** * ** * *
46076 CATTAACAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAATCTTATTACTTGTTTTAAA
255 CATT--GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* *
46141 TAGTTTTCTAATCTCATAATTA
318 TGGTTTTATAATCTCATAATTA
* * * * * **
46163 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTTCATTTTTTCTCAAAATAGACTATAATTTAATGCCTT-CCTTG
1 ATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-ACTTACCTCA
* ** * * ** *
46227 GGAAACATATAGAAAAAGTAATTCATTTGGAAGAAAAGTCCCTCTATAGTCTTCTATTCCTTCAA
63 AGAAAC-TATAGAAAAAGGCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * * * **
46292 AACCCTTGTTACTCACTTTAAATGGATTTATTATGTCAAAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTCTT
127 AAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TT
* * ** * *
46357 CTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGTCTT-AGGAAATGTGTAGAAAAA-GCTA
191 C-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGGC-A
* * * * *
46420 TTAATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATGGTCTCTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGA
253 TTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* *
46485 ATGCTTTTATAATCTCATAATTG
317 ATGGTTTTATAATCTCATAATTA
* * ** *
46508 ATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATACTTGTCTCGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATACTTACCTCAAGA
* ** * *
46573 AACGTATTGAAAAACCCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTCAAAAA
66 AAC-TATAGAAAAAGGCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAA
* * * *
46638 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTCTAAATAT-AGTTTTTTTAAA
130 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTT--C
* * * * *
46702 ATTTGTGGTGAAAAAAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCA
192 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCA
* * **
46767 TTGACAAGAATTA-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATG
257 TTG-GAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* *
46831 GTTTTATAATCTCAAAATTG
320 GTTTTATAATCTCATAATTA
* * * * * **
46851 ATTTTAAGTTGACTTTTTTTAT-ATTTTTTGTTAAAATAGATTAGAATTAAATGTTTACCTCAAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TCATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATACTTACCTCAAG
* * * * *
46915 -AACTAAAAAGAAAAAGGCATTTA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATACCCTCAA
65 AAACT--ATAGAAAAAGGCATTCATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
46978 AAGA-CTTATTACTTGCTTTAAATGGATTTATAATCTCAAAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTT
127 AA-ACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * * *
47042 TACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCTTCAGAAACGAGAAGAA
190 T-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAA
47099 GAAAAAGGCA
Statistics
Matches: 1044, Mismatches: 201, Indels: 69
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 2 0.00
342 175 0.17
343 505 0.48
344 90 0.09
345 86 0.08
346 182 0.17
347 1 0.00
348 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATACTTACCTCAAGA
AACTATAGAAAAAGGCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAAC
CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCATTT
TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGG
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTA
Found at i:47523 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 47155--47592 Score: 508
Period size: 172 Copynumber: 2.6 Consensus size: 172
47145 AATTGACAAG
* * * *
47155 AAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTG-TA-
1 AAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTGTTAT
* *
47218 ATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTTCTCAAAAGAGACTATAATTTAAT
66 ATC-AA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTACTCAAAAGAGACTATAATTGAAT
** * * *
47282 GCCTTCCTTGGCAAATGTGTAGAAAAAGCCATTCATTTGGAAGA
129 GCCTTCCTTGGCAAACATATAGAAAAAGCCATTAATTAGGAAGA
** * * * *
47326 AAAGTCCACCTATAGTCTTCCATTCCTTCT-AGAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTGTTA
1 AAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTT-TAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTGTTA
** * * * * * *
47390 TATCAAAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTTCTATTTTTAGTTAAAATAGATTATACTTGAATG
65 TATCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTACTCAAAAGAGACTATAATTGAATG
* *
47455 CCTGT-CTTGGGAAACATATAGAGAAAGCCATTAATTAGGAAGA
130 CCT-TCCTTGGCAAACATATAGAAAAAGCCATTAATTAGGAAGA
* * * *
47498 AAAGTCCATTTATGGTCTCCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTGTTAT
* *
47563 TTCACAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
66 ATCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
47593 ACATTNNNNN
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 40, Indels: 11
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 66 0.30
172 151 0.68
173 4 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.13, T:0.42
Consensus pattern (172 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTGTTAT
ATCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTACTCAAAAGAGACTATAATTGAATGC
CTTCCTTGGCAAACATATAGAAAAAGCCATTAATTAGGAAGA
Found at i:48286 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 47985--48705 Score: 576
Period size: 172 Copynumber: 4.2 Consensus size: 170
47975 NNNNNNNNNN
* * * * * **
47985 AAAATCAATTTTGAGATTATGAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATTG-GTG
1 AAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA-TGAAAG
* * * * * * *
48049 ACTATAAATGAATATTTCTTGTC-AATGAATGTCTTCTTCTTCAAATTTTTCA-AGGTAGACATT
65 ACTATAAATGACT-TTTCTT-CCAAATGAATGGCTTTTTC-T-AAATGTTTCATAGGCAGGCATT
* * * * *
48112 CAATTATATTCTTTTTTAACTAAAAATTTTAAAAAAACT-ATATTT
126 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATTGTAAAAAAATTCA-ACTT
* * *
48157 AAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGGTTTTTGAAAGAATGAAAGG
1 AAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAAAGA
* *
48222 CTATAAATAGACTTTTCTTTCAAATGAATGGCTTTTTCTATATGTTTCATGAGGCAGGCATTCAA
66 CTATAAAT-GACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTTTTTCTAAATGTTTCAT-AGGCAGGCATTCAA
* * *
48287 TTATAGTCTGTTTGAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
129 TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATTGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * *
48328 AAAATCAATTATGAGATTATAAAAAGCATTCT-TAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AAG
1 AAAATCAATTTTAAGATTAT-AAAACCATT-TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAA-
* * * * * * *
48391 AGACCATAAATGTACTTTTCTTCCTAATTAATGGCTTTTTTCTACATGTTTCCTAAGACAGGCTT
63 AGACTATAAATG-ACTTTTCTTCCAAATGAATGGC-TTTTTCTAAATGTTTCAT-AGGCAGGCAT
* * * *
48456 TCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATAGAAAAAAAATTGAACTT
125 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATTGTAAAAAAATTCAACTT
** * * * * * *
48502 AAAATCAATTTTACCATAATAAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGAAGA
1 AAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAAAGA
* * ** * * * * ** * *
48567 CTATAGATGGACTTTTCTTCCAAATCAATTACTTTTTCGACACGTTTCCTACGAAAAGCATTAAA
66 CTATAAAT-GACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTTTTTCTAAATGTTTCATA-GGCAGGCATTCAA
* * ** * *
48632 TTATAGTATGTTTTAAGGAAAAA-TGCAAAAAAATTCAGCTT
129 TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATTGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * *
48673 AAAATAAATTATGAGATTACAAAACCAATTAAA
1 AAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAA
48706 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 447, Mismatches: 86, Indels: 33
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.02
171 85 0.19
172 212 0.47
173 104 0.23
174 38 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAAAGA
CTATAAATGACTTTTCTTCCAAATGAATGGCTTTTTCTAAATGTTTCATAGGCAGGCATTCAATT
ATAATCTGTTTTAACTAAAAATTGTAAAAAAATTCAACTT
Done.