Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401792.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4901.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1824
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Found at i:297 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1824 Score: 1266
Period size: 171 Copynumber: 10.7 Consensus size: 171
* * * * ** * *
1 TTTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACC-TAGAGAAATGTGAA-AACAAAACTATT
1 TTTTTTGATTAAAACTGATTATAATTGAATGTTTGCCTTTG-GAAACATGAAGAA-AAAGCCATT
* * * * * * *
63 CATTGGCTAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCTCTTTAAAT
64 CATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * *
128 GGTTTGATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTAC
129 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
* *
171 TTTTTTGATTAAAACTGATTACAATTGAATGTTTGCCTTTGCAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
1 TTTTTTGATTAAAACTGATTATAATTGAATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * *
236 TTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCTAAGCCTTTAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGG
66 TTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * *
301 TTTTATAATCTCGTAACTGATTTTCAGTTGAATTTTTTTA-
131 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
* * * * ** *
341 TATTTTTTATTAGAATA-T-ATTACAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCAT
1 T-TTTTTGATTA-AA-ACTGATTATAATTGAATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
** * * * *
404 TCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
63 TCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * * *
469 TGGTTTTATAATTTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
128 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
* * * * * *
513 ATTTTTTG-TTAGAACAT-ATTATAATTTATTGTTTGCCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATT
1 -TTTTTTGATTAAAAC-TGATTATAATTGAATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * * * *
576 TATT-AGCAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCT-AAAACATTATTACTCGCTTTAA
64 CATTGA-CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTAAGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * *
639 ATAATTTTTTAACCTCATAATTGATTTTCAA-TTAAATTTTATTA-
127 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTAAATTTTTTTAC
* * * * * * * * *
683 TATTTTTAATTAAAA-TATATTATAATTGAATATCTGCCATAGGAAACGTAAAGCAAAAGCCATT
1 T-TTTTTGATTAAAACT-GATTATAATTGAATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * ** * * * * *
747 CATT-AGTAAGAAAA-TTCCATTGAAAGTTGCTTAGGCTTTTGAAATCCTTATTATTCACTTTAA
64 CATTGA-CAAGAAAAGTT-CATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
*
810 ATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTTTTAC
127 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-A-TTTTTTTAC
* * *
858 ATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-ATGGGAACTAT-AACGAAAAAGCCAT
1 -TTTTTTGATTAAAACTGATTATAATTGAATGTTTGCCTTTGGAAAC-ATGAA-GAAAAAGCCAT
* * * * *
920 TCATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTCATTACTC-GTCTTA
63 TCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACT-TTA
*** *
983 AATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTTTTTTTTTTGC
126 AA-TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
* * * * * * * * * *
1029 ATTTCT-AGTAAAAACAGATCATATTTGAGTGTTT-ACTTTGGGAA-ATGTAAAGAAAAAGCTAT
1 TTTTTTGA-TTAAAACTGATTATAATTGAATGTTTGCCTTTGGAAACATG--AAGAAAAAGCCAT
*** * * * * * ** *
1091 TCATTTTTACGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAA
63 TCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * **
1156 TGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTTTATTTTTTTAC
128 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
* * * ** * * * * *
1200 ATTTTTGATTAAAA-T-ATATAATATTTGAATGTCTATC-TCGTGAAACATAAAGCAAACGACAT
1 TTTTTTGATTAAAACTGAT-T-ATAATTGAATGTTTGCCTTTG-GAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * ** * *
1262 CCATTGGA-GAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTA
63 TCATT-GACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * *
1325 AATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTAATTTTTTTTA-
126 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
* * * * * * *** * *
1370 TATTTTCGAATAAAACAGATTATAATTGAATATTCGTCTCAAGAATCATGAAGAAAAAGCCATGC
1 T-TTTTTGATTAAAACTGATTATAATTGAATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* * *** *
1435 ATGGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCGTGCCTTTG-AAGCCCTTATTACTCACTTGAAAT
65 ATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAG-CCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * *
1499 AGTTTTATAATATCATAATTGATTTT-AGATTGAA-TTTCTTAA
129 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTAC
* * * ** * **
1541 TATTTCTGGTTAAAA-TAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAG-AA-ATGTAAAAAAAAATCAT
1 T-TTTTTGATTAAAACT-GATTATAATTGAATGTTTGCCTTTGGAAACATG-AAGAAAAAGCCAT
* ***
1603 TCATT-AGTAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGTTTT
63 TCATTGA-CAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCT-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTT
* ** *
1665 AAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTGGAATGTTTTTAC
125 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
* ** * * * * ** *
1712 ATTGATGGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTCT-ACAATGGAAAACAT-AAGCAAAAAGCTATT
1 TTTTTTGATTAAAACTGATTATAATTGAATGTTTGCCTTTGG-AAACATGAAG-AAAAAGCCATT
* *
1775 CATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
64 CATTGA-CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTA
Statistics
Matches: 1305, Mismatches: 275, Indels: 147
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 15 0.01
170 150 0.11
171 968 0.74
172 32 0.02
173 16 0.01
174 116 0.09
175 7 0.01
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTTGATTAAAACTGATTATAATTGAATGTTTGCCTTTGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
TTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
Found at i:627 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--1824 Score: 1565
Period size: 342 Copynumber: 5.3 Consensus size: 340
* * * * *
1 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTGTACCTAGAGAAATGTGAAAACAAAA-CTATTCA
1 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATGTG-AAGCAAAAGCCATTCA
* * * *
65 TTGGCT-AGAAAAG-CTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCTCTTTAAAT
65 TTGG-TAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* *
128 GGTTTGATAATCTT-ATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTTGATTAAAAC-TGAT
128 GGTTTTATAAT-TTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAT-AT
* * * * * *
190 TACAATTGAATGTTTGCCTTTGCAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATT
190 TATAATTGAATGTTTGCCATGGGAAACATAAAGAAAAAG-CATTCATTG-CAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
255 TATAGTAAC-CTAAGCCTT-TAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAAC
253 TATAGTCACTC-AAGCCTTCTAAAA-CATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
*
318 TGATTTTCAGTTGAATTTTTTTATA
316 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * * *
343 TTTTTTATTAGAATATATTACAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATTCAT
1 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATTCAT
* ** **
408 TGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
66 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* * *
473 TTTATAATTTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAGAACATATTATAAT
131 TTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAAT
* * * * *
538 TTATTGTTTGCCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTTATTAGCAACAAAAGTCCATTTATAGT
196 TGAATGTTTGCCATGGGAAACATAAAGAAAAAGC-ATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
603 CACCCAAGCCTTCTAAAACATTATTACTCGCTTTAAATAATTTTTTAACCTCATAATTGATTTTC
259 CACTCAAGCCTTCTAAAACATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-
* *
668 AA-TTAAATTTTATTATA
323 AAGTTGAATTTTTTTATA
* * * * * * * * *
685 TTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATATCTGCCATAGGAAACGTAAAGCAAAAGCCATTCAT
1 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATTCAT
* * * * ** ** * * * * *
750 TAGTAAGAAAATTCCATTGAAAGTTGCTTAGGCTTTTGAAATCCTTATTATTCACTTTAAATAGT
66 TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
*
815 TTTATAATCTT-ATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTA
131 TTTATAAT-TTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-A-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTA
* *
879 TAATTGAATGTTTGCCATGGG-AACTATAACGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
192 TAATTGAATGTTTGCCATGGGAAAC-ATAAAGAAAAAG-CATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
943 ATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTCATTACTCG-TCTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATT
254 ATAGTCACTCAAGCCTTCTAAAACATTATTACTCGCT-TTAAA-TAGTTTTATAATCTCATAATT
*** **
1006 GATTTTAAGTTTTTTTTTTTTGCA
317 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * * * * * * * *
1030 -TTTCTAGTAAAAACAGATCATATTTGAGTGTTTACTTTGGGAAATGTAAAGAAAAAGCTATTCA
1 TTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATTCA
** * * ** *
1094 TTTTTACGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTCAAATGG
65 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * ** * *
1159 TTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTTTATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATATATAATA
130 TTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACATATTATA
* * ** * * * * * *
1223 TTTGAATGTCTATC-TCGTGAAACATAAAGCAAACGACATCCATTGGAGAGAAAAGTTCATTTAT
194 ATTGAATGTTTGCCAT-GGGAAACATAAAGAAAAAG-CATTCATTGCA-AGAAAAGTCCATTTAT
* *
1287 AGTCACTCATGCCTTC-AAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAAT
256 AGTCACTCAAGCCTTCTAAAA-CATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
*
1351 TTTGAGTT-AATTTTTTTTATA
320 TTTAAGTTGAA-TTTTTTTATA
** * * * ** * * *
1372 TTTTCGAATAAAACAGATTATAATTGAATAT-T-CGTCT-CAAGAATCATGAAGAAAAAGCCATG
1 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGGA-AAT-GTGAAGCAAAAGCCATT
* * * * *
1434 CATGGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCGTGCCTTTG-AAGCCCTTATTACTCACTTGAAA
63 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAG-CCTTATTACTCACTTTAAA
* * * * * * * * * *
1498 TAGTTTTATAATATCATAATTGATTTT-AGATTGAATTTCTTAATATTTCTGGTTAAAATAGATT
127 TGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATT
* * ** ** * * * *
1562 ATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAATGTAAAAAAAAATCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTA
191 ATAATTGAATGTTTGCCATGGGAAACATAAAGAAAAAGCATTCATT-GCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
1627 TAGTCACTCAAGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGA
255 TAGTCACTCAAGCCTTCT-AAAACATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * *
1691 TTTTAAGTGGAATGTTTTTACA
319 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
** ** * ** * ** *
1713 TTGATGGTTAAAACGGATTATAATTGAATGTCTACAATGGAAAACAT-AAGCAAAAAGCTATTCA
1 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATGTGAAGC-AAAAGCCATTCA
* * *
1777 TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
65 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTA
Statistics
Matches: 1197, Mismatches: 238, Indels: 95
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 6 0.01
341 197 0.16
342 685 0.57
343 38 0.03
344 12 0.01
345 256 0.21
346 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATTCAT
TGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
TTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAAT
TGAATGTTTGCCATGGGAAACATAAAGAAAAAGCATTCATTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
CTCAAGCCTTCTAAAACATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
TTGAATTTTTTTATA
Found at i:687 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 662--706 Score: 63
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
652 CTCATAATTG
* *
662 ATTTTCAATTAAATTTTATTAT
1 ATTTTCAATTAAAATATATTAT
*
684 ATTTTTAATTAAAATATATTAT
1 ATTTTCAATTAAAATATATTAT
706 A
1 A
707 ATTGAATATC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 20 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (22 bp):
ATTTTCAATTAAAATATATTAT
Found at i:1485 original size:687 final size:682
Alignment explanation
Indices: 71--1824 Score: 1711
Period size: 687 Copynumber: 2.6 Consensus size: 682
61 TTCATTGGCT
* * * * *
71 AGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTA-TGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCTCTTTAAATGGTTTGA
1 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACC-AGTGCCTTTG-AAGCCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTA
* * *
135 TAATCTTATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTAC-TTTTTTGATTAAAACTGATTACAATTGA
64 TAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTGA
*
199 ATGTTTGCCTTTGCA-AAC-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT-TCATTTATAGT
128 ATGTTTGCC-TTG-AGAACTAT-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGT
* * * * * ** * *
261 AACCTAAGCCTTTAAAAGCATTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAACTGATTTT
189 CACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTC-TTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * * * * * * * *
325 CAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAGAATATATTACAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAATGT
253 AAGTTGAATTTTTTTACATTTTCTATAAAAACAGATCACAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATGT
* * * ** **
390 GAAGCAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACCTTTGAAAGCCTTA
318 AAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTA
* * *
455 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
383 TTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * * * **
520 GTTAGAACATATTATAATTTATTGTTTGCCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTTATTAGCAA
448 GTTAAAACATATAATAATTTAATGTCTACCATGGGAAACATAAAGAAAAAGCTATCCATTAGCAA
*
585 CAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAAAACATTATTACTCGCTTTAAATAATTTTTTA
513 CAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAAAACATTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATA
* * * *
650 ACCTCATAATTGATTTTCAATTAAATTTTATTATATTTTTAATTAAAATATATTATAATTGAATA
578 ACCTCATAATTAATTTTCAATTAAATTTTATTATATTTTGAATTAAAACAGATTATAATTGAATA
* * * * *
715 TCTGCCATAGGAAACGTAAAGCAAAAGCCATTCATTAGTA
643 TCTGCCATAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATGCATGAGCA
* * ** * * *
755 AGAAAA-TTCCATTGAAAGTTGCTTAG-GCTTTTGAAATCCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTT
1 AGAAAAGTT-CATTTATAGTCAC-CAGTGCCTTTG-AAGCCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTT
818 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
63 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTT-AA-A-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAAT
* *
883 TGAATGTTTGCCATGGGAACTATAACGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
125 TGAATGTTTGCCTTGAGAACTATAA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* *
948 CACTTAAGCCTTCGAAAGCCTCATTACTCGTCTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
189 CACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTCTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
*** * * * * * *
1013 AGTTTTTTTTTTTTGCA-TTTCTAGTAAAAACAGATCATATTTGAGTGTTTACTTTGGGAAATGT
254 AGTTGAATTTTTTTACATTTTCTA-TAAAAACAGATCACAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATGT
* ** ** **
1077 AAAGAAAAAGCTATTCATTTTTACGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
318 AAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTA
* **
1142 TTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTTTATTTTTTTACA-TTTTT
383 TTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * *
1206 GATTAAAATATATAAT-ATTTGAATGTCTATC-TCGTGAAACATAAAGCAAACGAC-ATCCATT-
448 G-TTAAAACATATAATAATTT-AATGTCTACCAT-GGGAAACATAAAGAAAAAG-CTATCCATTA
* * * * * *
1267 GGAGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATAGT
509 GCA-ACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAAAA-CATTATTACTCGCTTTAAATAAT
* * * * *
1331 TTTATAATCTCATAATTAATTTTGAGTTAATTTTTTTTATATTTTCGAA-TAAAACAGATTATAA
572 TTTATAACCTCATAATTAATTTTCAATTAAATTTTATTATATTTT-GAATTAAAACAGATTATAA
* * *
1395 TTGAATAT-TCGTCTCA-A-GAATCATGAAGAAAAAGCCATGCATGGGCA
636 TTGAATATCT-G-C-CATAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATGCATGAGCA
* * *
1442 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCGTGCCTTTGAAGCCCTTATTACTCACTTGAAATAGTTTTAT
1 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAGTGCCTTTGAAG-CCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * * * * * *
1507 AATATCATAATTGATTTT-AGATTGAATTTCTTAATATTTCTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA
65 AATCTTATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * ** * * *
1571 TGTTTACCTTAAGAAATGTAAAAAAAAATCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC
129 TGTTTGCCTTGAGAACTATAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTT
* * * *
1636 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAA-TAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTG
194 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTCTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* ** * * * ** * **
1700 GAATGTTTTTACATTGATGGT-T-AAAACGGATTATAATTGAATGTCTACAATGGAAAACAT-AA
258 GAATTTTTTTACATT--TTCTATAAAAACAGATCACAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATGTAAA
* * * * * * **
1762 GCAAAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
321 G-AAAAAGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTA
Statistics
Matches: 872, Mismatches: 166, Indels: 65
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
682 5 0.01
683 183 0.21
684 120 0.14
685 3 0.00
686 39 0.04
687 504 0.58
688 16 0.02
689 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (682 bp):
AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCAGTGCCTTTGAAGCCTTATTATTCACTTTAAATAGTTTTATA
ATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
TTTGCCTTGAGAACTATAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAA
GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGTCTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
TTTTTTTACATTTTCTATAAAAACAGATCACAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATGTAAAGAAAA
AGCCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCATCTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
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Done.