Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401797.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4906.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2214
ACGTcount: A:0.24, C:0.11, G:0.08, T:0.26
Warning! 697 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1254 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 966--2214 Score: 1299
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 171
956 NNNNNNNNNN
* * * * * *
966 TTTATAATCTCCTAATTGATTTTGAGTTGAATTTTTTCACTTTTTTGGTTAAAATAGTCTATAAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * *
1031 TGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAATAAACAAG-CATTCATATGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
66 TGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAA-AAGACATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* *
1095 TCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGT
130 TCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGT
* **
1137 TTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTGTTT-GTTTCAACAGACTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATT-TTTGGTTAAAACAGACTATAA
* ** * * * * * *
1201 GTGAACATCTACCTTGAGAAA-AGTGAAGAAAAAGATATTCATTTGCAAGAAAAGTCAATTTTTG
65 TTGAATGTTTACCTCGAGAAACA-TGAAGAAAAAGACATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * *
1265 GTCTCTTATTCCTTCACAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGT
129 GTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGT
* ** * *
1308 TTTACAATCTCATAATTGATTTTAAACTGAATCTTTTCACATTTTTGGTTAAAATAGACTATAAT
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
* * * *
1373 TGAATGTTTGCCACGAGAAACAT-CAGAAAAA-ACCATTCA-TTGAGAAGAAAAGTCCATTTATA
66 TGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATA
1435 GT-TACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGAT
129 GTCT-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTG-T
* * ***
1478 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATATTTTT-ATATTTTTCAATAAAACAGACTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
* * * * ***
1542 TTAAATG-TTATCCTTGAGAAACATGTAGAAAAAG-CATTCA-TTGAGAAGAAAAGTTTGTTTAT
65 TTGAATGTTTA-CCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * * *
1604 AATCACCCATTCCTTCAAAAACCTTACTACTCTCTTCAAATTGC
128 AGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGT
* * *
1648 TTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTCTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACGATCA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTCACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
* * * *
1712 TTGAATTTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAATG-CATTCATTGGCAATAAAAGTCTATTTATA
65 TTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAA-GACATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * *
1776 GTCTCATATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTGAATTAT
129 GTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGT
* * *
1819 TTTATAATCTCATAATTGAATTTGAGTTAAATTTTTTCAC-TTTATTGGTTAAAACAGACTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTT-TTGGTTAAAACAGACTATAA
* * * * * *
1883 TTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAACAAACAAG-CATTTATTGGCAAGACAAGTCCATTTATA
65 TTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAA-AAGACATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
1947 GTCACCTATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCGCCTTAAATGGT
129 GTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGT
* * * * * * *
1990 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTCTTTTTACATTATTGCTTAAAATAGATTATAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAA
* * * * * * * *
2055 TTGACTGTTTAGCTCTAGAAACGTGAAGAATAAGACATTCATTGGTAGGAAAAGTCCATTTATAG
65 TTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * * *
2120 CCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATGGT
130 TCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGT
* * * *
2162 TTAATAATCTCGTAATTGATTTCAAGTTAAATTTTTT-AGCATTTTTGGTTAAA
1 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCA-CATTTTTGGTTAAA
Statistics
Matches: 898, Mismatches: 154, Indels: 52
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.01
170 277 0.31
171 462 0.51
172 145 0.16
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
TGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGT
Done.