Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401800.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4909.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1944
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.09, T:0.32
Warning! 337 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1034 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 857--1927 Score: 645
Period size: 171 Copynumber: 6.3 Consensus size: 169
847 NNNNNNNNNN
* * *
857 GTGAAATTGTTTTATATTTTTGATTAAAACAAACAATAATTGAATGTTTATC-TCAAAAAATATG
1 GTGAAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTA-CATCAAAAAATATG
* * * **********
921 AAG-GAAAAAATATTCATTATCGAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCNNNNNNNNNNTTA
64 AAGAG-AAAAATATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTA
* * *
985 TTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAA
128 TTACTCACTTTAAATAG-TTTATAATCTAATAATTGATTTTAA
* * * * *
1028 GTGAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACATCAAGAAATGTGA
1 GTGAAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACATCAAAAAATATGA
* * * *
1093 AGAGAAACATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTATT
65 AGAGAAAAATATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATT
1158 ACTCACTTTAAATAGTTTATAATCTAATAATTGATTTTAA
130 ACTCACTTTAAATAGTTTATAATCTAATAATTGATTTTAA
* * * ** * **
1198 GTTGAAATTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGACTATAATTGAACGTTTGCCTTGATAAACGTG
1 G-TGAAATTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACATCAAAAAATATG
* * * * * * * *
1262 AAGA-AAAAAGCATTCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTTAATAGCCTT
64 AAGAGAAAAA-TATTCATTAG-CAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTT
* * * *
1325 TTTACTC-GTTCTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-AGCTTTAA
127 ATTACTCACTT-TAAATAG-TTTATAATCTAATAATTGA-TTTTAA
* * *** * * *
1369 GT-ACAACTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCCGCCTTGAGAAAA-AT
1 GTGA-AA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TTACATCAAAAAATAT
* * * * ** * * *
1432 GAGGA-AAAAAGCATTCATTGGCAAG-AAAAGCTTTTTTATAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGCCT
63 GAAGAGAAAAA-TATTCATTAGCAAGAAAAATC-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCT
** * * * *
1495 TATTACTTGCCTTAAATGGTTTTATAATATAATAATTAATTTTAA
126 TATTACTCACTTTAAATAG-TTTATAATCTAATAATTGATTTTAA
* ** * * * ** ***
1540 GTTGAATTTTTTTATGTTTTTGATTAAAATAGA-TAATAATTGACTGTCTATC-TCATGAACCGT
1 G-TGAAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTTTA-CATCAAAAAATAT
* * * * * * **
1603 GAAGACAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCTTTTCTTCAAAAACCTTA
63 GAAGAGAAAAATATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTA
* * * * *
1668 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTCTAGTCTCATAATTTATTTTAA
128 TTACTCACTTTAAATAG-TTTATAATCTAATAATTGATTTTAA
* * * * * * ***
1711 GTTGAATTTTTTTTCATTTTTTG-TTAAAACA-AGCTATAATTGAATGTCTGCTTCAAGAACCGT
1 G-TGAAATTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTTTACATCAAAAAATAT
* * * * * * * ** *
1774 GAAGA-AAAAAGCATTGATT-GATAAG-AAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTTAGTAGCCT
63 GAAGAGAAAAA-TATTCATTAG-CAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCT
* *
1836 T-TGTACTCA-TTCTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAA
126 TAT-TACTCACTT-TAAATAG-TTTATAATCTAATAATTGATTTTAA
* *
1881 GTGCAATTTGTTTACATTTTTCATTAAAACATG-CTATAATTGAATGT
1 GTGAAATTT-TTTACATTTTTGATTAAAACA-GACTATAATTGAATGT
1928 CTGCCTTGAG
Statistics
Matches: 724, Mismatches: 139, Indels: 75
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 22 0.03
170 243 0.34
171 429 0.59
172 29 0.04
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
GTGAAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACATCAAAAAATATGAA
GAGAAAAATATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTA
CTCACTTTAAATAGTTTATAATCTAATAATTGATTTTAA
Found at i:1359 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 707--1940 Score: 1042
Period size: 341 Copynumber: 3.6 Consensus size: 341
697 NNNNNNTTTC
* * *
707 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTCCCAT-GAGAAAAGTGAAGAAAAAAAGCATTCATTGGT
1 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-GCATCAAGAAAAGTGAAG-AAAAAAGCATTCATTGGC
* *
771 AAGAAAAG-CCTATTTATAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
64 AAGAAAAGTCC-ATTTATAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
*************** * * *
835 ATAATCTNNNNNNNNNNNNNNNG-TGAAATTGTTTTATA-TTTTTGATTAAAACAAACAATAATT
128 ATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTG-AATT-TTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGACTATAATT
* * ** * ** ** * * *
898 GAATGTTTATC-TCAAAAAATATGAAGGAAAAAA-TATTCATT-ATCGAGAAAAATCTATTTATA
190 GAACGTCTGCCTTGATGAAACGTGAA-GAAAAAAGCATTCATTGAT-AAGAAAAATCCATTTATA
* ********** ** *
960 GTCACCCATTCCNNNNNNNNNNTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTT
253 GCCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-ATTT
1025 TAAGTGAAATTTTTTTACATTTTTT
317 TAAGTGAAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * *
1050 ATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACATCAAGAAATGTGAAGAGAAACA-TATTCATTGGCA
1 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCATCAAGAAAAGTGAAGA-AAAAAGCATTCATTGGCA
* * * *
1114 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTAT
65 AGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
*
1178 AATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAC
130 AATCTAATAATTAATTTTAAGTTG-AATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAC
* * *
1243 GTTTGCCTTGAT-AAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCC
194 GTCTGCCTTGATGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGCCACC
* * * * *
1307 CATTCCTTTAATAGCCTTTTTACTCG-TTCTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAGCTTTAAGT
259 CATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTT-TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTA-TTTTAAGT
* * *
1371 -ACAACTTTTTTATATTTTTC
322 GA-AATTTTTTTACATTTTTT
* * ** * *
1391 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCCGCCTTGAGAAAAATGAGGAAAAAAGCATTCATTGGCAA
1 ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCATCAAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA
** ** * *
1456 GAAAAG-CTTTTTTATAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCCTTAAATGGTTTTAT
66 GAAAAGTC-CATTTATAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * *
1520 AATATAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT-TATGTTTTTGATTAAAATAGA-TAATAATTG-
130 AATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTTTG-TTAAAACAGACT-ATAATTGA
** * * * * * *
1582 ACTGTCTATC-TCATGAACCGTGAAGACAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTC
192 AC-GTCTGCCTTGATGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGCC
* * * *
1646 ACCCTTTTCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTCTAGTCTCATAATTTATTTTAA
256 ACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA-TTATTTTAA
*
1711 GTTG-AATTTTTTTTCATTTTTT
320 G-TGAAATTTTTTTACATTTTTT
* * ** * **
1733 GTTAAAACA-AGCTATAATTGAATGTCTGCTTCAAGAACCGTGAAGAAAAAAGCATTGATTGATA
1 ATTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTGCATCAAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCA
* **
1797 AG-AAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTTAGTAGCCTT-TGTACTCA-TTCTAAATAGTTTT
65 AGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT-TACTCACTT-TAAATAGTTTT
* **
1859 ATAATCTTATAATTAATTTTAAG-TGCAATTTGTTTACATTTTTCATTAAAACATG-CTATAATT
128 ATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTG-AATTT-TTTACATTTTTTGTTAAAACA-GACTATAATT
*
1922 GAATGTCTGCCTTGA-GAAA
190 GAACGTCTGCCTTGATGAAA
1941 AGTG
Statistics
Matches: 716, Mismatches: 141, Indels: 70
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
340 22 0.03
341 342 0.48
342 301 0.42
343 51 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
ATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCATCAAGAAAAGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA
GAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
ATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAACGT
CTGCCTTGATGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAATCCATTTATAGCCACCCA
TTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTATTTTAAGTGAAA
TTTTTTTACATTTTTT
Found at i:1740 original size:683 final size:683
Alignment explanation
Indices: 592--1936 Score: 1528
Period size: 683 Copynumber: 2.0 Consensus size: 683
582 NNNNNAAGTA
* * *
592 TCATTGATAAGAAAAGTTCATTCATAGCTTCCTATTCCTTTAATAGCCTTTTTACTCGTTCTAAA
1 TCATTGATAAGAAAAGTCCATTCATAGCCTCCCATTCCTTTAATAGCCTTTTTACTCGTTCTAAA
* ** **********
657 TAATTTTATAATCTTATAATTAAATTTAAGTTTAATNNNNNNNNNNTTTCATTAAAACAGACTAT
66 TAATTTTATAATCTCATAATTAAATTTAAGTACAATTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTAT
* *
722 AATTGAATGTCTCCCATGAGAAAAGTGAAGAAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGCCTATTTA
131 AATTGAATGTCTCCCATGAGAAAAATGAAGAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTA
* * * **********
787 TAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTNNNNNNNNNN
196 TAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATATAATAATTAAT
***** *
852 NNNNNGTGAAATTGTTTTATATTTTTGATTAAAACAAACAATAATTGAATGTTTATCTCAAAAAA
261 TTTAAGTGAAATTGTTTTATATTTTTGATTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTATCTCAAAAAA
* * * **********
917 TATGAAGGAAAAAATATTCATTATCGAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCNNNNNNNNNN
326 CATGAAGGAAAAAATATTCATTATCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACC
* *
982 TTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTTACATTT
391 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTTACATTT
* * *
1047 TTTATTAAAAC-AGACTATAATTAAATGTCTACATCAAGAAATGTGAAGAGAAACA-TATTCATT
456 TTTATTAAAACAAG-CTATAATTAAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAGA-AAAAAGCATTCATT
* * * *
1110 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTAT-TACTCACTT-TAAATAG
519 GACAAG-AAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-TGTACTCA-TTCTAAATAG
* **
1173 -TTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAAATTT-TTTACATTTTTTGTTAAAACA-GACTAT
581 TTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAG-TGAAATTTGTTTACATTTTTCATTAAAACATG-CTAT
*
1235 AATTGAACGTTTGCCTTGATAAACGTGAAGAAAAAAGCAT
644 AATTGAACGTCTGCCTTGATAAACGTGAAGAAAAAAGCAT
*
1275 TCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTTAATAGCCTTTTTACTCGTTCTAAA
1 TCATTGATAAGAAAAGTCCATTCATAGCCTCCCATTCCTTTAATAGCCTTTTTACTCGTTCTAAA
* **
1340 TAGTTTTATAATCTCATAATTAGCTTTAAGTACAACTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTA
66 TAATTTTATAATCTCATAATTAAATTTAAGTACAA-TTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTA
* * * *
1405 TAATTGAATGTC-CGCCTTGAGAAAAATG-AGGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGCTTTTT
130 TAATTGAATGTCTC-CCATGAGAAAAATGAAGAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATT
**
1468 TATAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCCTTAAATGGTTTTATAATATAATAATTA
194 TATAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATATAATAATTA
* * * * * * **
1533 ATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATGTTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGACTGTCTATCTCATG
259 ATTTTAAG-TGAAATTGTTTTATATTTTTGATTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTATCTCAAA
* * * * * *
1597 AACCGTGAA-GACAAAAGTATTCATTGGT-AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCTTTTCTTCAA
323 AAACATGAAGGA-AAAAATATTCATT-ATCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * *
1660 AAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTCTAGTCTCATAATTTATTTTAAGTTG-AATTTTTTT
386 AAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTTT
* * * * * *
1724 TCATTTTTTGTTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTGCTTCAAGAACCGTGAAGAAAAAAGCATT
450 ACATTTTTTATTAAAACAAGCTATAATTAAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATT
* * * * **
1789 GATTGATAAGAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTCCTTTAGTAGCCTTTGTACTCATTCTAAATA
515 CATTGACAAGAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTTGTACTCATTCTAAATA
* *
1854 GTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTGCAATTTGTTTACATTTTTCATTAAAACATGCTATA
580 GTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTGAAATTTGTTTACATTTTTCATTAAAACATGCTATA
*
1919 ATTGAATGTCTGCCTTGA
645 ATTGAACGTCTGCCTTGA
1937 GAAAAGTG
Statistics
Matches: 543, Mismatches: 106, Indels: 26
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
681 3 0.01
682 57 0.10
683 432 0.80
684 51 0.09
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (683 bp):
TCATTGATAAGAAAAGTCCATTCATAGCCTCCCATTCCTTTAATAGCCTTTTTACTCGTTCTAAA
TAATTTTATAATCTCATAATTAAATTTAAGTACAATTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTAT
AATTGAATGTCTCCCATGAGAAAAATGAAGAAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTA
TAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAATATAATAATTAAT
TTTAAGTGAAATTGTTTTATATTTTTGATTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTATCTCAAAAAA
CATGAAGGAAAAAATATTCATTATCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACC
TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTTACATTT
TTTATTAAAACAAGCTATAATTAAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGA
CAAGAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTTGTACTCATTCTAAATAGTTTTA
TAATCTAATAATTAATTTTAAGTGAAATTTGTTTACATTTTTCATTAAAACATGCTATAATTGAA
CGTCTGCCTTGATAAACGTGAAGAAAAAAGCAT
Found at i:1936 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 982--1941 Score: 1373
Period size: 512 Copynumber: 1.9 Consensus size: 512
972 NNNNNNNNNN
* * * *
982 TTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTGAAATTTTTTTACATTT
1 TTATTACTTACCTTAAATAGTTTTATAATATAATAATTAATTTTAAGTGAAATTTTTTTACATTT
* * *
1047 TTTATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACATCAAGAAATGTGAAGAGAAACATATTCATTGG
66 TTGATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAGACAAACATATTCATTGG
* * **
1112 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTA
131 CAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTA
1177 TAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAA
196 TAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* *
1242 CGTTTGCCTTGATAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCC
261 CGTCTGCCTTCATAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCC
* * *
1307 CATTCCTTTAATAGCCTTTTTACTCGTTCTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAGCTTTAAGTA
326 CATTCCTTTAATAGCCTTTGTACTCATTCTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTA
*
1372 CAACTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCCGCCTTGAGAAAAATGAGGA
391 CAACTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCCGCCTTGAGAAAAATGAGGA
1437 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGCTTTTTTATAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGCC
456 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGCTTTTTTATAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGCC
* * **
1494 TTATTACTTGCCTTAAATGGTTTTATAATATAATAATTAATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATGTT
1 TTATTACTTACCTTAAATAGTTTTATAATATAATAATTAATTTTAAG-TGAAATTTTTTTACATT
* * * * *
1558 TTTGATTAAAATAGA-TAATAATTGACTGTCTATC-TCATGAACCGTGAAGACAAA-AGTATTCA
65 TTTGATTAAAACAGACT-ATAATTAAATGTCTA-CATCAAGAAACGTGAAGACAAACA-TATTCA
* * * *
1620 TTGGTAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCTTTTCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAG
127 TTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAG
* * * * * *
1685 TTTTCTAGTCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACA-AGCTATA
192 -TTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGA-CTATA
* *
1749 ATTGAATGTCTG-CTTCA-AGAACCGTGAAGAAAAAAGCATTGATTGATAAG-AAAGTCCATTTA
255 ATTGAACGTCTGCCTTCATA-AA-CGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
1811 TAGCCTCCCATTCCTTTAGTAGCCTTTGTACTCATTCTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTAAT
318 TAGCCTCCCATTCCTTTAATAGCCTTTGTACTCATTCTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAAC
* *
1876 TTTAAGTGCAA-TTTGTTTACATTTTTCATTAAAACATG-CTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGA
383 TTTAAGTACAACTTT-TTTACATTTTTCATTAAAACA-GACTATAATTGAATGTCCGCCTTGAGA
1939 AAA
446 AAA
1942 GTG
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 43, Indels: 20
0.86 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
511 6 0.02
512 293 0.74
513 96 0.24
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (512 bp):
TTATTACTTACCTTAAATAGTTTTATAATATAATAATTAATTTTAAGTGAAATTTTTTTACATTT
TTGATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACATCAAGAAACGTGAAGACAAACATATTCATTGG
CAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTA
TAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAA
CGTCTGCCTTCATAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCC
CATTCCTTTAATAGCCTTTGTACTCATTCTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTAAGTA
CAACTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCCGCCTTGAGAAAAATGAGGA
AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGCTTTTTTATAGCCTCCCATTCCTTCAAAAGCC
Done.