Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401803.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4911.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5627
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Warning! 100 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1115 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14--3890 Score: 1212
Period size: 171 Copynumber: 22.8 Consensus size: 170
4 TTGTCATGAC
* * * * * *
14 AAACATTGAA-TTAAATATATTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATA
1 AAACATTCAATTTAAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATG
* ** *
77 AAATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAAT-AGAGCTTAT-AAAGGCATGGGCAACTACAAATGGA
65 AGATTATAAAAT-ATTTAAAGCAAGTAATAAG-GCTT-TCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
** * * *
140 CTTTTCTTGTCACTGAATGACTTTTTCTTCACA--TTTCTCAAGAT
127 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCA-AGTTTTCTTAA-AT
* * * * **********
184 AGACA-TCGAATTTTAATCA-ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACNNNNNNNNNNTAAT
1 AAACATTC-AATTTAAAT-ATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAAT
* * * * * * *
247 AAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAAGCTTT-AGAAGGCATGGGTGATTATAAATTGA
64 GAGATTATAAAA-TATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * ** **
311 TTTTTCTTGCCAATTAATAACTTTTTCTTCACG-TTTCCCAAGGC
127 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTTCTTAA-AT
* * * * * ** *
355 AAACACTCAA-TTATAATCTACTTTAA-TCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATTGATTAT
1 AAACATTCAATTTA-AATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAAT
* * * ** * ** * *
418 CAAATTATAAAATCATTGAAAGTGACTAATAAGGCTTT-------A---GTGACGGTAAAGGGGC
64 GAGATTATAAAAT-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * **
473 TTTTCTTGCCAAT-AGATTACTGTTGCATCACGTTTT-TTGAAGC
128 TTTTCTTACCAATGA-ATGACTTTTTCATCAAGTTTTCTT-AAAT
* **********
516 AAACATTCAA-TTATAATATATTTTAA-TAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAANNNNNNNNNN
1 AAACATTCAATTTA-AATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAAT
* * * * * * * * *
579 AAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATATGGCTTCCGAAGGTATGAGTGACTACAAATAGAC
64 GAGATTATAAAA-TATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
** * ** * *
644 TTTTCTTGTCAATGATTGACTTTTTGTTCATG-TTTCTCAAGAT
128 TTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTTCTTAA-AT
* * * * * * * * * *
687 AGATAATGAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAATATGAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGA
1 AAACATTCAATTTAAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGA
** * **********
752 GATTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAANNNNNNNNNNGACTATAAATGGACTT
66 GATTATAA-AATATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
** ** **
817 TTCTTATTAATGAATCGTA-TTTGTTTTTCATA-TTTATC--AAGGC
130 TTCTTACCAATGAAT-G-ACTTT-TTCATCA-AGTTT-TCTTAA-AT
* * * * * **********
860 AAACACTCAA-TTATATTCTCTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTANNNNNNNNNNT
1 AAACATTCAATTTA-AATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAAT
* * * * * * *
923 AAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTTATAAGACTTCCAAAGGCATCGATGACTATAAATAGAC
64 GAGATTATAAAA-TATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
*
988 TTTTTTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTTCTTAAAT
128 TTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTTCTTAAAT
* * * * **
1031 AGACATTCAA-TTAACATATATTGTAACTGAAAATAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTT
1 AAACATTCAATTTAA-ATATATTTTAACTAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAAT
** *
1095 GAGATTATAAAATAATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
64 GAGATTATAAAAT-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
** ** * ** * * *
1160 TTCACTTGGCGATGAATGACTTTTTC-TTTAGGTTTCTCAAGCT
128 TTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTTCTTAA-AT
* * * * * * *
1203 AAACATTGAATTTTAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAGCTTAAAATCAATAATGA
1 AAACATTCAATTTAAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGA
* * * *
1268 GAATATAAAACTATTTAGAG-AGAGTAATAA-G-----AAACGCATGGGTGATTATAAATGGACT
66 GATTATAAAA-TATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
** * * * *
1326 TTTCTCGCCAATGAATGACTTTTTCATCATGTTTTC-CATGAC
129 TTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTTCTTA-AAT
* * *
1368 AAACATTCAA-TTAAATATATTTTAA-TCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATA
1 AAACATTCAATTTAAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATG
* ********** *
1431 AGATTATAAAACCATTNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACT
65 AGATTATAAAA-TATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
* * *
1496 TTTTTTATCAATGAATGACTTTTTCATCACG-TTTC-TAAAGGT
129 TTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTTCTTAAA--T
* * * *
1538 AAACACTGAATTTTAATCA-ATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATACTG
1 AAACATTCAATTTAAAT-ATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATG
* * * * * *
1602 AGATTATAAAACCATTTAAAGCAA-TCAATAAGGCTTTGAAAGACATCGGTGATTATAAATTGAC
65 AGATTATAAAA-TATTTAAAGCAAGT-AATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
1666 TTTTCTTATCAATTAATGACTTTTTCTTCACG-TTTCCTAAGGA-
128 TTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTTCTTAA--AT
* * ********** * * *
1709 AAACATTCAA-TTATAATCTGTTTNNNNNNNNNNTATAAAAATATTCAACTTAAAATAAATTATG
1 AAACATTCAATTTA-AATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATG
* ** * * ********** *
1773 AGATTACAATACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTNNNNNNNNNNAAAGGGACT
65 AGATTATAA-AATATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * **
1838 TTTCTTGCCAATGGATTG-CTTTTGCATC-ACTTTTCCTGAAGC
129 TTTCTTACCAAT-GAATGACTTTTTCATCAAGTTTT-CTTAAAT
** * * * * * *
1880 CGACATTCAATTCTAAA-ATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTGAGCTTAAAGTCAATTA
1 AAACATTCAATT-TAAATATATTTTAACTAAAAA--TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAA
* * * ** * * **
1944 TGAGGTTAT-AAATCCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGACATGGGTGACAATAAATAA
63 TGAGATTATAAAAT--ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * **
2008 ACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTT-ATTTATGTTTT-TCATGGT
126 ACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCA-TCAAGTTTTCTTA-AAT
* ** * * * *
2053 AGGA-ATTCAA-TTATAATATATTTTATTTAAAAGTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
1 A-AACATTCAATTTA-AATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAAT
** * * *
2116 GAGATTATAAAGCCATTTGAATAG--AGTAATAAGGCTTTGAAAAGCATGGATGACTATAAATGG
64 GAGATTATAAA-ATATTT-AA-AGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* ** * *
2179 ACTTTTCTTTCCAATGAATCG-CAATTTCCTCACA--TTTCTCAAGGA-
126 ACTTTTCTTACCAATGAAT-GACTTTTTCATCA-AGTTTTCTTAA--AT
* * * * * * *
2224 AAACACTCAA-TTATACTATGTTTTTATTAAAAA-AGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 AAACATTCAATTTA-AATATATTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAAT
* * * * * * * *
2287 GAGATTATAAAATGATTTAAAACGAGTAATAAGGATTT-AGAAGACATGGATAATTATAAATGAA
64 GAGATTATAAAAT-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * ** *
2351 CTTTT-TTTCATAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCCAAGGT
127 CTTTTCTTAC-CAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTTCTTAA-AT
** * * ** *
2395 AGGCATTCAA-TTATAATATATTTTTATCTAAAAGTATAAAGCAATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 AAACATTCAATTTA-AATATA-TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAAT
********** * * * * *
2459 GANNNNNNNNNNTCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGAGCATGAGTTACTATAAATGGA
64 GAGATTATAAAAT-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAG-GCATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * ** *
2523 GTTTTCTTTCAAATGAATCG-CATTTTCCTCTTG-TTTCTTAAGAC
127 CTTTTCTTACCAATGAAT-GACTTTTTCATCAAGTTTTCTTAA-AT
* * * * * * *
2567 AAACACTT-AA-CTATACTCTA-TTTAATTAAAAATATAGAAGAATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 AAACA-TTCAATTTA-AATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAAT
* * * * * * *
2629 GCGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATACGGCTTTCAAAGCCTTTGGTGACTATAAA-GAGA
64 GAGATTATAAAA-TATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG-GA
* * * * * * **
2693 CTTTTCTTGCCAATGGATTG-CTATTGCATC-ACTTTTCCTGAAGC
127 CTTTTCTTACCAAT-GAATGACTTTTTCATCAAGTTTT-CTTAAAT
* * * * * * *
2737 AGATATTCAA-TTATAATATATTTTAATTAAAAATCTAAAAAAATTCAGCTTAAAGTCAATTATG
1 AAACATTCAATTTA-AATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATG
* * * * *
2801 AGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATGAACT
65 AGATTATAAAA-TATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
*** * ** * *
2866 TTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTTGTTCACGTTTT-TCAAAAT
129 TTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTTCT-TAAAT
** * * * * *
2908 AGGCATTCAA-TTATAATATATTTTATCTAAAAATGTGAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
1 AAACATTCAATTTA-AATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATG
* * * * * *
2972 ATATTATAAAACCATTT---G-AAGTAATAAAGCTTTGGAAA-GCATGGGTGACTATAAATTGAG
65 AGATTATAAAA-TATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-CAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
3032 TTTTCTTTCCAATGAATCACATTTTCCTCATG-TTTCTCAAGAC
128 TTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTTCTTAA-AT
* * * * ** * * * * * *
3075 AAACACTC-AGTTATACTCTGGTTTAATTAAAATTGTAAAAGAATTCAATTTAAAATCAATTATG
1 AAACATTCAATTTA-AATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATG
* ********* * ** *
3139 AGAATATNNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGGGTGACTATAAATGAACT
65 AGATTAT-AAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
3204 TTTCTTACCAATGGATG-GTTTTTGCATCACGTTTTCTGAAGT
129 TTTCTTACCAATGAATGACTTTTT-CATCAAGTTTTCTTAAAT
* * ** * * ***
3246 AGATATTCAA-TTAACATATATTACAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTNN
1 AAACATTCAATTTAA-ATATATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAAT
******** ** * *
3310 NNNNNNNNAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTTCAAAGGCTTCGATGACT
64 GAGATTATAAAA-TATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG----C-ATGG----G-TGACT
* * * *
3375 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCATCATGTTTTC-TAAAGT
118 ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTTCTTAAA-T
* * * * **
3428 AGACATTCAA-TTAACATATATTATAACCAAAAATGA-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTTT
1 AAACATTCAATTTAA-ATATATTTTAACTAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAAT
* ** * * *
3491 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAACATGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGAC
64 GAGATTATAAAA-TATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * **
3556 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTCGAGTT
128 TTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTTCT-TAAAT
* * * * * * * * * * * **
3599 AGACGTTGAATTTTAATTTGTTTTAGC-CAAAATGTAGAAAATTTCTGCTTAAAATCAATAATGA
1 AAACATTCAATTTAAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGA
* * * * *
3663 GATTATAAAACCATTTAGAG-AGAGTAATAA-G-----AAACGAATGGGTGACTGTAAATGGACT
66 GATTATAAAA-TATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * *
3721 TTTCTCATCAATAAATGACTTTTTCACCACGTTTCCTT-GAC
129 TTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTTCTTAAAT
* * * * *
3762 AAACATTCAA-GTAAATATATTTTAA-TCAAAAACATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATA
1 AAACATTCAATTTAAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATG
* * * *
3825 AGACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTC----G-ATGGGTGACTACAAATGGACT
65 AGATTATAAAA-TATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
3885 TTTCTT
129 TTTCTT
3891 GTCAATGATG
Statistics
Matches: 2720, Mismatches: 811, Indels: 358
0.70 0.21 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.00
161 112 0.04
162 15 0.01
163 62 0.02
164 135 0.05
165 61 0.02
166 12 0.00
167 110 0.04
168 7 0.00
169 11 0.00
170 269 0.10
171 1207 0.44
172 348 0.13
173 220 0.08
174 9 0.00
175 2 0.00
176 2 0.00
177 3 0.00
181 57 0.02
182 72 0.03
183 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAACATTCAATTTAAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGA
GATTATAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTTCTTAAAT
Found at i:1497 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 1121--1617 Score: 353
Period size: 170 Copynumber: 3.0 Consensus size: 161
1111 TTAAAGCGTG
** *** *
1121 TAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTCACTTGGCGATGAATGACTTTTT
1 TAATAAGGCTTTCAAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCACCAATGAATGACTTTTT
* * * * * * * *** * *
1185 CTTTAGGTTTCTCAAG-CTAAACATTGAATTTTAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTC
65 CATCACGTTTCTAAAGAC-AAACACTCAATTTAAATCAATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC
* * * * *
1249 AGCTTAAAATCAATAATGAGAATATAAAACTAT
129 AACTTAAAATCAATACTAAGATTATAAAACCAT
* * ** * * * *
1282 TTAGAGAGAG-TAATAAGAAACGCATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTCGCCAATGAATGACT
1 TAATA-AG-GCT--T-TCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCACCAATGAATGACT
* * * * *
1346 TTTTCATCATGTTT-TCCATGACAAACATTCAA-TTAAAT-ATATTTTAA-TCAAAAATCTAAAA
61 TTTTCATCACGTTTCT-AAAGACAAACACTCAATTTAAATCA-ATTTTAACT-AAAAATATAAAA
1407 AAATTCAACTTAAAATCAATTA-TAAGATTATAAAACCAT
123 AAATTCAACTTAAAATCAA-TACTAAGATTATAAAACCAT
* * *
1446 TNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGAA
1 T----------AATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCACCAATGAA
** * *
1511 TGACTTTTTCATCACGTTTCTAAAGGTAAACACTGAATTTTAATCAATTTTAACTAAAAATATAA
56 TGACTTTTTCATCACGTTTCTAAAGACAAACACTCAATTTAAATCAATTTTAACTAAAAATATAA
*
1576 AAAAATTCAACTTAAAATCAATACTGAGATTATAAAACCAT
121 AAAAATTCAACTTAAAATCAATACTAAGATTATAAAACCAT
1617 T
1 T
1618 TAAAGCAATC
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 47, Indels: 44
0.74 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
161 3 0.01
162 3 0.01
163 2 0.01
164 56 0.21
165 63 0.24
166 1 0.00
170 65 0.25
171 61 0.23
172 3 0.01
173 3 0.01
174 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
TAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCACCAATGAATGACTTTTTC
ATCACGTTTCTAAAGACAAACACTCAATTTAAATCAATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATACTAAGATTATAAAACCAT
Found at i:1613 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 580--3890 Score: 1350
Period size: 171 Copynumber: 19.4 Consensus size: 169
570 NNNNNNNNNA
* * * * * *
580 AGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATATGGCTTCCGAAGGTATGAGTGACTACAAATAGAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC
** * ** * * * * * * *
644 TTTTCTTGTCAATGATTGACTTTTTGTTCATGTTTCTCAAGATAGATAATGAATTTTAATC-TGT
65 TTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTCTAAAG-TAAACATTCAA-TTTAATCATAT
* * *
708 TTTAACCAAAAATATGAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATG
128 TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-ATG
* * **********
751 AGATTATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAANNNNNNNNNNGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACT
** ** * * * * *
816 TTTCTTATTAATGAATCGTA-TTTGTTTTTCATA-TTTATCAAGGCAAACACTCAATTATATTC-
66 TTTCTTACCAATGAAT-G-ACTTT-TTCATCA-AGTTTCT-AAAGTAAACATTCAATT-TAATCA
* * ********* *
878 TCTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTANNNNNNNNNNTA
125 TATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTA-AAATCAATATG
* * * * * * * *
924 AGATTATAAAACTATTTAAAGCA-AGTTATAAGACTTCCAAAGGCATCGATGACTATAAATAGAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC
* *
988 TTTTTTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTTCTTAAA-TAGACATTCAA-TTAA-CATAT
65 TTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAG-TTTC-TAAAGTAAACATTCAATTTAATCATAT
* * *
1050 ATTGTAACTGAAAATAAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTG
128 -TT-TAACTAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TATG
** * *
1096 AGATTATAAAATAATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGAC
** ** * * * * * * * *
1160 TTCACTTGGCGATGAATGACTTTTTCTTTAGGTTTCTCAAGCTAAACATTGAATTTTAAT-TTGT
65 TTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTCTAAAG-TAAACATTCAA-TTTAATCATAT
* * *
1224 TTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAGCTTAAAATCAATAATG
128 TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-ATG
* * * * * *
1267 AGAATATAAAACTATTTAGAGAGAGTAATAA-G-----AAACGCATGGGTGATTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACT
** * * * * *
1326 TTTCTCGCCAATGAATGACTTTTTCATCATGTTT-TCCATGACAAACATTCAATTAAAT-ATATT
66 TTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTCT-AAAG-TAAACATTCAATTTAATCATATT
* *
1389 TTAA-TCAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATA
129 TTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TATG
**********
1431 AGATTATAAAACCATTNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
1496 TTTTTTATCAATGAATGACTTTTTCATCACGTTTCTAAAGGTAAACACTGAATTTTAATCA-ATT
66 TTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTCTAAA-GTAAACATTCAA-TTTAATCATATT
1560 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATACTG
129 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATA-TG
* ** * * *
1602 AGATTATAAAACCATTTAAAGCA-A-TCAATAAGGCTTTGAAAGACATCGGTGATTATAAATTGA
1 AGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGT-AATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * *
1665 CTTTTCTTATCAATTAATGACTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGAAAACATTCAATTATAATC-TG
64 CTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTT-CTAAAGTAAACATTCAATT-TAATCATA
********** * *
1729 TTTNNNNNNNNNNTATAAAAATATTCAACTTAAAATAAATTATG
127 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TATG
* * * ********** *
1773 AGATTACAATACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TNNNNNNNNNNAAAGGGAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * ** * *** *
1837 TTTTCTTGCCAATGGATTG-CTTTTGCATCACTTTTCCTGAAGCCGACATTCAATTCTAA-AATA
65 TTTTCTTACCAAT-GAATGACTTTTTCATCAAGTTT-CTAAAGTAAACATTCAATT-TAATCATA
* * * * *
1900 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTGAGCTTAAAGTCAATTATG
127 TTTTAACTAAAAA--TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TATG
* * ** ** * **
1946 AGGTTATAAATCCATTTAAA-ACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGACATGGGTGACAATAAATAAAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * ** *
2010 TTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTT-ATTTATGTTTTTCATGGTAGGA-ATTCAATTATAAT-AT
65 TTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCA-TCAAGTTTCT-AAAGTA-AACATTCAATT-TAATCAT
** * * *
2072 ATTTTATTTAAAAGTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
126 ATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TATG
* * * * * * *
2117 AGATTATAAAGCCATTTGAATAGAGTAATAAGGCTTTGAAAAGCATGGATGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACT
* ** * * * * * *
2182 TTTCTTTCCAATGAATCG-CAATTTCCTCACA-TTTCTCAAGGAAAACACTCAATTATACT-ATG
66 TTTCTTACCAATGAAT-GACTTTTTCATCA-AGTTTCT-AAAGTAAACATTCAATT-TAATCATA
* * *
2244 TTTTTATTAAAAA-AGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATG
127 TTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TATG
** * ** * * * *
2288 AGATTATAAAATGATTTAAA-ACGAGTAATAAGGATTT-AGAAGACATGGATAATTATAAATGAA
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGTATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * **
2351 CTTTT-TTTCATAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATAAT-AT
64 CTTTTCTTAC-CAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTT-CTAAAGTAAACATTCAATT-TAATCAT
* * **
2414 ATTTTTATCTAAAAGTATAAAGCAATTCAACTTAAAATCAATTATG
126 A-TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TATG
*********** * * * * * * *
2460 ANNNNNNNNNNTCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGAGCATGAGTTACTATAAATGGAG
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAG-GTATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * ** * * * *
2524 TTTTCTTTCAAATGAATCG-CATTTTCCTCTTGTTTCTTAAGACAAACACTT-AACTATACTC-T
65 TTTTCTTACCAATGAAT-GACTTTTTCATCAAGTTTCTAAAG-TAAACA-TTCAA-TTTAATCAT
* * *
2586 A-TTTAATTAAAAATATAGAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATG
126 ATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TATG
* * * * *
2630 CGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATACGGCTTTCAAAGCCT-TTGGTGACTATAAA-GAGA
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAG-GTATGGGTGACTATAAATG-GA
* * * * ** * * * *
2693 CTTTTCTTGCCAATGGATTG-CTATTGCATCACTTTTCCTGAAGCAGATATTCAATTATAAT-AT
64 CTTTTCTTACCAAT-GAATGACTTTTTCATCAAGTTT-CTAAAGTAAACATTCAATT-TAATCAT
* * * *
2756 ATTTTAATTAAAAATCTAAAAAAATTCAGCTTAAAGTCAATTATG
126 ATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TATG
* * ** *
2801 AGTTTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATGAAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC
*** * ** * * * **
2865 TTTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTTGTTCACGTTTTTCAAAATAGGCATTCAATTATAAT-ATAT
65 TTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTCT-AAAGTAAACATTCAATT-TAATCATAT
* * * *
2929 TTTATCTAAAAATGTGAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
128 TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TATG
* * * * * *
2972 ATATTATAAAACCATTT---GA-AGTAATAAAGCTTTGGAAA-GCATGGGTGACTATAAATTGAG
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT-CAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * * * **
3032 TTTTCTTTCCAATGAATCACATTTTCCTCATGTTTCTCAAGACAAACACTCAGTTATACTC-TGG
65 TTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTCTAAAG-TAAACATTCAATT-TAATCATAT
* * * * *
3096 TTTAATTAAAATTGTAAAAGAATTCAATTTAAAATCAATTATG
128 TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TATG
* ********** * * *
3139 AGAATATNNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGGGTGACTATAAATGAACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
3204 TTTCTTACCAATGGATG-GTTTTTGCATCACGTTTTCTGAAGTAGATATTCAA-TTAA-CATATA
66 TTTCTTACCAATGAATGACTTTTT-CATCAAG-TTTCTAAAGTAAACATTCAATTTAATCATAT-
* * * *
3266 TTACAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-TNNN
128 TT-TAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAT--G
******* * * * *
3311 NNNNNNNAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTTCAAAGGCTTCGATGACTA
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG---T--ATGG----G-TGACTA
* * * * *
3376 TAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCATCATGTTTTCTAAAGTAGACATTCAA-TT
56 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAG-TTTCTAAAGTAAACATTCAATTT
* * *
3440 AA-CATATATTATAACCAAAAATGA-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTTTG
120 AATCATAT-TT-TAACTAAAAAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TATG
* * * *
3492 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAACATGGCTTTCAAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * ** * * * * *
3556 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGTTAGACGTTGAATTTTAAT-TTGT
65 TTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTCTAAAG-TAAACATTCAA-TTTAATCATAT
* * * * * **
3620 TTTAGC-CAAAATGTAGAAAATTTCTGCTTAAAATCAATAATG
128 TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-ATG
* * * *
3662 AGATTATAAAACCATTTAGAGAGAGTAATAA-G-----AAACGAATGGGTGACTGTAAATGGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * ** * * *
3721 TTTCTCATCAATAAATGACTTTTTCACCACGTTTCCTTGA-CAAACATTCAAGTAAAT-ATATTT
66 TTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTT-CTAAAGTAAACATTCAATTTAATCATATTT
* * *
3784 TAA-TCAAAAACATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATA
130 TAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TATG
* * *
3825 AGACTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAAGCTTTC----G-ATGGGTGACTACAAATGGAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC
3884 TTTTCTT
65 TTTTCTT
3891 GTCAATGATG
Statistics
Matches: 2337, Mismatches: 656, Indels: 301
0.71 0.20 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 10 0.00
163 60 0.03
164 138 0.06
165 68 0.03
166 2 0.00
167 113 0.05
168 7 0.00
169 13 0.01
170 263 0.11
171 962 0.41
172 311 0.13
173 238 0.10
174 10 0.00
175 1 0.00
176 2 0.00
177 2 0.00
179 1 0.00
181 53 0.02
182 77 0.03
183 6 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCATCAAGTTTCTAAAGTAAACATTCAATTTAATCATATTTT
AACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATATG
Found at i:4264 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4040--5627 Score: 939
Period size: 171 Copynumber: 9.4 Consensus size: 170
4030 CTGTTTAACC
* * *
4040 AAAAATATAAAAAATTTCAAC-TCAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACAT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * *
4104 TAAGGCTTTGGAA-GATATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTAGCCAACGAATGGCTTTTCCTT
65 TAAGGCTTTGCAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAACAAATGACTTTTCC-T
*
4168 CATGCTTT-TTAAGGCAGGCATTCAATTATAATATATTTTATCT
128 CATG-TTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTATCT
* * * * * *
4211 AAAAGTGTAAAAAAATTCTACCTAAAACCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* ** * * * *
4276 AAGGCTTTGGAAGGCACGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATAAATCACATTTTCCTCA
66 AAGGCTTTGCAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAACAAATGAC-TTTTCCTCA
* * * * * *
4341 TGTTTCTCAAGGCAAACACTCAATTATACTCTCTTTTAAT-T
130 TGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTT-ATCT
* * * * *
4382 AAAAATGTAAGACAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATGAAACTATCTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* *
4447 AAGGCTTT-CAATGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATAAATGACTTTTTCAT
66 AAGGCTTTGCAA-GGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAACAAATGAC-TTTTCCT
* * * * * * *
4510 CATATTTCATAAAGTAGACATTCAA-T-TAATGTATGTTGTAACA
128 CATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATAT-TT-TATCT
* * * ** *
4553 AAAAACGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGGCATTTAAAGCGAGTGAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * *
4618 AAGGCTTTCCAAGGCTTTGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATC-AATGGCCTTTTCTTT
66 AAGGCTTTGCAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAA-CAAAT-GACTTTTCCTC
* * * * ** *
4682 AGGTTTCTCAA-GCTAGACATTAAATTTTAATCA-GCTTTAACT
129 ATGTTTCTTAAGGC-AGACATTCAATTATAAT-ATATTTTATCT
* * * *
4724 AAAAATGTAAACAAAA-TCAA-ATTTAAATCAATTTTGAGATTTTAAAATCATTTAAAGCGAGTA
1 AAAAATGTAAA-AAAATTCAACA-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * ** * ** *
4787 ATGAGGCTTT-TACAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CTAATGAATAACTTTTTC
64 ATAAGGCTTTGCA-AGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAACAAATGAC-TTTTC
* * * * ** * * *
4850 TTTAGGTTTCTCAAGTTAGACATTGAATTTTAATATATTTTAACT
126 CTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTATCT
* * * * ** **
4895 AAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAATAATGAGGCTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
*** * * * ** * *
4960 AA-G--AAACAA---ATGGGTGACTAT-AATGGACGTTTCTCGCCAATGAATAACTTTTTCATCA
66 AAGGCTTTGCAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAACAAATGAC-TTTTCCTCA
* * **
5018 CGTTTCTCATAA--CAAACATTCAA-TCCAATATATTTTAATC-
130 TGTTTCT--TAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTT-ATCT
* * * * * *
5058 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAAT
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* ** * * * * * * * **
5123 AAGACTTTTAAAGGCATGGATGACTACAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATAACTTTTTTTTCA
66 AAGGCTTTGCAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAACAAATGAC-TTTTCCTCA
** * * * * * * *
5188 CATTTCTTAAAGTAGACATTGAATTTTAATGTGTTTTAACT
130 TGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTATCT
* * * *
5229 AAAAATGTAAAAAAATTCAAC-TAAAAATCAA-TAGTGTGATTCTAAAACCATTTAAAGTGAGCA
1 AAAAATGTAAAAAAATTCAACAT-AAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * **
5292 ATAAGGTTTTAG-AATGCATGGGTTATTATAAATTGACTTTTCTTA-CCAATTAATGACTTTTTC
64 ATAAGGCTTT-GCAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAACAAATGAC-TTTTC
* * * * * * * * *
5355 TTCACGTTT-TCCATA-GTAAACACTCAATTATAGTCTATTTTA-AT
126 CTCATGTTTCT-TA-AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTATCT
* ** * * * *
5399 AAAAA-ATATAAGCAATTTAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
1 AAAAATGTA-AAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * ** * * * ** * **
5463 TACGACTTT-CAAAGGCTTTAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGTCAATGAATTACTTTTTTTT
65 TAAGGCTTTGC-AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAACAAATGAC-TTTTCCT
** * * * * * * *
5527 CACATTTCTCAAGGTAGACATTGAATTTTAGTATGTTTTAAC-
128 CATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTATCT
* *
5569 -AAAAT-TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
1 AAAAATGTA-AAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
Statistics
Matches: 1113, Mismatches: 244, Indels: 122
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 69 0.06
164 46 0.04
165 9 0.01
166 4 0.00
168 4 0.00
169 72 0.06
170 189 0.17
171 691 0.62
172 25 0.02
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
AAGGCTTTGCAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAACAAATGACTTTTCCTCAT
GTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTATCT
Found at i:4690 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 4513--5627 Score: 893
Period size: 334 Copynumber: 3.3 Consensus size: 337
4503 TTTTCATCAT
* * *
4513 ATTTCATAAAGTAGACATTCAA-TTAATGTATGTTGTAACAAAAAACGTAAAAGAATTCAACTTA
1 ATTTC-TAAAGTAGACATTGAATTTAATGTATGTT-TAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTA
** * * * * *
4577 AAATCAATTATGAGATTATAAAGGCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCCAAGGCTTTGATGAC
63 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * * * *
4642 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATCAATGGCCTTTTCTTTAGGTTTCTCA-AGCTAGACATTAAA
128 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCATAGC-AAACACTCAA
* * * * * * * *
4706 TTTTAATC-AGCTTTAACTAAAAATGTAA-ACAAAATCAA-ATTTAAATCAATTTTGAGATTTTA
192 TTAT-ATCTA-TTTTAATTAAAAATATAAGAC-AATTCAACA-TAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * **
4768 AAATCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTACAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
253 AACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * *
4833 TAATGAATAACTTTTTCTTTAG
316 CAATGAATAACTTTTTCTTCAC
* * * *
4855 GTTTCTCAAGTTAGACATTGAATTTTAATATAT-TTTAACTAAAAATGTAAAAATATTTAACTTA
1 ATTTCTAAAG-TAGACATTGAA-TTTAATGTATGTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTA
* ** ** ***
4919 AAATCAATAATGAGGCTATAAAACCATTTAAAAAGAGTAATAA-G-AAAC-AA---ATGGGTGAC
63 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGAC
* * * * * * *
4978 TAT-AATGGACGTTTCTCGCCAATGAATAACTTTTTCATCACGTTTCTCATAACAAACATTCAAT
128 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCATAGCAAACACTCAAT
* * * * * * * * *
5042 CCA-ATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAT
193 -TATATCTATTTTAATTAAAAATATAAGACAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAACT
* * * * * * **
5106 CATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTTAAAGGCATGGATGACTACAAATGGACTTTTCTTGTCAAT
257 -ATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT
* *
5171 AAATAACTTTTTTTTCAC
320 GAATAACTTTTTCTTCAC
* *
5189 ATTTCTTAAAGTAGACATTGAATTTTAATGTGT-TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAA
1 ATTTC-TAAAGTAGACATTGAA-TTTAATGTATGTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTA
* * * * * * * *
5253 AAATCAA-TAGTGTGATTCTAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGTTTTAGAATGCATGGGTTA
63 AAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * * *
5317 TTATAAATTGACTTTTCTTACCAATTAATGACTTTTTCTTCACGTTT-TCCATAGTAAACACTCA
127 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTCT-CATAGCAAACACTCA
* * * *
5381 ATTATAGTCTATTTTAATAAAAAATATAAG-CAATTTAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAA
191 ATTATA-TCTATTTTAATTAAAAATATAAGACAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTAT-AA
* * * * ** * **
5445 ACCATTTAAAGCAAGTAATACGACTTTCAAAGGCTTTAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGTCA
254 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCA
* *
5510 ATGAATTACTTTTTTTTCAC
318 ATGAATAACTTTTTCTTCAC
* * * *
5530 ATTTCTCAAGGTAGACATTGAATTTTA-GTATGTTTTAAC-AAAATTATAAAAAATTCAACTTAA
1 ATTTCT-AAAGTAGACATTGAATTTAATGTATG-TTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAA
*
5593 AATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
Statistics
Matches: 621, Mismatches: 123, Indels: 61
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
333 1 0.00
334 185 0.30
335 62 0.10
336 11 0.02
337 2 0.00
339 49 0.08
340 28 0.05
341 177 0.29
342 96 0.15
343 2 0.00
344 8 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (337 bp):
ATTTCTAAAGTAGACATTGAATTTAATGTATGTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT
AAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCATAGCAAACACTCAATTAT
ATCTATTTTAATTAAAAATATAAGACAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAACTATTT
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAA
CTTTTTCTTCAC
Done.