Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401804.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4911.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4759
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Warning! 100 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1022 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 370--4195 Score: 1834
Period size: 343 Copynumber: 11.2 Consensus size: 340
360 NNNNNNNNNT
* * ** *
370 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGCCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAAA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGA
* * * * *
434 C-TTTTCTTGGCAATGGATGGCTTTTGCATT-ATATTTCTTGAAG-TAGGCATTCAATTATAATA
65 CTTTTTCTT-GCAATGAATGGCTTTTTC-TTCATGTTTCTCG-AGCTAGACATTCAATTATAATA
* * **
496 TATTGTAA-GCAAAAATGTAAACAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTC
127 TATTTTAACTCAAAAATGTAAA-AAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-
* * * * * * *
560 ATA-CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATA
190 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GGTGACTACAAATGAACTTTTCTTATCAAT-GAAA
* * * * * * * * *
624 -GCTTGTACATTACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAA-TTAACATTTATTGT-ATCCAAAAATGTA
253 GGCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTTTA-ATATATTTTAAT-CAAAAATATA
* *
686 AAAAAAGTTAACTTCAAATCAATTCA
316 AAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTGA
* * * *
712 GAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGAATATAAATAGAC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * *
777 TTTTTTTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGACATTGAATTTTAATCTGT
66 TTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATATAT
* *
842 TTTAACT-AAAAATG-AAAAAAATCAACTGAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGC
130 TTTAACTCAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *
905 AAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATAGGTGACTACAGATGAACTTTTCTTATCAATGAAAGGCTTT
195 AAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GGTGACTACAAATGAACTTTTCTTATCAATGAAAGGCTTT
* * * * * *
970 TTCTTTACATCTCTTGAGGTAGACATTGAATTTTAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAACTT
259 TTCTTTACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTTTAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATT
* *
1035 CAACTTAAAATCAATAGT
324 -AACTTAAAATCAATTGA
* * * * ** * *
1053 GAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGCAGTAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTTACTATAAATAGGC
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * **
1118 TTTTCTCATT--AATGAATGACTTTTT-TTCATGTTT-TCCATGAC-AGATATTTAATTATGGTA
66 TTTT-TC-TTGCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-G-CTAGACATTCAATTATAATA
* * * **********
1178 TATTTTAA-TAAAAAATGTAAACAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTTA
127 TATTTTAACTCAAAAATGTAAA-AAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * *
1242 AAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGAGTGA-T-----TGGACTTTTCTCACCAAT-AAA-
191 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCATG-GTGACTACAAATGAACTTTTCTTATCAATGAAAG
* * * * * * * * * *
1298 TCATATTTTCTTCACGTTTC-TAGAGGTAAATAATT-AATTATACTCTGTTTTAATTAAAAATGT
254 GC-T-TTTTCTTTACGTTTCTTA-AGGTAGA-CATTCAATTTTAATATATTTTAATCAAAAATAT
* * *
1361 AAAACAATTTGACTTAAAATTAATT-A
315 AAAA-AAATTAACTTAAAATCAATTGA
********** * * * * * *
1387 TGAGATTNNNNNNNNNNTTAAACTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGGGTAACTATAAATGGA
1 -GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGA
* * * * * * * *
1452 C-TTTTCTTGCTAATGAATGTCTTTTTCTTCAGGTTTCTAGAGGTACACACTAAATT-TCAATCT
65 CTTTTTCTTGC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGACATTCAATTAT-AATAT
* * *
1515 ATTTTAACT-AAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TAGTGAGATTATAAAACCATTTAA
128 ATTTTAACTCAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * ** * *
1578 AGCGATTAATAAGGCTTTCGAGGGCATGGATGACTATAAGT-AGACTTTTCTCGTTAAGGATTAA
192 AGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGG-TGACTACAAATGA-ACTTTTCTTATCAATGA--AA
* * * ** * ** **
1642 --CTTTTTCATCATGTTTCCCATGACAGACATTCAA-TCAAATATATTTTAATCAAAAATATAAA
253 GGCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTTTAATATATTTTAATCAAAAATATAAA
* *
1704 ACAATTTAACTTAAAATTAATT-A
318 A-AAATTAACTTAAAATCAATTGA
* *** * * * * *
1727 TAAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTATTAAGGCTTTCAAAGGTATAGGTGACTACAAATGGA
1 -GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGA
* * ********** * * * *
1792 -TTTTTCTTGTCAATGCATGGCTTTTTCATCATGTTTCTNNNNNNNNNNATTGAATTTTAATCTG
65 CTTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATATA
** * * * * *
1856 TTTTAA-TTGAAAATATAAAAAAATTTAACTTGAAATCAA-TAGTGAGGTTATAAAACCGTTTAA
129 TTTTAACTCAAAAATGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * * *
1919 AGCGAGCAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATTGAACTTTT-TTACCAATTAATGA
192 AGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GGTGACTACAAA-TGAACTTTTCTTATCAATGAAAGG
* * ** * * * * * * *
1983 CTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACACTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAATA
255 CTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTTTAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAA
*
2048 AATTCAACTTAAAATCAA-TAA
320 AATT-AACTTAAAATCAATTGA
********** * * **
2069 TGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTGAAACCCATGGGTGACTATAAAT-GA
1 -GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-
* * * * ** * * * * *
2133 ACTTTTCTCAT-CGATAAATAGACCGTTTGTTCATGTTTCCCAAGAC-AAACATTCAATTATAGT
64 ACTTTT-TCTTGCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAG-CTAGACATTCAATTATAAT
* * *
2196 ATATTTTAA-TCATAAATGTAAAAAAACTCAACTGAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTT
126 ATATTTTAACTCAAAAATGTAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * *
2260 AAAGCAAGTAATAACGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTACAAATGAACTTTTCTTGTCAGTGAATG
190 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG-GTGACTACAAATGAACTTTTCTTATCAATGAAAG
* * * * * * *
2325 GGTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAGATATTAAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAACATAAAA
254 GCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTTTAATATATTTTAATCAAAAATAT-AAA
* * *
2390 AAAATTTACTTAAAATCAATAGT
318 AAAATTAACTTAAAATCAATTGA
* * * *
2413 GAGCTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAGGGC-TTCGAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGA
* * * * *
2477 CTTTTCTCAAT--AATGAATGACTTTTTTTTCATGTTTC-CTATGAC-AGACATTCAATTACAAT
65 CTTTT-TC-TTGCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-G-CTAGACATTCAATTATAAT
* * * *
2538 ATATTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATAATATTATAAAACTATTT
126 ATATTTTAACTCAAAAATGTAAAAAA-ATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * ** * *
2602 AAAGCAAGTAATAAGGCTTT--TAGGCATGGGTCACCACAAATGGGCTTTTCTTGTCAAT-ACAT
190 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GGTGACTACAAATGAACTTTTCTTATCAATGA-AA
* * * * * * ** *
2664 GACTTTTTATTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTGAATTTTAATCTATTTTAATTGAAAATGTAAA
253 GGCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTTTAATATATTTTAATCAAAAATATAAA
* * *
2729 AAAATTCAACTTAAAACCAATAGT
318 AAAATT-AACTTAAAATCAATTGA
* ** * ** *
2753 GAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGA-
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * * * * *
2817 ATTTTCTTTTCAATTAATGGCTTTTTCCTCATGTTTCCCAAGGTAAACACTT-AATTATAATCTA
66 TTTTTC-TTGCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGACA-TTCAATTATAATATA
* * * * *
2881 TTTTAGC-AAAAAATGTAAAAACAATTAACTTAAAATTAATTATGCGATTATAAAACCATTTAAA
129 TTTTAACTCAAAAATGTAAAAA-AATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* ** * * * *
2945 G-AGAGTAATAAGGCTTTGAAAGTTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCTGATGAATAG
193 GCA-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GGTGACTACAAATGAACTTTTCTTATC-AATGAA-AG
* * * * ** ** * ** * * * *
3008 ACTTTTGAC-TCATGTTTCTCGAGACAAACATTCAATTACAAAATATTTTGATCAGAAATGT-AA
254 GCTTTT-TCTTTACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTTTAATATATTTTAATCAAAAATATAAA
* *
3071 AAAGTTCAACTAAAAATCAATT-A
318 AAAATT-AACTTAAAATCAATTGA
* ** ********** * *
3094 TAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAANNNNNNNNNNTTTCAAAGGCATGGGTGACTACAAATGGA
1 -GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGA
* ** * * * * *
3159 C-TTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTTG-GGTAGATATTGAATTTTAA-ACT
65 CTTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATA-T
* * * *
3221 GTATTAACT-AAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATTTAA
128 ATTTTAACTCAAAAATGTAAA-AAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * ** * * * * * * *
3285 AGCGAGCAACAAGGCTTTGGAAGGCCTAGGTGACTATAAATTAACTTTTCTTGTCAATTAATGAC
192 AGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GGTGACTACAAATGAACTTTTCTTATCAATGAAAGGC
* * ** * * * * ** * *
3350 TTTTTGTTCATATTTCTTAGGGCAAACACTCAATGATAA-ACTGTTTTAA-CTAAAAAAATAAAA
256 TTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTTTAATA-TATTTTAATC-AAAAATATAAAA
* *
3413 CATATTCATCTTAAAATCAATT-A
319 -AAATT-AACTTAAAATCAATTGA
* ** ********** * * **
3436 TGAGATTATAAAACTATTTAAAACGANNNNNNNNNNTTTCAAAGGCTTTGGTGACTATAAAGGGA
1 -GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGA
* ** * * * * *
3501 C-TTTTCTTGCCAATGGATTTCTTTTGT-GTCATGTTTTTTGAAG-TTGAGATTCAATTATAATA
65 CTTTTTCTTG-CAATGAATGGCTTTT-TCTTCATGTTTCTCG-AGCTAGACATTCAATTATAATA
* ** *
3563 TATTTTAAGT-AAAAAAATAAAAACAATTCAACTTAAAAACAATTATGAGATTATAAAACCATTT
127 TATTTTAACTCAAAAATGTAAAAA-AA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * *** ** * * * *
3627 CAAGCGAGCAATAAGGCTTAGGAAGATATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTA-CTAATGAAT
190 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GGTGACTACAAATGAACTTTTCTTATC-AATGAAA
** * * * * * * *
3691 GATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGGCTTTCAATTATAATATATTTT-ATCTAAAAGTATAA
253 GGCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTTTAATATATTTTAATC-AAAAATATAA
*
3755 AACAATTCAACTTAAAATCAATT-A
317 AAAAATT-AACTTAAAATCAATTGA
********** * ** * * *
3779 TNNNNNNNNNNAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATCGGTGACTATAAATAGG
1 -GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGA
** * * * * * * * *
3844 CATTTTT-TACCAATGAATCG-TGTTTTCCTCATGTTTCTTGAGGTAAACACTCAATTATACTCT
65 C-TTTTTCTTGCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATAT
* * **
3907 GTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
128 ATTTTAACTCAAAAATGT-AAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * ** ***
3971 AAGCTAGTAGTAAGACTTTCAAAGGCTTGGGTGACCACAAATGGACTTTT-TGTGCCAATGGGTG
191 AAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT-GGTGACTACAAATGAACTTTTCT-TATCAATGAAAG
* * * * * * * * * *
4035 GCTTTTGCATCACATTTCCTCAA-GTAGACATTTAATTATAATATATTGTAA-CAAAAAATGTTA
254 GCTTTTTCTTTACGTTT-CTTAAGGTAGACATTCAATTTTAATATATTTTAATC-AAAAATATAA
*
4098 AACAATTCAACTTAAAATCAACTATGA
317 AAAAATT-AACTTAAAATCAA-T-TGA
*
4125 GA-A-TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGA-TAATAAAT-GA
1 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACT-ATAAATAGA
*
4186 CCTTTTCTTG
65 CTTTTTCTTG
4196 TTAATGGATA
Statistics
Matches: 2674, Mismatches: 676, Indels: 268
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
332 2 0.00
333 3 0.00
334 11 0.00
335 184 0.07
336 44 0.02
337 3 0.00
338 7 0.00
339 54 0.02
340 471 0.18
341 529 0.20
342 530 0.20
343 661 0.25
344 168 0.06
345 6 0.00
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGAC
TTTTTCTTGCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATATATT
TTAACTCAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA
AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGTGACTACAAATGAACTTTTCTTATCAATGAAAGGCTTTTT
CTTTACGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTTTAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTAA
CTTAAAATCAATTGA
Found at i:2313 original size:514 final size:503
Alignment explanation
Indices: 1650--3105 Score: 1207
Period size: 514 Copynumber: 2.9 Consensus size: 503
1640 AACTTTTTCA
* * * * *
1650 TCATGTTTCCCATGACAGACATTCAATCAAATATATTTTAATCAAAAATATAAAACAATTTAACT
1 TCATGTTTCCCAAGACAAACATTCAATCAAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAACTCAACT
* * * *
1715 TAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTATTAAGGCTTTCAAAGGTATAGGTG
66 GAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAACGCTTTCAAAGGTATAGGTG
* * * * ********** *
1780 ACTACAAATGGATTTTTCTTGTCAATGCATGGCTTTTTCATCATGTTTCTNNNNNNNNNNATTGA
131 ACTACAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCATCACGTTTCTTAAGGTAGATATTAA
*** * * *
1845 ATTTTAATCTGTTTTAATTGAAAATAT-AAAAAAATTTAACTTGAAATCAATAGTGAGGTTATAA
196 ATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAAATTT-ACTTAAAATCAATAGTGAGCTTATAA
* * * * * * * *
1909 AACCGTTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATTGAACTTTT-TTAC
260 AACCATTTAAAGAGAGCAATAAGGCTTCGAAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTCAA
* * * *
1973 CAATTAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACACTCAATTATAATATGTTTTAATAAAA
324 CAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAAACACTCAATTACAATATATTTTAATAAAA
2038 AATATAAATAAA-TTCAACTTAAAATCAATAATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGAGAGTAATAA
389 AATATAAA-AAAGTTCAACTTAAAATCAATAATGAGAT----------TTTAAAGAGAGTAATAA
2102 GGCTTTGAAACCCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTCATCGATAAATAGACCGTTTGT
443 GGCTTTGAAACCCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTCATCGATAAATAGACCGTTTGT
* * * *
2163 TCATGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATAGTATATTTTAATCATAAATGTAAAAAAACTCAAC
1 TCATGTTTCCCAAGACAAACATTCAATCA-AATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAACTCAAC
*
2228 TGAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTCAAAGGTAT-GAG
65 TGAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAACGCTTTCAAAGGTATAG-G
* * * *
2292 TGACTACAAATGAACTTTTCTTGTCAGTGAATGGGTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAGATATT
129 TGACTACAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCATCACGTTTCTTAAGGTAGATATT
2357 AAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAAATTTACTTAAAATCAATAGTGAGCTTATA
194 AAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAAATTTACTTAAAATCAATAGTGAGCTTATA
* *
2422 AAACCATTTAAAGAGAGTAATAGGGCTTCGAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCAA
259 AAACCATTTAAAGAGAGCAATAAGGCTTCGAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCAA
* * * * * * *
2487 TAATGAATGACTTTTTTTTCATGTTTCCTATGACAGACATTCAATTACAATATATTTTAATCAAA
324 CAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAAACACTCAATTACAATATATTTTAATAAAA
* * *
2552 AATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATAATATTATAAAACTATTTAAAGCA-AGTAATAA
389 AATATAAAAAAGTTCAACTTAAAATC------AATA--ATGAGA-T-TTTAAAG-AGAGTAATAA
* ** * * * ** ** * * ** *
2616 GGCTTT--TAGGCATGGGTCACCACAAATGGGCTTTTCTTGTCAATACAT-GACTTTTTAT
443 GGCTTTGAAACCCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTCATCGATAAATAGACCGTTTGT
* * ** * * ** * ** * *
2674 TTATGTTTCTCAAGGTAGACATTGAATTTTAATCTATTTTAATTGAAAATGTAAAAAAATTCAAC
1 TCATGTTTCCCAAGACAAACATTCAA-TCAAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAACTCAAC
* * * * * ** * *
2739 TTAAAACCAA-TAGTGAA-ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTGGAAGGCATGG
65 TGAAAATCAATTA-T-AAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAACGCTTTCAAAGGTATAG
* * * * * ** * *
2802 GTGACTATAAATTGAA-TTTTCTTTTCAATTAATGGCTTTTTCCTCATGTTTCCCAAGGTAAACA
128 GTGACTACAAA-TGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCATCACGTTTCTTAAGGTAGATA
* * * * ** * * * * *
2866 CTT-AATTATAATCTATTTTAGCAAAAAATGTAAAAACAATTAACTTAAAATTAATTA-TGCGAT
192 -TTAAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAAATTTACTTAAAATCAA-TAGTGAGCT
* * ** * *
2929 TATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTGAAAGTTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
255 TATAAAACCATTTAAAGAGAGCAATAAGGCTTCGAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTC
** * * * * * *
2994 T-TGCTGATGAATAGACTTTTGAC-TCATGTTTCTCGAGACAAACATTCAATTACAAAATATTTT
320 TCAAC-AATGAAT-GACTTTT-TCTTCATGTTTCCCAAGACAAACACTCAATTACAATATATTTT
* * * * * * * *
3057 GATCAGAAATGT-AAAAAGTTCAACTAAAAATCAATTATAAGATTATAAA
382 AATAAAAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTTTAAA
3106 ACCATTTAAA
Statistics
Matches: 772, Mismatches: 146, Indels: 62
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
501 5 0.01
502 1 0.00
503 5 0.01
505 3 0.00
510 2 0.00
511 282 0.37
512 94 0.12
513 36 0.05
514 324 0.42
515 11 0.01
520 4 0.01
522 4 0.01
523 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (503 bp):
TCATGTTTCCCAAGACAAACATTCAATCAAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAACTCAACT
GAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAACGCTTTCAAAGGTATAGGTG
ACTACAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCATCACGTTTCTTAAGGTAGATATTAA
ATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAAATTTACTTAAAATCAATAGTGAGCTTATAAA
ACCATTTAAAGAGAGCAATAAGGCTTCGAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCAACA
ATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAAACACTCAATTACAATATATTTTAATAAAAAA
TATAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTGAAACCC
ATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTCATCGATAAATAGACCGTTTGT
Found at i:2657 original size:854 final size:851
Alignment explanation
Indices: 481--4193 Score: 2346
Period size: 854 Copynumber: 4.4 Consensus size: 851
471 TTGAAGTAGG
* * * * * * * *
481 CATTCAATTATAATATATTGTAAGCAAAAATGTAAACAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTACAAAATATTTTAATCAGAAATGTAAAAAAC-TCAACTAAAAATCAATTATAAGAT
* * * * * *
546 TATAAAACCATTTCATA-CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGATTATAAATGGACTTTT
65 TATAAAACCATTT-AAAGCAAGTAATAACGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTACAAATGGACTTTT
** * * * * * * * * * * *
610 CTTACCAATGGAT-AGCTTGTACATT-ACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAA-TTAACATTTATTG
129 CTTGTCAATGAATGA-CTTTTTC-TTCACGTTTCTTAAGGTAGATATTAAATTTTA-ATCTGTTT
* * * * * *** * * *
672 TATCCAAAAATGTAAAAAAAGTTAACTTCAAATCAATTCAGAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGA
191 TAACCAAAAA-ATAAAAAAAATTTACTTAAAATCAATAGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * **** * *
737 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGAATATAAATAGACTTTTTTTTGCCAATAAATGGCTTTT
255 GTAATAAGGC-TTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTCAATAATGAATGACTTTT
* * ** * *
802 TCTTCATGTTT-CT-CGAGCTAGACATTGAATTTTAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGA-AAAA-A
318 TCTTCATGTTTCCTATGA-C-AGACATTCAA-TCAAATATATTTTAATC-AAAAAT-ATAAAACA
* * * *
862 A-TCAACTGAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAGG
378 ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTT-TAAAGG
* * * * * * * * * ** * **
926 CATAGGTGACTACAGATGAACTTTTCTTATCAATGA-AAGGCTTTTTCTTTACATCTCTTGAGGT
442 CATAGGTCACCACAAATGGACTTTTCTTGTCAAT-ACATGACTTTTTATTCATGTTTCTCAAGGT
* *** * *
990 AGACATTGAATTTTAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATAGTGA
506 AGACATTGAATTTTAATCTATTTTAATTGAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATAGTGA
* * ** * * * * * * **
1055 GATTATAAAATCATTTAAAGTGAGCAGTAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTTACTATAAATAGGCTT
571 AATTATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATTGAATT
* ** * * * * * * * * * **
1120 TTCTCATTAATGAATGACTTTTT-TTCATGTTTTCCATGACAGATATTTAATTATGGTATATTTT
636 TTCTTACCAATTAATGACTTTTTCCTCATGTTTCCCAAGGCAAACACTCAATTATAATATATTTT
* * * * * ********** *
1184 AATAAAAAATGTAAACA-AATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGCGA
701 AACAAAAAATATAAAAACAATT-AACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGA
** * * ** ** *
1248 GTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGAGTG---AT---TGGACTTTTCTCACCAATAAATCATA--T
765 GTAATAAGGCTTTGA-AACCCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTGATAAAT-AGACGT
* * * **
1304 TT-TCTTCACGTTT-CTAGAGGTAAA
828 TTGAC-TCATGTTTCCCA-AGACAAA
* * *** * * * * ** * * *
1328 TAATT-AATTATACTCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAACAATTTGACTTAAAATTAATTATGAGA
1 -CATTCAATTACAAAATATTTTAATCAGAAATGTAAAA-AACTCAACTAAAAATCAATTATAAGA
********** * * * * * * * *
1392 TTNNNNNNNNNNTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGGGTAACTATAAATGGACTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGC-AAGTAATAACGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTACAAATGGACTTT
* * * * * * *
1456 TCTTG-CTAATGAATGTCTTTTTCTTCAGGTTTC-TAGAGGTACACACTAAATTTCAATCTATTT
128 TCTTGTC-AATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTA-AGGTAGATATTAAATTTTAATCTGTTT
* *
1519 TAA-CTAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
191 TAACCAAAAAATAAAAAAAATTT-ACTTAAAATCAATAGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * ** * * *
1583 TTAATAAGGCTTTCGAGGGCATG-GATGACTATAAGTAGACTTTTCTCGTTAAGGATTAACTTTT
255 GTAATAAGGC-TTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATAGACTTTTCTCAATAATGAATGACTTTT
* * *
1647 TCATCATGTTTCCCATGACAGACATTCAATCAAATATATTTTAATCAAAAATATAAAACAATTTA
318 TCTTCATGTTTCCTATGACAGACATTCAATCAAATATATTTTAATCAAAAATATAAAACAATTCA
* * * *
1712 ACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTATTAAGGCTTTCAAAGGTATAG
383 ACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTT-AAAGGCATAG
* * * * * **********
1777 GTGACTACAAATGGATTTTTCTTGTCAATGCATGGCTTTTTCA-TCATGTTTCTNNNNNNNNNNA
447 GTCACCACAAATGGACTTTTCTTGTCAATACATGACTTTTT-ATTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * * **
1841 TTGAATTTTAATCTGTTTTAATTGAAAATATAAAAAAATTTAACTTGAAATCAATAGTGAGGTTA
511 TTGAATTTTAATCTATTTTAATTGAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATAGTGAAATTA
* * * *
1906 TAAAACCGTTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATTGAACTTTT-T
576 TAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATTGAA-TTTTCT
* * *
1970 TACCAATTAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACACTCAATTATAATATGTTTTAATA
640 TACCAATTAATGACTTTTTCCTCATGTTTCCCAAGGCAAACACTCAATTATAATATATTTTAACA
* **********
2035 AAAAATATAAATA-AATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGAGAGTAA
705 AAAAATATAAAAACAATT-AACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA
2099 TAAGGCTTTGAAACCCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTC-T-CATCGATAAATAGACCGTTTG
769 TAAGGCTTTGAAACCCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-T-GATAAATAGA-CGTTTG
*
2162 -TTCATGTTTCCCAAGACAAA
831 ACTCATGTTTCCCAAGACAAA
* ** * *
2182 CATTCAATTATAGTATATTTTAATCATAAATGTAAAAAAACTCAACTGAAAATCAATTATAAGAT
1 CATTCAATTACAAAATATTTTAATCAGAAATGT-AAAAAACTCAACTAAAAATCAATTATAAGAT
* *
2247 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTACAAATGAACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTACAAATGGACTTTTC
* ** *
2312 TTGTCAGTGAATGGGTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAGATATTAAATTTTAATCTGTTTTAAC
130 TTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGATATTAAATTTTAATCTGTTTTAAC
* *
2377 CAAAAACATAAAAAAAATTTACTTAAAATCAATAGTGAGCTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA
195 CAAAAA-ATAAAAAAAATTTACTTAAAATCAATAGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* *
2442 TAGGGCTTCGAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCAATAATGAATGACTTTTTTTTC
259 TAAGGCTTCG-AAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCAATAATGAATGACTTTTTCTTC
* *
2507 ATGTTTCCTATGACAGACATTCAATTACAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAA-AAGTTCAACT
323 ATGTTTCCTATGACAGACATTCAATCA-AATATATTTTAATCAAAAATATAAAACAA-TTCAACT
* * * *
2571 TAAAATCAATTATAATATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-TAGGCATGGGTCA
386 TAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTAAAGGCATAGGTCA
* *
2635 CCACAAATGGGCTTTTCTTGTCAATACATGACTTTTTATTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTGAA
451 CCACAAATGGACTTTTCTTGTCAATACATGACTTTTTATTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTGAA
*
2700 TTTTAATCTATTTTAATTGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATAGTGAAATTATAAAA
516 TTTTAATCTATTTTAATTGAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATAGTGAAATTATAAAA
* **
2765 CCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGAATTTTCTTTTCAA
581 CCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATTGAATTTTCTTACCAA
* * * * *
2830 TTAATGGCTTTTTCCTCATGTTTCCCAAGGTAAACACTTAATTATAATCTATTTTAGCAAAAAAT
646 TTAATGACTTTTTCCTCATGTTTCCCAAGGCAAACACTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAAT
* * * *
2895 GTAAAAACAATTAACTTAAAATTAATTATGCGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCT
711 ATAAAAACAATTAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCT
*** * * *
2960 TTGAAAGTTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTGATGAATAGACTTTTGACTCATGTTT
776 TTGAAACCCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTGATAAATAGACGTTTGACTCATGTTT
* *
3025 CTCGAGACAAA
841 CCCAAGACAAA
* **
3036 CATTCAATTACAAAATATTTTGATCAGAAATGTAAAAAGTTCAACTAAAAATCAATTATAAGATT
1 CATTCAATTACAAAATATTTTAATCAGAAATGTAAAAAACTCAACTAAAAATCAATTATAAGATT
********** *
3101 ATAAAACCATTTAAAGCAANNNNNNNNNNTTTCAAAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCT
66 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCT
* * * * *
3166 TGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTT-GGGTAGATATTGAATTTTAAACTGTATTAA-C
131 TGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGATATTAAATTTTAATCTGTTTTAACC
* * * * *
3229 TAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATCA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCA
196 AAAAAAT-AAAAAAAATT-TACTTAAAATCAAT-AGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * ** *
3293 ACAAGGCTTTGGAAGGCCT-AGGTGACTATAAATTA-ACTTTTCT-TGTCAATTAATGACTTTTT
258 ATAAGGC-TTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAA-TAGACTTTTCTCAAT-AATGAATGACTTTTT
* * * * * * * * * *
3355 GTTCATATTTCTTAGGGCAAACACTCAATGATAA-ACTGTTTTAA-CTAAAAAAATAAAACATAT
319 CTTCATGTTTCCTATGACAGACATTCAATCA-AATA-TATTTTAATC-AAAAATATAAAACA-AT
* * * ********** *
3418 TCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGANNNNNNNNNNTTTCAAAGGCT
380 TCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTT-AAAGGCA
* * * * * * ** ** * * * *
3483 TTGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGGATTTCTTTTGT-GTCATGTTTTTTGAA-GTT
444 TAGGTCACCACAAATGGACTTTTCTTGTCAATACATGACTTTT-TATTCATG-TTTCTCAAGGTA
* * * * * * * *
3546 GAGATTCAATTATAATATATTTTAAGTAAAAAAATAAAAACAATTCAACTTAAAAACAATTA-TG
507 GACATTGAATTTTAATCTATTTTAATTGAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAACCAA-TAGTG
* * * * * * ** * * * *
3610 AGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGCAATAAGGCTTAGGAAGATATAGGTAACTATAAATGGACT
570 AAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATTGAAT
* * * * * * ** **
3675 TTTCTTACTAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGGCTTTCAATTATAATATATTT
635 TTTCTTACCAATTAATGACTTTTTCCTCATGTTTCCCAAGGCAAACACTCAATTATAATATATTT
* * * * ********** *
3740 TATCTAAAAGTAT-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAACTATTTAAAGCA
700 TAACAAAAAATATAAAAACAATT-AACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-A
** * * * ** * * *
3804 -AGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATCGGTGACTATAAAT-AGGCATTTT-TTACCAATGAATCG-T
763 GAGTAATAAGGCTTTGAAACCCATGGGTGACTATAAATGA-AC-TTTTCTTGCTGATAAATAGAC
** *** **
3865 GTTTTCCTCATGTTTCTTGAGGTAAA
826 GTTTGACTCATGTTTCCCAAGACAAA
* * *** * * * * ** * *
3891 CACTCAATTATACTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGA
1 CATTCAATTACAAAATATTTTAATCAGAAATGT--AAAAAACTCAACTAAAAATCAATTATAAGA
* * * * *
3956 TTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAGTAA-GACTTTCAAAGGCTTGGGTGACCACAAATGGACTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACG-CTTTCAAAGGCATGAGTGACTACAAATGGACTTT
* ** * * * * * * * * * * *
4020 T-TGTGCCAATGGGTGGCTTTTGCATCACATTTCCTCAA-GTAGACATTTAATTATAATATATTG
128 TCT-TGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTT-CTTAAGGTAGATATTAAATTTTAATCTGTTT
** * * * *
4083 TAA-CAAAAAATGTTAAACAATTCAACTTAAAATCAACTA-TGAGAATATAAAACCATTTAAAGT
191 TAACCAAAAAAT-AAAAAAAATT-TACTTAAAATCAA-TAGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
4146 GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGA-TAATAAAT-GACCTTTTCT
253 GAGTAATAAGGC-TTCGAAGGCATGAGTGACT-ATAAATAGA-CTTTTCT
4194 TGTTAATGGA
Statistics
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850 4 0.00
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859 1 0.00
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TGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGATATTAAATTTTAATCTGTTTTAACC
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AGGCTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCAATAATGAATGACTTTTTCTTCATG
TTTCCTATGACAGACATTCAATCAAATATATTTTAATCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAA
TCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTAAAGGCATAGGTCACCACA
AATGGACTTTTCTTGTCAATACATGACTTTTTATTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTGAATTTTA
ATCTATTTTAATTGAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATAGTGAAATTATAAAACCATT
TAAAGCAAGAAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATTGAATTTTCTTACCAATTAAT
GACTTTTTCCTCATGTTTCCCAAGGCAAACACTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAA
AACAATTAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTGAA
ACCCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTGATAAATAGACGTTTGACTCATGTTTCCCAA
GACAAA
Found at i:2800 original size:340 final size:340
Alignment explanation
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471 TTGAAGTAGG
* * * * *
481 CATTCAATTATAATATATTGTAAGCAAAAATGTAAACAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAT
* * * * ** * *
546 TATAAAACCATTTCATA-CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGATTATAAATGGACTTTT
66 TATAAAACCATTT-AAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AAAGGCATGAGTCACCACAAATGAACTTTT
** * * * * * * *
610 CTTACCAATGGAT-AGC-TTGTACATTACGTTTC-CTAAAGTAGACATTCAA-TTAACATTTATT
129 CTTGTCAATGAATGA-CTTTTTA-TTTACGTTTCTC-AAGGTAGACATTAAATTTTA-ATCTATT
* * ** * * * *** * * * *
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* * * * ** *
736 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGAATATAAATAGACTTTT-TTTTGCCAATAAATGGCTT
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* * *
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317 TTTCTTCATGTTTCCCAAGAC-AAA
* * * * *
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1 CATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGA
* * * *
886 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCAT-AGGTGACTACAGATGAACTTT
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* * * * * * ** * *
950 TCTTATCAATGAAAGGCTTTTTCTTTACATCTCTTGAGGTAGACATTGAATTTTAATATATTTTA
128 TCTTGTCAATGAATGACTTTTTATTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTAAATTTTAATCTATTTTA
* * * * * *
1015 ACCAAAAATAT-AAAAAACTTCAACTTAAAATCAATAGTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAG
193 ACCAAAAACATAAAAAAAATT-AACTTAAAACCAATAGTGAAATTATAAAACCATTTAAAGAGAG
* * * * * * * *
1079 CAGTAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTTACTATAAATAGGCTTTTCTCATTAATGAATGACTTTTT-
257 AAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCATCAATAAATGACTTTTTC
* * *
1143 TTCATGTTTTCCATGACAGA
321 TTCATGTTTCCCAAGACAAA
* * ** * * * *
1163 TATTTAATTATGGTATATTTTAATAAAAAATGTAAACAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAT
********** * * * *
1228 NNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGAGT------GATTGGACTTTTC
66 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTA-AAGGCATGAGTCACCACAAATGAACTTTTC
*** * * * * * * * * *
1287 TCACCAATAAATCA-TATTTTCTTCACGTTTCT-AGAGGTAAATAATT-AATTATACTCTGTTTT
130 TTGTCAATGAATGACT-TTTTATTTACGTTTCTCA-AGGTAGA-CATTAAATTTTAATCTATTTT
** ** * * * ** * ********** **
1349 AATTAAAAATGTAAAACAATTTGACTTAAAATTAATTA-TGAGATTNNNNNNNNNNTTAAACTGA
192 AACCAAAAACATAAAAAAAATTAACTTAAAACCAA-TAGTGAAATTATAAAACCATTTAAAGAGA
* * * * * * *
1413 GTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGGGTAACTATAAATGGACTTTTCT--TGCTAATGAATGTCTTT
256 GAAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCAT-C-AATAAATGACTTT
* * ** *
1476 TTCTTCAGGTTT-CTAGAGGTACA
318 TTCTTCATGTTTCCCA-AGACAAA
* * * * * *
1499 CACTAAATT-TCAATCTATTTTAA-CTAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TAGTGA
1 CATTCAATTAT-AATATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TAA
* * * * * * * *
1560 GATTATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGGCTTTCGAGGGCATG-GATGACTATAAGT-AGAC
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* * * * * * * * * ** * ** *
1623 TTTTCTCGTTAAGGATTAACTTTTTCA-TCATGTTTCCCATGACAGACATTCAA-TCAAATATAT
125 TTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTT-ATTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTAAATTTTAATCTAT
* * * * **
1686 TTTAATCAAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATTAATTA-T-AAGATTATAAAACCATTTAAA
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* * * * * * * * ** ** *
1749 -ACAAGTATTAAGGCTTTCAAAGGTATAGGTGACTACAAATGGATTTTTCTTGTCAATGCATGGC
252 GA-GAGAAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCATCAATAAATGAC
* **********
1813 TTTTTCATCATGTTTCTNNNNNNNNN
315 TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGACAAA
* * * * * ** * * * * *
1839 NATTGAATTTTAATCTGTTTTAATTGAAAATATAAAAAAATTTAACTTGAAATCAA-TAGTGAGG
1 CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TAAGA
* * * * * * * *
1903 TTATAAAACCGTTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATTGAACTTT
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** * * * * * * * * * * * *
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128 TCTTGTCAATGAATGACTTTTTATTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTAAATTTTAATCTATTTTA
* * * * * **********
2032 A-TAAAAA-ATATAAATAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGAGA
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* ** * **
2095 GTAATAAGGCTTTGAAACCCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTCATCGATAAATAGACCGTT
256 GAAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATG-ACTTTTCTCATCAATAAAT-GACTTTT
*
2160 TGTTCATGTTTCCCAAGACAAA
319 TCTTCATGTTTCCCAAGACAAA
* * * *
2182 CATTCAATTATAGTATATTTTAATCATAAATGTAAAAAAACTCAACTGAAAATCAATTATAAGAT
1 CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAT
* * * *
2247 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTACAAATGAACTTTTC
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* ** * * * *
2312 TTGTCAGTGAATGGGTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAGATATTAAATTTTAATCTGTTTTAAC
130 TTGTCAATGAATGACTTTTTATTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTAAATTTTAATCTATTTTAAC
* * ** *
2377 CAAAAACATAAAAAAAATTTACTTAAAATCAATAGTGAGCTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA
195 CAAAAACATAAAAAAAATTAACTTAAAACCAATAGTGAAATTATAAAACCATTTAAAGAGAGAAA
* * * * *
2442 TAGGGCTTCGAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCAAT-AATGAATGACTTTTTTTT
260 TAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTC-ATCAATAAATGACTTTTTCTT
* * *
2506 CATGTTTCCTATGACAGA
323 CATGTTTCCCAAGACAAA
* * *
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* * *
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131 TGTCAATGA-ATGACTTTTTATTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTAAATTTTAATCTATTTTAAC
** **
2717 TGAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAACCAATAGTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGA
195 CAAAAACATAAAAAAAATT-AACTTAAAACCAATAGTGAAATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGA
* * ** * * *
2780 AATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGAATTTTCTTTTCAATTAATGGCTTTTTCC
258 AATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAA-TGACTTTTCTCATCAATAAATGACTTTTTCT
**
2845 TCATGTTTCCCAAGGTAAA
322 TCATGTTTCCCAAGACAAA
* * * **
2864 CACTT-AATTATAATCTATTTT-AGCAAAAAATGTAAAAACAATT-AACTTAAAATTAATTATGC
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63 GATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTT-AAAG
2967 TTATGGGTGA
Statistics
Matches: 1635, Mismatches: 430, Indels: 157
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
333 1 0.00
334 4 0.00
335 191 0.12
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339 52 0.03
340 431 0.26
341 408 0.25
342 225 0.14
343 257 0.16
344 18 0.01
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
CATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAAAGGCATGAGTCACCACAAATGAACTTTTCT
TGTCAATGAATGACTTTTTATTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTAAATTTTAATCTATTTTAACC
AAAAACATAAAAAAAATTAACTTAAAACCAATAGTGAAATTATAAAACCATTTAAAGAGAGAAAT
AAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGACTTTTCTCATCAATAAATGACTTTTTCTTCAT
GTTTCCCAAGACAAA
Found at i:2945 original size:511 final size:510
Alignment explanation
Indices: 8--3973 Score: 1481
Period size: 512 Copynumber: 7.7 Consensus size: 510
1 CTTAAAG
* * * * * * *
8 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGGAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTAT
1 TCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AAAGGCATGGGTCACCAC
* * ** * * *
73 AAATGGAC-TTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCGTT-ATGTTTCTCAAGGTAGATATTTAATTA
65 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTT-ATTCACATTTCT-AAGGTAGACATTGAATTT
* * * *
136 T-AA-TATATTTTA-TATAAAGTGT--AAAAATTCAACTTAAAATCAACCATGACATTATAAAAC
128 TAAACTATA-TTAACTA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TATGAAATTATAAAAC
* ** * * * * *
196 CATTTGAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATGGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
190 CATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGA----AC-T-----T
* * ** * * * *
261 GAATTGCATTGTCAATGAATGGCTTTTCCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACAATCAATTATACTCT
245 ---TT-C-TTGTCAATTAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACACTTAATTATAATCT
** ** **********
326 -TTTTCAGTTAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAACCATTTA
305 GTTTT-A-ACAAAAAAATAAAAACAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * * * * **** *
389 AAGCTAGTAATAAGCCTTTC-AAAGGCTTAAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGGCAATGGAT-
367 AAGAGAGTAATAAGGC-TTCGAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCAATAATGAATA
* * * * * ** * * * *
452 GGCTTTTG-CATTATATTTCTTGA-AGTAGGCATTCAATTATAATATATTGTAAGCAAAAATGTA
431 GACTTTTGAC-TCATGTTTCTCGAGA-CAAACATTCAATTACAAAATATTTTAATCAAAAATGTA
* *
515 AACAACTTCAACTTAAAA
494 AA-AAGTTCAACTAAAAA
* * * * **
533 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTCATA-CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGATTA
1 TCAATTATAAGATTATAAAACCATTT-AAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AAAGGCATGGGTCACCA
* ** * ** * * *
597 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGGAT-AGCTTGTACATT-ACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAA-
64 CAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGA-CTT-TTTATTCACATTT-CTAAGGTAGACATTGAAT
* * * * *
659 -TT-AACATTTATTGTATCCAAAAATGTAAAAAAAGTT-AACTTCAAATCAAT-TCAGAGATTAT
126 TTTAAAC-TATA-T-TAACTAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATAT--GAAATTAT
* * ** * ** * * * *
720 AAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGAATATAAATAG-ACTTTTTTT
185 AAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGAAC-TTTTCT
* * ** * * *
784 TGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGACA-TTGAATTTTAATCTGTTTTAAC
249 TGTCAATTAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACACTT-AATTATAATCTGTTTTAAC
* * * *
848 -TAAAAATGAAAAA-AATCAACTGAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTA
313 AAAAAAAT-AAAAACAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTA
* * * * *
910 ATAAGGCTTCCAAAGGCAT-AGGTGACTACAGAT-GAACTTTTCT-TATCAATGAA-AGGCTTTT
376 ATAAGGCTTCGAAAGGCATGA-GTGACTATAAATAG-ACTTTTCTCAAT-AATGAATAGACTTTT
* * ** * * ** * * ** * * * *
971 -TCTTTACATCTCTTGAGGTAGACATTGAATTTTAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAACTT
438 GAC-TCATGTTTCTCGAGACAAACATTCAATTACAAAATATTTTAATCAAAAATGT-AAAAAGTT
*
1035 CAACTTAAAA
501 CAACTAAAAA
* * ** * * * * * *
1045 TCAA-TAGTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGCAGTAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTTACTA
1 TCAATTA-TAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AAAGGCATGGGTCACCA
* ** * ** * * ** * *
1109 TAAATAGG-CTTTTCTCATTAATGAATGACTTTTT-TTCATGTTTTCCATGACAGATATTTAATT
64 CAAAT-GGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTATTCA-CATTTCTAAGGTAGACATTGAATT
*** * * * * *******
1172 ATGGTA-TATTTTAA-TAAAAAATGTAAACAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATNNNNNNN
127 -TTAAACTATATTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TATGAAATTATAAAA
*** * * * * * ***
1235 NNNTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGAGTG-------ATTGGACTTTTCTCACCA
189 CCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGAACTTTTCTTGTCA
* * * * * **
1293 ATAAAT--CATATTTTCTTCACGTTTC-TAGAGGTAAATAATTAATTATACTCTGTTTTAA-TTA
254 ATTAATGGC-T-TTTTCTTCATGTTTCTTA-AGGTAAACACTTAATTATAATCTGTTTTAACAAA
* * * ********** **
1354 AAAATGTAAAACAATTTGACTTAAAATTAATTATGAGATTNNNNNNNNNNTTAAACTGAGTAATA
316 AAAAT-AAAAACAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATA
** * * * * * *** * *
1419 AGGCTTTTAAAAGCTTGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-GTCTTTT-TCTTC
379 AGGCTTCGAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCAATAATGAATAGACTTTTGAC-TC
* * ** * * * * ** * * * *
1482 AGGTTTCTAGAGGTACACACTAAATTTCAATCTATTTTAA-CTAAAAATATAAAAAATTTAACTT
443 ATGTTTCTCGAGACAAACATTCAATTACAAAATATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAGTTCAACTA
1546 AAAA
507 AAAA
* * * * * * * *
1550 TCAA-TAGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGGCTTTCGAGGGCATGGATGACTA
1 TCAATTA-TAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AAAGGCATGGGTCACCA
* * * * * * * * ** * * ** *
1614 TAAGTAGACTTTTCTCGTTAAGGATTAACTTTTTCA-TCATGTTTCCCATGACAGACATTCAA--
64 CAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTT-ATTCACATTT-CTAAGGTAGACATTGAATT
* * * * *
1676 TCAAA-TATATTTTAA-TCAAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATTAATTAT-AAGATTATAA
127 TTAAACTATA--TTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TATGAA-ATTATAA
* * * ** * * * * *
1738 AACCATTTAAAACAAGTATTAAGGCTTTCAAAGGTATAGGTGACTACAAA-TGGATTTTTCTTGT
187 AACCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGAACTTTTCTTGT
** * ********** * **
1802 CAATGCATGGCTTTTTCATCATGTTTCTNNNNNNNNNNA-TTGAATTTTAATCTGTTTTAATTGA
252 CAATTAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACACTT-AATTATAATCTGTTTTAA-CAA
* * * * * *
1866 AAATATAAAAA-AATTTAACTTGAAATCAA-TAGTGAGGTTATAAAACCGTTTAAAGCGAGCAAT
315 AAAAATAAAAACAA-TTAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
* * * * * ** * *
1929 AAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATTGAACTTTT-TTACCAATTAAT-GACTTTT-TCT
378 AAGGCTTCGAAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTCAATAATGAATAGACTTTTGAC-
* * * * * * * * * *
1991 TCATGTTTCCCAAGGCAAACACTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAATAAATTCAAC
441 TCATGTTTCTCGAGACAAACATTCAATTACAAAATATTTTAATCAAAAATGTAAA-AAGTTCAAC
*
2056 TTAAAA
505 TAAAAA
* * ********** ** * *
2062 TCAATAATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTGAAACCCATGGGTGACTA
1 TCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTT-AAAGGCATGGGTCACCA
* * ** * * ** * ** * ** * *
2126 TAAATGAACTTTTCTCATCGATAAATAGACCGTTTGTTCATGTTTCCCAAGACAAACATTCAATT
64 CAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GACTTTTTATTCACATTT-CTAAGGTAGACATTGAATT
* * * * * *
2191 ATAGTA-TATTTTAA-TCATAAATGTAAAAAAACTCAACTGAAAATCAATTAT-AAGATTATAAA
127 TTA-AACTATATTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TATGAA-ATTATAAA
* * ** * * *
2253 ACCATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTACAAA-TGAACTTTTCTTGTC
188 ACCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGAACTTTTCTTGTC
* * * * * * * *
2317 AGTGAATGGGTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAGATA-TTAAATTTTAATCTGTTTTAACCAAA
253 AATTAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACACTT-AATTATAATCTGTTTTAA-CAAA
* * * * *
2381 AACATAAAAAAAATTTACTTAAAATCAA-TAGTGAGCTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAG
316 AAAATAAAAACAATTAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA
***
2445 GGCTTCGAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCAATAATGAAT-GACTTTTTTTTCAT
380 GGCTTCGAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCAATAATGAATAGACTTTTGACTCAT
* * * *
2509 GTTTC-CTATGACAGACATTCAATTACAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTA
445 GTTTCTCGA-GACAAACATTCAATTACAAAATATTTTAATCAAAAATGT-AAAAAGTTCAACTAA
2573 AAA
508 AAA
* * *
2576 TCAATTATAATATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-TAGGCATGGGTCACCACA
1 TCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAAAGGCATGGGTCACCACA
* * **
2640 AATGGGCTTTTCTTGTCAAT-ACATGACTTTTTATTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTGAATTTT
66 AATGGACTTTTCTTGTCAATGA-ATGACTTTTTATTCACATTTCT-AAGGTAGACATTGAATTTT
* * * * *
2704 AATCTATTTTAATTGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATAGTGAAATTATAAAACCAT
129 AAACTATATTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATA-TGAAATTATAAAACCAT
*
2769 TTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGAA-TTTTCTTTTCAATTA
193 TTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGAACTTTTCTTGTCAATTA
* ** * * *
2833 ATGGCTTTTTCCTCATGTTTCCCAAGGTAAACACTTAATTATAATCTATTTTAGCAAAAAATGTA
258 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACACTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAA-ATA
* * *
2898 AAAACAATTAACTTAAAATTAATTATGCGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTG
322 AAAACAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTCG
** * * *** *
2963 AAAGTTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTGATGAATAGACTTTTGACTCATGTTTCTC
387 AAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCAATAATGAATAGACTTTTGACTCATGTTTCTC
* *
3028 GAGACAAACATTCAATTACAAAATATTTTGATCAGAAATGTAAAAAGTTCAACTAAAAA
452 GAGACAAACATTCAATTACAAAATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAGTTCAACTAAAAA
********** * *
3087 TCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAANNNNNNNNNNTTTCAAAGGCATGGGTGACTAC
1 TCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AAAGGCATGGGTCACCAC
* ** *
3152 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTTGGGTAGATATTGAATTTTA
65 AAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTATTCACATTTCTAAGGTAGACATTGAATTTTA
* * *
3217 AACTGTATTAACTAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATCATGAGATTATAAAACCATT
130 AACTATATTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-ATGAAATTATAAAACCATT
* * * * *
3282 TAAAGCGAGCAACAAGGCTTTGGAAGGCCTAGGTGACTATAAATT-AACTTTTCTTGTCAATTAA
194 TAAAGCAAGAAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGAACTTTTCTTGTCAATTAA
* * * * * * * *
3346 TGACTTTTTGTTCATATTTCTTAGGGCAAACACTCAATGATAAACTGTTTTAACTAAAAAAAT-A
259 TGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACACTTAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAAATAA
* * **********
3410 AAACATATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-ACGANNNNNNNNNNTT
323 AAACA-ATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GA-GTAATAAGGCT
* ** **** * ** **
3474 TC-AAAGGCTTTG-GTGACTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGGAT-TTCTTTTGTGTCATGTT
384 TCGAAAGGC-ATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCAATAATGAATAGACTTTTGACTCATGTT
* * *** * * * * * *
3536 TTTTGA-AGTTGAGATTCAATTATAATATATTTTAAGTAAAAAAAT-AAAAACAATTCAACTTAA
448 TCTCGAGA-CAAACATTCAATTACAAAATATTTTAA-T-CAAAAATGTAAAA-AGTTCAAC-TAA
3599 AAA
508 AAA
* * * * ** * * *
3602 -CAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGCAATAAGGC-TTAGGAAGATATAGGTAACTA
1 TCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTA--AAGGCATGGGTCACCA
* * * * ** * * *
3665 TAAATGGACTTTTCTT-ACTAATGAATGATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGGCTTTCAATT
64 CAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGACTTTTTATTCACATTTCT-AAGGTAGACATTGAATT
* * * * * * **********
3729 ATAATA-TATTTTATCTAAAAGTATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAAC
127 TTAA-ACTATATTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TATGAAATTATAAAAC
* * * * * * **
3793 TATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATCGGTGACTATAAATAG-GCATTTT-TTACCA
190 CATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGAAC-TTTTCTTGTCA
* * * * * * *
3856 ATGAATCG-TGTTTTCCTCATGTTTCTTGAGGTAAACACTCAATTATACTCTGTTTTAATGAAAA
254 ATTAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACACTTAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAA
** * *
3920 ATGTAAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
317 AAATAAAAACAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
3974 CTAGTAGTAA
Statistics
Matches: 2652, Mismatches: 657, Indels: 273
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
502 1 0.00
503 6 0.00
504 67 0.03
505 171 0.06
506 134 0.05
507 2 0.00
510 17 0.01
511 568 0.21
512 596 0.22
513 200 0.08
514 471 0.18
515 204 0.08
516 19 0.01
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524 6 0.00
525 64 0.02
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527 11 0.00
528 1 0.00
529 70 0.03
530 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
TCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAAAGGCATGGGTCACCACA
AATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTATTCACATTTCTAAGGTAGACATTGAATTTTAA
ACTATATTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATATGAAATTATAAAACCATTTA
AAGCAAGAAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGAACTTTTCTTGTCAATTAATG
GCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACACTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATAAAAA
CAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTCGAAAG
GCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCAATAATGAATAGACTTTTGACTCATGTTTCTCGAGA
CAAACATTCAATTACAAAATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAGTTCAACTAAAAA
Found at i:3535 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 1865--4160 Score: 1271
Period size: 514 Copynumber: 4.5 Consensus size: 512
1855 GTTTTAATTG
* * * * *
1865 AAAATATAAAAA-AATTTAACTTGAAATCAA-TAGTGAGGTTATAAAACCGTTTAAAGCGAGCAA
1 AAAATATAAAAACAA-TTAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA
* * * * * * *
1928 TAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATTGAACTTTT-TTACCAATTAAT-GACTTTT-TC
64 TAAGGCTTTCAAAGTTATGGGTGACTATAAA-GGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGACTTTTGAC
* * * * * * * * *
1990 TTCATGTTTCCCAAGGCAAACACTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAATAAA-TTCA
128 -TCATGTTTCCGATGACAAACATTCAATTACAAAATATTTTAATCAAAAATGTAAA-AAAGTTCA
* * * ********** **
2054 ACTTAAAATCAATAATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTGAAACCCATG
191 ACTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTT--AAGGCATG
* * * * ** * * ** * ** * ** *
2118 GGTGACTATAAATGAACTTTTCTCATCGATAAATAGACCGTTTGTTCATGTTTCCCAAGACAAAC
253 GGTCACCACAAATGGACTTTTCTTGTCAATACAT-GACTTTTTATTCACATTTCTCAAGGTAGAC
* * * * * * * *
2183 ATTCAATTATAGTA-TATTTTAA-TCATAAATGTAAAAAAACTCAACTGAAAATCAATTA-T-AA
317 ATTGAATTTTA-AACTATATTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCAA-TAGTGAA
* * * ** * *
2244 GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTCAAAGGTAT-GAGTGACTACAAA-TGAAC
379 -ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGAAACAAGGCTTTGGAAGGCATAG-GTGACTATAAATTGAA-
* * ** * * ** ** * * * * * ** * *
2307 TTTTCTTGTCAGTGAATGGGTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGTAGATATTAAATTTTAATCTGTT
441 TTTTCTTGTCAATTAATGACTTTTTCCTCATATTTCCCAAGGCAAACACTCAATGATAAACTATT
*
2372 TTAACCA
506 TTAACAA
* * * *
2379 AAAACATAAAAAAAATTTACTTAAAATCAA-TAGTGAGCTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
1 AAAATATAAAAACAATTAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
* ** * ** **** ***
2443 AGGGC-TTCGAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCAATAATGAAT-GACTTTTTTTT
65 AAGGCTTTC-AAAGTTATGGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGACTTTTGACT
* * *
2506 CATGTTTCCTATGACAGACATTCAATTACAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACT
129 CATGTTTCCGATGACAAACATTCAATTACAAAATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACT
* * * *
2571 TAAAATCAATTATAATATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAGGCATGGGTCAC
194 AAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAAGGCATGGGTCAC
* * **
2636 CACAAATGGGCTTTTCTTGTCAATACATGACTTTTTATTTATGTTTCTCAAGGTAGACATTGAAT
259 CACAAATGGACTTTTCTTGTCAATACATGACTTTTTATTCACATTTCTCAAGGTAGACATTGAAT
* * * *
2701 TTTAATCTATTTTAATTGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATAGTGAAATTATAAAAC
324 TTTAAACTATATTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATAGTGAAATTATAAAAC
* * *
2766 CATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGAATTTTCTTTTCAAT
389 CATTTAAAGCAAGAAACAAGGCTTTGGAAGGCATAGGTGACTATAAATTGAATTTTCTTGTCAAT
* * * * * * *
2831 TAATGGCTTTTTCCTCATGTTTCCCAAGGTAAACACTTAATTATAATCTATTTTAGCAA
454 TAATGACTTTTTCCTCATATTTCCCAAGGCAAACACTCAATGATAAACTATTTTAACAA
* * *
2890 AAAATGTAAAAACAATTAACTTAAAATTAATTATGCGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATA
1 AAAATATAAAAACAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATA
* * **
2955 AGGCTTTGAAAGTTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTGATGAATAGACTTTTGACTCA
66 AGGCTTTCAAAGTTATGGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGACTTTTGACTCA
* *
3020 TGTTTCTCGA-GACAAACATTCAATTACAAAATATTTTGATCAGAAATGT-AAAAAGTTCAACTA
131 TGTTTC-CGATGACAAACATTCAATTACAAAATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTA
********** *
3083 AAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAANNNNNNNNNNTTTCAAAGGCATGGGTGA
195 AAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT--AAGGCATGGGTCA
* * ** *
3148 CTACAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA-ATGACTTTTTCTTCACATTTCT-TGGGTAGATATTGA
258 CCACAAATGGACTTTTCTTGTCAAT-ACATGACTTTTTATTCACATTTCTCAAGGTAGACATTGA
* * * *
3211 ATTTTAAACTGTATTAACTAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATCA-TGAGATTATAA
322 ATTTTAAACTATATTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCAAT-AGTGAAATTATAA
* * *
3275 AACCATTTAAAGCGAGCAACAAGGCTTTGGAAGGCCTAGGTGACTATAAATT-AACTTTTCTTGT
386 AACCATTTAAAGCAAGAAACAAGGCTTTGGAAGGCATAGGTGACTATAAATTGAA-TTTTCTTGT
** ** * *
3339 CAATTAATGACTTTTTGTTCATATTTCTTAGGGCAAACACTCAATGATAAACTGTTTTAACTAA
450 CAATTAATGACTTTTTCCTCATATTTCCCAAGGCAAACACTCAATGATAAACTATTTTAAC-AA
* * ***
3403 AAAA-AT-AAAACATATTCATCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-ACGANNN
1 AAAATATAAAAACA-ATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTA
******* * **
3465 NNNNNNNTTTCAAAGGCTT-T-GGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGGAT-TTCTTTTG
63 ATAAGGCTTTCAAA-G-TTATGGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGACTTTTG
** ** * *** * * * ** *
3527 TGTCATGTTTTTTGAAG-TTGAGATTCAATTATAATATATTTTAAGT-AAAAAAATAAAAACAAT
126 ACTCATG-TTTCCGATGACAAACATTCAATTACAAAATATTTTAA-TCAAAAATGTAAAAA-AGT
* * * * * **
3590 TCAACTTAAAAA-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGCAATAAGGCTTAGGAAGAT
188 TCAAC-TAAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT--TAAGGC
* * * * * * * **
3654 ATAGGTAACTATAAATGGACTTTTCTT-ACTAATGA-ATGATTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
250 ATGGGTCACCACAAATGGACTTTTCTTGTC-AAT-ACATGACTTTTTATTCACATTTCTCAAGGT
* * * * * * * * * *
3717 AGGCTTTCAATTATAATA-TATTTTATCTAAAAGTATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTA-T
313 AGACATTGAATTTTAA-ACTATATTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCAA-TAGT
********** * * * * * * *
3780 NNNNNNNNNNAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATCGGTGACTATAAATAGGC
376 GAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGAAACAAGGCTTTGGAAGGCATAGGTGACTATAAAT-TGA
** * * *** * * **
3845 ATTTT-TTACCAATGAAT--CGTGTTTTCCTCATGTTTCTTGAGGTAAACACTCAATTATACTCT
440 ATTTTCTTGTCAATTAATGAC-T-TTTTCCTCATATTTCCCAAGGCAAACACTCAATGATAAACT
* **
3907 GTTTTAATGA
503 ATTTTAACAA
* * * ** *
3917 AAAATGTAAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAGT
1 AAAATATAAAAACAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
* * * * * ** *
3982 AAGACTTTCAAAGGCT-TGGGTGACCACAAATGGACTTTT-TGTGCCAATGGGT-GGCTTTTG-C
65 AAGGCTTTCAAA-GTTATGGGTGACTATAAAGGGACTTTTCT-TGCCAATGAATAGACTTTTGAC
** * * * * * * * * *
4043 ATCACATTTCCTCAAG-TAGACATTTAATTATAATATATTGTAA-CAAAAAATGTTAAACAA-TT
128 -TCATGTTTCC-GATGACAAACATTCAATTACAAAATATTTTAATC-AAAAATG-TAAAAAAGTT
* * * * **
4105 CAACTTAAAATCAACTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
189 CAACTAAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
4161 CAAAGGCTTG
Statistics
Matches: 1408, Mismatches: 319, Indels: 112
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 2 0.00
511 322 0.23
512 304 0.22
513 161 0.11
514 330 0.23
515 270 0.19
516 18 0.01
517 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (512 bp):
AAAATATAAAAACAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATA
AGGCTTTCAAAGTTATGGGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGACTTTTGACTCA
TGTTTCCGATGACAAACATTCAATTACAAAATATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTAA
AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAAGGCATGGGTCACCA
CAAATGGACTTTTCTTGTCAATACATGACTTTTTATTCACATTTCTCAAGGTAGACATTGAATTT
TAAACTATATTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCAATAGTGAAATTATAAAACCA
TTTAAAGCAAGAAACAAGGCTTTGGAAGGCATAGGTGACTATAAATTGAATTTTCTTGTCAATTA
ATGACTTTTTCCTCATATTTCCCAAGGCAAACACTCAATGATAAACTATTTTAACAA
Found at i:3707 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 369--4211 Score: 2134
Period size: 171 Copynumber: 22.5 Consensus size: 171
359 NNNNNNNNNN
* * * * ** **
369 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGCCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATAAA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * *
434 CTTTTCTTGGCAATGGATGGCTTTTGCATT-ATATTTCTTGAAGTAGGCATTCAATTATAATATA
66 CTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTC-TTCATGTTTTTTGAAGTAGACATTCAATTATAATATA
* * * *
498 TTGTAAGC-AAAAATGTAAACAACTTCAACTTAAAATCAATTA
130 TTTTAA-CTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
540 TGAGATTATAAAACCATTTCATA-CAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGATTATAAATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
** * * * * ** *
604 ACTTTTCTTACCAATGGAT-AGCTTGTACATT-ACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTA-ACAT
65 ACTTTTCTTGTCAATGAATGA-CTTTTTC-TTCATGTTTTTTGAAGTAGACATTCAATTATA-AT
* * * * * *
666 TTATTGTATCCAAAAATGTAAAAAAAGTT-AACTTCAAATCAATTCA
127 ATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATT-A
* * * * * * *
712 -GAGATTATAAAATCGTTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGAATATAAATAGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * * *
776 CTTTTTTTTGCCAATAAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCG-AGCTAGACATTGAATTTTAATCT
66 C-TTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTTGAAG-TAGACATTCAATTATAATAT
* * *
840 GTTTTAACTAAAAAT-GAAAAAAA-TCAACTGAAAATCAATTA
129 ATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * ** * * * *
881 TAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATAGGTGACTACAGATGAA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * ** * * * * *
946 CTTTTCTTATCAATGAAAGGCTTTTTCTTTACATCTCTTGAGGTAGACATTGAATTTTAATATAT
66 CTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTTGAAGTAGACATTCAATTATAATATAT
* *
1011 TTTAACCAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAA-TA
131 TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * *
1051 GTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGCAGTAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTTACTATAAATAG
1 -TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAAT-G
** * * * * * **
1116 G-CTTTTCTCATTAATGAATGACTTTTT-TTCATGTTTTCCATG-A-CAGATATTTAATTATGGT
64 GACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTT--TTGAAGTAGACATTCAATTATAAT
* * *
1177 ATATTTTAA-TAAAAAATGTAAACAAATTCAATTTAAAATCAATTA
127 ATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
********** *
1222 TGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGAGTG---AT---TGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGCATGGGTGACTATAAATGG
*** * * * * * * * * * *
1280 ACTTTTCTCACCAATAAATCA-TATTTTCTTCACGTTTCTAGAGGTAAATAATT-AATTATACTC
65 ACTTTTCTTGTCAATGAATGACT-TTTTCTTCATGTTTTTTGAAGTAGA-CATTCAATTATAATA
* * * * ** *
1343 TGTTTTAATTAAAAATGTAAAACAATTTGACTTAAAATTAATTA
128 TATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
********** * * * *
1387 TGAGATTNNNNNNNNNNTTAAA-CTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGGGTAACTATAAATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * * * * *
1451 ACTTTTCTTG-CTAATGAATGTCTTTTTCTTCAGGTTTCTAGAGGTACACACTAAATT-TCAATC
65 ACTTTTCTTGTC-AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTTGAAGTAGACATTCAATTAT-AATA
*
1514 TATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAA-TA
128 TATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
1556 GTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGATTAATAAGGCTTTCG-AGGGCATGGATGACTATAAGTA
1 -TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * * * ** * *
1620 GACTTTTCTCGTTAAGGATTAACTTTTTCATCATGTTTCCCATG-A-CAGACATTCAATCA-AAT
64 GACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT--TTTGAAGTAGACATTCAATTATAAT
* * *
1682 ATATTTTAA-TCAAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATTAATTA
127 ATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * * *
1727 TAAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTATTAAGGCTTTCAAAGGTATAGGTGACTACAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * ********** * * * *
1792 TTTTTCTTGTCAATGCATGGCTTTTTCATCATGTTTCTNNNNNNNNNNATTGAATTTTAATCTGT
66 CTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTTGAAGTAGACATTCAATTATAATATAT
* * * *
1857 TTTAATTGAAAATATAAAAAAATTTAACTTGAAATCAA-TA
131 TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
1897 GTGAGGTTATAAAACCGTTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATTG
1 -TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAA-TG
* ** * *** * * *
1962 AACTTTT-TTACCAATTAATGACTTTTTCTTCATG-TTTCCCAAGGCAAACACTCAATTATAATA
64 GACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTTGAA-GTAGACATTCAATTATAATA
* * *
2025 TGTTTTAA-TAAAAAATATAAATAAATTCAACTTAAAATCAATAA
128 TATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
********** * ** *
2069 TGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTGAAACCCATGGGTGACTATAAATGAA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
** * * ** * *** * * *
2134 CTTTTCTCATCGATAAATAGACCGTTTGTTCATG-TTTCCCAAGACAAACATTCAATTATAGTAT
66 CTTTTCTTGTCAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTTTTGAAG-TAGACATTCAATTATAATAT
* * * *
2198 ATTTTAA-TCATAAATGTAAAAAAACTCAACTGAAAATCAATTA
129 ATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * * *
2241 TAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAACGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTACAAATGAA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
* ** * * * * * * * *
2306 CTTTTCTTGTCAGTGAATGGGTTTTTCTTTACGTTTCTT-AAGGTAGATATTAAATTTTAATCTG
66 CTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTTGAA-GTAGACATTCAATTATAATATA
* * *
2370 TTTTAACCAAAAACATAAAAAAAATT-TACTTAAAATCAA-TA
130 TTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * *
2411 GTGAGCTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAGGGCTTCGAAAGGCATGAGTGACTATAAATAG
1 -TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
** * * * *
2476 ACTTTTCTCAAT-AATGAATGACTTTTTTTTCATGTTTCCTATG-A-CAGACATTCAATTACAAT
65 ACTTTTCT-TGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT--TTTGAAGTAGACATTCAATTATAAT
* *
2538 ATATTTTAA-TCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTA
127 ATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * * * *
2583 TAATATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT--TAGGCATGGGTCACCACAAATGGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * *
2646 CTTTTCTTGTCAAT-ACATGACTTTTTATTTATG-TTTCTCAAGGTAGACATTGAATTTTAATCT
66 CTTTTCTTGTCAATGA-ATGACTTTTTCTTCATGTTTTTTGAA-GTAGACATTCAATTATAATAT
* * * *
2709 ATTTTAATTGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAACCAA-TA
129 ATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
2751 GTGAAATTATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATTG
1 -TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * *** * *
2816 AATTTTCTTTTCAATTAATGGCTTTTTCCTCATG-TTTCCCAAGGTAAACACTT-AATTATAATC
65 ACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTTGAA-GTAGACA-TTCAATTATAATA
* * * *
2879 TATTTTAGCAAAAAATGTAAAAACAATT-AACTTAAAATTAATTA
128 TATTTTAACTAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA
* * **
2923 TGCGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTGAAAGTTATGGGTGACTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * *
2988 CTTTTCTTG-CTGATGAATAGACTTTTGAC-TCATGTTTCTCG-AGACAAACATTCAATTACAAA
66 CTTTTCTTGTC-AATGAAT-GACTTTT-TCTTCATGTTTTTTGAAG-TAGACATTCAATTATAAT
* * * * *
3050 ATATTTTGA-TCAGAAATGT-AAAAAGTTCAACTAAAAATCAATTA
127 ATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * ********** * *
3094 TAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAANNNNNNNNNNTTTCAAAGGCATGGGTGACTACAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
** * * * * * *
3159 CTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTTG-GGTAGATATTGAATTTTAA-ACTG
66 CTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTTGAAGTAGACATTCAATTATAATA-TA
* * * *
3222 TATTAACTAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATCA
130 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * **
3264 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAACAAGGCTTTGGAAGGCCTAGGTGACTATAAATTAA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * * *
3329 CTTTTCTTGTCAATTAATGACTTTTTGTTCATATTTCTT-AGGGCAAACACTCAATGATAA-ACT
66 CTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTTGA-AGTAGACATTCAATTATAATA-T
* * * *
3392 GTTTTAACTAAAAAAATAAAACATATTCATCTTAAAATCAATTA
129 ATTTTAACTAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * ********** * * * *
3436 TGAGATTATAAAACTATTTAAAACGANNNNNNNNNNTTTCAAAGGCTTTGGTGACTATAAAGGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
* * ** * * *
3501 CTTTTCTTGCCAATGGATTTCTTTTGT-GTCATGTTTTTTGAAGTTGAGATTCAATTATAATATA
66 CTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTT-TCTTCATGTTTTTTGAAGTAGACATTCAATTATAATATA
* * *
3565 TTTTAAGTAAAAAAATAAAAACAATTCAACTTAAAAACAATTA
130 TTTTAACTAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * ** * *
3608 TGAGATTATAAAACCATTTCAAGCGAGCAATAAGGCTTAGGAAGATATAGGTAACTATAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * * *
3673 CTTTTCTT-ACTAATGAATGATTTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGGTAGGCTTTCAATTATAATAT
66 CTTTTCTTGTC-AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTTGAA-GTAGACATTCAATTATAATAT
* * *
3736 ATTTTATCTAAAAGTATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTA
129 ATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
********** * * *
3779 TNNNNNNNNNNAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATCGGTGACTATAAATAGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GG
** * * * * * *
3844 -CATTTT-TTACCAATGAAT--CGTGTTTTCCTCATGTTTCTTGAGGTAAACACTCAATTATACT
65 AC-TTTTCTTGTCAATGAATGAC-T-TTTTCTTCATGTTTTTTGAAGTAGACATTCAATTATAAT
* * * **
3905 CTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTA
127 ATATTTTAACT-AAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * *
3951 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAGTAAGACTTTCAAAGGCTTGGGTGACCACAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
* ** * * * ** ** * *
4016 CTTTT-TGTGCCAATGGGTGGCTTTTGCATCACATTTCCTCAAGTAGACATTTAATTATAATATA
66 CTTTTCT-TGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTTGAAGTAGACATTCAATTATAATATA
* * * * * *
4080 TTGTAACAAAAAATGTTAAACAATTCAACTTAAAATCAACTA
130 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
4122 TGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGA-TAATAAAT-G
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACT-ATAAATGG
* * *
4185 ACCTTTTCTTGTTAATGGATAACTTTT
65 A-CTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTT
4212 GTAACACCCT
Statistics
Matches: 2800, Mismatches: 742, Indels: 260
0.74 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
163 4 0.00
164 22 0.01
165 95 0.03
166 7 0.00
167 3 0.00
168 11 0.00
169 235 0.08
170 526 0.19
171 1250 0.45
172 635 0.23
173 11 0.00
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA
CTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTTGAAGTAGACATTCAATTATAATATAT
TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
Done.