Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401810.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4917.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7719
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.10, T:0.30
Warning! 1503 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:807 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 396--1807 Score: 978
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 170
386 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
396 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAACCGAGTAATAATGCTTTTGAAAGCATAG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGG
* * * * * * **********
461 GTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATAGATATCTTTTTCTTCACGTTTNNNNNNNNNNACAT
66 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACAT
* *** *
526 TCAATTATAATCTGTTTTAA-AAACGCTGTAAAAAGAA-TC
131 TCAATTATAATCTCTTTTAATAAAAAATATAAAAA-AATTC
* * *** * * *
565 AACTTAAAATCAATTATAAGAGTATAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAATATTTTTGAAAGCATG
1 -ACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATG
* **
630 GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTTCCAATGGATATCTTTTTCTTTATATTTCTCGAGGTAGACA
65 GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACA
* * * *
695 TTCAATTATTATCTCCTGTAATCAAAAATATAAAAAAATGTC
130 TTCAATTATAATCTCTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAT-TC
* * * * * * *
737 ACTTAAAATCCATTATGAGAGTATAAAACTATTTCAAGCGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGTGTAG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGG
* * * **
802 GTGACTATAACTGGACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTCT-CGTTTC-CTAAGGCGGAC
66 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTT-TACGTTTCTC-GAGGTAGAC
* *
865 ATTCACTTATTATCTCTTTTAACTAAAAAA-ATAAAAAAATTC
129 ATTCAATTATAATCTCTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTC
********** * * * * *
907 AACTTNNNNNNNNNNATGAGATTATAAAAGTATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTCCGAAGGCATG
1 -ACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATG
* * * * * * *
972 GGTGACTATAACTGGACCTTTCTTACTAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGATAGACA
65 GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACA
* * * *
1037 TTAAATTACAATCTGTTTTAATAAAAAATCTAAAAAAATTC
130 TTCAATTATAATCTCTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
* ********** * * * *
1078 AACTTTAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTCGATA-GCAT
1 -ACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGTAT
* * ** * *
1142 GGGTGACTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATGGATATCCTTTTCTCCACGTCTCTCAAGGTAGA
64 GGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGA
* * * * * *
1206 TATTCTATTATAATTTGTTTTAAGAAAAAATATAAAAAAATTTA
128 CATTCAATTATAATCTCTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA-TTC
* ** *
1250 ACTTGAAATTTATTATGAG-GTTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATC
1 ACTTAAAATCAATTATGAGAG-TATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATG
* * * * * * * * *
1314 AGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATATCTTTTTTTTTCACATTTCTCGAGATAAAT
65 GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTT-ACGTTTCTCGAGGTAGAC
* * * *
1379 ATTTAATTATAACCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTA
129 ATTCAATTATAATCTCTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA-TTC
* * *
1422 ACTTACAATCAGTTATGAG-GTTATAAAATTATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGTATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGAG-TATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATG
* * ** *
1486 GGTGGCTATAAAT-AGACTTTTCTTACCAATGGATAT-TTTTTCTTCT-CGTTTCTTGAGACAGG
65 GGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTT-TACGTTTCTCGAGGTAGA
** * * ** * *
1548 CATTCAATTATTTTCTGTTTAAAGCAAAAATATAAAAACATTT
128 CATTCAATTATAATCTCTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
* * ********** * * *
1591 AGCTTAAAATTAATTATGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAACGCATG
1 A-CTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATG
* * * * * ** *
1656 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAGATATCTTTTTGTTCT-TGTTTCTTAAGATAGAC
65 GGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTT-TACGTTTCTCGAGGTAGAC
* * * * *
1720 ATTTAATTATAATCTATTTTAATAAAAAGTTTAAAAAAATTTA
129 ATTCAATTATAATCTCTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA-TTC
* * *
1763 ACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAATCATTTAAAGCGAGTAA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAA
1808 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 968, Mismatches: 250, Indels: 47
0.77 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 249 0.26
171 562 0.58
172 154 0.16
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGG
GTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCTCGAGGTAGACAT
TCAATTATAATCTCTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTC
Found at i:2308 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 2088--2397 Score: 347
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
2078 GATTAAAATT
* * * * * * *
2088 AATTATGAGTTTATAAAATCATTTAAATCGAATAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGGCTGTAA
1 AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAATAACAAGACTTACGAAGGCATGAGTGACTATAA
* * * *
2153 ATTGACTTTT-TTGCCAATGGATATC-TTTTTCTTCACTTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATT
66 ATGGACTTTTCGTGCCAATGGATATCTTTTTTCTTCACATTT-TCAAGGCAGACATTCAATTATA
2216 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACCNNNNNNNNNNAATC
130 ATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACC----------AATC
* *
2258 AATTATGAGATTATAAAAAT-ATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTACGAAGGCATGAGTGACTATA
1 AATTATGAGATTAT-AAAATCATTTAAAACGAATAACAAGACTTACGAAGGCATGAGTGACTATA
* * *
2322 AATGGACTTTTCGTGCCAATGGATATCTTTTTTTTTCACATTTTCGAGGTAGACATTCAATTATA
65 AATGGACTTTTCGTGCCAATGGATATCTTTTTTCTTCACATTTTCAAGGCAGACATTCAATTATA
2387 ATCTGTTTTAA
130 ATCTGTTTTAA
2398 TAAAAAATTT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 16, Indels: 5
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 59 0.49
171 49 0.40
172 13 0.11
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAATAACAAGACTTACGAAGGCATGAGTGACTATAA
ATGGACTTTTCGTGCCAATGGATATCTTTTTTCTTCACATTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAA
TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACCAATC
Found at i:2662 original size:341 final size:330
Alignment explanation
Indices: 2028--3145 Score: 718
Period size: 342 Copynumber: 3.3 Consensus size: 330
2018 ATGTTTCTTG
* * * * *
2028 AGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTTAGA-TTAAAATTAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATTTAAAAAAATCTA-ACTTAAAATCAAT
** * * * * * * * * *
2091 TATGAGTTTATAAAATCATTTAAATCGAATAATAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGGCTGTAAATT
65 TATGAGAGTAT--AATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATCGGTGACTATAAATA
* * * * * * *
2156 GACTTTT-TTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCAC-TTTTCTCA-AGGCAGACATTCAATTATTAT
128 GACTTTTCCTGCCAATGGATATATGTTTCTTCACGTTTT-T-AGAGGTAAACATTTAATTATAAT
** ** *
2218 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACCNNNNNNNNNNAA-T-CAATTATGAGATTATAAAAATATT
191 CTACTTTAATAAAAAATATAAAAA------------AATTACAATTATGAGATTATAAAAATATT
* * * * *
2281 TAAAACGAGTAACAAGGCTTACGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGAT
244 TAAAACGAGTAACAAGACTTACGAACGCATGAGTGACTATAAATAGAATTTTCGTGCCAATAGAT
*
2346 ATCTTTTTTTTTCACATTT-TCG
309 ATC-TTTTTTTTCACATTTCTCA
*
2368 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATTTTAAAAAATC-AACTTAAAATCAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATTTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATT
* ******** *
2432 CTGANNNNNNNNNNTCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATCGGTGACTATAAATGG
66 ATGA--GAGTATAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATCGGTGACTATAAATAG
* * *
2497 ACTTTTCCTGCCAATGGATATCTGTTTCTTCACGTTTCTT-GAGGTAAATATTTGATTATAATCT
129 ACTTTTCCTGCCAATGGATATATGTTTCTTCACGTTT-TTAGAGGTAAACATTTAATTATAATCT
*
2561 ATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTANNNNNNNNNNCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA
193 ACTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTA----------CAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAA
* * * * *
2626 GCGAGTAACAAGACTTTCGAACTCATGGGTGACTATAAATAGAATTTTCTTGCCAATAGATATCT
248 ACGAGTAACAAGACTTACGAACGCATGAGTGACTATAAATAGAATTTTCGTGCCAATAGATATCT
*
2691 TTTTTTTCACGTTTCTCA
313 TTTTTTTCACATTTCTCA
********** * *
2709 AGGTAGACATNNNNNNNNNNTCTGTTTTAATAAAAAATTTAAAAAAATCTAATTTAAAATTAATT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATTTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATT
******** * *
2774 ATGAGAGTATAANNNNNNNNNNAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATCGGTGACTATAAATAG
66 ATGAGAGTATAA--TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATCGGTGACTATAAATAG
* * *
2839 ACTTTTCCTGCCAATGGATATATTTTTCTTTACGTTTTTAGAGGTAGACATTTAATTATAATCTA
129 ACTTTTCCTGCCAATGGATATATGTTTCTTCACGTTTTTAGAGGTAAACATTTAATTATAATCTA
2904 CTTTAATAAAAAATATAAAAANNNNNNNNNNAAAATT--AATTATGAGATTAT-AAAATCATTTA
194 CTTTAATAAAAAATAT--AAA----------AAAATTACAATTATGAGATTATAAAAAT-ATTTA
*** * * ** * * * * * * * * *
2966 ACGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTAGAAATGGACTTTT-TTAACCAATGGATA
246 AAACGAGTAACAAGACTTACGAACGCATGAGTGACTATAAATAGAATTTTCGT-GCCAATAGATA
* *
3030 TCTTTTTCTTCTCATTTCTCA
310 TCTTTTTTTTCACATTTCTCA
** * * * * * *
3051 AGACAGACATTCAATTTTTATCTATTTTAACAAAACATATAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAAT
1 AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATTTAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAAT
*
3115 TATGAGATTATAATAACATTTAAAGCGAGTA
65 TATGAGAGTATAAT--CATTTAAAGCGAGTA
3146 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 604, Mismatches: 132, Indels: 82
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
329 2 0.00
330 1 0.00
339 1 0.00
340 106 0.18
341 205 0.34
342 279 0.46
343 1 0.00
344 3 0.00
354 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (330 bp):
AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATTTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATT
ATGAGAGTATAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATCGGTGACTATAAATAGAC
TTTTCCTGCCAATGGATATATGTTTCTTCACGTTTTTAGAGGTAAACATTTAATTATAATCTACT
TTAATAAAAAATATAAAAAAATTACAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAACGAGTAACAAGA
CTTACGAACGCATGAGTGACTATAAATAGAATTTTCGTGCCAATAGATATCTTTTTTTTCACATT
TCTCA
Found at i:3799 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3487--5928 Score: 2089
Period size: 171 Copynumber: 14.4 Consensus size: 171
3477 NNNNNNNNNN
3487 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-ATGATTATAA
1 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAA
* * * * ****
3550 AAATATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTNNNN
65 AAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
****** * *
3615 NNNNNNTATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCA
130 AATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
* * * * *
3657 AGTATAATCTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTGAAAATCAATTATAAGATTATAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * **********
3722 AACCTTTAAGGCGAGTAATAATGCTTTTGAAAGCANNNNNNNNNNTAAATGGACTTTTCTTGCCA
66 AACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * *
3787 ATGAAAATCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAGACATTCA
131 ATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
* **********
3828 ATTATAATCTGCTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAANNNNNNNNNNGATTATAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * *
3892 AATATTTAAAGCGAGTAATAA-------G---GCATGGGTCG-CTATAAACGGACTTTTCTTACC
66 AACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGT-GACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * * *
3946 AATGGATATATTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTTA
130 AATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
* * * * *
3988 ATTATAATCTATATTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * *
4053 ATCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCG-AAGATATCGGTGACCATAAATGGACTTTT-TCTGT
66 AACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGC
* * ** ** * * *
4116 CGATGGGTATCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGTTAAACATTTA
129 CAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
* * * * *
4159 ATTATAATTTGTTTTAAT-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGGTTA-CAA
1 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * ********** * *
4221 ATCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGNNNNNNNNNNTAGACTTTTCTTACCA
66 AACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * *
4286 ATGGATATCATTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGATATTTA
131 ATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
* ** * * * * * *
4327 ATTATTAA-ATGTTTT-ACCAAAAATGTAAATAAATTCAACTCAAAATTAATTTTAAGATTATAA
1 ATTA-TAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
4390 AAACCTTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAAGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
65 AAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
* * * *
4455 AATTGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTAA
130 AATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
* * * * *
4497 ATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTGAACTT-AAAGCTAATTATAAGGTTATAA
1 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAA
* * * * * * * * * *
4561 AATCATTTAAAGCTACTGAGAAGGCTTTCGAACGCATGGATGATTATAAATGGACATTTCCT-CT
65 AAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-
* * * * *
4625 CAATAGATATGTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCA
129 CAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
* *
4668 ATTATTATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
** * * * **
4733 AGTATTTAAAGCGAGTAGA-AAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGTA
66 AACATTTAAAGCGAGTA-ATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
*
4797 AATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTTA
130 AATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
* * * * * * *
4839 ATTATAATCAGTTTTCATAAAAAATATAAAAAAATTTAAATTTAAATCAATTATGAGGTTATTAA
1 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** * * * *
4904 ATCATTTAAAATGAGTAATAATGCTTTTGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
66 AACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * **
4969 ATGGATATCCTTTTCTACGTGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
131 ATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
* * * *
5010 ATTATAATATGTTTTAATAAAAAA-ATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** * *
5074 AACATTTAAAGTGAGTAATAATACTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGACA
66 AACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * *
5139 ATAGATATCTTTTTTTTCAAGTTTCTCGAAGTAGACATTCA
131 ATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
* * * * * *
5180 ACTGTAATTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCATTTATGAGATTATAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** * * * * * *
5245 ATCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTCCCA
66 AACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * * * * **
5310 ATGAATATGTTTTGCTTCATGTTTGT-GTTGACAGACATTCA
131 ATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCG-AGGTAGACATTCA
* * ** * * * * * *
5351 ATTATTATCTGGTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAATTTAATTATGTGATTAAAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * *
5416 AATATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTCGAAGGTATGCGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCA
66 AACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * * * *
5481 ATGGATATATTTTTCTTCTCATTTC-CTAATGCAGACATTCA
131 ATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTC-GAGGTAGACATTCA
* * * * * ** *
5522 ATTATTATCTATTTTAGTCAAAAATGTAAAAATTTTTAACTTAAAATC-------A-A--ATAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * *
5577 AATATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTCCCA
66 AACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * * * *
5642 ATGAATATATTTTT-TTCATGTTTCTCAAGGCAGATATTCA
131 ATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
* * * * * * * *
5682 ATTATTATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAACATTTATCTTAAAATCAATTAAGAGATCATAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * *
5747 AATATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATCGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCA
66 AACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * *
5812 ATGGATATCTTTTTCTTAACGTTTCTAGAGATAGACATTCA
131 ATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
* * * * *
5853 AATATAATCTATTTTAATAAAGAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAA
1 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
*
5918 ATCATTTAAAG
66 AACATTTAAAG
5929 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1820, Mismatches: 406, Indels: 91
0.79 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
160 143 0.08
161 118 0.06
163 2 0.00
167 2 0.00
168 94 0.05
169 65 0.04
170 393 0.22
171 997 0.55
172 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
AACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
ATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
Found at i:5062 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 3487--5928 Score: 2109
Period size: 512 Copynumber: 4.8 Consensus size: 512
3477 NNNNNNNNNN
* * * * *
3487 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATATGATTATAAA
1 ATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAGGTTAT-AA
* * * * **
3551 AAT-ATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTT-CTNNN
65 AATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCT-CT
******* * * * *
3614 NNNNNNNTATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAAGTATAATCTGTTTTAATAAA
128 CAATAGATATCTTTTTCTTCATATTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAA
* * * * * * *
3678 AAATGTAAAAAGATTCAACTGAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACCTTTAAGGCGAGTAATAA
192 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * ********** * * * *
3743 TGCTTTTGAAAGCANNNNNNNNNNTAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAATCTTTTTCTTCACA
257 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACG
* * * * * * *
3808 TTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGCTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAA
322 TTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATCAGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAA
********** * *
3872 ANNNNNNNNNNGATTATAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAA-------G---GCATGGGTCG-C
387 ATTAATTATGAGATTAT-AAAATCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAAGTATGGGT-GAC
* * * * * *
3925 TATAAACGGACTTTTCTTACCAATGGATATATTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTTA
450 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATATTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCA
* * * *
3988 ATTATAATCTATATTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAA
1 ATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAGGTTATAAA
* * * * * * * *
4053 ATCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCGAAGATATCGGTGACCATAAATGGACTTTTTCTGTCG
66 ATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTCTCA
* * * ** * * * *
4118 ATGGGTATCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGTTAAACATTTAATTATAATTTGTTTTAAT-AAAAA
130 ATAGATATCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAA
* * * * *
4182 TGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGGTTA-CAAATCATTTAAAGCGAATAATAAGGC
195 TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* ********** * *
4245 TTTTGAAGGCATGGGNNNNNNNNNNTAGACTTTTCTTACCAATGGATATCATTTTCTTCACGTTT
260 TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTT
* * * * * * *
4310 CTCGAGGTAGATATTTAATTATTAA--ATGTTTT-ACCAAAAATGTAAATAAATTCAACTCAAAA
325 CTCGAGATAGACATTCAATTA-TAATCA-GTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAA
* * * * * *
4372 TTAATTTTAAGATTATAAAAACCTTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAAGCATTGGTGACTAT
388 TTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAAGTATGGGTGACTAT
* * * * *
4437 AAATGGACTTTTCTTGCCAATTGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTAA
453 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATATTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCA
* **
4497 ATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAGCTAATTATAAGGTTATAAA
1 ATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAGGTTATAAA
* * * * * *
4562 ATCATTTAAAGCT-ACTGAGAAGGCTTTCGAACGCATGGATGATTATAAATGGACATTTCCTCTC
66 ATCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTCTC
* * * *
4626 AATAGATATGTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAATAAAAA
129 AATAGATATCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAA
*
4691 ATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGT-ATTTAAAGCGAGTAGA-AA
194 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTA-ATAA
* * * **
4754 GGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGTAAATGGATATCTTTTTCTTCACG
257 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACG
* * * * * * *
4819 TTTCTCGAGGTAGACATTTAATTATAATCAGTTTTCATAAAAAATATAAAAAAATTTAAATTTAA
322 TTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATCAGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAA
* * * *
4884 ATCAATTATGAGGTTATTAAATCATTTAAAATGAGTAATAATGCTTTTGAAAGTATGGGTGACTA
387 ATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAAGTATGGGTGACTA
* ** * * *
4949 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATCCTTTTCTACGTGTTTCTCGAGGTAGACATTCA
452 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATATTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCA
* * *
5010 ATTATAATATGTTTTAATAAAAAA-ATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAA
1 ATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAGGTTATAAA
* ** ** **
5074 AACATTTAAAGTGAGTAATAATACTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGACA
66 ATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTCTCA
* * * * *
5139 ATAGATATCTTTTTTTTCA-AGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAACTGTAATTTATTTTAATAAAA
130 ATAGATATCTTTTTCTTCATA-TTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAA
* * ** *
5202 AATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCATTTATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAAAAAG
193 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * * * *
5267 GCTTTTGAAGGCATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTCCCAATGAATATGTTTTGCTTCATGT
258 GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGT
* * * * * * * * *
5332 TTGT-GTTGACAGACATTCAATTATTATCTGGTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAA
323 TTCTCG-AGATAGACATTCAATTATAATCAGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAA
* * * * * * * * *
5396 TTTAATTATGTGATTAAAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTCGAAGGTATGCGTGACT
387 ATTAATTATGAGATT-ATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAAGTATGGGTGACT
* * * *
5460 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATATTTTTCTTC-TCATTTC-CTAATGCAGACATTCA
451 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATATTTTTCTTCAT-ATTTCTC-GAGGTAGACATTCA
* * * * ** *
5522 ATTATTATCTATTTTAGTCAAAAATGTAAAAATTTTTAACTT--AA--AATCA-AA---TA-AAA
1 ATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAGGTTATAAA
* * * * *
5578 AT-ATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTCCCA
66 ATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTCTCA
* * * * *
5642 AT-GAATATATTTTT-TTCATGTTTCTCAAGGCAGATATTCAATTATTATCTATTTTAATCAAAA
130 ATAG-ATATCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAA
* * * * * *
5705 ATATAAAAACATTTATCTTAAAATCAATTAAGAGATCATAAAAAT-ATTTAAAGCAAGTAATAAG
194 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
5769 GCTTTCGAAGGTATCGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTCTTAACG
258 GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACG
* * * * * *
5833 TTTCTAGAGATAGACATTCAAATATAATCTA-TTTTAATAAAGAATTTAAAAAAATTCAACTTAA
322 TTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAATC-AGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAA
5897 AATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
386 AATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
5929 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1581, Mismatches: 310, Indels: 99
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
498 12 0.01
499 131 0.08
500 31 0.02
501 51 0.03
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504 4 0.00
505 2 0.00
506 1 0.00
508 3 0.00
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510 8 0.01
511 42 0.03
512 496 0.31
513 178 0.11
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (512 bp):
ATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAGGTTATAAA
ATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTCTCAA
TAGATATCTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAAT
ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
TTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTC
TCGAGATAGACATTCAATTATAATCAGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATTA
ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAAGTATGGGTGACTATAAA
TGGACTTTTCTTGCCAATGGATATATTTTTCTTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCA
Found at i:5128 original size:683 final size:673
Alignment explanation
Indices: 3487--5928 Score: 2316
Period size: 683 Copynumber: 3.6 Consensus size: 673
3477 NNNNNNNNNN
* *
3487 ATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATATGATTATAAA
1 ATTATAATCAGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATA-G-GT-T-AA
* * * * *****
3551 AATATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTNNNNN
62 AATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCA
***** * * * *
3616 NNNNNTATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAAGTAGACATTCAAGTATAATCTGTTTTAATAAAAAA
127 ATGGATATCATTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAA
* * * * *
3681 TGTAAAAAGATTCAACTGAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACCTTTAAGGCGAGTAATAATGC
192 -ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAATGC
* ********** * *
3746 TTTTGAAAGCANNNNNNNNNNTAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGAAAATCTTTTTCTTCACATT
256 TTTCGAAAGCATCGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATTG-ATATCTTTTTCTTCACGTT
* ** *
3810 TCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGCTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAAN
320 TCTTGAGGTAGACATTAAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAA
*********
3874 NNNNNNNNNGATTATAAAAAT-ATTTAAAG--C-GAGTAA-----T-AAGGCATGGGTCGCTATA
385 TAATTATGAGATTAT-AAAATCATTTAAAGTACTGAG-AAGGCTTTGAAGGCATGGGT-GCTATA
* * ** * * * *
3929 AACGGACTTTTCTTACCAATGGATATATTTTTCTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTTAATTATA
447 AATGGACTTTTCTT-CCAAT-GATATGTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATT
* * * * *
3994 ATCTATATTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAATCATT
510 ATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAT-ATT
* * * * * * *
4059 TAAAGCGAGTAATAACGCTTTCGAAGATATCGGTGACCATAAATGGA-CTTTTTCTGTCGATGGG
574 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCT-TGTCAATGGA
* * * *
4123 TATCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGTTAAACATTTA
638 TATCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTTA
** * *
4159 ATTATAATTTGTTTTAAT-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGGTTACAAA
1 ATTATAATCAGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGGTTA-AAA
* * ********** *
4222 TCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGNNNNNNNNNNTAGACTTTTCTTACCAA
64 T-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAA
* * * ** *
4287 TGGATATCATTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGATATTTAATTATTAA-ATGTTTTACCAAAAAT
128 TGGATATCATTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTA-TAATATGTTTTAATAAAAAA
* * * * * * *
4351 GTAAATAAATTCAACTCAAAATTAATTTTAAGATTATAAAAACCTTTAAAGTGAGTAATAATGCT
192 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAATGCT
* * *
4416 TTTGAAAGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATTGATATCTTTTTCTTCATGTTTC
257 TTCGAAAGCATCGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATTGATATCTTTTTCTTCACGTTTC
* **
4481 TTGAGGTAGACATTAAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAGCTA
322 TTGAGGTAGACATTAAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATA
* * * * *
4546 ATTATAAGGTTATAAAATCATTTAAAGCTACTGAGAAGGCTTTCGAACGCATGGATGATTATAAA
387 ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG-TACTGAGAAGGCTTT-GAAGGCATGGGTG-CTATAAA
* *
4611 TGGACATTTCCTCTCAATAGATATGTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATTAT
449 TGGACTTTTCTTC-CAAT-GATATGTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATTAT
*
4676 CTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAGTATTTA
512 CTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA-TATTTA
*
4741 AAGCGAGTAGA-AAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGTAAATGGATA
576 AAGCGAGTA-ATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGGATA
* *
4805 TCTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTTA
640 TCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTTA
* * * *
4839 ATTATAATCAGTTTTCATAAAAAATATAAAAAAATTTAAATTTAAATCAATTATGAGGTTATTAA
1 ATTATAATCAGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGGTTA--AA
** * * **
4904 ATCATTTAAAATGAGTAATAATGCTTTTGAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
63 AT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCA
* * *
4969 ATGGATATCCTTTTCTACGTGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAA
127 ATGGATATCATTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAA
* * * *
5034 ATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAATACT
192 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAATGCT
* * * * * *
5099 TTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGACAATAGATATCTTTTTTTTCAAGTTTC
257 TTCGAAAGCATCGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATTGATATCTTTTTCTTCACGTTTC
* * * * * * *
5164 TCGAAGTAGACATTCAACTGTAATTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAC-TCAAAATC
322 TTGAGGTAGACATTAAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-
* * * * *
5228 ATTTATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAAAAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGGCTATAA
386 AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGT-ACTGAGAAGGC-TTTGAAGGCATGGGT-GCTATAA
* * ** * *** *
5293 ATAGACTTTTCTTCCCAATGAATATGTTTTGCTTCATGTTTGTGTTGACAGACATTCAATTATTA
448 ATGGACTTTTCTT-CCAATG-ATATGTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATTA
* ** * * * *
5358 TCTGGTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAATTTAATTATGTGATTAAAAAAATATTT
511 TCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATT-ATAAAATATTT
* * * * *
5423 AAAGCGAGTAATGAGGCTTTCGAAGGTATGCGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATA
575 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGGATA
* * * * *
5488 TATTTTTCTTCTCATTTC-CTAATGCAGACATTCA
640 TCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGGTAGACATTTA
* * * * ** *
5522 ATTATTATCTA-TTTTAGTCAAAAATGTAAAAATTTTTAACTTAAAATCAA--ATA----AAAAT
1 ATTATAATC-AGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAGGTTAAAAT
* * * * *
5580 ATTTATAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTCCCAATG
65 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG
* * * * * * * * *
5645 AATAT-ATTTTTTTCATGTTTCTCAAGGCAGATATTCAATTATTATCTATTTTAATCAAAAATAT
130 GATATCATTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAT-AAAAAAAT
* * * * * * *
5709 AAAAACATTTATCTTAAAATCAATTA-AGAGATCATAAAAATATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
194 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATA-AGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAATGCTT
* * * * * *
5773 TCGAAGGTATCGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTCTTAACGTTTCT
258 TCGAAAGCATCGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATTGATATCTTTTTCTTCACGTTTCT
* * * * *
5838 AGAGATAGACATTCAAA-TATAATCTATTTTAATAAAGAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATTA
323 TGAGGTAGACATT-AAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATA
5902 ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
387 ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
5929 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1454, Mismatches: 274, Indels: 83
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
668 1 0.00
669 157 0.11
670 118 0.08
671 35 0.02
672 59 0.04
673 249 0.17
674 14 0.01
676 1 0.00
678 1 0.00
679 2 0.00
680 216 0.15
681 16 0.01
682 40 0.03
683 534 0.37
684 11 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (673 bp):
ATTATAATCAGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAGGTTAAAATA
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGG
ATATCATTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAAATAA
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCG
AAAGCATCGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATTGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGA
GGTAGACATTAAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAATAATTA
TGAGATTATAAAATCATTTAAAGTACTGAGAAGGCTTTGAAGGCATGGGTGCTATAAATGGACTT
TTCTTCCAATGATATGTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAA
TAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGTCAATGGATATCTTTTTCTTC
ACATTTCTCAAGGTAGACATTTA
Found at i:7241 original size:151 final size:151
Alignment explanation
Indices: 6958--7244 Score: 384
Period size: 151 Copynumber: 1.9 Consensus size: 151
6948 TTATAATCTT
* * *
6958 ATAATTGATTTTAAGTTCAATATTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGC
1 ATAATTGAATTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-C
* * * *
7023 ATTAGGAAACGAGAAGAAAAATATATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCT
65 ATAAGCAAACGAGAAGAAAAACATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCT
7088 TCGAAATAATTTTTTTAATCAC
130 TCGAAATAATTTTTTTAATCAC
* *
7110 ATAATT-AATTTAAGTTAAAT-TGTTTTACATTTTTGGTTAAACCAGATAATAATTGAATGTCT-
1 ATAATTGAATTTAAGTTAAATAT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTC
* * *
7172 ATCAAGACAAAC-ATGAAGCAAAACATATCCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
65 AT-AAG-CAAACGA-GAAGAAAAACATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA
*
7236 TCTTCGAAA
127 CCTTCGAAA
7245 GCCTTTTTAC
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 13, Indels: 9
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
149 2 0.02
150 4 0.03
151 106 0.90
152 6 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (151 bp):
ATAATTGAATTTAAGTTAAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTCA
TAAGCAAACGAGAAGAAAAACATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTT
CGAAATAATTTTTTTAATCAC
Done.