Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401814.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4920.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 649
Length: 1082
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Found at i:316 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1077 Score: 1279
Period size: 171 Copynumber: 6.3 Consensus size: 171
* * * * *
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAACCAAACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAACAGATTATAA
*** * * * *
66 TTGAACACCTACCTCATGAAACATGAAGAAAAAAACATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGG
66 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
131 TC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTGCTCGTTTTAAATGG
131 TCATC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *
172 TTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTCCATTTTTGGATAAAACAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGATAAAACAGATTATA
* * * ** * * *
237 ATTGAATGTCTACC-CTAAAAAACCTGAAGAGAAAGGTATTCATTAGCAACAAAAGTCTATTTAT
65 ATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
301 AGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
129 AGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * * * *
344 TTTTTTAATGTCATAATTGATTTTAGGATCATTTTTTTTTAAATTATT-GATTAAAACAGATTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGGA-TAAAACAGATTAT
**
408 AATCT-AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTA
64 AAT-TGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
471 TAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAACGA
128 TAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
515 TTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAACAGATTATAA
* * *
580 TTGAATGCCTACCTCATGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
66 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
645 TC-TCTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATGG
131 TCATC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *
686 TTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGATTA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA---TTTTTTTACATTTTTGGATAAAACAGATTA
* * **
751 TAATTGAATATCCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
63 TAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
816 TAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGG
128 TAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * *
860 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTATA-TTTTGGATTAAAACAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGA-TAAAACAGATTATA
* * * * * * *
924 ATTGAATGTCTATCTCATGAAACACGAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAATGTCCGTTTATA
65 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * **
989 GTCATCTATTCCTTCAAAAGCCTAACAACTCGCTTTAAATGG
130 GTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * *
1031 TTTTAGAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAA-GTTTTTAGATTTTTG
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
1078 ATTAA
Statistics
Matches: 768, Mismatches: 121, Indels: 34
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 80 0.10
171 334 0.43
172 197 0.26
173 5 0.01
174 150 0.20
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGATAAAACAGATTATAA
TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
Found at i:915 original size:345 final size:346
Alignment explanation
Indices: 1--1068 Score: 1374
Period size: 345 Copynumber: 3.1 Consensus size: 346
* * * *
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAGCTAAACCAAACTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTAT
* * * *
64 AATTGAACA-CCTACC-TCATGAAACATGAAGAAAAAAACATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
66 AATTGAATATCC-ACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * * *
127 ATGGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCCTATTGCTCGTTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGA
129 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGA
192 TTTTAAGTTGAATTGTTTT-TCCATTTTTGGA-TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-CTA
194 TTTTAAGTTGAATTGTTTTAT--ATTTTTGGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-A
** * * * * *
254 AAAAACCTGAAGAGAAAGGTATTCATTAGCAACAAAAGTCTATTTATAGTCATC-CATTCCTTCA
256 TGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTCATTCCTTCA
318 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
321 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * * * **
344 TTTTTTAATGTCATAATTGATTTTAGGAT-CATTTTTTTTTAAATTATTGATTAAAACAGATTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTAT
* *
408 AATCT-AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTA
66 AAT-TGAATATCCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
471 TAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAACGATTTTATAATATCAAAATTGAT
130 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGAT
* * * * *
536 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG-TTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCATGAA
195 TTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCATGAA
* *
600 ACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTCATTCCCTCAAAAG
260 ACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTCATTCCTTCAAAAG
* *
664 CCTTATTACTTGCTTGAAATGG
325 CCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *
686 TTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTTTTACATTTTTGGGTAAAACAGATTA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTA
751 TAATTGAATATCCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
65 TAATTGAATATCCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
816 TAGTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
130 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGAT
* *
881 TTTAAGTTCAATTGTTTTATA-TTTTGGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCATGAA
195 TTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCATGAA
* * * * *
945 ACACGAAGAAAAAGATATTCATTGACAAGAAATGTCCGTTTATAGTCATCT-ATTCCTTCAAAAG
260 ACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTCATTCCTTCAAAAG
* **
1009 CCTAACAACTCGCTTTAAATGG
325 CCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
1031 TTTTAGAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAAGTTTTT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1069 AGATTTTTGA
Statistics
Matches: 621, Mismatches: 89, Indels: 29
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 2 0.00
342 137 0.22
343 110 0.18
344 146 0.24
345 223 0.36
346 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (346 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTAT
AATTGAATATCCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATT
TTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCATGAAA
CATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCTCATTCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCGCTTTAAATGG
Done.