Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401832.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4939.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1855
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:934 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1855 Score: 1381
Period size: 171 Copynumber: 10.9 Consensus size: 171
* * * * * * * **
1 CAGATTATAATTAAATGTTTACGTCAAGAAACATGAAGAAAAGGACATTGATTGAAAAGAAAAGT
1 CAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAA-AACATTTATTGGTAAGAAAAGT
* * * * ** * *
66 CCATTTATTGTC-TC-CTAATCCTTCAAAAGCCTTATGACTCGTTTTATATGGTTTTATAAACTC
65 CTATTTATAGTCATCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* *********
129 ATAATTGATTTTAAGTTGAATNNNNNNNNNNTTTTT-GTTAAAA
129 ATAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTACTTTTTTGGTTAAAA
* * * ** * * *
172 CAGACTATAATTGAATGTTTACTTTGATAAACATGAAGAAAATGA-ATTCATTTGG-AAGAAAAG
1 CAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAA-AACATTTA-TTGGTAAGAAAAG
* ** ** * * *
235 TCTATTTATAGTCACCT-ATTCCTTGTAAAGCCTTATTGTTCACCTTAAATAGTTTTATGATCTC
64 TCTATTTATAGTCATCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * **
299 AAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTACTTTTTTGACTAAAA
129 ATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAA
* ** * * * * * *
342 TAGGTTATAATTGAATGTGTACATCAAGAGACATGAAGAAAAAAATATTTATTGGTAAGAAAAAT
1 CAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAACATTTATTGGTAAGAAAAGT
* * * * * * *
407 CTATTTACAGTC-TCTCATTCCTTGAAAAGCCCTATTACTCTA-TTTAAATAGTTTAATTATATC
65 CTATTTATAGTCATCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * *
470 AAAATTGATTTTATA-TTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTTAAA
129 ATAATTGATTTTA-AGTTCAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAA
* * * *
513 CAGACTATAATTAAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGT
1 CAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAG-AAAAAACATTTATTGGTAAGAAAAGT
* **
578 -TCATTTATAGT-ATCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTC
65 CT-ATTTATAGTCATCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * *
641 AAAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTTATATTTTTTGGTGAAAA
129 ATAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTTA-CTTTTTTGGTTAAAA
* ** * ** *
686 CAGATTATAATTGAATGTCTATCTCATA-AAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAG
1 CAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCA-AGAAACATGAAGAAAAA-ACATTTATTGGTAAGAAAAG
* * *
750 TCTATTTATAGTCATC-CACTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTC
64 TCTATTTATAGTCATCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* *
814 ATAATTGATTTTAAGTTCAATTATTTTCACGTTTTTGGTTAAAA
129 ATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTACTTTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * * * *
858 CAGATTATAATTGATTGTCTACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCAGTCATAGGCAAGAAAAGT
1 CAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTTATTGGTAAGAAAAGT
* * *
923 TTATTTATAGTC-TC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTC
65 CTATTTATAGTCATCTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * ** *
986 ATAATTGACTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTCTCATTAAAG
129 ATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAA
* * ** * *
1028 CATACTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGTAGAAAAATCCATTTATTTGG-AAGAAAAG
1 CAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTTA-TTGGTAAGAAAAG
* ** * ** * *
1092 TCTATTTATAGTC-TATCATTCCTTCAAAAATCTTATT-CTCGCTTTAAATAATTTT-TAATTTT
64 TCTATTTATAGTCATCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * *
1154 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA-TTTTTT-ATTAAAG
129 ATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAA
* * ** * * * * *
1196 CATACTATAAGT-AATG-CTTGCCTTGAGAAACGTGTAGAAAAATCTATTTATTTGGAAAAAAAA
1 CAGACTATAATTGAATGTC-TGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAC-ATTTA-TTGGTAAGAAAA
* *
1259 GTCTATTTATAGT-ATCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTT-TAATCT
63 GTCTATTTATAGTCATCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * *
1322 CATAATTGATTTTGAGCTGAATTTTTTTTA-TTTTTTAG-TAAAA
128 CATAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAA
* * ** * ** *
1365 CAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAAAAAACATCTAGAAAAACCTATTTATTTATAAGAAAAAT
1 CAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAC-ATTTATTGGTAAGAAAAGT
* * ** *
1430 CCATTTACAGT-ATCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTT-CAATCTCA
65 CTATTTATAGTCATCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
*
1493 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA-TATTTTT--TTAAAA
130 TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * * *
1532 TAGACAATAATTGAAT-ACTTGCCTCAAAAAACGTGTA-AAAAATCTTTTTATTTAG-AAGAAAA
1 CAGACTATAATTGAATGTC-TGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAC-ATTTA-TTGGTAAGAAAA
* * * * *
1594 GTCCATTGATAGTC-TCCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTCT-AATGGTTTTATTATC
63 GTCTATTTATAGTCATCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATGGTTTTATAATC
* * * ** ** *
1657 TCAAAATTGATTTTATGTTCAATTGTCTTTAAATTTTTAATTTAAA
127 TCATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTACTTTTTTGGTTAAAA
* * *
1703 TAGACTATAATTGAATG-CTTGCCTCATA-AAACATGTAA-AAAAATCCATTTATTTGG-AAAAA
1 CAGACTATAATTGAATGTC-TGCCTCA-AGAAACATG-AAGAAAAA-ACATTTA-TTGGTAAGAA
* * * * *
1764 AAATCCATTTAGAGTC-TCTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGG-TTTATAAT
61 AAGTCTATTTATAGTCATCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
1827 CTTAAAATTGA-TTTAAGCTCAATTTTTTT
126 CTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT
Statistics
Matches: 1390, Mismatches: 242, Indels: 106
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 67 0.05
167 105 0.08
168 87 0.06
169 188 0.14
170 257 0.18
171 328 0.24
172 216 0.16
173 136 0.10
174 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
CAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGAAAAAACATTTATTGGTAAGAAAAGTC
TATTTATAGTCATCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAA
Found at i:1718 original size:338 final size:336
Alignment explanation
Indices: 160--1854 Score: 1477
Period size: 338 Copynumber: 5.0 Consensus size: 336
150 NNNNNNNNNN
* * * * ** * * * *
160 TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACTTTGATAAACATGAAG-AAAATGAATTCATT
1 TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTCTGCCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAT-CATTCATT
* ** ** * *
224 TGG-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTGTAAAGCCTTATTGTTCACCTTAAATAGT
65 TGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
* ** * * **
288 TTTATGATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTACTTTTTTGACTAAAATAGGTTATAAT
130 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC-AATTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAGACTATAAT
* * * * * * ** *
353 TGAATGTGTACATCAAGAGACATGAAGAAAAAAATATTTATTGGTAAGAAAAATCTATTTACAGT
194 TGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGTAGAAAAACCTATTTATTTGTAAGAAAAATCTATTTACAGT
* * * * * *
418 CTCTCATTCCTTGAAAAGCCCTATTACTCTATTTAAATAGTTTAATTATATCAAAATTGATTTTA
259 CTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-TTTAAATGGTTT--TAATCTCATAATTGATTTTA
483 TA-TTCAATTTTTTTACA
321 -AGTTCAA-TTTTTTACA
* * * * * * *
500 TTTTTGGTTTAAACAGACTATAATTAAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCA-
1 TTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATCTCTGCCTCAAGAAACGTGTAG-AAAAATCATTCAT
* * **
564 TTGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTATCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATG
64 TTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * *
628 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTTTTATATTTTTTGGTGAAAACAGATTA
128 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TT-TTTTA-AATTTTTGATTAAAACAGACTA
** * * * ** * * *
693 TAATTGAATGTCTATCTCATAAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTA
190 TAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGTAGAAAAACCTATTTATTTGTAAGAAAAATCTATTTA
* * * *
758 TAGTCATC-CACTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGA
255 CAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TTTTAAATGG-TTT-TAATCTCATAATTGA
*
822 TTTTAAGTTCAATTATTTTCACG
316 TTTTAAGTTCAATT-TTTT-ACA
* * * * * * * *
845 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTACATCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCAGTCA-
1 TTTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATCTCTGCCTCAAGAAACGTGTAGAAAAA-TCATTCAT
* * * *
909 TAGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
64 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
* * * * * * * *
974 TTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTCTCATTAAAGCATACTATAAT
129 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAGACTATAAT
* ** * * * *
1039 TGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGTAGAAAAATCC-ATTTATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATAG
194 TGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGTAGAAAAA-CCTATTTATTTGTAAGAAAAATCTATTTACAG
* ** * ** * *
1103 TCTATCATTCCTTCAAAAATCTTATT-CTCGCTTTAAATAATTTTTAATTTTATAATTGATTTTA
258 TCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TTTTAAAT-GGTTTTAATCTCATAATTGATTTTA
* **
1167 AGTTGAATTTTTTTTA
321 AGTTCAATTTTTTACA
* * * * ** *
1183 TTTTTTATTAAAGCATACTATAAGT-AATGCT-TGCCTTGAGAAACGTGTAGAAAAATCTATTTA
1 -TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-CTCTGCCTCAAGAAACGTGTAGAAAAATC-ATTCA
* * * * *
1246 TTTGGAAAAAAAAGTCTATTTATAGTATCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATG
63 TTTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* * * * ** * *
1311 GTTTT-TAATCTCATAATTGATTTTGAGCTGAATTTTTTTTATTTTTTAGTAAAACAGACTATAA
128 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAGACTATAA
* * * *
1375 TTGAATGCCTGCCTCAAAAAACATCTAGAAAAACCTATTTATTTATAAGAAAAATCCATTTACAG
193 TTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGTAGAAAAACCTATTTATTTGTAAGAAAAATCTATTTACAG
*
1440 TATCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTCAATCTCATAATTGATTTTA
258 TCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-TTTTAAATGGTTTT-AATCTCATAATTGATTTTA
* *
1505 AGTTGAATTTTTTATA
321 AGTTCAATTTTTTACA
* * * * *
1521 TTTTT-TTAAAATAGACAATAATTGAATACT-TGCCTCAAAAAACGTGTA-AAAAATCTTTTTAT
1 TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAAT-CTCTGCCTCAAGAAACGTGTAGAAAAATC-ATTCAT
* * * * *
1583 TTAG-AAGAAAAGTCCATTGATAGTCTCCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTCT-AATG
64 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATG
* * * * *
1646 GTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTGTCTTTAAATTTTTAATTTAAATAGACTAT
128 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-T-TTTAAATTTTTGATTAAAACAGACTAT
* * * * *
1711 AATTGAATG-CTTGCCTCATAAAACATGTAAAAAAATCC-ATTTATTTGGAAAAAAAATCCATTT
191 AATTGAATGTC-TGCCTCAAAAAACATGTAGAAAAA-CCTATTTATTTGTAAGAAAAATCTATTT
* * * *
1774 AGAGTCTCTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTATAATCTTAAAATTGA-
254 ACAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCT-TTTAAATGGTTT-TAATCTCATAATTGAT
*
1838 TTTAAGCTCAATTTTTT
317 TTTAAGTTCAATTTTTT
1855 T
Statistics
Matches: 1116, Mismatches: 204, Indels: 73
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
335 54 0.05
336 56 0.05
337 193 0.17
338 246 0.22
339 12 0.01
340 31 0.03
341 60 0.05
342 168 0.15
343 17 0.02
344 136 0.12
345 142 0.13
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (336 bp):
TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTCTGCCTCAAGAAACGTGTAGAAAAATCATTCATTT
GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTG
AATGTCTGCCTCAAAAAACATGTAGAAAAACCTATTTATTTGTAAGAAAAATCTATTTACAGTCT
CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTAAATGGTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTC
AATTTTTTACA
Done.