Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397712.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1011.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 3035 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:579 original size:172 final size:172
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Indices: 1--1067 Score: 983
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 172
** * * * * *
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAATTTAAATATTT
1 CAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * * * * *
66 TTATATTTTTAGTTAAAATAGGTCATAATTGATTGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AGAAAGCC
66 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAAACC
* * * *
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131 ATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT
* * * *
172 CAAAAGTCTTACTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * *
237 TCACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTATGCC-TAGAGAAACATGAAGAAACAAA-
66 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAAAC
* * * *
300 TATTCATTGACTAGAGAAGTCCATTTATAGTTACTCATACCTT
130 CATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT
* * * * * * *
343 CGAAAGCGTTATTACCCT-CTTTAAATAGTTTTAAAATCTCGTAATTGATTTTAACTTGAATTTT
1 CAAAAGCCTTATTA-CTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
*** * * * * * *
407 TTTACATTTTTTACTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTAAGGAAACGTGAAAAAAAAAAT
65 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAAAC
* * * * * *
472 AATTTATT-AGTAAGAAAAGTCTACTTATAGTGAC-CTATTCCTT
130 CATTCATTGACT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTT
* * * * * *
515 TAAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTCATTTGAAGTTGAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * ** * *
580 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTGTTTTAGGAAACATGTAGAAAAAAGCC
66 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAAACC
* * * *
645 ATTCCTTGACTAGAAAAGCCCATTTAT-G-AACTCATGCCTT
131 ATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT
* * *
685 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTTAGTTGAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * *
750 TTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTCAATGTCTGCCTTAGGAAAC-TTAACG-AAAAAGC
66 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAA-GAAAAAAAC
* * * *
813 CATTCATTGGA-AAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCC-T
130 CATTCATT-GACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT
* * * * * *
855 CTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTCAATTTAAGTTAAATTTT
1 C-AAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
* ** * * *
920 TTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGCATTTTTGCCTT-GGAAAACATGAAG-AAAAA
64 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAA
* * * * * * * * *
983 GCTATTTATTGACTAAAAAAATCCATTTATATTCACTTATGCTTT
128 ACCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT
* ** * *
1028 CAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAGAATCTC
1 CAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
1068 GAAANNNNNN
Statistics
Matches: 722, Mismatches: 154, Indels: 39
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 29 0.04
170 116 0.16
171 299 0.41
172 271 0.38
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (172 bp):
CAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAAACC
ATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT
Found at i:982 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 1--1068 Score: 1182
Period size: 342 Copynumber: 3.1 Consensus size: 340
* * * * *
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAATTTAAATATTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAACTTGAATTTTT
* * ** * * * *
66 TTATATTTTTAGTTAAAATAGGTCATAATTGATTGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAGAAAGCCA
66 TTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * * * * *
131 TTCATAGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTACTACTTACTTTAA
131 TTCATTGGAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCTT-AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
* * * * *
196 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATT
195 ATGGTTTTATAATCTCATAATTCAATTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATT
* * * *
261 ATAATTAAATGTATGCC-TAGAGAAACATGAAGAAACAAA--TATTCATTGACTAGAGAAGTCCA
260 ATAATTGAATGTTTGCCTTGGA-AAACATGAAGAAA-AAAGCTATTCATTGACTAGAAAAGTCCA
* *
323 TTTATAGTTACTCATACCTT
323 TTTAT-G-AACTCATGCCTT
* * * * *
343 CGAAAGCGTTATTACCCTCTTTAAATAGTTTTAAAATCTCGTAATTGATTTTAACTTGAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAACTTGAATTTTT
* * * * **
408 TTACATTTTTTA-CTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTAAGGAAACGTGAAAAAAAAAAT
66 TTACA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTTAGGAAACATG-AAGAAAAAGC
* * * * * * * * *
472 AATTTATTAGTAAGAAAAGTCTACTTATAGTGACCTATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTTGCTTT
129 CATTCATTGGAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCC-TTAAAAGCCTTATTACTTGCTTT
* *
537 AAATGGTTTTGTAATCTCATAATTC-ATTTGAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
193 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTCAATTT-AAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* ** * * * *
601 ATTACAATTGAATGTTTGTTTTAGG-AAACATGTAGAAAAAAGCCATTCCTTGACTAGAAAAGCC
257 ATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GGAAAACATGAAGAAAAAAGCTATTCATTGACTAGAAAAGTC
665 CATTTATGAACTCATGCCTT
321 CATTTATGAACTCATGCCTT
* * * *
685 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTTAGTTGAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAACTTGAATTTTT
* * * *
750 TTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTCAATGTCTGCCTTAGGAAAC-TTAACGAAAAAGCC
66 TTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTTAGGAAACATGAA-GAAAAAGCC
814 ATTCATTGGAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCTCTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
130 ATTCATTGGAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCT-TAAAAGCCTTATTACTTGCTTTA
* * * **
879 AATAGTTTTATAATATCATAATTCAATTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGA
194 AATGGTTTTATAATCTCATAATTCAATTTAAGTTAAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * *
944 TTATAATTGCATTTTTGCCTTGGAAAACATGAAG-AAAAAGCTATTTATTGACTAAAAAAATCCA
258 TTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAAGCTATTCATTGACTAGAAAAGTCCA
* *
1008 TTTAT-ATTCACTTATGCTTT
323 TTTATGA---ACTCATGCCTT
* * *
1028 CAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAGAATCTCG
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCG
1069 AAANNNNNNN
Statistics
Matches: 600, Mismatches: 109, Indels: 33
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.01
341 125 0.21
342 256 0.43
343 187 0.31
344 27 0.05
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.40
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CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAACTTGAATTTTT
TTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
TTCATTGGAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATTCCTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
TGGTTTTATAATCTCATAATTCAATTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTA
TAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGAAAAAAGCTATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTT
ATGAACTCATGCCTT
Found at i:992 original size:513 final size:514
Alignment explanation
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Period size: 513 Copynumber: 2.1 Consensus size: 514
* ** * *
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAATTTAAATATTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTCATTTGAAGTTAAATATTT
* * * * * *
66 TTATATTTTTAGTTAAAATAGGTCATAATTGATTGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAGAAAGCCA
66 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATCACAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * * * *
131 TTCATAGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGTCTTACTACTTACTTTAA
131 TTCATAGACAAAAAAAGCCCATTTATAGTAACTCATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAA
* *
196 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTTAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGATT
196 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAAATT
* * * *
261 ATAATTAAATGTATGCCTAGAGAAACATGAAGAAACAAATATTCATTGACTAGAGAAGTCCATTT
261 ATAATTAAATGTATGCCTAGAGAAACATGAAGAAACAAACATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTT
* * * * * *
326 ATAGTTACTCATACCTTCGAAAGCGTTATTACCCTCTTTAAATAGTTTTAAAATCTCGTAATTGA
326 ATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACCCTCTTTAAATAGTTTTAAAATATCATAATTCA
* *
391 TTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTTACTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTAAGGAA
391 ATTTAACTTAAATTTTTTTACATTTTTTACTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTAAGGAA
* * * * *
456 ACGTGAAAAAAAAAATAATTTATT-AGTAAGAAAAGTCTACTTATAGTGACCTATTCCTTT
456 ACATGAAAAAAAAAATAATTTATTGACTAA-AAAAATCCACTTATAGTCACCTA-TCCTTT
* * * * *
516 -AAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTCATTTGAAGTTGAATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTCATTTGAAGTTAAATATTT
* * * *** * *
580 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTTTGTTTTAGGAAACATGTAGAAAAAAGCC
66 TTACATTTTTAGTTAAAACAGATCACAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAAGCC
* * * * *
645 ATTCCTTGACTAGAAAAGCCCATTTAT-G-AACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
130 ATTCATAGACAAAAAAAGCCCATTTATAGTAACTCATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTA
* *
708 AATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTTA-GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAA
195 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAGGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAAA
* * * *
772 TTATAATTCAATGTCTGCCTTAG-GAAAC-TTAACGAAA-AAGCCATTCATTGGA-AAAAAAAGT
259 TTATAATTAAATGTATGCC-TAGAGAAACATGAA-GAAACAA-ACATTCATT-GACAAAAAAAGT
* * * * *
833 CTATTTATAGTCACTTATTCC-TCTAAAAGCCTTATTA-CTTGCTTTAAATAGTTTTATAATATC
320 CCATTTATAGTCACTCATACCTTC-AAAAGCCTTATTACCCT-CTTTAAATAGTTTTAAAATATC
* * * * *
896 ATAATTCAATTTAAGTTAAATTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGCATT-TTT
383 ATAATTCAATTTAACTTAAA-TTTTTTTACATTTTTTACTAAAACAAATTATAATTG-ATTGTCT
* * ** * * *
960 GCCT-TGGAAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTTATTGACTAAAAAAATCCATTTATATTCACTTAT
446 GCCTAAGG-AAACATGAAAAAAAAAATAATTTATTGACTAAAAAAATCCACTTATAGTCACCTAT
*
1023 GCTTT
510 CCTTT
* *
1028 CAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTAG-AATCTC
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT-GTAATCTC
1068 GAAANNNNNN
Statistics
Matches: 457, Mismatches: 81, Indels: 30
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
512 14 0.03
513 246 0.54
514 166 0.36
515 31 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (514 bp):
CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTCATTTGAAGTTAAATATTT
TTACATTTTTAGTTAAAACAGATCACAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
TTCATAGACAAAAAAAGCCCATTTATAGTAACTCATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAA
ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAAATT
ATAATTAAATGTATGCCTAGAGAAACATGAAGAAACAAACATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTT
ATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACCCTCTTTAAATAGTTTTAAAATATCATAATTCA
ATTTAACTTAAATTTTTTTACATTTTTTACTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTAAGGAA
ACATGAAAAAAAAAATAATTTATTGACTAAAAAAATCCACTTATAGTCACCTATCCTTT
Found at i:1625 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1239--4236 Score: 1571
Period size: 171 Copynumber: 17.7 Consensus size: 170
1229 NNNNNNNNNN
* * * * * *
1239 AAAACAAATTATAATTCAA-TGTCTGCCTTAGGAAACTTGATG-AAAAAGTCGTTCATTGGA--A
1 AAAACAAATTATAATT-AATTGTCTGCCTAAGAAAACGTGAAGAAAAAACT-ATTCATT-GACTA
* * * ** * *
1300 AAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATT-CTTCAAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
63 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-T
* *
1364 AATATCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTTGTT
126 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTTGTT
* ** * * * *
1411 AAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAACTATTTATTAACTAGA
1 AAAACAAATTATAATT-AATTGTCTGCCTAAGAAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACTAGA
* * * *
1475 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCATTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTTGAAT
65 AAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTT-AAT
* * *
1540 CTCGTAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTT
129 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* * * *
1582 GAAACAAATTATAATTAATTGTCTGCCTAAGAAAATGTGAAG-AAAAAGTATTTCATT-AGTAAG
1 AAAACAAATTATAATTAATTGTCTGCCTAAGAAAACGTGAAGAAAAAACTA-TTCATTGACT-AG
* * * *
1645 AAAAGTCTACTTATAGTCACTCGTACCTTTGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAA
64 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-TAA
* ** ** * ** ** * *** *
1710 TATTGTTTTTGA--TTAAATCAAATTATAATT-GATTATGTACCTA
128 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATT-T-TTTGTT
* ** * *** * * * ** *** * * ** *
1753 AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT-TGGC-AAG-AAATGTCCA-CTTAGAGTCACCCATT-C
1 A--AAAC--AAATTATAATTAATT-GTCTGCCTAAGAAAACGTGAAGAAAAAACT-ATTCATTGA
** * * * * * * * *
1813 CTTCAAAAG-C--CTTAT--T-ACTCA---CTTT-AAATG-GTTTTGTAATCTC-AT-AATTGAT
60 CTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTGAAA-GCCTTAT-TACTCGCTTTAAATGGTT
* * *
1865 TTTAA-GT-AGAATTG-TTTT-A----CA--TTTTT--A------GTT
123 TTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* * * * *
1895 AAAATAAATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAG-AATCGTGAA-AAAAAAGCTATTTATTGGCTAG
1 AAAACAAATTATAATTAATTGTCTGCCT-AAGAAAACGTGAAGAAAAAA-CTATTCATTGACTAG
* * * *
1958 AAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATGCCTTTAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTACA
64 AAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-TA
** * *
2022 ATCTTGTAATAGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTTGTT
127 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* * * * * * * *
2066 AAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAGGAAACGTGAAG-AAAAAGTCATTCATTGGCAAAA
1 AAAACAAATTATAATTAATTGTCTGCCTAAGAAAACGTGAAGAAAAAACT-ATTCATTGACTAGA
* * ** * * *
2130 AAAGTGTATTTATAG-CTACTCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTTAATAGTTTTGTAA
65 AAAGTCTATTTATAGTC-ACTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-TAA
* * ** * * * *
2194 TATGATAGCTGATGTTAAGTTCAATATTTTTACATTTTTGGTT
128 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* * * * * * * * * *
2237 AAAATAAGTTATAATTGAA-TGTTTACCTCAA-AAGACGTGAAGAAAAAGCCATTAATTGACAAA
1 AAAACAAATTATAATT-AATTGTCTGCCT-AAGAAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACTAG
* * * * *
2300 AAAAGTGC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTCATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATA
64 AAAAGT-CTATTTATAGTCACTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-TA
* *
2364 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATA-TTTTTGATT
127 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TT
* * * * * * * *** *
2408 AAAACAAATTATAATTTATTATCTGTCT-CGAGAAACATTAAG-AAAAAGTCATTCATTGGGAAA
1 AAAACAAATTATAATTAATTGTCTGCCTAAGA-AAACGTGAAGAAAAAACT-ATTCATTGACTAG
* * * * * * * * *
2471 AAAAGTCTACTTGTTGTCAC-CTATTCC-TTCAAAGGTCTTATTAGTCACTTTGAATGGTTTCGT
64 AAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATTCCTTTGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT-TT
* * *
2534 AATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTT
126 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* * * * * **
2579 AAAACATA-TATAAATTGAA-TGTTTTCCT-TGAAAAATGTGAAGAAAAAAAAATTCATTGAC-A
1 AAAACAAATTAT-AATT-AATTGTCTGCCTAAG-AAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACTA
* * * * *
2640 CGAAGATTCTATTTATAGTCACTCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTA
63 -GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-
* ** * *
2704 TAAT-TGCATAATTGATTTTAAGTTCAACGTTCTTACATTTTTGGTT
125 TAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* * * * * *
2750 AAAACAAATTACAATTAAATG-CTG-TTGAG-AAACGTGAA-AAAAAA-TCAGTCATTGTCTAGA
1 AAAACAAATTATAATTAATTGTCTGCCTAAGAAAACGTGAAGAAAAAACT-ATTCATTGACTAGA
* * ** * * *
2810 AAAGTCCATTTATAGCCACTCACGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
65 AAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-TAAT
* *
2875 CTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
129 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* ** * * * ** * * *
2917 AAAACATATTATAATCGATTGCCTGCCTCAAG-AAACATGAATAAAAGTC-ATTTATT-AGTAAA
1 AAAACAAATTATAATTAATTGTCTGCCT-AAGAAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACT-AG
* * * * *
2979 AAAATTCTATTTATAGCCACTTATT-CTTTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTCTGTA
64 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT-TTTA
** * * * *
3043 ATCTCATAATTGATTTTAACCTAAATATTTTTATATTTTTTATT
127 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* ** * ** * * * * * * *
3087 AAAGCAGGTTATAATTGATTGTCTATCTCAAG-AAACATGAAGAGAAAGCCATTCATAGGCAAGA
1 AAAACAAATTATAATTAATTGTCTGCCT-AAGAAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACTAGA
* ** * *
3151 AAAGT-TCATTTATAGTC-GTCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTAACTCACTTTAAATGGTTTTAT
65 AAAGTCT-ATTTATAGTCACT-CATTCCTTTGAAAGCCTTA-TTACTCGCTTTAAATGGTTTT-T
* *
3214 AATCTCATAATTGATTTT-AGCTTGAA-TATTTTACATTTTTGGTT
126 AATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* * * *
3258 AAAATAGATTATAATTGAA-TGTCTTCCT-AGAGAAACATGAAGAAAAAAAC-ATTCATTGACTA
1 AAAACAAATTATAATT-AATTGTCTGCCTAAGA-AAACGTGAAG-AAAAAACTATTCATTGACTA
* ** * **
3320 GAAAAGTCCATTTATAACCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-CAGCTTTAAATGGTTTTAT
63 GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTT-T
* * *
3384 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTCTTTTAC-TTCTTTGGTT
126 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT-TTTTACATT-TTTTGTT
** * * * * * * *
3431 AAAACAAGCTATACTTGAA-TGTCTGCCTTCA-AAAACATGAAGAAAAAGCAATTCATTGGC-AA
1 AAAACAAATTATAATT-AATTGTCTGCC-TAAGAAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACTAG
* * *
3493 AACAAGTCTATTTATAGTCAC-CAATTTCTTTGAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTAT
64 AA-AAGTCTATTTATAGTCACTC-ATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-T
* * *
3557 AATCTGATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATT
126 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* * * * * * * * *
3602 AAAACATATTACAATTGAA-TGTTTGCGTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCCTTGACTAGA
1 AAAACAAATTATAATT-AATTGTCTGCCTAAGAAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACTAGA
* * * * * * * *
3666 AAAGCCAATTTACAATCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGGTTTTATAAT
65 AAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-TAAT
3731 CTCATAATTGA-TTT-AGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGATT
129 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TT
* * * * * * * * * **
3771 AAAATAAATTATAATTCATTGTGTGCCTTAGGAAACTTGACGAAAAAGCCATTCATTGAAAAGAA
1 AAAACAAATTATAATTAATTGTCTGCCTAAGAAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACTAGAA
* *** * ** * *
3836 AAATCTATTTATAG-CTACTCATTCCTCCAAAATCCTTATTACTTACTTTAAATAGCTTTATAAT
66 AAGTCTATTTATAGTC-ACTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTTAAT
* * * *
3900 GTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTT
129 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* * * * * ** * * *
3942 AAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTGCCTTAGGAAATGTGAAGAAAATGCTATTTATTGACCAAA
1 AAAACAAATTATAATT-AATTGTCTGCCTAAGAAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACTAGA
* * * * *
4006 AAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAGAAT
65 AAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-TAAT
* * * * *
4071 CTCGTAATTAATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTTGCT
129 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
* * * * * * *
4113 AAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTAAGGAAACGTAAAGAAAAAGCAATTTATT-ACTAAGA
1 AAAACAAATTATAATTAATTGTCTGCCTAAGAAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACT-AGA
* ** * * *
4177 AAAGTCTACTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATAGTTTT
65 AAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
4237 ATANNNNNNN
Statistics
Matches: 2184, Mismatches: 494, Indels: 297
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
137 1 0.00
138 11 0.01
140 17 0.01
141 8 0.00
142 3 0.00
144 4 0.00
146 2 0.00
147 3 0.00
150 11 0.01
151 11 0.01
152 7 0.00
153 2 0.00
154 2 0.00
155 4 0.00
156 4 0.00
157 1 0.00
158 4 0.00
159 3 0.00
160 3 0.00
161 8 0.00
162 8 0.00
163 15 0.01
165 1 0.00
166 4 0.00
167 119 0.05
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169 148 0.07
170 246 0.11
171 1115 0.51
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173 221 0.10
174 10 0.00
175 12 0.01
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAACAAATTATAATTAATTGTCTGCCTAAGAAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACTAGAA
AAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTTAATCT
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT
Found at i:1739 original size:142 final size:141
Alignment explanation
Indices: 1574--1852 Score: 346
Period size: 142 Copynumber: 2.0 Consensus size: 141
1564 TTTTTTATAT
* * * *
1574 TTTTTGTTGAAACAAATTATAATTAATTGTCTGCCTAAGAAAATGTGAAGAAAAAG-TATTTCAT
1 TTTTTGTTGAAACAAATTATAATTAATTATCTACCTAAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCA-TTCAT
* * * * * ** * *
1638 TAGTAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACTCGTACCTTTGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGT
65 TAGCAAGAAAAGTCCACTTAGAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
1703 TTTGTAATATTG
130 TTTGTAATATTG
* * *
1715 TTTTTGATT-AAATCAAATTATAATTGATTATGTACCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
1 TTTTTG-TTGAAA-CAAATTATAATTAATTATCTACCTAAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* * *
1779 TTGGCAAGAAATGTCCACTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
64 TTAGCAAGAAAAGTCCACTTAGAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
1844 TTTTGTAAT
129 TTTTGTAAT
1853 CTCATAATTG
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 19, Indels: 5
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
141 9 0.08
142 106 0.91
143 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (141 bp):
TTTTTGTTGAAACAAATTATAATTAATTATCTACCTAAGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
AGCAAGAAAAGTCCACTTAGAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTT
TTGTAATATTG
Found at i:4237 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1715--4239 Score: 2167
Period size: 171 Copynumber: 14.8 Consensus size: 171
1705 TGTAATATTG
* * * *
1715 TTTTTGATTAAATCAAATTATAATTGATTATGTACCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
1 TTTTTG-TTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * * * *
1780 TGGCAAGAAATGTCCACTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
65 TGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * *
1845 TTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTGTTTTACAT
130 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * *
1887 TTTTAGTTAAAATAAATTATAATTGATTGTCTGCCTCAA-GAATCGTGAAAAAAAAGCTATTTAT
1 TTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCT-AAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * *
1951 TGGCTAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATGCCTTTAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGG
65 TGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* ** * *
2015 TTTTACAATCTTGTAATAGATTTTAAGTTGAATATTTTTACAT
129 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * *
2058 TTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATT
1 TTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * * * *
2123 GGCAAAAAAAGTGTATTTATAG-CTACTCAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTTAATAGT
66 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * ** * * *
2187 TTTGTAATATGATAGCTGATGTTAAGTTCAATATTTTTACAT
130 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * *
2229 TTTTGGTTAAAATAAGTTATAATTGAATGTTTACCTCAA--AAGACGTGAAGAAAAAGCCATTAA
1 TTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCT-AAGGAA-ACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * * *
2292 TTGACAAAAAAAGTGC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTCATTACTCGTTTTAAATA
64 TTGACAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* *
2356 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATA-
128 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * *
2399 TTTTTGATTAAAACAAATTATAATTTATTATCTGTCT-CGAGAAACATTAAGAAAAAGTCATTCA
1 TTTTTG-TTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTAAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
** * * * * * * * * *
2463 TTGGGAAAAAAAGTCTACTTGTTGTCAC-CTATTCCTTCAAAGGTCTTATTAGTCACTTTGAATG
64 TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
** * *
2527 GTTTCGTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAT
128 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * ***
2571 TTTTGGTTAAAACATA-TATAAATTGAATGTTTTCCTTGAA--AAATGTGAAGAAAAAAAAATTC
1 TTTTTGTTAAAACAAATTAT-AATTGATTGTCTGCC-T-AAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
* * * * * *
2633 ATTGACACGAAGATTCTATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATG
63 ATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* ** *
2698 GTTTTATAAT-TGCATAATTGATTTTAAGTTCAACGTTCTTACAT
128 GTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * ** *
2742 TTTTGGTTAAAACAAATTACAATTAAATG-CTG-TTGA-GAAACGTGAA-AAAAAATCAGTCATT
1 TTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * ** * * *
2803 GTCTAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCACGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTT
66 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
*
2868 TTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
131 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * *
2909 TTTTGGTTAAAACATATTATAATCGATTGCCTGCCTCAA-GAAACATGAA-TAAAAGTCATTTAT
1 TTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCT-AAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * * *
2972 TAGTA-AA-AAAATTCTATTTATAGCCACTTATTCTTTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATG
65 T-G-ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * ** * * *
3035 GTTCTGTAATCTCATAATTGATTTTAACCTAAATATTTTTATAT
128 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * ** ** * *
3079 TTTTTATTAAAGCAGGTTATAATTGATTGTCTATCTCAA-GAAACATGAAGAGAAAGCCATTCAT
1 TTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCT-AAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * *
3143 AGGCAAGAAAAGT-TCATTTATAGTC-GTCCATTCCTTCAAAAGCCTTACTAACTCACTTTAAAT
65 TGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGCCTTA-TTACTCGCTTTAAAT
*
3206 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGCTTGAA-TATTTTACAT
127 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * **
3250 TTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTTCCT-AGAGAAACATGAAGAAAAAAACATTCAT
1 TTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTAAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * ** * ** **
3314 TGACTAGAAAAGTCCATTTATAACCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-CAGCTTTAAATGG
65 TGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGG
* *
3378 TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTCTTTTAC-T
129 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT-TTTTACAT
* ** * * * *
3422 TCTTTGGTTAAAACAAGCTATACTTGAATGTCTGCCTTCAA--AAACATGAAGAAAAAGCAATTC
1 T-TTTTGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCC-T-AAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTC
* * ** * *
3485 ATTGGCAA-AACAAGTCTATTTATAGTCAC-CAATTTCTTTGAAAGTCTTATTACTCTCTTTAAA
63 ATTGACAAGAA-AAGTCTATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* *
3548 TGGTTTTATAATCTGATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
126 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * * * *
3594 TTTTTATTAAAACATATTACAATTGAATGTTTGCGTCAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCCTT
1 TTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * * * * * *
3659 GACTAGAAAAGCCAATTTACAATCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGGTT
66 GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
3724 TTATAATCTCATAATTGA-TTT-AGTTGAATTTTTTTACA-
131 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * *
3762 TTTTTGATTAAAATAAATTATAATTCATTGTGTGCCTTAGGAAACTTGACGAAAAAGCCATTCAT
1 TTTTTG-TTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * ** *
3827 TGAAAAGAAAAATCTATTTATAG-CTACTCATTCCTCCAAAATCCTTATTACTTACTTTAAATAG
65 TGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
3891 CTTTATAATGTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAT
129 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * * * * *
3934 TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAATGTGAAGAAAATGCTATTTATT
1 TTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * *
3999 GACCAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATAGT
66 GA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* * * * *
4063 TTTAGAATCTCGTAATTAATTTTAACTTGAATTTTTTTATAT
130 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * * *
4105 TTTTTGCTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTACCTAAGGAAACGTAAAGAAAAAGCAATTTATT
1 TTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
* * * *
4170 -ACTAAGAAAAGTCTACTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATAGT
66 GAC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
4234 TTTATA
130 TTTATA
4240 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1889, Mismatches: 397, Indels: 135
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 123 0.07
168 19 0.01
169 133 0.07
170 216 0.11
171 1181 0.63
172 83 0.04
173 131 0.07
174 2 0.00
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTAAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
GACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
Found at i:6125 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 6099--6138 Score: 64
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
6089 GAAAAACGTG
6099 AAGAAAGAGT-CATTTATAGGT
1 AAGAAA-AGTCCATTTATAGGT
6120 AAGAAAAGTCCATTTATAG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAG
6139 TTAGCCATTC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.17
21 15 0.83
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.20, T:0.28
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGGT
Done.