Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397299.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_163.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 271445
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.11, T:0.28
Warning! 57930 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 2
Found at i:2508 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 2297--2619 Score: 303
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
2287 TATAAAACTA
* * * *
2297 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTCTT-TTGCCAATG
1 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAAGCATGGATGACTATAAATAGACTT-TTCTTGCCAATG
* * * *
2361 AATCACGTTTTCTTCACATTTTTTGA-GTAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGGCCAAAAATGT
65 AATCACGTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGT
*
2425 -AAAAAGATTGAACTTAAAATCAATAATGAGAT
130 AAAAAAG-TTCAACTTAAAATCAATAATGAGAT
*
2457 TNNNNNNNNNNTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGG-CAGACATGGATGACTATAAATAGACTTTT
1 T----------TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAAG-CATGGATGACTATAAATAGACTTTT
* **** ** * * * *
2521 CTTGCCAATGCATGGTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCCAACACTTAATTCTAATTTGTTTTGA
55 CTTGCCAATGAATCACGTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGA
*
2586 CCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTGAAATCAAT
120 CCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAAT
2620 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 22, Indels: 17
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.01
169 4 0.03
170 69 0.54
171 47 0.37
172 6 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAAGCATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
ATCACGTTTTCTTCACATTTCTTAAGGCAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTA
AAAAAGTTCAACTTAAAATCAATAATGAGAT
Found at i:2949 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 591--4257 Score: 1612
Period size: 171 Copynumber: 21.5 Consensus size: 170
581 NNNNNNNNNN
** * * * * *
591 AGCGAGTAATAAAACTTTGGAAGGC-ATGGGTGACTATAAATGAACTTTGCTTGCTAATGAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA
* * * ** * * * *
655 CATTTTCATCATGTTTTTCAAGACAGACATTCAAATATAATCTATTTTAA-ATAAAAATATAAAA
65 CGTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA-AAAAATGT-AAA
* * * * * *
719 AAATTCAGCTTAAAATTAATAATGAGGTCATAAAACTATTTAA
128 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** ** * * * * * *
762 AGCGTGTAATAAAACTTTGAAAGGAATGGGTGGCCATAAATGAACTTTTCTTACCAAGGAATGGC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC
* * * ********** * * * *
827 TTTTTCTTCATGTTTTTCAAGATAAACNNNNNNNNNNAATCTATTTTGACTAAAAATGTGAAAAG
66 GTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAA
* * * *
892 ATTCAAGTTAAAATCAATTATAAGTTTGTAAAACCATTTAA
130 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * * **
933 AGCGATTAATAAGATTTTGGAAGGC-ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGAAT-A
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA
* * * * * * * * *
996 GCTTTTTCCTACA-GTTTCTGAAGGTAAACATTTAAATATAATTTATTTTGATCAAAAATAT-AA
65 -CGTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAA-ATGTA
* ********** * *
1059 AAAAATTGAACTTNNNNNNNNNNATGAGCTTATAAAACTATTTAA
126 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
1104 AGCGAATAATAAGACTTTGGAAAG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTCTT-TTGCTAATGAAT-
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGCTATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGAATG
** ** * * ** *
1166 -CGTGTTCTCTTCACATTAT-TTGAGGTAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGGCCAAAAATGTA
64 ACGT-TT-TCTTCATGTT-TCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTA
* * * **********
1229 AAAAGGTTGAACTTAAAATCAATAATGAGATTANNNNNNNNNNTAA
126 AAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * ********** *
1275 AGCAAGTAATAAGGCTTTGGCAGGC-ATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTNNNNNNNNNNTGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA
** *** * * *
1339 TTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCCCAACACTT-AATTCTAATTTGTTTTGATC-AAAAATGTAAA
65 CGTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACA-TTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAAATGT-AA
********** *
1402 AAAATTCAACTNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAACTATTTAA
127 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * ** ** * * * * *
1446 AGTGTA-TAATAAAGCTTTGGAAGGGATGGGTGGGTATAAATAGATTTTTTTTGCTAATGAGTGA
1 AGCG-AGTAATAAGGCTTTGAAAGCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA
** * * * * * ********* * *
1510 TTTTTTCTTCATGTTTTTCCAGATAAACACTAAATTNNNNNNNNNNTTGACCAAAAAA-GTAAAA
65 CGTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATT-ATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
* *
1574 CAATTCAACTTAAAA-CTAATAATGAGATTATAAAACCCTTTAA
129 -AATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
1617 AGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGCTATGTGTGACCATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGAC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC
* * * * * **
1682 TTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAAACAGTCAATTCTAATCTATTTTAACTTAAAATATAAAAA
66 GTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC--AAAAAATGTAAA
* ******
1746 AAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCNNNNNN
128 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
**** ** * * * *
1789 NNNNAGTAATAAAACTTTGGAAGGC-ATGGGTGACTATAAATGAACTTTGCTTGCCAATGAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA
* * ** * *
1853 CATTTTCTTCATGTTTTTCAAGACAAACATTCAAATATAATCTATTTTAA-ACAAAAATGTAAAA
65 CGTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACA-AAAAATGT-AAA
* * * *** *
1917 AAATTCAGCTTAAAATTAATAATGAGGGCATAAAACTATTTAA
128 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** ** * * * *
1960 AGCGTGTAATAAAACTTTGAAAGGAATGGGTG-GTCATAAATGAACTTTTCTTACCAATGAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGCTATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA
* * ********** * * *
2024 C-TTTCTCTTCATGTTTTTCAAGATAAACNNNNNNNNNNAATCTATTTTGACTAAAAATGTAAAA
65 CGTTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
* * * * *
2088 AGATTTAACTTAAAATCAGTTATAAGATTGTAAAACCACTTAA
129 A-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * *
2131 AGCGATTAATAAGG-TTTTAACAGGC-ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAAT-
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTGAA-A-GCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * * * * * *
2193 AGCTTTTTCCT-ATAGTTTGC-CAAGGCAAACATTTAAATATAATTTATTTTGATCAAAAATAT-
64 A-CGTTTTCTTCAT-GTTT-CTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAA-ATG
* * * *
2255 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACTATTTAA
124 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
*
2302 AGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAAGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTCTT-TTGCCAATGAATC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGCTATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGAATG
** * ** * * ** *
2365 ACGTTTTCTTCACATTTTTTGA-GTAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGGCCAAAAATGTAAAA
64 ACGTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
* * **********
2429 AGATTGAACTTAAAATCAATAATGAGATTNNNNNNNNNNTTAA
129 A-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * * * *
2472 AGCAAGTAATAAGGCTTTGGCAGAC-ATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGCATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAG-CTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA
** * ** * * * *
2536 TTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCCAACACTT-AATTCTAATTTGTTTTGACCAAAAATGTAAAA
65 CGTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
* ********** *
2600 AAGTTCAACTTGAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACTATTTAA
129 AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * ** ** * * * *
2643 AGCGTGTAATAAAGCTTTGGAAGGGATGGGTGGGTATAAATAGATTTTTCTTGCTAATGAGTGA-
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC
** * * * * * ********* * *
2707 GTTTTTCTTCACATTTTTCCAGATAAACACTAAATTNNNNNNNNNNTTGACCAAAAAA-GTAAAA
66 G-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATT-ATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
* * * *
2771 CAATTTAACTTAAAA-CTAATAATAAGATTATAAAACCCTTTAA
129 -AATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * **
2814 AGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGCTATGGGTGACCATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAAACAC
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC
* * * *
2879 GTTTTCTTCATATTTCTCAAGGCAAACACTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAATGTAAAAA
66 GTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAATGTAAAAA
* * * *
2944 ATTTAATTTAAAATCAATTATTAGATTGTAAAACCATTTAA
130 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
*********** * * *
2985 AGCGAGTANNNNNNNNNNCAAAGGC-ATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATGG
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTGAAA-GCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA
* * ** * * *
3049 CTTTTTTCTCTCGT-TTTC-CAAGACAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAA
65 C-GTTTTCT-TCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAA
* * *
3112 AAATTCAA-TCTAAAATCAAATATGAGCTTATAAAATCATTTAA
128 AAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * ** * * * *
3155 AGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGTATGAATAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATCAT
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC
* * * * * *
3220 GTTCTCTTGATGTTTCT-AGAGGAAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACTAGAAATGTAAAAA
66 GTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAA
* * * **
3284 AACTCAACTT-AAATCAATTATAAAATCGTAAAACCATTTAA
129 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ********** *
3325 AGCAAGTAATAAGGNNNNNNNNNNTATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCCTAATGAAT-A
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGA
* * * * * * *
3388 GCTTTTTCTTCAAGTTTTTCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAA
65 -CGTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
* *
3453 TAATT-AGATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
129 -AATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * * * * **
3496 AGATAGTAATAAGACTTCT-AAAGGTATGGGTGATTACAAATGGACTTTTCCTGAAAAT-ATATG
1 AGCGAGTAATAAGGCTT-TGAAAGCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATG
* * ** * * * * * *
3559 -CCTTTGTCGTCATGTTTCTTGAGGTAGATATTGAATT-TAA-ATGTTTTAACTAAAAATATAAA
64 ACGTTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AA
*
3621 AACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
127 AA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * **
3666 AGTGAGTACTAAGGC-TTCAGAAGGTGTGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCGC-TTGAACA
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATG
* * * * * ** **
3729 ACTTTTTCTTCATGTTT-TCCCAGGAAAATATTC-ATATACAATCTGTTTTAACCGAAAATACAA
64 ACGTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGTAAACATTCAAT-TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAA
* *
3792 TGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAA
127 -AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * * * * **
3837 CA-CAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGC-ACGGGTGACTACAAATGAAC-TTTCGCTAACAATGAAT
1 -AGCGAGTAATAAGGCTTTGAAA-GCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAAT
** * * * * * * *
3899 -A-GTTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGATATTGAATTTTAATCAGTTTTAACAAAAAATATA
63 GACG--TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTA
* * *
3962 AAACAATTCAACTTCAAATCAATAATGAGATTATAAAATCATTTAA
126 AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * *
4008 AGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCT-TGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCCTACCAAT-AATCA
1 AGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA
* * * * *
4071 TGTTTTCTTCATGTTTCTTAAAGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGAAC-AAAAATGTAAAA
65 CGTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACAAAAAATGTAAAA
* * *
4135 AAGTTTAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAA
129 AA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * ** * *
4178 AGCGAGTAATTAGGCTTTGAAAGGC-ATGAGCGGTTATAATTGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-A
1 AGCGAGTAATAAGGCTTTGAAA-GCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA
*
4241 GCTTTTTCTTCATGTTT
65 -CGTTTTCTTCATGTTT
4258 TCCAAGAAAC
Statistics
Matches: 2575, Mismatches: 787, Indels: 268
0.71 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 67 0.03
170 662 0.26
171 1578 0.61
172 242 0.09
173 21 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
AGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGCTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC
GTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
Found at i:3667 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 3005--4179 Score: 965
Period size: 341 Copynumber: 3.4 Consensus size: 336
2995 NNNNNNNNCA
* * * * *
3005 AAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTTCTCTC-GTTTTCCA
1 AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCCTAATGAATAGC-TTTTTCT-TCAGTTTTCCA
* *
3069 A-GACAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAATCTAAAATCAAAT
64 AGGA-AAACATTCAAATATAATCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAATTCAATTTAAAATCAATT
* * * ** * *
3133 ATGAGCTTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAA-AGCTT-TGGAAGGTATGAATAACTATAAA
127 ATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAG-AAGTAATAAGA-CTTCT-AAAGGTATGGGTGACTACAAA
* ** * * * * * *
3195 TGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-CATGTTCTCTTGATGTTTCTAGAGGAAAACACTCAATTATAA
188 TGGACTTTTCCTGAAAATGAATGCAT-TTCTCTTCATGTTTCTAGAGGTAGATATTGAATT-TAA
* * * * * * ** *
3259 TCTGTTTTAACTAGAAATGTAAAAA-AACTCAACTTAAATCAATTATAAAATCGTAAAACCATTT
251 -ATGTTTTAACTAAAAATATAAAAACAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
* ******
3323 AAAGCAAGTAATAAGGNNNNNN
315 AAAGCGAGTAATAAGGCTTCAG
**** *
3345 NNNNTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCCTAATGAATAGCTTTTTCTTCAAGTTTTTCAA
1 AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCCTAATGAATAGCTTTTTCTTC-AGTTTTCCAA
* *
3410 GGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAATAATT-AGATTTAAAATCAATT
65 GGAAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAA-AATTCA-ATTTAAAATCAATT
*
3474 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGATAGTAATAAGACTTCTAAAGGTATGGGTGATTACAAATGG
127 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGA-AGTAATAAGACTTCTAAAGGTATGGGTGACTACAAATGG
* * * *
3539 ACTTTTCCTGAAAAT-ATATGCCTTTGTCGTCATGTTTCTTGAGGTAGATATTGAATTTAAATGT
191 ACTTTTCCTGAAAATGA-ATGCATTTCTCTTCATGTTTCTAGAGGTAGATATTGAATTTAAATGT
3603 TTTAACTAAAAATATAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
255 TTTAACTAAAAATATAAAAACAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* *
3668 TGAGTACTAAGGCTTCAG
319 CGAGTAATAAGGCTTCAG
* * * * *
3686 AAGGTGTGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCGCT--TGAACAACTTTTTCTTCATGTTTTCC
1 AAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTTTTC-CTAATGAATAGCTTTTTCTTCA-GTTTTCC
* * * * ** * * *
3749 CAGGAAAATATTCATATACAATCTGTTTTAACCGAAAATACAATGAAATTCAACTTAAAATCAAT
63 AAGGAAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAA-TAAAAATATAA-AAAATTCAATTTAAAATCAAT
* * * * *
3814 TATGAGATTATAAAACTATTTAACACAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCACGGGTGACTACAAATG
126 TATGAGATTATAAAACTATTTAA-AGAAGTAATAAGACTTCTAAAGGTATGGGTGACTACAAATG
* * * ** * *
3879 AAC-TTTCGCT-AACAATGAATAG-TTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGTAGATATTGAATTTTAA
190 GACTTTTC-CTGAA-AATGAAT-GCATTTCTCTTCATGTTTCTAGAGGTAGATATTGAATTTAAA
* *
3941 TCAGTTTTAACAAAAAATAT-AAAACAATTCAACTTCAAATCAATAATGAGATTATAAAA-TCAT
252 T--GTTTTAACTAAAAATATAAAAACAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACT-AT
**
4004 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGG
313 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCAG
* * *
4028 AAGGCT-TGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCCTACC-AAT-AAT--CATGTTTTCTTCA-TGTTT
1 AAGG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTCCTAATGAATAGC-T-TTTTCTTCAGT-TTT
* * * * * * * * **
4087 CTTAAAGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGAACAAAAATGTAAAAAAGTTTAACGTAAAATC
61 C-CAAGGAAAACATTCAAATATAATCTGTTTT-AATAAAAATATAAAAAA-TTCAATTTAAAATC
4152 AATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAG
123 AATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAG
4180 CGAGTAATTA
Statistics
Matches: 680, Mismatches: 116, Indels: 78
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 31 0.05
340 112 0.16
341 413 0.61
342 103 0.15
343 19 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (336 bp):
AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCCTAATGAATAGCTTTTTCTTCAGTTTTCCAAG
GAAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACTATTTAAAGAAGTAATAAGACTTCTAAAGGTATGGGTGACTACAAATGGACTTT
TCCTGAAAATGAATGCATTTCTCTTCATGTTTCTAGAGGTAGATATTGAATTTAAATGTTTTAAC
TAAAAATATAAAAACAATTCAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
TAAGGCTTCAG
Found at i:4612 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4275--5522 Score: 1203
Period size: 172 Copynumber: 7.3 Consensus size: 170
4265 AACACATTCA
* * * * * * * * *
4275 AATAAGGCTTCCAAAGGCATGGGTGACTACAAATAGATTTTTTTTTCCCAATGATTAGCTTTCTC
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC
* * * * * * * * * * *
4340 TTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTGAATTTTAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAACAAGTTTAA
65 ATCATGTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* *
4405 CTTAAAATCAATTATGAGATTGTAACACCATTTAAAGTGAGT
129 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
** * * * * * *
4447 AATAAGGCTTTGGAAGGCATGGCTAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAACGACTTTTTCA
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCA
* * * *
4512 TCATGTTTTCTAAGACAAACATTCAGTTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAACAATTCAA
66 TCATG-TTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAA-AATTCAA
** * * **
4577 CTTAAAATCAATTAAAAGATTATACAACTATTTAAAGCAAGT
129 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * * * * * * **
4619 AATAAGGCTTCCAAAGGTAAGGGTGATTAGAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTAGA
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCA
* * * * * *
4684 TCACGTTTCTTGAA-TCAGATATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAA-TCAA
66 TCATGTTTC-T-AAGGCAAACATTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
**
4747 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGT
129 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * * * *
4789 AATAAGGC-TCCAAAGGTATGGGTGATTAGAAACGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCA
* * * * * *
4853 TCAAAT-TTTCCAAGGCAAACATTTAAATATAATCTATTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTCAG
66 TC--ATGTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
*
4916 CTTAAAATTC-ATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
129 CTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
*
4958 AATAAGCCTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC
1 AATAAGGCTTTCA-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC
* * * * * * * *
5022 CTCATGTCTCTTAAGGTAAACAATCAATTATAATTTGTTGT-AGCTGAAAATGTAAAAAAATTCA
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* * *
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* *
5129 AATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCA
* * * * * * *
5193 TCCATGTTTCTCAAGGCCAACAATCAATTCTAATTTGTTTTGAGCAAAAATGTAAAAAAAACTCA
66 T-CATGTTTCT-AAGGCAAACATTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATGT-AAAAAAATTCA
* *
5258 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-CATGT
128 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA-GT
* * *
5301 AATAAAGCTTTGAAAGGCATGGGT-AGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTCTT
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TT
* * * * * *
5365 CA-CAT-TTTCTAAGGTAAACACTCAATTATAATTTGTTTTGA-CAAAAAATGTAGAAAATTTCA
64 CATCATGTTTCTAAGGCAAACATTCAATTATAATTTATTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCA
* *
5427 A-TTAAAACCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGAGT
128 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* ** * * ** *
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* ** *
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* *
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** * **
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* * * * ** * * *
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* * *** *** * * ** *
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* * * * *
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** * * * *
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* * * * * ***
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***
6031 NNN
509 CCC
***** ** * * *
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* * * * ** * * ** * *
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* * ** * **********
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * ** * * * * **
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* * ** * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * * * * *
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* * * **********
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* * * * ** *
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* * * ** * * * * *
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** * * ** * *
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** * * * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAG-ATTCAACTTAAAATCAA
* ********** * *
7122 TTATGAGATTGTAAAANNNNNNNNNNCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAGGTGGCTATAAAT
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* * * ** ** * *
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* * * * * *
7249 ATCT-GTTTGA-ATCAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAA-ATATGAGCTTATAAAACC-
192 ATCTATTTTGACA-AAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATA-ATGAGATTATAAAACCA
* * * * *
7310 TTTTAAGTGAGTAATAAAGG-TTTGGACGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTCTT-TTGCCAAT
255 TTTAAAGTAAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCCAAT
**** * * * * * * *
7373 GAAT-CATGTTTTCTTCATGTTTGTTGAGGCAAACACTCAATTATAATCTATTTTAATTAAAAAT
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** * * ** * *
7437 ATTAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTTAAGCAAGTAATAATGTT
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** ** * ** * * * *
7502 TTTGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCCTATCAATAAATAGC-TTTTCTTCATATTTT
445 TTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
7566 CC
510 CC
* * * * * * * **
7568 AAGGTC-GACATTCAAATATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTGACTTAAAATCAA
1 AAGG-CAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAA
* ** * ** * **
7632 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGATAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGGGTGGCTACGAAT
65 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAAT
* * * * * * * * * *
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130 GGACTTTTCTTGCCAAT-AAGTGGCTTTTTC-TTCATGTTT-TTCAAGATAAACACTAAATTATA
* ** * * *
7759 ATCTATTTTAATTAAAAATGTAAAAAGATTCGACTGAAAATCAATAATAAGATTATAAAACCATT
192 ATCTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATT
** * * *
7824 TAAAGGGAGTAATAAGAC-TTTGAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAA
257 TAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * * * * * * *
7888 T-CATGTTTTCTTCTTGTTTCTC-AAGGTAAATACTCAATTGTAATCTGTTTTGATGAAAAATGT
321 TGC-T-TTTTCTTCATGTTTC-CAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATAT
* * * * *
7951 AAAAAAATTTAACTTAAAATGAATTATGAGATCATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
383 -AAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * ** * * * * *
8016 CAAAAGCTTAAGTGACTGTAAATGGACTTCTCTTGCCAATGGATGGGTTTTGCTTCATGTTTCCT
447 CAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-
*
8081 G
511 C
* * * * * * ** **
8082 AA-TCAGACATTCGATTATAA-CATATATCAAATAAAAATGTAAAGAA-ATTCAACTTAAAATCA
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATC-TGTTTTGACCAAAAATGTAAA-AAGATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * * * **
8144 ATTAGGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTAGAAGGAATTGTTACCTATAAA
64 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAA
* * ** * * *** * *
8209 TAGACTTTTCTTGCAAATGAA-TCACTTTTTCTTCATG-TTTCCTGAGGCCAACACTCAATTCTA
129 TGGACTTTTCTTGCCAAT-AAGTGGCTTTTTCTTCATGTTTTTC-AAGATAAACACTAAATTATA
* * * * * *
8272 ATTTGTTTTGACCAAATATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATT
192 ATCTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATT
* ** * *
8337 TAAAAG-AAGTAATAAGAC-TTTGAAAGGCATGGGTGACTATTTATAGACTTTTCTTACCAATGA
257 T-AAAGTAAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * ** * * * * * * *
8400 ATCACTTTTT-TCACATGTTT-CTTAGGCTAAACACTCAATTATAATCTATTTTGATGAAAAATA
320 AT-GCTTTTTCT-TCATGTTTCCAAAGG-TAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATA
* * * * * **********
8463 TAAAAAATTTTAACTTTAAATTAATTATGAGATCATAAGACCATNNNNNNNNNNTAATAAGGCTT
382 TAAAAAA-TTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * *
8528 TCAAAGGCTTGGGTGACTGTAAATGGA--TTTCTTTTCCAATGGATGTG-TTTTGCATCATATTT
446 TCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTT
*
8590 CCT
509 CCC
** * * * * * * ** * * *
8593 AAATCAGACATTCGATTATAATATATTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * ** * * * *
8658 TATGATATTATAAGACCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTAAAACGAATAGTTGGCTATAAATG
66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATG
********** ** * ** * *
8723 GACTTNNNNNNNNNNTGAA-TCACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAAG-CCAACACTCAATTCTAAT
131 GACTTTTCTTGCCAAT-AAGTGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGATAAACACTAAATTATAAT
* * * * * ********** *
8786 TTTTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTTAANNNNNNNNNNATTATGAGATTATAAAACCATTTA
194 CTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTA
*** ** ** * * * * * *
8851 AAGCGTGTAATAAAACTTTAAAAGGTATGGGTGGCTAGAAATGGACTTTTTTTGCCACTGAGTAG
259 AAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-G
* * * * * * *
8916 CTTTTCCTTCATGTTTTTC-AAGATAAACA-CTAAATTATAATCTGTTCTAATCAAAAATGTAAA
323 CTTTTTCTTCATG-TTTCCAAAGGTAGACATTTAAA-TATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAA
* ** * * * * * **
8979 ACAAATCAACTAAAAATCAATAATGAGATTATAAAATCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGA
386 A-AATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAA
* * * * * *
9044 AGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCT
450 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC
** * * * * * *
9106 AA-ATAAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTT-AAATCAA
1 AAGGCAA-ACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *** * *
9169 TTATGAGGTTATAAAACCATATGAAGCAAGTAATAAAGCTTTAGAAGGCATAAATGACTATATAT
65 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAAT
* ** * * *
9234 GGACTTTTTTTGCCAATGAA-T-TATATTTTCTTCATGTTTCTAAAGGA-AAACACTCAATTATA
130 GGACTTTTCTTGCCAAT-AAGTGGCT-TTTTCTTCATGTTTTTCAA-GATAAACACTAAATTATA
* * * * * *
9296 ATCTATTTTGACTAAAAATTTAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAACT-ATGAGGTTATAAAACTA
192 ATCTATTTTGACAAAAAATGT-AAAAAGATTCAACTTAAAATCAA-TAATGAGATTATAAAACCA
* * ** * *
9360 TTTAAAG-AGAGTAATAAGGC-ATCGAAAGGCATGGGTGACTGCAAATGGA-TTTTTTTG-CACC
255 TTTAAAGTA-AGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA-A
* * * * *
9421 TGAATAGCTCTTTCTTCACAT-TTTCTAAA-GTAAACATTCAAATATAATCTCTTTTAA-CAAGA
317 TGAAT-GCTTTTTCTT--CATGTTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAA-A
* * *
9483 AATATAAAAAAATTGACTTAAAATCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGG
378 AATATAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * ** * *
9548 CTTTCAAAGGCATAGGTAACTACCAATGGACTTTTCTTGCCAAAGAATGGCTTTTTTTTCATGTT
443 CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTT
*
9613 TCTC
508 TCCC
* * * * * * * ** *
9617 ATGGTAGACATTGAATT-TCAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAGATTCAATTTAAAATCAA
1 AAGGCAAACACTCAATTAT-AATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAA
* * * *
9681 TTATGAGATCATAAAACTATTTAAAGTGTGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAAT
65 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAAT
** *
9746 GGACTTTTCTTGTTAATAAGTGGCTTTTTCTTTACT-TTTTTCAAGATAAACACTAAATTATAAT
130 GGACTTTTCTTGCCAATAAGTGGCTTTTTCTTCA-TGTTTTTCAAGATAAACACTAAATTATAAT
* * * * *
9810 CTATTTTGACAAAAAAAGTAAAAAGATTCATCTTAAAATCAATAATGAGATTGTAAAGCCATTTG
194 CTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTA
* * *
9875 AAGTAAGTACTAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGACAATGAATAG
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* * *
9940 CTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTACACATTTAAATATGATTTGTTTTAATCAAAAATATAAAAC
323 CTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAA-
* * *
10005 AATTTGACTTAAAATTAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGATG-GAAATAAGGCTTTCAAA
387 AATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * **********
10069 GACATGGGTGACTACAAATGGACTTTNNNNNNNNNNGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC
451 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC
* * * * *
10130 TAGGCCAACACTCAATTCTAATTTGTTTTGACCAAAAATGT-AAAAGAATTCAATTTAAAATCAA
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAG-ATTCAACTTAAAATCAA
* ********** * * *
10194 TTATGAGATCATANNNNNNNNNNAAGCGTGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGAGTGGCTATAAAC
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* * * * *
10259 GGACTTTACTTGCCAATTAGTGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTAGGATAAACACTAAATTATAATT
130 GGACTTTTCTTGCCAATAAGTGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGATAAACACTAAATTATAATC
* * * * * * *
10324 TATTTTAACTAAAAATATAAAAAGATTCAAATTAAAATCAATAATCAGATTGTAAAACCATTTGA
195 TATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * ***
10389 AGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTAATAATGAATAGC
260 AGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GC
* * * * *
10454 TTTTTCTTCATATTTCCCAAA-GTAGATATTGAAATATAATCTGTTTTAACCAAGAATATAAAAA
324 TTTTTCTTCATGTTT-CCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATAT-AAAA
** * * * *
10518 AATTTGTTTTAAAATCAATTATAAGCTTATAAAACCATTTAAAGAT-AGAAATAAGGCTTCCAAA
387 AATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * ** *
10582 GGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGATAATG-ATAGGCTTTTTCTTCATGTTTTCC
451 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCC
* * * * * * *
10643 TAGGCCAACACTCAATTCTAATTTGTTTTGACTACAAATGTAAAAA-AATCTAACTTAAAATCAA
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTC-AACTTAAAATCAA
* * * * **********
10707 TTTTGAGATTATAACACCATTTAAAGTGTGTAATAAAGCNNNNNNNNNNATGGGTGGCTATAAAT
65 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAAT
* * * ** * * *
10772 TGACTTTTTTTACCAAGGAGTGGATTTTTCTTCACT-TTTTT-GAGATAAACACTAAATTAGAAT
130 GGACTTTTCTTGCCAATAAGTGGCTTTTTCTTCA-TGTTTTTCAAGATAAACACTAAATTATAAT
* * * * * *
10835 CTCTTTTGACTAAAAATATAAACAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGGTTATAAAATCATTTA
194 CTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTA
** * *
10900 AAGTGAA-TAATAAGGC-TTTGAAAGGCATCAGTGACCATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAAT
259 AAGT-AAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * *** * *
10963 -CATTTTCTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAACACCCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGT
322 GC-TTTT-TCTTCATGTTTC-CAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATC-AAAAATAT
* * ********** *
11025 AAAAAAATTCAGCTTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTT
383 AAAAAATTTGA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
** * * * * * * **
11090 TGAAGGTATGGGTAACTATAAATAGATTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTGTCTTCACATTT-CC
447 CAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC
* * * *
11154 AAGGTC-AACACTCAATTCTAATTTGTTTTGATCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAA
1 AAGG-CAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAA
* ** * * * ** * *
11218 TTATGAGATCATAAAAAAATTTAAAGCGAGTAATGAAGCTTTGAAAGGCATAGACGTCCATAAAT
65 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAAT
* * * * *
11283 GGACTTTTCTTGCCAATGAGTGACTTTTTCTACATGTTTTTCAAGCTAAAAACTAAATTATAATC
130 GGACTTTTCTTGCCAATAAGTGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGATAAACACTAAATTATAATC
* * * **********
11348 TGTTTTGACTAAAAATATAAAAAGATTCAANNNNNNNNNNATAATGAGATTATAAAACCATTTAA
195 TATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * ** **
11413 AGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGTGTGGGTGACTATAAATGGACCTTTT-TACCCAATGAATGA
260 AGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATG-
* * * * * ** * * *
11477 ATTTTTCATCATGTTTCTAAAGATAGACATTCAGTTATAATATATTTTAAAT-AAAAATATGAAA
323 CTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTT-AATCAAAAATATAAAA
** * * * * **
11541 AATTCAATTTAAAAACAATTATGAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAG
387 AATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * *
11606 GCATGGATGACTATAAATGGAATTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTCTCCCA--TTTCCC
452 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTTCT-TCATGTTTCCC
* * * * * * *
11666 AA-GCAAAATATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATTAA
1 AAGGC-AAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * *
11730 TTATAAGCTTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTGGAAGGTATGGGTGACTATAAAT
65 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAAT
* * ** * ** *
11795 GGACTTCTCTTGCCAATGAA---GCATGTTCTCTTCACATTTCTT-GAGGCAAACACTCAATTAT
130 GGACTTTTCTTGCCAAT-AAGTGGC-T-TTTTCTTCATGTTT-TTCAAGATAAACACTAAATTAT
* * * * * *
11856 AATCTATTTTAACAAAAAATCTAAAACA-ATTCGACTTAAAATAAATTATGAGATTGTAAAACCA
191 AATCTATTTTGACAAAAAATGTAAAA-AGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCA
********** * *
11920 TTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACCTTTCTTGCCAATGA
255 TTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * *
11985 ATAGGTTTTTCTTCATGTTTCTCAAA-GTAGACATTGAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT
320 AT-GCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATAT
* * *
12049 AAAAAAATCTGACTTAAAATCAATTATCAAATTATAAAACCATTTAAAGAT-AGTAATAAGGC-T
383 -AAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTT
* * ** * * *
12112 TCTAAAGGCATGGGTGACAACAAATGGACATTTT-TTGTTAATGAATAGCTTTCTCATCATGTTT
446 TC-AAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
***
12176 TTT
509 CCC
* * * * * * ** *
12179 AAGGTAAACATTGAATTTTAATCTATTTTAATGAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAAATCAA
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTT-AAAATCAA
* ******************* ** *
12244 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATAGAAAT
65 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAAT
* * * * *
12309 GGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGGCTTTTTCCTCATGTTTTCCAAG-GAAACGCTCAATTATAAT
130 GGACTTTTCTTGCCAAT-AAGTGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGATAAACACTAAATTATAAT
* * * * * *
12372 CTGTTTTGATAAAAAATGTAAAAAAACTCAACTAAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTA
194 CTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * *
12437 AAGTGAGTAATAAGACTTTGGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGCCAATGAATGA
259 AAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-
** *** * ** *** * * *
12502 CTTTTTCACCACACTTCCTAATATAGACATTTCGTTATAATATATTTTAAAT-AAAACTATAAAA
323 CTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTT-AATCAAAAATAT-AAA
* * * * ** * **
12566 AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGACTGTAAAATCATTTAAAACGAGTAGTAAGGCTTTGGAA
386 AAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * * * ***
12631 GGCATGGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTCTTTCTTCACATTTTTTAA
451 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT--CATGTTTCCC
* * * * * **
12694 AATG--AACACTAAATTATAATCTGCTCTGACCAAAAGTACAAAAAGATTCAACTTAAAATCAAT
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAAT
* ********** **
12757 AATGAGATTATAAAACCATTTAAAGNNNNNNNNNNAGCTTTAAAAGGCATGGGTGGCTATAAATG
66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATG
* ** *
12822 GACTTTTCTTGCCAATGAGTAACTTTTTCTTCATGTTTATCAAGATAAACACTAAATTATAATCT
131 GACTTTTCTTGCCAATAAGTGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGATAAACACTAAATTATAATCT
* * * * * * *
12887 GTTTTCACTAAAAATGTTAAAAGATTCAGCTTAAAACCAATAATGAGATTATAAAACCAATTAAA
196 ATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
12952 GTGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGACTTTCCTAGCCAATGAATTTC
261 GTAAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGC
* * * * *
13016 TTTTTCTTCATATTTCCCAAGGCAGACATTTAAATATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAC
324 TTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAA-
* * * * * * * **
13081 ATTCTG-CTTAAAATTAATAATGAGATCATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAAGCCTTTGGAAG
388 ATT-TGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * ** **
13145 GCATGGGTGGCTATAAAT-GAGTTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTC
452 GCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC
* ** * *** * *
13205 AAGGTAAACACGAAATTATAATCTGTTTTGGCCAAAAATGCCGAAAGATTCAACTTAAACTTAAT
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAAT
* ** * * * * *
13270 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTGGAAAGCATCGGTGACTATAAATA
66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATG
** * * * * * *
13335 GACTTTTCTTGCCAA-AGAAAGGTTTTTTC-TCATGTTTCTAAAGGTTAACACTCAATTATAATC
131 GACTTTTCTTGCCAATA-AGTGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGATAAACACTAAATTATAATC
* * * * * *
13398 TGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAA-ATATAAGATTATAAAACTATTTA
195 TATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATA-ATGAGATTATAAAACCATTTA
** * * * ** * *
13462 AAGCGAGAAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAGTGAGTGA
259 AAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-
* *
13527 CTTTTTCTTTATGTTTTCC-AAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA
323 CTTTTTCTTCATG-TTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATAT-AAA
* * * * * ** **
13591 AAATTCGACTTCAATTCAATTAGGAGATTATAAAACCATTTATAGCAAGTAATAAGGC-TTCNNN
386 AAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AA
******* * * * * * * **
13655 NNNNNNNGGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGTCAATGATTGGCTTTCTCTTAACATTTCTCC
450 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CC
* * * * * * * *
13718 AA-GTACAA-ATTGAATTTTAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTTCAGCTTAAAA-CT
1 AAGGCA-AACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGA-TTCAACTTAAAATC-
* * * *******
13779 AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGNNNNNNN
63 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAA
**** * * * * ** ** *
13844 NNNAACTTTT-TGTGCTAATGAA-TAGCTTTTTCCTCCTGTTACTCAAGGCAAACATTCAAA-TA
128 ATGGACTTTTCT-TGCCAAT-AAGTGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGATAAACACT-AAATTA
* * * * * ***********
13906 TAATCTTTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATNNNNNNNNNNCTTATAAAACCA
190 TAATCTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCA
** * * * * *
13971 TTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGGAAAGCATGGGTGACTATAAATGAAATTTTTTTGCTAATG
255 TTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
** * * *
14035 AATGGCTTTTTCTTCCCGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTGAA-CTAAAAAT
319 AAT-GCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATC-AAAAAT
* * * * * *
14098 ATAAAACAATTTAACTTTAAATCAATTATAAGATTATAAAATCATTTATAG-CAGGTAATAAGGC
381 ATAAAA-AATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA-GTAATAAGGC
* * * * * *
14162 TTTCAAAAGCATGGGTGAC------T----TTTT-TTACCAATGATTGGCTTTCTATTCATATTT
444 TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
*
14216 CTC
509 CCC
** * * * * * * *
14219 AAGATAGACATTGAATTTTAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
14284 TATGAGATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTGACTATAAATA
66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATG
* * * * * * *
14349 GACTTTTCTTACCAATGATTGGCTTTCTCTTCATGTTTCTT-GAGGTAGACACTGAAA-TATAAT
131 GACTTTTCTTGCCAATAAGTGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGATAAACACT-AAATTATAAT
* * * * * *
14412 CTGTTTTAACTAAAAATATAAAAA-ATT-AGACTCAAATTCAATAATG-GA-TATAAAACCATTT
194 CTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCA-ACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTT
*** * * * *
14473 AAAG-ATAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGGGTGACTACAAATGGCCTTTTCTTACCAATGATT
258 AAAGTA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * * ** *
14537 GGCTTTCTT-TTCAAGTTTCTC-AAGGTAGACATTGAATTCTAATCTGTTTTAACCAAATGTGTC
322 -GCTTT-TTCTTCATGTTTC-CAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATAT-
** * * * ** * *
14600 AAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCATTG
383 AAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * ** **
14665 GAAGGCATGGGTGAATATAAATAGAGTTTTCTTGCCAATGAATCGCTTTTTCTTCACATTTTGC
448 AAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC
* * * *
14729 AAGGAAAACACTCAATTATAATTTGTTTTGACCAAAAATGTTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAG
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATG-TAAAAAGATTCAACTTAAAATCAA
* * *** ** ** *
14793 TTGTGAGATTTTAAAACCATTT-AATTTAGGTAATACGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
65 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAA
* * * * * * * * * *
14857 TGAACTTTTCTTGTCAATGAA-TGAC-TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTCAACAATCAATTCTAA
129 TGGACTTTTCTTGCCAAT-AAGTGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGATAAACACTAAATTATAA
* * * * * * * *
14920 TTTGTTTCGACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAGAACTATTT
193 TCTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTT
** * * ** * *
14985 AAAGTGTGTAATAAAGC-TTCGAAAGTTATGGGTGGCAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
258 AAAGTAAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * * * *
15049 GGCCTTTTCTTCATGTTGT-CTAAGGTAAACA-CTAAATTATAATACTTTTTTAACCAAAAATGT
322 -GCTTTTTCTTCATGTT-TCCAAAGGTAGACATTTAAA-TATAAT-CTGTTTTAATCAAAAATAT
* * * * * *
15112 AAAGAGATTCT-ACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTCAAGTGGGTAATAAAGCTG
383 AAA-AAATT-TGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * ** ** * *
15176 TGAAAGGCATGAGTGACCATAAATGGGTTTTTCTTGCCAATGAATCTCATTTTCTTCATGTTTCT
446 TCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC
15241 C
511 C
* * * * *
15242 AAGGCAAACACTCAATTATAATATGTGTTTAACAAAAAACGTAAAAA-ACTTCAACTTAAAATTA
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGT-TTTGACCAAAAATGTAAAAAGA-TTCAACTTAAAATCA
** * *
15306 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAA
64 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAA
* * * * ** *
15371 TGAACTTTTCTTACTAATGAA-TGGCTTTTTTCTCTCA--TTTCTCAAGGCAAACATTCAAA-TA
129 TGGACTTTTCTTGCCAAT-AAGTGGC-TTTTTCT-TCATGTTTTTCAAGATAAACACT-AAATTA
* * ** * * * * *
15432 TAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAATAT-AACTTAAAATTAATTATGAGCTTATAAAACC
190 TAATCTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGAT-TCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACC
* * ** * * ** *
15496 ATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTCAAAGGCATGGATGACTATAAATGGATTTTTCTTGTTAATA
254 ATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * ** * * * *
15561 AATGACGTTTTCCTC-TCGTTTTCC-AAGACAAATATTCAAATATAATCTGTTTTAATCGAAAAT
319 AATG-CTTTTTCTTCAT-G-TTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAAT
* * * * * * * *
15624 ATAAAAAAATTAACTTAAAATCAAATATGAGCTTATAAAACCGTTTAAAGGGAATAATAAGGATT
381 ATAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * * * ** * *
15689 TGAAAGGTATGGATGACTATAGATGGACTTCTCTTACCACTAAAT-TATGTTTTCCTCACGTTTC
446 TCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTC
**
15753 TT
510 CC
* * * * * * *
15755 GAGACAAACACTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAACA-ATTCAACTTAAAATCAT
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAA-AGATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * * * *
15819 TTATGATATTGTAAAATCATTTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
65 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAAT
* * * * * * * ** *
15884 AGACTTTTCCTGCTAATGAA-TAGCTTTTTCTTCAT-CTTTCCTAAGGTCGACATTCAAA-TATA
130 GGACTTTTCTTGCCAAT-AAGTGGCTTTTTCTTCATGTTTTTC-AAGATAAACACT-AAATTATA
* * * * ** * * *
15946 ATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAACA-ATTTGA-TTCAAAATTAATTATGAGATTATAAAGCCA
192 ATCTATTTTGACAAAAAATGTAAAA-AGATTCAACTT-AAAATCAATAATGAGATTATAAAACCA
* *** ** * * *
16009 -TTAAA-TATAGCAATAAGGCTTCCAAAGATATGGGTGACTACAAATGAACTTTTCTTACCAATG
255 TTTAAAGTA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* *********** * * * * *
16072 AATAGCTTTTTCATCATGTTTCTNNNNNNNNNNATTGAATTTTAATCTGTTTTAATTAAAAATTT
319 AAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATAT
** * * * ** *
16137 AAAAAGATTCAACCTAAAAACAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTT
383 AAAAA-ATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
** * * * * ** * * **
16202 GGAAGGTATGGCTGACTATAAATAGACTTTTCTGGTTAATAAATGGCTTTTCCCCCA--TTTCCC
447 CAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC
* * * * * * * * *
16265 AAGGCAAACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAAACTATAAAAA-CTTCAACTTAAAATCAAA
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAAT
* * ********** * *
16329 TATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGANNNNNNNNNNTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATG
* * * * * * * ** *
16394 GACTTCTCTTACCAATGAA-TCGCATTCTCTTTATGTTTCTT-GAGGCAAACACTCAATTATAAT
131 GACTTTTCTTGCCAAT-AAGTGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGATAAACACTAAATTATAAT
* * ** * * * ********** *
16457 CTATATTAATTAAAACTATAAAACA-ATTTAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTGTAAAACCATTT
194 CTATTTTGACAAAAAATGTAAAA-AGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTT
** ** * * *
16521 AAAGCGAGTTGTAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATA
258 AAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-
* ** * * * *
16586 GCTTTTTCCTCCCGTTTCCTAAGGTAAACATTGAAATATAATCTATTTTAA-CTAAAAATATAAA
322 GCTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATC-AAAAATATAAA
* * * * * * ** * *
16650 AAAATTGACTTCAAATCAACTATGAGACTATAAAATCATTTATAGCAAGTAATAAAGCTTCCAAA
386 AAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAA
* * * * * * ** * * * * *
16715 AGTATAGGTGACTACAAATAGACTTTTTTTATCAATGATTGACTTTCTTTTTCACGTTTCTC
451 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TTCTTCATGTTTCCC
* * * * * * *
16777 AAAGTAGACACTCAATTTTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAAT
** * *
16842 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAT-AAGTCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAAT
* * * * * * ** * *
16906 AGATTTTTCTTGCTAATGAA-TGACTTTTTCCTCCTGTTTCTT-AAGGCAAACATTCAAA-CATA
130 GGACTTTTCTTGCCAAT-AAGTGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGATAAACACT-AAATTATA
* * * * * * **
16968 ATCTGTTTTAATC-AAAAGTATAAAAAAATTCAACTTAGAATCAA-ATATGAGCGTATAAAACCA
192 ATCTATTTTGA-CAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATA-ATGAGATTATAAAACCA
** ** * * *
17031 TTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAATTTTGTTGCTAATGA
255 TTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* ** *
17096 ATAGCTTTTTCCTC-TCGTTTCCCGAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATA
320 AT-GCTTTTTCTTCAT-GTTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATC-AAAAATA
* * * * *
17159 TAAAAAAACTTAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTATAGT-AGGTAATAAGGCT
382 T-AAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA-GTAATAAGGCT
* * * * * * * *
17223 TCCAGAA-GCATGGGCGACTACAAAT--ACATATTTCTTACTAATGATTGGCTTTCTATTCATGT
445 TTCA-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-T-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
*
17285 TTCTC
507 TTCCC
** * * * * * *
17290 AAGATAGACATTGAATTTTAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAGAA-ATTCAACTTAAAATCAA
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAA-AAGATTCAACTTAAAATCAA
********** * * ** * *
17354 TTATGNNNNNNNNNNACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATAGGTGACTATAAAT
65 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAAT
* * * * * ** * *
17419 GGACTTTTCTTGACAATGATTGGTTTTTTTTTCACATTTCTT-GAGATAGACACTGAAA-TATAA
130 GGACTTTTCTTGCCAATAAGTGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGATAAACACT-AAATTATAA
* * * ** * * * *
17482 TCTGTTTTAACTAAAAATACAAAAAAATT-AGACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
193 TCTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCA-ACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * ************ *
17546 TAAAAATAA-TAATAAGGCTTCTAAAGGTATGGGTGACTACAAATANNNNNNNNNNACCAATGAT
257 T-AAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * *** * * * *
17610 TGGCTTTCTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTGAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAATATCA
321 T-GCTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATAT-A
* * * * ** * * **
17675 AAACATTTAACTTAAAATCGATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCATTGG
384 AAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCA
*** * * ** ** *
17740 AAGGCATAATTGAATATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTTCC
449 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC
* * *
17803 AAGGAAAACACTGAATTTTAATCTGTTTT-AGCCAAAAATGTTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCA
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGA-CCAAAAATG-TAAAAAGATTCAACTTAAAATCA
* * * * ** * ** * *
17866 ATTGTGAGATTTTAAAACCATTTAATGCTG-GTAGTATGGCTTTTGAAGATATGGGTGACTACAA
64 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAA
* * ** * * * * * *
17930 ATAGACTTTTCTTGTCAATGAA-TAACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTCAACAATTAATTCTA
128 ATGGACTTTTCTTGCCAAT-AAGTGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGATAAACACTAAATTATA
* * * * * ** * *
17994 ATTTGTTTTGATAAAAAATATAAAAATATTCAGTTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
192 ATCTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATT
** * * ** * * * * *
18059 TAAAGTATTTAATAAAGC-TTCGAAAGTTATGAGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGCCAATCAT
257 TAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* ** * * * * * * * *
18123 TGGCTTTCTCATTACA--TTTCTTAGGGTTGACATTCAATTTTAATCTATTTTAAT-GAAAATGT
321 T-GCTTTTTC-TT-CATGTTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATAT
** ********** * *
18185 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCNNNNNNNNNNAGTAATAAGACTTTG
383 AAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * ** *
18250 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCCTCCCGTTTCTC
448 AAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC
* * * * ** * * **
18314 ATGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTTAACTTAAAATCANN
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAAT
******** * ** ** *
18379 NNNNNNNNTATAAAACCATTTAAAGCGAGTACTAAGATTTTTGG-AGG-ACTAAGTGACTATAAA
66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-AGCTTTGGAAGGCA-TGGGTGGCTATAAA
* * * * * * * *
18442 TAGACTTCTCTTGCCAATGAA-T--CATATTCTCTTCACGTTTCTT-AGGACAAACACTCAACTA
129 TGGACTTTTCTTGCCAAT-AAGTGGC-T-TTTTCTTCATGTTT-TTCAAGATAAACACTAAATTA
* * * * *
18503 TAATCTATCTTAT-AC-AAAACTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGT-AAAC
190 TAATCTAT-TT-TGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
** * ** * * *
18565 CATTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTCGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAA
253 CA-TTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* **********
18630 TGAATGGATTTTTAC-TC-TCGTTTCTC-AAGGTAGACATTNNNNNNNNNNCTGTTTTAATCAAA
317 TGAAT-GCTTTTT-CTTCAT-GTTTC-CAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAA
* * * *
18692 AATATAAAAACATTTGACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATGTAAAGCGAGTAATAAG
378 AATATAAAAA-ATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
** * * * * * * *
18757 GCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGATTTTTGTTACTAATAAATGGCTTTTTCTTCCTAT
442 GCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
*
18822 TTCCT
507 TTCCC
** * * * * * ** * * * * *
18827 ATTGAAAACATTCAAATATATTCTGCTTAAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATTAAT
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAAT
* * ** * * * * * * * *
18892 TATCAGCTTATAAAACTGTTTAAAACTAGTAATAAGGCTTCGGAAGGTATGGATGACTATCAATG
66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATG
* * * * * * * *
18957 GACTTCTCCTGCCAATGAA-T--CATGTTCTCTCCATGCTTCTTAAAGA-AAACACTCAACTATA
131 GACTTTTCTTGCCAAT-AAGTGGC-T-TTTTCTTCATG-TTTTTCAAGATAAACACTAAATTATA
* * * * * * * * **********
19018 ATCTATTGTAACCAACACTATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA-ATANNNNNNNNNNAAACCA
192 ATCTATTTTGACAAAAAATGT-AAAAAGATTCAACTTAAAATCAATA-ATGAGATTATAAAACCA
** * * * ** *
19082 TTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTGTTAAAGGCATGGGTGACCAGAAAAAGACTTTTCTTGCTAATG
255 TTTAAAGTAAGTAATAAGGCTT-TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
** * * *
19146 AATGGCTTTTT-TCTCCCGTTTCTC-AAGGTAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
319 AAT-GCTTTTTCT-TCATGTTTC-CAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAAT
********* ** * * *
19209 NNNNNNNNNNTCAACTTAAAATCAAATATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCT
381 -ATAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
** * * * * *
19274 TTGGAAGGCATAGATGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATAATG-TTCTT-TTCATGTT
445 TTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT--GGCTTTTTCTTCATGTT
**
19337 TCTT
508 TCCC
* * * * * * * *
19341 GAGGCAAACACTCAATTATGATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAAACATT
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * ** * **
19406 TATGAGTTTGTAAAATCATTTCAACCAAGTAAT-AAGCCTTTCAAAGGCTTGGGTATCTATAAAT
66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAAT
* * ** * ** * * ********
19470 AGACTTTTCTGGTTAATAAAT-TATTTTCTCTTCATGTTTTCCAA-AGTAGACA-TNNNNNNNNN
130 GGACTTTTCTTGCCAATAAGTGGCTTTT-TCTTCATGTTTTTCAAGA-TAAACACT-AAATTATA
* * * ** * * * * * *
19532 NTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATT-GACTCAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACCATT
192 ATCTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATT
* * *** * * * *
19596 T-AAGGATAGTAACAAGGCTTCCAAAGGTATGGGTGACTACAAATGTACTTTTCTTGTCAATGAA
257 TAAAGTA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * ** *
19660 TGGTTTTTTCATCTTGCTTCTTAAGGT--A-A---AAAT-TGAA----TTTTAATCAAAAATGTA
321 T-GCTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAGACATTTAAATAT-AATCTGTTTTAATCAAAAATATA
** ********** * *** * *
19714 AAAAGATTCAACNNNNNNNNNNTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAAAGTAATAAGACTTTG
384 AAAA-ATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * * *
19779 GAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAATTGCTTTTTCATCACGTTTCTTC
448 AAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CC
* * * * *
19844 -AGGCAAAAAATCAATTATAATCTGGTTT-ACCCAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGA-CCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAA
* ********** * * *
19907 TTATGAGATTATAAAACTATTNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
65 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAAT
* * * ** ** *
19972 GGACTTTTCTTGCCAATGA-TGGCTTTGTCTTCACGTTTCCCAAGA-AAATGCTCAATTATAATC
130 GGACTTTTCTTGCCAATAAGTGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGATAAACACTAAATTATAATC
* * **
20035 TGTTTTGACCAAAAATGTAAAACA-ATTCAA---AAAAGTCAGCTTAAATAATGAGGCTAT-AAA
195 TATTTTGACAAAAAATGTAAAA-AGATTCAACTTAAAA-T---C---AATAATGAGATTATAAAA
* * * * *
20095 CCATTTAAAGCATGAAAATAAGGC-TTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGATCATGTTTCCT
252 CCATTTAAAGTAAG-TAATAAGGCTTTTG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-C-T-TTT-CT
* * * * * * ** ** * * * * * * ** *
20159 AAGTCACAA-CACT-CATATTTGTT-TTGACTAAAAATGTAAAAAATTCACATTAAAATCAATTA
311 -TG-C-CAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGT-AGACATTTA-AATATAATCTGTTT
* **** ** * ** * *
20221 GATAT-AAAACA-ATAGACTTTTCTTG-C-TAATGAATGGCTTTTTCCTCCCGTTTCTGAAGGCA
370 TA-ATCAAAA-ATATA-AAAAAT-TTGACTTAA--AAT--C-AATT-AT-GAGATTAT-AA---A
* * ** * * **** *** * ** *
20282 AACATTCAAA-T-A-TAAT-CTGTTNNNNNNNNNNATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATAT
420 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT-----------T-TCAAAGGCATGGGTGACTAT-AAAT-G
***** * * * *** ** * * ***
20343 GAGCTTATAAAAACCATTTAA-CG-TGAGTAATAAAGTTTTGG
471 GA-CTT-TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC
**** * * * *** * *** * *
20384 AAGGC-ATGGGT-GACTATAAATGGACT-TCTCTT-TCCAANNNNNNNNNNTCTCTTTATGTTTC
1 AAGGCAAACACTCAATTAT-AAT---CTGT-T-TTGACCAA-------AAATGT-AAAAAGATTC
* *** * * * ** * ** * *
20445 TTGAGGAAAACACTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAA-AAACTTCAACTTAAAATC
52 --AACTTAAA-A-TCAATTATGA--GATTATAA--AACCATTTAAAGCGA-GT-AA--T-AAAGC
* * * ** * * * * *** * * *
20509 TTT-TATGAG-AT-TGTAAAATCATTTCAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGTATG-GGTAACT
104 TTTGGAAG-GCATGGGT---GGC-TAT-AA--ATGGACT-TTTCTTGCCAA--TAAGTGG---CT
* *** ** * * * ** * *
20570 ATAAATGAAATTTTCTTTCCAATGA-ATAGCTTTTTCTTCATGTTTTGCAAAGTAGACATTCAAA
155 TTTTCT-TCATGTT-TTT-CAA-GATA-AAC----AC-T-AAATTAT--AAT-----C--T---A
* * ** * * *
20634 TATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAATATTTGACTCAAAATCAATTATAAGATTATAAAAC
197 T-T--T-TG-----ACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAAC
* * *** * * * *
20699 TATTTAAAG-ATAGTAATAAGGGTTCCAAAGACATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGCTAA
253 CATTTAAAGTA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* * * *** * * * *
20763 TGAATGGCTTTCTATTTATGTTTCTTGAGGTAAACATTGAATTTTAATCTGTTTTAATCAAAAAT
317 TGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAAT
* * * **
20828 ATTAAAAAAATTTAACTTCAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
381 A-T-AAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
********** * * * *
20893 NNNNNNNNNNATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTTAATGAATGGCTTTTTCCTCCTTTT
444 TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTT
*
20957 TTCC
508 TCCC
* * * * * * * ********
20961 AAGGCAAACATTCAAATATAATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTANNNNNNNN
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAAT
** * * * * *
21026 NNTGAGCTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATG
* * * ** * * ** * *
21091 GACTTCTCTTACTAATGAA-TCACATTTTCTTCATGTTTCTT-GAGGCAAACACTCAACTATAAT
131 GACTTTTCTTGCCAAT-AAGTGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGATAAACACTAAATTATAAT
* * * * * * * * *
21154 CTATTTTAACCAAAACTCTGAAAACATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTA
194 CTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * *
21219 AAGCAAGTAATAAGAG-TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATAAATG
259 AAGTAAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * * * * *
21283 ACATTTTCCTCCTGTTTTCC-AATGTAGACATTCAAATATAATCT-TTTTAACCAAAAGTATAAA
323 -CTTTTTCTTCATG-TTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAA
********* ** * ** * *
21346 AAANNNNNNNNNNAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTATAGCAAGTAATAAGACTTCCAA
386 AAA-TTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAA
* * * * *** ** * *
21411 AAGCATGAGTAACTACAAATGGACTTTTCTTATTAATGGTTGGCTTTCTCTTCATGTTTCTC
450 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC
* * * * * * * **********
21473 AAGGTAGACATTGAATTTTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACA-ATTCNNNNNNNNNNCAA
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAA-AGATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * *
21537 TAATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAAGCATGGGTGACCATAAAT
65 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAAT
* * ** *
21602 GGACTTTTCTTGTCAATGAA-T--CATGTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACACTCAATTATA
130 GGACTTTTCTTGCCAAT-AAGTGGC-T-TTTTCTTCATGTTTTTCAAGATAAACACTAAATTATA
* * * * * * *
21664 ATCTATTTTAATACAAAATCTAAAACA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
192 ATCTATTTTGACAAAAAATGTAAAA-AGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCAT
*********** * *
21728 TTAAAGCNNNNNNNNNNGC-TTTGAAAGGCATGAGTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
256 TTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * * * **
21792 AT-CATGTTTTGTT--TGCATTTCTC-AAGGAAAACACTCAATTATAATTTGTTTTAGCCAAAAA
320 ATGC-T-TTTTCTTCATG--TTTC-CAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAA
* ** ********** ** *
21853 TGTAAAACAATTCAACTTAAAATNNNNNNNNNNATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGC
380 TATAAAA-AATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
* * * * * *
21918 TTTGAAAGGTATGGCTGGCCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT--CATGTTTTTTTCATGC
444 TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-T-TTTTCTTCATG-
*
21981 TTT-TC
506 TTTCCC
* * * * * * * *
21986 AAGGAAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAACTATAAAAAAAATCAAATTAAAATCAAT
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAAT
********* * * * *
22051 TATGAGATTATANNNNNNNNNNAAA-CGAGTAAT-AAGTTTTTGAAAAGCATGGGTGACTATAAA
66 TATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAA
* * * * ** *
22114 TGGACTTTTCTTGCTAATGAA-TGACTTTTTCCTCCCAT-TTCTT-AAGGCAAACAATCAAA-TA
129 TGGACTTTTCTTGCCAAT-AAGTGGCTTTTT-CT-TCATGTTTTTCAAGATAAACACT-AAATTA
* * * * * * * ** *
22175 TAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAGAATCAA-ATATAAGCGTATGAAACC
190 TAATCTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATA-ATGAGATTATAAAACC
* * ** * **
22239 ATTTAAAGCCAA-TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAAATTTTCTTGCTGAT
254 ATTTAAAG-TAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * ** * **********
22303 AAATGGCTTTTTCCTCCTATTTCTGAAGGTAGACATTCAAATATAATCNNNNNNNNNNAAAAATA
318 GAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATA
* * * * **
22368 TAAAACAATTTGGCTTCAAAA-CAATTATGAGACTATAAAATCATTTATAGCAAGTAATAAGGCT
382 TAAAA-AATTTGACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * * * * * *
22432 TCCAAAAGCATCGGTGACTACAAATAGACTTTT-TTACCAATGATTGGCTTTCTCTTTATGTTTC
445 TTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
*
22496 TC
510 CC
** * * * * * * * * *
22498 GTGGTAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTTAAACA-ATTCAACGTAAAATGAA
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATG-TAAAAAGATTCAACTTAAAATCAA
* * *
22562 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-AAGTCTTTGAAAGGCATGGGTAG-TATAAA
65 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAA
* * * * * *
22625 TGAACTTTTCTTGCTAATGAA-TGACTTTTTGCTATCA--TTTCTCAAGGA-AAACAATTAAA-C
129 TGGACTTTTCTTGCCAAT-AAGTGGCTTTTT-CT-TCATGTTTTTCAA-GATAAAC-ACTAAATT
* * * * * * * *
22685 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAGAATCAA-ATACGAGCTTATAAAAC
189 ATAATCTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATA-ATGAGATTATAAAAC
** * ** * * * * * *
22749 CATTTAAAGCCAGTAATAAAGCTTCCGAAGGCATGAGTGACTATAGATGCAATTTTGTTGCTAAT
253 CATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * *** * * *
22814 GAATGGCTTGTTCCTCCCATTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATAATCCGTTTTAA-CTAAAAAT
318 GAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATC-AAAAAT
** * * *
22878 ATAAAACAATTTGACTCCAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTATAG-CAGGTAATAAGGC
381 ATAAAA-AATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA-GTAATAAGGC
* * * * * ** * * * **
22942 CTCCAAAAGCATGGGTGACTACAAATAGA-TATTTCTTATCAATGATTGGCTTTTTATTTACATT
444 TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTT
*
23006 TCTC
508 TCCC
* * * * * * * *
23010 -AGAGCAGACATTGAATTTTAATCTGTTTT-A-AAAAATATATAAAAAAATTCTACTTAAAATCA
1 AAG-GCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAA-ATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCA
* * * * * ** * *
23072 ATTATAAGATTATCAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAA
64 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAA
* * * * * * * *
23137 TGGACTTTTCTTTCTAATGACTGGCTTTCTGTTCATGTTTCTT-GAGATAGACACTCAAA-TATA
129 TGGACTTTTCTTGCCAATAAGTGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGATAAACACT-AAATTATA
* * * ** * *
23200 ATCTGTTTTAATAAAAAAAATAAAAA-AATCAACTTAAAATCAA-ATATGAGCA-TATAAAATCA
192 ATCTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATA-ATGAG-ATTATAAAACCA
* * * * * * * *
23262 TTTAAAGGGAA-TAATAAGGC-TTTGAAAAGTATGGATTACTATAAACGGACTTTTTTTGCTAAT
255 TTTAAA-GTAAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
** * ** *** * * * * * * *
23325 GAATTATGTTTTCCTCACATTTCTTGAGGAAAACACTCAATTATAATCTATTTTAATTAAAAATA
318 GAATGCT-TTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATA
** * * * * * * ** * *
23390 TAAAACAATTCAACCTAAAATCATTTATGATATTGTAAAATCATTTCAAGCAAGAAACAA-GCTT
382 TAAAA-AATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-T
* * * * * * *
23454 TTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATCAATAGCTTTTTCTTCATCTTTC
445 TTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC
23519 CC
510 CC
* * * * * *
23521 AAGGTAAACATTC-ATATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACA-AGTT-GACTTAAAATC
1 AAGGCAAACACTCAAT-TATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAA-AGA-TTCAACTTAAAATC
** * * ********** * *
23583 AATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAGATAGCAATAAGGCNNNNNNNNNNATGGGTGACTACAA
63 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAA
* * * * * * * *
23647 ATGGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCATCATGTTTCTT-GAGGTAGACATTAAATTTTA
128 ATGGACTTTTCTTGCCAATAAGTGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGATAAACACTAAATTATA
* * * * * * * *
23711 ATTTGTTTTAATC-AAAAATTTAAAAAGGTTCAACTCAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAATCA
192 ATCTATTTTGA-CAAAAAATGTAAAAAGATTCAACT-TAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCA
*** * * *** ** * *
23774 TTTAAAACGAGTAGTAAGGC-TTTGAAAGGTACAAGTGACTATAAATTAACTTTTCTTGCTAATA
255 TTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * *
23838 AATGACTTTTTTCTCCCA--TTTCCCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
319 AATG-C-TTTTTCT-TCATGTTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAAT
* * * * * *
23901 ATAAAAAACTTTAACTTAAAATCAAATATGAGCTTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAAGG-T
381 ATAAAAAA-TTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * *** ** * * *
23965 TTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTATCTTGCTTGTGAATCACATTCTCTTCA-GGTT
445 TTCA-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
*
24029 CTCT
509 C-CC
* * * * * * * *
24033 AAGGTAAACACTCAACTATAATCTATTTTAACCAAAACTATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAAT
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAAT
* ********** * * * *
24098 TATGGGATNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCGACTATAAATG
66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATG
* * * * * ** * * * *
24163 TA-TTTTTTTGCTAATAAATAGCTTTTT-TCTCCCGTTTTCCAAGGTAGACATTGAAA-TATAAT
131 GACTTTTCTTGCCAATAAGTGGCTTTTTCT-TCATGTTTTTCAAGATAAACACT-AAATTATAAT
* * * * * ** * * *
24225 CTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTTGACTTCAAATCAATTATGAGACTATAAAATCC-TTT
194 CTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAA-CCATTT
* * *** * * ** *
24289 ATAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAAGCATGGGTGACTACAAAAAGACTTTTCTAT--CAATGATT
258 AAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAAT
* * * * * * * *
24352 GGCTTTCTCTTCATGTTTTC-AAGGTAAACATTCAATTTTAATCTATTTTAA-CTAAAAATGTAA
322 -GCTTTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATC-AAAAATAT-A
** ********** * * *
24415 AAAAATTCAACTTAAAANNNNNNNNNNGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTGA
384 AAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCA
* * * * * ** **
24480 AAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATTAATGACTTTTTCCTCCCGTTTCTT
449 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC
* * * * * * *
24543 AAGGCAAACAATCAAATGTAATCTGTTTT-AGCAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGA-CCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * * * *
24607 ATATGAGCTTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGTTTTGGAAGGCTTTGGTGACTATAAAT
65 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAAT
* * ** * * * * * ** * *
24672 GGACTTCTCTTACCAATGAA-TCACATTCTCTTTAGGTTTCTT-GAGGCAAACACTCAACTATAA
130 GGACTTTTCTTGCCAAT-AAGTGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGATAAACACTAAATTATAA
** * * * * * * *
24735 TCTATTTCAACCAAAACTGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACAATTT
193 TCTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTT
* * * ** * *
24800 AAAGTAAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGCGTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATG
258 AAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-
* * * * *
24865 GCTTTTT-TCCCCTATTTCCCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATATAA
322 GCTTTTTCT-TCATGTTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATC-AAAAATATAA
** * * * ** *
24928 AGAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTATAGCAAGTAATAAGGCTTCTG
385 A-AAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TC
* * * * * * * * **
24993 ATA-GCGTGGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGATTTGCTTTCTCTTCATGTTTCTT
448 AAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCC
* * * * * * *********
25056 AAGGTAAACATTCAATTTTAATATATTTTAACCAAAAA--TAAAAANNNNNNNNNNTAAAATCAA
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAA-GATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
25119 TTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCGAAAGGCATAGGTGACTATAAAT
65 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAAT
* * * * * ** ** *
25184 GGACCTTTCATGCTAAGGAA-TGGCTTTTTTCTCCCAT-TTCCT-AAGGCAAACATTCAAA-TAT
130 GGACTTTTCTTGCCAA-TAAGTGGC-TTTTTCT-TCATGTTTTTCAAGATAAACACT-AAATTAT
* * * ** * ********** * *
25245 AATCTGTTTTAACTAAAAACATAAAAAAANNNNNNNNNNAATCAA-ATATGAGCTTATAAAATCA
191 AATCTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATA-ATGAGATTATAAAACCA
** * * * *
25309 TTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGGAAGGCATGAGTGACTAT-AATAGACTTCTCTTACCAATG
255 TTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* ** * * * * * * * ***
25372 AAT-CATATTCTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACACTCAACTATAATCTATCTTAACCAAANNNN
319 AATGC-T-TTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAA-AAT
****** ** * * ** * *
25436 NNNNNNAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAACGGGTAATAAGACTT
381 ATAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
25501 TCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGATTTTTCCTCTCA-CTTT
446 TCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-CT-TCATGTTT
*
25565 -CT
509 CCC
* * * * * * * *
25567 AAGGTAGACAGTCAAATATAATCTGTTTT-ACTCAAAAATATAAAAAAATTCTACTTTAAATCAA
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGAC-CAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
25631 TTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAATGCATGGGTGACTATAAAT
65 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAAT
* * * * * *
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130 GGACTTTTCTTGCCAATAAGTGGCTTTTTCTTCATGTTTTTC-AA-GATAAACACT-AAATTATA
* * * * * * * * * **********
25758 ATCTACTTTAAC-TAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATCAGCTNNNNNNNNNNTT
192 ATCTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * * *
25822 TAAAACT-AGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATAGATGACTATAAATGGACTTCTCCTGCCAATGAA
257 T-AAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * ** * * * * * * * * *
25886 T-CATGTTCTCTTCATATTTCTTAAGGCAAACACTCAACTATAATCTGTTGTAACCAAAATTGTA
321 TGC-T-TTTTCTTCATGTTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATATA
* ** * * * * * * *
25950 AAACAGTTCAACTCAAAATTAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTGTC
384 AAA-AATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * *
26015 AAAGGTATGGGTGACTCTAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATAGCCTTTTTC-TCTTGTTTCCC
448 AAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCC
* * * * * * * * * **********
26079 AAGACAAACATTTAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTNNNNNNNNNN
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * * *
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66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATG
* * * * * * *
26209 GACTTCTCTTCCCAATGAA-T--CATGTTCTCTTCATGTTTCTTGAGGA-AAACACTCAATTATG
131 GACTTTTCTTGCCAAT-AAGTGGC-T-TTTTCTTCATGTTT-TTCAAGATAAACACTAAATTATA
* * * * * * * *
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192 ATCTATTTTGACAAAAAATGTAAAAAGATTCAACTT-AAAATCAATAATGAGATTATAAAA-CCA
* ** * * * * **
26335 -TTCAACCAAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGGGTGTCTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGA
255 TTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * *
26399 ATAGTTTTTTCTTCATGTTTTCCAAA-GTAGACATTTAGATATAATCTATTTTAATGAAAAATAT
320 AT-GCTTTTTCTTCATG-TTTCCAAAGGTAGACATTTAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATAT
* * * * *
26463 AAAAAAATTTGAGTCAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGAT-AGTAACAAGGCTT
383 -AAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTT
* * * ** * * * * *
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446 TCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC
*
26592 T
511 C
* * * * * * * * * * *
26593 GAGGCAAATATTGAATTTTAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAATTAGT
1 AAGGCAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAAT
* * ** * * * * *
26658 AATGAGATTATAAAACTATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTGCAAGGCATAGGTGACTATAAATA
66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATG
* * * * * * * *
26723 GACTTTT-TCCGTCAATGAA-TGGCTTTTTCATCACGTTTCTT-GAGGTAAAAACTCAATTATAA
131 GACTTTTCT-TGCCAAT-AAGTGGCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGATAAACACTAAATTATAA
** * *
26785 TCTGGTTT-ACCCAAAAATGTAAAACA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
193 TCTATTTTGA-CAAAAAATGTAAAA-AGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAA
26844 NNNNNNNNNN
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Found at i:15049 original size:21 final size:21
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* *
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1 CAATAAATGGACTTTTCTT
15060 CATGTTGTCT
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CAATAAATGGACTTTTCTTGC
Found at i:15237 original size:172 final size:168
Alignment explanation
Indices: 5521--26843 Score: 7129
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5511 CTTGCCAATG
* * * * * * *
5521 AAGGTAAACACTCAATTATGATCTGTTTAAACAAAAAATGTAAAAGAATTTAAGTTAAAATCAAT
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* * * * ** ** * *
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* * * * * * * * **
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* * * * * * *** *
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* ** * *
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* * * * **
5862 CGAGGTAGACATTAAATTTTAATCCGTTTTAACCAAAAATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATC-A
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* * * * * * *
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* * * *****
5991 TGGACTTTTCCTACCAATGAATCATG-TTTTCTTCATGNNNNNN
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAAT--GGCTTTTCTTCATG-TTTCT
***** * * * ** * *
6034 NNNNAAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGATGAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAAT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * * ** *
6099 TATGAGATCATAAGACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTCAGTGACTGTAAATG
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* * * * *
6164 GACTTCTCTTACCAATGGATGGGTTTTACATCATGTTTCTT
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* * * ** * * * **
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1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
********** * * * ** * * * *
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65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * *
6334 GACTTTTTTTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTATCCT
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* * * * * * * *
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* * * *
6439 TTATGAGATTATAAAATCATTTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTCTAAAGGCATGGGTGACTACAA
64 TTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTC-AAAGGCATGGGTGACTATAA
* * ** * * *
6503 ATAGATTTTTCTTATCAATGATTGGCTTTCTCTTTACGTTTCAT
127 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TCTTCATGTTTC-T
* * * * * * * * *
6547 GATGTGAACATTAAATTTTAATCTTTTTAAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * *
6612 TATGAGATTATAAAACCAATTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCGTTGATGACTATAAATG
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* * * * ** * *
6677 TACTTTTATAGCCAATAAATGGCTTTTACACCACGTTTTT
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTTCT
*** * * * * * * * *
6717 AGAACCAAACATTCAATTTTAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAN
1 A-AGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAA
********* * * ** **
6782 NNNNNNNNNTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCATTGGAAGGCATGAATGACTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
*
6847 GGACTTCTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTGCT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTT-CT
* * * * *
6889 AAGG-AAACGCTTAATTCTAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAAT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * ** * *
6953 AATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAGTAAGGGTTT-AGAAGATATGAGTGATTATAAAT
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCA-AAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * ** * *
7017 GGACTTCTCTTGCCAACGAATCACGTTAT-ATCATGTTTCTT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTC-T
* * * * * * *
7058 CAGGTAAAAATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAACTGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAAT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* ********** * ** * *
7123 TATGAGATTGTAAAANNNNNNNNNNCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAGGTGGCTATAAATG
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * ** *
7188 GACTTTTCTTACTAATGAATAGCTTTTTTCTCCCGTTTCCC
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCT-TCATGTTT-CT
* * * * * *
7229 AAGGTAAACATTCAAA-TATAATCTGTTTGAATCAAAATAT-AAAAAAAATCAACTTAAAATCAA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * ** *
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64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * *
7356 GAACTTCTT-TTGCCAATGAATCATG-TTTTCTTCATGTTTGTT
129 GGACTT-TTCTTGCCAATGAAT--GGCTTTTCTTCATGTTT-CT
* * * * ** * *
7398 GAGGCAAACACTCAATTATAATCTATTTTAATTAAAAATATTAAAAAATTAAACTTAAAATCAAT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * ** **
7463 TATGAGACTATAAAACCATTTTAAGCAAGTAATAATGTTTTTGAAGGCATGAATGACTATAAATG
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* ** * * * *
7528 GACTTTTCCTATCAATAAATAGCTTTTCTTCATATTTTCC
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCTTCAT-GTTTCT
** * * * * **
7568 AAGGTCGACATTCAAA-TATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTGACTTAAAATCAA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* ** * * * **
7632 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGATAGTAATAAGGCTTTCAAAGCCATGGGTGGCTACGAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * *
7697 GAACTTCTCTTGTCAATGAATGGCTTTCTCATT-ATGTTTCTT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TC-TTCATGTTTC-T
* * * * * * ** * *
7739 GAGGTAGACATTGAATTTTAATCTATTTTAATTAAAAATGTAAAAAGATTCGACTGAAAATCAAT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
7804 AATAAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAAT-AAGACTTTGAAAGGCATGAGTGACTATAAAT
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * *
7868 GGACTTTTCCTGCCAATGAATCATG-TTTTCTTCTTGTTTCT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAAT--GGCTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * ** * *
7909 CAAGGTAAATACTCAATTGTAATCTGTTTTGATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATGAA
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * ** *
7974 TTATGAGATCATAAGACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTAAGTGACTGTAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * *
8039 GGACTTCTCTTGCCAATGGATGGGTTTTGCTTCATGTTTCCT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTT-CT
* * ** * * * **
8081 GAA--TCAGACATTCGATTATAA-CATATATCAAATAAAAATGTAAAGAAATTCAACTTAAAATC
1 -AAGGT-AAACACTAAATTATAATC-TTTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATC
* * * * * * *
8143 AATTAGGAGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTT-AGAAGGAAT-TGTTACCTAT
62 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCA-AAGGCATGGGTGA-CTAT
* * **
8206 AAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATCACTTTTTCTTCATGTTTCCT
125 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTT-CT
* ** * * * *
8252 GAGGCCAACACTCAATTCTAAT-TTGTTTTGACCAAATATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTT-TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * **
8316 TAATGAGATTATAAAACTATTTAAAAG-AAGTAAT-AAGACTTTGAAAGGCATGGGTGACTATTT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAA
* * **
8379 ATAGACTTTTCTTACCAATGAATCACTTTT-TTCACATGTTTCT
127 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCTT--CATGTTTCT
* * * * ** * * * *
8422 TAGGCTAAACACTCAATTATAATCTATTTTGATGAAAAATATAAAAAATTTTAACTTTAAATTAA
1 AAGG-TAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAA
* * ********** * * *
8487 TTATGAGATCATAAGACCATNNNNNNNNNNTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTGTAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * *
8552 GGA--TTTCTTTTCCAATGGATGTG-TTTTGCATCATATTTCCT
129 GGACTTTTC-TTGCCAATGAATG-GCTTTT-CTTCATGTTT-CT
* * * ** * * ** * *
8593 AA-ATCAGACATTCGATTATAATATATTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
1 AAGGT-AAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * * * * * *
8657 TTATGATATTATAAGACCATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTAAAACGAATAGTTGGCTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
********** **
8722 GGACTTNNNNNNNNNNTGAATCACTTTTTCTTCATGTTTCTT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTC-T
** * * * * * **********
8764 GAA-GCCAACACTCAATTCTAATTTTTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTTAANNNNNNNNNNA
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
8828 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAAACTTTAAAAGGTATGGGTGGCTAGAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * *
8893 GGACTTTTTTTGCCACTGAGTAGCTTTTCCTTCATGTTTTT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTTCT
* * * * * *
8934 CAAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTCTAATCAAAAATGTAAAACAAATCAACTAAAAATCAA
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAA
* * * * ** * *
8999 TAATGAGATTATAAAATCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATGAGTGACTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * *
9064 AGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTT-CT
* * * * *
9106 AA-ATAAGACATTCAAA-TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTT-AAATCA
1 AAGGTAA-ACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * *** *
9168 ATTATGAGGTTATAAAACCATATGAAGCAAGTAATAAAGCTTT-AGAAGGCATAAATGACTATAT
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCA-AAGGCATGGGTGACTATAA
* ***
9232 ATGGACTTTTTTTGCCAATGAATTATATTTTCTTCATGTTTCT
127 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGGCTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * * *
9275 AAAGGAAAACACTCAATTATAATCTATTTTGACTAAAAATTTAAAAAAAAATCAACTTAAAATCA
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * **
9340 ACTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGC-ATCGAAAGGCATGGGTGACTGCAA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTC-AAAGGCATGGGTGACTATAA
* * *
9404 ATGGA-TTTTTTTG-CACCTGAATAGCTCTTTCTTCACAT-TTTCT
127 ATGGACTTTTCTTGCCA-ATGAATGGCT-TTTCTT--CATGTTTCT
* * * * *
9447 AAAGTAAACATTCAAA-TATAATCTCTTTTAA-CAAGAAATATAAAAAAATT-GACTTAAAATCA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAA-AAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
* ** * * * **
9509 ATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTAACTACCAA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* *
9574 TGGACTTTTCTTGCCAAAGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCT
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * * ** *
9616 CATGGTAGACATTGAATT-TCAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAGATTCAATTTAAAATCA
1 -AAGGTAAACACTAAATTAT-AATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCA
* * * * ** *
9680 ATTATGAGATCATAAAACTATTTAAAGTGTGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
** * *
9745 TGGACTTTTCTTGTTAAT-AAGTGGCTTTTTCTTTACT-TTTTT
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGGC-TTTTCTTCA-TGTTTCT
* * * * * *
9787 CAAGATAAACACTAAATTATAATCTATTTTGACAAAAAAAGTAAAAAGATTCATCTTAAAATCAA
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAA
* * * * ** * * **
9852 TAATGAGATTGTAAAGCCATTTGAAGTAAGTACTAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * *
9917 GGACTTTTTTTGACAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCA
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTT-CT
* * * * * ** *
9959 AAGGTACACATTTAAA-TATGAT-TTGTTTTAATCAAAAATATAAAACAATTTGACTTAAAATTA
1 AAGGTAAACA-CTAAATTATAATCTT-TTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCA
* * * * * *
10022 ATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGATG-GAAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGTGACTACAA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAA
**********
10086 ATGGACTTTNNNNNNNNNNGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCT
127 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTT--CT
** * * * *
10131 -AGGCCAACACTCAATTCTAAT-TTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAGAATTCAATTTAAAATCAA
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTT-TTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAA
* ********** * ** * * *
10194 TTATGAGATCATANNNNNNNNNNAAGCGTGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGAGTGGCTATAAAC
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * *
10259 GGACTTTACTTGCCAATTAGTGGCTTTTTCTTCATGTTTTT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCT
* * * *
10300 TAGGATAAACACTAAATTATAAT-TTATTTTAACTAAAAATATAAAAAGATTCAAATTAAAATCA
1 AAGG-TAAACACTAAATTATAATCTT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * *
10364 ATAATCAGATTGTAAAACCATTTGAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTGTAAA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
*** * * *
10429 TGGACTTTTCTTAATAATGAATAGCTTTTTCTTCATATTTCCC
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTT-CT
* * * * * * * ****
10472 AAAGTAGATATTGAAA-TATAATCTGTTTTAACCAAGAATATAAAAAAATTTGTTTTAAAATCAA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * ** * * * *
10536 TTATAAGCTTATAAAACCATTTAAAGATAGAAATAAGGCTTCCAAAGGCATGAGTGACTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* **
10601 GAACTTTTCTTGATAATG-ATAGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGC-TTTTCTTCATG-TTT-CT
** * * * * * *
10644 -AGGCCAACACTCAATTCTAAT-TTGTTTTGACTACAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAA
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTC-AACTTAAAATCAA
* * * * ********** *
10707 TTTTGAGATTATAACACCATTTAAAGTGTGTAATAAAGCNNNNNNNNNNATGGGTGGCTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * * * *
10772 TGACTTTTTTTACCAAGGAGTGGATTTTTCTTCACT-TTTTT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTCTTCA-TGTTTCT
* * * * * * * *
10813 GAGATAAACACTAAATTAGAATCTCTTTTGACTAAAAATATAAACAGATTCAACTTAAAATCAAT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * * ** *
10878 AATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTGAAAGGCATCAGTGACCATAAATG
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* ***
10943 GACTTTTCATGCCAATGAATCATTTTCTCTTCATGTTTCT
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TCTTCATGTTTCT
* ** * * * *******
10983 CAAGGCAAACACCCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTANNNNNNN
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
*** * * * ** * *
11048 NNNTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTAACTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * ** *
11113 AGATTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTGTCTTCACATTTCC
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TCTTCATGTTTCT
* * * * *
11154 AAGGTCAACACTCAATTCTAAT-TTGTTTTGATCAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAA
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAA
* ** * * * ** * *
11218 TTATGAGATCATAAAAAAATTTAAAGCGAGTAATGAAGCTTTGAAAGGCATAGACGTCCATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * *
11283 GGACTTTTCTTGCCAATGAGTGACTTTTTCTACATGTTTTT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * * **********
11324 CAAGCTAAAAACTAAATTATAATCTGTTTTGACTAAAAATATAAAAAGATTCAANNNNNNNNNNA
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAA
* * **
11389 TAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGTGTGGGTGACTATAAA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCA-AAGGCATGGGTGACTATAAA
** ** *
11453 TGGACCTTTT-TACCCAATGAATGAATTTTTCATCATGTTTCT
128 TGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * * * ** * * * *
11495 AAAGATAGACATTCAGTTATAATATATTTTAAATAAAAATATGAAAAATTCAATTTAAAAACAAT
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * ** *
11560 TATGAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGATGACTATAAATG
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * *
11625 GAATTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTTCTCCCAT-TTCCC
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGC--TTTTCT-TCATGTTTCT
** * * * * *
11666 AAGCAAAATATTCAAA-TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATTAA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * ** *
11730 TTATAAGCTTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTGGAAGGTATGGGTGACTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* **
11795 GGACTTCTCTTGCCAATGAA--GCATGTTCTCTTCACATTTCTT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-T-TT-TCTTCATGTTTC-T
* * * * * * * *
11837 GAGGCAAACACTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATCTAAAACAATTCGACTTAAAATAAAT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* ********** * ** *
11902 TATGAGATTGTAAAACCATTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATA
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* *
11967 GACCTTTCTTGCCAATGAATAGGTTTTTCTTCATGTTTCT
130 GACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * * *
12007 CAAAGTAGACATTGAAA-TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCTGACTTAAAATCA
1 -AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTC-AACTTAAAATCA
* * ** * * *
12071 ATTATCAAATTATAAAACCATTTAAAGATAGTAATAAGGC-TTCTAAAGGCATGGGTGACAACAA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTC-AAAGGCATGGGTGACTATAA
** * * *
12135 ATGGACATTTT-TTGTTAATGAATAGCTTTCTCATCATGTTTTTT
127 ATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TCTTCATG-TTTCT
* * * * ** *
12179 AAGGTAAACATTGAATTTTAATCTATTTTAATGAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAAATCAA
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTT-AAAATCAA
* ******************* * *
12244 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATAGAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* *
12309 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCCTCATGTTTTCC
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATG-TTTCT
* * * * ** * * *
12351 AAGG-AAACGCTCAATTATAATCTGTTTTGATAAAAAATGTAAAAAAACTCAACTAAAAATTAAT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * ** *
12415 AATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGACTTTGGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * ** ** *
12479 AGACTTTTCTAGCCAATGAATGACTTTTTCACCACACTTCCT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCA-TGTTTCT
** * * *** * * ** * * *
12521 AATATAGACATTTCGTTATAATATATTTTAAATAAAACTATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * ** *
12586 TATGAGACTGTAAAATCATTTAAAACGAGTAGTAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGAATATAAATG
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * *
12651 GACTTTTCTTGTCAATGAATGACTCTTTCTTCACAT-TTTTT
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTCTT--CATGTTTCT
** * ** * * * **
12692 AAAATGAACACTAAATTATAATCTGCTCTGACCAAAAGTACAAAAAGATTCAACTTAAAATCAAT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAAT
* ********** * *
12757 AATGAGATTATAAAACCATTTAAAGNNNNNNNNNNAGCTTTAAAAGGCATGGGTGGCTATAAATG
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* ** *
12822 GACTTTTCTTGCCAATGAGTAACTTTTTCTTCATGTTTAT
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * * *
12862 CAAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTCACTAAAAATGTTAAAAGATTCAGCTTAAAACCAA
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
12927 TAATGAGATTATAAAACCAATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCGTGGGTGACTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * ** * *
12992 GGACTTTCCTAGCCAATGAATTTCTTTTTCTTCATATTTCCC
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTT-CT
* * * * * ** *
13034 AAGGCAGACATTTAAA-TATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAACATTCTGCTTAAAATTAA
1 AAGGTAAACA-CTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAA
* * * * ** *
13098 TAATGAGATCATAAAACTATTTAAAGCGTGTAAT-AAGCCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* ** *
13162 T-GAGTTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTT
128 TGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCT
* * ** ** * * *
13204 CAAGGTAAACACGAAATTATAATCTGTTTTGGCCAAAAATGCCGAAAGATTCAACTTAAACTTAA
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* ** * * *
13269 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTGGAAA-GCATCGGTGACTATAAA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT-CAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * *
13333 TAGACTTTTCTTGCCAAAGAAAGG-TTTTTTCTCATGTTTCT
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCT-TCATGTTTCT
* * * * *
13374 AAAGGTTAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTGAAATCAA
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * **
13439 ATATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGAAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
** * * * * *
13504 GGACTTTTCTTTTCAGTGAGTGACTTTTTCTTTATGTTTTCC
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATG-TTTCT
* * * * * * *
13546 AAGGTAGACATTTAAA-TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCGACTTCAATTCAA
1 AAGGTAAACA-CTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * ********* *
13610 TTAGGAGATTATAAAACCATTTATAGCAAGTAATAAGGC-TTCNNNNNNNNNNGGTGACTACAAA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTC-AAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * *
13674 TAGACTTTTCTTGTCAATGATTGGCTTTCTCTTAACAT-TTCTCC
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TCTT--CATGTT-TCT
* * * * * *
13718 AA-GTACAA-ATTGAATTTTAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTCAGCTTAAAA-CTA
1 AAGGTA-AACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATC-A
* * * ** ********
13780 ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGNNNNNNNN
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
*** * * * * *
13845 NNAACTTTT-TGTGCTAATGAATAGCTTTTTCCTCCTGTTACT
128 TGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCT
* * * * **
13887 CAAGGCAAACATTCAAA-TATAATCTTTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATNN
1 -AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
********* * * *
13951 NNNNNNNNCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGGAAA-GCATGGGTGACTATAA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT-CAAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * * **
14015 ATGAAATTTTTTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCCCGTTTCT
127 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * * * *
14058 CAAGGTAGACATTCAAA-TATAATCTATTTGAACTAAAAATATAAAACAATTTAACTTTAAATCA
1 -AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCA
* * * * *
14122 ATTATAAGATTATAAAATCATTTATAGC-AGGTAATAAGGCTTTCAAAAGCATGGGTGAC-----
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * *
14181 -T----TTTT-TTACCAATGATTGGCTTTCTATTCATATTTCT
127 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TCTTCATGTTTCT
* * * * * *
14218 CAAGATAGACATTGAATTTTAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * *
14283 TTATGAGATTATCAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTGACTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * *
14348 AGACTTTTCTTACCAATGATTGGCTTTCTCTTCATGTTTCTT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TCTTCATGTTTC-T
* * * * * * *
14390 GAGGTAGACACTGAAA-TATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAATT-AGACTCAAATTCAA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAA
* ** * * *
14453 TAATG-GA-TATAAAACCATTTAAAGATAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGGGTGACTACAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * *
14516 GGCCTTTTCTTACCAATGATTGGCTTTCTTTTCAAGTTTCT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TCTTCATGTTTCT
* * * * * ** *
14557 CAAGGTAGACATTGAATTCTAATCTGTTTTAACCAAATGTGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCGA
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * ** *
14622 TTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCATTGGAAGGCATGGGTGAATATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * *
14687 AGAGTTTTCTTGCCAATGAATCGCTTTTTCTTCACAT-TTTGC-
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTT--CATGTTT-CT
* * * * *
14729 AAGGAAAACACTCAATTATAAT-TTGTTTTGACCAAAAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAG
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTT-TTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * *** **
14793 TTGTGAGATTTTAAAACCATTT-AATTTAGGTAATACGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * *
14857 TGAACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTCTTCACGTTTCT
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * ** * *
14898 CAAGGTCAACAATCAATTCTAAT-TTGTTTCGACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTT-TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * ** * *
14962 ATTATGAGATTATAGAACTATTTAAAGTGTGTAATAAAGC-TTCGAAAGTTATGGGTGGCAATAA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTC-AAAGGCATGGGTGACTATAA
15026 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCCTTTTCTTCATGTTGTCT
127 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTCTTCATGTT-TCT
* *
15070 AAGGTAAACACTAAATTATAATACTTTTTTAACCAAAAATGTAAAGAGATTCTACTTAAAATCAA
1 AAGGTAAACACTAAATTATAAT-CTTTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * * *
15135 TAATGAGATTATAAAACCATTTCAAGTGGGTAATAAAGCTGTGAAAGGCATGAGTGACCATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
** **
15200 GGGTTTTTCTTGCCAATGAATCTCATTTTCTTCATGTTTCT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * * *
15241 CAAGGCAAACACTCAATTATAATATGTGTTTAACAAAAAACGTAAAAAACTTCAACTTAAAATTA
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCT-TTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCA
*
15306 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * *
15371 TGAACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTTCTCTCA--TTTCT
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC--TTTTCT-TCATGTTTCT
* * * ** * *
15413 CAAGGCAAACATTCAAA-TATAATCTGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAATAT-AACTTAAAATT
1 -AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAT-TCAACTTAAAATC
* * *
15476 AATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-AAGTCTTTCAAAGGCATGGATGACTATA
62 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATA
* ** * * * *
15540 AATGGATTTTTCTTGTTAATAAATGACGTTTTCCTC-TCGTTTTCC
126 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCAT-G-TTTCT
** * * * * * *
15585 AAGACAAATATTCAAA-TATAATCTGTTTTAATCGAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * * * * * *
15648 ATATGAGCTTATAAAACCGTTTAAAGGGAATAATAAGGATTTGAAAGGTATGGATGACTATAGAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * * * *
15713 GGACTTCTCTTACCACTAAATTATG-TTTTCCTCACGTTTCTT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAA-T-GGCTTTTCTTCATGTTTC-T
* ** * * * * *
15755 GAGACAAACACTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCATT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * * * *
15820 TATGATATTGTAAAATCATTTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATA
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * *
15885 GACTTTTCCTGCTAATGAATAGCTTTTTCTTCATCTTTCCT
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTT-CT
** * * * ** *
15926 AAGGTCGACATTCAAA-TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTTGA-TTCAAAATTA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTT-AAAATCA
* *** * * * ** *
15989 ATTATGAGATTATAAAGCCA-TTAAATATAGCAATAAGGCTTCCAAAGATATGGGTGACTACAAA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * *
16053 TGAACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCATCATGTTTCT
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCT
********* * * * * ** * * *
16095 NNNNNNNNNNATTGAATTTTAATCTGTTTTAATTAAAAATTTAAAAAGATTCAACCTAAAAACAA
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAA
* * ** * *
16160 TTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTGGAAGGTATGGCTGACTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * ** * ** * *
16225 AGACTTTTCTGGTTAATAAATGGCTTTTCCCCCAT-TTCCC
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTT-CTTCATGTTTCT
* * * * * * * *
16265 AAGGCAAACATTTAAA-TATAATCTGTTTTAATCAAAACTATAAAAACTTCAACTTAAAATCAAA
1 AAGGTAAACA-CTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * **********
16329 TATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGANNNNNNNNNNTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCA-AAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * *
16393 GGACTTCTCTTACCAATGAATCGCATTCTCTTTATGTTTCTT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTC-T
* * * * * ** * * * ******
16435 GAGGCAAACACTCAATTATAATCTATATTAATTAAAACTATAAAACAATTTAACTTAAANNNNNN
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
**** * ** * * *
16500 NNNNAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTTGTAAGGCTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATG
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * **
16565 GACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTTTTTCCTCCCGTTTCCT
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTT-CT
* * * * * *
16606 AAGGTAAACATTGAAA-TATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATT-GACTTCAAATCAA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * * * * *
16669 CTATGAGACTATAAAATCATTTATAGCAAGTAATAAAGCTTCCAAAAGTATAGGTGACTACAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * ** * * * *
16734 AGACTTTTTTTATCAATGATTGACTTTCTTTTTCACGTTTCT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TT-TTCTTCATGTTTCT
* * * * * *
16776 CAAAGTAGACACTCAATTTTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
** *
16841 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAAT-AAGTCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * * *
16905 TAGATTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCCTCCTGTTTCTT
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTC-T
* * * * * * * *
16948 AAGGCAAACATTCAAA-CATAATCTGTTTTAATCAAAAGTATAAAAAAATTCAACTTAGAATCAA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* ** * * * *
17012 ATATGAGCGTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * * *
17077 GGAATTTTGTTGCTAATGAATAGCTTTTTCCTC-TCGTTTCCC
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCAT-GTTT-CT
* * * * * * *
17119 GAGGTAGACATTCAAA-TATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAACTT-AACTTCAAATCA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA-TTCAACTTAAAATCA
* * * * * * *
17182 ATTATGAGATTATAAAACTATTTATAG-TAGGTAATAAGGCTTCCAGAA-GCATGGGCGACTACA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAAGCTTTCA-AAGGCATGGGTGACTATA
* * * *
17245 AAT--ACATATTTCTTACTAATGATTGGCTTTCTATTCATGTTTCT
126 AATGGAC-T-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TCTTCATGTTTCT
* * * * * *
17289 CAAGATAGACATTGAATTTTAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCAA
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAA
********** * * * *
17354 TTATGNNNNNNNNNNACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATAGGTGACTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * **
17419 GGACTTTTCTTGACAATGATTGGTTTTTTTTTCACATTTCTT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTCTTCATGTTTC-T
* * * * * ** *
17461 GAGATAGACACTGAAA-TATAATCTGTTTTAACTAAAAATACAAAAAAATT-AGACTCAAAATCA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAATTCA-ACTTAAAATCA
* *** * * * *
17524 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAATAATAATAAGGC-TTCTAAAGGTATGGGTGACTACAA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTC-AAAGGCATGGGTGACTATAA
************ * *
17588 ATANNNNNNNNNNACCAATGATTGGCTTTCTCTTCAAGTTTCTT
127 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TCTTCATGTTTC-T
* * * * * * * * * *
17632 GAGGTAGACATTGAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAATATCAAAACATTTAACTTAAAATCGAT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * ** *** *
17697 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCATTGGAAGGCATAATTGAATATAAATG
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* ** *
17762 GACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTTCTTCACAT-TTTCC
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTT--CATGTTTCT
* * * * *
17803 AAGGAAAACACTGAATTTTAATCTGTTTTAGCCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * ** ** ** *
17868 TGTGAGATTTTAAAACCATTTAATGCTG-GTAGTATGGCTTTTGAAGATATGGGTGACTACAAAT
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * **
17932 AGACTTTTCTTGTCAATGAATAACTTTTTCTTCATGTTTCT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * ** * **
17973 CAAGGTCAACAATTAATTCTAAT-TTGTTTTGATAAAAAATATAAAAATATTCAGTTTAAAATCA
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCA
* * * ** * *
18037 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-TATTTAATAAAGC-TTCGAAAGTTATGAGTGACTACA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAAGCTTTC-AAAGGCATGGGTGACTATA
* * *
18100 AATAGACTTTTCTTGCCAATCATTGGCTTTCTCATTACA--TTTCTT
126 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TC-TT-CATGTTTC-T
* ** * * * * **
18145 AGGGTTGACATTCAATTTTAATCTATTTTAA-TGAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
********** **
18209 ATGAGATTATAAAACCNNNNNNNNNNAGTAAT-AAGACTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * **
18273 GACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCCTCCCGTTTCT
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCT
* * * * ** *
18313 CATGGCAAACATTCAAA-TATAATCTGTTTTAACCAAAAACATAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
1 -AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
********** * * *** **
18377 NNNNNNNNNNTATAAAACCATTTAAAGCGAGTACT-AAGATTTTTGGAGG-ACTAAGTGACTATA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCAAAGGCA-TGGGTGACTATA
* * *
18440 AATAGACTTCTCTTGCCAATGAAT--CATATTCTCTTCACGTTTCT
126 AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-T-TT-TCTTCATGTTTCT
* * * * * * * *
18484 TAGGACAAACACTCAACTATAATCTATCTTATA-CAAAACTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
1 AAGG-TAAACACTAAATTATAATCTTTTTTA-ACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * **
18548 ATTATGAGATTGT-AAACCATTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTCGTGACTATAA
63 ATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * *
18612 ATAGACTTTTCTTACTAATGAATGGATTTT-TACTC-TCGTTTCT
127 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCT--TCAT-GTTTCT
* * ********** * * * ** *
18655 CAAGGTAGACATTNNNNNNNNNNCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAACATTTGACTTCAAATCAA
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAA
* * * **
18720 TTATGAGATTATAAAATCATGTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * * * *
18785 GGATTTTTGTTACTAATAAATGGCTTTTTCTTCCTATTTCCT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTT-CT
** * * * ** * * * * *
18827 ATTGAAAACATTCAAA-TATATTCTGCTTAAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATTAA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * ** * * * * * * *
18891 TTATCAGCTTATAAAACTGTTTAAAACTAGTAATAAGGC-TTCGGAAGGTATGGATGACTATCAA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTC-AAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * *
18955 TGGACTTCTCCTGCCAATGAAT--CATGTTCTCTCCATGCTTCTT
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-T-TT-TCTTCATGTTTC-T
* * * * * * * ** *
18998 AAAGAAAACACTCAACTATAATCTATTGTAACCAACACTATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAA-A-AATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* ********** * * * *
19063 ATANNNNNNNNNNAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGTTGTTAAAGGCATGGGTGACCAGAAA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTT-TCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
** * * **
19127 AAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTTCTCCCGTTTCT
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCT-TCATGTTTCT
* * *********
19169 CAAGGTAAACATTCAAA-TATAATCTGTTTTAACCAAAAATNNNNNNNNNNTCAACTTAAAATCA
1 -AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * ** * *
19233 AATATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTGGAAGGCATAGATGACTATAAA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* *
19298 TGGACTTCTCTTGCCAATGAATAATG-TTCTT-TTCATGTTTCTT
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAAT--GGCTT-TTCTTCATGTTTC-T
* * * * * * * *
19341 GAGGCAAACACTCAATTATGATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAAACATT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * *
19406 TATGAGTTTGTAAAATCATTTCAACCAAGTAAT-AAGCCTTTCAAAGGCTTGGGT-ATCTATAAA
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCAAAGGCATGGGTGA-CTATAAA
* * ** * *** *
19469 TAGACTTTTCTGGTTAATAAATTATTTTCTCTTCATGTTTTCC
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TCTTCATG-TTTCT
* * ********* * ** * * *
19512 AAAGTAGACA-TNNNNNNNNNNTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATT-GACTCAAAATCAA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * ** * * * * *
19575 TTATGAGAGTATAAAACCATTTAAGGATAGTAACAAGGCTTCCAAAGGTATGGGTGACTACAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * * *
19640 GTACTTTTCTTGTCAATGAATGGTTTTTTCATCTTGCTTCTT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTCTTCATGTTTC-T
* * **********
19682 AAGGT--A-A--AAATT-GAA----TTTTAATCAAAAATGTAAAAAGATTCAACNNNNNNNNNNT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAAT
* *** ** *
19737 AATGAGATTATAAAACCATTTAAAAAAAGTAAT-AAGACTTTGGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * *
19801 GGACTTTTCCTGCCAATGAATTGCTTTTTCATCACGTTTCTT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTC-T
* * * * * ** * *
19843 CAGGCAAAAAATCAATTATAATCTGGTTTACCCAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* ********** *
19908 TATGAGATTATAAAACTATTNNNNNNNNNNAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCA-AAGGCATGGGTGACTATAAAT
* *
19972 GGACTTTTCTTGCCAATG-ATGGCTTTGTCTTCACGTTTCCC
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TCTTCATGTTT-CT
* ** * * *
20013 AA-GAAAATGCTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAACAATTCAA---AAAAGTCAG
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAA-T---
* ** * * * *
20074 CTTAAATAATGAGGCTAT-AAACCATTTAAAGC-ATGAAAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGA
61 C---AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-G-TAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGA
* * * * *** ** *
20137 CTATAAATAGATCATGT-TT-CCTAAGTCACAACACTCATATT--TGTTT-T
121 CTATAAATGGA-CTTTTCTTGCC-AA-TGA-ATGGCTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * ** ** * * * ***
20184 GA-CTAAAAATGTAAA--A-AATTCACATTAAAATCAATTAGATATAAAACAA-T-AGACTTTTC
1 AAGGTAAACA-CTAAATTATAA-TC-TTTTTTAACCAA--AAATGTAAAA-AATTCA-ACTTAAA
* * * * **** * * * * * ***
20243 TTGCTAATGAATG-GCTTTTTCCTCCCGTTTCTGAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTT-NNN
59 AT-C-AAT-TATGAG-ATTATAAAACC-ATT-T-AAAGC---GAGT--AATA-AAGCT-TTCAAA
******** * ** **** * * **** ***
20306 NNNNNNNAT-A-TAAAAAATTTAACTTAAAAT-CAAAT--ATGAGCTTATAAAAACCATT-T
110 GGCATGGGTGACT-ATAAA-TGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTTCTTCATGTTTCT
* * ** * * * * *** * * * * ***** ***
20362 AACGTGAGTAATAAAGTTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTTCCAANNNNNN
1 AAGGTAAACACTAAA-TTAT--AA-TCTTTTTTAACCAAAAATGTA--AAAAATT-CAA---CTT
**** ** *** * * * * * ** * *
20427 NNNNTCTCTTTATGTTTCTTGAGGAAAACACTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAA
56 AAAATC-AATTATG-AGATT-A--TAAA-AC-CATTTA-AAGCGA--GTAA-TAAAGCTTTCAAA
** * * ** * *** * * *
20492 AAC-T---TCAACT-TAAA---ATCTTTT-ATGAGATTGTAAAATCATTTCAAGCAAGTAATAAA
110 GGCATGGGT-GACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATG-AATGGC-TTT---TC---T--TCAT
*
20548 GCTTTCG
163 G-TTTCT
* * ***** **
20555 AAGGTATGGGTAACTA-TAAATGA-AAT-TTTCTTT--CCAATGAATAGCT-TTTTCTTCATGTT
1 AAGGTA-----AAC-ACTAAATTATAATCTTT-TTTAACCAA-AAAT-G-TAAAAAATTCA--AC
* * * *** *** * * **
20614 TTGCAAAGTAGACATTCA--A-A-TATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAATATTTGACTCA
54 TT--AAAAT-CA-ATT-ATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGCGAGTA-ATAAA-GCTT---TCA
** ** * *** ** * * * **
20675 AAATCAAT-TATAAGATTATAAA---ACTATTTAAAGATAGT-AATAAGG-GTTCCAAAGACATG
108 AAGGC-ATGGGT--GACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAAT--GGCTTTTC---TTCAT-
**
20734 GGTGACT
163 -GTTTCT
** * * *** * ** *** * * *
20741 ACAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTCTATTTATGTTTC-TTGAGGT-AAACATTGAA
1 A-AGGTAAAC---ACTAAATTAT-AAT--C-TT-T-TTTA---ACCAAAAATGTAAAAAATTCAA
** ** * * * ** ** * * * * *
20804 -TTTTAATCTGTTTTAATCAAAAATATTAAAAAAATTTAACTTCAAATCAATTATGAGATTACAA
53 CTTAAAATC--AATT-AT-GAGATTA-TAAAACCATTTAA-AGCGAGT-AA-TA-AAGCTTTCAA
** * * * * ** *** * * *
20868 AACCAT--TTAAAGCAAGTAATAAGG-CNNNNNNNNNNATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
109 AGGCATGGGT-GA-CTA-TAA-ATGGAC---------TTTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTCTT
20930 C-----T-T
160 CATGTTTCT
* *** * ** * * ** **
20933 AATG-AATGGCT---TTTTCCTCCTTTTTTCCAAGGCAAACAT-TCAAATATAA-T-ATGTTTTA
1 AAGGTAAACACTAAATTATAAT-CTTTTTT--AA-CCAAAAATGT-AAA-A-AATTCAACTTAAA
* * * * * * **** * * *
20991 ATCAA--A-AATATAAAAAAATTCAACTTANNNNNNNNNNTGAGCTTATAAAACTATTTAAAGCG
59 ATCAATTATGAGATTATAAAA--CCATTTA-------AAGCGAG-TAATAAAGCT-TTCAAA--G
* * ** ** * * *
21053 AGTAATAAGGT-TTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT-CTCTTACT-AATGAATCACA
111 -G-CAT-GGGTGACTATAA---AT--G-GACT-T---T--TCTTGC-C--AATGAATG----GC-
21115 TTTTCTTCATGTTTCTT
153 TTTTCTTCATGTTTC-T
* * * * * * * * *
21132 GAGGCAAACACTCAACTATAATCTATTTTAACCAAAACTCTGAAAACATTCAATTTAAAATCAAT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
21197 TATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGAG-TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-AGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * * * *
21261 GGGCTTTTCTTGCTAATAAATGACATTTTCCTCCTGTTTTCC
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATG-TTTCT
* * * * * *********
21303 AATGTAGACATTCAAA-TATAATC-TTTTTAACCAAAAGTATAAAAAANNNNNNNNNNAAATCAA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAA
** * * * * * * *
21366 TTATGAGATTATAAAATTATTTATAGCAAGTAAT-AAGACTTCCAAAAGCATGAGTAACTACAAA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
*** **
21430 TGGACTTTTCTTATTAATGGTTGGCTTTCTCTTCATGTTTCT
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TCTTCATGTTTCT
* * * * * * **********
21472 CAAGGTAGACATTGAATTTTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCNNNNNNNNNNCAA
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
21537 TAATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAAGCATGGGTGACCATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* *
21602 GGACTTTTCTTGTCAATGAATCATG-TTTTCTTCATGTTTCT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAAT--GGCTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * *
21643 CAAGGCAAACACTCAATTATAATCTATTTTAA-TACAAAATCTAAAACAATTCAACCTAAAATCA
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCA-AAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCA
* ********** * * *
21707 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCNNNNNNNNNNGCTTTGAAAGGCATGAGTGACCATAAA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* *
21772 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATCATG-TTTTGTT--TGCATTTCT
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAAT--GGCTTTTCTTCATG--TTTCT
* * * **
21814 CAAGGAAAACACTCAATTATAAT-TTGTTTTAGCCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATNN
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTT-TTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCA
******** * * * * * *
21878 NNNNNNNNATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTGAAAGGTATGGCTGGCCATAAA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* *
21943 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATCATG-TTTTTTTCATGCTTT-T
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAAT--GGCTTTTCTTCATG-TTTCT
* * * * * * * *
21985 CAAGGAAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAACTATAAAAAAAATCAAATTAAAATCAA
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
********* * * *
22050 TTATGAGATTATANNNNNNNNNNAAA-CGAGTAAT-AAGTTTTTGAAAAGCATGGGTGACTATAA
64 TTATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * ***
22113 ATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCCTCCCATTTCTT
127 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTC-T
* * * * *
22157 AAGGCAAACAATCAAA-TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAGAATCAA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * ** * * * * *
22221 ATATAAGCGTATGAAACCATTTAAAGCCAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
** * ** * * * *
22286 AAAATTTTCTTGCTGATAAATGGCTTTTTCCTCCTATTTCT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCT
* * ********** * ***
22327 GAAGGTAGACATTCAAA-TATAATCNNNNNNNNNNAAAAATATAAAACAATTTGGCTTCAAAA-C
1 -AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTT-AAAATC
* * * * * * * * *
22390 AATTATGAGACTATAAAATCATTTATAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAAGCATCGGTGACTACAA
62 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * *
22455 ATAGACTTTT-TTACCAATGATTGGCTTTCTCTTTATGTTTCT
127 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TCTTCATGTTTCT
** * * * * * * * * *
22497 CGTGGTAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTTAAACAATTCAACGTAAAATGAA
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * *
22562 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-AAGTCTTTGAAAGGCATGGGT-AGTATAAA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * *
22625 TGAACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTGCTATCA--TTTCT
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTT-CT-TCATGTTTCT
* * * * * *
22667 CAAGGAAAACAATTAAA-CATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAGAATCA
1 -AAGGTAAAC-ACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * * *
22731 AATACGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAAGCTTCCGAAGGCATGAGTGACTATAGA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * * *
22796 TGCAATTTTGTTGCTAATGAATGGCTTGTTCCTCCCAT-TTCCT
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT-TT-CT-TCATGTTTCT
* * ** * * ** **
22839 AAGGTAGACATTCAAA-TATAATCCGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTTGACTCCAAATCAA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * *
22903 TTATTAGATTATAAAACCATTTATAGC-AGGTAATAAGGCCTCCAAAAGCATGGGTGACTACAAA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* ** * * * **
22967 TAGA-TATTTCTTATCAATGATTGGCTTTTTATTTACATTTCT
128 TGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * * * * *
23009 CAGAGCAGACATTGAATTTTAATCTGTTTTAA--AAAATATATAAAAAAATTCTACTTAAAATCA
1 AAG-GTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAA-ATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * *
23072 ATTATAAGATTATCAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * *
23137 TGGACTTTTCTTTCTAATGACTGGCTTTCTGTTCATGTTTCTT
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TCTTCATGTTTC-T
* * * * ** ** * *
23180 GAGATAGACACTCAAA-TATAATCTGTTTTAATAAAAAAAATAAAAAAATCAACTTAAAATCAAA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * * * * *
23244 TATGAGCA-TATAAAATCATTTAAAGGGAATAATAAGGCTTTGAAAAGTATGGATTACTATAAAC
65 TATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * **
23308 GGACTTTTTTTGCTAATGAATTATG-TTTTCCTCACATTTCTT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAA-T-GGCTTTTCTTCATGTTTC-T
* * * * ** * * *
23350 GAGGAAAACACTCAATTATAATCTATTTTAATTAAAAATATAAAACAATTCAACCTAAAATCATT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * *
23415 TATGATATTGTAAAATCATTTCAAGCAAG-AA-ACAAGCTTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAA
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AAGC-TTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * * *
23478 TAGACTTTTCTTGTCAATCAATAGCTTTTTCTTCATCTTTCCC
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTT-CT
** * * * *
23521 AAGGTAAACA-TTCATATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAAGTT-GACTTAAAATCA
1 AAGGTAAACACTAAAT-TATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AA-TTCAACTTAAAATCA
** * * ********** *
23584 ATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAGATAGCAATAAGGCNNNNNNNNNNATGGGTGACTACAAA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * *
23648 TGGACTTTTCTTACCAATAAATGGCTTTTTCATCATGTTTCTT
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTC-T
* * * * * * * *
23691 GAGGTAGACATTAAATTTTAAT-TTGTTTTAATCAAAAATTTAAAAAGGTTCAACTCAAAAAT-A
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACT-TAAAATCA
* * * * * * ***
23754 ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAGTAAGGCTTTGAAAGGTACAAGTGACTATAAA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
** * * * * * *
23819 TTAACTTTTCTTGCTAATAAATGACTTTTTTCTCCCAT-TTCCC
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC--TTTTCT-TCATGTTTCT
* * * * *
23862 AAGGCAAACATTCAAA-TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACTTTAACTTAAAATCAA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
23926 ATATGAGCTTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAAT-AAGGTTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCA-AAGGCATGGGTGACTATAAA
* *** ** * *
23990 TGGACTTATCTTGCTTGTGAATCACATTCTCTTCAGGTTCTCT
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTT-TCT
* * * * * *
24033 AAGGTAAACACTCAACTATAATCTATTTTAACCAAAACTATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAAT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* ********** * * *
24098 TATGGGATNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGCGACTATAAATG
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * * * * ** *
24163 TA-TTTTTTTGCTAATAAATAGCTTTTTTCTCCCGTTTTCC
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCT-TCATG-TTTCT
* * * * * ** *
24203 AAGGTAGACATTGAAA-TATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTTGACTTCAAATCAA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * *
24267 TTATGAGACTATAAAATCC-TTTATAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAAGCATGGGTGACTACAAA
64 TTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
** *
24331 AAGACTTTTCTAT--CAATGATTGGCTTTCTCTTCATGTTT-T
128 TGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTT-TCTTCATGTTTCT
* * * * * ****
24371 CAAGGTAAACATTCAATTTTAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAANNNN
1 -AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
****** * *
24436 NNNNNNGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AAGTCTTTGAAAGGTATGGGTGACTATAAA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * **
24500 TGGACTTTTCTTGCTAATTAATGACTTTTTCCTCCCGTTTCTT
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTC-T
* * * * * * * *
24543 AAGGCAAACAATCAAA-TGTAATCTGTTTTAGCAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * ** * *
24607 ATATGAGCTTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGTTTTGGAAGGCTTTGGTGACTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * ** * * *
24672 GGACTTCTCTTACCAATGAATCACATTCTCTTTAGGTTTCTT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTC-T
* * * * * * * *
24714 GAGGCAAACACTCAACTATAATCTATTTCAACCAAAACTGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAAT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * ** * * * * ** *
24779 TATGAGATTGTAAAACAATTTAAAGTAAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGCGTAAGTGACTATAAATA
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * *
24844 GACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTT-TTCCCCTATTTCCC
130 GACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTCTT--CATGTTT-CT
* * * * * *
24885 AAGGTAGACATTCAAA-TATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAGAAATTCAACTTCAAATCAA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * *
24949 TTATGAGATTATAAAATCATTTATAGCAAGTAATAAGGCTTCTGATA-GCGTGGGTGACTATAAA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTT-TCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * *
25013 TAGATTTTTCTTACCAATGATTTGCTTTCTCTTCATGTTTCTT
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT-TCTTCATGTTTC-T
* * * * * ********
25056 AAGGTAAACATTCAATTTTAATATATTTTAACCAAAAA--TAAAAANNNNNNNNNNTAAAATCAA
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAA--ATTCAACTTAAAATCAA
* * *
25119 TTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCGAAAGGCATAGGTGACTATAAA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTC-AAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * * *
25183 TGGACCTTTCATGCTAAGGAATGGCTTTTTTCTCCCAT-TTCCT
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC--TTTTCT-TCATGTTTCT
* * * * ** **********
25226 AAGGCAAACATTCAAA-TATAATCTGTTTTAACTAAAAACATAAAAAAANNNNNNNNNNAATCAA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * ** *
25290 ATATGAGCTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGGAAGGCATGAGTGACTAT-AAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * *
25354 AGACTTCTCTTACCAATGAAT--CATATTCTCTTCATGTTTCTT
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* * * * ********* *
25396 AAGGTAAACACTCAACTATAATCTATCTTAACCAAANNNNNNNNNNAATTCAACTTAAAATTAAT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAA-AATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
25461 TATGAGATTGTAAAACCATTTAAAACGGGTAAT-AAGACTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAAT
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * *
25525 GGACTTTTCTTACTAATGAATGGATTTTTCCTCTCA-CTTTCT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTT-CT-TCATGTTTCT
* * * * * *
25567 AAGGTAGACAGTCAAA-TATAATCTGTTTT-ACTCAAAAATATAAAAAAATTCTACTTTAAATCA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAAC-CAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * *
25630 ATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAATGCATGGGTGACTATAAA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * *
25695 TGGACTTTTCTTACTAATAAATGGCTTTTTCTTCCTAT-TTTCT
128 TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTT-C-ATGTTTCT
* * ** * * *
25738 AATGTAAACATTCAAA-TATAATCTACTTTAACTAAAATAT-AAAAAAACTCAACTTAAAATCAA
1 AAGGTAAACACT-AAATTATAATCTTTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * ********** * * * ** * * *
25801 TTATCAGCTNNNNNNNNNNTTTAAAACTAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATAGATGACTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * *
25866 GGACTTCTCCTGCCAATGAAT--CATGTTCTCTTCATATTTCTT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-T-TT-TCTTCATGTTTC-T
* * * * * * * * *
25908 AAGGCAAACACTCAACTATAATCTGTTGTAACCAAAATTGTAAAACAGTTCAACTCAAAATTAAT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * * *
25973 TATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTGTCAAAGGTATGGGTGACTCTAAATA
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* * * *
26038 GACTTTTCTTGCTAATGAATAGCCTTTT-TCTCTTGTTTCCC
130 GACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTCT-TCATGTTT-CT
** * * * * *********
26079 AAGACAAACATTTAAA-TATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTNNNNNNNNN
1 AAGGTAAACA-CTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * * *
26143 NTATGAGCTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATTGATGACTAGAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* *
26208 GGACTTCTCTTCCCAATGAAT--CATGTTCTCTTCATGTTTCTT
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* * * * * * * *
26250 GAGGAAAACACTCAATTATGATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAAAACAT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTT-AAAATCAA
* * * * * * * *
26315 TTATGAGTTTGTAAAATCCA-TTCAACCAAGTAAT-AAGCCTTTCGAAGGCTTGGGTGTCTATAA
64 TTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAA
** ** *
26378 ATGGACTTTTCTTGTTAATGAATAGTTTTTTCTTCATGTTTTCC
127 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGCTTTTCTTCATG-TTTCT
* * * * * ** * ** * *
26422 AAAGTAGACATTTAGA-TATAATCTATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTTGAGTCAAAATCAA
1 AAGGTAAACA-CTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * ** * * * * *
26486 TTATGACATTATAAAACTATTTAAAGATAGTAACAAGGCTTCCAAAGGCATGAGTGACTACAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
** * * * *
26551 ATACTTTTCTTGTCAATAAATGGCTTTTTCATCTTGTTTCTT
129 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTC-T
* * * * * * * * * * *
26593 GAGGCAAATATTGAATTTTAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAATTAGT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAAT
* * ** * *
26658 AATGAGATTATAAAACTATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTGC-AAGGCATAGGTGACTATAAAT
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT-CAAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * *
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* * * ** *
26764 GAGGTAAAAACTCAATTATAATCTGGTTTACCCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAAT
1 AAGGTAAACACTAAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
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65 TATGAGATTATAAAA
26844 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 15617, Mismatches: 4599, Indels: 1872
0.71 0.21 0.08
Matches are distributed among these distances:
159 10 0.00
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21178 CATTCAATTT
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* * * * *
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** *
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* *** * *
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* * * *
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*** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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*** * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * **
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* * * * * * * *
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* ********** ** * *
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* * * * * * ** ** * *
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*
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* * * * * ********** *
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* * *
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66 AAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * * *
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130 ACT-AATGAATGACT-TTTTCTTCA--TTTCTCAAGGTAAACA-TTAAATATAATCTATTTTAAC
* * * * * *****
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190 CA-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
***** * *
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** ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *********
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* * * * *
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* * * *
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* * * * **
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1 TCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
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* *** * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * **
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* * * * * * *
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1 TCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * ** ** *
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1 TCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** * *
22915 AAAACCATTTATAGC-AGGTAATAAGGCCTCCAAAAGCATGGGTGACTACAAAT-AGA-TATTTC
66 AAAACTATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGA-ACT-TTTC
* * * * * * * *
22977 TTA-TCAATGATTGGCTTTTTATTTACATTTCTC-AGAGCAGACATTGAATTTTAATCTGTTTTA
128 TTACT-AATGAATGACTTTTT-CTT-CATTTCTCAAG-GTAAACATT-AAATATAATCTATTTTA
* * * *
23040 A--AAAATATATAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATAAGATTATCAAACCATTTAAAACGAG
188 ACCAAAA-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * *
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* *** * * * *
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* *
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1 TCAAATATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATT
* * * * * * * * *
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64 ATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTC
* * * ** * * *
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128 TTACTAATGAATGACT-TTTT-CT-TCATTTCTCAAGGTAAACA-TTAAATATAATCTATTTTAA
** * * * * * * * * *
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189 CCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * *
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* * * *
23509 TTCATC-TTTCCCAAGGTAAACAT
316 CTC-CCATTTCCTAAGGTAGACAT
* * *
23532 TCATATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAAGTT-GACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * ********** * *
23596 TAAAACCA-TTAAAGATAGCAATAAGGCNNNNNNNNNNATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTT
65 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * * ** * * * * *
23660 ACCAATAAATGGCTTTTTCATCATGTTTCTTGAGGTAGACATTAAATTTTAATTTGTTTTAATCA
130 ACTAATGAATGACTTTTTCTTCA--TTTCTCAAGGTAAACATTAAA-TATAATCTATTTTAACCA
* ** * * * *
23725 AAAATTTAAAAAGGTTCAACTCAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAGT
192 AAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
** * * *
23789 AAGGCTTT-GAAAGGTACA-AGTGACTATAAATTAACTTTTCTTGCTAATAAATGACTTTTTTCT
256 AAGGCTTTCG-AAGG--CATAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCCT
* * *
23852 CCCATTTCCCAAGGCAAACAT
318 CCCATTTCCTAAGGTAGACAT
* * * * *
23873 TCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACTTTAACTTAAAATCAAATATGAGCTTAT
1 TCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
23938 AAAACTATTTAAAGCGTGTAATAAGG-TTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTATCTT
66 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* ** * * * * * *
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130 ACTAATGAATGACTTTTTCTTCA-TTTCTC-AAGGTAAACA-TTAAATATAATCTATTTTAACCA
* * * **********
24067 AAACTATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGGGATNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGTAATA
192 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * * * * *
24132 AGGCTTTCGAAGGCATGGGCGACTATAAATGTA-TTTTTTTGCTAATAAATAGCTTTTTTCTCCC
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*
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* * ** * *
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1 TCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * ** * * *
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66 AAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT
* * * * * * *
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* **********
24405 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAANNNNNNNNNNGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
191 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
24470 AAGTCTTT-GAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATTAATGACTTTTTCCTC
256 AAGGCTTTCG-AAGGCAT-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCCTC
* * * * *
24534 CCGTTTCTTAAGGCAAACAA
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* * * * * *
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1 TCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
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* * * * * ** * * * *
24684 CCAATGAATCACATTCTCTTTAGGTTTCTTGAGGCAAACACTCAACTATAATCTATTTCAACCAA
131 CTAATGAATGACTTTTTCTTCA--TTTCTCAAGGTAAACA-TTAAATATAATCTATTTTAACCAA
* * * * * ** *
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* * *
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258 GGCTTTCGAAGGCAT-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGC-TTTTTCCTCCC
*
24878 ATTTCCCAAGGTAGACAT
321 ATTTCCTAAGGTAGACAT
* *
24896 TCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAGAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
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* * * * * * *
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********** *
25087 CCAAAAATA-AAAANNNNNNNNNNTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTA
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* * * *
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* *
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* ********** * *
25237 TCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAACATAAAAAAANNNNNNNNNNAATCAAATATGAGCTTAT
1 TCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
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* * * * * * *
25364 TACCAATGAATCA-TATTCTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACACTCAACTATAATCTATCTTAAC
129 TACTAATGAATGACT-TTTTCTTCA--TTTCTCAAGGTAAACA-TTAAATATAATCTATTTTAAC
********** * * * *
25428 CAAANNNNNNNNNNAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAACGGGTAA
190 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * *
25493 TAAGACTTTCGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGATTTTTCCTC
255 TAAGGCTTTCGAAGGCA-TAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCCTC
* *
25558 TCACTTT-CTAAGGTAGACAG
319 CCA-TTTCCTAAGGTAGACAT
* *
25578 TCAAATATAATCTGTTTT-ACTCAAAAATATAAAAAAATTCTACTTTAAATCAATTATGAGATTA
1 TCAAATATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
25642 TAAAACGATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAATGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
65 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * *
25707 ACTAATAAATGGCTTTTTCTTCCTATTT-TCTAATGTAAACATTCAAATATAATCTACTTTAA-C
130 ACTAATGAATGACTTTTTCTT-C-ATTTCTC-AAGGTAAACATT-AAATATAATCTATTTTAACC
* * * * ********** * *
25770 TAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATCAGCTNNNNNNNNNNTTTAAAACTAGTAAT
191 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * *
25835 AAGGCTTTGGAAGGTATAGATGACTATAAATGGACTTCTCCTGCCAATGAAT--CATGTTCTCTT
256 AAGGCTTTCGAAGGCATAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGC-T-TTTTCCT
** * * * *
25898 CATATTTCTTAAGGCAAACAC
318 CCCATTTCCTAAGGTAGACAT
* * * * * * * * * * *
25919 TCAACTATAATCTGTTGTAACCAAAATTGTAAAACAGTTCAACTCAAAATTAATTATAAGATTGT
1 TCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
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66 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTT
* * ** * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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1 TCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * *
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** * * * * *
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** ** * * * * **
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* * * * ** * *
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*** * * * * *
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* * * * * * * *
26604 TGAATTTTAATCTATTTTAA-TCAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAATTAGTAATGAGATTA
1 TCAAATATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * *
26668 TAAAACTATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTGCAAGGCATAGGTGACTATAAAT-AGAC-TTT-T
65 TAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCT
* * * ** * * * ** *
26730 TCCGTCAATGAATGGCTTTTTCATCACGTTTCTTGAGGTAAAAACTCAATTATAATCTGGTTTAC
129 TAC-T-AATGAATGACTTTTTCTTCA--TTTCTCAAGGTAAACA-TTAAATATAATCTATTTTAA
* *
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189 CCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
26844 NNNNNNNNNN
Statistics
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Found at i:23084 original size:511 final size:509
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* * * * * * * * * **
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* * * * * * * * ** *
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506 ACAT
* * * * ********** * *
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* * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * *
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192 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAGAATCAAATATGAGCA-TATAAAACCATTTAAAGCCAA-TAA
* * **** *
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** * * * * * ****
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318 TCCCATTTCT-GAAGGTAGACATTCAAATATAATCCGTTTTAACTAAAAATATAAAACAA-TTTG
***** * * ** * *
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* * ** * * * ** * *
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446 -GTGACTACAAATAGACTTTT-TTACCAATGATTGGCTTTCTATTTACATTTCTCGTA-GCAGAC
21482 AT
508 AT
* * * ********** * *
21484 TGAATTTTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCNNNNNNNNNNCAATAATGAGATTAT
1 TCAATTTTAATCTGTTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATAAGATTAT
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * ****
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190 CA-AAAATATAAAAAAATTCAACTTAGAATCAAATATGAGCA-TATAAAACCATTTAAAGCCAAT
****** * * ** * * **
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* * * * * * ** * * *
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314 TTCCTCCCATTTCTGAAGGTAGACATTCAAATATAATCCGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATT
** * ********** * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * *
21987 AGGAAAACAC
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* * * ** *
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********** *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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********** * *
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* *
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* ** * *
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* * * * *
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1 TCAATTTTAATCTGTTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATAAGATTAT
* * * *
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* *
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* * *
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193 AAATATAAAAAAATTCAACTTAGAATCAAATATGAGCATATAAAACCATTTAAAGCCAATAATAA
* ** * *
22768 AGCTTCCGAAGGCATGAGTGACTATAGATGCAATTTTGTTGCTAATGAATGGCTTGTTCCTCCCA
258 AGCTTCCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAAAATTTTCTTGCTAATAAATGGCTTGTTCCTCCCA
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323 TTT-CTGAAGGTAGACATTCAAATATAATCCGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTTGACTCCA
* * * * *
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* *
22962 ACAAATAGA-TATTTCTTATCAATGATTGGCTTTTTATTTACATTTCTCAG-AGCAGACAT
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* * *
23021 TGAATTTTAATCTGTTTTAA-AAAATATATAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATAAGATTAT
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* * * *
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65 AAAACCATTTAAAACGAGTAATAA-GTTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
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23150 CTAATGACTGGCTTTCTG-TTCATGTT-TCTTGAGATAGACACTCAAATATAATCTGTTTTAATA
129 CTAATGAATGACTTTTTGCTTCAT-TTCTCAAG-GA-AAACAATCAAATATAATCTGTTTTAACC
* * * **
23213 AAAAAAATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAAATATGAGCATATAAAATCATTTAAAGGGAATAAT
191 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAGAATCAAATATGAGCATATAAAACCATTTAAAGCCAATAAT
* * * * * *** * *
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256 AAAGCTTCCG-AAGGCATGAG-TGACTATAAATAAAATTTTCTTGCTAAT-AA--ATGGCTTGTT
* * * * * ** * *
23337 CCTCACATTTCTTG-AGGAAAACACTCAATTATAATCTATTTTAATTAAAAATATAAAACAATTC
316 CCTCCCATTTC-TGAAGGTAGACATTCAAATATAATCCGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTT
* * * * * * * * * * * * *
23401 AAC-CTAAAATCATTTATGATATTGTAAAATCATTTCA-AGCAAGAAACAA-GCTTTTCGAAGGC
380 GACTCCAAAA-CAATTATGAGACTATAAAACCATTT-ATAGCAAGTAATAAGGC-CTCCAAAAGC
* * ** * * * * * * ** *
23463 ATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATCAATAGCTTTTTCTTCATC-TTTC-CCAAGGT
442 ATCGGTGACTACAAATAGACTTTT-TTACCAATGATTGGCTTTCTATTTA-CATTTCTCGTA-GC
*
23526 AAACAT
504 AGACAT
* * * * *
23532 TC-ATATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAAGTT-GACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 TCAAT-TTTAATCTGTTTTAAC-AAAAATATAAAA-AAATTCAACGTAAAATCAATTATAAGATT
* * *********** *
23595 ATAAAACCA-TTAAAGA-TAGCAATAAGGCNNNNNNNNNNATGGGTGACTACAAATGGACTTTTC
63 ATAAAACCATTTAAA-ACGAGTAATAA-GTTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * ** * * * * *
23658 TTACCAATAAATGGCTTTTT-CATCATGTTTCTTGAGGTAGAC-ATTAAATTTTAATTTGTTTTA
126 TTGCTAATGAATGACTTTTTGCTTCA--TTTCTCAAGGAAAACAATCAAA-TATAATCTGTTTTA
* * ** * * * * * *
23721 ATCAAAAATTTAAAAAGGTTCAACTCAAAAAT-AATTATGAG-ATTATAAAATCATTTAAAACGA
188 ACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAGAATCAAATATGAGCA-TATAAAACCATTTAAAGCCA
* * * * * ** * * * *
23784 GTAGTAAGGCTT-TGAAAGGTACAAGTGACTATAAATTAACTTTTCTTGCTAATAAATGACTTTT
251 ATAATAAAGCTTCCG-AAGGCATGAGTGACTATAAATAAAATTTTCTTGCTAATAAATGGCTTGT
* ** * * * *
23848 TTCTCCCATTTCCCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AACTT
315 TCCTCCCATTTCTGAAGGTAGACATTCAAATATAATCCGTTTTAACTAAAAATATAAAACAA-TT
* * * * * ** * ** *
23912 TAACT-TAAAATCAAATATGAG-CTTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAAGG-TTTTAGAAGG
379 TGACTCCAAAA-CAATTATGAGAC-TATAAAACCATTTATAGCAAGTAATAAGGCCTCCA-AAAG
* * * * * *** * ** * * *
23974 CATGGGTGACTATAAATGGACTTATCTTGCTTGTGAATCACATTCT-CTT-CAGGTTCTC-TAAG
441 CATCGGTGACTACAAATAGACTT-TTTTACCAATGATTGGCTTTCTATTTACA-TTTCTCGT-A-
* * *
24036 GTAAACAC
502 GCAGACAT
* * * * * * ** ***
24044 TCAACTATAATCTATTTTAACCAAAACTATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGGGATNNN
1 TCAATTTTAATCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATAAGATTAT
******* * * * * *
24109 NNNNNNNTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCATGGGCGACTATAAATGTA-TTTTTTT
65 AAAACCATTTAAAACGAGTAATAA-G-TTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * *
24172 GCTAATAAAT-AGCTTTTTTCTCCCGTTT-TCCAAGGTAGACATTGAAATATAATCTGTTTTAAC
128 GCTAATGAATGA-CTTTTTGCT-TCATTTCT-CAAGGAAAACAATCAAATATAATCTGTTTTAAC
* * ** * *
24235 TAAAAATATAAAAATATTTGACTTCA-AATCAATTATGAG-ACTATAAAATCC-TTTATAG-CAA
190 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTT-AGAATCAAATATGAGCA-TATAAAA-CCATTTAAAGCCAA
* * * * * * * *
24296 GTAATAAGGCTTCCAAAAGCATGGGTGACTACAAA-AAGACTTTTCTAT-C-AATGATTGGC-T-
252 -TAATAAAGCTTCCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAA-AATTTTCT-TGCTAATAAATGGCTTG
* * * * * * ** * *
24356 TT-CTCTTCATGTTTTCAAGGTAAACATTCAATTTTAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
314 TTCCTC-CCAT-TTCTGAAGGTAGACATTCAAATATAATCCGTTTTAACTAAAAATATAAAACAA
** * ********* * * * * * ** *
24420 TTCAACT-TAAAANNNNNNNNNNGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTGAAAGG
377 TTTGACTCCAAAA-CAATTATGAGACTATAAAACCATTTATAGCAAGTAATAAGGCCTCCAAAAG
* * * * * * * * * * ** ** *
24484 TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATTAATGACTTTTTCCTCCCGTTTCT--TAAGG
441 CATCGGTGACTACAAATAGACTTTT-TTACCAATGATTGGCTTTCTATTTACATTTCTCGT-A-G
* *
24547 CAAACAA
503 CAGACAT
* * * * * * * *
24554 TCAAATGTAATCTGTTTTAGCAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGCTTAT
1 TCAATTTTAATCTGTTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATAAGATTAT
* * * * * * * *
24619 AAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGTTTTGGAAGGCTTTGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTA
65 AAAACCATTTAAAACGAGTAATAA-GTTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * ** * * * * *
24684 CCAATGAATCACATTCT-CTTTAGGTTTCTTGAGGCAAACACTCAACTATAATCTATTTCAACCA
129 CTAATGAATGACTTTTTGCTTCA--TTTCTCAAGGAAAACAATCAAATATAATCTGTTTTAACCA
* * * * * * * * *
24748 AAACTGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG-ATTGTAAAACAATTTAAAG-TAAGTAG
192 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAGAATCAAATATGAGCA-TATAAAACCATTTAAAGCCAA-TAA
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255 TAAAGCTTCCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAAAATTTTCTTGCTAATAAATGGC-TTGTTCCT
* ** * **
24875 CCTATTTCCCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAGA-AATTCAAC
319 CCCATTTCTGAAGGTAGACATTCAAATATAATCCGTTTTAACTAAAAATATAAA-ACAATTTGAC
* * * * * ** * * *
24939 TTCAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTATAGCAAGTAATAAGGCTTCTGATAGCGTGGGT
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* * * * * * *
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509 T
* * ********** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* ********** * * * *
25260 AAAACATAAAAAAANNNNNNNNNNAATCAAATATGAGCTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATA
192 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAGAATCAAATATGAGCATATAAAACCATTTAAAGCCAATAATA
* * ** * * * * * * * * *
25325 AGGTTTTGGAAGGCATGAGTGACTAT-AATAGACTTCTCTTACCAATGAAT--CATATT-CTCTT
257 AAGCTTCCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAAAATTTTCTTGCTAATAAATGGCTTGTTCCTC-C
* * * * ** * * ********** **
25386 CATGTTTCTTAAGGTAAACACTCAACTATAATCTATCTTAACCAAANNNNNNNNNNAATTCAACT
321 CA--TTTCTGAAGGTAGACATTCAAATATAATCCGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTTGACT
* * * * * * ** * * * * * *
25451 -TAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAACGGGTAATAAGACTTTCGAAGGCATTGGT
384 CCAAAA-CAATTATGAGACTATAAAACCATTTATAGCAAGTAATAAGGCCTCCAAAAGCATCGGT
* * * * * * * * * *
25515 GACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGATTTTTCCTCT-CACTTTCT--AAGGTAGACA
448 GACTACAAATAGACTTTT-TTACCAATGATTGGCTTTCT-ATTTACA-TTTCTCGTA-GCAGACA
*
25577 G
509 T
* * * * * * *
25578 TCAAATATAATCTGTTTTACTCAAAAATATAAAAAAATTCTACTTTAAATCAATTATGAGATTAT
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* * * * * **
25708 CTAATAAATGGCTTTTT-CTTCCTATTT-TCTAATGTAAACATTCAAATATAATCTACTTTAA-C
129 CTAATGAATGACTTTTTGCTT-C-ATTTCTC-AAGGAAAACAATCAAATATAATCTGTTTTAACC
* * *
25770 TAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAA
191 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAGAATCAA
25801 TTATCAGCTN
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CTGAAGGTAGACATTCAAATATAATCCGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTTGACTCCAAAAC
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ATAGACTTTTTTACCAATGATTGGCTTTCTATTTACATTTCTCGTAGCAGACAT
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21524 NNNNNNNNNN
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
21659 TTATAATCTATTTTAA-TACAAAATC-TAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
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* ********** * * * * * *
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* * * *** * * * * * * *
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252 CAATGAATCATATTCTCTTCATATTTCTTAAGGCAAACACTCAACTATAATCTATTGTAACCAAA
* * ********** * * *
21851 AATGTAAAACAATTCAACTTAAAATNNNNNNNNNNATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-
317 ATTGTAAAACAATTCAACTCAAAATTAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAG
* * * * * * * * * *
21915 AGCTTTGAAAGGTATGGCTGGCCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT--CATGTTTTTTTCA
382 A-CTGTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATAGCA--TTTTTCTC-
* * * * * * * *
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443 TACTTTCCCAA-GACAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACT
*
22041 TAAAAT
507 TTAAAT
********* ** * *
22047 CAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNAAA-CGAGTAATAAGTTTTTGAAAAGCATGGGTGACTAT
1 CAATTATGAGATTATA-AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTGACTAT
* * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * ** *
22240 TTTAAAGCCAATAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAAATTTTCTTGCTGATAA
194 TTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTAT-AATAGACTTCTCCTACCAATGA
* * * * * * * * ********** * *
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258 AT--CATATTCTCTTCATATTTCTTAAGGCAAACACTCAACTATAATCTATTGTAACCAAAATTG
*** * * * * * * * * *
22368 TAAAACAATTTGGCTTCAAAA-CAATTATGAGACTATAAAATCATTTATAGCAAGTAATAAGGCT
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* * * * * * * * *
22432 -TCCAAAAGCATCGGTGACTACAAATAGACTTTT-TTACCAATGATTGGC-TTTCTCTTTATGTT
385 GT-CAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATAGCATTTTTCTCTA-CTT
* ** ** * * * * * * * * * *
22494 TCTCGTGGTAGACATTCAATTTTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTTAAACAATTCAACGTAAAAT
448 TCCCAAGACAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTTAAAT
* * * * *
22559 GAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTGAAAGGCATGGGT-AGTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTGACTATA
* * * * ** * *
22623 AATGAACTTTTCTTGCTAATG-AATGACTTTTTGCTATCATTT-CTCAAGGAAAACAATT-AAAC
66 AATGGACTTTTCTTACTAA-GAAATGGCTTTTTTCTCCCATTTCCT-AAGGCAAAC-ATTCAAAT
** * * * * *
22685 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAGAATCAAATA-CGAGCTTATAAAAC
128 ATAATCTACTTTAACTAAAAACATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAAATATC-AGCTTATAAAAT
* * * ** * * ** * *
22749 CATTTAAAGCCAGTAATAAAGCTTCCGAAGGCATGAGTGACTATAGAT-GCAATTTTGTTGCTAA
192 CATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTATA-ATAG-ACTTCTCCTACCAA
* * ** * * * * * ** * *
22813 TGAATGGCTTGTTC-C-TCCCATTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATAATCCGTTTTAACTAAAA
255 TGAAT--CATATTCTCTTCATATTTCTTAAGGCAAACACTCAACTATAATCTATTGTAACCAAAA
* * ** * * * * * *
22876 ATATAAAACAATTTGACTCCAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTATAGC-AGGTAATAAG
318 TTGTAAAACAATTCAACTCAAAATTAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAACGA-GTAATAA-
* * * * * * * *
22940 GCCT-CCAAAAGCATGGGTGACTACAAATAGA-TATTTCTTA-TCAATGATTGGC-TTTTTATTT
381 GACTGTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACT-TTTCTTACT-AATGAATAGCATTTTTCTCT
* * * * * * * *
23001 ACATTTCTC-AGAGCAGACATTGAATTTTAATCTGTTTTAA--AAAATATATAAAAAAATTCTAC
444 AC-TTTCCCAAGA-CAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAA-ATATAAAAAAATTCAAC
*
23063 TTAAAAT
506 TTTAAAT
* * * * *
23070 CAATTATAAGATTATCAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCATAGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTGACTATA
* * * *** * * ** * *
23135 AATGGACTTTTCTTTCTAATG-ACTGGCTTTCTGT-TCATGTTTCTTGAGATAGACACTCAAATA
66 AATGGACTTTTCTTACTAA-GAAATGGCTTT-TTTCTCCCATTTCCTAAGGCAAACATTCAAATA
** * * *
23198 TAATCTGTTTTAA-TAAAAAAAATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAAATATGAGCATATAAAATC
129 TAATCTACTTTAACT-AAAAACATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAAATATCAGCTTATAAAATC
** * * * * * * ** * *
23261 ATTTAAAGGGAATAATAAGGCTTTGAAAAGTATG-GATTACTATAA-ACGGACTTTTTTTGCTAA
193 ATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGAG-TGACTATAATA--GACTTCTCCTACCAA
* * * * * * * * * ** *
23324 TGAATTATGTTTTCCTCACATTTCTTGAGGAAAACACTCAATTATAATCTATTTTAATTAAAAAT
255 TGAATCATATTCTCTTCATATTTCTTAAGGCAAACACTCAACTATAATCTATTGTAACCAAAATT
* * * * * * * * * * *
23389 ATAAAACAATTCAAC-CTAAAATCATTTATGATATTGTAAAATCATTTCAAGCAAGAAACAAG-C
320 GTAAAACAATTCAACTC-AAAATTAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGAC
* * * * *
23452 TTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GTCAATCAATAGC-TTTTTCT-TCAT
384 -TGTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACT-AATGAATAGCATTTTTCTCT-A-
** * * * * * *
23514 CTTTCCCAAGGTAAACATTCATATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAAGTT-GACTTA
445 CTTTCCCAAGACAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA-AAATTCAACTTT
23578 AAAT
509 AAAT
** * ********** * *
23582 CAATTATGAGATTATAAAACCA-TTAAAGATAGCAATAAGGCNNNNNNNNNNATGGGTGACTACA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTGACTATA
* * *** * * * * *
23646 AATGGACTTTTCTTACCAATAAATGGC-TTTTTCATCATGTTTCTTGAGGTAGACATT-AAATTT
66 AATGGACTTTTCTTACTAAGAAATGGCTTTTTTC-TCCCATTTCCTAAGGCAAACATTCAAA-TA
* ** ** *** * * * *
23709 TAATTTGTTTTAA-TCAAAAATTTAAAAAGGTTCAACTCAAAAAT-AATTATGAGATTATAAAAT
129 TAATCTACTTTAACT-AAAAACATAAAAAAACTCAACT-TAAAATCAAATATCAGCTTATAAAAT
* * * ** * * * *
23772 CATTTAAAACGAGTAGTAAGGCTTTGAAAGGTACAAGTGACTATAAATTA-ACTTTTCTTGCTAA
192 CATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTAT-AA-TAGACTTCTCCTACCAA
* * * * ** ** * * * * *
23836 TAAATGACTTTTTTC-TCCCATTTCCCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAA
255 TGAATCA-TATTCTCTTCATATTTCTTAAGGCAAACACTCAACTATAATCTATTGTAACCAAAAT
* * * * * * * * * * *
23900 TATAAAA-AACTTTAACTTAAAATCAAATATGAGCTTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAAG-
319 TGTAAAACAA-TTCAACTCAAAATTAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGA
* * * * * * ** *
23963 GTTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTATCTTGCTTGTGAATCA-CA-TTCTCT-TCA
383 CTGTCA-AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAAT-AGCATTTTTCTCT-A
** * ** * * * * * *
24025 GGTTCTCTAAGGTAAACACTCAACTATAATCTATTTTAACCAAAACTATAAAAAAAATCAACTTA
445 CTTTC-CCAAGACAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTT
24090 AAAT
509 AAAT
* ********** * *
24094 CAATTATGGGATNNNNNNNNNNTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCATGGGCGACTAT
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGGCATAGGTGACTAT
* * * * * * * * *
24158 AAATGTA-TTTTTTTGCTAATAAATAGCTTTTTTCTCCCGTTTTCC-AAGGTAGACATTGAAATA
65 AAATGGACTTTTCTTACTAAGAAATGGCTTTTTTCTCCC-ATTTCCTAAGGCAAACATTCAAATA
** * * * ** * * *
24221 TAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTTGACTTCAAATCAATTATGAGAC-TATAAAATC
129 TAATCTACTTTAACTAAAAACATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAAATATCAG-CTTATAAAATC
* * * * *** * * * * * *
24285 CTTTATAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAAGCATGGGTGACTACAAAAAGACTT-TTCTATCAATG
193 ATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTA-TAATAGACTTCTCCTACCAATG
* * * * * * * * * *
24349 ATTGGC-T-TTCTCTTCATGTTT-TCAAGGTAAACATTCAATTTTAATCTATTTTAACTAAAAAT
257 AAT--CATATTCTCTTCATATTTCTTAAGGCAAACACTCAACTATAATCTATTGTAACCAAAATT
* * ********** * * *
24411 GTAAAAAAATTCAACTTAAAANNNNNNNNNNGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGTCT
320 GTAAAACAATTCAACTCAAAATTAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACT
* * * * * * *
24476 TTGAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATTAAT-G-ACTTTTTC-CTCCCGT
385 GTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATAGCA-TTTTTCTCT-AC-T
** * * * * * * * *
24538 TTCTTAAGGCAAACAATCAAATGTAATCTGTTTTAGCAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAA
447 TTCCCAAGACAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTTAAA
24603 T
512 T
* * * * * * * *
24604 CAAATATGAGCTTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGTTTTGGAAGGCTTTGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTGACTATA
* * ** * *** * * * *
24669 AATGGACTTCTCTTACCAATG-AATCACATTCTCTT-T-AGGTTTCTTGAGGCAAACACTCAACT
66 AATGGACTTTTCTTACTAA-GAAATGGC-TT-TTTTCTCCCATTTCCTAAGGCAAACATTCAAAT
* * * * * * * *
24731 ATAATCTA-TTTCAAC-CAAAACTGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAA
128 ATAATCTACTTT-AACTAAAAAC-ATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAAATATCAGCTTATAAAA
*** * * * * * * * *
24794 -CAATTTAAAGTAAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGCGTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTA
191 TC-ATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTAT-AATAGACTTCTCCTACCA
* * * * ** * * * * * * *
24858 ATGAATGGC-TTTTTTC-CCCTATTTCCCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAA
254 ATGAAT--CATATTCTCTTCATATTTCTTAAGGCAAACACTCAACTATAATCTATTGTAACCAAA
* * * * * * * * *
24921 AATATAAAGA-AATTCAACTTC-AAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTATAGCAAGTAATA
317 ATTGTAAA-ACAATTCAAC-TCAAAATTAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAACGAGTAATA
* * * * * * * *
24984 AGGCT-TCTGATA-GCGTGGGTGACTATAAATAGATTTTTCTTACCAATGATTTGC-TTTCTCT-
380 AGACTGTC--AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATAGCATTTTTCTC
* ** ** * * * * * *********
25045 TCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTTTAATATATTTTAACCAAAAATA-AAAANNNNNNNNN
443 T-A-CTTTCCCAAGACAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* *
25109 NTAAAAT
506 TTTAAAT
* *
25116 CAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCGAAAGGCATAGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTGACTATA
* * * *
25181 AATGGACCTTTCATGCTAAGGAATGGCTTTTTTCTCCCATTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATA
66 AATGGACTTTTCTTACTAAGAAATGGCTTTTTTCTCCCATTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATA
** ********** *
25246 ATCTGTTTTAACTAAAAACATAAAAAAANNNNNNNNNNAATCAAATATGAGCTTATAAAATCATT
131 ATCTACTTTAACTAAAAACATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAAATATCAGCTTATAAAATCATT
* * *
25311 TAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGGAAGGCATGAGTGACTATAATAGACTTCTCTTACCAATGAATC
196 TAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTATAATAGACTTCTCCTACCAATGAATC
* * ********
25376 ATATTCTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACACTCAACTATAATCTATCT-TAACCAAANNNNNNNN
261 ATATTCTCTTCATATTTCTTAAGGCAAACACTCAACTATAATCTAT-TGTAACCAAAATTGTAAA
** * * * * *
25440 NNAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAACGGGTAATAAGACTTTCGA
325 ACAATTCAACTCAAAATTAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTGTCAA
* * * *
25505 AGGCATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAAT-GGATTTTTCCTCTCACTTT-CTA
390 AGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATAGCATTTTT-CTCT-ACTTTCCCA
** * * *
25568 AGGTAGACAGTCAAATATAATCTGTTTT-ACTCAAAAATATAAAAAAATTCTACTTTAAAT
453 AGACAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTTAAAT
* * * *
25628 CAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAATGCATGGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTGACTATA
* * * * *
25693 AATGGACTTTTCTTACTAATAAATGGC-TTTTTCTTCCTATTTTCTAATGTAAACATTCAAATAT
66 AATGGACTTTTCTTACTAAGAAATGGCTTTTTTC-TCCCATTTCCTAAGGCAAACATTCAAATAT
* * **********
25757 AATCTACTTTAACT-AAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATCAGCTNNNNNNNNNNT
130 AATCTACTTTAACTAAAAACATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAAATATCAGCTTATAAAATCAT
* * * *
25821 TTAAAACTAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTAT-AGATGACTATAAATGGACTTCTCCTGCCAATGA
195 TTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGAG-TGACTAT-AATAGACTTCTCCTACCAATGA
* *
25885 ATCATGTTCTCTTCATATTTCTTAAGGCAAACACTCAACTATAATCTGTTGTAACCAAAATTGTA
258 ATCATATTCTCTTCATATTTCTTAAGGCAAACACTCAACTATAATCTATTGTAACCAAAATTGTA
* * * *
25950 AAACAGTTCAACTCAAAATTAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTGTC
323 AAACAATTCAACTCAAAATTAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTGTC
* * * * **
26015 AAAGGTATGGGTGACTCTAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATAGCCTTTTTCTCTTGTTTCCCA
388 AAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATAGCATTTTTCTCTACTTTCCCA
* * ******
26080 AGACAAACATTTAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTNNNNNN
453 AGACAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTTAAAT
**** * * * * *
26140 NNNNTATGAGCTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATTGATGACTAGA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTGACTATA
* * * * * * * * * * *
26205 AATGGACTTCTCTTCCCAATG-AAT--C-ATGTTCTCTTCATGTTTCTTGAGGAAAACACTCAAT
66 AATGGACTTTTCTTACTAA-GAAATGGCTTTTTTCTC-CCA--TTTCCTAAGGCAAACATTCAAA
* * ** * * ** * * *
26266 TATGATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTCAAAAACATTTATGAGTTTGTAAAA
127 TATAATCTACTTTAACTAAAAACATAAAAAAACTCAACTT-AAAATCAAATATCAGCTTATAAAA
* * * * * * * * * * * ***
26331 TCCA-TTCAACCAAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGGGTGTCTATAAATGGACTTTTCTTGTTA
191 T-CATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTAT-AATAGACTTCTCCTACCA
* * * * * * * * * * **
26395 ATGAAT-AGTTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAAGTAGACATTTAGA-TATAATCTATTTTAATGAA
254 ATGAATCA-TATTCTCTTCATATTTCT-TAAGGCAAACACTCA-ACTATAATCTATTGTAACCAA
* * * ** * * * * * * * *
26457 AAATATAAAAAAATTTGAGTCAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGA-TAGTAACA
316 AATTGTAAAACAATTCAACTCAAAATTAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAA-ACGAGTAATA
* * * * * * *
26521 AGGCT-TCCAAAGGCATGAGTGACTACAAATATACTTTTCTT-GTCAATAAATGGC-TTTTTCAT
380 AGACTGT-CAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACT-AATGAATAGCATTTTTC-T
** *** * * * * * * *
26583 CTTGTTTCTTGAGGCAAATATTGAATTTTAATCTATTTTAA-TCAAAAATATAAAAAGATTCAAC
442 CTACTTTCCCAAGACAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAACT-AAAAATATAAAAAAATTCAAC
*
26647 TTAAAAT
506 TTTAAAT
* * * * ** *
26654 TAGTAATGAGATTATAAAACTATTTAAAAAGAGTAATAAGGCTTTGCAAGGCATAGGTGACTATA
1 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTGACTATA
*
26719 AATAGACTTTT
66 AATGGACTTTT
26730 TCCGTCAATG
Statistics
Matches: 3586, Mismatches: 936, Indels: 321
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
508 1 0.00
509 11 0.00
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515 8 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (512 bp):
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTGACTATA
AATGGACTTTTCTTACTAAGAAATGGCTTTTTTCTCCCATTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATA
ATCTACTTTAACTAAAAACATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAAATATCAGCTTATAAAATCATT
TAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTATAATAGACTTCTCCTACCAATGAATC
ATATTCTCTTCATATTTCTTAAGGCAAACACTCAACTATAATCTATTGTAACCAAAATTGTAAAA
CAATTCAACTCAAAATTAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTGTCAAA
GGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGAATAGCATTTTTCTCTACTTTCCCAAGA
CAAACAGTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTTAAAT
Found at i:27620 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 27351--27747 Score: 469
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
27341 TGTTTTAATA
* * * * *
27351 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGCTTATACAACTATTTAAAGCGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAAT
* ** *
27416 AAGGTTTTGGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATCACATTCTCTT-C
66 AAGGCTTTCAAAGGCATGGATAACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAAT-ACATT-T-TTCC
* ** *
27480 -A-CGTTTCTTAAGCCAAACACTCAACTATAATCTATTTGAACT
128 TATCATTTCCCAAGCCAAACACTCAAATATAATCTATTTGAACT
* * *
27522 AAAACTATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAAT
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* * **
27587 AAGGCTTTCAAAGGCATTGG-TAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGATTTTTCCTA
66 AAGGCTTTCAAAGGCA-TGGATAACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATACATTTTTCCTA
* ** * * *
27651 TTATTTCCCAAGGTATACATTCAAATATAATCTATTTTAACT
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* * *
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CATTTCCCAAGCCAAACACTCAAATATAATCTATTTGAACT
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********** ** * *
27742 ATTTAANNNNNNNNNNAAGGCTTTGGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTACTAATA
66 ATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATA
* * * * * *
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* *
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27879 NNNNNNNNNN
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AATGGATTTTTCCTACCATTTCCCAAGGAAAACATTCAAAT
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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1 CT-TTCTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * **
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* * ** * * * * * * *
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1 CTTTCTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * ********** ** *
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* * **
30318 GGCATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTTAGC-AAT-GATTGG
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* * * * * *
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1 CTTTCTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
** * * * * *
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* * * * * * ** *
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* *********** ** **
30595 AGATTCAACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTGGAA
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* * * * * *
30660 GGTATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-GAATCA
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* * * * * * *
30702 CGTTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACACTT-AATCATAATCTTTTTTAATCAAAAATAT-AA
1 C-TTTCTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
** * * * **********
30764 AAGCTTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGNNNNNNNNNNGGCTTTCAA
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* * * * *
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* * * * * * * ** * *
30872 CTTTTTCCTCTTGTTTCCCAAGGAAAACATTCAAACATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAA
1 CTTTCTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * ** * * * **
30936 CATTTAACTTAAAATCAATTATAAGCTTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAG
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* * * * * **
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* * * * * * * * * * * * *
31042 CATTCTCCTCATGTTTCTTGATGCAAACACTCTACTATAATCTATTTTAGCCAAAACTATAAAAA
1 CTTTCTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
********** *
31107 AATTCAACTTAAAATTAATTANNNNNNNNNNAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
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* * * * *
31172 GTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT-GAATGA
129 GCATGGGTAACTATAAATAGAC-TTTCTTGCTAATAG-ATCA
* * * * * * * * * **
31213 TTTTTTCCTCTCA--TTTCTCAAGGCAAACATTCAAATATAATATGCTTTAATCAAAAAAATAAA
1 CTTTCT-CT-TCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * ** * *
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* * * * *
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* * ** * * * ** * *
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1 CT-TTCTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * * * * * ** *
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65 AAATTCAACTT-AAATTAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTCAAA
* * * * *
31512 GGCATAGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAT-GAAT-A
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* * * * * * *
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1 -CTTTCTCTTCATGTTTCT-CGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * * ********* * * *
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* * * **
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* * * * * * * * *
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1 CTTTC-TCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* ** * ********** * **
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* * * * * * * * *
31853 GGTATAGGTGACCATGAATGGACTTTTCTCGCTAATAAAT-G
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* * * * * * * * * * *
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1 CTTTCTCT-TCATGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
** * * * * * * * * **
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* * *
32023 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTACTAAT-GAATCA
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* * * * * * * *
32066 CATTCTCTTCATGTTTC-CTGAGGCAAACACTCAACTATAATCTATTTTAACCAAAACTATAAAA
1 CTTTCTCTTCATGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * ********* *
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65 AAATTCAACTT-AAATTAATTA-GGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG--TAATAAGGTTTCA
* * * **
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* * ** * * * ** * * ** *
32237 CTTTTTCATCCCGTTTCCCAAAGCCGACATTGAAATATAATCTGTTTTAAGAAAAAATATACAAA
1 CTTTCTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAA
* * * * * * * *
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* * * * * * * **
32366 AGTATGAGTGACTACAAATAGACTTT-TCTACCAAT-GATTGG
128 GGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTCT-TGCTAATAGA-TCA
** * * *
32407 CTTTCTCTTCACATTTCTC-AGGTAGACATTCAATTTTAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAA
1 CTTTCTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * ********** * *
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* *
32535 GGCATGGG-AGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGAA
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* * ** * * * ** * *
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1 CTTTCTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * * * **
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* * * * * * * * * *
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1 CTTTCTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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** * ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
33090 CTTTCTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAATATTCAATTTTAATCTGTTTTAACAAAAAATGGAAAAA
1 CTTTCTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * ********** **
33155 AA-TAAACTTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACCATTTAAAGCGAGTAA-AATGGCTTTGGAA
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* * * * * * **
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* * * * * * * * * *
33260 CTTTTTTCTCCCATG-TTCTAG-GGCAAACATTAAAATATAATCAGTTTTAATCAAAAATTTTAA
1 C-TTTCTCT-TCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TGTAA
* * * * ********** * *
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* * * * * * * **
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** * *
33431 CTTTCTCTTCACATTTCTC-AGGGTAGACATTCAATTTTAATCTATTTTAACC-AAAATGTAAAA
1 CTTTCTCTTCATGTTTCTCGA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
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33494 AAATTCAACTTAAAATNNNNNNNNNNNNNNTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAA
65 AAATTCAACTT-AAATTAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTCAAA
* * * **
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128 GGCATGGGTAACTATAAATAGAC-TTTCTTGC-TAATAG-ATCA
* * ** * * * * * ***
33601 CTTTTTCCTCCCGTTTCTCAAGGAAAACATTTAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAGCATAAAAA
1 CTTTCTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * * * * * * *
33666 AATTTAACTTAAAATCAAATATGAGCTTATAAAACTATTTACAGTGAGTAATAGGGTTTTAGAAG
66 AATTCAACTT-AAATTAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTCA-AAG
* * * * *
33731 GCATGAGTGACTCTAAATAGACTTCTCTTGCCAATGGATCA
129 GCATGGGTAACTATAAATAGACTT-TCTTGCTAATAGATCA
* ** * * * * * * *
33772 CATTT-TCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACACTCAACTATAATCTATCTTAACCAAAACTATAAAA
1 C-TTTCTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
********* * * * * *
33836 NNNNNNNNNNTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAA
65 -AAATTCAACTTAAATTAATTAGGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GTTTCAAA
* * * * *
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* * * * * * ** * * * *
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Statistics
Matches: 3800, Mismatches: 1104, Indels: 332
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Matches are distributed among these distances:
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ATGGGTAACTATAAATAGACTTTCTTGCTAATAGATCA
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28903 NNNNNNNNAG
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* * * * * ** * * * *
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*** * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* *
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* *
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1 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTCCAAAAGCATGGGTAACTATAAATAGACTTT
* * * * *** * * *
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66 CCTTACTAATAAATGACTTTCTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTA
*
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28436 NNNNNNNNNN
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* * * * * ** * ** *
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* * ** * * *
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* *** * * * *
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* **
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* * * * **********
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* * ** * *
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* * * * ** * *
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* * * * * *
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256 CAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
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320 TAAG-GCTTTCAAAGGCATGG
* * * *
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1 GTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCTTGTTTCCCAAGGCAAACA
* * * * *
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65 TTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAA-ATATAAAA-AAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
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128 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * * *
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193 TACCAATGAAT-CCTTTCTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
* * ********** *
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257 AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
*
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* * * *** * **
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* * * * * * **********
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65 TTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
29600 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGATGA-TCATAAATAGACTTTTCT
129 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACT-ATAAATAGACTTTTCT
* * ** * * * *
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193 TACCAATGAATCCT-TTCTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
* * *
29728 AAAACTGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAAT
257 AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* *
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* * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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129 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * ** * * * * * * * *
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194 ACCAATGAAT-CCTTTCTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
* **********
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* ** *
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* * * * ** ** *** *
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1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCT-TGTTTCCCAAGGCA-AAC
* * * *
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64 ATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTA-ACTTAAAATCAATTATGAGATT
********** * *
30282 ATAAANNNNNNNNNNG-ATAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTACAAATAGACTTTTC
128 ATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * * * ** * * * * *
30346 TTAGCAATGATTGGCTTTCTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGATATTGAATTTTAATCTGTTTTAAC
192 TTACCAATGAAT-CCTTTCTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* * *
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* **
30476 TAAAGC-TTCAAAAGTTATGG
320 TAAGGCTTTC-AAAGGCATGG
* * * * * ** *
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1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAA-TGACTTTTTCTTCTTGTTTCCCAAGGCAAACA
* * * ** * * * **********
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* ** ** * * *
30624 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTGGAAGGTATGGGTGACCATAAATGGACTTTTCT
128 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
** * * *
30689 TACCAATGAATCACGTTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACACTT-AATCATAATCTTTTTTAA
193 TACCAATGAATC-C-TTTCTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACA-TTCAATTATAATCTATTTTAA
* * ** * *******
30752 TCAAAAATATAAAAGCTTCAACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGNNNNNNN
255 CCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
*** *
30817 NNNGGCTTTCAAAGGTATGG
320 TAAGGCTTTCAAAGGCATGG
* * * *
30837 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAAAGAATGACTTTTTCCTCTTGTTTCCCAAGGAAAACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCTTGTTTCCCAAGGCAAACAT
* * * * * *
30902 TCAAACATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATAAGCTTATA
66 TCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* ** * * * ** **
30967 AAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTGCTCTTGT
131 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
* * * * * * * * *
31032 CAATGAATGTCATTCTCCTCATGTTTCTTGATGCAAACACTCTACTATAATCTATTTTAGCCAAA
196 CAATGAAT-CCTTTCTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
* * * ********** *
31097 ACTATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTANNNNNNNNNNAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
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* *
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* * ** *
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1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCTTGTTTCCCAAGGCAAACAT
* * * * * * **
31243 TCAAATATAATATGCTTTAATCAAAAAAATAAAAAAATCAACTTAAAATCAAATATGAGCCTATA
66 TCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * *
31308 AAACCATTTAAAAGGAA-TAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGATGACTATAAATGGACTTCTCTTG
131 AAACCATTT-AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA
* * * ** * * *
31372 CCAATGAATCATGTTTTCCTCACATTTCTTGAGGTAAACACTCAATTATAATCTAATTTAACTAA
195 CCAATGAATCCT-TTCTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
* * * * * * **
31437 AAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCATTTATGATATTGTAAAATCATTTCAAGAAAGTAATAA
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* *
31502 GGCTTTCGAAGGCATAG
323 GGCTTTCAAAGGCATGG
* * * * * * * * *
31519 GTCACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-AGCTTTTTTTTCATCTTTTCCAAGGTAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGA-CTTTTTCTTCTTGTTTCCCAAGGCAAACA
* * *
31583 TTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAAATTGACTCAAAATCAATTATGAGATTA
65 TTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
********* * * * * *
31648 TAAANNNNNNNNNNA--TAGCAATAAGGCTTCCAAAGGCACGGGTGACTACAAATAGACTTTTCT
129 TAAA-ACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
** * * * * * * * * * *
31711 TGTCAATGAATGGC-TTCTTCGTCATGTTTCTTGATGTAGACATTGAATTTTTATCTGTTTTGAT
193 TACCAATGAAT-CCTTTC-TCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* * ********** *
31775 CAAAAATTTAAAAAGATTCAACTTAAAAACAATTATGAGATNNNNNNNNNNTTTAAAACGAGTAA
256 CAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
** * *
31840 TAAGGCTTTGTAAGGTATAG
320 TAAGGCTTTCAAAGGCATGG
* * * * * *
31860 GTGACCATGAATGGACTTTTCTCGCTAATAAATG-GTTTTT-TTCTCCTGTTTCCTAAGGCAAAC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCT--TGTTTCCCAAGGCAAAC
* * ** * * * *
31923 ATTCAAATATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAAGCTTCAACTAAAAATCAAATACGAGCTT
64 ATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * ** ** * *
31988 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGATTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCT
128 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * *
32053 TACTAATGAATCACATTCTCTTCATGTTTCCTGAGGCAAACACTCAACTATAATCTATTTTAACC
193 TACCAATGAATC-CTTTCTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACC
* * * ***
32118 AAAACTATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGNNNN
257 AAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAA
******* *
32183 NNNNNNNTT-GAAGGCATGG
320 TAAGGCTTTCAAAGGCATGG
* * * ** * **
32202 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCATCCCGTTTCCCAAAGCCGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCTTGTTTCCCAAGGCAAACAT
* ** * * * * *
32267 TGAAATATAATCTGTTTTAAGAAAAAATATACAAAAAGTTGACTTTAAATTAATTATGAGACTAT
66 TCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA-AAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
32332 ATAATCATTTATAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAAGTATGAGTGACTACAAATAGACTTTTC-TA
130 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA
* * ** * * *
32396 CCAATGATTGGCTTTCTCTTCACATTTC-TCAGGTAGACATTCAATTTTAATCTATTTTAACCAA
195 CCAATGAAT-CCTTTCTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
* * **********
32460 AAATATAAAAAAATTTAA-TTAAAAATCAANNNNNNNNNNATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
259 AAATGT-AAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
* *
32524 AGTCTTTGAAAGGCATGG
322 AGGCTTTCAAAGGCATGG
* * * * * **
32542 GAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGAAC-TTTTCCTCCTGTTTCTTAAGGCAAACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG-ACTTTTTCTTCTTGTTTCCCAAGGCAAACA
* ** * * * *
32606 ATCAAGCATAATCTGTTTGAACCAAAAATATAAAAAATTTCAACTT-AAATCAAATATGAGCTTA
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* * ** * *********
32670 TAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGTTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGNNNNNNNNN
129 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * *
32735 NCCAATGAATCACATTCTCTTCACGTTTCTTGAGGGAAACACTCAACTATAATCTATTTTAACCA
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* * * * *
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* * *
32865 AGGCTTTCAAAGTCGTAG
322 AGGCTTTCAAAGGCATGG
* * * * *** * * *
32883 GTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCTAATAAATGGCTTTTTGC-TCCCATTTCCTAAGGTAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTT-CTTCTTGTTTCCCAAGGCAAACA
* * *
32947 TTCAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTCAAATCCATTATGAGATT
65 TTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * *
33012 ATAAAACCATTTATGGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAAGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
128 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * *
33077 TACCAATGATTCACTTTCTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAATATTCAATTTTAATCTGTTTTAACA
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* * * **********
33142 AAAAATGGAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACCATTTAAAGCGAGTAA-A
257 AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
**
33206 ATGGCTTTGGAAGGCATGG
322 A-GGCTTTCAAAGGCATGG
* * * * * * * * * *
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1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGAC-TTTTTCT-TCTTGTTTCCCAAGGCAAAC
* * * * * * *
33288 ATTAAAATATAATCAGTTTTAATCAAAAATTTTAAAAAAATTGACTTCAAATCAATTATGAGATA
64 ATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
********** * * * * * *
33353 ATAAAACCATTNNNNNNNNNNAATAAAGCTTCCAAAAGTATGGGTGACTACAAATAGGCTTTTCT
128 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * ** * * *
33418 TACCAATGATTGGCTTTCTCTTCACATTTC-TCAGGGTAGACATTCAATTTTAATCTATTTTAAC
193 TACCAATGAAT-CCTTTCTCTTCATGTTTCTTGA-GGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
**************
33482 C-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATNNNNNNNNNNNNNNTAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
256 CAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
** *
33546 TAAGGCTTTGGAAGGCACGG
320 TAAGGCTTTCAAAGGCATGG
* * ** * *
33566 GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTTAATGAATGGCTTTTTCCTCCCGTTTCTCAAGGAAAACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-TAATGAATGACTTTTTCTTCTTGTTTCCCAAGGCAAACA
* ** * *
33630 TTTAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAGCATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGCTTA
65 TTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ** * * * * *
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* * * * * * *
33759 TGCCAATGGATCACATTT-TCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACACTCAACTATAATCTATCTTAAC
193 TACCAATGAATC-C-TTTCTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* * ********* * *
33823 CAAAACTATAAAANNNNNNNNNNTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
256 CAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * *
33888 TAAGACTTTCGAAGGCATTG
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* * * * * *
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1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTT-TTCTTCTTGTTTCCCAAGGCAAACA
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33972 TTCAAACATAATCTGTCTTAACCAAATATATATATAATTTGACTTTAAATCAATTATAAGATTAT
65 TTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
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34037 AAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTNNNNNNNNNNGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCCT
130 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTT
* * * * * * * * * * **
34101 ACTAATAAATGGCTTTTTCTTCCTATTTCCTAACGCAAACATTCAAATT-TAATCTGCTTTAACC
194 ACCAATGAAT-CCTTTCTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTC-AATTATAATCTATTTTAACC
* * * * ********** * *
34165 AAAAATATAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATCAGCTNNNNNNNNNNTTTAAAACTAGTAA
257 AAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* **
34230 TAAGGCTTTGACAA-TTATGG
320 TAAGGCTTTCA-AAGGCATGG
* * * * * * *** *
34250 ATGACTATAAATAGACTTCTT-TTGCCAATGAATCA-TGTTCTCTTCATGTTTCTTGAGGAAAAC
1 GTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCTAATGAATGACT-TTTTCTTCTTGTTTCCCAAGGCAAAC
* * * * * ********
34313 ACTT-AACTATAATCTATTGTAACCAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNN
64 A-TTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGAT
** * * *
34377 NNTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTGTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
127 TATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * * * *** * * * * *
34442 TTGCTAATGAATATCTTTTTCCTCTCA--TTTCCCAAGGCAATCATTTAAATATAATCTGTTTTA
192 TTACCAATGAAT-CCTTTCT-CT-TCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTA
* * * *
34505 ACCAAGAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGCTTATAAAACCATTTAAAG
254 ACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
34565 NNNNNNNNNN
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GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTTCTTCTTGTTTCCCAAGGCAAACAT
TCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC
CAATGAATCCTTTCTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
TTTCAAAGGCATGG
Found at i:34556 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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31816 NNNNNNNNNN
* ** * * * * * ** *
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1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGA
* * * * * *
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** * * * * *
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* ** ** * *
31997 TTTAAAGCGAGTAACAAGATTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTACTAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGA
* * * * * * *
32062 ATCA-CATTCT-CT-TCATGTTTCCTGAGGCAAACACTCAACTATAATCTATTTTAACCAAAACT
66 AT-AGCTTTTTCCTCTCA--TTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* *
32124 ATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCA
128 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
********** * *
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1 TTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATG
* * * * * * ** * **
32232 AATGGCTTTTTCATCCCGTTTCCCAAAGCCGACATTGAAATATAATCTGTTTTAAGAAAAAATAT
65 AATAGCTTTTTCCTCTCATTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT
* * * * * * *
32297 ACAAAAAGTT-GACTTTAAATTAATTATGAGACTATATAATCA
130 A-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * * *
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1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGA
* * * * * * * * * * *
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66 ATAGCTTTTTCCTCTCATTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA
* **********
32467 AAAAAATTTAA-TTAAAAATCAANNNNNNNNNNATAAAACCA
131 AAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * *
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1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGA
* * * * ** *
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66 AT-AGCTTTTTCCTCTC-ATTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATA
* * *
32636 TAAAAAATTTCAACTT-AAATCAAATATGAGCTTATAAAACCA
129 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * ** * ********** *
32678 TTTAAAGCTAGTAATAAGGTTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGNNNNNNNNNNCCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGA
* * * * * * * * * * * * *
32743 ATCA-CATTCTCTTCACGTTTCTTGAGGGAAACACTCAACTATAATCTATTTTAACCAAAACTGT
66 AT-AGCTTTTTCCTCTCATTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT
* * *
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* * * * * * * *
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1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGA
* * * * * *
32914 ATGGCTTTTTGCTCCCATTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATATA
66 ATAGCTTTTTCCTCTCATTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-
* *
32979 AAAAAAATTCAACTTCAAATCCATTATGAGATTATAAAACCA
130 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
** * * * * *
33021 TTTATGGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAAGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGA
* * * * * * * * *
33086 TTCA-CTTTCT-CT-TCATGTTTCTTGAGGTAAATATTCAATTTTAATCTGTTTTAACAAAAAAT
66 AT-AGCTTTTTCCTCTCA--TTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
** * **********
33148 GGAAAAAAA-TAAACTTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACCA
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** * * * * * *
33191 TTTAAAGCGAGTAA-AATGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTACAAATGGTCCTTTCTTTCTAAGG
1 TTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATG
* * * * * * *
33255 AATGGCTTTTTTCTCCCATGTT-CTAGGGCAAACATTAAAATATAATCAGTTTTAATCAAAAATT
65 AATAGCTTTTTCCTCTCAT-TTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAA-T
* * * *
33319 TTAAAAAAATT-GACTTCAAATCAATTATGAGATAATAAAACCA
128 ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
********** * * * * * * *
33362 TTNNNNNNNNNNAATAAAGCTTCCAAAAGTATGGGTGACTACAAATAGGCTTTTCTTACCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGA
* * * * * * * * * * * *
33427 TTGGCTTTCTCTTCACATTT-CTCAGGGTAGACATTCAATTTTAATCTATTTTAACC-AAAATGT
66 ATAGCTTTTTCCTCTCATTTCCT-AAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT
**************
33490 AAAAAAATTCAACTTAAAATNNNNNNNNNNNNNNTAAAACCA
130 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
** * *
33532 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCACGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTTAATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAC-TAATG
* * * * * **
33596 AATGGCTTTTTCCTCCCGTTT-CTCAAGGAAAACATTTAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAGCA
65 AATAGCTTTTTCCTCTCATTTCCT-AAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATA
* * * *
33660 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGCTTATAAAACTA
129 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * * * * *
33703 TTTACAGTGAGTAAT-AGGGTTTTAGAAGGCATGAGTGACTCTAAATAGACTTCTCTTGCCAATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATG
* * * * * * * * * * * *
33767 GATCA-CATTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAAACACTCAACTATAATCTATCTTAACCAAAACTA
65 AAT-AGCTTTTTCCTCTCATTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATA
********** * *
33831 TAAAANNNNNNNNNNTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCA
129 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * *
33874 TTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATTGGTGAATATAAATGGACTTTTCTTACTAATAA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGA
* * * ** * * * * *
33939 AT-GAATTTGTCCTTTTGTTTCCCAAGGTAAACATTCAAACATAATCTGTCTTAACCAAATATAT
66 ATAG-CTTTTTCCTCTCATTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT
* * ** * * *
34003 -ATATAATTTGACTTTAAATCAATTATAAGATTATAAAACTA
130 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* ********** * *
34044 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTNNNNNNNNNNGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCCTACTAATA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACTAATG
* * * * *
34108 AATGGCTTTTTCTTC-CTATTTCCTAACGCAAACATTCAAATTTAATCTGCTTTAACCAAAAATA
65 AATAGCTTTTTCCTCTC-ATTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATA
* * * **********
34172 TAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATCAGCTNNNNNNNNNN
129 T-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * ** * * *
34216 TTTAAAACTAGTAATAAGGCTTTGACAA-TTATGGATGACTATAAATAGACTTCTT-TTGCCAAT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTT-TTCTTACTAAT
* * * * * * * *
34279 GAAT--CATGTT-CTCTTCATGTTTCTTGAGGAAAACACTT-AACTATAATCTATTGTAACCAAA
64 GAATAGCTTTTTCCTC-TCA--TTTCCTAAGGCAAACA-TTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAA
* * **********
34340 ACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACCA
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* * *
34387 TTTAAAGCGAGTAATAAGACTGTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGA
* * * * *
34452 ATATCTTTTTCCTCTCATTTCCCAAGGCAATCATTTAAATATAATCTGTTTTAACCAAGAATATA
66 ATAGCTTTTTCCTCTCATTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA
* *
34517 AAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGCTTATAAAACCA
131 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
34558 TTTAAAG
1 TTTAAAG
34565 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (171 bp):
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACTAATGA
ATAGCTTTTTCCTCTCATTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
Found at i:36383 original size:341 final size:341
Alignment explanation
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36026 CTATAATATA
* * * * *
36036 TTTTAACCAAAACTATAAAAAAATTTAACTCAAAATTAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAACCAAAAATAT-AAAAAACTCAACTCAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAG
********* * * *
36101 CGAGTAATAAGGCNNNNNNNNNNATTG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGAC
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*** * *
36165 -TT-TTTCTCTTGTTTCCAT-A-GTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAA
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* ** * *
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*
36291 GGCATAAGTGACTATAAAAGGACT-TTTCTTACTAATAAAAGACTTTTTGCTCCCGTTTCTCATG
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* * * * *
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1 TTTTAACCAAAAATATAAAAAACTCAACTCAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGC
* * *
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* * * *
36507 GTTTTCACATTTCTTAAGGTAAATACTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAACATT
131 GTTTTCACATTTCATAAGGTAAACACTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAACATT
* * * *
36572 CAACTTCAAATCAATTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCAT
196 CAACTTCAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCAT
* *
36637 GAGTGACTATAAATGAACTATTTTTACTAAT
261 AAGTGACTATAAAAGAACTATTTTTACTAAT
36668 GAATGGCTTT
Statistics
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0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
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GTTTTCACATTTCATAAGGTAAACACTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAACATT
CAACTTCAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCAT
AAGTGACTATAAAAGAACTATTTTTACTAATAAAAGACTTTTTGCTCCCGTTTCTCATGAAAAAC
ATTCAAATATTGTCTG
Found at i:37346 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 36738--39556 Score: 1762
Period size: 171 Copynumber: 16.5 Consensus size: 170
36728 NNNNNNNNNN
* * * * *
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1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTG
* * * * *
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65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGC-TTTTTCT-TCATGTTTCTCAAGGTAAACATT
* **********
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* * * * * * ******
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1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAA-ACTATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGT
**** * * * * * * * * *
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64 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-AGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATT
* * * * **
37037 CAATTATAATCTATTTTAA-CTAAAAATGTAATAACCTTCAACT
128 CAAATATAATCTGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACT
** * * * *
37080 TAAAATCTTTTATGAGATTGTAAAAATCATTTGAAGCAAGTAATAAGGCGTTTG-AAGGTATGGG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAG-AAGTAATAAGGC-TTTGAAAGGCATGGG
* * * * *
37144 TGACTATAAATGAACTTTTCTT-TTGAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAAGTAGACAT
63 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACAT
* * * **
37208 TCAAATATAATATGTTTTAATAAAAAATATAAACAAATTTGACT
127 TCAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * * *
37252 CAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGATAGTAATAAGACTTCT-AAAGACATGGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGA-AGTAATAAGGCTT-TGAAAGGCATGGGT
* * * * * * *
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64 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAG-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATT
* * * ** *
37380 GAATTTTAATCTGTTTTAA-CTAAAAATGCAAAAAAAATCAACT
128 CAAATATAATCTGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * * * * *
37423 TAAAATCAATTATGACATTATAAAGCCATTTCAAGCAAGTAATAAGCCTTTGGAAGGCATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTG
* * * * *
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* *****
37552 AAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTNNNN
129 AAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
****** * * * * * *
37594 NNNNNNCAAATATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGAAACGCATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTG
* * * * * * *
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* * * * * *
37722 CCACTATAATATATTTTAACCAAAACTATAAAAAAATTCAACT
128 CAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
** * *
37765 TAAAATCTTTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA-AATGGCTTTGGAAGGCATGGGT
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-AAGTAATAA-GGCTTTGAAAGGCATGGGT
* * * * * * *
37829 GACTATAAATGGTCCTTTCCTGCTAAGGAATGGCCTTTTCCTCCCATG-TTCT-AAGGTAAACAT
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* * **
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* * * * * ** * *
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1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTG
* * * * * * * ** * **
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* * * * *
38066 ATTTTAATCTATTTTAA-CCAAAATGTAAAAAAATTCAACT
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* * * *
38106 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCACGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTG
* * * *** * * *
38171 ACTATAAATAGACTTTTCTT-CATAATGAATGGCTTTTTCCTCCCATTTCTCAAGGAAAACGTTT
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGC-TAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTC
* * *
38235 AAATATAATCTATTTTAA-CTAAAAACATAAAAAAATTTAACT
129 AAATATAATCTGTTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * * * *
38277 TAAAATCAAATATGAGCTTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTGGAAGACATGGGTG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-AAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTG
** * * * * *
38342 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAATCA-CATTCTCCTCATGTTTCTTAAGGAAAACACTT
65 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-AGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACA-TT
* * * * * * * *
38406 -AACTATAATCTATTTTAACCAAAACTGTGAAAACATTCAAGT
128 CAAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * * *
38448 TAAAATGAATTATGATATTGTAAAACCT-TTTAAAGAGAGTAATAAGAG-TTTCAAAGGCATGGG
1 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGA-AGTAATAAG-GCTTTGAAAGGCATGGG
* * ** * * * * * *
38511 TGGCTATAAATGTG-CTTTCCTTGCTAACAAAT-GACTTTTTCCTCCTATTTC-CGGAGGTAGAT
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* * * *
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* * *
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* * * * * ** *
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* * * * *
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* * **
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*
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* * * * * * * * *
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* ** * * * *
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* * *
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* * *
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** * ** * * *
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* *
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* * *** * * * *
40132 CTATTTTAACCTGAAT-TGTAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACCATTTA
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* *
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* * ** * * *
40388 AAGGCATAGGTGACTACAAATAAACTTTTCTTGCTAATGATTG
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* * * * * * * ** ** **
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* * * *
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* * * * *
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* * ** * * * *
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40749 ATGGACTTNNNNNNNNNNTGAATA
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * ** * * *
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* *
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AGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGCTTCTAAAGACATGGGTGACTACAAATGGACTT
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* * * * * ** * *
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* ** * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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********* * *
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* * * *
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* ** *
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* * * * *
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1 AAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG-AAGTAAT
* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * *
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* * * * * *
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*
38258 AACATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGCTTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAG
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 AAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGA-AGTAA
** * ** *
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* * ** * * * * *
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126 CTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTGA
* *
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191 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTATAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAAGCATGGG
* * ** * *
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256 TGACTACAAATAGACTTTTCTTACCAATGATTGACTTTCTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATT
* * * * * *
38747 GAATTTTAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTATTTATAAGTTTGTA
321 GAATTTTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
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386 AAACCATTTCAAGCAAGTAATAAGCCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGA
* *
38877 TAATGAATAGCTTTCTCTTCATGTTTTCCAA-AATAGACATTCAAACATAATCTGTTTTAATGAA
451 TAATGAATAGCTTTTTCTTCAT-TTTTCCAAGAA-A-ACATTCAAATATAATCTGTTTTAAT-AA
* * * * * * * *
38941 AATTATAAAAACATTTGACTCTAAATTAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGATAGTAACAA
512 AAATATAAAAAAATTTAACT-TAAATCAAATATGAGCTTATAAAACTATTTAAAGA-AGTAATAA
* * * * ** *
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* * * * * * *
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* * *
39109 AAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAGTAATGAGATTATAAAACTATTTACAA-AGAGTAA
1 AAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACTATTTA-AAGA-AGTAA
* ** * *
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* * * * * * * *
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39297 CAANNNNNNN
Statistics
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AGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCTAATGAATGGCTTTTTCCTCAT
GTTTCCTAAGGTAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTGACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTATAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAAGCATGGGTGACT
ACAAATAGACTTTTCTTACCAATGATTGACTTTCTCTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTGAATT
TTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
ATTTCAAGCAAGTAATAAGCCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGATAATG
AATAGCTTTTTCTTCATTTTTCCAAGAAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAA
AAAATTTAACTTAAATCAAATATGAGCTTATAAAACTATTTAAAGAAGTAATAAGGTTTTGAAAG
GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCACATTTTCATCATGTTTCTTAAGGA
AAACATTAACTATAATCTATTTTAACC
Found at i:41176 original size:170 final size:171
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* * * *
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* * * *
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*
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* ** * * ** * * * *
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* * ** *
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* * * * * * **
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* * * * * * * * * * * * * **
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*** *
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*
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* ** * * * * *
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1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGACATTTTCTTCAT-GTTTCTTAAGGCAAACACTCAATTATAATCT
* * *** * * * * *
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65 ATTTTAACTAAAAATTGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAA
* *
40711 AGAGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGG
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********** * * *
40753 ACTTNNNNNNNNNNTGAATAACATTCTCTTCATGTTTCTTAAGGAAAACACTCAATTATAATCTA
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* * **********
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66 TTTTAACTAAAAATTGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
40882 AGAGTAATAAGGCTTTGGAAGTCAT-GGTGACTATAAATGG
131 CGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * * *
40922 ACTTTTGTTGTCAATGAATAACGTTCTT-TTCATGTTTCTTAAGGTAAACACTCAATTATAATCT
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGACATT-TTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACACTCAATTATAATCT
* * * *
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65 ATTTTAACTAAAAATTGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
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130 GCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* ** * *
41092 ACTTGTCTTGCCAATGAACCACCTTCTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTA
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* * * * *
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* * * * *
41221 G-TATGCAATAAAGCTTCGGAAA-GCATGGGTGGA-TATAAAGGG
130 GCGA-GTAATAAGGCTT-TGAAAGGCATGGGT-GACTATAAATGG
* ** * * * * *
41263 TCTTTTCTTATCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGCAAACACTAAATTATAATTTA
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGACATTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTA
* * * * * * *
41328 TTTTGACCAAAAA-TGTAAAAAGATTCAACTTAAGATGAATAATGAGATTATTAAACTATTT
66 TTTTAACTAAAAATTGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
41389 NNNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (171 bp):
ACTTTTCTTGCCAATGAATGACATTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTA
TTTTAACTAAAAATTGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
CGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
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Period size: 170 Copynumber: 6.0 Consensus size: 169
42264 NNNNNNNNNN
* **
42274 AAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCTAATGAATGG-TAATTTCCTC
1 AAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCT-ATTTTTTC
* * * *
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********** * *
42403 ANNNNNNNNNNTGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
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* * * * *
42445 AAGGCTTTGAAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAAT--CATGTTTTCTT
1 AAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGC-TATTTT-TT
* ** * * * * * *
42507 CATGTTTCTTGAGGCAAACACTCAATTACAATCTATTTTAACCGAAACTATAAAAAAATTCAACG
64 CTTGTTTC-CCAGGAAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC-
* **********
42572 TAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCANNNNNNNNNNGTAAT
127 TAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
* *
42615 AAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCT-TTTTTTGC
1 AAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTATTTTTT-C
* *
42679 TTGTTTCCCAAGGAAAATATTTAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTN
65 TTGTTTCCC-AGGAAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT-
*********
42744 NNNNNNNNNTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
128 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
** * ** * *
42786 AAAACTTTGGGAGGCATGGACGGCTATAAATAGACTTTTCTTAGC-AATGAGTGGCT-TTTTCTT
1 AAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GCTAATGAATGGCTATTTT-TT
* ** * * * * *
42849 CATGTTTTTCA-AATAAACACT-AAAGAATAATC-AGTTTTGACTAAAAATATAAAAAAATTCAA
64 CTTGTTTCCCAGGA-AAACATTCAAA-TATAATCTA-TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
* ** *
42911 CTTAAAATCAAAAATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAAT
126 C-TAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
********** * * * *
42955 AAGNNNNNNNNNNGTATGGGTGACTATAAATGGACTCTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTTCTTC
1 AAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTATTTT-TTC
* * * ** * * ***
43019 ATGTTTCCCAAGGTAGAGGTTCAAATATAATC-ATTTTAACTAAAAATATAAAAAAACTCGGTTT
65 TTGTTTCCC-AGGAAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC-AACT
** * * *
43083 AAAATTAACAATGAGATCATAAAGCCATTTAAA-ACGTGTAAT
128 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAAT
* ** * * * * * * * * *
43125 AAAGCTTTAAAAGGCATAGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAGTGACTTTTTTTTCA
1 AAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTATTTTTTCT
** ** * * * * * *
43190 CATTTTTCAGGATAAACACT-AAAGTATAATATGTTTTGAA-AAAAAATTGTAAAAAGATTCAAC
66 TGTTTCCCAGGA-AAACATTCAAA-TATAATCTATTTT-AACCAAAAA-TATAAAAAAATTCAAC
* *
43253 TTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-AGTA
127 -TAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTA
43294 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 126 0.20
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172 47 0.07
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (169 bp):
AAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTATTTTTTCT
TGTTTCCCAGGAAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTAAA
ATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAT
Found at i:42869 original size:341 final size:322
Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 322
42264 NNNNNNNNNN
42274 AAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCTAATGAATGGTAATTTCCTCT
1 AAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCTAATGAATGGT-ATTTCCTCT
* * *
42339 AGTTTCCTCAGGTAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTA
65 AGTTTCCTCAGGAAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
** * * ** *
42404 NNNNNNNNNNTGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGTGACT
130 --------TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAACTTTGAAAGGCATGGCGACT
* * ** * **
42469 ATAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATCATGTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACACTCAATT
187 ATAAATAGACTTCTCTTGCCAATGAATCATGTTTTCTTCATGTTTCTTCAAACAAACACTAAAGA
* * * ** *
42534 ACAATCTA-TTTTAACCGAAACTATAAAAAAATTCAACGTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAAC
252 ACAATC-AGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACGTAAAATCAAAAATGAGATTATAAAAC
42598 CANNNNNNNNNNGTAAT
316 CA----------GTAAT
* ** **
42615 AAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCT-TTTTTTGC
1 AAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCTAATGAATGG-TATTTCCT-C
* * *
42679 TTGTTTCC-CAAGGAAAATATTTAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
64 TAGTTTCCTC-AGGAAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
** **
42743 NNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAACTTTGGGAGGCATGGACG
128 --------TATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAACTTTGAAAGGCATGG-CG
* * * *
42808 GCTATAAATAGACTTTTCTTAG-CAATGAGTGGC-T-TTTTCTTCATGTTT-TTCAAATAAACAC
184 ACTATAAATAGACTTCTCTT-GCCAATGAAT--CATGTTTTCTTCATGTTTCTTCAAACAAACAC
* * * *
42869 TAAAGAATAATCAGTTTTGACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAAAATGAGATTAT
246 TAAAGAACAATCAGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACGTAAAATCAAAAATGAGATTAT
42934 AAA
311 AAA
42937 CCATTTAAAG
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 43, Indels: 32
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
340 6 0.02
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.32
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AAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGCTAATGAATGGTATTTCCTCTA
GTTTCCTCAGGAAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAT
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAAACTTTGAAAGGCATGGCGACTATAAATAGA
CTTCTCTTGCCAATGAATCATGTTTTCTTCATGTTTCTTCAAACAAACACTAAAGAACAATCAGT
TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACGTAAAATCAAAAATGAGATTATAAAACCAGTAAT
Found at i:47382 original size:170 final size:160
Alignment explanation
Indices: 47163--47499 Score: 320
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
47153 TTCAAATGGT
* * *
47163 TTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATATTTTAACTTTTTTGGTCAAAACAGAATATAAT
1 TTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTAAC-TATTTGGTCAAAACAGAATATAAT
* ** * *
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65 TGAATATTTAT-CTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCACTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
47291 TCACCCATGCCATCCAAAGCCTTATTACTCGC
129 CCACCCATGCCATCCAAAGCCTTATTACACAC
47323 TTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCATTTTACAC-ATTTGGTCAAAA
1 TTTAAA----------ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-ATTTTA-ACTATTTGGTCAAAA
* * * * ** * * *
47387 CAGATTATACTTTAATGTTTATCTTGAAAAATGTGAAGAGAAAGTCACTCATTGATAAGAAAAGT
54 CAGAATATAATTGAATATTTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCACTCATTGACAAGAAAAGT
* * *
47452 CCATTTATAGCCACCCATGCCTTCTAAAGCTTTATTACACAC
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1 TTTAAA
47500 TAGTTTTATA
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 23, Indels: 17
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 5 0.04
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ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (160 bp):
TTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTAACTATTTGGTCAAAACAGAATATAATT
GAATATTTATCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCCACTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCC
ACCCATGCCATCCAAAGCCTTATTACACAC
Found at i:47516 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 47074--47839 Score: 446
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 169
47064 TGGCCTCGGG
* * * * * * * * *
47074 AAACATGAGGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCAATTTGTAGTCATCCATGCCCTCGAAT
1 AAACATGAAGAAAAAGCCACTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCATCCAAA
* ***** * * *
47139 GCCTTACTGTTTGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATATTTTAACT
65 GCCTTATTACACACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTAAC-
* * **
47204 TTTTTGGTCAAAACAGAATATAATTGCATATTTTCCTTGGG
129 TATTTGGTCAAAACAGAATATAATTGAATATTTTCCTTGAA
* * *
47245 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCATCCAAAG
1 AAACATGAAGAAAAAGCCACTCATTGACAAGAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCATCCAAAG
* * **********
47310 CCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCATTTTACAC
66 CCTTATTACACACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-ATTTTA-AC
* * * *
47375 -ATTTGGTCAAAACAGATTATACTTTAATGTTTAT-CTTGAA
129 TATTTGGTCAAAACAGAATATAATTGAATATTT-TCCTTGAA
** * * * * *
47415 AAATGTGAAGAGAAAGTCACTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCTAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCACTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCATCCAAA
* ********** * *
47480 GCTTTATTACACACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTNNNNNNNNNNTTTTTTTACA
65 GCCTTATTACACACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTAAC-
* * * * ** *
47545 TTTTTGGTCAAAACA-AATTAGAATTGAGTGTTGGCC-TCAGA
129 TATTTGGTCAAAACAGAA-TATAATTGAATATTTTCCTTGA-A
* * * * * * * * * * *
47586 AAACATG-AGAAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAATTCATTTGTAGTCATCTATGCCTTCGAA
1 AAACATGAAG-AAAAAGCCACTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCATCCAA
* * ***** * * * *
47650 AGCATTACTGTTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATTATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTAC
64 AGCCTTATTACACACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTAAC
* * * * * *
47715 ATTTTTGATC-AAATAGAATATAATTGAGTATTTTTCTTGAG
129 -TATTTGGTCAAAACAGAATATAATTGAATATTTTCCTTGAA
* * * * * *
47756 AAACGTGAAGAAAAATCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCATCTAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCACTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCATCCAAA
*
47821 GCCTTATTACTCACTTTAA
65 GCCTTATTACACACTTTAA
47840 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 447, Mismatches: 135, Indels: 27
0.73 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 212 0.47
171 231 0.52
172 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AAACATGAAGAAAAAGCCACTCATTGACAAGAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCATCCAAAG
CCTTATTACACACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTAACTA
TTTGGTCAAAACAGAATATAATTGAATATTTTCCTTGAA
Found at i:48361 original size:170 final size:170
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Indices: 47896--48792 Score: 687
Period size: 170 Copynumber: 5.3 Consensus size: 170
47886 TATTTTGTGC
* * * * * *
47896 TTTATGATCTCA-TATTTAATTTTAAGCTGAAT-TTTTTAACATTTCTGATTAAAATAGATTATA
1 TTTATAATCTCATTA-TTAGTTTTAAGTTAAATCTTTTT-ACATTTTTTATTAAAATAGATTATA
* * * * * * * * *
47959 TTTG-ATCGTCTGTTTTGAAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAGAGTCCATCTA
64 TTTGAAT-GTCTGCTTTGGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCACTAGTAAGAAAG-GTCTATTTA
* * * *
48022 TAGTCACCCATGCCTTCCGAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATAGT
127 TAGCCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACT-TCTTTAAATAGT
* ************ * *
48067 TTTATAATCTCATTATT-GATTTTAAGTTGAATCTTTTTNNNNNNNNNNNNAAAACATATTATAC
1 TTTATAATCTCATTATTAG-TTTTAAGTTAAATCTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATA-
* ** * * *
48131 TTT-AGTGT-TTATCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGTCACTCATTAGTAAGAAAAG-CTATTTA
64 TTTGAATGTCTGCT-TTGGA-AAACATGAAGAAAAAGTCATTCACTAGTAAGAAAGGTCTATTTA
* * * * *
48192 TAGCCGCCCATGCCTTTCAAAGCTTTATTA-TATGCTTTAAATGGC
127 TAGCCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACT-T-CTTTAAATAGT
* *
48237 TTTATGATCTCATTATTAGTTTTAAGTTAAAT-TTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATATT
1 TTTATAATCTCATTATTAGTTTTAAGTTAAATCTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATATT
** * *
48301 TGAACCTCTGCTTTGGTAAACATGAAGAAAAAGTCATTCACTAGTAAGAAAGGTCTATTTATAGT
66 TGAATGTCTGCTTTGGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCACTAGTAAGAAAGGTCTATTTATAGC
* * *
48366 CATCTATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTCTTTAAATAGT
131 CACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTCTTTAAATAGT
* * * * * *
48406 TTTATAATCTCATTATTCA-TTTTAAGTTGAATCTTTTTGCATTCTTGT-TCAAAACATATTATA
1 TTTATAATCTCATTATT-AGTTTTAAGTTAAATCTTTTTACATT-TTTTATTAAAATAGATTATA
* * ** * ** * * * * * *
48469 CTTGAGTGT-TTATCTTGAAAAATGTGAAAAAAAAG-CTATTCATTGGCAAGCAAA-GTCCATTC
64 TTTGAATGTCTGCT-TTGGAAAACATGAAGAAAAAGTC-ATTCACTAGTAAG-AAAGGTCTATTT
* * *
48531 ATAGCCACCCATGCCTTCCAAAGCTTTATTAC-ACGTTTTAAATAAT
126 ATAGCCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTC--TTTAAATAGT
* * * * * *
48577 TTTATGATCTCATTATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATCTTTTATTAAAATAGATTATATT
1 TTTATAATCTCATTATTAGTTTTAAGTTAAATCTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATATT
* * *
48642 TGAATGTCTGCTCTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCACTAGTAAGAAAGGTCTATTTATAGT
66 TGAATGTCTGCTTTGGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCACTAGTAAGAAAGGTCTATTTATAGC
* *
48707 CACCCATGCCTTCCGAAGCCTCATTACTTCTTTAAATAGT
131 CACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTCTTTAAATAGT
* * *
48747 TTTATAATCTTATTATT-GATTTTAAGTTGAATCTTTTTGCATTTTT
1 TTTATAATCTCATTATTAG-TTTTAAGTTAAATCTTTTTACATTTTT
48793 GTTCAANNNN
Statistics
Matches: 557, Mismatches: 139, Indels: 61
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 95 0.17
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ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TTTATAATCTCATTATTAGTTTTAAGTTAAATCTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATATT
TGAATGTCTGCTTTGGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCACTAGTAAGAAAGGTCTATTTATAGC
CACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTCTTTAAATAGT
Found at i:48707 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 47895--48798 Score: 1136
Period size: 341 Copynumber: 2.7 Consensus size: 339
47885 ATATTTTGTG
* *
47895 CTTTATGATCTCA-TATTTAATTTTAAGCTGAATTTTTTAACATTTCTGATTAAAATAGATTATA
1 CTTTATGATCTCATTA-TTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTT-TTATTAAAATAGATTATA
* * * * * * * *
47959 TTTG-ATCGTCTG-TTTTGAAAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG-AAGAGTCCATCT
64 TTTGAAT-GTCTGCTTTAG-AAAACATGAAGAAAAAGTCATTCACTAGTAAGAAAG-GTCTATTT
* *
48021 ATAGTCACCCATGCCTTCCGAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGA
126 ATAGTCACCCATGCCTTCCGAAGCCTTATTACT-TCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGA
************ * *
48086 TTTTAAGTTGAATCTTTTTNNNNNNNNNNNNAAAACATATTATACTTTAGTGTTTATCTTGAGAA
190 TTTTAAGTTGAATCTTTTTGCATTCTTGTTCAAAACATATTATACTTGAGTGTTTATCTTGAAAA
* * * * * *
48151 ACATGAAGAAAAAGTCACTCATTAGTAAGAAAAGCTATTTATAGCCGCCCATGCCTTTCAAAGCT
255 ACATGAAAAAAAAGTCACTCATTAGCAAGAAAAGCCATTCATAGCCACCCATGCCTTCCAAAGCT
* * **
48216 TTATTATATGCTTTAAATGG
320 TTATTACACGCTTTAAATAA
* * * *
48236 CTTTATGATCTCATTATTAGTTTTAAGTTAAATTTTTTATA-TTTTTTATTAAAATAGATTATAT
1 CTTTATGATCTCATTATTAATTTTAAGCTGAATTTTTT-TACATTTTTATTAAAATAGATTATAT
** * *
48300 TTGAACCTCTGCTTTGGTAAACATGAAGAAAAAGTCATTCACTAGTAAGAAAGGTCTATTTATAG
65 TTGAATGTCTGCTTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCACTAGTAAGAAAGGTCTATTTATAG
* * * * *
48365 TCATCTATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTCATTTTA
130 TCACCCATGCCTTCCGAAGCCTTATTACTTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTA
**
48430 AGTTGAATCTTTTTGCATTCTTGTTCAAAACATATTATACTTGAGTGTTTATCTTGAAAAATGTG
195 AGTTGAATCTTTTTGCATTCTTGTTCAAAACATATTATACTTGAGTGTTTATCTTGAAAAACATG
* * *
48495 AAAAAAAAG-CTATTCATTGGCAAGCAAAGTCCATTCATAGCCACCCATGCCTTCCAAAGCTTTA
260 AAAAAAAAGTC-ACTCATTAGCAAGAAAAG-CCATTCATAGCCACCCATGCCTTCCAAAGCTTTA
*
48559 TTACACGTTTTAAATAA
323 TTACACGCTTTAAATAA
*
48576 TTTTATGATCTCATTATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATCTTTTATTAAAATAGATTATAT
1 CTTTATGATCTCATTATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTACAT-TTTTATTAAAATAGATTATAT
*
48641 TTGAATGTCTGCTCTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCACTAGTAAGAAAGGTCTATTTATAG
65 TTGAATGTCTGCTTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCACTAGTAAGAAAGGTCTATTTATAG
* *
48706 TCACCCATGCCTTCCGAAGCCTCATTACTTCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATTATTGATTTTA
130 TCACCCATGCCTTCCGAAGCCTTATTACTTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTA
*
48771 AGTTGAATCTTTTTGCATTTTTGTTCAA
195 AGTTGAATCTTTTTGCATTCTTGTTCAA
48799 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 482, Mismatches: 72, Indels: 18
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 107 0.22
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342 3 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (339 bp):
CTTTATGATCTCATTATTAATTTTAAGCTGAATTTTTTTACATTTTTATTAAAATAGATTATATT
TGAATGTCTGCTTTAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCACTAGTAAGAAAGGTCTATTTATAGT
CACCCATGCCTTCCGAAGCCTTATTACTTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAA
GTTGAATCTTTTTGCATTCTTGTTCAAAACATATTATACTTGAGTGTTTATCTTGAAAAACATGA
AAAAAAAGTCACTCATTAGCAAGAAAAGCCATTCATAGCCACCCATGCCTTCCAAAGCTTTATTA
CACGCTTTAAATAA
Found at i:50593 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 49963--51476 Score: 1497
Period size: 341 Copynumber: 4.4 Consensus size: 342
49953 AGGTAGACAT
* ** * * * * * * **
49963 TCAAATATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAGAAAAAGT-AGGCTTAAAATTAATAATGAGGTCA
1 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTG
** * *
50027 TAAAACCATTTAAAGCGT-GTAATAAAACTTTGAAAGGCATGGGTGGCTATAAGTAGACTTTTCT
65 TAAAACCATTTAAA--GTAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * *
50091 TGCTAATGAATGGCTTTTT-CTTC-ATGTTCTCTAAGGTAAACACT-AAATTTTAATTTATTTTG
128 TGCTAATGAATGGCTTTTTCCTCCTATTTTC-CTAAGGAAAACATTCAAA-TATAATTTATTTTA
* * * * *
50153 ACCAAAAGTGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
191 ACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * * *
50218 AATAAGGCTTTGAAAGGAATGGGTGACCATAAATGGACTT-TCTTGCTAATAAATCACGTTCTCT
256 AATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATCACGTTCTCT
50282 TCATC-TTTCTCAAGGCAAACAC
321 TCATCATTTCT-AAGGCAAACAC
* * * * * * *
50304 TCGATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTAAACTTAAAATCAATTATAATATTGT
1 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGT
* * *
50369 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTGGAAGGCATGGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTG
66 AAAACCATTTAAAGT-AGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* *
50434 CTAATGAATGGCTATTTCCTCCTATTTTCCT-A-GAAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACTA
130 CTAATGAATGGCTTTTTCCTCCTATTTTCCTAAGGAAAACATTCAAATATAATTTATTTTAACTA
* * * *
50497 AAAATATAAAAACAATTTAACTTAACATCAATTATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
195 AAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * *
50562 AAGGCTTTGAAAGGCATGGGGGACTATAAATGTACTTCTCTTGCCAATTAATCATGTTCTCTTCA
259 AAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATCACGTTCTCTTCA
* *
50627 T-GTTTCTAGTGGCAAACAC
324 TCATTTCTA-AGGCAAACAC
* * * *
50646 TCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAATTGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTGT
1 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGT
* ** * * * * *
50711 AAAACCACTTAAAGCCCGTAATAAGGCATTGGAAGGCATGGGTGCCTATAAATAAACTTTTTTTG
66 AAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
* * * * * *
50776 ATAATAAATGGCTCTTTT-CTCCCA-TTTCCCAAGGAAAACATTCAAATATAATTTGTTTTAACA
130 CTAATGAATGGCT-TTTTCCTCCTATTTTCCTAAGGAAAACATTCAAATATAATTTATTTTAACT
* * * *
50839 AAAGAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAGT-ACGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
194 AAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA-TAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * * * *
50903 TTAAGGCTTTGGAAA-GCATGGGTAACAACAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATCACATTCTCT
257 ATAAGGCTTT-GAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATCACGTTCTCT
50967 TCA-CATTTCTTAAGGCAAACAC
321 TCATCATTTC-TAAGGCAAACAC
* *
50989 TCAATCATAATCTATTTTAACCAAAACA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTG
1 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTG
********** ** *
51053 TAAAACCATTTAAAGATAGNNNNNNNNNNTCCAAAGGCATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTT
65 TAAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
* * * * * * * * * * * * * *
51118 ACCAATGAATGGCTTTTTCATCATGTTTT-TTGAGGTAGACATTGAATTTTTATTTGTTTTAA-T
129 GCTAATGAATGGCTTTTTCCTCCTATTTTCCTAAGGAAAACATTCAAATATAATTTATTTTAACT
* * *
51181 AAAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAC
194 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * ** ** * *
51246 AAGGCTTTGAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCCACCAATGAATGGCTTTTTCTT-A
259 AAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATCACGTTCTCTTCA
* * *
51310 ACGTTTCATGAA-GCAAAAAC
324 TCATTTC-T-AAGGCAAACAC
* * * *
51330 TCAATTACAATCTGTTTTACCCAAAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGT
* * *
51394 AAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTG
66 AAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
*
51459 -TCAATAAATGGCTTTTTC
130 CT-AATGAATGGCTTTTTC
51477 TTCANNNNNN
Statistics
Matches: 963, Mismatches: 182, Indels: 57
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 133 0.14
341 341 0.35
342 182 0.19
343 285 0.30
344 20 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (342 bp):
TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGT
AAAACCATTTAAAGTAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGC
TAATGAATGGCTTTTTCCTCCTATTTTCCTAAGGAAAACATTCAAATATAATTTATTTTAACTAA
AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
GGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATCACGTTCTCTTCATC
ATTTCTAAGGCAAACAC
Found at i:51471 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 49963--51480 Score: 1223
Period size: 171 Copynumber: 8.9 Consensus size: 169
49953 AGGTAGACAT
* * * * * * * *
49963 TCAAATATAATCTATTTTAA-TAAAAAATGTAGAAAAAGT-AGGCTTAAAATTAATAATGAGGTC
1 TCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * * *
50026 ATAAAACCATTTAAAGCGT-GTAATAAAACTTTGAAAGGCATGGGTGGCTATAAGTAGACTTTTC
64 ATAAAACCATTTAAA--GTAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * *
50090 TTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTCTCT-AAGGTAAACAC
127 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTT-TCTGAA-GCAAACAC
* * * * * * * * *
50134 TAAATTTTAATTTATTTTGACCAAAAGTGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATTAT
1 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
50199 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGAATGGGTGACCATAAATGGAC-TTTCTTG
66 AAAACCATTTAAAGT-AGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * ** * * *
50263 CTAATAAATCACGTTCTCTTCATC-TTTCTCAAGGCAAACAC
130 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTCTGAA-GCAAACAC
* * * * * * *
50304 TCGATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTAAACTTAAAATCAATTATAATATTGT
1 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
50369 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTGGAAGGCATGGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTG
66 AAAACCATTTAAAGT-AGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * *
50434 CTAATGAATGGCTATTTCCTC-CTATTTTCCT--AGAAAACAT
130 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCAC--GTTT-CTGAAGCAAACAC
* * * * *
50474 TCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAACAATTTAACTTAACATCAATTATGAGCTTA
1 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * *
50539 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGGGACTATAAATGTACTTCTCTT
65 TAAAACCATTTAAAGT-AGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * **
50604 GCCAATTAAT--CATGTTCTCTTCATGTTTCTAGTGGCAAACAC
129 GCCAATGAATGGC-T-TTTTCTTCACGTTTCT-GAAGCAAACAC
* * * *
50646 TCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAATTGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTGT
1 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * * ** *
50711 AAAACCACTTAAAGCCCGTAATAAGGCATTGGAAGGCATGGGTGCCTATAAATAAACTTTTTTTG
66 AAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
** * * * ** * *
50776 ATAATAAATGGCTCTTTTC-TCCCATTTCCCAAGGAAAACAT
130 CCAATGAATGGCT-TTTTCTTCACGTTTCTGAA-GCAAACAC
* * * * * * * * *
50817 TCAAATATAATTTGTTTTAACAAAAGAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAGTACGAGCTTA
1 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
50882 TAAAACCATTTAAAGCGAGTATTAAGGCTTTGGAAA-GCATGGGTAACAACAAATGGACTTCTCT
65 TAAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGGCTTT-GAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** * * * *
50946 TACCAATGAATCACATTCTCTTCACATTTCTTAAGGCAAACAC
128 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTGAA-GCAAACAC
* * * *
50989 TCAATCATAATCTATTTTAACCAAAACA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTG
1 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
********** ** * *
51053 TAAAACCATTTAAAGATAGNNNNNNNNNNTCCAAAGGCATGGGTGACTACAAATAGACTTTTCTT
65 TAAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * * *
51118 ACCAATGAATGGCTTTTTCATCATGTTTTTTGAGGTAGACAT
129 GCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACG-TTTCTGAAGCAAACAC
* * * * * * * * *
51160 TGAATTTTTATTTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATAAT
1 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * ***
51224 AAAACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCCCA
66 AAAACCATTTAAAGT-AGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* *
51289 CCAATGAATGGCTTTTTCTTAACGTTTCATGAAGCAAAAAC
130 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTC-TGAAGCAAACAC
* * * *
51330 TCAATTACAATCTGTTTTACCCAAAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
51394 AAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTG
66 AAAACCATTTAAAG-TAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* *
51459 TCAATAAATGGCTTTTTCTTCA
130 CCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
51481 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1052, Mismatches: 262, Indels: 67
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 14 0.01
170 413 0.39
171 445 0.42
172 174 0.17
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (169 bp):
TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGTAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTGAAGCAAACAC
Found at i:52060 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 51747--52062 Score: 370
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
51737 NNNNNNATTT
* * * *
51747 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGATGGCATGGGTGACTAGAAATGGGCTTTTTTTTGTCAATGAAT
1 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGATGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTTTTTGTCAATGAAT
* * * ** *
51812 GGCTTTTTCTTCACATTTCCCGAGGAAATGCTCAATTATAATATGTTTTGATTAAAAATATAAGA
66 AGCTTTTTCCTCACATTTCCCGAGGAAATGCTCAAATATAATATGTTTTGACCAAAAATATAAAA
*
51877 ATATTCAACTTAAAACTAACAATGGGATTATAAAACTATTC
131 AAATTCAACTTAAAACTAACAATGGGATTATAAAACTATTC
* *
51918 AAAGCAAGTAGTAAGGCTTTCGATGGCATGGGTGACTACAAATGGAC-TTTTTTTG-CTATTGAA
1 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGATGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTTTTTGTC-AATGAA
* * * * * * * *
51981 TAGCTTTTTCCTCACGTTTCCGGAGGCCCACA-G-TTAAATCTAATTTTTTTTGACCAAAAATGT
65 TAGCTTTTTCCTCACATTTCCCGAGG---AAATGCTCAAATATAATATGTTTTGACCAAAAATAT
*
52044 AAAAAAATTTAACTTAAAA
127 AAAAAAATTCAACTTAAAA
52063 TCAATTATGN
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 22, Indels: 8
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 35 0.29
171 80 0.67
172 1 0.01
173 2 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGATGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTTTTTGTCAATGAAT
AGCTTTTTCCTCACATTTCCCGAGGAAATGCTCAAATATAATATGTTTTGACCAAAAATATAAAA
AAATTCAACTTAAAACTAACAATGGGATTATAAAACTATTC
Found at i:52800 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 52218--58622 Score: 3841
Period size: 171 Copynumber: 37.5 Consensus size: 171
52208 NNNNNNNNNN
* * * * * * * ** *
52218 TTTTCAAGATAAACAATAAAGTGTAATATATTTTGAGCAAATATGTAAAATGATTCAGCTTAAAA
1 TTTTCAAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
** * * *
52283 TCAATTATGAGA-TACTAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGATGGCATAGGTGACAA
66 TCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTA
* * * *
52347 GAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATGGA-TTTTTCTTCACG-
130 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGT
* * * *
52388 TTTCCTAAGGA-AAACACTAAATTATAATGTGTTTTCACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAA
1 TTTTC-AA-GATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
** * * ** * * *
52452 AA-CTAAAAATGGGATTATAAAACCATTCAAAGTAAGCAGTAAGGCTTCT--AATGGCATGGGCG
64 AATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TGGAA-GGCATGGGTG
* * ** * * * * * *
52514 ACTACATATAAACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCCTCGTAT
126 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
** * * * * * * * **********
52560 TTCCCGAGGTCAACACTCAATTCTAATTTGTTTTGACCAAAAATATAAAAAAANNNNNNNNNNAA
1 TTTTCAAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * *
52625 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGTGCAATAAAGTTTTGGAAGGCATGGGTGGCTAT
66 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTAT
* ** *
52690 AAATAGACTTTTCTTATCAATGAGTGACTTTTTCTTCATGT
131 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
* * **
52731 TTTTCAAGATAAACACTAAAGTATAATCTGTTTTGAGCAAATAA-GTAAAACGATTCAACTTAAA
1 TTTTCAAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
52795 ATCAATTATGAGATAATAAAATCATTTAAAGCGATTACTAAGGCTTTGGATGGCATGAGTGACTA
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTA
* * * * *
52860 TAAATGGACTTTTTTTGCAAATGAGTGGCTTTTTCTTCACG-
130 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
* * ** * * * ** *
52901 TTTCCTAAGAAAAATGCTCAATTATATTCTATTTTGATAAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAA
1 TTTTC-AAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * ** * * * *
52966 ATCAATAATGGGATTATAAAACTATTTAAAGCAAACAGTAATGCTTTTG-AGGACATGGATGACT
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGG-CATGGGTGACT
* * **
53030 ACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-AGCTTTTTCCTCACAT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGT
* * *** * * * *******
53073 TTTCCGAGGCCAA-ACTTAATTCTAATTTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATT-ANNNNNNNN
1 TTTTCAAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCA-ACTTAAA
** * * *
53136 NNCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGC-ATGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCT
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACT
** ** * *
53200 ATAAATGGACTTCCCTTATCAATGAGTGACTTTTTCTTCATGA
129 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
** * **
53243 TTTTCAAGATAAACACTAAAGCATAATCTGTTTTGACCAAATATGTAAAACGATTCAACTTAAAA
1 TTTTCAAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
53308 TTAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGATGGCATGGGTGACTAT
66 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTAT
* *
53373 AAATAGACTTTTTTTGCCAATGAAT-AGCTTTTTCTTCATGT
131 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGT
********** ** * * *
53414 TNNNNNNNNNNAATGCTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAGAATATTCAACTTAAAA
1 TTTTCAAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * ** * * *
53479 TTAATAATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCAAACAGTAAGGCTTT-CAAGGGCATGGATGACTA
66 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAA-GGCATGGGTGACTA
* * * * **
53543 CAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGACTTTTTCCTCA-CA
130 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
* *** * * * *
53584 TTTCCTAAGGCCAACACTTAATTCTAAT-TTTTATTGACCAAAAATGT-AAAAAGTTCAACTTAA
1 TTTTC-AAGATAAACACTAAATTATAATCTGTT-TTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
********** * *
53647 AATCAATTATGNNNNNNNNNNACCATTTAAAGC-ATGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATAGGT-AG
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGA-
* * *
53710 CTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
127 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
** * * *
53755 TTTTGGAGCTAAACAATAAATTATAAT-TTTTTTGACCAAAAGA-GT-AAAAAATTCAACTTAAA
1 TTTTCAAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * *
53817 ATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGCGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACCA
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTA
* * * * * * *
53882 TAAATAGATTTTTCTTGTCAATAAATCA-TGTTTTTTTCACGT
130 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACT-TTTTCTTCATGT
* * * * * * *
53924 TTCTT-GAGACAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTATAAGAATTCAACTTAAA
1 TT-TTCAAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * **
53988 ATCAATTATAAGATTGTAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAGG-TCTTGGAAGGAATGGGTGANN
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTGGAAGGCATGGGTGACT
******** * * * * * *
54052 NNNNNNNNACTTTTCTTGCTAATAAATGGCTTTTTCCTCTTAT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
* ** * * ** * * * **
54095 TTTCCAAGGCAAACATTCAAA-TATAATTTGTTTCAACTAAAAATATAAAAAGATTCAAGGTAAA
1 TTTTCAAGATAAACACT-AAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * ** * * *
54159 ATTAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGAAAGCAATAAGGCGTT-GAACGGCATAGGTGACT
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAA-GGCATGGGTGACT
* * * **
54223 ATAAATAGACTTTTCATACCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
* * * * *
54266 TTCTCACAGCA-AAA-ACTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATAG-AAAAAAATTTTAACTT
1 TTTTCA-AG-ATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAAT-GTAAAAAAA-TTCAACTT
* * *
54328 AAAATTAAATATGA-ACTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGGATGGGTG
62 AAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTG
* * * * *
54392 ATTATAAAGGGACTTCTCTTGCCAATGAATCACGTTCCTT-TT-ATGT
126 ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC-TT-TTTCTTCATGT
* * * * * * *
54438 TTCTT-GAGGTAAACACTTAATTATAATCTATTTTAACTAAGAAA-GTTAAAAAATTCAACTTAA
1 TT-TTCAAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
54501 AATCAATTATGTGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAACGCTTTGAAAGGT
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGC-ATG---GGT
****** * * * * * *
54566 -A-TGGATGACNNNNNNNNNNCTTCTCTTGCCAATAAATCA-TGCTCTCTTCACGT
125 GACT--AT-A-----AATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACT-TTTTCTTCATGT
* ** * * *
54619 TTCTTGAAG-TAAACACTCTATTCTAAT-TAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
1 TT-TTCAAGATAAACACTAAATTATAATCT-GTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * **
54682 AATCAATTATGAGAATGTAAAACCTTTTAAAGCAAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACT
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACT
********** * * * * ***
54747 ATANNNNNNNNNNTCTTACTAATGAATGTCTTTTTCCTC-CCA
129 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
* * * * *** * *
54789 ATTTCGAGGGTAAACATTTAAA-TATAATCTGTTTT-AATTACAATATAAAAGAAA-TCAACTTA
1 TTTTC-AAGATAAACA-CTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTA
* * * * * * *
54851 AAATCAAATGTGAGCTTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGTATGGATGAC
63 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGAC
* * * *
54916 TATAAATGGACTTCTATTGCCAATTAATCA-TGTTCTT-TTCATGT
128 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACT-TT-TTCTTCATGT
* * * * * * * * *
54960 TTCTT-GAGGTAAAAACTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAAGTTAAA
1 TT-TTCAAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
********** * * ** * *
55024 ATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTCAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTT
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTA
*
55089 TAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-AGCTTTTTCTTCATG-
130 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGT
* * * * * * * **
55130 TTTCCTAAGGTAGATATTCAAA-TATAATCTGTTTTAACAAAAAATAG-AAAAAAATTTGACTTA
1 TTTTC-AAGATAAACACT-AAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTA
** ** * *
55193 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGATAACAATAAGGCTTCT-AAAGGCATGAGTGA
63 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TGGAAGGCATGGGTGA
* * * * * *
55257 CTACAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATCAATTTTTCATCATGT
127 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
* * * * * * * * * *
55302 TTCTTAAAG-TAGACATTTAATTTTAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAGATTCAGCTTAAA
1 TT-TTCAAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * *
55366 ATGAATCATAAGATAATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGATGACTC
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTA
* * * *
55431 TAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTATTTATGT
130 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
* * * * * *
55473 TTCTCAAGGA-AAACACTCAATTATAATTTGTTTTGACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTGAA
1 TTTTCAA-GATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
** * * * * * * **
55537 ATCAAAAATGGGATTATAAAACTATTTAAATCAAGTAGTAAGGCTTCT-AAAGGCATAAGTGACT
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TGGAAGGCATGGGTGACT
* * * * * *
55601 ACAAATAGACTTTTCTTGACAATGAATGCCTTTTCCCTCATG-
129 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
* *** * * * * *
55643 TTTCCTAAGGCCAACACTCAATTCTAATTTGTTTTGATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
1 TTTTC-AAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
********** * * * * * * **
55708 NNNNNNNNNNAGATTATAAAATCATTTAAAGCGTGTAATAAAGCTTTAGAAGGTATGAGTGGTTA
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTA
*
55773 TAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AA-GTAGTATTTTCTTCATG-
130 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-ACT-TTTTCTTCATGT
* * * * * *
55814 TTTTC-AGAATAAACACTAAAGTATAATATGTTTTGACTAAATATGTTAAAAGATTCAACTT-AA
1 TTTTCAAG-ATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
55877 ATCAATTATGAGATAACAAAACTATTTAAAGCAAGCAATAAGGATTTGGAAGGCATGGGTGACTA
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTA
*
55942 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACCTTTTCTTCATGT
130 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
* * * * * * *
55984 TTCCTAAAGA-AAACACTAAATTAGAATCTATTTGGACCAAAAATGTAAAAACAATTTAGCTTAA
1 TT-TTCAAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAA
* ** * * * *
56048 AATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTAAGTAGTAAGGTTTTCGAGGGCATGGGTGACT
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACT
* * *
56113 ACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTAT-T
129 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
* * *** * ** * * * *
56155 TTTCCTAGGGCCAACACTTAATTCCAATTTGTTTTGACC-AATATG-GATAAAATTCAACTTAAA
1 TTTTC-AAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * ** *
56218 ATCAATTATGAGATTAGAAAATCATTTAAAGTGTGTAATAAAGCTTTAAAAGGCATGGGTGGCTA
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTA
* * **
56283 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAGTGACTCTTTCTTCACAT
130 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
** * *
56325 TTTTGGAGCTAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
1 TTTTCAAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * * * *
56390 -CTAATAATGGGATTACAAAACCATTCAAAGCAAGTAGTAAGGCTTCT-GAGGGCATGGGTGGCT
66 TC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TGGAAGGCATGGGTGACT
** * * * * * *
56453 GCAAATGTACTTTTCTTACCAATGAATCA-TGTTTTTTTAATAT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACT-TTTTCTTCATGT
* * * * * *
56496 TTCAT-AAGACAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAA
1 TT-TTCAAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * * *
56560 ATTAAATATAAGATTGTAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGG-TCTTGAAAGGAATTGGTGTCT
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTGGAAGGCATGGGTGACT
* * * * *
56624 ATAAATGGACTTTTCTTACTAATAAATGGCTTTTTCCTC-TCGT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAT-GT
** ** * * * ** * *
56667 TTCCCAAGGCAAACATTCAAA-TATAATCTTTTTTAATTAAAAATATAAAAAAA-TCAGCTTAAA
1 TTTTCAAGATAAACACT-AAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * *
56730 ATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCGGAAAGTATGGATGA-TA
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACT-
* * * * **
56794 ATAAATAGACTTCTT-TTGCCAATGAATCACATTCTCTTCACAT
129 ATAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
* ** * * * * * *
56837 TTCTT-GAGGCAAACACTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAATAATTCAAGTTAAA
1 TT-TTCAAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * ** ** *
56901 ATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTTAAGTAAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCACGGGTGACTA
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTA
* * * *
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130 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGT
* * * * * * * * *
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1 TTTTCAAGATAAACACT-AAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAA
** *
57072 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA--GAGCT-ATAAGGCTTTCAAAGGCATGGATGAC
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGAC
* * * *
57134 TAAAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCATTTTTTCATCATGT
128 TATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
* * * * * * *** * * *
57178 TTCTT-GAGGTAAACATTGAATTTTATTCTGTTTT-AGTTGAAAATATAAAAAGATTCAACTTGA
1 TT-TTCAAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGA-CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
*
57241 AATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACT
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACT
* * * *
57306 ATAAATAGACTTGTT-TTGCCAATGAATGGCCTTTTATTCATG-
129 ATAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
* * ** *
57348 TTTTCTAAGAAAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
1 TTTTC-AAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * *
57413 ATCAATAATGGGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTACTAGGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTA
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTA
* * * * *
57478 CAAATAGACTTTTCTTACCAATGAAT-AGC-TTTTCCTAATGT
130 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGT
* * * * * * **********
57519 TTCTT-GAGGTCAAA-GCTCAATTCTAATTTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAANNNNNNNNNNAA
1 TT-TTCAAGAT-AAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * * *
57582 AATCAATTATGAGATTATGAAACTATTTAAAGCGTGTAATAAAGCTTCGAAAGGCATGGGTGGCA
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACT
* * * * *
57647 ATAAATGGACTTTTCCTACCAATGAGTG-GTGTTTTCTTCACGT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACT-TTTTCTTCATGT
* * ** *
57690 TTTTCAAGATAAACACTAAAGTATAATCTGTTTTGACCAAATATGT-AAAAGCTTTAACTTAAAA
1 TTTTCAAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
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66 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTAT
** * * **
57818 AAATGGACTTTTCTTGGAAATGAATGACCTATTCTTCACCT
131 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
** * * * * * *
57859 TTCCCAAGGA-AAACACTAAATTAAAATTTTTTTTGACAAAAAATGTAAAAAAAATTTAGCTTAA
1 TTTTCAA-GATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * ** * *
57923 AATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTACTATGGCTTTCGTGGGCATGTGTAACT
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACT
* * **
57988 ACAAATGCACTTTTCTTATCAATGAAT-AGCTTTTTCTTCATGT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGT
********** * ** * **
58031 TNNNNNNNNNNAACACTCAATTCCAATTTGTTTTGATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
1 TTTTCAAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
** * *
58096 TCAATTATGAGAAAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGG-A---A--GGTGACTAT
66 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTAT
* * *
58155 AAATGAACTTTTCCTAT-CC-ATGAATGATTTTTTCTTCAT-A
131 AAATGGACTTTT-CT-TGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
* * ** ** * * * *******
58195 TTTCCTAAGAAAAATGCTCCATTATAATTTGTCTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTTAGNNNNNN
1 TTTTC-AAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
**** * * * * * *
58260 NNNNATTATGAGACTATAAAACCATTTTGAAGCGTGTAATAAAGCTTTGGAAGGTATGGGCGACT
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACT
** * *
58325 ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTG-GTATTTTCTTCATGT
129 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACT-TTTTCTTCATGT
* ** * * * ** *
58368 TCTTCAAGATAAACACTAAAGCATAATTTTTTTTGACCAAATATGTAAAACGATTCAACTTACAA
1 TTTTCAAGATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * * * *
58433 TCAATTACGAGATAATAAAGCCATTAAAAGCGAGAAATAAGCCTTTGAAAGGCATGAGTGACTA-
66 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * *
58497 AAATTGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGT
131 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
* * ** * * *
58538 TTCTT-AAGGA-AAACGC-CAATTATAATCTGTTTTGATTAAAAATATAAAAAAATTTAGCTTAA
1 TT-TTCAA-GATAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
58600 AATCAATTATGAGATTATAAAAC
64 AATCAATTATGAGATTATAAAAC
58623 TATTNNNNNN
Statistics
Matches: 4715, Mismatches: 1318, Indels: 405
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Consensus pattern (171 bp):
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TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTAT
AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGT
Found at i:53293 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 52218--58622 Score: 3184
Period size: 512 Copynumber: 12.5 Consensus size: 512
52208 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
52218 TTTTCAAGATAAACAATAAAGTGTAATATATTTTGAGCAAATATGTAAAATGATTCAGCTTAAAA
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* ** *
52283 TCAATTATGAGATACTAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGATGGCAT-AGGTGACAA
66 TCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGATGGCATGA-GTGACTA
* * * * * * *
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* * * *
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* * * * ** * **
52474 CCATTCAAAGTAAGCAGTAAGGCTTCTAATGGCATGGGCGACTACATATAAACTTTTCTTACTAA
259 CCATTTAAAGCAAACAGTAAGGCTTTTAA-GGCATGGATGACTACAAATGGACTTTTCTTACTAA
** * * *
52539 TGAATGGCTTTTTCCTCGTATTTCCCGAGGTCAACACTCAATTCTAATTTGTTTTGACCAAAAAT
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* ********* ** * *
52604 ATAAAAAAANNNNNNNNNNAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGTGCAATAAAGTT
387 GTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCATGTAATAAAGCT
*
52669 TTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAGTGACTTTTTCTTCATGT
451 TTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTGACTTTTTCTTCATGT
* *
52731 TTTTCAAGATAAACACTAAAGTATAATCTGTTTTGAGCAAATAAGTAAAACGATTCAACTTAAAA
1 TTTTCAAGATAAACAATAAAGTATAATCTGTTTTGACCAAATAAGTAAAACGATTCAACTTAAAA
* * *
52796 TCAATTATGAGATAATAAAATCATTTAAAGCGATTACTAAGGCTTTGGATGGCATGAGTGACTAT
66 TCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGATGGCATGAGTGACTAT
* * **
52861 AAATGGACTTTTTTTG-CAAATGAGTGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGAAAAATGCTCAATTA
131 AAATAGACTTTTTTTGTCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGAAAAACACTCAATTA
* * * *
52925 TATTCTATTTTGA-TAAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATAATGGGATTATAAAACT
196 TAATCTGTTTTGACCAAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATAATGGGATTATAAAACC
* * * *
52989 ATTTAAAGCAAACAGTAATGCTTTTGAGGACATGGATGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
261 ATTTAAAGCAAACAGTAAGGCTTTTAAGG-CATGGATGACTACAAATGGACTTTTCTTACTAATG
53054 AATAGCTTTTTCCTCACATTTTCCGAGGCCAA-ACTTAATTCTAATTTGTTTTGACCAAAAATGT
325 AAT-GCTTTTTCCTCACATTTTCCGAGGCCAACACTTAATTCTAATTTGTTTTGACCAAAAATGT
********* *
53118 AAAAAAATTANNNNNNNNNNCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGCATGTAATAAAGCTTT
389 AAAAAAATTA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCATGTAATAAAGCTTT
** *
53183 GGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTCCCTTATCAATGAGTGACTTTTTCTTCATGA
453 GGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTGACTTTTTCTTCATGT
* * *
53243 TTTTCAAGATAAACACTAAAGCATAATCTGTTTTGACCAAATATGTAAAACGATTCAACTTAAAA
1 TTTTCAAGATAAACAATAAAGTATAATCTGTTTTGACCAAATAAGTAAAACGATTCAACTTAAAA
* * *
53308 TTAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGATGGCATGGGTGACTAT
66 TCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGATGGCATGAGTGACTAT
* * * ********** **
53373 AAATAGACTTTTTTTG-CCAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTNNNNNNNNNNAATGCTCAATTA
131 AAATAGACTTTTTTTGTCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGAAAAACACTCAATTA
* *
53437 TAATCTGTTTTGACC-AAAAATGTAAGAATATTCAACTTAAAATTAATAATGGGATTATAAAACC
196 TAATCTGTTTTGACCAAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATAATGGGATTATAAAACC
*
53501 ATTTAAAGCAAACAGTAAGGCTTTCAAGGGCATGGATGACTACAAATGGACTTTTCTTACTAATG
261 ATTTAAAGCAAACAGTAAGGCTTTTAA-GGCATGGATGACTACAAATGGACTTTTCTTACTAATG
*
53566 AATGACTTTTTCCTCACA-TTTCCTAAGGCCAACACTTAATTCTAATTT-TTATTGACCAAAAAT
325 AATG-CTTTTTCCTCACATTTTCC-GAGGCCAACACTTAATTCTAATTTGTT-TTGACCAAAAAT
* **********
53629 GT-AAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACCATTTAAAGCATGTAATAAAGCT
387 GTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCATGTAATAAAGCT
* * * * * *
53693 TTGGAAGGCATAGGTAGCTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
451 TTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTGACTTTTTCTTCATGT
** * * * *
53755 TTTTGGAGCTAAACAATAAATTATAAT-TTTTTTGACCAAA-AGAGTAAAA-AATTCAACTTAAA
1 TTTTCAAGATAAACAATAAAGTATAATCTGTTTTGACCAAATA-AGTAAAACGATTCAACTTAAA
* * * * * * * *
53817 ATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGCGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACCA
65 ATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGATGGCATGAGTGACTA
* * * * *
53882 TAAATAGA-TTTTTCTTGTC-AATAAAT--CATGTTTTTTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCA
130 TAAATAGACTTTTT-TTGTCAAATGAATGGC-T-TTTTCTTCACGTTTCCTAAGAAAAACACTCA
* * * * ** *
53943 ATTATAATCTGTTTT-AACTAAAAATGTATAAGA-ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTA
192 ATTATAATCTGTTTTGACCAAAAAATGTA-AAAATATTCAACTTAAAATCAATAATGGGATTATA
* * * ** * ** * * ********** *
54006 AAACAATTTAAAACGAGTAATAAGGTCTTGGAAGGAATGGGTGANNNNNNNNNNACTTTTCTTGC
256 AAACCATTTAAAGCAAACAGTAAGG-CTTTTAAGGCATGGATGACTACAAATGGACTTTTCTTAC
* ** * * * * ** *
54071 TAATAAATGGCTTTTTCCTCTTATTTTCCAAGGCAAACA-TTCAAATATAATTTGTTTCAACTAA
320 TAATGAAT-GCTTTTTCCTCACATTTTCCGAGGCCAACACTT-AATTCTAATTTGTTTTGACCAA
* * ** * * * * *
54135 AAATATAAAAAGATTCAAGGTAAAATTAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGAAAGCAATAA
383 AAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCATGTAATAA
* * * * * * * * **
54200 GGCGTT-GAACGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATACCAATGAATGGTTTTTTCTTCAT
447 AGCTTTGGAA-GGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTGACTTTTTCTTCAT
54264 GT
511 GT
* * * * * * * ** *
54266 TTCTCACAGCA-AAA-ACTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATAG-AAAAAAATTTTAACTT
1 TTTTCA-AG-ATAAACAATAAAGTATAATCTGTTTTGACCAAATA-AGTAAAACGA-TTCAACTT
* * * * * *
54328 AAAATTAAATATGA-ACTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGGATGGGTG
62 AAAATCAATTATGAGA-TAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGATGGCATGAGTG
* ** * * * ** * * * * **
54392 ATTATAAAGGGACTTCTCTTG-CCAATGAATCACGTTCCTT-TT-ATGTTTCTTGAGGTAAACAC
126 ACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAAATGAATGGC-TT-TTTCTTCACGTTTCCTAAGAAAAACAC
* * * * * * *
54454 TTAATTATAATCTATTTTAACTAAGAAA-GTTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGTGATT
189 TCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAAATG-TAAAAATATTCAACTTAAAATCAATAATGGGATT
* * * * * *******
54517 GTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAACGCTTTGAAAGGTATGGATGACNNNNNNN
253 ATAAAACCATTTAAAGC----AA-ACAG---T--AAGGCTTT-TAAGGCATGGATGACTACAAAT
*** * * * * * * * * * * **
54582 NNNCTTCTCTTGCCAATAAAT-CATGCTCTCTTCAC-GTTTCTTGAAGTAAACACTCT-ATTCTA
307 GGACTTTTCTTACTAATGAATGC-T-TTTTCCTCACATTTTC-CGAGGCCAACACT-TAATTCTA
** * * * *
54644 ATTAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATGTAAAACCTTT
368 ATTTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * ** * ********** *
54709 TAAAGCAAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATANNNNNNNNNNTCTTA-CTAATGAA
432 TAAAGCATGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAG
* * ***
54773 TGTCTTTTTCCTC-CCA
496 TGACTTTTTCTTCATGT
* * * * * ** *
54789 ATTTCGAGGGTAAACATTTAAA-TATAATCTGTTTTAATTACAAT-A-TAAAA-GAAATCAACTT
1 TTTTC-AAGATAAACA-ATAAAGTATAATCTGTTTTGACCA-AATAAGTAAAACG-ATTCAACTT
* * * * * * * *
54850 AAAATCAAATGTGAGCTTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGTATG-GATG
62 AAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGATGGCATGAG-TG
* * * * * * * * *
54914 ACTATAAATGGACTTCTATTG-CCAATTAAT--CATGTTCTT-TTCATGTTTCTTGAGGTAAAA-
126 ACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAAATGAATGGC-T-TT-TTCTTCACGTTTCCT-AAGAAAAAC
* * * * * *****
54974 ACTCAATTATAATCTATTTT-AACTAAAAATGTAAAAATATTCAAGTTAAAATCAATTATNNNNN
187 ACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATAATGGGAT
***** * ** * **
55038 NNNNNAACCATTTCAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGG-TGACTTTAAATGGACTTTT
252 TATAAAACCATTTAAAGCAAACAGTAAGGCTTTT-AAGGCAT-GGATGACTACAAATGGACTTTT
* * * * * * * *
55102 CTTGCTAATGAATAGCTTTTT-CT-TCATGTTTCCTAAGG-TAGATA-TTCAAATATAATCTGTT
315 CTTACTAATGAAT-GCTTTTTCCTCACAT-TTTCC-GAGGCCA-ACACTT-AATTCTAATTTGTT
* * *
55163 TTAACAAAAAATAG-AAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-
375 TTGACCAAAAAT-GTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
** * * * * * * * * * *
55226 ATAACAATAAGGCTTCT-AAAGGCATGAGTGACTACAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATCAAT
438 AT-GTAATAAAGCTT-TGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTGACT
*
55290 TTTTCATCATGT
501 TTTTCTTCATGT
* * * * * * * * * * *
55302 TTCTTAAAG-TAGACATTTAATTTTAATATGTTTTAATCAAA-AATGTAAAAAGATTCAGCTTAA
1 TT-TTCAAGATAAACAATAAAGTATAATCTGTTTTGACCAAATAA-GTAAAACGATTCAACTTAA
* * * * *
55365 AATGAATCATAAGATAATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATG-GATGAC
64 AATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGATGGCATGAG-TGAC
* * * * * * * * *
55429 TCTAAATGGACTTTTCTT-ACCAATGAATGGCTTTTTATTTATGTTT-CTCAAGGAAAACACTCA
128 TATAAATAGACTTTTTTTGTCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGAAAAACACTCA
* * * * * *
55492 ATTATAATTTGTTTTGA-CTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTGAAATCAAAAATGGGATTATAA
192 ATTATAATCTGTTTTGACCAAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATAATGGGATTATAA
* * ** * * *
55556 AACTATTTAAATCAAGTAGTAAGGCTTCTAAAGGCAT-AAGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGA
257 AACCATTTAAAGCAAACAGTAAGGCTT-TTAAGGCATGGA-TGACTACAAATGGACTTTTCTT-A
* * * * *
55620 C-AATGAATGCCTTTTCC-CTCATGTTTCCTAAGGCCAACACTCAATTCTAATTTGTTTTGATCA
319 CTAATGAATGCTTTTTCCTCACAT-TTTCC-GAGGCCAACACTTAATTCTAATTTGTTTTGACCA
* ********** * *
55683 AAAATATAAAAAAATTCAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAATCATTTAAAGCGTGTAATA
382 AAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCATGTAATA
* * * * ** * *
55748 AAGCTTTAGAAGGTATGAGTGGTTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAGT-AGTATTTTCTTCA
446 AAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTGACT-TTTTCTTCA
55812 TG-
510 TGT
* * * *
55814 TTTTC-AGAATAAACACTAAAGTATAATATGTTTTGACTAAATATGTTAAAA-GATTCAACTT-A
1 TTTTCAAG-ATAAACAATAAAGTATAATCTGTTTTGACCAAATAAG-TAAAACGATTCAACTTAA
* * * * * * *
55876 AATCAATTATGAGATAACAAAACTATTTAAAGCAAGCAATAAGGATTTGGAAGGCATGGGTGACT
64 AATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGATGGCATGAGTGACT
* * * * * * *
55941 ATAAATGGACTTTTCTTG-CCAATGAATGACCTTTTCTTCATGTTTCCTAA-AGAAAACACTAAA
129 ATAAATAGACTTTTTTTGTCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGA-AAAACACTCAA
* * * * * * * * *
56004 TTAGAATCTATTTGGACC-AAAAATGTAAAAACAATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGATCATAA
193 TTATAATCTGTTTTGACCAAAAAATGTAAAAA-TATTCAACTTAAAATCAATAATGGGATTATAA
* ** * * *
56068 AACCATTTAAAGTAAGTAGTAAGG-TTTTCGAGGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGC
257 AACCATTTAAAGCAAACAGTAAGGCTTTT--AAGGCATGGATGACTACAAATGGACTTTTCTTAC
* * * * * *
56132 CAATGAATGGCTTTTTCTTTA-TTTTTCCTAGGGCCAACACTTAATTCCAATTTGTTTTGACC-A
320 TAATGAAT-GCTTTTTCCTCACATTTTCCGA-GGCCAACACTTAATTCTAATTTGTTTTGACCAA
* * * * * **
56195 ATATG-GATAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAATCATTTAAAGTGTGTAATAA
383 AAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCATGTAATAA
** ** * **
56259 AGCTTTAAAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAGTGACTCTTTCTTCACA
447 AGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTGACTTTTTCTTCATG
56324 T
512 T
** * * * * **
56325 TTTTGGAGCTAAACACTAAATTATAATCTGTTTTGACCAAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAA
1 TTTTCAAGATAAACAATAAAGTATAATCTGTTTTGACCAAATAA-GTAAAACGATTCAACTTAAA
* * * * * * * * * *
56389 A-CTAATAATGGGATTACAAAACCATTCAAAGCAAGTAGTAAGGCTTCT-GAGGGCATGGGTGGC
65 ATC-AATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TGGATGGCATGAGTGAC
** * * * * * ** * *
56452 TGCAAAT-GTACTTTTCTT-ACCAATGAAT--CATGTTTTTTTAATATTTCATAAGACAAACACT
128 TATAAATAG-ACTTTTTTTGTCAAATGAATGGC-T-TTTTCTTCACGTTTCCTAAGAAAAACACT
* * * **
56513 CAATTATAATCTGTTTT-AACTAAAAATGTAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAA-ATATAAGATT
190 CAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAAATGTAAAA-ATATTCAACTTAAAATCAATA-ATGGGATT
* * * ** * ** * * *
56575 GTAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGTCTTGAAAGGAATTGG-TGTCTATAAATGGACTTTTC
253 ATAAAACCATTTAAAGCAAACAGTAAGG-CTTTTAAGGCA-TGGATGACTACAAATGGACTTTTC
* * * * * * * * *
56639 TTACTAATAAATGGCTTTTTCCTCTCGTTTCCCAAGGCAAACA-TTCAAATATAATCTT-TTTTA
316 TTACTAATGAAT-GCTTTTTCCTCACATTTTCCGAGGCCAACACTT-AATTCTAAT-TTGTTTTG
** * * * * *
56702 ATTAAAAATATAAAAAAATCAGCTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGA-GT
378 ACCAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CATGT
* * * * * * * ** * * * *
56766 AATAAGGCTTCGGAAAGTATGGAT-GATAATAAATAGACTTCTT-TTGCCAATGAATCACATTCT
442 AATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCT-ATAAATGGACTT-TTCTTATCAATGAGTGACTTTTT
**
56829 CTTCACAT
505 CTTCATGT
* ** * * * * * * ** *
56837 TTCTT-GAGGCAAACACTCAATTATAATCTATTTTAACTAAA-AATGTAAAATAATTCAAGTTAA
1 TT-TTCAAGATAAACAATAAAGTATAATCTGTTTTGACCAAATAA-GTAAAACGATTCAACTTAA
** * ** ** * * *
56900 AATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTTAAGTAAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCACGGGTGACT
64 AATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGATGGCATGAGTGACT
* * * * * * * ** * *
56965 ATAAATAGACTTTTCTTG-CCAATGAATAGTTTTTTATTCATGATT-CTCAAGGTAGACATTCAA
129 ATAAATAGACTTTTTTTGTCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGAAAAACACTCAA
* * * * * * * *
57028 ATATAATATGTTTTAACC-AAAACTATAAAAATAATTCCACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
193 TTATAATCTGTTTTGACCAAAAAATGTAAAAAT-ATTCAACTTAAAATCAATAATGGGATTATAA
* * * *
57092 AACCATTTAAAG--AGCTA-TAAGGCTTTCAAAGGCATGGATGACTAAAAATGGACTTTTCTTGC
257 AACCATTTAAAGCAAAC-AGTAAGGCTTT-TAAGGCATGGATGACTACAAATGGACTTTTCTTAC
* * ** *
57154 CAATGAAT-CATTTTT--TCATCATGTTTCTTGAGGTAAACA-TTGAATT-TTATTCTGTTTT-A
320 TAATGAATGC-TTTTTCCTCA-CAT-TTTC-CGAGGCCAACACTT-AATTCTAATT-TGTTTTGA
*** * * * *
57213 GTTGAAAATATAAAAAGATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGA-G
379 -CCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-ATG
* * * ** * * *
57277 TAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTGTT-TTGCCAATGAATGGCCTTTT
441 TAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTT-TTCTTATCAATGAGTGACTTTTT
*
57341 ATTCATG-
505 CTTCATGT
* * * * ** * **
57348 TTTTCTAAGAAAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGAATAAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAA
1 TTTTC-AAGATAAACAATAAAGTATAATCTGTTTTGACCAAATAA-GTAAAACGATTCAACTTAA
* * * * * * * * *
57412 AATCAATAATGGGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTACTAGGGCTTTCGAAGGCAT-AGGTGAC
64 AATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGATGGCATGA-GTGAC
* * * * * * * * * * ** *
57476 TACAAATAGACTTTTCTT-ACCAATGAATAGC-TTTTCCTAATGTTTCTTGAGGTCAAA-GCTCA
128 TATAAATAGACTTTTTTTGTCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGAAAAACACTCA
* * ********** * * *
57538 ATTCTAATTTGTTTTGACC-AAAAATGTAAAAANNNNNNNNNNAAAATCAATTATGAGATTATGA
192 ATTATAATCTGTTTTGACCAAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATAATGGGATTATAA
* **** * * ** * * * * * *
57602 AACTATTTAAAGCGTGTAATAAAGCTTCGAAAGGCATGGGTGGCAATAAATGGACTTTTCCTACC
257 AACCATTTAAAGCAAACAGTAAGGCTT-TTAAGGCATGGATGACTACAAATGGACTTTTCTTACT
* * * * * * *** * * * * *
57667 AATGAGTGGTGTTTTCTTCACGTTTTTCAAGATAAACACTAAAGTATAATCTGTTTTGACCAAAT
321 AATGAATGCT-TTTTCCTCACATTTTCCGAGGCCAACACTTAATTCTAATTTGTTTTGACCAAAA
*** * * * * *
57732 ATGTAAAAGCTTTAACTTAAAATCAATTATGAAATAATAAAACCATTTAAAGTGA-GCAATAAGG
385 ATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CATGTAATAAAG
* *** * * * **
57796 CTTTGGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGAAATGAATGACCTATTCTTCACCT
449 CTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTGACTTTTTCTTCATGT
** * * * * * * ** * *
57859 TTCCCAAGGA-AAACACTAAATTAAAATTTTTTTTGA-CAAAAAATGTAAAAAAAATTTAGCTTA
1 TTTTCAA-GATAAACAATAAAGTATAATCTGTTTTGACCAAATAA-GT-AAAACGATTCAACTTA
* * * * * * * * *
57922 AAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTACTATGGCTTTCG-TGGGCATGTGTAA
63 AAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAT-GGCATGAGTGA
* * * * * **********
57986 CTACAAAT-GCACTTTTCTTATC-AATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTNNNNNNNNNNAACACTC
127 CTATAAATAG-ACTTTTTTTGTCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGAAAAACACTC
** * * * * * **
58049 AATTCCAATTTGTTTTGA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAAAATA
191 AATTATAATCTGTTTTGACCAAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATAATGGGATTATA
* * ** * * * * * *
58113 AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGC-TTT--GG-AAGG-TGACTATAAATGAACTTTTCCTA-T
256 AAACCATTTAAAGCAAACAGTAAGGCTTTTAAGGCATGGATGACTACAAATGGACTTTTCTTACT
* * * * * * * * ** * *
58172 CCATGAATGATTTTTTCT-TCATATTTCCTAAG-AAAAATGCTCCATTATAATTTGTCTTGACCA
321 -AATGAATGCTTTTTCCTCACAT-TTTCCGAGGCCAACA--CTTAATTCTAATTTGTTTTGACCA
*********** * * *
58235 AAAATGTAAAAAAATTTAGNNNNNNNNNNATTATGAGACTATAAAACCATTTTGAAGCGTGTAAT
382 AAAATGTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCATGTAAT
* * * *
58300 AAAGCTTTGGAAGGTATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTG-GTATTTTCTTC
445 AAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTGACT-TTTTCTTC
58364 ATGT
509 ATGT
* * * * * * *
58368 TCTTCAAGATAAACACTAAAGCATAATTTTTTTTGACCAAATATGTAAAACGATTCAACTTACAA
1 TTTTCAAGATAAACAATAAAGTATAATCTGTTTTGACCAAATAAGTAAAACGATTCAACTTAAAA
* * * * * * *
58433 TCAATTACGAGATAATAAAGCCATTAAAAGCGAGAAATAAGCCTTTGAAAGGCATGAGTGACTA-
66 TCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGATGGCATGAGTGACTAT
* * * * *
58497 AAATTGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGAAAACGC-CAATTA
131 AAATAGACTTTTTTTGTCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGAAAAACACTCAATTA
** * * * * * *
58560 TAATCTGTTTTGA-TTAAAAATATAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
196 TAATCTGTTTTGACCAAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATAATGGGATTATAAAAC
58623 TATTNNNNNN
Statistics
Matches: 4630, Mismatches: 1036, Indels: 459
0.76 0.17 0.07
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504 6 0.00
505 10 0.00
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (512 bp):
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TCAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGATGGCATGAGTGACTAT
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TAATCTGTTTTGACCAAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATAATGGGATTATAAAACC
ATTTAAAGCAAACAGTAAGGCTTTTAAGGCATGGATGACTACAAATGGACTTTTCTTACTAATGA
ATGCTTTTTCCTCACATTTTCCGAGGCCAACACTTAATTCTAATTTGTTTTGACCAAAAATGTAA
AAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCATGTAATAAAGCTTTGGA
AGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAGTGACTTTTTCTTCATGT
Found at i:56247 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 52248--58622 Score: 3841
Period size: 341 Copynumber: 18.7 Consensus size: 339
52238 GTGTAATATA
* * ** * **
52248 TTTTGAGCAAATATGTAAAATGATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGA-TACTAAAATTATTTAAA
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
52377 TTTTCTTCACGTTTCCTAAGGAAAACACTAAATTATAATGTGTTTTCACCAAAAAAGTAAAAAAA
130 TTTTCTTCATGTTT-CTAGGGCAAACACTTAATTATAATCTGTTTTGA-CAAAAATGT-AAAAAA
** * * * * * *
52442 TTCAACTTAAAA-CTAAAAATGGGATTATAAAACCATTCAAAGTAAGCAGTAAGGCTTCT-AATG
192 TTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT-TGAAAG
* * * ** * * * * * * ** * *
52505 GCATGGGCGACTACATATAAACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCCTCGTATTTCCCGAGGT
255 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAGA
* * *
52570 CAACACTCAATTCTAATTTG
320 AAACACTCAATTATAATCTG
* **********
52590 TTTTGACCAAAAATATAAAAAAANNNNNNNNNNAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
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*** * * * * * ** * *
52655 TGTGCAATAAAGTTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAGTGACTT
66 CAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
* * ** * * *
52720 TTTCTTCATGTTTTTCAAGATAAACACTAAAGTATAATCTGTTTTGAGCAAATAA-GTAAAACGA
131 TTTCTTCATGTTTCT-AGGGCAAACACTTAATTATAATCTGTTTTGA-CAAA-AATGTAAAA-AA
* * * * * * *
52784 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAATCATTTAAAGCGATTACTAAGGCTTTGGATGGC
192 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGC
* * * * * *
52849 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCAAATGAGTGGCTTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGAAA
257 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAGAAA
* *
52913 A-ATGCTCAATTATATTCTA
322 ACA--CTCAATTATAATCTG
** * * * *
52932 TTTTGATAAAAAATGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATAATGGGATTATAAAACTATTTAAAG
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** * * * * * *
52997 CAAACAGTAATGCTTTTG-AGGACATGGATGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCT
66 CAAGTAATAAGGCTTTGGAAGG-CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT
* * * * *
53061 TTTTCCTCACAT-TTTC-CGAGGCCAA-ACTTAATTCTAATTTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAA
130 TTTT-CT-TCATGTTTCTAG-GGCAAACACTTAATTATAATCTGTTTTGA-CAAAAATGT-AAAA
********* * * * *
53123 AATT-ANNNNNNNNNNCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAGCATGTAATAAAGCTTTGGAA
190 AATTCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAA
* ** ** * *
53187 GGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTCCCTTATCAATGAGTGACTTTTTCTTCATGATTT--TCAA
254 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAA
* **
53250 GATAAACACTAAAGCATAATCTG
318 GA-AAACACTCAATTATAATCTG
* ** * *
53273 TTTTGACCAAATATGTAAAACGATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
53338 CAAGTAATAAGGCTTTGGATGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATAGCTT
66 CAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
********* ** * *
53403 TTTCTTCATGTTNNNNNNNNNNAATGCTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAGAATAT
131 TTTCTTCATGTT-TCTAGGGCAAACACTTAATTATAATCTGTTTTGA-CAAAAATGTAA-AAAAT
* * * ** * * *
53468 TCAACTTAAAATTAATAATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCAAACAGTAAGGCTTTCAAGGGCA
193 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCA
* * * * * ** * **
53533 TGGATGACTACAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGACTTTTTCCTCACATTTCCTAAGGCCAA
258 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAGAAAA
* * *
53598 CACTTAATTCTAAT-TT
323 CACTCAATTATAATCTG
* **********
53614 TTATTGACCAAAAATGT-AAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACCATTTAAA
1 TT-TTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * *
53678 GCATGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATAGGT-AGCTATAAATGGACTTTTTTTACCAATGAATGGC
65 GCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC
* * * *
53742 TTTTTCTTCATGTTT-TTGGAGCTAAACAATAAATTATAAT-TTTTTTGACCAAAAGA-GTAAAA
129 TTTTTCTTCATGTTTCTAGG-GC-AAACACTTAATTATAATCTGTTTTGA-CAAAA-ATGTAAAA
* *
53804 AATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGCGTAATAAGGCTTTGAAA
190 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTGAAA
* * * * * * * * **
53868 GGCATGGGTGACCATAAATAGATTTTTCTTGTCAATAAATCA-TGTTTTTTTCACGTTT-CTTGA
254 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACT-TTTTCTTCATGTTTCCTAAA
53931 GACAAACACTCAATTATAATCTG
318 GA-AAACACTCAATTATAATCTG
* * * * * * * *
53954 TTTTAACTAAAAATGTATAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACAATTTAAAA
1 TTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ********** * *
54019 CGAGTAATAAGG-TCTTGGAAGGAATGGGTGANNNNNNNNNNACTTTTCTTGCTAATAAATGGCT
66 CAAGTAATAAGGCT-TTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT
* * * * * ** *
54083 TTTTCCTCTTAT-TTTCCAAGGCAAACA-TTCAAATATAATTTGTTTCAACTAAAAATATAAAAA
130 TTTT-CT-TCATGTTTCTAGGGCAAACACTT-AATTATAATCTGTTTTGAC-AAAAATGTAAAAA
** * * * * * *
54146 GATTCAAGGTAAAATTAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGAAAGCAATAAGGCGTTGAACG
191 -ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAG
* * * * ** *
54211 GCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCATACCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTT-CTCACAG
255 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAAG
54275 CAAAA-ACTCAATTATAATCTG
319 -AAAACACTCAATTATAATCTG
* * * * *
54296 TTTTAACAAAAAATAG-AAAAAAATTTTAACTTAAAATTAAATATGA-ACTTATAAAACCATTTA
1 TTTTGACCAAAAAT-GTAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTA
* * * * * **
54359 AAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGGATGGGTGATTATAAAGGGACTTCTCTTGCCAATGAATCA
63 AAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * * *
54424 CGTTCCTT-TT-ATGTTTCTTGAGGTAAACACTTAATTATAATCTATTTTAACTAAGAAA-GTTA
128 C-TT-TTTCTTCATGTTTCTAG-GGCAAACACTTAATTATAATCTGTTTTGAC-AA-AAATG-TA
* * *
54486 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGTGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGG
187 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT-AA------G
* * ********** * * * * *
54551 AACGCTTTGAAAGGTATGGATGACNNNNNNNNNNCTTCTCTTGCCAATAAATCA-TGCTCTCTTC
245 ---GCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACT-TTTTCTTC
* * * * * * *
54615 ACGTTTCTTGAAGTAAACACTCTATTCTAAT-TAA
306 ATGTTTCCTAAAGAAAACACTCAATTATAATCT-G
* * * *
54649 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATGTAAAACCTTTTAAAG
1 TTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** ********** * * *
54714 CAAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATANNNNNNNNNNTCTTACTAATGAATGTCTT
66 CAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
* * * * * * * ** * * *
54779 TTTCCTCCCA-ATTTCGAGGGTAAACATTTAAATATAATCTGTTTTAATTACAATATAAAAGAAA
131 TTT-CT-TCATGTTTCTAGGGCAAACACTTAATTATAATCTGTTTTGACAAAAATGTAAAA-AAT
* * * * * *
54843 TCAACTTAAAATCAAATGTGAGCTTATAAAACCATTTGAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGT
193 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGA-AAGGC
* * * * * * * *
54907 ATGGATGACTATAAATGGACTTCTATTGCCAATTAATCA-TGTTCTT-TTCATGTTTCTTGAGGT
257 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACT-TT-TTCTTCATGTTTCCTAAAG-
*
54970 AAAA-ACTCAATTATAATCTA
319 AAAACACTCAATTATAATCTG
* * * * ********** *
54990 TTTTAACTAAAAATGTAAAAATATTCAAGTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTCAAG
1 TTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * * * *
55055 CAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATAGCTT
66 CAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
* * * * * * *
55120 TTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGATA-TTCAAATATAATCTGTTTTAACAAAAAATAGAAAAAAA
131 TTTCTTCATGTTT-CTAGGGCAAACACTT-AATTATAATCTGTTTTGAC-AAAAAT-GTAAAAAA
** **
55184 TTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-ATAACAATAAGGCTTCT-AAAG
192 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTT-TGAAAG
* * * * * * * * *
55247 GCATGAGTGACTACAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATCAATTTTTCATCATGTTTCTTAAAGT
255 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAGA
* * * * *
55312 AGACATTTAATTTTAATATG
320 AAACACTCAATTATAATCTG
* * * * * * * * *
55332 TTTTAATCAAAAATGTAAAAAGATTCAGCTTAAAATGAATCATAAGATAATAAAACCATTTAAAA
1 TTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
55397 CGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGATGACTCTAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT
66 CAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
* * * * * *
55462 TTTATTTATGTTTCTCAAGGAAAACACTCAATTATAATTTGTTTTGACTAAAAATGTAAAAAAAT
131 TTTCTTCATGTTTCT-AGGGCAAACACTTAATTATAATCTGTTTTGAC-AAAAATGT-AAAAAAT
* * ** * * * *
55527 TTAACTTGAAATCAAAAATGGGATTATAAAACTATTTAAATCAAGTAGTAAGGCTTCT-AAAGGC
193 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT-TGAAAGGC
** * * * * * * * **
55591 ATAAGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGACAATGAATGCCTTTTCCCTCATGTTTCCTAAGGCCA
257 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAGAAA
* *
55656 ACACTCAATTCTAATTTG
322 ACACTCAATTATAATCTG
* * ********** *
55674 TTTTGATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAATCATTTAAAG
1 TTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * * * * ** *
55739 CGTGTAATAAAGCTTTAGAAGGTATGAGTGGTTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AAGTAG-T
66 CAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGGCT
*** * * * * *
55802 ATTTTCTTCATGTTT-TCAGAATAAACACTAAAGTATAATATGTTTTGACTAAATATGTTAAAAG
130 -TTTTCTTCATGTTTCT-AGGGCAAACACTTAATTATAATCTGTTTTGAC-AAAAATG-TAAAAA
* * * * * *
55866 ATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATAACAAAACTATTTAAAGCAAGCAATAAGGATTTGGAAGG
191 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGG
*
55930 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACCTTTTCTTCATGTTTCCTAAAGAA
256 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAGAA
* * *
55995 AACACTAAATTAGAATCTA
321 AACACTCAATTATAATCTG
* * * *
56014 TTTGGACCAAAAATGTAAAAACAATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAA
1 TTTTGACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * *
56079 GTAAGTAGTAAGGTTTTCGAGGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT
65 GCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT
* * * ** * * * * *
56144 TTTTCTTTATTTTTCCTAGGGCCAACACTTAATTCCAATTTGTTTTGACCAATATGGATAAAATT
130 TTTTCTTCATGTTT-CTAGGGCAAACACTTAATTATAATCTGTTTTGACAAAAATGTAAAAAATT
* * *** * *
56209 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTAGAAAATCATTTAAAGTGTGTAATAAAGCTTTAAAAGGCAT
194 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCAT
* * * ** * ** *
56274 GGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAGTGACTCTTTCTTCACATTT-TTGGAGCTAAA
259 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAG-AAAA
*
56338 CACTAAATTATAATCTG
323 CACTCAATTATAATCTG
* * * * *
56355 TTTTGACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA-CTAATAATGGGATTACAAAACCATTCAAA
1 TTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * ** * *
56419 GCAAGTAGTAAGGCTTCT-GAGGGCATGGGTGGCTGCAAATGTACTTTTCTTACCAATGAAT--C
65 GCAAGTAATAAGGCTT-TGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC
* * * * * * *
56481 ATGTTTTTTTAATATTTCATAAGACAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
129 -T-TTTTCTTCATGTTTC-TAGGGCAAACACTTAATTATAATCTGTTTTGAC-AAAAATGTAAAA
* * * * * *
56546 GAATTCAACTTAAAATTAAATATAAGATTGTAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGG-TCTTGAA
190 -AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT-TTGAA
* * * * * * * * *
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253 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAT-GTTTCCTAA
* * * * *
56674 GGCAAACATTCAAATATAATCTT
317 AGAAAACACTCAATTATAATCTG
* ** * * *
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1 TTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * * * * * **
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* * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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318 GAAAACACTCAATTATAATCTG
* * * *
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1 TTTTGACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * * ***
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* * * * * *** *
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* * * *
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* * * * *
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** * * * *
57379 TTTTGAATAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGGGGTTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * *
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66 CAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
* * * * * * * *
57508 TTTCCTAATGTTTCTTGAGGTCAAA-GCTCAATTCTAATTTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAANN
131 TTTCTTCATGTTTC-T-AGGGCAAACACTTAATTATAATCTGTTTTGA-CAAAAATGTAAAAA-A
******** * * ** * *
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* * * * * * * * *
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257 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACT-TTTTCTTCATGTTTCCTAAAGA-
* *
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320 AAACACTCAATTATAATCTG
* ** * * *
57720 TTTTGACCAAATATGT-AAAAGCTTTAACTTAAAATCAATTATGAAATAATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
** * ** * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * ** *********
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256 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAGA
* ** *
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320 AAACACTCAATTATAATCTG
** ** *
58061 TTTTGATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAAAATAAAACTATTTAAAG
1 TTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * **
58126 CGAGTAATAAAGCTTTGG-A---A--GGTGACTATAAATGAACTTTTCCTAT-CC-ATGAATGAT
66 CAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-CT-TGCCAATGAATGGC
* * ** ** ** * *
58183 TTTTTCTTCATATTTCCTAAGAAAAATGCTCCATTATAATTTGTCTTGACCAAAAATGTAAAAAA
129 TTTTTCTTCATGTTT-CTAGGGCAAACACTTAATTATAATCTGTTTTGA-CAAAAATGT-AAAAA
* *********** * * ** * *
58248 ATTTAGNNNNNNNNNNATTATGAGACTATAAAACCATTTTGAAGCGTGTAATAAAGCTTTGGAAG
191 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAG
* * ** * * * *
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* ** * *
58376 ATAAACACTAAAGCATAATTTT
319 A-AAACACTCAATTATAATCTG
* ** * * * * *
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1 TTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
58463 CGAGAAATAAGCCTTTGAAAGGCATGAGTGACTA-AAATTGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTT
66 CAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT
* * * * * * *
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131 TTTCTTCATGTTTC-TAGGGCAAACACTTAATTATAATCTGTTTTGA-CAAAAATGT-AAAAAAT
* *
58591 TTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
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58623 TATTNNNNNN
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TTTCTTCATGTTTCTAGGGCAAACACTTAATTATAATCTGTTTTGACAAAAATGTAAAAAATTCA
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GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAAGAAAACAC
TCAATTATAATCTG
Found at i:59875 original size:170 final size:170
Alignment explanation
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * **
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*
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* * * * *
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* * * * ** * * * ** **
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*
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Statistics
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Consensus pattern (170 bp):
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTGAAAGGAAT
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CTCAAATATAATTTGTTTCAACTAAAAATATAAAAAAATT
Found at i:60243 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 59577--60328 Score: 822
Period size: 341 Copynumber: 2.2 Consensus size: 340
59567 NNNNNNNNNN
***
59577 CAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTGAAAGGCAT
1 CAACTTAAAATCAAT-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCAT
* * * * * *
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65 AGGTGACCACAAATAGACTTTCTTGGCCAATAAATCATATTTCTTAACGTTTCTCACGACAAACA
* * * ** *
59707 CTCAATTGTAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAATGAATTCAACTTAAAATCAATTATAAAATTG
130 CTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATAAAATTG
*
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* * *
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* *
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* * * * **
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* * *
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********* * * *
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* * * * ***
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*
60235 TTAACTAAAAATATAAAAAAAATT
317 TCAACTAAAAATATAAAAAAAATT
* * * * *
60259 -TACTTCAAATCAAT-TAGAAGATTATTAAACCATTTAGAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA
1 CAACTTAAAATCAATAT-G-AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCA
*
60322 TGGGTGA
64 TAGGTGA
60329 TTAGAAATGG
Statistics
Matches: 342, Mismatches: 57, Indels: 24
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 74 0.22
340 95 0.28
341 116 0.34
342 55 0.16
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (340 bp):
CAACTTAAAATCAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATA
GGTGACCACAAATAGACTTTCTTGGCCAATAAATCATATTTCTTAACGTTTCTCACGACAAACAC
TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATAAAATTGT
AAAACCATTTAAGCGAGTAACAAGGCCTTGAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGC
TAATAAAAGGCTTTTTCCTCCCGCTTCCTAAGACAAACATTCAAATATAATCTGTTTCAACTAAA
AATATAAAAAAAATT
Found at i:60424 original size:341 final size:330
Alignment explanation
Indices: 59577--60425 Score: 652
Period size: 341 Copynumber: 2.5 Consensus size: 330
59567 NNNNNNNNNN
***
59577 CAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTT-GAAAGGCA
1 CAACTTAAAATCAAT-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAG-AAGGCA
* * * * * * ** * *
59641 TAGGTGACCATAAATAGACTT-TTTTGGTCAATGAATCATGTT-TTTTAACGTTT-CTCACGAC-
64 TAGGTGACTACAAATAGACTTCTATT-GCCAATAAATCATATTCTCATCACGTTTCCTGA--ACT
* * * * ** * *
59702 AAACACTCAATTGTAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAATGAATTCAACT-TAAAATCAATTATA
126 AAACACTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAA-TAGAAAATCAATTATG
* *
59766 AAATTGTAAAACCATTTAAGCGAGTAATAAGGCCTTGAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACCT
189 AGATTGT------A---AAGCGAGTAACAAGGCCTTGAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACCT
* * *
59831 TTCTTGCTAATAAAAGGCTTTTTCCTCTCGTTTCCTAAGACAAACATTCAAATATAATTTGTTTC
245 TTCTTGCTAATAAAAGGCTTTTTCCTCCCGCTTCCTAAGACAAACATTCAAATATAATCTGTTTC
59896 AACTAAAAATATAAAAAAATT
310 AACTAAAAATATAAAAAAATT
* *
59917 CAACTTAAAATCAATATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAATGCATA
1 CAACTTAAAATCAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATA
* * * * **
59982 GGTGACTACAAATAGACTTCTCTTGCCAATAAATCATATTCTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACA
66 GGTGACTACAAATAGACTTCTATTGCCAATAAATCATATTCTCATCACGTTTCCTGAACTAAACA
* * *
60047 CTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAACTGTAAAAAAATTCAATAGAAAATCAATTATGAGATTG
131 CTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAATAGAAAATCAATTATGAGATTG
* * *
60112 TAANNNNNNNNNNAGCGAGTAACAAGGCTTTCG-AA-GATATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTC
195 TAA----------AGCGAGTAACAAGGCCTT-GAAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACCTTTC
* * * * *** *
60175 TTGCTTATGAATGGCTTTTTTCTCCCGCTT-CTCAAGATGGACATTCAAATATAATCTGTTTTAA
248 TTGCTAATAAAAGGCTTTTTCCTCCCGCTTCCT-AAGACAAACATTCAAATATAATCTGTTTCAA
60239 CTAAAAATATAAAAAAAATT
312 CTAAAAATAT-AAAAAAATT
* * * *
60259 -TACTTCAAATCAAT-TAGAAGATTATTAAACCATTTAGAGCAAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGC
1 CAACTTAAAATCAATAT-G-AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGC
* * * * * * ** *
60321 ATGGGTGATTAGAAATGGACGTT-TATTTCTAATGGATGGC-T-TT-TGGATCACGTTTCCTGAA
63 ATAGGTGACTACAAATAGAC-TTCTATTGCCAATAAAT--CATATTCT-CATCACGTTTCCTGAA
* * *
60382 CTAGACATTCAATTTTAATATATTTTTAA-AAAAATATAAAAAAA
124 CTAAACACTCAATTATAATATA-TTTTAACAAAAATATAAAAAAA
60426 ATTTAACTTA
Statistics
Matches: 412, Mismatches: 69, Indels: 55
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
331 1 0.00
334 1 0.00
339 74 0.18
340 92 0.22
341 130 0.32
342 103 0.25
343 10 0.02
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (330 bp):
CAACTTAAAATCAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATA
GGTGACTACAAATAGACTTCTATTGCCAATAAATCATATTCTCATCACGTTTCCTGAACTAAACA
CTCAATTATAATATATTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAATAGAAAATCAATTATGAGATTGT
AAAGCGAGTAACAAGGCCTTGAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCTAATAAAAG
GCTTTTTCCTCCCGCTTCCTAAGACAAACATTCAAATATAATCTGTTTCAACTAAAAATATAAAA
AAATT
Found at i:61047 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 59579--61208 Score: 602
Period size: 171 Copynumber: 9.6 Consensus size: 167
59569 NNNNNNNNCA
* *** * * * * *
59579 ACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAAAGCTTT-CAAGACATGG
* * * * * * * * *
59644 GTGACCATAAATAGACTTTT-TTGGTCAATGAATCA-TGTTTT-TTAACGTTTCTCACGACAAAC
65 GTGACTACAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGACT-TTTTCTTCATGTTTC-CAAGGC-AAC
* *
59706 ACTCAATTGTAATTTGTTTTAACTAAAAATGT-AAATGAATTCA-
126 ACTCAATTCTAATTTGTTTTGA-TAAAAATGTAAAAT-AATT-AG
* * * * * * **
59749 ACTTAAAATCAATTATAAAATTGTAAAACCATTT-AAGCGAGTAATAAGGCCTTGAAAGGA-ATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAAAG-CTTTCAA-GACATG
* * * * * * * *
59812 GGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCTAATAAAAGGCTTTTTCCTC-TCGTTTCCTAAGACAAAC
64 GGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAT-GTTTCC-AAGGC-AAC
* * * ** * *
59876 ATTCAAATATAATTTGTTTCAACTAAAAATATAAAAAAATTCA-
126 ACTCAATTCTAATTTGTTTTGA-TAAAAATGTAAAATAATT-AG
* * * * *
59919 ACTTAAAATCAA-TATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAGAATG-CATA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAAAGCTTT-CAA-GACATG
* * * * * ** *
59982 GGTGACTACAAATAGACTTCTCTTGCCAATAAATCA-TATTCTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAAC
64 GGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACT-TTTTCTTCATGTTTC-CAAGG-CAAC
* * * * * *
60046 ACTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAACTGTAAAAAAATTCA-
126 ACTCAATTCTAATTTGTTTTGA-TAAAAATGTAAAATAATT-AG
* * ********** * ** * *
60089 A-TAGAAAATCAATTATGAGATTGTAANNNNNNNNNNAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGATATG
1 ACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAAAGCTTTC-AAGACATG
* * ** * ** * *
60153 GGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCTTATGAATGGCTTTTT-TCTCCCGCTTCTCAAGATG-GA
64 GGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCT-TCATGTTTC-CAAG--GCAA
* * * * * * * *
60216 CATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATT-T
125 CACTCAATTCTAATTTGTTTTGA-TAAAAATGT-AAAATAATTAG
* * * * * *
60260 ACTTCAAATCAATTA-GAAGATTATTAAACCATTTAGAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
1 ACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAAAGCTTTC-AAGACATG
* * * * * * * * *** *
60324 GGTGATTAGAAATGGACGTTTATTTCTAATGGATGGCTTTTGGATCACGTTTCCTGAA--CTAGA
64 GGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCC--AAGGC-A-A
* * * * * * * *
60387 CATTCAATTTTAATATATTTTTAAAAAAATATAAAAAAAATTTA-
125 CACTCAATTCTAATTTGTTTTGATAAAAATGT-AAAATAA-TTAG
* ********** * * * * * **
60431 ACTTAAAATTAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCATAA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAAAGCTTTC-AAGACATGG
* * * *
60496 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAGTAACTTTTTTTTCATGTTTCCAAAGG-AACACT
65 GTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCC-AAGGCAACACT
* * * **
60560 CAATTATAATATGTTTTGACAAAAATACAAAATAATTCA-
129 CAATTCTAATTTGTTTTGATAAAAATGTAAAATAATT-AG
* * * ** *
60599 ACTTAAAAGCAATAATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAAAGCTTTCGAAGGTATGC
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAAAGCTTTC-AAGACATGG
* * * * * *
60664 GTGACTACAAATGGTA-TTTTTTTACTAAGGAATGGCTTTTTGTTCATGTTTTCCAAGGTCAACA
65 GTGACTACAAATGG-ACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATG-TTTCCAAGG-CAACA
60728 CTCAATTCTAATTTGTTTTGACTAAAAATGTAAAATAATTTAG
127 CTCAATTCTAATTTGTTTTGA-TAAAAATGTAAAATAA-TTAG
* *** *
60771 -CTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTTTGGCTTTCAAAAGCATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAAAGCTTTCAAGA-CATGG
********** * *
60835 GTGACTACAAATGGACTTTNNNNNNNNNNGAATGGCTTTTTCTTCTTGTTT-CATGAGGCCAACA
65 GTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCA--AGG-CAACA
*
60899 CTCAATTCCAATTTGTTTTGATTAAAAATGTAAAA-ACATTAG
127 CTCAATTCTAATTTGTTTTGA-TAAAAATGTAAAATA-ATTAG
* * * *
60941 ACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCATGTAATAAAGCTTTGCAAGACATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAAAGCTTT-CAAGACATGG
* * * ** ** * *
61006 GTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAGTGACTTTTTCTTCACATTTTTAAAGCTAAATAC
65 GTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGC--AACAC
* * * * * ****
61071 TAAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATATAAAA-AGANNNN
128 TCAATTCTAATTTGTTTTGA-TAAAAATGTAAAATA-ATTAG
****** * * *
61112 NNNNNNAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAG-AAAGCTTTGAAAGGCATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGT-AGTAAAGCTTT-CAAGACATG
* *
61176 GGTGACCATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGAAT
64 GGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
61209 CACCTTCNNN
Statistics
Matches: 1112, Mismatches: 291, Indels: 114
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 93 0.08
169 105 0.09
170 278 0.25
171 612 0.55
172 21 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (167 bp):
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAAAGCTTTCAAGACATGGG
TGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCAAGGCAACACTCA
ATTCTAATTTGTTTTGATAAAAATGTAAAATAATTAG
Found at i:61709 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 61391--61709 Score: 406
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
61381 NNNNNNNNNA
* * ***
61391 ACTTAAAATAAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGG
1 ACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGG
** * * * * * *
61456 GTAATTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAGCTTTTTCTTTATGTTTCCTAAGGTAGACAT
66 ACAACTACAAATGCACTTTTCATACCAATGAATAGCTTGTTCATTATGTTTCCTAAGGTAGACAT
*
61521 TCAAATATAATCTGTTTTAATGAAAACTATAAAAAACTTTG
131 TCAAATATAACCTGTTTTAATGAAAACTATAAAAAACTTTG
* *
61562 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAT-AGTAATAGGGCTTCCAAAGGCATG
1 ACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATG
* * * * *
61626 GACGACTACAAATGCACTTTTCATGCCAATGAATGGCTTGTTCATTATGTTTCTTGAGGTAGACA
65 GACAACTACAAATGCACTTTTCATACCAATGAATAGCTTGTTCATTATGTTTCCTAAGGTAGACA
* * *
61691 TTGAATTTTAACCTGTTTT
130 TTCAAATATAACCTGTTTT
61710 GATAAAAAAT
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 24, Indels: 2
0.83 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
171 122 0.99
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGG
ACAACTACAAATGCACTTTTCATACCAATGAATAGCTTGTTCATTATGTTTCCTAAGGTAGACAT
TCAAATATAACCTGTTTTAATGAAAACTATAAAAAACTTTG
Found at i:61878 original size:169 final size:160
Alignment explanation
Indices: 61566--61906 Score: 307
Period size: 169 Copynumber: 2.1 Consensus size: 160
61556 ACTTTGACTT
*
61566 AAAA-TCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGATAGTAATAGGGCTTCCAAAGGCATGGAC
1 AAAATTCAACTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-AGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGGAC
** * ** * * * * *
61629 GACTACAAATGCACTTTTCATGCCAATGAATGGCTTGTTCATTATGTTTCTTGAGGTAGACATTG
65 GACTACAAATAAACTTTTCAAGCCAATGAATGGCTTGTTCATTACATTTCTTAAGGTAAAAACTC
* * *
61694 AATTTTAACCTGTTTTGATAAAAAAT-GTAAA
130 AATTATAACCTGTTTTAACAAAAAATAG-AAA
* ***
61725 AAGATTCAACTTNNNNNNNNNNATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGTAATAAGGCTTTGGAA
1 AAAATTCAACTT----------ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAGTAATAAGGCTTCCAAA
* * * *
61789 GGCATAGGTC-ACTATAAATAAACTTTTCAAGCTAATGAATGGCTTTTTC-TTCACATTTCTTAA
56 GGCAT-GGACGACTACAAATAAACTTTTCAAGCCAATGAATGGCTTGTTCATT-ACATTTCTTAA
*
61852 GGTAAAAACTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATAGAAA
119 GGTAAAAACTCAATTATAACCTGTTTTAACAAAAAATAGAAA
61894 AAAATTCAACTTA
1 AAAATTCAACTTA
61907 AAATCAAATA
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 24, Indels: 30
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
159 4 0.03
160 4 0.03
161 2 0.01
168 2 0.01
169 103 0.72
170 4 0.03
171 24 0.17
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (160 bp):
AAAATTCAACTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGGACG
ACTACAAATAAACTTTTCAAGCCAATGAATGGCTTGTTCATTACATTTCTTAAGGTAAAAACTCA
ATTATAACCTGTTTTAACAAAAAATAGAAA
Found at i:62533 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 62268--62598 Score: 305
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
62258 NNNNNNNNNN
* * * *
62268 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCATGTAATAAAGCTTTAGAAGGCATGGATGGCTATAAATAG
1 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCATGTAATAAAGCTTTAGAAGACATGGATGACCATAAATAG
* * *
62333 ACTTTTCTTACCAACGAGTGTCTTTTTCTTCATGTTT-TTG-GAGCTAAACACTAAATTATAATC
66 ACTTTTCTTACCAACGAG-ATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGA-C-AAAAACTAAATTATAATC
* * *
62396 TGTTTTGATCAAAAATGTAAAA-AGATTCAACTT
128 TGTTTTAACCAAAAATATAAAAGA-ATTCAACTT
* *
62429 NNNNNNNNNNATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTT-GAAAGACATGGGT
1 ----------ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGC-ATGTAATAAAGCTTTAG-AAGACATGGAT
* * *
62492 GACCATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGA-ATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAAAACT
54 GACCATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAGATC-T-TTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAAAACT
* *
62556 CAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAGAATTCAACT
117 AAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAGAATTCAACT
62599 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 17, Indels: 14
0.81 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 2 0.01
171 124 0.91
172 6 0.04
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (160 bp):
ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCATGTAATAAAGCTTTAGAAGACATGGATGACCATAAATAG
ACTTTTCTTACCAACGAGATCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAAAACTAAATTATAATCTGT
TTTAACCAAAAATATAAAAGAATTCAACTT
Found at i:62632 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 62442--82668 Score: 3984
Period size: 171 Copynumber: 118.2 Consensus size: 171
62432 NNNNNNNATG
* *
62442 AGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACCATAAATAGACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * *
62507 TTTCTTGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAAAACTCAATTGTAATCTGTTT
66 TTTCTTGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTATTT
* **********
62572 TAACCAAAAATATAAAAGAATTCAACTNNNNNNNNNNTATA
131 TAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * *
62613 AGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TCTTGAAAGGA-ATAGGTTG-CTATAAATAG
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT-TTGAAA-GACAT-GGGTGACTATAAATAG
* * * * * * * *
62675 ACTTTTCTTACTAGTGAAT-AGTTTTTTCCTCCCGTTTCCT-A-ACGAAACATTCAAATATAATC
63 ACTTTTCTTGCTAATGAATCA-TGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGAC-AAACACTCAATTATAATC
* * *
62737 TATTTTAACTATAAATATAAAA-ACATTTAACTTAAAATTAATTATG
126 TATTTTAACTAAAAATATAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * *
62783 AGCTTATAAAACTATTTACAGTGAATAATAAGGCTTTGAAA-AGCATGGGTCACTATAAATAGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGA-CATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * *
62847 TTCTCTTGCCAATGAATCATGTTCTT-TTTAGGTTTCTTGAGGA-AAACACTCAATTATAATCTA
65 TTTTCTTGCTAATGAATCATGTT-TTCTTCACGTTTCTTGA-GACAAACACTCAATTATAATCTA
* *
62910 TTTTAACTAAAAATATAAATAG-ATTCAACTTAAAATCAATTATG
128 TTTTAACTAAAAATATAAA-AGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * * * *
62954 GGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTAGAAAGGCTTTGGAAGGTATGGA-TGATT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGAC-AT-G--GG--T-GACT-A--
* * * * * * *
63018 CTAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATCATATTCTCTTCACATTTCTTAAGGCAAACACTCTATT
56 -TAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATT
* * * * * *
63083 ATAAT-TATTTTATCCAAAAATCTAAAA-ATATTCAAGTTAAAATCAATTATG
120 ATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAATTATA
********** * * ** * *
63134 ANNNNNNNNNNCCATTTCAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG-AAGCCACGGGTGACTATAAATAGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * ** * * *
63198 TTTTCTTGCTAATGAATGGC-T-TTTTCCTCCCGATTCCT-AGGGTAAAGATTCAAATATAATCT
65 TTTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GACAAACACTCAATTATAATCT
* * ********* *
63260 GTTTTAAC-CAAAATATAAAAGAATTCAANNNNNNNNNNAA-TATG
127 ATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAA-CTTAAAATTAATTATA
* * * ** * * *
63304 AGCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGTATGGATGGCTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * *
63368 TTCTCTTGCCAATAAATCATGTTCTCTTCACGTTT-TTGGAGGCAAACACTCAATTATAATCTAT
65 TTTTCTTGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTT-GAGACAAACACTCAATTATAATCTAT
* * * *
63432 TTTAACTAAAAATATAAAA-ATATTTAAGTTAAAATCAATTATC
129 TTTAACTAAAAATATAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * ** ********** *
63475 AGATTGTAAAACCATTTTAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG-NNNNNNNNNNTGACTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* ** ** * * * * *
63539 TTTTCTTGCTAATGAAT-A-GCTTTTTTTTCATATTT-TCCAAGATAGACATTGAAATATAATCT
65 TTTTCTTGCTAATGAATCATG--TTTTCTTCACGTTTCT-TGAGACAAACACTCAATTATAATCT
* * * ** * * *
63601 GTTTTAATTAAAAATATAAAAAAATTTGA-TTCCAAATGAATTATG
127 ATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTT-AAAATTAATTATA
* * * * * * * *
63646 AGATTATTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCT-AGAAGACATGGTTGACTACAAATAAAT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
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* * * *
63773 TTTTAA-TAAAAAAAGTAAAATG-ATTCAACTTAGAATCAATTATG
128 TTTTAACTAAAAATA-TAAAA-GAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* ** * ** * * * *
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1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * ** * *
63882 TTTTTTGCCAATGAATGGC-T-TTTTCTTCACGCTTTCTAAAGA-AAACACTCAATTATAATATG
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* * * * * * * *
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128 TTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
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1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * * * * *
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65 TTTTCT-TGCT-AATGAATCA-TGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCT
* * * * *********
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1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * ** * * * * *
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66 TTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCTT-GAGACAAACACTCAATTATAATCTA
* * * * * *
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128 TTTTAACTAAAA-ATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* ********** * * * * * * *
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1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * * *
64393 TTTCTTGCTAATGAGTGGC-T-TTTTCTTCATGTTT-TTG-GAGCTAAACAATAAATTATAATAT
66 TTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGA-C-AAACACTCAATTATAATCT
* ** * * * *
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127 ATTTTAACTAAAAATATAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAATTA-T-A
* ** * *
64500 A-ATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGA-ATAGGTGACCT-TAAAT-GA
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAA-GACATGGGTGA-CTATAAATAG-
* * * * *
64561 ACTTTTCTTGCCAATGAATCATGTTTTCTTCATGCTTCTTGAGACAAACACTTAATTATAATCTG
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* * *
64626 TTTTAACTAAAAATGTAAAAGAATTAAACTTAAAATCAATTATA
128 TTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * * * ** *
64670 AGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAATGATAAGGTCTTGGAAGGA-ATAAGTGACTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * * * ** * * *
64734 TTTTCTTGCTAATAAATGGC-TTTTTTGTCCCCTTTTC-TCAGGTAAACATTCAAATATAATCTG
65 TTTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTA
* *
64797 TTTTAACTAAAAATATAAAA-AATTTAACTTAAAATTAATTATG
128 TTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * *
64840 AGCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAG-CATGAGTGACTACAAATGGACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * ** * * *
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66 TTTCTTGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GACAAACACTCAATTATAATCTATT
* * * * ** * **
64964 TTAA-TCAAAACTGTAAAACAATTTAACTTATGATGAATTACG
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* * * * * * *
65006 ATATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCATGGGTGTCTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * * * * *
65070 TTTTCTTGCTAATGAATGACT-TTTTCCTCCCATTTCATATG-G-TAGACATTCAAATATAATAT
65 TTTTCTTGCTAATGAATCA-TGTTTTCTTCACGTTTC-T-TGAGACAAACACTCAATTATAATCT
* * *** * * *
65132 GTTTTAACAAAAAATATAAAA-ACATTTGGCTTCAAATCAATTAGA
127 ATTTTAACTAAAAATATAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * ** ********** * * * * * *
65177 AGATTATTAAACCATTTAAAGCAAGTAATANNNNNNNNNNAGGCATGAGTGATTAGAAATGGACG
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * *** * * * * * * *
65242 TTTATTGCCAATGGAT-A-GCTTGTGGATCACGTTTCCT-AAACCAGACATTTAGTT-TAAATAT
66 TTTCTTGCTAATGAATCATG-TT-TTCTTCACGTTTCTTGAGA-CAAACACTCAATTAT-AATCT
* * ********** *
65303 ATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATNNNNNNNNNNATTAATTATG
127 ATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * *****
65348 AGATTATAAAACTATTTAAA-TCGAGCAATAAGGTTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAANNNNNN
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAA-ATAGA
**** * * ** *
65412 NNNNT-TTGCCAATGAATGGC-T-TTTTCTTCATGTTTC-CCA-A-AGAACATTCAATTATAATC
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* * * * * *
65471 TGTTTTGA-TAAAAACAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATN
126 TATTTTAACTAAAAA-TA-TAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
********* * ** * * * *
65518 NNNNNNNNNAACCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTG-AAGGCAAGGGTGGCTATAAAT-GAA
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAG-A
* * * ** * * * *
65581 CTTTTCTTACTAATGAATGGC-T-TTTTCCTCCCGTTT-TCCAAGATAAA-ATTTTAAATATAAT
64 CTTTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCT-TGAGACAAACA-CTCAATTATAAT
* * * * * * * *
65642 CTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATT-TACTTCAAATCATTTAGA
125 CTATTTTAACTAAAAATAT-AAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * ** * * * ** * *
65689 AGATTATTAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCGAATG-TATGGGTGTTTAGAAATGGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * *** * * * *
65753 GTTTATTGCCAATGGATGGC-T-TTTGGATCATGTTTCTTGA-ACCAAACATTCAATTTTAATAT
65 TTTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGA-CAAACACTCAATTATAATCT
* * *
65815 ATTTTAACAAAAAATAT-AAA-AATACAACTTAAAATTAATTATG
127 ATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * * *
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1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * **
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* * * * * * * * * *
65981 TGTTTTGACAAAAAATGTAAAA-AATTTATCCTAAAATCAATAATG
126 TATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* ** * * ** * * *
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1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * * * * * * *
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* * * * *
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126 TATTTT-AACTAAAAAT-ATAAAAGAA-TTCAACTTAAAATTAATTATA
********** ** * *
66196 AGATTATAANNNNNNNNNNAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGA-TCATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACT-ATAAATAGAC
* * ** *
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65 TTTTCTTGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTATT
* * * *****
66324 TTAATTAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAANNNNN
130 TTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
****** * * *
66366 NNNNNGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCGTGGGTGACTATAAAT-GAA
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGACATGGGTGACTATAAATAG-A
* * ** ** * * *
66429 CTTTTTCTAT-C-AATAAAT-A-GCTCTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGTAGACATTCAAATATAA
64 C-TTTTCT-TGCTAATGAATCATG-T-TTTCTTCACGTTTCT-TGAGACAAACACTCAATTATAA
* * * * * * *
66489 TCTGTTTTAA-TGACAAATATAAAAAAAATT-GACTTAAAATCAATTCTG
124 TCTATTTTAACT-AAAAATAT-AAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* ** * ** * *
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1 AGATTATAAAACAATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
** ** * ** * * * * *
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* *
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* * * * * *
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1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * * ** * *
66772 TTTTTATGCTAATGAATGACT-TTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAAAAACTCAATTATAATCTGT
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* * * * *
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* * * * *
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1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAG-AC
* * * * * *
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65 TTTTCTTGCTAATGAATCATGTT-TTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTAT
* * * *
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129 TTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
********** * * * *
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1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * ** ** * * * *
67115 TTTTTTTTACCAATGAAT-A-GCTCTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGTAGACATTAAAATATAATC
65 -TTTTCTTGCTAATGAATCATG-T-TTTCTTCACGTTTCT-TGAGACAAACACTCAATTATAATC
** * ** * *
67177 CGTTTTAA-TGAAAAATATAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATG
126 TATTTTAACT-AAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* ** * * * *
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1 AGATTATAAAACAATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * ** * * * * *
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* * *
67350 TTTTAA-TAAAAATTATAAAA-AGATTCAACTTAAAATCAATAATG
128 TTTTAACTAAAAA-TATAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * ** *
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1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * ** * * *
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* * * * *
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128 TTTTAACTAAAAATATAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * ********** * * *
67565 AGCTTATAAAACTANNNNNNNNNNGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTTTAAAT-GAAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAG-AC
* * * * * * *
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65 TTTTCTTGCTAATGAATCATGTT-TTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTAT
* * * * *
67693 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATG
129 TTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
********** ** ** * *
67736 AGATNNNNNNNNNNTTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTGAACGGCTTTGGAAGGTATGGTTGACTC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTG-A---------AAGACATGGGTGACTA
* * * * * * * ***********
67801 TAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATTATGTTCTCTTCATGTTTCTTGAGNNNNNNNNNNTATTA
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* * * *
67866 TAAT-TGATTTTAAC-CAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATG
121 TAATCT-ATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * ** ***********
67915 AGATTCTAAAACCATTTCAAGCAAGTAATAAGGCTTTCNNNNNNNNNNGTGACTATAAATAGACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * ** * * * * *
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* * * * *
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128 TTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * ** * *
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1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * * * *
68150 TCTCTTGCCAATGAATCATGTTCTCTTCATGTTTGTTAAGGA-AAACACTCAATTATAATCTATT
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* * * * *
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130 TTAACTAAAA-ATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * ** * * ********** *
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1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * * * * *
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* * *** ********** *
68380 TATTTTAATTAAAAATATAAAACAATTTGGCTNNNNNNNNNNTATG
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* * * * * * *
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* * * ** * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * **** ** *
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* * * *
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128 TTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTA-TA
* * ** * * ********** * *
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1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * * * * * *
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65 TTTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTA
* * * * *
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128 TTTTAACT-AAAAA-TATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * * * *
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1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * * * *
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1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* **
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* * * *
69235 TGTTTTAAC-AAAAAGTA-AAAACAAATTTAGA-TTAAAATTAATTATG
126 TATTTTAACTAAAAA-TATAAAA-GAATTCA-ACTTAAAATTAATTATA
* * ** * * * * *
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1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* ** * * ** *
69345 -TTTCTTGCTAATGAATGACT-TTTTCTTCATATTTCTCGAGGTC-AACACTCAATTCCAATTTA
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* * * *
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128 TTTTAACT-AAAAATATAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAATTATA
* ** * * * * *
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1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGA-GTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * *
69516 ATTTCTTGCCAATGAGTGGC-T-TTTTCTAT-ACGTTTTTTAAG-CTAAACACTAAATTATAATC
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** * * * * * *
69577 TGCTTTGACCAAAAATGTTAAAAG-ATTCAAACTTAAAATCAATAATG
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* * * *
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* * * * * * *
69687 -TTTCTCTGCCAATGAATCACGTTCTCTTGATGTTTCTTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTAT
65 TTTTCT-TGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTAT
* * *
69751 TTTAACTAAAAATATAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATG
129 TTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * *
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1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * * ** * * *
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* * * * *
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127 ATTTTAACTAAAAATAT-AAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* ** * * * * *
69965 AGATTATAAAACTATTTAAAGAT-AGTAATAAGG-TTTCCTAAGGCATAGGTGACTACAATTGGA
1 AGATTATAAAACAATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGACATGGGTGACTATAAATAGA
* * * * * ** *
70028 CTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTCCTCAGGTTTCTCAAGGA-AAA-ATCTCAATTACAATCT
64 CTTTTCTTGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GACAAACA-CTCAATTATAATCT
* * * * ** *** **
70090 ATTTTACCCAAAAATGTAAAA-AACTTTAACTTTGGAAGGCATGGGT-
127 ATTTTAACTAAAAATATAAAAGAA-TTCAAC-TTAAAATTAAT-TATA
* * * * * * * ** *
70136 -GACTATCAAAAGACTTTAACGCTAGTATGAGATTATAA-ACTTAATTATAA-TCAATTATGAGA
1 AGATTAT-AAAACAATTTAA----AG--TGAG-TAATAAGGCTT--TGA-AAGAC-A-TGGGTGA
* * * * * * * * *** * * *** * * *
70198 TTATAAA-ACAATTTAAC--GCTAGT-AATAAAGCTTT-GGAAGGCATGGATGACTATAAATAGA
53 CTATAAATAGACTTT-TCTTGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACG-TTTCTTGA-GA-CAA-ACA
*** * * * * * * *
70258 CTTTTTTTCCAATGAATGGCT-TTTT--GTTAATATTTCCCAAGGTAGACATTCAA-ATATAATC
113 C-TCAATT---AT-AAT--CTATTTTAACTAAAAATAT---AA--AAGA-ATTCAACTTAAAAT-
*
70319 TATTTTAATCAA
164 TA-ATT-AT--A
* * * * * * ** * **
70331 AAATACAAAAAAAGTTAGCTTAAAATTAATAATGAGATCATAAAACCTTTTAAAG-CATGTAATA
1 AGAT---TATAAA---A-C---AATTTAA-AGTGAG-TAAT-AAGGCTTTGAAAGACATG-GGT-
* ** * * *** * * ** * ****
70395 AAGCTATGGA-AGGCATGGGTGGCT-AT-AAGTGAACTTTTCTTGCAAATGAATGGTT-TTTCTT
51 GA-CTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAA-TCATGTTTTCTT-C--ACG--T--TTCTTGAGA
* ** * * *
70456 CACATTCTCTAAGGTCA-ACA-CTAAATTGTAATCTATTTTTTCCAAAACTGTAAAA-AGATTCA
107 CAAACACTC-AA--TTATA-ATCT--ATTTTAA-CTA--------AAAA-TATAAAAGA-ATTCA
* * *
70518 ACTTAAAATCAATAATG
155 ACTTAAAATTAATTATA
** ** * * *
70535 AGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACCATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * ** ** * * *
70600 TTTCTTG-TCAATGAATAATGTTTTCCTCATATTTCTCCAGGA-AAACACTCAATTGTAATATGT
66 TTTCTTGCT-AATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GACAAACACTCAATTATAATCTAT
* * * * **
70663 TTGAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTGCA
129 TTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * * * ********** *
70706 AAATTGTAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGNNNNNNNNNNATGGACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * * * ** * * *
70771 TTTCTTGCTAATGAATGACGTTTTCCTCCCATTTCTCAAGATAAACATTCAAATATAATCTATTT
66 TTTCTTGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTATTT
* *
70836 TAACTAAAAATATAAAA-ACATTCAACTTAAAATCAATTATG
131 TAACTAAAAATATAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * *
70877 AGCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTGGAAAG-CACGGGTGACTATAAATAGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * * ** *
70941 TTCTCTTACCAATGAATCATATTCTCTTCATGTTTCTT-ATGGTAGACACTCAATTATAATCTAT
65 TTTTCTTGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GACAAACACTCAATTATAATCTAT
* * * * * * *
71005 TTTAACCAAAACTGTAAAACAATTCAGCTTAAAATCAATTATG
129 TTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * *
71048 AGATTGTAAAACCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * *** * * * * *
71112 TTTTATTTCTAATGACT-A-GCTTTTTCTTTATGTTTCCCAATG-TAGACATTGAAATATAATCT
65 TTTTCTTGCTAATGAATCATG--TTTTCTTCACGTTTCTTGA-GACAAACACTCAATTATAATCT
* * * * * * * **
71174 GTTTTAACCAAAATTATAGAAACAATT-GACTTGAAAGTAATTAGG
127 ATTTTAACTAAAAATATA-AAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * *
71219 AGATTATAAAACCATTTAAAGAT-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGAC-ACCAAATGGA
1 AGATTATAAAACAATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTA-TAAATAGA
* * * ********** *
71282 CTTTTCTTGCTAATGAATGGC-T-TTTTCATCATGTTTCTTAAGNNNNNNNNNNAATTTTAATCT
64 CTTTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCT
* * * * * *
71345 GTTTTAA-TCAAAAATGTAAAA-ACATTCAACTTTAAATCAATAATG
127 ATTTTAACT-AAAAATATAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * * *
71390 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTGAAAGGCATAGGTGACTATGAATGGACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * * * * * *
71455 TTT-TCTG-TCAATGAATGACT-TTTTCTTCACATATCTTAAGGCAAAAACTCAATTATAATTTG
66 TTTCT-TGCT-AATGAATCA-TGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTA
* * * ********** *
71517 TTTTACCTAAAAATGTAAAAAAATTCANNNNNNNNNNAATTATG
128 TTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * *
71561 AGATTATAAAACTATTAAAAGCT-TGCAATAAGGCTTTGAAAGCCATGGGTGACTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * **
71625 TTTTCTTG-TCAATGAAT-A-GCTTTTTCTTTACGTTTTCCATG-GAC-AATGCTCAATTATAAT
65 TTTTCTTGCT-AATGAATCATG--TTTTCTTCACG-TTT-CTTGAGACAAACACTCAATTATAAT
* * * ********** * *
71685 CTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCANNNNNNNNNNAATAATG
125 CTATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* ** * * * *
71732 AGATTATAAAACGATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTCCGAAAGTAC--GGGTGACTACAAATGGA
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TGAAAG-ACATGGGTGACTATAAATAGA
* ** * *
71795 CTTTTCTTG-TCAAT-AA--ATGGCTTTCTCTTCAGGTTTCCAGAGACTAACACTCAATTCTAAT
64 CTTTTCTTGCT-AATGAATCAT-G-TTT-TCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAAT
* * * * * *
71856 TTGTTTTGA-TGAAAAATGTAAAA-ACATTTAACTTAAAAATAATTATA
125 CTATTTTAACT-AAAAATATAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAATTATA
** * * * * *
71903 AGATTATAAAATC-ATTTAAAGCAATTAGTAAAGCTTTCG-AAGGCATGGGTGACTACAAATAGA
1 AGATTATAAAA-CAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGACATGGGTGACTATAAATAGA
* * * * * ** * * * * *
71966 CTTTTCTTAAC-AATAAAAGCCT-TTTTCTTCATGTTT-TCCAAGTCCAACACCCAATTCTAATT
64 CTTTTCTT-GCTAAT-GAATCATGTTTTCTTCACGTTTCT-TGAGACAAACACTCAATTATAATC
* * * ********** * *
72028 TGTTTTGACCAAANNNNNNNNNNAATTCAACTTAAAATCAATTATG
126 TATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * ** * * * * * *
72074 ATAATATAAAATTATTTAAAGAGTG-GT-ATAAAGTTTTGGAAGGCATGGGTCACTATAAATGGA
1 AGATTATAAAACAATTT-AA-AGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGA
* * * * * * *
72137 CTTTTCTTGCCACT-AAGTGGC-T-TTTTCTTCATGTTTTTTGAGATAAACATTAAATTATAATC
64 CTTTTCTTGCTAATGAA-T--CATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATC
* * * * *********
72199 TGTTTTGACCAAAAATGTAAAA-AGATTCAACTTAANNNNNNNNNNT-
126 TATTTTAACTAAAAATATAAAAGA-ATTCAACTTAA-AATTAATTATA
* * * * *
72245 AGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTGACCATAAATGGAC
1 AGATTATAAAA-CAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * * * *
72309 TTTTCTTACCAATGAATCATGTTTTCTTCATGTTGCTTAAGTCAAACACTCAATTCTAATCTGTT
65 TTTTCTTGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTATT
* * * *
72374 TTAACCAAAAATA-AAAA-AAATCTAACTTAAAATTAATTCTG
130 TTAACTAAAAATATAAAAGAATTC-AACTTAAAATTAATTATA
********** * ** * *
72415 AGATTATAAAATC-ATTTAAAGNNNNNNNNNNGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTACAAATGGAC
1 AGATTATAAAA-CAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * ** * * * * * *
72479 TTTTCTTACTAATGAAT-A-GCTTTTTCCTCATTTTTCCTAAGGCAAACATTCAAATATAATCTG
65 TTTTCTTGCTAATGAATCATG--TTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTA
* * * * * * **
72542 TTTTAACCAAGAATAGAAAAAAATTCAACTTAAAAATCAAATACG
128 TTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTT-AAAATTAATTATA
* * * ** ** * *
72587 AGCTTATAAAACCATTTCAAGCAAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGTATGGATGACTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * *
72651 TTCTCTTCCCAATGAAGCATGTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGA-AAACACCCAATTATAATCTAT
65 TTTTCTTGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GACAAACACTCAATTATAATCTAT
* *
72715 TTTAA-TAAAAAATATAAAACAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
129 TTTAACT-AAAAATATAAAA-GAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * ********** * * *
72759 AGATTGTAAAACTATTTANNNNNNNNNNTAAGGCTTTCAAA-AGCATGGATGACTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGA-CATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * *** * * * * * *
72823 TTTTCTTTCCAATGAAT-AGTTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGATAGACATTCAAATATAATATGT
65 TTTTCTTGCTAATGAATCA-TGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTAT
* ** * *
72887 TTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTTGACTTAAAATCATTTATA
129 TTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * ** *
72929 AGATTATAAAACCATTCAAAGAT-AGTAATAAGGCTTCT-AAAGGTATGGGTGACTACAAATAGA
1 AGATTATAAAACAATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTT-TGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGA
* * * * *********** * * * *
72992 TTTTTCTTGCCAATGAATGGC-T-TTTTCATCATGNNNNNNNNNNTAGACATTGAATTTTAATCT
64 CTTTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCT
* * * *
73055 GTTTTAAGC-AAAAATGTAAAA-AGTTTCAACTTAAAATCAATTATGA
127 ATTTTAA-CTAAAAATATAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAATTAT-A
********** * * * *
73101 A-ANNNNNNNNNNATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GAAT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * * *
73164 GTTTCTTGCCAACGAATGGC-T-TTTTCTTCATGTTT-TTCCAGA-AAATC-CTCAATTATAATA
66 -TTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCTT-GAGACAAA-CACTCAATTATAATC
* * * * * * *
73224 TGTTTTGA-TCAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATAATG
126 TATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * ** * * * * * * *
73269 GGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTCCG-AAGGCATGAGTGACTACATATGGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* *** * *
73333 TTTTCTTG-TCAATGAATGGC-T-TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTC-AACACTCAATTCTAAT-
65 TTTTCTTGCT-AATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GACAAACACTCAATTATAATC
* * * * * * ***********
73393 TCGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAAATTAAACTTAANNNNNNNNNNG
126 T-ATTTTAACTAAAAATAT-AAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * * * * * *
73441 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAACAAAGCTTTGGAAGGCGTGGGTGGCTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * * * * * * * * *
73506 TTTCTTACCAATG--TGACT-TTTTCTTTACGTTTTTTAAGATAAACACTAAAGTATGATCTGTT
66 TTTCTTGCTAATGAATCA-TGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTATT
* * * * *
73568 ATGACTAAAAATATAAAA-AGATTCAACTTAAAATCAATAATG
130 TTAACTAAAAATATAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAATTATA
********** * * * *
73610 AGATTATAAANNNNNNNNNNGTGAATAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * * ** * * * *
73675 TTTCTTGTTAATAAAT-AGTTTTTTCTTCATG-TTCTCCAAGGCAAAAAGTCAAATATAATCTAT
66 TTTCTTGCTAATGAATCA-TGTTTTCTTCACGTTTCT-TGAGACAAACACTCAATTATAATCTAT
* ** * * *
73738 TTTAA-TCAAAAATATAAAAAAATTCAGTTTAATATCAATTATG
129 TTTAACT-AAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * * * * * * * * *
73781 AGATCATAAGATC-ATTTAAAGCGTGTAATAAAGATTTGGAAGGCATAGGTGGCTATGAATGGAG
1 AGATTATAA-AACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * ** * *
73845 TTTGCTTGCCAATGAATGGC-T-TTTTCTTCACGTTT-TCTAAGGTAAACACTAAATTAGAATCT
65 TTTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCT-TGAGACAAACACTCAATTATAATCT
* *** * ** *
73907 GTTTTGGTTAAAAATGTAAAA-AGATTCAACTTAAAATTCCTTATG
127 ATTTTAACTAAAAATATAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAATTATA
** * * * * * * *
73952 AGATTATGTAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATTGATGACAATAAAT-GAAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAG-AC
* ** * * * * * ** *
74016 TGTTCTTGCCCAGGAAAGC-T-TTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAAACACTCAATTATAATCTGT
65 TTTTCTTGCTAATG-AATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTAT
* * * * * * *
74079 TTTGACCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATN
129 TTT-AACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
********* * ** * * *
74123 NNNNNNNNNAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * ** * * * * * * *
74187 TTTCTTACCAATGAATGGC-T-TTCTCTTCATATTTCATAAGGCAGACATTCAAATAGAATCTAT
66 TTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTAT
* * * * * *
74250 TTTAA-TCAAAAATATAAAAAAAGTCAGCTTAAAATTGATAATG
129 TTTAACT-AAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * ** * * *
74293 GGA-T-TAAAACTATTTAAAG-CATGTAATAAAGCTTTGAATGGTATGGGTGGCTATAAGTGGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGA-GTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * ** * *
74355 TTTTCTTGCAAATGAATGGC-T-TTTTCTTCATG-TTCTCAGAGGTAAAAACTTAATTATAATCT
65 TTTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCT-TGAGACAAACACTCAATTATAATCT
* * * ********
74417 ATTTTGACCAAAAATGTAAAA-AGATTCAACTTAAAATCNNNNNNN
127 ATTTTAACTAAAAATATAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAATTATA
*** * * *
74462 NNNTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAA-AGCATGAGTGA-TCATAAATAGA
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGA-CATGGGTGACT-ATAAATAGA
* * * * * *
74525 CTTTTCTTACCAATGAATCATGTTTTATTCACGTTTCTTAAAACAAACACTCAATTATAATCTTT
64 CTTTTCTTGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTAT
* * * * *
74590 TTTAACAAAAAATATTAAGGAATTAAACTTAAAATAAATTATA
129 TTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* *** * * * *
74633 AGATTGTAAAA-ATATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTGGAAGTCATGGGTCACTATAAATAGAG
1 AGATTATAAAACA-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * ** * * *
74697 TTATCTTACTAATGAAT-A-GCTTTTTCTTCATGTTTGC-CAAGGA-AGACAGTCAAATATAATC
65 TTTTCTTGCTAATGAATCATG--TTTTCTTCACGTTT-CTTGA-GACAAACACTCAATTATAATC
* * * * * * * *
74758 TATTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAAATCAGCATAAATTTAATAATG
126 TATTTTAACT-AAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * *
74804 AGGTCATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAA-AGCATGGGT-AGCCAT-AATGGA
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGA-CATGGGTGA-CTATAAATAGA
** * * * * * *
74866 CTTTTCTTG-TCAATGAATCACATTTTTTTCATGTTTCTTGAG--ATAGACTCAAATATAATCTG
64 CTTTTCTTGCT-AATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTA
* *
74928 TTTTAACTAAAACTATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATA
128 TTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * ********** **
74972 AGATTGTAAAACCATNNNNNNNNNNTAATAAGGCTTTCG-AAGGTATGGGTGACTATAAATAGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * ** * * *
75036 TTCTCTTACTAATGAAT-A-GCTTTTTCTTC-CTGTTTCTCAAGGA-AAACATTCAAATATAATA
65 TTTTCTTGCTAATGAATCATG--TTTTCTTCAC-GTTTCTTGA-GACAAACACTCAATTATAATC
* * * * *
75097 TATTTTAACTAAAAATATAAAAAAAAGTCAAGTTAAAATCAATTATG
126 TATTTTAACTAAAAATAT-AAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * **
75144 AGCTTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCGTGGGTGACTATAAAGGGACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * *** * * * *
75209 TCTCTTGCCAAATGAATCATGTACCCTTCATGTTTTTTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTATT
66 TTTCTTG-CTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTATT
* * * *
75274 TTAACCAAAACTATAAAA-AATTCATCTTAAAATCAATTA-A
130 TTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * * **
75314 GAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTCGGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGAC
1 -AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * *
75379 TTTTCTTGCTAA--AAT-ATAGTTTTTTCCTTC-TGTTT-TCTAAGGA-AAACATTCAAATATAA
65 TTTTCTTGCTAATGAATCAT-G--TTTT-CTTCACGTTTCT-TGA-GACAAACACTCAATTATAA
* * *
75438 TCTGTTTTAACTAAAAATATAAAA-AATTGAACTTAAAATTAATTATG
124 TCTATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * * *
75485 AGATTCTCAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCAAATACATGAGTGACTATAAA-AGAAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAG-AC
* * * * * * * *
75549 TTTTCTTGCTAATGAAT--GGATTTCCTT-ATCATTTTCCATG-G-TAGACAAT-AA-TATAATA
65 TTTTCTTGCTAATGAATCATG-TTTTCTTCA-C-GTTT-CTTGAGACAAACACTCAATTATAATC
* * * * * * *
75607 TGTTTTATCCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATG
126 TATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * * * *
75653 AGAGTATAAAACTATTTATAGTAAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCATGGGTGACTAAAAATAGACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * * * ** * * * *
75718 TTTCTTGCCAATGATTGGC-T-TTTTCTTTACATTTCTTAAGGTAGACATTGAATT-TCAATCTG
66 TTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTAT-AATCTA
* * * *
75780 TTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAGTTCCACTTAAAATCAATTATG
128 TTTTAACTAAAAATATAAAAGAA-TTCAACTTAAAATTAATTATA
** * * * * * * *
75824 AGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTGAAAGGCGTAGGTGACAATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * * * * * * * * * **
75889 TTTCTAGCCAATGAATTACT-TTTTCATCATGTTTCCTAAG-CAGACATTCAGTTATAATATCCT
66 TTTCTTGCTAATGAATCA-TGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTATT
* * * * * * *
75952 TT-ACTCAAAACATAAAAAAATTGAACTCAAAATCAATTAGA
130 TTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * ** * * * * * *
75993 AGATTTTAAAACCATTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTCTG-AAGGCATAGGTGATTAGAAATGGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * * * * * * * *
76057 GTTTATTGCCAATGGAT--TGCTTTTGCATCATGTTTCCT-AAACTAGATATTCAATTTTAATAC
65 TTTTCTTGCTAATGAATCATG-TTTT-CTTCACGTTTCTTGAGAC-AAACACTCAATTATAAT-C
* * ********** *
76119 -ATTTTAA--AAAAATATAAAAAAATTTAANNNNNNNNNNATTATG
126 TATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
*** * *
76162 AGATTATAAAATC-ATTTAAAACAAGAAATAAGGCTTTAGAAGGA-ATGGGTGACTATAAAT-GT
1 AGATTATAAAA-CAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGACATGGGTGACTATAAATAG-
* * * *** *
76224 ACTTTCCTTGCTAATGAATGGC-T-TTTTCTTTATGTTTCCCAAGAAAAACACTCAATTATAAT-
63 ACTTTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATC
* * * * * * * *
76286 TTTTTTCGACCAAAAATGTAAAA-AATTTAACTTAAAATCAA-CAAA
126 TATTTT-AACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * *
76331 GAGATTACAAAACCATTTAAAG-CAGTTAGTAAGGCTTTCG-AAGGCATGGGTGACTATAAATGG
1 -AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAG-TAATAAGGCTTT-GAAAGACATGGGTGACTATAAATAG
* * * * *
76394 ACTTTTTTTTCCCAATGAATGGCA--TTTTCTTCACGTTTC-TGAAGTC-AACACTCAATTTTAA
63 AC-TTTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCTTG-AGACAAACACTCAATTATAA
* ** * ** * * * *********
76455 TTTGCTTTCAGGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAANNNNNNNNN
124 TCTATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * * * * *
76503 NGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAGGTTTTGGAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * * ** ** * * * * *
76568 TTTCTAGCCAATGAATGACGTTTTCAACATATTTCTTGAGATAGACATTCAGTTATAATATATTT
66 TTTCTTGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTATTT
* * * *
76633 TAA-TAAAAAACATAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTAAA
131 TAACT-AAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* ** * * * * * * *
76674 AGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCG-AAGGCATGGCTAATTAGAAATGGA-
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * * * * * * * *
76737 TGTTATTGCCAAATG-ATGGC-T-TTTGCATCATGCCTCCTT-A-ACCAGACATTTAATTTTAAT
65 TTTTCTTG-CTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACG-TTTCTTGAGA-CAAACACTCAATTATAAT
* *
76797 ATATTTTAA-TAAAAAATATAAAA-AATTTAACTTAAAATTAATTATGA
125 CTATTTTAACT-AAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTAT-A
* ** * * *
76844 A-ATTATAAAACTATTTAAAACGAGCAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACGATAAATTA-AC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAA-TAGAC
* * * * * * * *
76907 TTTTCTTACCAATGAATGACT-TTTTCTTCATGTTTTCTAGGGA-AAACGCTCAATTATAATCTG
65 TTTTCTTGCTAATGAATCA-TGTTTTCTTCACG-TTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTA
* * * * * * * * *
76970 TTTTGACCAAAAGTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATG
128 TTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * *** * ** * * *
77014 ATATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAGTAAAACTTCTG-AAGGCATGAGTGACTACAAATAGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGA-
* * * * ** *** * * *
77078 CTTTTTTTTTCCAATGAATGGC-T-TTTTATTCATATTTCCCAACG-CCAACACTCAATTCTTAT
64 C-TTTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GACAAACACTCAATTATAAT
* * * * * * * * *
77140 -TTTTTTGACAAAAAATGTAAAACAATTTAGCTTAAAATCAATTATN
125 CTATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
********* * * * * * * *
77186 NNNNNNNNNAACCATTTAAAGTAAGTAGTAAGGCTTTCG-AAGGCATGGATTACTACAAATAGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * ** * * * * * * *
77250 TTTTTTTGCCAATGAATGGT-TTTTCTTCACATTTCCT-AGGGCTAACACTCAATTCTAATTTGT
65 TTTTCTTGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GACAAACACTCAATTATAATCTAT
* * * * ************ *
77313 TTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTTNNNNNNNNNNCAATTATG
129 TTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * *
77356 AGATTATAAAACCATTTAAAGT-ATGTAATAAAGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGA-GTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * * *
77420 TTTTCTTGCCATTGAGTGGC-T-TTTTCTTTAC-TTTGTT-AGGGCTAAACACTAAATTATAATC
65 TTTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GAC-AAACACTCAATTATAATC
* * * * * * * *
77481 TGTTTTGACCAAAAAAATAAAA-AGCTTTAACTTAAAATCT-ATAATG
126 TATTTTAACTAAAAATATAAAAGA-ATTCAACTTAAAAT-TAATTATA
* * * * * * * *
77527 AGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGAAAGGCATGAGTGACCATAAATGGA-T
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * ** * * * *
77591 TTTTTTGCCAATGAATCACATTCTT-TTCATGCTTCTTGAGGCAAACACTCAATTATAATCTACT
66 TTTCTTGCTAATGAATCATGTT-TTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTATT
* * * *
77655 TTAACTAAAAATGTAAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATG
130 TTAACTAAAAATATAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * ** *
77698 AGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCG-AAGGTA-GGAGTGACTATAAATGGA
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TGAAAGACATGG-GTGACTATAAATAGA
* * * * * * ** * * * * *
77761 CTTTTTTTGCCAATGAATAGAT-TTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTAAAATATAATTTG
64 CTTTTCTTGCTAATGAAT-CATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTA
** * *
77825 TTTTAACTAAAAATATATAAA-AATTTGACTTAAAATCAATTATG
128 TTTTAACTAAAAATATA-AAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * * *
77869 AGTTTATAAAACCATTTAAAGAT-AGTAATAAGGTTTTCAAAGGCATGGGTGACTGTAAATGGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * ** * * * * * *
77933 TTTTCTTG-TCAATGAATGATTTTTTCGTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTGAATTTTAATTTGT
65 TTTTCTTGCT-AATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTAT
* * * *
77997 TTTAA-TCAAAAATATAAAAGGATTCAACTTAAAATCAATAATG
129 TTTAACT-AAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * ** * *
78040 AGATTGTAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTGCAGGGTATAGGTGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * ** * * * * * *
78105 TTTCCTGCCAATGAATGGTTTTTTCATCACGTTTCTTGAGGA-AAATACTCAATTACAATATGTT
66 TTTCTTGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GACAAACACTCAATTATAATCTATT
* * *
78169 TT-ACTTGAAAAAGTA-AAAA-AAATCAACTTAAAATCAATTATG
130 TTAAC-T-AAAAA-TATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * *
78211 AGATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGACTTTGGAAAG-TATGGGTGATTATAAATGGA
1 AGATTATAAAACAATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGACATGGGTGACTATAAATAGA
* * ** *** * * ** *
78274 CTTTTCTTGCCAATGAATGACT-TTTTCTTCATATTTCCCAAGGCATACTTTCAAATATAATCTA
64 CTTTTCTTGCTAATGAATCA-TGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTA
* * * * * *
78338 TTTCAATTAAAAATGTAGAAA-AAGT-AAGCTTAAAATTAATAATG
128 TTTTAACTAAAAATATA-AAAGAATTCAA-CTTAAAATTAATTATA
* * ** * * * * * * * * *
78382 AGATCATAAAACCATTTAAAACGTGTAACAAAGTTTTGAAAGGCATGGATGGCTATAAGTGGACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * *
78447 TTTCTTGCTAATGAATGGC-T-TTTTCTTCATC-TTTCCTAAGGA-AAACGCTCAATTAAAATCT
66 TTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCA-CGTTTCTTGA-GACAAACACTCAATTATAATCT
** * * * * ****
78508 GCTTTGACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATNNNN
127 ATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
****** * ** * * * *
78553 NNNNNNTAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTCTG-AAGGCATGGGTAACTACAAATAGA-
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * * * * * *
78616 TATTTTTTTCCAATGAATGGC-T-TTTTCTTCACATCTCCTGAAACCAACACTCAATTTTAATTT
65 T-TTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCT
* * * * * * * * *
78679 GTTTTGACCAAAAATATAATACAATTTAGCTTAAAATCAATTATG
127 ATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
********** ** * ** * *
78724 AGATTATANNNNNNNNNNAAGCAAGTAGTAAGGCTTTCG-AAGGTATGGGTTACTACAAAT-GAA
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGACATGGGTGACTATAAATAG-A
* * * * * * * * * *
78787 CTTTTCTTACCAATGAA--AGGTTTTTCTTTACATTTCCT-AGGGCTAACACTCAATTCTAATTT
64 CTTTTCTTGCTAATGAATCATG-TTTTCTTCACGTTTCTTGA-GACAAACACTCAATTATAATCT
* * * * ** *
78849 ATTTTGAGTAAAAATATAAAAAAAGTCAACTTAAAATCGATTATG
127 ATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
** * * * *
78894 AGATTATAAAATTATTTAAAGTGTA-TAATAAAGCTTTGGAAGACATGAGTGACTATAAATGGA-
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTG-AGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * *
78957 TTTTCTTGCCAATGAGTGGC-T-TTTTCTTCAC-TTTTTTGTTG-CTAAACACTAAATTATAATA
65 TTTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCTTG-AGAC-AAACACTCAATTATAATC
* * * * * * *
79018 TTTTTTGACCAAAAATTTAAAA-AGATTCAACTTAAAATCAATAATG
126 TATTTTAACTAAAAATATAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAATTATA
** * * * *
79064 AGATTATAAAATC-ATTTAGAA-CAAGTAATAAGGCTTTGAAAGACGTGGGCGACCATAAA-CGA
1 AGATTATAAAA-CAATTTA-AAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAG-
* * * * * * ** *
79126 AATTTT-TTGCCAATGAATCACGTTCTT-TTCATGTTTTTTAAGGTAAACACTCAATTAAAATCT
63 ACTTTTCTTGCTAATGAATCATGTT-TTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCT
* * *
79189 ACTTTAACTAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
127 ATTTTAACTAAAAATAT-AAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTAT-A
* * * * * *
79236 A-ATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGTA-A-GGGTGACTATAAATGGA
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TGAAAG-ACATGGGTGACTATAAATAGA
* * * ** * * * * * *
79298 CTTTTCTTGCCAATAAAT-A-GCTTTTTTTCATATTTCCTAAG-CTAGACATTCAAATATAATCC
64 CTTTTCTTGCTAATGAATCATG-TTTTCTTCACGTTTCTTGAGAC-AAACACTCAATTATAATCT
* ** *
79360 ATTTTAACTAAAAACATATAAA-AATTTGACTTAAAATAAATTATGA
127 ATTTTAACTAAAAATATA-AAAGAATTCAACTTAAAATTAATTAT-A
* * * * *
79406 A-TTTATAAAACTATTTAAAGAT-AGTAATAAGG-TTTCCAAAG-CTATGGGTGACTACAAATTG
1 AGATTATAAAACAATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGAC-ATGGGTGACTATAAATAG
* ** * * * * * * *
79467 ATTTTTCTTGCCCATGAATGACTGTTTTGC-T-ATGTTTCTTGACG-TAGACATTGAATTTTAAT
63 ACTTTTCTTGCTAATGAATCA-TGTTTT-CTTCACGTTTCTTGA-GACAAACACTCAATTATAAT
* ** * * * * *
79529 TTGGTTTAA-TCAAAACTGTAAAATG-ATTCAACTTAAAATCAATAATG
125 CTATTTTAACT-AAAAATATAAAA-GAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* ********** * * *
79576 AGATTATAAAACCANNNNNNNNNNGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * * *
79641 TTTCCTGCCAATGAA-CAACT-TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGA-AAA-AATACAATTACAATCT
66 TTTCTTGCTAATGAATC-A-TGTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GACAAACACT-CAATTATAATCT
* * * * *
79702 GTTTTACCTGAAAAAGTA-AAAA-AAATCAACTTAAAATCAATTATG
127 ATTTTAACT-AAAAA-TATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* ******************************
79747 AGATTATAAAACCA-TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTGACTATAAATAGACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * ** * * * *
79811 TTTCTTACCAATGAATGGC-T-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGAC-TTCCAAATATAATATA
66 TTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACT-CAATTATAATCTA
* * * *
79873 TTTTAA-TAAAAATATAGAAA-AAGT-ATTCTT-AAATTAATAATG
128 TTTTAACTAAAAATATA-AAAGAATTCA-ACTTAAAATTAATTATA
* * * * * * * * * *
79915 AGATCATAAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAAGCTTTAAAAGGCATGGGTGGCCATAAGTGGACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * ** ********** * *
79980 TTTCTTGCTAACGAAT-A-GCTTTTTCTTCATG-TTCTCTGAGGTAAACACNNNNNNNNNNTTTG
66 TTTCTTGCTAATGAATCATG--TTTTCTTCACGTTTCT-TGAGACAAACACTCAATTATAATCTA
* * * * *
80042 TTTTGACCAAAAATATAAAA-AGATTGAACTTAAAATCAATAATA
128 TTTTAACTAAAAATATAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAATTATA
** * * * *
80086 AGATTATAAAACTTTTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTGAAAGGA-ATGGGTGACCATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAA-GACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * * *
80150 -TTTCTTGCCAATGAATCATGTTGTCTTCATGTGTCTTGAGACAAACACTTATTTATGAA-CTGT
65 TTTTCTTGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTAT-AATCTAT
* * * * * *
80213 TTTAATTAAAAATGTAAAAAAAATAAACTTAAAATCAATTATA
129 TTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * *
80256 AGATTGTAAAACTATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGTAACACATGGGTGACTATAAAT-GTAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAG-AC
* * * * ** * *
80320 TTTCCTTGCCAATAAATCACGTTCACTTCATGTTTCTTGAGGCAAACACTCAATTATAATCTATT
65 TTTTCTTGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTATT
* * * * * *
80385 TTAACCAAAATTAAAAAAAAATT-AA-TTCAAAATCAATTATG
130 TTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTT-AAAATTAATTATA
* * ** * * * * **
80426 AGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAACGGAC-
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * * ** * *
80490 TTTCTTACTAATGAATGGAT-TTTTCCTTC-CGTTTCCTAAGGTAAACATTCAAATATAATCTAT
66 TTTCTTGCTAATGAAT-CATGTTTT-CTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTAT
* ** * * *
80553 TTTAAAC-AAAAATACAAAA-ATATTTGACTTAAAATCAACTATG
129 TTT-AACTAAAAATATAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAATTATA
* ** ** ** ** * *
80596 AGATTATAAAACCATTTATGGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGTATGAGTGACTACAAATAGACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * ** * ** * * *
80661 TTTTTTGCCAATGATTGGTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTGAATT-TAAATCTATT
66 TTTCTTGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTAT-AATCTATT
* * * * *
80725 TTAA-TCAAAATTATAGAAA-AATTCAGCATAAAATCAATTATG
130 TTAACT-AAAAATATA-AAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* ********** * * *
80767 AGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGANNNNNNNNNNTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAA-CAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * * * * * *
80831 TTTTTTTGCCAATAAATGACT-TTTTCATCACGTTTCCTGAGACAAACATTCAGTTTTAATATAT
65 TTTTCTTGCTAATGAATCA-TGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTAT
* * * * * *
80895 TTTAA-TCAAAACATAAAAAAAGTCAA-TCTAAAATCAATTAGA
129 TTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACT-TAAAATTAATTATA
* ** * * * * ** *
80937 AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTCCG-AAGGCATGGGTGATTGGAAATGGA-
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT-TGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * * * * * *
81000 TGTTTCTTACCAATGGATGGAT-TTTGCATCATGTTT-TTCGA-ATCAGACATTGGAATT-TAAT
65 T-TTTCTTGCTAATGAAT-CATGTTTTCTTCACGTTTCTT-GAGA-CAAACACT-CAATTATAAT
* * *
81061 ATATTTTAA-TGAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATTAATTATG
125 CTATTTTAACT-AAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * * * *
81107 AGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGCAATAAGGCTTTGGAAGGCAAGGATGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * * *
81172 TTTCTT-ATCAATGAATGACT-TTTGCTTCATGTTT-TTCAAGGA-AAACACTCAATTATAATCT
66 TTTCTTGCT-AATGAATCA-TGTTTTCTTCACGTTTCTT-GA-GACAAACACTCAATTATAATCT
* * * * * * * *
81233 GTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTCAAAATCAATAATG
127 ATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
** * ** *
81278 AGATTATAAAATC-ATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTCG-AAGGTATGGGTGACTATAAATGGA
1 AGATTATAAAA-CAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGACATGGGTGACTATAAATAGA
* * * * *** * * *
81341 CTTTTTTTTCCAATGAAT--TGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTC-AACACTCAATTCTAATT
64 CTTTTCTTGCTAATGAATCAT-G-TTTTCTTCACGTTTCTTGA-GACAAACACTCAATTATAATC
* * * * ** * * * *
81403 TGTTTTGACCAAACAGGTAAAACAATT-TACTTAAAATTATTTATG
126 TATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
** * * ** ** *
81448 AGATTATAAAATC-ATTTAAAGCAAATAGTAAGGCTTTTG-AAGGGATACGTGACTACAAAT-GA
1 AGATTATAAAA-CAATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAG-
** ** * * * *
81510 ACTTTTCTTGCCGATGAATGGC-T-TTTTGATCACGTTTCTCGAGACCAACACTCAATTCTAATT
63 ACTTTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATC
* * * * * * * * *********
81573 TGTTTTGACCAGAGATGTAAAAAAATTTAACTTAAAANNNNNNNNN
126 TATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * * * *
81619 NGATTACAAAATC-ATTTAAAGCGTGTAATAAAGCTTT-AGAAGGCATGGGT-AGCCATACAT-G
1 AGATTATAAAA-CAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGA-AAGACATGGGTGA-CTATAAATAG
* * * * * * *
81680 AACTTTTCTTGCCAATGAGT--GGCTTTTCCTCACGTTT-TTGAAGATAAACAGTAAATTATAAT
63 -ACTTTTCTTGCTAATGAATCATG-TTTTCTTCACGTTTCTTG-AGACAAACACTCAATTATAAT
* * * ***********
81742 CTGTTTTGACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAANNNNNNNNNNG
125 CTATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * ** * *
81789 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTGCAAGGA-ATGCATGACCATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTG-AAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * * * * *
81853 -TTTCTTGCCAATAAATCACGTTCTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTATT
65 TTTTCTTGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTATT
* * * * *
81917 TTAACTAAAAATGTAAAGGAATTCAATTTAAAATCAATTACA
130 TTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * ** ** ** * *
81959 AGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAACAATAAGGCTTTCGAAAG-TTTGGATGACTATAAATGGAC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGACATGGGTGACTATAAATAGAC
* * * *** * * *
82023 TTTTCTTGTTAATGAATGGC-T-TTTCCTTC-TGTTTCCCAATG-TAAACATTCAAATATAA-CA
65 TTTTCTTGCTAATGAAT--CATGTTTTCTTCACGTTTCTTGA-GACAAACACTCAATTATAATC-
* *** *
82083 TGTTTTAA-TAAAAAATATAAATA-AATTTGCCTT-AAATTCAATTATG
126 TATTTTAACT-AAAAATATAAA-AGAATTCAACTTAAAATT-AATTATA
* * * * * * * ** *
82129 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAAGAAAGCTTTGGAAGCCACAGGTGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * *
82194 TTTCTTG-TCAATGAGAGGC-T-TTTT-TTCACGTTTCTTGAGATAAACAATAAATTATAATCTA
66 TTTCTTGCT-AATGA-A-TCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTA
* * * * * * * * *
82255 GTTTGACCAGAAATGTAAAA-AGATTCAACTCAAAATCAATAATG
128 TTTTAACTAAAAATATAAAAGA-ATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * *
82299 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGA-ATGGATGA-TCATAAATGGA
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAA-GACATGGGTGACT-ATAAATAGA
* * * * * * *
82362 C-TGTCTTGCCAATGAATCACGTTCTCTTCACG-TTCCTGAGGCAAACGCTCAATTATAATCTAT
64 CTTTTCTTGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTAT
* * * * * *
82425 GTTAACTTAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATG
129 TTTAAC-TAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * * * *
82469 AGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGCCATGGGTGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
********** * * *
82534 TNNNNNNNNNNTGAATCATGTTCTT-TTCATGTTTGTT-ATGGCAAACACTCAATTATAATCTAT
66 TTTCTTGCTAATGAATCATGTT-TTCTTCACGTTTCTTGA-GACAAACACTCAATTATAATCTAT
* * * * * *
82597 TTTAACTAAAACTGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATG
129 TTTAACTAAAAATAT-AAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
* * * *
82641 ATATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAA
82669 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 15071, Mismatches: 3958, Indels: 2053
0.71 0.19 0.10
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 16 0.00
166 84 0.01
167 102 0.01
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172 1105 0.07
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184 4 0.00
185 6 0.00
186 7 0.00
187 3 0.00
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189 9 0.00
190 10 0.00
191 22 0.00
192 16 0.00
193 4 0.00
194 5 0.00
196 1 0.00
197 1 0.00
198 5 0.00
199 7 0.00
200 20 0.00
201 17 0.00
202 9 0.00
203 2 0.00
204 5 0.00
205 9 0.00
206 4 0.00
207 2 0.00
208 9 0.00
209 6 0.00
211 2 0.00
213 3 0.00
214 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATGGGTGACTATAAATAGACT
TTTCTTGCTAATGAATCATGTTTTCTTCACGTTTCTTGAGACAAACACTCAATTATAATCTATTT
TAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATTAATTATA
Found at i:73644 original size:341 final size:331
Alignment explanation
Indices: 73297--73943 Score: 665
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 331
73287 AAGCAAGTAG
* * *
73297 TAAGGCTTCCGAAGGCATGAGTGACTACATATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTC
1 TAAGGCTTCCGAAGGCATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATAGCTTTTTCTTC
* * * * * *
73362 ATGTT-TCCCAAGGTC-AACACTCAATTCTAAT-TCGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAAATTAA
66 ATGTTCT-CCAAGG-CAAAAACTCAAATATAATCT-ATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTAA
********** * * * *
73424 ACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAACAAAGCTTTGGAAGGCGTGG
127 ACTTAATATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGTGTAACAAAGATTTGGAAGGCATAG
* * *
73489 GTGGCTATAAATGGACTTTTCTTACCAATG-TGACTTTTTCTTTACGTTTTTTAAGATAAACACT
192 GTGGCTATAAATGGACTTTGCTTACCAATGATGACTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGATAAACACT
73553 AAAGTATG-ATCTGTTATGACTAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTAT
257 AAAGTA-GAATCTGTTATGACTAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTAT
73617 AAANNNNNNNNNNGTGAATAA
321 AAA----------GTGAATAA
** * * * *
73638 TAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATAAATAGTTTTTTCTTC
1 TAAGGCTTCCGAAGGCATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATAGCTTTTTCTTC
* * * **
73703 ATGTTCTCCAAGGCAAAAAGTCAAATATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAGTTT
66 ATGTTCTCCAAGGCAAAAACTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTT
* * *
73768 AATATCAATTATGAGATCATAAGATCATTTAAAGCGTGTAATAAAGATTTGGAAGGCATAGGTGG
131 AATATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGTGTAACAAAGATTTGGAAGGCATAGGTGG
* * * * *
73833 CTATGAATGGAGTTTGCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGGTAAACACTAAA
196 CTATAAATGGACTTTGCTTACCAATG-ATGACTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGATAAACACTAAA
* * ** *
73898 TTAGAATCTGTTTTGGTTAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAAT
260 GTAGAATCTGTTATGACTAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAAT
73944 TCCTTATGAG
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 50, Indels: 11
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 83 0.33
341 93 0.37
342 74 0.30
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (331 bp):
TAAGGCTTCCGAAGGCATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATAGCTTTTTCTTC
ATGTTCTCCAAGGCAAAAACTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTT
AATATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCGTGTAACAAAGATTTGGAAGGCATAGGTGG
CTATAAATGGACTTTGCTTACCAATGATGACTTTTTCTTCACGTTTTCTAAGATAAACACTAAAG
TAGAATCTGTTATGACTAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAGT
GAATAA
Found at i:81139 original size:511 final size:500
Alignment explanation
Indices: 80299--82534 Score: 1057
Period size: 511 Copynumber: 4.4 Consensus size: 500
80289 CTTTGTAACA
* * * * *
80299 CATGGGTGACTATAAATGTACTTTCCTTGCCAATAAATCACGTTCACTTCATGTTTCTTGAGGCA
1 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATAAATCACGTTCACATCACGTTTCCTGAGACA
* * *
80364 AACACTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATTAAAAAAAAATTAATTCAAAATCAATTATGAGA
66 AACACTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATCAATTCAAAATCAATTATGAGA
* * * *
80429 TTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAACGGACTTTC
131 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGAGTGACTAGAAACGGACTTTC
* * * *
80494 TTACTAATGAATGGATTTTTCCTTCCGTTTCCTAAGGTAAACATTCAAATATAATCTATTTTAAA
196 TTACCAATGAATGGATTTTTCCATCCGTTTCCGAA-GTAAACATTCAAATATAATATATTTTAAA
* * ** *
80559 CAAAAATACAAAAATATTTGACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTATGGCAAGTAA
260 CAAAAATACAAAAATAATTAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAA
* * * * * ** *
80624 TAAGGCTTCCAAAGG-TATGAGTGACTACAAATAGACTTTTTTTGCCAATGATTGGTTTTTTCTT
325 TAAGGCTTCCAAAGGCAAGGA-TGACTACAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTT
* * * * * * *
80688 CACGTTTCTT-GAGGTAGACATTGAATT-TAAATCTATTTTAATCAAAATTATAGAAA-AATTCA
389 CACGTTT-TTCAAGGAAAACACTCAATTAT-AATCTATTTTAACCAAAAATATA-AAACAATTCA
* *
80750 GCAT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGANNNNNNNNNNTTTGGAAGG
451 AC-TCAAAATCAATAATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGA----------TTTGGAAGG
** * * **
80810 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAATAAATGACTTTTTCATCACGTTTCCTGAGACA
1 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATAAATCACGTTCACATCACGTTTCCTGAGACA
* * * * *
80875 AACATTCAGTTTTAATATATTTTAATCAAAACAT-AAAAAAAGTCAA-TCTAAAATCAATTA-GA
66 AACACTCAATTATAATATATTTTAACCAAAA-ATAAAAAAAAATCAATTC-AAAATCAATTATG-
* * * * * * *
80937 AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTCCGAAGGCATGGGTGATTGGAAATGGATG
128 AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGAGTGACTAGAAACGGA-C
* * * * * ** *
81002 TTTCTTACCAATGGATGGA-TTTTGCATCATGTTTTTCGAA-TCAGACATTGGAATTTAATATAT
192 TTTCTTACCAATGAATGGATTTTTCCATC-CG-TTTCCGAAGT-AAACATTCAAATATAATATAT
** * * *
81065 TTTAATGAAAAATATAAAAA-AATTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-
254 TTTAAACAAAAATACAAAAATAATTAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
*** * * *
81128 AGAGCAATAAGGCTTTGGAAGGCAAGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACTT
319 A-AGCAATAAGGCTTCCAAAGGCAAGGATGACTACAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTT
* * *
81193 TTGCTTCATGTTTTTCAAGGAAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAAT
383 TTGCTTCACGTTTTTCAAGGAAAACACTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAAT
*
81258 TCAACTCAAAATCAATAATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTCGAAGG
448 TCAACTCAAAATCAATAATGAGATTATAAAATCATTTAAAGC-----G--A---TTTGGAAGG
* ** * * ** ** * * ** *
81321 TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTCCAATGAAT-TGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGT
1 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATAAATCACG-TTCACATCACGTTTCCTGA-GA
* * * * * * * * * * *
81385 C-AACACTCAATTCTAATTTGTTTTGACCAAACAGGT-AAAACAATTTACTT-AAAATTATTTAT
64 CAAACACTCAATTATAATATATTTTAACCAAA-A-ATAAAAAAAAATCAATTCAAAATCAATTAT
* * * *** * * * *
81447 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAATAGTAAGGCTTTTGAAGGGAT-ACGTGACTACAAATGAA
127 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGA-GTGACTAGAAACGGA
* * * * * * * *
81511 CTTTTCTTGCCGATGAATGGCTTTTT-GATCACGTTTCTCG-AG-ACCAACACTCAATTCTAATT
191 C-TTTCTTACCAATGAATGGATTTTTCCATC-CGTTTC-CGAAGTA--AACATTCAAATATAATA
* * * * * ** ********** * *
81573 TGTTTTGACCAGAGATGTAAAAA-AATTTAACTTAAAANNNNNNNNNNGATTACAAAATCATTTA
251 TATTTTAAACAAAAATACAAAAATAA-TTAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * * * * * * *
81637 AAGCGTGTAATAAAGCTT-TAGAAGGCATGGGTAGCCATAC--AT-GAACTTTTCTTGCCAATGA
315 AAGCAAGCAATAAGGCTTCCA-AAGGCAAGGAT-GAC-TACAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGA
* * * * * * * * *
81698 GTGGCTTTT-CCTCACGTTTTTGAA-GATAAACAGTAAATTATAATCTGTTTTGACTAAAAATAT
376 ATGACTTTTGCTTCACGTTTTTCAAGGA-AAACACTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT
* * ********** *
81761 AAAAAAATTCAACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTT
440 AAAACAATTCAACTCAAAATCAATAATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCG-------A---TTT
*
81826 GCAAGG
495 GGAAGG
* ** * * * * * * *
81832 AATGCATGACCATAAATGGACTTT-CTTGCCAATAAATCACGTTCTCTTCATGTTTCTTAAGGCA
1 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATAAATCACGTTCACATCACGTTTCCTGAGACA
* * * ** * * **
81896 AACACTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAGGAATTCAATTTAAAATCAATTACAAG
66 AACACTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAAATCAATTCAAAATCAATTATGAG
* ** * ** * *
81961 ATTGTAAAACCATTTAAAGCAAACAATAAGGCTTTCGAAA-GTTTG-GATGACTATAAATGGACT
130 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTCCAAAGGCATGAG-TGACTAGAAACGGAC-
*** * * * * * *
82024 TTTCTTGTTAATGAATGG-CTTTTCCTTCTGTTTCCCAATGTAAACATTCAAATATAACATGTTT
192 TTTCTTACCAATGAATGGATTTTTCCATCCGTTTCCGAA-GTAAACATTCAAATATAATATATTT
* * ** * *
82088 TAATA-AAAAATATAAATAA-ATTTGCCTTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
256 TAA-ACAAAAATACAAA-AATAATTAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
** * * * *** * * * ** *
82151 GTGTAAGAAAGCTTTGGAAGCCACAGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAGA-GGCT
319 AAGCAATAAGGCTTCCAAAGGCA-AGGATGACTACAAATAGACTTTTCTTACCAATGA-ATGACT
* * * * * * * *
82214 TTT-TTTCACGTTTCTT-GA-GATAAACAATAAATTATAATCTAGTTTGACCAGAAATGTAAAA-
382 TTTGCTTCACGTTT-TTCAAGGA-AAACACTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAC
* *
82275 AGATTCAACTCAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAA
445 A-ATTCAACTCAAAATCAATAATGAGATTATAAAATCATTTAAAGC--G-----A---TTTGGAA
82340 GG
499 GG
* * * * * * *
82342 AATGGATGA-TCATAAATGGACTGT-CTTGCCAATGAATCACGTTCTCTTCACG-TTCCTGAGGC
1 CATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTCCTTGCCAATAAATCACGTTCACATCACGTTTCCTGAGAC
* * * * *
82404 AAACGCTCAATTATAATCTATGTTAACTTAAAAATGTAAAAAAAATCAACTT-AAAATCAATTAT
65 AAACACTCAATTATAATATATTTTAAC-CAAAAAT-AAAAAAAAATCAA-TTCAAAATCAATTAT
* ** * * * * * *
82468 GAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGCCATGGGTGACTATAAATGGAC
127 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGAGTGACTAGAAACGGAC
82533 TT
192 TT
82535 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1335, Mismatches: 317, Indels: 148
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
506 1 0.00
508 3 0.00
509 48 0.04
510 403 0.30
511 716 0.54
512 151 0.11
513 9 0.01
514 2 0.00
516 1 0.00
518 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (500 bp):
CATGGGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATAAATCACGTTCACATCACGTTTCCTGAGACA
AACACTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATCAATTCAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGAGTGACTAGAAACGGACTTTC
TTACCAATGAATGGATTTTTCCATCCGTTTCCGAAGTAAACATTCAAATATAATATATTTTAAAC
AAAAATACAAAAATAATTAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAAT
AAGGCTTCCAAAGGCAAGGATGACTACAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTGCTTCA
CGTTTTTCAAGGAAAACACTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTCA
AAATCAATAATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGATTTGGAAGG
Found at i:82618 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 77348--82668 Score: 820
Period size: 170 Copynumber: 31.2 Consensus size: 168
77338 NNNNNNNNNN
* * * *
77348 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TATGTAATAAAGCTTTGAAAG-ACATGGGTGA-CT
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAAGCTTTCAAAGCA-ATGGATGATC-
* * * ** * * * ** * *
77410 ATAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAGTGGCTTTTTCTTTAC-TTTGTTAGGGCTAAACACTAAAT
63 ATAAATGGAC-TGTCTTGCCAATGAATCACGTTCTCTTCACGTTCCTGA-GGC-AAACACTCAAT
* * * ** *** *
77474 TATAATCTGTTTTGACCAAAAAAATAAAAAGCTTTAACTTAAAAT
125 TATAATCTATTTT-AACTAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
* * * *
77519 CTATAATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGAAAGGC-AT-GAGTGACCA
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAA-GCAATGGA-TGATCA
* * * * * * *
77582 TAAATGGATTTTTTTGCCAATGAATCACATTCTTTTCATGCTTCTTGAGGCAAACACTCAATTAT
64 TAAATGGACTGTCTTGCCAATGAATCACGTTCTCTTCACG-TTCCTGAGGCAAACACTCAATTAT
* *
77647 AATCTACTTTAACTAAAAATGTAAAAAATATTCAACTTAAAAT
128 AATCTATTTTAACT-AAAATGTAAAAAA-AATCAACTTAAAAT
* * * **
77690 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGTA-GGAGTGA-CTA
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGCAATGGA-TGATC-A
* * * * * * * * *
77753 TAAATGGACTTTTTTTGCCAATGAAT-A-GATTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACATTAAAA
64 TAAATGGAC-TGTCTTGCCAATGAATCACG--TTCTCTTCACG-TTCCTGAGGCAAACACTCAAT
* * * * * **
77816 TATAATTTGTTTTAACTAAAAATATATAAAAATTTGACTTAAAAT
125 TATAATCTATTTTAACT-AAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
* * ** * * * *
77861 CAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGATAGTAATAAGGTTTTCAAAGGC-ATGGGTGA-CTG
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAA-GCAATGGATGATC-A
* * * ** * * * ** * * * * *
77924 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGATTTTTTCGTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTGAATTT
64 TAAATGGAC-TGTCTTGCCAATGAATCACGTTCTCTTCACG-TTCCTGAGGCAAACACTCAATTA
* * * * ** *
77989 TAATTTGTTTTAATCAAAAATATAAAAGGATTCAACTTAAAAT
127 TAATCTATTTTAA-CTAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
* ** * * **
78032 CAATAATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTGC-AGGGTATAGG-TGA-CT
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT-CAAAGCAAT-GGATGATC-
* * **** * * * * *
78094 ATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGAATGGTTTTTTCATCACGTTTCTTGAGGAAAATACTCAATT
63 ATAAATGGAC-TGTCTTGCCAATGAATCACGTTCTCTTCACG-TTCCTGAGGCAAACACTCAATT
* * * *
78159 ACAATATGTTTT-ACTTGAAAAAGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
126 ATAATCTATTTTAAC-T-AAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
* * * * * *
78203 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAAT-AAGACTTTGGAAAG-TATGGGTGATTA
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTT-CAAAGCAATGGATGATCA
* * * * ** ** * ** *
78266 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTCCCAAGGCATACTTTCAAATA
64 TAAATGGAC-TGTCTTGCCAATGAATCACGTTCTCTTCA-CGTTCCTGAGGCAAACACTCAATTA
* * * *
78331 TAATCTATTTCAATTAAAAATGTAGAAAAAGT-AAGCTTAAAAT
127 TAATCTATTTTAACT-AAAATGTAAAAAAAATCAA-CTTAAAAT
* * ** * * * * * *
78374 TAATAATGAGATCATAAAACCATTTAAAACGTGTAACAAAGTTTTGAAAGGC-ATGGATG-GCTA
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAA-GCAATGGATGATC-A
* * * ** * * * * * *
78437 TAAGTGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATCTTTCCTAAGGAAAACGCTCAATTA
64 TAAATGGAC-TGTCTTGCCAATGAATCACGTTCTCTTCA-CGTTCCTGAGGCAAACACTCAATTA
* * * * * * *
78502 AAATCTGCTTTGACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
127 TAATCT-ATTTTAACTAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
********** * * * * * * *
78545 CAATNNNNNNNNNNTAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTCTGAAGGC-ATGGGT-AACTA
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTT-TCAAAGCAATGGATGATC-A
* * * * * * ** * * * ** * *
78608 CAAATAGATATTTTTTTCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATCTCCTGAAACCAACACTCAATTT
64 TAAATGGA-CTGTCTTGCCAATGAATCACGTTCTCTTCACGT-TCCTGAGGCAAACACTCAATTA
* * * * * * * * * *
78673 TAATTTGTTTTGACCAAAAATATAATACAATTTAGCTTAAAAT
127 TAATCTATTTT-AACTAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
* ********** * * * * ** * * *
78716 CAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNAAGCAAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTTA-CTAC
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGCAATGGATGATC-AT
* * * * * * * *
78780 AAATGAACTTTTCTTACCAATGAA--AGGTTTTTCTTTACATTTCCT-AGGGCTAACACTCAATT
65 AAATGGAC-TGTCTTGCCAATGAATCACG-TTCTCTTCAC-GTTCCTGA-GGCAAACACTCAATT
* * * * * *
78842 CTAATTTATTTTGAGTAAAAATATAAAAAAAGTCAACTTAAAAT
126 ATAATCTATTTTAACT-AAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
* * ** * **
78886 CGATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGTA-TAATAAAGCTTTGGAAG-ACAT-GAGTGA-C
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAAGCTTTCAAAGCA-ATGGA-TGATC
* * * ** * * * ** ** *
78947 TATAAATGGATTTTCTTGCCAATGAGTGGCTTTTTCTTCACTTTTTTGTTGCTAAACACTAAATT
63 -ATAAATGGACTGTCTTGCCAATGAATCACGTTCTCTTCACGTTCCTGAGGC-AAACACTCAATT
* * * * * * *
79012 ATAATATTTTTTGACCAAAAATTTAAAAAGATTCAACTTAAAAT
126 ATAATCTATTTT-AACTAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
* * * * * * * ** *
79056 CAATAATGAGATTATAAAATCATTTAGAA-CAAGTAATAAGGCTTTGAAAG-ACGTGGGCGACCA
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGCA-ATGGATGATCA
* * * * * * * ** * * *
79119 TAAACGAAATTTTTTGCCAATGAATCACGTTCTTTTCATGTTTTTTAAGGTAAACACTCAATTAA
64 TAAATGGACTGTCTTGCCAATGAATCACGTTCTCTTCACG-TTCCTGAGGCAAACACTCAATTAT
* *
79184 AATCTACTTTAACTAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAAT
128 AATCTATTTTAACT-AAAATGTAAAAA-AAATCAACTTAAAAT
* * * * * * *
79227 TAATTATGAAATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGTAA-GGGTGA-CTA
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTC-AAAGCAATGGATGATC-A
* * * * ** * * * *
79290 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAAT-A-GCTTTTTTTCATATTTCCT-AAGCTAGACATTCAAA
64 TAAATGGAC-TGTCTTGCCAATGAATCACG-TTCTCTTCA-CGTTCCTGAGGC-AAACACTCAAT
* ** * * **
79352 TATAATCCATTTTAACTAAAAACATATAAAAATTTGACTTAAAAT
125 TATAATCTATTTTAACT-AAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
* * * ** * * *
79397 AAATTATGA-ATTTATAAAACTATTTAAAGATAGTAAT-AAGGTTTCCAAAGCTATGGGTGA-CT
1 CAATTATGAGA-TTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT-CAAAGCAATGGATGATC-
* * * * * * * * * * * * * *
79459 ACAAATTGATTTTTCTTGCCCATGAATGACTGTT-T-TGCTATGTTTCTTGACGTAGACATTGAA
63 ATAAATGGA-CTGTCTTGCCAATGAATCAC-GTTCTCTTC-ACG-TTCCTGAGGCAAACACTCAA
* * ** ** *
79522 TTTTAATTTGGTTTAA-TCAAAACTGTAAAATGATTCAACTTAAAAT
124 TTATAATCTATTTTAACT-AAAA-TGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
* * ********** * * *
79568 CAATAATGAGATTATAAAACCANNNNNNNNNNGTAATAAGGCTTTGGAAGGC-ATAGG-TGA-CT
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT-CAAAGCAAT-GGATGATC-
* * * * * * * * *
79630 ATAAATAGACTTTTCCTGCCAATGAA-CAACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGG-AAAAAATACAA
63 ATAAATGGAC-TGTCTTGCCAATGAATC-ACGTTCTCTTCACG-TTCCTGAGGCAAACACT-CAA
* * * *
79693 TTACAATCTGTTTTACCTGAAAAAGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
124 TTATAATCTATTTTAACT-AAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
* ******************************
79739 CAATTATGAGATTATAAAACCATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGG-TGA-CTAT
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGCAATGGATGATC-AT
* * * ** * * * * * * * * *
79802 AAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGACAGAC-TTCCAAATA
65 AAATGGAC-TGTCTTGCCAATGAATCACGTTCTCTTCACGTTCCT-GAGGCAAACACT-CAATTA
* * * * *
79866 TAATATATTTTAA-TAAAAATATAGAAAAAGT-ATTCTT-AAAT
127 TAATCTATTTTAACT-AAAATGTAAAAAAAATCA-ACTTAAAAT
* * ** * * * * **
79907 TAATAATGAGATCATAAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAAGCTTTAAAAGGC-ATGGGTGGCCAT
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAA-GCAATGGATGATCAT
* * * * * * * * *******
79971 AAGTGGACTTTTCTTGCTAACGAAT-AGCTTTTTCTTCATGTTCTCTGAGGTAAACACNNNNNNN
65 AAATGGAC-TGTCTTGCCAATGAATCA-CGTTCTCTTCACGTTC-CTGAGGCAAACACTCAATTA
*** * * * * * * * *
80035 NNNTTTGTTTTGACCAAAAATATAAAAAGATTGAACTTAAAAT
127 TAATCTATTTT-AACTAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
* * * ** * * * * * *
80078 CAATAATAAGATTATAAAACTTTTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTGAAAGGAATGGGTGACCATA
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGCAATGGATGATCATA
* * * * * * * *
80143 AATGGACTTTCTTGCCAATGAATCATGTTGTCTTCATGTGTCTTGAGACAAACACTTATTTATGA
66 AATGGACTGTCTTGCCAATGAATCACGTTCTCTTCACGT-TCCTGAGGCAAACACTCAATTAT-A
* * *
80208 A-CTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAAAAATAAACTTAAAAT
129 ATCTATTTTAACT-AAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
* * * * * ** *
80248 CAATTATAAGATTGTAAAACTATTCAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGTAA-CACATGGGTGA-CTA
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGCA-ATGGATGATC-A
* * * * * *
80311 TAAATGTACTTTCCTTGCCAATAAATCACGTTCACTTCATGTTTCTTGAGGCAAACACTCAATTA
64 TAAATGGACTGT-CTTGCCAATGAATCACGTTCTCTTCACG-TTCCTGAGGCAAACACTCAATTA
* *
80376 TAATCTATTTTAACCAAAAT-TAAAAAAAAATTAA-TTCAAAAT
127 TAATCTATTTTAACTAAAATGT-AAAAAAAATCAACTT-AAAAT
* *
80418 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCAAAGGC-AT-GAGTGA-CT
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAA-GCAATGGA-TGATC-
* * * * * * * * * * *
80480 ATAAACGGACTTTCTTACTAATGAATGGA-TTTTTCCTTC-CGTTTCCTAAGGTAAACATTCAAA
63 ATAAATGGACTGTCTTGCCAATGAAT-CACGTTCT-CTTCACG-TTCCTGAGGCAAACACTCAAT
* ** * * **
80543 TATAATCTATTTTAAACAAAAATACAAAAATATTTGACTTAAAAT
125 TATAATCTATTTT-AACTAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
* * ** * * * **
80588 CAACTATGAGATTATAAAACCATTTATGGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGTAT-GAGTGA-CTA
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGCAATGGA-TGATC-A
* * * * * **** * * * * * *
80651 CAAATAGACTTTTTTTGCCAATGATTGGTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTGAATT-
64 TAAATGGAC-TGTCTTGCCAATGAATCACGTTCTCTTCACG-TTCCTGAGGCAAACACTCAATTA
* * *
80715 TAAATCTATTTTAA-TCAAAAT-TATAGAAAAATTCAGCATAAAAT
127 T-AATCTATTTTAACT-AAAATGTA-A-AAAAAATCAACTTAAAAT
* * ********** * * *
80759 CAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGANNNNNNNNNNTTTGGAAGGC-ATGGGTGA-CTA
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT-CAAAGCAATGGATGATC-A
* * * * * * * * * * *
80822 TAAATGGACTTTTTTTGCCAATAAATGACTTTTTCATCACGTTTCCTGAGACAAACATTCAGTTT
64 TAAATGGAC-TGTCTTGCCAATGAATCACGTTCTCTTCACG-TTCCTGAGGCAAACACTCAATTA
* ** *
80887 TAATATATTTTAA-TCAAAACATAAAAAAAGTCAA-TCTAAAAT
127 TAATCTATTTTAACT-AAAATGTAAAAAAAATCAACT-TAAAAT
* * * * * * * **
80929 CAATTA-GAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTGATAAGGCTTCCGAAGGC-ATGGGTGATTG
1 CAATTATG-AGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTC-AAAGCAATGGATGATCA
* * * * * * * ** ** * * *
80992 GAAATGGA-TGTTTCTTACCAATGGAT--GGATTTTGCATCATGTTTTTCGAATCAGACATTGGA
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* * *
81054 ATT-TAATATATTTTAA-TGAAAA-ATATAAAAAAATTAACTTAAAAT
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* * * * * * *
81099 TAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGCAATAAGGCTTTGGAAGGCAA-GGATGA-CTA
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT-CAAAGCAATGGATGATC-A
* ** * * * ** * *
81162 TAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGAC-TTTTGCTTCATGTTTTTCAAGGAAAACACTCAATT
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* * * * *
81226 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTCAAAAT
126 ATAATCTATTTTAA-CTAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
* * * * * * * ** *
81270 CAATAATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGA-CTAT
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGCAATGGATGATC-AT
* * * ** * * **
81334 AAATGGACTTTTTTTTCCAATGAAT-TGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTC-AACACTCAATT
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* * * * * * * **
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126 ATAATCTATTTTAACTAAA-ATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
* * * * * * * * ** ** *
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1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGCAAT-GGATGATC-A
* * * * ** * * ** * * * *
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* * * * * * * *
81568 TAATTTGTTTTGACCAGAGATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAN
127 TAATCTATTTTAACTA-AAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
********* ** * * * *
81611 NNNNNNNNNGATTACAAAATCATTTAAAGCGTGTAATAAAGCTTT-AGAAGGC-ATGGGT-AGCC
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCA-AA-GCAATGGATGA-TC
* * * * ** * * ** ** * *
81673 ATACATGAACTTTTCTTGCCAATGAGTGGC-TTTTCCTCACGTTTTTGAAGATAAACAGTAAATT
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* * * * ***
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126 ATAATCTATTTTAACT-AAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
******* * * * * * *
81781 NNNNNNNGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTGC-AAGGAATGCATGACCAT
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT-CAAAGCAATGGATGATCAT
* * * * *
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** * *
81910 ATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAGGAATTCAATTTAAAAT
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** * ** * **
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1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTC-AAAGCAATGGATGATC-A
* ** ** * * ** * * * *
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64 TAAATGGAC-TGTCTTGCCAATGAATCACGTTCT-CTTCACG-TTCCTGAGGCAAACACTCAATT
* * * * *** *
82077 ATAA-CATGTTTTAA-TAAAAAATATAAATAAATTTGCCTTAAATT
126 ATAATC-TATTTTAACT--AAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
* * * **
82121 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAAGAAAGCTTTGGAAGCCACA-GG-TGA-CT
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAG-CA-ATGGATGATC-
* * * * * * * ** * *
82183 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATG-A-GAGGCTTTTTTTCACGTTTCTTGAGATAAACAATAAAT
63 ATAAATGGAC-TGTCTTGCCAATGAATCACG-TTCTCTTCACG-TTCCTGAGGCAAACACTCAAT
* * * * * *
82246 TATAATCTAGTTTGACCAGAAATGTAAAAAGATTCAACTCAAAAT
125 TATAATCTATTTTAACTA-AAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
* * * * *
82291 CAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGAATGGATGATCATA
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGCAATGGATGATCATA
*
82356 AATGGACTGTCTTGCCAATGAATCACGTTCTCTTCACGTTCCTGAGGCAAACGCTCAATTATAAT
66 AATGGACTGTCTTGCCAATGAATCACGTTCTCTTCACGTTCCTGAGGCAAACACTCAATTATAAT
*
82421 CTATGTTAACTTAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
131 CTATTTTAAC-T-AAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
* * *
82461 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTCAAAGCCATGGGTGA-CTAT
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGCAATGGATGATC-AT
******** * * * ** *
82525 AAATGGACT-TNNNNNNNNNNTGAATCATGTTCTTTTCATGTTTGTTATGGCAAACACTCAATTA
65 AAATGGACTGT--CTTGCCAATGAATCACGTTCTCTTCACGTTCCTGA-GGCAAACACTCAATTA
*
82589 TAATCTATTTTAACTAAAACTGTAAAAAAAATTGAACTTAAAAT
127 TAATCTATTTTAACTAAAA-TGTAAAAAAAA-TCAACTTAAAAT
* *
82633 CAATTATGATATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
1 CAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
82669 NNNNNNNNNN
Statistics
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AATGGACTGTCTTGCCAATGAATCACGTTCTCTTCACGTTCCTGAGGCAAACACTCAATTATAAT
CTATTTTAACTAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAAT
Found at i:83486 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 83168--83858 Score: 522
Period size: 170 Copynumber: 3.9 Consensus size: 180
83158 TTTGGAAGGC
* * * *
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1 ATGGATGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATAAATATGCTCTCTTCAAGTTTCTTAAGGCAAA
* **
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*
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* *
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** *
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* * ****
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****** * * * * * * * *
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1 ATGGATGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATAAATATGC--TCT-CT-TCAAGTTTCTTAAGG
* * * * * * * * *
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62 CAAACACTGAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATA
* * * * * *
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* * * * * *
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1 ATGGATGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATAAAT-ATGCTCTCTTCAAGTTTCTTAAGGCAA
* * * * * *
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* *
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83859 TATGGGTGAC
Statistics
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0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (180 bp):
ATGGATGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATAAATATGCTCTCTTCAAGTTTCTTAAGGCAAA
CACTGAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATACGAT
TGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTTGGATAGT
Found at i:84521 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 82796--85395 Score: 628
Period size: 171 Copynumber: 15.1 Consensus size: 171
82786 AAAATTTAAC
* ** * * * * *
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** * * ** *** *
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* *
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* *********** ** * * * *
82967 TTAAAGCGAGTA-ANNNNNNNNNNGAAGGCAT-AGGTGACTATAAATAGACTTTTCGTACCAATG
1 TTAAAGCAAGTAGTTAAGGCTTTAGAACACATGA-GTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * * * *
83030 AATAGCTTTTTCTTCACGTTTCTTA-AGGAAAAAACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATA
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* * * *
83094 GAAAAACAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGCTTATAAAACCAT
128 GTAAAA-AATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
** ********** * ** * * * *
83139 TTAAAGTGA-NNNNNNNNNNTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCCAATAA
1 TTAAAGCAAGTAGTTAAGGCTTTAGAACACATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
** * * ** * * * * * * * *
83203 ATATGTTCTT-TTCAAGTTTCTTGAGGCAAACACTGAATTATAATCTATTTTAATCAAAAGTATA
66 ATAACTTTTTCTTCATGTTTCCAGAGGTAAACACTCAATTAAAATTTGTTTTGATCAAAAATGTA
** * *
83267 AAACAATTCTGCTTAAAATCAATTAT-ACGATTGTAAAACCAT
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* * * ** *
83309 TTAAAGTAAGTA-ATAAGGCTTTCGAAGGCTTTGGATAGTATGGATGACT-CTAAATGGACTTCT
1 TTAAAGCAAGTAGTTAAGGCTTTAGAA--C---ACAT-G-A--G-TGACTAC-AAATGGACTTTT
* * * * * * *
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* * *
83433 TTAATCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTTAAAACCAT
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* * * ********** * * *
83489 TTCAAGCAAGTA-ATAAGGCTTTCGANNNNNNNNNNGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGA
1 TTAAAGCAAGTAGTTAAGGCTTTAGAACACATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
** * * * ** * * * * *
83553 ATGGCTTTTTCCTC-TCGATTTCCA-AGGTAAACATTCAAATATTATCTATTTT-AACTAAAATA
66 ATAACTTTTTCTTCAT-G-TTTCCAGAGGTAAACACTCAATTAAAATTTGTTTTGATCAAAAATG
* * * * *
83615 TAAAAGAATTCACCTTAAAATCAAATATAAGCTTATAAAACCAT
129 TAAAA-AATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * *
83659 TTGAAGCGAGTA-ATAAGGCTTTGGAAGGA-ATG-GATGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAAT
1 TTAAAGCAAGTAGTTAAGGCTTTAGAA-CACATGAG-TGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * ** * * * * * * *
83721 GAATCA-TGTTCTCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACACTCAATTACAATCTATTTTAATAAAAAAG
64 GAATAACT-TTTTCTTCATGTTTCCAGAGGTAAACACTCAATTAAAATTTGTTTTGATCAAAAAT
* * * *
83785 GTAAAAAAAATTCGAGTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCAT
128 GT--AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * *** * * * *
83831 TTCAAGCAAGTA-ATATGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCTATGA
1 TTAAAGCAAGTAGTTAAGGCTTTAGAACACATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * * * * * * *
83895 ATAGCATTTTCTTTATGTGTCCTA-AGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATAT
66 ATAACTTTTTCTTCATGTTTCC-AGAGGTAAACACTCAATTAAAATTTGTTTTGA-TCAAAA-AT
* **** * * *
83959 AATAAAAAATTTGGTTTAAAATCAATTATAAGATTATAAACCCAT
128 -GTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * ** * **********
84004 TTAAAG-ATAGCA-ATAAGGCTTCCA-AAGGCATGGGTGACTANNNNNNNNNNTTTCTTGCCAAT
1 TTAAAGCA-AGTAGTTAAGGCTT-TAGAACACATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * ** * * ** *
84066 GAATCACTTTTTCATCATGTTTCTTGAGGTAAACATTGAATTTTAATTTGTTTTAATCAAAAATG
64 GAATAACTTTTTCTTCATGTTTCCAGAGGTAAACACTCAATTAAAATTTGTTTTGATCAAAAATG
*
84131 TAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATAATAAAACCAT
129 T-AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
********** ** * *
84175 TT-AANNNNNNNNNNAAGGCTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATTA
1 TTAAAGCAAGTAGTTAAGGCTTTAGAACACATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * ** * * * *
84239 ATGACTTTTTATTCATATTTCCCTA-GAAAGACGCTCAATTAAAATTTGTTTTGACCAAAAATAT
66 ATAACTTTTTCTTCATGTTTCCAGAGGTAA-ACACTCAATTAAAATTTGTTTTGATCAAAAATGT
* * * *
84303 AAAAAAGTTTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCAT
130 AAAAAA-TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * *
84346 TTAAAGCAAGTAGTTAA-GCTTTCGAACACATG-GATGACTCCAAATGGACTTTTCTTGCTAATG
1 TTAAAGCAAGTAGTTAAGGCTTTAGAACACATGAG-TGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* **
84409 AATAACTTTTTCTTCATGTTTCCAGAGGTCAACACTCAATTCCAATTTGTTTTGATCAAAAATGT
65 AATAACTTTTTCTTCATGTTTCCAGAGGTAAACACTCAATTAAAATTTGTTTTGATCAAAAATGT
* * *
84474 AAAACAATTGAACTTAAAATTATTTATGAGATTGTAAAACCAT
130 AAAA-AATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
** * * ********** * * * * * *
84517 TTAAAGCGTGTA-ATAAAGCTTNNNNNNNNNNGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGG
1 TTAAAGCAAGTAGTTAAGGCTTTAGAACACATGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
** * * *** ** * * * *
84581 ATGGCTTTGTCTTCACGTTTTTTGACCTAAACACTAAACT-ATATTCTGTCTTGA-CAAAAAATG
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* * * *
84644 TAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGTGATTATAAAACTAT
129 TAAAAA-ATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * * *
84688 TTAAAACGAGTA-ATAAGGCTCT-GAA-AGGCATGGGTGACCATAAATGGACTTTCTTACTTACC
1 TTAAAGCAAGTAGTTAAGGCTTTAGAACA--CATGAGTGACTACAAATGGAC-TT-TT-CTTGCC
* * * * * * * *
84750 AATGAATCA-TGTTCTCTTCATGTTTCTTCA-A-GTAGACAATCAATTATAATCTATTTT-AACT
61 AATGAATAACT-TTTTCTTCATGTTTC--CAGAGGTAAACACTCAATTAAAATTTGTTTTGATC-
* * **********
84811 AAAAATGTAAAACTATTCAACTTAAAATCAATTATGAGANNNNNNNNNNAT
122 AAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * ** * * * **
84862 TTAAATCGAGTA-ATAAGGCTTTCGAAGGCGTCGA-TGACGATAAATGGACTTTTCTTATCAATG
1 TTAAAGCAAGTAGTTAAGGCTTTAGAACACAT-GAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * * *
84925 AAT-AGTATTTTCTTCATGTTTCCTA-AGGTAGACATTGAAATATAATCTGTTTT-AACAAAAAA
65 AATAACT-TTTTCTTCATGTTTCC-AGAGGTAAACACTCAATTAAAATTTGTTTTGATC-AAAAA
* * ********** *
84987 TATAAAAAAAATT-GACTTAANNNNNNNNNNGAGATTATAAAATCAT
127 TGT--AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * *** * *
85033 TTAAGGCAAGTA-ATAAGGCTTTGGAAGGTAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATG
1 TTAAAGCAAGTAGTTAAGGCTTTAGAACACATGA-GTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * *
85096 AA-AGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-GAGGCAAA-ACTCAATTATAATCTGTTTT-ACCCAAAAA
65 AATA-ACTTTTTCTTCATGTTTC-CAGAGGTAAACACTCAATTAAAATTTGTTTTGA-TCAAAAA
* * * *
85157 TAGAAAATAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGCTTATAAAACCAT
127 T-GTAAA-AAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * ** * *
85204 TTAAAACGAGTA-ATAAGGCTTT-GCAAGGCATGAGTGA-TCATAAATGGAC-TTTCTTGCTAAT
1 TTAAAGCAAGTAGTTAAGGCTTTAG-AACACATGAGTGACT-ACAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * * *
85265 GAATCA-TGTTCTT-TTCATGTTTCTTA-AGGCAAACACTCAATTATAATCTATTTT-AACTAAA
64 GAATAACT-TT-TTCTTCATGTTTC-CAGAGGTAAACACTCAATTAAAATTTGTTTTGATC-AAA
* *
85326 AATGTCAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCAT
125 AATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
* *
85374 TTAAAGCGAGTA-ATAAGGCTTT
1 TTAAAGCAAGTAGTTAAGGCTTT
85396 GGAAGGTATG
Statistics
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ATAACTTTTTCTTCATGTTTCCAGAGGTAAACACTCAATTAAAATTTGTTTTGATCAAAAATGTA
AAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAT
Found at i:85825 original size:170 final size:170
Alignment explanation
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85505 AAAATTCAAC
* * * * * *
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1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * * *** * * *
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* *
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** * * * * *
85685 TTAAAAAGTGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAG
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * ** *
85750 TGACTCTTTCTTCAAGTTTTTCATGATAAACACTAAAGTATAATCCATTTTGACCAAATATGT-A
66 TGACTTTTTCTTCATGTTTTTCA-GATAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAA
* *
85814 AAAGATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTAT
130 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
* *
85855 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * **
85920 TGAC-TTTTCTTCATGTTTTCCA-ACCAAA-ATGCTCAATTATAATCTGTTTTGATTAAAAATGT
66 TGACTTTTTCTTCATGTTTTTCAGA-TAAACA--CTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGT
* * * *
85982 -AAAAAATTGAACTCAAAATTAATAATGAGATTATAAAA-TCAT
128 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-AT
* ** * * * * *
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1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* ** * * ** * * * * * *
86089 TTG-GTTTTTCTTCACATTTCCTGAGACCAACACTTAATTCTAATTTGTTTTAACCAAACAGGTA
66 -TGACTTTTTCTTCATGTTT-TTCAGATAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTA
* * * * *
86153 AAAACATTTAGCTTAAAATTATTTATGAGATTATAAAA-TCAT
129 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-AT
* * * * * * * ** * * **
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1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* ** * ** * * *
86260 TGGCTTTTTGATCATGTTTCTCGAGACCAACACTCAATTCTAATTTGTTTTGACCAGAAATGTAA
66 TGACTTTTTCTTCATGTTTTTC-AGATAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAA
*
86325 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
130 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
* * * * * * * * *
86366 TTAAAGCGTGTAATAAAGCTTTAGAAGGCATGGGTGGCCATACATGGACTTCTCTTGTCAATGAG
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * * * * *
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66 TGA-CTTTTTCT-TCATGTTTTTCAGATAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTA
* * * *
86494 AAAAGATTCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATACAACTAT
129 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
* * * *
86536 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGAATGGGTGACCATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATAAA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * * * ** * * * *
86600 TCACGTTCTATTTATGTTTTTTGAGGCAAACACTCAATTATAATCTATTGTAACTAAAAATGTAA
66 TGACTTTTTCTTCATG-TTTTTCAGATAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAA
* ** *
86665 AACAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTGTAAAACTAT
130 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
* * * **
86706 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * ** * * * * * * ** *
86771 TGGCTTTTTCCTCCTGTTTCCCAAGGTAAGCATTCAACTATAACCTGTTTTAATAAAAAATATAA
66 TGACTTTTTCTTCATGTTTTTC-AGATAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAA
** * *
86836 AAAAATTTGACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCAT
130 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
** *** * * * *
86877 TTAAAGATAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGGGCGACTACAAATGCACTTTTCTTGTCAATGAA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * ** * * * * **
86942 TGGCTTTTTCATCATGTTTCTTAAGGTCGACATTGAATTTTAATCTGTTTTAATAAAAAATGT-A
66 TGACTTTTTCTTCATGTTT-TTCAGATAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAA
* *
87006 AAAAATGTTAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
130 AAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
* * * * * * * ** *
87047 TTAAAGCGTGTAAGAAAGCTTTGAAAGGCACGGGTGACTATAAATGAATTTTTCTTATCAATGAG
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * * * *
87112 TGGC-TTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAAAAAATAAATTATAATATGGTTTGACCAAAAATGTAA
66 TGACTTTTTCTTCATGTTT-TTCAGATAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAA
* * * * *
87176 AAAGATTCAACGTAAAATCAATAATGAGATTATAAAGCCAT
130 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
* * * *
87217 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGAATGGATGACCATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGAA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * ** * * * * *
87281 TCACATTCTT-TTCACGTTTCTTGAGCCAAACACTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATA
66 TGAC-TTTTTCTTCATGTTT-TTCAGATAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTA
* *********** *
87345 AAAGAATTCAACTTAAAATCAATTANNNNNNNNNNNAACCAT
129 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
* * *** *
87387 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATGGA-TTTCTCTTGATGATAA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCCAATGA
* ** * * * *
87451 ATCA-TGTTCTT-TTCATGTTTCTGGAGGA-AAACACTCTATTATAATCTCTTTTAACTAAAAAT
65 ATGACT-TT-TTCTTCATGTTT-TTCA-GATAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAAT
**********
87513 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNACTAT
126 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
* * * * * * *
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1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
87623 T
66 T
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Statistics
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0.78 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.34
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TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA
TGACTTTTTCTTCATGTTTTTCAGATAAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAA
AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
Found at i:86681 original size:511 final size:506
Alignment explanation
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Period size: 511 Copynumber: 5.2 Consensus size: 506
85505 AAAATTCAAC
* * * * *
85515 TTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTCG-AA-GACATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCTAATG
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATA
* * * * * * *
85578 AAT-GGCTTTTTCCTCACGTTT-CTAAGGCCAACACTCAATTGTAATTTGTTTTGACCAAACATG
64 AATACG-TTTATCTTCACATTTCCTGAGGCCAACACTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAACATG
* *
85641 TAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATCAGATTATAAAACTATTTAAAA-AGTGTAATAAAGCT
128 T-AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAACA-AGTAATAAAGCT
* * * * * * * * * *
85705 TTGGAAGGCATGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAGTGACTCTTTCTTCAAGTTTT
191 TTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCATCATGTTTC
* * * ** * * *
85770 TCATGATAAACACTAAAGTATAATCCATTTTGACCAAATATGT-AAAAGATTCAACTTAAAATTA
256 TCA-GACAAACACTCAACTATAATCTGTTTTGACCAAA-ATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* *
85834 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGAG-TATAA
319 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTG-GCTATAA
** * * * *** *
85898 ATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTCTTCATGTTT-TCCAACCA-AAATGCTCAATTATA
383 ATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG-CTTTTCATCATGTTTCT-TAA-GATAAACAATAAATTATA
* * * *
85961 ATCTGTTTTGATTAAAAATGTAAAAAATTGAACTCAAAATTAATAATGAGATTATAAAATCAT
445 ATCTGTTTTGAATAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAACT-AT
* ** * * * * *
86024 TTAAAGCAAGTTGTAAGGCTTTCG-AAGGTATGGGTGACTACAAATGGACTTTTTTTGTCAATGA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAA
** * * * * *
86088 ATTGGTTTTTCTTCACATTTCCTGAGACCAACACTTAATTCTAATTTGTTTTAACCAAACAGGTA
65 ATACGTTTATCTTCACATTTCCTGAGGCCAACACTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAACATGTA
* * * * * *
86153 AAAACATTTAGCTTAAAATTATTTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAACAAATAGTAAAGCTTT
130 AAAA-ATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACT-ATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTT
* * * * * *
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193 CGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCATCATGTTTCTC
* * * *
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258 -AGACAAACACTCAACTATAATCTGTTTTGACCA-AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * *
86347 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAAAGCTTTAGAAGGCATGGGTGGCCATACATG
321 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGGCTATAAATG
* * * ** *
86412 GACTTCTCTTGTCAATGAGTAGCTTTTCCTCACATTTCTTGAGATAAACAATAAATTATAATCTG
386 GACTTTTCTTGTCAATGAAT-GCTTTTCATCATGTTTCTTAAGATAAACAATAAATTATAATCTG
* *
86477 TTTTGACTAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATACAACTAT
450 TTTTGAATAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATA-AACTAT
*
86536 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGAATGGGTGACCATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATAAA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAA
** ** * * * * * *
86600 TCACGTTCTAT-TT-ATGTTTTTTGAGGCAAACACTCAATTATAATCTATTGTAACTAAAAATGT
66 T-ACGTT-TATCTTCACATTTCCTGAGGCCAACACTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAACATGT
* * * * * *
86663 AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
129 AAAA-AATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTT
* * * * * * *
86728 CGAAGGTATTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTTCCTCCTGTTTCCC
193 CGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCATCATGTTTCTC
** * * * * ** * *
86793 AAGGTAAGCATTCAACTATAACCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTGACTTAAAATCAAT
258 -AGACAAACACTCAACTATAATCTGTTTTGA-CCAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * * * * * *
86858 TATAAGATTATAAAACCATTTAAAG-ATAGTAATAAGGCTTCCA-AAGGCATGGGCGACTACAAA
321 TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGT-GTAATAAGGCTT-TAGAAGGCATGGGTGGCTATAAA
* * ** * * *
86921 TGCACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCATCATGTTTCTTAAGGTCGACATTGAATTTTAAT
384 TGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GC-TTTTCATCATGTTTCTTAAGATAAACAATAAATTATAAT
* * * *
86986 CTGTTTT-AATAAAAAATGTAAAAAATGTTAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
447 CTGTTTTGAAT-AAAAATGTAAAAAAT-TCAACTTAAAATTAATAATGAGATTAT-AAACTAT
* * * * * * * ** * *
87047 TTAAAGCGTGTAAGAAAGCTTTGAAAGGCACGGGTGACTATAAATGAATTTTTCTTATCAATGAG
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAA
* ** * *** * * * * * * *
87112 T-GGCTTT-TCTTCATGTTTCTTGAGATAAAAAATAAATTATAATATGGTTTGACCAAAAATGTA
66 TACG-TTTATCTTCACATTTCCTGAGGCCAACACTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAACATGTA
* * * * * * * * *
87175 AAAAGATTCAACGTAAAATCAATAATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-
130 AAAA-ATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTTC
* * * * ** *
87239 GAAAGGAAT-GGATGACCATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATCACATTCTTT--TCACGTTT
194 G-AAGGCATAGG-TGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGC-TT-TTTCATCATGTTT
* * * * * * * * * *
87300 CTTGAGCCAAACACTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATC
255 C-TCAGACAAACACTCAACTATAATCTGTTTTGAC-CAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATC
*********** * * * * *
87365 AATTANNNNNNNNNNNAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAA
318 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGGCTATAA
* * ** * * * **
87430 ATGGA-TTTCTCTTGAT-GATAAAT-CATGTTCTTTTCATGTTTCTGGAGGA-AAACACTCTATT
383 ATGGACTTT-TCTTG-TCAATGAATGC-T-TT-TCATCATGTTTCT-TAAGATAAACAATAAATT
* * * *********
87491 ATAATCTCTTTT-AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGNNNNNNNNNNAC
442 ATAATCTGTTTTGAA-TAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATTAATAATG-AGATTATAAAC
87555 TAT
504 TAT
* * * * * * * * *
87558 TTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGGAAGGTATGGATGACTCTAAATCGAATTCTCTTGCCAATGAA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAA
* * ** * * *
87623 T-CATGCTCCCTTCA-AGTTT-TTGGAGGCGAACACTCTATTATAA-TTG------------AT-
66 TACGT-TTATCTTCACA-TTTCCT-GAGGCCAACACTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAACATG
* * * *
87671 T------TT-AGC-TAAAATGTAA--A-AAAATT-T--AAC---TTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
128 TAAAAAATTCAACTTAAAAT-TAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAAGCTT
* * * * * ** * *
87719 CCGAAGGCATGGGTGACTACAAATAAACTTTTCTTG-TCAATAAATGATTTTTTTCCTCACGTTT
192 TCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCT-AATGAATG-GCTTTTTCATCATGTTT
* * * * * * * *
87783 CCCAAGGTC-AACACTTAA-TCGTAATTTGTTTTGACTAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAATA
255 CTC-A-GACAAACACTCAACT-ATAATCTGTTTTGAC-CAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAA
* * * * *
87846 TCAATAATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAAGGCATAGGTGACT
316 TCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTAG-AAGGCATGGGTGGCT
* * * * * * *
87909 ATATATGGACTTTTCGTGCCAATGAATAGCTTTTTCTTTACGTTTCTTAAGGA-AAA-AACTCAA
379 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAT-GC-TTTTCATCATGTTTCTTAA-GATAAACAA-TAAA
* *
87972 TTATAATCTGTTTT-AACTAAAAATAGAAAAATAATTCAACTTAAAATCAA-ATATGA-ACTTAT
440 TTATAATCTGTTTTGAA-TAAAAAT-GTAAAA-AATTCAACTTAAAATTAATA-ATGAGA-TTAT
88034 AAAACTAT
500 -AAACTAT
** * * *
88042 TTAAAGTTAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAA
1 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAA
* * *
88107 TCATGTTCT-T-TTCA-AGTTTCTTGAGGCAAACACTCAATT
66 T-ACGTT-TATCTTCACA-TTTCCTGAGGCCAACACTCAATT
88146 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1663, Mismatches: 378, Indels: 187
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
481 40 0.02
482 25 0.02
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485 4 0.00
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513 5 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (506 bp):
TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAA
TACGTTTATCTTCACATTTCCTGAGGCCAACACTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAACATGTAA
AAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTTCGA
AGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCATCATGTTTCTCAGA
CAAACACTCAACTATAATCTGTTTTGACCAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTT
TTCTTGTCAATGAATGCTTTTCATCATGTTTCTTAAGATAAACAATAAATTATAATCTGTTTTGA
ATAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAACTAT
Found at i:87520 original size:681 final size:671
Alignment explanation
Indices: 85515--87541 Score: 2213
Period size: 681 Copynumber: 3.0 Consensus size: 671
85505 AAAATTCAAC
*
85515 TTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTCGAAGACATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAA
1 TTAAAG-AAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTACAAAT-GACTTTTCTTGCTAATGAA
* * * *
85580 TGGCTTTTTCCTCACGTTTC-TAAGGCCAACACTCAATTGTAATTTGTTTTGACCAAACATGTAA
64 TGGCTTTTTCATCATGTTTCTTAAGGCCAACACTCAATTCTAATTTGTTTTGACCAAAAATGTAA
* * * ** *
85644 AAAAATTCAACTTAAAATTAATTATCAGATTATAAAACTATTTAAAAAGTGTAATAAAGCTTTGG
129 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAAAGCTTTGA
* * *
85709 AAGGCATGGGTGGCTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATGAGTGACTCTTTCTTCAAGTTT-TTC
194 AAGGCATGGGTGGCTATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGAGTGGCT-TTTCTTCAAGTTTCTTG
* * *
85772 ATGATAAACACTAAAGTATAATCCAT-TTTGACCAAATATGT-AAAAGATTCAACTTAAAATTAA
257 A-GATAAACAATAAATTATAAT--ATGTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATTAA
* * * **
85835 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGAGTATAAAT
319 TAATGAGATTAT-AAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGAATGGGTGACCATAAAT
* * ** *
85900 GGACTTTTCTTACCAATGAATGACTT-TTCTTCATGTTTTCCAACCAAA-ATGCTCAATTATAAT
383 GGAC-TTTCTTGCCAATGAATCACTTCTT-TTCATGTTTTTGAGCCAAACA--CTCAATTATAAT
* * * * * * * ** *
85963 CTGTTTTGATTAAAAATGTAAAAAATTGAACTCAAAATTAATAATGAGATTATAAAATCATTTAA
444 CTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * *
86028 AGCAAGTTGTAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTACAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAAT-TG
509 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT-AATGAATCT-
** * * * * * *
86092 GTTTTTCTTCACATTTCCTGA-GACCAACACT-TAATTCTAATTTGTTTTAACCAAACAGGTAAA
572 G-TTTTCTTCATGTTT-CTGAGGA-AAACACTCT-ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA
* * * * *
86155 AACATTTAGCTTAAAATTATTTATGAGATTATAAAATCAT
633 AAAATTTA-CTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCAT
* * * * * ** *
86195 TTAAAACAAATAGTAAAGCTTTTGAAGGGATACGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGCTGATGAA
1 TT-AAAGAAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTACAAAT-GACTTTTCTTGCTAATGAA
* ** * *
86260 TGGCTTTTTGATCATGTTTCTCGAGACCAACACTCAATTCTAATTTGTTTTGACCAGAAATGTAA
64 TGGCTTTTTCATCATGTTTCTTAAGGCCAACACTCAATTCTAATTTGTTTTGACCAAAAATGTAA
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129 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAAAGCTTTGA
* * * * * *
86389 GAAGGCATGGGTGGCCATACATGGACTTCTCTTGTCAATGAGTAGCTTTTCCTCACA-TTTCTTG
194 -AAGGCATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAGTGGCTTTTCTTCA-AGTTTCTTG
* * *
86453 AGATAAACAATAAATTATAATCTGTTTTGACTAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAATTAATA
257 AGATAAACAATAAATTATAATATG-TTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATTAATA
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* *
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* * *
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447 TTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCATTTAAAG
*
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511 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-TAATGAAT--CTG
* * ** * * * * * * *
86776 TTTTCCTCCTGTTTCCCAAGGTAAGCATTCAACTATAACCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAA
573 TTTTCTTCATGTTT-CTGAGGAAAACACTCTATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAA
86840 ATTTGACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCAT
636 ATTT-ACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCAT
* * * *
86877 TTAAAGATAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGGGCGACTACAAATGCACTTTTCTTG-TCAATGA
1 TTAAAGA-AGTAGTAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTACAAATG-ACTTTTCTTGCT-AATGA
* * * * * * * **
86941 ATGGCTTTTTCATCATGTTTCTTAAGGTCGACATTGAATTTTAATCTGTTTTAATAAAAAATGT-
63 ATGGCTTTTTCATCATGTTTCTTAAGGCCAACACTCAATTCTAATTTGTTTTGACCAAAAATGTA
* *
87005 AAAAAATGTTAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAAGAAAGCTTT
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* * * * *
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192 GAAAGGCATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAGTGGCTTTTCTTCAAGTTTCTTG
* * *
87134 AGATAAAAAATAAATTATAATATGGTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACGTAAAATCAATA
257 AGATAAACAATAAATTATAATAT-GTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATTAATA
* *
87199 ATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGAATGGATGACCATAAATGG
321 ATGAGATTATAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGAATGGGTGACCATAAATGG
* *
87264 ACTTTCTTGCCAATGAATCACATTCTTTTCACGTTTCTTGAGCCAAACACTTAATTATAATCTAT
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* ***********
87329 TTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTANNNNNNNNNNNAACCATTTAAAGC
448 TTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
87394 GAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATGGGTGACTATAAATGGA-TTTCTCTTGATGATAAATCATGT
512 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTG-TAATGAATC-TGT
*
87458 TCTT-TTCATGTTTCTGGAGGAAAACACTCTATTATAATCTCTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
574 T-TTCTTCATGTTTCT-GAGGAAAACACTCTATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
*
87522 TTCAACTTAAAATCAATTAT
637 TT-TACTTAAAATCAATTAT
87542 GNNNNNNNNN
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AAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAAAGCTTTGAAA
GGCATGGGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAGTGGCTTTTCTTCAAGTTTCTTGAGAT
AAACAATAAATTATAATATGTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATTAATAATGAG
ATTATAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGAATGGGTGACCATAAATGGACTTTC
TTGCCAATGAATCACTTCTTTTCATGTTTTTGAGCCAAACACTCAATTATAATCTATTTTAACTA
AAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
GGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTAATGAATCTGTTTTCTTCATGTT
TCTGAGGAAAACACTCTATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTACTTAAAATCA
ATTATAAGATTATAAAACCAT
Found at i:87571 original size:171 final size:161
Alignment explanation
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87194 CAATAATGAG
* * *
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** * * *
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* *
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** * * *
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* *** * * *
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*
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* * * * *
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* * ** * *
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* *
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121 CT-ATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
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TTGCCAATGAATCATGTTCTTTTCAAGTTTCTGGAGGCAAACACTCTATTATAATCTATTTTAAC
TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
Found at i:88672 original size:170 final size:168
Alignment explanation
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88227 AAAGTTTTGG
* * * *
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* * *
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* * * * *******
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*** * * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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*
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* *
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88697 ATNNNNNNNN
Statistics
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AAGGCTTTGGAAGGTATGGATGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATCATGTTCTCTTCA
CGTTTCTTAAGGGAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAGTAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAAATATGAGATTATAAAACCATTTCAAACGAGTAAT
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Indices: 89234--97435 Score: 4844
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89224 NNNNNNNNNN
* * * * * * **
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* ** * **
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* * *
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* * * * * * * *
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1 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * ** * * * * *
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*
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* ********** * * * *
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1 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAA
** * ** * ** * *
89641 TGGAC-TTTCTTATCAATGAAT--CATGTTCTCTTCATGTTTCTCCAGGTAGGCAATTAATTATA
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* * *********
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* * * * * * * *
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1 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * * ** * * * * *
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* * * *
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* * ** * * * * *
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1 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * *** * ** ** * * *
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* * * * * *******
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*** * * * * * **********
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1 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * **
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*
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* * ********* ** *
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1 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-GCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * * * * * * *** * * *
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65 ATGGA---CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACACTCAATTA
* * * *
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* * *** * * * * *
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* * * * * **
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65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACACTCAATTATAA
* *
90554 TTTCTTTTGATCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCA
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* * * * * *
90596 CTTATGAGATTATAAGACTATTTAAAGCGTGTAATGAA-ACTTTGGAAGGTATGGGTGGCTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-AAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * * * *
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* *
90723 AATCTGTTTCGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCA
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********** * * * *
90767 ANNNNNNNNNNATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACCATAAA
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* ** * * *
90832 TGGAC-TTTCTTGCCAATTAATAACATTCTCTTCATGTTTCTT-ATGGCAAACACTCAATTATAG
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* * *
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* * ********** **
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* * * ** * * * *
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* * * *
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** ** *** * * *
91109 ATTATGAGATTATAAAACTATTTGTAGATAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATAGGCGACTACAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * ********** *
91174 TGCACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCATCATGTTTCTTGAGGNNNNNNNNNNATTTTAAT
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* *
91239 CCGTTTTAAT-AAAAATTGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCA
131 CTGTTTTGATCAAAAA-TGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCA
* * * * *
91280 ATAATGAGATTATAAAAGC-ATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCGTAGATGACTATAA
1 ATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAA
* * * ** * *
91344 ATAGACTTTT-TGTGCCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAAAAACTCAATTATA
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* * * *
91408 ATCTG-TTTAATGAAAAATAG-GAAAAATTTAACTTAAAAATCA
129 ATCTGTTTTGATCAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTT-AAAATCA
* * * *
91450 AATATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAA
* * * * * *
91515 TGGGCTTCTCTTGCCAAAGGATCAT-G-TTCTT-TTCATGTTTTTTGAGGTAAACACTCAATTAT
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* * * * *
91577 AATCTATTTT-ACCTAAAAATCTAAAAAATTTAATTTAAAATCA
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* * * * * *
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* *
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* * ** * * *
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* * * * *
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* ** ** * * * * * *
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********** *
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* * * *
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* * * * * * * * * * * *
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********* * * * *
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* ******
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* * ** * * **
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* * * * *
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* ** *
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* * *
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*
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** *
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97408 GATTCAACTT
Statistics
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAAGCTTTGGAAGATATGGATGACTATAAATGGACTT
TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCACTTTTCCTGAGGAAAACACTCAATTCCAATTTGTTTT
GACCAAAAATATAAAAACATTTCAATTATGA
Found at i:98339 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 98034--98419 Score: 413
Period size: 172 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
98024 NNNNNNNNNN
* * * *
98034 TATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATATAGTAAAATTG
1 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATAGTAAAACTG
* * * *
98099 AATGTCTGGTTCAGGAAACGTGAGGCAAAAGCCATCCATTGGCAATAAACATCCATTTTCAATCA
66 AATGTCTGGTTCAGAAAACATGAGGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAACATCCATTTTCAATCA
* ** * *
98164 CCCATACCTTCGGAGGCCTTATTACTTGCTTGAAATGGTTT
131 CCCACACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGGTTT
** * *
98205 TATAATCTTC-TAATTAATTTTAAGTTGAATTTGTTTTATGTTTTTGATTAAAATATATTATAAC
1 TATAATC-TCATAATTAATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGATTAAAATATAGTAAAAC
* * * * * *
98269 TGAATGTCT-GTCTTAGAAAACATGATGAAAAAGTCATTCATTGGCTAGAAA-AGTTCATTTAT-
64 TGAATGTCTGGT-TCAGAAAACATGAGGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAACA-TCCATTT-TC
* * * *
98331 AGTCACCCACGCCTTCCAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTT
126 AATCACCCACACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGGTTT
* * **
98377 TATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTAAATTTTTCAACATTTTT
1 TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
98420 TTTGTTAAAA
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 33, Indels: 13
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.05
171 45 0.26
172 122 0.69
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
TATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATAGTAAAACTG
AATGTCTGGTTCAGAAAACATGAGGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAACATCCATTTTCAATCA
CCCACACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGGTTT
Found at i:99052 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 98875--99187 Score: 328
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
98865 TTATTACTTA
* *
98875 CTTTAAATAGTTTTATAAGCTCATAACTGATTTTAAGTTAAACATT-TTTATATTTTTTA-TTAA
1 CTTTAAATAGTTTTACAAGCTCATAACTGATTTTAAGTT-AA-ATTGTTT-TATATTTTAGTTAA
* * *
98938 AAGAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTAGGAAACAAGAGAAAAAA-GCT-ATTTATTAACAAGAA
63 AAGAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACAAGA-AAAAAACG-TGATTTATTAACAAGAA
*
99001 AAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCNNNNNNNNNNTTACTCG
126 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC----------TTACTCG
* * *
99046 CTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTAGTTAAAAT
1 CTTTAAATAGTTTTACAAGCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTAGTTAAAAG
* * * ** *
99111 AGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAGAACGTGATTTATTGGCAAGAGAAGTC
66 AGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACAAGAAAAAAACGTGATTTATTAACAAGAAAAGTC
99176 CATTTATAGTCA
131 CATTTATAGTCA
99188 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 15, Indels: 9
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 17 0.14
170 69 0.56
171 37 0.30
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (160 bp):
CTTTAAATAGTTTTACAAGCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTAGTTAAAAG
AGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACAAGAAAAAAACGTGATTTATTAACAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCCATGCCTTCTTACTCG
Found at i:99223 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 98161--99407 Score: 567
Period size: 171 Copynumber: 7.3 Consensus size: 169
98151 CCATTTTCAA
* ** * * * * * * *
98161 TCACCCATACCTTCGGAGGCCTTATTACTTGCTTGAAATGGTTTTATAATCTTC-TAATTAATTT
1 TCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATC-TCATAACTGATTT
* * * * * * *
98225 TAAGTTGAATTTGTTT-TATGTTTTTGATTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGTCT-TAGAAA
65 TAAGTTGAATTT-TTTATA-GTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAG-AA
* * * * * *
98288 ACATGATGAA-AAAGTCATTCATTGGCTAGAAAAGTTCATTTATAG
126 ACATGA-AAAGAAAGTGATTTATT-GCAAGAGAAGTCCATTTATAG
* * * * *
98333 TCACCCACGCCTTCCAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTT
1 TCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAACTGATTTT
* * ** * * * * * * *
98397 AAGTTAAATTTTTCAACATTTTTTTTGTTAAAACAGATT-TAAATTCAATGTCTACCTCGAGAAA
66 AAGTTGAATTTTT---TATAGTTTTAGTTAAAATAGATTAT-AATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAA
** * * * * * *
98461 CAT-AAAGAGAAAGCCAATAATCGGCAAGAAAAGTCTATTTGTAG
127 CATGAAA-AGAAAGTGATTTAT-TGCAAGAGAAGTCCATTTATAG
*** * * * * * * *
98505 TCACCCATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTTC-CTATAAGTGGTTTTATAATTTTATAATTGATTT
1 TCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAACTGATTT
* ** * * * * * * * **
98569 GAAGTCAAATGTTTTTATATTTTTAGTT-AAACAGATTATATTTGAATATCTACCT-TGGAAAAC
65 TAAGTTGAAT-TTTTTATAGTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAG-AAAC
** * * *
98632 GGGAGGAA-AAA-TCCATTCATTAGCAAGA-AAGTCCATTTATAG
128 ATGA-AAAGAAAGT-GATTTATT-GCAAGAGAAGTCCATTTATAG
* * * ********** * * *
98674 CCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTANNNNNNNNNNATGGTTTTACAATCTCATGATTGATTTT
1 TCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAACTGATTTT
* * **
98739 AAGTTGAATTTTTTATAGTTTTACTTAAAATAGATTATAATTGGGTGTTTGCCTCAAGAAATGTG
66 AAGTTGAATTTTTTATAGTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATG
* * * *
98804 AAGAGAATGTGCTTCATTGCAAAGAGAAGTCCATTTATAG
131 AAAAGAAAGTGATTTATTGC-AAGAGAAGTCCATTTATAG
* * ** * *
98844 TCACCCATGCTTTTCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAAGCTCATAACTGATTTT
1 TCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAACTGATTTT
* * * * * * * *
98909 AAGTTAAACATTTTTATATTTTTTA-TTAAAAGAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTAGGAAACA
66 AAGTTGAA-TTTTTTATA-GTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACA
* * * *
98973 AGAGAAA-AAAGCT-ATTTATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAG
129 TGA-AAAGAAAG-TGATTTATT-GCAAGAGAAGTCCATTTATAG
**********
99015 TCACCCATGCCTTCNNNNNNNNNNTTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAACTGATTTT
1 TCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAACTGATTTT
99080 AAGTTGAATTGTTTTATA-TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACAT
66 AAGTTGAATT-TTTTATAGTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACAT
*
99144 GAAAAGAACGTGATTTATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAG
130 GAAAAGAAAGTGATTTATT-GCAAGAGAAGTCCATTTATAG
********** * * ** *
99185 TCANNNNNNNNNNCCAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAAGT-TCATATTTAATTT
1 TCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAA-TCTCATAACTGATTT
* * * * * * * ** *
99249 TAAGTTGAATTTTTTTCTATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAGTTTTTTCCTTGAGATACA
65 TAAGTTGAA-TTTTTTATAGTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACA
* * * * *
99314 TGAAGAA-AAAGCT-ATTCACTGACACGAAAAGTTCATTTATAG
129 TGAA-AAGAAAG-TGATTTATTG-CAAGAGAAGTCCATTTATAG
* ** * * *
99356 TCACCTC-TGCCTTTCAAAGTGTTATTACTCACTCTAAAT-GATTTTATAATCT
1 TCACC-CATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTACAATCT
99408 TATTATTTAC
Statistics
Matches: 811, Mismatches: 220, Indels: 89
0.72 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 18 0.02
169 111 0.14
170 231 0.28
171 261 0.32
172 165 0.20
173 20 0.02
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTACAATCTCATAACTGATTTT
AAGTTGAATTTTTTATAGTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATG
AAAAGAAAGTGATTTATTGCAAGAGAAGTCCATTTATAG
Found at i:99325 original size:341 final size:331
Alignment explanation
Indices: 98714--99368 Score: 710
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 331
98704 NNNNNNNATG
* *
98714 GTTTTACAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAGTTTTACTTAAAATAGATTATAA
1 GTTTTACAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAGTTTTACTTAAAATAGATTATAA
* ** * * *
98779 TTGGGTGTTTGCCTCAAGAAATGTGAAGAGAATGTGCTTCATTGCAAAGAGAAGTCCATTTATAG
66 TTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAGAACGTGATTCATTGCAAAGAGAAGTCCATTTATAG
* * *
98844 TCACCCATGCTTTTCAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAAGCTCATAACTGATTTT
131 TCACCCATGCTTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAGCTCATAACTAATTTT
* * *
98909 AAGTTAAACATTTTTATATTTTTTATTAAAAGAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTAGGAAACAA
196 AAGTTAAACATTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACAA
* *
98974 GAGAAAAAAGCTATTTATTAACAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACC-CATGCCTTCNNNNNNNN
261 GAGAAAAAAGCTATTCACTAACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTC-TGCCTTC--------
99037 NNTTACTCGCTTTAAATA
316 --TTACTCGCTTTAAATA
*
99055 GTTTTACAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATA-TTTTAGTTAAAATAGATTATA
1 GTTTTACAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATAGTTTTACTTAAAATAGATTATA
*
99119 ATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAGAACGTGATTTATTGGC-AAGAGAAGTCCATTTAT
65 ATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAGAACGTGATTCATT-GCAAAGAGAAGTCCATTTAT
********** ** * **
99183 AGTCANNNNNNNNNNCCAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAAGTTCATATTTAATT
129 AGTCACCCATGCTTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAGCTCATAACTAATT
* ** * * * * * * *
99248 TTAAGTTGAATTTTTTTCTATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAGTTTTTTCCTT-GAGATA
194 TTAAGTTAAACATTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAA
* * *
99312 CATGA-AGAAAAAGCTATTCACTGACACGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTCTGCCTT
258 CAAGAGA-AAAAAGCTATTCACTAACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTCTGCCTT
99369 TCAAAGTGTT
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 46, Indels: 12
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.01
341 248 0.95
342 12 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (331 bp):
GTTTTACAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATAGTTTTACTTAAAATAGATTATAA
TTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAGAACGTGATTCATTGCAAAGAGAAGTCCATTTATAG
TCACCCATGCTTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAGCTCATAACTAATTTT
AAGTTAAACATTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACAA
GAGAAAAAAGCTATTCACTAACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTCTGCCTTCTTACTCGCTT
TAAATA
Found at i:100309 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 100030--100490 Score: 440
Period size: 173 Copynumber: 2.7 Consensus size: 170
100020 NGAGTTGAAT
** ** * * *
100030 TTTTTACATTTTTTATCAAAACAAATTGGAATTAAGTGTTGGCCT-TAGAAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTTACATTTTTGGTCAAAACAAATTAAAATTGAGTGTTGGCCTCGAG-AAACATGAAAAAAAA
* * * * * * *
100094 GCTATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTGTAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAACTACTTGCT
65 ACCATTCATTGGCAAG-AAAATTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAACTACATGCT
*
100159 TT-AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCAAAATG
129 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCAAAATA
* * *
100200 TTTTTATATTTTTGGTCAAAACGAATTAAAATTGAGTGTTGGCCTCGAGAAACGTGAAAAAAAAA
1 TTTTTACATTTTTGGTCAAAACAAATTAAAATTGAGTGTTGGCCTCGAGAAACATG--AAAAAAA
* * * * * *
100265 AATCATTCATTGGCAAGAAAATTTCATTTATAGCCACCCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACATGC
64 AACCATTCATTGGCAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAACTACATGC
********** ***
100330 TTTAAATAGTTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTTGAATA
128 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCAAAATA
* * * * *
100373 TTTTTACATTTTTGGTCCAAACAAATTGAAATTGAGTGTTGGCCTCGGGAAACATGAAGAAAAAG
1 TTTTTACATTTTTGGTCAAAACAAATTAAAATTGAGTGTTGGCCTCGAGAAACATGAAAAAAAAA
* * * *
100438 CCATTCACTGGTAAGAACAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
66 CCATTCATTGGCAAGAAAATTC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
100491 TATTGCTCGC
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 53, Indels: 11
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 46 0.20
171 55 0.24
172 56 0.24
173 75 0.32
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTACATTTTTGGTCAAAACAAATTAAAATTGAGTGTTGGCCTCGAGAAACATGAAAAAAAAA
CCATTCATTGGCAAGAAAATTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAACTACATGCTTT
AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCAAAATA
Found at i:100869 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 100421--101240 Score: 773
Period size: 342 Copynumber: 2.4 Consensus size: 341
100411 TTGGCCTCGG
* * * * *
100421 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCACTGGTAAGAACAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
1 GAAACAAGAGGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
* * **********
100486 AGCCTTATT-GCTCGCTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
66 AGCCTTATTAG-TTGCTTGAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * **
100550 TATTTTTTATTAAAATATATTAAAATTGAATGTCTAG-TTTAGGAAACGTGATCCA-AA-A-GCC
130 TATTTTTTATTAAAATAGATTAAAATTGAATGT-TAGCCTCAAGAAAAGT-AAACAGAACATG--
* ** * * * ** *
100611 ATCCATTGACAATAA-ACA-TCTGTTTCTAATCACCCATGCTTTCGGAAGCCTTATTACTTGCTT
191 ATCCATTGACAA-AAGA-AGCCCATTTATAATCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * *
100674 TAAAAGGTGTAATAATCTTC-TAATTGATTTGATG-TGAGGTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAC
254 TAAAAGGTGTAATAAGC-TCATAATTGATTTGAAGTTGA-ATTATTTTATA-TTTTGGTTAAAAC
* * *
100737 AGATTATATTTGAAT-GTCTACTTTGC
316 AGATTACATTTGAATGGT-TACCTAGC
* * *
100763 GAAACAAGAGGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA
1 GAAACAAGAGGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
* * * *
100828 AGCCTTATTAGTTGCTTGAAATGGTTTTTCAGTCTCATAATTCATTTTAACTTGAATTGTTTTT-
66 AGCCTTATTAGTTGCTTGAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT-TTTTTA
* * * * * *
100892 TATTTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAAAGTAAAGAGAACATGATT
130 TA-TTTTTTATTAAAATAGATTAAAATTGAATGTTAGCCTCAAGAAAAGTAAACAGAACATGATC
* * * *
100957 CATTGGCAAAAGAAGCCCATTTATAGTCATCCATACCTTCCAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAA
194 CATTGACAAAAGAAGCCCATTTATAATCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAA
* * * * *
101022 GGTTTTATAAGCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTGGTTAAAATAGATTACA
259 GGTGTAATAAGCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTGGTTAAAACAGATTACA
* *
101087 TTTGAATGGTTGCCTAGG
324 TTTGAATGGTTACCTAGC
** * **
101105 GAATTAGGAGGAAAAAGCCATTCATTAGTAAG-AAAGTCTATTTATAGTCATGCATGCCTTCGAA
1 GAAACAAGAGGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
* * * *
101169 AGTCTTATTACTTGCTTGAAATGGTTTTACAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
66 AGCCTTATTAGTTGCTTGAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
101234 ATTTTTT
131 ATTTTTT
101241 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 387, Mismatches: 78, Indels: 28
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 11 0.03
341 80 0.21
342 168 0.43
343 123 0.32
344 4 0.01
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (341 bp):
GAAACAAGAGGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
AGCCTTATTAGTTGCTTGAAATGGTTTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
ATTTTTTATTAAAATAGATTAAAATTGAATGTTAGCCTCAAGAAAAGTAAACAGAACATGATCCA
TTGACAAAAGAAGCCCATTTATAATCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGG
TGTAATAAGCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTATTTTATATTTTGGTTAAAACAGATTACATT
TGAATGGTTACCTAGC
Found at i:100983 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 100768--101240 Score: 477
Period size: 172 Copynumber: 2.8 Consensus size: 169
100758 TTTGCGAAAC
* * * *
100768 AAGAGGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
1 AAGAGGAAAAAG-CATTCATTAGCAA-AAAAGCCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCT
* * *
100833 TATTAGTTGCTTGAAATGGTTTTTCAGTCTCATAATTCATTTTAACTTGAATTGTTTTTTATTTT
64 TATTACTTGCTTGAAATGGTTTTTCAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTTATTTT
* * * *
100898 TTTGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAAAGTA
128 TTGGTTAAAATAGATTACAATTGAATGGTTGCCT--AGAAAA-TA
* * * * * *
100943 AAGA-GAACATG-ATTCATTGGCAAAAGAAGCCCATTTATAGTCATCCATACCTTCCAAAGCTTT
1 AAGAGGAAAAAGCATTCATTAGCAAAA-AAGCCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * * * * * *
101006 ATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAAG-CTCATATTTGATTTTAAGTTGAA-TTATTTTATATTT
65 ATTACTTGCTTGAAATGGTTTT-TCAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTT
* ** *
101069 TGGTTAAAATAGATTACATTTGAATGGTTGCCTAGGGAATT
129 TGGTTAAAATAGATTACAATTGAATGGTTGCCTAGAAAATA
* * * * * * * *
101110 AGGAGGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAGTCTATTTATAGTCATGCATGCCTTCGAAAGTCTT
1 AAGAGGAAAAAG-CATTCATTAGCAAAAAAGCCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTT
* * *
101175 ATTACTTGCTTGAAATGGTTTTACAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
65 ATTACTTGCTTGAAATGGTTTTTCAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATTTTT
101240 T
129 T
101241 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 51, Indels: 20
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.02
168 10 0.04
169 70 0.29
170 54 0.23
171 10 0.04
172 79 0.33
173 3 0.01
174 5 0.02
175 4 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AAGAGGAAAAAGCATTCATTAGCAAAAAAGCCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
TTACTTGCTTGAAATGGTTTTTCAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATTTTTTG
GTTAAAATAGATTACAATTGAATGGTTGCCTAGAAAATA
Found at i:101197 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 100769--101238 Score: 498
Period size: 169 Copynumber: 2.8 Consensus size: 168
100759 TTGCGAAACA
* *
100769 AGAGGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
1 AGAGGAAAAAGCCATTCATTAGTAAG-AAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAG-CTT
* * * * *
100834 ATTAGTTGCTTGAAATGGTTTT-TCAGTCTCATAATTCATTTTAACTTGAATTGTTTTTTATTTT
64 ATTACTTGCTTGAAATGGTTTTATAAG-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTTATATT
* * * *
100898 TTTGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAAAGT
126 TTGGTTAAAATAGATTACAATTGAATGGTTGCCT-AAGAAAAGT
* * * * * * * * *
100942 AAAGAGAACATG--ATTCATTGGCAAAAGAAGCCCATTTATAGTCATCCATACCTTCCAAAGCTT
1 AGAG-GAAAAAGCCATTCATTAGTAAGA-AAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGC-T
* * * * *
101005 TATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAAGCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTT
63 TATTACTTGCTTGAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
* ** *
101070 GGTTAAAATAGATTACATTTGAATGGTTGCCT-AGGGAATT
128 GGTTAAAATAGATTACAATTGAATGGTTGCCTAAGAAAAGT
* * *
101110 AGGAGGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAGTCTATTTATAGTCATGCATGCCTTCGAAAGTCTT
1 A-GAGGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAG-CTT
* * *
101175 ATTACTTGCTTGAAATGGTTTTACAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
64 ATTACTTGCTTGAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
101239 TTNNNNNNNN
Statistics
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0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 11 0.05
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AGAGGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCTTAT
TACTTGCTTGAAATGGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGGT
TAAAATAGATTACAATTGAATGGTTGCCTAAGAAAAGT
Found at i:102830 original size:20 final size:21
Alignment explanation
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102792 TGAGAAACAT
102802 GGAGAAAAAGT-CATTTATTG
1 GGAGAAAAAGTCCATTTATTG
*
102822 GGAGGAAAAGTCCATTTAT
1 GGAGAAAAAGTCCATTTAT
102841 AATCACCTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GGAGAAAAAGTCCATTTATTG
Found at i:102930 original size:171 final size:170
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Indices: 102183--103041 Score: 692
Period size: 170 Copynumber: 5.0 Consensus size: 170
102173 NNNNNNNNNN
* * * * *
102183 TTATTAC-TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTTAAT-TCTTTCACAT
1 TTATTACAT-GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTAATTTTAAGTTAAATCT-TTTTACAT
** * * *
102246 TTTTGTTTAAAACATATTATAATTGAGTGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAACGTGATTCATT
64 TTTTGAGTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATT
* * *
102311 -AGCAAGAAAAGTCCATTTATGGCACCCATGCCTTTCGAAGCC
129 GA-CAAGAAAAGTCCATTTATGTCACCCATGCCTTCCAAAGCC
* *
102353 TTATTACTTGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATTATTAATTTTAAGCTAAATCTTTTTACATT
1 TTATTACATGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATTATTAATTTTAAGTTAAATCTTTTTACATT
* * * * *
102417 TTT-AGTCAAAACAGATTATAATTTAGTGCTTACCTT-AGAGAACGTGAAG-CAAAGCCATTCAT
65 TTTGAGT-AAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTTGAGA-AACATGAAGAAAAAGTCATTCAT
* * * *
102479 TGACAAGAAAAGCCCACTTATAGCCACCCATGCCTTCCAAAGCT
128 TGACAAGAAAAGTCCATTTAT-GTCACCCATGCCTTCCAAAGCC
* ** * * * * * *
102523 TTACTACATGCTTTAAATGGCTTTATGATCTCATTATTAATTTTAAGCTGACTTTTTTTATATTT
1 TTATTACATGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTAATTTTAAGTTAAATCTTTTTACATTT
* * * * * * *
102588 TTGATTAAAATAGATTATATTTGAATGTCTT-CCTTGGGAAACATGAGGAAAAAGTCATTAATTG
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**
102652 ACAAGAAAAGTCCATTTATGTCAGTCATGCCTTCCAAAGCC
130 ACAAGAAAAGTCCATTTATGTCACCCATGCCTTCCAAAGCC
* * * * ********** * * *
102693 TTATTAC-TAGCATTAAATGGTTTTATAATCTGATAANNNNNNNNNNGTTGATTTTTTTTACATT
1 TTATTACAT-GCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTAATTTTAAGTTAAATCTTTTTACATT
* * * * * *
102757 TTTGGGTAAAACAGATTGTAATTGAGTTTTTTCCTTGAGAAACATGGAGAAAAAGTCATTTATTG
65 TTTGAGTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTG
** * * * *
102822 GGAGGAAAAGTCCATTTATAATCACCTATGTCTTCCAAAGCC
130 ACAAGAAAAGTCCATTTAT-GTCACCCATGCCTTCCAAAGCC
* * * * *
102864 TTATTAAACGGTTTAAATGATTTTATAATCACATTATTGATTTTAAGTTAAATCTTTTTACATTT
1 TTATTACATGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTAATTTTAAGTTAAATCTTTTTACATTT
* * ** * * ** * * ** * * * * *
102929 TTTATTAAAATTGATTAAAATTCAAAGTCTAGCTCAAGAATCATGATGAGAAAGCCATTCATTGG
66 TTGAGTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGA
* **
102994 TAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATGCCTTTTAAAGCC
131 CAAGAAAAGTCCATTTAT-GTCACCCATGCCTTCCAAAGCC
103035 TTATTAC
1 TTATTAC
103042 TCACTTTNNN
Statistics
Matches: 534, Mismatches: 139, Indels: 31
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Matches are distributed among these distances:
169 34 0.06
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ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTATTACATGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTAATTTTAAGTTAAATCTTTTTACATTT
TTGAGTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGA
CAAGAAAAGTCCATTTATGTCACCCATGCCTTCCAAAGCC
Found at i:104933 original size:341 final size:336
Alignment explanation
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Period size: 341 Copynumber: 2.2 Consensus size: 336
104576 TATGTTCATT
* *
104586 TCATGTTTCTTAAGGCAAACACTCAATTATAATCTACTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAAC
1 TCATGTTTC-TAAGGCAAACACTAAATTATAAT-TATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAAC
* * *
104651 CTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTCAAGCAAGTAATAAGG-TTTACGAA-GACATCG
63 TTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT-CGAAGGAC-TCG
* *
104714 ACGACTATAAATGCACT-TTTCTTACCAATAAATAG-CTTTTTCTTCATATTTTCC-TAAGTAGA
126 ACGACTATAAATGCA-TGTTTCTTACCAATAAAT-GTCTTTCTCTTCA-AGTTTCCTTAAG-A-A
* * * *
104776 CAT-TGAAATATAATTTGTTTTAAG-C-AAATATATAAAAAATTTGACTTAAAATTAATTATGAG
186 AATCTCAAATATAATTTGTTTT-AGCCAAAAT-TATAAAAAATTTAACTTAAAATTAATAATGAG
*
104838 ATTATAAAACCATTTAAAG-ATAGTAATAA-GATTTCC-AAAGGCATGGGTGACTACAAATGAAC
249 ATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGA-TTCCGAAA-ACATGGGTGACTACAAATGAAC
* *
104900 TTTTTTTGCTAATGAATGGCTTTTTCA
311 TTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCA
* * * * * * * *
104927 TCATGTTTCTAGAGGTAGACATTGAATTTTAATAAGTTTTAA-TAAAAAAATATAAAAGATTCAA
1 TCATGTTTCTA-AGGCAAACACTAAATTATAATTA-TTTTAACT--AAAAATGTAAAAAATTCAA
********** * * * * *
104991 CTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTCTGGG
62 CTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGACTCGA
* * ** * *
105056 TGACTATAAATGGATGTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTCTCTTCACGTTTCCTTAAGAAAATGCT
127 CGACTATAAATGCATGTTTCTTACCAATAAATGTCTTTCTCTTCAAGTTTCCTTAAGAAAAT-CT
* * *
105121 CAATTATAATTTGTTTTGGCCAAAATTGTAAAAAATTTAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAA
191 CAAATATAATTTGTTTTAGCCAAAATTATAAAAAATTTAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAA
* * *
105186 AACCATTTAAAGCAAGTAGTAAGGATTCCGAAAATATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCC
256 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTCCGAAAACATGGGTGACTACAAATGAACTTTTCTTGCC
*
105251 AATGAATGGCTTTTCT
321 AATGAATGGCTTTTCA
* * * * *
105267 TCATGTTTCCCAAGGCCAACACTAAATTCTAATTTTTTTTGACTAAAAATGTAAAAGAATTCAAC
1 TCATGTTT-CTAAGGCAAACACTAAATTATAA-TTATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAAC
105332 TTAAAATC
63 TTAAAATC
105340 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 332, Mismatches: 61, Indels: 41
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
339 14 0.04
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (336 bp):
TCATGTTTCTAAGGCAAACACTAAATTATAATTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGACTCGACGAC
TATAAATGCATGTTTCTTACCAATAAATGTCTTTCTCTTCAAGTTTCCTTAAGAAAATCTCAAAT
ATAATTTGTTTTAGCCAAAATTATAAAAAATTTAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCA
TTTAAAGCAAGTAATAAGGATTCCGAAAACATGGGTGACTACAAATGAACTTTTCTTGCCAATGA
ATGGCTTTTCA
Found at i:104968 original size:170 final size:171
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Indices: 104630--105005 Score: 409
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
104620 TACTTTAACT
* * * *
104630 AAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTCAAGCAAGTAAT
1 AAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * *
104695 AAGGTTTACGAAGACATCGACGACTATAAATGCACTTTTCTTACCAATAAATAGCTTTTTCTTCA
65 AAGATTTACAAAGACATCGACGACTACAAATGAACTTTTCTTACCAATAAATAGCTTTTTCATCA
* ** **
104760 TATTTTCCTAAGTAGACATTGAAATATAATTTGTTTTAA-GC
130 TAGTTTCCTAAGTAGACATTGAAATATAATAAGTTTTAATAA
* **
104801 AAATATATAAAAAATTTGACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-ATAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCA-AGTAAT
* * * ** * * * * *
104865 AAGATTTCCAAAGGCATGGGTGACTACAAATGAACTTTTTTTGCTAATGAATGGCTTTTTCATCA
65 AAGATTTACAAAGACATCGACGACTACAAATGAACTTTTCTTACCAATAAATAGCTTTTTCATCA
* *
104930 T-GTTT-CTAGAGGTAGACATTGAATTTTAATAAGTTTTAATAA
130 TAGTTTCCTA-A-GTAGACATTGAAATATAATAAGTTTTAATAA
* *
104972 AAAAATATAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 AAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTAT
105006 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 34, Indels: 8
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.02
169 5 0.03
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.12, T:0.35
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AAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
AGATTTACAAAGACATCGACGACTACAAATGAACTTTTCTTACCAATAAATAGCTTTTTCATCAT
AGTTTCCTAAGTAGACATTGAAATATAATAAGTTTTAATAA
Found at i:105335 original size:170 final size:170
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Period size: 171 Copynumber: 17.2 Consensus size: 170
103516 NNNNNNNNAC
* * * * *
103526 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTCTCTT-AGTGTTTCCTAAGGCCAACACTCAATTC
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCCTAAGGCAAACACTAAATTA
* * * * *
103590 TAATTTGTTTTGACCAACAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAAAT-AATTATGAGATTATAAATCC
65 TAATTTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * * * * *
103654 ATTTAAAGCAAGTAGTAAAGCTTTTGAAGGTATGAGTTACTAT
128 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTAT
* * * * * *
103697 AAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTAT-CTCGAGGCAAACACTTAATTC
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACACTAAATTA
* * **********
103761 TAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAANNNNNNNNNNAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
65 TAATTTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * *
103826 ATTAAAGC-ATGTAATAAAG-TTTTGCAAGGTATGAGTGGCTAT
129 TTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCG-AAAGTATGGGTGACTAT
* ** ** * ** *
103868 AAATGGACTTTTCTTGTCACAA--AGTGGCTTTTTCTTCACATTTTTTCAGATAAACACTTAATT
1 AAATGGACTTTTCTTG-C-CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACACTAAATT
* * * **********
103931 ATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATNNNNNNNNNNTAAAACC
64 ATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* ** * *
103996 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATACGTGGCTGT
128 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTAT
* * * * * * * *
104039 AAATGGACTTGTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCCTCCTGTTTCCCAAGCCAAACATTCAAA-TA
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACACT-AAATTA
* * * ** *
104103 TAAATTGTTTTAACTAAAAATATATAAAAACTT-AACTTAAAATCAAATATGATCTAATAAAACC
65 TAATTTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
********** * *
104167 ATTTAAAGCGAGTAATNNNNNNNNNNAAGGCATGGGTGACTAT
128 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTAT
* * * ** * * * * * *
104210 AAATAGACTTCTCTTGCCAGTGAATCACATTTTCTTCATATTTCTTGAGGCTAACACTCAATTAT
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACACTAAATTAT
* * * * * * * * **
104275 AGTCTATTTTAACCACAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTGTAAAATTAT
66 AATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
**********
104340 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTNNNNNNNNNNGGTGACTAT
130 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTAT
* * * * * * **
104381 AAATAGATTTTTCTTGCTAATG-ATGGCTTTTTCATTTA-GTTTCCCAAGGCCAACA-TTCATAT
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TTCATGTTTCCTAAGGCAAACACTAAAT-T
* * * ********** * *
104443 ATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAGAATTCAACTTANNNNNNNNNNTGAGCTTATAAAACT
64 ATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * *
104508 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTATGGATGACTAT
128 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTAT
* * * * *
104551 AAATGGACTTCTCCTGCCAATGAAT---TATGTTCATTTCATGTTTCTTAAGGCAAACACTCAAT
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTTC--TTCATGTTTCCTAAGGCAAACACTAAAT
* ** * * *
104613 TATAATCTACTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAAC
63 TATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * **
104678 CATTTCAAGCAAGTAATAAGG-TTTACG-AAGACATCGACGACTAT
127 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-CGAAAG-TATGGGTGACTAT
* * * * * * * *
104722 AAATGCACTTTTCTTACCAATAAATAGCTTTTTCTTCATATTTTCCTAA-GTAGACATTGAAA-T
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCCTAAGGCAAACACT-AAATT
* * ** *
104785 ATAATTTGTTTTAAGC-AAATATATAAAAAATTTGACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACC
64 ATAATTTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
** * * * *
104849 ATTTAAAGATAGTAATAA-GATTTCCAAAGGCATGGGTGACTAC
128 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GTATGGGTGACTAT
* * * * * * * * *
104892 AAATGAACTTTTTTTGCTAATGAATGGCTTTTTCATCATGTTT-CTAGAGGTAGACATTGAATTT
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTA-AGGCAAACACTAAATTA
** * * **********
104956 TAATAAGTTTTAA-TAAAAAAATATAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAACC
65 TAATTTGTTTTAACT--AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * *
105020 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGTCTGGGTGACTAT
128 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTAT
* * * * * ** *
105063 AAATGGA-TGTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTCTCTTCACGTTTCCTTAA-GAAAATGCTCAATT
1 AAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCC-TAAGGCAAACACTAAATT
** * * * * *
105126 ATAATTTGTTTTGGCCAAAATTGTAAAAAATTTAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCA
64 ATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * *
105191 TTTAAAGCAAGTAGTAAGGATTCCGAAAATATGGGTGACTAC
129 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTAT
* * *
105233 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCCAACACTAAATTCT
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACACTAAATTAT
* * **********
105297 AATTTTTTTTGACTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAACCAT
66 AATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * * * *
105362 TTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTCCAAAAGTGTAGGTGACTAC
130 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTAT
* * * * * * ** * * * *
105403 GAATGGAATTTTATTACCAATGAATAG-TTTTTTTTCACATTT-CTCGAGGCCAACACTCAATTC
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACACTAAATTA
* * * * * *
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********** *
105530 ATTTNNNNNNNNNNATAAGGCTTT-GAAAGGCATGGGTGACTAT
128 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GTATGGGTGACTAT
* ** * * **
105573 AAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCTAAAGCAGAA-TTTCAAA-T
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCA-AACACT-AAATT
* * * * * * ** *
105636 ATAATCTATTTTAATCT-AAATTGTAAAAAAAAAGTCAGCTTAAAATTAACGATGAGATCATAAA
64 ATAATTTGTTTTAA-CTAAAAATGT---AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * *
105700 ACCATTTAAAGTGTGTAATAAAGC-TTCAAAAGGCATGGGTGGCTAT
125 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GTATGGGTGACTAT
* * * * *
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1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCCT-AAGGCAAACACTAAATT
* * * * * * * ***
105809 ATAATATGTTTTCACCAAAAATGTAAAAAGATTTAACTCAAAATCAATAATAAGATTATAAANNN
64 ATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
******* * * *
105874 NNNNNNNGCGAGTAATAAAGCTTT-GAAAGGCATGAGTGAGC-AT
128 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GTATGGGTGA-CTAT
* ** * * *
105917 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGACT-TATGTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGAAAACACTCAATTA
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* * * * *
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*
106046 TTTAAAGCGAG---TAAGGCTTT-GTAAGTCATGGGTGACTAT
129 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGT-ATGGGTGACTAT
* * * * *
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1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACACT-AAATTA
* * * * * * * *
106148 CAATCTATTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAAT
65 TAATTTGTTTTAACT-AAAAATGT--AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * *
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127 CATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GTATGGGTGACT-AT
* ** ** ** * *
106256 AAATGGACTTTTCTTACTGATGAAT--CATGTTTTCTTCACATTT-CTCAAGAAAAAGACTCAAT
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-T-TTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACACTAAAT
* * * * * * * * *
106318 TATAATCTATTTTAACAAAAAATATTAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAGGTTGTAAAAC
63 TATAATTTGTTTTAACTAAAAAT-GTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * *
106383 TATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTT-GAAAGACATGGGTGACTAT
127 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-TATGGGTGACTAT
* *
106427 AAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGC
1 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGC
106455 GTTCTCCTAC
Statistics
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Consensus pattern (170 bp):
AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACACTAAATTAT
AATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTAT
Found at i:106238 original size:339 final size:339
Alignment explanation
Indices: 105883--106531 Score: 869
Period size: 339 Copynumber: 1.9 Consensus size: 339
105873 NNNNNNNNGC
* * *
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** * * * * * * * *
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* * *
106011 TTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCG-AGTAAGGCTTTGTAAGTCAT
129 TTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAAATAAGGCTTTGAAAGACAT
* * *
106075 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGGCTGTT-T-CT-TATGTTTCCTAGGGTAG
194 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAACGAATGGC-GTTCTCCTACAT-TTTCC-AAGGTAG
106137 ACACTCAAATACAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATTAATAATGAG
256 ACACTCAAATACAATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTCAGCTTAAAATTAATAATGAG
106202 ATTATAAAATCATTTAAACT
320 ATTATAAAATCATTTAAACT
* **
106222 GAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTGGTCATAAATGGACTTTTCTTACTGATGAATCATGTT
1 GAGTAATAAAGCTTTGAAAGGCATAGGTGGTCATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATCATGTT
* *
106287 TTCTTCACATTTCTCAAGAAAAAGACTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATTAAAAAATT
66 TTCTTCACATTTCTCAAGAAAAACACTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATGAAAAAATT
* * * *
106352 TAACTTAAAATTAATTATAAGGTTGTAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTGAAAGACAT
131 AAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCG-A-AATAAGGCTTTGAAAGACAT
* * * *
106417 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGCGTTCTCCTACCATTTTGCAAGGTAGAG
194 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAACGAATGGCGTTCTCCTA-CATTTTCCAAGGTAGAC
* *
106482 ATTCAAATATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAA
258 ACTCAAATACAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAA
106532 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 34, Indels: 15
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Matches are distributed among these distances:
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GAGTAATAAAGCTTTGAAAGGCATAGGTGGTCATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATCATGTT
TTCTTCACATTTCTCAAGAAAAACACTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATGAAAAAATT
AAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAAATAAGGCTTTGAAAGACATGG
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAACGAATGGCGTTCTCCTACATTTTCCAAGGTAGACACT
CAAATACAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATTAATAATGAGATTATA
AAATCATTTAAACT
Found at i:106602 original size:342 final size:339
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Indices: 105881--106607 Score: 849
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105871 NNNNNNNNNN
* * * * *
105881 GCGAGTAATAAAGCTTTGAAAGGCATGAGTGAGC-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGACTTAT
1 GCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATCAT
** * * * * * * * *
105945 GTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGAAAACACTCAATTATAATTTGTTTTTACTAAAAATGTGAAAGA
65 GTTTTCTTCACATTTCTCAAGAAAAACACTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATGAAAAA
* * *
106010 ATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGGCTTTGTAAGTCAT
130 ATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAATAAGGCTTTGAAAGACAT
* * *
106075 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGGCTGTTTCTTATGTTTCCTAGGGTAGACA
195 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAACGAATGGCTGTTTCTCATGTTTCCTAAGGTAGACA
*
106140 CTCAAATACAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATTAATAATGAGATT
260 CTCAAATACAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATTAATAATGAGATC
*
106205 ATAAAATCATTTAAA
325 ATAAAACCATTTAAA
* * **
106220 -CTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTG-GTCATAAATGGACTTTTCTTACTGATGAATCA
1 GC-GAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATCA
* *
106283 TGTTTTCTTCACATTTCTCAAGAAAAAGACTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATTAAAA
64 TGTTTTCTTCACATTTCTCAAGAAAAACACTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATGAAAA
* * * *
106348 AATTTAACTTAAAATTAATTATAAGGTTGTAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTGAAAG
129 AATTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCG---AATAAGGCTTTGAAAG
* * *
106413 ACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGC-GTTCTCCTACCAT-TTTGC-AA
191 ACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAACGAATGGCTGTT-T-CT--CATGTTTCCTAA
* * * *******
106475 GGTAGAGATTCAAATATAATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTCAGCTTAAANNNNNNN
252 GGTAGACACTCAAATACAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATTAATA
***
106539 NNNAGATCATAAAACCATTTAAA
317 ATGAGATCATAAAACCATTTAAA
*
106562 GCGAGTAATAAGGCTTTAGAAA-ACATGGGTGACTATAAATGGACTT
1 GCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
106608 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 323, Mismatches: 52, Indels: 23
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 145 0.45
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344 4 0.01
345 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (339 bp):
GCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATCATG
TTTTCTTCACATTTCTCAAGAAAAACACTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATGAAAAAA
TTAAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAATAAGGCTTTGAAAGACATG
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAACGAATGGCTGTTTCTCATGTTTCCTAAGGTAGACAC
TCAAATACAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATTAATAATGAGATCA
TAAAACCATTTAAA
Found at i:106659 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 105883--106680 Score: 779
Period size: 342 Copynumber: 2.3 Consensus size: 339
105873 NNNNNNNNGC
* * ** * * ** * * **
105883 GAGTAATAAAGCTTTGAAAGGCAT-GAGTGAGCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGACTTATGT
1 GAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATAG-GTGCTCATAAATGGACTTCTCTTACTGATGAATCACAT
* * * * * *
105947 TTTCTTCATGTTTCTTAAGGAAAACACTCAATTATAATTTGTTTTTACTAAAAATGTGAAAGAAT
65 TTTCTTCATGTTTCTTCAGGAAAACACTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATGAAAAAAT
* * *
106012 TAAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGGCTTTGTAAGTCATGG
130 TAAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAATAAGGCTTTGAAAGACATGG
* * *
106077 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATGGCTGTTTCTTATGTTTCCTAGGGTAGACACT
195 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAACGAATGGCTGTTTCTCATGTTTCCTAAGGTAGACACT
*
106142 CAAATACAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATTAATAATGAGATTAT
260 CAAATACAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATTAATAATGAGATCAT
*
106207 AAAATCATTTAAACT
325 AAAACCATTTAAACT
* * * **
106222 GAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATAGGTGGTCATAAATGGACTTTTCTTACTGATGAATCATGTT
1 GAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATAGGTGCTCATAAATGGACTTCTCTTACTGATGAATCACATT
** * * * *
106287 TTCTTCACATTTC-TCAAGAAAAAGACTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATTAAAAAAT
66 TTCTTCATGTTTCTTC-AGGAAAACACTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATGAAAAAAT
* * * *
106351 TTAACTTAAAATTAATTATAAGGTTGTAAAACTATTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTGAAAGACA
130 TAAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCG---AATAAGGCTTTGAAAGACA
* * *
106416 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGC-GTTCTCCTACCAT-TTTGC-AAGGT
192 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAACGAATGGCTGTT-T-CT--CATGTTTCCTAAGGT
* * * **********
106478 AGAGATTCAAATATAATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTCAGCTTAAANNNNNNNNNN
253 AGACACTCAAATACAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATTAATAATG
106542 AGATCATAAAACCATTTAAAGC-
318 AGATCATAAAACCATTTAAA-CT
* **********
106564 GAGTAATAAGGCTTTAGAAA-ACATGGGTGACT-ATAAATGGACTTCNNNNNNNNNNGAATCACA
1 GAGTAATAAGGCTTT-GAAAGACATAGGTG-CTCATAAATGGACTTCTCTTACTGATGAATCACA
* *
106627 TTCTT-TTCATGTTTCTTCAGGCAAACACTCAATTTTAATCTATTTTAACTAAAA
64 TT-TTCTTCATGTTTCTTCAGGAAAACACTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
106681 TTGTAATAAA
Statistics
Matches: 374, Mismatches: 71, Indels: 25
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 144 0.39
340 1 0.00
341 3 0.01
342 170 0.45
343 49 0.13
344 4 0.01
345 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (339 bp):
GAGTAATAAGGCTTTGAAAGACATAGGTGCTCATAAATGGACTTCTCTTACTGATGAATCACATT
TTCTTCATGTTTCTTCAGGAAAACACTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATGAAAAAATT
AAACTTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAATAAGGCTTTGAAAGACATGGG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAACGAATGGCTGTTTCTCATGTTTCCTAAGGTAGACACTC
AAATACAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATTCAGCTTAAAATTAATAATGAGATCATA
AAACCATTTAAACT
Found at i:107058 original size:168 final size:168
Alignment explanation
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Period size: 168 Copynumber: 2.3 Consensus size: 168
106764 ATAAACACTA
* * *
106774 AATTATAATCTGTTCTGACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAAGTTATAA
1 AATTATAATCTGTTTTAACC-AAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAAT--TGAAGTTATAA
* * ********** * * *
106839 AACGTCTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTNNNNNNNNNNAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGGC
63 AACATCTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTCTCTAGCC
** *
106904 AATAAATGGTTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGCATAACAATC
128 AATAAATCATGTTTTCTTCATGTTTCTCCAAGCA-AACAATC
* *
106945 GAA-TATAATCTGTTTTAACCAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTGAGGTTATAAAA
1 -AATTATAATCTGTTTTAACCAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTGAAGTTATAAAA
*
107009 CCAT-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGGCTTCTCTAGCCA
65 -CATCTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTCTCTAGCCA
* ** * *
107073 ATGAATCATGTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACACTC
129 ATAAATCATGTTTTCTTCATGTTTCTCCAAGCAAACAATC
* * * *
107113 AATTATATTCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
1 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAATAT-AAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATT
107166 ATGAGATTGT
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 34, Indels: 13
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 8 0.04
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172 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (168 bp):
AATTATAATCTGTTTTAACCAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTGAAGTTATAAAAC
ATCTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTCTCTAGCCAAT
AAATCATGTTTTCTTCATGTTTCTCCAAGCAAACAATC
Found at i:107798 original size:171 final size:168
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Period size: 171 Copynumber: 47.7 Consensus size: 168
107416 NNNNNNNNNN
* *
107426 ACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTGAAAGGCATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGG
* * * * * * * *
107491 ATAACTATAAATGGATTTTTCTTGCAAATGAATGCCTTTTCCTTCATGTTT-TCCAAAGAAAATA
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-CATTTTTCTTCATGTTTCT-C-AAGCAAACA
* * * *
107555 CTCAATTATAATATGTTTTGACTAAAAATGTAAACAAATTCA
128 TTCAATTATAATCTGTTTT-ACTAAAAATATAAAAAAATTCA
********** * *
107597 ACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAACGCATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGG
* * * *
107662 GTGACTATATATAGACTTTTCTTGCCAATGAATCATATTTTTTTCATGTTTCTCAAGCAAACACT
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCAT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGCAAACATT
*
107727 CAATTATAATCTGTTTTGACTAAAAATATAAAAAACGTTCA
130 CAATTATAATCTGTTTT-ACTAAAAATATAAAAAA-ATTCA
* * * * * *
107768 ACATAAAATCAACTACGAGATTATAAAACCATTCAACGCAAGTAATAAGG-TTTCGAAAGGCATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGGCATG
** * * * * * * * *
107832 GGTGACTGCAAATGGTCTTTTCTTG-CACTTGAAT-AGCTTTTTCTTTATATCTCCCAAGGTAGA
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA-ATGAATCA--TTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GCAAA
** * * **
107895 CATTCAAACATAATCTGTTTTAAC-AGGAAATATAAAAACATTTG
126 CATTCAATTATAATCTGTTTT-ACTA-AAAATATAAAAAAATTCA
* * ** *
107939 ACTTAAAATCAATTGTGACATTATAAAACCATTTAAAGAAAATAATAAGGCTTCT-AAAGGCATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TGAAAGGCATG
* * * * * * * *
108003 GGTTACTACAAATGGAGTTTTCTGGCCAATGAAT-AGTTTTTTCTTCATATTTCTCATGGTAGAC
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCA--TTTTTCTTCATGTTTCTCA-AGCAAAC
* * * * * *
108067 AATGAATT-TCAATTTGTTTTAACAAAAAAGATAAAAATATTCA
127 ATTCAATTAT-AATCTGTTTT-ACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * * * *
108110 GCTTAAATTCCATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTAAAAGGCATGT
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGG
* * * * * *
108175 GTGAC-A-ACAA---A----TCTTGCTAATGACTGGC-TTTTCCTTCATGTTTTCTGAGGTAAAC
66 GTGACTATA-AATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT--CATTTTTCTTCATG-TTTCTCAAGCAAAC
* * * *
108230 ACTCAATTATAATTTGTTTTGACCAAAAATATAAAAAAATTTA
127 ATTCAATTATAATCTGTTTT-ACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * *
108273 ACTTAAAATCACTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGAAATAAGGCTTTGGAAGGCATGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGG
* ** * ** *
108338 GTTACTCCAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCATATTTTCTTGACATTTCTCAAGCAAAACAC
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCAT-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGC-AAACAT
* *
108403 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATT-A
129 TCAATTATAATCTGTTTT-ACTAAAAATAT-AAAAAAATTCA
* * ** *
108444 ACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTCT-AAAGGCTTG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TGAAAGGCATG
* * * * * *
108508 AGTCACT-TGAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC-TTTTGCATCATGTTTCCTGAAGCAAA
65 GGTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT--CATTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGCAAA
* * * * * *
108571 CATGCAACTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTA
126 CATTCAATTATAATCTGTTTTACT-AAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * * * **
108615 ACTGAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGACTTTGGAAGGCATAC
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGG
* * * * * *
108680 GTGA-TCATAAATGGACTTTTCTTG-TAATGAAT-AGTTTTTTATTTACGTTTCCTGAAGCAGAC
66 GTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCA--TTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGCAAAC
* * * **
108742 ATTCAAATATAATTTGTTTTAACTAAAAATATAGAAAAATTTG
127 ATTCAATTATAATCTGTTTT-ACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* ** *
108785 ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTCT-AAAAGCATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TGAAAGGCATG
* * * * * * *
108849 GGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCTATGAATGACTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAAACA
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCA-TTTTTCTTCATGTTTC-TCAAGCAAACA
* * * *
108914 TTAAATTTTAATCTGCTTTGACTAAAAATGTAAAAAAATTCA
128 TTCAATTATAATCTG-TTTTACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * * *
108956 ACTTAAAATCAATAATGA-AGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTATTAAGGGTTTGGATGGCATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATG
* * * * ** *
109020 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTT-GTCACATTTCTTAAG-ATAGAC
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCA-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGCA-A-AC
* * * *
109083 ATTCAATTATAATATTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTA
127 ATTCAATTATAATCTGTTTTACT-AAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * ** *
109126 ACTTAAAATCAATTA-CAGGATTATAAAATCATATAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATA
1 ACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATG
** * ** * * * * * *
109190 GACGACTAGAAATAAACTTTTCTTGTCAATAAATGGC-TTTTGCATT-ACGTTTCCTAAAACAAA
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT--CATTTTTC-TTCATGTTT-CTCAAGCAAA
* * * * *
109253 CATTCGATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTTA
126 CATTCAATTATAATCTGTTTT-ACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* * *
109297 GCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAA-ACATG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGGCATG
* * * * ** *
109361 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTT-TGTCACATTTCTTAAGACAAAC
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCA-TTTTTCT-TCATGTTTCTCAAG-CAAAC
* * *
109425 ATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCA
127 ATTCAATTATAATCTGTTTTACT-AAAAATATAAAAAAATTCA
* * * **
109468 ACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGGTAATATGGCTTCT-AAAGATAT
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTT-TGAAAGGCAT
* ** * * * * * *
109531 AGACGATTAGAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-AGATGGC-TTTTGCATCATGTTTCCTAAAGTAA
64 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-AT--CATTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGCAA
* * * * * *
109594 ACATTCGATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTTA
125 ACATTCAATTATAATCTGTTTTACT-AAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * * * * *
109639 ATTTACAATCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTCGGAAGGAATAG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGG
* **
109704 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTT-TGTCATGTTTCTTTAG-ATAGACA
66 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATCATTTTTCT-TCATGTTTCTCAAGCA-A-ACA
* * * * * *
109767 TTCAATTAATAATATATTTTAATCAAAAATGTAAAACAATTTA
128 TTCAATT-ATAATCTGTTTTACT-AAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * ** *
109810 ACTTAAAATCAATTACCG-GATTATAAAATCATTTAAAG-GAAATAATGAGGCTTCCAAAGACAT
1 ACTTAAAATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG-AGTAATAAGGCTTTGAAAGGCAT
** * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * ** * * * ** *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* ** * * *
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* ** * * *
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* * * * * **
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * *
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1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATG
* * * *
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* * * **
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*
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1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTGAAAGGCATG
* * * * ** *
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* *
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* * * * * * * *
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1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGG
* * * * * * *
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* * *
110960 ATTTAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAACAAATTCA
127 ATTCAATTATAATCTGTTTT-ACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * **
111003 ACTGT-AAATAAATTATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTCT-ATAA-GCA
1 ACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TGA-AAGGCA
* * ** * * * * * *
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* ** * *
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* * * * *
111174 ACTTAAAATCAATAACGGGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCAT-G
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGG
*
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** * * *
111302 CTT-AGCTATAATCCGTTTTAACTAAAAATGT-AAAACATTCA
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* * * * * *
111343 ACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGGGTAATATGGCTTTCAAAGGCTTGG
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGG
* * * * * * * * * *
111408 GTGAGTATAGATGCATTTTTCTTGTCAATGGATGGC-TTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAGA-A
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* * * * *
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* **** * **
111513 ACTTAAAATTAATTATGAGGCCGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAA
1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGG
* * * * * * * * *
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* * ***********
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1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TGAAAGGCATG
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** * * * * *
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* * * *
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* * * *
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112556 ANNNNNNNNNNATAATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGG
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* * * * *
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1 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGG
** * * * ** * * * * *
112792 GCCACT-TGAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGTGTTTGCATCATGTTTCCTAAAGGAGACA
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* * * * * * *
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********** * * * *
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* * * *
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* * *
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** ** * * *
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* * * *
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* * *
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********** * * * *
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* * * *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
115289 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGTGCAATAAAGCTTTGGAAA-ACATG
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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115577 CCNNNNNNNN
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AATTATGAGATTATAA
Found at i:113694 original size:18 final size:21
Alignment explanation
Indices: 113653--113694 Score: 63
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
113643 ATGGGTGACT
113653 ATAAATGGACTTTTCTCGTTA
1 ATAAATGGACTTTTCTCGTTA
113674 ATAAAT-GACTTTT-TC-TTA
1 ATAAATGGACTTTTCTCGTTA
113692 ATA
1 ATA
113695 TTTCTTGAAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
18 6 0.29
19 2 0.10
20 7 0.33
21 6 0.29
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (21 bp):
ATAAATGGACTTTTCTCGTTA
Found at i:118107 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 117440--118760 Score: 1046
Period size: 341 Copynumber: 3.9 Consensus size: 336
117430 ATAAATAGAC
* * * * * * * * *
117440 TTTTCTTGCCAATGAATGAC-TTTTTGTCGCATTTCTTAAGATAGACATTCAATTATAATATGTT
1 TTTTCTCGCTAATGAAAGACTTTTTTGTCACATTTCTTGAGACAAACATTCAATTATAATATATC
* * * * *
117504 TTAATTAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATAGGATTATAAAACCATTTAAAGCA
66 TTAA-TAAAAATGTGAAACAATTCAACTTAAAATCAATT-TAAGATTATAAAACCATTTAAAGC-
** * * * * *
117569 AGCAAATAAGGCTTCTAAAGACAT-GAGTGATTAGAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATGGTTT
128 AGGTAATAAGGCTTCCAAAGACATAG-GTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGC-AATGGATGGCTT
** * * *
117633 TTGCATTACATTTTCTAAAGCAAACATTCGATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAATAT
191 TTGCATTATGTTTCCTGAAGCAAACATTCGATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAATAT
* ******* *
117698 TTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTNNNNNNNNNNTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTGGAAAGCA
256 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATT---AAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTCGGAAAGCA
**
117763 TGGGTGACTAT-AAATAGACT
318 TGGGTG-CTATAAAAT-GAAA
* * *
117783 TTTTCTAC-C-AATGAAAGACTTTTTTGTCACATTTTTTGAGACAAATATTTAATTATAATATAT
1 TTTTCT-CGCTAATGAAAGACTTTTTTGTCACATTTCTTGAGACAAACATTCAATTATAATATAT
* ********** *
117846 TTTAATAAAAAATNNNNNNNNNNTCAACTTAAAATCAATTGTAAGATTATAAAACTATTTAAAGC
65 CTTAAT-AAAAATGTGAAACAATTCAACTTAAAATCAATT-TAAGATTATAAAACCATTTAAAGC
*
117911 AGGTAATAAGGCTTCCAAAGATATAGGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCAATGGATGGCTTTT
128 AGGTAATAAGGCTTCCAAAGACATAGGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCAATGGATGGCTTTT
* * * * *
117976 GCATTATGTTCCCTGAAGCAAACATTCAACTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAACT-TT
193 GCATTATGTTTCCTGAAGCAAACATTCGATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-TATT
******* * * *
118040 TAACTTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCGGAAGGCAT
257 TAACTTAAAATCAATTA---TGAGATTAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTCGGAAAGCAT
118105 GGGTGCTATAAAATGAAA
319 GGGTGCTATAAAATGAAA
* * ** * *
118123 TTTTCTCGCTAATGAATGACTTTTTTGTTATGTTTCTTGAGACAGACATTCAGTTATAATATATC
1 TTTTCTCGCTAATGAAAGACTTTTTTGTCACATTTCTTGAGACAAACATTCAATTATAATATATC
* * * *
118188 TTAATCAAAATGTGAAACAATTTAACTTAAAATCAA-TTACCGAATTATAAAACCATTTAAAGAA
66 TTAATAAAAATGTGAAACAATTCAACTTAAAATCAATTTA-AG-ATTATAAAACCATTTAAAGCA
* * *
118252 AGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATAGGTGACTAGAAATGGACTTCTCTTGCCAATGGATGGCTTTT
129 GGTAATAAGGCTTCCAAAGACATAGGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTG-CAATGGATGGCTTTT
* * * * * * *
118317 GCATCATGTTTCCTGAAGTAGACATTTGATTATAATATGTCTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC
193 GCATTATGTTTCCTGAAGCAAACATTCGATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAATATTT
******** * * ** *
118382 AAC-TACAAATCAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGGCTT-TAAAAGGTA
258 AACTTA-AAATCAATTATGAGATTA-A--ACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTCGGAAA-GCA
* *
118445 TGGGTAACTAT-AAATGAAC
318 TGGGT-GCTATAAAATGAAA
* * * ** * * *
118464 TTTTCTCACTAACGAATGACTTTTTTGTCACGGTTCTTGAGATAAACATTCAATTACAATATATT
1 TTTTCTCGCTAATGAAAGACTTTTTTGTCACATTTCTTGAGACAAACATTCAATTATAATATATC
* * * * *
118529 TTATTCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAAT-AAATTACAGGATTATAAAACTATTTAAAGT
66 TTAAT-AAAAATGTGAAACAATTCAACTTAAAATCAATTTA-A-GATTATAAAACCATTTAAAGC
* * ** * * *
118593 AAGTAACAAGGCTTCCAAAGGTATAGGAGACTAGAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATAGCTTT
128 AGGTAATAAGGCTTCCAAAGACATAGGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTG-CAATGGATGGCTTT
* * * * * * * * * *
118658 TGCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTTGATTACAATATATTTT-ACCGAAAATGTGAAAACATT
192 TGCATTATGTTTCCTGAAGCAAACATTCGATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAATATT
* *
118722 CAACTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAA
257 TAACTTAAAATCAATTATGAGA-T-T-AAACCATTTAAA
118761 GCGAGTANNN
Statistics
Matches: 785, Mismatches: 165, Indels: 58
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.00
339 4 0.01
340 100 0.13
341 375 0.48
342 206 0.26
343 96 0.12
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (336 bp):
TTTTCTCGCTAATGAAAGACTTTTTTGTCACATTTCTTGAGACAAACATTCAATTATAATATATC
TTAATAAAAATGTGAAACAATTCAACTTAAAATCAATTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAGG
TAATAAGGCTTCCAAAGACATAGGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCAATGGATGGCTTTTGCA
TTATGTTTCCTGAAGCAAACATTCGATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAATATTTAAC
TTAAAATCAATTATGAGATTAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTCGGAAAGCATGGGTGCT
ATAAAATGAAA
Found at i:118695 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 117482--118767 Score: 677
Period size: 171 Copynumber: 7.5 Consensus size: 169
117472 TTCTTAAGAT
* * ** * * *
117482 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAATTAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATAG
1 AGACATTTAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTA-AG
* * ** * *
117547 GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAAATAAGGCTTCTAAAGACAT-GAGTGATTAGAAATGAAC
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCAAG-TAATAAGGCTTCCAAAGGTATAG-GTGACTAGAAATGGAC
* * * *
117611 TTTTCTTGCTAATGAATGGTTTTTGCATTACAT-TTT-CTAAAGC
128 TTTTCTTGCCAATGGAT-GCTTTTGCA-T-CATGTTTCCTGAAGC
* ** * * * * * *
117654 AAACATTCGATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAA-ATATTTAGCTTAAAATCAATTATG
1 AGACATTTAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAACA-ATTCAACTTAAAATCAATTAAG
********** * ** * * * *
117718 AGATTNNNNNNNNNNTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTGGAAA-GCATGGGTGACTATAAATAGAC
65 -GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTCCAAAGGTATAGGTGACTAGAAATGGAC
* * * *
117782 TTTT-TCTACCAATGAAAGACTTTTTTGTCA-CAT-TTT-TTG-AGAC
128 TTTTCT-TGCCAATGGATG-C--TTTTG-CATCATGTTTCCTGAAG-C
* * ** **********
117825 AAATATTTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATNNNNNNNNNNTCAACTTAAAATCAATTGTAA
1 AGACATTTAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAA-T-TAA
* * *
117890 -GATTATAAAACTATTTAAAGCAGGTAATAAGGCTTCCAAAGATATAGGTGACTAGAAATGGACT
64 GGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGTATAGGTGACTAGAAATGGACT
* *
117954 TTTCTTG-CAATGGATGGCTTTTGCATTATGTTCCCTGAAGC
129 TTTCTTGCCAATGGAT-GCTTTTGCATCATGTTTCCTGAAGC
* * * * * *
117995 AAACATTCAACTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-ACTTTTAACTTAAAATCAATTANN
1 AGACATTTAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAACA-ATTCAACTTAAAATCAATTA-A
******** * ** * * * * *
118059 NNNNNNNNAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCGGAAGGCATGGGTG-CTATAAAATGAAA
64 GGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGTATAGGTGACTA-GAAATGGAC
* * * *** * *
118123 TTTTCTCGCTAATGAATGACTTTTTTGTTATGTTTCTTG-AGAC
128 TTTTCTTGCCAATGGATG-CTTTTGCATCATGTTTCCTGAAG-C
* * * * * * *
118166 AGACATTCAGTTATAATATATCTTAATC-AAAATGTGAAACAATTTAACTTAAAATCAATTACCG
1 AGACATTTAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTA-AG
* * *
118230 AATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATAGGTGACTAGAAATGGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGTATAGGTGACTAGAAATGGACTT
* *
118295 CTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCATCATGTTTCCTGAAGT
130 TTCTTGCCAATGGAT-GCTTTTGCATCATGTTTCCTGAAGC
* * * * * *
118336 AGACATTTGATTATAATATGTCTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC-TACAAATCAATTATG
1 AGACATTTAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTA-AAATCAATTAAG
********** * ** * * * *
118400 AGATTATANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGTATGGGTAACTATAAATGAACT
65 -GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGTATAGGTGACTAGAAATGGACT
** * * * *** * * * *
118465 TTTCTCACTAACGAATGACTTTTTTGTCACGGTTCTTG-AGAT
129 TTTCTTGCCAATGGATG-CTTTTGCATCATGTTTCCTGAAG-C
* * * ** *
118507 AAACATTCAATTACAATATATTTTATTCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATAAATTACAG
1 AGACATTTAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTA-AG
* * * *
118572 GATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTCCAAAGGTATAGGAGACTAGAAATGGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGTATAGGTGACTAGAAATGGACTT
* *
118637 TTTTTGCCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGC
130 TTCTTGCCAATGGAT-GCTTTTGCATCATGTTTCCTGAAGC
* * * * *
118678 AGACATTTGATTACAATATATTTT-ACCGAAAATGTGAAAAC-ATTCAACTTAAAATTAATTATG
1 AGACATTTAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT-AAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAAG
* *
118741 AGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTA
65 -GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTA
118768 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 820, Mismatches: 252, Indels: 86
0.71 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 9 0.01
169 7 0.01
170 292 0.36
171 420 0.51
172 81 0.10
173 7 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (169 bp):
AGACATTTAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTAAGG
ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGTATAGGTGACTAGAAATGGACTTT
TCTTGCCAATGGATGCTTTTGCATCATGTTTCCTGAAGC
Found at i:118755 original size:682 final size:676
Alignment explanation
Indices: 117440--118767 Score: 1425
Period size: 682 Copynumber: 1.9 Consensus size: 676
117430 ATAAATAGAC
* * * * *
117440 TTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTGTCGCATTTCTTAAGATAGACATTCAATTATAATATGTTT
1 TTTTCTCGCCAATGAATGACTTTTTGTCACATTTCTTAAGACAGACATTCAATTATAATATATCT
* * *
117505 TAATTAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATAGGATTATAAAACCATTTAAAGCAA
66 TAATTAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTACAGAATTATAAAACCATTTAAAGAAA
* * * * *
117570 GCAAATAAGGCTTCTAAAGACATGAGTGATTAGAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAATGGTTTTT
131 GCAAATAAGGCTTCCAAAGACATGAGTGACTAGAAATGAACTTCTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
* * * *
117635 GCATTACATTTTCTAAAGCAAACATTCGATTATAATATGTTTTAACTAAAAATATAAAAATATTT
196 GCATTACATTTTCTAAAGCAAACATTCGATTATAATATGTCTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC
* *** *
117700 AGCTTAAAATCAATTATGAGATTNNNNNNNNNNTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTGGAAAGCATG
261 AACTTAAAATCAATTATGAGATT-------ATATTAAAACAAGTAATAAGGCTTTGAAAAGCATG
* * * * *
117765 GGTGACTATAAATAGACTTTTTCTACCAATGAAAGACTTTTTTGTCACATTTTTTGAGACAAATA
319 GGTAACTATAAATAGACTTTTTCTACCAACGAAAGACTTTTTTGTCACAGTTCTTGAGACAAACA
* * ********** * **
117830 TTTAATTATAATATATTTTAATAAAAAATNNNNNNNNNNTCAACTTAAAATCAATTGTAAGATTA
384 TTCAATTACAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATAAATTACAAGATTA
* * *
117895 TAAAACTATTTAAAGCAGGTAATAAGGCTTCCAAAGATATAGGTGACTAGAAATGGACTTTTCTT
449 TAAAACTATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTCCAAAGATATAGGAGACTAGAAATGGACTTTTCTT
* * * *
117960 GCAATGGATGGCTTTTGCATTATGTTCCCTGAAGCAAACATTCAACTATAATATATTTTAACCAA
514 GCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTCCCTAAAGCAAACATTCAACTACAATATATTTTAACCAA
* * **********
118025 AAATGTAAAAACTTTTAACTTAAAATCAATTANNNNNNNNNNAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
579 AAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
118090 GGCTTCGGAAGGCATGGGTGCTATAAAATGAAA
644 GGCTTCGGAAGGCATGGGTGCTATAAAATGAAA
* * ** * *
118123 TTTTCTCGCTAATGAATGACTTTTTTGTTATGTTTCTTGAGACAGACATTCAGTTATAATATATC
1 TTTTCTCGCCAATGAATGAC-TTTTTGTCACATTTCTTAAGACAGACATTCAATTATAATATATC
* * * * * * *
118188 TTAA-TCAAAATGTGAAACAATTTAACTTAAAATCAATTACCGAATTATAAAACCATTTAAAGAA
65 TTAATTAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTACAGAATTATAAAACCATTTAAAGAA
* * * *
118252 AG-TAATAAGGCTTCCAAAGGCAT-AGGTGACTAGAAATGGACTTCTCTTGCCAATGGATGGCTT
130 AGCAAATAAGGCTTCCAAAGACATGA-GTGACTAGAAATGAACTTCTCTTGCCAATGAATGGCTT
* * * *
118315 TTGCA-T-CATGTTTCCTGAAGTAGACATTTGATTATAATATGTCTTAACCAAAAATATAAAAAA
194 TTGCATTACAT-TTT-CTAAAGCAAACATTCGATTATAATATGTCTTAACCAAAAATATAAAAAA
*** * *
118378 ATTCAAC-TACAAATCAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AAAA
257 ATTCAACTTA-AAATCAATTATGAGATTATA-------TTAAAACAAGTAATAAGGCTTTGAAAA
* * * *
118441 GGTATGGGTAACTATAAAT-GAAC-TTTTCTCACTAACGAATGACTTTTTTGTCACGGTTCTTGA
314 -GCATGGGTAACTATAAATAG-ACTTTTTCT-ACCAACGAAAGACTTTTTTGTCACAGTTCTTGA
* * *
118504 GATAAACATTCAATTACAATATATTTTATTCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATAAATTA
376 GACAAACATTCAATTACAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATAAATTA
* * *
118569 CAGGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTCCAAAGGTATAGGAGACTAGAAATGGA
441 CAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTCCAAAGATATAGGAGACTAGAAATGGA
* * * ** *
118634 CTTTTTTTGCCAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTTCCTAAAGCAGACATTTGATTACAATATAT
506 CTTTTCTTG-CAATGGATAGCTTTTGCATCATGTTCCCTAAAGCAAACATTCAACTACAATATAT
* * *
118699 TTT-ACCGAAAATGTGAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGC
570 TTTAACCAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGC
118763 GAGTA
635 GAGTA
118768 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 523, Mismatches: 106, Indels: 33
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
680 3 0.01
681 17 0.03
682 345 0.66
683 119 0.23
684 39 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (676 bp):
TTTTCTCGCCAATGAATGACTTTTTGTCACATTTCTTAAGACAGACATTCAATTATAATATATCT
TAATTAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTACAGAATTATAAAACCATTTAAAGAAA
GCAAATAAGGCTTCCAAAGACATGAGTGACTAGAAATGAACTTCTCTTGCCAATGAATGGCTTTT
GCATTACATTTTCTAAAGCAAACATTCGATTATAATATGTCTTAACCAAAAATATAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATATTAAAACAAGTAATAAGGCTTTGAAAAGCATGGGTAACT
ATAAATAGACTTTTTCTACCAACGAAAGACTTTTTTGTCACAGTTCTTGAGACAAACATTCAATT
ACAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATAAATTACAAGATTATAAAACT
ATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTCCAAAGATATAGGAGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCAATGG
ATAGCTTTTGCATCATGTTCCCTAAAGCAAACATTCAACTACAATATATTTTAACCAAAAATGTA
AAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCG
GAAGGCATGGGTGCTATAAAATGAAA
Found at i:119170 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 118868--119710 Score: 582
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 171
118858 NNNNNNNNNN
* * * * *
118868 AAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAACATA
1 AAATGGTTTTAT-ATGCTCATATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-CATTTTTTGGTTAAAACA
* * * * *
118931 GATTATAATTTAGTGTTTGCCTCAAAAAATATGAAA-AGAACATG--ATTCATTCGCAAGAAAAG
64 GATTATAATTCAGTATTTGCCTCAAGAAACAT-AAACA-AA-AAGCCATTCATTCGCAAGAAAAG
* * *
118993 TCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTT
126 TCCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
119039 AAATGGTTTTATATGCTCGTATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTCTTTTTTTGGTTAAAACAGA
1 AAATGGTTTTATATGCTCATATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTCATTTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * * *
119104 TTATAAGTGAGTTTTTGCCTCGAGAAACATAAACAAAAAGCCATTCATTGGCATGAAAATTCCAT
66 TTATAATTCAGTATTTGCCTCAAGAAACATAAACAAAAAGCCATTCATTCGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
119169 TTATAGTAACCTATACCTTCCGAAGCCTTACTACTCACTTT
131 TTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
** * * * *
119210 AAATGGTTTTATACACTCATTATTGGA-TTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTT-ATTAAAACA
1 AAATGGTTTTATATGCTCA-TATTTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTCATTTTTTGGTTAAAACA
* * ** * * * * *
119273 GATTAAAATTCAATACCTACCTCAAGAAACATGACCAAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAGAAGTC
64 GATTATAATTCAGTATTTGCCTCAAGAAACATAAAC-AAAAAGCCATTCATTCGCAAGAAAAGTC
* * * *
119338 TATTTATAGTCATCCATACATTCCAAAGCTTTATTACTCGCTTT
128 CATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * * * *
119382 GAATAGTTTTATAAGCTTAAATTTGATTTTAAGTTGAATTCTGTT-ATATTTTGGTTAAAATAGA
1 AAATGGTTTTATATGCTCATATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTCATTTTTTGGTTAAAACAGA
* * *** **** ** * * *
119446 TTAT-GTTC-GAATGCTTGCCTTTTGAATTGGGAGGC-AAAAGGCATTCACTGGCAAGAAAAGTC
66 TTATAATTCAGTAT--TTGCCTCAAGAA-ACATAAACAAAAAGCCATTCATTCGCAAGAAAAGTC
* * * * **
119508 CATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTCG
128 CATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * **
119552 AAATGGTTTTACAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAATTAAAATC
1 AAATGGTTTTA-TATGCTCATATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-CATTTTTTGGTTAAAA-C
** * * * * * * * * *
119615 A-ATTATAATAGAGTGTTTGACTCAAGAAATATGAAGAGAACAG-GATTCATTGGCAAGAGAAGT
63 AGATTATAATTCAGTATTTGCCTCAAGAAACATAAACA-AAAAGCCATTCATTCGCAAGAAAAGT
* * * *
119678 TCATTTAGAGTCATCCATACCTTCCAATGCCTT
127 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTT
119711 TCAAAGCCTT
Statistics
Matches: 509, Mismatches: 142, Indels: 42
0.73 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 108 0.21
171 285 0.56
172 111 0.22
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAATGGTTTTATATGCTCATATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTCATTTTTTGGTTAAAACAGA
TTATAATTCAGTATTTGCCTCAAGAAACATAAACAAAAAGCCATTCATTCGCAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTT
Found at i:119641 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 118868--119704 Score: 821
Period size: 342 Copynumber: 2.4 Consensus size: 339
118858 NNNNNNNNNN
* * * *
118868 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAACAT-AG
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATCAG
* * * * *
118932 ATTATAATTTAGTGTTTGCCTCAAAAAATATGAAAAGAACATGATTCATTCGCAAGAAAAGTCCA
66 ATTATAATTCAGTGTTTGACTCAAGAAATATGAAAA-AA-A-GATTCATTCGCAAGAGAAGTCTA
* * * * * **
118997 TTTATAGCCACCCATGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATGCTCGTATT
128 TTTATAGTCATCCATACCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAGCTCAAATT
* * * * * **
119062 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTCTTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAAGTGAGTTTTTGCCTCGA
193 TGATTTTAAGTTAAATTCTGTTCATATTTTGGTTAAAACAGATTAT-AGTGAATGCTTGCCTCGA
* * * * * **
119127 GAAACATAAACAAAAAGCCATTCATTGGCATGAAAATTCCATTTATAGTAACCTATACCTTCCGA
257 GAAACAGAAACAAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATACCTTCAAA
**
119192 AGCCTTACTACTCACTTT
322 AGCCTTACTACTCACTCG
* * *
119210 AAATGGTTTTATACA-CTCATTATTGGA-TTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTTATTAAAA-C
1 AAATGGTTTTATA-ATCTCATAATT-GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATC
* * *** * *
119272 AGATTAAAATTCAATACCT-ACCTCAAGAAACATGACCAAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAGAAG
64 AGATTATAATTCAGTGTTTGA-CTCAAGAAATATGA--AAAAAAG--ATTCATTCGCAAGAGAAG
* * * * *
119336 TCTATTTATAGTCATCCATACATTCCAAAGCTTTATTACTCGCTTTGAATAGTTTTATAAGCTTA
124 TCTATTTATAGTCATCCATACCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAGCTCA
* *
119401 AATTTGATTTTAAGTTGAATTCTGTT-ATATTTTGGTTAAAATAGATTAT-GTTCGAATGCTTGC
189 AATTTGATTTTAAGTTAAATTCTGTTCATATTTTGGTTAAAACAGATTATAG-T-GAATGCTTGC
*** *** ** * * *
119464 CTTTTGAATTGGGAGGC-AAAAGGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCC
252 CTCGAGAA-ACAGAAACAAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATACC
* **
119528 TTCAAAAGCCTTATTACTTGCTCG
316 TTCAAAAGCCTTACTACTCACTCG
*
119552 AAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATCA-
1 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATCAG
** * *
119616 ATTATAATAGAGTGTTTGACTCAAGAAATATGAAGAGAACAGGATTCATTGGCAAGAGAAGT-TC
66 ATTATAATTCAGTGTTTGACTCAAGAAATATGAA-A-AA-AAGATTCATTCGCAAGAGAAGTCT-
*
119680 ATTTAGAGTCATCCATACCTTCCAA
127 ATTTATAGTCATCCATACCTTCCAA
119705 TGCCTTTCAA
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 79, Indels: 39
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
340 3 0.01
341 47 0.12
342 241 0.61
343 103 0.26
344 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATCAG
ATTATAATTCAGTGTTTGACTCAAGAAATATGAAAAAAAGATTCATTCGCAAGAGAAGTCTATTT
ATAGTCATCCATACCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAGCTCAAATTTGA
TTTTAAGTTAAATTCTGTTCATATTTTGGTTAAAACAGATTATAGTGAATGCTTGCCTCGAGAAA
CAGAAACAAAAAGCCATTCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATACCTTCAAAAGCC
TTACTACTCACTCG
Found at i:121228 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 120809--121383 Score: 426
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 171
120799 CATTGGAGAG
* * * *
120809 AAAGTCCATTTATGGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTCTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
120874 CTCATTATTGATTTCAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTTAGTGTT
66 CCCATTATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAAATTAGAAATGAGTGTT
* * *
120939 TAGTTCCAAAAATGTGAAGAGAAAGCCACTCAAGGGCAAGA
131 TACTTCCAAAAACGTGAAGAAAAAGCCACTCAAGGGCAAGA
* * * * ******
120980 AAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACACGCTTTAAATGGTTTNNNNNN
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
**** * *
121045 NNNNTAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTCTTTACATTTTTAGTCAAAACAAATTGGAAATGAGTGT
66 CCCATTATTGATTTTAAGTTGAATCTT-TTTACATTTTTAGTCAAAACAAATTAGAAATGAGTGT
* ** * ** *
121109 TGTCCTT-GGAAAACGTG-AGAAAAAAGCCATTCATTGGCCAGA
130 T-TACTTCCAAAAACGTGAAG-AAAAAGCCACTCAAGGGCAAGA
* * * * *
121151 AAAGCCCATTTGTAGTCACCCTTGCCTTTGAAAGCCTTACTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
********** * * *
121216 CCCATTATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTACATTTTTGGTCAAAA-AAGATTATAATTGAGCT-
66 CCCATTATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAA-ATTAGAAATGAG-TG
* *** * ** * ** *
121279 TTCTCCTT-GGGAAACCTGAAGAACGAGCCATTCATCGACAAGA
129 TT-TACTTCCAAAAACGTGAAGAAAAAGCCACTCAAGGGCAAGA
* *
121322 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCT-AAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
121384 TATCTCNNNN
Statistics
Matches: 312, Mismatches: 84, Indels: 16
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.02
171 297 0.95
172 9 0.03
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
CCCATTATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAAATTAGAAATGAGTGTT
TACTTCCAAAAACGTGAAGAAAAAGCCACTCAAGGGCAAGA
Found at i:125814 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 124721--126612 Score: 1149
Period size: 171 Copynumber: 11.0 Consensus size: 169
124711 NNNNNAATGG
* * * * * *
124721 GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAGTAAGGCTTCCGAAGGCATGGGTGACTACAAGTGGACTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-T
* * ** ** ** *
124786 TTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCCTCACT-TTTCCCAAGGCCAA-ACTCAATTCCAATTTGTTT
65 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCTTAAGGTAAACACTCAATTATAATCTGTTT
* * * *
124849 TGACTAAAAATGTAAAACACTTCAACTTAAAATTAATTATGA
129 TAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* ********** * *
124891 GATTATAAAACCATTTAAAGCGTGTAATAANNNNNNNNNNGGCATGGGTGGCTAT-AATGAACTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-T
* * ** * * * * * * *
124955 TTCTTACCAATGAGTGGCTTTTTCTTCACACTTT-TCAAGATAAACACTAAACTACAAGCTTTTT
65 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCTTAAGGTAAACACTCAATTATAATCTGTTT
* * * * *
125019 TGACTAAATATGTAAAACGATTCAACTTAAACTCAATTATGA
129 TAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * ***
125061 GATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTCTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGNNNN
1 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG-ACT
****** * ** *
125126 NNNNNNCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGCTTCACAAGGAAAACACTCAATTATAATCTGTTTT
65 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACACTCAATTATAATCTGTTTT
* * *
125191 GACCAAAAATGTAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTATGA
130 AACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
********** * * * * * * *
125231 GATTATANNNNNNNNNNAAGCAACTAGTAAGGCTTTCGAAGGTATGGGTGACTACAAATTGATTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CT
* ** ** ** * *
125296 TTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCCAACACTCAATTGCAATTTTTTTT
65 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACACTCAATTATAATCTGTTTT
* * *
125361 GACCAAAAATGTACAGAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
130 AACCAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * ********* * *
125402 GATTATAAAACCATTTGAAGCGTGTAATANNNNNNNNNNAA-GCGTGGGTGGCTATAAATGGACT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-
* * * * * *
125466 TTTCTTACCAATGAGTGACTTTTTCTTCATGTTT-TTGGAA-CTAAACACTAAATTATAATCTAT
64 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT--AAGGTAAACACTCAATTATAATCTGT
* * *
125529 TTTGACCAAAAATGGAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATAATGA
127 TTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* *
125573 GATTATAAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT-GAAAGGCATGGGTGA-TCATAAATGGA
1 GATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCATGGGTGACT-ATAAATGGA
** * * * * *
125636 CTTTCTTGCCAATGAATCACGTTCTCTTCATGTTTCTTTAGGGAAACACTCAATTATAATCTATT
63 CTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACACTCAATTATAATCTGTT
*
125701 TTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
128 TTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA
*
125744 GATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACAT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-T
* * * ** * ** * * * *
125809 TTCTTGCCAATAAATAGTTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTATACGTTCAAATATTATCTGTCTC
65 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACACTCAATTATAATCTGTTTT
* ********
125874 AACCAAAAATATAAANNNNNNNNNNCTTAAAATCAATTATGA
130 AACCAAAAATGTAAA--AAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * ** * * * ** *
125916 GATTATGAAACCATTTGAAGATAGTAATAAAG-TTTCCAAAGGCATGGGTAACTGCAAATGCACT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-CGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * * * * *
125980 ATTGTGGCCAATGAATGGCTTTTACGTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTGAATTTTAATATGTTT
65 -TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACACTCAATTATAATCTGTTT
************ *
126045 TAA--AAAAANNNNNNNNNNNNNAACTTAAAATCAATAATGA
129 TAACCAAAAA-TGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
** * * *
126085 GATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGC-TTCGGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGAAT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * *
126149 TTTTATGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCTTGAGGTAAAAACTCAATTATAATCTGTTT
65 TTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACACTCAATTATAATCTGTTT
* * *
126214 TAACCAAAAATAGAAAAAAAATTCAACTTAACATCAAATATGA
129 TAACCAAAAAT-G-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
126257 GCTTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGACTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
1 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * **********
126322 CTCTTACCAATGAATCGTG-TTCTT-TTCATGTTTCTTGAGGCAACCACTCAATNNNNNNNNNNT
66 -TCTTGCCAATGAAT-G-GCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACACTCAATTATAATCTGTT
*
126385 TTAACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATTAATTATGA
128 TTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
126428 GATTGTAAAACCATTTAGAA-TGAATAATAAGGCTTTAGAAGGCCTTGGAAGGTATGAATAACTC
1 GATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CAT-G--GG--TG----ACTA
* * * * * *
126492 TAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAAT--CATGTTCTTTACAGGTTTCTTGAGGCAAACACTCTAT
55 TAAATGGACTT-TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TT-CATGTTTCTTAAGGTAAACACTCAAT
*
126555 TATAA-CTGATTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
117 TATAATCTG-TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
126609 GATT
1 GATT
126613 GTAANNNNNN
Statistics
Matches: 1307, Mismatches: 359, Indels: 101
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 159 0.12
170 325 0.25
171 426 0.33
172 277 0.21
173 10 0.01
174 1 0.00
175 2 0.00
177 2 0.00
178 3 0.00
180 2 0.00
181 91 0.07
182 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (169 bp):
GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACACTCAATTATAATCTGTTTTA
ACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
Found at i:126357 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 124716--126612 Score: 876
Period size: 341 Copynumber: 5.5 Consensus size: 339
124706 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * * *
124716 AATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAGTAAGGCTTCCGAAGGCATGGGTGACTACAAGTG
1 AATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATA
* * * * * * ** ** *
124781 GACTTTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTCCTCACTTTTCCCAAGGCCAA-ACTCAATTCCAATTT
66 GACATTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCTCGAGGTAAACACTCAATTATAATCT
* * * * * * *
124845 GTTTTGACTAAAAAT-GTAAAACACTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
131 GTTTTAACCAAAAATAGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ********* * * * *
124909 AGCGTGTAATAANNNNNNNNNNGGCATGGGTGGCTAT-AATGAACTTTTCTTACCAATGAGT-GG
196 AGCGAGTAATAA-ACTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATCGG
* ** ** ** * * * ** * * *
124972 CTTTTTCTTCACACTTT-TCAAGATAAACACTAAACTACAAGCTTTTTTGACTAAATATGTAAAA
259 -TTCTT-TTCA-TGTTTCTTGAGGGAAACACTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATGTAAAA
* *
125036 CGATTCAACTTAAACTCAAT
320 CAATTCAACTTAAAATCAAT
* * ** * * * *
125056 TATGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTCTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
1 AATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATA
********** ** * * *
125121 GNNNNNNNNNNCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGCTTCACAAGGAAAACACTCAATTATAATCT
66 GACATTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCTCGAGGTAAACACTCAATTATAATCT
* * * * * **********
125186 GTTTTGACCAAAAAT-G-TAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNA
131 GTTTTAACCAAAAATAGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * * *
125249 AGCAACTAGTAAGGCTTTCG-AAGGTATGGGTGACTACAAATTGATTTTTCTTACCAATGAAT-G
196 AGCGAGTAATAA-ACTTT-GAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTCTTGCCAATGAATCG
* *** ** ** * * * *
125312 GCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCCAACACTCAATTGCAATTTTTTTTGACCAAAAATGTACAG
258 G-TTCTT-TTCATGTTTCTTGAGGGAAACACTCAATTATAATATATTTT-AACAAAAATGTA-AA
*
125377 A-AATTCAACTTAAAATTAAT
319 ACAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * ********* * * *
125397 TATGAGATTATAAAACCATTTGAAGCGTGTAATANNNNNNNNNNAA-GCGTGGGTGGCTATAAAT
1 AATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
* * * * * * ** *
125461 GGACTTTTCTTACCAATGAGTGACTTTTTCTTCATGTTTT-TGGAACTAAACACTAAATTATAAT
65 AGACATTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-TTTTCTCGAGGTAAACACTCAATTATAAT
* * * * *
125525 CTATTTTGACCAAAAAT-GGAAAAAGATTCAACTTAAAATC-AATAATGAGATTATAAAAACTAT
129 CTGTTTTAACCAAAAATAGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAAT-ATGAGATTAT-AAAACCAT
125588 TTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTGAAAGGCATGGGTGA-TCATAAATGGACTTTCTTGCCAATGAA
192 TTAAAGCGAGTAATAAA-CTTTGAAAGGCATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTCTTGCCAATGAA
* * * *
125652 TCACGTTCTCTTCATGTTTCTTTAGGGAAACACTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAA
255 TC-GGTTCTTTTCATGTTTCTTGAGGGAAACACTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATGTAA
125717 AACAATTCAACTTAAAATCAAT
318 AACAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
125739 TATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG
1 AATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATA
* * * * * * * ** * *
125804 GACATTTCTTGCCAATAAATAGTTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTATACGTTCAAATATTATCT
66 GACATTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCTCGAGGTAAACACTCAATTATAATCT
* * * ********** * * *
125869 GTCTCAACCAAAAATATAAANNNNNNNNNNCTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTGA
131 GTTTTAACCAAAAATAGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * * ** * * *
125934 AGATAGTAATAAAGTTTCCAAAGGCATGGGTAACTGCAAATGCACTATTGTGGCCAATGAAT-GG
196 AGCGAGTAATAAACTTT-GAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT-TTCTTGCCAATGAATCGG
* * * * * * * * ********
125998 CTT-TTACGTCAAGTTTCTTGAGGTAGACATTGAATTTTAATATGTTTTAA-AAAAANNNNNNNN
259 -TTCTT--TTCATGTTTCTTGAGGGAAACACTCAATTATAATATATTTTAACAAAAATGTAAAAC
*****
126061 NNNNNAACTTAAAATCAAT
321 AATTCAACTTAAAATCAAT
*
126080 AATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGC-TTCGGAAGGCATAGGTGACTATAAAT
1 AATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCATAGGTGACTATAAAT
* * *
126144 AGA-ATTTTTATGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCTTGAGGTAAAAACTCAATTATAAT
65 AGACATTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCTCGAGGTAAACACTCAATTATAAT
* *
126208 CTGTTTTAACCAAAAATAGAAAAAAAATTCAACTTAACATCAAATATGAGCTTATAAAACCATTT
129 CTGTTTTAACCAAAAATAGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTT
* * *
126273 AAAGCGACTAATAAGACTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATC
194 AAAGCGAGTAATAA-ACTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT-TCTTGCCAATGAATC
* * **********
126338 GTGTTCTTTTCATGTTTCTTGAGGCAACCACTCAATNNNNNNNNNNTTTAACCAAAAATGTAAAA
257 G-GTTCTTTTCATGTTTCTTGAGGGAAACACTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATGTAAAA
*
126403 -AGATTCAACTTAAAATTAAT
320 CA-ATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * *
126423 TATGAGATTGTAAAACCATTTAGAATGAATAATAAGGCTTTAGAAGGCCTTGGAAGGTATGAATA
1 AATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CAT---AGG--TG----
* * * * ** * *
126488 ACTCTAAATGGAC-TTCTCTTGCCAATGAAT--CATGTTCTTTACAGGTTTCTTGAGGCAAACAC
56 ACTATAAATAGACATT-TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TT-CATTTTTCTCGAGGTAAACAC
* * * *
126550 TCTATTATAA-CTGATTTTAACCAAAACT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
118 TCAATTATAATCTG-TTTTAACCAAAAATAGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATT
126613 GTAANNNNNN
Statistics
Matches: 1149, Mismatches: 353, Indels: 98
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 148 0.13
341 458 0.40
342 261 0.23
343 165 0.14
344 7 0.01
347 3 0.00
349 2 0.00
351 5 0.00
352 36 0.03
353 62 0.05
354 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (339 bp):
AATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATA
GACATTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATTTTTCTCGAGGTAAACACTCAATTATAATCT
GTTTTAACCAAAAATAGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAA
AGCGAGTAATAAACTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTCTTGCCAATGAATCGGTT
CTTTTCATGTTTCTTGAGGGAAACACTCAATTATAATATATTTTAACAAAAATGTAAAACAATTC
AACTTAAAATCAAT
Found at i:126373 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 126066--126612 Score: 510
Period size: 172 Copynumber: 3.1 Consensus size: 169
126056 NNNNNNNNNN
* *
126066 AACTTAAAATC-AATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTCGGAAGGCAT
1 AACTTAAAATCAAAT-ATGAGATTATAAAACCATTT-AAATGAATAATAAGGCTTTGGAAGGCAT
* * * * * *
126130 AGGTGACTATAAATAGAATT-T-TTATGCCAATGAAT-G-GCTTTTTCTTCATTTTTCTTGAGGT
64 GGGTGACTATAAATGGACTTCTCTTA--CCAATGAATCGTG-TTCTT-TTCATGTTTCTTGAGGC
* *
126191 AAAAACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAGAAAAAAAATTC
125 AAACACTCAATTATAA-CTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAATTC
* * * * *
126238 AACTTAACATCAAATATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAAGACTTTGGAAGGCATG
1 AACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAA-TGAATAATAAGGCTTTGGAAGGCATG
*
126303 GGTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATCGTGTTCTTTTCATGTTTCTTGAGGCAACCA
65 GGTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATCGTGTTCTTTTCATGTTTCTTGAGGCAAACA
********* *
126368 CTCAATNNNNNNNNNNTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATTC
130 CTCAAT-TATAACTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * *
126409 AACTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAGAATGAATAATAAGGCTTTAGAAGGCCTT
1 AACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTA-AATGAATAATAAGGCTTTGGAAGG-CAT
* * * * *
126474 GGAAGGTATGAATAACTCTAAATGGACTTCTCTTGCCAATGAATCATGTTCTTTACAGGTTTCTT
64 -G--GG--TG----ACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATCGTGTTCTTTTCATGTTTCTT
* *
126539 GAGGCAAACACTCTATTATAACTGATTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTC
120 GAGGCAAACACTCAATTATAACTG-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
*
126590 AACTTAAAATCAATTATGAGATT
1 AACTTAAAATCAAATATGAGATT
126613 GTAANNNNNN
Statistics
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177 2 0.01
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AACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAATGAATAATAAGGCTTTGGAAGGCATGG
GTGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATCGTGTTCTTTTCATGTTTCTTGAGGCAAACAC
TCAATTATAACTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
Found at i:127765 original size:169 final size:169
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127467 NNNNNNNNNN
*
127477 TTTTATAAGCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGTTAAAATAGATTATATT
1 TTTTATAAGCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGTTAAAATAGATTATAAT
* ** ** * * * * *
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65 TGAATGTTTACC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGA
* *
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128 GTCACCCATACCTTCCG-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* *
127646 GTTTTATAAGCTCATATTTAATTATAAGTTGAATTTTTT-TATTTTTGGTTAAAATAGATTATAA
1 -TTTTATAAGCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTT-GTTAAAATAGATTATAA
* *
127710 TTGAGTTTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCATA-AAAAGTCCATTTAGA
64 TTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTAGA
* * *
127774 GTCACCTATGCCTTCCGAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGA
128 GTCACCCATACCTTCCGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * * * * *
127816 TTTTATAATCTTAT-TATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTTATTAAAACAGATTAA
1 TTTTATAAGCTCATAT-TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATA--TTTTTGTTAAAATAGATTAT
* * * * *
127880 AATTTAATGTCTACCTCAAGAAACATGACA-AAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
62 AATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGA-AGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGT
127937 GCNNNNNNNN
Statistics
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TTTTATAAGCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGTTAAAATAGATTATAATT
GAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTC
ACCCATACCTTCCGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
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*
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1 AAAGCCACTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCC
128567 AAAGC
1 AAAGC
128572 TTTATTACAC
Statistics
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AAAGCCACTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGCCTTCC
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128980 TTTACCTCCA
* *
128990 AAAACATGAAGAAAATA-CCACTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTGTAGCCACCCATGCCTTCCA
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* ********** * *
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* * *
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* * * * *
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*
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* * **
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130 CA-TTTTGGCCAAAACAAATTAGAATTAAGCATTAGCCTTAGG
*
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129393 NNNNNNNNNN
Statistics
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AAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTCCAA
AGCTTTAGTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTGAC
ATTTTGGCCAAAACAAATTAGAATTAAGCATTAGCCTTAGG
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130090 ACCTTCCAAA
* **
130100 GCCTTCCAAAGTCC-TATTACTCGCTTTAAATAGTTT-TACTATCTCATAACTGATTTTAAGTTG
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* * * *
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** * * *
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* *
130271 GCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAAGCTCATATTTGATATTAAGTTGAAT
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* *
130336 TTTTTT-TGCTATTTTTGGTAAAAACCAATTATAATTGAGT-TTCT-CTCTC-GAGAAACATGAA
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* * *
130397 GAAAAAACT-ATTCATTGGCACGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
125 -AAAAAACTGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCAT
* * *
130443 GCCTTCCGAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT-TATTGATTTTAAGTT
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130505 NNNNNNNNNN
Statistics
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GCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTTATTTTTTTAGTAAAAACAAATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAGGAAACATGAAAAAAAA
CTGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCAT
Found at i:131478 original size:171 final size:170
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Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 170
131160 NNNNNNNNCC
* * * * *
131170 ATGCCTTCCAAAGCTTTATTACATGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTG
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* * *
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******
131299 AAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTGTAGNNNNNN
129 AAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTGTAGTCACCT
**** * * * *
131341 NNNNCTTCAAAAGCCTTACTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGCTA
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTAATACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
**********
131406 AATTGTTTTACATTGTTAGTCAAAACAAATTAGAATTGAGTGTTGGCCTT-NNNNNNNNNNAAGA
66 AATTGTTTTACATT-TTAGTCAAAACAAATTAGAATTGAGTGTTGG-CTTCAGGAAACATGAAGA
* * *
131470 AAAAGCCATTCCTTGGTAAAAAAAGTCTATTTGTAGTCACCT
129 AAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTGTAGTCACCT
* * * *
131512 ATGCCTTCGAAAGCTTTAATACTTGCTTTAAATGATTTTATGATCTCATTATTGATTTTAAGTTA
1 ATGCCTTCAAAAGCTTTAATACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
* * * * *
131577 GATTGTTTTACATTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAGTGTT--CATT-GGGAAACATTAAGAA
66 AATTGTTTTACATTTTAGTCAAAACAAATTAGAATTGAGTGTTGGC-TTCAGGAAACATGAAGAA
* ** ** * *
131639 AAAGCCATTGATTGGCAGGAAAAGTCCATTCATATTCACCC
130 AAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTGTAGTCACCT
* * * * * * * *
131680 ATGCCTTCGAATG-TCTTATTGCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAGAATTAATTTTATGTT
1 ATGCCTTCAAAAGCT-TTAATACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * *
131744 GAATTTTTTTATATTTT
65 AAATTGTTTTACATTTT
131761 TTTTAAAATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
167 2 0.01
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ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.14, T:0.38
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ATGCCTTCAAAAGCTTTAATACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
AATTGTTTTACATTTTAGTCAAAACAAATTAGAATTGAGTGTTGGCTTCAGGAAACATGAAGAAA
AAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTGTAGTCACCT
Found at i:132554 original size:171 final size:168
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Indices: 132165--132637 Score: 398
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 168
132155 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
132165 TGATTTTCAGTTGAATTTTTTTATATTATTAGTTAAAACAGATTATATTTAAATATTTGCCTTAG
1 TGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAGTGTTTG-CTCAA
* * * *
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* *
132294 AGACCTTGTCACTAGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAAT
127 AAACCTTATCACTAGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAAT
* * * *
132336 TGATTTTAAGTTAAATTCTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAAATTATAATTAAGTGTTTGTCTCAA
1 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAGTGTTTG-CTCAA
* * *
132401 GAAACATGAAGAAAACATGATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCCTTTCAA
64 GAAACATGAAGAAAACAT-ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCCAA
* ***********
132466 AACCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATNNNNNNNNNNT
128 AACCTTATCACT-AGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAAT
* * *
132507 TGATTTTAAGTTGAATCTTTTTACATTTTTACTCAAAACAGATTATAAGTT-AGTGATTAGCTCC
1 TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA-TTAAGTG-TTTGCT-C
* ** * * * *
132571 AA-AAACGTGAAGACAAAGC-TACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTTC
62 AAGAAACATGAAGA-AAA-CATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
132634 CAAA
125 CAAA
132638 GCTTTATTAC
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 50, Indels: 20
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
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TGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAGTGTTTGCTCAAGA
AACATGAAGAAAACATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCCAAAAC
CTTATCACTAGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAAT
Found at i:133509 original size:10 final size:10
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Indices: 133494--133518 Score: 50
Period size: 10 Copynumber: 2.5 Consensus size: 10
133484 GAGTCACCAT
133494 GCCTTCCAAA
1 GCCTTCCAAA
133504 GCCTTCCAAA
1 GCCTTCCAAA
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1 GCCTT
133519 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
10 15 1.00
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GCCTTCCAAA
Found at i:136700 original size:169 final size:172
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Indices: 136523--136912 Score: 504
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136513 TTTATTACAC
** *
136523 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGGCT-TTTTTACATTTTTGGTCAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGCTTTTACATTTTTGGTCAAA
* *
136587 A-GAAATTGGAATTGAGTGTTGGCC-TCAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-A-AAGAA
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* ** *
136648 AAGTCCATTTGTATTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTACTACTT
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* * * * *
136692 GTTTTAAATGGTTTTATAGTCTTATAATTGATTTTAAGCTAAATGCTTTTACATTTTTGGTTAAA
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** * * *
136757 ATGAATTAGAATTGAGTGTTGCCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCCTTGGTAGAAAACA
66 ATGAATTAGAATTGAGTGTTGCCCTTCAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAGAAAAAA
* **
136822 GTCCAGTCATATTCACCCATGCCTTCGAAAGTTTTACTACTT
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* *
136864 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAAT-CTTTT
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGCTTTT
136913 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 188, Mismatches: 28, Indels: 8
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Consensus pattern (172 bp):
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATGCTTTTACATTTTTGGTCAAA
ATGAATTAGAATTGAGTGTTGCCCTTCAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAGAAAAAA
GTCCAGTCATATTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTACTACTT
Found at i:140505 original size:171 final size:160
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Indices: 140303--140628 Score: 343
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
140293 TAAGGCTTTC
* * * * *
140303 GAAGGTATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCCCA
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* * * * *
140368 AGG-AAAATGCTCAATTACAA-TCTGTTTCGACCAAAAATGC-AAAACAATTTAGCTTAGAATCA
66 AGGCAAAA-G-TCAATTACAATTCTGTTT-GACCAAAAACGCAAAAAC-ACTCAACTTAAAATCA
140430 ATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGNNNNNNNNNNTTT
127 ATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAG----------TTT
*
140474 GAAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCA
1 GAAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTCCCA
* * * * *
140539 AGGCCAACAGTCCATTCCAATTTTGTTTGACCAAAAACGTAAAAACACTCAACTTAAAATCAATT
66 AGG-CAAAAGTCAATTACAATTCTGTTTGACCAAAAACGCAAAAACACTCAACTTAAAATCAATT
*
140604 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
130 ATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
140629 GTGTAATAAA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 17, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (160 bp):
GAAGGCATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTCCCA
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TGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTTT
Found at i:142538 original size:171 final size:170
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Indices: 142178--142551 Score: 444
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142168 NNAACTTTAG
* * * *
142178 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGG
* ** ********** *
142243 TGACTATAAATGGACTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTNNNNNNNNNNAACACTC
66 TGACTATAAATGGACTTTCTTGCCAATGAATGACCTTTTCTTCACATTATTTGGAGCTAACACTA
* * * *
142308 AATTCCAATTTGTTTTGACCAAAAATGCAAAAACATTCAA
131 AATTACAATCTGTTTTGACAAAAAATACAAAAACATTCAA
* *
142348 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGCATGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGG
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* * *
142413 TGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAGTGGCCTTTTCTTCACATT-TTTGGAGCTAATCAC
66 TGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCCAATGAATGACCTTTTCTTCACATTATTTGGAGCTAA-CAC
* * *
142477 TAAATTATAATCTGTTTTGACAAAAAATATAAAAAGATTCAA
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*
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142552 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 31, Indels: 3
0.83 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 75 0.44
171 96 0.56
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (170 bp):
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCATGGG
TGACTATAAATGGACTTTCTTGCCAATGAATGACCTTTTCTTCACATTATTTGGAGCTAACACTA
AATTACAATCTGTTTTGACAAAAAATACAAAAACATTCAA
Found at i:143372 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 142821--143779 Score: 530
Period size: 172 Copynumber: 5.7 Consensus size: 171
142811 TTATAGTTTG
* * * *
142821 TTTTAACAAAAAATGTAAAAGAATT---CTTAAAATCAATTATA-AGACTGTAAAACCATTTAAA
1 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-AGAGATTGTAAAACCATTTAAA
* * * *
142882 GCGAGTGATAAGG-TCTTGGAAGGAATGGGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGC
65 GCGAGTAATAAGGCT-TTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGC
* *
142946 TTTTTCCT-CTGGTTTCCCAAGGCAAGCATTTAAATATAATCTG
129 TTTTTCCTCCT-GTTTCCCAAGGCAAGCATTCAAATATAATCTA
* * * * *
142989 TTTTAACTAATAATAT-AAAAAATTCAACTGAAAATCAATTAAGAGCTTATAATACCATTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTGTAAAACCATTTAAAG
* * * * ** *
143053 AGAATAATAAGGCTTTGGAAA-GCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATCACA
66 CGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCT
* * * *** **********
143117 TTCTCTTCATGTTTCTTGAGGCAANNNNNNNNNNATAATCTA
130 TTTTCCTCCTGTTTCCCAAGGCAAGCATTCAAATATAATCTA
* * * *
143159 TTTTAACCAAAACTATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGTGATTGTAAAACCATTTAAA
1 TTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTGTAAAACCATTTAAA
* * * * *
143224 GCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCCTGCTAATCAATGGCT
65 GCGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCT
*
143289 TTTTCCTCCTGTTTCCCAAGG-TAGACATTCAAATATAATCTA
130 TTTTCCTCCTGTTTCCCAAGGCAAG-CATTCAAATATAATCTA
** * * * **********
143331 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAACTTTTACTTCAGATCAATT-AGAAGATTATNNNNNNNNNNAA
1 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTAAG-AGATTGTAAAACCATTTAA
* * * * * * * * * *
143395 AGCAAGTAATAAGGCTTCCG-AAGGCATTGGTAATTAGAAGTGGACTTTTATTGCCAATGGATGG
64 AGCGAGTAATAAGGCTT-TGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGG
*** * ** * * *
143459 CTTTTAGATCAC-GTTGCTTGAA-TC-AGACATTCAATTTTAATAC-A
128 CTTTTTCCTC-CTGTTTC-CCAAGGCAAG-CATTCAAATATAAT-CTA
* * * ** ** * *
143503 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATTGATTCTGAGATTATAAAACTATTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTGTAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
143568 CAAGCAATAAGG---TG-AAGGCATGAAG-GAATATGAATGGACTTTTCCTG-TCAATGAATGGC
66 CGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATG-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATGGC
* ** * * * *
143627 TTTTTCTTAATGTTTCCCAACG-AA-CACTCAATTATAATCTG
129 TTTTTCCTCCTGTTTCCCAAGGCAAGCATTCAAATATAATCTA
* * * * *
143668 TTTTGACCAAAAATGTAAAACAA-TCTAACTTAAAATCAA-TAATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTAA-GAGATTGTAAAACCATTTAA
* * * * * **
143731 AGCAAGTAGTAAAGTTTTCG-AAGGCAAGGGTGACTCCAAATGGACTTTT
64 AGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
143780 TTTTACCAAG
Statistics
Matches: 578, Mismatches: 181, Indels: 63
0.70 0.22 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 4 0.01
165 72 0.12
166 2 0.00
167 49 0.08
168 16 0.03
169 23 0.04
170 113 0.20
171 50 0.09
172 245 0.42
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (171 bp):
TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGATTGTAAAACCATTTAAAG
CGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTT
TTTCCTCCTGTTTCCCAAGGCAAGCATTCAAATATAATCTA
Found at i:147992 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 147760--148326 Score: 529
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 170
147750 TTAGAATCAT
* * * *
147760 CCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTCAAAT-GATTTTACAATCTCGTAATTGATTTTAAG
1 CCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAT-ATTGATTTTAAG
* * *
147824 TTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATCA-ATTATAATTGAGTGTTTGCCTTGAA-AAATATG
64 TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAA-CAGATTATAATTGAGTGTTTGCCCT-AAGAAACATG
** * * **
147887 -A-AAAGAATGTGATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCNN
127 CAGAAA-AA-GCCATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
******** *
147931 NNNNNNNNTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAGCTCATATTCGATTTTAAGT
1 CCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATATT-GATTTTAAGT
* * * * *
147996 TGAATTTGTTTTTCTATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGAGTTTTTTCCCTAAGCAACATGC
65 TGAA-TT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCCTAAGAAACATGC
*
148061 AGAAAAAGCCATTAATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
128 AGAAAAAGCCATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
148104 CCATACCTTCCGAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGC
1 CCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCA-TATTGATTTTAAGT
* * * *** *
148169 TGAATCTTTTTATATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTTAGTGATTTGCTCC-AA-AAGTGTGA
65 TGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTG-TTTGC-CCTAAGAAACATGC
* * * * * *
148232 AGTAAAAGCCACTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGCCAC
128 AGAAAAAGCCATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** * *
148275 CCACGCCTTCCAAAGCATTATTACACGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATA
1 CCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATA
148327 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 65, Indels: 25
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.02
171 164 0.51
172 14 0.04
173 125 0.39
174 7 0.02
175 3 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCCTAAGAAACATGCAGA
AAAAGCCATTAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
Found at i:159335 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 159034--159437 Score: 517
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
159024 NNNNNNNNNN
* * * * *
159034 TTTTCTTAATGTTTCCCAAG-GAACACTCAATTATAATCTGTTTTGACTAAAAATATAAAAACAA
1 TTTTCTTCATGTTTCCCAAGCCAACACTCAATTCTAATTTGTTTTGACTAAAAATGTAAAAACAA
* *
159098 TCCAACTTAAAATCAATAATGAGATTACAAAACAATTTAAAGCAAGTAGTAAAGCTCTTGAAGGC
66 TCCAACTTAAAATCAATAATGAAATTACAAAACAATTTAAAGCAAGTAGTAAAGCTCTTAAAGGC
* * * * *
159163 ATGGGTGACTACAAATGAACTTTTTTTAACAAGGAATGGTT
131 ATGGATGACTACAAATGAACTATTCTTAACAAAGAATGGCT
*
159204 TTTTCTTCATGTTTCCCATGTCCAACACTCAATTCTAATTTGTTTTGACTAAAAATGTAAAAAC-
1 TTTTCTTCATGTTTCCCAAG-CCAACACTCAATTCTAATTTGTTTTGACTAAAAATGTAAAAACA
** * * * * *
159268 ATTTAGCTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCT-TTCAAAG
65 ATCCAACTTAAAATCAATAATGAAATTACAAAACAATTTAAAGCAAGTAGTAAAGCTCTT-AAAG
* **
159332 GCATGGATGACTACAAATGGACTATTCTTGCCAAAGAATGGCT
129 GCATGGATGACTACAAATGAACTATTCTTAACAAAGAATGGCT
* * * *
159375 TTTTCTTCTTGTTTCTCAAGGCCAACACTCAATTCCAATTTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAA
1 TTTTCTTCATGTTTCCCAA-GCCAACACTCAATTCTAATTTGTTTTGACTAAAAATGTAAAAA
159438 AATTCAANNN
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 28, Indels: 7
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 20 0.10
171 143 0.71
172 39 0.19
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
TTTTCTTCATGTTTCCCAAGCCAACACTCAATTCTAATTTGTTTTGACTAAAAATGTAAAAACAA
TCCAACTTAAAATCAATAATGAAATTACAAAACAATTTAAAGCAAGTAGTAAAGCTCTTAAAGGC
ATGGATGACTACAAATGAACTATTCTTAACAAAGAATGGCT
Found at i:168483 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 168299--168681 Score: 405
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
168289 NNNNNNNNNN
* * *
168299 TCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TCTTGGAAAGA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT-TTGGAAAGA
* * * ** * * *
168363 ATGGGTGACTATAAATGGACTGT-TATTGCTAGTGAATGGCTTTTTCCTCTCGTTTCTT-AGGGC
65 ATGGATAACTATAAATGGACT-TCTATTGCTAATGAATCACATTCTCCTCACGTTTCTTGA-GGC
* * *
168426 AAACATTCAAATATAGTCTGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAAT
128 AAACACTCAAATATAATCT-ATTTAACTAAAAATATAAAAAAAAT
* *********** *
168470 TCAACTGAAAATCAATTATGAGCNNNNNNNNNNATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAAGCA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAAGAA
* *
168535 TGGATAACTATAAATGGACTTCTCTTGCTAATGAATCACATTCTGCTCACGTTTCTTGAGGCAAA
66 TGGATAACTATAAATGGACTTCTATTGCTAATGAATCACATTCTCCTCACGTTTCTTGAGGCAAA
* ** *
168600 CACTCAATTATAATCTATTTAACTAAACTTGTAAAAAAAAT
131 CACTCAAATATAATCTATTTAACTAAAAATATAAAAAAAAT
168641 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
168682 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 44, Indels: 8
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 13 0.08
171 149 0.91
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (171 bp):
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGGAAAGAA
TGGATAACTATAAATGGACTTCTATTGCTAATGAATCACATTCTCCTCACGTTTCTTGAGGCAAA
CACTCAAATATAATCTATTTAACTAAAAATATAAAAAAAAT
Found at i:170162 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 169785--170210 Score: 428
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 170
169775 NNNNNNNNNG
* * * *
169785 AACACTCAATTATAATCTGTTTTGACTAAAAATGTAAAAAGATTCAACTT-AAATCAATAATGAG
1 AACACTCAATTCTAATTTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * ** *
169849 -CTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAGTAAAGCTTTTGAAGGCATAGGTGACTATGATTGGACTA
65 AC-TATAAAACCATTCAAAGCAAGTAGTAAAGCTTTCAAAGGCATAGGTGAATACAAATGGAC-A
*
169913 TTTTTTACCAAAGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCC
128 TTTTTTACCAAAGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACC
* ********** * * *
169956 AACACTCAATTCTAATTCGNNNNNNNNNNAAATGTAAAAACATTTAGCTTAAAATCAATTATAAG
1 AACACTCAATTCTAATTTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
170021 ACTATAAAACCATTCGAAGCAAGTAGTAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGAATACAAATGGA-ATT
65 ACTATAAAACCATTCAAAGCAAGTAGTAAAGCTTTCAAAGGCATAGGTGAATACAAATGGACATT
* * *
170085 TTCTT-CTCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCCTGAGACC
130 TT-TTAC-CAAAGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACC
* **
170127 AACACTCAATTCTAATTTTTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAGCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
1 AACACTCAATTCTAATTTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
170192 TTATAAAACCATTTAAAGC
66 CTATAAAACCATTCAAAGC
170211 GTGCTATAAA
Statistics
Matches: 198, Mismatches: 53, Indels: 9
0.76 0.20 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 42 0.21
171 95 0.48
172 60 0.30
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (170 bp):
AACACTCAATTCTAATTTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
CTATAAAACCATTCAAAGCAAGTAGTAAAGCTTTCAAAGGCATAGGTGAATACAAATGGACATTT
TTTACCAAAGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGACC
Found at i:171299 original size:170 final size:160
Alignment explanation
Indices: 171041--171356 Score: 316
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
171031 TTATAAAACT
* *
171041 ATTTAAAGCAGTAATAAGGCTTTGAAAGGTATGGGTGACCATAAATAGACTTTTCTTACCAAAGA
1 ATTTAAAGCAGTAATAAAGCTTTGAAAGGCATGGGTGACCATAAATAGACTTTTCTTACCAAAGA
* * ** * * *
171106 ATGGTTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAAACATTGAAT-TATAAT-TGGTTTTAACTAAAAATA
66 ATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAAACATT-AATATATAATCT-ATTTTAACCAAAAATA
171169 TAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNTACC
129 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT----------TACC
* * * * * **
171210 ATTTAAAGCGTGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTGCTAGT
1 ATTTAAAGC-AGTAATAAAGCTTTGAAAGGCATGGGTGACCATAAATAG-ACTTTTCTTACCAAA
* *
171274 GAATGGCTTTTTCTTCCCATTTCCCAAGGCAAACATTCATATATAATCTATTTTAACCAAAAATA
64 GAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAAACATTAATATATAATCTATTTTAACCAAAAATA
171339 TAAAAAAATTCAACTTAA
129 TAAAAAAATTCAACTTAA
171357 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 18, Indels: 8
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.10
170 102 0.82
171 10 0.08
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (160 bp):
ATTTAAAGCAGTAATAAAGCTTTGAAAGGCATGGGTGACCATAAATAGACTTTTCTTACCAAAGA
ATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAAACATTAATATATAATCTATTTTAACCAAAAATATA
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTACC
Found at i:171441 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 170457--171713 Score: 552
Period size: 171 Copynumber: 7.4 Consensus size: 169
170447 TAAATATGAA
* * * * * * * **
170457 AATATAGTCTATTTTGACCAAAAATGTAAACAGATTCGACTTAAAATCAATAATGAGATTATGAA
1 AATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAA
* * ** ********* * *
170522 ACCATTTAAAGCAAGTCATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTANNNNNNNNNNTTTCTTACAA
66 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCAGAAGGCATGGGTGACTA-TAAATGACTTTTCTTGCTA
*** * * *
170587 ATGAATGGCTTTTTCTTTATATTTCTCAAGTCAGACATTC
130 ATGAATGGCTTTTTCTTCCCATTTCCCAAGGCAAACATTC
** * * ********** * ** *
170627 AAATATAATCTATTTTAATTAAAAATGTAAAAACATTCANNNNNNNNNNAATAATGAGACCATAA
1 -AATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAA
* * * * * * *
170692 AACCATTTAAAGCGTGTAATAAAGCTTTAAAACGCATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCAGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCT
*** * * * * *
170757 AATGAATGG-TATTTTCTTCATGTTTTCTAAGGTAAACACTA
129 AATGAATGGCT-TTTTCTTCCCATTTCCCAAGGCAAACATTC
* * * * * * * * ***
170798 AATTATAATCTGTTTTAGCCAAAATTGTAAAAAGATTTAATTTAAAGTCAATTATGAGATTATNN
1 AA-TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAA
******** * * * * * * *
170863 NNNNNNNNAAAGCGAGTAATAAGGCTTCGGAAGGTATAGCTGACTATAAATGCAATTTTCATGCC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCAGAAGGCATGGGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGCT
*** **** * * *
170928 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAAAAACTC
129 AATGAATGGCTTTTTCTTCCCATTTCCCAAGGCAAACATTC
* * * * ********** *
170969 AATTATAATCTGTATTAACTAAAAATAGAAAACAAAATNNNNNNNNNNATCAATATATGAGCTTA
1 AA-TATAATCTATTTTAACCAAAAATA-TAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTA
* * * * *
171034 TAAAACTATTTAAAGC-AGTAATAAGGCTT-TGAAAGGTATGGGTGACCATAAATAGACTTTTCT
62 CAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCAG-AAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCT
* * * * **** * *
171097 TACCAAAGAATGGTTTTTTCTTTATGTTTCCCAAGGTAAACATTG
125 TGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCCCATTTCCCAAGGCAAACATTC
* * *********
171142 AATTATAAT-TGGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAA-TCAACTTAAAATCAATTATNNNNNNNNN
1 AA-TATAATCT-ATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACA
** * * **
171205 NTACCATTTAAAGCGTGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC
64 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCAGAAGGCATGGGTGACTATAAATG-ACTTTTCTTGC
*
171270 TAGTGAATGGCTTTTTCTTCCCATTTCCCAAGGCAAACATTC
128 TAATGAATGGCTTTTTCTTCCCATTTCCCAAGGCAAACATTC
********** *
171312 ATATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAANNNNNNNNNNGAGCTTACAA
1 A-ATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAA
* *
171377 AACCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTCAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTCTCTTGCT
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCAGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGCT
* ** *** * *
171442 AATGAAT--CATATTCTCTTTGCATTTCTTGAGGCAAATACTC
129 AATGAATGGC-T-TTTTCTTCCCATTTCCCAAGGCAAACATTC
* * * **
171483 AATTATAATCTATTTTAACCAAAACTGT-AACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAA
1 AA-TATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAA
* * * ** *
171547 AATCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGTATGAATGACTATAAATGGACTTTTTTTGC
65 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCAGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GACTTTTCTTGC
* * * * * *
171611 TAATAAATGGCTTTTTCCTCCCATTTTCCAAGGTAGAGATTC
128 TAATGAATGGCTTTTTCTTCCCATTTCCCAAGGCAAACATTC
* * *
171653 AAATATAATTTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATT
1 -AATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
171714 GTAAAACTNN
Statistics
Matches: 797, Mismatches: 263, Indels: 52
0.72 0.24 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 16 0.02
170 231 0.29
171 419 0.53
172 11 0.01
173 104 0.13
174 16 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (169 bp):
AATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGACTTTTCTTGCTAA
TGAATGGCTTTTTCTTCCCATTTCCCAAGGCAAACATTC
Found at i:172771 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 172569--172897 Score: 320
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
172559 CTTCAGCTTT
* *** * * * *
172569 AAATTAATAATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGTGTAGTAAAGCTTCGAAAGGCATGGGTGGC
1 AAATCAATAATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAACAATAAAGCTTCAAAAGGCATGGATGAC
** * **
172634 TGTAACTGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTT-TCTAAGGAAAACACAAA
66 CATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT-AATGTTTTCTTCATGTTTCTCT-AGGAAAACACAAA
*
172697 ATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAANNNNNNNNNNTTA
129 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA----------TTA
* * * * *
172740 AAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAACAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGATGAC
1 AAATCAATAATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAACAATAAAGCTTCAAAAGGCATGGATGAC
* **
172805 CATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAATGTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGCAAACACTCAAT
66 CATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAATGTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGAAAACACAAAAT
* *
172870 TGTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA
131 TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
172898 ATAATTNNNN
Statistics
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AAATCAATAATGAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAACAATAAAGCTTCAAAAGGCATGGATGAC
CATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAATGTTTTCTTCATGTTTCTCTAGGAAAACACAAAAT
TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAATTA
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Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
172742 ATCAATAATG
* * *
172752 AGATTATAAAACTATTTAAAGTGAACAATAAGGCTTTAAAAGGCATGGATGACCATAAATGAACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAACAAAAAGGCTTTAAAAGGCATGGATGACCATAAATGAACT
* * * * * *
172817 TTTCTTGCCAATGAATA-ATGTTTTCTTCATGT-TTCTCTAGGCAAACACTCAATTGTAATCTGT
66 TTTCATGCCAATGAATAGAT-TTTTCCTCATGTATTC-CAAGGCAAACAATCAAATATAATCTGT
172880 TTTAACTAAAAATGTAAAATAATTNNNNNNNNNNTCAATTACA
129 TTTAACTAAAAATGTAAAATAATT----------TCAATTACA
* ** * * * *
172923 AGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTGAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAACAAAAAGGCTTTAAAAGGCATGGATGACCATAAATGAACT
* * * * *
172988 TTTCATGCTAATGAATAGCTTTTTCCTCCTGTATTCCAAGGTAAGCAATCAAATATAATCTGTTT
66 TTTCATGCCAATGAATAGATTTTTCCTCATGTATTCCAAGGCAAACAATCAAATATAATCTGTTT
173053 TAACTAAAAA
131 TAACTAAAAA
173063 GATAACAACA
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 21, Indels: 4
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 113 0.97
172 4 0.03
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AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAACAAAAAGGCTTTAAAAGGCATGGATGACCATAAATGAACT
TTTCATGCCAATGAATAGATTTTTCCTCATGTATTCCAAGGCAAACAATCAAATATAATCTGTTT
TAACTAAAAATGTAAAATAATTTCAATTACA
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Alignment explanation
Indices: 180129--180853 Score: 417
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 169
180119 AACGGGAGGG
* * *
180129 AAAAGCTATTCATTAGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACCCATGCCCTTCAAAGCCTTATTATTC
1 AAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACCCAAGCCCTTCAAAGCCTTATTACTC
* * *
180194 ACTTTAAATAGTTTTACAATCTTGTAATTGATTTTAATTTGAATTATTCTACATTTTTAGTTAAA
65 ACTTTAAATAGTTTTACAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTCTACATCTTTAGTCAAA
*
180259 ACATATTACAATTGAGTGTTTACC-TAGAGAAACATAAAGA
130 ACAGATTACAATTGAGTGTTTACCTTAGA-AAACATAAAGA
* * *
180299 AAACATG-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT-GATCATCCAAGCCTTTCAAAGCCTTATTG
1 AAA-A-GCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAG-TCACCCAAGCCCTTCAAAGCCTTATTA
* ********** * *
180362 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATCT-TTTTACATCTTTGGT
62 CTCACTTTAAATAGTTTTACAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAAT-TATTCTACATCTTTAGT
* ** *
180426 CAAAACAGATTATAATTTTGTGTTTACCTTAGAAAACATGAAGA
126 CAAAACAGATTACAATTGAGTGTTTACCTTAGAAAACATAAAGA
* * * *
180470 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACCCCATG-CCTTCAGAAGCTTTACTA
1 AAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCA-CCCAAGCCCTTCA-AAGCCTTATTA
* * ** ** * * * * ********** *
180534 CTCGCTTTAAATGGTTTTATTATCTCATTATTAATTTGAAGCTGAAGTTNNNNNNNNNNTTCA-T
62 CTCACTTTAAATAGTTTTACAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAA-TTATTCTACATCTTTAGT
* * * * *
180598 TAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCA-AGAAACATGAACAGA
126 CAAAACAGATTACAATTGAGTGTTTACCTTAGA-AAACAT-AA-AGA
*** ** * * * *
180644 AGGTG-ATTCATTGTTAAGAGAAGTCCATTTATAGTTACCCATG-CCTTCCAAAGCCTCATTACT
1 AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACCCAAGCCCTT-CAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * * * * *
180707 CGCTTTAAATGGTTTTGCAATCTTATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAGT-TTTATTTA
64 CACTTTAAATAGTTTTACAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTCTACA-TCTTTAGTCA
* * * * * *
180771 AAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAAAAACATGAAGA
128 AAACAGATTACAATTGAGTGTTTACCTTAGAAAACATAAAGA
* * * *
180813 GAACGTGATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACC
1 AAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACC
180854 ATACCTTTNN
Statistics
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0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACCCAAGCCCTTCAAAGCCTTATTACTCA
CTTTAAATAGTTTTACAATCTTGTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTCTACATCTTTAGTCAAAA
CAGATTACAATTGAGTGTTTACCTTAGAAAACATAAAGA
Found at i:180637 original size:172 final size:172
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Indices: 180427--180853 Score: 439
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 172
180417 ATCTTTGGTC
* ** * * * **
180427 AAAACAGATTATAATTTTGTGTTTACCT-TAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
1 AAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAG-AAACATGAAGAGAAAGTGATTCATTGGCAAGA
* * * * * **
180491 AAAGTTCATTTATAGCCACCCCATGCCTT-CAGAAGCTTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATT
65 GAAGTCCATTTATAGTCACCCCATGCCTTCCA-AAGCCTCACTACTCGCTTTAAATGGTTTTACA
* * **********
180555 ATCTCATTATTAATTTGAAGCTGAAGTTNNNNNNNNNNTTCA-TT
129 ATCTCATAATTAATTTGAAG-TGAAATTTTTTTATAGTTTCATTT
* * **
180599 AAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAACAGAAGGTGATTCATTGTTAAGAG
1 AAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAGAAAGTGATTCATTGGCAAGAG
* * *
180664 AAGTCCATTTATAGTTA-CCCATGCCTTCCAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGCAAT
66 AAGTCCATTTATAGTCACCCCATGCCTTCCAAAGCCTCACTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAAT
* * * *
180728 CTTATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAGTTTTATTT
131 CTCATAATTAATTTGAAGTGAAATTTTTTTATAGTTTCATTT
* *
180770 AAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAAAAACATGAAGAGAACGTGATTCATTGGCAAGAG
1 AAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAGAAAGTGATTCATTGGCAAGAG
180835 AAGTCCATTTATAGTCACC
66 AAGTCCATTTATAGTCACC
180854 ATACCTTTNN
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 44, Indels: 8
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.04
171 131 0.63
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173 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
AAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCAAGAAACATGAAGAGAAAGTGATTCATTGGCAAGAG
AAGTCCATTTATAGTCACCCCATGCCTTCCAAAGCCTCACTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAAT
CTCATAATTAATTTGAAGTGAAATTTTTTTATAGTTTCATTT
Found at i:182742 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 182417--182790 Score: 482
Period size: 173 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
182407 NNNNNNNNNN
* * *
182417 CTTTAAATGGTATTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTATTTATATTTTTAGTTAAAA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTATTTATAGTTTTAGTTAAAA
*** * *
182482 CAGATTATAATTCAGTGTTTACCTTGGGAAATATAAAGAAAAAGCCATTCTTTGGCAAGAAAAGT
66 CAGATTATAATTCAGTGTTTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * *
182547 CTATTTATGGTTACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACT-A
131 CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
182587 CTTTAAATAGTTTTATAAGCTCATATATTGATTTTAAGTTGAGTTTTGTTTTCTAGTTTTGGTTA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA-ATTGATTTTAAGTTGA-TTTT-ATTTATAGTTTTAGTTA
* * * * * *
182652 ATACATATTATAATTGAGTTTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATGAAA
63 AAACAGATTATAATTCAGTGTTTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAA
* * *
182717 AGTGC-ATTTATAGTCACCTATGCCTTCCGAAGCCTTATTACTCG
128 AGT-CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCA
182761 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
1 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA
182791 CTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 25, Indels: 7
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 22 0.13
171 16 0.09
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174 25 0.14
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTATTTATAGTTTTAGTTAAAA
CAGATTATAATTCAGTGTTTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGT
CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCA
Found at i:183880 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 183575--184338 Score: 498
Period size: 170 Copynumber: 4.5 Consensus size: 169
183565 AAACATTAAG
* * * **
183575 AAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAGGCCTTCCAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
**
183640 TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCACTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTATAAATA
66 TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCACTGATTTTAAGTCAAATGTTTTTACATTTATAAATA
* *
183705 AAATAGATTAAAATTCAATGTCTACCTCAAGAAAGAAGA
131 AAATAGATTAAAATTCAATCTCTACCTCAAGAAACAAGA
* *
183744 TCAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTATATTTGTAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATT
1 --AAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATT
********** * * * * *
183809 ACTAT-CTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATATTTTTCA
64 ACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCACTGATTTTAAGTCAAATGTTTTTACATTTATAA
* * * * * * * *
183873 TTAAAATAGATTATATTTGAATCTCTATCTTAGGAAACATGA
128 ATAAAATAGATTAAAATTCAATCTCTACCTCAAGAAACAAGA
* * * * *
183915 AGAAAAGCTATTCATTAGCAAAAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGTCTTTGAAAGCCTTATTA
1 A-AAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* ** * * * * * * **
183980 CTTGCTTGAAATAATTTTACAAACTCATAAATGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTAGTT
65 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCACTGATTTTAAGTCAAATGTTTTTACATTTATAAAT
* * * * * * * *
184044 AAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCTTCAAGAAACATGA
130 AAAATAGATTAAAATTCAATCTCTACCTCAAGAAACAAGA
* * * * * * * **
184084 AGAGAACATG--ATTCATTGGCAATAGAAGTCCTTTTATAGTTATCCATGCCTTCCAAAGCCTTA
1 A-A-AA-A-GCCATTCATTGGTAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTA
* * * *** ** * * *
184147 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAGCTCATGTTTGATTTTAAGT-TGATTTTTTTATATTT-TT
62 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCACTGATTTTAAGTCAAATGTTTTTACATTTATA
** * * * * * * * * * *
184210 GGTAAAAGAGATTATATTTGAATGTTTGA-CTTAGGAAATGAGAGC
127 AATAAAATAGATTAAAATTCAATCTCT-ACCTCAAGAAA-CA-AGA
* ** * * * *
184255 AAAAAGCTATTCATTAGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGACAGCGTTATTA
1 AAAAAGCCATTCATT-GGTAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTA
184320 CTTGCTTTAAATGGTTTTA
65 CTTGCTTTAAATGGTTTTA
184339 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 466, Mismatches: 114, Indels: 27
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 1 0.00
169 91 0.20
170 235 0.50
171 136 0.29
172 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
AAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
TTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCACTGATTTTAAGTCAAATGTTTTTACATTTATAAATA
AAATAGATTAAAATTCAATCTCTACCTCAAGAAACAAGA
Found at i:184502 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 183497--184672 Score: 1044
Period size: 341 Copynumber: 3.4 Consensus size: 338
183487 NNNNNNNNNN
* * *
183497 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGATCAT-TTT-CC
1 ATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGGT-AAAAGAGATTATATTTGA--ATGTTTGAC
* * * * * * * *
183560 TTGGGAAACATTA-AGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAGGCCT
62 TTAGG-AA-ATGAGAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
** ** * * * * *
183624 TCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATCACTGATTTTAAGTTGAATGTT
125 TTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTACAAACTCATAAATGATTTTAAGTTAAAT-TT
** * * * * **
183689 TTTACA-TTTATAAATAAAATAGATTAAAATTCAA-TGTCTACCTCAAGAAAGAAGATCAAAA-A
189 TTTACAGTTT-TAGTTAAAATAGATTATAATT-AAGTGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAACA
* * ** ** * * **
183751 -GCCATTCATTGGTAAGAAAAGTATATTTGTAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACT-AT
252 TG--ATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTAAAGTCATCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCA-
* * **********
183814 CTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNN
314 CTTTAAATAGCTTTATAAGCTCATA
* ** * * *
183839 ATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAGATTATATTTGAATCTCT-ATCT
1 ATTGATTTTAAGT-TAATTTTTTTATATTTTT-GGTAAAAGAGATTATATTTGAATGTTTGA-CT
* *
183903 TAGGAAACATGA-AG-AAAAGCTATTCATTAGCAAAAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGTCTT
63 TAGG-AA-ATGAGAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
*
183966 TGAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATAATTTTACAAACTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTT
126 TGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTACAAACTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTT
* * * * *
184031 TACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCTTCAAGAAACATGAAGAGAACATGAT
191 TACAGTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAGTGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAACATGAT
* * * * * *
184096 TCATTGGCAATAGAAGTCCTTTTATAGTTATCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
256 TCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTAAAGTCATCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* *
184161 TAGTTTTATAAGCTCATG
321 TAGCTTTATAAGCTCATA
* *
184179 TTTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATATTTTTGGTAAAAGAGATTATATTTGAATGTTTGACTTAG
1 ATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTGGTAAAAGAGATTATATTTGAATGTTTGACTTAG
184244 GAAATGAGAGCAAAAAGCTATTCATTAGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA
66 GAAATGAGAG-AAAAAGCTATTCATTAGC-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA
* * ** ********** * *
184309 CAGCGTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTA
129 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTACAAACTCATAAATGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTA
** **
184374 CAGTTTTAGTTAAAATAGATTATTGTTAAGTGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAATGTGATTC
193 CAGTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAGTGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAACATGATTC
* * * *
184439 ATTGGTAAGAGAAGTCCATTTAAAGTCATCCATACCTTCCAAAGCCTTCTTACTCATTTTAAATG
258 ATTGGCAAGAGAAGTCCATTTAAAGTCATCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
*
184504 GCTTTATAAGCTGATA
323 GCTTTATAAGCTCATA
* * *
184520 ATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAGTAGATTATATTTGAATGTTTG-CAA
1 ATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTGGTAAAAG-AGATTATATTTGAATGTTTGAC-T
* * * * * * * *
184584 TAGGAAATGGGAGGAACAAGCCATTCATTAGCTAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCATGCCTTC
63 TAGGAAATGAGA-GAAAAAGCTATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTT
* *
184649 CAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
127 GAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
184673 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 687, Mismatches: 128, Indels: 38
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
336 4 0.01
337 4 0.01
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340 194 0.28
341 241 0.35
342 132 0.19
343 48 0.07
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
ATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTGGTAAAAGAGATTATATTTGAATGTTTGACTTAG
GAAATGAGAGAAAAAGCTATTCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAA
GCCTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTACAAACTCATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTACAG
TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAGTGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAACATGATTCATT
GGCAAGAGAAGTCCATTTAAAGTCATCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGCT
TTATAAGCTCATA
Found at i:184526 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 183497--184672 Score: 794
Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 168
183487 NNNNNNNNNN
* * * * * *
183497 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGATCAT-TTT-CC
1 ATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTAT-TTTGA--ATGTTTACC
*** * * * *
183560 TTGGGAAACATTAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAGGCCTT
62 TCAAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* *
183625 CCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATC
126 CCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATA
* * * ** ** * *
183668 ACTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTATAAATAAAATAGATTAAAATTCAATGTCTACCTC
1 ATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATT-ATTTTGAATGTTTACCTC
* * ** * ** * **
183733 AAGAAAGAAGATCAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTATATTTGTAGTCACCCATGCCTTTG
64 AAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCC
**********
183798 AAAGCCTTATTACTAT-CTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNN
128 AAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATA
* * * * *
183839 ATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTATATTTTTCA-TTAAAATAGATTATATTTGAATCTCTATCT
1 ATTGATTTTAAGTTAAA-TTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATAGATTAT-TTTGAATGTTTACCT
* * * * * * * *
183903 TAGGAAACATGAAG-AAAAGCTATTCATTAGCAAAAAAAGTACATTTATAGTCACCCATGTCTTT
63 CAAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * ** * *
183967 GAAAGCCTTATTACTTGCTTGAAATAATTTTACAAACTCATA
127 CAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATA
* * * * *
184009 AATGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTGCTTCA
1 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTAT-TTTGAATGTTTACCTCA
* * * * * * *
184074 AGAAACATGAAGAGAACA-TGATTCATTGGCAATAGAAGTCCTTTTATAGTTATCCATGCCTTCC
65 AGAAACATGAAGA-AAAAGT-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCC
* * *
184138 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAGCTCATG
128 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATA
* * * * * *
184179 TTTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATATTTTT-GGTAAAAGAGATTATATTTGAATGTTTGA-CT-
1 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTAT-TTTGAATGTTT-ACCTC
* * ** *
184241 TAGGAA-ATGAGAGCAAAAAGCTATTCATTAGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
64 AAGAAACATGA-AG-AAAAAG-TATTCATT-GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
** * * **********
184305 TTGACAGCGTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNN
125 TCCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATA
* *
184349 ATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACAGTTTTAGTTAAAATAGATTATTGTT-AAGTGTTTACCT
1 ATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATT-TTGAA-TGTTTACCT
* * * * *
184413 CAAGAAACATGAAGAAAATGTGATTCATTGGTAAGAGAAGTCCATTTAAAGTCATCCATACCTTC
63 CAAGAAACATGAAGAAAAAGT-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* *** * *
184478 CAAAGCCTTCTTACTCATTTTAAATGGCTTTATAAGCTGATA
127 CAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATA
* * * * *
184520 ATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAGTAGATTATATTTGAATGTTTGCAAT
1 ATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTAT-TTTGAATGTTTAC-CT
* *** * * * * * *
184585 -AGGAAATGGGAGGAACAAGCCATTCATTAGCT-AGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCATGCCTT
63 CAAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATT-GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
*
184648 CCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
126 CCAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
184673 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 771, Mismatches: 201, Indels: 66
0.74 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.01
168 10 0.01
169 84 0.11
170 258 0.33
171 361 0.47
172 44 0.06
173 6 0.01
174 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATTTTGAATGTTTACCTCAA
GAAACATGAAGAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAA
GCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCATA
Found at i:186163 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 185852--186222 Score: 473
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 168
185842 NNNNNNNNNN
* *
185852 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGAAAATGATC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCA-GTTTTCCAAGCAAAAT-ATC
* * * *
185917 AATTATAATCTGTTTTGACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAA
64 AAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAA
* *
185982 AACCTTTTAAAGTGAATTATAAGGCTTTCG-AAGGCATGGAT
129 AACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTT-GAAAGGCATGG-T
* *
186023 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT-AATGACTTTTTCCTCTCA-TTTTCCAATGCAAACAT-
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTT-CT-TCAGTTTTCCAA-GCAAA-ATA
* * * * *
186085 TCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATA-TAAAAACATTCAATTTAAACTCAAATATGAGCTTA
62 TCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAA-AGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTA
*
186149 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGT
126 TAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGT
*
186192 GACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAAT
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT
186223 CATACTCTCT
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 19, Indels: 15
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 26 0.15
170 111 0.64
171 32 0.18
172 5 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCAGTTTTCCAAGCAAAATATCAA
ATATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAA
CCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTGAAAGGCATGGT
Found at i:186253 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 185486--186253 Score: 453
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 170
185476 TTTCAGCAAG
* * * * *
185486 TAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAT-AGCTTTT
1 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATCA-TTTTT
* * * * * *
185549 CTTCATGTTTCCCAAGGTAGAGAT-TCAAATATAATCTGTTTTAACGAAAAATA-TAAAAACATT
64 CTTCATGTTTCTCAA-GCAAACATATCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAA-AGTAAAAAAATT
** * * ********** *
185612 TGACTCAAAATCAATTATGAGANNNNNNNNNNATTTAAAGAT-AG
127 CAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAA
* * * * * * *
185656 TAATAAGGCTTCCAAAAGCATAGG-TGGCTACAAATGTACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-TTTT
1 TAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT--CATTTT
* * * * * * * ** *
185719 TCATCTTATTTCTTAAGCTAGACAT-TCAATTTTAATCTGTTTT-ATTAAAAAATGTAAAAAGAT
63 TCTTCATGTTTCTCAAGC-AAACATATCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAA-GTAAAAAAAT
* ** * *
185782 TCAACTTAAAATC-AGTAATGAGATTATAAAATAATTTAAAG-CAGG
126 TCAACTTAAAATCAAAT-ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA-A
* ***********
185827 TAATAAGGCTTTGGNNNNNNNNNNNGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGC-TTTTT
1 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT--CATTTTT
* * *
185891 CTTCATGTTT-TCCAAGGAAA-ATGATCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAAAGTAAAAAAATT
64 CTTCATGTTTCT-CAAGCAAACAT-ATCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATT
* * *
185954 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCTTTTAAAGTGAA
127 CAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAA
* * * *
185998 TTATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAAT-AATGACTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATCA-TTTTT-
* *
186062 CTCTCAT-TTTC-CAATGCAAACAT-TCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATA-TAAAAACAT
64 CT-TCATGTTTCTCAA-GCAAACATATCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAA-AGTAAAAAAAT
* * * *
186123 TCAATTTAAACTCAAATATGAGCTTATAAAACCATTTAAAGTGAG
126 TCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAA
* * *
186168 TAATAAGGCTTT-GAAAGGCATGG-TGACTATAAATGGACTTCTCTTACCAATGAATCATACTCT
1 TAATAAGGCTTTCG-AAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATCAT-TTTT
*
186231 CTTCATGTTTCTTGAAGCAAACA
64 CTTCATGTTTC-TCAAGCAAACA
186254 CTCANNNNNN
Statistics
Matches: 460, Mismatches: 106, Indels: 64
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 36 0.08
170 171 0.37
171 232 0.50
172 17 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATCATTTTTCT
TCATGTTTCTCAAGCAAACATATCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAATTCAAC
TTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAA
Found at i:190060 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 189736--190859 Score: 1014
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 170
189726 ATAGGAAACG
* * * * * *
189736 TCAACTTAAAATTAATTATGAGCTTATAAAACCATTCAGAGCGAGTAATGAGGGTTTAGAAGGCA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCA
** * * ** *
189801 TGGGTGACTATAAATAGACTTCACTTGCCAACGAATCATGTTCTCTTCATATTTCTTGAGGTGAA
66 TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATCATGTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGTAAA
* * * *
189866 CACTT-AATTATAATATATTTTAACT-AAAACTGTAAAAGAAT
130 CA-TTCAATTATAATCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * *
189907 TCAACTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGTA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCA
* * * * * * *
189972 TGGGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAAT-AGCTGTTTCCTCTTGTTGCCCAAGGCAA
66 TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATCA--TGTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAA
* *
190036 ACTTTCAAATATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAT
129 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAAT
* * * *
190078 TCAACTTAAAATCAAATATGAGCTTCTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGGTTT-GAAAGGC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAG-AAGGC
* * * * ** *
190142 ATGGGTGACTATAAGTGGACTTCTCTTGCCAATGAATCATGTTTTCTTCATGTTTGTTGAGGGAA
65 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATCATG-TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAA
* * *
190207 ACACTCAATTATAATCTATTTTAATGAAAAATG-AAAAAAAA
129 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAT
* * * ** * * *
190248 TCAACTTAAAATCAATTATGAGACTCTAAAACCATTTTAAGTAAGCAATAACGCTTTCGAAGGCA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCA
* * * * *
190313 TGGCTGACTATGAATAAACTTTTGC-TGCCAATGAAT-AGTTTTTTCTTCATACTTT-TCAAGGT
66 TGGGTGACTATAAATAGACTTTT-CTTGCCAATGAATCA--TGTTTCTTCAT-GTTTCTCAAGGT
* * * ** *
190375 AGACATTCAAATATAATCTGTTTGAACCAAAAATATAAAAAAAT
127 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAT
**
190419 T-AGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGATAGTAATAAGGCTTTCA-AAGG
1 TCA-ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGG
* * * * * * *
190482 CATAGGTGACTACAAATAGACTTTTCTTGCTAATAAATGGC-TTTTTCCTCTTGTTTCTCAAGGT
64 CATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT--CATGTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
* * * *
190546 AGACATTGAATTTTAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAGAT
127 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAT
********** * * * *
190590 TCAACNNNNNNNNNNTAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTATTAAGGCTTCAGACGGCA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCA
* * * *
190655 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACCAACGAATCATGTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAA
66 TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATCATG-TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAA
* *
190720 CACTCAATTATAATCTGTTTTGATGAAAAATGTAAAAAAAT
130 CATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * *
190761 TCAACTTAAAATTAATTAAGAGATCATTAGACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGC
* ** * * *
190825 TTCAGTGACTGTAAATGGACTTCTCTTGCCAATGA
65 ATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
190860 CTTGTTTAGG
Statistics
Matches: 761, Mismatches: 167, Indels: 50
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 143 0.19
171 609 0.80
172 7 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCA
TGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATCATGTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAAC
ATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAAT
Found at i:192255 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 191810--193382 Score: 1119
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 170
191800 NNNNNNNNNN
* * ** *
191810 CTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGG
* * * * * * * * ** * *
191875 TGACTGTAAATAGACTTCTCTTACCAATGGATG-CATTTTACATCGTGTTTCCTAAATCAGACAT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGAC-TTTTTCTTCATGTTTCCTAGGT-AAACAC
* * * ** * *
191939 TCGATTATAATATATTTTAAATAAAAATAT-AAAAAATTTAA
129 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * * * * * *
191980 CTTAAAATCACTTATGAGATTATAAGACCATTTTAAGCGAGTAATTAGGCTTCGAAAGGAATAGT
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGG
* ********** * * *
192045 TGGCTATAAATGGACTTNNNNNNNNNNTGAATCACTTTTTCTTCATGTTTCCCGAGGTCAACACT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTT-CCTAGGTAAACACT
* * * *
192110 CAATTCTAATTTGTTTTGACCAAAGATGTAAAAAAATTCAA
130 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * *
192151 CTTAAAATCAATTATAACATTATAAAATCATTTAAAGCGTGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGG
* * * * * ** *
192216 TGGCTAGAAATTGACTTTTCTTGCCACTGAGTGACTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGATAAACACT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCT-AGGTAAACACT
* * * * *
192281 AAATTATAATTTGTTCTGACAAAAAATGTAAAAAAATTCAA
130 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * ** * *
192322 CTTAAAATCAATAATAAGATTATCAAACCCCTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGG
* * * ** * * *
192387 TAACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGCAAGACACT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAGGTAA-ACACT
* * * *
192452 CAAATATAATCAGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATT-AA
130 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAA
* * *
192493 CTT-AAATCAATTATGAGCTTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGG
* * * *
192557 TGACTATATATGGACTTTTTTTTGCCAATGAATCA-TATTTTCTTCATGTTTCTTA-GTAAAACA
66 TGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGACT-TTTTCTTCATGTTTCCTAGGT-AAACA
* *
192620 CTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAATATATAAAAAAATTCAA
128 CTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * **
192663 TTTAAAATTC-ACTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGAGAGTAATAAGGCTTCAGAAGGCATGG
1 CTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGG
* ** * * * ** *
192727 GTGATTGCAAATGGACTTTTCTTG-CACTTGAAT-AGTTTTTGTTTCACAT-TTTCGAAGGCAAA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA-ATGAATGACTTTTT-CTT--CATGTTTCCTAGGTAAA
* * * ********** * *
192789 CATTCAAATATAATCTCTTTNNNNNNNNNNTATAAAAAAATT-GA
126 CACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * ***
192833 CTTAAAATCATTTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGG
* * ** * * *
192898 TAACTATAAATGAACTTTTCTTGTGAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCATGGTAGACAT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCT-A-GGTAAACAC
* * * *
192962 TGAATT-TCAATCTGTTTTAATCAAAAATGTCAAAAGATTCAA
129 TCAATTAT-AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * *
193004 CTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAATCATTTAAAAC-ATGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGG
* * * * * * * * *
193068 GTGGCTATAAGTGGACTTTTTTTGCCAA-CAAGTGGCTTTCTCTTCACGATTT-TTAGGATAAAT
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGACTTTTTCTTCATG-TTTCCTAGG-TAAAC
* * * * * * *
193131 ACTAAATTATAATCTATTTTCATCAAAAATGTAAAAAGATTTAT
127 ACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * * *
193175 CTTAAAATCAATAATGAGATTGTAAAACCATTTGAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGG
* * ********* *
193240 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGACATTGAAT-AGCTTTTTCTTCATGTTTCNNNNNNNNNNCAT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTC-CTAGGTAAACAC
* * * * * **
193304 TCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAACTATAAAACAATTTGA
129 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
193346 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
193383 ATAGAAATAA
Statistics
Matches: 1081, Mismatches: 286, Indels: 71
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 23 0.02
170 340 0.31
171 692 0.64
172 23 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAGGTAAACACTC
AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
Found at i:192660 original size:341 final size:335
Alignment explanation
Indices: 192139--193395 Score: 1000
Period size: 341 Copynumber: 3.7 Consensus size: 335
192129 CCAAAGATGT
* * * * *
192139 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAACATTATAAAATCATTTAAAGCGTGTAATAAAGCTTT
1 AAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * * *
192204 GGAAGGCATGGGTGGCTAGAAATTGAC-TTTTCTTGCCACTGAGTGACTTTTTCTTCATGTTTTT
65 TGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTGCCAATGAATCA-TTTTTCTTCATGTTTCT
* * * *
192268 TAAG-ATAAACACTAAATTATAATTTGTTCTGACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
129 T-AGTA-AAACACTAAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * *
192332 ATAATAAGATTATCAAACCCCTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGAGTAACTATAAA
192 AT-ATGAGATTAT-AAAACCATTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAA
*
192397 TAGACTTTTCTTGCCAATAAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGCAAGACACTCAAATATAAT
255 TGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGTTTTTTCTTCACGTTT-CTAAGCAA-ACACTCAAATATAAT
192462 CAGTTTTAACTAAAAATATA
318 CA-TTTTAA-TAAAAATATA
* *
192482 AAAAAAATTAACTT-AAATCAATTATGAGCTTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
*
192546 GAAGGCATGGGTGACTATATATGGACTTTTTTTTGCCAATGAATCATATTTTCTTCATGTTTCTT
66 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTGCCAATGAATCAT-TTTTCTTCATGTTTCTT
* * * * *
192611 AGTAAAACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAATATATAAAAAAATTCAATTTAAAATTCACT
130 AGTAAAACACTAAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAAT
** * **
192676 ATGAGATTATAAAACCATTCAAAGAGAGTAATAAGGCTTCAGAAGGCATGGGTGATTGCAAATGG
194 ATGAGATTATAAAACCATT-AAAGAGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * *
192741 ACTTTTCTTG-CACTTGAATAGTTTTTGT-TTCACATTTTCGAAGGCAAACATTCAAATATAATC
258 ACTTTTCTTGCCA-ATAAATGGTTTTT-TCTTCAC-GTTTCTAA-GCAAACACTCAAATATAATC
********
192804 -TCTTTNNNNNNNNNNTAT-
319 AT-TTT--AATAAAAATATA
* * * * **
192822 AAAAAAATTGACTTAAAATCATTTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCC
1 AAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * *
192887 AAAGGCATGGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGTG--AATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTC
66 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTTGCCAATGAAT--CATTTTTCTTCATGTTTC
* * * * * * *
192949 TCATGGT-AGACATTGAATT-TCAATCTGTTTTAATCAAAAATGTCAAAAGATTCAACTTAAAAT
128 T--TAGTAAAACACTAAATTAT-AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * *
193012 CAATTATGAGATCATAAAATCATTTAAA-ACATGTAATAAAGCTTTGGAAGGCATGGGTGGCTAT
190 CAA-TATGAGATTATAAAACCA-TTAAAGAGA-GTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTAT
* * * * * * * * * *
193076 AAGTGGACTTTTTTTGCCAACAAGTGGCTTTCTCTTCACGATTTTTAGGATAAATACT-AAATTA
252 AAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGGTTTTTTCTTCACG-TTTCTAAG-CAAACACTCAAA-TA
* *
193140 TAATCTATTTTCATCAAAAATGTA
314 TAATC-ATTTTAAT-AAAAATATA
* * * * * * *
193164 AAAAGATTTATCTTAAAATCAATAATGAGATTGTAAAACCATTTGAAGAGAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * *
193229 GAAAGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGACATTGAAT-AGCTTTTTCTTCATGTTTCN
66 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTGCCAATGAATCA--TTTTTCTTCATGTTTC-
********* * * * * * **
193292 NNNNNNNNNCATTCAAA-TATAATCTGTTTTAACTAAAACTATAAAACAATTTGACTTAAAATCA
128 TTAGTAAAACACT-AAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* *
193356 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGATAGAAATAAGGC
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193396 NNNNNNNNNN
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AAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTGCCAATGAATCATTTTTCTTCATGTTTCTTA
GTAAAACACTAAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAT
GAGATTATAAAACCATTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTGCCAATAAATGGTTTTTTCTTCACGTTTCTAAGCAAACACTCAAATATAATCATTTTAA
TAAAAATATA
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196782 NNNNNNNNNN
* * **
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1 AGTCCATTTATAGTCACCCACA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTT-TAAATGGTTTTATAAT
* ** * * * * *
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* * **
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* ** * *
196963 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTTAAAGCCTTACTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
1 AGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * *
197028 CACTAA-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGACATTTTTGGTTAAAACGGATTA-AATTTCAATGT
66 CA-TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATATTTTTCGTTAAAACAGATTATAA-TTCAATGT
*
197091 CTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-GAGAA
128 CTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAGGA-AA
* * * *
197135 AGTTCATTTGTAGTTACCCACACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCT
1 AGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* ** * * * * * * *
197200 CAGAATTGATTTTAAGTCAAATGTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTGTATTTGAATATCTA
66 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTA
* *** * ** * *
197265 CCTTGGGTGGCATGAAGAAAAAGCTATAAAAGTG-CAAGAAA
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* * ** * * * * *
197306 AGCCCATTGATAGTCATGCACGCCTTCCG-AAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTACAATC
1 AGTCCATTTATAGTCACCCACACCTT-TGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * *
197370 TTATAATTTATTTTAAATTGAATTCTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATT
65 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAAACAGATTATAATT
197427 GAGTGTTTAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTA
CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAGGAAA
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197428 AGTGTTTACC
** * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * *
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1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTAGCTTTAA
* * * *
197673 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAGTTTTTTTACATTTTTGG-TCAAACAAATT
66 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATT
* * * * *
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* * * *
197778 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTAGCTTTAA
* * * * * *
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66 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTT-GGTTAAAACAGAT
* * * *
197908 TATAATTGAGTGTTTACCTAGAGAAATATAAAGGAAAAGCCA
129 TATAATTGAGTGTTTGCCTAGA-AAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * * *
197950 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTATTCA-ATTTA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACT-AGCTTTA
* * * * *
198014 AATGGTTTTATAATCTCATTATT-ATTTTTAAGCTGAATTTTTTATA-TTTTTGATTAAAATAGA
65 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTGGTTAAAACAGA
* * * *
198077 TTATATTTGAGTGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
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* * * * * * *
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1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCA-AAGCCTTATTACTAGCTTTA
* * * *
198184 AATAGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAATATG-
65 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTGGTTAAAACA-GA
* * * * * *** *
198246 TTGTAATTGAGTATCTG-ATTGAAGAAACATGATCCAAAAGCTA
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* * * * * * * ** * *
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1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTAGCTTTAA
** * * * *
198354 ATGGTTTTATAATCTTTTAATTGATATTAAGTTGAATTATTTTTACATTTTTGATTAAAATATAT
66 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGAT
* * * * **
198419 TATAACTGAATATTTGTCTCAGAAAACATGGTGAAAAA-CTCA
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* * * *
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1 TTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-TCAAAGCCTTATTACT-AGCTT
* * * * * * * *
198523 TAAAAGGTGTTATAATCTCATTATTGATTTGAAGCTAAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACTG
63 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAG
* * * * * ** *
198588 ATTATAATTCAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAACCA
127 ATTATAATTGAGTGTTTGCCTAGA-AAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * * * ** *
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1 TTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTAGCTTTA
* * *
198696 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTATATTTTCAGTTAAAACAGAT
65 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-GGTTAAAACAGAT
* * * * *
198761 TGA-ATTTGAATATTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCTA
129 T-ATAATTGAGTGTTTGCC-TAGAAAACATGAAGAAAAAGCCA
* ** * *
198803 TTCA-AGTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCCGAAGCCTTATTACTCA-CTTT
1 TTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACT-AGCTTT
* * * * * *
198866 AAATGGTTTTACAGTCTCATTATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACTGAA
64 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGAT
* **
198931 TATAATTGAGTGTTTGCCTCATG-AAACATGAAGAAAACGTGA
129 TATAATTGAGTGTTTGCCT-A-GAAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * *** * ** * *
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1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTAGCTTTAA
********** *
199038 ATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTCAGTTAAAACAGAT
66 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTT-GGTTAAAACAGAT
* * * **
199103 TATAATTGAGTGTTTACCTAGGGAAACATCAAGAAAAAGTTA
129 TATAATTGAGTGTTTGCCTA-GAAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * *
199145 TTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCTTTATTACTCGCTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACTAGCTTTAA
199210 ATGGTTT
66 ATGGTTT
199217 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
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174 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.38
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ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATTA
TAATTGAGTGTTTGCCTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCA
Found at i:198106 original size:342 final size:338
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** **
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* * * * * * * *
197503 ATAGTTTTATGATCTCATAATTGGTTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTGGTCAAGACAGATTA
66 ATAGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAATAGATTA
* *
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* * * *
197632 ATTGCCACCCATGCCTTTCAAAGCTTTATTA--CAAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
194 ATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTATTC-A--TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * * *
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256 GATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGG
*
197759 AAACATGAAGAAAAAACCA
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* *
197778 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * *
197843 ATAGTGTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGATTTTTCTTTACATTTTCAGTTAAAATAGAT
66 ATAGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTT-GGTTAAAATAGAT
* * *
197908 TATAATTGAGTGTTTACCTAGAGAAATATAAAGGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATT
129 TATAATTGAGTGTTTACCTAGAGAAACATGAA-GAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* *
197973 TATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTATTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATT-
193 TATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTATTC-ATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
198037 ATTTTTAAGCTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGATTATATTTGAGTGTCTGCCTTGGGA
257 A-TTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGA
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321 AACATGAAGAAAAAGCCA
* * * * * * *
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1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * *
198184 AATAGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAATATG-
65 AATAGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTGGTTAAAATA-GA
* * * * ** * * * *
198246 TTGTAATTGAGTATCTGA--TTGAAGAAACATGATCCAAAAGCTATCCATTGGCAAGGAAAGTCT
128 TTATAATTGAGTGT-TTACCTAG-AGAAACATGA-AGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * ** * **
198309 ATTTCTAATCACCCATACTTTTGGAAGCCTTACTACTTGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTTTTA
190 ATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTA-TT-CATTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
198373 ATTGATATTAAGTTGAATTATTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAACTGAATATTTGTCT
253 ATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
** * **
198438 CAGAAAACATGGTGAAAAA-CTCA
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* * * *
198461 TTCATTGGTGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATG-C-TTGCCAAAGGCTTATTACTCACTT
1 TTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTG--AAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * *
198523 TAAA-AGGTGTTATAATCTCATT-ATTGATTTGAAGCTAAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAAC
63 TAAATA-GTTTTATAATCTC-TTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAA-
* * * * ** * * * *
198586 T-GATTATAATTCAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAACCATTCATT-TCTAGGGAAAG
124 TAGATTATAATTGAGTGTTTACCTAGAGAAACATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGC-AAGAAAAG
* * * **
198649 TCCATCTGTAGTCACCCATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTTGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTC
187 TCCATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTA-TT-CATTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * *
198713 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTATA-TTTTCAGTTAAAACAGATTGA-ATTTGAATATTT
250 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTGA-TTAAAACAGATT-ATAATTGAATGTTT
* *
198776 GCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCTA
312 GCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* ** * *
198803 TTCA-AGTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCCG-AAGCCTTATTACTCACTTT
1 TTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
198866 AAATGGTTTTACAGTCTCATT-ATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAACT-G
64 AAATAGTTTTATAATCTC-TTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAA-TAG
* * * ** *
198929 AATATAATTGAGTGTTTGCCTCA-TGAAACATGAAGAAAACGTGATTCATTGGCAAGAGAAGTCC
127 ATTATAATTGAGTGTTTACCT-AGAGAAACATGAAGAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* ** * ** * **********
198993 ATTTATAATCACCCATATGTTCCAAAATCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNA
190 ATTTATAGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTATTC-ATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
199058 TTGATTTTAAGTTGAATTTGTTT-TACATTTTCAGTTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCT
254 TTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATA-TTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
* * **
199122 AGGGAAACATCAAGAAAAAGTTA
316 TGGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * * *
199145 TTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCTTTATTACTCGCTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
*
199210 ATGGTTT
66 ATAGTTT
199217 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1164, Mismatches: 219, Indels: 110
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.00
339 119 0.10
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ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
ATAGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAAAATAGATTA
TAATTGAGTGTTTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTATTCATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
TAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACAT
GAAGAAAAAGCCA
Found at i:198960 original size:512 final size:502
Alignment explanation
Indices: 197438--199216 Score: 1615
Period size: 512 Copynumber: 3.5 Consensus size: 502
197428 AGTGTTTACC
** *
197438 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATGCATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG-CTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * * * *
197503 ATA-GTTTTATGATCTCATAATTGGTTTTAAGTTAAATGTTTTTACA-TTTTGGTCAAGACAGAT
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* * * * * *
197566 TAGAATTGAGTGTTTGCC-TCAGAAAACATGAAGAAAATGCCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCA
128 TATAATTGAGTGTCTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT--CTAGGGAAAGTCCA
* * * **
197629 TTTATTGCCACCCATGCCTTTCA-AAGCTTTATTACAAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
190 TTTATAGTCACCCATGCCTTT-AGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * * * *
197693 TTGATTTTAAGATGAGTTTTTTTACATTTTTGGTCAAACAAATTAGAATTGATTGTTGGCCTT-G
254 TTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTAGTTAAAACAGATT-GAATTGAATATTTGCCTTAG
* * * * *
197757 AGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTTGA
317 -GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCG-
* * * *
197822 AAGCCTTATTATTCGCTTTAAATAGTGTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGATTTTTCTTT
380 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTT
* * * * * * *
197887 ACATTTTCAGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTACCTAGAGAAATATAAAGGAAAAGC-CA
444 ACATTTT-GGTTAAAAT-GAATATAATTGAGTGTTTGCCT-CAGAAACAT--GGGAAAAACTCA
* * * *
197950 TTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTATTCAATTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-GCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * *
198015 ATGGTTTTATAATCTCATTATT-ATTTTTAAGCTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAA-TAGAT
65 AAGGTTTTATAATCTCATTATTGA-TTTTAAGCTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACT-GAT
* * *
198078 TATATTTGAGTGTCTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA--CTAGCAAGAACAGTCCA
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* * * * *
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190 TTTATAGTCACCCATGCCTTTAGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
198206 TGATTTTAAGTTG-ATTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATG-TTGTAATTGAGTATCTG-ATTGA
255 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACA-GATTG-AATTGAATATTTGCCTT-A
* *** * * * * * * *
198268 AGAAACATGATCCAAAAGCTATCCATTGGCAAGGAAAGTCTATTTCTAATCACCCATACTTTTGG
316 GGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC-CTTCG
* * * *
198333 AAGCCTTACTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTTTAATTGATATTAAGTTGAATTATTTTT
380 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTT
* * * * *
198398 ACATTTTTGATTAAAAT-ATATTATAACTGAATATTTGTCTCAGAAAACATGGTGAAAAACTCA
444 ACA-TTTTGGTTAAAATGA-A-TATAATTGAGTGTTTGCCTCAG-AAACATGG-GAAAAACTCA
* * *
198461 TTCATTGGTGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATGCTTGCCAAAGGCTTATTACTCACTTTA
1 TTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTT-CCAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* *
198525 AAAGGTGTTATAATCTCATTATTGATTTGAAGCTAAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACTGAT
64 AAAGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGCTAAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACTGAT
* * * ** * *
198590 TATAATTCAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAACCATTCATTTCTAGGGAAAGTCCATC
128 TATAATTGAGTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTCTAGGGAAAGTCCATT
* *
198655 TGTAGTCACCCATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
192 TATAGTCACCCATGCCTTTAGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
198720 ATTTTAAGTTGAATTTTATTATATTTTCAGTTAAAACAGATTGAATTTGAATATTTGCCTTAGGA
257 ATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTT-AGTTAAAACAGATTGAA-TTGAATATTTGCCTTAGGA
* *
198785 AACATGAAGAAAAAGCTATTCA-AGTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCCGAA
319 AACATGAAGAAAAAGCTATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTT-CGAA
* * * *
198849 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAGTCTCATT-ATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTAC
382 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-TTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* *
198913 ATTTTGGTTAAAACTGAATATAATTGAGTGTTTGCCTCATGAAACAT-GAAGAAAACGTGA
446 ATTTTGGTTAAAA-TGAATATAATTGAGTGTTTGCCTCA-GAAACATGGGA-AAAAC-TCA
* * **
198973 TTCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATAATCACCCATATG-TTCCAAAATCTTATTACTCGA-TTT
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC--ATGCTTCCAAAGCCTTATTACTC-ACTTT
* ********** * * ** *
199036 AAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTCAGTTAAAACAG
63 AAAAGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGCT-AAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACTG
* * * * * ** * * *
199101 ATTATAATTGAGTGTTTACCTAGGGAAACATCAAGAAAAAGTTATTCATTGAC-AAGAAAAGCCC
126 ATTATAATTGAGTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT--CTAGGGAAAGTCC
* *
199165 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTCA-AAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
189 ATTTATAGTCACCCATGCCTTT-AGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
199217 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1023, Mismatches: 189, Indels: 109
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
508 1 0.00
509 3 0.00
510 23 0.02
511 258 0.25
512 454 0.44
513 146 0.14
514 130 0.13
515 8 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (502 bp):
TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
AGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGCTAAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACTGATTAT
AATTGAGTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTCTAGGGAAAGTCCATTTATA
GTCACCCATGCCTTTAGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
TAAGTTGAATTTTTTATATTTTAGTTAAAACAGATTGAATTGAATATTTGCCTTAGGAAACATGA
AGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAGCCTTATTA
CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTA
AAATGAATATAATTGAGTGTTTGCCTCAGAAACATGGGAAAAACTCA
Found at i:204099 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 203698--204439 Score: 595
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 170
203688 TCTGTCTCAG
* * * * * * * *
203698 GAAACATGATGAAAAAGTCATTCATT-GACTAGAGAAGTCCATTTATAGTTAGCCACGCC-TTCC
1 GAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTCG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCG
* * * * * *
203761 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGATTTTATAATATCATTATTGATTTTAAGTTGAATCTTTTA
64 AAAGCCTTACTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * *
203826 ACA-TTTTGGTGAAAACAGATTATAATTTAGTGTTTATCTTGA
129 ACATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAGTG-TTACCTTGA
* * * *
203868 AAAACATGAAGAAATAACCACTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCAATGCCTTTC-A
1 GAAACATGAAGAAA-AACCATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCGA
* ********** * *
203932 AAG-CTTTCTTACNNNNNNNNNNTGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
65 AAGCCTTAC-TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
203996 ACATTTTTGGTCAAAACAAATAAGAATTGAGTGTTAGCCTTGG
129 ACATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAGTGTTA-CCTTGA
* * * *
204039 GAAACATGAAGAAAAATCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCCATGCC-TTCGG
1 GAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCGA
* *
204103 AAGCCTTACTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTA
65 AAGCCTTACTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * *
204168 CATTTTTAGTCAAAACAGATTATAATTGAGCAT-TTTCATTGA
130 CATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAG--TGTTACCTTGA
* * * * * * *
204210 GAAACATTAAGAAAAAGCCATTCATTTGCCAGAAAGGTCTATTTATAGTCATCCATGCCTTTTG-
1 GAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCGA
* * ********** *
204274 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
65 AAGCCTTACTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * **
204339 TA-TTTTGATTAAAACAGATTATACTTGAATGTTTGTCTT-A
130 CATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAGTG-TTACCTTGA
* * * *
204379 GAAAACAAGAGGAGAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
1 G-AAACATGAAGA-AAAACCATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
204440 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 450, Mismatches: 106, Indels: 32
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 5 0.01
170 170 0.38
171 264 0.59
172 9 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GAAACATGAAGAAAAACCATTCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCGAA
AGCCTTACTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
ATTTTTGGTCAAAACAGATTATAATTGAGTGTTACCTTGA
Found at i:205624 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 205325--205720 Score: 555
Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 169
205315 NNNNNNNNNN
* * *
205325 TCACCCATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTATCTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTT
1 TCACCCATGCCTTGGGAAGCCTCATTACTATCTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTT
* * *
205390 GAGTCAAATTTTTTATATTTTTTATTAAAGCAGATTATATTTGAATGTATACCTTGGAAAACATG
66 GACTCAAATTTTTTATATTTTTGATTAAAGCAGATTATATTTGAATATATACCTTGGAAAACATG
205455 AAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGGAG
131 AAG-AAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGGAG
* *
205495 TCACCCATGGCTTGGGAAGCCTCATTACTATCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
1 TCACCCATGCCTTGGGAAGCCTCATTACTATCTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTT
* *
205560 GACTCTAATTTTTTATATTTTTGATTAAAGCAGATTATATTTGAATATATTCCTT-GAGAAACAT
66 GACTCAAATTTTTTATATTTTTGATTAAAGCAGATTATATTTGAATATATACCTTGGA-AAACAT
* **
205624 GAAGAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
130 GAAGAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGGAG
* * * * * * *
205664 TCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTTCTTGAAAT-GATTTT-GCAATCTCATAA
1 TCACCCATGCCTTGGGAAGCCTCATTACTATCTTTAAATAG-TTTTAG-AATCTCATAA
205721 AAGATTTTAA
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 22, Indels: 7
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 80 0.40
170 120 0.60
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TCACCCATGCCTTGGGAAGCCTCATTACTATCTTTAAATAGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTT
GACTCAAATTTTTTATATTTTTGATTAAAGCAGATTATATTTGAATATATACCTTGGAAAACATG
AAGAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGGAG
Done.