Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401859.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4964.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7127
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.11, T:0.29
Warning! 1394 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1740 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1420--3000 Score: 1442
Period size: 171 Copynumber: 9.3 Consensus size: 170
1410 NNNNNNNNNN
* ** * * * * * * *
1420 AGTTGAATTATTTTACATTTTTCATTAAAAGAAACTACAAGTGAATGTGT--CTTGGGAAACGTA
1 AGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAATGT-
* * * * * * *
1483 AAGAAAAAAGCATTCATAGGGAAGAAAAGTCTATTTATGGTCACCAATTCCTTC-GAAGGGTGTA
65 AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCT-TA
* * ** *
1547 TTACTTGCTTTAAATCGTTTTATAATCTTGTAACTGATTTTT
129 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTA
* * * * * *
1589 AGTTGAATTGTTTTACACTTCTGGTTACAACAAACAATACTTGAATGTGTACCTAGAGAAATGTA
1 AGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAATGTA
* * *
1654 A-AAAATCAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTAAAAAGGCTTA
66 AGAAAA--AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTA
* * * *
1718 TTACTCGTTTTAACTGGTTTTATAATCTTACAACTGATTTTA
129 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTA
* * ** ** * * * *
1760 AGTTAAATTTTTTTATTTTTTTATTTAAAATAGACTATAATTGAATAGT-TAACTTGAGAATTGT
1 AGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAAT-GTGTACCTTGAGAAATGT
* * * *
1824 GAAGAAAAAGGGATTCATTGGGAAGAAAAGTCCATATATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTA
65 -AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTA
** * *
1889 TTACTCGCTTTATTTTGTTTTATAATCTCATAACAGATTTTA
129 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTA
* * * ** *
1931 AGTTGAATT-TTTTCAAATTTTTGGTTAAAACGGACAATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGT
1 AGTTGAATTGTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAATGT
* * ** * *
1995 GAATAAGAGGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAGAAGGCTTA
65 -AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTA
* * * * *
2060 TTACTTGCTTTAAAAGGTCTTATAATCTCATAACTAACTTTA
129 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTA
* * * * * *
2102 AATTGAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CTGTGAGAAACG
1 AGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTGTACCT-TGAGAAATG
* * * * *
2166 TGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTT
64 T-AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTT
* * * * *
2231 ATTATTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTA
128 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTA
** * * * * *
2274 AGTTGAATTGTTTTACATTTTTCATTCAAACAGACAACAGTTGAGTGTGT--CTTGGGAAACATG
1 AGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTGTACCTTGAG-AA-ATG
* * * * ** * *
2337 -GAGAAAAAAACATTCATTGGAAAGAAAAGTTCATTTATAGGGACCTATTCCTTCAAAAGGTTTA
64 TAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTA
* *
2401 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTGATAACTGATTTTA
129 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTA
* * * * * **
2443 AGATGAATTGTTTTACACTTTTGGTTACAACAAACAATAATTGAATGTGTACCTAGAGAAACATA
1 AGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAATGT-
* * * * * * *
2508 AAGAAACAAGTATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCATCTATTCCTTAAAAAGGTTTAT
65 AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTAT
* * * *
2573 TGCTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCCCATTACTGATTTTA
130 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTA
* * * * * * * *
2614 AGTTGAATT-TTTCTATATTTTTTGTTACAACAGACTATAATTGATTGTCTATCTTGAGAAATAT
1 AGTTGAATTGTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAATGT
* * * * * *
2678 GAACAAAAAGAG-ATTCTTTGGAAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTT
65 -AAGAAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTT
* ** * ** * *
2742 ATTACTCTCTTTAAAAAGTTTTATAATATCCCAATTGATTTAA
128 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTA
** ** * * * *
2785 AGTTGAATTGTTACACATTTTTCATTAAAACAGACTACAATTAAACGTGTACCTTGAGAAACATG
1 AGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTGTACCTTGAG-AA-ATG
* *
2850 -AAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTA
64 TAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTA
* * * *
2914 TCACTCGCTTTAAATGATATTATAATCTCGTAACTGATTTTA
129 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTA
* ** * *
2956 AGTTGAATTATTTTACATTTTTATTTAAAAGAGAAAATAATTGAA
1 AGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAA
3001 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1130, Mismatches: 257, Indels: 48
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 173 0.15
170 19 0.02
171 776 0.69
172 152 0.13
173 10 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTGTACCTTGAGAAATGTA
AGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATT
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTA
Found at i:3582 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3298--5733 Score: 1686
Period size: 171 Copynumber: 14.4 Consensus size: 171
3288 NNNNNNNNNN
* * * *
3298 AATTGAATGTCTAC-CTCAAGAAACATGAAT-AAAAGGGCATTCATTGGCAAG-AAAGTCTATTT
1 AATTGAATGTCTACTATGAA-AAACATG-ATGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
** *
3360 ATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACCAA
64 ATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACCGA
* * * **
3425 CTTTAACTTCAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGTTAT
129 TTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
* *** *
3468 AATTGAATGTCTACTATGAAAAACGTGATGAAAAAGGCATTCATTAATAACAAAAGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACTATGAAAAACATGATGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
3533 AGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTATAATCTCATAACCGATT
66 AGTCACCCATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACCGATT
* * * * * *
3598 TTAAGTTTAATTGTTTTACACTTTTGGTTACAACAAACAAT
131 TTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
* * * * **
3639 AATTGAATGTATACCTA-GAGAAACATAAAGAAACAA-ATATTCATTGGCAAGAAAAG-CTCATT
1 AATTGAATGTCTA-CTATGAAAAACATGATGAAA-AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATT
* * * * * *
3701 TATAGTCACCAATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCACTTTAACTGGTTTTATAATTTCATTACTG
63 TATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACCG
* * *
3766 ATTTTAAGTTGAATT-TTTCAACATTTATATTTAAAACAGACTAT
128 ATTTTAAGTTGAATTGTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
* * * * * * *
3810 AATTCAATGTCTTCCT-TGAGAAAA-ATGAAGAAAAAGAG-ATTCACTAGCAAGAAAGGTCTATT
1 AATTGAATGTC-TACTATGA-AAAACATGATGAAAAAG-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * *
3872 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTGCTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAACCG
63 TATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACCG
* *
3937 ATTTTAAGTTGAATTGTTTTAAATTTTTTGTTAAAACAGA-TAAT
128 ATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACT-AT
* * * * * **
3981 AACTAAATATCTAC-CTCAAGAAACATGAAT-AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTT
1 AATTGAATGTCTACTATGAA-AAACATG-ATGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * * **
4044 ATTGTCACTCATTCCTTAAGAAGGCTTATTACTTGCTTCAAAAGATTTTATAATCTCATAACTAA
64 ATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACCGA
* * * *
4109 CTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
129 TTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
* * *
4152 AATTGAATGTCTAC-A-GCAAGAAACGTGGTGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
1 AATTGAATGTCTACTATG-AA-AAACATGATGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * **
4215 ATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTGAATGATTTTATAATCTCCTAATTGA
64 ATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACCGA
*
4279 TTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTAC
129 TTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTAT
* ** * * * * * *
4322 AATTGAATGTGT-C-ATGGGAAACATGGA-GAAAAAAGTAGTCATTTGTAAGAAAAGTCTATTTA
1 AATTGAATGTCTACTATGAAAAACAT-GATGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * ********** *
4384 TAGTCACCTATTCCTTCAAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGAT
65 TAGTCACCCATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACCGAT
* * * * * * *
4449 TTTACGTTGAATTGTTTCACACTTTTGGTTATAACAAACAAT
130 TTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
* * ** * * * **
4491 AATTGAATGTGTACCTA-GAGAAATGTAAAGAAACAA-GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTGTTT
1 AATTGAATGTCTA-CTATGAAAAACATGATGAAA-AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * ********** * **
4554 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATGGTTTTATAATCTCCTAATTGA
64 ATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACCGA
* * * *
4619 TTTTAAGTTGAATTATGTTACATATTTTA-TTAAAACAGATTAC
129 TTTTAAGTTGAATTGTTTTACAT-TTTTAGTTAAAACAGACTAT
* * * * * *
4662 AATTGAAAGTGT-CT-TGAGAAACGT-ATAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
1 AATTGAATGTCTACTATGAAAAACATGAT-GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
******************************* *
4724 TAG--------T-C----ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATCTCATAACTGAT
65 TAGTCACCCATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACCGAT
* * * *
4776 TTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTTACAACA-AATAAT
130 TTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACT-AT
* ** * * *
4818 AATTGAATGTGTACCTA-GGGAAACATAAAGAAACAA-ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
1 AATTGAATGTCTA-CTATGAAAAACATGATGAAA-AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
4881 ATAGTCACCAATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCACTTTAACTGATTTTATAAAT-TCATTACTG
64 ATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAACCG
* * *
4945 ATTTTAAGCTAAATT-TTTTGACATTTTTATTTAAAACAGACTAT
128 ATTTTAAGTTGAATTGTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
* * * * *
4989 AATTGAATGTTTACCT-TGAAAAACGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAGGTCCATTTA
1 AATTGAATGTCTA-CTATGAAAAACATGATGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *
5053 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGGTTATTACAT-GCTTTAAA-AGTTTTATAATCTCATAACAGA
65 TAGTCACCCATTCCTTAAAAAGGCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACCGA
* * *
5116 TTTTAAGTTGAATTGTTTTAAATTTTTACTTAAAGCAGA-TAAT
129 TTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACT-AT
* * * * * **
5159 AACTGAATGTGTAC-CTCAAGAAACATGAAT-AACAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTATTT
1 AATTGAATGTCTACTATGAA-AAACATG-ATGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
5222 ATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTTGCCTTAAAAGATTTTATAATCTCACAACTGA
64 ATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACCGA
* * *
5287 CTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAT
129 TTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
* * * * *
5330 AATTGAATGTCTA-TCA-CAAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTT
1 AATTGAATGTCTACT-ATGAA-AAACATGATGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
** * * * * **
5393 ATAGTCAGTCATTCCTT-CAAAGGCTTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCCTAATTG
64 ATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGGC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACCG
* * * *
5457 ATTTTAAGTTAAATTGTTTTGCATATTTTA-TAAAAACAGACTAC
128 ATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAT-TTTTAGTTAAAACAGACTAT
* * * * * * *
5501 AATTGAATATGT-CT-TGAGAAACGTG-TAGAAAAA-GTATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTA
1 AATTGAATGTCTACTATGAAAAACATGAT-GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *
5562 TAGTCACTCATTCCTTTAAAAA-GCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCCCATAACTGA
65 TAGTCACCCATTCC-TTAAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACCGA
* * * * *
5626 TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTACAAA-AAACAAT
129 TTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTA-AAACAGACTAT
* * *
5669 AATTGAATGTGTACCT-T-AAGAAACATGAAGAAACAA-GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
1 AATTGAATGTCTA-CTATGAA-AAACATGATGAAA-AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
5731 TAT
63 TAT
5734 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1794, Mismatches: 383, Indels: 177
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
155 6 0.00
156 62 0.03
158 42 0.02
159 3 0.00
160 1 0.00
161 1 0.00
166 1 0.00
167 5 0.00
168 166 0.09
169 148 0.08
170 281 0.16
171 1045 0.58
172 33 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AATTGAATGTCTACTATGAAAAACATGATGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCCATTCCTTAAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACCGATT
TTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
Found at i:6128 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5841--7127 Score: 1374
Period size: 171 Copynumber: 7.5 Consensus size: 170
5831 NNNCTAAGAC
* ** * ** * *
5841 ACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAATAATTCAACCAAAAATCAATTAGGAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGA
** * *
5906 TTATAAAACCATTTTCAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
5971 CTTGTCAATTAATGCATTTTCCTTCACGTTTCTTCTGGTAG
131 CTTGCCAATGAATGCCTTTT-CTTCACGTTTCTTCAGGTAG
* *
6012 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAGTCAGTTATGAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGA
* * **
6077 TTAT-AAACCCTATTAAAGCAAGTAATAAGCCTTCTT-AAGGAATGGGTGACTATAAATAAACTT
66 TTATAAAACCAT-TTAAAGCGAGTAATAAGCCTT-TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * *
6140 TTCTTGCCAATGAATGCCCTTTTTTTCAAGTTTCTTGAGGTAG
129 TTCTTGCCAATGAATG-CCTTTTCTTCACGTTTCTTCAGGTAG
* * *
6183 ACATTCAATTATTGTCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCTGTTATGAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGA
** * *
6248 TTATAAAACCACCTAAAGCGAGTAATAAACCTTTTGAAGGAAAGGGTGACTATAAATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
6313 CTTGCCAATGAATTCATTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTA-
131 CTTGCCAATGAATGC-CTTTTCTTCACGTTTCTTCAGGTAG
* * * * *
6353 AGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAACAAAAATGTAGAAAAATTTAAGTTAAAATCAGTAATGAG
1 A-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAG
* * * * * *
6418 ATTATAAAACCAGTTAGAA-CGAGTAATAACCCTTTTTAAGGAATCGGTGACTATAGATGGATTT
65 ATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * ** *
6482 TTCTTGCCAATGAATGCTTGTTTCTTTATGTTTC-TCTATATAC
129 TTCTTGCCAATGAATGCCT-TTTCTTCACGTTTCTTC-AGGTAG
* * *
6525 ACATTCAATTATTA-T-TTTTTGTAACCAAAAGTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATGA
1 ACATTCAATTA-TAGTCTGTTT-TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGA
* * * *
6588 GGTTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAACCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTT
64 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
6653 TTCTTCCCTATGAATGCTTTTTCCTTCACGTTTC-GCAAG-AC
129 TTCTTGCCAATGAATGCCTTTT-CTTCACGTTTCTTCAGGTAG
* * * * ** ** * *
6694 ACATTCACTTGTAGTTTCTTTTAATGAAAAATGTAAAACGATTCAACTTAAAATCAATTAGGAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGA
* ** * * ** * *
6759 TTAGAAAATGATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGATTGAATGGGTGACTCTAAATGCACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* *
6824 CTTGTCAATGAATGCCTTTTCTTCACGTTTC-TCATGTTAG
131 CTTGCCAATGAATGCCTTTTCTTCACGTTTCTTCA-GGTAG
* * * ** * * *
6864 ACATTTAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAGCAATTCAACTTAAAGTCATTTATAAGA
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGA
* * * *
6929 TTATATAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTCTT-AAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTT-TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
6993 TCTTGCCAATGAATGCCCTTTTATTCACCTTTCTTGAGGTAG
130 TCTTGCCAATGAATG-CCTTTTCTTCACGTTTCTTCAGGTAG
* * * * *
7035 ACATTCAATTATTGTATGTTTTAACCCAAAATTTGAAAAAATTCAACTTAAAATCTA-TTATGAG
1 ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC-AGTTATGAG
*
7099 ATTATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAA
65 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
Statistics
Matches: 931, Mismatches: 162, Indels: 46
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 15 0.02
169 118 0.13
170 143 0.15
171 635 0.68
172 20 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTGCCAATGAATGCCTTTTCTTCACGTTTCTTCAGGTAG
Done.