Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401867.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4971.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7225
ACGTcount: A:0.25, C:0.10, G:0.09, T:0.25
Warning! 2205 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4856 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4377--5908 Score: 1279
Period size: 172 Copynumber: 8.9 Consensus size: 169
4367 NNNNNNNNTG
* * * *
4377 TAATCTCAAATTTGATTGAAATTTGAATTCTTTGTACATTGTTGGTCAAAA-ATGA-TAATAATT
1 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAACA-GACT-ATAATT
** ** ** *** * * * * * *
4440 GAATGTCAATCTCCAGAAGCGTGAAGGTTAAGGCATTCATTGGCGAGAAAAGTCTATTAATAATC
62 GAATGTCAA-CTTGAGAAATGCAAAGAAAAAGGTATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
** * **
4505 A-CCATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTTGCTTTACATTATTTTA
126 ACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * **
4549 TAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTGGAATTG-
1 TAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * * *
4612 ATGTCTACCATGAGAAACGTAATGAAAAAGGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
64 ATGTC-AACTTGAGAAATGCAAAGAAAAAGGTATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* *
4677 TCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTA
128 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
*
4719 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGA
1 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * *
4784 TTGTAAATCTTGAGAAATGCAAAGAAAAAGATATTTGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCAC
64 ATGTCAA-CTTGAGAAATGCAAAGAAAAAGGTATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
4849 CCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCTCTTTAAATGGTTTTG
128 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
4891 TAATCTCAAAA-T-ATTTTGAAATTTGAATTCTTTGTATACTTTTGGTTAAAAAAGA-TAATAAT
1 TAATCTCAAAATTGA-TTT-AAATTTGAATT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACT-ATAAT
** * * *
4953 TGAATGTCAACGTCAAGAAA--CATGAAGGAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTTTA
61 TGAATGTCAAC-TTGAGAAATGCA--AAGAAAAAGGTATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* *
5016 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAACGGTTTTA
123 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
5063 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTATTGTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAAAATTGA
1 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTT-TT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * ** * * * * * *
5128 ATGTCAACCTTAAGAAACGTGAAGACAAAGGCATACATTGGCAAGAAAAATCCGTTTATAGTCAC
64 ATGTCAA-CTTGAGAAATGCAAAGAAAAAGGTATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * *
5193 TCATTCGTTCAAAAGCCTCATTACTC-GTTCTAAATGGTTTTA
128 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATGGTTTTA
** * * ** * *
5235 TAATGGCATAATTCATTTTTAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTACAATTGAA
1 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * *
5300 TGTCAATCTTGAGAAAAGCAAAGAAAAAGGTATTTGTTGGCAGGAAAAGTCCATTTATTGTCACC
65 TGTCAA-CTTGAGAAATGCAAAGAAAAAGGTATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * ** *
5365 CATTACTTCAAAATCCTTAACACTCACTTTAAATGGTTTTG
129 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
5406 TAACCTCAAAATTCG-TTGAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTG
1 TAATCTCAAAATT-GATTTAAATTTGAATT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * ** * * * *
5470 ACTGTCAACGTCA-AAAAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTTGTG-AA-AAAAGTCCATTAATAG
63 AATGTCAACTTGAGAAATGCA--AAGAAAAAGGTATTC-GTTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
5532 TCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACACACTTTAAATAGTTTTA
124 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
5578 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAGTTCTTTATACTTTTTTAG-TAAAAGCAGATTATAATTG
1 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTT-TACATTTTTGGTTAAAA-CAGACTATAATTG
* * * * * * * * *
5642 AATGTCAACCTCA-ATATACATGAAGAAAAAGGCATACATTGGCTAGAAATA-TCCGTTTATAGT
63 AATGTCAACTTGAGAAATGCA--AAGAAAAAGGTATTCGTTGGCAAGAAA-AGTCCATTTATAGT
* * * *
5705 CGCTCATTCCTTCAAAAACCTCATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTA
125 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTA
* * ** * * * *
5750 TAATGTCATAATTGATTTTTAGTTGAGGTTTTTT-CATTTTCGGTTAAAACAGACTATAATTTAA
1 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGA-ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * *
5814 TGTTAATCTCGAGGAATGCAAAGAAAAAGGTATTTGTT-ACAAAGAAAAGTCCATTTATTGTCAC
65 TGTCAA-CTTGAGAAATGCAAAGAAAAAGGTATTCGTTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
**
5878 CCATTCCTTCAAAAGCCTTAACACTCACTTT
128 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
5909 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1102, Mismatches: 211, Indels: 96
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.00
170 189 0.17
171 221 0.20
172 665 0.60
173 20 0.02
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
GTCAACTTGAGAAATGCAAAGAAAAAGGTATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
Found at i:5349 original size:515 final size:510
Alignment explanation
Indices: 4375--6078 Score: 1993
Period size: 515 Copynumber: 3.3 Consensus size: 510
4365 NNNNNNNNNN
* *
4375 TGTAATCTC-AAATTTGATTGAAATTTGAATTCTTTGTACATTGTTGGTCAAAAATGATAATAAT
1 TGTAATCTCAAAATTT--TTGAAATTTGAATTCTTTGTACATT-TTGGTTAAAAAAGATAATAAT
* * * ** * * *
4439 TGAATGTCAATC-TCCAGAAGCGTGAAGGTTAAGGCATTCATTGGCGAGAAAAGTCTATTAATAA
63 TGAATGTCAA-CGTCAAGAAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAG
* ** * *
4503 TCA-CCATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTTGCTTTACATTA-TTTTATAATGC-CATAATTGAT
127 TCACCCATTCCTTC-AAAAGCCTTTTTACTCACTTTA-AATAGTTTTATAAT-CTCAAAATTGAT
* * * * ** * * *
4565 TTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTGGAATTG-ATGTCTACCATGAGAAA
189 TTAAATTTGAA-TTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCAACCTTAAGAAA
* * * *
4629 CGT-AATGAAAAAGGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
253 CGTGAA-GAAAAAGGCATACATTGGCAAGAAAAATCCGTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
** * * * ** *
4693 CTTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTCTTTGTACA
317 CTCATTACTC-GTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTTAGTTGAAGTT-TTT-TACA
* * *
4757 TTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGATTGTAAATCTTGAGAAATGCAAAGAAAAAGATATTTGT
379 TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTAAATCTTGAGAAATGCAAAGAAAAAGGTATTTGT
* *
4822 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCTCTTTAAATGGT
444 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAACACTCACTTTAAATGGT
4887 TT
509 TT
*
4889 TGTAATCTCAAAATATTTTGAAATTTGAATTCTTTGTATACTTTTGGTTAAAAAAGATAATAATT
1 TGTAATCTCAAAAT-TTTTGAAATTTGAATTCTTTGTACA-TTTTGGTTAAAAAAGATAATAATT
* **
4954 GAATGTCAACGTCAAGAAACATGAAGGAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTTTAGTC
64 GAATGTCAACGTCAAGAAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTC
**
5019 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAACGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAA
129 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAA
5084 TTTGAATTTATTGTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCAACCTTAAGAAACGTG
194 TTTGAATTT-TT-TACATTTTTTGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCAACCTTAAGAAACGTG
* *
5149 AAGACAAAGGCATACATTGGCAAGAAAAATCCGTTTATAGTCACTCATTCGTTCAAAAGCCTCAT
257 AAGAAAAAGGCATACATTGGCAAGAAAAATCCGTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTCAT
* *
5214 TACTCGTTCTAAATGGTTTTATAATGGCATAATTCATTTTTAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGG
322 TACTCGTT-TAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTTAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGG
* * * *
5279 TTAAAACAGACTACAATTGAATGTCAATCTTGAGAAAAGCAAAGAAAAAGGTATTTGTTGGCAGG
386 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTAAATCTTGAGAAATGCAAAGAAAAAGGTATTTGTTGGCAAG
* *
5344 AAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTACTTCAAAATCCTTAACACTCACTTTAAATGGTTT
451 AAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAACACTCACTTTAAATGGTTT
* * * *
5404 TGTAACCTCAAAATTCGTTGAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATT
1 TGTAATCTCAAAATT-TTTGAAATTTGAATTCTTTGTACA-TTTTGGTTAAAAAAGATAATAATT
* *
5469 GACTGTCAACGTCAAAAAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTTGTG-AA-AAAAGTCCATTAATAG
64 GAATGTCAACGTCAAGAAACATGAAGGAAAAGGCATTCA-TTG-GCAAGAAAAGTCCATTAATAG
*
5532 TCACCCATTCCTTCAAAAG-CTTTATTACACACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
127 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTT-TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
* * * * *
5596 AAATTTGAGTTCTTTATAC-TTTTTTAG-TAAAAGCAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAATAT
191 AAATTTGAATT-TTT-TACATTTTTT-GTTAAAA-CAGATTAAAATTGAATGTCAACCTTAAGAA
* * * * *
5659 ACATGAAGAAAAAGGCATACATTGGCTAGAAATATCCGTTTATAGTCGCTCATTCCTTCAAAAAC
252 ACGTGAAGAAAAAGGCATACATTGGCAAGAAAAATCCGTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGC
* *
5724 CTCATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTTAGTTGAGGTTTTTT-CATT
317 CTCATTACTCG-TTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTTAGTTGAAGTTTTTTACATT
* * * * *
5788 TTCGGTTAAAACAGACTATAATTTAATGTTAATCTCGAGGAATGCAAAGAAAAAGGTATTTGTT-
381 TTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTAAATCTTGAGAAATGCAAAGAAAAAGGTATTTGTTG
* ********
5852 ACAAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAACACTCACTTTNNNNNNNN
446 GC-AAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAACACTCACTTTAAATGGTT
*
5917 N
510 T
*********** * * * *
5918 NNNNNNNNNNNAATTGATTGAAATTAGAATTCTTTATACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATT
1 TGTAATCTCAAAATT-TTTGAAATTTGAATTCTTTGTACA-TTTTGGTTAAAAAAGATAATAATT
* * * *
5983 GACAATG--AACGTCAAGAAACATGAAGGAAAAGGCATTCAGTCGAAAGAAAAGTCTATTAATAG
64 G--AATGTCAACGTCAAGAAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAG
* *
6046 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACACT
127 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACT
6079 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1035, Mismatches: 128, Indels: 54
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
512 1 0.00
513 10 0.01
514 406 0.39
515 488 0.47
516 125 0.12
517 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
TGTAATCTCAAAATTTTTGAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTGGTTAAAAAAGATAATAATTGA
ATGTCAACGTCAAGAAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCAC
CCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATT
TGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTCAACCTTAAGAAACGTGAAGA
AAAAGGCATACATTGGCAAGAAAAATCCGTTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACT
CGTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTTAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
ACAGACTATAATTGAATGTAAATCTTGAGAAATGCAAAGAAAAAGGTATTTGTTGGCAAGAAAAG
TCCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAACACTCACTTTAAATGGTTT
Found at i:5715 original size:687 final size:685
Alignment explanation
Indices: 4377--5767 Score: 1659
Period size: 687 Copynumber: 2.0 Consensus size: 685
4367 NNNNNNNNTG
* *
4377 TAATCTCAAATTTGATTGAAATTTGAATTCTTTGTACATTGTTGGTCAAAAATGATAATAATTGA
1 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTGTTGGTCAAAAATGATAATAATTGA
* * * *** * * * *
4442 ATGTCAATCTCCAGAAGCGTGAAGGTTAAGGCATTCATTGGCGAGAAAAGTCTATTAATAATCAC
66 ATGTCAACCTCAAGAAACGTGAAGACAAAGGCATACATTGGCAAGAAAAATCCATTAATAATCAC
* * * * *
4507 CATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTTGCTTTACATTATTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGT
131 CATTCCTTCAAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATGCCATAATTCATTTTAAGT
** * * * *
4572 TGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTGGAATTGATGTCTACCATGAGAAACGTAATGA
196 TGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTACAATTGATGTCAACCATGAGAAAAGCAAAGA
* * ***
4637 AAAAGGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACT
261 AAAAGGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTAACACT
* * * *
4702 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTTA
326 CACTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTGGTTA
* * ** *
4767 AAACAGACTATAATTGATTGTAAATCTTGAGAAATGCAAAGAAAAAGATATTTGTTGGCAAGAAA
391 AAAAAGACTATAATTGACTGTAAATCTAAAAAAATGCAAAGAAAAAGATATTTGTTGGCAAGAAA
* * * * * *
4832 AGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACTCTCTTTAAATGGTTTTGTAATCT
456 AGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACACACTTTAAATAGTTTTATAATCT
4897 CAAAATATTTTGAAATTTGAATTCTTTGTATACTTTTGGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCA
521 CAAAATATTTTGAAATTTGAATTCTTTGTATACTTTT-GTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCA
* * * * *
4962 ACGTCAAGAAACATGAAGGAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTTTAGTCACCCATTC
585 ACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATACATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* **
5027 CTTCAAAAGCCTTTTTACTCA-CTTTAAACGGTTTTA
650 CTTCAAAAACCTCATTACT-AGCTTTAAACGGTTTTA
* * *
5063 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TATTGTACATTTTTTGTTAAAACA-GATTAA-AAT
1 TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCT-TTGTACATTGTTGGTCAAAA-ATGA-TAATAAT
* * * *
5125 TGAATGTCAACCTTAAGAAACGTGAAGACAAAGGCATACATTGGCAAGAAAAATCCGTTTATAGT
63 TGAATGTCAACCTCAAGAAACGTGAAGACAAAGGCATACATTGGCAAGAAAAATCCATTAATAAT
* * *
5190 CACTCATTCGTTC-AAAAGCCTCATTACTCG-TTCTAAATGGTTTTATAATGGCATAATTCATTT
128 CAC-CATTCCTTCAAAAAGCCTCATTACTCGCTT-TAAATGATTTTATAATGCCATAATTCATTT
* * * *
5253 TTAGTTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTACAATTGAATGTCAATCTTGAGAAAAG
191 TAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTACAATTG-ATGTCAACCATGAGAAAAG
* * * * *
5318 CAAAGAAAAAGGTATTTGTTGGCAGGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTACTTCAAAATCCTT
255 CAAAGAAAAAGGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTT
*
5383 AACACTCACTTTAAATGGTTTTGTAACCTCAAAATTCG-TTGAAATTTGAATTCTTTATACATTT
320 AACACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATT-GATTGAAATTTGAATTCTTTATACATTT
* * * *
5447 TTGGTTAAAAAAGATTATAATTGACTGTCAA-CGTCAAAAAACATG-AAGGAAAAGGCATTCATT
384 TTGGTTAAAAAAGACTATAATTGACTGTAAATC-T-AAAAAA-ATGCAAAGAAAAAG-A-T-ATT
* *
5510 TG-T-G-AA-AAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACACACTTTAAAT
443 TGTTGGCAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACACACTTTAAAT
*
5571 AGTTTTATAATCTCAAAAT-TGATTT-AAATTTGAGTTC-TT-TATACTTTT-TTAGTAAAAGCA
508 AGTTTTATAATCTCAAAATAT--TTTGAAATTTGAATTCTTTGTATACTTTTGTTA--AAAA--A
* * * *
5631 GATTATAATTGAATGTCAACCTCAATATACATGAAGAAAAAGGCATACATTGGCTAGAAATA-TC
567 GATAATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATACATTGGCAAGAAA-AGTC
* * * *
5695 CGTTTATAGTCGCTCATTCCTTCAAAAACCTCATTACTAGCTTTAAATGGTTTTA
631 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAACCTCATTACTAGCTTTAAACGGTTTTA
* *
5750 TAATGTCATAATTGATTT
1 TAATCTCAAAATTGATTT
5768 TTAGTTGAGG
Statistics
Matches: 596, Mismatches: 88, Indels: 41
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
683 3 0.01
685 16 0.03
686 189 0.32
687 358 0.60
688 18 0.03
689 5 0.01
690 2 0.00
691 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (685 bp):
TAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTGTTGGTCAAAAATGATAATAATTGA
ATGTCAACCTCAAGAAACGTGAAGACAAAGGCATACATTGGCAAGAAAAATCCATTAATAATCAC
CATTCCTTCAAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATGCCATAATTCATTTTAAGT
TGAACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTACAATTGATGTCAACCATGAGAAAAGCAAAGA
AAAAGGCATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTAACACT
CACTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTGAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTGGTTA
AAAAAGACTATAATTGACTGTAAATCTAAAAAAATGCAAAGAAAAAGATATTTGTTGGCAAGAAA
AGTCCATTAATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAATACACACTTTAAATAGTTTTATAATCT
CAAAATATTTTGAAATTTGAATTCTTTGTATACTTTTGTTAAAAAAGATAATAATTGAATGTCAA
CCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATACATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
TTCAAAAACCTCATTACTAGCTTTAAACGGTTTTA
Done.