Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401875.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4979.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4255
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Warning! 86 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:312 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 3--526 Score: 603
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 168
1 GG
* * *
3 TTTT-TTCATGTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAGAAAAT
1 TTTTCTTCATGTTCTCAGGA-AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAAT
* *
67 TCAA-CATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTATAAGGC
65 TCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-CAAGGC
* * *
131 TTGGGTGACTATTAATGGGTTTTTCTTACCAATGAATTAGT
128 TTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATTAGT
*
172 TTTTCTTCATGATTCTCATGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTT-ATCCAAAAATGTAAAAAA
1 TTTTCTTCATG-TTCTCA-GGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-CAAAAATGTAAAAAA
*
236 ATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
63 ATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAGG
*
301 CTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTGA-CAATGAATTAGT
127 CTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-ACCAATGAATTAGT
* * * * * * * *
343 TTTTTTTCATGTTTTTCGAGGCAAACATTCAATCACAATATGTTTTAATCATAAATGTAAAAATA
1 TTTTCTTCATG-TTCTC-AGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * * *
408 TTCAATTTAAAATTAATTTTGAGGTTATAAAA-TCATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTCAAGA
64 TTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTCAAGG
* ** *
472 CTT-AGGTGACTATAAAAGAACTTTTCTTGCCAATGAATGT-GT
127 CTTGA-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAAT-TAGT
514 TTTTCTTCATGTT
1 TTTTCTTCATGTT
527 TCCCAAAGCA
Statistics
Matches: 306, Mismatches: 35, Indels: 27
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 12 0.04
171 278 0.91
172 12 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
TTTTCTTCATGTTCTCAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATT
CAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAGGCTTG
AGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATTAGT
Found at i:995 original size:490 final size:490
Alignment explanation
Indices: 53--2503 Score: 1209
Period size: 513 Copynumber: 4.9 Consensus size: 490
43 TTTTAATTAA
* * *
53 AAATGTAAGAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
1 AAATGAAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
** * * * *
118 GGCTTTATAAGGCTTGGGTGACTATTAATGGGTTTTTCTTACCAATGAATTAGTTTTTCTTCATG
66 AACTTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTACCAATAAATGAGTTTTTCTTCATG
* * *
183 ATTCTCATGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTTATCCAAAAATGTAAAAAAATTCAATCTAAA
131 ATTCTCATGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTCATCAAAAAATGTAAAAAAACTCAATCTAAA
** * *
248 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTA
196 ATCAATTATGAGATTATAAAAAAATTTAAACCGAGTAAAAAGGCTTTAGAAGGCTTGAGTGACTA
** * * * *
313 TAAATGGGCTTTTGTTGACAATGAATTAGTTTTTTTTCATGTTTTTCGAGGCAAACATTCAATCA
261 TAAATGCACTTTTCTTGACAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATCA
* * * * * * * *
378 CAATATGTTTTAATCATAAATGTAAAAATATTCAATTTAAAATTAATTTTGAGGTTATAAAATCA
326 CAATATGTTTTAATCAAAAACGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCA
* * * *
443 TTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTCAAGACTTAGGTGACTATAAAAGAACTTTTCTTGCCAATGA
391 TTTAAAGAGAGTAAGAAGGTCTTTCAAGACTTAGGTGACTATAAAAGAACTTTTCCTGCCAATAA
*
508 ATGTG-TTTTTCTTCATGTTTCCCAAAGCAAACATT
456 ACG-GATTTTTCTTCATGTTTCCCAAAGCAAACATT
* * *
543 AAATGAAAAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAA
1 AAATGAAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * * *
608 AAC-TTACGAAGGCTTGGGTGACTATAAATTGGCTTTTTTTTTGCCAATAAATGGGTTTTTCTTG
66 AACTTTA-GAAGGCTTGGGTGACTATAAA-TGG-GTTTTTCTTACCAATAAATGAGTTTTTCTTC
* * * * * *
672 ATGTTTCTTGA-GGCAAATATTCAATTATAATTTGTCTTCA-CAAAAAATGT-AAAAAACTCAA-
128 ATGATTC-TCATGGAAAACATTCAATTATAATCTAT-TTCATCAAAAAATGTAAAAAAACTCAAT
* * * *
733 CTCAAAATCAATTATGATATTATAAAAAAATTTAAAGCTAGTAAAAAGGCTTTAGAAGGCTTGGG
191 CT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAAAAATTTAAACCGAGTAAAAAGGCTTTAGAAGGCTTGAG
* *
798 TGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATAG-TTCTC-ATGGCATACA
255 TGACTATAAATGCACTTTTCTTGACAATGAATGAGTTTTTCTTCAT-GTTTCTCGA-GGCAAACA
* * * *
861 TTCAATTATAGTTTGTTTTAA-CTAAAAACGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATT
318 TTCAATCACAATATGTTTTAATC-AAAAACGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATT
* * * **
924 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGG-CTTTCAA-ACGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTT
382 ATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAGAAGGTCTTTCAAGA--CTTAGGTGACTATAAAAGAACTTTT
* * *
987 CCTGCCAATAAACGGATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATT
445 CCTGCCAATAAACGGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAAG-CAA-A--C-ATT
* * **
1038 ATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAGACGTTCAACTTGAAATCAGCTATGAGATTATAAAAC
1 A-AA--TG----------AAA---AAAA-A--TTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* ** * ** * ** * ** * **
1103 TATTTAAAGGGAGTAGTAAGGCTTGT-GAAAGAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTATTGGCAA
47 CATTTAAAGCAAGTAATAAAACTT-TAGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTACCAA
* * * * * * * * * * *
1167 TGAATG-GCTTTTTCTTTACG-TTTTCTATGAAAAACGTTCAATTATAATCTGTTTTAACTATAA
111 TAAATGAG-TTTTTCTTCATGATTCTC-ATGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTCATCAAAAA
* * * *** *
1230 ATGT-AAAAAATTC-ATCTTAAAATCATTTATGAGGTTATAAAACCGTTTAAAGCC-AGTAATAA
174 ATGTAAAAAAACTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAAATTTAAA-CCGAGTAAAAA
* * * ** * * *
1292 GGCTTTTGAAGGATTGAGTGACTATAATTATACTTTT-TATGTCAATGAAAG-GCTTTTACTTCA
237 GGCTTTAGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGCACTTTTCT-TGACAATGAATGAG-TTTTTCTTCA
* * * * * * * * * *
1355 TGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAGAAA-AGTCAACTT
300 TGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATCACAATATGTTTTAATCAAAAACGTAA-AAATATTCAACTT
* * * * * * * * * *
1419 AAAATCAATTATGAGTTTGTAAAACCATGTAAAAAGAGTAATAA-ATCTTTTGAAGGCCTAGGTG
364 AAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAGAAGGTC-TTTCAAGACTTAGGTG
* * * * * * * *
1483 ACTATAAATAG-GCTTTTCTTGTCAATGAATGGGTTTTCCTTCATGTTTCTTGAGGCAAA-CATT
428 ACTATAAA-AGAACTTTTCCTGCCAATAAACGGATTTTTCTTCATGTTTC-----CCAAAGC---
1546 TAATTTTAATCTATTTTATCT
484 --A----AA-C------AT-T
* * * **
1567 AAAAATGTAAAAAAATTCAATC-TAAAATCAATTATGATATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
1 --AAATGAAAAAAAATTCAA-CATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
*** * ** * * * *
1631 TATGGCTTTCGAAATCTTGGGTGCCTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATTG-GTTTTTCTT
63 TAAAACTTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTACCAAT-AAATGAGTTTTTCTT
* * * * * * *
1695 CAT-ATTGCTCGA-GGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAGAAATATTCAA
127 CATGATT-CTC-ATGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTCATCAAAAAATGTAAAAAAACTCAA
* * ** * * * *
1758 TTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGAG
190 TCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAAATTTAAACCGAGTAAAAAGGCTTTAGAAGGCTTGAG
* * ** * * * *
1823 TGACTAGAATTGGGCCTTTC--GCACCATTGAAT-AGCTTTTTCTTCACGTTTC-CTAGGGCAAA
255 TGACTATAAATGCACTTTTCTTG-A-CAATGAATGAG-TTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGCAAA
* * * * * * * *
1884 CATTCAATTATAATCTGTTCTAA-CAAAAAATGTAAGAAA-ATTCAAGTAAAAATCAATTATGAG
316 CATTCAATCACAATATGTTTTAATC-AAAAACGTAA-AAATATTCAACTTAAAATCAATTATCAG
** ** * * * * * * * * ***
1947 GCTATAAAACTGTGTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATACATGGGTTTT
379 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAGAAGGTCTTTCAAGACTTAGGTGACTATAAAAGAACTTT
* * * ** *
2012 TCTTGCCAATGAAA-GGGTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGCAAACATT
444 TCCTGCCAAT-AAACGGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAAGCAAACATT
* * ** * * * ** ** * * ** * *
2059 CAATTATAATATGTTTTAAGTAAAAATGTAAAAAAAAAAATTA-ACTTAAAATAAAAAATGAGAT
1 AAATGA-AA-A----AAAATTCAACA--TAAAATCAATTATGAGA-TTATAA-AACCATTTA-A-
* ** * * ** * *
2123 TA-CGAGTAATAAGGCTTTTA-AAGG-ATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-
54 -AGCAAGTAATAAAAC-TTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTACCAATAAATG
* * * **
2184 AGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGCAAACATTCAATTATAATCT-TTGTTATCCTAAAATGTA
117 A-GTTTTTCTTCATGATTCTC-ATGGAAAACATTCAATTATAATCTATT-TCATCAAAAAATGTA
* ** *** ** *
2247 AAACAAATTCAA-CTTAACGTCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGAGAGTAACAAGGCTT
179 AAA-AAACTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAAATTTAAACCGAGTAAAAAGGCTT
* * * * * * * *
2311 TTGAA-CCTTTGGGTGACTATAAATG-GCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTCTGTTCATGTTTC
242 TAGAAGGC-TTGAGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGACAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTC
* * * * * * *
2374 TCTAGGAAAACATTCAATTATAATATGCTTGAA-CAAAAAAAGTAAAAA-AGTTCAACTTAAAAT
306 TCGAGGCAAACATTCAATCACAATATGTTTTAATC-AAAAACGTAAAAATA-TTCAACTTAAAAT
* * * * * * *
2437 TAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-CTTTCGAAGGCTTGGGTGACAAT
369 CAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAAGAAGGTCTTTC-AAGACTTAGGTGACTAT
2501 AAA
433 AAA
2504 TGGTCTTTTC
Statistics
Matches: 1535, Mismatches: 303, Indels: 236
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
488 1 0.00
489 10 0.01
490 185 0.12
491 150 0.10
492 63 0.04
493 7 0.00
494 1 0.00
495 4 0.00
496 7 0.00
497 1 0.00
498 16 0.01
499 17 0.01
500 208 0.14
501 88 0.06
502 5 0.00
504 1 0.00
508 5 0.00
509 1 0.00
510 1 0.00
511 17 0.01
512 308 0.20
513 344 0.22
514 71 0.05
515 5 0.00
516 1 0.00
518 5 0.00
521 1 0.00
523 2 0.00
524 1 0.00
525 1 0.00
528 4 0.00
529 1 0.00
530 2 0.00
531 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (490 bp):
AAATGAAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
AACTTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGTTTTTCTTACCAATAAATGAGTTTTTCTTCATG
ATTCTCATGGAAAACATTCAATTATAATCTATTTCATCAAAAAATGTAAAAAAACTCAATCTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAAAAATTTAAACCGAGTAAAAAGGCTTTAGAAGGCTTGAGTGACTA
TAAATGCACTTTTCTTGACAATGAATGAGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATCA
CAATATGTTTTAATCAAAAACGTAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCA
TTTAAAGAGAGTAAGAAGGTCTTTCAAGACTTAGGTGACTATAAAAGAACTTTTCCTGCCAATAA
ACGGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAAGCAAACATT
Found at i:1181 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 550--3083 Score: 2230
Period size: 342 Copynumber: 7.5 Consensus size: 337
540 ATTAAATGAA
* * * * * ** **
550 AAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAAACTTAC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
615 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATTGGCTTTTTTTTTGCCAAT-AAATGGGTTTTTCTTGATGTTTC
66 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC--TTTTCTTGCCAATGAAATGGGTTTTTCTTCATGTTTC
** * * * * * *
679 TTGAGGCAAATATTCAATTATAATTTGTCTTCACAAAAAATGTAAAAAACTCAACTCAAAATCAA
129 TCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAATTCAACTTAAAATCAA
* ** * * *
744 TTATGATATTATAAAAAAATTTAAAGCTAGTAAAAAGGCTTTAGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT
193 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCTTGGGTGACTATAATT
* * *
809 GCACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATAG-TTCTCATGGCATACATTCAATTATAGT
257 GGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GTTTTTCTTCAT-GTTTCT-ATGGCAAACATTCAATTATAAT
* *
873 TTGTTTTAACTAAAAACGT
319 CTGTTTTAACTAAAAATGT
* * *
892 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
957 AAACGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAAT-AAACGGATTTTTCTTCATGTTTCTC
66 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC
* ** * *
1021 AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGTAAAAGACGTTCAACTTGAAATCAG
131 AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA-A--TTCAACTTAAAATCAA
* * * * * **
1086 CTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAGTAAGGCTTGTGAAAGAATGGGTGACTATAATT
193 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TGAAGGCTTGGGTGACTATAATT
* * * * ** *
1151 GGACTTTTATTGGCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTTCTATGAAAAACGTTCAATTATAATC
257 GGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTTCTTCATG-TTTCTATGGCAAACATTCAATTATAATC
*
1216 TGTTTTAACTATAAATGT
320 TGTTTTAACTAAAAATGT
* * * * *
1234 AAAAAATTCATCTTAAAATCATTTATGAGGTTATAAAACCGTTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * *** * * * *
1299 GAAGGATTGAGTGACTATAATTATACTTTT-TATGTCAATGAAA-GGCTTTTACTTCATGTTTCC
66 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCT-TGCCAATGAAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCT
* * * *
1362 CAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAGAAAAGTCAACTTAAAATCAA
130 CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-A-AAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * ** ** * *
1427 TTATGAGTTTGTAAAACCATGTAAAAAGAGTAATAAATCTTTTGAAGGCCTAGGTGACTATAAAT
193 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCTTGGGTGACTAT-AAT
* * * * *
1492 AGG-CTTTTCTTGTCAATGAATGGGTTTTCCTTCATGTTTCT-TGAGGCAAACATTTAATTTTAA
256 TGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGTTTTTCTTCATGTTTCTAT--GGCAAACATTCAATTATAA
* *
1555 TCTATTTTATCTAAAAATGT
318 TCTGTTTTAACTAAAAATGT
* * * *
1575 AAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGATATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATGGCTT
1 -AAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* ** * ** * * *
1639 TCGAAATCTTGGGTGCCTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATG-AATTGGTTTTTCTTCATATTGC
64 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAATGGGTTTTTCTTCATGTTTC
* * * *
1703 TCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAGAAATATTCAATTTAAAATCA
129 TCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTA-AAA-ATTCAACTTAAAATCA
* * * * *
1768 ATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGAGTGACTAGAAT
192 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAT
* * *** * * * *
1833 TGGGCCTTTCGCACCATTGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAGGGCAAACATTCAATTATAAT
256 TGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGTTTTTCTTCATGTTT-CTATGGCAAACATTCAATTATAAT
* *
1898 CTGTTCTAACAAAAAATGT
319 CTGTTTTAACTAAAAATGT
* * ** ** * * *
1917 AAGAAAATTCAAGTAAAAATCAATTATGAGGCTATAAAACTGTGTAAAGAGAGTAATAAGGTTTT
1 AA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * *
1982 TGAAGGCTTGGGTGACTATACATGGGTTTTTCTTGCCAATGAAA-GGGTTTTTCTTCATATTTCT
65 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCT
* * ** *
2046 TAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAGTAAAAATGTAAAAA---AA---AAAATTAACT
130 CAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAATTCAACTTAAAATCAA-T
* * ** * * * *
2105 TA--A-AATAAAAAATGAGATT--A-CGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG-ATGGGTGACTATAAGT
194 TATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCTTGGGTGACTATAATT
2163 GGACTTTTCTTGCCAATGAATAGGTTTTTCTTCATGTTTCTCGA-GGCAAACATTCAATTATAAT
257 GGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGTTTTTCTTCATGTTTCT--ATGGCAAACATTCAATTATAAT
*
2227 CT-TTGTTATCCT-AAAATGT
319 CTGTT-TTA-ACTAAAAATGT
** * * *
2246 AAAACAAATTCAACTTAACGTCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGAGAGTAACAAGGCTT
1 -AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * *
2311 TTGAA-CCTTTGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATG-AATGGGTTTCTGTTCATGTTT
64 TTGAAGGC-TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAATGGGTTTTTCTTCATGTTT
* * * * * * *
2373 CTCTAGGAAAACATTCAATTATAATATGCTTGAACAAAAAAAGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATT
128 CTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAA-TTCAACTTAAAATC
* *
2438 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACAATAA
191 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCTTGGGTGACTATAA
* * * * * * * *
2503 ATGGTCTTTTCTTG-CATATGAATGGGTTTTTCTTC-TCAATTTCTAAGGGAAACGTTTAATTAC
255 TTGGACTTTTCTTGCCA-ATGAAT-GGTTTTTCTTCAT--GTTTCTATGGCAAACATTCAATTAT
* * *
2566 AAT-TTTTTTAAACCAAAAATAT
316 AATCTGTTTT-AACTAAAAATGT
* * * *
2588 AAAAAATATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
1 -AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * * * * * *
2653 TTGAA-GCTTCAAGCGACAATGAATGGGCTTTTCTTACCAATG-AATAGGTTTTTCTTCAAGTTT
64 TTGAAGGCTT-GGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAATGGGTTTTTCTTCATGTTT
** * * ** *
2716 CTCAACACAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTAAC-TAAAATGTAAACAAATAAAACTTAAAGTC
128 CTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AA-AAATTCAACTTAAAATC
* ** * * *
2780 AATTATAAGGCTATAAAACCATTTAAAGC-AGTAATAAAGCTTTCGATGGCTTGGGTAACTATAA
191 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAGGCTTGGGTGACTAT-A
* * * *
2844 ATAGG-CTTTTCTTGTCAATGAATTGGTTTTTTTCTCATGTTTCCTGA-GACAAACATTCAATTA
254 ATTGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGGTTTTTCT-TCATGTTT-CT-ATGGCAAACATTCAATTA
* * * *
2907 TAATATATTTTAACAAAAAATAT
315 TAATCTGTTTTAACTAAAAATGT
* ** *
2930 AAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTGTTTAAAGCGAGTAATAAGGATTT
1 AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
2995 TAAAAGCTTGGGAGACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCAATG-AATGGGTTTTTCTTCATGTTTCT
65 TGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCT
** *
3059 TGAGACAAACATTCAATTATAATCT
130 CAAGGCAAACATTCAATTATAATCT
3084 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1779, Mismatches: 340, Indels: 147
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
328 6 0.00
329 143 0.08
330 100 0.06
331 1 0.00
332 7 0.00
333 3 0.00
334 9 0.01
335 3 0.00
336 3 0.00
337 10 0.01
338 3 0.00
339 13 0.01
340 76 0.04
341 342 0.19
342 966 0.54
343 91 0.05
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTC
AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAATTGGAC
TTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTCTTCATGTTTCTATGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
AACTAAAAATGT
Found at i:1486 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 550--2093 Score: 1289
Period size: 171 Copynumber: 9.0 Consensus size: 168
540 ATTAAATGAA
* * * * ** **
550 AAAAAATTTAACATAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAAACTTAC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
615 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATT-GGCTTTTTTTTTGCCAAT-AAATGGGTTTTTCTTGATGTTT
66 GAAGGCATGGGTGACTAT-AATTGGGC---TTTTTTGCCAATGAAA-GGCTTTTTCTTCATGTTT
* * * *
678 CTTGAGGCAAATATTCAATTATAATTTGTCTTCACA-AAAAATGT
126 CTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGT-TTTA-ATAAAAATGT
* * ** ** * * *
722 AAAAAACTCAACTCAAAATCAATTATGATATTATAAAAAAATTTAAAGCTAGTAAAAAGGCTTTA
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * ** *
787 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGCACTTTTCTTGCCAATGAATGAG-TTTTTCTTCATAG-TTCT
66 GAAGGCATGGGTGACTATAATTGGGCTTTT-TTGCCAATGAAAG-GCTTTTTCTTCAT-GTTTCT
* * * * * *
850 CATGGCATACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAACGT
128 TAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGT
* * * *
892 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTC
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * * *
957 AAACGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAAT-AAACGGATTTTTCTTCATGTTTCTC
66 GAAGGCATGGGTGACTATAATTGGGCTTTT-TTGCCAATGAAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTCTT
*
1021 AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATTAAAAATGT
129 AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGT
* * ** * * * *
1062 AAAAGACGTTCAACTTGAAATCAGCTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAGTAAGGCTT
1 AAAA-A-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * * * *
1127 GTGAAAGAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTATTGGCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTT-T
64 TTGAAGGCATGGGTGACTATAATTGGGCTTTT-TTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCT
* ** * *
1191 CTATGAAAAACGTTCAATTATAATCTGTTTTAACTATAAATGT
128 -TAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGT
* * * *
1234 AAAAAATTCATCTTAAAATCATTTATGAGGTTATAAAACCGTTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* *** * * **
1299 GAAGG-ATTGAGTGACTATAATTATACTTTTTATGTCAATGAAAGGCTTTTACTTCATGTTTCCC
66 GAAGGCA-TGGGTGACTATAATTGGGCTTTTT-TGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT
* *
1363 AAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGT
129 AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATGT
* * * * ** **
1404 AAGAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTGTAAAACCATGTAAAAAGAGTAATAAATCTTT
1 AA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * * * *
1469 TGAAGGCCTAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGGTTTTCCTTCATGTTTCTT
65 TGAAGGCATGGGTGACTATAATTGGGCTTTT-TTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT
* * * * *
1534 GAGGCAAACATTTAATTTTAATCTATTTTATCTAAAAATGT
129 AAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAAAAATGT
** * * *
1575 AAAAAAATTCAA-TCTAAAATCAATTATGATATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATGGCTT
1 -AAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* ** * * * ** * * *
1639 TCGAAATCTTGGGTGCCTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATTGG-TTTTTCTTCATATTGC
64 TTGAAGGCATGGGTGACTATAATTGGGCTTTT-TTGCCAATGAA-AGGCTTTTTCTTCATGTTTC
** * *
1703 TCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGT
127 TTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGT
* * *
1746 AGAAATATTCAATTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
1811 TGAAGG-ATTGAGTGACTAGAATTGGGC-CTTTCGCACCATTGAATA-GCTTTTTCTTCACGTTT
65 TGAAGGCA-TGGGTGACTATAATTGGGCTTTTTTG--CCAATGAA-AGGCTTTTTCTTCATGTTT
* * * *
1873 CCTAGGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGT
126 CTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGT
* * * ** * * *
1917 AAGAAAATTCAAGTAAAAATCAATTATGAGGCTATAAAACTGTGTAAAGAGAGTAATAAGGTTTT
1 AA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * *
1982 TGAAGGCTTGGGTGACTATACA-TGGGTTTTTCTTGCCAATGAAAGGGTTTTTCTTCATATTTCT
65 TGAAGGCATGGGTGACTATA-ATTGGGCTTTT-TTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCT
*
2046 TAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAGTAAAAATGT
128 TAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAATGT
2088 AAAAAA
1 AAAAAA
2094 AAAAATTAAC
Statistics
Matches: 1117, Mismatches: 217, Indels: 78
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 15 0.01
170 338 0.30
171 545 0.49
172 214 0.19
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
GAAGGCATGGGTGACTATAATTGGGCTTTTTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAA
GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATGT
Found at i:1783 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 543--4253 Score: 2438
Period size: 513 Copynumber: 7.3 Consensus size: 510
533 AGCAAACATT
* * * * **
543 AAATGAAAAAAAATTTAA-CATAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATA
1 AAATGTAAAAAAATTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
** * * * * * * * *
607 AAACTTACGAAGGCTTGGGTGACTATAAATTGGCTTTTTTTTTGCCAATAAATGGGTTTTTCTTG
65 AGGCTT-TGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGGC--TTTTCTTACCAATGAATAGGTTTTTCTTC
* * * * * * * *
672 ATGTTTCTTGAGGCAAATATTCAATTATAATTTGTCTTCACAAAAAATGTAAAAAACTCAACTCA
127 ATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTA
** ** * * * *
737 AAATCAATTATGATATTATAAAAAAATTTAAAGCTAGTAAAAAGGCTTTAGAAGGCTTGGGTGAC
192 AAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGAC
* * * *
802 TATAAAT-GCACTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTTTCTTCATAG-TTCTCATGGCATACATTCA
257 TATAAATAG-GCTTTTCTTGCCAATGAATG-GTTTTTCTTCAT-GTTTCCCAAGGCAAACATTCA
* * * * *
865 ATTATAGTTTGTTTTAACTAAAAACGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAA
319 ATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * ** * *
930 CCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTCAAACGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCCTGCCAA
384 CCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAA
* * * * * *
995 TAAACGGATTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-AATTAA
449 TGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACTAA
** * ** * * *
1056 AAATGTAAAAGACGTTCAA-CTTGAAATCAGCTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGGGAGTAGT
1 AAATGTAAAA-AAATTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
** * * * ** *
1120 AAGGCTTGTGAAAGAATGGGTGACTATAATTGGACTTTTATTGGCAATGAAT-GGCTTTTTCTTT
64 AAGGCTT-TGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATAGG-TTTTTCTTC
* * ** * * * *
1184 ACGTTT-TCTATGAAAAACGTTCAATTATAATCTGTTTTAACTATAAATGTAAAAAATTCATCTT
127 ATGTTTCTCGA-GGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTT
* * *
1248 AAAATCATTTATGAGGTTATAAAACCGTTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGAGTGA
191 AAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGA
* ** * * * *
1313 CTATAATTATACTTTT-TATGTCAATGAAAGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCA
256 CTATAAATAGGCTTTTCT-TGCCAATGAATGG-TTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCA
* * * * * *
1377 ATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAGAAAAGTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTGTAAA
319 ATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * ** * * * *
1442 ACCATGTAAAAAGAGTAATAAATCTTTTGAAGGCCTAGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGTCA
383 ACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCA
* * * * * *
1507 ATGAATGGGTTTTCCTTCATGTTTCTTGAGGCAAACATTTAATTTTAATCTATTTT-ATCTAA
448 ATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACTAA
* * *
1569 AAATGTAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGATATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAT
1 AAATGTAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * *
1634 GGCTTTCGAAATCTTGGGTGCCTATAAATGGGCTTTTCTTATCAATGAATTGGTTTTTCTTCATA
66 GGCTTT-GAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATAGGTTTTTCTTCATG
* * * *
1699 TTGCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAGAAATATTCAATTTAAA
130 TTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAA
* * *
1764 ATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGAGTGACTA
194 ATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTA
* * * * *** * * * * *
1829 GAATTGGGCCTTTCGCACCATTGAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAGGGCAAACATTCAATTA
259 TAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-GGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTA
* * * * ** **
1894 TAATCTGTTCTAACAAAAAATGTAAGAAAATTCAAGTAAAAATCAATTATGAGGCTATAAAACTG
323 TAATATGTTTTAACAAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * *
1959 TGTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATACATGGGTTTTTCTTGCCAATGA
387 TTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGA
* * * *
2024 AAGGGTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATGTTTT-AAGTAA
452 ATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACTAA
** * * * *
2082 AAATGTAAAAAAA-AAAAT-T--AA-C--TTA--A-A--ATAAAA--AATGAGATTACGAGTAAT
1 AAATGTAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT--GAGTAAT
* ** * * *
2133 AAGGCTTTTAAAGGATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGGTTTTTCTTCAT
64 AAGGCTTTGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATAGGTTTTTCTTCAT
* *
2198 GTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCT-TTGTTATCCTAAAATGTAAAACAAATTCAACTT
129 GTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTT-TTAACCAAAAATGT-AAA-AAATTCAACTT
** * * ** * ***
2262 AACGTCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGAGAGTAACAAGGCTTTTGAACCTTTGGGTGA
191 AAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGA
* * * * *
2327 CTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTCTGTTCATGTTTCTCTAGGAAAACATTCAA
256 CTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAAT-GGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAA
* * * *
2391 TTATAATATGCTTGAACAAAAAAAGTAAAAAAGTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA
320 TTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * *
2456 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACAATAAATGGTCTTTTCTTG-CAT
384 CCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCA-
* * * * * * *
2520 ATGAATGGGTTTTTCTTC-TCAATTTC-TAAGGGAAACGTTTAATTACAAT-TTTTTTAAACCAA
448 ATGAATGGGTTTTTCTTCAT--GTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACTAA
* * * * *
2582 AAATATAAAAAATATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATA
1 AAATGTAAAAAA-ATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
** * * *
2647 AGGCTTTTG-AAGCTTCAAGCGACAATGAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATAGGTTTTTCTTCA
65 AGGC-TTTGAAAGCTT-GGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATAGGTTTTTCTTCA
* * ** * * **
2711 AGTTTCTCAACACAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAATGTAAACAAATAAAACTTA
128 TGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTA
* * * * * * * *
2775 AAGTCAATTATAAGGCTATAAAACCATTTAAAG-CAGTAATAAAGCTTTCGATGGCTTGGGTAAC
192 AAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGAC
* * ** *
2839 TATAAATAGGCTTTTCTTGTCAATGAATTGGTTTTTTTCTCATGTTTCCTGAGACAAACATTCAA
257 TATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAA-TGGTTTTTCT-TCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAA
* * *
2904 TTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA
320 TTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** * * * * * *
2969 CTGTTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAAAGCTTGGGAGACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCAA
384 CCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAA
* *
3034 TGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGACAAACATTCAATTATAA-------T---CT--
449 TGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACTAA
*****************************************************************
3084 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 AAATGTAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
********************* * * * * *
3149 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATAAATGGGCTTTTCTTGCTAATG-ATTGGTTTTT-TGTTACG
66 GGCTTTGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATAGGTTTTTCT-TCATG
* * * * *
3212 TTTCAT-GAGGCGAACATTCAACTATAATCAGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTAAACTTAA
130 TTTC-TCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAA
* * ** * *
3276 AATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGATGACT
193 AATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACT
3341 ATAAAT-GGACTTTTCTT--C-----AT-G--TTTC-T--TG------AA-G-AAACATTCAATT
258 ATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATT
* * * ** *
3384 ACAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTGAATCAATTATGAGATTATAAAACT
322 ATAATATGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* * * *
3449 ATTTAAAGCA-AATAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTC-TGTTCAA
386 ATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG-CCAA
* ** * * * * * *
3512 TGAATGGGTTTTTGTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCCATTTTAATCTGTTTT-CACGAC
449 TGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACTAA
* *
3573 AAATGTAAACAAATTCAA-CTTAAAATC-------A-ATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATA
1 AAATGTAAAAAAATTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * *
3629 AGGCGTTT-AAAGTCTTGGGTGACTATAAATGTGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGATTTTC-TCA
65 AGGC-TTTGAAAG-CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATAGGTTTTTCTTCA
* * * * * *
3692 TGTTTCTCAAGCCAAATATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTGAACTTA
128 TGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTA
* * * * * **
3757 AAATCAATTTTTAGTTTATAAAATCATTTCAAAAG--AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGTATG
192 AAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTT--AAAGCCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTG
** * ** *
3820 ACTATAAAT-GGTCTTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTCGCTTCAGGTTTCTTAAGGTAAACATTC
255 ACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATG-GTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTC
* * * * * *
3884 AATTATAATCTGCTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCGACTTATAATCAATTATGAGATTATAA
318 AATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * *
3949 AAACATTTAAAGGGAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTTTG
382 AACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGC--TTTTCTTG
* * * * * ** * *
4014 CTAATGAACGGGTTTTCCTTC-TCTATCCCAAGGCAAACATTTAATTATAATCTATTTT-AACTA
445 CCAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACTA
4077 A
510 A
* * * **
4078 ACATATAAAAAACATTCAA-CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGACAGTAAT
1 AAATGTAAAAAA-ATTCAATC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * * * * * ** *
4142 ATGACTTTTG-AAGCTTTGGGTGACTTTAAATGGGCTTTTCTTGCTAACGAATGGGGGTTTCTCC
64 AAGGC-TTTGAAAGC-TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATAGGTTTTTCTTC
* * * * *
4206 ATGTTTCTCAAGACAAACAATCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAAT
127 ATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
4254 AT
Statistics
Matches: 2445, Mismatches: 635, Indels: 234
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
477 1 0.00
478 151 0.06
479 5 0.00
480 1 0.00
481 1 0.00
482 145 0.06
483 12 0.00
484 5 0.00
485 1 0.00
486 2 0.00
487 1 0.00
488 1 0.00
489 2 0.00
490 3 0.00
491 1 0.00
492 1 0.00
493 3 0.00
494 2 0.00
496 1 0.00
498 1 0.00
499 63 0.03
500 353 0.14
501 135 0.06
502 5 0.00
503 3 0.00
504 114 0.05
505 44 0.02
506 37 0.02
507 3 0.00
508 4 0.00
509 2 0.00
510 1 0.00
511 39 0.02
512 393 0.16
513 641 0.26
514 216 0.09
515 52 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
AAATGTAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
GGCTTTGAAAGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATAGGTTTTTCTTCATGT
TTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTTGAAGGATTGGGTGACTATA
AATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAA
TATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG
GTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACTAA
Found at i:2351 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2126--3083 Score: 969
Period size: 171 Copynumber: 5.6 Consensus size: 169
2116 ATGAGATTAC
* ** * * *
2126 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGATGGGTGACTATAAGTGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGGTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTT
* * *
2191 TCTTCATGTTTCTCGAGGCAAACATTCAATTATAATCTTTGTTATCCTAAAATGTAAAACAAATT
66 TCTTCATGTTTCTCGAGACAAACATTCAATTATAATCTTT-TTAACCAAAAATGTAAAA-AAATT
** *
2256 CAACTTAACGTCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGA
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
* *
2297 GAGTAACAAGGCTTTTGAACCTTTGGGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGC-TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTT
* * * * * * * * *
2361 CTGTTCATGTTTCTCTAGGA-AAACATTCAATTATAATATGCTTGAACAAAAAAAGTAAAAAAGT
65 TTCTTCATGTTTCTCGA-GACAAACATTCAATTATAATCT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* *
2425 TCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
* * *
2467 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACAATAAATGGTCTTTTCTTG-CATATGAATGGGTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAA-GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCA-ATGAATGGGTT
* * ** * * * * *
2531 TTTCTTC-TCAATTTCT-AAGGGAAACGTTTAATTACAATTTTTTTAAACCAAAAATATAAAAAA
64 TTTCTTCAT--GTTTCTCGAGACAAACATTCAATTATAATCTTTTT-AACCAAAAATGTAAAAAA
* * *
2594 TATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
126 -ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
** * * * * *
2639 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGCTTCAAGCGACAATGAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATAGGTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGCTT-GGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTT
* * * * * * *
2704 TTCTTCAAGTTTCTCAACACAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAATGTAAACAAATA
65 TTCTTCATGTTTCTCGAGACAAACATTCAATTATAATCT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * * **
2768 AAACTTAAAGTCAATTATAAGGCTATAAAACCATTTAAAG-
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
* * * * * * * *
2808 CAGTAATAAAGCTTTCGATGGCTTGGGTAACTATAAATAGGCTTTTCTTGTCAATGAATTGGTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGA-AGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTT
* * * * *
2873 TTTTCTCATGTTTC-CTGAGACAAACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAACA
65 TTCT-TCATGTTTCTC-GAGACAAACATTCAATTATAATCT-TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* ** *
2937 TTCAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACTGTTTAAAGC
127 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
* * * *
2980 GAGTAATAAGGATTTTAAAAGCTTGGGAGACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCAATGAATGGGTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTT-GAAGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTT
*
3045 TTCTTCATGTTTCTTGAGACAAACATTCAATTATAATCT
65 TTCTTCATGTTTCTCGAGACAAACATTCAATTATAATCT
3084 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 637, Mismatches: 127, Indels: 46
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 50 0.08
170 151 0.24
171 241 0.38
172 188 0.30
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTT
TCTTCATGTTTCTCGAGACAAACATTCAATTATAATCTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
Found at i:2693 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2669--2708 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
2659 CTTCAAGCGA
*
2669 CAATGAATGGGCTTTTCTTAC
1 CAATGAATAGGCTTTTCTTAC
*
2690 CAATGAATAGGTTTTTCTT
1 CAATGAATAGGCTTTTCTT
2709 CAAGTTTCTC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.15, G:0.17, T:0.42
Consensus pattern (21 bp):
CAATGAATAGGCTTTTCTTAC
Found at i:3494 original size:149 final size:149
Alignment explanation
Indices: 3224--3505 Score: 408
Period size: 149 Copynumber: 1.9 Consensus size: 149
3214 TCATGAGGCG
* * * *
3224 AACATTCAACTATAATCAGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGTTAAACTTAAAATCAATTTTGAG
1 AACATTCAACTACAATCAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
3289 GTTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGACTTT
66 ATTATAAAACTATTTAAAGAGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGACTTT
3354 TCTTCATGTTTCTTGAAGA
131 TCTTCATGTTTCTTGAAGA
* * **
3373 AACATTCAATTACAAT-ATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTGAATCAATTATGA
1 AACATTCAACTACAATCA-GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGA
*
3437 GATTATAAAACTATTTAAAGCA-AATAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-GAGTGACTATAAATGGGC
65 GATTATAAAACTATTTAAAG-AGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGA-TGACTATAAATGGAC
3500 TTTTCT
128 TTTTCT
3506 GTTCAATGAA
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 12, Indels: 6
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
148 3 0.03
149 114 0.97
150 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (149 bp):
AACATTCAACTACAATCAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACTATTTAAAGAGAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGACTTT
TCTTCATGTTTCTTGAAGA
Found at i:3984 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3351--4255 Score: 806
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 169
3341 ATAAATGGAC
* * * * * *
3351 TTTTCTTCATGTTTCTTGAA-G-AAACATTCAATTACAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
1 TTTTCTTCATGTTTC-TCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
* *
3414 ATTTAACTT-TGAATCAATTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAGCA-AATAATAAGGCTTTCGA
65 ATTCAACTTAT-AATCAATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTCGA
* *
3476 AGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTC-TGTTCAATGAATGGG
127 AGGCTTG-GTGACTATAAATGGTCTTTTCTTG-CCAATGAATGGG
* * * * * * * * * * *
3520 TTTTTGTTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCCATTTTAATCTGTTTTCACGACAAATGTAAACAA
1 -TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
* * * * *
3585 ATTCAAC-T-T-A--AA--ATCA-ATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTT-AAAG
65 ATTCAACTTATAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGGC-TTTCGAAG
*
3641 TCTTGGGTGACTATAAAT-GTGCTTTTCTTGCCAATGAATGGG
129 GCTT-GGTGACTATAAATGGT-CTTTTCTTGCCAATGAATGGG
* * * *
3683 ATTTTC-TCATGTTTCTCAAGCCAAATATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAGAAA
1 -TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
* * * * * * *
3747 ATTGAACTTAAAATCAATTTTTAGTTTATAAAATCATTTCAAA-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
65 ATTCAACTTATAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTT-AAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* *
3811 GCTTGTATGACTATAAATGGTCTTTTCTTGCCAATGAATGAG
129 GCTTG-GTGACTATAAATGGTCTTTTCTTGCCAATGAATGGG
* * * * ** *
3853 TTTCGCTTCAGGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGCTTTAACCAAAAATATAAAAAA
1 TTT-TCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
* * *
3918 ATTCGACTTATAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGGGAGTAATAAAGCTTTCGAAGG
65 ATTCAACTTATAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
* * * *
3983 CTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTTTGCTAATGAACGGG
130 CTT-GGTGACTATAAAT-GG-TCTTTTCTTGCCAATGAATGGG
* * * * *
4026 TTTTCCTTC-TCTATCCCAAGGCAAACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAACATATAAAAAA
1 TTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAA
* * * * * * *
4090 CATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGACAGTAATATGACTTTTGAA-
65 -ATTCAACTTATAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
* * * *
4154 GCTTTGGGTGACTTTAAATGGGCTTTTCTTGCTAACGAATGGGG
129 GC-TT-GGTGACTATAAATGGTCTTTTCTTGCCAATGAAT-GGG
* * * *
4198 GTTTCTCCATGTTTCTCAAGACAAACAATCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATAT
1 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATAT
Statistics
Matches: 592, Mismatches: 112, Indels: 60
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
162 53 0.09
163 62 0.10
164 13 0.02
165 1 0.00
166 2 0.00
167 2 0.00
168 1 0.00
169 11 0.02
170 82 0.14
171 175 0.30
172 99 0.17
173 91 0.15
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAA
TTCAACTTATAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
TTGGTGACTATAAATGGTCTTTTCTTGCCAATGAATGGG
Found at i:4174 original size:344 final size:332
Alignment explanation
Indices: 3372--4255 Score: 890
Period size: 333 Copynumber: 2.6 Consensus size: 332
3362 TTTCTTGAAG
* * * * * **
3372 AAACATTCAATTACAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTTGAATCAATTATGA
1 AAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
3437 GATTATAAAACTATTTAAAG-CAAATAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGAC-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCT
* * * *
3501 TTTC-TGTTCAATGAATGGGTTTTTG-TTCATGTTTCCCAAGGAAAACATTCCATTTTAATCTGT
130 TTTCTTG-CCAATGAATGGG--TTTGCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * * * *
3564 TTTCACGACAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATA
192 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAAAACATTTAAAGGGAGTAATA
* * * * * *
3629 AGGCGTTTAAAGTCTTGGGTGACTATAAATGTGCTTTTCTTGCCAATGAATGGGATTTTCTCATG
257 AAGCGTTTAAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAACGGGATTTTCTCATC
* *
3694 TTTCTCAAGCC
322 TATCCCAAGCC
* * * * *
3705 AAATATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAGAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTTA
1 AAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
3770 GTTTATAAAATCATTTCAAA-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGTA-TGACTATAAATGGTC
66 GATTATAAAACCATTT-AAAGACAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG-AGTGACTATAAATGGGC
* * * * *
3833 TTTTCTTGCCAATGAATGAGTTTCGCTTCAGGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGCT
129 TTTTCTTGCCAATGAATGGGTTT-GCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTT
* *
3898 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCGACTTATAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGGG
193 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC-T-T-A--AA--ATCA-ATTATAAAAACATTTAAAGGG
* * *
3963 AGTAATAAAGC-TTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTTTTTTGCTAATGAACGGG-
250 AGTAATAAAGCGTTT-AAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGC--TTTTCTTGCCAATGAACGGGA
*
4026 TTTTCCTTC-TCTATCCCAAGGC
312 TTTT-C-TCATCTATCCCAAGCC
* * * *
4048 AAACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAACATATAAAAAACATTCAACTTAAAATTAATTATG
1 AAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
4113 AGATTATAAAACCATTTAAAGACAGTAATATGACTTTTGAA-GCTTTGGGTGACTTTAAATGGGC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGACAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTGAGTGACTATAAATGGGC
* * * * *
4177 TTTTCTTGCTAACGAATGGGGGTTT-CTCCATGTTTCTCAA-GACAAACAATCAATTATAATCTA
129 TTTTCTTGCCAATGAAT--GGGTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGA-AAACATTCAATTATAATCTG
*
4240 TTTTAACTAAAAATAT
191 TTTTAACCAAAAATAT
Statistics
Matches: 448, Mismatches: 77, Indels: 41
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
331 3 0.01
332 1 0.00
333 171 0.38
334 7 0.02
335 1 0.00
336 1 0.00
338 2 0.00
340 6 0.01
341 50 0.11
342 4 0.01
343 70 0.16
344 127 0.28
346 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (332 bp):
AAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAGACAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTT
TTCTTGCCAATGAATGGGTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGAAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
ACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAAAACATTTAAAGGGAGTAATAAAGC
GTTTAAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAACGGGATTTTCTCATCTATC
CCAAGCC
Done.