Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_018401878.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4981.0, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 667

Length: 1113
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.06, T:0.44

Warning! 97 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:294 original size:15 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 257--297  Score: 50
    Period size: 15  Copynumber: 2.5  Consensus size: 17

        247 TATCTATTTC

                    *        
        257 AATTTTATACTATAATT
          1 AATTTTATTCTATAATT

             *               
        274 ACTTTTATTCT-T-ATT
          1 AATTTTATTCTATAATT

                     
        289 AATTTTATT
          1 AATTTTATT

        298 TAAAAATTAA


Statistics
Matches: 21,  Mismatches: 3, Indels: 2
        0.81            0.12        0.08

Matches are distributed among these distances:
  15   11  0.52
  16    1  0.05
  17    9  0.43

ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.00, T:0.61


Consensus pattern (17 bp):   
AATTTTATTCTATAATT

Found at i:501 original size:250 final size:249

Alignment explanation


    Indices: 1--688  Score: 842
    Period size: 250  Copynumber: 2.7  Consensus size: 249

                 *          *                                             *  
          1 ATGTCCATTTTAAACTCTAATTATTTTTATTCTTATTATTCTTTATTAAAAAATTAAAATTTGTA
          1 ATGTCAATTTTAAACTATAATTATTTTTATTCTTATTATT-TTTATTAAAAAATTAAAATTTATA

                *     *  *    *              *          *       *            
         66 TATCGTTAAACACTTTTAGTCTGAAAATATAAACTTAAATATTTATTTTTCACTAAAATTAGA-T
         65 TATCATTAAATACATTTATTCT-AAAATATAAATTTAAATATTTGTTTTTCAATAAAATTA-ATT

                            *     *                                       *  
        130 TTTTTTACTTAATTGATTTGTTGCGTTAACTCTCACACTTTTACATTAAGATTTAAAATTTAGTT
        128 TTTTTTACTTAATTGACTTGTTACGTTAACTCTCACACTTTTACATTAAGATTTAAAATTTAATT

                *  *  *                                  *           
        195 ATTCTACTTTTATAAATTTTTACATCAATTCTTACAGTTTTACGTTAAGACTTATCT
        193 ATTCCACCTTAATAAATTTTTACATCAATTCTTACAGTTTTACGTCAAGACTTATCT

              *         *          *              *       *                  
        252 ATTTCAATTTTATACTATAATTACTTTTATTCTTATTAATTTTATTTAAAAATTAAAATTTATAT
          1 ATGTCAATTTTAAACTATAATTATTTTTATTCTTATTATTTTTATTAAAAAATTAAAATTTATAT

                       *                                                     
        317 ATCATTAAATAGATTTATTCTAATAATATAAATTTAAATATTTGTTTTTCAATAAAATTAATTTT
         66 ATCATTAAATACATTTATTCTAA-AATATAAATTTAAATATTTGTTTTTCAATAAAATTAATTTT

                                       **********     *                      
        382 TTTTACTTAATTGACTTGTTACGTTAANNNNNNNNNNTTTACGTTAAGATTTAAAATTTAATTAT
        130 TTTTACTTAATTGACTTGTTACGTTAACTCTCACACTTTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTAT

                         *       *           *             *       
        447 TCCACCTTAATAAGTTTTTACGTCAATTCTTACCGTTTTACGTCAAGGCTTATCT
        195 TCCACCTTAATAAATTTTTACATCAATTCTTACAGTTTTACGTCAAGACTTATCT

                                 *       **   *                              
        502 ATGTCAATTTTAAACTATAATCATTTTTACACTTTTTATTTTTATTAAAAAATTAAAATTTATAT
          1 ATGTCAATTTTAAACTATAATTATTTTTATTCTTATTATTTTTATTAAAAAATTAAAATTTATAT

                                *                               *           *
        567 ATCATTAAATACATTTATTCCAAGAATATAAATTTAAATATTTAG-TTTTCATTAAAATT-ATAC
         66 ATCATTAAATACATTTATTCTAA-AATATAAATTTAAATATTT-GTTTTTCAATAAAATTAAT-T

                *         *    *                  *     *              
        630 TTTTGTACTTAATTAACTTATTACGTTAACTCTCACACATTTACGTTAAGATTTAAAAT
        128 TTTTTTACTTAATTGACTTGTTACGTTAACTCTCACACTTTTACATTAAGATTTAAAAT

        689 NNNNNNNNNN


Statistics
Matches: 368,  Mismatches: 65, Indels: 9
        0.83            0.15        0.02

Matches are distributed among these distances:
 249    5  0.01
 250  328  0.89
 251   35  0.10

ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.05, T:0.48


Consensus pattern (249 bp):   
ATGTCAATTTTAAACTATAATTATTTTTATTCTTATTATTTTTATTAAAAAATTAAAATTTATAT
ATCATTAAATACATTTATTCTAAAATATAAATTTAAATATTTGTTTTTCAATAAAATTAATTTTT
TTTACTTAATTGACTTGTTACGTTAACTCTCACACTTTTACATTAAGATTTAAAATTTAATTATT
CCACCTTAATAAATTTTTACATCAATTCTTACAGTTTTACGTCAAGACTTATCT
Done.