Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401891.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4993.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4168
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.10, T:0.27
Warning! 1123 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2761 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2024--4164 Score: 1828
Period size: 170 Copynumber: 12.5 Consensus size: 170
2014 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
2024 TTCATTGGTAAGAAAAAT-CTATTTATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTAACTACTCACTTTA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCT-TTTAGAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * ** *
2087 AATGATTTTATAATCTCTTAGTTGATTTTAGGTTAAACGTTTTGACTTTTTTGGTTAGAACAGAT
65 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTGAC-ATTTTGGTTAGAACAGAT
********** * *
2152 TANNNNNNNNNNTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGGTA
129 TATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTA
*
2194 TTCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATG-GTAACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCA-TTT
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCT-TTTA-GAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * * **
2256 CAAATGGTTTTATATTTTCAAAAGTT-ATTTTAAGTTCAAATGGTTTT-ACGTTTTTTATTA-AA
64 -AAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAGGTT-AAAT-TTTTTGAC-ATTTTGGTTAGAA
* * * * * **
2318 GTAGATTATAATT-AAGGTCT-CGC-TCGAGAAATATGAA-AAAAATGACAA
124 -CAGATTATAATTGAATGTTTAC-CTTAG-GAAACATGAAGAAAAA-G-GTA
* * *********** *
2366 TT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCNNNNNNNNNNTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTCA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTAGAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * ** * * *
2430 ATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAGTTTGAATTTTTTTATGTTTTTGATTACAACAGATA
66 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTGA-CATTTTGGTTAGAACAGATT
** * * *
2495 ATAATTGAATGTTTTGCTTGGGAAGCATGAAGAAAAATGTA
130 ATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTA
* * * *
2536 TTCATTGGCAAGAGAAGTCCCTTTAGAGTTACCCATTCGTTTAAAAGACTTATTACTCACTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTAGAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * *
2601 ATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAGAACGGATAA
66 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTGACATTTTGGTTAGAACAGATTA
* * *
2666 TAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATTAAGAAGAAGGTA
131 TAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTA
* * * *
2706 TTCATTGGTAGGAAAAGTCCTCTTAGAGTTACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTAGAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * *
2771 ATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGGTTTAACTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATT
66 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTGACA-TTTTGGTTAGAACAGATT
* * * * *
2836 ATGATTGAATATCTACCTTTGGAAACTTGAAGAAAAAGGTA
130 ATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTA
* * * * * * *
2877 TTCATTGGCAAGAAAAAT-CTATTTATAGTCACCAATT-CTTCAAAAGCCTTACTACTTACTTTA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCT-TTTAGAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * *
2940 AAAGATTTTGTAATCTTATAATTGATTTTAGGTTAAACTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAAAT
65 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTGACA-TTTTGGTTAGAACAGAT
* * * *
3005 TATGATTGAATATCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGGTA
129 TATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTA
* * * * *
3047 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACCCATACCTGTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTAGAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * ** * *
3112 ATGGTTTTATAATTTCAAAAGTT-ATTTTAAGATCAAATTGTTTT-ACATTTTTTATTAAAATAG
66 ATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTT-AGGTTAAATT-TTTTGACA-TTTTGGTTAGAACAG
* * * * * *
3175 ATTACAATTGTATGTCTAGCTT-GAGAAATATGAA-AAAAAGGACAA
127 ATTATAATTGAATGTTTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGG--TA
* * * * *
3220 TT-ATTGGCAA-AATAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTC
1 TTCATTGGCAAGAA-AAGTCCTTTTAGAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * *
3283 AATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACGTTTTTGTTTAGAACAGAT
65 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTGAC-ATTTTGGTTAGAACAGAT
* * * * * *
3348 AATAATTCAATGTTCACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAATGTA
129 TATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTA
* * * *
3390 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCCTTTAAAGTTACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACGCACTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTAGAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * *
3455 ATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAGGTTAAATTGTTTT-ACATTTTGCTTAGAACAGATA
66 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATT-TTTTGACATTTTGGTTAGAACAGATT
*
3519 ATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGGTA
130 ATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTA
* *
3560 TTCATTGTCAAGAAAAGTCCTTTTAGAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTAGAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * *
3625 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTCAACTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACATATT
66 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTGACA-TTTTGGTTAGAACAGATT
* * * * *
3690 ATGATTGAATATCTACCTTTGGAAACTTGAAGAAAAAGGTA
130 ATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTA
* * * * * * * * *
3731 TTGATTGCCAAGAAAAAT-CTATTTATAGTCACCCATT-CTTTAAAAGCTTTACTACTCAATTTT
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCT-TTTAGAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * *
3794 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAACTTTTTGACTTTTTTGGTTAGAACAGAT
65 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTGAC-ATTTTGGTTAGAACAGAT
* * * *
3859 TATGATTGAATATCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGGTA
129 TATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTA
* * *
3901 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTTTAGA---AGCCTATTCCTTTAAAAGCCTAATTACTCACTT
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCC--TTTTAGAGTTA-CCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * ** *
3963 AAAATGGTTTTATAATTTTAAAAGTT-ATTTTAAGTTCAAATTGTTTT-ACATTTTTTTTAAAAA
63 TAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAGGTT-AAATT-TTTTGACATTTTGGTT-AGAA
* * * * * * *
4026 TAGATTATAATTGAATGTCTAGC-TCGAGAAATATG-ACAAAAAGGCAA
124 CAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGG-TA
** * ** *
4073 TT-ATTGAAAAAAAAAAGT-CTATTTATCGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
1 TTCATTG-GCAAGAAAAGTCCT-TTTAGAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* *
4136 CAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTT
64 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
4165 CAGG
Statistics
Matches: 1617, Mismatches: 291, Indels: 124
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
170 675 0.42
171 639 0.40
172 275 0.17
173 18 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTAGAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTGACATTTTGGTTAGAACAGATTA
TAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTA
Found at i:2845 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 2024--4164 Score: 1854
Period size: 341 Copynumber: 6.3 Consensus size: 342
2014 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
2024 TTCATTGGTAAGAAAAAT-CTATTTATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTAACTACTCACTTTA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCT-CTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* ** * * * * *
2087 AATGATTTTATAATCTCTTAGTTGATTTTAGG-TTAAACGTTTTGACTTTTTTGGTTAGAACAGA
65 AATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGGTTTAAA-TTTTTTACATTTTTGATTAGAACAGA
********** * *
2151 TTANNNNNNNNNNTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
129 TTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
2216 TTATGGTAACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCA-TTTCAAATGGTTTTATATTTTCAAAAG
194 TTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTATAATCTCATAA-
* * * * ** * * **
2280 TT-ATTTTAAGTTCAAATGGTTTT-ACGTTTTTTATTA-AAGTAGATTATAATT-AAGGTCT-CG
257 TTGATTTTAGGTTGAACT--TTTTGACATTTTTGGTTAGAA-CAGATAATAATTGAATATCTAC-
* * **
2340 C-TCGAGAAATATGAA-AAAAATGACAA
318 CTTAG-GAAACATGAAGAAAAA-G-GTA
*********** *
2366 TT-ATTGGCAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCNNNNNNNNNNTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTC
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCC-TCTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* ** *
2429 AATGGTTTTATAATCTCATC-ATTGATTTTA-GTTTGAATTTTTTTATGTTTTTGATTACAACAG
65 AATGGTTTTATAATCTCA-CAATTGATTTTAGGTTT-AAATTTTTTACATTTTTGATTAGAACAG
* * ** * * * * *
2492 ATAATAATTGAATGTTTTGCTTGGGAAGCATGAAGAAAAATGTATTCATTGGCAAGAGAAGTCCC
128 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * *
2557 TTTAGAGTTACCCATTCGTTTAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAA
193 TTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
2622 TGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAGAACGGATAATAATTGAATGTTTGCCTTAG
258 TGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATAATAATTGAATATCTACCTTAG
* *
2686 GAAACATTAAGAAGAAGGTA
323 GAAACATGAAGAAAAAGGTA
* * * *
2706 TTCATTGGTAGGAAAAGTCCTCTTAGAGTTACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCTCTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * *
2771 ATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGGTTTAACTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATT
66 ATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGGTTTAAATTTTTTACATTTTTGATTAGAACAGATT
* * * * * *
2836 ATGATTGAATATCTACCTTTGGAAACTTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTT
131 ATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * * * *
2901 ATAGTCACCAATT-CTTCAAAAGCCTTACTACTTACTTTAAAAGATTTTGTAATCTTATAATTGA
196 ATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * * *
2965 TTTTAGGTTAAACTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAAATTATGATTGAATATCTACCTTAGAAA
261 TTTTAGGTTGAACTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATAATAATTGAATATCTACCTTAGGAA
3030 ACATGAAGAAAAAGGTA
326 ACATGAAGAAAAAGGTA
* * *
3047 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTAACCCATACCTGTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCC-TCTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * * * *
3111 AATGGTTTTATAATTTCAAAAGTT-ATTTTAAGATCAAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAATAG
65 AATGGTTTTATAATCTCACAA-TTGATTTTAGGTTTAAATT-TTTTACATTTTTGATTAGAACAG
* * * * *
3175 ATTACAATTGTATGTCTAGCTT-GAGAAATATGAA-AAAAAGGACAATT-ATTGGCAA-AATAAG
128 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGG--TATTCATTGGCAAGAA-AAG
* * *
3236 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTCAATGGTTTTATAATATCA
189 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
3301 TAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACGTTTTTGTTTAGAACAGATAATAATTCAATGT-TCAC
254 TAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATAATAATTGAATATCT-AC
* * *
3365 CTTGGGAAACGTGAAGAAAAATGTA
318 CTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTA
* * *
3390 TTCATTGGCAAGAAAAGTCC-CTTTAAAGTTACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACGCACTTTA
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCTC-TTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * *
3454 AATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAGG-TTAAATTGTTTTACA-TTTTGCTTAGAACAGA
65 AATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGGTTTAAATT-TTTTACATTTTTGATTAGAACAGA
* * * * *
3517 TAATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGTCAAGAAAAGTCCTT
129 TTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
3582 TTAGAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
194 TTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
3647 GATTTTAGGTTCAACTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACATATTATGATTGAATATCTACCTTTGG
259 GATTTTAGGTTGAACTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATAATAATTGAATATCTACCTTAGG
*
3712 AAACTTGAAGAAAAAGGTA
324 AAACATGAAGAAAAAGGTA
* * * * * * * * *
3731 TTGATTGCCAAGAAAAAT-CTATTTATAGTCACCCATT-CTTTAAAAGCTTTACTACTCAATTTT
1 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCT-CTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * *
3794 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG-TTAAACTTTTTGACTTTTTTGGTTAGAACAGA
65 AATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGGTTTAAA-TTTTTTACATTTTTGATTAGAACAGA
* * * *
3858 TTATGATTGAATATCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAT
129 TTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * * *
3923 TTTTAG-AAGCCTATTCCTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTAAAATGGTTTTATAATTTTAAAAG
194 TTATAGTCA-CCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-
* * * * * * * * * *
3987 TT-ATTTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTT-TTTAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAGC-
257 TTGATTTTAGGTTGAACTT-TTTGACATTTTTGGTT-AGAACAGATAATAATTGAATATCTACCT
* * * *
4049 TCGAGAAATATG-ACAAAAAGGCAA
320 TAG-GAAACATGAAGAAAAAGG-TA
** * * * *
4073 TT-ATTGAAAAAAAAAAGT-CTATTTATCGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
1 TTCATTG-GCAAGAAAAGTCCT-CTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
4136 CAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTT
64 AAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTT
4165 CAGG
Statistics
Matches: 1458, Mismatches: 293, Indels: 95
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 151 0.10
341 704 0.48
342 357 0.24
343 246 0.17
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
TTCATTGGCAAGAAAAGTCCTCTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
ATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGGTTTAAATTTTTTACATTTTTGATTAGAACAGATT
ATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAGGTTGAACTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATAATAATTGAATATCTACCTTAGGAA
ACATGAAGAAAAAGGTA
Found at i:3670 original size:854 final size:853
Alignment explanation
Indices: 2024--4164 Score: 3261
Period size: 854 Copynumber: 2.5 Consensus size: 853
2014 NNNNNNNNNN
* *
2024 TTCATTGGTAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCTTCAAAAGCCTAACTACTCACTTTAAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAA
* *
2089 TGATTTTATAATCTCT-TAGTTGATTTTAGGTTAAACGTTTTGACTTTTTTGGTTAGAACAGATT
66 TGATTTTATAATCT-TATAATTGATTTTAGGTTAAACTTTTTGACTTTTTTGGTTAGAACAGATT
********** *
2153 ANNNNNNNNNNTCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTT
130 ATGATTGAATATCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* *
2218 ATGGTAACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCA-TTTCAAATGGTTTTATATTTTCAAAAGTT
195 ATAGTAACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTT-AAATGGTTTTATAATTTCAAAAGTT
* * * * *
2282 ATTTTAAGTTCAAATGGTTTTACGTTTTTTATTAAAGTAGATTATAATT-AAGGTCTCGCTCGAG
259 ATTTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAG
* **********
2346 AAATATGAAAAAAATGACAATTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCNNNNNNNNNNTTAAAA
324 AAATATGAAAAAAAGGACAATTATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAA
* * * *
2411 GCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCATCATTGATTTTAGTTTGAATTTTTTTATG
388 GCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACG
* *** *
2476 TTTTTGATTACAACAGATAATAATTGAATGTTTTGCTTGGGAAGCATGAAGAAAAATGTATTCAT
453 TTTTTGATTACAACAGATAATAATTCAATGTTCACCTTGGGAAACATGAAGAAAAATGTATTCAT
* * * *
2541 TGGCAAGAGAAGTCCCTTTAGAGTTACCCATTCGTTTAAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGT
518 TGGCAAGAAAAGTCCCTTTAAAGTTACCCATTCCTTTAAAAGACTTATTACGCACTTTAAATGGT
* * * *
2606 TTTATAATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTGGTTAGAACGGATAATAATT
583 TTTATAATCTCATAAATGATTTTAGGTTAAATTGTTTTACATTTTGCTTAGAACAGATAATAATT
* * * *
2671 GAATGTTTGCCTTAGGAAACATTAAGAAGAAGGTATTCATTGGTAGGAAAAGTCCTCTTAGAGTT
648 GAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCTCTTAGAGTT
*
2736 ACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAG
713 ACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAG
*
2801 GTTTAACTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATTATGATTGAATATCTACCTTTGGAAACTTGA
778 GTTCAACTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATTATGATTGAATATCTACCTTTGGAAACTTGA
2866 AGAAAAAGGTA
843 AGAAAAAGGTA
* *
2877 TTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCAATTCTTCAAAAGCCTTACTACTTACTTTAAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAA
* * * *
2942 AGATTTTGTAATCTTATAATTGATTTTAGGTTAAACTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAAATTA
66 TGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTAAACTTTTTGACTTTTTTGGTTAGAACAGATTA
3007 TGATTGAATATCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
131 TGATTGAATATCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* *
3072 TAGTAACCCATACCTGTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAAGTTAT
196 TAGTAACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAAGTTAT
* * * *
3137 TTTAAGATCAAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTACAATTGTATGTCTAGCTTGAGAA
261 TTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAA
3202 ATATGAAAAAAAGGACAATTATTGGCAAAATAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGC
326 ATATGAAAAAAAGGACAATTATTGGCAAAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGC
* *
3267 CTTATTACTCATTTTCAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACGTT
390 CTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACGTT
* * *
3332 TTTGTTTAGAACAGATAATAATTCAATGTTCACCTTGGGAAACGTGAAGAAAAATGTATTCATTG
455 TTTGATTACAACAGATAATAATTCAATGTTCACCTTGGGAAACATGAAGAAAAATGTATTCATTG
* *
3397 GCAAGAAAAGTCCCTTTAAAGTTACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATGGTTT
520 GCAAGAAAAGTCCCTTTAAAGTTACCCATTCCTTTAAAAGACTTATTACGCACTTTAAATGGTTT
3462 TATAATCTCATAAATGATTTTAGGTTAAATTGTTTTACATTTTGCTTAGAACAGATAATAATTGA
585 TATAATCTCATAAATGATTTTAGGTTAAATTGTTTTACATTTTGCTTAGAACAGATAATAATTGA
* *
3527 ATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATT-GTCAAGAAAAGTCCTTTTAGAGTTA
650 ATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGT-AAGAAAAGTCCTCTTAGAGTTA
* *
3591 CCCATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
714 CCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGG
*
3656 TTCAACTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACATATTATGATTGAATATCTACCTTTGGAAACTTGAA
779 TTCAACTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATTATGATTGAATATCTACCTTTGGAAACTTGAA
3721 GAAAAAGGTA
844 GAAAAAGGTA
* * * * * *
3731 TTGATTGCCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCTTTAAAAGCTTTACTACTCAATTTTAA
1 TTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAA
*
3796 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAACTTTTTGACTTTTTTGGTTAGAACAGATTA
66 TGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTAAACTTTTTGACTTTTTTGGTTAGAACAGATTA
* *
3861 TGATTGAATATCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTT
131 TGATTGAATATCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *
3926 TAG-AAGCCTATTCCTTTAAAAGCCTAATTACTCACTTAAAATGGTTTTATAATTTTAAAAGTTA
196 TAGTAA-CCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAAGTTA
3990 TTTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTT-TTAAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAG
260 TTTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTTATT-AAAATAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAG
* ** * *
4054 AAATATGACAAAAAGG-CAATTATTGAAAAAAAAAAGTCTATTTATCGTCACCCATTCCTTTAAA
324 AAATATGAAAAAAAGGACAATTATTG--GCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAA
*
4118 AGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTT
387 AGCCTTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
4165 CAGG
Statistics
Matches: 1166, Mismatches: 113, Indels: 17
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
852 1 0.00
853 288 0.25
854 873 0.75
855 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (853 bp):
TTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAA
TGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTAAACTTTTTGACTTTTTTGGTTAGAACAGATTA
TGATTGAATATCTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTAACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAAGTTAT
TTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAA
ATATGAAAAAAAGGACAATTATTGGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCC
TTATTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACGTTT
TTGATTACAACAGATAATAATTCAATGTTCACCTTGGGAAACATGAAGAAAAATGTATTCATTGG
CAAGAAAAGTCCCTTTAAAGTTACCCATTCCTTTAAAAGACTTATTACGCACTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATAAATGATTTTAGGTTAAATTGTTTTACATTTTGCTTAGAACAGATAATAATTGAA
TGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCTCTTAGAGTTACC
CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAGGTT
CAACTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATTATGATTGAATATCTACCTTTGGAAACTTGAAGA
AAAAGGTA
Done.