Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401892.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4994.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6184
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.10, T:0.27
Warning! 1589 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2026 original size:339 final size:337
Alignment explanation
Indices: 1313--2489 Score: 1315
Period size: 339 Copynumber: 3.5 Consensus size: 337
1303 NNNNNNNNAT
* * * *
1313 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAATG
1 TTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATG
* * * ** * *
1378 GACTTCCCTTACCTATGAATGCTTACTTCTTTGTGTTTCTTGAGCTAAACATTCAATTATAATAT
66 GACTTCTCTTACCTATGAATACTTTCTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATAT
* *
1443 GTTTTAACAAGAAAAGTAAAAAAATTGGAACTTAAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAA
131 GTTTTAACCAGAAAAGTAAAAGAATT-GAACTTAAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAA
*
1508 AGTGATTAATTAGGCTTTTGAAGTAATA-G-G----T-AATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACT
195 AGTG----ATTAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACT
* * * * *
1566 TTTTCTTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTGTTAACCATAAATGGGA-AAA
256 TTTTCATTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAA-CAAAAAT-GCATAAA
* *
1630 GAATTCAAATTTAATTCAAT
319 -AATTCAAATTTAAATCAAA
* *
1650 TTTGAGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATG
1 TTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATG
* * *
1715 GACTTCTCTTGCCTATGAATGCTTTCTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGACTTTCAATTATAATAT
66 GACTTCTCTTACCTATGAATACTTTCTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATAT
1780 GTTTTAACCAGAAAAGTAAAAGAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAA
131 GTTTTAACCAGAAAAGTAAAAGAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAA
* *
1845 GTGATTAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATATACTTTTCTTGCCGATGAATACTTTTTC
196 GTGATTAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTC
* * * *
1910 GTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTCTATTCTATTTTAAGCAAAAATGCATAAAAATTTC
261 ATTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAA-CAAAAATGCATAAAAA-TTC
1975 AAATTTAAATCAAA
324 AAATTTAAATCAAA
* * * * * *
1989 TTTGAGATTACGAAACCTTTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTAAAGGAATGGCTAACTATAAATG
1 TTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATG
* * * * * *
2054 GACTTCTCTTACCCATGAATACTCTCTTCTTTATGTTTCTAGGGGTAGACATTCAATTATAATAT
66 GACTTCTCTTACCTATGAATACTTTCTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATAT
* * *
2119 GTTTTAACCAGAAAAGCAAAAAAGAATTTGAACTTAAAATGAATTTTGAGATTATAAAACCATTT
131 GTTTTAACCAGAAAAG--TAAAAGAA-TTGAACTTAAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTT
* * * **
2184 AAAGTGATTGATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTAACTATAAATAGACTTTT-TTATCAATGAATG
193 AAAGTGA-T--T-AGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAA--
* * * * * * * *
2248 TA-TTTTTAATT-ACGTTTATCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCCGTTTTAACCAAAA-GTATA
252 TACTTTTTCATTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAATGCAT-
* *
2310 AAAAAATTCAACTTAAAATC-AA
316 -AAAAATTCAAATTTAAATCAAA
*
2332 TTATG-GCATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGATATGGGTGACTATAA
1 TT-TGAG-ATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGA-ATGGGTGACTATAA
* * * * * * * * * * * *
2395 ATGGACTTTTTTTGCCAATGAATACTTTTTTATTCTTGTGTCTCAAGTTAGACATTCAATTCTAG
63 ATGGACTTCTCTTACCTATGAATACTTTCTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAA
* *
2460 TCTGTTTTAACTA-AAAATGTACAAAGAATT
128 TATGTTTTAACCAGAAAA-GTA-AAAGAATT
2490 TAAATTTNNN
Statistics
Matches: 720, Mismatches: 95, Indels: 45
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
332 19 0.03
333 1 0.00
334 1 0.00
336 42 0.06
337 142 0.20
338 5 0.01
339 221 0.31
341 7 0.01
342 46 0.06
343 22 0.03
344 125 0.17
345 46 0.06
346 41 0.06
347 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (337 bp):
TTTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAATG
GACTTCTCTTACCTATGAATACTTTCTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGACATTCAATTATAATAT
GTTTTAACCAGAAAAGTAAAAGAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAA
GTGATTAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTC
ATTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAATGCATAAAAATTCAA
ATTTAAATCAAA
Found at i:2074 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1311--2490 Score: 1025
Period size: 172 Copynumber: 6.9 Consensus size: 169
1301 NNNNNNNNNN
* *
1311 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAA
1 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * * ** ** * *
1376 TGGACTTCCCTTACCTATGAATGCTTACTTCTTTGTGTTTCTTGAGCTAAACATTCAATTATAAT
66 TGGACTTCTCTTGCCAATGAATACTT-TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * **
1441 ATGTTTTAACAAGAAAAGTAAAAAAATTGGAACTTAAAATCA
130 CTGTTTTAAC-A-AAAAGTATAAAAATTTCAACTTAAAATCA
* * * * *
1483 ATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGATTAATTAGGCTTTTGAAGTAATAGGT-A--AT--A
1 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * *
1543 --GACTTTTCTTGCCAATGAATACTTTTTCTTTCATGTTTCTCAAAGTAGACATTCAATTCTAGT
66 TGGACTTCTCTTGCCAATGAATACTTTTTC-TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * * * * *
1606 CTGTGTTAACCATAAATGGGA-AAAGAA-TTCAAATTTAATTCA
130 CTGTTTTAA-CA-AAA-AGTATAAA-AATTTCAACTTAAAATCA
* * *
1648 ATTTTGAGATTATAAAACCATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGACTATAAA
1 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * *
1713 TGGACTTCTCTTGCCTATGAATGCTTTCTTCTTCATGTTTCTCGAGCTAGACTTTCAATTATAAT
66 TGGACTTCTCTTGCCAATGAATACTTT-TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* *
1778 ATGTTTTAACCAGAAAAGTA-AAAGAA-TTGAACTTAAAATCA
130 CTGTTTTAA-CA-AAAAGTATAAA-AATTTCAACTTAAAATCA
* * *
1819 ATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGA-T--T-AGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAA
1 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
** * * * * *
1880 TATACTTTTCTTGCCGATGAATACTTTTTCGTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTCTATT
66 TGGACTTCTCTTGCCAATGAATACTTTTTC-TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAAT
* * * *
1945 CTATTTTAAGCAAAAATGCATAAAAATTTCAAATTTAAATCA
130 CTGTTTTAA-CAAAAA-GTATAAAAATTTCAACTTAAAATCA
* ** * * * * *
1987 AATTTGAGATTACGAAACCTTTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTAAAGGAATGGCTAACTATAAA
1 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * *
2052 TGGACTTCTCTTACCCATGAATACTCTCTTCTTTATGTTTCT-AGGGGTAGACATTCAATTATAA
66 TGGACTTCTCTTGCCAATGAATACT-TTTTCTTCATGTTTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAA
* * * * *
2116 TATGTTTTAACCAGAAAAGCAAAAAAGAATTTGAACTTAAAATGA
129 TCTGTTTTAA-CA-AAAAG-TATAAA-AATTTCAACTTAAAATCA
* * * *
2161 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGATTGATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTAACTATAAA
1 ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * ** * * * *
2226 TAGACTT-TTTTATCAATGAATGTA-TTTTTAATT-ACGTTTATCGAGGTAGACATTCAATTATA
66 TGGACTTCTCTTGCCAATGAA--TACTTTTT-CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
* * * *
2288 GTCCGTTTTAACCAAAAGTATAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
128 ATCTGTTTTAACAAAAAGTAT-AAAAATTTCAACTTAAAATCA
* *
2331 ATTATG-GCATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GATATGGGTGACTATA
1 ATTTTGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGGGTGACTATA
* * * * * * *
2394 AATGGACTTTTTTTGCCAATGAATACTTTTTTATTCTTGTGTCTCAAGTTAGACATTCAATTCTA
64 AATGGACTTCTCTTGCCAATGAATAC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
* *
2459 GTCTGTTTTAACTAAAAATGTACAAAGAATTT
128 ATCTGTTTTAAC-AAAAA-GTATAAA-AATTT
2491 AAATTTNNNN
Statistics
Matches: 810, Mismatches: 159, Indels: 77
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 3 0.00
165 116 0.14
166 13 0.02
167 89 0.11
168 43 0.05
169 7 0.01
170 82 0.10
171 107 0.13
172 201 0.25
173 67 0.08
174 80 0.10
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
ATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
TGGACTTCTCTTGCCAATGAATACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC
TGTTTTAACAAAAAGTATAAAAATTTCAACTTAAAATCA
Found at i:3275 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2600--4366 Score: 1720
Period size: 171 Copynumber: 10.3 Consensus size: 171
2590 NNNNNNNTTA
* * * * *
2600 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAAATTTTTTTTTTTACTTTTCTAGT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAAA--TTTTTTTATA-TTTT-TAGT
* * * * * * * * *
2665 TAAAACATATTATATTTAAATGTCTAACTCGAGAAACATAAAGAAGTAAGCATTCATAGGTAA-A
62 TAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAA-AAAGCATTCATTGGCAAGA
** * *
2729 AGAACCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCC
126 A-AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * ** *
2776 CTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTAGATTTGAAATCTTTGCACATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAA
* * * * * * *
2841 TCAAACTAGAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACATAAGGAAAAAGCATTCATTAGTAAGAAAAGT
66 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * *
2906 CCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACCCA
131 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * ** *
2947 CTTTAAATGGTTTTGTAATTTTATAATTGATTTTGAA-TTAAAATTTTTGAATATTTTTGGTT-A
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTAAAGTTGAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAA
* * *
3010 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAACGTAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAA
65 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAA
* * ** *
3075 ATCCATTTATAGTCACCTATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCC
129 GTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
3118 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTTTGTATATTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAA
* * *
3183 ACATACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGTAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
66 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAG
*
3248 TCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCG
130 TCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * ** * * *
3290 CTTTAAATGGTTTTGTAATGCT-ATAATTGATTGCAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTAGTT-A
1 CTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAAGTTGAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAA
* **
3353 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTAAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAA
65 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * *
3418 CTCTATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAG
129 GTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTC-G
* * * * * * *
3462 -TTTAAGTAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTG-TATTCTTTGTACATTTTTAGTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAAATT-TTTTTATATTTTTAGTTAA
* ** * **
3525 AACAGATTGGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAACAAAAAAGCATTTGTTGGCAAGAAAA
65 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAA-GAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * * *
3590 GTCTACTTATATTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTAGTGCTCG
129 GTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * ** * *
3633 CTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTCATTTTGTTTTTACATTTTTGGTT-
1 CTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAAGTTGAAATT-TTTTTATATTTTTAGTTA
* * *
3696 AAACA-AGCTATAATTGAATGTCTACCTCT-AGAAATAGAAAGAAAAAAGCATTCATTGCCAAGA
64 AAACAGA-CTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATAAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGA
* * *
3759 AAAGTCTATTTACAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACTCG
126 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
3805 CTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATGGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTCTA-TTA
1 CTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAAGTTGAAATTTTTTTATATTTT-TAGTTA
* * * * *
3867 AAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACGTAGAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAA
64 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAA
*
3932 AGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCG
128 AGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
3976 CTTTAAATAGTTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTT-AAA-TTTTTTATACTTTTT-GTTA
1 CTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAAGTTGAAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTA
* * ** ***
4037 AAACGGACTATAATTGAATGTCTACCTTGATAAACATAATTAAAAAGACATTCATTTATAAGAAA
64 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAA
* ** * * *
4102 AGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGTCTTATCAGTCG
128 AGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * * * * * *
4146 CTTTACATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-CAATTTTTTTTTGCCTTTCTGGTTA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAAATTTTTTTAT--ATTTTTAGTTA
* * * * * * * *
4210 AAACATATTATAATTGAATGTCTACCCCT-AGAAATATAAAGAAGAGAGCATTCATGGGTAAGAC
64 AAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CCTTGAGAAACATAAAGAA-AAAGCATTCATTGGCAAGAA
* * * * *
4274 AAGTCCATTTATAGTCAGCCATTCCTTTAAAAGCCTTATCACTCA
127 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
4319 TTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAAATTTTT
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAAATTTTT
4367 ACACATTTAT
Statistics
Matches: 1329, Mismatches: 227, Indels: 72
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 200 0.15
171 482 0.36
172 430 0.32
173 156 0.12
174 18 0.01
176 36 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAA
ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
Found at i:3406 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 2646--4337 Score: 1896
Period size: 343 Copynumber: 4.9 Consensus size: 341
2636 GTTCAAATTT
* * * * * *
2646 TTTTTTTTAC-TTTTCTAGTTAAAACATATTATATTTAAATGTCTAACTCGAGAAACATAAAGAA
1 TTTTTTTTACATTTT-TAGTT-AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAA
* * * * *
2710 GTAAGCATTCATAGGTAA-AAGAACCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
64 -AAAGCATTCATTGGCAAGAA-AACTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
2774 CCCTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTAGATTTGAAATCTTTGCACATTTTTAGTTA
127 CCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTTTGTATATTTTTAGTTA
* * * * *
2839 AATCAAACTAGAATTGAATGTCTACCCTGAGAAACATAAGGAAAAAGCATTCATTAGTAAGAAAA
192 AAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAA
* * ***
2904 GTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTGTAATTTT
257 GTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCC
*
2969 ATAATTGATTTTGAA-TTAAA
322 ATAATTGATTGT-AAGTTAAA
* ** * * *
2989 ATTTTTGAATATTTTTGGTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGGGAAACGTAAAGAAAA
1 TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAA
* * * *
3054 AGTCATTCATTGGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCTATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCCC
66 AG-CATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCC
*
3119 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTTTGTATATTTTTGGTTAAAA
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTTTGTATATTTTTAGTTAAAA
* * *
3184 CATACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGTAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
195 CAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGT
* * *
3249 CCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCTAT
259 CCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCAT
* *
3314 AATTGATTGCAAGTTTAA
324 AATTGATTGTAAGTTAAA
*
3332 TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTAAAGAAAA
1 TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAA
* **
3397 ATGCATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAG
66 A-GCATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCC
* * * * * *
3462 TTTAAGTAGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGTATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAA
130 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTTTGTATATTTTTAGTTAAAA
* * * ** *
3527 CAGATTGGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAACAAAAAAGCATTTGTTGGCAAGAAAAGT
195 CAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-AAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGT
* * * * * * *
3592 CTACTTATATTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTAGTGCTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCAT
259 CCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCAT
* * *
3657 AATTGATTTTAAGTTCAT
324 AATTGATTGTAAGTTAAA
* * *
3675 TTTGTTTTTACATTTTTGGTTAAACA-AGCTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAAATAG-AAAGA
1 TTT-TTTTTACATTTTTAGTTAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-CGTAAAG-
* * * * *
3738 AAAAAGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACCCATACCTTCCAAAGCCTTATTACT
62 AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * *
3803 CGCTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATGGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTCTA-T
127 CCCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTTTGTATATTTT-TAGT
* * * *
3865 TAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACGTAGAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGA
190 TAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATA-AGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGA
*
3930 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAAT
254 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAAT
*
3995 GCCATAATTGATTTTAAGTTAAA
319 GCCATAATTGATTGTAAGTTAAA
* * * * * **
4018 TTTTTTATAC-TTTTT-GTTAAAACGGACTATAATTGAATGTCTACCTTGATAAACATAATTAAA
1 TTTTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAA
*** * * * * * *
4081 AAGACATTCATTTATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGCTTCAAAAGTCTTATCAGTCG
65 AAG-CATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCC
* * * * * * * * * *
4146 CTTTACATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-CAATTTTTTTTTGCCTTTCTGGTTA
129 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTTTGTAT--ATTTTTAGTTA
* * * * * * * * *
4210 AAACATATTATAATTGAATGTCTACCCCT-AGAAATATAAAGAAGAGAGCATTCATGGGTAAGAC
192 AAACAGACTAGAATTGAATGTCTA-CCTTGAGAAACAT-AAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAA
* * * ** *
4274 AAGTCCATTTATAGTCAGCCATTCCTTTAAAAGCCTTATCACTCATTTTAAATGGTTTTATAAT
255 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAAT
4338 CTCAAAATTA
Statistics
Matches: 1158, Mismatches: 167, Indels: 48
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 10 0.01
341 132 0.11
342 191 0.16
343 672 0.58
344 146 0.13
345 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAA
AGCATTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCT
TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAATCTTTGTATATTTTTAGTTAAAAC
AGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAA
TTGATTGTAAGTTAAA
Found at i:5118 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4862--5445 Score: 657
Period size: 172 Copynumber: 3.4 Consensus size: 171
4852 AAGAAAAAGT
* * * *
4862 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTACTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTA
1 ATTCATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTA
* *
4927 AATGGTTGTGTATTCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAAATTTTTTTACTTTTCTTGTTAAAACATA
66 AATGGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAAATTTTTTTACTTTTCTTGTTAAAACATA
4992 TTATAATTGAATGTCTAGATCAAGAAACATAAAGAAGTAAGC
131 TTATAATTGAATGTCTA-ATCAAGAAACATAAAGAAGTAAGC
* * * * * * ** *
5034 ATTCATAGATAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCTTTATTTCTCACTTAA
1 ATTCATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTA
* * * * * **
5099 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTTGATTGAAATTTAAAATCTTTGCACTTTT-TTGGTTAAAACA
66 AATGGTTTTATATTCTCAAAA-TTGATTTAAAGTTCAAATTTTTTTACTTTTCTT-GTTAAAACA
* * * ** * * ** * ** *
5163 GACTAGACCTGAATGTGTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGT
129 TATTATAATTGAATGTCTA-ATCAAGAAACATAAAGAAGTAAGC
* * * * *
5207 ATTCATTGGTGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTACTTCAAAAGCCTAAGTAATCACTTTA
1 ATTCATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTA
* * *
5272 AATGGTTTTATATTCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACTTTTCTAGTTAAAACATA
66 AATGGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAAATTTTTTTACTTTTCTTGTTAAAACATA
*
5337 TTATAATTAAATGTCTAACTCAAGAAACATAAAGAAGTAAGC
131 TTATAATTGAATGTCTAA-TCAAGAAACATAAAGAAGTAAGC
* * * * * * *
5379 ATTCATAGGTATGAGAACTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTA
1 ATTCATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTA
5444 AA
66 AA
5446 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 322, Mismatches: 86, Indels: 8
0.77 0.21 0.02
Matches are distributed among these distances:
172 187 0.58
173 135 0.42
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
ATTCATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTA
AATGGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAAATTTTTTTACTTTTCTTGTTAAAACATA
TTATAATTGAATGTCTAATCAAGAAACATAAAGAAGTAAGC
Found at i:5234 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4763--5445 Score: 616
Period size: 172 Copynumber: 4.0 Consensus size: 171
4753 NNNNNNNNNN
* * * * * *
4763 TATAATCTCAAAATTGTATTAAATTTGAATTCTTTGCCCATTTATGGTTAACACAGACTAGAATT
1 TATAATCTCAAAATTG-ATTAAATTTAAAATCTTTGCACTTTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATT
*
4828 GAATGTCTACCTTGAGAAATACA-AAAG-AAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
65 GAATGTCTACCTTGAG-AA-ACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAG
*
4891 TCACCTATTACTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATGGTTG
128 TCACCTATTACTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATGGTTT
* * * * * ** * * *
4935 TGTATTCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAAATTTTTTTACTTTTCTT-GTTAAAACATATTATAAT
1 TATAATCTCAAAATTGA-TTAAATTTAAAATCTTTGCACTTTT-TTGGTTAAAACAGACTAGAAT
** ** ** * * * * *
4999 TGAATGTCTAGATCAAGAAACATAAAGAAGTAAGCATTCATAGATAAGAGAAGTCCATTTATAGT
64 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * * * ** *
5064 CACCCATTCCTTTAAAAGCTTTATTTCTCACTTAAAATGGTTT
129 CACCTATTACTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATGGTTT
**
5107 TATAATCTCAAAATTTGATTGAAATTTAAAATCTTTGCACTTTTTTGGTTAAAACAGACTAGACC
1 TATAATCTCAAAA-TTGATT-AAATTTAAAATCTTTGCACTTTTTTGGTTAAAACAGACTAGAAT
* * *
5172 TGAATGTGTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGTGAGAAAAGTCTATTTATAGT
64 TGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGT
*
5237 CACCTATTACTTCAAAAGCCTAAGTAATCACTTTAAATGGTTT
129 CACCTATTACTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATGGTTT
* * * * * * ** * * * * *
5280 TATATTCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACTTTTCTAGTTAAAACATATTATAATT
1 TATAATCTCAAAATTGA-TTAAATTTAAAATCTTTGCACTTTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATT
* * ** ** * * * * * *
5345 AAATGTCTAACTCAAGAAACATAAAGAAGTAAGCATTCATAGGTATGAGAACTCCATTTATAGTC
65 GAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
* * * * *
5410 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAA
130 ACCTATTACTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAA
5446 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 107, Indels: 16
0.76 0.21 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.01
171 7 0.02
172 251 0.63
173 135 0.34
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TATAATCTCAAAATTGATTAAATTTAAAATCTTTGCACTTTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTG
AATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
CCTATTACTTCAAAAGCCTAATTAATCACTTTAAATGGTTT
Done.