Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401907.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5008.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 625
Length: 1043
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Found at i:533 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 58--1039 Score: 843
Period size: 171 Copynumber: 5.7 Consensus size: 170
48 AAACGTGTAA
* * * * * *
58 AAAAACCCATTCATTTGGTAGAAAAGTTCATCTGTAGTCTTCCATTCCTTCAAAAACCTTATTAC
1 AAAAAGCCATTCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAACCTTATTAC
* * * *
123 TCACTTTAAATGGTTTTATTATGTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTT-CTATTTTTAGT
65 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTAC-ATTTTTAGT
* *** *** *
187 TAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTGTATTGGGAAACATGTAG
128 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATATAG
* ** * * ** * *
230 AAAAAGCCATTAAATAAGAGGAAAAGTCCATTTATGGTCTCTTATT-CTGTCACAAGCCTTATTA
1 AAAAAGCCATT-CATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCT-TCAAAAACCTTATTA
* * * * * * *
294 CTTGCTATGAATGCTTTGATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATCTTTT-GT
64 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTAGT
* * * * *
358 TAAAACATACTATAATTGATTGCCTACCTCAAGAAACATATAT
128 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATATAG
* * **
401 AAAAAGCCATTCCTTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTTTTTCAAAAACCTTATTAC
1 AAAAAGCCATT-CATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAACCTTATTAC
* * * **
466 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATAT-AGTTTTTTTAAAAGTTTAGTT
65 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTACATTTTTAGTT
* **
530 AAAA-AGGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGA-AG
129 AAAACA-GATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACAT-ATAG
* ** * * * * **
572 AAGAAGGAATTCATTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTAC
1 AAAAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAACCTTATTAC
*
637 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
65 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
* * *
702 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCTAGAAACGAGA-AG
130 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAC-ATATAG
** * * * ** * * *
743 AAAAAGGTATTTATTGACAAGCAAAGTTTATTTACAGTCAT-CCATACCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGCCATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCCATTCCTTCAAAAACCTTATTA
** * * * * *
807 CTCGCTTTAAAAAGTTTTATAAGCTCAAAATTGATGTTAAGTTGAATTCTTTTACTTTTTTTGTT
64 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT
* * ** * * * *
872 AAAATATATTATTGTTGAATATTTACCTCAAG-AA-ATGTGAA
129 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAT-AG
* * ** * *
913 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTAACCCAAAT-CTTCAAAAACCTTTTTA
1 AAAAAGCCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCC-ATTCCTTCAAAAACCTTATTA
* * * *
977 CTCGCTTTGAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAG
64 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
1040 CTAA
Statistics
Matches: 639, Mismatches: 152, Indels: 40
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
170 110 0.17
171 437 0.68
172 90 0.14
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAGCCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACT
CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
AACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATATAG
Found at i:704 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 58--1039 Score: 975
Period size: 342 Copynumber: 2.9 Consensus size: 338
48 AAACGTGTAA
* * * * *
58 AAAAACCCATTCATTTGGTAGAAAAGTTCATCTGTAGTCTTCCATTCCTTCAAAAACCTTATTAC
1 AAAAAGCCATTC-TTTGGAAGAAAAGTTCATTTATAG-CCTCCATTCCTTCAAAAACCTTATTAC
* * * **
123 TCACTTTAAATGGTTTTATTATGTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTCTATTTTTAGTT
64 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTAAATTTTTAGTT
* *** * * ** * * * * * * *
188 AAAGCAGATTATAATTGAATGTCTGTATTGGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTAAATAAGAGGAA
128 AAA-AAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAA
* * * ** * * * * *
253 AAGTCCATTTATGGTCTCTTATTCTGTCACAAGCCTTATTACTTGCTATGAATGCTTTGATAATC
192 ATGTCCATTTATAGTCACCCATTCT-TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAATC
* * *
318 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATCTTTT-GTTAAAACATACTATAATTGATTGCC
256 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCC
* * *
382 TACCTCAAGAAAC-ATATAT
320 TACATCAAGAAACGAGA-AG
* **
401 AAAAAGCCATTCCTTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCATTTTTTCAAAAACCTTATTAC
1 AAAAAGCCATT-CTTTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGCCT-CCATTCCTTCAAAAACCTTATTAC
* * **
466 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATAT-AGTTTTTTTAAAAGTTTAGTT
64 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT-TCAATTTTTTTAAATTTTTAGTT
* *
530 AAAAAGGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAGAAGGAATTCATTGACAAGAA
128 AAAAA-GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAA
* * * *
595 ATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
192 ATGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAATC
* * *
660 TCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
256 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCT
*
725 ACATCTAGAAACGAGAAG
321 ACATCAAGAAACGAGAAG
** * * * * * * *
743 AAAAAGGTATT-TATTGACAAGCAAAGTTTATTTACAGTCATCCATACCTTCAAAAGCCTTATTA
1 AAAAAGCCATTCT-TTG-GAAGAAAAGTTCATTTATAG-CCTCCATTCCTTCAAAAACCTTATTA
** * * * * ** *
807 CTCGCTTTAAAAAGTTTTATAAGCTCAAAATTGATGTTAAGTTGAATTCTTTTACTTTTTTTGTT
63 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAAATTTTTAGTT
* ** * * * *
872 AAAATATATTATTGTTGAATATTTACCTCAAGAAATGTGAA-AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
128 AAAA-AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAA
* * * * *
936 ATGTCCATTTATAGTAACCCAAATCTTCAAAAACCTTTTTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAATT
192 ATGTCCATTTATAGTCACCC-ATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAATC
*
1001 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTTAG
256 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
1040 CTAA
Statistics
Matches: 524, Mismatches: 102, Indels: 28
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 119 0.23
342 303 0.58
343 99 0.19
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
AAAAAGCCATTCTTTGGAAGAAAAGTTCATTTATAGCCTCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTC
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAA
AAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAATGT
CCATTTATAGTCACCCATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACATC
AAGAAACGAGAAG
Done.