Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401933.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5033.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3070
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Warning! 188 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1337 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1159--1532 Score: 392
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
1149 NNNNNNNNNN
*
1159 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTACAACCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTACAACCTCATAA
* * * *
1224 TTGA-TGTTAGGATGAATTTTTTTTTCATATTTGGTGAAAACAGATTATAATTGACTGTTTGCTT
66 TTGAGT-TTAGGATGAATTTTTTTAT-ATATTTGATGAAAACAGATTATAATTGACTGCTTGCCT
* *
1288 TGAGAAACATGAAGGAAAAGCCATTGA-TTGATGAGAAAAGCCC
129 TGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGA--AGAAAAGCCC
* ** ************ * *
1331 ATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTNNNNNNNNNNNNAAATAGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTACAACCTCATAA
* * * * *
1396 TTGAGTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGATTGCTTGCCTTG
66 TTGAGTTTAGGATGAATTTTTTTATATATTTGATGAAAACAGATTATAATTGACTGCTTGCCTTG
* * *
1461 GGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTTGCAAGAAATGCCC
131 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTG-AAGAAAAGCCC
*
1502 ATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCCTT
1 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTT
1533 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 36, Indels: 7
0.79 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 90 0.55
172 71 0.44
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTACAACCTCATAA
TTGAGTTTAGGATGAATTTTTTTATATATTTGATGAAAACAGATTATAATTGACTGCTTGCCTTG
AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGAAGAAAAGCCC
Found at i:1997 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1706--3034 Score: 1361
Period size: 171 Copynumber: 7.8 Consensus size: 170
1696 TTATTTGTAG
* ** *
1706 GAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACA
1 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
1771 ACCTCATAATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTCTATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGACA-
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA-AT
* * *
1835 GTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACCATTGATTGATGA
129 GTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAA
* ** *
1877 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
1 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
1942 ATCTCATAATTGA-GTTAAGATTGACTTGTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATT-TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * *
2006 ATTTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAACCCATTCATTTG-CAA
129 GTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGATAA
* * * *
2048 GAAATGCCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATA
1 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
2113 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * * *
2178 TTTGCCTTAAAAAAAGTGAAGAAAAAGTCATTCACTGACAA
130 TTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAA
* * * * * * *
2219 CAAAATCCCATTTATAGTTACCTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATA
1 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
2284 ATCTCATAAGTGATTTTAAATTGAAATTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * *
2348 TTTGCTTTGAAAAATGTGAAGAAAAA-CCTATTCATTGATAA
130 TTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGATAA
* * * *
2389 CAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCAATTTTAATGATTTTAT
1 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
2453 AAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACTTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTAAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTA-TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * *
2518 TG-TCAGCCGTGAAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATT-AGTAA
128 TGTTTA-CCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAA
* * * * * ** *
2561 CAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTGGCTTTTAATGGTTTTATA
1 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * *
2625 ATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTACATTTTTCGTTAAAACAAATTGTAATTAAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * *
2690 TCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAA
130 TTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAA
* ** * * * * **
2731 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGACTCATTACTGACTTTAAATTATTTTTAT
1 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGGTTTTAT
* * * * * *
2796 AATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATGTTCTTACATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * *
2860 TGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTAGCAT-A
128 TGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-ATAA
* * * * *
2904 -AAAAGCCCACTTATAGTCACTCAAGCATTTGAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
* *
2968 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGGTTAAAA-TGAATTATAATTGAA
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAG-ATTATAATTGAA
3032 TGT
128 TGT
3035 CTGTCCTGAA
Statistics
Matches: 980, Mismatches: 149, Indels: 57
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 229 0.23
171 498 0.51
172 238 0.24
173 10 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
GAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
TTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAA
Found at i:2644 original size:512 final size:507
Alignment explanation
Indices: 1707--3035 Score: 1487
Period size: 512 Copynumber: 2.6 Consensus size: 507
1697 TATTTGTAGG
* *
1707 AAAAGCCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACA
1 AAAATCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCGAAAG-CTTATTAC-TGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
1771 ACCTCATAATTGATTTTAGGA-TGAATTTTTTTCTATTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGACA
63 ATCTCATAATTGATTTTA-AATTGAATTTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGA-A
*
1835 -GTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAACC-ATTGATTGATGAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC
125 TGTTTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAACCTATTCATTGAT-A-AAAAGCCCATTTATAGTCAC
* * *
1898 CCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGA-GTTAAG
187 CCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * ** * ** * *
1961 ATTGACTTGTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATTATTTGCCTTGGGAAACGTGA
251 -TTGAATT-TTTTATTTTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCAGCCGTGAAAAACATAA
* * * * *
2026 AGAAAAACCCATTCATTTGCAAGAAATGCCCATTTATAGTTACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
314 AGAAAAACCCATTCATTAGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
2091 ACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGT
379 ACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTACATTTTTAGT
* * * * * *
2156 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-AAAAAAAGTGAAGAAAAAGTCATTCACTGACAAC
444 TAAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTTGAAAAAAA-TGAAGAAAAAGCCATTCACTAACAAC
* *
2220 AAAATCCCATTTATAGTTACCTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAA
1 AAAATCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGC-TTATTACT-GCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
2285 TCTCATAAGTGATTTTAAATTGAAATTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGATTACAATTGAATGT
64 TCTCATAATTGATTTTAAATTG-AATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * *
2349 TTGCTTTGAAAAATGTGAAGAAAAACCTATTCATTGATAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAT
128 TTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACCTATTCATTGAT-A-AAAAGCCCATTTATAGTCACCCAT
* * * *
2414 ACCTTCGAAAGCCTTATTACTCAATTTTAATGATTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
191 ACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* *
2479 TATTTTTACTTTTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCAGCCGTGAAAAACATAAAGAAA
256 T-TTTTTA-TTTTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCAGCCGTGAAAAACATAAAGAAA
* * * * * *
2544 AAGCCATTCATTAGTAACAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACTGG
319 AACCCATTCATTAGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
* * *
2608 CTTTTAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTACATTTTTCGTTAAAA
384 CTTTAAATGGCTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTACATTTTTAGTTAAAA
* ** * * *
2673 CAAATTGTAATTAAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAG
449 CAAATTATAATTAAATGTCTACCTTGAAAAAAATGAAGAAAAAGCCATTCACTAACAAC
* * * **
2732 AAAAGT-CCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGACTCATTACTGACTTTAAATTATTTTTAT
1 AAAA-TCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAG-CTTATTACTG-CTTTAAA-TGGTTTTAT
* * * * *
2796 AATCTCATAATTAATTTTAACTTGAATGTTCTTACATTTTTTA-TTAAAATATATTATAATTGAA
62 AATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAT-TTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
* * * * * *
2860 TGTCTACCTTGGGAAACGTGAAGCAAAA-GTCATCCATTAGCATAAAAAGCCCACTTATAGTCAC
125 TGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACCT-ATTCATT-G-ATAAAAAGCCCATTTATAGTCAC
* * * *
2924 TCA-AGCATTTGAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
187 CCATA-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
*
2988 TTGAATTTTTTTATATTTTTTGGTTAAAATGAATTATAATTGAATGTC
251 TTGAA-TTTTTTAT-TTTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTC
3036 TGTCCTGAAA
Statistics
Matches: 687, Mismatches: 104, Indels: 49
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
511 9 0.01
512 304 0.44
513 194 0.28
514 170 0.25
515 8 0.01
516 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (507 bp):
AAAATCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCTTATTACTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTA
CCTTGAGAAACGTGAAGAAAAACCTATTCATTGATAAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATACCTT
TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
TATTTTTTTGGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCAGCCGTGAAAAACATAAAGAAAAACCCAT
TCATTAGCAACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
TGGCTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTA
TAATTAAATGTCTACCTTGAAAAAAATGAAGAAAAAGCCATTCACTAACAAC
Done.