Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401934.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5034.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3426
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.09, T:0.33
Warning! 535 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:298 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1294 Score: 809
Period size: 171 Copynumber: 7.6 Consensus size: 170
* * * * * *
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATACTTTTTTAATCTCATAATTAGTTTAAAGTTGAAGTTTTTTATA-
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTAAACTGTTTTACAT
* *
65 TTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGTAACAG-GAAGAAAA-AGATATCCA
66 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAAC-GTGAAGAAAATA-ATATCCA
128 TTGACAAGAATAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAG
129 TTGACAAGAA-AGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAG
* * ********** *
171 CCTTATGACTCGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATNNNNNNNNNNTTGAACTGTTTTACAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTAAACTGTTTTACAT
* * * *
236 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAACGTCTGCCACAAAAAACGTGGAGAAAATAATATCCATT
66 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAATAATATCCATT
* * *
301 GGCAAGAGAAGTCCATTTATTA-T-AACTCATG-TTTTCGAAAG
131 GACAAGA-AAGTCCATTTA-TAGTCACCT-ATGCCTTT-GAAAG
* ** * * *
342 CCTTATTACTCGATTCGAATAGTTTTTTAATCTCCTAATTAGTTTTAAGTTAAACTTTTTTATAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTAAACTGTTTTACAT
* * * * * * * * *
407 TTATTATTAAAACAGATTATTATTGTATGTTTACCTCGAGAAATGTGAAAAAAATGATATCCATT
66 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAATAATATCCATT
* * * *
472 -AGCTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
131 GA-CAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAG
** ********** * *
513 CCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTAGTTTNNNNNNNNNNTTTTTTATAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTAAACTGTTTTACAT
* * * *
578 TTGTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAATGTGAAGAAAA-AGATATCCAC
66 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAATA-ATATCCAT
* * * * *
642 TGGCAAGAAAAGTCCATTTGTACTAACCTATGCCTTCGAAAG
130 TGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAG
* * * * * * * * * * *
684 CCTTATTACTCACTTCAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTGGTTTTAATTTAAATTTTTTTATAA
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTAAACTGTTTTACAT
* * * * * ** *
749 TTTATATTAAAACAGATTATGATTGAATTTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA-AGATATCCAT
66 TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAATA-ATATCCAT
********* * * * *
813 TNNNNNNNNNNGTTCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCAATAA
130 T-GACAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAA-AG
* * * * * * * * *
855 CCTTATTACTTGCTTTAAA-AGATTTTATAACCTTATAATT-GATTTTAATTTGAATTTTTTTAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTTTAATCTCATAATTAG-TTTTAAGTTAAACTGTTTTAC
* * * * * * *
918 ATTTTCTA-TAAAAAAAATTATAATTGAATATTTGACTCAAGAAACGTTAAGAAAA-AGATATCC
64 ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAATA-ATATCC
*
981 ATTGGCAAGAAAAGTCCA-TT-TA-T-A-C-ATGCCTTTGAAAG
128 ATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAG
********** * * * *
1019 CCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTAGTTTAAAGTTGACCT-TTTTATAT
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTAAACTGTTTTACAT
* * *
1083 TTGTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGGAAA-GTGAAGAAAA-AGATATCC
66 TT-TTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAA-GAAACGTGAAGAAAATA-ATATCC
* * * * * *
1146 GTTGGCAACAATAGTCCATTTATAGTTTACCTATACCTTCGAAAG
128 ATTGACAAGAA-AGTCCATTTATAG-TCACCTATGCCTTTGAAAG
* * **********
1191 CCTTA-TATCTCGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTCATAATTGGTTTNNNNNNNNNNTGTTTTACA
1 CCTTATTA-CTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTAAACTGTTTTACA
*
1255 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA
65 TTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAA
1295 AAAATATAAA
Statistics
Matches: 860, Mismatches: 229, Indels: 68
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 10 0.01
164 48 0.06
165 61 0.07
166 7 0.01
167 3 0.00
168 2 0.00
169 3 0.00
170 115 0.13
171 515 0.60
172 87 0.10
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTAAACTGTTTTACAT
TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAATAATATCCATT
GACAAGAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAG
Found at i:640 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 1--1298 Score: 939
Period size: 342 Copynumber: 3.8 Consensus size: 337
* * * * * *
1 CCTTATTACTCGCTTTAAATACTTTTTTAATCTCATAATTAGTTTAAAGTTGAAGTTTTTTATAT
1 CCTTATTACTCGATTCAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTAAACTTTTTTATAT
* * * *
66 TT-TTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGTAACAG-GAAGAAAAAGATATCCAT
66 TTATTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAG-AA-AGTGAAGAAAAAGATATCCAT
* * * * *
129 TGACAAGAATAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATGACTCGCTTTAAATGGT
129 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATAGT
****** *
194 TTTTTAATCTCATAATNNNNNNNNNNTTGAACTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAAT
194 TTTTTAATCTCATAAT----TAGTTTTTGAACTGTTTTACATTTGTTATTAAAACAGATTATAAT
* * * *
259 TGAACGTCTGCCACAAAAAACGTGGAGAAAATAATATCCATTGGCAAGAGAAGTCCATTTATTA-
255 TGAACGTCTGCCACAAAAAACGTGAAGAAAATAATATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTT-GTAC
**
323 TAA-CTCATGTTTTCGAAAG
319 TAACCT-ATGCCTTCGAAAG
* *
342 CCTTATTACTCGATTCGAATAGTTTTTTAATCTCCTAATTAGTTTTAAGTTAAACTTTTTTATAT
1 CCTTATTACTCGATTCAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTAAACTTTTTTATAT
* *
407 TTATTATTAAAACAGATTATTATTGTATGTTTACCTCGAGAAATGTGAA-AAAAATGATATCCAT
66 TTATTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAA-GTGAAGAAAAA-GATATCCAT
* * * *
471 T-AGCTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAG
129 TGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATAG
****** * *
535 TTTTTTAATCTCATAATTAGTTTNNNNNNNNNNTTTTTTATATTTGTTATTAAAACAGATTATAA
193 TTTTTTAATCTCATAATTAGTTT----TTGAACTGTTTTACATTTGTTATTAAAACAGATTATAA
* * ** *
600 TTGAATGTCTGCCTCAGGAAATGTGAAGAAAA-AGATATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTA
254 TTGAACGTCTGCCACAAAAAACGTGAAGAAAATA-ATATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTA
664 CTAACCTATGCCTTCGAAAG
318 CTAACCTATGCCTTCGAAAG
* * * * * *
684 CCTTATTACTC-ACTTCAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTGGTTTTAATTTAAATTTTTTTATA
1 CCTTATTACTCGA-TTCAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTAAACTTTTTTAT-
* * * *
748 ATTTA-TATTAAAACAGATTATGATTGAATTTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATCCA
64 ATTTATTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAA-GTGAAGAAAAAGATATCCA
********** * * * **
812 TTNNNNNNNNNNGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AATAACCTTATTACTTGCTTTAAA-A
128 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA-AGCCTTATGACTCACTTTAAATA
* * * * * * * * *
875 GATTTTATAACCTTATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTATATTT-TCTA-TAAAAAAAATTA
192 G-TTTTTTAATCTCATAATT-A-GTT--TTTGAACTGTTTTACATTTGT-TATTAAAACAGATTA
** * * * * * *
938 TAATTGAATATTTGACTCAAGAAACGTTAAGAAAA-AGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TT
251 TAATTGAACGTCTGCCACAAAAAACGTGAAGAAAATA-ATATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTT
*
1001 -TA-T-A-C-ATGCCTTTGAAAG
315 GTACTAACCTATGCCTTCGAAAG
* * ********** * * *
1019 CCTTATTACTCGCTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTAGTTTAAAGTT-GACCTTTTTATAT
1 CCTTATTACTCGATTCAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTAAACTTTTTTATAT
* * * * * *
1083 TTGTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGGAAAGTGAAGAAAAAGATATCCGT
66 TT-ATTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGA-GAAAGTGAAGAAAAAGATATCCAT
* * * * * * * *
1148 TGGCAACAATAGTCCATTTATAGTTTACCTATACCTTCGAAAGCCTTAT-ATCTCGCTTTAAATG
129 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATGA-CTCACTTTAAATA
* ****** *
1212 GTTTTTTAATCTCATAATTGGTTTNNNNNNNNNNTGTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATTATA
192 GTTTTTTAATCTCATAATTAGTTT----TTGAACTGTTTTACATTTGTTATTAAAACAGATTATA
* * *
1277 ATTGAATGTCTACCTCAAAAAA
253 ATTGAACGTCTGCCACAAAAAA
1299 TATAAAGAAA
Statistics
Matches: 759, Mismatches: 161, Indels: 78
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
332 1 0.00
333 4 0.01
334 10 0.01
335 105 0.14
336 60 0.08
337 34 0.04
338 1 0.00
339 2 0.00
340 3 0.00
341 141 0.19
342 382 0.50
343 13 0.02
344 2 0.00
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
CCTTATTACTCGATTCAAATAGTTTTTTAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTAAACTTTTTTATAT
TTATTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAAGTGAAGAAAAAGATATCCATTG
ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATGACTCACTTTAAATAGTTT
TTTAATCTCATAATTAGTTTTTGAACTGTTTTACATTTGTTATTAAAACAGATTATAATTGAACG
TCTGCCACAAAAAACGTGAAGAAAATAATATCCACTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTACTAACCTA
TGCCTTCGAAAG
Found at i:2638 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1760--2799 Score: 918
Period size: 171 Copynumber: 6.1 Consensus size: 169
1750 NNNNNNNNNN
* *
1760 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAATT-AAGTTTTTTTATATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAATTTGAA--TTTTTTATATTT
* * * * * * * ** * *
1824 TTATTAAAATAAATTATTATTCAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACATATCGATTGGT
64 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAATGATATCCATTGGC
* * * *
1889 AAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCGGAAGCCT
129 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * * * * *
1930 TATTACTCACTTTAAATGCTCTTT-TAATCTCATAATTAGTTTTAACTTGAACTTTTTCATATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGAT-TTTATAACCTCATAATTAATTTTAATTTGAA-TTTTTTATATTT
* *
1994 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAATCGTAAAGAAAATGATATCCATTGG
64 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA-CGTAAAGAAAATGATATCCATTGG
* * * **********
2059 CAACAGAAGTCCATTTATAATCACCCATNNNNNNNNNNGCCT
128 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* *
2101 TATTACTCGGTTTAAATGACTTTATAACCTCATAATTAATTTTAATTTGAATTTTTTTATAATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAATTTGAA-TTTTTTAT-ATTT
********** * * *
2166 TTATTAANNNNNNNNNNAATTGAATGTCTACCTCTAGAAACGTGAAGAAAATGATATCCATTCGC
64 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAATGATATCCATTGGC
* *
2231 AAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCCTTAGAAAGCCT
129 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
********** * * *
2272 TATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTTAATTTTTTTTATTTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAATTTGAA--TTTTTTATATTT
* * *
2337 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACGTAAAGAAAATGATATCCATTGAC
64 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAATGATATCCATTGGC
* * *
2402 AAGACAAGTCCATTGATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT
129 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
**********
2443 TATTACTCGNNNNNNNNNNTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAATTTGAATTATTTTATAATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAATTTGAATT-TTTTAT-ATTT
*
2508 TTATTAAAACAGATTATAATTGAAT-TCTACCTTAAGAAACGTAAAGAAAATGATATCCATTGGC
64 TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAATGATATCCATTGGC
* **************
2572 AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCNNNNNNNNNNNNNNCT
129 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
* * * *
2613 TATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTAAATCTTTTTATTTTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAATTTGAAT-TTTTTATATTTT
* * * *** * *
2678 TATGAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAGGAAACACGAAGAAAAAGATATTCATTGGCA
65 TATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAATGATATCCATTGGCA
* *
2743 AGAAAA-TCCATTTATAGTCATCCATACCTTCGAAAGCCT
130 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
2782 TATTACTCGCTTTAAATG
1 TATTACTCGCTTTAAATG
2800 GTTNNNNNNN
Statistics
Matches: 691, Mismatches: 169, Indels: 21
0.78 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
169 63 0.09
170 237 0.34
171 351 0.51
172 40 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTAATTTTAATTTGAATTTTTTATATTTTT
ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAATGATATCCATTGGCAA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT
Found at i:3381 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3012--3424 Score: 463
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
3002 NNNNNNNNNN
* * * *
3012 AAAAAGATATTCATTGGCAAGAATAGTCCATTTATAGTCATCCACTTCTTCAAAAGTCTTATTAC
1 AAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCA-TGCTTCAAAAGTCTTATTAC
* * *
3077 TCGCTTAAAATAATTTTATATCCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTAAATTTTTTATTA
65 TCGCTTAAAATAATTTTATATCCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATGTATTATTA
3142 AAACAAATTATAATTAAATGCTTACCTCAAGAAACGTGAAG
130 AAACAAATTATAATTAAATGCTTACCTCAAGAAACGTGAAG
********** * * *
3183 AAAAAGATANNNNNNNNNNAGAAAAGTCCATTTATACTCACCCATGCTTGCGAAAGTCTTATTAC
1 AAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCTT-CAAAAGTCTTATTAC
* * *
3248 TCGCCTT-AAATAGTTTTTTAAT-CTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATGTATTA
65 TCG-CTTAAAATAATTTTAT-ATCCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATGTATTA
* ** * * *
3310 TTAAAACATATTATAATTGTATGTTTACGTCGAGAAACGTGAAG
127 TTAAAACAAATTATAATTAAATGCTTACCTCAAGAAACGTGAAG
* *
3354 AAAAAGATATCCATTAGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
1 AAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATG-CTTCAAAAGTCTTATTAC
*
3419 TTGCTT
65 TCGCTT
3425 TA
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 43, Indels: 11
0.78 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.04
171 178 0.92
172 8 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCTTCAAAAGTCTTATTACT
CGCTTAAAATAATTTTATATCCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATGTATTATTAA
AACAAATTATAATTAAATGCTTACCTCAAGAAACGTGAAG
Done.