Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401937.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5037.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 941
Length: 1569
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Found at i:790 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 247--1569 Score: 1211
Period size: 170 Copynumber: 7.8 Consensus size: 171
237 TCTTCCCTCA
* * * * *
247 AAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATGTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
* *** * * * *
312 ACATTTTTTGCCAAAACA-AGTTATAATTGAATGTCTCCCTCG-GAAAATGTGAAGAAAAATATA
66 ATATTTTTTATTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGATA
* *
375 TTCATTCA-CAAGAAAAG-TCTATTTATAGTCACC-ATACCTTCA
129 TTCATT-AGTAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTATACCTTCG
* * * *
417 AAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTGTAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * *
482 -TCTTTTTTTGTTAAAATAGATTATGATTAAATGTTTACCTTAAGAAATGTGAA-AAAAA-ACTA
66 AT-ATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGA-TA
* * *
544 TTCATTGGTAAGAAAAGTT-ATTTTATAGTCACCCACACCTTCG
129 TTCATTAGTAAGAAAAGTTCA-TTTATAGTCACCTATACCTTCG
* ** * *
587 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTGA-TTTGAAGCTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
651 TATATTTTTTATTAAAATAGATTATAAATGAATGTTTACCTCGAGAGACGTGAAGAAAAAGTTAT
65 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
* * *
716 TCATTAGTAATAAAAGTTCATCTATAGTCACCTATACTTTTC-
130 TCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATAC-CTTCG
* ** * *
758 AAAGACTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATATTATAATTGACTTTAAGTTG-ATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * * *
822 ATATTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTTAATGTCAACC-TCAGTAGACGTGAAGAAAAAGATAT
66 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACGTGAAGAAAAAGATAT
* * * * * **
886 TTATT-GACAAGAAAAGTCCATTTTTAGTCACCCATATTTTCG
130 TCATTAG-TAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATACCTTCG
* * * *
928 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTTATAATTGACTTTAACTTGAAGTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * * * ** * **
993 ACA-TTTGTAGTTAAAACAGATAACAGTTGAATTTCTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT
66 ATATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
* * *
1057 TCATT-GATAAGAAAAG-CCTATTTACAGTCACC-AAAGCCTTCG
130 TCATTAG-TAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCTATA-CCTTCG
* * ** * * *
1099 GAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATT-AATTTGAAGTTAAATATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTT
* * * *** *
1163 TATATTTTTTATTAAAATAAATTATAATT-CATGTCTACCTTGAGAAACACAAAGACAAAGATAT
65 TATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
* * * *
1227 TCATTGGGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCC
130 TCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATACCTTCG
* * *
1269 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGACTCTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
** *** * *
1333 -TATTTTTGGTTAAATTTGATTAT-ATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATT
66 ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATT
* * * * *
1396 CACTAGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCTAT-CCCTCA
131 CATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATACCTTCG
* *
1436 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTTATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * * *
1501 ACATTTGTTATCAAAACA-AGTTATAATTGAATGTCTAGCTTGGGAAACGTGAAGAAAAACATAT
66 ATATTTTTTATTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
1565 TCATT
130 TCATT
Statistics
Matches: 940, Mismatches: 179, Indels: 68
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 30 0.03
168 118 0.13
169 86 0.09
170 463 0.49
171 229 0.24
172 14 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT
ATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGATATT
CATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATACCTTCG
Found at i:950 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 247--1569 Score: 1231
Period size: 341 Copynumber: 3.9 Consensus size: 340
237 TCTTCCCTCA
* * * * *
247 AAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTAAATGTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCTGAATTTTTTT
*** *
312 ACATTTTTTGCCAAAACA-AGTTATAATTGAATGTCTCCCTCG-GAAA-ATGTGAAGAAAAA-TA
66 ACATTTTTTATTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACA--TGAAGAAAAAGT-
* * *
373 TATTCATTCA-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCATACCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTT
127 TATTCATT-AGTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * *
437 AAATGATTTTGTAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTT-TCTTTTTTTGTTAAAATAG
191 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTTGTTAAAATAG
* * * * * *
501 ATTATGATTAAATGTTTACCTTAAGAAATGTGAA-AAAAA-ACTATTCATTGGTAAGAAAAGTTA
255 ATTATAATTTAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGA-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCA
*
564 TTTTATAGTCACCCACACCTTCG
319 TTTT-TAGTCACCCATACCTTCG
* * *
587 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-AATTTTATAATCTTATAATTGA-TTTGAAGCTGAATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGA-TTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGCTGAATTTTT
* * * * * *
650 TTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAAATGAATGTTTACCTCGAGAGACGTGAAGAAAAAGTTA
64 TTACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTTA
* * * * * *
715 TTCATTAGTAATAAAAG-TTCATCTATAGTCACCTATACTTTTC-AAAGACTTATTACTCATTTT
129 TTCATTAGTAAGAAAAGCCT-ATTTATAGTCACC-ATAC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * *
778 AAATGGTTTTATAATATTATAATTGACTTTAAGTTG-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGA
191 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGA
* * * * * *
842 TTACAATTTAATGTCAACC-TCAGTAGACGTGAAGAAAAAGATATTTATTGACAAGAAAAGTCCA
256 TTATAATTTAATGTCTACCTTAAG-AAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGT-CA
**
906 TTTTTAGTCACCCATATTTTCG
319 TTTTTAGTCACCCATACCTTCG
* *
928 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTTATAATTGACTTTAA-CTTGAAGTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGC-TGAATTTTTT
* * * * * * ** **
992 TACA-TTTGTAGTTAAAACAGATAACAGTTGAATTTCTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAAGGCA
65 TACATTTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTTA
* * ** *
1056 TTCATT-GATAAGAAAAGCCTATTTACAGTCACCAAAGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCTCTTTA
129 TTCATTAG-TAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
** * * * * *
1120 AATATTTTTATAATCTCATAATT-AATTTGAAGTTAAATATTTTTATATTTTTTATTAAAATAAA
192 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGA
* * *** * *
1184 TTATAA-TTCATGTCTACCTTGAGAAACACAAAGACAAAGATATTCATTGGGAAGAAAAGTTCAT
256 TTATAATTTAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG-TCAT
* * * *
1248 TTATAGTCACCTATGCCTTCC
320 TTTTAGTCACCCATACCTTCG
* * * *
1269 AAAGCCTAATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGACTCTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCTGAAT-TTTTT
** *** * * *
1333 T--ATTTTTGGTTAAATTTGATTAT-ATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATAT
65 TACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTTAT
* * * *
1395 TCACTAGTAAGAAAAGTCC-ATTTATACTCACC-TATCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
130 TCATTAGTAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* * * * * * *
1458 ATGGATTTATAATCTTATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTTATCAAAACA-AGT
193 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGA-T
* * ** *
1522 TATAATTGAATGTCTAGCTTGGGAAACGTGAAGAAAAACATATTCATT
257 TATAATTTAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATT
Statistics
Matches: 791, Mismatches: 157, Indels: 72
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
336 1 0.00
337 76 0.10
338 92 0.12
339 22 0.03
340 211 0.27
341 343 0.43
342 46 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGATTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGCTGAATTTTTTT
ACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTTATT
CATTAGTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
GTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATA
ATTTAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCATTTTTAG
TCACCCATACCTTCG
Done.