Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397300.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_505.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 267416
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.12, T:0.30
Warning! 34454 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 2
Found at i:463 original size:172 final size:167
Alignment explanation
Indices: 1--789 Score: 660
Period size: 172 Copynumber: 4.6 Consensus size: 167
** * * * ** *
1 AAAAAAAATTCAATTTAAAACCATTTAAAAAAG-TATAAATTCACTTAAAGAGAGTAACGTGGCT
1 AAAAAAAA-TCAATTTAAAATTAGTT-AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAA-AAGACT
** * * * * *
65 TTCGAAGGAATAAGCAAATATAAGCGGACTTTTCTTGTCAAAGGATGACTTTTT-CTTCACGTTT
63 TTTAAAGGCATGAGCGACTATAA-TGGACTTTTCTTGTCAAAGGATGA-TTTTTGCTTCACGTTT
* * *
129 CTCAATGAAAACATCAAATTATCATCTATTTTAACTAAAAAT
126 CTCAATGTAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACCAAAAAT
* * * * *
171 GAAAAGAAAATCAATTTAAAATTAGTTAAAAAGTTATAAATTCACCTCAAGCGAGCAACAAGGCT
1 -AAAA-AAAATCAATTTAAAATTAGTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAA-AAGACT
* * * * *
236 TTCAAAGGTATGAGCGA-TAATAATAGACTTTTTTTGTCAATGGATGATTTTTTGCTTCACGTTT
63 TTTAAAGGCATGAGCGACT-ATAATGGACTTTTCTTGTCAAAGGATGA-TTTTTGCTTCACGTTT
* *
300 CTCAATGTAAACATCAATTTATGATCTGTTTTAACCAAAAAT
126 CTCAATGTAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACCAAAAAT
* *
342 GAAGAAAAAATTTAATTTAAAATTAGTTAAAAATTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAAAATGAC
1 -AA-AAAAAA-TCAATTTAAAATTAGTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAAAA-GAC
* * * * ** *
407 TTTTGAAGGCATGAACAACTATACATGGACTTTTCTTATCAATTGATGGA-TTTTGCTAT-ATGT
62 TTTTAAAGGCATGAGCGACTATA-ATGGACTTTTCTTGTCAAAGGAT-GATTTTTGCT-TCACGT
* * * * * * *
470 TTCCCAATGCAAATATCAATTTTTGGTCTGTTTTAACCAAAAAT
124 TTCTCAATGTAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACCAAAAAT
* * * *
514 AAAAAAAATCAATTAAAAATTAGATAAAAAGTTATAAATCCACATAAAGCAAGTAACAA-AGCTT
1 AAAAAAAATCAATTTAAAATTAGTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAA-AAGA-CTT
* * * * * *
578 TTAAAGGCATGAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAAAGGA-CAGCTTTTACTTCATGTTT-
64 TTAAAGGCATGAGCGACTAT-AATGGACTTTTCTTGTCAAAGGATGA-TTTTTGCTTCACGTTTC
* * * *
641 TCTAATGTAAACATCAAATTATAATCCATTATAACAAAAATAT
127 TC-AATGTAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACCAAAA-AT
* * * * *
684 AAAACAAAAGTCAATTTAAAATCATTTTAAAAGTTATAAATCCATTTAAAACGAG-AAAAGAGGC
1 AAAA-AAAA-TCAATTTAAAATTAGTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAAAAGA--C
* *
748 TTCTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
62 TTTTAAAGGCATGAGCGACTAT-AATGGACTTTTCTTGTCAA
790 GGTATAAGTG
Statistics
Matches: 512, Mismatches: 83, Indels: 45
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 3 0.01
169 120 0.23
170 49 0.10
171 125 0.24
172 191 0.37
173 21 0.04
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.13, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (167 bp):
AAAAAAAATCAATTTAAAATTAGTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAAAAGACTTTT
AAAGGCATGAGCGACTATAATGGACTTTTCTTGTCAAAGGATGATTTTTGCTTCACGTTTCTCAA
TGTAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACCAAAAAT
Found at i:702 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 157--789 Score: 760
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 342
147 TTATCATCTA
* * * * * *
157 TTTTAACTAAAAATGAAAAGAAAATCAATTTAAAATTAGTTAAAAAGTTATAAATTCACCTCAAG
1 TTTTAACCAAAAATGAAAAGAAAATCAATTAAAAATTAGATAAAAAGTTATAAATCCACATAAAG
* * * * * * * **
222 CGAGCAACAAGGCTTTCAAAGGTATGAGCGATAATAATAGACTTTTTTTGTCAATGGATGATTTT
66 CAAGCAACAAAGCTTTCAAAGGCATGAGCGATAATAATAGACTTTTCTTATCAAAGGATCAGCTT
* * * ** * *
287 TTGCTTCACGTTTCTCAATGTAAACATCAATTTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGAAGAAAAAA
131 TTACTTCACGTTTCTCAATGTAAACATCAAATTATAATCCATTATAACCAAAAATGAAAAAAAAA
* * * * * * *
352 TTTAATTTAAAATTAGTTAAAAATTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAAAATGA-CTTTTGAAGG
196 GTCAATTTAAAATCAGTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAACGAG-AAAA-GAGCTTCTAAAGG
*
416 CATGAACAACTATACATGGACTTTTCTTATCAATTGATGGATTTTGCTATATGTTTCCCAATGCA
259 CATGAACAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATTGATGGATTTTGCTATATGTTTCCCAATGCA
481 AATATCAATTTTTGGTCTG
324 AATATCAATTTTTGGTCTG
500 TTTTAACCAAAAAT-AAAA-AAAATCAATTAAAAATTAGATAAAAAGTTATAAATCCACATAAAG
1 TTTTAACCAAAAATGAAAAGAAAATCAATTAAAAATTAGATAAAAAGTTATAAATCCACATAAAG
* * * *
563 CAAGTAACAAAGCTTTTAAAGGCATGAGCGACT-ATAAATGGACTTTTCTTATTAAAGGA-CAGC
66 CAAGCAACAAAGCTTTCAAAGGCATGAGCGA-TAAT-AATAGACTTTTCTTATCAAAGGATCAGC
*
626 TTTTACTTCATGTTT-TCTAATGTAAACATCAAATTATAATCCATTATAA-CAAAAAT-ATAAAA
129 TTTTACTTCACGTTTCTC-AATGTAAACATCAAATTATAATCCATTATAACCAAAAATGA-AAAA
* * *
688 CAAAAGTCAATTTAAAATCATTTTAAAAGTTATAAATCCATTTAAAACGAGAAAAGAGGCTTCTA
192 -AAAAGTCAATTTAAAATCAGTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAACGAGAAAAGA-GCTTCTA
*** *
753 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
255 AAGGCATGAACAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAA
790 GGTATAAGTG
Statistics
Matches: 241, Mismatches: 42, Indels: 16
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.01
340 16 0.07
341 186 0.77
342 23 0.10
343 13 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.13, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (342 bp):
TTTTAACCAAAAATGAAAAGAAAATCAATTAAAAATTAGATAAAAAGTTATAAATCCACATAAAG
CAAGCAACAAAGCTTTCAAAGGCATGAGCGATAATAATAGACTTTTCTTATCAAAGGATCAGCTT
TTACTTCACGTTTCTCAATGTAAACATCAAATTATAATCCATTATAACCAAAAATGAAAAAAAAA
GTCAATTTAAAATCAGTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAACGAGAAAAGAGCTTCTAAAGGCA
TGAACAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATTGATGGATTTTGCTATATGTTTCCCAATGCAAA
TATCAATTTTTGGTCTG
Found at i:2309 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1955--2365 Score: 436
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
1945 NNNNNNAAGC
* * * ** * * *
1955 CTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAACTTTAATTTTTTTTATA
1 CTTACTACTCACTTTAAATGA-TTTTAGAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTGTA
* * * *** *
2019 TTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAAAAACGTGAAGGGAAAGCCATTCAT
63 TTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCAAAAAACATGAAAAAAAACCCATTCAT
* *
2084 TGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCATTCCTTCATAAAT
128 TGACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACTCATTCCTTCATAAAT
* * * *
2127 CTTACTACTCACTTTAATTGGTTTTGGAATATCATAATTGATTATAAGTTGAATGTTTTTGTATT
1 CTTACTACTCACTTTAAATGATTTTAGAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTGTATT
* *
2192 TTTGGTTAAAACCA-ATTATAATTGAATGTTTATCTCAGAAAACATGAAAAAAAACCCATTCATT
65 TTTGGTTAAAA-CATATTATAATTGAATGTTTACCTCAAAAAACATGAAAAAAAACCCATTCATT
* *
2256 GACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-C-TTACCTTTCGA-AAGT
129 GACAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACTCATT-CC-TTC-ATAAAT
* * * * *
2298 CTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATGTCACAATTGATTTTAAGTTGTATTTTTTGTACTT
1 CTTACTACTCACTTTAAATGATTTTAGAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGTA-TT
2363 TTT
65 TTT
2366 TTATTNNNNN
Statistics
Matches: 198, Mismatches: 34, Indels: 15
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 12 0.06
171 140 0.71
172 44 0.22
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (170 bp):
CTTACTACTCACTTTAAATGATTTTAGAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGTATTT
TTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTCAAAAAACATGAAAAAAAACCCATTCATTGA
CAAGAAAAGCCCAATTATAGTCACTCATTCCTTCATAAAT
Found at i:2910 original size:172 final size:173
Alignment explanation
Indices: 2412--3404 Score: 784
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 173
2402 TCAGGCCTTC
* * * **
2412 CAAAA-CCTTATTTCTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAAGTGT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGT
* * * * * * * *
2475 CTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAAACATGGAGCAAAAGT
66 TTTACATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGC
* ** * * * **
2539 CACTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTACAGTCACCTAT-TCCCT
130 CATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGTCGTT
* ** * ** * *
2582 CTAAAGCCTTATCGCTCACTTTAAATGGTTTCGTAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTGT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGT
* * * * * * *
2646 TTTATATTTTTAGTAAAAATAGGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCT
66 TTTACATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
*
2711 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGTC-TT
131 ATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGTCGTT
*
2753 CAAAAG-CTTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTT-AGATT-AATTT
1 CAAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA-TT
* * * * * * * *
2815 TGTTTTACACTTCTGGTGAAAACAGATTATAATTGACTGTCTACCTTGAGAAACGTGAGGAAAAA
63 TGTTTTACATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
* ** * *
2880 GCCATTCATTGATAAGAAAACTTTATTTATAGTCACCCATATC-TT
128 GCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGTCGTT
* * * * * * *
2925 CGAAAGCCTTTTTACTTGCTTTAAATAGCTTTATTATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-T
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGT
********** * * * *
2989 TTTACNNNNNNNNNNAAAACATATTATAATTGAATATCTACCTT-AGAAAACGTGAA-AAAAAGG
66 TTTACATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGC
* *** *
3052 CATTCATTGGA-AAAAACAAGTCCATTTATAGTCGTTTAA-G-CTTT
130 CATTCATT-GATAAGAA-AAGTCCATTTATAGTC-ACCAATGTCGTT
* * * * * *
3096 CAAAAGCCCTATTACTGGCTTTAAATAGTTTTATAACCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT-T
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGT
* * * * * *
3160 GTTACATTTTTTGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTTCCTTAAAAAACATGAAGAAAAA-CC
66 TTTACATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * *
3224 TGTTCATTGCTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCAT-TCGTT
131 -ATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGTCGTT
* * * * * *
3267 CAAAAGCTTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCACAATTGATTTTAAGCTG-ATTTTT
1 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGT
* * * * * * * * * *
3331 TTTATATTTTTAGTTAAAATAGAGTATAATTGAATATCTGCCTCATGAGACATGAAGAAAATGCC
66 TTTACATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
3396 ATTCATTGA
131 ATTCATTGA
3405 CANNNNNNNN
Statistics
Matches: 656, Mismatches: 145, Indels: 43
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 35 0.05
171 456 0.70
172 158 0.24
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (173 bp):
CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGT
TTTACATTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
ATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGTCGTT
Found at i:3848 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3671--4380 Score: 570
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 169
3661 NNNNNNNNNN
* * *
3671 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCTATTTTTGGTTGAAACAGATTATAATTGAATGTTTG
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * * * * *
3736 TCTCAAGAAACATGAAGAAAAACTCGTTCATTAGCAAGAAAAGCCCACTTATAGTCATCCAAGGC
66 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCA-CCAAGCC
* ** *
3801 TTGAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAGATGATTTTATAACCT
129 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCT
* ********** *
3842 CATAATTGATTTTAAGTTGAATGTNNNNNNNNNNTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
* * * ** * **
3907 CCTTCAA-AAACTTCAAG-AAGAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAATTACAGTCACCCATTC
66 CC-TCAAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATT-GTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCA-CCAAGC
* ** *
3970 CCTCAAAAGCCTTATCGCTCACTTTAAATGATTTTGTAACCT
128 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCT
* *
4012 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACT-TTTTTAGTAAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-CTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
** * *
4076 GCCTTGAGAAAAATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATCA-TCACCTAA
65 GCCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-CTCATTCATTG-TAAGAAAAGTCCAATTAT-AGTCACC-AA
* * * * *
4139 GCCTTCAAAAGCCTTACTACTTACTTTAAATTAGTTTTATGATCT
126 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAACCT
* * ** * * *
4184 CATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTACT-GATTAAAATATATTATAATTAAATGTCT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCTATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* *** * * * * * ** *
4248 ACCTTGGGAACCATGAGGCAAAAGTCATCCATTGGT-TTAAAAGTTCCACTTATAGTCACTCAAG
65 GCCTCAAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATT-GTAAGAAAAG-TCCAATTATAGTCAC-CAAG
* * * * * *
4312 CCTTTAAAAGTCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCT
127 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCT
*
4355 CATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
1 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
4381 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 419, Mismatches: 104, Indels: 32
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 130 0.31
171 157 0.37
172 128 0.31
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTCTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTG
CCTCAAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCAAGCCTT
CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCT
Found at i:5799 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4551--6321 Score: 1483
Period size: 171 Copynumber: 10.4 Consensus size: 170
4541 GGTTCTTAAA
* * * ** * * *
4551 GTAGATATTCAATTATAATATATTTTAATCAGTAATGCAAAAGAATTCAAGTTAAAATCAATTAT
1 GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
** * * * * *
4616 GAGATTATAAAACCAATTTAAAGTAAGTAGTAAGGTTTTTGAAGGCTTAGGTGACGATAAATAGA
66 GAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAGGTGACTATAAATAGA
*
4681 CTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAG
130 CTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-TAAG
* *
4723 GCAGACATTCAATTATAATCTAT-TTTTACTAAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
1 GTAGACATTCAATTATAA--TATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * ** * ** * * * *
4786 ATAAGGTTACAAAACCATTTAAAGTGAGCGATAAGACTTTTGAGGGAATTGGTGACTATAATTGG
64 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAGGTGACTATAAATAG
* * * * *
4851 ACTTTTCTTATCAATGAAT-GCCTTTTCTTGACGTTTTTAAG
129 ACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTAAG
*
4892 CTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
1 GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * * *
4955 TGAGGTTATAAAACCATCTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-CAAGCCTTGGGTGACTATAAGTGG
65 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-CATAGGTGACTATAAATAG
* * * *
5019 GCTTTTCTTG-CTAATAAACGAG-TTTTTCTTCACGTTTCTTAAG
129 ACTTTTCTTGTC-AATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTC-TAAG
** * * * ** * * *
5062 ACAAACATTCAATTATAATCTGTTTCAACCAAAAATGGAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTAT
1 GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
5127 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTGCTTG--AG--TA---G-CTATAAATAG
66 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT--TTGAAAGCATAGGTGACTATAAATAG
* * *
5184 ACTTTTCATATCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAG
129 ACTTTTCTTGTCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-AAG
* * ** *
5227 GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAAAATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
1 GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * * * *
5292 GAGATTGTAAAACCATATAAAACGAGTACTAAAGCTTTCGAAGGCATGGGT-AGCTATAGATGGA
66 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAGGTGA-CTATAAATAGA
* * *
5356 TTTTTCTTATCAATGAATGG-TATTTTCTTCATGTTTCATGAG
130 CTTTTCTTGTCAATGAATGGCT-TTTTCTTCATGTTTC-TAAG
* * * * * * *
5398 ATAGACATTCAATTATACTCTGTTTTAACTAAAAATATATAAAAAAAAATCAGCTTAAAATTAAT
1 GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TAAAAA-ATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
5463 TGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTG-AAGTAATGGGTGACTATAAAT
63 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-CATAGGTGACTATAAAT
* * * *
5527 TGACTTTTCTTAGT-AATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTTTTGAG
127 AGACTTTTCTT-GTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTAAG
* * * * * *
5572 GCAGATATTCAATTATAATATTTTTTAACT-AAAAATGTAACAAAATTCATCTTAAAATCAATTT
1 GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * * * * *
5636 TAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCCAATAATAAGACTTTTGAAAGCCTAAGCGACTATATATGGA
65 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAGGTGACTATAAATAGA
* * **
5701 TTTTTTTTGTCAATGAATCCCTTTTT-TTCATGTTTTCTAAG
130 CTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCTAAG
* * *
5742 GTAAATATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTAT
1 GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * * *
5807 GAGATAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTGTAAATAAAG
66 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAGGTGACTATAAATAGAC
* * *
5872 TTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG
131 TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-AAG
* * * * * * * *
5913 ATAGACAATCAATTGTAATCTGTTTTAACT-AGAAGTCTAAAAAAAATT-AACCTAAAATCAATT
1 GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-TAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * *
5976 ATAAAATTGTAAAACTATTTAAA-CTGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGACTATAAATA
64 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAGGTGACTATAAATA
6040 GACTTTTCTTGTCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCCTAAG
128 GACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTAAG
** * ** * *
6083 GTAGACATTCAATTATAACCTGTTTTTACCAAAAATGTAAAATAATTCAACGTAAAATCAATTAT
1 GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* ** * * * * ** * * * * *
6148 GAGGTTACGAAACCATTTAAAGTGAGTGACAAGGCTTTCGAGGGAATGGGTGACTGTAATTGGAC
66 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAGGTGACTATAAATAGAC
* * * *
6213 TTTTCTTGTCAATAAAAGACTTTTGC-TCTATGTTTTCTAAG
131 TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ATG-TTTCTAAG
* * * * *
6254 GTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATAAAAAATGTAAGACAATTTAACTTAAAATCAATTAT
1 GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
6319 GAG
66 GAG
6322 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1290, Mismatches: 255, Indels: 109
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.00
164 3 0.00
165 122 0.09
166 2 0.00
167 6 0.00
168 97 0.08
169 46 0.04
170 320 0.25
171 457 0.35
172 82 0.06
173 20 0.02
174 127 0.10
175 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATAGGTGACTATAAATAGAC
TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTAAG
Found at i:6348 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 4551--6321 Score: 1655
Period size: 341 Copynumber: 5.2 Consensus size: 341
4541 GGTTCTTAAA
* ** * * * *
4551 GTAGATATTCAATTATAATATATTTTAA-TCAGTAATGCAAAAGAATTCAAGTTAAAATCAATTA
1 GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
4615 TGAGATTATAAAACCAATTTAAAGTAAGTAGTAAGGTTTTTGAAGGC-TTAGGTGACGATAAATA
65 TGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATT-GGTGACTATAAATG
* * *
4679 GACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCT
128 GACTTTTCTTGTCAATGAATGGC-TTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * * *
4744 ATTTTTACTAAAAAA-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGGTTACAAAACCATTTAA
192 GTTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* ** * * * * * * *
4808 AGTGAGCGATAAGACTTTTGAGGGAATTGGTGACTATAATTGGACTTTTCTTATCAATGAATGCC
256 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTAGACTTTTCTTGTCAATAAATGAC
* *
4873 TTTT-CTTGACGTTTT-TAAG
321 TTTTGCTTCATGTTTTCTAAG
* * *
4892 CTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * *
4956 GAGGTTATAAAACCATCTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAA-GCCTTGGGTGACTATAAGTGGG
66 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATT-GGTGACTATAAATGGA
* * * * * ** *
5020 CTTTTCTTG-CTAATAAACGAGTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGACAAACATTCAATTATAATCTG
130 CTTTTCTTGTC-AATGAATG-GCTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * *
5084 TTTCAACCAAAAATGGAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
193 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
5149 CGAGTAATAAGGCTTGCTTG-A-G--T---AG-CTATAAATAGACTTTTCATATCAATAGATGGC
258 CGAGTAATAAGGCTT--TTGAAGGAATGGGTGACTATAATTAGACTTTTCTTGTCAATAAATGAC
5206 TTTTGCTTCATG-TTTCTCAAG
321 TTTTGCTTCATGTTTTCT-AAG
* **
5227 GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAAAATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
1 GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
* * ** * * * * *
5291 TGAGATTGTAAAACCATATAAAACGAGTACTAAAGCTTTCGAAGGCATGGGT-AGCTATAGATGG
65 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGA-CTATAAATGG
* * * * * * *
5355 ATTTTTCTTATCAATGAATGGTATTTTCTTCATGTTTCATGAGATAGACATTCAATTATACTCTG
129 ACTTTTCTTGTCAATGAATGG-CTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * *
5420 TTTTAACTAAAAATATATAAAAAAAAATCAGCTTAAAATTAATTGTGAGATTATAAAACCATTTA
193 TTTTAAC-AAAAA-ATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * *
5485 AAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGTAATGGGTGACTATAAATT-GACTTTTCTTAGT-AATGAAT
255 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAT-AATTAGACTTTTCTT-GTCAATAAAT
** * * *
5548 GGGTTTTTCTTCATGTTTTTTGAG
318 GACTTTTGCTTCATGTTTTCTAAG
* * * * * * *
5572 GCAGATATTCAATTATAATATTTTTTAACTAAAAATGTAACAAAATTCATCTTAAAATCAATTTT
1 GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
* * ** * * * * ** * * *
5637 AAGGTTATAAAACCATTTAAAGCCAATAATAAGACTTTTGAAAGCCTAAGCGACTATATATGGAT
66 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGAC
* ** * * * * *
5702 TTTTTTTGTCAATGAATCCCTTTTTTTCATGTTTTCTAAGGTAAATATTCAATTATAATATGTTT
131 TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * *
5767 TAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACTATTTAAAGCAA
196 TAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * *
5832 GTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTGTAAATAAAGTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTT
261 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTAGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTG
*
5897 CTTCACG-TTTCTCAAG
326 CTTCATGTTTTCT-AAG
* * * * * * * * * *
5913 ATAGACAATCAATTGTAATCTGTTTTAACTAGAAGTCTAAAAAAAATTAACCTAAAATCAATTAT
1 GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * *
5978 AAAATTGTAAAACTATTTAAACTGAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGACTATAAATAGAC
66 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGAC
*
6043 TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAACCTGTTT
131 TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * ** *
6108 TTACCAAAAATGTAAAATAATTCAACGTAAAATCAATTATGAGGTTACGAAACCATTTAAAGTGA
196 TAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * * *
6173 GTGACAAGGCTTTCGAGGGAATGGGTGACTGTAATTGGACTTTTCTTGTCAATAAAAGACTTTTG
261 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTAGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTG
6238 C-TCTATGTTTTCTAAG
326 CTTC-ATGTTTTCTAAG
* * *
6254 GTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAAAATGTAAGACAATTTAACTTAAAATCAATTA
1 GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
6318 TGAG
65 TGAG
6322 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1146, Mismatches: 246, Indels: 76
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
333 33 0.03
334 8 0.01
335 36 0.03
336 124 0.11
337 12 0.01
338 11 0.01
339 207 0.18
340 50 0.04
341 452 0.39
342 9 0.01
343 5 0.00
344 40 0.03
345 149 0.13
346 10 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
GTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATTGGTGACTATAAATGGAC
TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
TAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTAGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTG
CTTCATGTTTTCTAAG
Found at i:6951 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6612--7683 Score: 600
Period size: 173 Copynumber: 6.3 Consensus size: 169
6602 NNNNNNNNNN
6612 GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTATTCACT
1 GCCATTCATTGACAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTATTCACT
* * *
6677 TTAAGTGGATTTATAATTTTTTAATTATTTTTAAATTGATTTTTTCTCATTTTTAGTTCAAACGG
65 TTAAGTGAATTTATAACTTTTTAATGATTTTTAAATTGATTTTTTCTCATTTTTAGTTCAAACGG
* * * *
6742 ATCATAATTTGATGTTTGCATTGGCTAATGTGAAGCAAAA
130 ATCATAATTTCATGTTTGCATAGGCAAATATGAAGCAAAA
* * * * *
6782 GTCATTGATTGACAAG-AAAGTCTATTTGTAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTTTTATTCGCT
1 GCCATTCATTGACAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTATTCACT
* *
6846 TTAAGTGAATTTATAACTTTTTAACTGA-TTTTAAATTGATTTTTTTTTTATTTTTAGTT-AAGA
65 TTAAGTGAATTTATAACTTTTTAA-TGATTTTTAAATTGA-TTTTTTCTCATTTTTAGTTCAA-A
* *
6909 TGGATCATAATTTCATGTTTGCACTAGG-AAATATGTAGCAAAA
127 CGGATCATAATTTCATGTTTGCA-TAGGCAAATATGAAGCAAAA
* * * * * ********** *
6952 GCCATCCATTGACAAGCAAACTCAGTTTATAGTCACTGATGCCTTTGNNNNNNNNNNTACTT-GC
1 GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCA-TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTA-TTCAC
* * * * * *
7016 TTTAAGTGGATTTATAACATTTTAAATG-GTTTTAGATTGAAATTTTTT-TCAATTTTTGGTTAA
64 TTTAAGTGAATTTATAAC-TTTTTAATGATTTTTAAATTG--ATTTTTTCTC-ATTTTTAGTTCA
** * * * * * *
7079 AATAGATTATAATTTGATATTTGCATTTGG-AAACA-CAATGCAAAA
125 AACGGATCATAATTTCATGTTTGCA-TAGGCAAATATGAA-GCAAAA
* * * * * * * * ** * *
7124 GCTATCCGTAGATAGGAAAAGTCTAGTTATAATCACAAATGCCTTCAAAAGCCTTGTTATTCATT
1 GCCATTCATTGACAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTATTCACT
* * *
7189 TTAAGTTG-ATTTATAACTTTTTAAATGATTTTT--TTTGA--------CATTTTTGGTTAAAAC
65 TTAAG-TGAATTTATAACTTTTT-AATGATTTTTAAATTGATTTTTTCTCATTTTTAGTTCAAAC
* * * * * *
7243 AGATCAGAATTTAATGTTTGCA-ATGGAAAACATGAAGAAAAA
128 GGATCATAATTTCATGTTTGCATA-GGCAAATATGAAGCAAAA
* * * * * * * * * *
7285 ACAATCCATTGTCAAGAAAACTCTATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCTTTGTTACTCATT
1 GCCATTCATTGACAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTATTCACT
* * * * * * *
7350 TTAACT-AGATTTATAACTGTTCAAGTGA-TTTTAGATTGATTTTTTTTCACATTGTTAGTTAAA
65 TTAAGTGA-ATTTATAACTTTTTAA-TGATTTTTAAATTGA--TTTTTTCTCATTTTTAGTT-CA
* * * * * * *
7413 AACGGATCATAATTTGATGTTTACATCA-GAAAACATAAAGCGAAG
125 AACGGATCATAATTTCATGTTTGCAT-AGGCAAATATGAAGCAAAA
* * * * * *
7458 GCAATCCATTGATAAGAGAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTTGTTACTCAC
1 GCCATTCATTGACAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC-TTGTTATTCAC
* * * ** * *
7523 TTTAAGTGGATTTATAATTTTTTAAAT-AATTTTAAATCAAACTTTTTT-TACATTTTT-TTATA
64 TTTAAGTGAATTTATAACTTTTT-AATGATTTTTAAAT-TGA-TTTTTTCT-CATTTTTAGT-TC
* * * * *
7585 AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGAG-AAATGTGGAGCAAAA
124 AAACGGATCATAATTTCATGTTTGCATAG-GCAAATATGAAGCAAAA
* * * **
7631 GTCA-TCTATTAACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATATCTTCGAAAGCC
1 GCCATTC-ATTGACAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC
7684 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 694, Mismatches: 155, Indels: 103
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
160 9 0.01
161 109 0.16
162 7 0.01
168 1 0.00
169 79 0.11
170 81 0.12
171 70 0.10
172 120 0.17
173 163 0.23
174 51 0.07
175 4 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTATTCACTT
TAAGTGAATTTATAACTTTTTAATGATTTTTAAATTGATTTTTTCTCATTTTTAGTTCAAACGGA
TCATAATTTCATGTTTGCATAGGCAAATATGAAGCAAAA
Found at i:8113 original size:173 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7792--8273 Score: 420
Period size: 173 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
7782 NNTTACTCAT
* * * * * *
7792 TTTAAG-CGGATTTACAACTTTTTAACTGATTTTAAGTTCATTT-TTTTTATTTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAGTCGG-TTTATAACTTTTTAACTAATTTTAAATTGATTTGTTTTCATTTTTGGATAAAAC
* * * * * ** * * ** * *
7855 GGGTCATAATTTGAT-GTTTGCATTAGGAAATGTGAAGCAAAAGGCATTTATTGACAAGAGAAGT
65 AGATCATAATTCGATAG-TTGCATCAAGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGT
* * *
7919 CTATTTATAGTCGCTCATGCCTTCGAAAGCCATGCTT-TTCAC
129 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCATG-TTATTCAC
** * * *
7961 TTTAAGT-GGATTTATGCCTTTTTAAGC-AATTTTAAATTTTATTTTTTTTTACATTTTTGGTTA
1 TTTAAGTCGG-TTTATAACTTTTTAA-CTAATTTTAAA-TTGA-TTTGTTTT-CATTTTTGGATA
** ** * * *
8024 TGATGGATCATAATTCGATGGTTGCATC-GGAAAACATGAAGTCAAAGCCATCCATTAACAAGAA
61 AAACAGATCATAATTCGATAGTTGCATCAAG-AAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTAACAAGAA
* * * *
8088 AAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTATTCGC
125 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCATGTTATTCAC
8134 TTTAAGTCGGTTTATAACTTTTTAACTAATTTTAAATTGATTTGTTTTCATTTTTGGATAAAACA
1 TTTAAGTCGGTTTATAACTTTTTAACTAATTTTAAATTGATTTGTTTTCATTTTTGGATAAAACA
* * * * * * *
8199 TATCATAATTTGATATTTGCATCAAGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTAC
66 GATCATAATTCGATAGTTGCATCAAGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCC
*
8264 ATTTAAAGTC
131 ATTTATAGTC
8274 TCTCATACCA
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 50, Indels: 23
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 28 0.11
170 77 0.31
171 11 0.04
172 12 0.05
173 120 0.48
174 3 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.13, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAGTCGGTTTATAACTTTTTAACTAATTTTAAATTGATTTGTTTTCATTTTTGGATAAAACA
GATCATAATTCGATAGTTGCATCAAGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCATGTTATTCAC
Found at i:13716 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 13319--14983 Score: 1083
Period size: 172 Copynumber: 9.7 Consensus size: 172
13309 NNNNNNNNNT
* * * * *
13319 TCATGCCTTCAAAAACCTTGTTACTCG-CTTTAAGAGGATTTATAACTTATTAAATAATTTTGAA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTGAA
* * * * ** * **
13383 TT-AATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAATATAGATCATAATTTAATGTTTGTAACAAAAATGTGA
66 TTGAA-TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTAATGTTTGCATTAGAAACATGA
** * * *
13447 AG-TGAAGCTATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCAT
130 AGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
13489 TTATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCG-CTTAAAGAGGATTTATAACATTTTAAATGATTTTGAA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTGAA
* * * * **
13553 TTGAATTATTTTTACATTTTTAGTTAATACAGATCATAATTTAATGTCTGCATTTAAAAATGTGA
66 TTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTAATGTTTGCA-TTAGAAACATGA
* *
13618 AGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAGAAGTCCATTTATAGTCAT
130 AGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * *
13661 TCATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGA-TTTAAGTGGATCTATAACCTTTTAAATGAGTTTGAA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTGAA
* * * * * * **
13725 TTCAATTTTTTTTACATTTTCT-GTTAAAACATATCATAATTTGATATTTACACT-G-GGCATGA
66 TTGAATTTTTTTTACATTTT-TAGTTAAAACAGATCATAATTTAATGTTTGCATTAGAAACATGA
* **************** *
13787 AGCAAAAGTCATCCNNNNNNNNNNNNNNNNCATTTATACTCAC
130 AGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * *
13830 TGATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTC-ACTTTAATTGGATTTGTAACTTTTTAAATGATTTTGAA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTGAA
* * * * * **
13894 CTGAATTTCTTTTTATATTTTTAGTAAAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAATGTG
66 TTGAATTT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTAATGTTTGCATTA-GAAACATG
* * **
13959 AAGC-GAAGCAATCCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCAC
129 AAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * * *
14002 TCTTGTCTTTGAAA-CTTTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCAAAAGTGGATTTTTAACT
1 TCATGCCTTCGAAAGC-----CT-T-GTTACTC--GACTT--------TAAGTGGATTTATAACT
* * * ** * * * *
14066 TTTTAATTCACTTAAAATT---TTTTTTTTACATTTTT-G-GACTAACAGATCACAATTTAATAT
49 TTTTAAATGATTTTGAATTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTA-AAACAGATCATAATTTAATGT
* * * *
14126 TTGTATCGAGAAACATGAATCAAAAGCCATCCATTGACAA-AGAAAGTCCA-TTATAGTCGC
113 TTGCAT-TAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * ** * * *
14186 TCATGCTTTTGAAAGTCATGTTACCCG-CTTTAAAAGGATTTATAACATTTAAAATCATTTTGAA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTGAA
* * * * * * * *
14250 TTGAATTGTTTTCACATTTTTGGTTAATATAGATCATAATTTAATATTCGCATTAGGAAACATAA
66 TTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTAATGTTTGCATTA-GAAACATGA
* * *
14315 AGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGACAC
130 AGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * * * ** *
14358 TCATGCCTTCAAAAGGCTAGTTAGTC-ACTTTAAATAGTTTTGTAA-TCTTACAAATGATTTTAA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGACTTTAAGTGGATTTATAACT-TTTTAAATGATTTT-G
* * * * * * * * * *
14421 AATTGAA-TTTCTCT-CAATTTTGGTTAAGATAGATCATAATTTGATGTTTACATCAAAAAACAT
64 AATTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTAATGTTTGCAT-TAGAAACAT
* *
14484 GAAGCAAAAGCCCTCCATTGACTAGAAATA-TCCATTTATAGTCAC
128 GAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCAC
* * *
14529 TCATACCTTCGAAAGCCTTGTTACTC-ACTTTAAGAGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTAGAA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTGAA
* * * * * ** * * *
14593 TTGAA-TTCTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAAATTATAGTTTAACATTTGCATCAAGAAACGTAA
66 TTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTAATGTTTGCAT-TAGAAACATGA
*** * *
14657 AATGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG-CCTAATTGTAGTCAC
130 AGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCAC
* * * * * * *
14700 TTATGCCTTCGAAAGCTTTATTAGT-TACTTTAAATGGATTTATAACTTTTTAAATGATGTTGAA
1 TCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTGAA
* * * * * * * *
14764 ATGAAGTTTTTTTACATTTTCAGTTAAATCAGATCATAATTTATTGTTTGCATCAGGAAATATAA
66 TTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTAATGTTTGCATTA-GAAACATGA
* * *
14829 AGCATAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCGATTTATAGTCAC
130 AGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * *
14872 T-ATTGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTC-ACTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTAATTCACTTTAA
1 TCA-TGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTGA
* * *
14935 ATT--ATTTTTTTTATATTTTTCA-TTAAAACATACCATAATTTAATGTTTG
65 ATTGAATTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATCATAATTTAATGTTTG
14984 TATTGGGAAA
Statistics
Matches: 1141, Mismatches: 296, Indels: 116
0.73 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 26 0.02
168 1 0.00
169 87 0.08
170 202 0.18
171 324 0.28
172 347 0.30
173 15 0.01
175 3 0.00
176 2 0.00
177 1 0.00
178 11 0.01
179 1 0.00
181 3 0.00
183 1 0.00
184 52 0.05
185 35 0.03
186 3 0.00
189 27 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
TCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCGACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTGAA
TTGAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTAATGTTTGCATTAGAAACATGAA
GCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
Found at i:14444 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14109--14924 Score: 681
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 170
14099 TTGGACTAAC
* * * * * *
14109 AGATCACAATTTAATATTTGTATCGAGAAACATGAATCAAAAGCCATCCATTGACAA-AGAAAGT
1 AGATCATAATTTAATATTTGCATCAAGAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGA-AAAGT
* * * * * * * * *
14173 CCA-TTATAGTCGCTCATGCTTTTGAAAGTC-ATGTTACCCGCTTTAAAAGGATTTATAACATTT
65 CTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTA-GTTACTCACTTTAAATGGATTTATAACTTTT
* * * *
14236 AAAATCATTTT-GAATTGAATTGT-TTTCACATTTTTGGTTAATAT
129 TAAATGATTTTAAAATTGAATT-TCTTTCA-A-TTTTAGTTAA-AT
* * *
14280 AGATCATAATTTAATATTCGCATTAGGAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
1 AGATCATAATTTAATATTTGCATCAAGAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * * * **
14345 TATTTATAGACACTCATGCCTTCAAAAGGCTAGTTAGTCACTTTAAATAGTTTTGTAA-TCTTAC
66 TATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGATTTATAACT-TTTT
* *
14409 AAATGATTTTAAAATTGAATTTCTCTCAATTTTGGTTAAGAT
130 AAATGATTTTAAAATTGAATTTCTTTCAATTTTAGTTAA-AT
* * * * * * * *
14451 AGATCATAATTTGATGTTTACATCAAAAAACATGAAGCAAAAGCCCTCCATTGACTAGAAATA-T
1 AGATCATAATTTAATATTTGCATCAAGAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAA-AGT
* * *
14515 CCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGA-GGATTTATAACTTTT
65 CTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAA-ATGGATTTATAACTTTT
* * *
14579 TAAATGA-TTTAGAATTGAA-TTCTTTTACATTTTTAGTTAAAAA
129 TAAATGATTTTAAAATTGAATTTC-TTT-CAATTTTAGTT-AAAT
* * * * * ** *
14622 AAATTATAGTTTAACATTTGCATCAAGAAACGTAAAATGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCC
1 AGATCATAATTTAATATTTGCATCAAGAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * * *
14687 TAATTGTAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCTTTA-TTAGTTACTTTAAATGGATTTATAACTTTTT
66 TATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGC-CTAGTTACTCACTTTAAATGGATTTATAACTTTTT
* * *
14751 AAATGATGTTGAAA-TGAAGTTT-TTTTACATTTTCAGTTAAAT
130 AAATGATTTTAAAATTGAA-TTTCTTTCA-ATTTT-AGTTAAAT
* * * * *
14793 CAGATCATAATTTATTGTTTGCATCAGGAAATATAAAGC-ATAAGCCATCCATTGACAAAAAAAG
1 -AGATCATAATTTAATATTTGCATCAAGAAACATAAAGCGA-AAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
* * * * *
14857 TCGATTTATAGTCACT-ATTGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTAGATTTATAACTTT
64 TCTATTTATAGTCACTCA-TGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGATTTATAACTTT
14921 TTAA
128 TTAA
14925 TTCACTTTAA
Statistics
Matches: 509, Mismatches: 112, Indels: 47
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 16 0.03
171 304 0.60
172 170 0.33
173 16 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AGATCATAATTTAATATTTGCATCAAGAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
TATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGATTTATAACTTTTTA
AATGATTTTAAAATTGAATTTCTTTCAATTTTAGTTAAAT
Found at i:14866 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 14136--14937 Score: 883
Period size: 343 Copynumber: 2.3 Consensus size: 343
14126 TTGTATCGAG
* * * * *
14136 AAACATGAATCAAAAGCCATCCATTGACAAAGAAAGTCCA-TTATAGTCGCTCATGCTTTTGAAA
1 AAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAA
* * * * * * * * *
14200 GTCATGTTACCCGCTTTAAAAGGATTTATAACATTTAAAATCATTTTGAATTGAATTGTTTTCAC
66 GCCTTGTTACTCACTTTAAGAGGATTTATAACTTTTTAAATCATTTAGAATTGAATTCTTTTCAC
* * * * * * * *
14265 ATTTTTGGTTAATATAGATCATAATTTAATATTCGCATTAGGAAACATAAAGCGAAAGCCATCCA
131 ATTTTTAGTTAAAAAAAATCATAATTTAACATTCGCATCAAGAAACATAAAACGAAAGCCATCCA
* *
14330 TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGACACTCATGCCTTCAAAAGGCTAGTTAGTCACTTTAAATAG
196 TTGACAAGAAAAGCCTAATTATAGACACTCATGCCTTCAAAAGGCTAGTTAGTCACTTTAAATAG
* * * *
14395 TTTTGTAATCTTACAAATGATTTTAAAATTGAATTTCTCTCAATTTTGGTTAAGATAGATCATAA
261 ATTTATAATCTTACAAATGATGTTAAAATTGAATTTCTCTCAATTTTAGTTAAGATAGATCATAA
14460 TTTGATGTTTACATCAAA
326 TTTGATGTTTACATCAAA
* * * * * *
14478 AAACATGAAGCAAAAGCCCTCCATTGACTAGAAATA-TCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAA
1 AAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGAC-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAA
*
14542 AGCCTTGTTACTCACTTTAAGAGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTAGAATTGAATTCTTTT-A
65 AGCCTTGTTACTCACTTTAAGAGGATTTATAACTTTTTAAATCATTTAGAATTGAATTCTTTTCA
* * * * *
14606 CATTTTTAGTTAAAAAAAATTATAGTTTAACATTTGCATCAAGAAACGTAAAATGAAAGCCATCC
130 CATTTTTAGTTAAAAAAAATCATAATTTAACATTCGCATCAAGAAACATAAAACGAAAGCCATCC
* * * * *
14671 ATTGACAAGAAAAGCCTAATTGTAGTCACTTATGCCTTCGAAA-GCTTTA-TTAGTTACTTTAAA
195 ATTGACAAGAAAAGCCTAATTATAGACACTCATGCCTTCAAAAGGC--TAGTTAGTCACTTTAAA
* ** * * *
14734 TGGATTTATAA-CTTTTTAAATGATGTTGAAA-TGAAGTTT-TTTTACATTTTCAGTTAA-ATCA
258 TAGATTTATAATC-TTACAAATGATGTTAAAATTGAA-TTTCTCTCA-ATTTT-AGTTAAGAT-A
* **
14795 GATCATAATTT-ATTGTTTGCATCAGG
318 GATCATAATTTGA-TGTTTACATCAAA
* * *
14821 AAATATAAAGCATAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCGATTTATAGTCACT-ATTGCCTTTGAA
1 AAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-TGCCTTTGAA
*
14885 AGCCTTGTTACTCACTTTAAGTA-GATTTATAACTTTTTAATTCACTTTA-AATT
65 AGCCTTGTTACTCACTTTAAG-AGGATTTATAACTTTTTAAATCA-TTTAGAATT
14938 ATTTTTTTTA
Statistics
Matches: 383, Mismatches: 63, Indels: 27
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 10 0.03
342 172 0.45
343 196 0.51
344 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (343 bp):
AAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAA
GCCTTGTTACTCACTTTAAGAGGATTTATAACTTTTTAAATCATTTAGAATTGAATTCTTTTCAC
ATTTTTAGTTAAAAAAAATCATAATTTAACATTCGCATCAAGAAACATAAAACGAAAGCCATCCA
TTGACAAGAAAAGCCTAATTATAGACACTCATGCCTTCAAAAGGCTAGTTAGTCACTTTAAATAG
ATTTATAATCTTACAAATGATGTTAAAATTGAATTTCTCTCAATTTTAGTTAAGATAGATCATAA
TTTGATGTTTACATCAAA
Found at i:16368 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 16080--16462 Score: 418
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 172
16070 NNNNNNATTC
* * * *
16080 TTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGATCATAGTTTAATGTTTATATCAAGAAACGTGAAGCGAAAGC
1 TTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGATCATAATTTAATGTTTACATCAAGAAACATGAAGCAAAAGC
* * * * ** * *
16145 CATCCATTGATAAGAAAAGCTCAGTTGTATTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTAGT-ATTTT
66 CATCCATTGATAAGAAAAGCTCAGTTATAGTAACTCATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCA-CTT
16209 TAAGTGGATTTATAAATTTTTAAATGATTTTGAAATGAAGTTT
130 TAAGTGGATTTATAAATTTTTAAATGATTTTGAAATGAAGTTT
* * * *
16252 TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTACA-CAAGGAACCATGAAGCAAAAG
1 TTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGATCATAATTTAATGTTTACATCAA-GAAACATGAAGCAAAAG
* *
16316 CCATCCATTGATAAGGAAAG-TCCATTTATAGTAACT-ATTACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
65 CCATCCATTGATAAGAAAAGCT-CAGTTATAGTAACTCA-TACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
* *** * * *
16379 TTTAAGTGGATTTATAACTTTTTTGTTCACTTT-AAATTAA-TTT
128 TTTAAGTGGATTTATAAATTTTTAAATGATTTTGAAATGAAGTTT
* ** *
16422 TTTTATATTTTTTAGTTAAAGCAGACCATAATTTAATGTTT
1 TTTTACA-TTTTTAGTTAAAAAAGATCATAATTTAATGTTT
16463 GTATTGGAAT
Statistics
Matches: 175, Mismatches: 31, Indels: 11
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.05
171 39 0.22
172 126 0.72
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (172 bp):
TTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGATCATAATTTAATGTTTACATCAAGAAACATGAAGCAAAAGC
CATCCATTGATAAGAAAAGCTCAGTTATAGTAACTCATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTT
AAGTGGATTTATAAATTTTTAAATGATTTTGAAATGAAGTTT
Found at i:18922 original size:170 final size:173
Alignment explanation
Indices: 18630--18998 Score: 446
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 173
18620 NNNNNNNNNN
* *
18630 TTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTGAAATTGATTTTGTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
1 TTAAGTGGATTTATAACTTTTT-AATGATTTGAAATTGATATTGTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* *
18695 ACAGATCATAATTTAATGTTTGCATTGAGAAACTTGAAGCAAAAGCGATCCATTGACAAAAAAAG
65 ACAGATCATAATTTAATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAG
* * **
18760 TCTATTTGCAGTCACT-TATGCC-TTCAAAAGCCGTGCTACTCGTT
130 TCTATTTACAGCCACTCT-TGCCTTTC-AAAGCCGTGCTACTCACT
*
18804 TTAAGTGGATTTAT-ACTTTTTAATGGTTTTG-AATTGA-ATTG-TTTTTACATTTTTAGTTAAA
1 TTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAT-GATTTGAAATTGATATTGTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * * * * *
18865 ACATA-CTGTAATTTAATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCTATTGACAAGAGAA
65 ACAGATC-ATAATTTAATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAA
* * * * *
18929 GTCTATTTATAGCCACTCTTGCCTTTCAAAGTCTTGTTTCTCACT
129 GTCTATTTACAGCCACTCTTGCCTTTCAAAGCCGTGCTACTCACT
18974 TTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAT
1 TTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAT
18999 TCACTTTAAA
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 22, Indels: 13
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 115 0.68
171 17 0.10
172 9 0.05
173 12 0.07
174 14 0.08
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (173 bp):
TTAAGTGGATTTATAACTTTTTAATGATTTGAAATTGATATTGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
CAGATCATAATTTAATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGT
CTATTTACAGCCACTCTTGCCTTTCAAAGCCGTGCTACTCACT
Found at i:22738 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 22452--22781 Score: 402
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
22442 TTAAAGTGAC
** * *
22452 TAACTAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTTCAGTCAATGAATGGCTTTTGC
1 TAACTAGGCTTTCCAAGGCATGACTGACTATAAATGAACTTTTTCAGTCAATGAATAGCTTTTGC
* * * * * *
22517 ATCATGTTTCCCAATACAAATATTAAATTATGTTCTATTTTAACAAAAAATGTGAAAAAA-TATA
66 ATCATGCTTCCAAATACAAACATCAAATTA-GTTATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTA-A
* *
22581 ATTTAAAATGATTT-AAAAGTTATAAATCCAATTAGAGCGGG
129 ATTCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAATTAGAGCGGG
* * * *
22622 TAACTAGTCTTTCCAAGGCATGACTGA-TAATAAATGCAC-TTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTT
1 TAACTAGGCTTTCCAAGGCATGACTGACT-ATAAATGAACTTTTTC-AGTCAATGAATAGCTTTT
*
22685 GC-TACATGCTTCCAAATACAAACATCAAATTA-TTATATGTTTAAACTAAAAATGTAAAAAAAT
64 GCAT-CATGCTTCCAAATACAAACATCAAATTAGTTATAT-TTT-AACAAAAAATGTAAAAAAAT
22748 TAAATTCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCA
126 TAAATTCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCA
22782 CTTANNNNNN
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 17, Indels: 13
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.04
169 10 0.07
170 103 0.76
171 18 0.13
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TAACTAGGCTTTCCAAGGCATGACTGACTATAAATGAACTTTTTCAGTCAATGAATAGCTTTTGC
ATCATGCTTCCAAATACAAACATCAAATTAGTTATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTAAAT
TCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAATTAGAGCGGG
Found at i:23997 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 23506--24001 Score: 494
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 170
23496 TCAATGAGTG
* * * **
23506 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCA-CGTTTTTTGATGCAAACATTAAATT
1 TAAATGGAC-TTTCTTGTCAATGAATGACTTTCGCTTCATAGTTCCTT-ATGCAAACATTAAATT
* * * * * *
23570 ATGATCTGTATTAATCAAAAATGTAAAAACAATTCAATTCAAAATTATTTAAAAAGTCATAAATC
64 ATGATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCATTTCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATC
* ** * *
23635 CTCTTAAAGCGAGTAACAAAGCTTTTGAAAGTATGAGTAACTA
128 CACTTAAAGATAGTAACAAGGCTTCTGAAAGTATGAGTAACTA
* * * ** * * ** *
23678 TAAATGGACTGTTTTTGTCAATGAATTACTATCATTTTATATTTCCAAATACAAACATTAAATTA
1 TAAATGGACT-TTCTTGTCAATGAATGACTTTCGCTTCATAGTTCCTTATGCAAACATTAAATTA
* * * * * * * *
23743 TGGTTTGCTTTAACTAAAAAATATAAAAAAATTAATTT-AAAATGAATAAAAAAGTTATAAATCC
65 TGATTTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTCATTTCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCC
* * *
23807 ACTTAAAGTTAGTAACAAGGCTTCTGAAGGTAAT-AGTTACTA
129 ACTTAAAGATAGTAACAAGGCTTCTGAAAGT-ATGAGTAACTA
* * * *
23849 TAAATGGACTTTCCTTGACAATGGATGACTTTCGCTTCATGGTTCCTTATGTAAACATTAAATTA
1 TAAATGGACTTT-CTTGTCAATGAATGACTTTCGCTTCATAGTTCCTTATGCAAACATTAAATTA
* *
23914 TGATTTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTTCATTTCAAAATCATTTTAAAAGTTATAAATCC
65 TGATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCATTTCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCC
* *
23979 ACTTAAAAATACTAACAAGGCTT
129 ACTTAAAGATAGTAACAAGGCTT
24002 TTAAAGGCAT
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 62, Indels: 14
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 16 0.06
171 120 0.47
172 105 0.41
173 14 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TAAATGGACTTTCTTGTCAATGAATGACTTTCGCTTCATAGTTCCTTATGCAAACATTAAATTAT
GATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCATTTCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
TTAAAGATAGTAACAAGGCTTCTGAAAGTATGAGTAACTA
Found at i:24045 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 23451--24059 Score: 496
Period size: 172 Copynumber: 3.5 Consensus size: 171
23441 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * * *
23451 AAGTTGTAAATCCAGTTAAAG-TGAGTAACAAGGCTTTCAATGGCATCAATGAGTGTAAATGGAC
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGAT-AGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTAACTATAAATGGAC
* * * * ** *
23515 TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCA-CGTTTTTTGATGCAAACATTAAATTATGATCTGT
65 TTTTCTTATCAATGAATGACTTTCGCTTCATAGTTCCTT-ATGCAAACATTAAATTATGATTTGT
* * * *
23579 ATTAATCAAAAATGTAAAAACAATTCAATTCAAAATTATTTAAA
129 TTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCATTTCAAAATCATTTAAA
* * ** * *
23623 AAGTCATAAATCCTCTTAAAGCGAGTAACAAAGCTTTTGAAA-GTATGAGTAACTATAAATGGAC
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGATAGTAACAAGGCTTTT-AAAGGAATGAGTAACTATAAATGGAC
* * * ** * * ** * * *
23687 TGTTT-TTGTCAATGAATTACTATCATTTTATATTTCCAAATACAAACATTAAATTATGGTTTGC
65 T-TTTCTTATCAATGAATGACTTTCGCTTCATAGTTCCTTATGCAAACATTAAATTATGATTTGT
* * * * * *
23751 TTTAACTAAAAAATATAAAAAAATTAATTT-AAAATGAATAAAA
129 TTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTCATTTCAAAATCATTTAAA
* * * *
23794 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTTAGTAACAAGGCTTCTGAAGGTAAT-AGTTACTATAAATGGAC
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGATAGTAACAAGGCTTTTAAAGG-AATGAGTAACTATAAATGGAC
* * * * *
23858 TTTCCTTGA-CAATGGATGACTTTCGCTTCATGGTTCCTTATGTAAACATTAAATTATGATTTAT
65 TTTTCTT-ATCAATGAATGACTTTCGCTTCATAGTTCCTTATGCAAACATTAAATTATGATTTGT
*
23922 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAACTTCATTTCAAAATCATTTTAA
129 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCATTTCAAAATCATTTAAA
* * * * * *
23966 AAGTTATAAATCCACTTAAAAATACTAACAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTACAACTAGG-C
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGATAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTAACTATAAAT-GGAC
* * *
24030 TTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
65 TTTTCTTATCAATGAATGACTTTCGCTTCA
24060 CGTTTNNNNN
Statistics
Matches: 338, Mismatches: 85, Indels: 28
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 18 0.05
171 117 0.35
172 182 0.54
173 21 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAGTTATAAATCCACTTAAAGATAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTAACTATAAATGGACT
TTTCTTATCAATGAATGACTTTCGCTTCATAGTTCCTTATGCAAACATTAAATTATGATTTGTTT
TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCATTTCAAAATCATTTAAA
Found at i:26733 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 26199--27212 Score: 959
Period size: 172 Copynumber: 5.9 Consensus size: 171
26189 ATCCACTTTT
* * * * * * *
26199 GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATTGCTTCACTTCACATT
1 GCTTTTGAAGGCATAAATGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTCACTTCATATT
* * * * * * *
26264 TCCTGATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAACAAATTCAGTTCAAA
66 TCTTAATACAAACATTAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-AAATTCAATTCAAA
* *
26329 ATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAGTTAAAGTGAGTAACAAG
130 ATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAG
** * * * * * **
26371 GCTTTCAAAGGCATCAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTC--A-
1 GCTTTTGAAGGCATAAATGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGC-TTCACTTCATAT
* ** * ** * * * * * *
26433 TGCCCAGTGTAAATATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAATTTAAA
65 TTCTTAATACAAACATTAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTCAAA
* * * *
26498 CTCATTTAAAAGGTTATAGATCCACTTAAACCGAGTAACAAG
130 ATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAG
* * * **
26540 GCTTTTGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATAT
1 GCTTTTGAAGGCATAAATGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGC-TTCACTTCATAT
* * * * *
26605 TT-TTAAATGCAGACATTAAATTATGATCTGTATTAACTAAAACTGTAAAAACAATTCAATTCAA
65 TTCTT-AATACAAACATTAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTCAA
* * * *
26669 AATCATTTAAAAAGTTATAAATCCTCTTTAAGCGAATAATAAG
129 AATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAG
* * * * ** *
26712 GCTTTCGAATGCATAAATGACTATAAATTGACTTTTCTTCTCAATGGATGGCTTCACTAGACATT
1 GCTTTTGAAGGCATAAATGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTCACTTCATATT
** * * * * * * *
26777 T-TTGTTGCAAACGTTAAATTATGATCTATATTAACAAAAAATGTAAAAACAATTCAATTAAAAA
66 TCTTAATACAAACATTAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTCAAAA
* * * * *
26841 TTA-TTAATAAGTTATAAATTCTCTTAAAGCGAGTAGCAAG
131 TCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAG
* ** * * *
26881 GCTTTTGAAGGCATGAGCGACTATAAATGGACTGTTT-TTATCAATGGATGGCTACCATTTCATG
1 GCTTTTGAAGGCATAAATGACTATAAATGGACT-TTTCTTATCAATGGATGGCT-TCACTTCATA
* * * * *
26945 TTTCCTAGTACAAACATTAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAAAT-AATTTA
64 TTTCTTAATACAAACATTAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAAATTCAATTCA
* * * * ** *
27009 AAGTAAATTAAAAAGTTATGAATCCACTTAAAATGAGTAACAAA
128 AAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAG
* * * * *
27053 GCTTTTAAAGGCA-ATAGTGACTATAAATAGATTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTC-CTTCATG
1 GCTTTTGAAGGCATA-AATGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGC-TTCACTTCATA
* * *
27116 TTTCTTGATACAAACATTAAATTATGATCTGTTTTAACTAACAATGTAAAAAAACTTCAATTCAA
64 TTTCTTAATACAAACATTAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTCAA
27181 AATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG
129 AATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG
27213 TAGCTAANNN
Statistics
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GCTTTTGAAGGCATAAATGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTCACTTCATATT
TCTTAATACAAACATTAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTCAAAA
TCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAG
Found at i:26883 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 26199--27212 Score: 1050
Period size: 341 Copynumber: 3.0 Consensus size: 336
26189 ATCCACTTTT
* * * *
26199 GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATTGC-TTCACTTCACAT
1 GCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCATAT
* * * * *
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65 TTCCTAATGCAAACATTAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAC-AATTCAATTCAA
* * *
26328 AATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAGTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATCAGTGAGT
129 AATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACT
* * * * * **** * * *
26393 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGCCCAGTGTAAATATCAAATTATG
194 ATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGC-TTTCCTACAT-TTTTGTGCAAACATTAAATTATG
* * * * * *
26458 ATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAATTTAAACTCATTTAAAAGGTTATAGATCCAC
257 ATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAATTAAAAATCATTTAAAA-GTTATAAATCCAC
*
26523 TTAAACCGAGTAACAAG
320 TTAAAGCGAGTAACAAG
* **
26540 GCTTTTGAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATAT
1 GCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT-TCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCATAT
* * * *
26605 TT-TTAAATGCAGACATTAAATTATGATCTGTATTAACTAAAACTGTAAAAACAATTCAATTCAA
65 TTCCT-AATGCAAACATTAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACAATTCAATTCAA
* * * * * * * *
26669 AATCATTTAAAAAGTTATAAATCCTCTTTAAGCGAATAATAAGGCTTTCGAATGCATAAATGACT
129 AATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACT
* * *
26734 ATAAATTGACTTTTCTTCTCAATGGATGGC-TTCACTAGACATTTTTGTTGCAAACGTTAAATTA
194 ATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTC-CT--ACATTTTTG-TGCAAACATTAAATTA
* * * *
26798 TGATCTATATTAACAAAAAATGTAAAAACAATTCAATTAAAAATTA-TTAATAAGTTATAAATTC
255 TGATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AATTCAATTAAAAATCATTTAA-AAGTTATAAATCC
* *
26862 TCTTAAAGCGAGTAGCAAG
318 ACTTAAAGCGAGTAACAAG
* * * ** * *
26881 GCTTTTGAAGGCATGAGCGACTATAAATGGACTGTTTTTATCAATGGATGGCTACCATTTCATGT
1 GCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT-TTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCATAT
* * * * * *
26946 TTCCTAGTACAAACATTAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAAAT-AATTTAA
65 TTCCTAATGCAAACATTAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAACAATTCAATTCAA
* * * * * * *
27010 AGTAAATTAAAAAGTTATGAATCCACTTAAAATGAGTAACAAAGCTTTTAAAGGCA-ATAGTGAC
129 AATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATA-AGTGAC
* * *
27074 TATAAATAGATTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTCCTTCATGTTTCTTGATACAAACATTAAATT
193 TATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTCCTACA--TTT-TTG-TGCAAACATTAAATT
* * *
27139 ATGATCTGTTTTAACTAACAATGTAAAAAAACTTCAATTCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATC
254 ATGATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA-TTCAATTAAAAATCATTT-AAAAGTTATAAATC
27204 CACTTAAAG
317 CACTTAAAG
27213 TAGCTAANNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCATATT
TCCTAATGCAAACATTAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACAATTCAATTCAAAA
TCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTAT
AAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTCCTACATTTTTGTGCAAACATTAAATTATGATCT
GTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTAAAAATCATTTAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG
CGAGTAACAAG
Found at i:27932 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 27613--27993 Score: 426
Period size: 172 Copynumber: 2.2 Consensus size: 171
27603 NNNNNNNNNN
* * * *
27613 ATGAACTTTTCTTGTTAGTGGATTGC-TTTGCTTCATGTTTCATGATGCAGACATCAAATTATCA
1 ATGAACTTTTCTTGTTAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCA-GATGCAAACAACAAATTATCA
* * * * * * * *
27677 TATAGTTTTACTAAAAATGTAAAAAAATTTCAGTTCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATTCAAT
65 TATACTTTTACCAAAAATATAAAAAAAATTAAATTCAAAATCATTTAAAAAGATATAAATCCAAT
* * * *
27742 TCAAGTAAGCAGCAAGGCTTCCAAAGGCATGAGTAAATATAA
130 TAAACTAAGCAACAAGGCTTCCAAAGGCATAAGTAAATATAA
* * * *
27784 ATGAACTTTTTTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTCTCCA-ATGTAAACAACAAATTATG
1 ATGAACTTTTCTTGTTAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTT-T-CAGATGCAAACAACAAATTATC
* * *
27848 ATAT-CTTTTAGCCAAAAATATAAAAAAAATTAAATTCAAAATCATTTAGAAGGATATAGATCCA
64 ATATACTTTTA-CCAAAAATATAAAAAAAATTAAATTCAAAATCATTTAAAAAGATATAAATCCA
* * *** * *
27912 CTTAAACTAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAA
128 ATTAAACTAAGCAACAAGGCTTCCAAAGGCATAAGTAAATATAA
*
27956 ATGAACTTTTCTTGTTAATGAATAGCTTTTGCTTCATG
1 ATGAACTTTTCTTGTTAATGGATAGCTTTTGCTTCATG
27994 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 33, Indels: 7
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
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173 1 0.01
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
ATGAACTTTTCTTGTTAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCAGATGCAAACAACAAATTATCAT
ATACTTTTACCAAAAATATAAAAAAAATTAAATTCAAAATCATTTAAAAAGATATAAATCCAATT
AAACTAAGCAACAAGGCTTCCAAAGGCATAAGTAAATATAA
Found at i:28292 original size:20 final size:18
Alignment explanation
Indices: 28256--28294 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
28246 AAAAAAGGCT
*
28256 AATTTAAAATCATTTAAA
1 AATTTAAAATCAATTAAA
28274 AATTTATAAATCTAATTAAA
1 AATTTA-AAATC-AATTAAA
28294 A
1 A
28295 TGAGTAACAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.56, C:0.05, G:0.00, T:0.38
Consensus pattern (18 bp):
AATTTAAAATCAATTAAA
Found at i:29146 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 28571--29269 Score: 631
Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 171
28561 NNNNNNNNNN
** * *
28571 GCCTTATTACTTGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGCTTGAATTTTTTTAG-
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG-TTG-ATTTTTTTTGC
* * * * * *
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*** * **
28699 ATTGGGGGGAAAAGGCCATTTATAGTCA-CCTAAACCTTTGAAA
128 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCTAAACCTTCAAAA
* * * * * *
28742 GCTTTATTACTCACTTGAACTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTCTTTTACA
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GTTGATTTTTTTTGCA
* * * * *
28807 TTTTTGGATAAAA-AATATTATAATTAAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAATCCATTCA
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** *
28871 TTACCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCC-AAACCTTCAAAA
129 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCTAAACCTTCAAAA
* ** **********
28913 ACCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAANNNNNNNNNNGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTGC
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGA-TTTTTTTTGC
* *
28978 ATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGGAAAAGCCATTCA
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* * **
29043 TTGGCAAGAGAAGTCCATTTACAGTCATCC-ATGCCTTCAAAA
129 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCTAAACCTTCAAAA
* * *
29085 GCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAACCTCAT-ATATGATTTTGAGTTGAGTTTTTTTTT
1 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTT-AGTTGA-TTTTTTTTG
* * * * * * **
29149 TACTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCCATT
63 CA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
** * * * ** *
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127 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCTAAACCTTCAAAA
29258 GCCTTATTACTC
1 GCCTTATTACTC
29270 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 420, Mismatches: 97, Indels: 20
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Matches are distributed among these distances:
170 7 0.02
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GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTGATTTTTTTTGCAT
TTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT
GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCTAAACCTTCAAAA
Found at i:30694 original size:161 final size:161
Alignment explanation
Indices: 30408--31064 Score: 517
Period size: 161 Copynumber: 4.0 Consensus size: 161
30398 TAGAAAAAAT
* * ** *
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1 CATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
********** * * * *
30473 AAATGGTTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTGCATTGTTAGTTAAAATAGA
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30538 TTATAATTG-CATGTTTGCCTTAAGAGAAAGC
131 TTATAATTGAC-TGTTTGCCTTAAGAGAAAGC
* * *
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1 CATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * ** * *
30634 AAATGGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAAATAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGT
66 AAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
* * * * * *
30699 TTTTAATTAAATATTTACCTTGGGAAACGTGAAGGAAAAGT
131 TTATAATTGACTGTTTGCCTT----AA---G-A-G-AAAGC
* * * * * * *
30740 CATTCATTGACAAGAAAAGTTCAATTATAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTT
1 CATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
********** * *
30805 AAANNNNNNNNNNATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGA
66 AAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
* * * * *
30869 TTATAGTTGAGTGTCTACTTGAGAAACATGAAGAAAAAGC
131 TTATAATTGACTG--T--TT--G---CCTTAAGAGAAAGC
*
30909 CATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
1 CATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * *
30974 ATATAGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTATTTTATATTTTTTGTTAAAATAG
66 AAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
*
31039 ATTATAATTGACTGTCTGCCTTAAGA
130 ATTATAATTGACTGTTTGCCTTAAGA
31065 AACGTGAAGA
Statistics
Matches: 374, Mismatches: 100, Indels: 43
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Matches are distributed among these distances:
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168 1 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (161 bp):
CATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
TTATAATTGACTGTTTGCCTTAAGAGAAAGC
Found at i:30970 original size:169 final size:170
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Indices: 30153--31281 Score: 796
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 170
30143 NNNNNNNNNN
* ** * * *
30153 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAGTGTCTGCTTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTAC-TT
* * * * * * * * * *
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65 GAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATACTTTC
* * * *
30282 CAAAGCCTTATGACTCGCTTTAAATAGTTT-ATAAACTCATA
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* * * ** * ** * * * * * *
30323 ATTAATTTTAAGCTGAATTCTCATGCATTTTTAATTAAAACAGGTTATAATTGAGTGTATGCCTC
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACTT
* * * ** * * **
30388 AAAAAACGTGTAGAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTGTTTCA
65 GAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACTTTCA
* * **********
30453 AAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNATA
130 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTAATAATCTCATA
* * * * *
30494 ATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTGCATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGCATG--T--TT-
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTG
* * * *
30554 -G---CCTTAAGAGAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACTTTCAA
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* * * * *
30615 AAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATA
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* ** * * * * * *
30655 ATTAATTTTAAAATAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGTTTTTAATTAAATATTTACCTT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CTT
* * * * * * * * *
30720 GGGAAACGTGAAGGAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTTCAATTATAATCACCCATTCTTTCA
65 GAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACTTTCA
* ********** *
30785 AAAGCCTTACTACTCACTTTAAANNNNNNNNNNATCTCATT
130 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTAATAATCTCATA
* * *
30826 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAGTGTCTACTTG
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTG
* *
30890 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAA
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*
30955 AAGCCTTATTACTCACTTTATATAGTTTAATAATCTCATA
131 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTAATAATCTCATA
* * * * *
30995 ATTGATTTTAGGTTGAATTTATTTTATATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGACTGTCTGCCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT-ACT
* * * * *
31060 TAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATTCTT
64 TGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATACTT
********** * *
31123 TCAAAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
127 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTAATAATCTCATA
* * * * * * *
31167 ATTGATTTTAGGATGAGTTTTCTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-ATGTGTCTACCT
1 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA-ATGTCTA-CT
* * ** * *
31231 TGAGAACCATGAAGAAAAAGTGATTCATTGACAA-GAAAGTCTATTTATAGT
64 TGAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGT
31282 TACCCNNNNN
Statistics
Matches: 745, Mismatches: 193, Indels: 42
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTG
AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACTTTCAA
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTAATAATCTCATA
Found at i:32318 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 31792--34960 Score: 2318
Period size: 171 Copynumber: 18.6 Consensus size: 168
31782 GTCACCCAAG
* *
31792 CCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGATTTT-AGCTTGAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA
* ** * * * * * *
31856 TGTTTTTATATTTCAGGTTAAAACATATTATACTTGAATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAGAAAA
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* * * * *
31921 AGTCATTCA-TCAGCAAGGAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-A
128 AGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATA
** ********** * *
31962 GCCTTTAAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATAGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGCTGTA
1 -CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A
* * * * *** *
32027 TTTTTTTTATATTTTTGCTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCAACCTCATGAAACTTGAAGAAA
63 ATTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAG-AA
* * * * *
32092 AAACTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATG
127 AAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATA
* ** * *
32135 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTTTATGCTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
** * *
32200 TTTTTCGTATTTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATAAAGCAAAA
65 TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAA
* *
32265 GCCATTCATTGATAAGAGAAGTCTATTTATAGTCATCCATA
129 GCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATA
** * * *
32306 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAACCTCAT-ATATGATTTTGAGTTGAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAA
* * * ** ** *
32370 TTTTTTTATAGTTTT-AGTT-AAACAGATTATAATTGAATATTTTTCTCAGAAAACATGAAGAAC
64 TTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAA-
* * *
32433 AACCCATTCATTGGTAAGAAAA-TCCCATTTATAGTTAGCCA-A
127 AAGCCATTCATTGATAAGAAAAGT-CCATTTATAGTCA-CCATA
* ********** * * *
32475 GACNNNNNNNNNNTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAA
1 -CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * **
32540 TTTTTTTACT-TTTTTGATTAAAACAAATTACAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACATGAAGAAA
64 TTTTTTTA-TATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAA
* * *
32604 AGCCAATCATTGATAAGAAAA-ACCTATTTAGAGTCACTCA-A
128 AGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCAC-CATA
* * * * * *
32645 GTCTTCGAAAGTCTTATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATGTCATAATTGATCTTAAGTTGAA
1 -CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * *** * * *
32710 TTTTTTTACATTTTTG-TTACAACAGATTATAACCCACTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAA
64 TTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAG-AAA
* * * *
32774 AGCCATTTATTGA-CAGAAAAAG-CTCATTTATAGTTA-CTTAA
128 AGCCATTCATTGATAAG-AAAAGTC-CATTTATAGTCACCAT-A
** *
32815 CCCTTCG-AAGTTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 -CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
32879 TTGTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGGTA
64 TTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAA-GAA
* * * * *
32943 AAGCTATCCATT-AGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCGCCCATT
127 AAGCCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATA
* * * * * *
32986 CCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATGGATTTTCAGTTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * *
33051 GTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
65 -TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAA
* * *
33116 ACTCACTCATTG-TCAAGAAAAG-CCAATTTATAGTTACTCA-A
129 GC-CATTCATTGAT-AAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCAC-CATA
* * *
33157 GTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 -CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** * * * * * ** * *
33222 TTTTTTTACCTTTTTGGTTAAAAAAAATTATATTTGAATG-CTTGCCTCAGAAAACATGAAAAAA
64 TTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTGGGAAACATG-AAGAA
** *
33286 AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC-TAA
127 AAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAT-A
* * * * * *
33328 GCCTTCGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATTGGTTT-TAATCTCATAATTGATTTCAACTTAAA
1 -CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* ** * * ** * * *
33392 TTCTTTTGCATTTTTGAATAAAATATTTTATAATTG-ATGTCTACGTTGAGAACCATGAAGCAAA
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* * ** * *
33456 AGTCATCCATTG-GCATAAAAGTAACATTTATAGTCAGCCA-A
128 AGCCATTCATTGATAAGAAAAGT-CCATTTATAGTCA-CCATA
* * * * *
33497 GCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTGTAAATTGTTTTGTAATCGCATAATTGATTTTAAGTTAAA
1 -CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * ** * **
33562 TGTTTTTACATTTTT-AGTTAACACATATTATAATTGAATGT-TTTCTTCAGGAAATGTGAAGAA
64 TTTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGGAAACATGAAGAA
* * * * *
33625 AAGGCCATTGATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATG
127 AA-GCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATA
* * * * *
33669 CCTACGAAAGCCTTATTACTTGCTTTATATGATTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * ** *
33734 TTTTTTACT-TTTTTGATTAAAA-TGTATTGTAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGCAA
65 TTTTTTA-TATTTTTGATTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAG-AA
* * ** * *
33797 AAGCCATCCATTGGTATCATAAGTCCATTTATAGTCACTCAAA
127 AAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATA
* *
33840 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * **
33905 TTTTTCACATTGTTCATTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAA
65 TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAG-AAAA
* * ** *
33970 GCCATCCATTGGTATCAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAA
129 GCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATA
* * * *
34011 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* **
34076 TTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTAGACCTTGGGAAACATGAAGAAAA
65 TTTTTTATATTTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAG-AAA
* * ** * *
34140 ATCGATTCATTGCCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATT
128 AGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATA
* * * * * * *
34182 CGTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTATGATCTCACAATTCATTTTAAGTTGAATT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * * *
34247 TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGTGAAGCATGAAAAAAAAG
66 TTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATG-AAGAAAAG
* * * *
34312 CTATTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATGGT-ACCCATG
130 CCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATA
* * * * * *
34350 CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTCAGGTTCAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * ** *
34415 TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGACTGTCTACGGTGAGG-AACGTGAAGACAA
65 TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GGAAACATGAAGA-AA
* * * * *
34479 AGCCTTTCAATGATAAGAAAAGTACATTTATAGTTACTCATG
128 AGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATA
* * * * * * * *
34521 TCTTTGAAAGCCGTATTACAT-GCTTTATATGGATTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * **
34585 TTTTTTTACT-TTTTTGA-T-AAA-ATATTATAATTAAATGTCTGCCTTAAGAAACATGAAGTAA
64 TTTTTTTA-TATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAG-AA
* * * *
34646 AAGCCATTTATTGATATGAAAAGTCCATTTATAGTCAATCAAA
127 AAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATA
* * * * * * *
34689 CTTTCAAAATCCTTATTACTTGCTATGAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * ** **
34754 TTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAG
65 TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAG
* * * * * * *
34819 TTCATTCGTT-AGTTAGAAAGGTCCATTTATAATCACCTGTT
130 -CCATTCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATA
* * * * * *
34860 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATTATCTTATAATTAATTTT-AGATTGAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA
* * * * * *
34924 TTTTCTTACATTTTTTATTAAAATATATTATTATTGA
64 TTTTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGA
34961 TTATTTGCCT
Statistics
Matches: 2391, Mismatches: 510, Indels: 194
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
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168 161 0.07
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173 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTTATATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAGC
CATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATA
Found at i:33376 original size:682 final size:680
Alignment explanation
Indices: 31788--34994 Score: 2782
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31778 NNNNGTCACC
*
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1 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-
* * ** * * * * * * *
31851 TTGAATGTTTTTATATTTCAGGTTAAAACATATTATACTTGAATGTTTGCTTTGGGAAACATGAA
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* ** * * * * *****
31916 GAAAAAGTCATTCATCAGCAAGGAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTNNNNN
128 GAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
***** * * * *
31981 NNNNNTTTAAATAGTTTTATAATCTCCTAATTGATTTTAAGCTGTATTTTTTTTATATTTTTGCT
193 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTG-T
* * * * *
32046 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCAACC-TCATGAAACTTGAAGAAAAAACTATTCATTGACAAG
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* * * * **
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* * *
32175 TCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATT-TTTT-CGTATTTTT-GATTAAAACAGACTATAATTGAA
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* * * * * * *
32237 TGTCTACCTTGGGAAACATAAAGCAAAAGCCATTCATTGATAAGAGAAGTCTATTTATAGTCATC
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* * * * *
32302 CATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAACCTCAT-ATATGATTTTGAGT
511 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTCAGT
* * * * * ** * *
32366 TGAATTTTTTTATAGTTTT-AGTT-AAACAGATTATAATTGAATATTTTTCTCAGAAAACATGAA
575 TGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAA
* * *
32429 GAACAACCCATTCATTGGTAAGAAAATCCCATTTATAGTTAGC-
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* ********** * * * *
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1 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * *
32537 AAATTTTTTTACTTTTTTGATTAAAACAAATTACAATTGAATGTTTACCTCAGGAAACATGAAG-
66 GAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAAATTATAATTGAATG-TTGCCTTAGAAAACATGAAGA
* * * * * * * * *
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130 AAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *
32665 TCGCTTTAAATAGTTTTGTAATGTCATAATTGATCTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAC
194 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAA
*** * ** *
32730 AACAGATTATAACCCACTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGAC-AGAAAA
259 AACAGATTATAATTGAATGTCAACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG-AAA
* * * **
32794 AGCT-CATTTATAGTTACTTAACCCTTCG-AAGTTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC
323 AG-TACATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATC
*
32857 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTT
386 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* * * * * * * *
32922 GCCTTGGGAAACATGAAGGTAAAGCTATCCATT-AGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCGCCCATT
451 ACCTTGGGAAACATGAAGGAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* * * * *
32986 CCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATGGATTTTCAGTTGAAT
515 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAAT
* *
33051 GTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
580 -TTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAA
*
33116 ACTCACTCATT-GTCAAGAAAAGCCAATTTATAGTTACT
644 AC-CATTCATTGGT-AAGAAAAGCCAATTTATAGTTACT
* *
33154 CAAGTCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * *
33219 GAATTTTTTTACCTTTTTGGTTAAAAAAAATTATATTTGAATGCTTGCCTCAGAAAACATGAAAA
66 GAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAAATTATAATTGAATG-TTGCCTTAGAAAACATGAAGA
* * *
33284 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCTTTATTACT
130 AAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * * *
33349 TGCTTTAAATTGGTTT-TAATCTCATAATTGATTTCAACTTAAATTCTTTTGCATTTTTGAATAA
195 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAA
* ** * * * * * * * *
33413 AATATTTTATAATTG-ATGTCTACGTTGAGAACCATGAAGCAAAAGTCATCCATTGGC-ATAAAA
259 AACAGATTATAATTGAATGTCAACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA
* * * *
33476 GTAACATTTATAGTCAGC-CAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTGTAAATTGTTTTGTAATC
324 GT-ACATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGTTTTATAATC
* * * *
33540 GCATAATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTTTACATTTTTAGTTAACACATATTATAATTGAATGTT
386 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* * ** * * * *
33604 T-TCTTCAGGAAATGTGAA-GAAAAGGCCATTGATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCA
450 TACCTT-GGGAAACATGAAGGAAAA-GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * * * * * * *
33667 TGCCTACGAAAGCCTTATTACTTGCTTTATATGATTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGA
513 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGA
* * * *
33732 ATTTTTTTACTTTTTTGATTAAAAT-GTATTGTAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGCA
578 ATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAG-ATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAG-A
* * ** * *
33796 AAAGCCATCCATTGGTATCATAAGTCC-ATTTATAGTCACT
641 AAAACCATTCATTGGTAAGAAAAG-CCAATTTATAGTTACT
* * * *
33836 CAAACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTTAGGTT
1 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * *
33901 GAATTTTTTCACATTGTTCATTAAAAAAAATTATAATTGAATGTCTGCCTTA-AGAAACATGAAG
66 GAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAAATTATAATTGAATGT-TGCCTTAGA-AAACATGAAG
* * ** * * *
33965 CAAAAGCCATCCATTGGTATCAAAAGTCCATTTATAGTCACCAAAACCTTCAAAAGCCTTATTAC
129 AAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *
34030 TCACCTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
194 TCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTA
* * * *
34095 AAACAGATTATAATTGAATGT-AGACCTTGGGAAACATGAAGAAAAATCGATTCATTGCCAAGAA
258 AAACAGATTATAATTGAATGTCA-ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAA
** * * ** * *
34159 AAGT-CAATTTATAGTCACTCATTCGTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTATGATC
322 AAGTAC-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAATC
* * * * *
34223 TCACAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
386 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
* * ** * *
34288 ACCTTGTGAAGCATGAAAAAAAAGCTATTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATGGT-ACCCATGC
451 ACCTTGGGAAACATGAAGGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * *
34351 TTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATGGTTTTATAGTCTCATAATTGA-TTTCAGGTTCAAT
516 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCA-GTTGAAT
* * * * * * *
34415 TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGACTGTCTACGGTGAGG-AACGTGAAGACAA
580 TTTTTTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGC-CTTAGGAAACATGAAGA-AA
* * * * *
34479 AGCCTTTCAATGATAAGAAAAG-TACATTTATAGTTACT
643 AACCATTCATTGGTAAGAAAAGCCA-ATTTATAGTTACT
* * * * * * * * * *
34517 CATGTCTTTGAAAGCCGTATTACATGCTTTATATGGATTTACAATCTCATAATTAATTTTAAGTT
1 CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
34582 AAATTTTTTTACTTTTTTGA-T--AAAATATTATAATTAAATGTCTGCCTTA-AGAAACATGAAG
66 GAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAAATTATAATTGAATGT-TGCCTTAGA-AAACATGAAG
* * * * * * * * *
34643 TAAAAGCCATTTATTGATATGAAAAGTCCATTTATAGTCA-ATCAAACTTTCAAAATCCTTATTA
129 AAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * * * *
34707 CTTGCTATGAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTGGTT
193 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGTT
* * * ** * * **
34772 AAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAG-AAAAGTTCATTCGTT-AGTTAG
257 AAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CCATTCATTGA-CAAG
* * * * * *
34835 AAAGGTCCATTTATAATCAC-C-TGTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTGGTTTTAT
320 AAAAGTACATTTATAGTCACTCAAG--CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTAT
* * * * * *
34898 TATCTTATAATTAATTTT-AGATTGAATT-TTCTTACATTTTTTA-TTAAAATATATTATTATTG
382 AATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTGTT-TTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * **
34960 ATTATTTGCCTTAAGAAACAT-AAGGCAAAAGCCAT
444 AATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGG-AAAAGCCAT
34995 CCATGGGCAC
Statistics
Matches: 2035, Mismatches: 423, Indels: 135
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
676 1 0.00
677 5 0.00
678 235 0.12
679 77 0.04
680 197 0.10
681 302 0.15
682 560 0.28
683 470 0.23
684 178 0.09
685 10 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (680 bp):
CAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAAAAAATTATAATTGAATGTTGCCTTAGAAAACATGAAGAA
AAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAA
CAGATTATAATTGAATGTCAACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
ACATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
GGGAAACATGAAGGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCATTC
ATTGGTAAGAAAAGCCAATTTATAGTTACT
Found at i:35561 original size:304 final size:303
Alignment explanation
Indices: 34734--35565 Score: 1171
Period size: 301 Copynumber: 2.8 Consensus size: 303
34724 TATAATCTCG
* * * * *
34734 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTGGTTAAAACAGAT-T-ATAATTAAATGTCTA
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAA-ATATATAATAATT-AATGTTTA
* * ** * * * ** ** ** * * *
34797 CCTTGAAAAATGTGAAG-AAAAGTTCATTCGTTAG-TTAGAAAGGTCCATTTATAATCACCTGTT
64 TCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGT-ATTCATTTGACAAGAAAATTTTATTTATAATCATCTATG
* *
34860 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATTATCTTATAATTAATTTT-AGATTGAA
128 CTTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAGTGGTTTTATTATCTTATAATTAATTTTAAG-TTGAA
*
34924 TTTTCTTACATTTTTTATTAAAATATATTATTATTGATTATTTGCCTTAAGAAACATAAGGCAAA
192 TTTTCTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGATTATTTGCCTTAAGAAACATAAGGCAAA
34989 AGCCATCCATGGGCACAAAAAGTCTATTTATTGTCAAGAAAATCCCA
257 AGCCATCCATGGGCACAAAAAGTCTATTTATTGTCAAGAAAATCCCA
35036 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAATATATAATAATTAATGTTTATC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAATATATAATAATTAATGTTTATC
35101 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTTGACAAGAAAATTTTATTTATAATCATCTATGCTT
66 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTTGACAAGAAAATTTTATTTATAATCATCTATGCTT
* *
35166 TCAAAAGCCTTATTACTCATTTT--GTGGTTTTATTATCTTATAATTTATTTTAGGTTGAATTTT
131 TCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAGTGGTTTTATTATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAATTTT
* *
35229 CTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGATTGTTTGCGTTAAGAAACATAAGGCAAAAGCC
196 CTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGATTATTTGCCTTAAGAAACATAAGGCAAAAGCC
35294 ATCCATGGGCACAAAAAGTCTATTTATTGTCAAGAAAACAATCCCA
261 ATCCATGGGCACAAAAAGTCTATTTATTGTCAAG--AA-AATCCCA
35340 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTT-AAAATATATAATAATTAATGTTTATC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAATATATAATAATTAATGTTTATC
*
35404 TTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCA-TTGACAAGAAAATTTTATTTATAATCATCTATGCTT
66 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTTGACAAGAAAATTTTATTTATAATCATCTATGCTT
* * * * * * * * *
35468 TCAAAAGCCTTAATACTCATTTTAAATGGTTTTCTAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAACTTT
131 TCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAGTGGTTTTATTATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTT
*
35533 T-TTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGA
195 TCTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGA
35566 GTGTGTGCTT
Statistics
Matches: 479, Mismatches: 40, Indels: 20
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
301 135 0.28
302 126 0.26
303 111 0.23
304 103 0.22
305 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (303 bp):
TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAATATATAATAATTAATGTTTATC
TTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTTGACAAGAAAATTTTATTTATAATCATCTATGCTT
TCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAGTGGTTTTATTATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAATTTT
CTTACATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGATTATTTGCCTTAAGAAACATAAGGCAAAAGCC
ATCCATGGGCACAAAAAGTCTATTTATTGTCAAGAAAATCCCA
Found at i:35796 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 35755--35793 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
35745 CAAGAAACGT
*
35755 GTAGAAAAAGTTATTTATTA
1 GTAGAAAAAGTCATTTATTA
35775 GTAGAAAAAGTCCATTTAT
1 GTAGAAAAAGT-CATTTAT
35794 AGTCACCTAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.65
21 6 0.35
ACGTcount: A:0.44, C:0.05, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (20 bp):
GTAGAAAAAGTCATTTATTA
Found at i:36012 original size:339 final size:341
Alignment explanation
Indices: 35338--36635 Score: 1116
Period size: 339 Copynumber: 3.8 Consensus size: 341
35328 AAAACAATCC
* * * * * * * *
35338 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATAATAATT-AATGTTTA
1 CATAATTAATTTT-AGGTG-ATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACACATTATAATTGAATGTTTA
* ** * ** * * ** * *
35402 TCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATT-GACAAGAAAATTTTATTTATAATCATCTATGC
64 CCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGC
* * * * * *
35466 TTTCAAAAGCCTTA-ATACTCATTTTAAATGGTTTTCTAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAAC
128 CTTCAAAAGCCTTATCTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAATTAAAC
** * * ** *
35530 TTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAGTGTGTG-CTTTTGAAAACATGAAGAAAA
193 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAG-AAACGTGAAGAAAA
* ** * * * * *
35594 ATCCATTCAGTGGCAA-CAAAGTCCATTTACAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATGACTTGC
257 ATCCATTCATTAACAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGC
* *
35658 TTTAGATAG-TTTATAAACT
322 TTTAAATGGTTTTATAAACT
* * * * *
35677 CATAATTAATTTTAGGCTGAATTCTCTTGCATTTCTGGTTAAAACA-AGTTATAATT-AAGTTTT
1 CATAATTAATTTTAGG-TG-ATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACACA-TTATAATTGAA-TGTT
* * ** *
35740 TACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGTTATTTATTAGT-AGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
62 TACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT
* * * * * *
35804 TCCTTCAAAAGCCTTATC-ACTC-GTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-A
126 GCCTTCAAAAGCCTTATCTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAATTAA
* * *
35866 A-TTTTTTACATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAA
191 ACTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAA
** * * * *
35930 AATTTATTCATTAACAATAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATGCCTTCAAAAGGCTTATTACTCG
256 AATCCATTCATTAACAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAG
* *
35995 GTTTAAATGGTTTTATAATCT
321 CTTTAAATGGTTTTATAAACT
* * * * *
36016 CATAATTAAGTTTAGGTTGTATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATCACAATTGAATGTCTA
1 CATAATTAATTTTAGG-TG-ATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACACATTATAATTGAATGTTTA
* * * * *
36081 CC-CTGGAAAAGGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAGAAGTCCATTTAGAGTCATCC-ATG
64 CCTCAGG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCTATG
*
36144 CCTTCAAAAGCCTTA-CTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAATTGAA
127 CCTTCAAAAGCCTTATCTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAATTAAA
* * * * * *
36208 -TATTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGCTTGCCTCAA-AGAACATAAAAAA
192 CT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGA-AACGTGAAGAA
* * * * * * * * *
36271 AAACCCATTCATTAGCAAGAAGAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAATCTTTATTACTA
255 AAATCCATTCATTAACAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTA
*
36336 GTTTTAAATGGTTTTAT-AACTT
320 GCTTTAAATGGTTTTATAAAC-T
* * * * * * *
36358 CATAATTGATTTTAAGT-TTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATACATTATAATTGAATGTTTGCC
1 CATAATTAATTTTAGGTGATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACACATTATAATTGAATGTTTACC
** * * * *
36422 TTGGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCACT-GATAAGAAAAGTCCAATTATAGTCA-CTAATTCC
66 TCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATGCC
* * * * * * * *
36485 TTCAAAAGCCTT-GCTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAAATGAATT
129 TTCAAAAGCCTTATCTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAATTAAACT
* * * * *
36549 TTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATT-AAGTGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA
194 TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA-TGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAA
* *
36613 GT-CATTCATTGATAATAAAAGTC
258 -TCCATTCATTAACAATAAAAGTC
36636 ATTCATTTAT
Statistics
Matches: 774, Mismatches: 156, Indels: 58
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 62 0.08
338 61 0.08
339 402 0.52
340 111 0.14
341 8 0.01
342 130 0.17
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
CATAATTAATTTTAGGTGATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACACATTATAATTGAATGTTTACC
TCAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTT
CAAAAGCCTTATCTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAATTAAACTTT
TTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAATCC
ATTCATTAACAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTA
AATGGTTTTATAAACT
Found at i:36098 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 35333--37161 Score: 1125
Period size: 171 Copynumber: 10.6 Consensus size: 170
35323 TCAAGAAAAC
* * * * *
35333 AATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATAATAATT-AAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * * ** * * ** * * *
35397 GTTTATCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAATTTTATTTATAATCATCT
65 GTCTACCCTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * *
35462 ATGCTTTCAAAAGCCTTAATACTCATTTTAAATGGTTTTCT
130 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
35503 AACCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAG
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* * ** * * * * ** * *
35567 TGTGTGCTTTTGAAAACATGAAGAAAAATCCATTCAGTGGCAA-CAAAGTCCATTTACAGTCACC
64 TGTCTACCCTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * ** * *
35631 CATCCCTTCAAAAGCCTTATGACTTGCTTTAGATAG-TTTAT
129 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * * * *
35672 AAACTCATAATTAATTTTAGGCTGAATTCTCTTGCATTTCTGGTTAAAACA-AGTTATAATT-AA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA-TTATAATTGAA
* * ** * ** * **
35735 GTTTTTA-CCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGTTATTTATT-AGTAGAAAAAGTCCATTTATAGTC
64 -TGTCTACCCTGGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
35798 ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTC-GTTTAAATGGTTTTAT
126 ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* *
35842 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTACATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
** * * *** * * *
35906 T-TTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAATTTATTCATTAACAATAAAAGTCTATTTATAGCCACCC
66 TCTACCCTGGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* **
35970 ATGCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTAT
130 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * * *
36011 AATCTCATAATTAAGTTTAGGTTGTATTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATCACAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * *
36076 GTCTACCCTGGAAAAGGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAGAAGTCCATTTAGAGTCATCC
65 GTCTACCCTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* *
36141 ATGCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
130 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * *
36182 AACCTCAAAATTGATTTTAAATTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
** ** * * * * * * * *
36247 G-CTTGCCTCAAAGAACATAAAAAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAGAGCCCATTTATAGTCACT
65 GTCTACCCTGGAA-AACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * *
36311 CAAGCCTTCAAAATCTTTATTACT-AGTTTTAAATGGTTTTAT
129 CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTAT
* * *
36353 AA-CTTCATAATTGATTTTAAGTT--TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATACATTATAATTGAAT
1 AATC-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * * * * * * **
36415 GTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCACTGATAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTA
65 GTCTACCCTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* ** * *
36480 ATTCCTTCAAAAGCCTTGCTACTCACTTTAAATAGTTTTGT
130 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* ** * * * *
36521 AATCTCATAATTAATTTTAAAATGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATT-AAG
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA-
** * * * *
36585 TGTCTA-CCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGATAATAAAAGTCATTCATTTATTAT
64 TGTCTACCCTGGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTC---CATTTA-TA-
* * * * * * ** ** * ** *
36649 GGTTTATATGGTCCATTCATTGATAATAAAAGTCCATTTAATA-AAAAGTCATCTCGCTTTATAT
123 -G--T-CA---CCCATGC-CT--T--CAAAAG-CC--TTATTACTCACTTTAAAT-GGTTT-TAT
** * * * * * *
36713 GGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACTTTTTTAGTTAAAACATATTAT
1 AATCTCATAAT-TGAT-TTT-A----A-GTTGAATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTAT
* * * * ** * *
36778 AATTGACTGTCT-GCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTAATTCAATT-GCAAGAAAAGTACATTT
57 AATTGAATGTCTACCCTGGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTAACAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
36841 ATTGTCACCTATGCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
120 ATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * * * *
36892 AATCTCATGATTGATTTTAGGTTGACTTTTTTATATTTTTAATTAAAATATATTATAGTTAAATT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * * * ** * * *
36957 TTTA-CTTCGAGAAACGTGAAGAAAAACCCA-TCATTGTCGAGAAAAGCCCATTCATAGTCACCC
66 TCTACCCTGGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * *
37020 AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
130 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * *
37061 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTT-GATCAAAACAGATTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAAT
* *
37125 GTCTA-CCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATT
65 GTCTACCCTGGA-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATT
37162 GGCAAGAGAA
Statistics
Matches: 1270, Mismatches: 320, Indels: 138
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 231 0.18
169 261 0.21
170 222 0.17
171 369 0.29
172 7 0.01
174 5 0.00
175 2 0.00
176 1 0.00
177 4 0.00
178 3 0.00
179 10 0.01
180 9 0.01
181 4 0.00
182 1 0.00
183 9 0.01
184 1 0.00
185 1 0.00
186 1 0.00
187 1 0.00
188 9 0.01
189 2 0.00
190 4 0.00
191 8 0.01
192 10 0.01
193 3 0.00
194 4 0.00
195 1 0.00
196 1 0.00
197 6 0.00
199 3 0.00
200 72 0.06
201 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
TCTACCCTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
Found at i:36416 original size:510 final size:507
Alignment explanation
Indices: 35333--37166 Score: 1356
Period size: 510 Copynumber: 3.5 Consensus size: 507
35323 TCAAGAAAAC
* * * *
35333 AATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATAATAATT-AAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT--ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATACATTATAATTGAAT
** * ** * * * * *
35397 GTTTATCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAATTTTATTTATAATCATCT
64 GTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCA
* * * * * * *
35462 ATGCTTTCAAAAGCCTTAATACTCATTTTAAATGGTTTTCTAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTA
129 ATGCCTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG
* * * * * ** *
35527 AACTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAGATTATAATTGAGTGTGTGCTTTTGAAAACATGAAGA
194 AA-TTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCCTTGAAAACGTGAAGA
* * * *
35591 AAAATCCATTCAGTGGCAACAAAGTCCATTTACAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATGACTT
257 AAAAGCCATTCATTAGCAACAAAGTCCATTTACAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATGACTC
* * * ** * *
35656 GCTTTAGATAGTTTATAAACTCATAATTAATTTTAGGCTGAATTCTCTTGCATTTCTGGTTAAAA
322 ACTTTAAATAGTTTATAAACTCAAAATTAATTTTAAACTGAATTCTCTTACATTTCTAGTTAAAA
** * ** * *** * * *
35721 CAAGTTATAATTAAGTTTTTACCTCAAGAAACGTGTAGAAAAAGTTATTTATTAGTAGAAAAAGT
387 CAAGTTATAATTAAGTGCTTACCTCAAGAAACATAAAAAAAAACCCATTCATTAGAAGAAAAAGC
** *
35786 CCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGTTTAAATGGTTTTAT
452 CCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATCACTAGTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
35842 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTACATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATACATTATAATTGAATGT
* * ** * * * *
35907 TTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAATTTATTCATTAACAATAAAAGTCTATTTATAGCCACCCAT
66 TTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAAT
* * ** * * *
35972 GCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAGTTTAGGTTGTA
131 GCCTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
* * * *
36037 TTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATCACAATTGAATGTCTACCCTGGAAAAGGTGAAGAAAA
196 TT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCCTTGAAAACGTGAAGAAAA
* * * *
36102 AGCCATTCATTAGCAAGAGAAGTCCATTTAGAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTACT-ACTCA
260 AGCCATTCATTAGCAACA-AAGTCCATTTACAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTA-TGACTCA
* * * * *
36166 CTTTAAATAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAATTGAATAT-TTTTACATTTTTAGTTAAA
323 CTTTAAATAG-TTTATAAACTCAAAATTAATTTTAAACTGAAT-TCTCTTACATTTCTAGTTAAA
* *
36230 A-TAGATTATAATTGAA-TGCTTGCCTCAA-AGAACATAAAAAAAAACCCATTCATTAGCAAG-A
386 ACAAG-TTATAATT-AAGTGCTTACCTCAAGA-AACATAAAAAAAAACCCATTCATTAG-AAGAA
* * * *
36291 AGAGCCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCAAAATCTTTATTACTAGTTTTAAATGGTTTTAT
447 AAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCAAAAGCCTTATCACTAG-TTTAAATGGTTTTAT
36353 AA-CTTCATAATTGATTTTAAGTT-TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATACATTATAATTGAATG
1 AATC-TCATAATTGATTTTAAGTTATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATACATTATAATTGAATG
* * * * * *
36416 TTTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAACCATTCACTGATAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTAA
65 TTTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAA
* ** * * **
36481 TTCCTTCAAAAGCCTTGCTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTAATTTTAAAATGA
130 TGCCTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGA
* * *
36546 ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATATTATAATT-AAGTGTCTA-CCTTAAGAAACGTGAAGA
195 A-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAA-TGTCTACCCTTGA-AAACGTGAAGA
* * * * * * **
36609 AAAAGTCATTCATT-GATAATAAAAGTCATTCATTTATTATGGTTTATATGGTCCATTCATTGAT
257 AAAAGCCATTCATTAG-CAA-CAAAGTC---CATTTA-CA--G--T-CA---CCCA-TCCCT--T
* * * * * * * *
36673 AATAAAAGTCCATTTAATAAAAAGTCATCTCGCTTTATATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTT
305 --CAAAAG-CC--TT-AT-----G--A-CTCACTTTAAATAG-TTTATAAACTCAAAATTAATTT
*** * * * * * * * **
36738 TAGGTTGAATTGTTTTACTTTTTTAGTTAAAACATA-TTATAATTGACTG-TCTGCCTTGAGAAA
355 TAAACTGAATTCTCTTACATTTCTAGTTAAAACA-AGTTATAATTAAGTGCT-TACCTCAAGAAA
* * *** ** * *
36801 CATGAAGAAAAAGTAATTCAATT-GCAAG-AAAAGTACATTTATTGTCACCTATGCCTTCAAAAG
418 CATAAAAAAAAACCCATTC-ATTAG-AAGAAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAG
* * * *
36864 GCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
481 CCTTATCACT-AGTTTAAATGGTTTTAT
* * * * ** * * *
36892 AATCTCATGATTGATTTTAGGTTGACTTTTTTATATTTTTAATTAAAATATATTATAGTTAAAT-
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATACATTATAATTGAATG
** * * * * * * * *
36956 TTTTACTTCGAGAAACGTGAAGAAAAACCCA-TCATTGTCGAGAAAAGCCCATTCATAGTCACCC
65 TTTGCCTT-GGGAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CC
* * * *
37020 AA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
128 AATGCCTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT
* * * *
37084 GAATTTTTTATATTTTT-GATCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTTGAGAAACTTGAAG
193 GAATTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCCTTGA-AAACGTGAAG
*
37147 AAAAAGCCATTCATTGGCAA
256 AAAAAGCCATTCATTAGCAA
37167 GAGAAGTGTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (507 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATACATTATAATTGAATGT
TTGCCTTGGGAAACGTGAAGAAAAAACTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAAT
GCCTTCAAAAGCCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCCTTGAAAACGTGAAGAAAAA
GCCATTCATTAGCAACAAAGTCCATTTACAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATGACTCACTT
TAAATAGTTTATAAACTCAAAATTAATTTTAAACTGAATTCTCTTACATTTCTAGTTAAAACAAG
TTATAATTAAGTGCTTACCTCAAGAAACATAAAAAAAAACCCATTCATTAGAAGAAAAAGCCCAT
TTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATCACTAGTTTAAATGGTTTTAT
Found at i:37060 original size:169 final size:167
Alignment explanation
Indices: 36701--37168 Score: 535
Period size: 169 Copynumber: 2.7 Consensus size: 167
36691 AAAAAGTCAT
* *
36701 CTCGCTTTATATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACT-TTTTTAGT
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA-TTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTA-TATTTTTAAT
* * ** **
36765 TAAAACATATTATAATTGACTGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTAATTCAATTGCAAGA
63 TAAAACATATTATAATTGAAT-TTTTACTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGCAAGA
* * * * * *
36830 AAAGTACATTTATTGTCACCTATGCCTTCAAAAGGCTTATTA
126 AAAGCACATTCATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
36872 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAGGTTGACTTTTTTATATTTTTAATTA
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTATATTTTTAATTA
* * * * * *
36937 AAATATATTATAGTTAAATTTTTACTTCGAGAAACGTGAAGAAAAACCCA-TCATTGTCGAGAAA
65 AAACATATTATAATTGAATTTTTACTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-CAAGAAA
* *
37001 AGCCCATTCATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTA
128 AGCACATTCATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
37041 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATCA
1 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-ATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTATATTTTTAATTA
* * * *
37106 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
65 AAACATATTATAATTGAATTTTTA-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAGA
37169 GAAGTGTTGG
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 41, Indels: 15
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Matches are distributed among these distances:
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171 43 0.17
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (167 bp):
CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTATATTTTTAATTAA
AACATATTATAATTGAATTTTTACTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGCAAGAAAAGC
ACATTCATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTA
Found at i:40548 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 40291--46427 Score: 4466
Period size: 171 Copynumber: 35.9 Consensus size: 170
40281 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
40291 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCC-TCGAAAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAA
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* * * *
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* * * *
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* * * ** * * *
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* * * * ** **
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65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT-TATA
* * * * **
40591 ATCTTATAATTGATTTTGAGCTGAATGTTTTTTACAATTTTGG
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTA
* * *
40634 TTAAAACAGATTATAATTGAATCTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAA-CCTGTTCATTGGCAA
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* ********** * *
40698 GAAAAGCCCATTTATANNNNNNNNNNCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATGGTTTTGTA
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * *
40763 ATCTCATAATTGTTTTTAAGTTG-ATTTTTTTATATTTTTTG
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA
* * * * * * *
40804 TTAAAACAAATTATGATTGAATGTTTACTTTCA-GAAACATGAAGACAAAGTCATTGATTTGCAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * * *
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64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
40932 AATATCATAATTTATTTTAAATTGTATTTGTTTA-ATTTTATTA
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* * * * * * * * * ** *
40975 TTAAAATATATTATCATTGAATAGCTACCTTGGGAAGCGTGAAGTAAAAGCCA-TCTATTGATAT
1 TTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAA
* * ** *
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* *
41103 AATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTTA
128 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA
* * * ** * ** * * *
41146 TTGAAACAGAATATAATTGTATGTCTTTATCAGGGGACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGCCAAC
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* *
41211 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTAT-CTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-
* * * * * **
41275 AAT-TCATTATT-ATTTTTAGGTAGAATTTTCTAACATTTTTGG
128 AATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA
* * * ** * * *
41317 TTAAAACATATTGTAATT--AGGTATCTACCCCAAGAAACATAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-T-T-CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * *
41380 A-ATAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
63 AGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * **
41444 TAATCTCATAATTGATTTT-AGCTTAAATTTTTTTACCTTTTTGG
127 TAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTA
** * * * *
41488 TTAAAACAGATTATAATCAAATGTCTGCCTTGGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GCAA
** ** * * *
41552 GAAAAAACCATTTATAGTCAGTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGATTTAT
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
41616 AACCTCAAAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTTTTA
128 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTA
* * * * * * *
41659 GTTAAAACAGATTAAAATTGAATGCTTACCTTA-GAAAGTATGAAGAAAAA-CTGATTTATTTGT
1 -TTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTTCCTTAGGAAA-CATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGC
* * * * * ** ** *
41722 AAGAGAAGCCCACTTATAGTCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTAACACTTACTTTAAATGATTTTA
62 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
41787 TAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTTATATTTTTTG
127 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA
* * * *
41830 TTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGAAGAGAAACCCATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * * *
41895 AAAAGCCCATATATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTATTTGCTTTAATTGATTTTATA
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* *
41959 ATCTCATAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTTA-TTTTTTTGA
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* * * * * * ** *
42001 TT-AAATATATTATAATTGAATGTCTACCTT-GTGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGATAT
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
** * ** * * * * * * *
42064 GAAAAGTCTGTTCATAGTCACTTAAACTTTCGAAGGCCTTATTACTCACTTTTAATGATTTTATA
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * **
42129 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTGG
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA
* * * * * * *
42171 TTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTAGCTTAAGAAACATGAAGAAAATGTCATTCATTGACAAT
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * *
42236 AAAAG-CCTTTTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAA-CCTTTTTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
65 AAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATACCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
42299 AACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAGTTTTTTACA-TTTTTA
128 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA
* * *
42341 GTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTAT-CTTCA-GAAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTGGC
1 -TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-T-TCCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
** * ** *
42404 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGTCTT-TAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGTTTTTA
62 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * **
42468 TAATGTCATACTTGATTTT-AGCTTGAACTTTTTGACCTTTTTGG
127 TAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTTA
* * * * * **
42512 TTAAAACAAATTGTAATCGAATGTCTACCTT-GCTAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GCA
* * * * * **
42576 AAAAAAG-CCGATTTATAGTCAGCTA-AGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGAATTT
63 AGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
42639 ATAACCTCAAAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTTACA-TTTTTA
126 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTA
* * * ** *
42684 GTTAAAACTGATTATAATTGAATGCTTGCCTCATAAAACATGAA-AAAAGACCCATTCATTGGCA
1 -TTAAAACAGATTATAATTGAATG-TTTCCTTAGGAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTGGCA
* * * * *
42748 A-AAGAAG-CTCACTTATAGTGACTCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATGACTCGCTTTAAATGATTT
63 AGAA-AAGTC-CATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * **
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* * * * * * *
42856 TTAAAACATATTGTAATTAAATGTTTACCCTAGAAAACGTGAAGAAAAA-CCTATTCATTGGTAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGGCAA
* * * * * *
42920 GAAAAGCCCATTTATAATCACTCA-AGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTAC
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* *
42984 AATCTCATAATTGATTATAAGTTGAATTTGTTT--ATTTTTTGA
128 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-A
* * * * ** * * * * * ** *
43026 TTAAAATATACTATAATTGAATATCGGCCTT-GCAAAATATAAAGCAAAAGCCATCCATTGATAT
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * ** *
43090 GAAAAGTCC-TTTCATAGTCACTCAAACCTTCGGAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTAT
64 GAAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * *
43154 AATCTCAGAATCGATTTTAAGTTAAATATTTTAACATTGTTGA
128 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA
* * * * * *** *
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1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * *
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65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* **
43327 TCTCATAATTGACTTTGGGTTGAATTTTTTTTACA-TTTTTA
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTA
* * * * * * *
43368 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGT-CTCAAGAAACATGAAAAAAAAACCATTTATTAGCA
1 -TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-T-TCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * * * *
43432 AGAAAAGTCCATTTATAATTACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTAT
63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
43497 AACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGATTTGTTTTTACATTTTTTA
128 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTA
* * * * *** * * *
43541 TTAAAACAAATTATAATTGAGTGTCTGCTTCCTAAAACATGAAG-AAAAGCCATTTAGTGGCAAC
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * *
43605 AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATCCCTTCAAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAATAGTTTTATAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * **
43669 ACTCATAATTAATTATAGGTTGAATTCTCTTACATTTCTGG
130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA
* * * * **
43710 TTAAAACA-AGTCATAATT-AAGTGTCTGCCTTAAGAAACATGTAA-AAAAGGTTATTCATTGGC
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* ** * * * *
43772 AAGAAAACTCCATTTATAGTCACCTTTGCCTTCAAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATAGTTTTA
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* * *
43837 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTGTTTG
127 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA
* * * * * * * ** * *
43881 TTAAAATAGATTATAATTGACTATCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCTGTTCATTGGTAAC
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * *
43946 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCATAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * *
44011 TCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA
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** * * * *
44052 TTAAAACAGATTATGTTTGAATGTGTACTCTAGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGTAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCT-TAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * ***
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* * * * * *
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130 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTTA
* * * * *
44223 TTAAAATAGAATATAATTGAATGTTTACCTCA--AAAAATGTAAAGAAAAACCCATTCATTGGCA
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* * ** * *
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* * *
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* * ** *
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1 -TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * ** * * ** *
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* * * ** ***
44520 AAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTATGTTTTCGG
127 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA
* * * * * * * * **
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* * * * * * * *
44628 ATAAAATTTCATTTATAGTCATCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCGCTTTATATGGTTTTAT
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* * * *
44693 AATCTTATAATTAATTTTAGGTTGAAATTTTTTACA-TTTTTA
128 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA
* * * * * *
44735 GTTAAAATAGATTATAATTGATTGTTTACCTT-GAGAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCAATGGTA
1 -TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * *
44799 AGAAAAGTGCATTTATAGTTA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
44863 AAACTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTA
128 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA
* ** * * *
44906 TTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACATGAAGATAAAGCCATTCATTAGTAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * *** * ** *
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65 AAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* ** * **
45035 ATCTCATAATTGATTTTAAATTGAACAATTTTTATATTTTTGG
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTTA
* * *
45078 TTAAAACAGA-T-TAATTAAATGTTTACCTCAGAAAACATGAAGAAAAA-CC-TGCTCATTGGCA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT--TCATTGGCA
** * * *
45139 AGAAAAGGACATTTATAGTCTCCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTG
63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * **
45203 TAATTTGATAGTTAATTTTAAGTTGAAATTTTTTATATTTTTGG
127 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA
* * *
45247 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TCGAGAAATATAAAGAAAAAGCCACTT-ATTGGCA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGGCA
* * * * ** * * * * *
45310 AGAAAAGCCCATATACAGTAACTTA-AGCCTTCGAAAGCCTTGTTACCCGCATTAAATGGATTTA
63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* *
45374 TAATCTCATAATTG-TTTCTAAGTTGAA-TTGTTTACATTTTTTGG
127 TAATCTCATAATTGATTT-TAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT-A
* * * * *
45418 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTTGTAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAC
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAG
* * * * * * * *
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* * *********
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* * * * * * *
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1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAGG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * * * * * *
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* * * * *
45717 ATCTGAAAATTGATGTTAAGTTAAATGTTTTTAACA-TTTTTA
129 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTTA
* * * * * *
45759 GTTAAAACCGGTTATAATTGAATATTTACCTTAGAAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTGGCAA
1 -TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* ** * * ********** *
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64 GAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
45888 AATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTATACA-TTTTTA
128 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA
* * * * * *
45930 GATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTCA-AAAATATGAAGAGAATGCCATTCAATGGCA
1 -TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * ** * * **
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63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* ********** * **
46058 CAATCTCATAATNNNNNNNNNNTTGAATTGTTTTACATTTTTGG
127 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA
* * * *
46102 TTAAAACATATTATAGTTGAATGTTTGCCTT-GGAAAACGTGAAGAAAATA-CCATTCATTAGCA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAGG-AAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTGGCA
* *** * * * * *
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63 AGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * **
46229 TAACCTCAT-GTATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTGG
127 TAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA
* * *
46273 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATGAAGAAAACA-CCATTCATTAGCTA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-CCTTAGGAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTGGCAA
* * * * * * * * ** *
46337 GAAAAGTCTAATTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTCACTACTCACTTTAAATATTTTTGTA
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
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46428 GTTNNNNNNN
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CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTA
Found at i:44290 original size:21 final size:21
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* *
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AAGAAAAACCCATTCATTGGC
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* * *
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*
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1 A
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ATTTTAAGTTAAAATATATTAT
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* * * * * * **
47891 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACACT-TTGATTAAAATATATTATAATTAAATGTT
1 CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTGTTGGTTAAAACAGATTATGGTTAAATGTT
* * * * * ** * *
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* * *
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* * * * *
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1 CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTGTTGGTTAAAACAGATTATGGTTAAATGTT
*
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* * * * * *
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* *
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GTCTCTGAAAATGTGAAGAAAAAGCCATATAGTAGTAAAAAATGTCTATTTATAGTCACCCAAAC
CTTCAAAAGCCTTATTAATTGCTTTAAATAGCTTTACAAC
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47993 AGAAAAGTTC
* * * * *
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1 ATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTAATTGCTTTAAATAGCTTTACAACCTCAAAA
* * * *
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* *
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* * * * * * *
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*
48239 TTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTGTTGGTTAAAACAGATTATGGTTGAATGTTTGTCTCT
66 TTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTGTTGGTTAAAACAGATTATGGTTAAATGTTT-TC-CT
* * *********
48303 -GA-AAATGTGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAANNNNNNNNN
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* * * * ** * * * * *
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1 ATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTAATTGCTTTAAATAGCTTTACAACCTCAAAA
* * * *
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48454 GAATTGAATG
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ATTTATAGTCACCCAAACCTTCAAAAGCCTTATTAATTGCTTTAAATAGCTTTACAACCTCAAAA
TTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTATATTGTTGGTTAAAACAGATTATGGTTAAATGTTTTCCTAG
AGAAATGTGAAGAAAAAGCCATATAGTAGCAAAAAATGTCT
Found at i:48937 original size:172 final size:171
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48615 NNNNNNNAAG
* * *
48625 CATTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAATTTAAATTTTTTTATAT
1 CATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTCAAGTTAAATTTTTTTATAT
* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
48796 CATTATTACTCACTTTAATTGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTTCA
1 CATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTCAAGTTAAATTTTTTTAT-A
* * *** * * * *
48861 TTTTTGGATCAAATGCATTATAATT-GAACGTCTGTCTTAAGAAAC-GTAAAGCAAAAGCCATCC
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* * *
48924 ACTAGGA-AGAAAAGTCCACTTATAGTCACTAAAGCCTTTGAAAG
128 A-TAGGAGAGAAAAGTCCACTTACAGTCACTAAAGCCTTCGAAAA
* * *
48968 CCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCATA
1 CATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
49005 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
171 56 0.33
172 107 0.63
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ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTCAAGTTAAATTTTTTTATAT
TTTTAGATAAAACAAATTATATTCAAACGACTGCCTCAAGAAACAGAAAGCAAAAGCCATCCATA
GGAGAGAAAAGTCCACTTACAGTCACTAAAGCCTTCGAAAA
Found at i:51926 original size:171 final size:169
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Period size: 171 Copynumber: 26.5 Consensus size: 169
50991 NNNNNNAACA
* *
51001 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATGCCTTCAAAAGCATT
1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATT
** * * * *
51066 ATTTTTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTGTTTTATATTTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTT
** * * * * * *
51131 AATTAAAACATATTATATTTGAATGTTTACCTCCA-AAAACA
129 GGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-CAGGAAACG
** * ** * *
51172 TGAAGTGAAAGCCATCCATTGGAGAGAAATGTCCATCCATAGTCACTTATGCCTTTAAAAGCATT
1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATT
* * ** ********* *
51237 ATTACTCACTTTAGATCATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGANNNNNNNNNNATATTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTT
* * *
51302 GGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTG--TCATGAGAAACG
129 GGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCA-G-GAAACG
* * * * ** ** *
51343 TGAAGCAAAAGCTATCCATGGGCAAGAAAAGTTCACTTATAGTCACTCAACCCTTTGAAAGCCTT
1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATT
* * * * ******
51408 GTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTGAAGTT-ANNNNNNNNNNTATATT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA----ATTTTTTATATT
* * * * * * * ** *
51472 TTTAGTTAAAACAAATAATATTTGAATGTCTGGCTTGGGAAACA
126 TTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACG
* * * * * * * * * * *
51516 TGAAG-AAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAATTCAATCTATAGTC-TTGTATACCTTAAAAATCCT
1 TGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATGCCTTCAAAAGCAT
* * * **************
51579 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAANNNNNNNNNNNNNN
64 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTT
* * * * * *
51644 GGTTAAAATAGATTAT-ATTCGAATCTCTACCTTAGGTAACA
129 GGTTAAAATAGATTATAATT-GAATGTTTGCCTCAGGAAACG
* ** * * * *
51685 TAAAGCAAAAAACTTCCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATGCCTTCGAAAGCAC
1 TGAAGCAAAAGCCATCCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGCAT
* * * *
51749 TATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTAAAATTTT
64 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTT
* * * * **
51814 TGGTTAAAATATACTCTAATTGAATGTTTACCTCAGGAAATA
128 TGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACG
* * *** *
51856 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAAATCTTCAAAAGCTTT
1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATT
* * * * *
51921 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTTCTAATCTCATAACTGATTTTAAGCTGAATTTTTT-TA-TATTG
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTG
* * * *
51984 GTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCT-TGAGAAACG
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* * * * * **
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1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATT
* * *
52089 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTT
** * * * **
52154 AATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATA
129 GGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACG
* * * * ** * * * *
52195 TGAAGTAAAA-CTCATCTACTAGCAAGAAAAGTTTATTTATTGTCACTCAAGGCTTCAAAAGCGT
1 TGAAGCAAAAGC-CATCCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCAT
* * * * * * * *
52259 TATTAGTCACTTTAAATAGTTTGATAAGCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTATTTGTATTGT
64 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTT
* * * * * * *
52324 TGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGTCACTGAAAACA
128 TGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACG
* *
52366 TGAAG-AAACAGCCAGT-CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAAC-CATGCCTTCTAAAGC
1 TGAAGCAAA-AGCCA-TCCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATGCCTTCAAAAGC
* * * * * *
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* * * * * *
52493 GTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAAT-TTTGACCT-TGAAAAACA
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* * * *
52537 TAAAGCAAAAGCTATCCATTGG-AGAAAAATTTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTAT
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* * * **
52601 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT-TACACTT
64 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTT
* * * * * * *
52665 TGATTAAAATATATTATAATTAAATATTTGCTTCAAGAAACA
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* * ** * *
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1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AAAAGCAT
* * * * * *
52771 TATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAACCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTATTTT
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* * * ** *
52836 TAGTTCAAACAGATTATGTTTAAATGTTTGCCT-AGAGAAACG
128 TGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG-GAAACG
** * * * *
52878 TGAAGCAAAAGCCATATACTAGTAA-AAAATGTCCATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTCAAAAACA
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* * * * * * * *
52941 TTATTAATTGTTTTAAAT-GTCTTTATTAGCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTATATTG
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* **
53005 TTGGTTAAAACAGATTATGTTTGAATGTTTGCCTCTA-GAAACG
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* * * * * * *
53048 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGGCACTCATACCTTTGAAAA-CCT
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* * * *
53112 TATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTT
64 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTT
* * * * *
53177 TGGTTAAAATAGATTAGAATTGAATGTCTACCTTAGGAAATG
128 TGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACG
*
53219 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCATT
1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATT
* * * * *
53284 ATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAATTTCAATTTGTTTACATTTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTATATTTTT
* * * ** *
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* * ** *
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1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AAAAGCAT
* * * * *
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64 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTAT-ATTT
* ** * * * * *
53519 TTGGATAAAAT-GAATTATAATTGAACATCTGTCTTAAGAAATG
127 TTGGTTAAAATAG-ATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACG
* * * * * * * * * ** *
53562 TAAAGCAACAGCCATTCACTAGTAAGAAAAGTCCACTTATAGTTACTAAAGCCTTTGAAAGCCTT
1 TGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATT
* * * *
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* * * * * *
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130 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACG
* * * * *
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* ** * * *
53796 ATTACTCGTTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTT
* * * * * * *
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129 GGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG-GAAACG
* * * * * ** * * *
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1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATT
* * * *
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* * * * * *
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128 TGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACG
* ** * *
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* * **
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* *
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126 TTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAA-ACG
* * * * **
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* * ********** * *
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65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTT
* * * * *
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* * * * * *
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1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATTA
* ********** * *
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66 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TATATTTTTG
* * * * ** *
54537 ATTTAAATATATTATAATTGAATGTTT-ACTTTGAGAAACA
130 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG-GAAACG
* * * * * * * * *
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1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATT
* ** * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * ** *
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1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCAAAAGCAT
* ********** * * *
54813 TATTTACTCGCTTTAAACGGNNNNNNNNNNTCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTGTTATATTG
64 TA-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTATATTT
* * * *
54878 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTCTACCTTAGGAAACG
127 TTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACG
* * *
54921 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGAAGAGAAAAGTTCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAAGCATT
1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATT
*********** * * * *
54986 ATTACTCANNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTTAGTTTTTTTACATTTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTT
* * * * * *
55051 TGATAAAATATATTATAATTAAATATTTGCCTC-GAGAAACT
129 GGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG-GAAACG
* * * * * *
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1 TGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAG-CAT
* * * ********** *
55156 TATTACTCGTTTTAACTTGTTTTATAATCTCATAATTGATNNNNNNNNNNATTTTTT-TACATTT
64 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA-TTTT
* * * * **
55220 TAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCT-TGAGAAATA
128 TGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG-GAAACG
* ** * * * * *
55262 TGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTT
1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATT
*** * * * * *
55327 ATTACTTATTTTAAATGGTTTTACAGTCTCATAATTTATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTGTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTT
* * * * * * **
55392 AGTTAAAATAGATTACAAATGAATGTCTACCT-TGAGAAATA
129 GGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAG-GAAACG
* * ********* * **
55433 AGAAGCAAAAGCTATCNNNNNNNNNNAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATATCTTCAAAAGCATT
1 TGAAGCAAAAGCCATC-CATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATT
*
55498 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
55522 TATAATTGAA
Statistics
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TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACG
Found at i:52821 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 50997--55406 Score: 3003
Period size: 341 Copynumber: 12.9 Consensus size: 339
50987 NNNNNNNNNN
* * * *
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* * * * * ** * * **
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* * ** * * * *
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******** *
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* * *
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* * * * ** *
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* * * * *******
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* ************** *
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* * * * * * *
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318 TAATT-AAATATTTGCCTCAAGA
* ** * * *
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1 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAA
* * * * *
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* * * * * * **
51809 ATTTTTGGTTAAAATATACTCTAATTGAATGTTTACC-TCAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCC
128 A-TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC
* * * ** * *
51873 ATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAAATCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATA
191 ATTGGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATA
* * * *
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* * * **
52001 TTAAATGTCTACCTTGAGA
321 TTAAATATTTGCCTCAAGA
* * * * *
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* * * *
52084 GCATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATA
64 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * ** ** * *
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129 -TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGC-CATCCA
* ** * * * *
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192 TTGGAG-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAAT
* * * * *
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255 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTGGTTAAAACAGATTAT
* * * *
52341 ATTTGAATGTTTG--TCACTGAA
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*
52362 AACATGAAG-AAACAGCCAGT-CATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAAC-CATGCCTTCTA
1 AACATGAAGCAAA-AGCCA-TCCATT-GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTC-ACTCATGCCTTCGA
* * * * *
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62 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * *
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** * *
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* * * * * *
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255 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGGTTAAAACAGATTATA
*
52683 ATTAAATATTTGCTTCAAGA
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** * *
52703 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAACTTTCGAAAA
1 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG
* * * * *
52768 CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTACAACCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTT-TA
65 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATA
* * ** * *
52832 TTTTTAGTTCAAACAGATTATGTTTAAATGTTTGCCTAGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCAT--AT
129 -TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAT
*** * * ***
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193 TGGAG-AAAAAA-GTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAAT
* * * *
52959 -GTCTTTATTAGCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTTATATTGTTGGTTAAAACAGATTA
255 AGT-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTGGTTAAAACAGATTA
** * * *
53022 TGTTTGAATGTTTGCCTCTAGA
318 TAATTAAATATTTGCCTCAAGA
* * * * * *
53044 AACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCTATTTATAGGCACTCATACCTTTGAAA
1 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA
* * * * *
53108 ACCTTATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTATA
64 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * * * *
53173 TTTTTGGTTAAAATAGATTAGAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCA
129 -TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA
** * * *
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192 TTGGAGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATA
* * * * * *
53301 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAATTTCAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTAT-
256 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAGATTATA
*
53365 ATTCAAATGA-CTGCCTCAAGA
320 ATT-AAAT-ATTTGCCTCAAGA
* * * * * *
53386 AACGTAAAGTAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAG-TCTGTTTGTAGTCACTCATGCCTTCGAAA
1 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGCA-AGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA
* * * * * *
53450 ACATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATAGATTTTAAGTTAAATTTTCTTT-T
64 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTAT
* * ** * * * * * * *
53514 CATTTTTGGATAAAAT-GAATTATAATTGAACATCTGTCTTAAGAAATGTAAAGCAACAGCCATT
128 -A-TTTTAGTTAAAATAG-ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * * ** * *
53578 CACT--AGTAAGAAAAGTCCACTTATAGTTACTAAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
190 CATTGGAG-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAA
* * *
53641 ATAGTTTAATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTGTTGGTTAAAATAGATT
253 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTGGTTAAAACAGATT
* * * * * * *
53705 ATATTTGAATCTCTGCCTTAGGT
317 ATAATTAAATATTTGCCTCAAGA
* * * * * *
53728 AACATGAAGCAAAAGCCATCAATTAGAAAG-AAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTCTAAAG
1 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG
* * ** * * *
53792 CATTATTACTCGTTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACAT
65 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-
* * * * * * * * *
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129 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * * * * * * * * * *
53922 AGAGAGAAAAGTCCATTTACAATCACTCAAACCTTCGAAAGCCTAATTAAAT-GCGTTAAATGGT
194 GGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATT-ACTCACTTTAAATAGT
* * * * *
53986 TTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTAGATTTTTGCTTAAAACATATTATAAT
258 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* * * *
54051 TGAATGTCTACCTCAAGA
322 TAAATATTTGCCTCAAGA
* * ** *
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* * ** *
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*
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* * ** * ****
54256 CCATTGGAAAAAAAAATCCATTTATAGTCACT-AATGCCTTTGAAAGCATTATTTCTCACTNNNN
189 CCATTGGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAA
****** * * * * *
54320 NNNNNNTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAATCAAATT
253 ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAGATT
** *
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317 ATAATTAAATATTTGCCTCAAGA
* * * *
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* * * * * * * * *
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130 TTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTG
* * * *
54597 GATAATAAAAGTCTATTTATAGTCGCTCAAGCCTTCGAAAGCATTATTAGC-CACTTTAAATTA-
195 GAGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTA-CTCACTTTAAA-TAG
* * * * *
54660 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTTATGTTTTTAGTTCAAACAGATAATA
257 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAT-ATTTTGGTTAAAACAGATTATA
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54725 TTTACACGA-TTGCCTTGAGA
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* ********** * * *
54809 GCCTTATTTACTCGCTTTAAACGGNNNNNNNNNNTCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTGTTAT
64 GCCTTA-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT
* * * *
54874 ATTGTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTCTACCTT-AGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC
128 ATT-TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC
* * * * * *********
54938 ATTGAAGAGAAAAGTTCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCANNNNNNNNN
191 ATTGGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATA
* * * * * * * * *
55003 NTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTTAGTTTTTTTACATTTTTTGATAAAATATATTATA
256 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACAGATTATA
*
55068 ATTAAATATTTGCCTCGAGA
320 ATTAAATATTTGCCTCAAGA
* * * * *
55088 AACTTGAAGTAAAAGCCATCCATTTGTAAGAAAA-ATCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA
1 AACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGCAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA
* * * * ********** *
55152 GTCTTATTACTCGTTTTAACTTGTTTTATAATCTCATAATTGATNNNNNNNNNNATTTTTTTACA
64 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA
* * ** * ** *
55217 TTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGAGAAATATGAAGAAAAAATCATTCATT
129 TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * * * * * * *
55282 GGCA-AGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTATTTTAAATGGT
194 GG-AGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGT
* * * * * *
55346 TTTACAGTCTCATAATTTATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTA
258 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTGGTTAAAACAGATTA
55407 CAAATGAATG
Statistics
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CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGG
AGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAA
TATTTGCCTCAAGA
Found at i:52977 original size:512 final size:509
Alignment explanation
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* * * * *
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1 AAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAATTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCATTAT
** * * * *
51068 TTTTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTGTTTTATATTTTTAA
66 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGA
* * * * * ** *
51133 TTAAAACATATTATATTTGAATGTTTACCTCCAA-AAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGGAGA
131 TTAAAATATATTATAATTGAATGTTT-GCTTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGCA-A
* * ** * ** * * * **
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194 GAAAAGTTCATTTATAGTCACTCA-AACTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * ********** * * * *
51262 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGANNNNNNNNNNATATTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATG
258 ACCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTGTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAATG
* * * ** * *
51327 TCTGTC-ATGAGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATGGGCAAGAAAAGTTCACTTATAGTC-ACT
323 TTTGCCTA-GAGAAACGTGAAG-AAAAGCCAT-CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAAC-
* ** * * * * ** ** *
51390 CAACCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAT-TTGAAGT
384 CAAGCCTTCAAAAACATTATTAATTGCTTTAAATGGTTTTATAAGATCATAATTGATGTT-AAGT
******* * * * * * * * * * * *
51454 TANNNNNNNNNNTATATTTTTAGTTAAAACAAATAATATTTGAATGTCTG-GCTTGGGAAACATG
448 TA---AATGTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGACCTTGAGAAACGTA
* * * * * * * * *
51518 AAG-AAAAGCCATTCATTTGCA-AGAAAATTCAATCTATAGTC-TTGTATACCTTAAAAATCCTT
1 AAGCAAAAGCCATCCA-TTGGAGAGAAAATTCCATTTATAGTCACT-CATACCTTCAAAAGCATT
* * * **************
51580 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA-NNNNNNNNNNNNNN
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* * * ** * * * * ** *
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129 GATTAAAATATATTATAATT-GAATGT-TTGCTTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATT-G
* * ** * * * *
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191 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTC-A-AACTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * * * * * *
51771 TATAATCTCATAATTGATTATAAGTTGAATTT-TTTAAAATTTTTGGTTAAAATATACTCTAATT
254 TATAACCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTGTTT-ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTT
* * ** * *
51835 GAATGTTTACCTCAG-GAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GGAGAGAAAAGTCCATTTATAA
318 AAATGTTTGCCT-AGAGAAACGTGAAG-AAAAGCCAT-CATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATAG
* ** * * * * * * ** * *
51898 TCACCCAAATCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTCTAATCTCATAACTGATTTT
379 TCAACCAAGCCTTCAAAAACATTATTAATTGCTTTAAATGGTTTTATAAGATCATAATTGATGTT
* * * *
51963 AAGCTGAATTTTTTTATATTG---GTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCT-ACCTTGAGAAACG
444 AAG-TTAAATGTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGACCTTGAGAAACG
52024 TA
508 TA
* * **
52026 AAGCAAAAGCCACCCATTAGAGAGAAAAGTT-CATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCATTA
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAA-TTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCATTA
* *
52090 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTA
65 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTG
* * * * *
52155 ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGTAAAA-CTCATCTACTAGCA
130 ATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAAGAAATATGAAGCAAAAGC-CATCCA-TTGCA
* * * * * * * *
52219 AGAAAAGTTTATTTATTGTCACTCAAGGCTTCAAAAGCGTTATTAGTCACTTTAAATAGTTTGAT
193 AGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAA-ACTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
52284 AAGCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTATTTGTATTGTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAAT
257 AACCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTGTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAAT
* * *
52349 GTTTGTCACT-GA-AAACATGAAGAAACAGCCAGTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAA
322 GTTTG-C-CTAGAGAAACGTGAAGAAA-AGCCA-TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAA
* * * * * * *
52412 CCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATGTTGAGT
383 CCAAGCCTTCAAAAACATTATTAATTGCTTTAAATGGTTTTATAAGATCATAATTGATGTTAAGT
* * *
52477 TGAATAT-TTTTATGTTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAAT-TTTGACCTTGAAAAACATA
448 T-AA-ATGTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGACCTTGAGAAACGTA
* * *
52539 AAGCAAAAGCTATCCATTGGAGA-AAAATTTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTATTA
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAA-TTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCATTA
* * *
52603 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-CTTTG
65 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTG
* * *
52667 ATTAAAATATATTATAATTAAATATTTGCTTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGTCAA
130 ATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-CAA
* * *
52732 GAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAACTTTCGAAAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTAC
194 GAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAAC-TTC-AAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * * *
52796 AACCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTATTTTTAGTTCAAACAGATTATGTTTAAAT
257 AACCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTGTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAAT
*
52861 GTTTGCCTAGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCAT-ATACTAGTAA-AAAATGTCCATTTATAGTC-A
322 GTTTGCCTAGAGAAACGTGAAG-AAAAGCCATCAT--TAGCAAGAAAA-GTCCATTTATAGTCAA
* * * *
52923 CCTAAGCCTTCAAAAACATTATTAATTGTTTTAAAT-GTCTTTATTAGCTCATAATTGATTTTAA
383 CC-AAGCCTTCAAAAACATTATTAATTGCTTTAAATGGT-TTTATAAGATCATAATTGATGTTAA
* * ** * *
52987 GTTAAATGTTTTATATTGTTGGTTAAAACAGATTATGTTTGAATGTTTG-CCTCT-AGAAACGTG
446 GTTAAATGTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGACCT-TGAGAAACGTA
* * * * * * *
53050 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCTATTTATAGGCACTCATACCTTTGAAAA-CCTT
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAATTCCATTTATAGTCACTCATACC-TTCAAAAGCATT
* * * *
53113 ATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT
64 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT
* * * ** * * *
53178 GGTTAAAATAGATTAGAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGA
129 GATTAAAATATATTATAATTGAATGT-TTGCTTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GC
* ** *
53242 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCATTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTA
192 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCA-AACTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
53307 TAATCTCATAATTGATTTCAATTTCAATTTGTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTCAAA
256 TAACCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTGTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAA
** * * ** *
53372 TGACTGCCTCA-AGAAACGTAAAGTAAAAGCCATCCATT-GGAGAGAAAAGTCTGTTTGTAGTC-
321 TGTTTGCCT-AGAGAAACGTGAAG-AAAAGCCAT-CATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * ** * ** * *
53434 ACTCATGCCTTCGAAAACATTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATAGATTTTAA
382 AC-CAAGCCTTCAAAAACATTATTAATTGCTTTAAATGGTTTTATAAGATCATAATTGATGTTAA
* * * * * * ** * * * *
53499 GTTAAATTTTCTTTTCATTTTTGGATAAAAT-GAATTATAATTGAACATCTG-TCTTAAGAAATG
446 GTTAAATGTT-TTAT-ATTGTTAGTTAAAATAG-ATTATAATTAAATGTTTGACCTTGAGAAACG
53562 TA
508 TA
* * * * * * * * ** *
53564 AAGCAACAGCCATTCACTAGTA-AGAAAAGTCCACTTATAGTTACT-AAAGCCTTTGAAAGCCTT
1 AAGCAAAAGCCATCCA-TTGGAGAGAAAATTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCAAAAGCATT
* * * * * *
53627 ATTACTCGCTTTAAATAGTTTAATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTGTT
64 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTT
* * * * * * * * * *
53691 GGTTAAAATAGATTATATTTGAATCTCTGCCTT-AGGTAACATGAAGCAAAAGCCATCAATTAGA
129 GATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTG-CTTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATT-GC
* * * ** * * **
53755 AAG-AAAGTCCATTTATAGTAACCCATGCCTTCTAAAGCATTATTACTCGTTTTAAATTTTTTTA
192 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCA-AACTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * * * * *
53819 TAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGGTT-ATACTATACTATAGTTGA
256 TAACCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTGTTTATATTTTTGGTTAAAAC-AGATTATATTTAA
* * * * * *
53883 ATGCTTGCCTTGAGAAACGTTAAGCAAAAGCTATCCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTACAATC-
320 ATGTTTGCCTAGAGAAACGTGAAG-AAAAGCCAT-CATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * * ** *
53946 ACTCAAACCTTCGAAAGCCTAATTAAATGCGTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAA
382 AC-CAAGCCTTCAAAAACATTATTAATTGCTTTAAATGGTTTTATAAGATCATAATTGATGTTAA
* * * * * * * * **
54011 GTTGAATTATTTTAGATT-TTTGCTTAAAACATATTATAATTGAATGTCT-ACCTCAAGAAACGT
446 GTT-AAATGTTTTATATTGTTAG-TTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGACCTTGAGAAACGT
*
54074 G
509 A
* ** * *
54075 AA-CAAAAAGTCATTTATTGGTA-A-AAAAGTT-CATTTATAGTCAC-CTATGCCTTC-AAAGCC
1 AAGC-AAAAGCCATCCATTGG-AGAGAAAA-TTCCATTTATAGTCACTC-ATACCTTCAAAAGCA
* ** * *
54134 TTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAGTT-ATTTTCTGTTGAATATTTTTATATT
62 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT
* * * *
54198 GTTG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT--AGGAATAGTGAAGGAAAAGCCATCCAT
126 TTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTG-CTTCAAGAAATA-TGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * * * * ** * * ********
54260 TGGAAAAAAAAATCCATTTATAGTCACT-AATGCCTTTGAAAGCATTATTTCTCACTNNNNNNNN
189 T-GCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAA--ACTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGG
** * * * * * * * *
54324 NNTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAATCAAATTATAT
251 TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTGTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAT
* * * * *
54389 TTGAATGTCT--C-A-AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATT-GAAAGAAAAGTTCATTTATAG
316 TTAAATGTTTGCCTAGAGAAACGTGAAG-AAAAGCCATC-ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * * ** * ********** ** *
54449 TC-ACTCATGCGTTCGAAAGTATTATTACTCT-CTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATT
379 TCAAC-CAAGCCTTCAAAAACATTATTAAT-TGCTTTAAATGGTTTTATAAGATCATAATTGATG
* * * * * * * *
54512 TTAAGTTGAAT-TTTTCTACTTTTTAATTTAAATATATTATAATTGAATGTTT-ACTTTGAGAAA
442 TTAAGTTAAATGTTTTATA-TTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGACCTTGAGAAA
* *
54575 CATG
506 CGTA
* * * * * * * * *
54579 AAGCAAGATCTATCCATT-GATAATAAAAGTCTATTTATAGTCGCTCA-AGCCTTCGAAAGCATT
1 AAGCAAAAGCCATCCATTGGA-GAGAAAATTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCAAAAGCATT
** * *
54642 ATTAGC-CACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTT-TATGTT
64 ATTA-CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAT-TT
* * * * * * * * * * * *
54705 TTTAGTTCAAACAGATAAT-ATTTACACGATTGCCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT
127 TTGA-TTAAAATATATTATAATTGA-ATGTTTG-CTTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * * ** ** * *
54768 TGCTAAAAAAAGTCCATTTATAGCCAC-CTATGCCTTTGAAAGCCTTATTTACTCGCTTTAAACG
189 TGC-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTC-A-AACTTCAAAAGCATTA-TTACTCGCTTTAAATG
********** * * * * *
54832 GNNNNNNNNNNTCATAATTAATTTCAAGTTGAATTT-TGTTATATTGTTGGTTAAAATAGATTAT
250 GTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTGT-TTATATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * * *
54896 AATTGAGTGTCTACCTTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-GAAGAGAAAAGTTCATTT
314 ATTTAAATGTTTGCC-TAGAGAAACGTGAAG-AAAAGCCAT-CATTAGCA-AGAAAAGTCCATTT
* * * * ************ **
54959 ATAGT-TACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCANNNNNNNNNNTTTTATAATCTCATAATTG
375 ATAGTCAAC-CAAGCCTTCAAAAACATTATTAATTGCTTTAAATGGTTTTATAAGATCATAATTG
** * * * * * * * *
55023 AT-TTAAAGTTTAGTTTTTTTACATTTTTTGATAAAATATATTATAATTAAATATTTG-CCTCGA
439 ATGTT-AAG-TTAAATGTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGACCTTGA
* *
55086 GAAACTTG
502 GAAACGTA
* * * * *
55094 AAGTAAAAGCCATCCATTTGTA-AGAAAAATCTATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGTC-T
1 AAGCAAAAGCCATCCA-TTGGAGAGAAAATTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTCAAAAG-CAT
** * * ********** *
55156 TATTACTCGTTTTAACTTGTTTTATAATCTCATAATTGATNNNNNNNNNNATTTTTTTACATTTT
63 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTT
* * * * * * ** *
55221 AG-TTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTT-GAGAAATATGAAGAAAAAATCATTCATTGG
128 TGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTG-CTTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATT-G
* * * ** * * ***
55284 CAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTTATTTTAAATGGTTTT
191 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCA-AACTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* ** * * * * * * *
55349 ACAGTCTCATAATTTATTTTGAGTTGAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTA
255 ATAACCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTGTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTA
55407 CAAATGAATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
502 1 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (509 bp):
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TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGA
TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGCAAGA
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TCATAATTGATTTTAAATTGAATTTGTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTAAATGTTT
GCCTAGAGAAACGTGAAGAAAAGCCATCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCAAGCCT
TCAAAAACATTATTAATTGCTTTAAATGGTTTTATAAGATCATAATTGATGTTAAGTTAAATGTT
TTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTGACCTTGAGAAACGTA
Found at i:57498 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 56208--58153 Score: 1536
Period size: 342 Copynumber: 5.7 Consensus size: 338
56198 ATAAATGGAC
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56208 TTTTCTTATTAATGGATGACTTTTGCTTTACATTTCCTAGTGCAAACATCAAATTATAATCCGTT
1 TTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTT
* * * * * **
56273 TTAACCAAAAATGTAAAAAATTTTCAATCTAAAATCATATAACAAGTTATAAATCCATTTAAAAT
66 TTAACCTAAAATGTAAAAAA-ATTCAATCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC
* *
56338 GAGTAACAAGGCTTTTC-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGGATGGCCT
130 GAGTAACAAGGC-TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTT
** * * * * ** *
56402 TCACTTCGTGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAA
194 TTGCTTCATGTTTTCTAATGCAAATATCAAATTATGAT-CCTTTTAACCAAAAA--TAAAAAAAA
* * * * ** *
56467 ATTCAATCCAAAATCATTTAAAAACTTATAAATCTACTTAAAGCAAG-AACAAGATTTTTAAAGG
256 A-TCAATCTAAAATCATTTAAAAAATTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTCAAAGG
* * *
56531 CCT-ATAAAT-G--A-AG-
320 CATAATGACTAGAAATAGA
* * * * * * * *
56544 TTTTCTTGTTAGTAGATTGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGATGTAAACATCAAATTATCATCTGTT
1 TTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTT
* *
56609 TTAA-CTAAAAATG-AAAACAAA-TCTAATTTAAAATCATTTAAAAAGTAATAAATCCACTTAAA
66 TTAACCT-AAAATGTAAAA-AAATTC-AATCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAA
* * ** * * * * * *
56671 GCAAGTAACAAAG-TTCTCGAAGGCATGTTTGACTATAACTAGACTTTTCCTATTAGTGGATAGC
128 GCGAGTAACAAGGCTT-TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGC
* * *
56735 TTTTGCTTGGCA--TTTTCCAATGCAAATATCAAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAA
192 TTTTGCTT--CATGTTTTCTAATGCAAATATCAAATTATGATC-CTTTTAACCAAAAA--TAAAA
* * * * * ** *
56798 AAAATTTATTTTAAAACCATTTAAAATGTTATAAATCCACTTGAAGCAAGTAAAAAGGCTTTCAA
252 AAAAATCAATCTAAAATCATTTAAAAAATTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTCAA
*
56863 AGGCATAAGTGACTATAAACT-GA
317 AGGCATAA-TGACTAGAAA-TAGA
* * * *
56886 TTTTGCTAGTCAATTGATGACTTTTGCTTCATGTTT-CTCAATGCAAACATCAAATTATGATATG
1 TTTT-CTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCT-AATGCAAACATCAAATTATGATATG
* * * ** *
56950 TTCTAACCAAAAACGTAAAAGCGA-TCAAT-TCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAACCCACTTAA
64 TTTTAACCTAAAATGTAAAA-AAATTCAATCT-AAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAA
** * *
57013 AATGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-ATGGATAGC
127 AGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGC
* * * *
57077 -TTTGCTTCAGGTTTTTCCTGATGCAAACT-TCATAAATTAT-AT-CTGTTTAACCAAAAACATA
192 TTTTGCTTCATG-TTTT-CTAATGCAAA-TATC--AAATTATGATCCT-TTTAACCAAAAATAAA
* * * *
57138 AAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAATTATAAACCCACTTAAAACTAGTAAAAAGGCTTTCA
251 AAAAAATCAATCTAAAATCATTTAAAAAATTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTCA
57203 AAGGCATAAGTGACTAGAAATAGA
316 AAGGCATAA-TGACTAGAAATAGA
** * * *
57227 CTTTTCTTGTCAAT-GAGTGGCTTTCCCTTCATACTT-CTCAATGTAAACATTAAATTATGATAT
1 -TTTTCTTGTCAATAGA-TGGCTTTTGCTTCATATTTCCT-AATGCAAACATCAAATTATGATAT
**
57290 GTTTTAACCTAAAATGTAAACAAAATTCAATCTAAAATTTTTTAAAAAGTTATAAATCCACCTT-
63 GTTTTAACCTAAAATGTAAA-AAAATTCAATCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCA-CTTA
* * * **
57354 AAGCCAGTAACAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATGGACATTTT-TTGCCAATGGATG
126 AAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTATCAATGGATG
*
57418 GCTTTTACTTCATGTTTTCTAATGCAAATAT-ATAATTATGATCCATTTTAACCAAAAATAAAAA
190 GCTTTTGCTTCATGTTTTCTAATGCAAATATCA-AATTATGATCC-TTTTAACCAAAAATAAAAA
* * * * * * **
57482 AAAATAAATCTAAAATCAATTAAAAAGTTATAAATACACTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAA
253 AAAATCAATCTAAAATCATTTAAAAAATTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTCAAA
* * *
57547 GGCATGAACGACTATAAATGGA
318 GGCAT-AATGACTAGAAATAGA
* ** *
57569 CTTTTCTTGTTAATAGATGGCTTTAACTTCACATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGT
1 -TTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGT
* * *
57634 TTTAA-CTAAAAATATAAAATAAATTCAATATAAAATC-GTTACAAATA-TTATAAATCCACTTA
65 TTTAACCT-AAAATGTAAAA-AAATTCAATCTAAAATCATTTA-AAA-AGTTATAAATCCACTTA
* * ** *
57696 AAGAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCACGAGCAACTATAAATGGACTTTTC-TAGTGAATGGATG
126 AAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGGATG
* * * * *
57760 GCTTTTGCTTCATGTGTCCTAATGCAAATATCAAATTATGATCCGTTTAACTAAAAATGAAAAAA
190 GCTTTTGCTTCATGTTTTCTAATGCAAATATCAAATTATGATCCTTTTAACCAAAAATAAAAAAA
* * * * ** * ** *
57825 AATCAAT-TTAAATAAGTTAGAAAATTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAA-CCTTTGGAAT
255 AATCAATCTAAAATCATTTAAAAAATTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAA-AAAGGCTTTCAAAG
* ** * *
57888 GTATGAGCGACTATAAATGGA
319 GCAT-AATGACTAGAAATAGA
** * * * * * * ** * * * *
57909 CTTTTCTACTTAATGGATGACTCTTGTTTTATGCTTCCCAATGAAAACATCAAATTATTATTTGT
1 -TTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGT
* * * * * * *
57974 TTTAA-CTAAAAATATAAAAAAA-TCTATTTAAAATCATTTAAAAAAGGTATAAACCCATTTGAA
65 TTTAACCT-AAAATGTAAAAAAATTCAATCTAAAATCATTT-AAAAAGTTATAAATCCACTTAAA
* * * * * ** * * * *
58037 GTGAGTAACAAGACTTTTGAAGGCATGAGTAACTAAAAATTAACTTTGCTTGTCCATGGATGACT
128 GCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCT
* * *
58102 TTTGCTTCACG-TTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAA
193 TTTGCTTCATGTTTTCT-AATGCAAATATCAAATTATGATC-CTTTTAACCAA
58154 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1308, Mismatches: 238, Indels: 124
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
333 2 0.00
334 40 0.03
335 152 0.12
336 65 0.05
337 4 0.00
338 15 0.01
339 106 0.08
340 147 0.11
341 194 0.15
342 374 0.29
343 180 0.14
344 22 0.02
345 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (338 bp):
TTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCATATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTT
TTAACCTAAAATGTAAAAAAATTCAATCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCG
AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTT
GCTTCATGTTTTCTAATGCAAATATCAAATTATGATCCTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATCAA
TCTAAAATCATTTAAAAAATTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGCATAAT
GACTAGAAATAGA
Found at i:58130 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 56039--58150 Score: 1658
Period size: 172 Copynumber: 12.4 Consensus size: 170
56029 TAAATAAACT
* * * ** * * ** *
56039 TTTTC-TGTCAATGAATGGCTTTCGCTTCACATTTCCTAATGCGAATAGAAAATTATGATATGTT
1 TTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
* * * * * * ** * *
56103 TTAACAAAAAATGTAAGCAAAATCAATTCAAAATCATTGAAAATGTTATAAA-AGACTTAGAGTG
66 TTAACTAAAAATATAA-AAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCG
** * * *
56167 AGTTGCAAGGCTTT-TAAGGGCATGAGCGATTATAAATGGAC
130 AGTAACAAGGCTTTCGAA-GGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * ** * * *
56208 TTTTCTTATTAATGGATGACTTTTGCTTTACATTTCCTAGTGCAAACATCAAATTATAATCCGTT
1 TTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
* * * * * * * **
56273 TTAACCAAAAATGTAAAAAATTTTCAATCTAAAATCATATAACAAGTTATAAATCCATTTAAAAT
66 TTAACTAAAAATATAAAAAA--ATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC
56338 GAGTAACAAGGCTTTTC-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
129 GAGTAACAAGGC-TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * ** * * *
56380 TTTTTTTATCAATGGATGGCCTTCACTTCGTGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATATGTT
1 TTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
* ** * *
56445 TTAACTAAAAATGTAAAAAAAAATTCAATCCAAAATCATTTAAAAACTTATAAATCTACTTAAAG
66 TTAACTAAAAA--TATAAAAAAA-TCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG
* * ** * * *
56510 CAAG-AACAA-GATTT-TTA---A--AG-GCCTATAAATGAAG
128 CGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
56544 TTTTCTTGTTAGTAGATTG-CTTTTGCTTCATGTTTCCTGATGTAAACATCAAATTATCATCTGT
1 TTTTCTTGTCAATGGA-TGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* *
56608 TTTAACTAAAAATGA-AAACAAATCTAATTTAAAATCATTTAAAAAGTAATAAATCCACTTAAAG
65 TTTAACTAAAAAT-ATAAAAAAATC-AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG
* * ** * *
56672 CAAGTAACAAAG-TTCTCGAAGGCATGTTTGACTATAACTAGAC
128 CGAGTAACAAGGCTT-TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
56715 TTTTCCTATTAGTGGAT-AGCTTTTGCTTGGCAT-TTTCC-AATGCAAATATCAAATTATGATCT
1 TTTTCTTGTCAATGGATGA-CTTTTGCTT--CATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCT
* * * * * * * *
56777 ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTTATTTTAAAACCATTTAAAATGTTATAAATCCACTTGA
63 GTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAA-TCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAA
* * * *
56842 AGCAAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAACT-GA-
126 AGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA-TGGAC
* * *
56886 TTTTGCTAGTCAATTGATGACTTTTGCTTCATGTTT-CTCAATGCAAACATCAAATTATGATATG
1 TTTT-CTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCT-AATGCAAACATCAAATTATGATCTG
* * ** ** * * *
56950 TTCTAACCAAAAACGTAAAAGCGATCAATTCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAACCCACTTAAAA
64 TTTTAACTAAAAATATAAAA-AAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG
* *
57015 TGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
128 CGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * *
57058 TTTTCTTATC-ATGGAT-AGC-TTTGCTTCAGGTTTTTCCTGATGCAAACTTCATAAATTAT-AT
1 TTTTCTTGTCAATGGATGA-CTTTTGCTTCA--TGTTTCCTAATGCAAACATC--AAATTATGAT
* * * *
57119 CTG-TTTAACCAAAAACATAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAATTATAAACCCACTTAA
61 CTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAA
* * * * * * *
57183 AACTAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTAGAAATAGAC
126 AGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* ** ** * * *
57228 TTTTCTTGTCAAT-GAGTGGCTTTCCCTTCATACTT-CTCAATGTAAACATTAAATTATGATATG
1 TTTTCTTGTCAATGGA-TGACTTTTGCTTCATGTTTCCT-AATGCAAACATCAAATTATGATCTG
* * **
57291 TTTTAACCT-AAAATGTAAACAAAATTCAATCTAAAATTTTTTAAAAAGTTATAAATCCACCTT-
64 TTTTAA-CTAAAAATATAAA-AAAA-TCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCA-CTTA
* * *
57354 AAGCCAGTAACAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATGGAC
125 AAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * **
57400 ATTTT-TTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTCTAATGCAAATAT-ATAATTATGATCCA
1 -TTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCA-AATTATGATCTG
* * * * * *
57463 TTTTAACCAAAAATAAAAAAAAATAAATCTAAAATCAATTAAAAAGTTATAAATACACTTAAAGC
64 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC
* * * * **
57528 AAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAACGACTATAAATGGAC
129 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * ** ** *
57570 TTTTCTTGTTAATAGATGGCTTTAACTTCACATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTT
1 TTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
* *
57635 TTAACTAAAAATATAAAATAAATTCAATATAAAATC-GTTACAAATA-TTATAAATCCACTTAAA
66 TTAACTAAAAATATAAAA-AAA-TCAATTTAAAATCATTTA-AAA-AGTTATAAATCCACTTAAA
* * **
57698 GAGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCACGAGCAACTATAAATGGAC
127 GCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
57742 TTTTCTAGTGAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTGTCCTAATGCAAATATCAAATTATGATCCG-T
1 TTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
* * *
57806 TTAACTAAAAATGA-AAAAAAATCAATTT-AAATAAGTTAGAAAA-TTATAAATCCACTTAAAGT
66 TTAACTAAAAAT-ATAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTA-AAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC
** * * * *
57868 GAGTAACAAACCTTTGGAATGTATGAGCGACTATAAATGGAC
129 GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
** * * * * * * * * *
57910 TTTTCTACTTAATGGATGACTCTTGTTTTATGCTTCCCAATGAAAACATCAAATTATTATTTGTT
1 TTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
* * * * * *
57975 TTAACTAAAAATATAAAAAAATCTATTTAAAATCATTTAAAAAAGGTATAAACCCATTTGAAGTG
66 TTAACTAAAAATATAAAAAAATCAATTTAAAATCATTT-AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCG
* * * * **
58040 AGTAACAAGACTTTTGAAGGCATGAGTAACTAAAAATTAAC
130 AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * *
58081 TTTGCTTGTCCATGGATGACTTTTGCTTCACGTTT-CTCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
1 TTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCT-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
58145 TTTAAC
65 TTTAAC
58151 CAANNNNNNN
Statistics
Matches: 1559, Mismatches: 307, Indels: 152
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.00
162 45 0.03
163 8 0.01
164 72 0.05
165 5 0.00
167 1 0.00
168 116 0.07
169 70 0.04
170 335 0.21
171 345 0.22
172 485 0.31
173 68 0.04
174 7 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
TTAACTAAAAATATAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGA
GTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
Found at i:59595 original size:174 final size:171
Alignment explanation
Indices: 59247--59759 Score: 547
Period size: 174 Copynumber: 3.0 Consensus size: 171
59237 NNTTTTTGTT
* * * * *
59247 AATGGATGGCTTTTGCTTCGTGTTTCTCATTGTAAACATGAAATTATGATCCGTGTTAACTAAAA
1 AATGGATGGCTTTT-CTTCATGTTTCT-AATGTAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAA
* * * * * *
59312 ATG--AAAACAAA-TCAATTTAAAATCATTTAAAAAAGGTAT-AATCCATTTAAAGTGAGTAATA
64 ATGTAAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTCAAAAA-TTATAAATCCACTTAAACTGAGTAACA
* * * *
59373 GGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATATATGGACTTTTCTTGTC
128 AGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC
* *
59417 AATGGATGGCTTTCTCTTCATGTTTCCTAATGCACACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAA
1 AATGGATGGCTTT-TCTTCATGTTT-CTAATGTAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAA
* *
59482 ATGTAAAAAAAAAATTCAAGTTAAAATCATTTCAAAAATTATAAATCCACTTAAACCGAGTAACA
64 ATGT-AAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTCAAAAATTATAAATCCACTTAAACTGAGTAACA
*** ** *
59547 ACATTTTTGAAGGCATGAGCAACTATAAATGGATTTTTCTTATC
128 AGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC
* * * * *
59591 AATGGAAT-GCTTTGGCTTCACAT-TTTTTTATGTAAACATCAAACTATGATTTGTTTTAA-TCA
1 AATGG-ATGGCTTT-TCTT--CATGTTTCTAATGTAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACT-A
* * * *
59653 AAAATAT-AAAATAAATTCAATTTGAAATCATTTCAAAAATTATAAATCCACTTAAATTGAGTAA
61 AAAATGTAAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTCAAAAATTATAAATCCACTTAAACTGAGTAA
* *
59717 CAAGGCTTTTGAAAGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
126 CAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
59760 GTCANNNNNN
Statistics
Matches: 285, Mismatches: 47, Indels: 20
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 56 0.20
171 3 0.01
172 87 0.31
173 11 0.04
174 120 0.42
175 5 0.02
176 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AATGGATGGCTTTTCTTCATGTTTCTAATGTAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAAT
GTAAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTCAAAAATTATAAATCCACTTAAACTGAGTAACAAGG
CTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC
Found at i:60149 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 59864--61034 Score: 951
Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 170
59854 NNNNNNNNNN
* * * ** *
59864 CCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTATTATTTTTCTCTTTAAA
1 CCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGTATTATTACTCACTTTAAA
* * * * * *
59929 GGCTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTT-AATTTTTTTAATATTTTTTGTTAAAACATATT
66 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATATTTTTAGTTAAAATATATT
* *
59993 ATATTTGAATGTTTACCTCCAAAAATAAGAAGAAAAAGCCAT
130 ATAATTGAATGTCTACCT-CAAAAATAAGAAGAAAAAGCCAT
* * * *
60035 CCATTGGAGAGAAATGTCCATCTATAGTCACTTATACCTTTAAAAGTATTATTACTCACTTTAGA
1 CCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGTATTATTACTCACTTTAAA
* * * * *
60100 TCATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTACTTAAAACATATTA
66 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTA
* ** **
60165 TAATTGAATGTCTATCATTGAAAATGTGAA-ACAAAAGCCAT
131 TAATTGAATGTCTA-CCTCAAAAATAAGAAGA-AAAAGCCAT
* * * ** * *
60206 CCATGGGCA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTA
1 CCATTGG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTTAAAAGTATTATTACTCACTTTA
* * * * * * *
60269 AATGGTTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAAT
64 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATAT
* * * * * * * *
60334 AATATTTGAATGTCTGCCTTGAGAAATATGAAG-GAAAGCTAT
129 TATAATTGAATGTCTACC-TCAAAAATAAGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * * *
60376 TCATTTGCA-AGAAAATTCAATCTATAGTCACGT-ATACATTTAAAA-TCCTTATTACTCACTTT
1 CCA-TTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCATACCTTTAAAAGT-ATTATTACTCACTTT
* * * * * *
60438 AAAT-AGTTTTATAATCTCAAAACTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAG
63 AAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAT
* * * * *
60502 ATTAT-ATTCAAATCTCTACCTTAGGTAACAT-A-AAGCAAAAA-ACAT
127 ATTATAATT-GAATGTCTACCTCA---AAAATAAGAAG-AAAAAGCCAT
* * * * * * * * *
60547 TCATTAGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAA
1 CCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGTATTATTACTCACTTTAAA
* * * * *
60612 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAATATACTA
66 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTA
* * * * *
60677 TAATTGAAAGTTTACCTCAGGAAATATGAAGCAAAAGCCAT
131 TAATTGAATGTCTACCTCA-AAAATAAGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * ** * * *
60718 CCATTGGAGAGAAAAGTCTATTTATAATCACCCAAATCTTCCAAAGCT-TTATTGCACGCTTTAA
1 CCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAG-TATTATTACTCACTTTAA
* * * * * *
60782 AT-AGTTTTGTAATCTCATAACTGATTTTAAGCTAAATTTTTTTATA---TTGGTTAAAATAGAT
65 ATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATAT
* * * * *
60843 TATAATTGAATGTCCACCTTGAGAAATGTA-AAGCAAAAGCCAT
129 TATAATTGAATGTCTACC-TCAAAAAT-AAGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * *
60886 CTATTGCAGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAA
1 CCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGTATTATTACTCACTTTAAA
* *
60951 TGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATA-TA
66 TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTA
* *
61015 TAATTGAATGTTTGCCTCAA
131 TAATTGAATGTCTACCTCAA
61035 GAAACATAAA
Statistics
Matches: 784, Mismatches: 181, Indels: 72
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 133 0.17
169 11 0.01
170 142 0.18
171 478 0.61
172 20 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CCATTGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGTATTATTACTCACTTTAAA
TGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTA
TAATTGAATGTCTACCTCAAAAATAAGAAGAAAAAGCCAT
Found at i:60561 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 59865--61027 Score: 1238
Period size: 341 Copynumber: 3.4 Consensus size: 338
59855 NNNNNNNNNC
* * ** *
59865 CATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGTATTATTTTTCTCTTTAAA-
1 CATTGGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
* * * *
59929 GGCTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTT-AATTTTTTTAATATTTTTTGTTAAAACATATT
66 GG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATATTTTTGGTTAAAACA-AAT
* * * * * *
59993 ATATTTGAATGTTTACCTCCAAAAATAAGAAGAAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAATGTCCATCT
128 ATAATTGAATGTTTACCTTCAGAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGAAGA-AAAT-TCAATCT
* * * *
60058 ATAGTCACTTATACCTTTAAAAGT-ATTATTACTCACTTTAGATCA-TTTTATAATCTCATAATT
191 ATAGTCACCTATACATTTAAAA-TCATTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAACT
* * * * * * *
60121 GATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTACTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCATTGA
254 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTTGG
*
60186 AAATGTGAAA-CAAAAGCCATC
318 AAATGT-AAAGCAAAAGCCATT
* * * ** * *
60207 CATGGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAAT
1 CATTGGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
* * *
60272 GGTTTTTTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATAAT
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAAT-AT
* * * * * * *
60337 ATTTGAATGTCTGCCTTGAGAAATATGAAG-GAAAGCTATTCATTTGCAAGAAAATTCAATCTAT
130 AATTGAATGTTTACCTTCAGAAATATGAAGAAAAAGCCATCCA-TTG-AAGAAAATTCAATCTAT
* * * *
60401 AGTCACGTATACATTTAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAACTAATT
193 AGTCACCTATACATTTAAAATCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATT
* * * * *
60466 TTAGGTTGAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTAT-ATTCAAATCTCTACCTTAGGTAA
258 TTAAGTTAAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATT-GAATGTCTACCTT-GGAAA
** **
60530 CATAAAGCAAAAAACATT
321 TGTAAAGCAAAAGCCATT
* *
60548 CATTAGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
1 CATTGGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
* * * *
60613 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGGTTAAAATATACTAT
66 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA-AATAT
* * * * *
60678 AATTGAAAGTTTACC-TCAGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCTATTTA
130 AATTGAATGTTTACCTTCA-GAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATT-GA-AGAAAATTCAATCTA
* * * * * * * * *
60742 TAATCACCCA-A-ATCTTCCAAAGCTTTATTGCACGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAACTG
192 TAGTCACCTATACAT-TT-AAAATCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTG
* *
60805 ATTTTAAGCTAAATTTTTTTATATTG---GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCCACCTTGAGA
255 ATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GA
60867 AATGTAAAGCAAAAGCCA-T
319 AATGTAAAGCAAAAGCCATT
* * ** *
60886 CTATTGCAGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATTATTACTCACTTTAAA
1 C-ATTGGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAA
* * * *
60951 TGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATAT
65 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATAT
61016 AATTGAATGTTT
130 AATTGAATGTTT
61028 GCCTCAAGAA
Statistics
Matches: 684, Mismatches: 117, Indels: 44
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
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343 14 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (338 bp):
CATTGGAAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATATA
ATTGAATGTTTACCTTCAGAAATATGAAGAAAAAGCCATCCATTGAAGAAAATTCAATCTATAGT
CACCTATACATTTAAAATCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTA
AGTTAAATTTTTTTATATTGTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAATGTAA
AGCAAAAGCCATT
Found at i:62060 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 170
61873 NNNNNNNNNN
* * * * * * * **
61883 AAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGGTTATAATATACTATAGTTGAATGCCTTCCTTAAGAAATGT
1 AAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACAT
* * * * *
61948 GAAGCAAAAGTCATCCATTGG-AGAGAAAAATCCATTTATAATCACTCAAGCCTTCGAAGGCCTA
66 GAAGAAAAAGCCATCCATTGGTA-AG-AAAATCCATTAATAATCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTA
* *
62012 ATTAAAT-TCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTT
129 ATT-AATCCCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAAGTGATTTT
* * * *
62054 AAGTTGAATTGTTTTAGATTTTTTCTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACAT
1 AAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACAT
* * * * * *
62119 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAGTTCATTAATAGTCACTCACGCCTTCAAAAGCCTTAT
66 GAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAATCCATTAATAATCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTAAT
** * *
62184 TGCTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAGTGATTTT
131 TAATCCCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAAGTGATTTT
*
62224 ATGTTGAA
1 AAGTTGAA
62232 CATTTTTATA
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 31, Indels: 5
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 71 0.49
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172 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTCAAGAAACAT
GAAGAAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAATCCATTAATAATCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTAAT
TAATCCCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAAGTGATTTT
Found at i:62799 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 62530--62866 Score: 399
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
62520 TTACTACTCT
* * *
62530 TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTCTACCTTTTTTATTAAAA
1 TTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTCTACATTTTTGATTAAAA
* * * * * * *
62595 TATATTATAATTAAATATTTACCTTGGGAAACA-TGA-ATTAAGATCCATTCATTGATAATAAAA
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* * *
62658 GTCCATTTATAGTCGCTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAGCCA
129 ATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAGCCA
* * * * * * *
62701 TTTTAAATTATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTCAAA
1 TTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTCTACATTTTTGATTAAAA
* * * * *
62766 TAGATAATATTTACACATTTGCCTTGAGAAACATTGAGAAAAAGCTATTCATTGCTAAAAAAAAT
66 TAGATAATAATTAAACATTTACCTTGAGAAACATTGAGAAAAAGCCATTCATTGATAAAAAAAAT
* *
62831 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATT
131 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT
62867 TACTCGCTTT
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 27, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
171 133 0.97
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (171 bp):
TTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTCTACATTTTTGATTAAAA
TAGATAATAATTAAACATTTACCTTGAGAAACATTGAGAAAAAGCCATTCATTGATAAAAAAAAT
CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTAGCCA
Found at i:63118 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 62941--63265 Score: 394
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
62931 GCTAAAATAG
* * * *
62941 ATTATAATTG-AGTGTCTACCT-TAGGAAACGT-AAAGCAAAGGCCATCCATTAG-AGAGAAAAG
1 ATTATAATTGAAATATCTACCTCTA-GAAACGTGAAAGAAAAAGCCATCCATTAGTAGA-AAAA-
* *
63002 T-TCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAAG-CATTATTACTCGCTTTAAAC-GGTTTTATAATC
63 TCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGTC-TTATTACTCG-TTTAAACTGGTTTTATAATC
63064 TCATAATTTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTATCTTTTGGGTACATAAT
125 TCATAA-TTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTATCTTTTGGGTACATAAT
* * ** *
63112 ATTATAATTGAAATATTTACCTCTAGAAACTTGAATTAAAAAGCCATCCATTCGTAGAAAAATCT
1 ATTATAATTGAAATATCTACCTCTAGAAACGTGAAAGAAAAAGCCATCCATTAGTAGAAAAATCT
* * *
63177 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTTGTTTTAACTTGTTTTATAATCTCATAA
66 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTTAAACTGGTTTTATAATCTCATAA
* *
63242 TTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTA
131 TTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTA
63266 CATTTTTAGT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 16, Indels: 14
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
ATTATAATTGAAATATCTACCTCTAGAAACGTGAAAGAAAAAGCCATCCATTAGTAGAAAAATCT
ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGTTTAAACTGGTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTATCTTTTGGGTACATAAT
Found at i:63865 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 170
63593 CAGGAAACGT
* * * * * * *
63603 GAAGCAAAAGCCATCCATTTGTA-AGAAAACTTCATTTATAGTTACTCAAGCCTTTGAAAGCCTC
1 GAAGCAAAAGCCATGCATTAG-AGAGAAAAGTTCATTTATAGTTACTCATGCC-TTCAAAGGCTT
* *
63667 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTT
64 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTAAATTTTTTTATATTTTT
* * * * * * *
63732 TATTAGAATAGATAATATTTGAATGTTTGCCTAAAAAAACAA
129 GATTAAAATAAATAATAATTGAATATCTGCATAAAAAAACAA
* * *
63774 GAAG-AAAAGGCCATGCATT-GATACGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGGCT
1 GAAGCAAAA-GCCATGCATTAGAGA-GAAAAGTTCATTTATAGTTACTCATGCCTT-CAAAGGCT
* * * *
63837 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTAAATTATTTTATATTGT
63 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTAAATTTTTTTATATTTT
* * * ** **
63902 TGGTTAAAATAAATTATAATTGAATATCTGCATTAGGAAACGT
128 TGATTAAAATAAATAATAATTGAATATCTGCATAAAAAAACAA
* ** * * * * * * *
63945 GAGGCAAAAGCCATTTATTAGAGAAAAAAGTCCATTTACATTTACTCATACCTTTAAAAGCGTTA
1 GAAGCAAAAGCCATGCATTAGAGAGAAAAGTTCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAGGC-TTA
* *
64010 TTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-TAGTTAAATTTTTTTACATTTTT
65 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAT-GTTAAATTTTTTTATATTTTT
64074 G
129 G
64075 GTTTTATAAA
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 47, Indels: 16
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 13 0.05
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ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
GAAGCAAAAGCCATGCATTAGAGAGAAAAGTTCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAGGCTTAT
TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTAAATTTTTTTATATTTTTGA
TTAAAATAAATAATAATTGAATATCTGCATAAAAAAACAA
Found at i:64530 original size:172 final size:171
Alignment explanation
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Period size: 172 Copynumber: 17.3 Consensus size: 171
64129 ATGTGAATAG
* * * *
64139 CAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAGTGTAAGCAAAA-TCAATTTAAAATCA-TTAAAAATGTT
1 CAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAA-GTT
** * * ** ** *** *
64202 ATAAA-AGACTTAGAGTGAGTTGCAAGGCTTTTAAAGATTTGAGTGATTATAAATGGACTTTTCT
64 ATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
64266 TGTTAATGGATGACTTTTGCTTTACATTT--C-ATGCAAACAT
129 TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACAT
* * * ** *
64306 CAAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAATTTTCAATCAAAAATCATTTAACAAGTTA
1 CAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-ATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTA
* **
64371 TAAATCCATTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTTC-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
65 TAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGC-TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * ** *
64435 TATCAATGGATGGCCTTCACTTCACGTTTCCCAATGCAAATAT
129 TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACAT
* ** *
64478 CAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAAATTCAATCCAAAATCATTTAAAAACTTA
1 CAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTA
* * * * * * *
64543 TAAATCTACTTAAAGCGAGCAACAAGACTTT--TA---A--AG-GCCTATAAATGAAGTTTTCTT
65 TAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * *** *
64600 GTCAGTGGATTGCTTTTGCTTCGCGTTTCTTGATGTAAACAT
130 GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACAT
* *
64642 CAAATTATCATCTATTTTAACTAAAAATG--AAAAAATATCTAATTTAAAATCATTTAAAAAG-T
1 CAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAT-TC-AATTTAAAATCATTTAAAAAGTT
* * * ** * *
64704 AGTAAATCCACTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTCGAAGGCATGTTTGACTATAACTAGACTTTTC
64 A-TAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *** * * *
64769 CTATTAGTGGATAGCTTTTGCTTGGTGTTTTCCAATGAAAATAT
128 TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACAT
* * * * * * *
64813 CAAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATATAAAACAATTTCATTTTAAAACCATTTAAAATGTTA
1 CAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTA
* * * *
64878 TAAATCCACTTGAAGCAAGTAAGAAGGCTTTC--A---ATGAGTGACTATAAACT-GACTTTGCT
65 TAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA-TGGACTTTTCT
* * * **
64937 AGTCAATTGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAATGCAAACAT
129 TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACAT
* * * ** * *
64980 CAAATTATGATATGTTCTAACCAAAAACATAAAAGCAA-TCAATTCAAAATCATTTAAAAAGTTA
1 CAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTA
* * ** * *
65044 TAAACCCACTCAAAATGAATAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
65 TAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * ** *
65109 ATCAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTGATGCAAACTT
130 GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACAT
* **
65151 CAAATTATGATCTG-TTTAACCAAAAACATAAAAAAA-TCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTAT
1 CAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTAT
* * * * * * * *
65214 AAACCCACTTAAAACAAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTG
66 AAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * ** **
65279 CCAATGAATGACCTTCACTTCATATTTCCCAATGCAAACAT
131 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACAT
* * ** *
65320 TAAATTATGATCTGTTTTAACCT-AAAATGTAAACAAAATTCAATCTAAAATTTTTTAAAAGGTT
1 CAAATTATGATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAA-AAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTT
* ** *
65384 ATAAATGCACCTT-AAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGAAATGAGCGACTATAAATGGACATTTT
64 ATAAATCCA-CTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTT
** * * * *
65448 -TTACCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTTCTAATGCAAATAT
127 CTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACAT
* ** * * * *
65492 TAAATTATGATCCATTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATTC----TAAAATCAATTAGAAAGTTAT
1 CAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTAT
* * * * * * * * *
65552 AAATACACTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATAAGCGACTATAAATAGACGTTTCTTG
66 AAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * * **
65617 TTAATAGATGGCTTTAGCTTCACATTTTCTGATGCAAACAT
131 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACAT
* ** * * * *
65658 CAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAACATAAAATAAATTCAATGTAAAATCGTTGCAAATA-TT
1 CAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAATTTAAAATCATT-TAAAAAGTT
* * * * **
65722 ATAAATCCACTTGAAGAGAGTAACAGGGCTTTCGAAGGCACGAGCAACTATAAATGGACTTTTCT
64 ATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
65787 TGTTAATGGATGACTCTTGTTTCATGTTTCCCAATGCAAACAT
129 TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACAT
* * * * *
65830 AAAATTATGATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATCAATGTAAAATCATTTAAAAAAGGTA
1 CAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT-AAAAAGTTA
* * * * * * * * * * *
65895 TAAATTCATTTGAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCAT-AG-GCAACGAAAAATAGACTTTGC
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* * * ** **
65958 TTGTCAATGGATGACTTTTTCTTAATATTTCCCAACACAAACAT
128 TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACAT
* * *
66002 TAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAACAATTCAATTGAAAATCATTTAAAAAGTT
1 CAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAA-AATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTT
** * * * **
66067 ATAAATCCACTTAAAGTAAGTAACATA-GCTTTCGAAGGCATGAATGAATATAAATGAACTTGGC
64 ATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACA-AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
66131 TTGTTAATAGATGGCCTTTGCTTTACATTTCCCAATGCAAATAT
128 TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACAT
* * * * * * *
66175 CAAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAACAAAATTTAATCTAAAATTATTTTAAAAGTTA
1 CAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA-AAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTA
* * * ** * *
66240 TAAATCTACATT-AAGCGAGTAACAAAGCTTTCAAAGATATAAGTGACTATAAATGGA-TTTTTT
65 TAAATCCAC-TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * *
66303 TGTCAATGGATAGATTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAATAT
129 TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACAT
** * * *
66346 CAAATTATGATCCATTTTAACCAAAAA--T-AAAAAA---AATCTAAAATCAGTTAAAAAGTTAT
1 CAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTAT
* * * * * * * *
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* * * **
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131 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACAT
* * * * * * * * * *
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1 CAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCAATTTAAAATCATTTA-AAA-AGT
** * * * * * *
66574 TATAAATCCACTTAAAAAGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTATGAGAGATTATAAATGAACTTTTT
63 TATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * *
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128 TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACAT
* * * * *
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1 CAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-ATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTA
* * ** *
66744 TAAATCCAGTTAAAGCGAGTAACAAGACTTTCGAAGGCATGAACGACTATAAATGGACTTTTCTA
65 TAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * *
66809 GTTAATAGATGACTTTTGCTTGATGTTACCCAATGCAAACAG
130 GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACAT
* * * * * *
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1 CAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTAT
* ** ** * * *
66916 GAATATACTTACAA-TAAGTAACATGGCTTGT-GAAGGTAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
66 AAATCCACTTA-AAGCGAGTAACAAGGCTT-TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** * * **** *
66979 TATCAACAGATGGTTTTTGCTTCATGTTTTGTGATGCACACAT
129 TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACAT
* *
67022 CAAATTATGATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATACAATTTAA
1 CAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAATTCAATTTAA
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* * *
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* * *
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* * ** * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * ** *** *
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1 AGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAAC
* * * *
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65 ATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAAAT-AAAAAAT-TC-AATTCAAAATCATTTAAAAAGT
* * * * *** * *
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* * * *** * *
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* * * * * *
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* *
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* * * **
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* *
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* * * * * *
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* * ** *
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* * * * *
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256 CCAAAAATATAAAAAATTCAATCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAA
*
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321 CAAGGCTTTC--A-G-ATA
* * * * * ** *
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1 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACA
* ** ** *
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* * **
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** * * * * *
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* * * * *
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255 ACCAAAAATATAAAAAATTCAATCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTA
* *
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* * * * * ** * **
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1 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACA
* * * * *
65657 TCAAATTATGATATGTTTTAACTAAAAACATAAAATAAATTCAATGT-AAAATCGTTGCAAATA-
66 TCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAA-AT-AAA-AAATTCAAT-TCAAAATCATT-TAAAAAG
* * * * *
65720 TTATAAATCCACTTGAAGAGAGTAACAGGGCTTTCGAAGGCACGAGCAACTATAAATGGACTTTT
126 TTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * * *
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* * * * * * * * **
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256 CCAAAAATAT-AAAAAATTCAATCTAAAATCATTT-AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGT
* * *
65915 AATAAGACTTTTGAAGGCATA
319 AACAAGGC-TTT-CA-G-ATA
* ** * * * * * * * **
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1 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACA
* *
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* ** * * *
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126 TTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACA-AGGCTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * * * * *
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1 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACA
** *
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66 TCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAAATAAAAAATTCAATTC-AAAATCATTTAAAAAGTTAT
* * * * * * *
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* * ** * * * *
66470 TTAATGGATGGCTTTGGCTTCACATTTCCTGATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTGACCAA
195 TTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAATATCAAATTATGATCTATTTTAACCAA
* * * * * *
66535 AAATATAAAATAGATTTAGTGTCAAAT-AATTACAAATA-TTATAAATCCACTTAAA-AAGAGTA
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* *
66597 ACAAGGCTTTTGAAGGTATG
320 ACAAGGC-TTT-CA-G-ATA
* * * * * * *
66617 AGAGATTATAAAT-GAACTTTTTTTATCAATAGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAATGC-AAT
1 AGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAAC
* * *
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* * * *
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127 TATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * *
66935 AACATGGCTTGTGAAGGTAA
319 AACAAGGCTT-T-CAGAT-A
* * ** * **** *
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1 -AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAAC
* * *
67020 ATCAAATTATGATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
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67058 AATACAATTT
Statistics
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TCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAAATAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTAAAAAGTTATA
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TAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAATATCAAATTATGATCTATTTTAACCAAA
AATATAAAAAATTCAATCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGG
CTTTCAGATA
Found at i:65195 original size:507 final size:503
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* * * * * ** *
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* ** *
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** * * ** * ** *** *
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* ** * * *
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* * * *
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253 AATA-TAAAAAA--TTCAATCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACA
* * * *
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* * * * *
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* * ** ** * * *
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64581 C
503 C
* * * * ** * * *
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1 TATAAATGAACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTGATGCAAACTTCAAAT
* * *
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* ** * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * ** *
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* * *
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* * *
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* *
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445 TTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAATGAATAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGAC
* * *
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1 TATAAATGAACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTGATGCAAACTTCAAAT
*
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66 TATGATCTGTTTAACCAAAAA-ATAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCA
* * * * * * ** *
65221 CTTAAAACAAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTAGAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA
130 CTTAAAGCGAGTAAAAA-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGG
* ** * * * * *
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194 ATGACTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACCAAAAATAT-
** * * *
65351 AACAAAATTCAATCTAAAATTTTTTAAAAGGTTATAAATGCACCTT-AAGCGAGTAACAAGGCTT
258 AA-AAAATTCAATCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCA-CTTAAAGTGAGTAACAAGGCTT
* * ** * *
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321 TC----AAATGAGTGACTATAAATAGAC-TTTGCTAGTCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTC
* * ***
65479 CTAATGCAAATATTAAATTATGATCCATTTTAACC-AAAA-ATAAAA-AA--AATTCTAAAATCA
381 CTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATCAATTC-AAAATCA
* * * * * * * * *
65539 ATTAGAAAGTTATAAATACACTT-AAA-GCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATAAGCGAC
445 TTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAATG-AA-TAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGAC
* * * * *
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1 TATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCA-AGTTTCCTGATGCAAACTTCAA
* * * * * *
65661 ATTATGATATGTTTTAACTAAAAACATAAAATAAATTCAATGTAAAATCGTTGCAAATA-TTATA
64 ATTATGATCTG-TTTAACCAAAAA-ATAAAA-AAA-TCAATTTAAAATCATT-TAAAAAGTTATA
* * ** * **
65725 AATCCACTTGAAGAGAGTAACAGGGCTTTCGAAGGCACGAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTGT
124 AATCCACTTAAAGCGAGTAA-AAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
* * * * * *
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188 TAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACCAAA
* * * * * * * *
65855 AATGTAAAAAAAATCAATGTAAAATCATTTAAAAAAGGTATAAATTCATTTGAAGTGAGTAATAA
253 AATAT-AAAAAATTCAATCTAAAATCATTT-AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAA
* * * * * * * *
65920 GACTTTTGAAGGCAT-AG-GCAACGAAAAATAGACTTTGCTTGTCAATGGATGACTTTTTCTTAA
316 GGC-TTTCAA---ATGAGTG--ACTATAAATAGACTTTGCTAGTCAATGGATGGCTTTTACTTCA
** * ** * * * *
65983 TATTTCCCAACACAAACATTAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAACAATTCAATT
375 CGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAA--TATAAAACAA-TCAATT
* * * *
66048 GAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGT-AAGTAACATA-GCTTTCGAAGGCATGAA
437 CAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAATGAA-TAACA-AGGCTTTCGAAGGTATGAG
*
66111 TGAA
500 TGAC
** * * * **
66115 TATAAATGAACTTGGCTTGTTAATAGATGGCCTTTGCTTTACA-TTTCCCAATGCAAA-TATCAA
1 TATAAATGAACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCA-AGTTTCCTGATGCAAACT-TCAA
* * * * * * *
66178 ATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAACAAAATTTAATCTAAAATTATTTTAAAAGTTATAA
64 ATTATGATCT-GTTTAACCAAAAA-ATAAA-AAAA-TCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAA
* * ** * *
66243 ATCTACATT-AAGCGAGTAACAAAGCTTTCAAAGATATAAGTGACTATAAATGGA-TTTTTTTGT
125 ATCCAC-TTAAAGCGAGTAA-AAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
* * * *
66306 CAATGGATAGA-TTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAATATCAAATTATGATCCATTTTAACC-A
188 TAATGGAT-GACTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACCAA
* * * *
66369 AAA-ATAAAAAA---AATCTAAAATCAGTTAAAAAGTTATAAATACACTTAAAGTGAGAAATAAG
252 AAATATAAAAAATTCAATCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAG
* * * * * ** *
66430 GATTTCGAAGGCATGAGCGACTATAAATAGACTTTCCTTGTTAATGGATGGCTTTGGCTTCACAT
317 GCTTTC-AA---ATGAGTGACTATAAATAGACTTTGCTAGTCAATGGATGGCTTTTACTTCACGT
* * * * *
66495 TTCCTGATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTGACCAAAAATATAAAATAGATTTAGTGTC-A
378 TTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATATAAAACA-A-TCAAT-TCAA
* * * * *
66559 AAT-AATTACAAATA-TTATAAATCCACTTAAAAAGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTATGAGAGA
440 AATCATTTA-AAA-AGTTATAAATCCACTTAAAATGAATAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGA
*
66622 T
503 C
* * * * **
66623 TATAAATGAACTTTTTTTATCAATAGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAATGC-AA-TATCAAA
1 TATAAATGAACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTGATGCAAACT-TCAAA
* * *
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* * ** *
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128 CACTTAAAGCGAGTAAAAAG-CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAAT
* * * * * *
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192 GGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACCAAAAATA
* * * * ** * *
66880 TAAAATAATTCAATTTAAAATTATTTAAAAAGGTATGAATATACTTACAA-TAAGTAACATGGCT
257 TAAAA-AATTCAATCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTA-AAGTGAGTAACAAGGCT
* * * * ** * * *
66944 TGTGAAGGTAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAACAGATGGTTTTTGCTTCATGTTT
320 T-TCAA---ATGAGTGACTATAAATAGACTTTGC-TAGTCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTT
** * * * * *
67008 TGTGATGCACACATCAAATTATGATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
380 CCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATATAAAA
67056 AAAATACAAT
Statistics
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0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (503 bp):
TATAAATGAACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCTGATGCAAACTTCAAAT
TATGATCTGTTTAACCAAAAAATAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
TTAAAGCGAGTAAAAAGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGAT
GACTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACCAAAAATATAAA
AAATTCAATCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAAA
TGAGTGACTATAAATAGACTTTGCTAGTCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCTAATGCAAA
CATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATCAATTCAAAATCATTTAAAAAGTT
ATAAATCCACTTAAAATGAATAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGAC
Found at i:67663 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 67276--67812 Score: 421
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 171
67266 TATAAGTGAC
* * * ** * * *
67276 TATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTCTT-GCTTCATGTTTC-CTAATGAAAATACCAA
1 TATAAATAGACTTTTCTTATTAATGGATGGCTTTTCGC-TCACATTTCTC-AATGCAAACATCAA
* * * * * * * *
67339 ATTATGATTCATTTTAATCAAAAAGGAAAA-AAATCAATTTAAAATCAGTT-A-AAAGTTATAAA
64 ATTATGATCCGTGTTAACCAAAAATGAAAACAAATCAATTTAAAATCATTTAAGAAAGGTACAAA
* * * * * * * ** * * *
67401 TCCACTT-AAATTGAGTAAGAAGGCTCTCAAAATCATGAGTAAT
129 T-CTCTTAAAAGTGAGTAACAGGGATTTCGAAGGCATAAGCAAA
* *
67444 TATAAATGGTCTTGTT-TT-TTAATGGATGGCTTTTCGCTCACATTTCTCAATGCAAACATCAAA
1 TATAAATAGACTT-TTCTTATTAATGGATGGCTTTTCGCTCACATTTCTCAATGCAAACATCAAA
* * * * * * * *
67507 TTATGTTCTGTTTTAACTAAAAATATAAAACAATTTAATTTAAAATCATTTAA-AAAGGTACATA
65 TTATGATCCGTGTTAACCAAAAAT-GAAAACAAATCAATTTAAAATCATTTAAGAAAGGTACAAA
* *
67571 TCTGC-TAAAAGTGAGTAACATGGATTTCGAAGGCATGAGCAAA
129 TCT-CTTAAAAGTGAGTAACAGGGATTTCGAAGGCATAAGCAAA
* * * *
67614 TATAAATAGACTTTTCTTATTAATGGATGG-TTTTTGCTTCACGTTTCTCAATGTAAATATCAAA
1 TATAAATAGACTTTTCTTATTAATGGATGGCTTTTCGC-TCACATTTCTCAATGCAAACATCAAA
* * *
67678 TTATGATCCGTGTTAACCAAAAATGACAACAAATCAGTTTAAAATCATTTAAGAAAGGTATAAAT
65 TTATGATCCGTGTTAACCAAAAATGAAAACAAATCAATTTAAAATCATTTAAGAAAGGTACAAAT
* * * * * ** *
67743 CTCTTTAAAGTGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGTATAAGTGAC
130 CTCTTAAAAGTGAGTAACAGGGATTTCGAAGGCATAAGCAAA
* *
67785 TATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGAT
1 TATAAATAGACTTTTCTTATTAATGGAT
67813 AGCTNNNNNN
Statistics
Matches: 293, Mismatches: 63, Indels: 23
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 50 0.17
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TATAAATAGACTTTTCTTATTAATGGATGGCTTTTCGCTCACATTTCTCAATGCAAACATCAAAT
TATGATCCGTGTTAACCAAAAATGAAAACAAATCAATTTAAAATCATTTAAGAAAGGTACAAATC
TCTTAAAAGTGAGTAACAGGGATTTCGAAGGCATAAGCAAA
Found at i:69085 original size:172 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 172 Copynumber: 3.8 Consensus size: 169
68897 AACGAGTAGC
* ** * *
68907 AAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCACATATAGTCACTCATGCCTTCGAATGCCTTATTTCT
1 AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATGCCTTCGAA-GCCTTATTGCT
* * ** *
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65 CATCT-AAGTGGATTTATACCTTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTATATTTTTAGTTA
* * *
69037 AAACAGATAATAATTTGATGTTTACA-TGAAAAAACGTGAAGT
128 AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTG-AGAAACGTGAAGT
* * *
69079 AAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTGGCTCATGCCTTCAAAAGCCATGTTATT
1 AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATGCCTTC-GAAGCC---TTATT
* *
69144 GGCT--T-TAAGTGGATTTATACCTTTTTAAATGACTTTAAATTGAATTTTTTTTATATTTTTGG
62 -GCTCATCTAAGTGGATTTATACCTTTTTAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTATATTTTTAG
* * * *
69206 TTAAAA-TGAATCATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACATGACGT
125 TTAAAACAG-ATCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGT
* * * ** * *
69251 AAAAGCTATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTGTGCCTTCGTAAGCCATGTTGCT
1 AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATGCCTTCG-AAGCCTTATTGCT
* * * * *
69316 CACTTTAAGTGGATTTATACCTTTTTAAATAATTTTAAATTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTAA
65 CA-TCTAAGTGGATTTATACCTTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAA
* *
69381 AACATATCATAATTTTATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGT
129 AACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGT
* * * * ** *
69422 TAAAGCCATCCATAT-A-AAAAAAATGACCATTTATA-TACGTTCATATCTTCGAAAGCCTTGTT
1 AAAAGCCATCCAT-TGACAAGAAAA-GTCCATTTATAGT-CGCTCATGCCTTCG-AAGCCTTATT
* * * * * * * * *
69484 ACTTGC-TCTTAGTGGATTTATGA-CTTTTTAACTAATTTTGAATTG-ATTTCTTT-CATTTATG
62 GC-T-CATCTAAGTGGATTTAT-ACCTTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTA
*
69545 GTTAAAACAAATCATAATTT
124 GTTAAAACAGATCATAATTT
69565 AGTATTTACA
Statistics
Matches: 403, Mismatches: 63, Indels: 43
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 28 0.07
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174 1 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCATGCCTTCGAAGCCTTATTGCTC
ATCTAAGTGGATTTATACCTTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAA
CAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGT
Found at i:69500 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 68978--69564 Score: 578
Period size: 172 Copynumber: 3.4 Consensus size: 167
68968 TTCTCATCTA
* * * ** * * *
68978 AAGTGGATTTATAACATTTTAAATGATTTTGGATTGAATTTCTTTTATATTTCTAGTTAAAACAG
1 AAGTGGATTTATACCTTTTTAAATAATTTTAAATTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACA-
* * *
69043 ATAATAATTTGATGTTTACA-TGAAAAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCC
64 ATCATAATTTGATGTTTGCATTG-AGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATT-A-AAAAAAAGTCC
* * * *
69107 ATTTATAGTGGCTCATGCCTTCAAAAGCCATGTTA-TTGGCTTT
126 ATTTATA-TAGTTCATGTCTTCGAAAGCCATGTTACTT-GCTTT
* * * *
69150 AAGTGGATTTATACCTTTTTAAATGACTTTAAATTGAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATGA
1 AAGTGGATTTATACCTTTTTAAATAATTTTAAATTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-CA
* * * *
69215 ATCATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACATGACGTAAAAGCTATCCATTAACAAGAAAAGTCCA
64 ATCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTAA-AA-AAAAGTCCA
* * * **
69280 -TT-TATAGTTGCTTGTGCCTTCGTAAGCCATGTTGCTCACTTT
127 TTTATATAGTT-CATGT--CTTCGAAAGCCATGTTACTTGCTTT
* *
69322 AAGTGGATTTATACCTTTTTAAATAATTTTAAATTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTAAAACATA
1 AAGTGGATTTATACCTTTTTAAATAATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-A
* * *
69387 TCATAATTTTATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTTAAAGCCATCCATATAAAAAAAATGACCAT
65 TCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCAT-TAAAAAAAA-GTCCAT
* *
69452 TTATATACGTTCATATCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTCTT
128 TTATATA-GTTCATGTCTTCGAAAGCCATGTTACTTGCT-TT
* * * *
69494 -AGTGGATTTATGA-CTTTTTAACTAATTTTGAATTG-ATTTCTTT-CATTTATGGTTAAAACAA
1 AAGTGGATTTAT-ACCTTTTTAAATAATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-A
69555 ATCATAATTT
64 ATCATAATTT
69565 AGTATTTACA
Statistics
Matches: 348, Mismatches: 49, Indels: 39
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 27 0.08
170 19 0.05
171 123 0.35
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173 14 0.04
174 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (167 bp):
AAGTGGATTTATACCTTTTTAAATAATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAT
CATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTAAAAAAAAGTCCATTTA
TATAGTTCATGTCTTCGAAAGCCATGTTACTTGCTTT
Found at i:70411 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 69705--73400 Score: 2457
Period size: 172 Copynumber: 21.7 Consensus size: 170
69695 NNNNNNTTTT
* * * * **
69705 GAAGGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTCTCTTCACATTTC-CT
1 GAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCTC-
* * * * * * *
69769 GATGCACATATGAAATTATGATCTATTTTAACTAAAAATGTAATAAAAAATTCAAGTTAAAATCA
65 AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATG---TAAAAAATTCAATTTAAAATCA
* * * *
69834 TTTCAAAAA-TTATAAATCCACTTAAATTGAGTAACAACGTTTTT
127 TTT-AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTC
* ** * * ** * *
69878 GAAGGCATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGAAT-ACTTTAACTTCACATTTTTT
1 GAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG-ATGGCTTTCACTTCATGTTTCTC
* * * * *
69942 GATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAATCAAAAATATAAAAGAAATTCAATTTGAAATCAT
65 AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAA-AAATTCAATTTAAAATCAT
*
70007 TTCAAAAA-TTATAAATCCACTTAAA-TCGAGTAACAAGGCTTTT
128 TT-AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGT-GAGTAACAAGGCTTTC
* * * * * ** * * *
70050 GAAAGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATTGATAGCTTTTGCTTCATGCTTCCCT
1 GAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCTCA
* * * * * *
70115 ATGTAAATA-CTAAATTATGATACT-TTTTAACCAGAAATG-AAAGAAA-TCAATTCAAAATTAG
66 ATGCAAACATC-AAATTATGAT-CTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAATTTAAAATCAT
* ** *
70176 TTAAAAAGTCATAAATCCAC-TAAGAGCCAGTAATAAGGCTTTC
128 TTAAAAAGTTATAAATCCACTTAA-AGTGAGTAACAAGGCTTTC
* * * * * * * **
70219 GAA-G-ATATGAGCATATATAAATGGTCCTTTCTT-TTATATGGATGGCTTTCATTTCACATTTC
1 GAAGGCATAAGTG-A-CTATAAATGGACTTTTCTTGTCA-ATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTC
* * *
70281 TCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAACAAATTTAATTTAAAATTA
63 TCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAATTTAAAATCA
* * * * *
70346 TTTAAAAAGATATAAATCCACTTAAAGTGAGCAATATGGCTTGC
127 TTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTC
* * * * * * *
70390 GAAGGCACAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATAGCTTTTAATTTATGTTTC-CT
1 GAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCTC-
* *
70454 AATGCAAACATCAAATTATGAT-TCGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAATTTAAAGTCA
65 AATGCAAACATCAAATTATGATCT-GTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAATTCAATTTAAAATCA
* * * ** * * *
70518 TTTAAAAAGGTAAAAATCGACTTAAAGCCAATAACATGGCTTTT
127 TTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTC
* ** * * * * * * *
70562 GAAGGCATGAGCCACTGTAAATGGATTTTTTTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTTTCA
1 GAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCTCA
** * * **
70627 ATAAAAACATCAAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAATAAATTCAATCCAAAATCATT
66 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAA-AAATTCAATTTAAAATCATT
** * * *
70692 TAAACTGTTATAAATCCACTT-CAGATGAGAAATAAGGCTTTC
129 TAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-TGAGTAACAAGGCTTTC
* * * ** * ** *
70734 GTAGGCGTGAGTGACTATACGTGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTC-TCGTTTCCC
1 GAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCAT-GTTTCTC
* * * * * * * *
70798 ATTGAAAACATCCAATTATGATTTGTTTTTACCAAAAATGTGAAAAAA-TCAATTCAAACTAATT
65 AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAATTTAAAATCATT
* * * * ** *
70862 TAAAAATTTATGAATCAACGTAAAGCAAGTAACAAAGCTTTC
129 TAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTC
* * *
70904 GAAGGCATAAATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGG-TTTTAGCTTCATGTTTACT
1 GAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCA-CTTCATGTTT-CT
* * * * *
70968 -AATGCAAACATCCAATTATGATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATAAATTTTAAATCATT
64 CAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATT
**
71032 TAAAAAGTTATAAATCCACTT--A--GAG---CAA-G-TAAC
129 TAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTC
* * * * * *
71065 -AAGGCATGAA-TGACTACAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTACATCATGTTTCCC
1 GAAGGCAT-AAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCTC
* * * * * **
71128 AATGCAAACATAAAATTATGATTTGTTTCAACTAAAAATGTAAAAAAGAAATTCAATTCAAAGCC
65 AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT---AAA-AAATTCAATTTAAAATC
* ** * * *
71193 ATTT--AAAGTTATAAAT-CTCTTAAAGCAAGCAACATGGCTTTT
126 ATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTC
* * * ** *
71235 GTAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGAGGGCTTTTTCTTCGCAT-TTCCT
1 GAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTT--CATGTTTCT
* * * * * *
71299 -GATGGACACATCAAATTATGATTTGTTTTAACCAAAATTG-ATAAAAATTTAATTTTAAAATCA
64 CAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATTCAA-TTTAAAATCA
* *** * ** * *
71362 TTT-ATAAGATTATAAAAATATTTAAAGTGACCAACTAGCCTTTC
127 TTTAAAAAG-TTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTC
* * * * * * * *
71406 GAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACATTACTT-ACTAGTGGATGGCTTTCA---CA--TTTCTT
1 GAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCTC
* ** * * * * * * ** *
71465 GATGTGAACATCACATTATGATATATTTTTA-TAAATGAA-GCAAAAGAGATTCAGCTTCAAATC
65 AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAA--AATGTAAAA-A-ATTCAATTTAAAATC
*
71528 ATTTAAAAAGTTGTAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTC
126 ATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTC
** * *
71573 -ATAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTTCTTGTCAATGGATGTTTTTCACTTTAGGT
1 GA-AGGCATAAGTGACTATAAATGGA-----CTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCATGT
* ** *
71637 TTC-CTAATGGAAACATCAAATTACAATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAA
60 TTCTC-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAA
* ** ** *
71701 TCATCTCTAAAGTTATAAATCCAAATAAAGTGAGGAACAAAGG-TTTC
124 TCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAAC-AAGGCTTTC
* * *** *
71748 GAAGGCATGAA-TGACTATAAATGGACTTTTTGTTATCAATGGATGGCTTTTGGTTAATGTTTC-
1 GAAGGCAT-AAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCT
* * * **** * *
71811 CTATTGCAAATATCAAATTATGATCTATTTTTTTAAAAAAAGTAAAAACAAAAATTCAATTCAAA
64 C-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT----A-AAAAATTCAATTTAAA
* * * *
71876 ATCATTTAAAAAGTTATAAATCCATTTAAACTGAGGAATAAGGCTTTC
123 ATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTC
* * * * *
71924 GAAAGAATAAGTGACTATAAATGAACTTTT-TCTATCAATGGATGGCTTTCGC-TCTATGTTT-T
1 GAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTCACTTC-ATGTTTCT
* * ** * **
71986 CTAGTGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAACATTCTATGCAAAATC
64 C-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAA-ATTCAATTTAAAATC
* * * * *
72051 ATTTAAAAAGGTGTAAATCAACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
126 ATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTC
* * * ** * * *
72096 GAAGGCATGAA-TGAGTACAAATGGACTTTTCTTCTCAACAGATGGCTTTCACTTTATGTTTTTT
1 GAAGGCAT-AAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCTC
* * * * *
72160 AATGAAAACATTAAATTATTG-CCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATTCAATTTAATATCA
65 AATGCAAACATCAAATTA-TGATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAA-AATTCAATTTAAAATCA
** * * *
72224 TTTCTAAAGTTATAAATCC-CAATAAAGTGAGGAATAAGG-TTTC
127 TTTAAAAAGTTATAAATCCAC-TTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTC
* * * * * * * *
72267 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTTTGTTATTAATGGATAGCTTTCACTTAACGTTT-TC
1 GAAGGCATAAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCTC
* * * * * *
72331 TATTGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTTCAATTCAAAATAAT
65 -AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAATTTAAAATCAT
* * * *
72396 TTAAAGAGTTATAAATCTACTTAAAGTAAGGAACAAGGCTTTC
128 TTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTC
* * * ** * *
72439 AAAGCCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTAATGTTTCCCA
1 GAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCTCA
* * *
72504 TTGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCACAAATGTAAAAAAAAAAAATTCAATTGAAAAT
66 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT------AAAAAATTCAATTTAAAAT
* **
72569 CATTTAAAAAGTTATAAATCTACTTAAAGAAAGTAACAAGGCTTTC
125 CATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTC
* * * * * * *
72615 GAAGGTATGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTATCAATAGATGACTTTCGCTTCATGTTTC-CT
1 GAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCTC-
* * * * * * *
72678 GATGCAAACATCAAATTATGATATATTTTAATCAAAACTGTAAAAAATTTAATTTAAAATAATTT
65 AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * * * *
72743 ----AGTTATAAACCCAATT-AACTAGAGTAACAAGACTTTT
130 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGT-GAGTAACAAGGCTTTC
* ** * * ** * ** **
72780 TAAGAAATAAGTGACTACAAATAGACTTTTCTCATCAATGGATGGCTTTCATTTCACATTTCTTG
1 GAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCATGTTTCTCA
* * * * * *
72845 ATACAAACATTAAATTCTGGTATGTTTTAACCAAAAATATAAAAACA-TCAA-TTAAAATCATTT
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* * *
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* * * * *** *
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**** * * * *
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* * *
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* * * * * * * * ** * * * **
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* * * *
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* * * ** *** *
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** * * * * * *
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* * * *
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Statistics
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * * ** * *
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* *
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* * * ** * * * * ** *
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* * * * * ** *
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* * ** *
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* * * *
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* * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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**
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *** *
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* * *
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** * * *
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** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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** *
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* * * * *
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** * *
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* * * * *
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*
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* * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* ** * * * ** *** ** ***
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* * * **
73183 ATACAAATATCAAATTATGATCTATTTTAACCAAAAAATGTGAGCAAAA-TCAATTTAAAATCAT
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* * * ** * * * * * *
73247 TGAAAAAGTTATAAATGCACTTAGAGCAAGTAGTGAGGTTTTCGAAGGCATGGGCGACTACAAAT
129 TTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* * * * * * *
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194 GAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTT-CTAATGCAAACATCAAATTATGAT
* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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** * * ** *
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* * *
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* * * * * * * * *
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*
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* * * *** * * * *
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* * ** * * *
75290 ATTTAAAAGGTTATAAACCCACTTAAAACGAGT-ATCAAGGC-TTCTGAAGACATTAGTGACAAT
127 ATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTTTC-GAAGGCATGAGTGACTAT
* * ** * * *
75353 AAGT-AGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCCTTCACTTCAC-ATTTCTCAATGCCAGCATCAAATT
190 AAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCT-AATGCAAACATCAAATT
* * * *
75416 ATGATCTATTTTAACCAAAAAA-ATAAAAAAAATTTAATCTAATATCATTTAAAAAGTTATAAAT
253 ATGATCTGTTTTAA-CAAAAAATAT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT-AAAAGTTATAAAT
* *
75480 CCACCTT-AAGTGAGTAATAAGGCTTTC
315 CCA-CTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTC
** ** * * ** ***
75507 GAACACATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATCGATAGCTTTCACTTCATGTTTCTTG
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* * * *
75572 ATACAAATATCAAATTATGATCCGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAATT-AATTTAAAATCAATT
66 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * * * *
75635 AAAAAGTTATAAATACACTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-A
131 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA
* * * * * * *
75699 GACTTTTCTTGTCAATGGGTGGCATTGGGTTCAAG-TTTCTAAATGCAAACATCAAACTATGATA
196 -ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCT-AATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * *
75763 TGTTTTAACTAAAAATTTAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTCAAAAATTATAAA-CCAATTT
259 TGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT-AAAAGTTATAAATCC-ACTT
*
75827 CAAGTAAGTAACAAGGCTTTC
321 AAAGTAAGTAACAAGGCTTTC
* * ** * * * * * * **
75848 GAAGGTAAGAGCAACTGTAAATAGACTTTTTTTGTCAATGGTTAGCTTTTGCTTCATGTTTTCTG
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* * * * * *
75913 ATGCAAATATCAAATTATGATCCGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAACTCAATTTAAAATTAGTC
66 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * * ** * * * *
75977 AAAAAGTTATGAATCCATTTGAAGAAAG-AAAAGAGGCTTTTGAAGGCATGACTAACTATAAAT-
131 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * * * * *
76040 AGACTTTTCTTGTGAATGAATAGCTTTAGCTTTACGTTTCCTAGA-GCAAACATCAAATTATGAT
195 A-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTA-ATGCAAACATCAAATTATGAT
* * * * *
76104 CTATTGTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAATTAAAAATCATTTAAAAAGTTACAAATCCACTTA
258 CTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT-AAAAGTTATAAATCCACTTA
* * *
76169 GAGAAAGTAACAAGGCTTTT
322 AAGTAAGTAACAAGGCTTTC
* * ** * ** *
76189 GAAGGCATGA-TTAGCTACAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGTTTTTTACTTCACATTTCCT
1 GAAGGCATGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCC
* * * * * *
76253 AATGCAAA-AGTTAAGTCATGATCTTTTTTATCCAAAAATGTAAAAACAAATTCAATTCAAAATC
65 AATGCAAACA-TCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAA-AAATTCAATTTAAAATC
* * * * * *
76317 ATTTAAAAAGTTATAAATCCCCTTAAAGCGAGCAACAAAGCTTTC-ATAGGCATAAGTGACTATA
127 ATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCATGAGTGACTATA
* * ************ * * * *
76381 AATGGACTTTTCTTATTGNNNNNNNNNNTTTGCTTCAC-ATTTCTAGATACAGACATAAAATTAT
191 AATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTA-ATGCAAACATCAAATTAT
* * * * * *
76445 GATCCGTTTTAAC-CAAAAT-TGATAAAAATTCAATTTTAAAATCATTTATAAAATTATAAAACT
255 GATCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAA-TTTAAAATCATTTA-AAAGTTATAAATCC
* * *
76508 ATTTAAAG-AGACTAACTAGGCTTTC
317 ACTTAAAGTA-AGTAACAAGGCTTTC
* * * ** ** * * *
76533 GAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGTTGATGGATGGCTTTCACTTTAGGTTT-CCT
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* * * * *
76597 ATAGTAAACATCAAATTTTGATTTGTTTTTA-CAAAAGATGTAAAAAGAATTCAACTTAAAATCA
66 AT-GCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAA-AATTCAATTTAAAATCA
* * *
76661 TTTAAAAAGTTGTAAATCCACTTAAA-TGAGTAATAAGACTTTCGAGGGCATGAGTGACTATAAA
128 TTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * *
76725 TGAGCTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCAAGTCTTTC-AA-GCAAATTGCAATCAAATT
193 TGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGT-TTTCTAATGCAAA---C-ATCAAATT
* * * * * * *
76788 ATGATATGTTTTAAC-TAAAAT-TGATAAAAATCCAATTTTAAAATCATTTATATGATTATAAAA
253 ATGATCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAA-TTTAAAATCATTTAAAAG-TTATAAAT
* * ** * ** *
76851 CTATTTAAAGCGACTAAGTA-GCTTTT
315 CCACTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTC
* * * * * * *
76877 GAAGGTATTAGTGACTGTAAATGAACTTTTCCTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCC
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* * * * * * ** *
76942 ATGCAAACATTAAATGATGATCTGTTTTAGCTAGAAATGTAAAAATATT-TGTTTAAAATGATTT
66 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * * * * *
77006 AAAAAGTTATAAATTCATTTAAAGCGTGTAACT-GGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATG
131 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * * * * *
77070 AA-TTCTTCCTCTCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGCTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
195 AACTT-TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * *
77134 TGTTTAAACCCAAAGA-ATAAAAAAATTCAATTGAAAATCATTTGAAAAGTTATAAATCCACTTA
259 TGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT-AAAAGTTATAAATCCACTTA
* * *
77198 AAGAAAGTAACAAAGCTTTT
322 AAGTAAGTAACAAGGCTTTC
* * * * * * *
77218 GAATGTATGAGTGTCTATAAATGGACTTTTCTTTTTAATGGAT-GTTTTTCACTTCATGTTTCCC
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT-GCTTCATGTTTCCC
* * * *
77282 AAT-CAAAACGTCAAATTATGATCTCTTTTAACAAAAAATATAAAAAGAATTCAATTTAAAATCA
65 AATGC-AAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAATTTAAAATCA
* * * * *
77346 TTTATAAAGTTAT-GATCCACATAAAGTGAAG-AATAAGGCTTTCAAAGACATGAGTGACTATAA
128 TTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAA
* * * ** * ** * * * *
77409 ATGGACTTTTTTTGTCAATGGATGACTTTCACTTAACGTTACCCATTGCACACATCCAATTATGA
192 ATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGA
* * * ** *
77474 TCTATTTCAACTAAAAAGGTCAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTAAAAGGTTATAAATCCACT
257 TCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAA-GTTATAAATCCACT
* * *
77539 TAAAGGGAAG-AATAAGGTTTTC
320 TAAA-GTAAGTAACAAGGCTTTC
* * ** * *
77561 GAAGGAATAAGTGACTATAAAAAGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTAATGTTTCCCA
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* * * * * *
77626 TTGCAAACATAAAATTATGAACAGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTCAATTAAAAATCATTT
66 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* *
77691 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGCCATGAGTGATTATAAATGG
131 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-G
* ** * * *
77756 ACCTTTT-TTGTCAATGGATGATTTTTGCTTCACATTTTCTCAATGGAAGCATCAAATTATGATC
195 AACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCT-AATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * * * * *
77820 TCTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAATTT-AAATAAACTAAAAAGTTATAAATCCATTTAA
259 TGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAAT-CATTTAAAAGTTATAAATCCACTTAA
*** * * *
77884 AACGAGGAATAAGGCTTTT
323 AGTAAGTAACAAGGCTTTC
* * * * * *
77903 GAAGGCATGTGTGACTATAAACGGACTTTACTTGTCAATGGCTGGCTTTTGCTTAATGTCTCCCA
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* * ** * *
77968 TTGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTTAACTACCAATATAAAAAAAATTCAATTCAAAATCAT
66 ATGCAAACATCAAATTATGATCTG-TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCAT
* ** * * * *
78033 TTAGAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGGAAGAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAAT
129 TTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* ** * * * * *
78098 AGAA-TTCTTTTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTAATGTTTCCTATTGCAAACATCAAATTAAGA
194 -GAACTT-TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGA
* ** * * *
78162 TTTGTTTTAA-ACCCAAATGTAGAAAAGATTCAATTGAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
257 TCTGTTTTAACA-AAAAATATA-AAAAAATTCAATTTAAAATCATTT-AAAAGTTATAAATCCAC
* *
78226 TCAGAGAG-AA-TAATAAGGCTTTC
319 TTA-A-AGTAAGTAACAAGGCTTTC
* * * * * * * * *
78249 AAAGGCACGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTAG-CAATGGACGTCTATTACTTTATGTTTTTC
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCC
* * *
78312 CAATGAAAACATCAAATTATGATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAT-AATTTAAAATCAT
64 CAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAT
*** * * * *
78376 TTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAACCA-AAACTAAGGCTTTCAAAGACATGAGTGGCTATAAA
129 TTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAA-TAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * * * * *
78440 TGGACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTTT-TGGATTCAAACAACAAATTATGA
193 TGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCT-AATGCAAACATCAAATTATGA
* * * * *
78504 TCTG-TTTAA-ATAAAAATGTAAAAAAAATT-AATTTAAAATCATGTATAATTTATTAATCCACT
257 TCTGTTTTAACA-AAAAATAT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAGTTATAAATCCACT
78566 TAGAGAG-AA-TAACAAGGCTTTC
320 TA-A-AGTAAGTAACAAGGCTTTC
* * * * * * * * *
78588 AAAAGTATGA-TGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAGATGGCATTTGCTTAATGTTTACCA
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* * * * * * * * * *
78652 TTGGAAACATAAAATTATGATTTATTTTAACTAAAAAGGTAAAAAAAATTTAACTCAAAATCATT
66 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATT
* * * * *
78717 TAAAAAGTTATAAATCCCCATAAAGTGAAG-AACATGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
130 TAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* * * * * * *
78781 -AGACTTTTCTTGTTAATGGATAGCTTTTGCTTAATG-TTTCTCACTGTAAACATAAAATATATG
194 GA-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCT-AATGCAAACATCAAAT-TATG
* * * *
78844 ATCTATTTTAATC--AAAATGTAAAACAGTTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
256 ATCTGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT-AAAAGTTATAAATCCAC
* *
78907 TTAAAGCAAAG-AACAAGACTTTC
319 TTAAAG-TAAGTAACAAGGCTTTC
* * * * * * * *
78930 GAAGGCTTTAGTGACTATAAATGTACTTTTCTTATCAATAGATGGCTTTTGCTTAATGTTTTCTA
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* * ** * * * * *
78995 GTACAAACATCAAATTACAATCTGTTGTAACCAAAAATTTAAAAAAACTCCATTCAAAATCATTT
66 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * * * * ** * *
79060 TAAAAGTCATAAATCCAATTAAAGAGAGGAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGAATAT-AATGG
131 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA
* ** * ** * * *
79124 ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCCTTCACTTAATATTTTCCATTGCAAACATCAAATTATGATTTG
196 ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTG
* * * * * * * * *
79189 TTTGATCAACAAATCTAAAAAAAAATCAATTGAAAATAATTTAAAAAGTTATAAATCCATTTAGA
261 TTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT-AAAAGTTATAAATCCACTTAAA
* *
79254 GTGAGTAATAAGGCTTTTC
324 GTAAGTAACAAGGC-TTTC
* * * * * **
79273 AAAGTCATGAATGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGAT-GTTTTCTGCTTCACATTTCTC
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT-TGCTTCATGTTTC-C
* * * *
79337 AAATGAAAACATCAAATTATGATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TAAATTTAAAATCAT
64 CAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAT
* * * * *
79401 TTAAAAAGTTATAAATCTACTTAAAATGA-TGAACAAGGCTTTCGAAGGTATAAGTGACTATAAA
129 TTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGT-AATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* *
79465 TGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTT-TAGATGTAAACATCAAATTA-G-
193 TGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTA-ATGCAAACATCAAATTATGA
* * *
79527 -CTG-TTTAAAACAAAAATATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCGTTTATAAGTTATAAATCCACT
257 TCTGTTTTAACA-AAAAATAT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAGTTATAAATCCACT
* *
79590 TAAA--AAGAATAACAAAGATTTC
320 TAAAGTAAG--TAACAAGGCTTTC
* * * * * * * * * **
79612 AAAAGTATGAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGAATGACTTTTGCTTAACATTTCCCA
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* * * * * * * * * *
79677 TTACAAACATCAAACTATGATCTATATTAACCAAAAAGGTAAAACAATTTAATTCAAAATCGTTT
66 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
** * * * *
79742 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGGAACAAGGCTTTTGAAGG-ATTAAGTGACTATAAAT-
131 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TGAGTGACTATAAATG
* * * * *
79805 AGACTTTTCTTGTCAATGGATGTC-TTTGCTTCACATTTTCTTATACAAATATCAAATTATGATC
195 A-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* *
79869 TGTTTTAACTAAAAATATAAAGAAAATTTCAATTCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTT
259 TGTTTTAACAAAAAATATAAA-AAAA-TTCAATTTAAAATCATTT-AAAAGTTATAAATCCACTT
* * *
79934 AGAGCGAA-TAATAAGGCTTTC
321 AAAG-TAAGTAACAAGGCTTTC
* * ** * *
79955 GAAGGCATGAGTGACTACAAATGGACTTTT-TTATCAATGGATGGCTTTCACTTCATATTTCCTA
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* * * * * *
80019 ATGCAAACATTAAATCATGATCTATTTTATCCAAAAATATAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTT
66 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* ** * * * * * *
80084 AAAAAGTTAGAAATCCACAAAAAGTGAGGAACATGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
131 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA
* * * * *
80149 ACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTG-TTTA-ATATTTCTCATTGTAAACATCAAATTATGATC
196 ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGT-TTTCT-AATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * * * *
80212 TATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTCAAAGTCATTTAAAAAGCTATAAATCCACTTA
259 TGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT-AAAAGTTATAAATCCACTTA
* * * *
80277 ATGTGAGGAATAAGGCTTTC
322 AAGTAAGTAACAAGGCTTTC
* **********************************************************
80297 AAAGG--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
****************************************** *
80360 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAATTCAATTCAAAATCATTT
66 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * * *** *
80425 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAACTGAGGAACAAGGCTTTCGAATAAATAAGTGACTATAAATGA
131 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA
* * * * * * ***
80490 ACTTTTCCTATCAATGGATGGCTTTTCCTTTATGTTTTCTAGTGCAAACATCAAATTATGATNNN
196 ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTG
******* * * ** * * *
80555 NNNNNNNAAAAAATGTAAAAAACATTCTATGCAAAATCAGTTAAAAAGTTGTAAATCAACTTAAA
261 TTTTAACAAAAAATATAAAAAA-ATTCAATTTAAAATCA-TTTAAAAGTTATAAATCCACTTAAA
*
80620 G--AGTAATAAGGCTTTC
324 GTAAGTAACAAGGCTTTC
* * * * ** ***
80636 GAAGGCATGAGTAAGTACAAATGGACTTTTCTTCTCAACAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTTA
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
** * *
80701 ATGCAGGCATTAAATTATTG-TCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAATTTAAAATCAT
66 ATGCAAACATCAAATTA-TGATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCAT
** ** *
80765 TTCTAAAGTTATAAATCCAAATAAAGTGAGGAATAAGG-TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
129 TTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* * * * * ** * * *
80829 GGACTTTTTGTTATTAATGGATAGCTTTCACTTAACGTTTCCTATTGCAAACATCAAATTATGAT
194 GAAC-TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGAT
* * * * * *
80894 CTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAGTTCAAAATGATTTAAAGAGTTATAAATCTACTTA
258 CTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA-AGTTATAAATCCACTTA
* *
80959 AAGCAAGGAACAAGGCTTTC
322 AAGTAAGTAACAAGGCTTTC
* * * *
80979 -AAAGCTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTAATGTTTCCC
1 GAAGGC-ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCC
* * * * * *
81043 ATTGCAATCATCAAATTATGATCTGTTTTAAGCACAAATGTAAAAAACAAATTTAATTGAAAATC
65 AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAA-AAATTCAATTTAAAATC
** * * * * * *
81108 ATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGCAACAAGGCTTTCAAAAGTATGAATGACTATAA
127 ATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAA
* * * ** *
81173 A-CAGACTTTTTTTATCAATGGATGACTATAAACAGACTTTTTTTATCAATGGATGACTTTCACT
192 ATGA-ACTTTTCTTGTCAATGGATG----------G-CTTTTGCT-TC-A-CG-T---TTT--C-
* ** * * * * * * *
81237 TTATGTTTCCTA-ATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTA-ATCAAAATTGTAAAAAAATT-A
235 TAATG---CAAACAT-C-AA-AT--TATGAT-CTGT-TTTAACA-AAAAAT-ATAAAAAAATTCA
* * * * * *
81299 ATTTAAAATAATTTAAAAAGTTATAAACCCAGTT-AACTAGAGTAACAAGACTTTT
288 ATTTAAAATCATTT-AAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTA-AGTAACAAGGCTTTC
* ** * * * ** * *** ** ***
81354 TAAGAAATAAGTGACTACAAATAGACTTTTCTCATCAATTGATGGCTTTCATTTCACATTTCTTG
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* * * * * * * *
81419 ATACAAACATTAAATTCTGGTATGTTCTAACCAAAACTAT-AAAAAA-TC--------A--ATTT
66 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * * * ** * *
81472 AAAAAGTTATAAATCCACTTAACGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGTATTCGTGACTGTAAATGG
131 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA
* * * * * * **** * *
81537 ACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGTTTTATGTTTCCTGATGCAAACATTGTGTTAGGATATG
196 ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTG
* * * * *
81602 TTTTAACCAAAAGTATAAAAAAATTCAATTTAAAATTATTTAAAAAATTATAAATCTA-TTAAAG
261 TTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT-AAAAGTTATAAATCCACTTAAAG
* *
81666 CAAATAACAAGGCTTTC
325 TAAGTAACAAGGCTTTC
* * * * * * * * *
81683 AAAGCCATAATTGACAATAAATGAACTTTTCCTATCAATGGATAGCTTTTGCTTTACAT-TTT-C
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC-TT-CATGTTTCC
** * * ** *
81746 TGATAC-AACTATCAAATTATGATCTATTTTAACCAAAAAGTGTGAGCAAAA-TCAATTTAAATT
64 CAATGCAAAC-ATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAA-TGT-AAAAAAATTCAATTTAAAAT
* * * ** * * *
81809 CATTGAAAAAGTTATAAATGCACTTAGAGAAAGTAGTGAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATA
126 CATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
* * * *
81874 AATGAACTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTCCTTCAAGTTTTGC-AATGTAAACATCAAATTAT
191 AATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTT-CTAATGCAAACATCAAATTAT
* * * *
81938 GATCCGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAA---AA-TT-CAATC----------TA-AAATCCACA
255 GATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAGTTATAAATCCACT
* * *
81986 TAAAATGAGTAACAAGGCTTTT
320 TAAAGTAAGTAACAAGGCTTTC
* * * * * * * **
82008 AAAGGCACGAGTGACAATAATTGGGCTTTTCTTATCAATGGATGGCCTTCACTTCATGTTTCCCA
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* * * * *
82073 ATGCAAATATCAAATTGTGATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAAATTCTATCTAAAATCA
66 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT---AAAAAAATTCAATTTAAAATCA
* ** * * * *
82138 TTTAAAAAGTTATAAATCTACTTAAAGCAAGTAACAAGTCTTTCGAAGGTATGAGTAACTATAAA
128 TTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * * * * * *
82203 TGGAGTTTGT-TTGTCAATGGATTGCTTTTGCTT-ACATTTCCTGATGCAAACATTAAATTATGA
193 TGAACTTT-TCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGA
* * * * *
82266 TCTTTTTTAATC-AAAAATGA-AAAAAAA-CCTATTTTAATATCATTTAACAAGTTATAAATCAA
257 TCTGTTTTAA-CAAAAAAT-ATAAAAAAATTC-AATTTAAAATCATTTAA-AAGTTATAAATCCA
* * * *
82328 TTTAAAGTGAGTAACAATGCTTTT
318 CTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTC
* * ** * * *
82352 GAAGGCATGTGTGACTATAATTGGTTTTTTCCTCTCAATAGATGGCTTTTGCTTTGCATG--TCC
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC-TT-CATGTTTCC
** * * * * * *
82415 TGATGCAAATATCAAATTATGATCTATTTGAACC-AAAATGGTAAATAAATTTCAATTCAAAACC
64 CAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAA-AAAATTCAATTTAAAATC
* * * * *
82479 ATTTAAAATA-TTATAAATCCATTTAAAATGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGCGACTATA
127 ATTTAAAA-AGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA
* * * * * * * * *
82543 AATCG-AGTTTGCTTCTTAATGGATAGCTTTTGCTACATG-TTTCTCGATGTAAACATCAAATTA
191 AAT-GAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCT-AATGCAAACATCAAATTA
** * * *
82606 TGAAATGTTTTAA-AAAAAATGTAAAAAAA-TAAATTTAAAATC-------A-TT-TAAACCCAC
254 TGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAGTTATAAATCCAC
*
82660 TTAAA-AAGAGTAACAAGGC-TTC
319 TTAAAGTA-AGTAACAAGGCTTTC
* * * * ** * **
82682 TGAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATAGATGGCCTTTGCTTCACATATCTT
1 -GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCC
* * * * * * * *
82747 GATGCAAACATTAAATTATGATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAGCATTTAATCTGAAATCAT
65 AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAATTTAAAATCAT
* * * * * * ** *
82812 TTAAAAAGTTATAAATCCACCTCAAGTGAGTAACAAGGCATTCGAACGCATAAGCAACAATAAAT
129 TTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
** * * * * * * **
82877 GGTCTTTTCTTGTGAATGGATGACTTTT-TTGTCAC-ATTTCTTGATGCAAATATCAAATTACAA
194 GAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT-TCACGTTTTC-TAATGCAAACATCAAATTATGA
* * * * * * *
82940 TTTGTTTTAACTAACAATGTAAAACAAATAT-AATTTAAAGTTATTTAAAATGTTATAAATTCAC
257 TCTGTTTTAACAAAAAATATAAAA-AAAT-TCAATTTAAAATCATTTAAAA-GTTATAAATCCAC
** *
83004 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTT
319 TTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTC
** * * * * * *
83027 GAAGGCATGAACGACTGTAAATGGAGTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTTAATGTTTTCT
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC-TTCATGTTTCCC
* * * * *
83092 GATGTAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAACAAATCCAATTTAAAATCAT
65 AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAATTTAAAATCAT
* * * * *
83157 TTAAAAAGTTATAAATCTACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGTGTGACTATAACT
129 TTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* * * * * * * *
83222 -AGACTTTTCCTCTCAATGGATAGCTTTGGCTTCATGTTTCCCAATGCAAATATCAAATTATGAT
194 GA-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGAT
* * * * ** * *
83286 TTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAACTT-AAGTTTTGAACCATTTAAAATGTTCTAAATCCAC
258 CTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAA-TTCAA-TTTAAAATCATTTAAAA-GTTATAAATCCAC
* * *
83350 TTAAAGCAAGTATCAAGGCTTTT
319 TTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTC
* * * * * * ***
83373 AAAAGCAT-AGGTGACTGTAAATGGAGTTTCCTTGTCAATGGATTGCTTTAATTTC-TCGTTTCC
1 GAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT-GTTTCC
** * * * * *
83436 TGATCCAGACATCAAATTATGATCTGTTTTGATCAAAAATGTAAAAAAAAGTCCAATTTAAAATC
64 CAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAA-TTCAATTTAAAATC
* * * ** *
83501 ATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAGAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGTCTGATTATAA
127 ATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAA
* * ** * * * *
83566 CTGGACTTTT-TCCCTCAATGGATGGCTTTTTCTTCACATTTTCCAATGCAAATATCAAATTATG
192 ATGAACTTTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATG
* * * * * * *
83630 ATATGTTTTAACCAAAATTTTAAAAAAAGTTTAGTTTAAAACCATTTAAAATGTTATAAATCCAC
256 ATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAA-TTCAATTTAAAATCATTTAAAA-GTTATAAATCCAC
*
83695 TTAAAGTGAGTAACAAGGCTTT-
319 TTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTC
* * * ** * * * * * *
83717 GAAAAGTATGAGAGACTATAAACCGAGTTTGCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTCACGTTTCCT
1 G-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCC
* * * * * * * *
83782 AATGAAAATATCAAACTATAATCTATTTCGATCAAAAACATAG-AAAAAAATT-AATTTAAAAT-
65 AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTT-TAACCAAAA-AT-GTAAAAAAATTCAATTTAAAATC
* * ** ** * *
83844 -TGTTAAAAGGTTATAAACCCACTTAAAACGAGTACCAAGGC-TTCTGAAGACATGAGTGACAAT
127 AT-TTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCATGAGTGACTAT
* * ** * * *
83907 AAGT-AGACGTTTT-TTGTCAATGGATGGCCTTCACTTCAC-ATTTCTCAATGCCAGCATCAAAT
190 AAATGA-AC-TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCT-AATGCAAACATCAAAT
* *
83969 TATGATCTGTTTTAAC------TAAAAAAAAATT-AATCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATC
252 TATGATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT-AAAAGTTATAAATC
** * *
84027 CACCTT-AAGCGAGTAATAAGGCTTTT
316 CA-CTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTC
*** ** * ** ***
84053 GAACATATGAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTCACTTCATGTTTCTTG
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* * * * *
84118 GTACAAATATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAA-TCGATTTAAAATCAATT
66 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * *
84181 AAAAAGTTATAAATTCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-A
131 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA
* * * * * * *
84245 GACTTTTCTGGTTAATGGATGGCATTGGCTTCAAG-TTTCTAAATGCAAACATCAAACTATGATA
196 -ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCT-AATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * * *
84309 TGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTCAAAAATTATAAA-CCAATTTC
259 TGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT-AAAAGTTATAAATCC-ACTTA
* *
84373 AAGCAAGTAATAAGGCTTTC
322 AAGTAAGTAACAAGGCTTTC
* * ** * * * **
84393 GAAGGTAAGAGCAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTT
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* * * * * * * *
84458 ATGTAAATATCAAGTTATGATCCGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAATTGAATTTAAAATTAGTC
66 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * * * * * * ** *
84522 AAAAAGTTATGAATCTATTTAAAGAGAGAAAAAAGGCTTTTGAAGATATGAGTAACTATAAAT-A
131 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA
* * * * * * * * *
84586 GACTTTTCTTATGAATGAATGGCTTTAGCTTTATGTTTCCTAGTGCAAACATCAAATTTTGATCT
196 -ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCT
* * * * * *
84651 ATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAATTAAAAATCTTTTGAAAAGTTACAAATCCACTTAGA
260 GTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT-AAAAGTTATAAATCCACTTAAA
* *
84716 GAAAGTAACAAGGCTTTT
324 GTAAGTAACAAGGCTTTC
* * * * * ** *
84734 GAAAGTATGAGT-AGCTACAAATGGAGTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCCT
1 GAAGGCATGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCC
* * * * * * *
84798 AATGCCAAA-ATTAAGTCATGATGTATTTTATCCAAAAATGTAAAAAAAAAATT-AATTCAAAAT
65 AATG-CAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT---AAAAAAATTCAATTTAAAAT
* * * * * *
84861 CATTTAAAAAGTTATAAATCCTCTTAAAGCGAGCAACAAAGCTTTCGTAA-GCATAAGTGACTAT
126 CATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCATGAGTGACTAT
* ** * * * * * *
84925 AAAT-AGACTTTTCTTATTGATGTAGGGTTTTTGCTTCAC-ATTTCTAGATACAGACATCAAATT
190 AAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTA-ATGCAAACATCAAATT
* * * * *
84988 ATGATCTGTTTTAAC-CAAAAT-TGATAAAAATTTAATTTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAA
253 ATGATCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAA-TTTAAAATCATTTAAAAG-TTATAAAT
* * * *
85051 CTATTTAAAG-AGACTAACTAGGCTTTC
315 CCACTTAAAGTA-AGTAACAAGGCTTTC
* * * * * ** ** * *
85078 GAAGGAATAAGTGACTATAATTGAACTTTTTTTGTTGATGGATGGCTTTCACTTTA-GATTTCCT
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCC
* * * * *
85142 AATGTAAACATCAAATTTTGATCTGTTTTTA-TAAAAGATGTAAAAAAGATTCAACTTAAAATCA
65 AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAA-ATTCAATTTAAAATCA
* *
85206 TTTAAAAAGTTGTAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
128 TTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * * * * *
85271 TGAGCTTTTCTTATCAATGGATGACTTTTGCTTCAAG-TCTCTCAATGCAAATATCAAATTATGA
193 TGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCT-AATGCAAACATCAAATTATGA
* * * * * * * *
85335 TATGTTTTAAC-TAAAAT-TGATAAAAATCCAATTTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTAT
257 TCTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAA-TTTAAAATCATTTAAAAG-TTATAAATCCAC
** * **
85398 TTAAAGCGACTAAGTAGGCTTTC
319 TTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTC
* * *
85421 GAA-GCTATGAGTGACTATAAATGAACTTTT-TCTATCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCC
1 GAAGGC-ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC
* * * * * * * * * * * *
85484 TAATGAAAATATTAAATGACGACCTGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAATATT-TATTTAAAATGAT
64 CAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAT
* * * *** * *
85548 TTAAAAAGTTATAAATCCATTTAAAGCGTGTAACCGGGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAAT
129 TTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* * * *
85613 -AGA-TTCTTCTTCTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGCTTTCTAACGCAAACATCAAATTATGA
194 GA-ACTT-TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGA
* * * * *
85676 TCTGTTTAAACCCAAAGA-ATAAAAAAATTCAATTGAAAATCATTTGAAAAGTTATAAATCCATT
257 TCTGTTTTAA-CAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT-AAAAGTTATAAATCCACT
* *
85740 TAAAGAAAGTAACAAGGCTTTT
320 TAAAGTAAGTAACAAGGCTTTC
*** * * *
85762 GAATTTATGAGT-ATCTATAAATGGACTTTTCTTTTTAATGGAT-GTTTTTCGCTTCATGTTTCC
1 GAAGGCATGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT-GCTTCATGTTTCC
* * *
85825 CAAT-CAAAACATCAAATTATGATCTCTTTTTA--AAAAATAT-AAAAAATTCAATTTAAAATCA
64 CAATGC-AAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCA
* * * * *
85886 TTTATAAAGTTAT-GATCCACATAAAGTGAGGAA-AAGGCTTTC-AAGACATGAGTGACTATAAA
128 TTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * * ** * * * * * *
85948 TGGACTTTTCTTATCAATGGATGACTTTCACTTAATGTTTCCCATTGCACACATCAAATTATGAT
193 TGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGAT
* * ** * *
86013 CTATTTTAACTAAAAAGGTCAAAAACATTCAATTCAAAATCATTTAAAAGGTTATAAATCCA-TT
258 CTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAA-GTTATAAATCCACTT
* *
86077 AAAATGAAG-AATAAGGCTTTC
321 AAAGT-AAGTAACAAGGCTTTC
* * * * * ** *
86098 GAAAGAATAAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTCACTTAATGTTTCCCA
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* * * * * * *
86163 TTGGAAACATCAAATTATGATCAGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAATTTAATTAAAAATTATTT
66 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * * * * *
86228 AAAAAGTTATAAATCCACTTAGAGGGAGTAATAAGGATTTCGAAGGCATGCGTGATTATAAATGG
131 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA
* * * ** * * * *
86293 ACCTTTCTTATCAATGAATGATTTTTGCTTCACATTTCCTTAATGGAAGCATCAAATTATGATCT
196 ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTC-TAATGCAAACATCAAATTATGATCT
* * * * * * * *
86358 CTTTTAACCAGAAATATAAAAAAATTTAATTT-AAATAATCTAAAAAGTTATAGATCTACTTAAA
260 GTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCAT-TTAAAAGTTATAAATCCACTTAAA
** * ** *
86422 GCGAGGAATTAGGTTTTC
324 GTAAGTAACAAGGCTTTC
* * * ********** * *
86440 GAAGGCATGTGTGACTATAAACGGACTTTACTTGTCAATGGATGGCNNNNNNNNNNTGTCTCCTA
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* * ** * *
86505 TTGCAAAAATCAAATTATGATCTGTTTTTAACCACCAATGTGCAAAAAATTCAATTCAAAATCAT
66 ATGCAAACATCAAATTATGATCTG-TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCAT
* * * *
86570 TTAGAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGGAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
129 TTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* ** * * * *
86635 AGAA-TTCTTTTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTAATGTTTCCTATTGCAAACATCAAATTATGA
194 -GAACTT-TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGA
** * * *
86699 TCTGTTTTAA-ATCCAAATGTAAAAAAGATTTAATTGAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
257 TCTGTTTTAACA-AAAAATATAAAAAA-ATTCAATTTAAAATCATTT-AAAAGTTATAAATCCAC
* *
86763 TCAAAGCTAA-TAATAAGGCTTT-
319 TTAAAG-TAAGTAACAAGGCTTTC
* * * ** * *
86785 GAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGTCTTTCACTTTATGTTTTTC
1 G-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCC
* * * *
86850 CAATGGAAACATCCAATTATGATCTCTTTTAACCGAAAATGT-AAAAAA---AATTTAAAATCAT
64 CAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAT
* *** ** * *
86911 TTAAAAAGTTATAAGTCCACTTAAAACCAAAAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGGCTATAAAT
129 TTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* * * * * * *
86976 GGACTTTTCTAGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTT-TGGATTCAAATAACAAATTATGAT
194 GAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCT-AATGCAAACATCAAATTATGAT
* * * * * *
87040 CTG-TTTAA-ATAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTAAGATCATGTATAATTTATTAATCCACTT
258 CTGTTTTAACA-AAAAATAT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAGTTATAAATCCACTT
*
87103 AGAGAG-AA-TAACAAGGCTTTT
321 A-A-AGTAAGTAACAAGGCTTTC
* * * * * * * * * * *
87124 AAAAGTATGAGTGACTATAAATAGTCTTTTCTTATCAATAGATGGCATTTACTTAATGTTTACCA
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* * * * * * * * * *
87189 TTGAAAACATAAAATTATGATTTATTTTAACTAAAAAGGTAAAAAAAATTTAACTCAAAATCATT
66 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATT
* * * * **
87254 TAGAAAGTTATAAATTCA-TATAAAGTGAAG-AACATGGCTTTCGAAGATATGAGTGACTATAAA
130 TAAAAAGTTATAAATCCACT-TAAAGTG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * * * * * * * *
87317 T-AGACTTTTCTTATTAATGGATAGCTTTTGCTTAATG-TTTCTCATTGTAAACATCAAAATATA
193 TGA-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCT-AATGCAAACATCAAATTATG
* * * * *
87380 ATTTATTTTAAC-CAAAATGTAAAACAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACT
256 ATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT-AAAAGTTATAAATCCACT
* * * *
87444 TAAAGCAGGGAACAAGGCTTTT
320 TAAAGTAAGTAACAAGGCTTTC
** * * * * * *
87466 GAAGGTTTTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAGATGGCTTTTGCTTAATTTTTCCGA
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* ** * * * * * *
87531 TTGCAAACATCAAATTACAATCTGTTGTAATCAAAAATATAAAACAATTCCATTCAAAATCATTT
66 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
* * * * * ** ** *
87596 TAAAAGTCATAAATCTACTTAAAGCGAGGAATAAGGCTTTTAAAATCATGAGTGAATAT-AAT-A
131 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGA
* * ** * * * * * *
87659 GACTTTTCTTGTCAATGGATGACCTTCACTTAATGTTTCCCATTGCAAACATCAAATTATGATTT
196 -ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATCT
* * * * * * *
87724 TTTTTATCAACAAATCTAAAAAAAATTCAATTGAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCATTTAG
260 GTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT-AAAAGTTATAAATCCACTTAA
**
87789 AGTGGGTAACAAGGCTTTTC
323 AGTAAGTAACAAGGC-TTTC
* * * * * **
87809 AAAGCCATGAATGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGAT-GTTTTCTGCTTCACATTTCCC
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT-TGCTTCATGTTTCCC
* * *
87873 AAATGAAAACATCAAATTATGATCTCTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAA---AATTTCAAATCAT
65 -AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAT
* * * *
87934 TTAAAAAGTTATAAATCTACTTAAAGTGACG-AACAAGGCTTTCGAAGGTATAAGTGACTATAAA
129 TTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGA-GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* *
87998 TGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTC-AGATGCAAACATCAAA-T-T-A
193 TGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTA-ATGCAAACATCAAATTATGA
* * *
88059 TCTG-TTTAAAACAAAAATAT-AAAAAATATCAATTTAAAATCATTTATAAGCTATAAATCCACT
257 TCTGTTTTAACA-AAAAATATAAAAAAAT-TCAATTTAAAATCATTTAAAAGTTATAAATCCACT
* *
88122 TAAA--AAGAATAATAAAGCTTTC
320 TAAAGTAAG--TAACAAGGCTTTC
* * * * * * * * * *
88144 AAAAGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAACGAATGACTTTTGCTTAATATTTTCTA
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* * * * * * * * * *
88209 TTACAAATATCAAACTATGATCTATATTAACCAAAAAGGTAAAAATATTTAATTCAAAATCATTT
66 ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT
** * * *
88274 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGGAACAAGGCTTTCGAAGG-ATTAAGTGACTATAAAT-
131 AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TGAGTGACTATAAATG
* * ** **
88337 AGACTTTTCTTGCCAATGGATGTC-TTTGCTTCATATTTTCTTGTGCAAACATCAAATTATGATC
195 A-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * ** * * *
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** * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * ** * * * * * *
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*
76285 CAAAAATGTAAAAACAAATTCAATTCAAAATCATTTAAAAAGTTAT
128 CAAAAATGT-AAAA-AAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTAT
* * * * * *
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1 AAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGA-AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
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** ** * * * * * * * *
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76630 AAAGATGTAAAAAGAATTCAACTTAAAATCATTTAAAAAGTTGT
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* *
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* ** * * * * *
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* * * ** * *
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** * * *
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** * * * * * *
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** * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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*
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* * *
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*
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Found at i:82320 original size:170 final size:169
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* ** * * *
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163 17 0.00
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177 2 0.00
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Consensus pattern (169 bp):
AAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
TCAATGGATGGCTTTTGCTTACATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAA
ATGAAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTAT
Found at i:95722 original size:171 final size:169
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95342 NNNNNNNAAT
* * * ** * * *
95352 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTAGTTATGCCTACAAAAGTTTTGTTGCTCACTTTAAGAGGATTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCTCTTTAAGTGGATTTA
* * * ** * *
95417 TAACTTTTTAAATGATTATGAATTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGA-TAAAATGGATCATGACT
66 TAACTTTTTAAATAATTTTAAATTGAA--TTTTTTT-CATTTTT-GATTAAAACAGATCATAATT
* * * * *
95481 TAATTTTTGCATTAGGAAATGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGAC
127 TGATGTTTGCA-TAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGAC
* * * * * *
95525 AAGAAAAGTCCATTTGTAGCTACTCATGCTTTCAAAAGCCTTGTTACTTTCTCTAAGTGGATTTG
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCTCTTTAAGTGGATTTA
* * * * * *
95590 TAACATTTTAAATGATTTTTAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATCATAATTTGA
66 TAACTTTTTAAATAATTTTAAATTGAATTTTTTT-CATTTTTGATTAAAACAGATCATAATTTGA
* * *
95655 TGTTTGCACTAGGAAACGTAAAGCTAAAGCCATTCATTTAC
130 TGTTTGCA-TAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGAC
* * * * *
95696 AAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAAGCCTCT-TTTCTCTCTTTAAATAGATTC
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAAGCCT-TGTTACTCTCTTTAAGTGGATTT
* * * *
95760 ATAACTTTTTGACTAATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACGGATCAT-ATTTGA
65 ATAACTTTTTAAATAATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGATTAAAACAGATCATAATTTGA
* * * *
95824 TATTTGCATCAGG-AACATGAAGCAAAAGCTA-TCTATTGAT
130 TGTTTGCAT-AGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTC-ATTGAC
* ** * * * * *
95864 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTCTTACCTTCGAAAGCCTTGTTACT-TGCTTGAAATTGG-TT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCT-CTT-TAAGTGGATT
* * * *
95927 TATAA-TTTTTGAAATAATTTTAAATTGAATTTTTTTTAATTTTATGGTTAAAACATATCATAGT
64 TATAACTTTTT-AAATAATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTT-TGATTAAAACAGATCATAAT
95991 TTGATGTTTGCAT
126 TTGATGTTTGCAT
96004 TTAGAAACTT
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 76, Indels: 24
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 9 0.02
168 84 0.21
169 32 0.08
170 34 0.09
171 157 0.40
172 1 0.00
173 75 0.19
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.13, T:0.42
Consensus pattern (169 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCTCTTTAAGTGGATTTA
TAACTTTTTAAATAATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGATTAAAACAGATCATAATTTGAT
GTTTGCATAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATTCATTGAC
Found at i:96767 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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96339 TTTGATGCTG
* ** * * * * *
96349 GCATTGAGAAATGTGAAGTGAAGGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCTACTTATTGTCACTCATGT
1 GCATTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-GAAAAAAGTCCAGTTATAGTCACTCATGT
* * * * * * *
96414 CTTCAGAAGCCTTAATACTC-GTTCTAAGTGGGTTTATAACCTTTTAATGATTTTAAATTAATTT
65 CTTCA-AAGCCTTATTACTCACTT-TAAGTGGATTTATAACATTTAAATGATTTTAAACTAAATT
* * *
96478 TTTTCTATGTTTTTGGTCGAAATAGATCATAATTTGATATTT
128 TTTTCTATGATTTTGGTCAAAACAGATCATAATTTGATATTT
* * * * * ** * *
96520 TCATTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-AGCAAGCAAACT-GGGTTTATAGTCTCTTAT
1 GCATTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGAG-AA-AAAAGTCCAG-TTATAGTCACTCAT
* * * *
96583 ACTTTTCAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACATTTAAATGGTTTTAAACTAAAT
63 -GTCTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACATTTAAATGATTTTAAACTAAAT
* *
96648 TTTTT-T-TGCAATTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATATTT
127 TTTTTCTATG--ATTTTGGTCAAAACAGATCATAATTTGATATTT
* * *
96691 GCATTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGAGGGAAAAAGTCCAGTTATAATCACACATGT
1 GCATTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-GAAAAAAGTCCAGTTATAGTCACTCATGT
* * *
96756 CTTCGAAAGCCTTATTACTCACTCTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAAAGATTTTAAA
65 CTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTGGATTTATAAC-ATTTAAATGATTTTAAA
96814 TTGGACTTTT
Statistics
Matches: 231, Mismatches: 51, Indels: 23
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 8 0.03
171 196 0.85
172 24 0.10
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
GCATTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGAGAAAAAAGTCCAGTTATAGTCACTCATGTC
TTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACATTTAAATGATTTTAAACTAAATTTTT
TCTATGATTTTGGTCAAAACAGATCATAATTTGATATTT
Found at i:98473 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 98187--98814 Score: 562
Period size: 170 Copynumber: 3.7 Consensus size: 168
98177 GCTTTAATAA
98187 ATTTATAA-TTTTTCAAATGATTTTAAATTGAATGTTTTTATACTTTTGGTTAAAACATATCATA
1 ATTTATAACTTTTT-AAATGATTTTAAATT-AAT-TTTTTATACTTTTGGTTAAAACATATCATA
*** * * * * *
98251 ACACAATGTTTGCATCAGAAAACATAAAACAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTACA
63 ATTTAATGTTTGCATCAG-AAACATGAAGCGAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTACA
* * *
98316 GTTACGAATACCTTCAAAAGTCTTATTACTCACGTTAACTGG
127 GTCACTAATACCTTCAAAAGTCTTGTTACTCACGTTAACTGG
* * *
98358 ATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTGATTTTTTATA-TTTTGGTTAAAACATACCAGAATT
1 ATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTAATTTTTTATACTTTTGGTTAAAACATATCATAATT
* ** * *
98422 TAATGTTTGTATCGAGAAATGTGAAGTGAAAGTCATCCATTGATGAGAAAAGTCTATTT-CTAGT
66 TAATGTTTGCATC-AGAAACATGAAGCGAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTAC-AGT
* ** * *******
98486 CACTTATTTCTTAAAAAGTCTTGTTACTCTA-GTNNNNNNN
129 CACTAATACCTTCAAAAGTCTTGTTACTC-ACGTTAACTGG
*** * * * *
98526 NNNTATAACTTTTTAAATTATTTTAAATTAATTTTTTTATAGTTTTGATTAAAACAGATCATAAT
1 ATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTAA-TTTTTTATACTTTTGGTTAAAACATATCATAAT
* * *
98591 TTGATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCGAAAGTCATCCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATAGT
65 TTAATGTTTGCATCA-GAAACATGAAGCGAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTACAGT
* * * * * * *
98656 CACTCATACCTTCGAAAGCCTTGTTGCTCGCTTTAAGTGG
129 CACTAATACCTTCAAAAGTCTTGTTACTCACGTTAACTGG
* * * *
98696 ATTTATAACTTTTTAAATAATTTTCAATTAAATTTTTTTTTTACAATTGTGGTTAAAACATATCA
1 ATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATT-AA--TTTTTTATAC--TTTTGGTTAAAACATATCA
* ** * ** * *
98761 TAATTTGATGTTTGCAATGGGAAACATTAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAA
61 TAATTTAATGTTTGC-ATCAGAAACATGAAGCGAAAGTCATCCATTGATAAGAA
98815 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 81, Indels: 25
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 118 0.33
169 21 0.06
170 122 0.34
171 25 0.07
172 14 0.04
174 59 0.16
175 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
ATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTAATTTTTTATACTTTTGGTTAAAACATATCATAATT
TAATGTTTGCATCAGAAACATGAAGCGAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTACAGTCA
CTAATACCTTCAAAAGTCTTGTTACTCACGTTAACTGG
Found at i:98705 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 98161--99323 Score: 730
Period size: 172 Copynumber: 6.8 Consensus size: 170
98151 TTATGGCTTT
* * * *
98161 GAAAGCCTTGTTATTTGCTTTAA-TAAATTTATAA-TTTTTCAAATGATTTTAAATTGAATGTTT
1 GAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTAGATTTATAACTTTTT-AAATGATTTTAAATT-AATTTTT
* **** * * *
98224 TTATACTTTTGGTTAAAACATATCATAACACAATGTTTGCATCAGAAAACATAAAACAAAAGCCA
64 TTATATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCA
* * * ** *
98289 TCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTACAGTTACGAATACCTTC
129 TCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTC
* * * * * * * *
98331 AAAAGTCTTATTACTCACGTTAACTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTGA-TTTTTT
1 GAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTAATTTTTTT
* * * * ** ** *
98395 ATA-TTTTGGTTAAAACATACCAGAATTTAATGTTTGTATC-GAGAAATGTGAAGTGAAAGTCAT
66 ATATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * ** *
98458 CCATTGATGAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACTTATTTCTTA
130 CCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTC
* * *** ********** *
98499 AAAAGTCTTGTTACTCTAGTNNNNNNNNNNTATAACTTTTTAAATTATTTTAAATTAATTTTTTT
1 GAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTAATTTTTTT
* * * * *
98564 ATAGTTTTGATTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCGAAAGTCATC
66 ATATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
* *
98629 CATTGATAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTC
131 CATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTC
* * * *
98669 GAAAGCCTTGTTGCTCGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATAATTTTCAATTAAATTTTTT
1 GAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATT-AA---TTT
* * * * * *
98734 TTTTACAATTGTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCAAT-GGGAAACATTAAGTAAAAG
62 TTTTATATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGC-ATCAGGAAACATGAAGCAAAAG
* ********** * *
98798 CCATCCATTGACAAGAANNNNNNNNNNATAGTCACTCATGGCTTT
126 CCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTC
* * ** * * *
98843 GAAAGCCTTGTTCCTTGCTTTAAGTAGACATATAACTCTTTAAATCATTTTGAATTGAATTTTTT
1 GAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATT-AATTTTTT
* * * * * ** *
98908 TATATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGATATTTGCAAT-AGGAAACGTTAAGTGAAAGCTA
65 TATATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGC-ATCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCA
* *
98972 TCCATTGATACTA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
129 TCCATTGATA--AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTC
* * * ********** **
99015 GAAA-CCTTATTCCTCACTNNNNNNNNNNTTATAACTTTAGAAATGATTTTAAATTTAATTTTTT
1 GAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAA-TTAA-TTTTT
* * * * * * **
99079 TTATATTTTTGGTTAAAATAGA-CAATAATTTAATGGTTCCATTAAAAAACATGAAGCAAAAGCC
64 TTATATTTTTGGTTAAAACATATC-ATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCAAAAGCC
** * * * * *
99143 ATCTGTTCAGAACAAAAGT-TCATTTGTACTCACTCATGCCTTC
128 ATCCATTGATAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTC
* * * * ** *
99186 GAAAGCTTTATTACTCGCTCTAAGTTGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTGCATAGAATTTTTT
1 GAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAAT-TAA-TTTTT
* ** * * * *
99251 TTACATTTTTTATTAAAACATATAATAATTTGATGTTTGCA-CTAGAAAACATAAAGTAAAAGCC
64 TTATATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATC-AGGAAACATGAAGCAAAAGCC
*
99315 ATCTATTGA
128 ATCCATTGA
99324 CGGAAAAAGT
Statistics
Matches: 757, Mismatches: 213, Indels: 44
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 118 0.16
169 17 0.02
170 139 0.18
171 161 0.21
172 184 0.24
173 1 0.00
174 134 0.18
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
GAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTAGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTAATTTTTTT
ATATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
CATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTC
Found at i:104200 original size:173 final size:170
Alignment explanation
Indices: 103915--104426 Score: 514
Period size: 173 Copynumber: 3.0 Consensus size: 170
103905 NNNNNNTTGA
* * * * *
103915 ATTTATTTTATATTTTT-GATTAAAACATATCATAGTTTGATGTTTGCATCGAGAAATGTGAAGC
1 ATTTGTTTT-TATTTTTAG-TTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGC
* * * ** ** *
103979 CAAAGCATTCCATAGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCATGCCTTCAAAA-CTGTTGTTAC
64 AAAAGCA-TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGC-CCTATTAC
* * * *
104043 TCAGTTTAAGTGGATTTATA-ATTT-TTGAAATGATTTTAACTTG
127 TCACTTTAAATGGATGTATACATTTCTT-AAATGATTTTAAATTG
* *
104086 AATTTGTTTTTCCATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTGTGCATT-AGGAAACATGAA
1 -ATTTGTTTTT--ATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGA-GAAACGTGAA
* *
104150 GAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCCTATTA
62 GCAAAAG-CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCCTATTA
*
104215 CTCACTTTAAATGGATGTATACCTTTCTTAAATGATTTTAAATTG
126 CTCACTTTAAATGGATGTATACATTTCTTAAATGATTTTAAATTG
* * * *
104260 ATTTGTTTTTATTTTTAGTTAACATAGATAATAATTTCATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGCAA
1 ATTTGTTTTTATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGCAA
* ** ** * ** * *
104325 AAGTCATCCATTAACAAGAAAAGTTTATTTATAGTTGCTCATACCTTTGAAAGCCATGTTACTCA
66 AAG-CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCCTATTACTCA
*** * *
104390 CTTTAAGCAGATATATACCTTT-TTAAATGATTTTAAA
130 CTTTAAATGGATGTATACATTTCTTAAATGATTTTAAA
104427 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 286, Mismatches: 45, Indels: 20
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 15 0.05
171 118 0.41
172 10 0.03
173 119 0.42
174 22 0.08
175 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ATTTGTTTTTATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAGCAA
AAGCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCCTATTACTCAC
TTTAAATGGATGTATACATTTCTTAAATGATTTTAAATTG
Found at i:104389 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 103911--104426 Score: 535
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 171
103901 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
103911 TTGAATTTATTTTAT-ATTTTT-GATTAAAACATATCATAGTTTGATGTTTGCATCGAGAAATGT
1 TTGAATTTGTTTT-TCATTTTTAG-TTAAAACAGATAATAATTTCATGTTTGCATTGAGAAACGT
* * * **
103974 GAAGCCAAAGCATTCCA-TAGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCATGCCTTCAAAA-CTGT
64 GAAGCAAAAGCA-TCCATTA-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCATGCCTTTAAAAGC-CA
* * * *
104037 TGTTACTCAGTTTAAGTGGATTTATA-ATTTTTGAAATGATTTTAAC
126 TGTTACTCACTTTAAGTGGATATATACCTTTTT-AAATGATTTTAAA
* * * *
104083 TTGAATTTGTTTTTCCATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTGTGCATT-AGGAAACAT
1 TTGAATTTGTTTTT-CATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTTCATGTTTGCATTGA-GAAACGT
* * ** * * * *
104147 GAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCCTA
64 GAAGCAAAAG-CATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCATGCCTTTAAAAGCCATG
* *
104212 TTACTCACTTTAAATGGATGTATACCTTTCTTAAATGATTTTAAA
128 TTACTCACTTTAAGTGGATATATACCTTT-TTAAATGATTTTAAA
* *
104257 TTG-ATTTGTTTTT-ATTTTTAGTTAACATAGATAATAATTTCATGTTTGCATTGAGAAACGTGA
1 TTGAATTTGTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTTCATGTTTGCATTGAGAAACGTGA
** * *
104320 AGCAAAAGTCATCCATTAACAAGAAAAGTTTATTTATAGTTGCTCATACCTTTGAAAGCCATGTT
66 AGCAAAAG-CATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCATGCCTTTAAAAGCCATGTT
**
104385 ACTCACTTTAAGCAGATATATACCTTTTTAAATGATTTTAAA
130 ACTCACTTTAAGTGGATATATACCTTTTTAAATGATTTTAAA
104427 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 289, Mismatches: 45, Indels: 22
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 15 0.05
171 118 0.41
172 14 0.05
173 117 0.40
174 23 0.08
175 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTGAATTTGTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTTCATGTTTGCATTGAGAAACGTGA
AGCAAAAGCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCATGCCTTTAAAAGCCATGTTA
CTCACTTTAAGTGGATATATACCTTTTTAAATGATTTTAAA
Found at i:106253 original size:169 final size:167
Alignment explanation
Indices: 105921--106698 Score: 507
Period size: 169 Copynumber: 4.6 Consensus size: 167
105911 NNNNNNNNNC
* *
105921 TACTTACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTCAATTGAATTGTTATTTACATTTTT
1 TACTCACTTTAAGTGGATTTATAA-TTTTTAAATGATTTTAAATTG-ATTG-T-TTT-CATTTTT
* ***************** *
105986 AGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACGTAAANNNNNNNNNNNNNNNNNACA
61 AGTT-AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACATAAAACAAAAGTCATCCATTAATA
* * *
106051 AGCAAAGTTCATTTTTAGT-TGCTCATGCCTTCGAAAGTCTTGT
125 AGAAAAGTTCATTTATAGTCT-CTCATACCTTCGAAAGTCTTGT
* *
106094 TACTCACTTCAAATGGATTTATACATTATTTAAATGATTTTAAATTGATTGTTTTACATTTTTAG
1 TACTCACTTTAAGTGGATTTATA-ATT-TTTAAATGATTTTAAATTGATTGTTTT-CATTTTTAG
* *
106159 TTAATA-A-ATCATAATTTGATGTTTTCATTGGGAAACATAAAACAAGAGTCATCCATTAAGT-A
63 TTAA-ACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACATAAAACAAAAGTCATCCATTAA-TAA
* *
106221 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATCCCTTCGAAAGGT-TTGT
126 GAAAAGTTCATTTATAGTCTCTCATACCTTCGAAA-GTCTTGT
* * * * *
106263 TACTC-GTGTTAAGTGGATTTATAATTTTCTAACTTATTTTAAATTGATTCTTTTTCATTTTTGG
1 TACTCACT-TTAAGTGGATTTATAATTTT-TAAATGATTTTAAATTGATT-GTTTTCATTTTTAG
* * ** * * * * *
106327 TTAAACAGATTATAATTTGAAGTTTGCATCAGGAAACTTGAAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGG
63 TTAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACATAAAACAAAAGTCATCCATTAATAAGA
* * * * *
106392 AAAGTTTATTTATAATCACTCATACCTTTGAAAGCCTTGT
128 AAAGTTCATTTATAGTCTCTCATACCTTCGAAAGTCTTGT
* * * * *
106432 TACTTATTTTAAGTGGGTTTATAACTTTTTAAATGATTTTGAATTAATTGCTTTT-ATGTTTTAG
1 TACTCACTTTAAGTGGATTTATAA-TTTTTAAATGATTTTAAATTGATTG-TTTTCAT-TTTTAG
* * * * * * *
106496 TTAGAACATATCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCAATTGACT-A
63 TTA-AACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACATAAAACAAAAGTCATCCATT-AATAA
* * * * * * *
106560 GCAAAA--TCAGTTTAAAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTTCT
126 G-AAAAGTTCA-TTTATAGTCTCTCATACCTTCGAAAGTCTTGT
** * * ** *
106602 TACTTGCTTCAAGTGGATTTATAACATTTTAAAT-AGTTTTAAAATAAACTTTTTTTACATTTTT
1 TACTCACTTTAAGTGGATTTATAA-TTTTTAAATGA-TTTT-AAATTGA-TTGTTTT-CATTTTT
* * * *
106666 TGTTAAAATAGATCATAATTTGTTATTTGCATT
61 AGTT-AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATT
106699 AGAAAATGCT
Statistics
Matches: 485, Mismatches: 93, Indels: 55
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.01
168 39 0.08
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170 119 0.25
171 29 0.06
172 33 0.07
173 29 0.06
174 19 0.04
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (167 bp):
TACTCACTTTAAGTGGATTTATAATTTTTAAATGATTTTAAATTGATTGTTTTCATTTTTAGTTA
AACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACATAAAACAAAAGTCATCCATTAATAAGAAAA
GTTCATTTATAGTCTCTCATACCTTCGAAAGTCTTGT
Found at i:106592 original size:170 final size:165
Alignment explanation
Indices: 106072--106644 Score: 509
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 165
106062 TTTTTAGTTG
* *
106072 CTCATGCCTTCGAAAGTCTTGTTACTCACTTCAAATGGATTTAT-ACATTATTTAAATGATTTTA
1 CTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTCAAGTGGATTTATAAC-TT-TTTAAATGATTTTA
* * *
106136 AATTGATTG-TTTTACATTTTTAGTTAATA-AATCATAATTTGATGTTTTCATTGGGAAACATAA
64 AATTGATTGCTTTT-CATTTTTAGTTAA-ACAATCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACATGA
* * * * *
106199 AACAAGAGTCATCCATTAAGTAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
127 AGCAAAAGTCATCCATTGA-TAGAAAA-T-CATTTAAAGTCA
* ** * * * *
106241 CTCATCCCTTCGAAAGGTTTGTTACTC-GTGTTAAGTGGATTTATAA-TTTTCTAACTTATTTTA
1 CTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACT-TCAAGTGGATTTATAACTTTT-TAAATGATTTTA
* * * * *
106304 AATTGATT-CTTTTTCATTTTTGGTTAAACAGATTATAATTTGAAGTTTGCA-TCAGGAAACTTG
64 AATTGATTGC-TTTTCATTTTTAGTTAAACA-ATCATAATTTGATGTTTGCATTGA-GAAACATG
* *
106367 AAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGGAAAGTTTATTTATAA-TCA
126 AAGCAAAAGTCATCCATTGAT-A-GAAA-ATCATTTA-AAGTCA
* * * * * * *
106410 CTCATACCTTTGAAAGCCTTGTTACTTATTTTAAGTGGGTTTATAACTTTTTAAATGATTTTGAA
1 CTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTCAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAA
*
106475 TTAATTGCTTTT-ATGTTTTAGTTAGAACATATCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACATGAA
66 TTGATTGCTTTTCAT-TTTTAGTTA-AACA-ATCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACATGAA
* *
106539 GCAAAAGCCATCAATTGACTAGCAAAATCAGTTTAAAGTCA
128 GCAAAAGTCATCCATTGA-TAG-AAAATCA-TTTAAAGTCA
* * * ** *
106580 CTTATGCCTTTGAAAGCCTTCTTACTTGCTTCAAGTGGATTTATAACATTTTAAAT-AGTTTTAA
1 CTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTCAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGA-TTTTAA
106644 A
65 A
106645 ATAAACTTTT
Statistics
Matches: 328, Mismatches: 53, Indels: 45
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.01
168 38 0.12
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170 125 0.38
171 3 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (165 bp):
CTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTCAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAA
TTGATTGCTTTTCATTTTTAGTTAAACAATCATAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAGCA
AAAGTCATCCATTGATAGAAAATCATTTAAAGTCA
Found at i:108783 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 108364--108811 Score: 499
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 171
108354 TTGCTTCTTG
*
108364 TTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACTTCAACTTAAA
1 TTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTAAACTTAAA
* * * *
108429 ATCAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAATACTTTCAAAGGAATGAGTGACTA
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGAATGAGTAACTA
* * * *
108494 TAAATGAACTTTTTTTTGTCAATAAATGGCTTTTACTTTACG
130 TAAATGAACTTTTTCTTGTCAATAAATAGCTTTTACTTCACC
* * * * *** * *
108536 TTTCATAAGGGAGAGATTCAAATATAATCTATTTTAACCAGTGATATAAAAAAATTTAACTTAAA
1 TTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTAAACTTAAA
* * * ** * *
108601 ATCAGTTATGAGATTATAAAATTGTTTAAAGCGAGTAATAAGGA-TTTTGAGGGTAT-AGGTAAC
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA-GACTTTCAAAGGAATGA-GTAAC
* * * *
108664 TATAGATGGAC-TTTTCTTG-CAAATGAATAGCTTTTTCTTCACC
128 TATAAATGAACTTTTTCTTGTC-AATAAATAGCTTTTACTTCACC
* * * *
108707 TTTCCCAAGGTAGACATTCAAATATTATCCGTTTTAACTAAAAATGTAAACAAATTAAACTTAAA
1 TTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTAAACTTAAA
* *
108772 ATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
65 ATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATA
108812 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 46, Indels: 11
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.02
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173 7 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTAAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGAATGAGTAACTAT
AAATGAACTTTTTCTTGTCAATAAATAGCTTTTACTTCACC
Found at i:109268 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 108970--111177 Score: 1691
Period size: 171 Copynumber: 12.9 Consensus size: 170
108960 ACATTTCCAA
* * * * *
108970 AGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTAAACTTAAAATCAATT
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
** * * * * *
109035 ACAAGATTATAAAACTATTTAAACCGAGAAATAATGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
*
109100 ACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTGTTTCATGTTTCCTT
131 ACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTT
* * * *
109141 AGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAACAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTT
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * *
109206 ATAAGACTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAAGCTTTTGAAGGCAT-AGGTGAATATAAATG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATG
* * * * **
109270 GACTTTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTCCTTCATGTTTTCAG
130 GAC--TTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTT
* * ** *
109314 AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAATATAAAAAAATTCTACTTAAAATCAA
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTT-A-ACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * *
109379 GTATGAGATTATAAATCCATTTTGAAGCGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA
64 TTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * * ***
109444 TGGCCTTTTCTTACCAATAGG-TGGCTTTTTCTTCGCATTTCTT
128 TGGACTTTTCTTTCCAAT-GGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTT
* * * * * * *
109487 AATGCAAACATTCAATTATAATATATTGTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACGTAAAATTAAT
1 -AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* ** * *
109552 TATGAGATTACAAAACCAAGTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATG-GCAT-ACTATAAA
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAG--TGACTATAAA
* ** *
109615 TGGACTTTTCTTGT-CAAT-GAGTAGCTTTCT-CTTCACATTTCTCA
128 TGGACTTTTCTT-TCCAATGGA-TGGCTTT-TGCTTCATGTTTCT-T
* * * * ** * * * *
109659 AGGTAGACATTTAAATATAGCCTGTTTTAATCC-AAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATTAAT
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * *
109723 TATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAA-GAGTTTCGTAGGCTTGAGTAATTATAAAT
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATG-CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* * * *
109787 GGGCTTTTCTTGT--AAGTGGATGGCTTTTCCTTCATATTTTCTA
129 GGACTTTTCTT-TCCAA-TGGATGGCTTTTGCTTCAT-GTTTCTT
** * * * *
109830 AAACAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * *
109895 ATGAGATTATAATACTATTTAAAGCAAATGAT-ATAGCTTTCGAACGCTTGAGTGACTATAAATG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAT-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* *
109959 GACTTTT-TTCTCGAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCTT
130 GACTTTTCTT-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTT
* * * * ** *
110000 GAGACAAACATTCAAATATAATTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 -AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
110065 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAGTG
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* * * *** * * *
110130 AACTTTTTTTTCCAATGAATGGCTTGCACCTCAAT-TTTATA
130 GACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTC-ATGTTTCTT
* * * ** * * * *
110171 AGGTAGAGATTCAACAATAATCTATTTTAGCCAACAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAGTT
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* ** * *
110236 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGACTGACTATAAATTG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
* * *
110301 ACTTTTCTCTCAAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTT
131 ACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTT
* * * * *
110341 AAGGTAGACATTCAATAATAATCTATTTTAACTAACAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
1 -AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
110406 TTATAAGATTATTAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-TAAGGGCAT-AGGTAACTATAA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAA-GGCATGA-GTGACTATAA
* * * * ** * *
110469 ATGTACTTTTCTTACTAATGAATGG-TTTTTTTTCACGTTTCTCG
127 ATGGACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-T
* ** * * * *
110513 AGGCAAACATTAAAACATAATCTGTTCTAACCAAAAACT-TAAAAAAATTTAACTTCAAATCAAT
1 AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * ** ** * * *
110577 GATGAGATTATAAAACTATTTCAAGCGAGTAATAACACTTTTAAAGCCTTGAGTGACTATAAATA
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
* ** *
110642 GACTTTT-TTAACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTACTTT
130 GACTTTTCTT-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TT
* * * * ********* * * *
110684 AGGTAGAA-ATTCAGTTATAATATATTTT-AGCAAAANNNNNNNNNNAATTTAATTTAAAATTAA
1 AGGCA-AACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA-ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * ** * * * *
110747 TTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGAAAAG-AAGAATGCTTTTGAAAGTATGAGTGACTATAAA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
*
110811 TGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTT
128 TGGACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTT
* * * * *
110854 AAGGCAAACATTCAATTATAATATATGTTAACCAACAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAAT
1 -AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * *
110919 AATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGA--AAGCTAAGGCTTCCAAAGGTATGGGTGACTATAAA
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA--TAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA
* * * *
110982 TGGACTCTTT-TTGCCAATGAATGGCTCTTT-CTTCAAGTTTTTT
128 TGGACT-TTTCTTTCCAATGGATGGCT-TTTGCTTCATGTTTCTT
** * * * * * * * *
111025 GAGATAAACATGT-AAATATTATCTGTTGTAGCCAATAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAA
1 -AGGCAAACAT-TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
111089 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAACGCTTTC-AAAGCTTTAAATGACTATAAA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGC-ATGAGTGACTATAAA
* * *
111153 TGGACTTTTATTGCCAATGGGTGGC
128 TGGACTTTTCTTTCCAATGGATGGC
111178 AAATATTCAA
Statistics
Matches: 1617, Mismatches: 357, Indels: 126
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.00
170 254 0.16
171 990 0.61
172 173 0.11
173 60 0.04
174 50 0.03
175 43 0.03
176 39 0.02
177 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
ACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTT
Found at i:109847 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 108969--111553 Score: 1643
Period size: 342 Copynumber: 7.6 Consensus size: 339
108959 NACATTTCCA
* * * *
108969 AAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACT-AAAAATATAAAAGAATTAAACTTAAAATCAA
1 AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAA
** * ** * * ** *
109033 TTACAAGATTATAAAACTATTTAAACCGAGAAATAATGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
65 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GGTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
* * ** * * * *
109098 AGACTTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTGTTTC-ATGTTTCCTTAGGTAAACATTCAATTATAAT
129 GGACTTTTC-TTCTAATGGATGGCTTTTCCTTCAAT-TTT-CTAAAGCAGACATTCAATTATAAT
* * * * * *
109162 CTATTTTAACCAACAATACAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATAAGACTATAAAACTATTTA
191 ATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTA
* * * * * *
109227 AAGCGACTAATAAAGCTTTTGAAGGCATAGGTGAATATAAATGGACTTTT-TTCTTGCAAATGAA
256 AAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-T-CAAATGGA
* *
109291 TGGCTTTTCCTTCATGTTT-TC
318 TGGCTTTTACTTCATATTTCTC
* * *
109312 AGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAATATAAAAAAATTCTACTTAAAATC
1 A-AGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAAT--AAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATC
* * * * *
109377 AAGTATGAGATTATAAATCCATTTTGAAGCGAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATA
63 AATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATA
* * * * * *
109442 AATGGCCTTTTCTTACCAATAGG-TGGCTTTTTCTTCGCA-TTTCTTAATGCAAACATTCAATTA
126 AATGGACTTTTCTT-CTAAT-GGATGGCTTTTCCTTC-AATTTTC-TAAAGCAGACATTCAATTA
* * * * * * *
109505 TAATATATTGTAACTAAAAATATAAAACAATTCAACGTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCA
187 TAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
** * *
109570 AGTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGGCAT-ACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AAT
252 TTTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGG--TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAAAT
* *
109633 -GAGTAGCTTTCT-CTTCACATTTCTC
315 GGA-TGGCTTT-TACTTCATATTTCTC
* * ** ** * *
109658 AAGGTAGACATTTAAATATAGCCTGTTTTAATCCAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATTAAT
1 AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAAT
* ** * *
109723 TATGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGAGTTTCGTAGGCTTGAGTAATTATAAATG
66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
* * *
109788 GGCTTTTCTTGTAAGTGGATGGCTTTTCCTTCATATTTTCTAAAACAGACATTCAATTATAATAT
130 GACTTTTCTTCTAA-TGGATGGCTTTTCCTTCA-ATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATAT
* * *
109853 ATTTTAATCAAAAACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAATACTATTTAAA
193 ATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
* * * * *
109918 GCAAATGAT-ATAGCTTTCGAACGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTCTCGAATGGATGG
258 GCAAGTAATAAT-GCTTTCGAAGGCATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAAATGGATGG
* *
109981 CTTTTGCTTCATATTTCTT
321 CTTTTACTTCATATTTCTC
* * * * * *
110000 GAGACAAACATTCAAATATAATTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAAT
* * * *
110065 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAGTG
66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GGTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
* * * * * * * * * * ** *
110130 AACTTTTTTTTCCAATGAATGGC-TTGCACCTCAATTTTATAAGGTAGAGATTCAACAATAATCT
130 GAC-TTTTCTTCTAATGGATGGCTTTTC-CTTCAATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATAT
* * * *
110194 ATTTTAGCCAACAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
193 ATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
*** * *
110259 ATGAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGACTGACTATAAATTGACTTTTC-TCTCAAATGGATGGC
258 GCAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAAATGGATGGC
* *
110323 TTTTACTTCATGTTTCTT
322 TTTTACTTCATATTTCTC
* * *
110341 AAGGTAGACATTC-AATAATAATCTATTTTAACT-AACAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATC
1 AAGGCAGACATTCAAAT-ATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAAA-TCAACTTAAAATC
* * * * * *
110404 AATTATAAGATTATTAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAGGGCAT-AGGTAACTATA
63 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTCAAAGGCTTGA-GTGACTATA
* * ** ** * * * * **
110468 AATGTACTTTTCTTACTAATGAATGG-TTTTTTTTCACGTTTCTCGAGGCAAACATTAAAACATA
126 AATGGACTTTTCTT-CTAATGGATGGCTTTTCCTTCAATTTTCT-AAAGCAGACATTCAATTATA
* * * * * *
110532 ATCTGTTCTAACCAAAAACT-TAAAAAAATTTAACTTCAAATCAATGATGAGATTATAAAACTAT
189 ATATATTTTAACCAAAAA-TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAT
* * ** ** * * * ** *
110596 TTCAAGCGAGTAATAACACTTTTAAAGCCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTT-TTAACCAATGG
253 TTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAAATGG
* * * *
110660 ATGGCTTTTGCTTCACATTACTT
317 ATGGCTTTTACTTCATATTTCTC
* * * ** * * ** ********** * * * *
110683 TAGGTAGAAATTCAGTTATAATATATTTTAGCAAAANNNNNNNNNNAATTTAATTTAAAATTAAT
1 AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAAT
* * ** * * *
110748 TATGAGATTATAAAACTATTTGAAGAAAAG-AAGAATGCTTTTGAAA-G-TATGAGTGACTATAA
66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAA-G-GTTTCAAAGGCT-TGAGTGACTATAA
* * * *
110810 ATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTC-ATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATA
127 ATGGACTTTTCT-TCTAATGGATGGCTTTTCCTTCAAT-TTTC-TAAAGCAGACATTCAATTATA
* * * * * * *
110874 ATATATGTTAACCAACAATATAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCACT
189 ATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
* * * * *
110939 TAAAGCGAA--AGCTAAGGCTTCCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTCTTT-TTGC-C-AA
254 TAAAGC-AAGTA-ATAATGCTTTCGAAGGCAT-GGTGACTATAAATGGACT-TTTCTT-CTCAAA
* * *
110999 TGAATGGCTCTTT-CTTCA-AGTTTTTT
314 TGGATGGCT-TTTACTTCATA-TTTCTC
* ** * * * *** * * * *
111025 GAGATAAACATGT-AAATATTATCTGTTGTAGCCAATAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAA
1 AAGGCAGACAT-TCAAATATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAA
* * * * *
111089 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGACTAATAACGCTTTCAAA-GCTTTAAATGACTATAAA
65 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GGTTTCAAAGGC-TTGAGTGACTATAAA
* * * *
111153 TGGACTTTTATTGCCAATGGGTGG----------------C---A--A-ATATTCAATTATAATA
128 TGGACTTTTCTT-CTAATGGATGGCTTTTCCTTCAATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATA
* ** ** * *
111196 TAGTTTAATTAAAAAGGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAA-TCATTTA
192 TATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTA
** * ** * * * *
111260 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGATTGTACATGGACTTTTCTTGCT--AATAGAT
256 AAGCAAGTAATAATGCTTTCGAAGGCATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAAATGGAT
* ** *
111323 GGCTTTTGCTTCAGGTTTCTA
319 GGCTTTTACTTCATATTTCTC
*** * * * * *
111344 AAATTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATTAACTTAAAATCAAT
1 AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAAT
* * * * * * *
111409 TATGAAATTATAAAATCGTTGAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTAAAGGCTTGACTGACTATAAATG
66 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-GGTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
* * * * * * * * *
111474 GACTTTTCTTACTAGTGAACGGCTTTTACTTCACGTTTTGTGAAA-CAAACATTCAAATATAATT
130 GACTTTTCTT-CTAATGGATGGCTTTTCCTTCA-ATTTTCT-AAAGCAGACATTCAATTATAATA
*
111538 TATTTTAACAAAAAAT
192 TATTTTAACCAAAAAT
111554 GTAAGTAACA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (339 bp):
AAGGCAGACATTCAAATATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG
ACTTTTCTTCTAATGGATGGCTTTTCCTTCAATTTTCTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATT
TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCA
AGTAATAATGCTTTCGAAGGCATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAAATGGATGGCTTTT
ACTTCATATTTCTC
Found at i:110101 original size:513 final size:509
Alignment explanation
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108963 TTTCCAAAGG
* * * * *
108973 CAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAGAATTAAACTTAAAATCAATTAC
1 CAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * ** *
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66 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* ** * * *
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* * * *
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191 TTTTAACCAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * *
109230 CGACTAATAA-AGCTTTTGAAGGCAT-AGGTGAATATAAATGGACTTTTTTCTTGCAAATGAATG
255 TGAGTAATAAGAGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGAC--TTTTCTTGC-AATGGATG
* * *
109293 GCTTTTCCTTCATGTTT-TCAGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAAATATA
316 GCTTTTCCTTCATGTTTCT-A-AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT--CAAAAATATA
* * * *
109357 AAAAAATTCTACTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAATCCATTTTGAAGCGAGA-AATAAGGCTT
377 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-CCA-TTTAAAGC-AAATAATAAGGCTT
* * *
109421 TCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCCTTTTCTTAC-CAAT-AGGTGGCTTTTTCTTCGCATTT
439 TCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACATTT
*
109484 CTTAATG-
503 CTTGA-GA
* * * * * * * * *
109491 CAAACATTCAATTATAATATATTGTAA-CTAAAAATATAAAACAATTCAACGTAAAATTAATTAT
1 CAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* ** * *
109555 GAGATTACAAAACCAAGTAAAGCAAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATG-GCAT-ACTATAAATGG
66 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAATGCTTTCAAAGGCATGAG--TGACTATAAATGG
* * ** *
109618 ACTTTTCTTGTCAATGAGTAGCTTTCTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTTAAATATAGCCTG
129 ACTTTT-TTGTCAATG-GTGGCTTT-TCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTA
* * *
109683 TTTTAATCCAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAA
191 TTTTAA-CCAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAGTTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAA
* * * * * * *
109747 GTGAGTAATAAGAG-TTTCGTAGGCTTGAGTAATTATAAATGGGCTTTTCTTGTAAGTGGATGGC
254 GTGAGTAATAAGAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAA-TGGATGGC
* ** *
109811 TTTTCCTTCATATTTTCTAAAACAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAACATAAAAAA
318 TTTTCCTTCAT-GTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAA
* * * *
109876 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAATACTATTTAAAGCAAATGATATA-GCTTTCGAAC
382 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA-ACCATTTAAAGCAAATAATA-AGGCTTTCAAAG
* * *
109940 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TT-CTCGAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCTTGAG
445 GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAG
110003 A
509 A
* *
110004 CAAACATTCAAATATAATTTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 CAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
110068 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAGTGAAC
66 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * ** * * *
110133 TTTTTTTTCCAATGAATGGCTTGCACCTCA-ATTT-TATAAGGTAGAGATTCAACA-ATAATCTA
131 TTTTTTGT-CAATG-GTGGCTT-TTCTTCACATTTCT-CAAGGTAGACATTCAA-ATATAATCTA
* *
110195 TTTTAGCCAACAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAA
191 TTTTAACCAA-AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * *
110260 TGAGTAATAA-TGCTTTCGAAGGCATGACTGACTATAAATTGACTTTTCTCT-CAAATGGATGGC
255 TGAGTAATAAGAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGC-AATGGATGGC
* * * * *
110323 TTTTACTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATAATAATCTATTTTAA-CTAACAATATAAAAA
318 TTTTCCTTCATGTTTC-TAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATC-AAAAATAT-AAAA
* ** * * *
110387 AAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATTAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAG
380 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCAAA
* * * * * *
110452 GGCAT-AGGTAACTATAAATGTACTTTTCTTACT-AATGAATGG-TTTTTTTTCACGTTTCTCGA
444 GGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGA
*
110514 GG
508 GA
* * * * * * *
110516 CAAACATTAAAACATAATCTGTTCTAACCAAAAACT-TAAAAAAATTTAACTTCAAATCAATGAT
1 CAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * ** * * * *
110580 GAGATTATAAAACTATTTCAAGCGAGTAATAACACTTTTAAAGCCTTGAGTGACTATAAATAGAC
66 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
** * ** * ** *
110645 TTTTTTAACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTACTTTAGGTAGAAATTCAGTTATAATATATT
131 TTTTTT-GTCAATGG-TGGCTTTT-CTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATT
* ******** * * * *
110710 TT-AGCAAAANNNNNNNNNNAATTTAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAA--
193 TTAACCAAAA--TATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
* * * * *
110772 GA-AAAGAAGAATGCTTTTGAAAGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGC
256 GAGTAATAAG-A-GCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCAATGGATGGC
* * * * *
110836 TTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATGTTAACCAACAATATAAAAAA
318 TTTTCCTTCATGTTTC-TAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAA
* * * * ** *
110901 ATTTAATTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAAA-GCTAAGGCTTCCAAAG
382 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGC-AAATAATAAGGCTTTCAAAG
* * * *
110965 G-TATGGGTGACTATAAATGGACTCTTT-TTGC-CAATGAATGGCTCTTTCTTCA-AGTTTTTTG
445 GCT-TGAGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTACTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACA-TTTCTTG
111026 AGA
507 AGA
* * * * * *
111029 TAAACATGT-AAATATTATCTGTTGTAGCC-AATAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTA
1 CAAACAT-TCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
111092 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-CTAATAACGCTTTCAAA-GCTTTAAATGACTATAAATG
65 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGC-AATAATGCTTTCAAAGGC-ATGAGTGACTATAAATG
* * * * * *
111155 GACTTTTATTGCCAATGGGTGG--------CAAATAT-TCAA--T---TA-T--AATATAGTTTA
128 GACTTTT-TTGTCAAT-GGTGGCTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTA
* ** * *
111203 -ATT-A--AAAAGGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAG
191 TTTTAACCAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAGTTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAG
* * * * *
111263 TGAGTAATAAG-GCTTTTAAAGGCATGAGTGATTGTACATGGACTTTTCTTGCTAATAGATGGCT
255 TGAGTAATAAGAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-AATGGATGGCT
* * ***
111327 TTTGCTTCAGGTTTCTAAAATTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAA
319 TTTCCTTCATGTTTCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATAT-AAAAAA
* * * * * * * *
111392 ATT-AACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCGTTGAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTAAAGG
382 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCAAAGG
* * * * * *
111456 CTTGACTGACTATAAATGGACTTTTCTTACT-AGTGAACGGCTTTTACTTCACGTTT-TGTGAAA
446 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCT-TGAGA
* *
111519 CAAACATTCAAATATAATTTATTTTAA-CAAAAAATGTAA
1 CAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAATGTAA
111558 GTAACAAGGC
Statistics
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0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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CAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
TTTTTTGTCAATGGTGGCTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTA
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ATAAGAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATGGATGGCTTTTCCTT
CATGTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAC
TATAAATGGACTTTTCTTACTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTTGAGA
Found at i:111500 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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111167 CAATGGGTGG
* * * * * *
111177 CAAATATTCAATTATAATATAGTTTAATTAAAAAGGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAGTTATG
1 CAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAGATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
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* * *
111307 TTTCTTGCTAATAGATGGCTTTTGCTTCA-GGTTTCTAAAA
131 TTTCTTACTAATAGACGGCTTTTACTTCACGGTTTCTAAAA
* * *
111347 TTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAATATAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTA
1 -CAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAGAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * *
111411 TGAAATTATAAAATCGTTGAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTAAAGGCTTGACTGACTATAAATGGA
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* * * *
111476 CTTTTCTTACTAGT-GAACGGCTTTTACTTCACGTTTTGTGAAA
129 CTTTTCTTACTAATAG-ACGGCTTTTACTTCACGGTTTCTAAAA
* *
111519 CAAACATTCAAATATAATTTATTTTAA-CAAAAA
1 CAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAA
111552 ATGTAAGTAA
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 30, Indels: 7
0.82 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.04
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CAAACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAGATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AAATTATAAAATCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGACTGACTATAAATGGACT
TTTCTTACTAATAGACGGCTTTTACTTCACGGTTTCTAAAA
Found at i:111876 original size:170 final size:169
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Indices: 111586--112132 Score: 699
Period size: 170 Copynumber: 3.2 Consensus size: 169
111576 GCATGGATCT
* * * * * *
111586 TTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGGGTCGCTTTTCCTTCATGTTT-CTTGAGGTAGACATTCA
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* *
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* * * *
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* * *
111756 CTATAAATGGACTTTCCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCATATTTCCTAGAGTAGACATTCAA
1 TTATAAATGGACTTTCCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAGAGTAGACATTCAA
* *
111821 CTATAATATATTTTAAT-CAAAATGTACAAAAATTCAACTTAAAATGAGTTATGAGATTATAAAA
66 CTATAATATATTTTAATAAAAAATGTA-AAAAATTCAACTTAAAATTA-TTATGAGATTATAAAA
*
111885 CTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCTTGAGTGA
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* * * * *
111926 TTATAAATAGACTTTCCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTCTGCC-AAAGCAGACATTCA
1 TTATAAATGGACTTTCCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTCATGT-TTCCTAGAGTAGACATTCA
* * * *
111990 ACTATAATATATTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTGTAAA
65 ACTATAATATATTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATT-ATTATGAGATTATAAA
* *
112055 ACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGA
128 ACTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGA
* *
112097 TTATAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGAATGGCTTTT
1 TTATAAATGGACTTTCCTT-ACCAATGGATGGCTTTT
112133 TCTNNNNNNN
Statistics
Matches: 332, Mismatches: 36, Indels: 17
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Matches are distributed among these distances:
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TTATAAATGGACTTTCCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTAGAGTAGACATTCAA
CTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATTATTATGAGATTATAAAACT
ATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGCATGAGTGA
Found at i:113329 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 113152--113620 Score: 507
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 169
113142 NNNNNNNNNN
* ** *
113152 TGGCTTTTGCTTCAGGTTTCTAAAATTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATAT
1 TGGCTTTTACTTCAGGTTTCTAAAA-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTA-
* * * *
113217 AAAAAATTAACTTAAAATTAATTATAAAATTATAAAATCATTGAAAGCGAGTAATAAGGGTTTTA
64 AAAAAATTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCTTTA
* * * *
113282 -AAAGC-TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAGTGAA
128 GAAAGCATGGA-TCACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA
* * * * *
113323 TGGCTTTTACTTCATGTTTCCTGAAACAGACATTCAAATATAATTTATTTTAACCAAAAATGTAA
1 TGGCTTTTACTTCAGGTTT-CTAAAATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAA
* * ** *
113388 AAAAATTTAACTTAAAATTGATTATGAGATTATAAAA-CTATTTTAAGTAAGTAACAAGGCTTTA
65 AAAAA-TTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTA
* * * **
113452 GAAGGCATGGATCTCTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGGG
128 GAAAGCATGGATCACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA
* * **
113494 TGGTTTTTCCTTCAGGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATATA-TTTAACCAAAAATGTAA
1 TGGCTTTTACTTCAGGTTTC-TAAAATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAA
* * *
113558 AAACATTTAACTTAAAA-TCATATATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTT
65 AAA-AATTAACTTAAAATTAAT-TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
113621 CGAAGNNNNN
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 43, Indels: 19
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
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Consensus pattern (169 bp):
TGGCTTTTACTTCAGGTTTCTAAAATAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAA
AAAATTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAA
AGCATGGATCACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA
Found at i:114300 original size:22 final size:22
Alignment explanation
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Period size: 22 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
114265 NTATGAGATT
*
114275 ATAAAATCATTTAAAGTGAGTA
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*
114297 ATAATATCATTTAAAGCGAGTA
1 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTA
114319 ATAA
1 ATAA
114323 GGCTTCAGAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 24 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.06, G:0.12, T:0.31
Consensus pattern (22 bp):
ATAAAATCATTTAAAGCGAGTA
Found at i:117029 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 116258--117828 Score: 1248
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 171
116248 NNNNNNAATG
* * **
116258 TAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTATGAGTTTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * * * ** **
116322 TCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAC-TTTCTCT-CAAATGGATGATTTTTGCTTCTTATTTC
66 TTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTC
* * * * *
116385 CCAAGGTAGATATTTAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATG
130 TCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATA
* **
116427 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * ** * * * *
116492 TTGAAGG-AGTAAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTTTGACAATATATAGCTTTTACTTTACGTT
66 TTGAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGGAC--TTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATT
* * ****
116556 TCAT-AAGGTAGAGATTCAAATATAATCTATTTTAGCTGGTGATA
128 TC-TCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATA
* *** * * *
116600 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAATTGTTTAAAGTGAGTAATAAAGATT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * ** * * *
116665 TT-AAGGTAT-AGGTAACTATAGATGGACTTTTCTTGTAAATGAATGGCTTTTTCTTCACCTTTC
66 TTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTC
* * * *
116728 CCAAGGTAGACATTCAAATATTATCCGA-TTTAA-TAAAAAATG
130 TCAAGGTAGACATTCAAATATAAT-CTATTTTAACT-AAAAATA
* * * *
116770 TAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTTAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** ** * * * * * *
116835 TCAAAGGTTTGAGTGAGTATAAATAGACATTTCTCT-CCAATGGATAGCTTCTACTTCACATTTC
66 TTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTC
* * * *
116899 TAAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATA
130 TCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATA
* * ** * * *
116941 TAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTACAAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGAAATAATGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
** * **
117006 TTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGGTTCATGTTTC-
66 TTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCT
** * * * * *
117070 CTTTGGTAGACATTCAATTATAATCTACTTTAACCAACAATG
131 C-AAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATA
* * * * * * ** *
117112 CAAAAAAATTCAACTTAAAATTAGTTATAAGACTATAAAACTATTTAAAGCGACCAATAAAGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * *
117177 TTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGACTTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTCT-CTT--CATGT
66 TTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGGATGGCTTT-TGCTTCACAT-T
* * *
117239 T-TCAGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAAATA
128 TCTCA-AGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACT--AAAAATA
** * * * *
117284 TAAAAAAATTTTACTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAATCCATTTTGAAGCGAGAAATAAGGCT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * *
117349 TTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCCTTTTCTTGCCAATGGGTGGCTTTTGCTTCATATTTC
65 TTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTC
** * * * * * *
117414 TCATCGCAAACATTCAATTATAATATATTGTAACCAAAAATA
130 TCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATA
* * ** *
117456 TAAAACAATTCAA-TGTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAAGTAAAGCAAGTAATAAGGCT
1 TAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
** * * * *
117520 TTCAAAGGCATG-GCAT-ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTGTTTCACATT
65 TTTGAAGGCATGAG--TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATT
* * * * * *
117583 TCTCAAGGTAGACATTTAAATATAGTCTGTTTTAATTCAAAATG
128 TCTCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATA
* ** * *
117627 TAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAGAGCAAGTAATAAGAG-T
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG-GCT
* * * * * * * **
117691 TTCGTAGGCTTGAGT-ATTTATAAATGGGCTTTTCTTG-TAAGTGGATGGCTTTTCCTTCATGTT
65 TTTGAAGGCATGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGGATGGCTTTTGCTTCACATT
*** * * * *
117754 TC-CTAAAACAAACATTC-AGTCATAATATATTTTAA-TCAAAAACA
128 TCTC-AAGGTAGACATTCAAAT-ATAATCTATTTTAACT-AAAAATA
117798 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
117829 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1104, Mismatches: 255, Indels: 84
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 21 0.02
170 180 0.16
171 566 0.51
172 152 0.14
173 180 0.16
174 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCT
CAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATA
Found at i:117530 original size:515 final size:509
Alignment explanation
Indices: 116258--117673 Score: 1540
Period size: 515 Copynumber: 2.8 Consensus size: 509
116248 NNNNNNAATG
* * *
116258 TAAAAAAATTCAACTTAAAAT-AATTATGAGTTTATAAAAT-CATTTAAAATGAGTAATAAGGCT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAATCCATTTTAAGTGAGTAATAAGGCT
* ** * *
116321 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTCTCTCAAATGGATGATTTTTGCTTCTTATTTCC
65 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCT
* * * * * *
116386 CAAGGTAGATATTTAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
130 CAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAA
* *
116451 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATACTTTTGAAGG-AGTAAGTGACTATAAA
195 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCA-TGAGTGACTATAAA
* * * * * * *
116515 TGAACTTTTTTTTTGACAAT-ATATAGCTTTTACTTTACGTTTCATAAGGTAGAGATTCAAATAT
259 TGGACTTTTCTTTT--CAATGA-ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATAT
* **** * * *
116579 AATCTATTTTAGCTGGTGATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAATTGT
321 AATCTATTTTAAC-CAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAAATAT
* ** * * *
116644 TTAAAGTGAGTAATAAAGATTTTAAGGTATAGGTAACTATAGATGGACTTTTCTTGTAAATGAAT
385 TTAAAGCGACCAATAAAGATTTTAAGGTATAGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAAT
* * * *
116709 GGCTTTTTCTTCACCTTTCCCAAGGTAGACATTCAAATATTATCCGATTTAATAAAAAATG
450 GGCTTTCTCTTCACCTTT-CCAAGGCAGACATTCAAATATAATCCGATTTAATAAAAAATA
* * *
116770 TAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTTTAAGTGAGTAATAAGGCTT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTTAAGTGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
116835 TCAAAGGTTTGAGTGAGTATAAATAGACATTTCTCTCCAATGGATAGCTTCTACTTCACATTTCT
66 TCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGAC-TTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCT
* * * *
116900 AAAGGCAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATTAA
130 CAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAA
** * *
116965 TTACAAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGAAATAATGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
195 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT
* * * ** *
117030 GGACTTTTCTTTTCAATGGATGGCTTTTGGTTCATGTTTCCTTTGGTAGACATTCAATTATAATC
260 GGACTTTTCTTTTCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATAATC
* * * * * *
117095 TACTTTAACCAACAATGCAAAAAAATTCAACTTAAAATTAGTTATAAGACTATAAAACTATTTAA
325 TATTTTAACCAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAAATATTTAA
* * * *
117160 AGCGACCAATAAAGCTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATAGACTTTTTCTTGCCAATGAATG
389 AGCGACCAATAAAGATTTT-AAGG-TATAGGTAACTATAAATAGAC-TTTTCTTGCAAATGAATG
** * * *
117224 GCTTTCTCTTCATGTTT-CAGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAAATA
451 GCTTTCTCTTCACCTTTCCA-AGGCAGACATTCAAATATAATCCGATTTAAT-AAAAAATA
** * * *
117284 TAAAAAAATTTTACTTAAAATCAAGTATGAGATTATAAATCCATTTTGAAGCGAGAAATAAGGCT
1 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTT-AAGTGAGTAATAAGGCT
** * * *
117349 TTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCCTTT-TCTTGCCAATGGGTGGCTTTTGCTTCATATTT
65 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTCTC-T-CCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTT
** * * * * * *
117413 CTCATCGCAAACATTCAATTATAATATATTGTAACCAAAAATATAAAACAATTCAA-TGTGAAAT
128 CTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACT-TAAAAT
** * * **
117477 CAATTATGAGATTATAAAACCAAGTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG-GCAT-ACTA
192 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGAG--TGACTA
* * * * *
117540 TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTGTTTCACATTT-CTCAAGGTAGACATTTAAAT
255 TAAATGGACTTTTCTTTTCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAAAT
* * * * *
117604 ATAGTCTGTTTTAATTCAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAT
319 ATAATCTATTTTAA-CCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAAAT
117669 ATTTA
383 ATTTA
117674 GAGCAAGTAA
Statistics
Matches: 745, Mismatches: 140, Indels: 35
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
512 131 0.18
513 107 0.14
514 237 0.32
515 266 0.36
516 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (509 bp):
TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCCATTTTAAGTGAGTAATAAGGCTT
TCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCTC
AAGGCAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATG
GACTTTTCTTTTCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGTAGACATTCAAATATAATCT
ATTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAAATATTTAAAG
CGACCAATAAAGATTTTAAGGTATAGGTAACTATAAATAGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTT
CTCTTCACCTTTCCAAGGCAGACATTCAAATATAATCCGATTTAATAAAAAATA
Found at i:118979 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 118797--119188 Score: 386
Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
118787 TGAAGTAGAA
* * * * * * *
118797 ATTCAGTTATAATATATTTTAGCAAAAAATGTAAAAACATTTAACTT-AAATTAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATATATGTTAACAAAAAATATAAAAA-AATTAACTTAAAATTAATAATAAGATT
* * ** * *
118861 ATAAAACCAATTGAAG-AAAAGAATAATGCTTTTGAAAGTATGAGTAATTATAAATGGACTTTTC
65 ATAAAACCAATTAAAGCAAAAG-ATAAGGCTTCCGAAAGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTC
*
118925 TCT-CCAATGGATGGCT-TTTCCTTCATGTTTTCTAAGGCAAAC
129 T-TGCCAATGAATGGCTCTTT-CTTCATGTTTTCTAAGGCAAAC
* * *
118967 ATTCAATTATAATATATGTTAACCAACAATATAAAAAAATTAATTTAAAATTAATAATAAGATTA
1 ATTCAATTATAATATATGTTAACAAAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAATTAATAATAAGATTA
* * * * *
119032 TAAAATCACTTAAAGCAAAAGTTAAGGCTTCCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
66 TAAAACCAATTAAAGCAAAAGATAAGGCTTCCGAAAGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTT
*
119097 GCCAATGAATGGCTCTTTCTTCAAT-TTTGTC-AAGGTAAAC
131 GCCAATGAATGGCTCTTTCTTC-ATGTTT-TCTAAGGCAAAC
* * * * * *
119137 ATGCAA--ATATTATCTGTTGTAACCAATAATATAAAACAATTCAACTTAAAAT
1 ATTCAATTATAATATATG-T-TAACAAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAAT
119189 CAATTATGAG
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 29, Indels: 17
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.04
169 9 0.05
170 146 0.79
171 21 0.11
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
ATTCAATTATAATATATGTTAACAAAAAATATAAAAAAATTAACTTAAAATTAATAATAAGATTA
TAAAACCAATTAAAGCAAAAGATAAGGCTTCCGAAAGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTT
GCCAATGAATGGCTCTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCAAAC
Found at i:119795 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 119474--119922 Score: 424
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 170
119464 TTACTAGTGA
*
119474 ATGGCTTTTACTTCACGTTTCTTGA--AACATACATTCAAATATAATTTATTTTAACCAAAAATG
1 ATGGCTTTTACTTCACGTTTCTTGAGGAA-A-ACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATG
**********
119537 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGAGATTATANNNNNNNNNNAAGTAAGTAACAAGGCTT
64 TAAAAAAATTCAACTTAAAATC-ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTT
* * *
119602 TAAAAGGCATGGATATCTATAAATTGACTTTTCTTCCCAACGG
128 TAAAAGGCATGGATATCTATAAATGGACTTTCCTTACCAACGG
* * ** * *
119645 GTGGCTTTTCCTTCACGTTTCTTGAGGTGAACATTCAATTATAATATATATTAACCAAAAATGTA
1 ATGGCTTTTACTTCACGTTTCTTGAGGAAAACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATGTA
* * * * *
119710 AAAAAATTTAACTTAAAATCATATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTC
66 AAAAAATTCAACTTAAAATCAT-TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTA
* * *
119775 GAAGGC-TTGAGTGA-CTATAAATGGACTTTCCTTACCAATGG
130 AAAGGCATGGA-T-ATCTATAAATGGACTTTCCTTACCAACGG
* * * * * * * ** *
119816 ATGGCTTTTTCTTTATGCTTCCT-AGAGCAAACATTCAACTATAATATATTTTAA-TTAAAATAT
1 ATGGCTTTTACTTCACGTTTCTTGAG-GAAAACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATGT
* *
119879 ACAAAAATTCAACTTAAAATGAGTTATGAGATTATAAAACTATT
65 AAAAAAATTCAACTTAAAATCA-TTATGAGATTATAAAACTATT
119923 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 44, Indels: 15
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 52 0.23
171 173 0.76
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATGGCTTTTACTTCACGTTTCTTGAGGAAAACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATGTA
AAAAAATTCAACTTAAAATCATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTAA
AAGGCATGGATATCTATAAATGGACTTTCCTTACCAACGG
Found at i:120530 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 120042--122232 Score: 1769
Period size: 171 Copynumber: 12.9 Consensus size: 170
120032 ATGCCAAAGC
* * ** * * *
120042 AGACATTCAACTATAATATATTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATAAG
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
120107 ATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTCCA-AAGGCATAAGTGACTACAAATGGACTT
66 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
120171 TTCTTGACAATGAATAGCTTTTTCTTTATTTTTCCTAAGGT
130 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
* * * * * * *
120212 AGACATTGAATTTTAATCTATTTTAACTAAAAA-AGTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATAATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * ** * * * *
120276 GATT-TTAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGGATTTTGGAAGATATGGGTAACTATAAATAGATT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-CTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * *
120339 TTTTTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGG-
129 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
* * **
120380 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTTGACTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
120445 GATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT
** * * * **
120510 TTCTTGCCAATGGGTGGCTTTTGCTTTAGGTTTCCTAAAGCG-
130 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTTGAG-GT
** * * * * * *
120552 A-ACATTCAATTATAATATACTTTAACAAAAAATGTAAAAAGCTTCAATTTGAAATTAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * ** * *
120616 GATTATTAAACCATTTGAAGAAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-ATGTGACTCTAAAT-GAGC
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGA-C
** * * * **
120679 TTTTCTTATCAATGAATGGGTTTTACTTCACGTTTCTCAAGGT
128 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
* * * * * * *
120722 AGACATTTAAATATAATCTGTTTTGACC-----TA-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTACGAT
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** * * * * * * *
120781 ATTATAAAACCATTGAAAATGAGTGATAAGGGTTTTGAAGGCTTGAGTCACTACAAATGAACTTT
66 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * ** ** * ** **
120846 TCATGCTAGTGGATCACTTTGGCTTTAAAT-TTTC-CAAAAT
131 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTC-TT-CATGTTTCTTGAGGT
* * * *
120886 AGACATTCAATTATAATATATTTAAACTAAAAAGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCGATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAA-TATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
120950 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-GAAATGCATGGGAGACTATAAATGGA-T
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAG-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * **
121013 TTCTCTTGCCAACGAGTGACTTTTTCTTCATGTTT-TACAAGGT
129 TT-TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGGT
* * * * * *
121056 AGATATTCACTTAAAATATATTTTAA-TACAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATC-ATATAT
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCA-AAAAT-ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT-TAT
* * * * * *
121119 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAATGCTTTTGAAGGCTTGAGCGACTATAAATGGAC
63 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * *
121184 TTTCCTTGCCAATGGATGGGTTTTGCATCATGTCTCCTGAAGC
128 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
* * * * *
121227 AGACATTCAACTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAATCTCAAATTTAAATTAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
121292 GATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAGTAAGGCTTTCA-AAGGCATGAGTGACTACAAATGGACT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
**
121356 TTTCTTGAAAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
129 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
* * * * * * * *
121398 AGACAATGAATTTTTATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATAATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * **
121463 AATTATTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAAACAT-AGGTGACTATAAATGGACT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACT
*
121527 TTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
129 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
* * ** * * * *
121569 AGACATTGAATTTTAATATGTTCGAACCAAAAATACAAAAAAGTTCAACTTAAATTGAATAATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * ** * * * * *
121634 GATTATTATACCATTTAAAGTGAGCAATAAAGCTTCCGAAAGCATGAAAT-ATTGTAAATGAACT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATG-AGTGACTATAAATGGACT
* * *
121698 TTTTTTGCCAATAAATTGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
129 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
* ** * *** *
121740 CGACATTCAAAGATAATATGTTTTATCTGTAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
121805 GATAATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCA-AAGGCATAAGTGACTATAAATGGACT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-AGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * ***
121869 TTTCTTACCAATAAATGGATTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGT
129 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
* * * * * * * *
121911 AGACATTGAATTTTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTGAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAG
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * * * *
121976 ATTATTAAACTATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTAAAAGGCGTGGGTGACTATAAATAGATTTT
66 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
** * * ** ** *
122041 TCTTATCAATGAATGACTTTTCCTTCACATTTCCAGAGGC
131 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
* * *
122081 AAACATTCAATTATAATCTG-TTTAACC-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
122144 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTCCA-AAGACATGAGTGATTATAAATGGCCT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * *
122208 TTTCTGGCTACTGAATGGCCTTTTT
129 TTTCTTGCCAATGAATGG-CTTTTT
122233 TGACCACTGA
Statistics
Matches: 1605, Mismatches: 364, Indels: 104
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 102 0.06
165 13 0.01
166 2 0.00
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173 1 0.00
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AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
Found at i:122226 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 122200--122275 Score: 100
Period size: 21 Copynumber: 3.6 Consensus size: 21
122190 AGTGATTATA
* *
122200 AATGGCCTTTTCTGGCTACTG
1 AATGGCCTTTTCTGACCACTG
*
122221 AATGGCCTTTTTTGACCACTG
1 AATGGCCTTTTCTGACCACTG
*
122242 AAT-GCTCTTTTTTGACCACTG
1 AATGGC-CTTTTCTGACCACTG
122263 AATGGCCTTTTCT
1 AATGGCCTTTTCT
122276 TCACATTTCC
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 4, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
20 2 0.04
21 45 0.92
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ACGTcount: A:0.17, C:0.24, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (21 bp):
AATGGCCTTTTCTGACCACTG
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123477 TATTAGATGG
* * *
123487 CTTTGGCTTTAAGTTTC-TCAAAATAGACATTCAATTATAATATATTTAAAGCAAAAA-AGTAAA
1 CTTTGGCTTCAAGTTTCAT-AAAATAGACATTCAATTAAAATATATTTAAACCAAAAATA-TAAA
* * *
123550 AAAAA-TCAACTTGAAATCGAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTG
64 AAAAATTCAACTTAAAATC-ATATATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGCAATAACGCTTTG
*
123613 AAACTCATGGGAGACAATAAATGGATTTCTCTTGCCAACAATGA
128 AAACTCATGGGAGACAATAAATGGATTTCTCGTGCCAACAATGA
** * ** *
123657 CTTTTTCTTCATGTTTCATAAGGTAGACATTCAATTAAAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAA
1 CTTTGGCTTCAAGTTTCATAAAATAGACATTCAATTAAAATATATTTAAACCAAAAATATAAAAA
* *
123722 AAATTCAACTTAAAATCATATATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAACGCTTTTGAA
66 AAATTCAACTTAAAATCATATATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGCAATAACGC-TTTGAA
* * * * * *
123787 GGCT--TGAGCA-ACTATAAATGGACTTTC-CTTGCCAATAGATGG
130 -ACTCATG-GGAGACAATAAATGGA-TTTCTCGTGCCAACA-ATGA
* ** * * * ** * * *
123829 TTTTTACTTCATGTTTCCTGAAGCAGACATTCAACTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAA
1 CTTTGGCTTCAAGTTTCATAAAATAGACATTCAATTAAAATATATTTAAACCAAAAATATAAAAA
123894 AA
66 AA
123896 CTCAAATTTA
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 27, Indels: 16
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.14, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (171 bp):
CTTTGGCTTCAAGTTTCATAAAATAGACATTCAATTAAAATATATTTAAACCAAAAATATAAAAA
AAATTCAACTTAAAATCATATATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGCAATAACGCTTTGAAA
CTCATGGGAGACAATAAATGGATTTCTCGTGCCAACAATGA
Found at i:123919 original size:171 final size:168
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Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 168
123501 TTCTCAAAAT
* * * *
123511 AGACATTCAATTATAATATATTTAAAGCAAAAA-AGTAAAAAAAATCAACTTGAAATCGATTATG
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAAATCAACTTAAAATC-AATATG
* * *
123575 AGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTGAAACTCATGGGAGACAATAAATGGATT
64 AGATTATAAAACCATTTAAAACGAGCAATAACGCTTTGAAACT-ATGGCAGACAATAAATGGATT
*
123640 TCTCTTGCCAACAATGACTTTTTCTTCATGTTTCATAAGGT
128 TCTCTTGCCAACAATGACTTTTTCTTCATGTTTCATAAGGC
*
123681 AGACATTCAATTAAAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTCAACTTAAAATCATATATG
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAA-TCAACTTAAAATCA-ATATG
* * * *
123746 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAACGCTTTTGAAGGCT-TGAGCA-ACTATAAATGGA
64 AGATTATAAAACCATTTAAAACGAGCAATAACGC-TTTGAA-ACTATG-GCAGACAATAAATGGA
* * *
123809 CTTTC-CTTGCCAATAGATG-GTTTTTACTTCATGTTTCCTGAA-GC
126 -TTTCTCTTGCCAACA-ATGACTTTTT-CTTCATGTTTCAT-AAGGC
* * * * *
123853 AGACATTCAACTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAACTCAAATTTAAATTAACTATGA
1 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAA-TATGA
123918 GATTATA
65 GATTATA
123925 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 22, Indels: 21
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 41 0.19
171 97 0.46
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173 4 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.13, G:0.11, T:0.32
Consensus pattern (168 bp):
AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAACGAGCAATAACGCTTTGAAACTATGGCAGACAATAAATGGATTTCT
CTTGCCAACAATGACTTTTTCTTCATGTTTCATAAGGC
Found at i:124771 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 124150--125778 Score: 1413
Period size: 340 Copynumber: 4.8 Consensus size: 340
124140 NNNNNNNTAG
* * *
124150 GTGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATG-TTTCTCGAGGTAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-ATTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTAGACA
* * *
124214 TTGAATTTTAATATGTTTGAACCAAAAATACAAAAAAGTTCAACTTAAATTCAATAATGAGATTA
64 TTGAATTTTAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTA
* * * * * * * *
124279 TTAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTCCGAAAGCAT-GAATGATTGTAAATGAACTTTTTT
128 TTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGAA-GACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * ** * * *
124343 TTCTAATAAATTGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTC-GACATTCAAATATAATCTATTTTATC
192 TACCAATTAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCAGGAGG-CAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
* * * * * * *
124407 CACAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATTATATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
256 CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAA
124471 TAAAGCTTCTAAAGGCATAA
321 TAAAGCTTCTAAAGGCATAA
* * *
124491 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGGATTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGATAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GATTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACAT
*
124556 TGAATTTTAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATT
65 TGAATTTTAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATT
* * * * *
124621 AAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTGGAAGGCGTGGAAGACTATAAGTGGACTTTTCTTAT
130 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
* * * * * * * *
124686 TAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCGGAGACAAACATTCAATTTTAATCTA-TTCAACTAAA
195 CAATTAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCAGGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAA
*
124750 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAA
260 AATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAA
*
124815 GCTTCTAAAGGCATGA
325 GCTTCTAAAGGCATAA
* * * ** * * *
124831 GTGACTATAAATGGACTTTTCTAGCCACTGAATGACCTTTTCTTCACATTTCCCCAGGTAAACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-TTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACAT
* * * *
124896 TGAATTTCAATCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATAATGGGATTAT
65 TGAATTTTAATATGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTAT
* * * * * * *
124959 TAAACCAATTAAAACGAGTTATAAGGCTTTCGAAGGCATGGATGACTATAACTGAATTTTTCTTA
129 TAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTA
* * * * * * * *
125024 CCAATTAATGACATTTTCTTCACGTTTCATGATGCAAATATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
194 CCAATTAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCAGGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
* ***
125089 AAATATAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGCA-ATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAAT-
259 AAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATA
*
125152 AAGACTT-TCAAAGGCTTCAA
323 AAG-CTTCT-AAAGGCAT-AA
* * * *** * * *
125172 -T-ATCTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATAGCTTTTGAATAATG-TTT---A-GAAAACA
1 GTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GATTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACA
* * * * * *
125230 TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA-AGTAGAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
64 TTGAATTTTAATATGTTTTAACCAAAAATA-TA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATT
** * * ** *
125294 ACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGGC-T-TAAGTGACTATAAATGGACTTTT
127 ATTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGAA--GACTATAAATGGACTTTT
* * * *
125357 CTTACCAATTAATGG-TTTTTGCTTCACAT-TTTCAGAAGTG--GACATTAAATTATAATATATT
190 CTTACCAATTAATGGCTTTTT-CTT--CATGTTTCAGGAG-GCAAACATTCAATTATAATCTATT
* * * * * *
125418 TTAACCAAAAGTGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTGTTGAAAGCA
251 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCA
* * * * * *
125483 AGTAATAAGGGTTTTGAAGGCTTGA
316 AGTAATAAAGCTTCTAAAGGCATAA
* * * * * * ** *
125508 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAGTGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCGAA-ACAGATA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-TTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGTAGACA
* * * * * * * * *
125572 TTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAAAATAAAAAAATCTAACTTAAATAT-GATTATGAGATT
64 TTGAATTTTAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTC-AACTTAAA-ATCAATAATGAGATT
* * * * * *
125636 ATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTGGAAGGCAAGGATGACTATAAATGGACTTTTCT
127 ATTAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGAAGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * ** * ** * * *
125701 TGCCAATGAGTGGC-TTTCCTTTAACATTCCTTGAGGCAGACATTTAATTATAATATATTTTAAC
192 TACCAATTAATGGCTTTTTC-TTCATGTTTCAGGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC
*
125765 CAAAAATGTAAAAA
256 CAAAAATATAAAAA
125779 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1049, Mismatches: 194, Indels: 89
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
335 25 0.02
336 22 0.02
337 201 0.19
338 12 0.01
339 151 0.14
340 370 0.35
341 104 0.10
342 160 0.15
343 3 0.00
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATT
GAATTTTAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATTA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTACC
AATTAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCAGGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAG
CTTCTAAAGGCATAA
Found at i:125194 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 124151--125778 Score: 1215
Period size: 171 Copynumber: 9.6 Consensus size: 170
124141 NNNNNNTAGG
* * * *
124151 TGACTATAAATGGACATTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTC-TCGAGGTAGACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCAT-GAGGCAGACAT
* * * * * * * *
124215 TGAATTTTAATATGTTTGAACCAAAAATACAAAAAAGTTCAACTTAAATTCAATAATGAGATTAT
65 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
124280 TAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-AGCTTCCGAAA-GCATGAA
129 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA-CTTTC-AAAGGCATGAA
* * * * * * * *
124322 TGATTGTAAATGAACTTTTTTTTCTAATAAATTG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTC-GACA
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAA-TGACTTTTTCTTCATGTTTCATGAGG-CAGACA
* * * * * * * * * *
124385 TTCAAATATAATCTATTTTATCCACAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATTATATTAT
64 TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
*
124450 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA-AGC-TTCTAAAGGCAT-AA
129 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA-CTTTC-AAAGGCATGAA
* * * *
124491 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATAAATGGA-TTTTTCTTCATGTTTTCCA--AGGTAGA
1 -TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GACTTTTTCTTCATG-TTT-CATGAGGCAGA
* * * * * * *
124553 TATTGAATTTTAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATT
62 CATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * ** *
124618 ATTAAACCATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTGGAAGGCGTGGAA
127 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCAT-GAA
* ** * * ** * *
124663 -GACTATAAGTGGACTTTTCTTATTAATGAATGGCTTTTTTTTCATGTTTCCGGAGACAAACATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGCAGACATT
* * *
124727 CAATTTTAATCTA-TTCAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
66 CAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
124791 AAACCATTTAAAGCAAGTAATAA-AGC-TTCTAAAGGCATGAG
130 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA-CTTTC-AAAGGCATGAA
* * ** *** * *
124832 TGACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCACTGAATGACCTTTTCTTCACATTTCCCCAGGTAAACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGCAGACAT
* * * * *
124896 TGAATT-TCAATCTGTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATAATGGGATTA
65 TCAATTAT-AATATATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * *
124958 TTAAACCAATTAAAACGAGTTATAAGGCTTTCGAAGGCATGGA
128 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAA
* * * * * * * * *
125001 TGACTATAACTGAATTTTTCTTACCAATTAATGACATTTTCTTCACGTTTCATGATGCAAATATT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGCAGACATT
* *
125066 CAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAACAAATTCAACTTAAAATCAATTATGCA-ATTAT
66 CAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTAT
* ** * *
125130 AAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTCAA
129 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAA
* *** * *
125172 T-ATCTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGAT-AGCTTTTGAATAATGTTT-A-GA---AAACA
1 TGA-CTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGCAGACA
*
125230 TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAA-AGTAGAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
64 TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATA-TA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
125294 ACAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA-AGCTTTTAAAGGC-TTAA
127 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA-CTTTCAAAGGCATGAA
* * * **
125337 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATTAATG-GTTTTTGCTTCACAT-TTTCA-GAAGTGGA
1 -TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTT-CTT--CATGTTTCATGAGGCAGA
* * * * * *
125399 CATTAAATTATAATATATTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGAT
62 CATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** * * ** ** * *
125464 TATAAAACTGTTGAAAGCAAGTAATAAGGGTTTTGAAGGCTTGAG
126 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAA
* * * * ** *
125509 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAGTGAATGACTTTTGCTTCACGTTTC-TCGAAACAGATAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCAT-GAGGCAGACAT
* * * *
125573 TCAATTATAATTTATTTTAA-TCAAAAAAATAAAAAAATCTAACTTAAATAT-GATTATGAGATT
65 TCAATTATAATATATTTTAACT-AAAAATATAAAAAATTC-AACTTAAA-ATCAATTATGAGATT
* ** * *
125636 ATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTTGGAAGGCAAGGA
127 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAA
* * * * * ** * *
125680 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAGTGGC-TTTCCTTTAACATTCCTTGAGGCAGACAT
1 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTC-TTCATGTTTCATGAGGCAGACAT
* * *
125744 TTAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
65 TCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAA
125779 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1157, Mismatches: 238, Indels: 124
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 10 0.01
166 118 0.10
167 6 0.01
168 6 0.01
169 154 0.13
170 401 0.35
171 446 0.39
172 16 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGCAGACATT
CAATTATAATATATTTTAACTAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCATGAA
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Indices: 128461--128981 Score: 514
Period size: 163 Copynumber: 3.1 Consensus size: 164
128451 NNNNNNNNNN
* * *
128461 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTACCAATT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTA-CAAAT
*
128526 G-ATGGCTTTTGCTTCACATTTCTAG-AACTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAGT
64 GAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCGAAAC-AGACATTCAATTATAATATATTTTAA--AAAA--
* * * ***
128589 GTAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAATTG
124 --AAAA-AATATAACTTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * * *
128633 TTGAAAGCAAGTAATAAGGGTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATACATGGGCTTTTCTTACTAGTGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGA
* * * *
128698 ATGACTTTTGCTTCACGTTTCTCGAAACAGACATTCAATTATAATTTATTTT-AATAAAAAAAAT
66 ATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCGAAACAGACATTCAATTATAATATATTTTAAAAAAAAAAAAT
*
128762 ATAACTTAAATTCGATTATGAGATTATAAAACCA
131 ATAACTTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * *
128796 TTTAAAGCGTGTAATAAGACTTTGGAAGGC-AAAGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATG
* * * ** *
128860 AGTGGCTTTTCCTTCACATTCCTCGAGGCAGACATTTAATTATAATATATTTTGAACAAAAATGT
65 AATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCGAAACAGACATTCAATTATAATATATTTT-AA-AAAAA---
*
128925 AAAAA-ATTCAACTTAAAATT-AATTATGAGAATATAAAACCA
125 AAAAATA-T-AACTT-AAATTCAATTATGAGATTATAAAACCA
128966 TTTAAAGCGAGTAATA
1 TTTAAAGCGAGTAATA
128982 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGA
ATGGCTTTTGCTTCACATTTCTCGAAACAGACATTCAATTATAATATATTTTAAAAAAAAAAAAT
ATAACTTAAATTCAATTATGAGATTATAAAACCA
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Period size: 170 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
135889 NNNNAAAGTG
* *
135899 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATAACTTTT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATAACTTTT
* * * * *
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66 TCTTCACATTTCCTAAGATAGACATTGAACTTTAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCA
*
136029 ACTTACAATCAATAATGAGATTATTAAACCATTTAAAGCA
131 ACTTAAAATCAATAATGAGATTATTAAACCATTTAAAGCA
** * * **
136069 AGTAATAAGGCTTTGGAAGGCATAAGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGC-TTT
1 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATAACTTTT
* * * *
136133 TCTTCACATTTCTTAAGATAGCCATTGAACTTTAATCTATTTTAACCAACAATGCA-AAAAAATT
66 TCTTCACATTTCCTAAGATAGACATTGAACTTTAATCTATTTTAACAAAAAAT--ATAAAAAATT
*
136197 TAACTTAAAATCA
129 CAACTTAAAATCA
136210 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
169 47 0.39
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Consensus pattern (170 bp):
AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATAACTTTT
TCTTCACATTTCCTAAGATAGACATTGAACTTTAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATAATGAGATTATTAAACCATTTAAAGCA
Found at i:136856 original size:171 final size:171
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Indices: 136530--137031 Score: 385
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 171
136520 NNNNNNNNNA
* * * * *
136530 ATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATTATTAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTGAAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGGAATAAAGATTCGAAAGG
* *
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66 CAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTGTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTCAAACA
* * *
136660 AATATTCCATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTGAAAGT
131 AACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGAAAGT
* * *
136701 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGGAATAAAGCTTCCG-AAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGGAATAAAGATT-CGAAAG
** * ** *
136765 GCCTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGACCACT-AAGTGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGC-
65 GCAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTGTT-ACCAATGAA-TGGCTTTTTCTTCACATTTCCT-CA
** * * ***
136827 AGTAAACATTTAATT-TCAATCTATTTTAACTAAAAATGT-AANNNN
127 AACAAACATTCAATTAT-AATCTATTTTAACCAAAAATGTGAA-AGT
****** * * ** * * * * *
136872 NNNNNNCTTAAAATCAATAATGAGATTATTAAACCATTTAAA-ACATGTAATAATGCTTTGGAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA-GGAATAAAGATTCGAAAG
* * * * * *** *
136936 GCATGGGTGACTATAATTGAACTTTT-TTATCAATGAATGG-TATTTTCTTCATC-TTTCAGGAG
65 GCAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTGTTACCAATGAATGGCT-TTTTCTTCA-CATTTCCTCAA
* *
136998 ACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
128 ACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA
137032 CTGTAAAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (171 bp):
ATTCAACTTAAAATCAATAATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGGAATAAAGATTCGAAAGG
CAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTGTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCTCAAACA
AACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGAAAGT
Found at i:156347 original size:18 final size:19
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Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
156311 GTAATAGGTA
*
156321 AAAAGAATACTTTA-AAAT
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* *
156339 AAAATAATATTTTATGAAT
1 AAAATAATACTTTATAAAT
156358 AAAATA
1 AAAATA
156364 NNNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (19 bp):
AAAATAATACTTTATAAAT
Found at i:161511 original size:21 final size:21
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161475 TATCCATTAT
161485 ATTTAAATTTAATTTGTTTAA
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* ** *
161506 ATTTAAA--TAAGGATTAATTAT
1 ATTTAAATTTAA--TTTGTTTAA
161527 ATTTAAATTTAATTTGTTTAA
1 ATTTAAATTTAATTTGTTTAA
161548 ATTTAAA
1 ATTTAAA
161555 CATAATATCC
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 8, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (21 bp):
ATTTAAATTTAATTTGTTTAA
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Indices: 161899--163842 Score: 1679
Period size: 171 Copynumber: 11.4 Consensus size: 171
161889 AACACGTTCT
* * *
161899 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCT-ATTTTAAGTTAAATTGTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATT-TTT
** * * * * * * *
161963 TTACATTTTTAGTTAAAATATACAAT-ATTTAATATCT-GTTATAGGAAACGTGAAGTAAAAGCC
64 TTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCTA-GAAACATGAAGCAAAAGCC
*** * *** *
162026 A-TCTACCAGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTTGTTCAAGCCTTCA
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* * * * * * *
162070 AAA-CGCTTATTACTCGCTTTTAATGATTTTATATTCTCATAATCGATTTTAAG-TGAAAATGTT
1 AAAGC-CTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTT
** * * * * ** * ** * * *
162133 TTACATTTTGGGTCAAGACAGATTATGTTTAAATGCCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
64 TTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCTAGAAACATGAAGCAAAAGCCA
* * * *
162198 TTCGTTAGCAAGAAAAGAT-CATTTATTGTCAC-CTATGCCTTCG
129 TTCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCA
* * * * **
162241 AAAGCCTTATT-TTTGGCTTCAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAAGGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
162305 TATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTCACTTCTAGAAACGTGAAGCAAAAGCCAC
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** * * *
162370 AAATT-GCTAA-AGAAAGTCTATTTATAGTCACTTA-GCCTTCG
130 TCATTGGC-AAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
* * * * *
162411 AAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATTGCTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * *
162476 GTATTTTTAGTTAAAAAATATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
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* * * *
162541 CATTGGTGAA-AAAAGTCCATTCATTGTCACTCATGCCTTTA
131 CATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
** * * * * *
162582 AAAGCCTTATTACAAGCTTTAGATGGCTTTATATTCTCATATTTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * ** *
162647 ACATTTTTGGTTAAAGTATATTATGGTTGAATGTTTGCTT-TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
66 ACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCTA-GAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * *
162711 CCATTGGCAAGGAAAGTCCATTTGTAGTCACTCAAGCCTTCA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
** *
162753 AAAGAGTTATTACTTGCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * ** * * *
162818 ACATTTTTTGTGAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGGAAACATAAAGGAAAAGCCAC
66 ACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTA-CTTCTAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
** *
162882 TCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATGCCTTCC
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATGCCTTCA
** * * *
162924 AACTCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATCT-ATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * *
162988 AACATTTCTT-TTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTT--TTTTGGGAAACATGAAGTAATAGC
65 TACATTT-TTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGT-TTACTTCT-AGAAACATGAAGCAAAAGC
* * * *
163050 CATTCATTAGCAAGCAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTCA
127 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
* * * ** * * *
163095 AAAACCTTATTACTTACTTTCAACAGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTG
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* *
163160 ACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCT-GAAAACGTGAAGCAAAAGCCAT
66 ACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCTAG-AAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * *
163224 CCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTA
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
* * * *
163266 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAGTGTTTCT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * **
163331 ACTTTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTT-TAGAAAACATGATTCAAAAGCCAT
66 ACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCTAG-AAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * * **
163395 CCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTTG
130 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
* * * * * *
163437 AAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATGAT-TGCCTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
163501 TACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTGCCTC-ATGAAAGATGAAG-AAAATGCC
65 TACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCTA-GAAACATGAAGCAAAA-GCC
** * * ** * * *
163564 ATTCATTGATAACAAAAATCCAGCTATAGTCACCCATGGCTTCC
128 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
* * * * * *
163608 AAAGCATTATTACATGTTTTAAATGGTTTAATAATATCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * * ** * * * ** * * *
163673 GTATTTTTGGTTCAAACATACTGGAATTAAATGTTTACTGCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCTACT
66 ACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCTAGAAACATGAAGCAAAAGCCATT
* * * *
163738 CAGTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCG
131 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
* * * *
163779 AAAGCTTTATTCCTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTT
1 AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
163843 CATATNNNNN
Statistics
Matches: 1425, Mismatches: 306, Indels: 84
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 180 0.13
171 1218 0.85
172 25 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCTAGAAACATGAAGCAAAAGCCATT
CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
Found at i:165118 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 165092--165134 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
165082 GTGATAAGTA
*
165092 AAAAGAATACTTTA-AAAT
1 AAAATAATACTTTATAAAT
* *
165110 AAAATAATATTTTATGAAT
1 AAAATAATACTTTATAAAT
165129 AAAATA
1 AAAATA
165135 TTATTAAANN
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 1
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.57
19 9 0.43
ACGTcount: A:0.60, C:0.02, G:0.05, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
AAAATAATACTTTATAAAT
Found at i:168390 original size:171 final size:172
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Indices: 168101--169552 Score: 1083
Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 172
168091 TGTTACACAA
* * * *
168101 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAA--TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * **
168166 TATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTT
64 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTT
** * *
168231 TTCTTGCCAATGGGTAGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAGCGA-
129 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAAGCGAG
* * * *
168274 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATTAAAAACTTCAACCTAAAATGAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * ** *
168339 TTATTAAATTATCTGAAA-TTAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGGCTTT
66 TTATAAAACTAT-TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
168403 TCTTGCTAATGACTGGCTTTTACTTCATGTTT-CTCAAG-GTAG
130 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAAGCG-AG
* * * * * *
168445 ACACTT-AAATCTAATCTATTTTGATCC-AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
1 ACA-TTCAATTATAATATATTTT-AACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
168508 GATTATAAAA-TCATTGAAAGCGAGTGATAAGGGTTTTGAAGGC-TAGAGTGACTACAAATGAAC
64 GATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATA-AGTGACTATAAATGGAC
* * * * ***
168571 TTTTTTTGCCAGTGGATGGCTTTTGCTAT-AAGTTTCC-AAA-ATTG
127 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCT-TCACGTTTCCTAAAGCGAG
* * *
168615 ACATTCAATTATAATATA-TTTAAGTCAAAAATGTAAAAAAATT-AACTTAAAATCGATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAA-CCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * * ** * * *
168678 AATATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAA-GATTTTGTAAGGCATGGGTAAATATAAATAGACTT
65 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * * *
168742 TTCTTACCAACGAGTGACTTTTTCTTTATGTTTAC-AGAG-GCAG
129 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAAGCG-AG
* *
168785 ACATTCACA-TATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTAGGA
1 ACATTCA-ATTATAATATATTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * ** * *
168848 GATTTTAAAACTGTTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCTTGAGCAACTATAGATAGACTT
64 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * ** *
168913 TTCTTGGCAATGGATGGGTTTTGCTTAATATTTTCTAAAGC-AG
129 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAAGCGAG
* ** * *
168956 ACATTCAACTATAATATATTTTAAATAAAAATA-ACAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
169020 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * **
169085 TCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCACATAT-CTTGAG-GTAG
130 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAAGCG-AG
* * * ** * * * *
169127 ACATTGAATT-TCAATTTGTTTTAATAAAAAATAGAAAAAAATTCAACTTACAATCAATAATGAA
1 ACATTCAATTAT-AATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* ** ** * * * *
169191 ATTATTAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAAACTTTGGAAGGTATAGGTGATTATAAATGGACTTT
65 ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * *
169256 TCTTGTCAATGAATATCTTTT-CTTCACATTT-CTCAAAAC-AG
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* * * * * *
169297 ACATTGAACTT-TAATCTATTTTCACCAAAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATG
1 ACATTCAA-TTATAATATATTTTAACC-AAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * *
169361 GGATTATTAAACCATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTCGAAGGCAT-GGATGACTATAAATGGAC
63 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAG-TGACTATAAATGGAC
* * * * ** *
169425 TTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTT-CTTGAG-GTTG
127 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAAGCG-AG
* * * ** * * * *
169470 ACATTCAAATATAATCTGTTTTATTCAAATATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATAAGA
1 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
169535 TTATAAAACTATTTAAAG
66 TTATAAAACTATTTAAAG
169553 TNNNNNNNNN
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Consensus pattern (172 bp):
ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAAGCGAG
Found at i:169107 original size:342 final size:340
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Period size: 342 Copynumber: 4.2 Consensus size: 340
168091 TGTTACACAA
* *
168101 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGA
1 ACATTCAA-TATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGA
* * ** * * *
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* * * * * *
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128 TTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTTTCTAAAACAG-ACATTCAACTATAATATATTT
** * * * * * * ** * *
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192 TAAATAAAAATA-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT-TTAAAGTG
* * *
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255 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTT
*
168424 ACTTCATGTTTCTCA-AGGTAG
320 TCTTCATGTTTCT-AGAGGTAG
* * * * * *
168445 ACACTTAAATCTAATCTATTTTGATCC-AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
1 ACA-TTCAATATAATATGTTTT-AACCAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
168509 ATTATAAAA-TCATTGAAAGCGAGTGATAAGGGTTTTGAAGGCTAGAGTGACTACAAATGAACTT
64 ATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * ** *
168573 TTTTTGCCAGTGGATGGCTTTTGCTAT-A-AGTTTCCAAAATTGACATTCAATTATAATATA-TT
128 TTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCT-TCACATTTTCTAAAACAGACATTCAACTATAATATATTT
* * * *
168635 TAAGTCAAAAATGTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCGATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTG
192 TAAAT-AAAAAT-AAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * * ** * * * * * * *
168699 AGCAATAA-GATTTTGTAAGGCATGGGTAAATATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAGTGACTTT
255 AGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTT
* *
168763 TTCTTTATGTTTAC-AGAGGCAG
319 TTCTTCATGTTT-CTAGAGGTAG
* *
168785 ACATTCACATATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTAGGAGA
1 ACATTCA-ATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * ** * *
168850 TTTTAAAACTGTTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCTTGAGCAACTATAGATAGACTTTT
65 TTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
168915 CTTGGCAATGGATGGGTTTTGCTTAATATTTTCTAAAGCAGACATTCAACTATAATATATTTTAA
130 CTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTTTCTAAAACAGACATTCAACTATAATATATTTTAA
* *
168980 ATAAAAATAACAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTA
195 ATAAAAATAA-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* *
169045 ATAAGGCTTCCAAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTT
259 ATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTT
** * *
169110 CACATATCTTGAGGTAG
324 CATGTTTCTAGAGGTAG
* * * * * * *
169127 ACATTGAATTTCAATTTGTTTTAA-TAAAAA-ATAGAAAAAAATTCAACTTACAATCAATAATGA
1 ACATTCAATAT-AATATGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGA
* * ** ** * *
169190 AATTATTAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAAACTTTGGAAGG-TAT-AGGTGATTATAAATGGAC
63 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGA-GTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
169253 TTTTCTTGTCAATGAATATCTTTT-CTTCACA-TTTCTCAAAACAGACATTGAACTTTAATCTAT
126 TTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTTTCT-AAAACAGACATTCAACTATAATATAT
* * * *
169316 TTTCACCAAAAAAAAGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGGGATTATTAAACCATTTAA
190 TTT-A--AATAAAAA-TAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
** * * *
169380 AGCAAGTAATAGGGCTTTCGAAGGCAT-GGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGG
251 AGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGG
* * *
169444 CTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTTG
315 CTTTTTCTTCATGTTTCTAGAGGTAG
* ** * * *
169470 ACATTCAAATATAATCTGTTTTATTCAAATATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATAAGA
1 ACATTC-AATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGA
169535 TTATAAAACTATTTAAAG
65 TTATAAAACTATTTAAAG
169553 TNNNNNNNNN
Statistics
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
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ACATTCAATATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTTTCTAAAACAGACATTCAACTATAATATATTTTAAA
TAAAAATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
AAGGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCA
TGTTTCTAGAGGTAG
Found at i:172098 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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171502 CTTTACAACA
* * * * * *
171512 CCTTCCAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTCT-ATTTTATGTT-AA
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* * * * * *
171575 TTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATATACTAT-ATTGAAT-ATCTA-TTATAGGAAACATGAAGCA
65 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTC-ACTTCTA-GAAACATGAAGCA
* * * *** * *
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* * * *
171681 CCCTCAAAA-CGCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAG-GGAA
1 CCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * ** * * * * ** * * * *
171744 ATGTTTTACATTTTGGGTCAAGACAGATTATGTTTAAATGCCTC-CTTCGAGAAACATGAAGAAA
65 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG-TTCACTTCTAGAAACATGAAGCAA
* * * * * * *
171808 AAGCCATTCGTTGGCAAGAAAAGACCATTTATTGTCACTTATG
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* * * * * *
171851 CCTTCGAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * *
171916 GTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTCACTTCTAGAAACAAGAAGCAAAA
66 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTCACTTCTAGAAACATGAAGCAAAA
* * *
171981 ACCA-CCAATTGGTAAGGAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAG
131 GCCATCC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAG
* * * * * *
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1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* ** * * * **
172087 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGACACATGAATAAAAA
66 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTCACTTCTAGAAACATGAAGCAAAA
* * * * * *
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** * * * * * * *
172193 CCTTTGAAAGCCTGATTACTAGCTTTAGATGGCTTTATATTCTCATAATTGATTTTAATTTAAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* *
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66 TTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTC-ACTTCTA-GAAACATGAAGCA
* * * *
172320 AAAGCCATCTATTAGCAAGGAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAG
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* * * * * *
172364 CCTTCAAAAGCGTTATTACTTGCTTTAATTAGTTTTATACTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * ** * *
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* *
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129 AAGCCATC-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CA-AG
* * * *
172535 CCTTCCAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTCAAGTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * ** * *
172600 TTTTTAACATTTCTT-GTTAAAATAAATTATAATTGAATGTT-TGTTTTAAGAAACATGAAGTAA
66 TTTTTTACATTT-TTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTCACTTCT-AGAAACATGAAGCAA
* * * * *
172663 AAGCCATTCAGTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
129 AAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAG
** * * * ********** * *
172706 TTTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTCAACGGTTTTNNNNNNNNNNATTTGATTTTAAGTTAAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
172771 TTTTTGACATTTTTGGTTACAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCTGGAAACATGAAGCAAAA
66 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTCACTTCTAGAAACATGAAGCAAAA
** *
172836 GCCATCCATTGATAAGAAAATTCTATTTATAGTCACTCAAG
131 GCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAG
* ********** *
172877 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * **
172942 GTTTCTCCTTTTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATG-TCTGCTT-TAGGAAACATGATTCA
66 TTTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTC-ACTTCTA-GAAACATGAAGCA
173005 AAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTAAG
128 AAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AAG
** * * *
173049 CCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGAT-TGCCTAATTGATTTTAAGTTGAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAAGTTGAA
********** * ** *
173113 TTTTTTNNNNNNNNNNGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCCTCA-AAA-ATGAAG-A
65 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATG-TTCACTTCT-AGAAACATGAAGCA
* * ** * * * *
173175 AAATACCATGCATTGATAAGACAAGT-TCAGTTATAGTCACCCATG
128 AAA-GCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAG
* * * * * * * *
173220 CCTTCTAAAGCATTATTACACGTTTTAAATGGTTTAATAATCTGATTATTGATTTTAAGTTAAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * * * * * **
173285 TTTTTTATATTGTTGGTTAAAACATATTGA-AATTAAATATTTACTGCAAGAAACGTGAATAAAA
66 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATT-ATAATTGAATGTTCACTTCTAGAAACATGAAGCAAA
* * *
173349 AGCCA-CTCAGTGGCCAA-AAAAGT-TCATTTATACTCACTCATG
130 AGCCATC-CATTGG-CAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAG
* * *
173391 CCTTCGAAAGCTTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
** * * * * * * ** * *
173456 ACTTTCACAGTTTTGGTTAAAACAGATTATAATGGAATGTT-TGTT-TGAGGAAATATGAAGAAA
66 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTCACTTCT-A-GAAACATGAAGCAA
* * * * * * * *
173519 AAGCCATTCATTAGTAACAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATG
129 AAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAG
* * * * * * *
173562 CCTTTC-AAATCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTAATAATCTTATTATTGATTTTAAGTTGAA
1 CC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * ** ** *
173626 TTGTTTTATATTTTTAGTTCAAATAGATTA-AACTTCAAT-ATCTATCTT-GGGAAATGTGAAGA
65 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAA-TTGAATGTTC-A-CTTCTAGAAACATGAAGC
** * * * * *
173688 AAAAGCCATTTATTGACAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATG
127 AAAAGCCATCCATTGGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAG
* * *
173734 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
173799 TTTTTTACATTTTT-GAATAAAATAGATTATATTTGAATG-TCAGCCTT-GAGAAACATGAAGAA
66 TTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTCA--CTTCTAGAAACATGAAGCA
* * * * * *
173861 AAAACTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATG
128 AAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-CAAG
* * * *
173905 CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * *
173970 TTTTTTGCATTGTTGGTTAAAATAGATTA-AAGTTCAAT-ATCTATCTT-GAGAAACATGAAG-A
66 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAA-TTGAATGTTC-A-CTTCTAGAAACATGAAGCA
* * * * * ***
174031 AAAGTCATTCATTGACAAGAAAAATCTATTTATATTGGCAAGAAAAG
128 AAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA--GTC-ACTCAAG
* * * * ** * * * *** * *
174078 TCGATT-TATAGTCACTCATGCTTTTGGAAGCCTTATTACTCACTTTA-AATGGTTTTATAATCT
1 -C-CTTCAAAAG-C-CTTAT--TACT---CG-CTT-TAAATGGTTTTATAA---TCTCATAAT-T
* * * * * *
174141 CATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTGT-TATTTTTATTTAAAATATATTATAGTTGATTG-TC
51 GAT-TTTAA------GTTGAATTTTTT-TACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTC
* * * * * * *
174204 TGCTT-GAGGAA-ATGTTAAGCAAAACCCATCCATTGCCAAGAAAAGT-TCATCTATAGTCGCTC
108 -ACTTCTAGAAACATG--AAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTC
174266 AAG
169 AAG
* * *** * * *
174269 CCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAACAATTTTACATTCTCCTAATTGATTTTAAGTTG-AT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* *
174333 TCTTTTTACATTTTT-GTTTAAAATATATTATAAGTGAATGTCTGC-C-TCT-GTAGACATGAAG
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* * * * * * *
174394 AAAAAGTCA-CTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATG
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* **
174440 CCTTACAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATCAATTTTAAGTTGAA
1 CCTT-CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
174504 TTTTTTTATATTTTTA-TTTAAATATATTATAATTGAATG-TCTA-TTTTGGAAACTTAAAGCAA
65 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTC-ACTTCTAGAAACATGAAGCAA
* * * *
174566 AAGCCATCCACTGGTAAGAAAAGT-TCATTTGTAGTCACTCTAG
129 AAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAG
* *
174609 CCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * ** *
174673 TTTTTTACA-TTTTGGATCAAAATAGATTAT-ATTTAA-GTGTCTACCTTC-AGAAATGTGAAGT
66 TTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATATATTATAATTGAATGT-TC-A-CTTCTAGAAACATGAAGC
* * * * * * *
174734 AAAAGTCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATG
127 AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAG
* * * * * * * *
174779 CCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTCAGATGATTTAATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAAG
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
174844 TTTTTAATAGTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTCGCTTC-AGGAAACATGAAACAAA
66 TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTCACTTCTA-GAAACATGAAGCAAA
* * * * * *
174908 AGCTACCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATG
130 AGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAG
* *** * * *
174950 TCTTTTGAAGCCTTATTAATCGCCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
*
175015 TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTT
65 -TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTT
175058 TGTGTACCAC
Statistics
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0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (171 bp):
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTCACTTCTAGAAACATGAAGCAAAA
GCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAG
Found at i:172250 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 171512--175057 Score: 2429
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171502 CTTTACAACA
* * * * * *
171512 CCTTCCAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTCT-ATTTTATGTT--A
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAA
* * * *
171574 ATTGTTTTATATTTTTGGTTAAAATATACTAT-ATTGAAT-ATCTA-TTATAGGAAACATGAAGC
65 ATT-TTTTACATTTTT-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTTCTACTTCTA-GAAACATGAAG-
* * * * *** * *
171636 AAAAGCCACTTACTAGCAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTTGTTCTAT-CCCTC-AAAACGCTTATT
126 AAAAACCA-TCATTGGCAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGC-CTTATT
* * * * **
171698 ACTCGCTTTCAATGGTTTTAT-ATTCTCATAATTGATTTTAAG-GGAAATGTTTTACATTTTGGG
187 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG
* * * * ** * ** * * *
171761 TCAAGACAGATTATGTTTAAATGCCTCCTTC-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGCAA
251 TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAA
* * *
171825 GAAAAGACCATTTATTGTCACTTATG
315 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * *
171851 CCTTCGAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* * *
171916 GTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTC-ACTTCTAGAAACAAGAAGCAAA
66 TTTTTTACATTTTT-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTTCTACTTCTAGAAACATGAAG-AAA
* * * * * * *
171980 AACCACCAATTGGTAAGGAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCCAAAGCATTATTACTCGT
129 AACCATC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
172045 TTTAAATTGCTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAT
193 TTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAT
* * * * *
172110 ATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGACACATGAATAAAAAGCCATTCATTTGTAAGAAAAGTC
258 ATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTC
* **
172175 CATTCATTA-TCACTCAAA
323 CATTTA-TAGTCACTCATG
* * * * * * *
172193 CCTTTGAAAGCCTGATTACTAGCTTTAGATGGCTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA-TTTAAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* *
172257 TTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAGTTGAATG-TCTGC-TCTAGGAAACATGAAGCA
66 -TTTTTTACATTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTCTACTTCTA-GAAACATGAAG-A
* * * * * * * *
172320 AAAGCCATCTATTAGCAAGGAAAGTCAATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCGTTATTACTT
127 AAAACCATC-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
172385 GCTTTAATTAGTTTTATACTCTT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTAGTGAA
191 GCTTTAAATGGTTTTATAAT-TTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * * * *
172449 AATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGGAAACATAAAGGAAAAGCCACTCA-TTGACAAGAA
255 AATATATTATAATTGAATGTTTG-CTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAA
*
172512 AAGTCCATTTATAGTCA-TCCATA
318 AAGTCCATTTATAGTCACT-CATG
* * * *
172535 CCTTCCAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTCAAGTTG-AA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* * *
172599 TTTTTTAACATTTCTTGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTT-T-GTTTTAAGAAACATGAAGTA
66 TTTTTT-ACATTT-TTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTCTACTTCT-AGAAACATGAAG-A
* * * * * * ** * *
172662 AAAGCCATTCAGTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTTTTCAAAAACCTTATTACTC
127 AAAACCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * ********** * * * * *
172727 GCTTTCAACGGTTTTNNNNNNNNNNATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGACATTTTTGGTTACA
191 GCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * * * *
172792 ATATATTATAATTGAATGTTTACTTCTGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGATAAGAAAA
256 ATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTG-CAAGAAAA
* * *
172856 TTCTATTTATAGTCACTCAAG
320 GTCCATTTATAGTCACTCATG
** ********** *
172877 CCTTTAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AG
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* * * * * **
172941 TGTTTCTCCTTTTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATG-TCTGCTT-TAGGAAACATGATTC
66 T-TTTTTAC--ATTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTCTACTTCTA-GAAACATGA-AG
* * * *
173004 AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTAAGCCTTTGAAAGTCTTATTAC
126 AAAAACCAT-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* * * **********
173068 TCGCTTTAAATGGTTTTATGATTGCCTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTNNNNNNNNNNGTTA
189 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
* * *
173133 AAATAGATTATAATTGAATGTTTGTCTCCTCA--AAA-ATGAAGAAAATA-CCATGCA-TTGATA
254 AAATATATTATAATTGAATGTTTG-CT--TCAGGAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTTG-CA
* * * *
173193 AGACAAGTTCAGTTATAGTCACCCATG
314 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * * * * *
173220 CCTTCTAAAGCATTATTACACGTTTTAAATGGTTTAATAATCTGATTATTGATTTTAAGTT-AAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* * * * * * * * *
173284 TTTTTTTATATTGTTGGTTAAAACATATTGA-AATTAAATATT-TACTGCAAGAAACGTGAATAA
66 -TTTTTTACATT-TTTGTTAAAATATATT-ATAATTGAATGTTCTACTTCTAGAAACATGAAGAA
* * * *
173347 AAAGCCACTCAGTGGCCAA-AAAAGT-TCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAAAGCTTTATTCC
128 AAA-CCA-TCATTGG-CAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
* ** * * *
173410 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATACTTTCACAGTTTTGGTTA
189 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
* * * * * * * * *
173475 AAACAGATTATAATGGAATGTTTGTTTGAGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGTAACAAA
254 AAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAA
* *
173540 AGTCCATTTATGGTCACCCATG
319 AGTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * * * * *
173562 CCTTTC-AAATCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTAATAATCTTATTATTGATTTTAAGTTG-A
1 CC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * ** **
173625 ATTGTTTTATATTTTTAGTTCAAATAGATTA-AACTTCAAT-ATCTATCTT-GGGAAATGTGAAG
65 ATT-TTTTACATTTTT-GTTAAAATATATTATAA-TTGAATGTTCTA-CTTCTAGAAACATGAAG
* * * * * **
173687 AAAAAGCCATTTATTGACAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTTAAAAGCCTTATTA
126 AAAAA-CCA-TCATTGGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTA
*
173752 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTT-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GA
188 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-TTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-
* * * ** * * * *
173815 ATAAAATAGATTATATTTGAATGTCAGCCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAACTATTCATTAGCAA
251 TTAAAATATATTATAATTGAATGTTTG-CTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAA
173879 GAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATG
315 GAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATG
* * * *
173905 CCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATTATTGATTTTAAGTT-AAA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* * * * *
173969 TTTTTTTGCATTGTTGGTTAAAATAGATTA-AAGTTCAAT-ATCTATCTTGAGAAACATGAAGAA
66 -TTTTTTACATT-TTTGTTAAAATATATTATAA-TTGAATGTTCTA-CTT------C-T--AG--
* * *
174032 AAGTCATTCATTGACAAGAAAAATCTATTTATATTGGCAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACTCAT
116 AA---A--CA-TG--AAGAAAAA-CCA--T-CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT
* * * * * *
174097 GCTTTTGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
169 GCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * ** * *
174162 TTTTTTGT-TATTTTTATTTAAAATATATTATAGTTGATTGTCTGCTTGAGGAAATGTTAAGCAA
234 TTTTTT-TACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGAAA
* * * * * *
174226 AACCCATCCA-TTGCCAAGAAAAGTTCATCTATAGTCGCTCAAG
298 AAGCCATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG
* *** * * * *
174269 CCTTCGAAAGCATTATTACTCGCTTTAAACAATTTTACATTCTCCTAATTGATTTTAAGTTG-AT
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* * * *
174333 TCTTTTTACATTTTTGTTTAAAATATATTATAAGTGAATG-TCTGCCTCT-GTAGACATGAAGAA
66 T-TTTTTACATTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTTCTACTTCTAG-AAACATGAAGAA
* * * * * *
174396 AAAGTCACTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATGCCTTAC-AAAACCTTATTACT
128 AAA-CCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTT-CGAAAGCCTTATTACT
** * *
174460 CGCTTTAAATGGTTTTAT-ATTCTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-TTT
190 CGCTTTAAATGGTTTTATAATT-TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
* * ** * * * * * * *
174523 AAATATATTATAATTGAATGTCT-ATTTTGGAAACTTAAAGCAAAAGCCATCCACTGGTAAGAAA
254 AAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAA
* *
174587 AGTTCATTTGTAGTCACTC-TAG
319 AGTCCATTTATAGTCACTCAT-G
* * *
174609 CCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AA
1 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
* * * * **
174673 TTTTTTACATTTTGGATCAAAATAGATTAT-ATTTAA-GTGTCTACCTTC-AGAAATGTGAAGTA
66 TTTTTTACATTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATGT-TCTA-CTTCTAGAAACATGAAG-A
** * * * * *
174735 AAAGTCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTA
127 AAAACCA-TCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * * * * *
174800 GCTTCAGATGATTTAATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAAGTTTTTAATAGTTTTAGTTAAA
191 GCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
* * ** *
174865 ATATATTATAATTGAATGTTCGCTTCAGGAAACATGAA-ACAAAAGCTACCCATTGGCAAGAAAA
256 ATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAA
* *
174929 GTCCATTTATAGCCACCCATG
320 GTCCATTTATAGTCACTCATG
* * * * *
174950 TCTTTTG-AAGCCTTATTAATCGCCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
1 -CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* *
175014 TTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTT
65 --ATTTTTTACATTTTT-GTTAAAATATATTATAATTGAATGTT
175058 TGTGTACCAC
Statistics
Matches: 2548, Mismatches: 523, Indels: 266
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 6 0.00
339 181 0.07
340 162 0.06
341 265 0.10
342 1062 0.42
343 520 0.20
344 54 0.02
345 7 0.00
346 6 0.00
347 2 0.00
349 1 0.00
352 1 0.00
353 2 0.00
355 2 0.00
356 1 0.00
357 1 0.00
358 1 0.00
361 2 0.00
363 24 0.01
364 237 0.09
365 10 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
TTTTTTACATTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTCTACTTCTAGAAACATGAAGAAAAA
CCATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATA
TTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACTCATG
Found at i:173445 original size:685 final size:676
Alignment explanation
Indices: 171518--175056 Score: 2403
Period size: 685 Copynumber: 5.1 Consensus size: 676
171508 AACACCTTCC
* ** * *
171518 AAAGCTTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTCT-ATTTTATGTT-AATTGTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAA-TGTTT
* * * * * *
171581 TATATTTTTGGTTAAAATATACTAT-ATTGAATATCT-ATTATAGGAAACATGAAGCAAAAGCCA
64 TCT-TTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCTGCTT-TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCA
* * ** *** * * *
171644 -CTTACTAGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTTGTTCT-ATCCCTCAAAACGCTTATTACTCGCTTT
127 TC-TATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAG-TCACCTAAGCCTTTAAAA-GCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * * * *
171707 CAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAG-GGAAATGTTTT-ACATTTTGGGTCAAGACAG
189 AAATGGTTTTATA-TCTTATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTGAAATTTT-AGTTAAAATAG
** * * * * * * *
171770 ATTATGTTTAAATGCCTCCTTC-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGCAAGAAAAGACC
251 ATTATAATTGAATGTCTGCTCCTGA-AAA-ATGAAGAAAAA-CCA-TCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * * * * *
171834 ATTTATTGTCA-CTTATGCCTTCGAAAGCCTTATTTCTTGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATA
312 ATTTATAGTCATC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATT
* * * * * * * * * * *
171898 ATTAATTTTAAGTTGAAA-GTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTCACTT
376 ATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAACAAATTATAATTAAATATTTACTG
* * * * * * * * *
171962 CTAGAAACAAGAAGCAAAAACCAC-CAATTGGTAAGGAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTT
440 CAAGAAACATGAAGTAAAAGCCACTC-AGTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
* * * * *
172026 CCAAAGCATTATTACTCGTTTTAAATTGCTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
504 CAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * *
172091 TTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGACACATGAATAAAAAGCCA
569 TCACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* * *
172156 TTCATTTG-TAAGAAAAGTCCATTCATTA-TCACTCAAACCTTTG
634 TTCA-TTGATAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCAAGCCTTTA
* * * * * * *
172199 AAAGCCTGATTACT-AGCTTTAGATGGCTTTATATTCTCATAATTGATTTTAATTTAAAT-TTTT
1 AAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTT
* * *
172262 -TTACATTTTTGATTAAAATATATTATAGTTGAATGTCTGCTCTAGGAAACATGAAGCAAAAGCC
65 CTT---TTTTTG-TTAAAATATATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCC
* * * *
172326 ATCTATTAGCAAGGAAAGTCAATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCAAAAGCGTTATTACTTGCTTT
126 ATCTATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCT-AAGCCTTTAAAAGC-TTATTACTCGCTTT
* * * * * *
172390 AATTAGTTTTATACTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCATTTTTAGTGAAAATATA
189 AAATGGTTTTATA-TCTTATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTGAAATTTTAGTTAAAATAGA
* * * *
172455 TTATAATTGAATGTCTGC-CTTGGGAAACATAAAGGAAAAGCCACTCATTGACAAGAAAAGTCCA
252 TTATAATTGAATGTCTGCTCCT--GAAAAATGAA-GAAAAACCA-TCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * *
172519 TTTATAGTCATCCATACCTTCCAAATCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
313 TTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATTAT
* * * * * * * * ** **
172584 TAATTTCAAGTTGAATTTTTTAACATT-TCTTGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTTTGTTTTA
378 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTGT-TGGTTAAAACAAATTATAATTAAATATTTACTGCA
* * **
172648 AGAAACATGAAGTAAAAGCCATTCAGTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTTTTCAA
442 AGAAACATGAAGTAAAAGCCACTCAGTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAA
* * * * ********** * * *
172713 AAACCTTATTACTCGCTTTCAACGGTTTTNNNNNNNNNNATTTGATTTTAAGTTAAATTTTTTGA
507 AAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCA
* * * * *
172778 CATTTTTGGTTACAATATATTATAATTGAATGTTTACTTCTGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC
572 CATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC
* *
172843 ATTGATAAGAAAATTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTA
637 ATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTA
********** *
172883 AAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTGTTTCT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTT-T
**
172948 CCTTTTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGGAAACATGATTCAAAAGCCAT
65 -C-TTTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * *
173013 CCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAA
128 CTATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCTAAGCCTTTAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAA
** *********
173078 TGGTTTTATGAT-TGCCTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTNNNNNNNNNNGTTAAAATAGATT
192 TGGTTTTAT-ATCT-TATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-GAAATTTTAGTTAAAATAGATT
* * * * * *
173142 ATAATTGAATGTTTGTCTCCTCAAAAATGAAGAAAATACCATGCATTGATAAGACAAGTTCAGTT
254 ATAATTGAATGTCTG-CTCCTGAAAAATGAAGAAAA-ACCAT-CATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
173207 ATAGTCACCCATGCCTTCTAAAGCATTATTACACGTTTTAAATGGTTTAATAATCTGATTATTGA
316 ATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATTATTGA
* *
173272 TTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTGTTGGTTAAAACATATTGA-AATTAAATATTTACTGCAAGA
381 TTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAACAAATT-ATAATTAAATATTTACTGCAAGA
* * * * * *
173336 AACGTGAA-TAAAAAGCCACTCAGTGGCCAA-AAAAGTTCATTTATACTCACTCATGCCTTCGAA
445 AACATGAAGT-AAAAGCCACTCAGTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAA
* * **
173399 AGCTTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATACTTTCAC
508 AGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAC
* * * * * * *
173464 AGTTTTGGTTAAAACAGATTATAATGGAATGTTTGTTTGAGGAAATATGAAGAAAAAGCCATTCA
573 ATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * * * *
173529 TT-AGTAACAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATGCCTTTC
638 TTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTA
* * * * *
173568 AAATCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTAATAATCTTATTATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TGTTTT
* * * * * * * * ** *
173633 ATATTTTTAGTTCAAATAGATTA-AACTTCAATATCT-ATCTTGGGAAATGTGAAGAAAAAGCCA
65 CT-TTTTTTGTTAAAATATATTATAA-TTAAATGTCTGCT-TTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCA
* * * * * * *
173696 TTTATTGACAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
127 TCTATTGGC-AAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCTAAGCCTTTAAAAG-CTTATTACTCGCTTTA
* * * *
173761 AATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGAATAAAATAGAT
190 AATGGTTTTAT-ATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGAAATTTTAG-TTAAAATAGAT
* * * *
173826 TATATTTGAATGTCAGC-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAACTATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCA
253 TATAATTGAATGTCTGCTCCTGA-AAA-ATGAAG-AAAAACCA-TCATTGA-CAAGAAAAGTCCA
*
173889 TTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATTAT
313 TTTATAGTCATCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATTAT
* * * * *
173954 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTGCATTGTTGGTTAAAATAGATTA-AAGTTCAATATCTATCTTG
378 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAACAAATTATAA-TTAAATATTTA-C-TG
*
174018 --AGAAACATGAAG-AAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAATCTATTTATATTGGCAAGAAAAGTC
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* * * *** * *
174080 GATTTATAGTCACTCATGCTTTTGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
482 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *** ** * * * *
174145 ATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTGTTATTTTTATTTAAAATATATTATAGTTGATTGTCTGCTTG
547 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTC
** * * * * ** * * * **
174210 AGGAAATGTTAAGCAAAACCCATCCATTGCCAAGAAAAGTTCATCTATAGTCGCTCAAGCCTTCG
612 AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTA
* * * * * * * * *
174275 AAAGCATTATTACTCGCTTTAAACAATTTTACATTCTCCTAATTGATTTTAAGTTGATTCTTTT-
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTC
* * * * * * * *
174339 TACATTTTTGTTTAAAATATATTATAAGTGAATGTCTGCCTCT-GTAGACATGAAGAAAAAGTCA
66 T--TTTTTTG-TTAAAATATATTATAATTAAATGTCTG-CTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCA
* * * * * * * *
174403 -CTCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCATGCCTTACAAAACCTTATTACTCGCTTTA
127 TCT-ATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCTAAGCCTT-TAAAAGCTTATTACTCGCTTTA
* ** * * * *
174467 AATGGTTTTATATTCTCATAATCAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-TTTAAATATAT
190 AATGGTTTTATA-TCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGA-AATTTTAGTTAAAATAGAT
* ** ** * * * ** *
174531 TATAATTGAATGTCT-ATTTTGGAAACTTAAAGCAAAAGCCATCCACTGGTAAGAAAAGTTCATT
253 TATAATTGAATGTCTGCTCCT-GAAAAATGAAG-AAAAACCAT-CATTGACAAGAAAAGTCCATT
* * * * * *
174595 TGTAGTCACTCTA-GCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATT
315 TATAGTCA-TCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATTATT
* * * * * * * * *
174659 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATT-TTGGATCAAAATAGATTATATTTAAGTGTCTACCTTC-
379 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTGTTGG-TTAAAACAAATTATAATTAAATATTTA-CTGCA
** * * * * * * *
174721 AGAAATGTGAAGTAAAAGTCATTCATTAGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCGA
442 AGAAACATGAAGTAAAAGCCACTCAGTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAA
* * * * * * * * *
174786 AAGCCTTATTACTAGCTTCAGATGATTTAATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAAGTTTTTAA
507 AAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCA
* * * * * **
174851 TAGTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTCGCTTCAGGAAACATGAA-ACAAAAGCTACC
572 CATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGA-AAAAGCCATT
** * * * * *
174915 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGTCTTTT
636 CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTA
* * * * * *
174956 GAAGCCTTATTAATCGCCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTC
* *
175021 TTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGT
66 TT---TTTTT-GTTAAAATATATTATAATTAAATGT
175057 TTGTGTACCA
Statistics
Matches: 2241, Mismatches: 506, Indels: 220
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
678 1 0.00
679 1 0.00
680 5 0.00
681 267 0.12
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688 3 0.00
689 2 0.00
692 2 0.00
696 1 0.00
700 3 0.00
701 1 0.00
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708 3 0.00
709 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (676 bp):
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTC
TTTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTA
TTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCTAAGCCTTTAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
TTTATATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGAAATTTTAGTTAAAATAGATTATAATTG
AATGTCTGCTCCTGAAAAATGAAGAAAAACCATCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCC
ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTA
AATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAACAAATTATAATTAAATATTTACTGCAAGAAACATGAAGTA
AAAGCCACTCAGTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCATTATTACTC
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAA
ATATATTATAATTGAATGTTTGCTTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTA
Found at i:174072 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 174041--174087 Score: 67
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
174031 AAAGTCATTC
*
174041 ATTGACAAGAAAAATCTATTTAT
1 ATTGACAAGAAAAATCGATTTAT
* *
174064 ATTGGCAAGAAAAGTCGATTTAT
1 ATTGACAAGAAAAATCGATTTAT
174087 A
1 A
174088 GTCACTCATG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 21 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (23 bp):
ATTGACAAGAAAAATCGATTTAT
Found at i:183543 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 182768--183720 Score: 838
Period size: 172 Copynumber: 5.6 Consensus size: 172
182758 AAAAAATTAT
* * * * *
182768 TTTAAAATGTTATAAATCCACTCAAAGCATGTAACCAGGCTTTCT-AAGGCATGAGTGACTATAA
1 TTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTT-TGAAGGCATAAGTGACTATAA
* * * * *
182832 ATGGGCTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGCTTCCCAACA-CAAACATCAAATTATG
65 ATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAA-AGCAAACATCAAATTATG
* * * *
182896 ATATGTTTAAACCAAAAATGTAAAAAACATTAAATTAAAAATCA
129 ATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTCAAAATCA
* * * ** * *
182940 TCTAAAGAGTTATAAATCCACTTGAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGT-ATTTATAA
1 TTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGA-CTATAA
* * *** * * * * * *
183004 GTAGACATTTCTTGTCAATGGATCATTTTTGCCTCATGTTTCCCAATGTAAATATTAAATTATAA
65 ATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAAGCAAACATCAAATTATGA
* * * * *
183069 TCTATATTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTCAAAATGA
130 TATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTCAAAATCA
* ** * * * * * *
183112 TTTTAAAAGTTATAAATCCTTTTAAAGCAAGTGACAGGGCTTTTAAAGGTATGAGCGACTATAAA
1 TTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAA
* * * *
183177 TAGACTTTTTTTATCAATGGATGGCTTTTG-TTCCATGTTTCCTAACA-CAAACATTAAATTATG
66 TAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT-CATGTTTCCCAA-AGCAAACATCAAATTATG
* * * *
183240 ATCTG--TTAATCCAAAAATGTAAAAAAAATT-AATTTAAAGTGA
129 ATATGTTTTAA-CCAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTCAAAATCA
* * * *
183282 ATTAAAAAGTTATAAATCCATTTAAAGCAAGTAACAAGAC-TTTGAAAGGCA-AGAGTGACTACA
1 TTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTG-AAGGCATA-AGTGACTATA
* * * * * * *
183345 AATGGACTTCTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGATTCACGTTTCTCAAAGCAAACATCAAATTACG
64 AATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAAGCAAACATCAAATTATG
* * * *
183410 GTATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACAATTCAATTCAAAACCA
129 ATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTCAAAATCA
*** * * * *
183454 TTTAAAAAG-TATAAATCCACTTAAAATGAGTAGCACGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACAACAAA
1 TTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAA
* ** *** * *
183518 TAGACTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTGATGCAGACATCAAATTATGAT
66 TAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAAGCAAACATCAAATTATGAT
* *
183583 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACAAAATCAATCTC-AAATCA
131 ATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAA-AAATTCAAT-TCAAAATCA
* * * * *
183627 TTTAAAAGGTTATAAAT-CACTTAAAGCAAGTAACAAAG-TTTTCGAAGGCATGAGTGACTGTGA
1 TTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTT-GAAGGCATAAGTGACTATAA
* * *
183690 ATGGAATTTTGTTGTCAATGGA-GGACTTTTG
65 ATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGG-CTTTTG
183721 TCTTAACCAA
Statistics
Matches: 619, Mismatches: 140, Indels: 43
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 114 0.18
171 151 0.24
172 266 0.43
173 75 0.12
174 9 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (172 bp):
TTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAA
TAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAAGCAAACATCAAATTATGAT
ATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTCAAAATCA
Found at i:183710 original size:514 final size:513
Alignment explanation
Indices: 182769--183721 Score: 1114
Period size: 514 Copynumber: 1.9 Consensus size: 513
182759 AAAAATTATT
* * * * * * *
182769 TTAAAATGTTATAAATCCACTCAAAGCATGTAACCAGGCTTTCTAAGGCATGAGTGACTATAAAT
1 TTAAAAAGTTATAAATCCACTCAAAGCAAGTAACAAGACTTTCAAAGGCAAGAGTGACTACAAAT
* * * * * *
182834 GGGCTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGCTTCCCAACACAAACATCAAATTATGATA
66 GGACTTCTCTTATCAATAGATAGCTTTTGATTCACGCTTCCCAACACAAACATCAAATTACGATA
* * *
182899 TGTTTAAACCAAAAATGTAAAAAACATTAAATTAAAAATCATCTAAAGAGTTATAAATCCACTTG
131 TGTTTAAACCAAAAATGTAAAAAACATTAAATTAAAAACCATCTAAAAAGTTATAAATCCACTTA
* ** * *
182964 AAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTATTTATAAGTAGACATTTCTTGTCAATGGATCA
196 AAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTATCAACAAATAGACATTTCTTGTCAATGGATCA
* ** * * *
183029 TTTTTGCCTCATGTTTCCCAATGTAAATATTAAATTATAATCTATATTAACAAAAAATGTAAAAA
261 CTTTTGCCTCACATTTCCCAATGCAAACATCAAATTATAATCTATATTAACAAAAAATGTAAAAA
* * * **
183094 AAATTCAATTCAAAATGATTTTAAAAGTTATAAATCCTTTTAAAGCAAGTGACAGGGCTTTTAAA
326 AAAATCAATTCAAAATCATTTTAAAAGTTATAAATCC-TTTAAAGCAAGTAACAAAGCTTTTAAA
* * *
183159 GGTATGAGCGACTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGGATGG-CTTTTGTTCCATGTTTCCTAAC
390 GGCATGAGCGACTATAAATAGAATTTTGTTATCAATGGA-GGACTTTTGTTCCATGTTTCCTAAC
183223 ACAAACATTAAATTATGATCTGTTAATCCAAAAATGTAAAAAAAATTAATTTAAAGTGAA
454 ACAAACATTAAATTATGATCTGTTAATCCAAAAATGTAAAAAAAATTAATTTAAAGTGAA
* * *
183283 TTAAAAAGTTATAAATCCATTTAAAGCAAGTAACAAGACTTTGAAAGGCAAGAGTGACTACAAAT
1 TTAAAAAGTTATAAATCCACTCAAAGCAAGTAACAAGACTTTCAAAGGCAAGAGTGACTACAAAT
* * * * *
183348 GGACTTCTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGATTCACGTTTCTCAA-AGCAAACATCAAATTACGGT
66 GGACTTCTCTTATCAATAGATAGCTTTTGATTCACGCTTCCCAACA-CAAACATCAAATTACGAT
* * * * *
183412 ATGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAACAATTCAATTCAAAACCATTTAAAAAG-TATAAATCCACT
130 ATGTTTAAACCAAAAATGTAAAAAAC-ATTAAATTAAAAACCATCTAAAAAGTTATAAATCCACT
* * * * *
183475 TAAAATGAGTAGCACGGCTTTTGAAGGCATAAGTGA-CAACAAATAGACTTTTCTTGTTAATGGA
194 TAAAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGT-ATCAACAAATAGACATTTCTTGTCAATGGA
** * *** * * * * *
183539 TGGCTTTTGCTTCACATTTCTTGATGCAGACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
258 TCACTTTTGCCTCACATTTCCCAATGCAAACATCAAATTATAATCTATATTAACAAAAAATGT-A
183604 AAAACAAAATCAATCTC-AAATCA-TTTAAAAGGTTATAAATCAC-TTAAAGCAAGTAACAAAG-
322 AAAA-AAAATCAAT-TCAAAATCATTTTAAAA-GTTATAAATC-CTTTAAAGCAAGTAACAAAGC
* * * * * *
183665 TTTTCGAAGGCATGAGTGACTGTGAATGGAATTTTGTTGTCAATGGAGGACTTTTGT
383 TTTT-AAAGGCATGAGCGACTATAAATAGAATTTTGTTATCAATGGAGGACTTTTGT
183722 CTTAACCAAA
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 70, Indels: 20
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
513 122 0.34
514 211 0.59
515 23 0.06
516 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (513 bp):
TTAAAAAGTTATAAATCCACTCAAAGCAAGTAACAAGACTTTCAAAGGCAAGAGTGACTACAAAT
GGACTTCTCTTATCAATAGATAGCTTTTGATTCACGCTTCCCAACACAAACATCAAATTACGATA
TGTTTAAACCAAAAATGTAAAAAACATTAAATTAAAAACCATCTAAAAAGTTATAAATCCACTTA
AAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTATCAACAAATAGACATTTCTTGTCAATGGATCA
CTTTTGCCTCACATTTCCCAATGCAAACATCAAATTATAATCTATATTAACAAAAAATGTAAAAA
AAAATCAATTCAAAATCATTTTAAAAGTTATAAATCCTTTAAAGCAAGTAACAAAGCTTTTAAAG
GCATGAGCGACTATAAATAGAATTTTGTTATCAATGGAGGACTTTTGTTCCATGTTTCCTAACAC
AAACATTAAATTATGATCTGTTAATCCAAAAATGTAAAAAAAATTAATTTAAAGTGAA
Found at i:184097 original size:814 final size:814
Alignment explanation
Indices: 183020--184644 Score: 2671
Period size: 814 Copynumber: 2.0 Consensus size: 814
183010 ATTTCTTGTC
* *
183020 AATGGATCATTTTTGCCTCATGTTTCCCAATGTAAATATTAAATTATAATCTATATTAACAAAAA
1 AATGGATCATTTTTGCCTCATATTTCCCAATATAAATATTAAATTATAATCTATATTAACAAAAA
*
183085 ATGTAAAAAAAATTCAATTCAAAATGATTTTAAAAGTTATAAATCCTTTTAAAGCAAGTGACAGG
66 ATATAAAAAAAATTCAATTCAAAATGATTTTAAAAGTTATAAATCCTTTTAAAGCAAGTGACAGG
* * * *
183150 GCTTTTAAAGGTATGAGCGACTATAAATAGACTTTTTTTATCAATGGATGGCTTTTGTTCCATGT
131 GCTTTCAAAGGTATGAGCGACTATAAATAGACTTTCTTTATCAATGGATAGCTTTTGTTCCACGT
*
183215 TTCCTAACACAAACATTAAATTATGATCTGTTAATCCAAAAATGTAAAAAAAATTAATTTAAAGT
196 TTCCTAACACAAACATTAAATTATGATCTGTTAATCCAAAAATGTAAAAAAAATTAATTGAAAGT
* *
183280 GAATTAAAAAGTTATAAATCCATTTAAAGCAAGTAACAAGACTTTGAAAGGCAAGAGTGACTACA
261 GAATTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGACTTCGAAAGGCAAGAGTGACTACA
* * * *
183345 AATGGACTTCTCTTGTCAATAGATGGCTTTTGATTCACGTTTCTCAAAGCAAACATCAAATTACG
326 AATGGACTTCTCTTATCAATAGATGGCTTTTGATTCACATTTCCCAAAGAAAACATCAAATTACG
* *
183410 GTATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACAATTCAATTCAAAACCATTTAAAAAGTATAAATCCACT
391 GTATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAACAATTCAATTCAAAACCATTTAAAAAGTATAAATCCACT
* * ** * *
183475 TAAAATGAGTAGCACGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACAACAAATAGACTTTTCTTGTTAATGGAT
456 TAAAACGAGTAGCACGACTTTCAAAGGCATAAGTGACAACAAAAAGACTTTTCTTGTAAATGGAT
* *
183540 GGCTTTTGCTTCACATTTCTTG-ATGCAGACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
521 GGCTTTTGCTTCACATTTC-TGAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGTAA
*
183604 AAAACAAAATCAATCTCAAATCATTTAAAAGGTTATAAAT-CACTTAAAGCAAGTAACAAAGTTT
585 AAAACAAAATCAATCTCAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAAGTTT
*
183668 TCGAAGGCATGAGTGACTGTGAATGGAATTTTGTTGTCAATGGAGGACTTTTGTCTTAACCAAAA
650 TCAAAGGCATGAGTGACTGTGAATGGAATTTTGTTGTCAATGGAGGACTTTTGTCTTAACCAAAA
*
183733 TTGAGAGAAATTCAATTTTAAAATCATTTATAAGATTCCAAAACTATTTAAAGCAAGAAACAAGG
715 TTGAGAGAAATTCAATTTTAAAATCATTTATAAGATTCCAAAACTATTTAAAGCAAGAAACAAAG
* * *
183798 ATTTCGTAGGCGTGTGTGACTATAAATAGACTATA
780 ATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTATA
* *
183833 AATGGATCATTTTCTGCTTCATATTTCCCAATATAAATATTAAATTATAATCTATATTAACCAAA
1 AATGGATCATTTT-TGCCTCATATTTCCCAATATAAATATTAAATTATAATCTATATTAACAAAA
*
183898 AATATAAAAATAATTCAATTCAAAATGATTTTAAAAGTTATAAATCCTTTTAAAGCAAGTGACAG
65 AATATAAAAAAAATTCAATTCAAAATGATTTTAAAAGTTATAAATCCTTTTAAAGCAAGTGACAG
* *
183963 GGCTTTCAAAGGTATGAGCGACTATAAATAGACTTTCTTTGTCAATGGATAGCTTTTGTTTCACG
130 GGCTTTCAAAGGTATGAGCGACTATAAATAGACTTTCTTTATCAATGGATAGCTTTTGTTCCACG
*
184028 TTTCCTAACACAAACATTAAATTATGATTTGTTAATCC-AAAATGTAAACAAAAATTAATTGAAA
195 TTTCCTAACACAAACATTAAATTATGATCTGTTAATCCAAAAATGTAAA-AAAAATTAATTGAAA
** * * *
184092 GTGAATTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTTATAAGACTTCGAAAGGTAAGAGTGACTA
259 GTGAATTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGACTTCGAAAGGCAAGAGTGACTA
* * *
184157 TAAATGGACTTCTCTTATCAATAGATGGCTTTTGCTTTACATTTCCCAAAGAAAACATCAAATTA
324 CAAATGGACTTCTCTTATCAATAGATGGCTTTTGATTCACATTTCCCAAAGAAAACATCAAATTA
*
184222 CGGTATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAACAATTCAATTCAAAATCATTTAAAAAGTATAAATCCA
389 CGGTATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAACAATTCAATTCAAAACCATTTAAAAAGTATAAATCCA
*
184287 CTTAAAACGAGTAGCACGACTTTCAAAGGCATAAGTGACTACAAAAAGACTTTTCTTGTAAATGG
454 CTTAAAACGAGTAGCACGACTTTCAAAGGCATAAGTGACAACAAAAAGACTTTTCTTGTAAATGG
* * *
184352 ATGGCTTTTGCTTTACGTTTCTGAATGCAAACATTAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGTA
519 ATGGCTTTTGCTTCACATTTCTGAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGTA
* * *
184417 AAAAATAAAATCAATTTCAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGTT
584 AAAAACAAAATCAATCTCAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAAGTT
* *
184482 TTCAAAGGCATGAGTGACTGTGAATGGACTTTTGTTGTCAATGGAGGACTTTTTTCTTAACCAAA
649 TTCAAAGGCATGAGTGACTGTGAATGGAATTTTGTTGTCAATGGAGGACTTTTGTCTTAACCAAA
* * * *
184547 ATTGAGAGAAATTCAATTTTAAAATCATTTATAAGATTCTAAAGCTATTTAAAGTAAGTAACAAA
714 ATTGAGAGAAATTCAATTTTAAAATCATTTATAAGATTCCAAAACTATTTAAAGCAAGAAACAAA
*
184612 GATTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACT
779 GATTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACT
184645 TTTGTTGTAA
Statistics
Matches: 749, Mismatches: 59, Indels: 6
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
813 25 0.03
814 551 0.74
815 173 0.23
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (814 bp):
AATGGATCATTTTTGCCTCATATTTCCCAATATAAATATTAAATTATAATCTATATTAACAAAAA
ATATAAAAAAAATTCAATTCAAAATGATTTTAAAAGTTATAAATCCTTTTAAAGCAAGTGACAGG
GCTTTCAAAGGTATGAGCGACTATAAATAGACTTTCTTTATCAATGGATAGCTTTTGTTCCACGT
TTCCTAACACAAACATTAAATTATGATCTGTTAATCCAAAAATGTAAAAAAAATTAATTGAAAGT
GAATTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGACTTCGAAAGGCAAGAGTGACTACA
AATGGACTTCTCTTATCAATAGATGGCTTTTGATTCACATTTCCCAAAGAAAACATCAAATTACG
GTATGTTTTAACCAAAAACGTAAAAACAATTCAATTCAAAACCATTTAAAAAGTATAAATCCACT
TAAAACGAGTAGCACGACTTTCAAAGGCATAAGTGACAACAAAAAGACTTTTCTTGTAAATGGAT
GGCTTTTGCTTCACATTTCTGAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGTAAA
AAACAAAATCAATCTCAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAAGTTTT
CAAAGGCATGAGTGACTGTGAATGGAATTTTGTTGTCAATGGAGGACTTTTGTCTTAACCAAAAT
TGAGAGAAATTCAATTTTAAAATCATTTATAAGATTCCAAAACTATTTAAAGCAAGAAACAAAGA
TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTATA
Found at i:184326 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 183889--184534 Score: 589
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 170
183879 ATAATCTATA
* * * * **
183889 TTAACCAAAAATATAAAAATAATTCAATTCAAAATGATTTTAAAAGTTATAAATCCTTTTAAAGC
1 TTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC
* * * * * *
183954 AAGT-GACAGGGCTTTCAAAGGTATGAGCGACTATAAATAGACTTTCTTTGTCAATGGATAGCTT
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* *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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*
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*
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** * ** ** * * *
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* * * ** * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * **
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* * * ** * * *
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* * * ** * * * * * *
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* * ** * *** *
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* ** ** * * * * * * *
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* * * ** * *
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* * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * *
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** * * * * ** *
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* * * * * * * * * *
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* ** * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * * * * * **
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* * * * *
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* * *
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** * * * * *
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* * * * * *
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66 TGGCTTTCGCTTCATGTTTCCT-GATGCAAACATTAAATTATGATCTGTTTTAA-CAAAAA-ATA
* * * * *
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** * *
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* * * * * *
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* * *** *
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*
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* * * * *
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* * ** * *
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* *** * * ** * * *
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* * * * ** *
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* * * * ** * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * ** * **
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* * * * * * ** *
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254 GCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGATGT
*
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* ** * * * * * * *
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1 TTAACAAAAATTGAAAAAAATTTAA-TTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATCCATTTAAAGCG
* * * * * * **
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* * * * * * * *
186030 TCGCTTCATGTTTCTTGATACAAACATCAAATTATAATCTATTTTTAC-CAAAATGTAAAAAGAA
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* * * * * * **
186094 ATTCAGTTCAAAATCATTTATAAAGTTGTAAATCCAATTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGG
190 ATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGG
* * *
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* * *
186222 CAAACATTAAATTATGATCTATA
318 TAAACATTAAATTATGATCTGTT
* * * * * * *
186245 TTAATCAAAAACAT-AAAAGCAATTCAATTCAAAATTATTTA-AAAAGTCATAAATCC-TCTTAA
1 TTAA-CAAAAA-TTGAAAA-AAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAATCCAT-TTAA
* ** * * * * *
186307 AACGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTAACTGTAAATGGACTGTTT-TTGTCAATGAATTG
61 AGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATAGACT-TTTCTTGTCAATGGATGG
* *** * ** * * * * * * *
186371 CTATCATTTTATATTTTCCA-ATACAAACAAT-AAATTATGGTTTGCTTTAACCAAAAAAATATA
125 CTTTTGCTTCA-CGTTTCTAGATGCAAAC-ATCAAATTATGATCTGTTTTAA-C-TAAAAATGTA
* * * * * * * *
186434 TAAAAAAT-AATTTAAAGTGAATAAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGACTTTC
186 -AAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTT
* * * * *
186498 GAAGGCA-ATAGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGGTTCTT
250 GAAGGCATA-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT
** * *
186562 TTTGTAAACATCAAATTATGATCTATT
314 GATGTAAACATTAAATTATGATCTGTT
* * * * * *
186589 ATAACAAAAA-TGTAAAAAAACTTCATTTCAAAATCATTTA-AAAAGTTATAAATCCACTTAAAA
1 TTAACAAAAATTG-AAAAAAATTTAATTT-AAAATCATTTATAAGA-TTATAAATCCATTTAAAG
** * * ** * * * * *
186652 ATACTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTACAATTGGGCTTTTCTTATCAATGGATGGCTT
63 CGAGTAACAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTT
* * * * * *
186717 TCGCTTCACGTTTCTTGATGCAAACATTAAACTATGATCT-TTTTAACTAAAAATATAAAGGAAT
128 TTGCTTCACGTTTCTAGATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA-AAAT
* * * * *
186781 TCAATTCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCTCTTAAAGCGAGTAACAATGTTTTTGAAGGTA
192 TCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCA
* * * * * * * **
186846 TGAGTAATTATAAATGGACATTTC-TAGTCAATGAAGGGCTTTTGCTTCACGTTTTTTGATGTAA
257 TAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGATGTAA
* * *
186910 ATATCAAATTATGATCTATT
321 ACATTAAATTATGATCTGTT
* * * * * * * * * *
186930 TTAACCACAATTGAGAGAAATTCAATTTTAAAATTATTTATAAGATTACAAAACTATTTAAAGTG
1 TTAACAAAAATTGAAAAAAATTTAA-TTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATCCATTTAAAGCG
* * * ** * * * **
186995 ACTAACTAGCCTTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAAATA-ACTTTTCCTGTCAATGGATTAC-TT
65 AGTAACAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTAT-AAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT
** * * * * * * * **
187058 CACTCCACATTTCTTGATGCAAACATCAAATTATAATATATTTTTACTGAAAATATAAAAAGAAA
129 TGCTTCACGTTTCTAGATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACT-AAAA-ATGTAAA-AAA
** * * * * ** * *
187123 TTCAGCTCAAAATTATTTAGAAAGTTATAAATCCAGTTAAAGTAAGTAGCAAGACTTTT-AATGG
191 TTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAA-GG
* * * ** **
187187 CATCAGTGAGTATAAATGGAC--TTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCCAATACA
255 CATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGATGTA
* *
187250 AACATTAAATCATGATCTGTA
320 AACATTAAATTATGATCTGTT
* * * * *
187271 TTAATCAAAAAAAT-AAAACAATTCAATTCAAAATTATTTATAA-AGTTATAAATCC-TCTTAAA
1 TTAA-C-AAAAATTGAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAATCCAT-TTAAA
** * *
187333 GTC-AGTAACAAGGCTTTT-AA-AGGT-A-TGAGTATAAATGGACTATTT-TTGTCAATGGATGG
62 G-CGAGTAACAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATAGACT-TTTCTTGTCAATGGATGG
*** * * * * * * ** *
187392 CTACCGTTTCATGTTTCCAAATACAAACATTAAATTATGATCTACTTTAACAAAAAATG-AAAAA
125 CTTTTGCTTCACGTTTCTAGATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * * *
187456 A---AATTTGAAGTGAATTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAA-CGAGTAACAAGGCTTTTGAAGG
190 ATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * *
187517 TA-ATAGTTACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGACTTTCGTTTCATGTTT-TTAGATG
255 CATA-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-GATG
* * * *
187580 CAAACATTAAATTATGATATATA
318 TAAACATTAAATTATGATCTGTT
* * * * * * * *
187603 TTAATCAAAAACATAAAAAAAATTCAATTCAAAGTTATTTAAAAAATTATAAATCC-TCTTAAAG
1 TTAA-CAAAAA-TTGAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATCCAT-TTAAAG
* * * * *
187667 CAAGTAGCAAGGCTTTTGAAGGCATGAGCGACTATAAAT-GTACTATTCTTGTCAATGGATGGCT
63 CGAGTAACAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT
* * * * * *** * * *
187731 ATCGTTTCATGATTCCCCATACAAACATTAAATTATGATCTGTTTTAA-TGAAAAATATAAAAAA
127 TTTGCTTCACGTTTCTAGATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAA
* * * *
187795 ---AA--T---A--ATTT--AAAGTTATAAATCTACTTAAAACGAGTAACAATGCTTTCGAAGGC
191 TTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGC
** * * * * * *
187848 A-ATAGTGACTATAAATCAACTTTTTTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTTCTAATGCA
256 ATA-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGATGTA
* ** * *
187912 AACATCAGCTTCTGATCTGCT
320 AACATTAAATTATGATCTGTT
* * * * * * *
187933 TTAACTGAAAA-TGTAAAAACAACTTCATTTCAACATCATTTAAAAAATTATAAATCCATTAAAA
1 TTAAC-AAAAATTG-AAAAA-AATTTAATTT-AAAATCATTTATAAGATTATAAATCCATTTAAA
* * * * * * * * * *
187997 GCAACTAATAAAGCTTTCGAAGGCATAAGTGACTACAAATTGAGTTTTTCTTG-CGAATGGATGG
62 GCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTGTC-AATGGATGG
* * * * ** * * * *
188061 CTTTCGTTTCACATTTCTTGATGCAAATGTTAAACTATGATCTTTTTTAACTAAAAATATAAAAG
125 CTTTTGCTTCACGTTTCTAGATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-
* * * *
188126 AATTCAATTCAAAATCATTTCAAAAGTTATAAATCCTCTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAA
189 AATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAG
* * * * * **
188191 GTATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTGTCAATGGAGGGCTTTTGCTTCATGTTTTTTGATGC
254 GCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGATG-
* * * *
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* * * * * * * *
188279 TTAACCAAAATTGAGAGAAATTCAATTTTAAAATCATTTATAAGATTACAAAACTATTTAAAGTG
1 TTAACAAAAATTGAAAAAAATTTAA-TTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATCCATTTAAAGCG
* * * ** * * * *
188344 ACTAACTAGCCTTTCAAAGGCATGAGTGTCTATAAATAGACTTTTCTTTTCAATGGATGGCTTTC
65 AGTAACAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT
* * * * * * *
188409 GCTTTATGTTTCCTA-ATGCAAATATTAAACTATGATCTATATTAA-TGAAAAATGTAAAAACAA
130 GCTTCACGTTT-CTAGATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACT-AAAAATGT-AAAA-AA
* * * * * ** *** * ** *
188472 TTCAATTGAAAATGATTTTAAACGTTGTAAATCCTTTTAAAGCGAGTAATGCGACTTTCAAAAGC
191 TTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGC
* * * * * **
188537 ATGAGTTACTATAAATGGAC-TTTCTTTGTCAATGGATGGCTTTTGATTCATATTT-CTCGATAC
256 ATAAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-GATGT
*
188600 AAATATTAAATTATGATCTGTT
319 AAACATTAAATTATGATCTGTT
* * * * *** * * * * *
188622 AGT-CCAAATA-TGTAAAAAAGAAAATTTAAAGTGAATTA-AAAAGTTAAAAATCCACTTTTGCT
1 -TTAACAAAAATTGAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAATCCA-------T
* * * **
188684 TTCGAAGGCATGAGTGAATATAAATGGAGTTTCAAAGACATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCT
57 TT--AAAGC--GAGT--A-A-CAA-GG-CTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCT
* * * * * * *
188748 TGTCAATAGATTGC-TTCGCTTCACATTTCCT-GATGCAAACATCAAATTATAATCTATTTTTAC
112 TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT-CTAGATGCAAACATCAAATTATGATCT-GTTTTAA
* * * * * * *
188811 CAAAAAATATAAAAAGAAATTCAGTTCAAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCCAGTTAAAGTGAG
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** * * * *
188876 TAACAAGGCTTTCAAAGGCATCAGTGAGTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
237 TAACAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGC
* * * * * *
188941 TTCACG--CCCAG-TGTAAATATCAAATGATGATAC-GTT
302 TTCATGTTTCCTGATGTAAACATTAAATTATGAT-CTGTT
* * * * * * *
188977 TTAACCAAAAA-TGTAAAAAAAGTTGAATTCAAAATCATTTAAAAGGTTATAGATCCACTTAAAC
1 TTAA-CAAAAATTG-AAAAAAA-TTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATCCATTTAAAG
* * * * * *
189041 CGAGTAACAAGGCTTTTAAAGGCATGAATGACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAATGGATTGCTT
63 CGAGTAACAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTT
* * * * * * * *
189106 TTGCTTAACATTTTTAAATGCAAACATTAAATTATGATCTATATTAACTAAAAATATAAAAACAA
128 TTGCTTCACGTTTCTAGATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAA-AA
* * * * * * *
189171 TTCAATTCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCTCTTGAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGT
191 TTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGC
* * ** * * *
189236 ATAAATGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGGATGGCTTCAGCTCACAT-TTT--TGTTGTC
256 ATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCT-TCATGTTTCCTGATGTA
* ** *
189298 AACGTTAAATTATGATCCATA
320 AACATTAAATTATGATCTGTT
* * * *
189319 TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTCAAAATTATTTAATAAG-TTATAAATCC-TCTTAAAG
1 TTAACAAAAATTG-AAAAAAATTTAATTTAAAATCATTT-ATAAGATTATAAATCCAT-TTAAAG
* ** * *
189382 CTAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTATGAGCGACTATAAATAGACTGTTT-TTATCAATGGATGGCT
63 CGAGTAACAAGGCTTTTGAAGACATGAGTGACTATAAATAGACT-TTTCTTGTCAATGGATGGCT
***** * * * * * *
189446 ACCATTTCATGTTTTCTAGTAT--AAATATTAAATTATGATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAC
127 TTTGCTTCACG-TTTCTAG-ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * * * * * * *
189509 ATTTAATTTAAAGTAAATTAAAAAGTTATGAATCCACTTAAAACGAGTAACAAAGCTTTTAAAGG
190 ATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * *
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255 CATA-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGATGT
*
189637 AAACATTAAATTATGATCTATT
319 AAACATTAAATTATGATCTGTT
* * * * *
189659 TTAACTAAAAA-TGTAAAAAAACTTCAATTCAAAGTCATTTA-AAAAGTTATAAATCCACTTAAA
1 TTAAC-AAAAATTG-AAAAAAA-TTTAATTTAAAATCATTTATAAGA-TTATAAATCCATTTAAA
* * * * * * * *
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* * ** * * * * *
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126 TTTTGCTTCACGTTT-CTAGATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAA
* * * * * *
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189 AA-TTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAA
* ** * * * * * * * **
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* * * *
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* * * * * * *
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1 TTAA-CAAAAATTGAAAAAAATTTAA-TTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATCCATTTAAAGC
* * * * * * * *
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* * * * * *
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128 TTGCTTCACGTTTCTA-GATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACT-AAAAATGT-AAAA-
* * * * * ** * ***
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189 AA-TTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAA
* * ** * * * *
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* *
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317 GTAAACATTAAATTATGAT-CTGTT
* * * * * * *
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1 TTA-ACAAAAAT-TGAAAAAAATTTAATTTAAAATCATTTATAAGATTATAAATCCATTTAAAGC
* * * * * *
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* * *
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127 TTTGCTTCACGTTTCTAGATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGT--AAAAA
* * * * * * *
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* * * *
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*
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318 TAAACATTAAATTATGATCTGTT
* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *** * * * **
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * **
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252 AGGCATAAGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGA
* *
191348 TGCACACATTAAATTATGATCTGTT
316 TGTAAACATTAAATTATGATCTGTT
* * *
191373 TTAACAAAAATTGAGAAAAATTTAATTTTAAAATCACTTATAAGATTATAAAAT-TATTTAAAGC
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* * * * * * * * * **
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * ** *
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* *
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*** ** * * * ** * ** * *** ** *
196203 TAAATGAATTTTTCTTGTCAATGGATTGCCTTGACTTCATG-T-T-TCCCAATGAAAACAT-CAA
61 TTGCTTCATGTTTC---CCAATGCA-AACATCAAATT-ATGATCTGTTTTAACCAAAA-ATGTAA
* ** ** ** * * * ** *
196264 ATTATGATAT-GTTTTAACCAAAAATGTGAAAAAAATTCAATCTAAAAT-CATTTAAAATG-TT
120 A-AAAAAT-TCAATTTAA--AATCAT-T-TAAAAAGTT--A--T-AAATCCACTTAAAGCGAGT
** ** * * ** * * * * *** * * **
196325 ATA-AATCCACTT-AAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAA-GG-C-ATGAGTGACCATAAATGGACT
1 A-ACAAGGCTTTTGAAGGC-A-TGA-GTGACTAT-AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGG-CT
* * * * *
196385 TTT--TT--TG-TT---AATGGAGGAC-T----TT-T--T-T-TTTT-ACCAAAATTG--AGAGA
60 TTTGCTTCATGTTTCCCAATGCA-AACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * * * * * *
196429 AGTTCAATTTTGAAATAATTTATAAGAGTCCA-AAA-CTATTTAAATCGAGC
124 AATTCAA-TTTAAAATCATTTA-AAAAGT-TATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * * * *
196479 AACAAGGATTTTGAAGGCGTGAGTGACTATAAATAGACTTTTGTTATTAATAGAGGGTTTTTGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
** ** * * * *
196544 TCACATTTCTTAATGCAAACATCAAATTATGA-CTGCTTTAACC-CAAAT-TAAGAGAAATTCAA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * * * * * * * *
196606 TTTTAAAACCAATT-ATAAGATTACAAAACTATTTACAGCGACT
131 -TTTAAAATCATTTAAAAAG-TTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * ** * * * *
196649 AACTAGTCTTTTAAAGGTATGGGAGACTATAAATAAACTTTTCTAGTGAATGGAAGGCTTTTGCG
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * ** * * * * * *
196714 TCATGTTTCCTAGTGTGAACATTAAATCATGTTCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAAAACT-AA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
*
196777 TTTAAAATGATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC-ATGT
131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGA-GT
* * * * **
196819 AACCAA-GCTTTTCAAGGTATAAGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTGTCAATGGATTACTTTTG-
1 AA-CAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
** * * * * * * *
196882 TTCATGTTTCTGATTGCACACATTAAATTATGATTTGTTCTAGCCAAAAATGCAAAAAAACAAAT
65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATG--TAAAAA-AAAT
* * * * *
196947 CCAATTCAAAATCAATCAAAAAGTTATAAATCAACTTAAAGCGAGT
127 TCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * ** * * * * * *
196993 AATAAGG-TATTTCAAAGCATTTGTAACTATAATTGAACTTTTCCTATCTATGGATGGCTTTTGT
1 AACAAGGCT-TTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG-
* ** * * * * *
197057 ATTGC--GTTTCTAAATGCAAATATCAAATTATGATAT-ATTTAACCAAAAAGGTAAAAAAATTT
64 CTT-CATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT
* * * * *
197119 CTATTTAAAA-CTATTTAAAATGTTATAAATCTACTTAGAGTGAGT
128 CAATTTAAAATC-ATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
** ** * * *
197164 AGTAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAACT-GAGTTTGCTTGTCAATAGATGGCTTTTGC
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* * * *
197228 TTCATGTTTTCCCAATGTAAACATGAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-AAAACAAAA-A
65 TTCATG-TTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAAATT
* *
197291 CAATTTGAAATCAATTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
128 CAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
** * * * * *
197336 AACAAGGCTTTCAAAGGTACGAGTGACTACAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
** ** * * *
197401 TCACATTAGCCAATGCAAACATCAAATTATGATCCGTTTTAA-TAAAAA-ATAAAGAAACAA-TC
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAA-AATTC
* * * *
197463 AATTTAAAAT-TTGTTCAAAATTTATAAATCCACTTAAAGTGAGT
129 AATTTAAAATCAT-TTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * *
197507 AACAAGGCTTGTTGAAGGCATGA-CGACTATACATGGACTTTTCTTATTAATGGATGGCTTTTGC
1 AACAAGGCTT-TTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* * * * * * *
197571 TACATGTTTTCCGATGCAAATATCAAATTATCATCCGTTTTAACCAACAA--TAAAAAAAA-TCA
65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* * * * *
197633 ATTTAAAATCAATTAAAAATTTATAAAGCCATTTAAAGCAAGT
130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * ** *
197676 GATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATAGG-TGATTTTTAC
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT-GGATGGCTTTTGC
** * * * * * * *
197740 TTCACATTTCCTC-ATGCGAACGTCAAATTACGATCCGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAACA-TA
65 TTCATGTTTCC-CAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTC
* * * *
197803 AATTAAAAATTATTTAAAAAGTTAT--GT-AACTTAAAGCGAGT
129 AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * *
197844 ---AAGGCTTTTGAAGGCATGTGTGACTATAACTGCACTTTT-TCGATTAATGGATGGCTTTTAC
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-TCAATGGATGGCTTTTGC
* * * *
197905 TTTATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGAGT-TGTTTTAACTAAAAACGTAAAAAAATTTC
65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTC
* * *
197969 AATTTAAAACCATTTAAAATGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGT
129 AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * * * *
198013 AACAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTTACTATAAATCGAGTTTACCTGTCAATGGATGGCGTTTGGT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
** * * * *
198078 TCACATTTCCTAATGCAAACAACAAATTATGATCTG-TTTAACC-AAAA-GCATAAAAAAAGTCA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAAATTCA
* * *
198140 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAACCCACTTAAAACAAGT
130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * *
198183 AACAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTGTTGTTAATGGCTAGCTTTTACT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * * * *
198248 CCATGTTTCTCGATGCAAATATCAAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAATAAA-TAAA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * * * * *
198311 TTTAAAATCAATTAAAAACTTATAAATCTATTTAAATCGTGT
131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * * ** * *
198353 AACAAGGC-ATCGAAAGGTATAAGCGATTATAAGTAAACTTTCCTT-T-AATGGATGGCTTTCGC
1 AACAAGGCTTTTG-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* ** * * * *
198415 TACACATTTCCCAATGCAAACATAAAATTATGATCCGTTTAAACCAAAGATGTAAAAAAAA-TCA
65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* * *
198479 ATTTAAAACCATTTAAAAAGGTATAAATCCACTTAAAGAGAGT
130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * *
198522 AACATGGCTTTTGAAGGAATAAGCGAATATAAGTGGACTTCTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* *
198587 TCACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATCAAAAATG-AAAAGAAAA-TCA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAAATTCA
* * * *
198650 ATTTAAAATTAGTTAAAAAGTTATAAATCCAGCTT-AAGTGAGC
130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCA-CTTAAAGCGAGT
* * * * * * * *
198693 AACAA-GATTTTCGAAGGCGTGAG-CAATA-ATAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAGTTTTTG
1 AACAAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGACTATA-AATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG
** ** ** * *
198755 CTTCACATTTCCCAATGTGAACATCAAATTATGATCCATTTTAACTAAAAA--TAAAGAAAAAAT
64 CTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAAAATT
* *
198818 CAA-TTAAAA--A--T------TTATACATCCGCTTAAAGCGAGT
128 CAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* ** * **
198852 AAGAAGGCTTTTGAAGGCATGAGCAACAAT-AATAAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* ** * * * * * *
198916 ACATGCTTT-CCAATTTAAATATTAAATTATGGTATGCTTTAACCAAACA--TAAAAAAAA-TCA
66 TCATG-TTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* * * *
198977 ATTCAAAATTAGTTAAAAAGTTAAAAATCCA-TCTAAAGCGAGT
130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACT-TAAAGCGAGT
* * * * * * * **
199020 AATAAGACTTTTGAAGGCATAAGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTATTAATGGATGGCTTTCACT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
*** * * * * *
199085 TCATGTTTCTTTATGTAAACATCAAATTATGATCGGTTATAACTAAAAATGTAAAACAAAAATCA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAAATTCA
* * *
199150 GTTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCTACTTAAATC-ATGT
130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGA-GT
* * * * * * * **
199193 AACAAGGCTTTTAAAGACATGAGTGATTATAAATAGACTTTTCTTATTAATGGATAGCTTTTTTT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * ** * *
199258 TCATATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCCATTTAAACCAAAGATGTAAAAAAAA-TCAA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * * * * **
199322 TGTAAAACCATTTAGAAAGGTATAAATTCACTTAAATAGAGT
131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* ** * * ** * * * *
199364 AACATGGCTTTCAAAGGAATAAGCAAATATAAGTGGACTTTTCTTGTTAATGGTTGGCTTTTGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * *
199429 TTACGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATG-AAAAGAAAA-TCA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAAATTCA
* * * * * * * **
199492 ATTTAAACTCA-GTAAAAAGATATACATCCACATCAAGTGAAC
130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * *
199534 AACAAGGCTTTCGAAGGTATGAGCGACAAT-AATAGACTTTTCTTGTCAATTGATAG-TGTTTGC
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT-TTTGC
** * * * * * *
199597 TTCATGTTTCCCAATTTAAATATCAAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAATG-ACGAAAACA-T-
65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAAATTC
* * * * *
199659 ATGTTTAAAATTAGTTAAAAATTTATACATCCACTTAAAGCGAGT
129 A-ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
** * * * * * *
199704 AACAAGGCTTTTGAACACATGAGCGACCACACATGGAC---TATTGTCAATGGATAGCTTTTAG-
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT-GC
* * * * ** *
199765 ATCATGTTTCCCAATACAAACATTAAATTATGTTCTAG-TTTAATAAAAAGATGT--AAAAAATA
65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCT-GTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAAATT
* * *
199827 CAATTTAAAATGATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGTGT
128 CAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * ** * * * *
199872 GACTAGGC-TTCCAAGGCAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATTGCTTTCGGT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * * *
199936 TCATGCTTCCTAATGAAAACATCAAATTATGATATGTTTAAACCAATAATGTAAAAAAAA-TGAA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* *
200000 TTCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGT
131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * ** * ***
200042 AAGAGGGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCATT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* ** ** *
200107 TCATG-TTCCCTAATGCAAACATTAAATTATGATCTGTACTAAATAAAAACT-TAAAAACAATTC
66 TCATGTTTCCC-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAAATTC
* * * *
200170 AATTTAAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCCTCTCAAAGGGAGT
129 AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * ** * * *
200214 AA-TAGAGCTTTTGAAGGAATGAGCAACTATACAA-GGA-TTGTTCTTTTCAATGGATGGCTATC
1 AACAAG-GCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATA-AATGGACTT-TTCTTGTCAATGGATGGCTTTT
* * * * * * * *
200276 GTTTCATGTTTCCTAATACAAACATTAAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATACAAAAAATT
63 GCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT
* * * * * *
200341 -AATTTAAATTGAATTAAAAAGGTATAAACCCACTTAAAGTGAGT
128 CAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
** * ** * * * * * *
200385 AACAAGGCTTTCAAAGGTAAT-AAAGACTATCAATAGACTTTTTTTATTAATGGATGGCTTTCGC
1 AACAAGGCTTTTGAAGG-CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* * *
200449 TTCATGTTTCCTAATGCAATCATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAATTC
65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAAATTC
* *
200514 AATTCAAAATCATTT-AAAAGTTAT-AATCCACTTAAAGCAAGT
129 AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
** * * * * * * **
200556 AACAAGGCTTTCAAAGGTATGACTAACTACAAATAGG-TTTTTCTTGTAAATGGATGGCTTTCAC
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* * *** * * ** *
200620 TTCTTCTTTCTTGATGCAAACATTAAATTATGATCTTTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAAAATCA
65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* * * * ** *
200685 ATTCAAACTCATTT-AAAAGTTATGAATCCTCTTAAAATGAAT
130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * ** * *
200727 AACAAGACTTTTAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTAACAATGGAGGGCTTTTTCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
*** * ** * * * *
200792 TACAT-TTT-TTTATGCAAACATTAAATTATGATCCATTTTAGCC-AAAAT-TGAGAGAAATTCA
66 T-CATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* * * * * *
200853 ATTTTAAAATCATTTATAAAA-TTACAAAACTATTTAAAGCAACT
130 A-TTTAAAATCATTTA-AAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * * * ** *
200897 AACTAGCCTTTCGGAGGCATGAGTGATTATAAATGAACTTTTCGTGTCAGTGGATTAC-TTCGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
** ** * * * *
200961 TCATGTCTT-TTAATATAAATATCAAATTATGATCTATTTTTACCAAAAATATAAAAAAAATTCA
66 TCATGT-TTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* * * *
201025 GTTCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAATTAAAGTGAGT
130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
*** * * * *
201068 AACAAGGCTTCCAAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAAGGGATGGCTTTTTCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * * *
201133 TTATG-TTCCCTAACGTAAATATCAAATTATAATATGTTTTATCCAAAAATGTAAATAAAAATTC
66 TCATGTTTCCC-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAAAATTC
** * * *
201197 AATTCCAAATCATTTAAAAGGTTATATATCCATTTAAA-CTGAGT
129 AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC-GAGT
* * * * * * * *
201241 AACAAAGCTGTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTTGTTAATGGATGACTTTTGC
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* * * * * *
201306 TTCACGTTT-CTAGATGCAAATATTAAATTATGATTTG-CTTAACC-AAAATGTAAAAACAAATT
65 TTCATGTTTCCCA-ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AAATT
* * * * * * **
201368 -AATTCAGAATCAGTTAAATAGTTATAAATCCTCTTTAAGTAAGT
128 CAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * ** * * *
201412 AACAAGGCTTTTAAAGGCATAAGTGACTATAAATACACTTTTTTTGTCAATGGATGGATTTCGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* ** * * * * * * ** **
201477 TCACGTTTCTTGAA-GAAAATATTAAATTATGATCTGTATTAACTAAAAAAGTAAAAATGATTTG
66 TCATGTTTC-CCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* * * *
201541 ATTCAAAATCATTTAAAAAGTAATAAATCCTCTTAAAGTGAGT
130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* ** * * * * *
201584 AATAA-G-----GAA-TAATAAGTGACAATAAATGGGCTTTTTTTGTTAATGGATGGCTTTTGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * * *
201642 TCATGTTTCCTAATACAAATATCAAATTATGATTTGTTTTAA-CTAAAAT-TGAGAAAAATTCAA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * *** * *
201705 TTTTGAAATCATTT-ATAAGATTATAAAAGTATTTAAAGCGACT
131 -TTTAAAATCATTTAAAAAG-TTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * *
201748 AACTAGG-TTTTCAAAAGG-ATAAGTGATTATAAATAGATTTTTTTTGTCAATGGAT-GCTTTTT
1 AACAAGGCTTTT--GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGC-TTTT
* * ** * * *
201810 ACTTCATGTTTCTCAATGCAAATGTCAAATTCTGATTTGTTTTAACCAAAAA-GTTAAAAAAA-T
63 GCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT
* * **
201873 CTAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTGTAAATCCAATTAAAGTAAGT
128 C-AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * ** * * * ** * *
201919 AATAAGGCCTTTGAAGATATGTGTGACTATAGATGAACTTTTCAAGTCAATGGATTGCTTTGGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
** ** * * *
201984 TCACATTTCTTAATGCAAACATCAAATTATGAACTGTTTTAACC-AAAAT-TGAGAAAAATTCAA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
** ** * *
202047 TTTTAAAATCATTTAGAGCA-TTATAAATGTACTTCAAGCGACT
131 -TTTAAAATCATTTA-AAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * *
202090 AACTAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAAAC-TTTCTTGTCCATGGATGGCTTTAGC
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* * ** * * * * * * * * *
202154 TTTATGTTTTCTGATACACACATTAAATTATGATCTGTATTAACC--AAATTTGAGAAACATTTA
65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* * * * ** *
202217 ACTTTAAAATCATTTATAATA-TTATAAAACTATTTAAAGTAACT
130 A-TTTAAAATCATTTA-AAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
** * * * * * *
202261 CATTAA-GCTTTCGAAGGTATGAGTAACCATAAATGGGCTTCTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG-
1 -AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* **** * * * * *
202324 ATCATGTTTTTTGATGCAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAACTAAAATTATAAATAAAGA-T-
65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAAAATTC
* * *
202387 AATTTAAAATCATTTAAGAAGTTATAAATCTACTTAAAGCAAGT
129 AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * * * *
202431 AATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTAACTATAAATGTACTTTGCTTGTCAATAGTTGGCTTTCGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
*** * * *
202496 TCATGTTT-CTGGTGCAAACA-CGAAATTATGATATGTTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAAAAATT
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATC-AAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAAATT
* * * **
202559 CAATTCAAAATCATTTAAAAATTTATAAATCCAATTAAAGTAAGT
128 CAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
** ** * * *
202604 GGCAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * *
202669 TCAT-ATTCTCCAATGCAAACATCAAATTATGATAC-GCTTTAACCAAAAATATAAAACAAAATT
66 TCATGTTTC-CCAATGCAAACATCAAATTATGAT-CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAAATT
* * * * *
202732 CAATTCAAAATTATTTTAAAAGTTATAGATCCACTTAAACCG-GAT
128 CAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAG-T
* * ** *
202777 AACAAAGCTTTCT-AAGGTATGAGTGACTATAAAAAGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGC
1 AACAAGGCTTT-TGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* * * * * *** *
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* **
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130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * **
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* *** * * * * * * * * *
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* * * * **
203079 ATTTGAAATCATTTAAAAGGTTATAGATGCACTTAAATTGAGT
130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* *** * * * * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * *
203186 TCATGTTCCCCAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAACAATTCAA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* *
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131 TTTAAAATCAT-TTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC-GAGT
* * * * * * * **
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * * *
203358 TCATGTTTCTCAATGCAAACATTAGATTATGATCTATTATAACAAAAAATGTAAAAACAATTCAA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * *
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131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * **
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * ***
203530 TCACGTTTCCTAATGCAAACATTAAATTATGATTTGTTTTAACC-AAAAT-TGGGAAAAATTCAA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
** * *** * *
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131 -TTTAAAATCATTTAAAAAG-TTATAAATCCACT-TAAAGCGAGT
* * * * * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * *
203701 TTACGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAAAAA-TCTA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTC-A
* * **
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130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC-GAGT
* * * * *
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* * * * *
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65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCA-AAAATGTAAAAAAAATTC
* * * * * *
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** * * * **
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1 AACAAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* * *** *
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65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAAATTC
* * * * * * * *
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129 AAT-TTAAAATCATTTAAAAAG-TTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * *** * * * * ** * * * **
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * * *
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* * *
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130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* ** * * * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT-TTTGC
** ** * * * *
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65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* * * * * *
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130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * * *
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* ** * * * **
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*
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* ** * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** *** * * * **
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** * * * ** *
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* * **
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* * * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
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* *
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131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
** * ** * * * * *
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** * * * *
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66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * * ***
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* *
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* * * * * *
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** * *
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* *
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* * * *
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** *** * * * * * ** ** * *
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* ** * * *
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** * * * * * **
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** **** ** * * *
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130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
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* ** * * ** * *
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* *
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* ** * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
** * * ** * * * * *
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* *
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* * ** * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGTCAATGGATGGCTTTTGC
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* * * * ** * * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
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* * ** * * *
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1 AACAAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
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* * * **
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* * * * ** * * * * **
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* ** ** * * * * *
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131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* ** * * * * * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTTGC
* *
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* * *
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* * * * * * *
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*** * * * **
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* ** * **
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* * * * ** * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
** * * *
207615 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAGCTGTGATCCCGTTTTAATCAAAAA--TAAAAAAAATTCA
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* * *
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130 ATTTAAAATCAT-TTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * * **
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * * *
207786 T-ATCGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCCGTTTTAACTAAAAATATAAAATACATTGA
66 TCAT-GTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* * *
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* * * *
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* * *
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* *
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* * * *
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* * *
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* * * ** *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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** * * *
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** * * **
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128 CAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
** * * * *
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* *
209038 TTTTAAATCATTGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
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* * *
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1 AACAAGGCTT-TTGAAGGCATGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG
** * * * ** ** * * *
209143 CTTCACATATCTCTATGCAAACATCAAATTATGATCTACTTTAATGAAAAATAT-AAAAATAGTC
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* * * * **
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129 AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * * * *
209251 AACAAGGGTTTCGAAGGCATGAGCGACCACAAATGAACTTTGCTTGTCAATAGATGGCTTTTGTT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * **
209316 TCATATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATTCCGTTTTAACCAAAAATGGAAAAAAGTTTCA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* * * *
209381 ATTTGAAATCAGTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAAT
130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * ***
209424 AACAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG-CAGCTATAAATGGACATTTCTTGTCAACATATGGCTTTTGC
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* ** * * * *
209488 TTCTTGTTTTGCAGTACAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAATATT
65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAT-TC
* * * *
209553 TATTCTAAAATGATTTAAAAATTTATAAATCCACTTAAAGC-AAT
129 AATT-TAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
** * * *** ** * *
209597 AACAAGGCTTTTGAAGGCATG-GACAACTATAAATGCATTTTTCTTGTTTGTTAATGCCTTTTAC
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* * * * * * * *
209661 TTCATGTTTTCAAATTCAAACATTAAATTATGATCCTATTTTAAGCAAAAAT-TAAAAAAATTTT
65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGAT-CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTC
* * * * *
209725 AATTTGAAATTAGTT-AAAAGTTATAAATCCA-TTTAAGACAAGT
129 AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-CGAGT
* * * ** * ** ** *
209768 AATAAGGCTTTTGAATGCTTGA-ACAGCTATAAATAGAGATTTCTTGTCAATATATGACTTTTGC
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* ** * * ** * *
209832 TTTATGCTTT-TGAATGAAAACATCAAATTATCATCCATTTTAACAAAAAATGTAAAACAAATTC
65 TTCATG-TTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTC
* * *
209896 AATCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCTACTTAAAACGAGT
129 AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * ** * * *
209940 AACAAGGCTTTCGAAGGTATGAATGGCTATAAATAAACTTTTCTTGTCAGTGGGTGGCTTTTGAT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * *
210005 TCATATTTCCTAATGCAGAGATCAAATTATGGTTTGTTTTAA-CAAAAACTGTAAAAAAAA-T-A
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAAATTCA
*
210067 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTTAAAGCAAGT
130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC-TTAAAGCGAGT
** * ** * * *
210111 AACAAGATTTTTGAAGGAATGAGCAACTATAAATGGACTATTCTAGTCAATGGAAGGCTTTTGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
** * ***
210176 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCCATTTTTACCAAAAA---AAATGTAA---AA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * * *
210235 TGGTAAAATCATTTAAAAAGTT-GAAATCCACATAAAGCGGGT
131 T-TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
** * * * ** ** *
210277 AACAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGTAAATATATTACTTTTGCC
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* ** * * * * *
210342 TC-TCGTTACTTAGTGCAAATATCAAATTATGATC-CTTTGAA-CAAAAATGTAAAATAAATTCA
66 TCAT-GTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* *
210404 ATCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACCTTAAAGCAAGT
130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCA-CTTAAAGCGAGT
* * * * * **
210448 AATC-A--CATTTTCAAAGGCATGAATGGCTATAAATAGAGTTTTCTTGT-AATGGATACCTTTT
1 AA-CAAGGC-TTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT
** * * *
210509 GCTTCACATAT-CCAGATGCAAATAT-AGAATTATGA-CATGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAA
63 GCTTCATGTTTCCCA-ATGCAAACATCA-AATTATGATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
** * * **
210570 A-TCAATCCAAAATCATTCAAAAAGTTATAAATTCACTTAAAATGAGT
125 ATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * *
210617 AACAAGACTTACT-AAGGCATGAGTGAC-AGTAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGACTTTTG
1 AACAAGGCTT-TTGAAGGCATGAGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG
* ** ** * * * **
210680 CTTCATATTTATCTTTGCAAAAATCAAATTATAATTTGTTTTAACTGAAAA--TACAAAAAAATT
64 CTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAAATT
* * ** *
210743 CAATTTAACATCATTGAAAACCTTATAAATTCACTTAAAGCGAGT
128 CAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * *
210788 AACAAGGCTTACT-AAGGCATGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGC
1 AACAAGGCTT-TTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* * * * * * *
210852 TTCATGTTTCTCTATGCAATCATAAAATTATGATATGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAAGTCA
65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* ** *
210916 ATCTAAAATCATAGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGT
130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * *
210959 AACAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACCATAAATGCACTTTACTTGTCAATAGATGGCTTTTGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * *
211024 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATAATCTCCTTTT-ACTAAAAATGTAGAATAAATTCA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCT-GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* * * *
211088 ATCTAAAATCATTGACAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGT
130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * * **
211131 AACAAGTCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAACGGAGTTTTCATGTCAAAGGATGGCTTTCACT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * * *
211196 TCACGTTTACAAATGCAAATATCAAATTATGATCTATTTTAGCCAAAAATGTAAAAAAAA-TAAA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
** * **
211260 TTTAAAATCATTCCAAAAGTTATAAATCCACTAAAAATGAGT
131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
*
211302 AACAAGGCTTACT-AAGGCATGAGTGACTATAAA---A-------TGTCAATGGATGGCTTTTGC
1 AACAAGGCTT-TTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* * * * *
211356 TTCATGTTTCTCTATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAACAATATAAAAAATATTCA
65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* * *
211421 ATTCACAATC-TTTGAAAAAGTTATAAATCTACTTAAAGCGAGT
130 ATTTAAAATCATTT-AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * *
211464 AACAAGGGTTACT-AAGGCATGAGTGACAATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTGC
1 AACAAGGCTT-TTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* * * *
211528 TTCACGTTTCTCC-ATGCAAACATCAAATTATGATTTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAATATTC
65 TTCATGTTTC-CCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTC
* * ** * *
211592 AATCTAAAACCATAGAAAAGGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGT
129 AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * * *
211636 AATAAGAC-TTTGAAAGGCATGAGCGACCATAAATGCACTTTACTTGTCAATGGACGGCCTTTGC
1 AACAAGGCTTTTG-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* * * * * * * *
211700 TTCATGTTTCACTATCCAAACATCAAGTTAAGACCCTGTTTTAACTAGAAATG-AGAAAAAAATT
65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAAATT
* * *
211764 CAATTTGAAATC-TATTAAAAAGTTATAAATCTACTTAAAGCAAGT
128 CAATTTAAAATCAT-TTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * * **
211809 AACAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAACTAGA-TTTGTTTTATAAATATATGGCTTTTGC
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* * * *
211873 TTC-TCGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGAT-TCGTTTTAATCAAAAAT-TTAAATAAATT
65 TTCAT-GTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCT-GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT
* * *
211935 CAATCTAAAATCATTCAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGT
128 CAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* ** * ** * **
211980 AACATGGCTTTCAAAGGCATGAATGACTATAAATGGTGTTTTCCTGTCAATGGATGGCTTTCACT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* *** * * *
212045 TCACGTTTCATGATGCAAACAACAAATTATGATATGTTTTAACCATAAATGTAAAACAAAA--CA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAAATTCA
* * ** *
212108 ATTTAAAATCATTTACAAAGTTCTAAATCCA-TCTAAAATGAGC
130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACT-TAAAGCGAGT
* * * *
212151 AACAAAGCTTACT-AAGGCATGAG-GAACAATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTG
1 AACAAGGCTT-TTGAAGGCATGAGTG-ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG
* *** * * * * *
212214 ATTCAT-TTTTTTATATGCAAACATCAAATTATGATATGGTTTAACCAAAGATGTTAAAAATATT
64 CTTCATGTTTCCCA-ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT
* **
212278 CAATTTTAAATCATTGCAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
128 CAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* *** * * * * *
212323 AATAAAGG-TTACCAAGGCATGAGTGA-TAATTAATGTACTTTTCTTGTTAATTGATCGCTTTTG
1 AA-CAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG
* * * * * * * * *
212386 CTTCATATTTCTCTATGCAAACATCAAATTACGATCTGCTTTAACAAAAAATATAAAAAATATTG
64 CTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTC
* * * * * * *
212451 AATCTAAAATCATTGAATAAGTTACAAATCCACTTAACGTGGGT
129 AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * * *
212495 AATAAGGCATTCGAAGGCATGAGCT-ACCACAAATGCACTTTGCTTGTCAGTGGATGGCTTTTGC
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
*
212559 TTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTC
65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGAT-CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTC
* * *
212624 -ATTCTAAAATCATTTAAAAATTTATGAATCCACTTAAAGCAAGT
129 AATT-TAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * ** * * *
212668 AACAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATACACTTTTCTTGTTAGTGGATAGCTTTTGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * ** *
212733 TCTTGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAACAAAATTC
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAA-AAAATTC
* *
212798 -ATTCTAAAATCATTTAAAAATTTATAAATCCACTTAAAGCCAGT
129 AATT-TAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
** * * * ** *
212842 AACAAGGCTTTCAAAAGCATGAGCGACTATAAAT-GCCTTTTGC-T-TCATATTTTTATATGCCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTGTCA-A----TGGATGGCT
** * *
212904 TTTGCTTCATGTTT-TTAGATGCAAATATCAAATTATGATCATGTTTTTACC-AAAAT-TAAAAA
60 TTTGCTTCATGTTTCCCA-ATGCAAACATCAAATTATGATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * *
212966 GAAATTTAACTTGAAATCAGTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAACGAGT
123 -AAATTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * ** ** ** * * * ** *
213017 AATAAGGCTTTCGATTGTTTGAGCAACTATAAATGGACATTTCCTATCAATATATCGCTTTTGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * *
213082 TCATGTTTCTCGATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAATCAAATTCA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAAATTCA
* *
213147 ATCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTGAAAGCGAGT
130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * *** **
213190 AATAAGGCTTTTAAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTATTGTCAATGGATAATTTTTTAT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
** * * * * * * * *
213255 TCACATTTCCCAATGAAAACATCAAATTATAATTTTTTTTAACTAAAGATTTAAAAAATATT-AA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* *
213319 TTTAAAATCATTTCAAAAGTTATAAATACACTTTAAAGCGAGT
131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC-TTAAAGCGAGT
* * * ** * *
213362 AACAAGG-TTTTCGAAGGTATGAGCGACTTTAAATAAACTTTTCTTGTCAATAGATAGCTTTTGC
1 AACAAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* * *
213426 TTCATATTTCGCC-ATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTTAACAAAAAATGTAAAATAAAA-
65 TTCATGTTTC-CCAATGCAAACATCAAATTATGATCTG-TTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAAAT
*
213489 TCAATTTTAAAATCAATTAAAAAGTTA-AAATCCACTTAAAGCGAGT
127 TCAA-TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* ** * * ** * * *
213535 AACAAGGATTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTAAATATATTGCTTTTTCC
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* *** * * * **
213600 TCTTGTTAT-TTGATGCAAACATCAAATCATGATCTTTTTTATCCAAAAATGTAAAGTAAATTCA
66 TCATGTT-TCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* * *
213664 ATCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCTACTTAAAGCAAGT
130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * * **
213707 AACAAGACTTTCGAAGGCATGAATGGCTATAAATAGAGTTTTCTTATCAATGGATACCTTTTGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
** * * * * *
213772 TCATGTTTCTAAATGCAAACATCGAATTATGTTATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAA-TCAA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * * * **
213836 TTCAAAATTATTCAAAAATTTATAAATCCACTTAAATTGAGT
131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * *
213878 AACAAGG-TTTATTAAGGCGTGAGTGAC-ATTAAAATGGACTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTT
1 AACAAGGCTTT-TGAAGGCATGAGTGACTA-T-AAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT
* ** ** * * * *
213941 GCTTCACGTTTTTCTTTGCAAACATTAAATTATGATATGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAATATT
63 GCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT
* ** * *
214006 CAATCT-AAATCATAGAAAAAGTTATAAATCTACTTAAAGTGAGT
128 CAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * ** * * * * * *
214050 AATAAGGCTTTCGAAGGCACAAGTGACCATAAATGCACTTTACTTGTCAGTGTATGGCTTTTACT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * *
214115 TCATGTTTCCCAATGCAAACATTAAATTATGATCCTGTTTTAACGAAGAA--TAAAAAGAATTTC
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGAT-CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AAATTC
* * *
214178 AATTTTAAATC-TATTAAAAAGTTATAAATTCACTTAAAGCTAGT
129 AATTTAAAATCAT-TTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * ** * * ** * *
214222 AACAAGGCTTTTGAAGTCTTGAGTGACTATAAGTAAATTTTTCTTGTAAATATATGGCCTTCGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * ** * * *
214287 TC-TCATTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCCATTTTAACCAAAAATATAAAATAAATTGA
66 TCAT-GTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
** * * *
214351 ATCTT-AAATTGTTTACAAAGTTATCAATCCACTTAAAGTGAGT
130 AT-TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * *
214394 AACAAAGCTTTTGAATGCATGACTGACTACAAACGAAGCATTT-TTGTCAATGGATGGCTTTT-C
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
** ** * *
214457 TTCATGTTTCATAATGTTAACATCAAATTATGATAT-TGTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAAA-TC
65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTC
* * * *
214520 AATTTAAAATCATTTACAAGGTCATAAATCCACTTAAAGTGAGT
129 AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * *** * * **
214564 AACAAGGGTTTCGAAGGCTTGAACAATTATAAATGGACTTTTCTTGTAAATATATGGCTTTTGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * * * *
214629 TC-TAGTTTCTCGATGCAAGCATCAATTTATAATATGTTTTAACTAAAAATAT-AAAAAAA-T-A
66 TCAT-GTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* * **
214690 CTCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTTAAA-TAAG-
130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC-TTAAAGCGAGT
* * * *** * * * * *
214732 AAAAAGGC-GTTCAACTATATGAGTGACTATGAAA-AGATTTTTTTTTGTCAATAGATGGCTTTG
1 AACAAGGCTTTTGAA-GGCATGAGTGACTAT-AAATGGA-CTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT
* *
214795 GCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAACTAAAAA--T-AAAAAAA-T
63 GCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT
* * *
214856 -AATTTCAAAA-CAATTTAAAATGTCATAAATCCACTTAAAGCAAGT
128 CAATTT-AAAATC-ATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * ** * **
214901 AACAATGCTTTCGAAGGCAT-ATATGACAAT-AATTGACTTTT-TCTGTTAACAGATAGCTTTCA
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTTG
**** * * * *
214963 CTTCAT-TTTTTTGATCCAAACATCGAATTATGATCTGTTTTAA-TAACAAACGTGAAAAAAAA-
64 CTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAA-AAATGT-AAAAAAAAT
*
215025 TCAATTTAAAAGT-ATTTAAAATGTTATAAATCCACTTAAATG-GAGT
127 TCAATTTAAAA-TCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAA-GCGAGT
** * * * * * * * * * *
215071 AGTAAGGCTTTCGAAGGTAT-AATGACTAGAAATCGAGTTTGCTTATCAATGGATGGTTTTTGTT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * *
215135 TCATATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTCTAACTAAAAA--TATAAAAAATTCAA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* *** * * *
215198 CTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATTGTCTTAAAACAAAT
131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * * **
215240 AACAAGGCTTAGTG-AGGCGTTAATGACAATAAATGGACTTTTCCTATCAATGGAAAGCTTTTGC
1 AACAAGGCTT-TTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* * ** * * *
215304 TTCATGTTTCTCTATGCAAACATCAAATTACAATCTCG-TTTAACAAAAAATGTATAATAAATTC
65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCT-GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTC
** * * * * * *
215368 AATCAAAAAGCATTGACAAAGTTAAAAATCCACTTGAAGTGAGT
129 AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
** * * * * * *
215412 AGTAAGGCTTTCGAAGGTATAAGTAACTATAAATGGAGTTTTCTTGTCAAAGGATGGCTTTTGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * ** *
215477 TCATGTTTCCTAATGCAAACATCAACTTATGATAAGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAA-TAAA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * *** ***
215540 TTTAAAATTATTTAAAAATTTATAAATCTGTTTAAAAAAAGT
131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * *
215582 AACAAGGCTTACT-AAAGCATGAGTGACTATAAA---A-------TGTTAATGGATGGCTTTTAC
1 AACAAGGCTT-TTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
** * * * * * * * * * *
215636 TTCACATTTCTCTATGTAAACATCTAATTACGATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAATATTTA
65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* *
215701 ATTTGAAATCATTGAAAAAGTTATAAATCCACTT--AGCATGAGT
130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGC--GAGT
* * * * * * * *
215744 AATAAGGGTTACT-AAGACATGGGTGA-TAATAAATGGATTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTGG
1 AACAAGGCTT-TTGAAGGCATGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG
** * * * * * *
215807 CTTCATGTTTTTCTATGCAAACATCAAATTATAATTTGTTTGAACTAAAAATGTAAAAAATATTC
64 CTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTC
* * ** *
215872 AATCTAAAACCATAAAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGT
129 AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * ** * * * * * * *
215916 AATAAGCCTTTCAAAGGTATGAGCGACTATAAATGCACTTTACTTATCAATGAATGGCTTTTGCC
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * *
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66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* * *
216043 ATTTGAAATC-TGTTAAAAGGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGT
130 ATTTAAAATCAT-TTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* ** * * ** * * ** * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * ** * *
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66 TCAT-GTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
*** *
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130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * ** * * * * *
216258 AATATGGCTTTTGGAGGCATGAGTGTCAATAAATGGTGTTTTCCTATCAATAGATGGATTTCGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
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66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* *
216385 TTTAAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAACGAGT
131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * * *
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1 AACAAGGCTT-TTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* * * * * *
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65 TTCATGTTTCCCA-ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTC
* * *
216555 AATTTTAAATCATTAAAAAAGTAATAAATCCACTTAAAGCGAGT
129 AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * *
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1 AACAAGGCTT-TTGAAGGCATGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG
*** * * * *
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64 CTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTC
* * ** *
216726 AATATAAAACCATAGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-TAGT
129 AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
** * * * * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * ** ** * * *
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66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGA-TCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
* * *
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130 ATTTAAAATCAT-TTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGA-GT
* ** * * * **
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * *
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* *
217071 TCTAAAATCATTTAAAAAGTTAT-AATCCACTTAAAGTGAGT
131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * ** * * * * **
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* *** * * *
217177 TCACGTTTCTTGATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAACC-AAAA-GCATAAAAAA---AA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* *
217237 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATTCACTTAAAACGAGT
131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * ** * * *** *
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1 AACAAGGCTT-TTGAAGGCATGAGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG
* * * *
217342 CTTCATGTTT-CTATATGCAAACATCAAATTATGATATATTTTAA-CAAAAGATAT-AAAAAAAT
64 CTTCATGTTTCCCA-ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAAAT
* * * *
217404 TCAATTTTATATCATTGAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGT
127 TCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* *
217450 AACAAGGCTTACT-AAGGCATGAGTGA-TAATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGGATGGCTTTTG
1 AACAAGGCTT-TTGAAGGCATGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG
** * * * ** * * *
217513 CTTCACATTTCTCTATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAATAAAAAATATGAAAAATATTC
64 CTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTC
* * * * * * *
217578 AATCTAAAATAATTGAAAAAGTTATAAATTCGCTTAAAGTGACT
129 AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * * * * *
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1 AACAAGGCTTTT-GAAGG-CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG
* * * **
217685 CTTGATGTTTTCCAATTCAAACATCAAATTATGATCTTGTTTTAACCAAAAATAAAAAAAAAATT
64 CTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATT
* * * *
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128 CAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * ** * * ** * **
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* *** * * *
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* * * *
217922 ATTCTAAAATCATTTATAAATTTATAAATACACTTAAAGCAAGT
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** * * * * * * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * ** * *
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* * * * *
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* ** * * ** * * * **
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* *
218202 -TTCATGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCCT-TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAA--
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* *
218263 -AATCTAAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
128 CAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * ** *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * *
218372 TCATGTTTCCCATTGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAA-TAAAAGT-TAAAAAAAATT-AA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * *
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131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCA-CTTAAAGCGAGT
* * * *
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1 AACAAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
** * *
218540 TTCATGTTTTTCAATGCAAACATCAAATTATGATCCGTTTTTAA-CTAAAATGTAAAAAAAGA-T
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* *
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128 CAA-TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * ** * ** *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
** * * * * *
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66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * * *
218776 TTTAAAATAATTTAAAAAGTTATAACTCCACTAAAAGCAAGT
131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* ** * * *
218818 AATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGATAGCCTTTGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
** *** * * * *
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66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* ** * * *
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131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * **
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1 A-ACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTGTCAATGGATGGCTTTTG
* ** *** * * * * *
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*
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129 AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACT-TA-AAGCGAGT
* * ** ** * *
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* * * ** * * * *
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66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* *
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131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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128 CAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * *** * * *
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1 AACAAGGCTTTT-GA-AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG
* * * * *
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* * *
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127 TCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTT-ATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* ** * *** * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* ** * * *
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* * ** **
219795 AA-TTAAAACCATTTAAAAAGTTACAAATCCACTTAAAATGAAAA
129 AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCG-AGT
* * * * * * * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* ** * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * ** *
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* *
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* ** * * * *
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* * * *
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65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTC-
* * * * *
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129 AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAG-T
* ** * * * * **
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * * * ** * *
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66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * * * * *
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** * * * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
** * * * * * * *
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* ** *** * * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC-
** * * * * * **
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** * * *
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129 AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
** * * * *
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* * * * * *
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131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * * ** *
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66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* **
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131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * *
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1 AA-CAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GTCAATGGATGGCTTTTG
* ** * * * * * *
221439 CTACACATTTCCCAATGCAAGCATAAAATTATGATCTATTTTAACTAAAAATGT-AGAAAAATTT
64 CTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTC
* * * * *
221503 GATCTAAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCCTCTTAAAACGAGT
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* * * * * * *
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1 AACAAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG
** * * * * ** * * ** *
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64 CTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAA--ATGTAAAAAAAAT
* * * ** **
221675 TCTAATTTGAAGTCATTTAAGAAGTTATAAATCCACTTAAAATGAAA
127 TC-AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * ***
221722 AACAAGGCTTTCGAAGGTATGAATGAGTATAAATGGA---AT-TT-TC--TGGATGGCCCGTGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * ** * * * * * *
221780 ACATGTTTCCTAATATAAACATCAAATTATG-GCTGTTTTAACTAAGAATATAAAAATAATTTAA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
*
221844 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCTACTTAACA-CGAGT
131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAA-AGCGAGT
* * * * * **
221886 AGCAAGCCTTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATGGAGTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * *
221951 TTATGTTTCCCAATGCAAACATC-AATTATGATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAACATTCAA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
* * * * *
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131 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
** * * * * *
222057 AACAAGGCTTACGAATGTATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTTAATGGATGGCTTTTGCA
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
** * * * * * * *
222122 TCACATTTACCGATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTCAATCAAAATTATAAAAAAAAAATCT
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAAATTC-
* * * * *
222187 AATTTGAAGTCATTTAAGAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAAT
129 AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
** * * * * * **
222231 AACAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGAGTATAAATGGACATTTCTTGTCAATTGATAGCCCTTGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * * *
222296 TCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTCTAACTAAAAATATAAAAACAATTAAA
66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCAA
*
222361 TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAACA-TGAGT
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* * * * * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * *
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66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAAATTCA
* * * * *
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130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* ** * * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
* * *
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* * *
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* * * * * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GTCAATGGATGGCTTTTGC
** ** * **
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65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
***
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130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * ** * * * * * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGG-CTTTTGC
* * * * * * * **
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65 TTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
** * *
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130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * *
223080 AACAAAGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * ** * *
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* ** * * * *
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130 ATTT-AAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * ***
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1 AACAAGGCTTTTGA-AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC
** * * * *
223316 TTCACATTT-CCAATGCAAACATCAAA-TATGATCTGTTTAAACTAAAAA-ATAAAAGAAA-TCA
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* *
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130 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCGAGT
* * * * * *
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1 AACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
** ** * * * *
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66 TCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAA--AATGTAAAAAAAATTC
* * * *
223548 TAATTTGAAGTTATTTAAACAGTTATAA
129 -AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAA
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Statistics
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Found at i:195732 original size:170 final size:171
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193407 GCAACATGGA
* ** * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * ** * **
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** * * *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * **
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** *
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** * * * * *
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* * *
194156 TTTC-CTGATGCAAACATCAAACTATGATCCATTTTTAACCAAAAAAATCTGAAAAAAAAGTCAA
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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1 TTTCAAAGGCATGAGTGACTACATAATGGACCTTT-CTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACT-
* * * * **
194332 TTTCCCATTGCAAACATTAAATTCTGATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAAATCTAATTT
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* * * *
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125 AAAATCAGTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGC
* ** * * * * * *
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* * ** * * * **
194505 GTTTC-CAAATGAAAATATCAAATTATGATCTATTTTGACCAAAAAGTTAAAAAAATTTCAATCC
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* * * ** *
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125 AAAATCAGTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGC
* * * * *
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1 TTT-CAAAGGCATGAGTGACTACATAA-TGGACCTTT-CTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * * * * *
194677 ATTTC-CTAGTGCAAACATGAAATTATGATCCATCTTAACTAAAAATGAAAAAAAATCAATTTAA
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* * *
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* * *
194786 TTTCGAAGGCATGAGTGACTACA-AATAGA-CTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATT
1 TTTCAAAGGCATGAGTGACTACATAATGGACCTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-TT
** * *
194849 AGC-CAATGCAAACATCAAATTATGATCCGTTTTAACTAAAAATGAGAAAAAATCAATTTAAAAA
65 TTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCCGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATCAATTT-AAAA
* * * *
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* * * * *
194955 TTTCGAAGGCATGAGTGACTATA-AATGGACTTTTCTTGTCAATCGATGGCTTTGGCTTCA-TGT
1 TTTCAAAGGCATGAGTGACTACATAATGGACCTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACT-T
* * * * *
195018 TTTTTAATGCCAACATCAAATTAT-ATCCATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCCAATCTAAA
65 TTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCCGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAAAT-CAATTTAAA
* * *
195082 ATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTTAAGCGAGTAACAAGGC
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* * * * * * * * *
195126 TTTTAAAGGCATGAGTGATTATA-AATGGACTTTTCTTATTAATAGATAGCTTTTGCCTCACTTT
1 TTTCAAAGGCATGAGTGACTACATAATGGACCTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACTTT
** ** * *
195190 TCTTGATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAAGCC-AAGATGTAGAAAAAATCAATTTAAAA
66 TCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCCGTTTTAA-CCAAAAATG-AAAAAAAATCAATTTAAAA
* * * * *
195254 TCATTTAAAATGTTATAATTCCACCTAACGCT-AGTAACAAGGC
129 TCAGTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-TGAGTAACAAGGC
* ** * * * *
195297 TTTCAACGATATGAGTGACTACA-AATGGACTTTTCCTATCAATGGATGG-TTTTGCTTAACATT
1 TTTCAAAGGCATGAGTGACTACATAATGGACCTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-TT
*
195360 TT-TCAATGCAAACATCAAATTATGATCCG-TTTAGACCAAAAATGTAAAAAAAATTCTATTTAA
65 TTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCCGTTTTA-ACCAAAAATG-AAAAAAAA-TCAATTTAA
* * * ** *
195423 AACCATTTAAAAAGGTATAAATCCACTTAAAAAGAGTAACATGGC
127 AATCAGTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGC
** * * * * * * *
195468 TTTTGAAGGAATAAGT-A-AATATAA-GCGAACTTTTCTTGTCAAAGGATGGCTTTTGCTTCACG
1 TTTCAAAGGCATGAGTGACTACATAATG-G-ACCTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACT
** * * * *
195530 TTTCTTGATGAAAACATCAAATTATCATCCGTTTTAACTAAAAATGAAAAGAAAATTAATTTAAA
64 TTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCCGTTTTAACCAAAAATGAAAA-AAAATCAATTTAAA
* * * * *
195595 ATTAGTTAAAAAGTTATAAATTCACCTCAAGTGAGCAACAAGGC
128 ATCAGTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGC
* * **
195639 TTTCAAAGGTATGAGTGA-TA-ATAATAGACCCTTT-TTGTCAATGGATGATTTTTGCTTCACTT
1 TTTCAAAGGCATGAGTGACTACATAATGGA-CCTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACTT
* * *
195701 TTCTCGATGCAAACATCAATTTATGATCCGTTTTAACCAAAAAAGAAGAAAAAATCAATTTAAAA
65 TTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCCGTTTTAACCAAAAATGAA-AAAAAATCAATTTAAAA
* *
195766 TCAGTTAAAAATTTATAAATCCACTTAAAGCGAGTAA-AATGGC
129 TCAGTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAA-GGC
*** ** * * *
195809 TTTTGTAGGCATGAGCAACT--ATACATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTACA-TG
1 TTTCAAAGGCATGAGTGACTACATA-ATGGACCTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACT-
* * * * * * *
195871 TTTCCCAATGCAAATATCAATTTTTGGTCTGTTTTAACC---AA--AAAAAAAATCAATTAAAAA
64 TTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCCGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATCAATTTAAAA
* * *
195931 TTAGTTAAAAAGTTATAAATCCACATAAAGCGAGTAACAAGGC
129 TCAGTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGC
* * * * * * * *
195974 TTTTAAAAGCATGAGCGACTATA-AATGGACTTTTCTTATTAAAGGATGGC-TTTGACTTCA-TG
1 TTTCAAAGGCATGAGTGACTACATAATGGACCTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTG-CTTCACT-
* * * * *
196036 TTTC-CTAATGTAAACATCAAATTATGATCCATTATAACAAAAAATATAAAACAAAAGTCAATTT
64 TTTCTC-AATGCAAACATCAAATTATGATCCGTTTTAACCAAAAAT-GAAAA-AAAA-TCAATTT
* * **
196100 AAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCGCTTAAAACGAGTAA-AGAGGC
125 AAAATCAGTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACA-AGGC
** * *
196147 -TTCTAAAGGCATGAGTGACTGTA-AATAGACTTTTCTTGTCAA
1 TTTC-AAAGGCATGAGTGACTACATAATGGACCTTTCTTGTCAA
196189 AGTATAAGTG
Statistics
Matches: 2083, Mismatches: 410, Indels: 215
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
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168 165 0.08
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ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
TTTCAAAGGCATGAGTGACTACATAATGGACCTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCACTTT
TCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCCGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATCAATTTAAAATC
AGTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGC
Found at i:197394 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 196468--223575 Score: 19409
Period size: 172 Copynumber: 159.0 Consensus size: 170
196458 CCAAAACTAT
* * * * * * * * * *
196468 TTAAATCGAGCAACAAGGATTTTGAAGGCGTGAGTGACTATAAATAGACTTTTGTTATTAATAGA
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* * ** ** * ** *
196533 GGGTTTTTGCTTCACATTTCTTAATGCAAACATCAAATTATGA-CTGCTTTAAC-CCAAATTAAG
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAA-
* * * * * * * * *
196596 AGAAATTCAATTTTAAAACCAATT-ATAAGATTACAAAACTAT
130 AAAAAATCAA-TTTAAAATCATTTAAAAAG-TTATAAATCCAC
* * * * ** * * * ** * *
196638 TTACAGCGACTAACTAGTCTTTTAAAGGTATGGGAGACTATAAATAAACTTTTCTAGTGAATGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * * ** * * * * *
196703 AGGCTTTTGCGTCATGTTTCCTAGTGTGAACATTAAATCATGTTCTATTTTAACTAAAAATGTAA
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAAA
*
196768 AAAAA-CTAATTTAAAATGATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
131 AAAAATC-AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * *
196808 TTAAAGC-ATGTAACCAA-GCTTTTC-AAGGTATAAGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTGTCAAT
1 TTAAAGCGA-GTAA-CAAGGC-TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT
** ** * * * * * * *
196870 GGATTACTTTTG-TTCATGTTTCTGATTGCACACATTAAATTATGATTTGTTCTAGCCAAAAATG
63 GGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG
* * * *
196934 CAAAAAAACAAATCCAATTCAAAATCAATCAAAAAGTTATAAATCAAC
128 ---AAAAA-AAAT-CAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * ** * * * * * *
196982 TTAAAGCGAGTAATAAGGTATTTC-AAAGCATTTGTAACTATAATTGAACTTTTCCTATCTATGG
1 TTAAAGCGAGTAACAAGG-CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* ** * * * * *
197046 ATGGCTTTTGTATTGC--GTTTCTAAATGCAAATATCAAATTATGATAT-ATTTAACCAAAAAGG
65 ATGGCTTTTG-CTT-CATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG
* * * *
197108 TAAAAAAATTTCTATTTAAAA-CTATTTAAAATGTTATAAATCTAC
128 -AAAAAAA-ATCAATTTAAAATC-ATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * ** * * * *
197153 TTAGAGTGAGTAGTAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAACT-GAGTTTGCTTGTCAATAG
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTGTCAATGG
* *
197217 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCCAATGTAAACATGAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGA
65 ATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGA
* * *
197282 AAACAAAAACAATTTGAAATCAATTAAAAAGTTATAAATCCAC
129 AAA-AAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * *
197325 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGTACGAGTGACTACAAATAGACTTTTCTTATCAATGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
** ** *
197390 TGGCTTTTGCTTCACATTAGCCAATGCAAACATCAAATTATGATCCGTTTTAA-TAAAAAAT-AA
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACT-AAAAATGAA
* * *
197453 AGAAACAATCAATTTAAAAT-TTGTTCAAAATTTATAAATCCAC
130 A-AAA-AATCAATTTAAAATCAT-TTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * *
197496 TTAAAGTGAGTAACAAGGCTTGTTGAAGGCATGA-CGACTATACATGGACTTTTCTTATTAATGG
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTT-TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * * * * *
197560 ATGGCTTTTGCTACATGTTTTCCGATGCAAATATCAAATTATCATCCGTTTTAACCAACAAT-AA
65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAA
* * * *
197624 AAAAAATCAATTTAAAATCAATTAAAAATTTATAAAGCCAT
130 AAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * *
197665 TTAAAGCAAGTGATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATAGG
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT-GG
** * ** * * * * * *
197730 -TGATTTTTACTTCACATTTCCTC-ATGCGAACGTCAAATTACGATCCGTTTGAACCAAAAATGT
65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC-CAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-
* * * * * *
197793 AAAAAACATAAATTAAAAATTATTTAAAAAGTTAT--GT-AAC
128 AAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * *
197833 TTAAAGCGAGT---AAGGCTTTTGAAGGCATGTGTGACTATAACTGCACTTTT-TCGATTAATGG
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-TCAATGG
* * *
197894 ATGGCTTTTACTTTATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGAGT-TGTTTTAACTAAAAACGT
65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGA-TCTGTTTTAACTAAAAATG-
* * *
197958 AAAAAAATTTCAATTTAAAACCATTTAAAATGTTATAAATCCAC
128 AAAAAAA-ATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * *
198002 TTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTTACTATAAATCGAGTTTACCTGTCAATGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * ** * * *
198067 TGGCGTTTGGTTCACATTTCCTAATGCAAACAACAAATTATGATCTG-TTTAACCAAAAGCAT-A
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAA--ATGA
* *
198130 AAAAAAGTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAACCCAC
129 AAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * * *
198172 TTAAAACAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGACTTTTGTTGTTAATGGC
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * * * * * *
198237 TAGCTTTTACTCCATGTTTCTCGATGCAAATATCAAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAA
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAAA
* * * * * *
198302 ATAAATAAATTTAAAATCAATTAAAAACTTATAAATCTAT
131 AAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * * * ** *
198342 TTAAATCGTGTAACAAGGC-ATCGAAAGGTATAAGCGATTATAAGTAAACTTTCCTT-T-AATGG
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * ** * * * * *
198404 ATGGCTTTCGCTACACATTTCCCAATGCAAACATAAAATTATGATCCGTTTAAACCAAAGATGTA
65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-A
* *
198469 AAAAAAATCAATTTAAAACCATTTAAAAAGGTATAAATCCAC
129 AAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * * * *
198511 TTAAAGAGAGTAACATGGCTTTTGAAGGAATAAGCGAATATAAGTGGACTTCTCTTGTCAATGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
*
198576 TGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAA-TCAAAAATGAA
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACT-AAAAATGAA
* *
198640 AAGAAAATCAATTTAAAATTAGTTAAAAAGTTATAAATCCAGC
130 AA-AAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCA-C
* * ** * * * * *
198683 TT-AAGTGAGCAACAAGATTTTCGAAGGCGTGAG-CAATA-ATAATAGACTTTTCTTATCAATGG
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA-AATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * ** ** ** *
198745 ATAGTTTTTGCTTCACATTTCCCAATGTGAACATCAAATTATGATCCATTTTAACTAAAAATAAA
65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAA
* *
198810 GAAAAAATCAA-TTAAAA--A--T------TTATACATCCGC
130 -AAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * ** * **
198841 TTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGCATGAGCAACAAT-AATAAACTTTTCTTGTCAATGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* ** * * * * * * *
198905 TGGCTTTTGCTACATGCTTT-CCAATTTAAATATTAAATTATGGTATGCTTTAACCAAACAT-AA
66 TGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAA
* * * *
198968 AAAAAATCAATTCAAAATTAGTTAAAAAGTTAAAAATCCA-
130 AAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * * *
199008 TCTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATAAGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTATTAATGG
1 T-TAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
** *** * * *
199073 ATGGCTTTCACTTCATGTTTCTTTATGTAAACATCAAATTATGATCGGTTATAACTAAAAATGTA
65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG--
* *
199138 AAACAAAAATCAGTTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCTAC
128 AAA-AAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* ** * * * * *
199182 TTAAATC-ATGTAACAAGGCTTTTAAAGACATGAGTGATTATAAATAGACTTTTCTTATTAATGG
1 TTAAAGCGA-GTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* ** * * ** * * *
199246 ATAGCTTTTTTTTCATATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCCATTTAAACCAAAGATGTA
65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-A
* * * * *
199311 AAAAAAATCAATGTAAAACCATTTAGAAAGGTATAAATTCAC
129 AAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
** * * * * ** * * * *
199353 TTAAATAGAGTAACATGGCTTTCAAAGGAATAAGCAAATATAAGTGGACTTTTCTTGTTAATGGT
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * * *
199418 TGGCTTTTGCTTTACGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATAATATGTTTTAA-TCAAAAATGAA
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACT-AAAAATGAA
* * * *
199482 AAGAAAATCAATTTAAACTCA-GTAAAAAGATATACATCCAC
130 AA-AAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * ** * * * * *
199523 ATCAAGTGAACAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAGCGACAAT-AATAGACTTTTCTTGTCAATTGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* ** * * *
199587 TAG-TGTTTGCTTCATGTTTCCCAATTTAAATATCAAATTATAATCCGTTTTAACTAAAAATGAC
66 TGGCT-TTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGA-
* * * * * * *
199651 GAAAACAT-ATGTTTAAAATTAGTTAAAAATTTATACATCCAC
129 AAAAAAATCA-ATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* ** * * * * *
199693 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAACACATGAGCGACCACACATGGAC---TATTGTCAATGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * * *
199755 TAGCTTTTAG-ATCATGTTTCCCAATACAAACATTAAATTATGTTCTAG-TTTAA-TAAAAA-GA
66 TGGCTTTT-GCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCT-GTTTTAACTAAAAATGA
* *
199816 TGTAAAAAATACAATTTAAAATGATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
129 --AAAAAAAT-CAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * *
199861 TTAAAGTGTGTGACTAGGC-TTCCAAGGCAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * * * * * * * *
199925 TTGCTTTCGGTTCATGCTTCCTAATGAAAACATCAAATTATGATATGTTTAAACCAATAATGTAA
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-AA
* *
199990 AAAAAATGAATTCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
130 AAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * *
200031 TTAAAGTGAGTAAGAGGGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
*** * ** * *
200096 TGGCTTTCATTTCATG-TTCCCTAATGCAAACATTAAATTATGATCTGTACTAAATAAAAACTTA
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCC-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAA-TGA
* * *
200160 AAAACAATTCAATTTAAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCCTC
129 AAAA-AAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * ** *
200203 TCAAAGGGAGTAA-TAGAGCTTTTGAAGGAATGAGCAACTATACAA-GGA-TTGTTCTTTTCAAT
1 TTAAAGCGAGTAACAAG-GCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATA-AATGGACTT-TTCTTGTCAAT
* * * * * * *
200265 GGATGGCTATCGTTTCATGTTTCCTAATACAAACATTAAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-
63 GGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG
* * * * * *
200329 ATACAAAAAATTAATTTAAATTGAATTAAAAAGGTATAAACCCAC
128 A-A-AAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * ** * * * * *
200374 TTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGTAAT-AAAGACTATCAATAGACTTTTTTTATTAATGG
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGG-CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * *
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65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG--
*
200503 AAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTT-AAAAGTTAT-AATCCAC
128 AAAAAAAA-TCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * * *
200545 TTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCAAAGGTATGACTAACTACAAATAGG-TTTTTCTTGTAAATGG
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGTCAATGG
** * * *** * *
200609 ATGGCTTTCACTTCTTCTTTCTTGATGCAAACATTAAATTATGATCTTTTTTAA-TAAAAAATGT
65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACT-AAAAATG-
* * * *
200673 AAAAAAAAATCAATTCAAACTCATTT-AAAAGTTATGAATCCTC
128 -AAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
** * * ** * * **
200716 TTAAAATGAATAACAAGACTTTTAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACATTTCTTAACAATGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * *** * ** * * * *
200781 GGGCTTTTTCTTACAT-TTT-TTTATGCAAACATTAAATTATGATCCATTTTAGCCAAAATTGAG
66 TGGCTTTTGCTT-CATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAA
* * * * * *
200844 AGAAATTCAATTTTAAAATCATTTATAAAA-TTACAAAACTAT
130 AAAAAATCAA-TTTAAAATCATTTA-AAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * * * *
200886 TTAAAGCAACTAACTAGCCTTTCGGAGGCATGAGTGATTATAAATGAACTTTTCGTGTCAGTGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
** * ** ** * * * * *
200951 TTAC-TTCGCTTCATGTCTT-TTAATATAAATATCAAATTATGATCTATTTTTACCAAAAATATA
66 TGGCTTTTGCTTCATGT-TTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAAT-GA
* * *
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129 AAAAAAA-TCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * *
201057 TTAAAGTGAGTAACAAGGCTTCCAAAGGCATGAGTGAATATAAATGGACTTTTCTTGCCAAGGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * * * * * * *
201122 TGGCTTTTTCTTTATG-TTCCCTAACGTAAATATCAAATTATAATATGTTTTATCCAAAAATGTA
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCC-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-A
** * * *
201186 AATAAAAATTCAATTCCAAATCATTTAAAAGGTTATATATCCAT
129 AA-AAAAA-TCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * *
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1 TTAAAGC-GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGTCAATG
* * * * * * * *
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* * * * * *
201356 TAAAAACAAATTAATTCAGAATCAGTTAAATAGTTATAAATCCTC
128 -AAAAA-AAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* ** ** * ** *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * ** * * * * *
201466 TGGATTTCGCTTCACGTTTCTTGAA-GAAAATATTAAATTATGATCTGTATTAACTAAAAAAGTA
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-A
* * ** * * *
201530 AAAATGATTTGATTCAAAATCATTTAAAAAGTAATAAATCCTC
129 AAAA-AAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * ** * * * * *
201573 TTAAAGTGAGTAATAA-G-----GAA-TAATAAGTGACAATAAATGGGCTTTTTTTGTTAATGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * * * *
201631 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATACAAATATCAAATTATGATTTGTTTTAACTAAAATTGAGA
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAAA
* * * *** *
201696 AAAATTCAATTTTGAAATCATTT-ATAAGATTATAAAAGTAT
131 AAAAATCAA-TTTAAAATCATTTAAAAAG-TTATAAATCCAC
* * * * * * * * *
201737 TTAAAGCGACTAACTAGGTTTTCAAAAGG-ATAAGTGATTATAAATAGATTTTTTTTGTCAATGG
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTC-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * ** * * *
201801 AT-GCTTTTTACTTCATGTTTCTCAATGCAAATGTCAAATTCTGATTTGTTTTAACCAAAAA-GT
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* * *
201864 TAAAAAAATCTAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTGTAAATCCAA
128 AAAAAAAATC-AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
** * ** * * * **
201908 TTAAAGTAAGTAATAAGGCCTTT-GAAGATATGTGTGACTATAGATGAACTTTTCAAGTCAATGG
1 TTAAAGCGAGTAACAAGG-CTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * ** ** * * * *
201972 ATTGCTTTGGCTTCACATTTCTTAATGCAAACATCAAATTATGAACTGTTTTAACCAAAATTGAG
65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAA
* ** **
202037 AAAAATTCAATTTTAAAATCATTTAGAGCA-TTATAAATGTAC
130 AAAAAATCAA-TTTAAAATCATTTA-AAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * *
202079 TTCAAGCGACTAACTAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAAAC-TTTCTTGTCCATGG
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGTCAATGG
* * * ** * * * * * ** *
202143 ATGGCTTTAGCTTTATGTTTTCTGATACACACATTAAATTATGATCTGTATTAACCAAATTTGAG
65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAA
* * * * * * *
202208 AAACATTTAACTTTAAAATCATTTATAATA-TTATAAAACTAT
130 AAAAAATCAA-TTTAAAATCATTTA-AAAAGTTATAAATCCAC
** * ** * * * * *
202250 TTAAAGTAACTCATTAA-GCTTTCGAAGGTATGAGTAACCATAAATGGGCTTCTCTTGTCAATGG
1 TTAAAGCGAGT-AACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* **** *
202314 ATGGCTTTTG-ATCATGTTTTTTGATGCAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAACTAAAATTAT-
65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAA--ATG
* * *
202377 AAATAAAGAT-AATTTAAAATCATTTAAGAAGTTATAAATCTAC
128 AAA-AAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * * *
202420 TTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTAACTATAAATGTACTTTGCTTGTCAATAGT
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* *** * *
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66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATC-AAATTATGATCTGTTTTAAC-TAAAAA-T-
* * * *
202548 AAAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTAAAAATTTATAAATCCAA
127 GAAAAAAAA-TCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
** ** * * * *
202593 TTAAAGTAAGTGGCAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGAGTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * *
202658 TGGCTTTTGCTTCAT-ATTCTCCAATGCAAACATCAAATTATGATAC-GCTTTAACCAAAAATAT
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CCAATGCAAACATCAAATTATGAT-CTGTTTTAACTAAAAAT-G
* * * *
202721 AAAACAAAATTCAATTCAAAATTATTTTAAAAGTTATAGATCCAC
128 AAAA-AAAA-TCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * **
202766 TTAAACCG-GATAACAAAGCTTTCTAAGGTATGAGTGACTATAAAAAGACTTTTCTTGTCAATGG
1 TTAAAGCGAG-TAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * * * *** *
202830 ATGACTTTTGCTTCATGTTGCTCAATGTAAACATTAAATTATAATCTACGTTAACCAAAAATGTA
65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-A
* * **
202895 AAAACAATTCAATTCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCTTC
129 AAAA-AAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * *
202938 TTAAAGCGAGTAACAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
** * *** * * * * * * * *
203003 TGGCTTTCACTTCATATTTGTTAGTGTAAAACCTTAAATTATGATATATATTAACTAAAACTGTA
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATG-CAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-A
* * * *
203068 AAAAAAATTCAATTTGAAATCATTTAAAAGGTTATAGATGCAC
129 AAAAAAA-TCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
** * * * * * * * *
203111 TTAAATTGAGTAACAAAGCTTCCAAAGGCATGAGCGAGTATAAATAGA-TTTTTTTCTCAATGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * *
203175 TGGCTTTTGCTTCATGTTCCCCAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACAAAAAATGTAA
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-AA
* * *
203240 AAACAATTCAATTCAAAATCATCTT-AAAAGTTATATATCCAC
130 AAA-AAATCAATTTAAAATCAT-TTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * *
203282 TTAAA-CTGAGTAACAATGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTATTGTCAATGG
1 TTAAAGC-GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * ** * * * * * *
203346 ATTGCTCTCACTTCATGTTTCTCAATGCAAACATTAGATTATGATCTATTATAACAAAAAATGTA
65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-A
* * * *
203411 AAAACAATTCAATTCAAAATCATTTAAAAGGTTATAAATCCTC
129 AAAA-AAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * **
203454 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAACAGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * * * * **
203519 TGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAATGCAAACATTAAATTATGATTTGTTTTAACCAAAATTGGGA
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAAA
* ** * ***
203584 AAAATTCAATTTTAAAGCCATTT-ATAAGATTATAAAAGTA-
131 AAAAATCAA-TTTAAAATCATTTAAAAAG-TTATAAATCCAC
* * * * * * * *
203624 TATAAAGTGACTAACTAGGCTTTTGAAGGCATAAATGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAG
1 T-TAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * * * *
203689 ATGCCTTTTGCTTTACGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAACCAAAAAAGTA
65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-A
* *
203754 AAAAAAATCTAATTTAATATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAA
129 AAAAAAATC-AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
** ** * * *
203797 TTAAA-CTGAACAACAAGGCTTTTAAAGGTATGTGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGG
1 TTAAAGC-GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * * *
203861 ATAG-TTTTGGCTTCATGATTCTCGATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAAATAAAATTGA
65 ATGGCTTTT-GCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGA
* * * * * *
203925 GAAAAATTCAATTTTAAAATCATTT-AGAGGATTATAAATCTAT
129 AAAAAAATCAA-TTTAAAATCATTTAAAAAG-TTATAAATCCAC
* * ** * * * *
203968 TTCAAGCGACTAATGAGGTTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGTCCATGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
** * * *** * * *
204033 TGGCTTTCACTTTACGTTTCTTGATGCATACATCAAATTATGATCTGTTTTAAC-CAAAATTAAG
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAA-
* * * * *
204097 AAAAAATCAATGTTAAAATTATTT-ATAAGATTATAAAACTAT
130 AAAAAATCAAT-TTAAAATCATTTAAAAAG-TTATAAATCCAC
* * * * * * * * * * * ** * *
204139 TTTAAGCAACTCACTAGGCTTGCAAAGGTATGAATAACTATAACTAAACTTTTCCTGTCAATAGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* ** * * * * *
204204 TGACTTTCACTTCACAGTTT-CCTATGCAAATATCAAATTATGATATGTTCTAACTAAAAATGTA
66 TGGCTTTTGCTTCA-TGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-A
* * *
204268 AAAAAAGTCAATTTAAAATTATTTAAAACGTTATAAATCCAC
129 AAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * *
204310 TTAAAGCAAGTAACAAAGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATTGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* ** ** *
204375 TGG-TCTTTACTTCACATTTCCCAATGCAAACATCAAATTACAATGTGTTTTAACTAAAAATGTG
66 TGGCT-TTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAA--TG
* * * * * *
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* * * * * * * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * ** * * * ** *
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66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAAA
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * ** ** * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
** ** * * * *
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* * *
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** * * * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * ** ** * * * * *
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* * *
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* * ** * * * * *
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* * *
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131 AAAAATCAA-TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
*** * * * * ** * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
** * * * ** * *
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* * * *
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** * * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * ** * * *
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66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG--A
* *
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* * * * * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGTCAATGG
* * * * * * * * *
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* * * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
** *** * * * * * **
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* * * ** *
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* * * * * * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* ** ** **** **
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* * * * * *
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129 AAA-AAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * *
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** * * ** * * * **
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* * *
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* ** ** * *
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** * * ** * * * *
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* *
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* * * * **
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* * * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGG
* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* *** * * *
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* * ** *
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** * * * ** *
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* ** * *
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* *
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* * * * * * * **
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAAA
* *
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* * * * * * * * **
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* * * * *
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* *
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* *
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* * *
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* * * * * * *
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* ** ** * * * *
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* *
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* * * ** * * * *
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* * * * *
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65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGA-
* * * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * * *
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* ** * * * *
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* ** * *
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*** * *
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* * * * * * **
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** * * ** * * * *
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* *
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* * * * * * *
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** ** * *
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* ** * *
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* * ** ** * * * *
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* * ** *
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* * **
210907 AAAAAGTCAATCTAAAATCATAGAAAAAGTTATAAATCCAC
130 AAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * *
210948 TTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGACCATAAATGCACTTTACTTGTCAATAGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* *
211013 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATAATCTCCTTTT-ACTAAAAATGTA
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCT-GTTTTAACTAAAAATG-A
* * * * *
211077 GAATAAATTCAATCTAAAATCATTGACAAAGTTATAAATCCAC
129 -AAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * *
211120 TTAAAGTGAGTAACAAGTCTTTCGAAGGCATAAGTGACTATAAACGGAGTTTTCATGTCAAAGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
** * * * * * * *
211185 TGGCTTTCACTTCACGTTTACAAATGCAAATATCAAATTATGATCTATTTTAGCCAAAAATGTAA
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-AA
* **
211250 AAAAAATAAATTTAAAATCATTCCAAAAGTTATAAATCCAC
130 AAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* ** * *
211291 TAAAAATGAGTAACAAGGCTTACTAAGGCATGAGTGACTATAAA---A-------TGTCAATGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * *
211346 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCTATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAACAATAT-A
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAA-AA-ATGA
* * * *
211410 AAAAATATTCAATTCACAATC-TTTGAAAAAGTTATAAATCTAC
129 AAAAA-AATCAATTTAAAATCATTT-AAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * *
211453 TTAAAGCGAGTAACAAGGGTTACTAAGGCATGAGTGACAATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * * *
211518 TAGCTTTTGCTTCACGTTTCTCC-ATGCAAACATCAAATTATGATTTGTTTGAACCAAAAATGTA
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-A
* * * ** *
211582 AAAAATATTCAATCTAAAACCATAGAAAAGGTTATAAATCCAC
129 AAAAA-AATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * *
211625 TTAAAGTGAGTAATAAGACTTT-GAAAGGCATGAGCGACCATAAATGCACTTTACTTGTCAATGG
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCG-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * * * * * *
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65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGA-TCTGTTTTAACTAAAAATGA
* *
211754 GAAAAAAATTCAATTTGAAATC-TATTAAAAAGTTATAAATCTAC
129 -AAAAAAA-TCAATTTAAAATCAT-TTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * * * * **
211798 TTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAACTAGA-TTTGTTTTATAAATAT
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGTCAATGG
*
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65 ATGGCTTTTGCTTCAT-GTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCT-GTTTTAACT-AAAAA-
* * * * *
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126 TGAAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * ** *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
** * *** * * * *
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66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-AA
* *
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130 AA-AAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
** * * * * * *
212139 TCTAAAATGAGCAACAAAGCTTACTAAGGCATGAG-GAACAATAAATGGACTTTTCTTATCAATG
1 T-TAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTG-ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATG
* *** * * * *
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64 GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA-ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG
* * * **
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128 --AAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * *
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1 TTAAAGCGAGTAA-CAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATG
* * * * * * *
212375 GATCGCTTTTGCTTCATATTTCTCTATGCAAACATCAAATTACGATCTGCTTTAACAAAAAAT-A
64 GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGA
* * * * *
212439 TAAAAAATATTGAATCTAAAATCATTGAATAAGTTACAAATCCAC
129 -AAAAAA-A-TCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * * * * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* *
212548 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCCTGTTTTAACCAAAAATGT
65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGAT-CTGTTTTAACTAAAAATG-
* *
212613 AAAAAAAATTC-ATTCTAAAATCATTTAAAAATTTATGAATCCAC
128 AAAAAAAA-TCAATT-TAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * ** * *
212657 TTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAAGCATGAGTGACTATAAATACACTTTTCTTGTTAGTGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * *
212722 TAGCTTTTGCTTCTTGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAA-TAAAAAATATA
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACT--AAAA-ATG
*
212786 AAAACAAAATTC-ATTCTAAAATCATTTAAAAATTTATAAATCCAC
128 AAAA-AAAA-TCAATT-TAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * *
212831 TTAAAGCCAGTAACAAGGCTTTCAAAAGCATGAGCGACTATAAAT-GCCTTTTGC-T-TCATATT
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTGTCA-A--
** * ** * * *
212893 TTTATATGCCTTTTGCTTCATGTTT-TTAGATGCAAATATCAAATTATGATCATGTTTTTAC-CA
62 --TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA-ATGCAAACATCAAATTATGATC-TGTTTTAACTAA
* * * * *
212956 AAATTAAAAAGAAATTTAACTTGAAATCAGTTAAAAAGTTATAAATCCAC
123 AAATGAAAAA-AAA-TCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * ** ** ** * * * **
213006 TTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGATTGTTTGAGCAACTATAAATGGACATTTCCTATCAATATA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * *
213071 TCGCTTTTGCTTCATGTTTCTCGATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACAAAAAATGTAA
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-AA
* *
213136 AATCAAATTCAATCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
130 AA--AAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * ** * * *
213179 TGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAAGTGACTATAAATGAACTTTTATTGTCAATGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
*** ** ** * * * * * *
213244 TAATTTTTTATTCACATTTCCCAATGAAAACATCAAATTATAATTTTTTTTAACTAAAGATTTAA
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAA-AATGAA
* * * *
213309 AAAATATTAATTTAAAATCATTTCAAAAGTTATAAATACAC
130 AAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * ** *
213350 TTTAAAGCGAGTAACAAGGTTTTCGAAGGTATGAGCGACTTTAAATAAACTTTTCTTGTCAATAG
1 -TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * *
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*
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128 -AAAA-AAAATCAA-TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * **
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * * *** * * * *
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* * * *
213653 AAGTAAATTCAATCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCTAC
129 AA-AAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * *
213696 TTAAAGCAAGTAACAAGACTTTCGAAGGCATGAATGGCTATAAATAGAGTTTTCTTATCAATGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
** ** * * * * *
213761 TACCTTTTGCTTCATGTTTCTAAATGCAAACATCGAATTATGTTATGTTTTAACAAAAAATATAA
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAAT-GAA
* * * *
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130 AAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
** ** * *
213867 TTAAATTGAGTAACAAGG-TTTATTAAGGCGTGAGTGAC-ATTAAAATGGACTTTTCTTGTTAAT
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTT-CGAAGGCATGAGTGACTA-T-AAATGGACTTTTCTTGTCAAT
* ** ** * * * *
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63 GGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG
* * ** *
213995 TAAAAAATATTCAATCT-AAATCATAGAAAAAGTTATAAATCTAC
128 -AAAAAA-AATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * ** * * * * *
214039 TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCACAAGTGACCATAAATGCACTTTACTTGTCAGTGTA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * *
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66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGAT-CTGTTTTAACTAAAAATGAA
* * *
214168 AAAGAATTTCAATTTTAAATC-TATTAAAAAGTTATAAATTCAC
130 AAA-AA-ATCAATTTAAAATCAT-TTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * ** * * **
214211 TTAAAGCTAGTAACAAGGCTTTTGAAGTCTTGAGTGACTATAAGTAAATTTTTCTTGTAAATATA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * * ** *
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66 TGGCTTTTGCTTCAT-GTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGA-
* ** * *
214339 AAAATAAATTGAATCTT-AAATTGTTTACAAAGTTATCAATCCAC
129 AAAA-AAA-TCAAT-TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * * * *
214383 TTAAAGTGAGTAACAAAGCTTTTGAATGCATGACTGACTACAAACGAAGCATTT-TTGTCAATGG
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGTCAATGG
** ** * * *
214447 ATGGCTTTT-CTTCATGTTTCATAATGTTAACATCAAATTATGATAT-TGTTTAACCAAAAGTGT
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* * *
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128 AAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * *** * * **
214553 TTAAAGTGAGTAACAAGGGTTTCGAAGGCTTGAACAATTATAAATGGACTTTTCTTGTAAATATA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * * * *
214618 TGGCTTTTGCTTC-TAGTTTCTCGATGCAAGCATCAATTTATAATATGTTTTAACTAAAAAT-AT
66 TGGCTTTTGCTTCAT-GTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGA-
* *
214681 AAAAAAAT-ACTCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
129 AAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
** * * *** * * *
214722 TTTAAA-TAAG-AAAAAGGCGTTC-AACTATATGAGTGACTATGAAA-AGATTTTTTTTTGTCAA
1 -TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAA-GGCATGAGTGACTAT-AAATGGA-CTTTTCTTGTCAA
* * *
214783 TAGATGGCTTTGGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATTTGTTTTAACTAAAAAT
62 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAAT
* *
214848 --AAAAAAAT-AATTTCAAAA-CAATTTAAAATGTCATAAATCCAC
127 GAAAAAAAATCAATTT-AAAATC-ATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * **
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGTCAATG
* ** **** * *
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*
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126 TGAAAAAAAATCAATTTAAAA-TCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
** * * * * * * *
215060 TTAAATG-GAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGTAT-AATGACTAGAAATCGAGTTTGCTTATCAATGG
1 TTAAA-GCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * *
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65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGA-
* * ***
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* * * * * * * * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTT--TCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATG
** * * ** *
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64 GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCT-GTTTTAACTAAAAATG
* * ** * * * *
215356 TATAATAAATTCAATCAAAAAGCATTGACAAAGTTAAAAATCCAC
128 -A-AAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * ** * * * * *
215401 TTGAAGTGAGTAGTAAGGCTTTCGAAGGTATAAGTAACTATAAATGGAGTTTTCTTGTCAAAGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * ** * *
215466 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAACTTATGATAAGTTTTAACCAAAAATGTAA
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAAA
* * * ***
215531 AAAAATAAATTTAAAATTATTTAAAAATTTATAAATCTGT
131 AAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
*** * * * *
215571 TTAAAAAAAGTAACAAGGCTTACTAAAGCATGAGTGACTATAAA---A-------TGTTAATGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* ** * * * * * *
215626 TGGCTTTTACTTCACATTTCTCTATGTAAACATCTAATTACGATCTATTTTAACTAAAAAT-ATA
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGA-A
* * *
215690 AAAAATATTTAATTTGAAATCATTGAAAAAGTTATAAATCCAC
130 AAAAA-A-TCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * * *
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1 TTAAAGC--GAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT
* ** * * * *
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* * * **
215860 TAAAAAATATTCAATCTAAAACCATAAAAAAAGTTATAAATCCAC
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* * * * * * * * * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * * *
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* *
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130 AAAAAATCAATTTAAAATCAT-TTAAAAAGTTATAAATCCAC
* ** * * ** * * **
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * * ** *
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* *** *
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* * * * * * ** * * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * *** * * * * *
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66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACT-AAAAATGAA
* *
216375 AAAAAATAAATTTAAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
130 AAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * * * * *
216481 TAGTTTTTGCTTAATGTTT-CTATATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAAGATGTC
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* * * * *
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128 AAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * *
216588 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTACTAAGGCATGAGTGA-TAATAAATAGACTTTTCTTATCAATGG
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* *** * *
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65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-A
* * * * **
216717 AAAATATTCAATATAAAACCATAGAAAAAGTTATAAATCCAC
129 AAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * *
216759 TTAAAG-TAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGCGACCATAAGTGCACTTTACTTGTCAATGGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * * ** ** *
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* * * *
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130 AA-AAAATCAATTTAAAATCAT-TTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * ** * * * **
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1 TTAAAGCGA-GTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * *
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65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGA-
*
217058 AAAATAAATTCAATCTAAAATCATTTAAAAAGTTAT-AATCCAC
129 AAAA-AAA-TCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * ** * * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* ** * *** * * *
217166 TAGCTTTCACTTCACGTTTCTTGATGCAAACATCAAATTATGATCTATTTTAAC-CAAAA-GCAT
66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-AA
*
217229 AAAAAA--AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATTCAC
130 AAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * ** * *
217268 TTAAAACGAGTAACAATGCTTACTAAGACATTAGTGA-TAGTAAACAGACTTTTCTTGTTAGTGG
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
*** * * * *
217332 ATAATTTTTACTTCATGTTT-CTATATGCAAACATCAAATTATGATATATTTTAAC-AAAAGAT-
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* * *
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* * * *
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** * * *
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65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACT--AAAA-AT
* * * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGG-CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * * *
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* *
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128 AAAAAAAA-TCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * ** * * **
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* ** * *** * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * ** * * *
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* * *
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* * ** ** * * ** * * * *
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1 TTAA-AGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATG
* * *
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* *
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* * * * * **
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * * *
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* * *
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* * * * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* ** *
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66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTG-TTTTAACTAAAAATG-A
* *
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129 AAAAAA-ATCAA-TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * ** * ** * * * * * *
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66 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAAA
* *
218767 AAAAATCAATTTAAAATAATTTAAAAAGTTATAACTCCAC
131 AAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * *
218807 TAAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAGA
1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * ** *** * * * * *
218872 TAGCCTTTGCTTCACATTTCTTGATGAAAACATCAAATTATGATTTGTTATAACAAAAAATGTAA
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* * ** *
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131 AAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * *
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1 TTAAAGCGAGTA-ACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTGTCAATG
** * ** *** * * * * *
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64 GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-
* *
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128 AAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * ** * *
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1 T-TA-AAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATG
* * * *
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64 GATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACT-AAAAATG
* ** *
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128 -A-AAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * * * * * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAA-GGCAT-GAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT
* * * * * * * * * *
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* * * * *
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127 G-AAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
* * * * *** * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGA-AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * * * *
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* * *
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* * * * *** *
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* * ** * * *
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* *
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** ** * * * * * * *
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1 TTAAAGCG-AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* ** * * *
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* *
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* * * * * ** * *
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* * * * **
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* * * *
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* * * * * * ** *
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1 TTAAAGCGA-GTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * ** * *
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* *
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** * * * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGG-CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
* * * * *
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65 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATG-A
* * * *
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* * * * * * *
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1 TTAAAGCGAG-TAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *** * * *
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** * * * * *
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** * *
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* * * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
* * ** * * * *
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* * * *
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* * ** * * * * * * *
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** * * * * * * *
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* * *
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** * * * * * *
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* ** * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * * * *
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTA-TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
** * * * * ** * *
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* * * *
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** ** * * * *
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*** * * ** *
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* * *
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* * * *
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** * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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* * * *
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* ** * * *
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*
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* * * ** * * *
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* * * * *
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* ** ** * *
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** ***
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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* ** ** *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * ***
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1 TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGA-AGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGG
** *
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* *
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Statistics
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ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA
TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGAAA
AAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAC
Found at i:198957 original size:159 final size:157
Alignment explanation
Indices: 198700--198986 Score: 348
Period size: 159 Copynumber: 1.8 Consensus size: 157
198690 AGCAACAAGA
* * * *
198700 TTTTCGAAGGCGTGAGCAATAATAATAGACTTTTCTTATCAATGGATAGTTTTTGCTTCACATTT
1 TTTTCGAAGGCATGAGCAACAATAATAAACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTT
* *
198765 CCCAATGTGAACATCAAATTATGATCCATTTTAACTAAAAATAAAGAAAAAATCAATTAAAAATT
66 CCCAATGTAAACATCAAATTATGATCCA-TTTAACCAAAAAT-AA-AAAAAATCAATTAAAAATT
198830 TATACATCCGCTTAAAGCGAGTAAGAAGGC
128 TATACATCCGCTTAAAGCGAGTAAGAAGGC
* *
198860 TTTT-GAAGGCATGAGCAACAATAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC-T-ACATGC
1 TTTTCGAAGGCATGAGCAACAATAATAAACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTGCTTCACAT--
* * * * * * *
198922 TTTCCAATTTAAATATTAAATTATGGTATGC-TTTAACCAAACATAAAAAAAATCAATTCAAAAT
64 TTCCCAATGTAAACATCAAATTAT-G-ATCCATTTAACCAAAAATAAAAAAAATCAATTAAAAAT
198986 T
127 T
198987 AGTTAAAAAG
Statistics
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0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
157 22 0.20
158 3 0.03
159 75 0.69
160 5 0.05
161 3 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (157 bp):
TTTTCGAAGGCATGAGCAACAATAATAAACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTT
CCCAATGTAAACATCAAATTATGATCCATTTAACCAAAAATAAAAAAAATCAATTAAAAATTTAT
ACATCCGCTTAAAGCGAGTAAGAAGGC
Found at i:205324 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 205296--205335 Score: 55
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
205286 TATAAAAAAT
205296 AAGTTTAAAATC-AATTAAA
1 AAGTTT-AAATCTAATTAAA
205315 AAGTTATAAATCTAATTAAA
1 AAGTT-TAAATCTAATTAAA
205335 A
1 A
205336 TTAGTAATAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
19 10 0.53
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ACGTcount: A:0.57, C:0.05, G:0.05, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
AAGTTTAAATCTAATTAAA
Found at i:205781 original size:163 final size:162
Alignment explanation
Indices: 205509--205830 Score: 432
Period size: 163 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
205499 CTTAAAGCGA
* * * *
205509 GTAACAAGGCTTTTAAAGGTATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATTCG
1 GTAACAAGGCCTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAACGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATTCG
* * * *
205574 CTTCACATTTCCCAATGCAAACATCAAATAATGATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAAT-
66 CTTCACATTTCCCAATGCAAACATCAAATAACGATATCTTTTAACAAAAAATGT--AAAAAAATC
205638 TCAATCTAAAATCATTTAAAAAATTATAAATCAT
129 TCAATCTAAAATCATTTAAAAAATTATAAATCAT
* * * * *
205672 GTAACAAGGCCTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAAC-GAGGTTTTCTTATCAATGGTTTGCTTTT
1 GTAACAAGGCCTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAACGGA-CTTTTCTTATCAATGGATGGCATTC
* * * *
205736 GCTTTATATTTCCCAATGTAAACATCAAATTACGATATCTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCT
65 GCTTCACATTTCCCAATGCAAACATCAAATAACGATATCTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCT
* *
205801 CAATTTAAAATTATTTAAAAAATTATAAAT
130 CAATCTAAAATCATTTAAAAAATTATAAAT
205831 GCACTTAAAG
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 19, Indels: 5
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
161 8 0.06
162 31 0.22
163 99 0.72
ACGTcount: A:0.42, C:0.14, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (162 bp):
GTAACAAGGCCTTCAAAGGCATAAGTGACTATAAACGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCATTCG
CTTCACATTTCCCAATGCAAACATCAAATAACGATATCTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCTC
AATCTAAAATCATTTAAAAAATTATAAATCAT
Found at i:212903 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 212874--212925 Score: 86
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
212864 GCGACTATAA
*
212874 ATGCCTTTTGCTTCATATTTTTAT
1 ATGCCTTTTGCTTCATATTTTTAG
*
212898 ATGCCTTTTGCTTCATGTTTTTAG
1 ATGCCTTTTGCTTCATATTTTTAG
212922 ATGC
1 ATGC
212926 AAATATCAAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 26 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.17, G:0.13, T:0.54
Consensus pattern (24 bp):
ATGCCTTTTGCTTCATATTTTTAG
Found at i:215573 original size:20 final size:18
Alignment explanation
Indices: 215537--215577 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
215527 GTAAAAAAAT
215537 AAATTTAAAATTATTTAA
1 AAATTTAAAATTATTTAA
*
215555 AAATTTATAAATCTGTTTAA
1 AAATTTA-AAAT-TATTTAA
215575 AAA
1 AAA
215578 AAGTAACAAG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.35
19 4 0.20
20 9 0.45
ACGTcount: A:0.54, C:0.02, G:0.02, T:0.41
Consensus pattern (18 bp):
AAATTTAAAATTATTTAA
Found at i:224206 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 224186--224218 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
224176 TTATTGATAA
224186 AATAA-AACTCCTTATTG
1 AATAACAACT-CTTATTG
224203 AATAACAACTCTTATT
1 AATAACAACTCTTATT
224219 TTATTATTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 11 0.73
18 4 0.27
ACGTcount: A:0.42, C:0.18, G:0.03, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AATAACAACTCTTATTG
Done.