Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397300.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_505.0, whole genome shotgun sequence
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File 2 of 2
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TAAATTAAGATCAAACATGTTT
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* ** * * ** * *
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* * * *
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1 ATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCT
** * * * * *
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* * ** ** * * **
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * ** *
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** * * ** ** ** * *
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* * * ** *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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** * * *
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* * * * *
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229130 ATAAATCTAGTTAAAGCGAGTAATGC-A-GCTTTTGAAGGCATAAGCGATTATCAATAGACTTCT
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* * *
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* * * * *
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* **
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** * * ** ** *
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* ** * * * * * *
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* * ** *
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128 CAAAAATATAAAAAAA-TT-AATTTAAAATCA-TTTAAAAAGTT
* * * * * * *
229813 ATAAATCCATTTAAATCGAGTCAGAAGGTTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATAGATTTTTCT
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* ** * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * ** * ** *
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*
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* * * * ** ** ** * * *
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* * *
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* *
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* * * ** * * **
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*
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* * * * *** *
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1 ATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTCT
** * ** *
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* * * * * *
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** ** * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * ** *
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** ** * * *
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* * * *
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1 ATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTCT
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** * ** * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * **
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * *
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** * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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Statistics
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* *
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*
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324 AAATCATTTAAAAAGTT
* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * **
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* * * ** ** ** *
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* **
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * **
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* * * ** * *
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*
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323 AAAATCATTTAAAAAGTT
** * * * * * * *
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* * ** ** * * **
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* * * ** *
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195 AAGGCTTTCGA-AGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT
** * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * ** *
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126 --T---AAC--C-AA--A--A-ATG---TAA--AAAAATTAATTTAAAATC-ATTTAAAA--A-G
* * ** * **
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* * * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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129 CCAAAAATGTAAAAAAATTAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAA
** * * * * * * *
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194 CAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT
* * ** * * * *
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*
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* * ** * *
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228570 ATCTAAAAT-TAAGAAAAATTTAATTTTAAAATCAATT-ACAAGATTATAAAACTACTGAAAGTG
128 ACCAAAAATGTAA-AAAAA-TTAA-TTTAAAATCATTTAAAAAG-TTATAAATCCACTTAAAGTG
* * * * * * * * *
228633 ACT---AA-GTTTTTGAAGGCATTAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTATAAATGGATAGCTTTG
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* * *
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254 GCTTCATATTTCCT-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAA
* * *
228757 CTTAATCTAAAATTATCTAAAAAGTT
316 -TTAATTTAAAATCATTTAAAAAGTT
* * * ** ** *
228783 ATAAATCCACTTAATGCAAGTAACAAGGGTTTTAAATACATGAGTGACTATAAAGGGACTTTT-T
1 ATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * *
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66 -TGTCAATGGATGGC-TTTTG-CTT-CATGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTT
* * * * *
228909 AAACAAAAATTTTTTCAAAAAAAATCAGTTTAAAATCATTCAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG
127 AACCAAAAA---TGT--AAAAAAATTAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG
* * * * * * * * ** **
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187 TGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTT
* * * * **
229039 TTTCTTCATATTTCCCAATGCAAACATCAAATTACGATCTGTTCTAACTGAAAATGTAAAAACAA
252 TTGCTTCATATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AA
229104 TTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTT
316 TT-AATTTAAAATCATTTAAAAAGTT
* * * * * * * * *
229130 ATAAATCTAGTTAAAGCGAGTAATGC-A-GCTTTTGAAGGCATAAGCGATTATCAATAGACTTCT
1 ATAAATCCACTTAAAGCGAGTAA--CAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * *
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64 CTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT-TCATGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTA
* * * * * *
229257 ACCAAAATTG-AGAAAAATTCAATTTTAAAATTATTT-ATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCT-
128 ACCAAAAATGTAAAAAAATT-AA-TTTAAAATCATTTAAAAAG-TTATAAATCCACTTAAAG-TG
* * * * *
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189 AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT
* ** * * * *
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254 GCTTCATATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTA
* **
229447 ATTTAAAATTATCAAAAAAGTT
319 ATTTAAAATCATTTAAAAAGTT
* * * * * * * *
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1 ATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTC
** * * ** * *
229534 -TACCAATTGATGGATTTCACTTTACAT-TTTCT-TATGCTAAACATGAAATTATGATATGTTTT
65 TTGTCAATGGATGGCTTTTGC-TT-CATGTTTCTCAATGC-AAACATCAAATTATGATATGTTTT
* * * * * * *
229596 AACAAAAAATATAAAAAAAAATCAATTTAAAATCGTTCAAAAA-TTGATAAATCCACTCAAAGTA
127 AACCAAAAATGT--AAAAAAATTAATTTAAAATCATTTAAAAAGTT-ATAAATCCACTTAAAGTG
* * * * * * * * *
229660 AATAACAAGACTTTCAAAGGTATAAGTGACTATAAATGGACTTATCTTGTCAATGGGTGCCTTTT
189 AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT
* ** ** *
229725 GCTTCACATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATAAGTTTTAACTGAAAATATAAAAAAAGTT
254 GCTTCATATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TT
*
229790 CAATTTAAAAT-AGTTTAAAAA-AT
318 -AATTTAAAATCA-TTTAAAAAGTT
* * * * * * * *
229813 ATAAATCCATTTAAATCGAGTCAGAAGGTTTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATAGATTTTTCT
1 ATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** * ** * *
229878 TGTCAATGGATGGCTTTTGTTTCA-CATTCGTTAATGCAAACATCAAATTACAATCTGTTTCAAC
66 TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-TCAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAAC
* * * *
229942 CATAATTGTAAAAAAAACAAATCTAATTTGAAATCATTAAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTG
130 CAAAAATGT----AAAA-AAAT-TAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTG
* * * * * *
230007 AGTAACAAGGCTTTTGAAGGTATGAATGACTATAAAT-GAACCTTTCTTATCAATGGATGGGTTT
189 AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTT
* * *
230071 TGCTTCACT-TTTCCCAATGCAAACAT-AATATTATGATTTGTTTTAACCACAAATGTAAAAACA
253 TGCTTCA-TATTTCCTAATGCAAACATCAA-ATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-A
* *
230134 ATT-ATTTAAAAATCATGTAAAATGTT
315 ATTAATTT-AAAATCATTTAAAAAGTT
* * * * * * *
230160 ATAAATCCACTTAATATGCCA--AATAAGGCTTTCAAATGCAT-AGTGACTGTAAAGGGACCTTT
1 ATAAATCCACTTAA-A-GCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
** * ** * * * *
230222 CTCATCAACGGATGGCTTTCACTTTATCTCTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATATG-TTTAA
64 CTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAA
* * * * * *
230286 CAAAAAATGTAAAGAAAATCAATTTAAAATAATTCAAAAAGTTATAAATCCATTTAAATTGAGTA
129 CCAAAAATGTAAA-AAAATTAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTA
* * ** ** *
230351 ATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGCAACTATAAAT-GAACTTTTCTTACCAATGGATGGCCTTTGCT
193 ACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * *
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257 TCATATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCT-GTTTTAACCAAAAATGT--A-AAAAAA-T
*
230479 TTATTTAAAATCATTTAAAAAGTT
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* * * * ** ** ** * * *
230503 ATAAATCCATTTAAAGTGAGTAATATGGCTTTC-AATGAAAAAAGCAAATAAAAATGGACTTTCC
1 ATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAA-GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * *
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* * * * *
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*
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* * * * * * *
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*
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* * * * *** **
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1 ATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * ** *
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* * * * * * *
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* * ** * * * * ** * ** **
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* * * * * *
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256 TTCATA--TTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAA-TGTAAA-AAAAT
* *
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* * * * * * *
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1 ATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTC
* ** * *
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*
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* * * * ** *
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* * * ** * * * *
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*
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* * * ** * *
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1 ATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
231566 ----AATAGA-GGCTTTTGATTCATGTTTACT-AATACAAACATTAAATTATGATATATTTTAAA
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* * *
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* * * * * *
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** * * * * * * * *
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257 TCATATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAATT
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* * * * * * *
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1 ATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * ** * * *
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* * * * * ** *
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130 CAAAAATGTAAAAAAATTAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAAC
* * * * * *
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** * * * ***
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*
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322 TAAAATCATTTAAAAAGTT
* * * **
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1 ATAAATCCACTTAAAGCGA-GTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-GA-CTTT
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * * *
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189 AGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT
* * * * **
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254 GCTTCATATTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAA-T
*
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* ** * * * * * *
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1 ATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * *
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66 TGTCAATGGATGGCTTTTGC--TTCATGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATAT-GTTT-T
** * * ** *
232644 AATGAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCAACTTAAAAAGAA
127 AACCAAAAATGTAAAAAAATT-AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAG
*** * * *
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* * * * *
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*
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320 TTTAAAA-TCATTTAAAAAGTT
* * * * * *
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1 ATAAATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * *
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Found at i:227886 original size:31 final size:31
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* * *
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* * * *
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* ** * * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * ** * *
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* * * * **
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * *
229531 TGCTACCAATTGATGG-ATTTCACTTTACATTT-TCTTATGCTAAACATGAAATTATGATAT-GT
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* * * * * * *
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* * * * * ** * ** * * * * *
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* * * * * *
229718 GCCTTTTGCTTCACA-TTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATA-AGTTTTAACT-GAAAATAT
629 G-CTTTTACTTAACATTTTCC-GATGCAAACATCAAATTATGA-ACCGTTTT-ACTCAAAAATGT
* * * * * *
229780 AAAAAAAGTTCAATTTAAAAT-AGTTTAAAAA-ATATAAATCCATTT-AAATCGAGTCAGAAGGT
690 AAAAAAA-TTCAATTTAAAATCA-TTTAAAAAGTTAAAAATCTATTTAAAAT-GAGTAACAAGGC
* * * ** **
229842 TTTCGAAGACATGAGTGACTATAAATAGATTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGTTTCACATTC
752 TTCCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGA---GGCTT-T---T-GAT---TCATGTTT---A--C
* * ** *
229907 GTTAATGCAAACATCAAATTACAATCT-GTTTCAACCATAATTG
801 --TAATACAAACATTAAATTATGATATAGTTT-AA--AT-A--G
* *
229950 TAAA-A-AAAACAAATCTAATTTGAAATCATTAAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAAC
1 -AAATATAAAA-AAAT-TAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAAC
* * * * *
230013 AAGGCTTTTGAAGGTATGAATGACTATAAATGAACCTTTCTTATCAATGGATGGGTTTTGCTTCA
63 AAGGCTTTCGAAGATATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * *
230078 CTTTTCCCAATGCAAACA-TAATATTATGATTTGTTTTAACCACAAATGT-AAAAACAATTATTT
128 CGTTTCCTAATGCAAACATTAA-ATTATGATATGTTTTAACCA-AAATGTAAAAAAAAATTAATT
* * * *
230141 AAAAATCATGTAAAATGTTATAAATCCACTTAATATGCCAAATAAGGCTTTCAAATGCAT-AGTG
191 AAAAATCATGTAAAATGTTATAAATCCACTTAATACGACAAATAAGGCTTTCGAATGCTTGAGTG
* * * *
230205 ACTGTAAAGGGACCTTTCTCATCAACGGATGGCTTTCACTTTATCTCTCCCAATGCAAACATCAA
256 ACTGTAAAGGGACATTTCTCATCAACGGATGGCTTTTAC-TTACCTTTCCCAATGCAAACATCAA
* * *
230270 ATTATGATATGTTTAACAAAAAATGTAAAGAAAATCAATTTAAAATAATTCAAAAAGTTATAAAT
320 ATTATGATATGTTTAACAAAAAATATAAAGAAAATTAATTTAAAATAATTTAAAAAGTTATAAAT
* * * * *
230335 CCATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAGCAACTATAAATGA-ACTTTTCTTACCA
385 CCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTAACTATAAATGACA-TTTTCTT-CTA
* * ** *
230399 ATGGATGGCCTTTGCTTCACATATCTTGATGCAAACATCAAAGTATGATTCGTTTTAACCAAAAA
448 ATGGATGGCATTTGCTTCACATTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATTCGTTTTAACCAAAAA
* * *
230464 TATAAATAAAAAATTTTATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCATTTAAAGTG-AGTAATA
513 TGTAAATAAAAAATTCTATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAATTAAAG-GAAGTAATA
* * * *
230528 TGGCTTTCAATGAAAAAAGCAAATAAAAATGGACTTTCCTTATCAATGGATCGCTTTTGCTTCAC
577 TGGCTTTCAAAGAAAAAAGCAAATAAAAATAGACTTTCCTTATCAATGGATCGCTTTTACTTAAC
*
230593 ATTTTCCGATGCAAACATCAAATTATGAACTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAACAATTCAATTT
642 ATTTTCCGATGCAAACATCAAATTATGAACCGTTTT-ACTCAAAAATGTAAAAA-AATTCAATTT
* *
230657 AAAATCATTTACAAAGTTAAAAATAC-ATTTAAAATGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATAAGTG
705 AAAATCATTTAAAAAGTTAAAAAT-CTATTTAAAATGAGTAACAAGGCTTCCGAAGGCATAAGTG
* * * * * *
230721 ACTATATATGGATGGCTTTTGATTTATGTTTACTGATGCAAACATTAAATTATGATCT-GTTTAA
769 ACTATAAATAGA-GGCTTTTGATTCATGTTTACTAATACAAACATTAAATTATGATATAGTTTAA
230785 A-A-
833 ATAG
* * * *
230787 AAATATAAAAAAATTAATTTAAAATTATTTAAAAAGTTATAAATTCACTTAAAGTGAGTAATATG
1 AAATATAAAAAAATTAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAG
* * * **
230852 GCTTTCGAATATATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCACGT
66 GCTTTCGAAGATATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGT
* * *
230917 TTCCTAATGCAAACATTGAATTATGATCTGTTTTAACCATAAATGTAAAAAGAAAATTAATTGAA
131 TTCCTAATGCAAACATTAAATTATGATATGTTTTAACCA-AAATGTAAAAA-AAAATTAATTAAA
* * *
230982 AGTCATGTAAAATGTTATAAATCCACTTAATACGACAAATAAGGCTTTCGAATACTTGAGTGATT
194 AATCATGTAAAATGTTATAAATCCACTTAATACGACAAATAAGGCTTTCGAATGCTTGAGTGACT
* * * * *
231047 GTGAAGGGACATTTCTCATCAACAGATGGCTTTTGCTATACCTTTCCCAATGCAAATAACAAATT
259 GTAAAGGGACATTTCTCATCAACGGATGGCTTTTACT-TACCTTTCCCAATGCAAACATCAAATT
*
231112 ATGATATGTTTAACAAAAAATTATAAAGAAAATTAATTTAAAATAATTTGAAAAGTTATAAATCC
323 ATGATATGTTTAACAAAAAA-TATAAAGAAAATTAATTTAAAATAATTTAAAAAGTTATAAATCC
*
231177 ACTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTAACTATAAATAGACATTTT-TTGCTAAT
387 ACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTAACTATAAAT-GACATTTTCTT-CTAAT
* *
231241 GGATGGCATTTGCTTCACATTTCTCAATGCAAACATCAAATTGTAATTCGTTTTAACCAAAAATG
450 GGATGGCATTTGCTTCACATTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATTCGTTTTAACCAAAAATG
*
231306 TAAATAAAAAATTCTATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGGAAGTAATATGG
515 TAAATAAAAAATTCTATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAATTAAAGGAAGTAATATGG
* ** * * * *
231371 CTTTCAAAGGAATGAGCAAATATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTAACATT
580 CTTTCAAAGAAAAAAGCAAATAAAAATAGACTTTCCTTATCAATGGATCGCTTTTACTTAACATT
** * * *
231436 TTTTGATGCAAACATCAAATTATGATCCGTTTTACTCGAAGATGTAAAAAAATTCAATTTAAAAT
645 TTCCGATGCAAACATCAAATTATGAACCGTTTTACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAAT
* *
231501 TATTTAAAAAGTTAAAAATCTATTTAAAATGAGTAACAAGGCTTCCGAAGGCATAAGTGATTATA
710 CATTTAAAAAGTTAAAAATCTATTTAAAATGAGTAACAAGGCTTCCGAAGGCATAAGTGACTATA
*
231566 AATAGAGGCTTTTGATTCATGTTTACTAATACAAACATTAAATTATGATATATTTTAAATAG
775 AATAGAGGCTTTTGATTCATGTTTACTAATACAAACATTAAATTATGATATAGTTTAAATAG
* *
231628 AAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAGTCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTT--AGTGAGTAACAA
1 AAATATAAAAAAATT-AATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAA
* * * * * *
231691 GGCTTTCAAAGACATGAGTGACAATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAAAT-GCTTTTGCATCAC
65 GGCTTTCGAAGATATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATG-GATGGCTTTTGCTTCAC
* * * * * * * * *
231755 GTTTCCTGATGCAAACATCAAACTATGATATGATATAACCAAAA-CTATAAAAAAATCAATTTAA
129 GTTTCCTAATGCAAACATTAAATTATGATATGTTTTAACCAAAATGTAAAAAAAAATTAATTAAA
* * ** * ** *
231819 AATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAACGCAAGTAATAAGGCTTTCG-ATGGTATGAGTGAC
194 AATCATGTAAAATGTTATAAATCCACTTAATACGACAAATAAGGCTTTCGAATGCT-TGAGTGAC
* * ** * * * ** * *
231883 TATAAATGGAGTTTTC-CTACCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTCGTAATGAAAACATTAAA
258 TGTAAAGGGACATTTCTC-ATCAACGGATGGCTTTTACTT-ACCTTTCCCAATGCAAACATCAAA
* * * * *
231947 TTATGGTATGTTTAACTAAAAATATAAA-AAAATTAATTTAAAATCATATAAAAAGTTATAAATG
321 TTATGATATGTTTAACAAAAAATATAAAGAAAATTAATTTAAAATAATTTAAAAAGTTATAAATC
* ** ** * * * *
232011 CACTTAATGCAAGTAGCAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTAAGTATAAATGGAC-TTTTCTTATCAA
386 CACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTAACTATAAAT-GACATTTTCTTCT-AA
* * * ** * * *
232075 TGGATGGCTTTTACTTTAGGTTTC-CTAATGTAAATATCAAATTATGA-TCTGTTTTAACCCAAA
449 TGGATGGCATTTGCTTCACATTTCTC-AATGCAAACATCAAATTATGATTC-GTTTTAACCAAAA
* * ** *
232138 ATGT-GA-AAAAAACTCGGTTTAAAATCATTTAAAAAGTGATAAATCCAATTAAA
512 ATGTAAATAAAAAATTCTATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAATTAAA
232191 CCATGTAACA
Statistics
Matches: 1877, Mismatches: 302, Indels: 150
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
833 42 0.02
834 9 0.00
835 130 0.07
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837 135 0.07
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863 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (836 bp):
AAATATAAAAAAATTAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAG
GCTTTCGAAGATATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGT
TTCCTAATGCAAACATTAAATTATGATATGTTTTAACCAAAATGTAAAAAAAAATTAATTAAAAA
TCATGTAAAATGTTATAAATCCACTTAATACGACAAATAAGGCTTTCGAATGCTTGAGTGACTGT
AAAGGGACATTTCTCATCAACGGATGGCTTTTACTTACCTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATG
ATATGTTTAACAAAAAATATAAAGAAAATTAATTTAAAATAATTTAAAAAGTTATAAATCCACTT
AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTAACTATAAATGACATTTTCTTCTAATGGATGG
CATTTGCTTCACATTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGATTCGTTTTAACCAAAAATGTAAATA
AAAAATTCTATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCAATTAAAGGAAGTAATATGGCTTTCA
AAGAAAAAAGCAAATAAAAATAGACTTTCCTTATCAATGGATCGCTTTTACTTAACATTTTCCGA
TGCAAACATCAAATTATGAACCGTTTTACTCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTA
AAAAGTTAAAAATCTATTTAAAATGAGTAACAAGGCTTCCGAAGGCATAAGTGACTATAAATAGA
GGCTTTTGATTCATGTTTACTAATACAAACATTAAATTATGATATAGTTTAAATAG
Found at i:231982 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 231958--232000 Score: 52
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
231948 TATGGTATGT
231958 TTAACTAAAAAT-ATAAAAAAA
1 TTAACTAAAAATCATAAAAAAA
* * *
231979 TTAATTTAAAATCATATAAAAA
1 TTAACTAAAAATCATAAAAAAA
232001 GTTATAAATG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 1
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 10 0.56
22 8 0.44
ACGTcount: A:0.65, C:0.05, G:0.00, T:0.30
Consensus pattern (22 bp):
TTAACTAAAAATCATAAAAAAA
Found at i:233267 original size:390 final size:390
Alignment explanation
Indices: 232578--233342 Score: 914
Period size: 390 Copynumber: 2.0 Consensus size: 390
232568 TAAATAGACC
** * *
232578 TTTCTTGTCAATGAATAGCTCTCGCTTTTCTTTTCTCGATGCAAACATCAAATTGCTATCTTTTA
1 TTTCTTGTCAATGAATAGCTCTCGCTTCCCTTTTCCCAATGCAAACATCAAATTGC-ATCTTTTA
** ** * *
232643 TAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCAACTTAAAAAGA
65 TAACAAAAAATCAAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCAACTTAAAAAGA
** * *
232708 ATAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAACAACTATAAATAAACTTTTCTTGTCAATAGATGGCTTTTG
130 ATAACAAAACTTTCGAAGGCATGAACAACTATAAATAAACTTTTCTTATCAATAGATGGCTTTTC
* * * * * * *
232773 ATGCACATTTTCCTATGCAAACATCAAATTATGTTCTATTTTAACCAACAATGTAAAAAAATTAA
195 ATGCACATTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATATATTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTAA
* * * * *
232838 TTTAAAATTGATTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGTATGAT
260 TTTAAAATTCATTAAAAAGTTATAAATCCACTAAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGATATGAG
* * *
232903 TGACTATAAATGGG-CCTTTCTAGTCAATAGATGGCTTTTGCTTAATGTTTCAATTATAAATGAA
325 TGACTATAAA-GGGACCTTTCTAGTCAATAAATGACTTTCGCTTAATGTTTCAATTATAAATGAA
232967 AT
389 AT
* *
232969 TTTCTTGTCAATGGATAGCTCTTGCTTCCCTTTTCCCAATGCAAACATCAAAGTTTG-ATCTTTT
1 TTTCTTGTCAATGAATAGCTCTCGCTTCCCTTTTCCCAATGCAAACATCAAA--TTGCATCTTTT
* * * **
233033 ATAACAAAAAATACAAAAAAAATTCAGTTCAAAGTCATTT-AAAAGTTATAAATCCACTTAAGCA
64 ATAACAAAAAAT-CAAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCAACTTAAAAA
* ** * ** * * *
233097 GAGTAACAAAACTTTCGAA-GCATGAATGATTATAAATGGAGTTTTTTTATCAATGGATGGC-TT
128 GAATAACAAAACTTTCGAAGGCATGAACAACTATAAATAAACTTTTCTTATCAATAGATGGCTTT
** * *
233160 TCACTTTATATTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACAAAAAAT-AAAAAAATA
193 TCA-TGCACATTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATATATTTTAACAAAAAATGAAAAAAA-A
* * *
233224 TTAGTTTAAAA-TCATTTAAAAAGTTATAAATCTACTAAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGAT
256 TTAATTTAAAATTCA-TTAAAAAGTTATAAATCCACTAAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGAT
* * *
233288 ATGAGTGACTATAAAGGGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTCGCTTCATGTTT
320 ATGAGTGACTATAAAGGGACCTTTCTAGTCAATAAATGACTTTCGCTTAATGTTT
233343 TCCAATGCAA
Statistics
Matches: 312, Mismatches: 55, Indels: 15
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
389 15 0.05
390 173 0.55
391 100 0.32
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393 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (390 bp):
TTTCTTGTCAATGAATAGCTCTCGCTTCCCTTTTCCCAATGCAAACATCAAATTGCATCTTTTAT
AACAAAAAATCAAAAAAAATTCAATTCAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCAACTTAAAAAGAA
TAACAAAACTTTCGAAGGCATGAACAACTATAAATAAACTTTTCTTATCAATAGATGGCTTTTCA
TGCACATTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATATATTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTAAT
TTAAAATTCATTAAAAAGTTATAAATCCACTAAAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGATATGAGT
GACTATAAAGGGACCTTTCTAGTCAATAAATGACTTTCGCTTAATGTTTCAATTATAAATGAAAT
Found at i:233350 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 232999--233454 Score: 483
Period size: 170 Copynumber: 2.7 Consensus size: 168
232989 CTTGCTTCCC
*
232999 TTTTCCCAATGCAAACATCAAAGTT-TGATCT-TTTATAACAAAAAATACAAAAAAAATTCAGTT
1 TTTT-CCAATGCAAACATCAAA-TTATGATATGTTT-TAACAAAAAAT--AAAAAAAATT-AGTT
* * * *
233062 CAAAGTCATTT-AAAAGTTATAAATCCACT-TAAGCAGAGTAACAAAACTTTCGAAGCATGAATG
60 TAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTAAAAGCA-AGTAACAAGACTTTCGAAGCATGAATG
* * * * ** * *
233125 ATTATAAATGGAGTTTTTTTATCAATGGATGGCTTTCACTTTATA
124 ACTATAAAGGGACTTTTCTTATCAATAAATGACTTTCACTTCATA
*
233170 TTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACAAAAAATAAAAAAATATTAGTTTAAAA
1 TTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACAAAAAATAAAAAAA-ATTAGTTTAAAA
* * * * *
233235 TCATTTAAAAAGTTATAAATCTACTAAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGATATGAGTGACTAT
65 TCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTAAAAGCAAGTAACAAGACTTTCGAAG-CATGAATGACTAT
* * *
233300 AAAGGGACTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTCGCTTCATG
129 AAAGGGACTTTTCTTATCAATAAATGACTTTCACTTCATA
* * * * * * * *
233340 TTTTCCAATGCAAGCATTAAATTATGATATGTTGTAACTAAAAATGCAAAACAAATCAATTTATA
1 TTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACAAAAAAT--AAAAAAAATTAGTTTAAA
233405 ATCA-TTAAAAATGTTATAAATCCACTCAAAA-CAAGTAACAAGACTTTCGA
64 ATCATTTAAAAA-GTTATAAATCCACT-AAAAGCAAGTAACAAGACTTTCGA
233455 CGGTATGNNN
Statistics
Matches: 241, Mismatches: 34, Indels: 20
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 20 0.08
169 38 0.16
170 125 0.52
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172 10 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.14, G:0.11, T:0.32
Consensus pattern (168 bp):
TTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACAAAAAATAAAAAAAATTAGTTTAAAAT
CATTTAAAAAGTTATAAATCCACTAAAAGCAAGTAACAAGACTTTCGAAGCATGAATGACTATAA
AGGGACTTTTCTTATCAATAAATGACTTTCACTTCATA
Found at i:235130 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 234839--237114 Score: 1701
Period size: 170 Copynumber: 13.3 Consensus size: 171
234829 TATAAATCAG
* * ** * *
234839 TTAAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCCATTTAAAAAGAGTAACATA-GCTTTTGAAGGCATGAG
1 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACA-AGGCTTTCGAAAGCATGAG
* ** * * * * *
234903 CGACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATGGCATTTTCTTTACGTTTCCTAATGCAAACATC
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCCTTTGCTTTATGTTTTCTAATGCAAACATC
* *
234968 AAATTATGATCCGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTGAAT
130 AAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAT
* * * * * * *
235009 TTAAAATCATTTAAAAAATTATAAATCCACTTAAAGTTAGTAACAAAGCTTTTGAAAGAACGTGT
1 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGCATGAGT
* * * *
235074 GATTATAAATAGACTTTTCTCATTAATGGATGGCCTTTGCTTTATGTTTTCTAATGCAAACATCA
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCCTTTGCTTTATGTTTTCTAATGCAAACATCA
* * * *
235139 AGTTATGATCTGTTTCAACTAAAAATGTAAAAAAAATCAAT
131 AATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAT
* * * *
235180 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAACA-CGAGAAACGAGGCTTTCGAAGGCATGAG
1 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAA-AGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGCATGAG
* * * * * * *
235244 TGACTATAAAAGGACTTTTCTTATCAATGGATGG-CTTCTGCTTCACGTTTTTTTATGTAAATAT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCCTT-TGCTTTATGTTTTCTAATGCAAACAT
* * *
235308 CAAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT---AAAACTCTAATT
129 CAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AA-T
* * * * * * *
235350 TTAAAATCTTTTAAAAAGTTGTAAATCCACTTAAAGTAAGTAACGAGGCTTT-TATAGATATGAG
1 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAAG-CATGAG
* * * * *
235414 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGG--TTTTCACTT-TGCATTTCTTGATGCAAAC
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCCTTTGC-TTTATG-TTTTC-TAATGCAAAC
** *
235476 ATTGAATTATGATCTGTTTTAAGC-AAAATG-AAAAAAA-TCAAT
127 ATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAT
* * * * * *
235518 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCA-TTAAAAATGAATAATATGGCTTTCGAAGGTATGAG
1 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTT-AAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGCATGAG
* * * * * *
235582 TGACTATAAATGGACTTCTATTGTCAATGGAT-GCCTTTCGCTTCACG-TTTCTTAATGAAAACA
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCCTTT-GCTTTATGTTTTC-TAATGCAAACA
* * * * *
235645 TCAAATTATGAT-TCGGTTTAACTAAAAATATAAAACAACTCAAT
128 TCAAATTATGATCT-GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAT
* * ** *
235689 TTAAAATCATTTAAAAAGTTAGAAATCCACTTCAAGTGAGTAGTAAGGC-TTCCAAAGACA-GAA
1 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAAG-CATG-A
** * * * * *
235752 GCAACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCATATTTTCTAATGCAAACAT
64 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCCTTTGCTTTATGTTTTCTAATGCAAACAT
* * * * *
235817 CAAATTATGAACTATTTTATCCAAAAATATAAAAGAATT-AAT
129 CAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAT
* * * * * *
235859 TTAAAATCATTTAACAAGTTGTAAATCCACTTAACA-TGAGCAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAA
1 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAA-AGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGCATGAG
* * * * ** **
235923 TGACTAT-TAGGAGACTTTTCCTATCAATGGATGG-CTTTCACTTTACATTTTCTAATGTTAACA
65 TGACTATAAATG-GACTTTTCTTATCAATGGATGGCCTTT-GCTTTATGTTTTCTAATGCAAACA
* * * * *
235986 TCAAATTATGATATGCTATAATCAAAAATGTAAAAAAAAATCAAT
128 TCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAAT
* ** * * * *
236031 TTAAAATTATTTGTAAAGTTAGAAATTCACTTAAAGGGAGAAACAAGGCTTTC-AAAGGCATGAG
1 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAA-GCATGAG
* * ** * * * *
236095 CGACTATAAATGGA-TTCCTCAAATCAATTGATGG-CTGTTGCTTAATGTTTCCTAATGTAAACA
65 TGACTATAAATGGACTT-TTCTTATCAATGGATGGCCT-TTGCTTTATGTTTTCTAATGCAAACA
* * *
236158 TCAAATTATGATATGTTTTTACAAAAAATGTAAAAAAATT-AAT
128 TCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAT
* * * * *
236201 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATTAATCCACTTAACA-CGAGTAACAAGACTTTCGAAGGCATGGG
1 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAA-AGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGCATGAG
* * * * *
236265 TGACTATAAA-GGTACTTTTCCTACCAATGGATGG-CTTTGGCTTT-TCATTTCCTGATGCAAAC
65 TGACTATAAATGG-ACTTTTCTTATCAATGGATGGCCTTT-GCTTTAT-GTTTTCTAATGCAAAC
** * * * * * * *
236327 ATCAAAAAATTATATGTTTTGACAAAAAATATAAAAAAAATCAAC
127 ATCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAT
* * * * * *
236372 TTAAAAT-TTTTAAAAAAAATTATAAATGCACTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
1 TTAAAATCATTT--AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAG-TGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGCATG
** * * * * * * *
236435 AGCAACTATAAA-GAAACTTTTCCTATCAATGGATGGCTTTTACATTATATTTT-TAGATGTAAA
63 AGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTATCAATGGATGGCCTTTGCTTTATGTTTTCTA-ATGCAAA
* *
236498 CATCAAATTATGATCCAG-CTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAAATT-AAT
126 CATCAAATTATGAT-CTGTTTTAACCAAAAATGT---AAAAAAATTCAAT
** * * * ** * **
236546 TTAAGGTCATTTAAAAATTTA-AAGATCTACTTAAAGCGAGTAACAAACCTTTTG-AAGGTTGAG
1 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAA-ATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGCATGAG
** * * * * * * * *
236609 CAAGTATAAATGGA-TTTTTTTGTTAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTTCCT-ATGTAAACAT
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCCTTTGCTTTATGTTTT-CTAATGCAAACAT
** * * *
236672 GC-AATTATGATCCATTTTAACTAAAAATGTAAAACAAGTCCAACT
129 -CAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAA-T
** *** * * * *
236717 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCTGCTTAAAACAACTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAAT
1 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGCATGAGT
* *** * * * * *
236782 AACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGAT-TATTTTCACTATACT-TTTTCCAATGCAGATAT
66 GACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCCTTT-GCTTTA-TGTTTTCTAATGCAAACAT
* * *
236845 CAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATATAAAATAGGAAAATCAAT
129 CAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAA-A--AAATTCAAT
* * * * *
236892 TCAAAATCATTTAAAAAGTTATGAATCCACTTAAAGCGAATAACAAGACTTTCG-AAGACATGAG
1 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAAG-CATGAG
* * * * ** * *
236956 TGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCCATCGATTTACATTTCCCAATGCAAACATC
65 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCCTTTGCTTTATGTTTTCTAATGCAAACATC
* * * *
237021 TAATTATGATTTGTTCTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAT
130 AAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAT
* * * *
237063 CTAAAATCATTTAAAAAGTGATAAATCCGCTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTT
237115 TAATGGATGG
Statistics
Matches: 1662, Mismatches: 359, Indels: 169
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
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176 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCGAAAGCATGAGT
GACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCCTTTGCTTTATGTTTTCTAATGCAAACATCA
AATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAT
Found at i:235195 original size:486 final size:485
Alignment explanation
Indices: 234430--235317 Score: 1078
Period size: 486 Copynumber: 1.8 Consensus size: 485
234420 TATAAATATG
* * *
234430 CTTTTCTAGTCAATGGATGGCTTTTGCTTAACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGACTTGT
1 CTTTTCTAGGCAATGAATGGCTTTTGCTTAACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGACTCGT
* * * * *
234495 TTTAATCAAAATTAAGAAAAATTCAATTTTAAAATCATTTATAAGATTATAAAACTATTTAAAAT
66 TTTAACCAAAATTAAGAAAAATTCAATTTTAAAATCATTTAAAAAATTATAAAACCACTTAAAAT
* ** * *
234560 GACTAACTAAGCTTTCAAAGGTGTTAGTGACTATAAATGAACTTTTTTTATCAATGGATAGCTTT
131 GACTAACAAAGCTTTCAAAGACGTTAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCATCAATGGATAGCTTT
* **
234625 GGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAGTT
196 GGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTCAACCAAAAATATAAAAAAAAT
** * * * *
234690 TGATCTAAAATCGTTTAAAAAATCATAAATCCATTTAA-AGCAAGTAACAAGGATTTTCGAAGG-
261 CAATCTAAAATCATTTAAAAAATCATAAATCCACTTAACA-CAAGAAACAAGG-CTTTCGAAGGC
* * * * * *
234753 AGTGAGTAATTATAAATGGGCTCTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGATTCATATTTTTTTGATGC
324 A-TGAGTAACTATAAAAGGACTCTTCTTATCAATGGATGGCTTCTGATTCACATTTTTTT-ATGC
234818 AAACATCAAATTATAAATCAGTTAAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCCATTTAAAAAGAGTAAC
387 AAACATCAAATTATAAATCAGTTAAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCCATTTAAAAAGAGTAAC
234883 ATAGCTTTTGAAGGCATGAGCGACTATAAATGGA
452 ATAGCTTTTGAAGGCATGAGCGACTATAAATGGA
* * *
234917 CTTTTCTTGGCAATGAATGGCATTTT-CTTTACGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGA-TCC
1 CTTTTCTAGGCAATGAATGGC-TTTTGCTTAACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGACT-C
* *
234980 GTTTTAACCAAAAATGT-A-AAAAATTGAA-TTTAAAATCATTTAAAAAATTATAAATCCACTTA
64 GTTTTAACC-AAAAT-TAAGAAAAATTCAATTTTAAAATCATTTAAAAAATTATAAAACCACTTA
* * * * * *
235042 AAGTTAGTAACAAAGCTTTTGAAAGAACG-T-GTGATTATAAAT-AGACTTTTCTCATTAATGGA
127 AAATGACTAACAAAGC-TTTCAAAG-ACGTTAGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTCATCAATGGA
* * * * * * *
235104 TGGCCTTT-GCTTTATGTTTTCTAATGCAAACATCAAGTTATGATCTGTTTCAACTAAAAATGTA
189 TAG-CTTTGGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTCAACCAAAAATATA
* * * * *
235168 AAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAACACGAGAAACGAGGCTTTC
253 AAAAAAATCAATCTAAAATCATTTAAAAAATCATAAATCCACTTAACACAAGAAACAAGGCTTTC
* * * *
235233 GAAGGCATGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTCTGCTTCACGTTTTTTT
318 GAAGGCATGAGTAACTATAAAAGGACTCTTCTTATCAATGGATGGCTTCTGATTCACATTTTTTT
* *
235298 ATGTAAATATCAAATTATAA
383 ATGCAAACATCAAATTATAA
235318 TCTGTTTTAA
Statistics
Matches: 334, Mismatches: 57, Indels: 23
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
484 18 0.05
485 58 0.17
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489 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (485 bp):
CTTTTCTAGGCAATGAATGGCTTTTGCTTAACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGACTCGT
TTTAACCAAAATTAAGAAAAATTCAATTTTAAAATCATTTAAAAAATTATAAAACCACTTAAAAT
GACTAACAAAGCTTTCAAAGACGTTAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCATCAATGGATAGCTTT
GGCTTCATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTCAACCAAAAATATAAAAAAAAT
CAATCTAAAATCATTTAAAAAATCATAAATCCACTTAACACAAGAAACAAGGCTTTCGAAGGCAT
GAGTAACTATAAAAGGACTCTTCTTATCAATGGATGGCTTCTGATTCACATTTTTTTATGCAAAC
ATCAAATTATAAATCAGTTAAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCCATTTAAAAAGAGTAACATAG
CTTTTGAAGGCATGAGCGACTATAAATGGA
Found at i:235821 original size:509 final size:506
Alignment explanation
Indices: 234839--237114 Score: 1617
Period size: 509 Copynumber: 4.4 Consensus size: 506
234829 TATAAATCAG
* * * * *
234839 TTAAAAT-TATTTAAAAAGTTATAAATCCATTTAAAAAGAGTAACATAGCTTTTGAAGGCATGAG
1 TTAAAATCT-TTTAAAAAGTTGTAAATCCACTTAAATA-AGTAACA-GGCTTTT-AAGGTATGAG
* * * * *
234903 CGACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATGGCATTTT--CTTTACGTTTCCTAATGCAAACA
62 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGG--TTTTCACTTTACATTTCTTAATGCAAACA
* * * * *
234966 TCAAATTATGATCCGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTGAATTTAAAATCATTTAAAAAATTAT
125 TCAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTAT
* * * * * * * * * * * *
235031 AAATCCACTTAAAGTTAGTAACAAAGCTTTTGAAAGAACGTGTGATTATAAATAGACTTTTCTCA
190 AAATCCACTTAAAGTGAATAACAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTCTATAA
* * * * *
235096 TTAATGGATGGCCTTTGCTTTATGTTT-TCTAATGCAAACATCAAGTTATGA-TCTGTTTCAACT
255 TCAATGGAT-GCCTTTGCTTAATGTTTCT-TAATGAAAACATCAAATTATGATTCGGTTT-AACT
235159 AAAAATGTAAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAACACGAGAAAC
317 AAAAATGT-AAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAACACGAGAAAC
* * * * ** *
235224 GAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTCTGCTTCA
381 AAGGCTTCCAAAGACATGAGCAACTATAAAAGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTCTACTTCA
* * * * * * * * *
235289 CGTTTTTTTATGTAAATATCAAATTAT-AATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAA-ACTCTAATT
446 CATTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGAA-CTATTTTAACCAAAAATATAAAAGAAT-TAA-T
*
235350 TTAAAATCTTTTAAAAAGTTGTAAATCCACTTAAAGTAAGTAACGAGGCTTTTATAGATATGAGT
1 TTAAAATCTTTTAAAAAGTTGTAAATCCACTTAAA-TAAGTAAC-AGGCTTTTA-AGGTATGAGT
* * **
235415 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGTTTTCACTTTGCATTTCTTGATGCAAACATTG
63 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGTTTTCACTTTACATTTCTTAATGCAAACATCA
*
235480 AATTATGATCTGTTTTAAGC-AAAATG-AAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAA
128 AATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAA
* * * * **
235543 TCCA-TTAAAAATGAATAATATGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTCTATTGTC
193 TCCACTT-AAAGTGAATAACAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTCTATAATC
* *
235607 AATGGATGCCTTTCGCTTCACGTTTCTTAATGAAAACATCAAATTATGATTCGGTTTAACTAAAA
257 AATGGATGCCTTT-GCTTAATGTTTCTTAATGAAAACATCAAATTATGATTCGGTTTAACTAAAA
* * * ** * **
235672 ATATAAAACAACTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTAGAAATCCACTTCAA-GTGAGTAGTAAG
321 ATGTAAAA-AAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTT-AACACGAGAAACAAG
* *
235736 GCTTCCAAAGACA-GAAGCAACTATAAATA-GACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTACTTCAT
384 GCTTCCAAAGACATG-AGCAACTATAAA-AGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTCTACTTCAC
*
235799 ATTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGAACTATTTTATCCAAAAATATAAAAGAATTAAT
447 ATTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGAACTATTTTAACCAAAAATATAAAAGAATTAAT
* * * * * *
235859 TTAAAATCATTTAACAAGTTGTAAATCCACTTAACATGAGCAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAAT
1 TTAAAATCTTTTAAAAAGTTGTAAATCCACTTAA-ATAAGTAAC-AGGCTTT-TAAGGTATGAGT
* * * * * **
235924 GACTAT-TAGGAGACTTTTCCTATCAATGGATGGCTTTCACTTTACATTT-TCTAATGTTAACAT
63 GACTATAAATG-GACTTTTCTTGTCAATGGATGGTTTTCACTTTACATTTCT-TAATGCAAACAT
* * * * * **
235987 CAAATTATGATATGCTATAATCAAAAATGTAAAAAAAAATCAATTTAAAATTATTTGTAAAGTTA
126 CAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATG--AAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTA
* * * * * *
236052 GAAATTCACTTAAAGGGAGA-AACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGCGACTATAAATGGA-TTCCTC
189 TAAATCCACTTAAAGTGA-ATAACAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT-CT-
* * * * * *
236115 A-AATCAATTGATGGCTGTTGCTTAATGTTTCCTAATGTAAACATCAAATTATGATAT-GTTTTT
251 ATAATCAATGGATGCCT-TTGCTTAATGTTTCTTAATGAAAACATCAAATTATGAT-TCGGTTTA
* * * *
236178 ACAAAAAATGTAAAAAAATTAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATTAATCCACTTAACACGAGTA
314 ACTAAAAATGTAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAACACGAGAA
* * * * * ** * * *
236243 ACAAGACTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT-AAAGGTACTTTTCCTACCAATGGATGGCTT-TGGC
379 ACAAGGCTTCCAAAGACATGAGCAACTATAAAAGG-ACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTCT-AC
** * * ** * * * * * *
236306 TTTTCATTTCCTGATGCAAACATCAAAAAATTATA-TGTTTTGACAAAAAATATAAAAAAAATCA
442 TTCACATTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGA-ACTATTTTAACCAAAAATAT-AAAAGAATTA
*
236370 AC
505 AT
* * * * *
236372 TTAAAAT-TTTTAAAAAAAATTATAAATGCACTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-T
1 TTAAAATCTTTT--AAAAAGTTGTAAATCCACTTAAA--TAAGTAA-CAGGCTTT-TAAGG-TAT
** * * * * * *
236434 GAGCAACTATAAA-GAAACTTTTCCTATCAATGGATGGCTTTT-ACATTATATTT-TTAGATGTA
59 GAGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGTCAATGGATGG-TTTTCACTTTACATTTCTTA-ATGCA
* * * **
236496 AACATCAAATTATGATCCAG-CTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAAATTAATTTAAGGTCATTTAA
121 AACATCAAATTATGAT-CTGTTTTAACCAAAAATG---AAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAA
* * * * ** * * ** *
236560 AAATTTA-AAGATCTACTTAAAGCGAGTAACAAACCTTTTGAAGG-TTGAGCAAGTATAAATGGA
182 AAAGTTATAA-ATCCACTTAAAGTGAATAACAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
* * ** * * * * * *
236623 -TTTTTTTGTTAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTTCCT-ATGTAAACATGC-AATTATGATCC
246 CTTCTATAATCAATGGAT-GCCTTTGCTTAATG-TTTCTTAATGAAAACAT-CAAATTATGATTC
** * **
236685 ATTTTAACTAAAAATGTAAAACAAGTCCAACTTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCTGCTTA
308 GGTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAAT-CAA-TTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTA
* * ** *** * ** * *
236750 AAACAACTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAATAACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGAT-T
370 ACACGAGAAACAAGGCTTCCAAAGACATGAGCAACTATAAAAGGACTTTTCTTATCAATGGATGG
* * * * * * *
236814 ATTTTCACTAT-ACTTTTTCCAATGCAGATATCAAATTATGATA-TGTTTTAACCAAAAATATAA
435 CTTCT-ACT-TCACATTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGA-ACTATTTTAACCAAAAATAT-A
*
236877 AATAGGAAAATCAAT
496 AA-A-G--AATTAAT
* * * * * * * **
236892 TCAAAATCATTTAAAAAGTTATGAATCCACTTAAAGCGAA-TAACAAGACTTTCGAAGACATGAG
1 TTAAAATCTTTTAAAAAGTTGTAAATCCACTTAAA--TAAGTAAC-AGGCTTT-TAAGGTATGAG
* * *** **
236956 TGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGATGGCCATCGA-TTTACATTTCCCAATGCAAACAT
62 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGTTTTC-ACTTTACATTTCTTAATGCAAACAT
* * * * * * *
237020 CTAATTATGATTTGTTCTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATCTAAAATCATTTAAAAAGTGAT
126 CAAATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTAT
* * *
237085 AAATCCGCTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
190 AAATCCACTTAAAGTGAATAACAAGGCTTT
237115 TAATGGATGG
Statistics
Matches: 1409, Mismatches: 280, Indels: 146
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
508 16 0.01
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512 129 0.09
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ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (506 bp):
TTAAAATCTTTTAAAAAGTTGTAAATCCACTTAAATAAGTAACAGGCTTTTAAGGTATGAGTGAC
TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGTTTTCACTTTACATTTCTTAATGCAAACATCAAAT
TATGATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCC
ACTTAAAGTGAATAACAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTCTATAATCAATG
GATGCCTTTGCTTAATGTTTCTTAATGAAAACATCAAATTATGATTCGGTTTAACTAAAAATGTA
AAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAACACGAGAAACAAGGCTTCCA
AAGACATGAGCAACTATAAAAGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTCTACTTCACATTTTCTAA
TGCAAACATCAAATTATGAACTATTTTAACCAAAAATATAAAAGAATTAAT
Found at i:236205 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 234839--237114 Score: 1671
Period size: 341 Copynumber: 6.7 Consensus size: 338
234829 TATAAATCAG
* * * * *
234839 TTAAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCCATTTAAAAAGAGTAACATA-GCTTTTGAAGGCATGAG
1 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAACACGAGTAACA-AGGCTTTCGAAGGCATGAG
* * * ** * * * * *
234903 CGACTATAAATGGACTTTTCTTGGCAATGAATGGCATTT-TCTTTACGTTTCCTAATGCAAACAT
65 TGACTATAAAGGGACTTTTCCTATCAATGGATGGC-TTTCGCTTCAC-TTTTCTAATGTAAACAT
* * * * * * * *
234967 CAAATTATGATCCGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTGAATTTAAAATCATTTAAAAAATTAT
128 CAAATTATGAT-TGCTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAATTTAAAATTATTTAAAAAGTTAG
* * * * * * * * *
235031 AAATCCACTTAAAGTTAGTAACAAAGCTTTTGAAAGA-ACGTGTGATTATAAATAGACTTTTCTC
192 AAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGC-TTTCAAAGACATGAGCGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * * * ** *
235095 ATTAATGGATGGCCTTTGCTTTATGTTTTCTAATGCAAACATCAAGTTATGATCTGTTTCAACTA
256 ATCAATGGATGGCTTTTAC-TTATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTTACAA
235160 AAAATGTAAAAAAAATCAAT
320 AAAATGT-AAAAAAATCAAT
* *
235180 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAACACGAGAAACGAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
1 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAACACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * * * *
235245 GACTATAAAAGGACTTTTCTTATCAATGGATGGC-TTCTGCTTCACGTTTTTTTATGTAAATATC
66 GACTATAAAGGGACTTTTCCTATCAATGGATGGCTTTC-GCTTCAC-TTTTCTAATGTAAACATC
* *
235309 AAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT---AAAACTCTAATTTTAAAATCT-TTTAAAAAGTT
129 AAATTATGAT-TGCTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTC-AA-TTTAAAAT-TATTTAAAAAGTT
* * * * * *
235370 -GTAAATCCACTTAAAGTAAGTAACGAGGCTTTTATAGATATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
190 AG-AAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGACATGAGCGACTATAAATGGACTTTTC
* * * ** *
235434 TTGTCAATGGATGG-TTTTCACTT-TGCATTTCTTGATGCAAACATTGAATTATGATCTG-TTTT
254 TTATCAATGGATGGCTTTT-ACTTATG--TTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTT
*
235496 A-AGCAAAATG-AAAAAAATCAAT
316 ACA-AAAAATGTAAAAAAATCAAT
* * * * * *
235518 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCA-TTAAAAATGAATAATATGGCTTTCGAAGGTATGAG
1 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTT-AACACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAG
* * ** * * * *
235582 TGACTATAAATGGACTTCTATTGTCAATGGATGCCTTTCGCTTCACGTTTCTTAATGAAAACATC
65 TGACTATAAAGGGACTTTTCCTATCAATGGATGGCTTTCGCTTCACTTTTC-TAATGTAAACATC
* * * *
235647 AAATTATGATTCGGTTTAACTAAAAATATAAAACAACTCAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTAGA
129 AAATTATGATT-GCTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCAATTTAAAATTATTTAAAAAGTTAGA
* ** * * *
235712 AATCCACTTCAAGTGAGTAGTAAGGCTTCCAAAGACA-GAAGCAACTATAAATAGACTTTTCTTA
193 AATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGACATG-AGCGACTATAAATGGACTTTTCTTA
* * * *
235776 TCAATGGATGGCTTTTACTTCATATTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGA-ACT-ATTTTATCC
257 TCAATGGATGGCTTTTACTT-ATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATA-TGTTTTTA-CA
* * *
235839 AAAAATATAAAAGAATTAAT
319 AAAAATGTAAAAAAATCAAT
* * * * * *
235859 TTAAAATCATTTAACAAGTTGTAAATCCACTTAACATGAGCAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAAT
1 TTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAACACGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGT
* * * *
235924 GACTAT-TAGGAGACTTTTCCTATCAATGGATGGCTTTCACTTTACATTTTCTAATGTTAACATC
66 GACTATAAAGG-GACTTTTCCTATCAATGGATGGCTTTCGCTTCAC-TTTTCTAATGTAAACATC
* * **
235988 AAATTATGATATGCTATAA-TCAAAAATGTAAAAAAAAATCAATTTAAAATTATTTGTAAAGTTA
129 AAATTATGAT-TGCTTTAACT-AAAAATGT-AAAAAAACTCAATTTAAAATTATTTAAAAAGTTA
* * * * * *
236052 GAAATTCACTTAAAGGGAGAAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGCGACTATAAATGGA-TTCCTCA
191 GAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGACATGAGCGACTATAAATGGACTT-TTCT
* * * * *
236116 AATCAATTGATGGCTGTTGCTTAATGTTTCCTAATGTAAACATCAAATTATGATATGTTTTTACA
255 TATCAATGGATGGCTTTTACTT-ATGTTTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTTTACA
*
236181 AAAAATGTAAAAAAATTAAT
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* * *
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* * * * *
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* * *
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** * * ** * *
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** * * ** * * * * *
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* * * *
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* ** *** * ** * ***
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** * * *
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* **
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* * * * *
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** * ** * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* *
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** * ** ** * * *
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*
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** * * *
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* ** * * *
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* * *
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*** * * * * * * *
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** * * *
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* * * * * * * * ** *
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* * * * *
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* * ** *
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*** * * * * * * * *
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* * * * ** ** **
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** * * * *
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* * * * *
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* * ** *** ** **
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*** * * *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* * *
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*** * * ** * *
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* * *
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* * * * * ** * *
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** * * * ** * ** *
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* * *
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* * ** *
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* ** * * * **
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* * * * * *
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1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGGAC
* * * ** * * * * * *
244679 TTTTTTTGTAAATAGATTACCTTCGATTTATGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATTTGTT
65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
* * * * * *
244744 GTAACCAAGAACGTAAAAAAATTCAATCTAAAGTCATTAAAA
130 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * * *
244786 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGTGTAACAAGAC-TTTCAAGGGTATGAGTGAATATAAATGGAG
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAA-GGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * **
244850 TTTTCTTTTCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTTCTGATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
* * * *
244915 TTAACTAAAAATGTAAAACAACTCTAACTTTAAAATCATTGAAA
130 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AA-TTTAAAATCATTTAAA
* * * * * * *
244959 AAGTTGTTAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGG-TTTTCGAAAGTATTAGTGACTATAATTGGAC
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
245023 TTTTCTTGTCAATGGATAGTTTTTCCATCATG-TTTCCTAATACAAACATAAAATTGTGATCTGT
65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCC-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* * * * *
245087 ATTAGCAAAAAATGTTCAAAAAAA-TAAATTTAAAATTATTTAAA
129 TTTAACCAAAAATG-T-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * * *
245131 AAGTCATAAATCCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-ATTGCGTGACTATAAATAGAC
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * ** * *
245195 TTTTCTTATCAGTGGATGGCCTTCGCTTTAT-CCTTCCTAATGCAAACAATAAAATTATGATTTG
65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCC-AATGCAAAC-ATCAAATTATGATCTG
* * *
245259 TTTCAATCAAAAATGATAAAAAAAATTCAATCTAAAATCATTTAAA
128 TTTTAACCAAAAATG-T-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * ** * * * * *
245305 AAGTTATAAATCTACTAAAAGTAAGTAACAAGGCATTCCAAGCCATAAGTGGCCATAAATAGACT
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * ** ** * * *
245370 TTTCCTGTCAATGGATAGCTTTCACTTCA-CATTTCTCAATGAAAACATCAAATTATGATCCGAT
66 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-CAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
* * * *
245434 TTAACTAGAAATGTAAAAAAAAATCTATTTAAAATCATTTAAA
130 TTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * ** * * * * *
245477 AAGTTAGAGATCCTCTTAAAGCAAGTAACAATGCTTTTGAAGGCATTAGCGACTATCAATGGACA
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
245542 TTTCTTGTCAATGGATGGATTTTGCTTTATGTTTTCCAATGGAAACATCAAATTATGATATGTGT
66 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTT
* * *
245607 TAACCAAAAGTGTAATAAACTT-AATTTAAAATCATTTAAA
131 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * ** * * * * *
245647 AAGTTATAAATCCGCTTAAAGCGAGTAACAAGACTTGAGAAGGTATGAGCGACAATATATAGACT
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
245712 TTTCATGGCAGTGAATGG-TATTTGCTTCATG-TTTCCTAATGTAAACATCAAATTATGATCTGT
66 TTTCTTGTCAATGGATGGCT-TTTGCTTCATGTTTTCC-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
** *
245775 TTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAACCATTTAAA
129 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * * *
245818 AAGTTCTAAATCCACTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGAATATAAATAGACT
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * ** ** * * *
245883 TTTCTTGTTAATGGATGGCCTTCACTTTTTGTTTTCCAATACAAACATCAAATTGTGATATGTTT
66 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTT
* * * *
245948 TAACCATAAATATAAAAAAAATCAATCTAAAATCATTTAAA
131 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * *
245989 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGCATGAGCGACTATAAATGGAGC
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-C
* * * * * * *
246054 -TTTCTTGTCAATTGATAGCTTTTGCTTCATG-TTTCCTTATCCGAATATCAAATTATGATCCGT
65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCC-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* * *
246117 TTTAACTAAAAATGCAAAACAAATCCAATTTTAAAATCATTTAAA
129 TTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAA-TTTAAAATCATTTAAA
* * * *
246162 AAGTTGTAAATCCACTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACT
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
*** * * * * *
246227 TTT-TTGTTGGTGGATGGCTTTCGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACACCTAATTATGATTTGTTT
66 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTT
** * *
246291 TAAGTAAAAATGTAAAAAGCA-TCAATTCAAAATCATTTAAA
131 TAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * * * * *
246332 AAGTTATAAATCCA-TTAAAAGTGAGTAATAAGACTTCTAAAAGAACGAGTGACTATAAATGAAC
1 AAGTTATAAATCCACTT-AAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * ** * * *
246396 TTTTCTTGTCAATGAACGGCTTTT-ATTCACGTTTTCTGATGTAAACATCTAATTATGATTTGTT
65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
** * *
246460 TTAAGTAAAAATATAAAAAAA-TCAATTGAAAATCATTTAAA
130 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* ** *** * *
246501 AATTTATAAATTTA-TTAAAAGTGAGTAACAAGGCTTACAAAGGCATGAGCGATTATAAATGGAC
1 AAGTTATAAATCCACTT-AAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * *
246565 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGTAAACATCAAACTATGATCTGTT
65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
* * *
246630 TTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCATTTAAA
130 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * * * *** *
246672 ATGTTATAAGTCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCCTTTAAAGGAATGAATGAC-A-CCTTCG-CT
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * *** * * **
246734 TTACGTT-TCCGCAT-GAAAACATCAAATTATG-ATC-TTTTTTAACCAAAAATGTGAA-A--AA
66 TTTC-TTGT-C-AATGGATGGC-T----TT-TGCTTCATGTTTT--CC---AATGCAAACATCAA
** * * * * * * * *
246792 ATT-TAGA--TG-TAAAATCAGTTAAAAAGT-TATAAA-TCCACTT-AAAGCGA-GTAATA
117 ATTAT-GATCTGTTTTAACCA---AAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATC-ATTTAA-A
* * * ** * ** * * *** *
246845 AGGCTTTTGAAGGCA-TGACTGATTA-TAAGTTAA-G-TTTTTTTGTCAATG-GATGACT-T---
1 AAG-TTATAAATCCACTTAAAG-TGAGTAA--CAAGGCTTTTGAAGGC-ATGAG-TGACTATAAA
* * * *** * * ** *
246901 TGG-CTTCATGTT-TCCTAATGCAAACCTCAAATTATGATCCAT-TTGAACCAAAAATGTAAA-A
60 TGGACTT-TTCTTGT-C-AATGGATGGCT----TT-TGCTTCATGTT-TTCC---AATGCAAACA
** ** * * ** * * * * * * *
246962 AAAAAAAATCAAC--TTAAAATCATTTAGAAA-GT-TATAAA-TAAACTTAAAA-CGA-GTAAC
113 TCAAATTATGATCTGTTTTAACCA---A-AAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATC-ATTTAAA
* ** * *
247019 AAGCTTTTCAAAGGCA--T-AAGTGACTATA-AATGGGCTCTTCTTATCAATGG-AT-AGCTG-C
1 AAG-TTAT-AAATCCACTTAAAGTGAGTA-ACAA--GG--C-T-TT-TGAA-GGCATGAG-TGAC
* ** * * *** * *
247077 TGCTTCAT-G--TTTCTCAATGTAAAT--ATCAAATTATG-AT-ATGTTTTAACCAATAATGTAA
54 T-ATAAATGGACTTT-TC-TTGTCAATGGAT-GGCTTTTGCTTCATGTTTT--CC---AATG---
* * * *** * * * * *** **
247135 AAAAAATC-AATT-TAAAAAGTTATGAAACCACTTAAAGCAAGTAACAAAGATTTTGAAGGCATG
107 CAAACATCAAATTATGATCTGTT-T-TAACCA---AAA--ATGTAA-AAA-A-ATTCAATTTAAA
* *
247198 AGCGACTATAAA
162 ATC-A-TTTAAA
* *** ** * * * ** * * ** * ***
247210 ATATGATATGTTTTAACATAAAAT--GTAAAAAATTTCAATTTAAAATCATTCAAAAACTTATAA
1 A-A-GTTATAAATCCACTTAAAGTGAGT-AACAA-GGC-TTTTGAAGGCA-TGAGTGAC-TATAA
** **** * * ** ** * ** **** * * *
247273 ATTCA-TTTAAAAGTGAGTAACAAAGCTTTCGAAGTCATGAGCAACCATAATTG--GACTTTCAT
59 ATGGACTTTTCTTGTCAAT-GGATGGCTTTTG-CTTCATG-TTTTCC--AA-TGCAAAC-ATCAA
* * * * * *** * * * **
247335 GTCAATGGAT-GGCTTT-GCCTAACGTTTCCTAATGCAGACA-TCAGA-TTACGATCTATTTCAA
117 AT-TAT-GATCTGTTTTAACC-AA-AAAT-GTAA---AAAAATTCA-ATTTAAAATC-ATTT--A
247396 CCAA
170 --AA
* ** * * * * * * * *
247400 AATTGTAAAATAAATGTAATTTGAAA-TCATTTAA-AATG-TTAT-AAGTCCATTTAAAGTAACT
1 AA--GT--TATAAAT-CCACTT-AAAGTGA-GTAACAAGGCTTTTGAAG-GCA--T-GAGTGACT
** * *
247461 A-ATAA-GG--TTTTC--G--AA-GGTATGAG---TAACTATAAATAGACTTTT-C-TTGTC-AA
55 ATA-AATGGACTTTTCTTGTCAATGG-ATG-GCTTTTGCT-T-CAT-G--TTTTCCAATG-CAAA
* * ** * * * * * * * * *
247511 -TTGATGGTTTTCACTTCGCGTTTCCTAATGCAAACAT-CAAATTATGATATGT-TATAATAAAA
111 CATCA-AATTATGA--TC-TGTTT--TAA-CCAAAAATGTAAA--A--AAAT-TCAAT-TTAAAA
*
247573 -AATGTTAAAA
163 TCAT-TT-AAA
* * * * ** ** * * * * *
247583 AAATCAATATAAAAT-CATTTAAAAT-ATTATA-AATCCACTT-AATGCAAGTAATAAAGCTTTT
1 AAGT---TAT-AAATCCACTTAAAGTGAGTA-ACAAGGCTTTTGAAGGCATG-AGT-GA-C-TAT
* * * ** *
247644 GAAGGAAT-GAGTTTTCCTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-CATTTCCTGATGCAAACATCAA
57 --A--AATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCC-AATGCAAACATCAA
* * * * * *
247707 ATTATTATATGCTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATCCATTTAAAATCGTTTAAA
117 ATTATGATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * * * * * *
247762 AATTTATAAATGCATTTAAAGTAAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCATAAGCGAGTATAAGTGGAC
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
247826 TTTTCTTTTCAACGAATGGCTTTTACTTCAT-ATTTCACAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-CAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* * * *
247890 TTTAGCCAAAAATATAAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTGAA
129 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* ** * * * *
247933 ACGTTATAAATCCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATCAATAGTCT
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* ** * * ** *
247998 TTTCTTATCAATGGATAACTTTCGCTTCACGTTTGT-TGATGCAAACAAT-AAATTATGATCTAT
66 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TCCAATGCAAAC-ATCAAATTATGATCTGT
** * *
248061 TTTAAATAAAAATGTAAAACAACTCCAATGTTAAAATCATTTAAA
129 TTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAAT-TTAAAATCATTTAAA
* ** ** * * *
248106 AAGTTGTAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTGAACACATGAGTGATTATAATTGGAGT
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
** * *
248171 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCACTTCATG-TTTCTCGATGCAAACAAT-GAATTATGATCTGT
66 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-CAATGCAAAC-ATCAAATTATGATCTGT
* *
248234 TTTAAGCAAAAATATAAAAAAATT-AATTTAAAATCATTTAAA
129 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * * * * *
248276 AAGTTATAAATCTA-TTAAAAGCGAGTAGCAAGGCTCTCGAAGGCATAAATGAGTATAAATGGAC
1 AAGTTATAAATCCACTT-AAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* ** **
248340 TATTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTTTAATGCAAACATCAAATTATGATCCATT
65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
* * *
248405 TTAACTAAAATTGTAAAATGAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
130 TTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
** * * * * * * *
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1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * *
248513 TTTCTTATTAATGGATGGCCTTTACTTCACG-TTTCTAGATGCGAACATCAAATTATGATTTGTT
66 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCA-ATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
** * * * * *
248577 TTAAATAAAAATGTAAAACGACTCCCATGTTAAAATCATCTAAA
130 TTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAAT-TTAAAATCATTTAAA
* * **
248621 AAGTTGTAAATCCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTG-AGGACATGAGTGACTATAAATGGAC
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGG-CATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * ** * * * *
248685 TTTCCTTGTCAATGGGTGGCTTTCGCTTCATG-TTTCCTGATATAAATATCGAATTATAATCTAT
65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCC-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* * * * * *
248749 TTGAATCGAATATGTAAAACAATT-AATTTAAAATCATTT-AG
129 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * *
248790 AAGTTATAAATCCA-TTAAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATGAAC
1 AAGTTATAAATCCACTT-AAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * *
248854 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTGTCCCTATGCAAACATCAAATTATGATCCGTT
65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
* * * *
248919 TTAACTAAAAATGTAAAGCAAATCCAATTTTAAATTCATTTAAA
130 TTAACCAAAAATGTAAA-AAAATTCAA-TTTAAAATCATTTAAA
* * * * * **
248963 ATGTTATAAATCCACTTAAAGTAAGCAACAAGGCATTTGAAGTCATGAACGACTATAAATGGACT
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * ** * *
249028 TTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTTCA-CATTTCCTGATGCAAACATCAAACTATGAT-TG--
66 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCC-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
* * *
249089 ---AGCAAAAATGTAAAGAAA-TCAATTTAAAATCTTTTAAA
130 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * * * * *
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1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGT-GAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * *** * * * * *
249191 TTCTT-TTATCAATGGATGTCTTTTGCTTCACACTTCCCGATGCAAACATAAAATTATGATCCGA
65 TT-TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* * * *
249255 TTTAACCATAAATGTAAAAAAA-TCAATTCAAAATAATTTGAA
129 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * ** ** *
249297 AAGTTAGAGATCCACTTAAA-TCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAACGACTATAAATAGAC
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGT-GAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
249361 TTTTTTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCCTATGCAAACATCAAATTATGATCCGTT
65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
* * * *
249426 GTAA-CTAAAATGTAAGACAAATCCAATTTTAAAATCATTTAAA
130 TTAACCAAAAATGTAA-AAAAATTCAA-TTTAAAATCATTTAAA
* * * * * * * * * *
249469 AAGTTATAAATCCACTTAAAATAAGTAATAAGGTTTTTGAAGGTATGAATGATTATAATTAGAGT
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * * * * * * *
249534 TTTCTTGTTAGTGGGTAGCTTTTACTTTACGTTTCCCGATGTAAACATCGAATTATAATTTGTTT
66 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTT
* * * *
249599 TAAGCAAAAATGTAAAAAAATT-ATTTTAAAATTATTTTAA
131 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * ** * *
249639 AAGTTATAAATCCA-TTGAAACTGAGTAGCAAGGCTTTCAAAGGCATAAGTGAGTATAAATGGAC
1 AAGTTATAAATCCACTT-AAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * **
249703 TATTCTTATCAATGGAAGGCTTTTGCTTCATG-TTTCTCAATGCAAACATCCAATTCTTATCCAT
65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-CAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
249767 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTT-AA
129 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * * **
249809 AGGTTTATAAATCCACTTATAGTGAGTAACAAGGTTTTTGAAAGAAT-ATGTGACTATAAATACA
1 AAG-TTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGA
* * ** * * **
249873 CTTTTCTTGTCAATGGATGGCATTTGCTTTA-CATTTCCTAATGTAAATATCAAATTATGATCCA
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** * *
249937 TTTTAAATAAAAATGTAAAACAACTCCAATGTTAAAATCATTTAAA
128 TTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAAT-TTAAAATCATTTAAA
* * * * *
249983 AAGTTGTAAATCCACTTAAAGTAAGTAACAAAGCTTTTGAAGGCATGAGTGACCATAAATGGAGT
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * ** * * * *
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66 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTT
* * *
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131 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* ** * * * ** * *
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1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCAT-GAGTGACTATAAATGGA-
* * **
250217 CTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATAAAATTATGATCCAT
64 CTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* * * *
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129 TTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * *
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1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
** * ** ** * *
250390 TTTTCACGTCAATTGATGGCTTTCACTTCACATTTTCCAATGCAAACATCAAATTATAATTTGTT
65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
* * * * * *
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130 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * * ** * * ** * *
250495 AAGATTATAAAACTATTTGAAA-AGACT-ACTTGTGCCTTCGAAGATATTAATGACTATAAATGG
1 AAG-TTATAAATCCACTT-AAAGTGAGTAACAAG-GCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGG
* * * * * *
250558 ACTTTTCTTATCAATGGATGGATTTAGCTACACG-GTTCCTAATGCAAACATCAAATTATAATAA
63 ACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCC-AATGCAAACATC-AA--AT--T--
* * * *
250622 ATTATGCTTTGTTTTAATCAAAACTATAAAAAAA-T-AATTTAAAATCATTT-AA
120 ATGAT-C--TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * *
250674 AA-TATATAAATCCACTTAGAGTGAGTAATAAAGCTTTTGTA-GCTATGAGTGACTATAAAGGGA
1 AAGT-TATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGC-ATGAGTGACTATAAATGGA
* * ** * * ** ** *
250737 -TTATTCTTATCAACGGATGGCTTACGCTTTAT-ATTTCTTGATAAAAACATCAAATTATGATAT
64 CTT-TTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-CAATGCAAACATCAAATTATGATCT
* * * *
250800 GTTTT-ACCATAAAAAGTAAAAAACAAATCAATTT-AAATAATTCAAA
127 GTTTTAACCA-AAAATGT-AAAAA-AATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* *** * * * *
250846 AACTTATAAATCCACTTAATAACAAGTAGCAAAGCTTTTGAAGGCATGAACT-ACTATAAATAGA
1 AAGTTATAAATCCACTTAA-AGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATG-AGTGACTATAAATGGA
* * * * * * **
250910 CTTTTCATGTCAATGGATAGTTTTTACTTCATATTTTCTAATGCAAAGGTCAAATTATGATCTGT
64 CTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* * * *
250975 TTTAATCAAAAATATAAAAAATTTTAATTTAAAATCATTTAAA
129 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * ** * * * *
251018 AAGTTATAAATCCATTTAAAGTGAGTAACATGGCTTTCAAAGGTACGAATGACTATAAATAGACT
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
*** ** * * *
251083 TTT-TTGATCAAAAAATGGCTTTTGCTTCA-CCTTTCCTAATGCAAACATCAAATCACGATCTAT
66 TTTCTTG-TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCC-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* * * *
251146 TTCAACCAAAATTGT-AAAAAATGT-AATTTGAAATTATTTAAA
129 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT-TCAATTTAAAATCATTTAAA
** * ** *
251188 AAGTTATAAATCCAC-TAAACGTGAGTAACGGGGCTTTTAAAGATATGAGTGACTATAAATGGGC
1 AAGTTATAAATCCACTTAAA-GTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GGA
* * * * * *
251252 CTTTTTTTTTATCAATGGATGGCTTGTGCTTCATGTTTCCCAATGCAAACATAAAATTATGATAT
64 C--TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCT
* * *
251317 GTTATAACAAAAAATATAAAAAAA-TCAATTTAAAATCATTTAAA
127 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
** * *
251361 ATA-TTATAAATCCACTTAATA-CAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCAGGAGTGAATATAAATGGA
1 A-AGTTATAAATCCACTTAA-AGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* ** ** * *
251424 CTTTTCTAT-T-AATGGATGG-TTTTCGCTACA-CATTTCTGGATTCAAACATCAAATTATGATA
64 CTTTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTT-GCTTCATGTTTTC-CAATGCAAACATCAAATTATGATC
* *
251485 TGCTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA-TCAATTTAAAATCATTTAAA
126 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * *** *
251530 AAGTTGTAAATGCACTTAAAGCGAGTAGCAAGGCTTTTGAAGGACA--AACAAATATAAATGGAC
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGG-CATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * ** *
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65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
* *
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130 TTAACCAAAAATGT-AAAAA-AATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * ** * * ** *
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1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
** * * * **
251765 TTTCTTTGTCAATGGATGGCTTTAACTTCATATTGTT--AGATGCAAACAACAAATGATGATCCA
66 TTTC-TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTT-TTCCA-ATGCAAACATCAAATTATGATCTG
** * * * *
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128 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AAT-TTAAAATCATTTAAA
* * * ** * * * * *
251874 AAATTGTAAATCTACTTAAAGCAAATAATAAGGCTTATAAAGGCATGAGTGACTACAAATGGACT
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * *
251939 TTTCTTGTCAATGGATGCCTTTCG-TGTC-TCGTTTT-CAGATGCAAACATCGAATTATGATATG
66 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCT-TCAT-GTTTTCCA-ATGCAAACATCAAATTATGATCTG
*** * * *
252001 TTTTAAGTGAAAATGT-AAAAAA-TGAAATTAAAATCAATTAAA
128 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
** ** * * * *
252043 ATCTTATAAATCCA-TTAGAAGCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGAATGGCAATAAATGGAC
1 AAGTTATAAATCCACTTA-AAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * *** * * * * * * *
252107 TATCCTTGTAAAAAAATGGCTTTTACTTAACGTTTTTCTATGCAAACATCAAGTTATGAT-TCGG
65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCT-GT
* *
252171 TTTAACCAAAAATGTAAAACAAA-TCGATTTAAAATTATTTAAA
129 TTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * ** * *
252214 GAGTTGA-AAATCTACTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGAC
1 AAGTT-ATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
252278 TATTCTTGCCAATGGATGGTTTTTGCTTCACG-TTTCCTAATGTAAACATCAAATTCA--AT-TG
65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCC-AATGCAAACATCAAATT-ATGATCTG
*
252339 ---TAACAAAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
128 TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * * * * *
252381 ATGTTATAGATACACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGAGTATAAATAGACT
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* ** * ** *
252446 TTTCTTGTCAATGGATGGCCTTCACTTTATG-TTTCTTGATGCAAACATCAAATTATGATATGTT
66 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-CAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
* *
252510 TTAAGCAAAAATGT-AAAAAACT-AATTTAAAATCATTTAAA
130 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * * * *
252550 AAGTTATAAATTCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTGAGTGACTGTAAATAGACT
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * *
252615 TTTCTTAGT-AATGGATGACTTTTGCTTCACG-TTTCTCAATGCAAACATCAAATTAGGAT-TCG
66 TTTCTT-GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-CAATGCAAACATCAAATTATGATCT-G
* * * * *
252677 TTTTAACAAAAAATGTGAAACAAATCCAGTTTTAAAATCATATAAA
128 TTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCA-ATTTAAAATCATTTAAA
* * * ** * * *
252723 ACGGTGTAAATCCACTTAAAGCAAATAACAA-GCTTATTGAAGGCATGAGTGATTGTAAATGGAC
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTT-TTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
** * * ** * *
252787 TTTTCTCATCAATGGATGGCTTTCGCTTCATG-TTTCCTTATGCAAACATTGAATAATGATCTAT
65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCC-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* ** * *
252851 TCTAAGTAAAAATGTAAAAAAA-TCAATTTAAAATCAATGAAA
129 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* *** * *
252893 ATGTTATAAATCCA-TTAAAAACAAGTAACAAGG-TTTTCGAA-GCATAAATGACTATAAAT-GA
1 AAGTTATAAATCCACTT-AAAGTGAGTAACAAGGCTTTT-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * ** * * * *
252954 CCTTTCCTTGTCAATGGATAGCTTGAGCTTTACAT-TTCT-CGATGAAAACATCAAATTATGATT
64 -CTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGC-TT-CATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATC
* * * *
253017 TGATTTATCCAAAAATGTAAAACAA--CAATTTAGAATCATTTAAA
126 TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * ** * * * *
253061 AAGTTAGAAATTCACTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGGCTATAAATTGACT
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
253126 TTTCTTGTCAATGGATGGCTATTGCTTCATGTTTCCCATTGCAAACATGAAATTATGATATGTTT
66 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTT
* * * * * *
253191 TAATCAGAAACGTAGAGAAATT-AATTCAAAATCATTTAAA
131 TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* ** *** * ** *
253231 AAGTTATAAATCTACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTCCAAAGAG-TTGAGCAACTATAAAT-GAA
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAG-GCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * *
253294 TTGTTCTTAG-CAATAGATGGTTTTTACTTCACG-TTTCTCAATGTAAATATTAAATTATGATTT
65 TT-TTCTT-GTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-CAATGCAAACATCAAATTATGATCT
* * *
253357 ATTTTAACCAAAAA--TATAAAAA-T--ATTT---A--ATTTAAG
127 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * * * **
253392 AGGCTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGG-AGTGTGAGACGATCAATAAAC
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCA-TGAGTGACTATAAATGGAC
* * * ** *
253456 TTTTCTTGTCAATGGATGGCCTTTACTTTA-CATTTCCTAATG-AAACATCAAATTATGATATGT
65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCC-AATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
* * * * **
253519 TTTAACAAAAAAAGTAAAAAAAATTCAATCTGAAATTGTTTAAA
129 TTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * * *
253563 AAGTTATAAATACACTTAAAGTAAGTAACAATGC-TTGGAGGGCATGAGTGACTAT--ATGGATT
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* ** * * *
253625 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGGTTCATG-TTTCTTGATGCAAACATCAAAATAGGATCCGTT
66 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-CAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
* * * ** * * *
253689 TAAACTAAAAA-GACAAAACAAACCCAGTTTTAAAATTATTTAAG
130 TTAACCAAAAATG-TAAAA-AAATTCA-ATTTAAAATCATTTAAA
* * ** * * *
253733 AAGTTGTAAATCCACGTAAAGCAAGTAACAAGCCTTTTGAAGGCATAAGTGACTATAAATGGGCC
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GGAC
* * * ** * *
253798 TTTT-TTATCAATGGATGGCTTTTACTTCATCTTTTATAATGTAAACATCAAATAATGATCTGTT
65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
* * * *
253862 TCAAGCAAAAATGTAAAACAA-TCAATTTAAAATCACTTAAA
130 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * ** * * *
253903 AAGTTATAAATCCA-TTAAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTGTGAATGACTGTAATTGGAC
1 AAGTTATAAATCCACTT-AAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
253967 TATCCTTGTCAATGGATAGATTTTACTTACAT-TTCTT--GATGCAAACATCAAATTATGACCTA
65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT-CATGTT-TTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCT-
* *
254029 G-TTTAAGCAAAAATGTAAAAAAAATT-AATTTGAAATCATTT-AA
127 GTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * ** * *
254072 AACTTGA-AAATCCACTTAAAGCCG-CTAACAAGGCCTTCAAAGTCATGAGTGACTATAGATGGA
1 AAGTT-ATAAATCCACTTAAAG-TGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA
* * * * *
254135 CTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTAACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATATGT
64 CTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
254200 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT-AATTTAAAATCATTTAAA
129 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * * *
254242 AAGTTTTAAATCCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGACATGAGTG-GTCATAAATGGAC
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACT-ATAAATGGAC
* * * *** * *
254306 CTTTCTTGTCAATAGG-TGGCTTTCGTTTCATGTTTTTTGATGCAAACATCAAATTATAATCCAG
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**
254370 -TTTAATAAAAAATGTAAAACAAA-TCAATTTAAAATCATTT---
128 TTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* ** * * * * *
254410 AAGTTGA-AAATCTACTTAAAGCAAGTAACAAGCCATTCGAAGGCATGAATGATTATAAATGGAC
1 AAGTT-ATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
** * * *
254474 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTGGTGCTTCATGTTTTTCAATGCAAACATCAAATTGTGATATGTT
65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTT
* * *
254539 TCAACCAAAAATGT-AAAGAATT-AATTTAAATTCATTTAAA
130 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * * * * * *
254579 AGGTTATTAATCCACTTAAAATGACTAACAAGGCTTCTGAAGGCTTGAGCGACCATAAATGTACT
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
254644 TTTCTTGGCAATGAATGG-TTTGTGCTTAATG-TTTCTCAATGTAAACATTAAATTATGAT-TCG
66 TTTCTTGTCAATGGATGGCTTT-TGCTTCATGTTTTC-CAATGCAAACATCAAATTATGATCT-G
* *
254706 TTTTAACCAAAAATATATAAAAAAAAGTT-AATTTAAAACCATTTAAA
128 TTTTAACC-AAAA-ATGT-AAAAAAA-TTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * **
254753 AAGTTATAAATGCACTTAAAGTGAGTAACAAGCCTTTTAAAGGAATGTA-TGACTATAAATAAAC
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATG-AGTGACTATAAATGGAC
* ** * * * *
254817 TTTT-TCTCTCAATAAATGGCCTTCGCTTTACAT-TTCTT--GATGCAAACATCAAATTATGATA
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* * *
254878 TGTTTTAACTAAAAATGTAAGAAAAATTTCCATCTAAAA-CTATTTAAA
126 TGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAAA-TTCAATTTAAAATC-ATTTAAA
* * * *
254926 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTAACTAACAAGAC-TTTG-AGAGCATGACTGACTATAAATGGAC
1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAG-GCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * ** * * *
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65 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTC-CAATGCAAACATCAAATTATGATCTGT
** * *
255053 TTTAATAAAAAATGCAAAACAAA-TCAATTTAAAATCA-GTAAA
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* * ** *
255095 AAGTTTAAAAATTCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTATAAATAGAC
1 AAG-TTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * *
255160 TTTTCTTGTCAATGAATGGCTATTGCTTCATG-TTTCCGAATGCAAACATCAAATTGTGATATGT
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* * *
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* * ** * ** *
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1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCA-TGAGTGA-CTATAAATGGA
* * * * * **
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* * *
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* * * * * *
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1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGAC
* * * * * ** * * *
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* * * *
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* * * * *
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1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGAC
** ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * *
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1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC-
* * * * * **
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* *
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* * * * *
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* * * * * * *
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*
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** * * *
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** *
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* * ** * *
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* ** * * *
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* * * * *
256423 TTCAATCAAATATGT-AAAGAATT-AATTTAAATTCATTTAAA
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* * ** * * * * ** * ** *
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* * * *
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* *** * *
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* * * * * * * *
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1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
* ** * * * *
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* * * * *
256762 CTTTAACTAAAAATGTAAAAAGAATTCAATCTAAGATCAGTTAAA
128 TTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAATTTAAAATCATTTAAA
* * * * *
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** * * * * * * * * *
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* ** * * *
256935 TTAACTAAAAATACAAAACAAA-CCATGTTTTAAAATCGTTTAAA
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* * * * ** * *
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1 AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
257042 CTTTCTTGTCAATG
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Statistics
Matches: 11991, Mismatches: 2843, Indels: 1359
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Matches are distributed among these distances:
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186 9 0.00
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196 1 0.00
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Consensus pattern (171 bp):
AAGTTATAAATCCACTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATCTGTTT
TAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCATTTAAA
Found at i:243465 original size:176 final size:173
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Period size: 176 Copynumber: 1.9 Consensus size: 173
243207 TCAAAAATAT
* * * * *
243217 AAAAAAATTAATTTAAAATAATTTATAAATTTATAAATCCATTAAAAGCGATTAACAAGGCTTTT
1 AAAAAAATAAATATAAAATAATTTATAAATTTAGAAATCCATTAAAAGCGAGTAACAAGACTTTT
* * * *
243282 GAAGGCATGAAAGACT-ATAAATAGACTTTTTTTTTTTATCAATGGACAGCTTTTGCTTCATA-T
66 GAAGGCATGAAAGA-TAATAAAGAGA---TTTTTTTTTATCAATGCACAGCTTTTACTTCACATT
243345 TTCCTAATGCAAACATCAAATTATGATCCAATTTCATCAAAATTATAA
127 TTCCT-ATGCAAACATCAAATTATGATCCAATTTCATCAAAATTATAA
* * *
243393 AAAAAAATAAATATAAAATAATTTA-AAATGTTAGAGATCCAATT-AAAGTGAGTAGCAAGACTT
1 AAAAAAATAAATATAAAATAATTTATAAAT-TTAGAAATCC-ATTAAAAGCGAGTAACAAGACTT
** * * **
243456 TCT-AAGGCATGAGCGATAATAAAGGGATTTTTTTTTGTCAATGCATGGCTTTTACTTCACATTT
64 T-TGAAGGCATGAAAGATAATAAAGAGATTTTTTTTTATCAATGCACAGCTTTTACTTCACATTT
*
243520 TCCTCTGCAAACATCAAATTATGATCCA
128 TCCTATGCAAACATCAAATTATGATCCA
243548 TTTTAAATAA
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Consensus pattern (173 bp):
AAAAAAATAAATATAAAATAATTTATAAATTTAGAAATCCATTAAAAGCGAGTAACAAGACTTTT
GAAGGCATGAAAGATAATAAAGAGATTTTTTTTTATCAATGCACAGCTTTTACTTCACATTTTCC
TATGCAAACATCAAATTATGATCCAATTTCATCAAAATTATAA
Found at i:243751 original size:519 final size:501
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242783 GACTATAAAT
* * * * *
242793 AGACTTTTCTTATCAATGGATAGCTTTGGCTTCATGTTTCCTGATGCAAACATCAAATTATGATC
1 AGACTTTTCTTATCAATGGACAGCTTTTGCTTCATATTTCCTAATGCAAACATAAAATTATGATC
*** * * * * * * * * *
242858 TGTTTTAA-CCAAAAGTG--AAAAAAA-AAATTTACAATCATTTAAAAAGTTATAAATCTACTTA
66 CAATTTAATCTAAAA-TGAAAAAAAAATAAATATAAAATAATTTGAAAAGTTAGAGATCCAATTA
*** * * * * * * * * * * *
242919 AAAGGAGTAACAAGGCTTACAAAGCCATGGGTGACT-ATCAATAGGCCTTTTTTATCAATAGATG
130 AATCAAGTAACAAGACTTTCGAAGGCATGAGCGA-TAATAAAGAGACTTTTTTTGTCAATAGATG
* * *
242983 GCCTTTACTTCATGTTTTCATATGTAAACATCAAATTATGATCCGTTTTAAATAAAAATATAAAA
194 GCTTTTACTTCATGTTTTCATATGAAAACATCAAATTATGATCCGTTTTAAATAAAAATGTAAAA
* * * * *
243048 CAACTTCAATGTTAAAATTATTTAAAAATTTACAAATCCACTTAAAGCAAGTAACAAGG-TTTTA
259 CAA-ATCAAT-TTTAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTT-
* * * * * **
243112 GAAGGT-ACGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGGATGGTTTTTACTTTATGTTTCCT
321 GAA-GTCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTCCT
*** *
243176 AATGTAAACACCGAATTACAATATGTTTGAATCAAAAATATAAAAAAATTAATTTAAAATAATTT
385 AACACAAACACCGAATTACAATATGTTTGAATCAAAAATATAAAAAAATCAATTTAAAATAATTT
* * * * * *
243241 ATAAATTTATAAATCCATTAAAAGCGATTAACAAGGCTTTTGAAGGCATGAAAG
450 AGAAAGTGATAAATCCATTAAAAGCGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGCATG--AG
*
243295 ACTATAAATAGACTTTTTTTTTTTATCAATGGACAGCTTTTGCTTCATATTTCCTAATGCAAACA
1 ---------AGAC----TTTTCTTATCAATGGACAGCTTTTGCTTCATATTTCCTAATGCAAACA
* * *
243360 TCAAATTATGATCCAATTTCATC-AAAATTATAAAAAAAAATAAATATAAAATAATTT-AAAATG
53 TAAAATTATGATCCAATTTAATCTAAAA-T-GAAAAAAAAATAAATATAAAATAATTTGAAAA-G
* * * * *
243423 TTAGAGATCCAATTAAAGT-GAGTAGCAAGACTTTCTAAGGCATGAGCGATAATAAAGGGATTTT
115 TTAGAGATCCAATTAAA-TCAAGTAACAAGACTTTCGAAGGCATGAGCGATAATAAAGAGA-CTT
** * * * *
243487 TTTTTGTCAAT-GCATGGCTTTTACTTCACATTTTCCTCTGCAAACATCAAATTATGATCCATTT
178 TTTTTGTCAATAG-ATGGCTTTTACTTCATGTTTTCATATGAAAACATCAAATTATGATCCGTTT
* *
243551 TAAATAAAAATGTAAAACAAATCCATTTTAAATTTATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAATA
242 TAAATAAAAATGTAAAACAAATCAATTTTAAA-TTATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTA
* * * *
243616 AGCAACAAGGCTGTTGAAGTCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTT
306 AGTAACAAGGCTTTTGAAGTCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTT
* ** * ** ** * * * * *
243681 GCTTCACATTTTTTGACACAAACATTGAATTATGATCTGTTTTAAGT-GAAAATGTAAAGAAATC
371 ACTTCACATTTCCTAACACAAACACCGAATTACAATATGTTTGAA-TCAAAAATATAAAAAAATC
** * *
243745 AATTTAAAATCTTTTAGAAAGTGATAAATCCATTAAAATCGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGTATG
435 AATTTAAAATAATTTAGAAAGTGATAAATCCATTAAAAGCGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGCATG
243810 AG
500 AG
* *** **
243812 GGACTTTTCTTATCAATGGTTGGCTTTTGCTTCATATTTTTTAATGCAAACATAAAATTATGATC
1 AGACTTTTCTTATCAATGGACAGCTTTTGCTTCATATTTCCTAATGCAAACATAAAATTATGATC
** * * * * *
243877 CGGTTTAATCTCAAATGAAAAAAAAATCAATTTAAAATAATTTGAAAAGTTAGAGATTCACTTAA
66 CAATTTAATCTAAAATGAAAAAAAAATAAATATAAAATAATTTGAAAAGTTAGAGATCCAATTAA
* * * * *
243942 ATCAAGTAACAAGGCTTTCGAAGGCATGTGCGATAATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAGATAGC
131 ATCAAGTAACAAGACTTTCGAAGGCATGAGCGATAATAAAGAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGC
* * *
244007 TTTTACTTCATGTTTTTATATGAAAATATCAAATTATGATCCGTTTTAACTAAAAATGTAAAACA
196 TTTTACTTCATGTTTTCATATGAAAACATCAAATTATGATCCGTTTTAAATAAAAATGTAAAACA
* *
244072 AATGCAATTTTCAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTTAAA
261 AAT-CAATTTT-AAATTATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTTGAA
* * * * * * **
244137 GGCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCAATTTATATTTCCTAATG
324 GTCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTCCTAACA
** * * * ** * * * * * *
244202 CTGATATCAAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAAAAAATCAAGTCAAAATCATT
389 CAAACACCGAATTACAATATGTTTGAATCAAAAA--T---ATAAAAAAATCAATTTAAAATAATT
* * * * * *
244267 TAAAAAGTTATGAATCTACTT-AAAGCGAGTAACAAGGCTTTCGAAGGTATGAG
449 TAGAAAGTGATAAATCCA-TTAAAAGCGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGCATGAG
* * * * ** * * **
244320 CAAATATAAATAGACTTTTCTTACCAACGGA-TGACTTTTACAGCATGTTTCCCAATATAAACAT
1 -----------AGACTTTTCTTATCAATGGACAG-CTTTTGCTTCATATTTCCTAATGCAAACAT
* * ** * * * * * * * *
244384 CAAAGTATGAT-CTGTTTTAGCAAAAAATGTAAAAAAAATTAATTTAAAATCATTTTAAAAGTTA
54 AAAATTATGATCCAATTTAATC-TAAAATGAAAAAAAAATAAATATAAAATAATTTGAAAAGTTA
* * * * * * * *
244448 TACATCCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTCCGAAGGCATGAGCGACT-ATAAATG-GACTTTTC
118 GAGATCCAATTAAATCAAGTAACAAGACTTTCGAAGGCATGAGCGA-TAATAAA-GAGACTTTTT
* * ** * * * * ** *
244511 TTGCCAATGGATAACTTTTGCATCATG-TTTCCTAAT-ACAAACATCAAAGTACAATCTGTTTTA
181 TTGTCAATAGATGGCTTTTACTTCATGTTTTCAT-ATGA-AAACATCAAATTATGATCCGTTTTA
* * * * * * *
244574 GCA-AAAAATGTAAAA-AAGTTTTAATTTAAAATCATTTAAAAAAGTTATACATCCACTTCAAGT
244 -AATAAAAATGTAAAACAA--ATCAATTTTAAATTATTT-AAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGT
* * * * * * **
244637 GAA-TAACAAGGCTTTTGAAG-AATTGTGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTAAATAGATTACC
305 -AAGTAACAAGGCTTTTGAAGTCA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGA-TGGC
** * ** * ** * * ** * * * **
244700 TTCGA-TTTATGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATTTG-TTGTAACCAAGAACGTAAAAA
367 TTTTACTTCACATTTCCTAACACAAACACCGAATTACAATATGTTTG-AATCAAAAATATAAAAA
* * * * * * * *
244763 AATTCAATCTAAAGTCATTAAAAAAGTTATAAATCCACTT-AAAGTGTGTAAC-AAGACTTTC-A
431 AA-TCAATTTAAAATAATTTAGAAAGTGATAAATCCA-TTAAAAGCGAGTAACAAAG-CTTTCGA
*
244825 AGGGTATGAGTG
493 A-GGCATGA--G
* * * * * * *
244837 AATATAAATGGAGTTTTCTTTTCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTTTCTGATGCAAACATCAA
1 -------A--GACTTTTCTTATCAATGGACAGCTTTTGCTTCATATTTCCTAATGCAAACATAAA
*** *** * * *
244902 ATTATGATCTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAACAACTCTAACTTTAAAATCA-TTGAAAAAGTT-
57 ATTATGATCCAATTTAATCT-AAAATG-AAAA-AAAAATAAATATAAAATAATTTG-AAAAGTTA
* * * ** * * * * *
244964 GTTA-ATCCACTTAAAGT-GAGTAATAAGGTTTTCGAAAGTATTAGTGACT-ATAATTG-GACTT
118 G--AGATCCAATTAAA-TCAAGTAACAAGACTTTCGAAGGCATGAGCGA-TAATAA-AGAGACTT
* * * * * * * * * * *
245025 TTCTTGTCAATGGATAGTTTTTCCATCATG-TTTCCTAAT-ACAAACATAAAATTGTGATCTGTA
178 TTTTTGTCAATAGATGGCTTTTACTTCATGTTTTCAT-ATGA-AAACATCAAATTATGATCCGTT
* * * * *
245088 TTAGCA-AAAAATGTTCAAAA-AAATAAATTTAAAATTATTTAAAAAGTCATAAATCCATTTAAA
241 TTA-AATAAAAATG-T-AAAACAAATCAATTTTAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAA
* * * * * * * *
245151 ATGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GATTGCGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAGTGGATGGC
303 GTAAGTAACAAGGCTTTTGAAGTCA-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGC
* ** * * ** *** ** * *
245215 CTTCGCTTTATC-CTTCCTAATGCAAACAATAAAATTATGATTTGTTTCAATCAAAAATGATAAA
367 TTTTACTTCA-CATTTCCTAACACAAAC-ACCGAATTACAATATGTTTGAATCAAAAAT-AT-AA
* * * * * * ** * *
245279 AAAAATTCAATCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCTACTAAAAGTAAGTAACAAGGCATTCC
428 AAAAA-TCAATTTAAAATAATTTAGAAAGTGATAAATCCATTAAAAGCGAGTAACAAAGC-TTTC
* *
245344 AAGCCATAAGTGGCCATAAAT
491 --G----AA--GG-CAT-GAG
* * * ** * * *
245365 AGACTTTTCCTGTCAATGGATAGCTTTCACTTCACATTT-CTCAATGAAAACATCAAATTATGAT
1 AGACTTTTCTTATCAATGGACAGCTTTTGCTTCATATTTCCT-AATGCAAACATAAAATTATGAT
* ** * * * **
245429 CCGATTTAA-CTAGAAATGTAAAAAAAAATCTATTTAAAATCATTTAAAAAGTTAGAGATCCTCT
65 CCAATTTAATCTA-AAATG-AAAAAAAAATAAATATAAAATAATTTGAAAAGTTAGAGATCCAAT
* * * * * * *
245493 TAAAGCAAGTAACAATG-CTTTTGAAGGCATTAGCGACT-ATCAATG-GACATTTCTTGTCAATG
128 TAAATCAAGTAACAA-GACTTTCGAAGGCATGAGCGA-TAAT-AAAGAGACTTTTTTTGTCAATA
* * * * ** * ** *
245555 GATGGATTTTGCTTTATGTTTTCCA-ATGGAAACATCAAATTATGATATGTGTTAACCAAAAGTG
190 GATGGCTTTTACTTCATGTTTT-CATATGAAAACATCAAATTATGATCCGTTTTAAATAAAAATG
* * * * * * ** *
245619 TAATA-AACTTAATTTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCGCTTAAAGCGAGTAACAAGACTT
254 TAAAACAAATCAATTTTAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTAAGTAACAAGGCTT
** * * * * * * * * * **
245683 GAGAAGGT-ATGAGCGACAATATATAGACTTTTCATGGCAGTGAATGG-TATTTGCTTCATGTTT
319 TTGAA-GTCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT-TTTACTTCACATTT
*** * * ** * * * * **
245746 CCTAATGTAAACATCAAATTATGATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAACC
382 CCTAACACAAACACCGAATTACAATATGTTTGAATCAAAAATATAAAAAAA-TCAATTTAAAATA
* ** ** * * *
245811 ATTTAAAAAGTTCTAAATCCACTT-AAAGTAAGTAACAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGAATATA
446 ATTTAGAAAGTGATAAATCCA-TTAAAAGCGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGCA----TG------
*
245875 AAT
500 -AG
* * ** * ** ** * * * *
245878 AGACTTTTCTTGTTAATGGATGGCCTTCACTTTTTGTTTTCC-AATACAAACATCAAATTGTGAT
1 AGACTTTTCTTATCAATGGACAGCTTTTGCTTCAT-ATTTCCTAATGCAAACATAAAATTATGAT
**** * * * * * * * *
245942 ATGTTTTAA-CCATAAAT-ATAAAAAAAATCAATCTAAAATCATTTAAAAAGTTATAAATCCACT
65 CCAATTTAATCTA-AAATGA-AAAAAAAATAAATATAAAATAATTTGAAAAGTTAGAGATCCAAT
* * * * *
246005 TAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTCGAGGGCATGAGCGACT-ATAAATG-GAGC-TTTCTTGTCAAT
128 TAAA-TCAAGTAACAAGACTTTCGAAGGCATGAGCGA-TAATAAA-GAGA-CTTTTTTTGTCAAT
* * * * * *** * *
246066 TGATAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTTATCCGAATATCAAATTATGATCCGTTTTAACTAAAAATG
189 AGATGGCTTTTACTTCATGTTTTCATATGAAAACATCAAATTATGATCCGTTTTAAATAAAAATG
* * *
246131 CAAAACAAATCCAATTTTAAAATCATTTAAAAAGTTGTAAATCCACTTAAAGTAAGTAACAAGGC
254 TAAAACAAAT-CAATTTT-AAATTATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTAAGTAACAAGGC
* * * *** ** **
246196 TTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTT-TTGTTGGTGGATGGCTTTCGCTTCATGTTT
317 TTTTGAAGTCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTT
* ** * ** * * * * *
246260 CCCAATGCAAACACCTAATTATGATTTGTTTTAAGT-AAAAATGTAAAAAGCATCAATTCAAAAT
382 CCTAACACAAACACCGAATTACAATATGTTTGAA-TCAAAAATATAAAAA-AATCAATTTAAAAT
* * * *
246324 CATTTAAAAAGTTATAAATCCATTAAAAGTGAGTAA
445 AATTTAGAAAGTGATAAATCCATTAAAAGCGAGTAA
246360 TAAGACTTCT
Statistics
Matches: 2419, Mismatches: 498, Indels: 275
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
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AGACTTTTCTTATCAATGGACAGCTTTTGCTTCATATTTCCTAATGCAAACATAAAATTATGATC
CAATTTAATCTAAAATGAAAAAAAAATAAATATAAAATAATTTGAAAAGTTAGAGATCCAATTAA
ATCAAGTAACAAGACTTTCGAAGGCATGAGCGATAATAAAGAGACTTTTTTTGTCAATAGATGGC
TTTTACTTCATGTTTTCATATGAAAACATCAAATTATGATCCGTTTTAAATAAAAATGTAAAACA
AATCAATTTTAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCCACTTAAAGTAAGTAACAAGGCTTTTGAAGT
CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTCCTAACACA
AACACCGAATTACAATATGTTTGAATCAAAAATATAAAAAAATCAATTTAAAATAATTTAGAAAG
TGATAAATCCATTAAAAGCGAGTAACAAAGCTTTCGAAGGCATGAG
Found at i:249645 original size:12 final size:11
Alignment explanation
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249605 AAAATGTAAA
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249626 AAAATTATTTT
1 AAAATTATTTT
249637 AAAAGTTAT
1 AAAA-TTAT
249646 AAATCCATTG
Statistics
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0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
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AAAATTATTTT
Found at i:257366 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 257053--257652 Score: 534
Period size: 170 Copynumber: 3.5 Consensus size: 170
257043 TTTCTTGTCA
* * * * * * * *
257053 ATGATCTGATTTAACCAAAAATGCAAACAAAATCAA-TTAAAATTATTTAAAAAATTAAAAATTC
1 ATGATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAA-AAATTCAATTTAAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCC
* * * * * * ** *
257117 ACTTACAGCGAGTAACAAGACTTTCGAATGTA-TGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT
65 ACTTAAAGCGAGTAACAAGGC-TTCCAAAGGACTGTGTAACGATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT
* * * * *
257181 GGATGGCCATTGCTTCATGTTTCCCAATACCAACATCAAATT
129 AGATGGCCTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATT
* * * *
257223 GTGATATGTTTTAACCAGAAACGTAGAGAAATT-AATTTAAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCC
1 ATGATATGTTTTAACCAAAAAAGTA-AAAAATTCAATTTAAAATTATTTAAAAAGTTATAAATCC
* * *
257287 ATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTCCAAA-GACT-TG-AACGATTAGAAATGGACTTTTGTTGGCA
65 ACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTCCAAAGGACTGTGTAACGA-T--AAATGGACTTTTCTTGTCA
** * * * * *
257349 ATAGATGGTTTTTGCTTCACGTTTCTCGATGTAAATATTAAATT
127 ATAGATGGCCTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATT
* * * *
257393 ATGATCAT-TTTT-ACCAAAAATA-TAAAAACATTCAATCTAAAATCATTTAAAAGGCTATAAAT
1 ATGAT-ATGTTTTAACCAAAAA-AGTAAAAA-ATTCAATTTAAAATTATTTAAAAAGTTATAAAT
* ** * * * *
257455 CCACTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTTAAAGGAGTGTGTGACGATAAATAGATTTTTCTTGTCAA
63 CCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTCCAAAGGACTGTGTAACGATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
* * * *
257520 TAGATGGCCTTTACTTTACATTTCCTAATGCAAACATCAAATT
128 TAGATGGCCTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATT
* *
257563 ATGATATGTTTTAACCAAAAAAGTAAAAATAATTGAATTATAAAATTATTTAAAAAGTTATAAGT
1 ATGATATGTTTTAACCAAAAAAGT-AAAA-AATTCAATT-TAAAATTATTTAAAAAGTTATAAAT
* *
257628 CCACTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
63 CCACTTAAAGCGAGTAACAAGGCTT
257653 GGAGGGCATG
Statistics
Matches: 338, Mismatches: 73, Indels: 35
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Matches are distributed among these distances:
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CTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTCCAAAGGACTGTGTAACGATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAG
ATGGCCTTTGCTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATT
Found at i:258372 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 257888--258435 Score: 472
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 166
257878 TTCTGTTTCA
* * * * * * * * *
257888 AGCAAAAATGTAAAACAATCAATTTAAAATCACTTAAAAAGTTAAAAATTCAATAAAAGCGAGTA
1 AGCAAAAATGTAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAATTGAAAATCCACTTAAAGCCACTA
* ** ** * * ** * * * * * * *
257953 ACAAGGCTTTTGAAGGTGTAAATGACTGTAATTAGACTATCCTTGTCAATGCATAGATTTTACTT
66 ACAAGGCCTTCAAAGGCATGAGTGACCATAAATCGACTGTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTT
* *
258018 ATGTTTCTCAATGCAAACATCAAATTATGACCCAGTTTA
131 ATGTTTC-CAATGCAAACATCAAATTATGA--TAGTTTT
* **
258057 AG-AAAAATGTAAAAAAAATCAATTTGAAATCATTTAAAACCTTGAAAATCCACTTAAAGCCACT
1 AGCAAAAATGT-AAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAATTGAAAATCCACTTAAAGCCACT
* * * * * *
258121 AACAAGGCCTTCAAAGGCATGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCT
65 AACAAGGCCTTCAAAGGCATGAGTGACCATAAATCGACTGTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACT
*
258186 TCACGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATATGTTTT
130 T-ATGTTT-CCAATGCAAACATCAAATTATGATA-GTTTT
* * ** * *
258226 AGCCAAATATGTAAAAAAATTAATTTAAAATCATTTAAAAAATTTTAAATCCACTTAAAGCGAGT
1 AG-CAAAAATGTAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAATTGAAAATCCACTTAAAGCCACT
* * ** *
258291 AAAGAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACCATAAATCGA-TCGTTCTTGTCAATGGATGGCTTTCA
65 -AACAAGGCCTTCAAAGGCATGAGTGACCATAAATCGACT-GTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTA
* *
258355 CTTAATGTTTGCCAATGCAAACATCAAATTATGGTCCA-ATTT
128 CTT-ATGTTT-CCAATGCAAACATCAAATTATGAT--AGTTTT
*
258397 AACAAAAAATGTAAAACAAATCAATTTAAAATCATTTAA
1 AGC-AAAAATGTAAAA-AAATCAATTTAAAATCATTTAA
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AGCAAAAATGTAAAAAAATCAATTTAAAATCATTTAAAAAATTGAAAATCCACTTAAAGCCACTA
ACAAGGCCTTCAAAGGCATGAGTGACCATAAATCGACTGTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTACTT
ATGTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGATAGTTTT
Found at i:259064 original size:171 final size:169
Alignment explanation
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258780 TCTCTTTTCA
* * * ** * *
258790 TGGATTTATAACATTTGAATTGATTTTAAATTTATTTTTATACATTTTT-GCTTGAAACAGATCA
1 TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATGAATTTTTTTACATTTTTAG-TT-AAAAAGATCA
* * * * *
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* *
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* * * * * *
258960 TGGATTTACAACTTTCTAAATTATTTTAAAACTGGATTTATTTT-TATTTTTGGTTAAAAAGATC
1 TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTT-AAA-TGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAAAGATC
* * ** * * * * * *
259024 ATAATTTGATGTTAGAATAGCGAAATGTAAAACAAAAGCCATCCCTTAACAAGAGAACTCCATTT
63 ATAATTTGATGTTTGAATAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* * * ** *
259089 ATAGTCATTCACTCCCTT-GAAAGTTTTGTTACTTACTTTAAG
128 ATAGTCACTCA-TTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAG
* * *
259131 TGGATTTATAACTTTTTAAATAATTTTAAATAGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATCA
1 TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAAT-GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-AGATCA
* * * * * * * *
259196 TAATTTAATGTTTGCATCGAGAAACATAAAGCGAAGGCCATCCATTGATAATAAAAG-CCTATTT
64 TAATTTGATGTTTGAATAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTT
* * ** *
259260 ATAGTCACACATTCTTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTTAG
128 ATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAG
* ** * * *
259302 TGCATTTATAACTTTTTAAACAATTTTAAATTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGATCA
1 TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTT-AAAAAGATCA
* * * ** *
259367 T-ATTATGATGTTTGCATCA-AGAAACATGAAGTAAAAGGCATCCATTGTGAAGAAATA-TCTAT
64 TAATT-TGATGTTTGAAT-AGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAA-AGTCCAT
* ** * * ** *
259429 TTATAGTCGCTCAAGCCTTTAGAAGCCTTGTTACTCACTTTAAA
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* * **
259473 TGGGTTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAAATTTG-ATTTGTTTTGCATTTTTAGTTCAAACGGA
1 TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTT-AAA--TGAATTT-TTTTACATTTTTAGTT-AAAAAGA
* * ** ** * * *
259537 TCATAATATGGTGTTTGCACCA-AGAAATGTGAAGTAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCTA
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* * *
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* * * ** *
259646 TGGATTTTTAACTTTTTAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAATTGGATCTT
1 TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA-AAGATCAT
* * *
259711 AATTTGATGTTTGCATAGAGAAACATGAAGTAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
65 AATTTGATGTTTGAATAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* *
259776 AGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTTAA-
130 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGC-TTTAAG
* * * * * ** *
259816 TGGATTTATAACATTTTAATTGATTTTAGAT-TATTTTTTAACATTTTTTCTTGAAACAGATCAT
1 TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATGAATTTTTTTACATTTTTAGTT-AAAAAGATCAT
* ** * ** *
259880 TATTCAATGTTTGCATTAG-GAAACATGAAGCAAAAGTAATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
65 AATTTGATGTTTG-AATAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
259944 CAGTCACCCATGT-CTTCAAAAGGCTTGTTACTTGATTTAAC
129 TAGTCACTCAT-TCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAG
** * * * *
259985 TAAATTTACAACTTTTTAAATGATTTTAAAACTGGATTTGTTTTGCATTTTTAGTTAAAACGGAT
1 TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTT-AAA-TGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAA-AGAT
* ** * * * * * *
260050 CATTATTTGATGTTTTCATCA-AGCAACATGAAGCAAAAG-CA-CTTATTGCCAAGTAAATTTCA
62 CATAATTTGATGTTTGAAT-AGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC-CATTGACAAGAAAAGTCCA
* *** * ** * **
260112 TTTCTAGTTTTTTAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAG
125 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAG
* * * * **
260157 TAGG-TTTATAACTTTTGAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTCAAATTTTTGGTTAAATGGAATC
1 T-GGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATGAATTTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAAAG-ATC
* * * *
260221 ATAATTTGATGTTTGCATCA-AGAAGCATGCAGTAAAAGCCATCCATTGACAA-AGAAAGTCCAT
63 ATAATTTGATGTTTGAAT-AGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGA-AAAGTCCAT
* * ** * * **
260284 TTACAGTCACTCATGCCTTTGAAAG-TTTGATTGCTCACTTTTAA-
126 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTG-TTACTTGC-TTTAAG
* * * * *
260328 TGGATTTATAACATTTTAATTGATTTTAAATTG-A-TTTTTCACATTTTT-GCTTGAATAGATCA
1 TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAA-TGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAAAGATCA
* ** * * **
260390 TTATTCCATGTTTGCATCAG-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
64 TAATTTGATGTTTGAAT-AGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* * * * * *
260454 ATAATCACTTATACCTTCAAAAGGCTTGTTATTTGCCTTAAG
128 ATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAG
* * * * ** ** * *
260496 TGAATTTACAGCTTCTTAAATGATTTTAAAATTGGGTTTGTTTTGTACTTTTAGTTAAAAAGGAC
1 TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTT-AAA-TGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAAA-GAT
* * * * * * ** * *
260561 CCTAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACATAAAGTAAAAATCATCCATTGACAAGAAAACTCTATT
62 CATAATTTGATGTTTGAATAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT
* * **
260626 TATAGTCACTCATGTCC-TCTAAAGGCTTGTTACTCACTTTAAG
127 TATAGTCACTCAT-TCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAG
** * * * ** * *
260669 TGGATTTATAACTTTTTTCATGATTTTAGATAAAATATTTTTGTATTTTTTGTTAAAACAAATCA
1 TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAAT-GAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-AGATCA
* * * ** * *
260734 TAATTTGATGTTTGCATTAG-GAAACGTAAAGTGAAAGCCATCCATT-AGCAAGAAACGTCTATT
64 TAATTTGATGTTTG-AATAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATT
* * * ***
260797 TATCGTCGCAT-ATTCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCATTTTAAG
127 TATAGTCAC-TCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAG
* * * *
260840 TGGATTTATAACTTTTTAAACGATTTTAGATTGAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACGGATC
1 TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTA-AATGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-AGATC
* * *
260905 ATAATTTGATG-TTCACCTTG-GAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-CTAAGAAAAGTCCA
63 ATAATTTGATGTTTGA-ATAGAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC-AAGAAAAGTCCA
* ** * ** *
260967 TTTATAGCCACTCAAGCCTTCAGAAGCCTTGTTACTCACTTTAAA
125 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAG
* * * * *
261012 TGGATTTATAACCTTTTAAATAATTTTAAATTAATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACATATCAT
1 TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-AGATCAT
261077 AATTTGAT
65 AATTTGAT
261085 ATTTTTGTCA
Statistics
Matches: 1682, Mismatches: 365, Indels: 156
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Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAGATCATA
ATTTGATGTTTGAATAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAG
Found at i:260025 original size:512 final size:513
Alignment explanation
Indices: 258775--261907 Score: 2323
Period size: 512 Copynumber: 6.2 Consensus size: 513
258765 AGAAAGTATG
* * *
258775 GTTACTCTCTTTTCATGGATTTATAACATTTGAATTGATTTTAAATTTA-TTTTTATACATTTTT
1 GTTACT-TCTTTTAATGGATTTATAACATTTTAATTGATTTTAAATTAATTTTTTA-ACATTTTT
** * * *
258839 GCTTGAAACAGATCATTATTTGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAACGAAAGCCATCCATTGACA
64 GCTTGAAACAGATCATTATTCAATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACA
* * * * *
258904 ATAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCCATTCCTTCAAAAGGCTTGTTGCTTGCTTTAAGTGGATTTA
129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATGCCTTCAAAAGGCTTGTTACTTGATTTAAGTGAATTTA
* * * * *
258968 CAACTTTCTAAATTATTTTAAAACTGGATTTATTTT-TATTTTTGGTTAAAAA-GATCATAATTT
193 CAACTTTTTAAATGATTTTAAAACTGGATTTGTTTTGCATTTTTAGTTAAAAAGGATCATAATTT
* * * ** * * * * * *
259031 GATGTTAGAAT-AGCGAAATGTAAAACAAAAGCCATCCCTTAACAAGAGAACTCCATTTATAGTC
258 GATGTTTGCATCA-AGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAACTCTATTTATAGTC
* ** * *
259095 A-TTCACTCCCTT-GAAAGTTTTGTTACTTACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATAATTTT
322 ACTT-A-TGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTT
* * * *
259158 AAATAGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATCGAGAAACAT
385 AAATATAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATAGAGAAACAT
** * * * * *
259223 AAAGCGAAGGCCATCCATTGATAATAAAAG-CCTATTTATAGTCACACATTCTTTCAAAAGCCTT
450 AAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * *** *
259287 GTTACTCACTTTTAGTGCATTTATAACTTTTTAAACAATTTTAAATTAATTTTTTTTACATTTTT
1 GTTACT-TCTTTTAATGGATTTATAACATTTTAATTGATTTTAAATTAA-TTTTTTAACATTTTT
* * * * * *
259352 GGTTCAAACAGATCA-TATT-ATGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGTAAAAGGCATCCATTGT
64 GCTTGAAACAGATCATTATTCA--ATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
* * * * * * * * * **
259415 GAAGAAATA-TCTATTTATAGTCGCTCAAGCCTTTAGAAGCCTTGTTAC-TCACTTTAAATGGGT
127 CAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGGCTTGTTACTTGA-TTTAAGTGAAT
* * * * *
259478 TTATAACTTTTTAAATGATTTTAAAATTTGATTTGTTTTGCATTTTTAGTTCAAACGGATCATAA
190 TTACAACTTTTTAAATGATTTTAAAACTGGATTTGTTTTGCATTTTTAGTTAAAAAGGATCATAA
* * * ** * * *
259543 TATGGTGTTTGCACCAAGAAATGTGAAGTAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAG
255 TTTGATGTTTGCATCAAGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAACTCTATTTATAG
* * *
259608 TCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTTTAACTTTTTAAATGATTTT
320 TCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTT
* **** *
259673 AAAT-TAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAATTGGATCTTAATTTGATGTTTGCATAGAGAAACAT
385 AAATATAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATAGAGAAACAT
* * * *
259737 GAAGTAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTT
450 AAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* *
259801 GTTACTTGCTTTTAATGGATTTATAACATTTTAATTGATTTTAGATT-ATTTTTTAACATTTTTT
1 GTTACTT-CTTTTAATGGATTTATAACATTTTAATTGATTTTAAATTAATTTTTTAACATTTTTG
* ** *
259865 CTTGAAACAGATCATTATTCAATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGTAATCTATTGACAA
65 CTTGAAACAGATCATTATTCAATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAA
* * * * *
259930 GAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATGTCTTCAAAAGGCTTGTTACTTGATTTAACTAAATTTACA
130 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGGCTTGTTACTTGATTTAAGTGAATTTACA
* *
259995 ACTTTTTAAATGATTTTAAAACTGGATTTGTTTTGCATTTTTAGTTAAAACGGATCATTATTTGA
195 ACTTTTTAAATGATTTTAAAACTGGATTTGTTTTGCATTTTTAGTTAAAAAGGATCATAATTTGA
* * * * * * * * **
260060 TGTTTTCATCAAGCAACATGAAGCAAAAG-CA-CTTATTGCCAAGTAAA-TTTCATTTCTAGTTT
260 TGTTTGCATCAAGAAACATAAAGCAAAAGTCATC-CATTGACAAGAAAACTCT-ATTTATAGTCA
* * *
260122 TTTAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTAGG-TTTATAACTTTTGAAATGATTTTAA
323 CTTATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGT-GGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAA
* *** *
260186 AT-TAATTTTTTTCAAATTTTTGGTTAAATGGAATCATAATTTGATGTTTGCATCA-AGAAGCAT
387 ATATAATTTTTTT-ATATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCAT-AGAGAAACAT
** * * ** *
260249 GCAGTAAAAGCCATCCATTGACAA-AGAAAGTCCATTTACAGTCACTCATGCCTTTGAAAG-TTT
450 AAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * *
260312 GATTGCTCACTTTTAATGGATTTATAACATTTTAATTGATTTTAAATTGA-TTTTTCACATTTTT
1 G-TTACT-TCTTTTAATGGATTTATAACATTTTAATTGATTTTAAATTAATTTTTTAACATTTTT
* * * **
260376 GCTTG-AATAGATCATTATTCCATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGGTA
64 GCTTGAAACAGATCATTATTCAATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACA
* * * * **
260440 AGAAAAGTCCATTTATAATCACTTATACCTTCAAAAGGCTTGTTATTTGCCTTAAGTGAATTTAC
129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGGCTTGTTACTTGATTTAAGTGAATTTAC
* * * * * * * *
260505 AGCTTCTTAAATGATTTTAAAATTGGGTTTGTTTTGTACTTTTAGTTAAAAAGGACCCTAATTTG
194 AACTTTTTAAATGATTTTAAAACTGGATTTGTTTTGCATTTTTAGTTAAAAAGGATCATAATTTG
*** * *
260570 ATGTTTGCATTGGGAAACATAAAGTAAAAATCATCCATTGACAAGAAAACTCTATTTATAGTCAC
259 ATGTTTGCATCAAGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAACTCTATTTATAGTCAC
* * * ** *
260635 TCATGTCC-TCTAAAGGCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTTCATGATTTTAGA
324 TTATG-CCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAA
* * * * *
260699 TAAAATATTTTTGTATTTTTTGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATTAG-GAAACGTAA
388 TATAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCA-TAGAGAAACATAA
* * * * *
260763 AGTGAAAGCCATCCATT-AGCAAGAAACGTCTATTTATCGTCGCAT-ATTCCTTCAAAAGCCTT
452 AGTAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * ** * *
260825 CTTAC-TCATTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAACGATTTTAGATTGAATATTTTTTACATTT
1 GTTACTTC-TTTTAA-TGGATTTATAACATTTTAATTGATTTTAAATT-AAT-TTTTTAACATTT
* * * * ** * *
260889 TTGGTTAAAACGGATCATAATTTGATG-TT-CACCTTGGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
62 TTGCTTGAAACAGATCATTATTCAATGTTTGCATC-AGG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * * * * *
260952 G-CTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCTTCAGAAGCCTTGTTAC-TCACTTTAAATGG
125 GAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGGCTTGTTACTTGA-TTTAAGTGA
* * * ** * * *
261015 ATTTATAACCTTTTAAATAATTTT-AAA-TTAATTT-TTTTACATTTTCAGTTAAAACA-TATCA
188 ATTTACAACTTTTTAAATGATTTTAAAACTGGATTTGTTTTGCATTTTTAGTTAAAA-AGGATCA
* *** * ** * *
261076 TAATTTGATATTTTTGTCAA-ACAACGTGTAGCAGAAG-CTATCCATTAACAAG---A----A--
252 TAATTTGATGTTTGCATCAAGA-AACATAAAGCAAAAGTC-ATCCATTGACAAGAAAACTCTATT
* * * *
261130 -A-AGTC-C--A----TT----A--CTTG-------CTTTCAGTGAATTTCTAACCTTTTAAATG
315 TATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATG
* * *
261173 ATTTTAAAT-TGATTTTTTTTATATTTTTGGCT-AAACTAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAG
380 ATTTTAAATAT-AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC-AAATCATAATTTGATGTTTGCA-TAG
* * * * * *
261236 -GAGACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGTCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-CTTCATACTTTCA
442 AGAAACATAAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCATTCCTTCA
*
261299 AAAGTCTT
506 AAAGCCTT
* * * *
261307 GTTACTTTCTTTTAATGGATTTATAACTTTTTACA-AGA---TAAATTTATTTTTTCACATTTTT
1 GTTAC-TTCTTTTAATGGATTTATAACATTTTA-ATTGATTTTAAATTAATTTTTTAACATTTTT
* * * * ** * * * * * * *
261368 TCTTAAAACGGATCATAATTTTATATTTACATCAAGAAACGTGAAGCTAAAGCCAGCCATTGATA
64 GCTTGAAACAGATCATTATTCAATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACA
* * * * ** * * * * *
261433 AGAAAAGTCTATTGATAATCACTCATACCTTTGAAA-GCTTTGTTGCTCGCTTTAAGCGAATCT-
129 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGGC-TTGTTACTTGATTTAAGTGAATTTA
* * * ** ** *
261496 CTAACCTTTTAAATGATTTT-AAA-TTGATTTTTTTTATATTTTTTA-TTCAACCA-TATCATAA
193 C-AACTTTTTAAATGATTTTAAAACTGGATTTGTTTTGCA-TTTTTAGTT-AAAAAGGATCATAA
* * ** * ** * * * *
261557 TTTGATGTTTACATCGAGAAATGTGAAGTGAAA-TGCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTAATT
255 TTTGATGTTTGCATCAAGAAACATAAAGCAAAAGT-CATCCATTGACAAGAAAACTCTATTTATA
* * * ** * ** *
261621 GTCCCTTATACCTTTGGTTA-CCTTGGTACTCACTTTGAA-TCAATTTATAACTTCTTAAATGAT
319 GTCACTTATGCC-TTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTT-AAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGAT
* * * * * * *
261684 TTTAAAT-TGA-TTTTTTATAATTTTGCTTAAAAC-AGTCATAATTTGATATTTACATTGAGAAA
382 TTTAAATATAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATAGAGAAA
* * * * * * * * * *
261746 AATGAAGCAAAAGCCATCTATTGATAAGTAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGAC
447 CATAAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCC
261811 TT
512 TT
* * * * * * *
261813 GTTAC-TCACTTTAAGTGGATTTATAGCTTTTTAAATAATTTTAAATTGATTTTTTTACA-TTTT
1 GTTACTTC-TTTTAA-TGGATTTATAACATTTTAATTGATTTTAAATTAATTTTTTAACATTTTT
* *
261876 GGTT-AGAACAAATCATTATT-AATGTTTGCATC
64 GCTTGA-AACAGATCATTATTCAATGTTTGCATC
261908 TAAAAATTCC
Statistics
Matches: 2089, Mismatches: 418, Indels: 233
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497 2 0.00
499 1 0.00
501 2 0.00
502 8 0.00
503 1 0.00
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ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (513 bp):
GTTACTTCTTTTAATGGATTTATAACATTTTAATTGATTTTAAATTAATTTTTTAACATTTTTGC
TTGAAACAGATCATTATTCAATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGGCTTGTTACTTGATTTAAGTGAATTTACAA
CTTTTTAAATGATTTTAAAACTGGATTTGTTTTGCATTTTTAGTTAAAAAGGATCATAATTTGAT
GTTTGCATCAAGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAACTCTATTTATAGTCACTT
ATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATAT
AATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATAGAGAAACATAAAGTA
AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTT
Found at i:260719 original size:855 final size:851
Alignment explanation
Indices: 259134--261052 Score: 1947
Period size: 855 Copynumber: 2.2 Consensus size: 851
259124 CTTTAAGTGG
* ** * **
259134 ATTTATAACTTTTTAAATAATTTTAAA-TAGAAT-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATCAT
1 ATTTACAACTTTTTAAACGATTTTAAACT-GAATATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACGGATCAT
* * * * * * ** *
259197 AATTTAATGTTTGCATC-GAG-AAACATAAAGCGAAGGCCATCCATTGATAATAAAAG-CCTATT
65 AATTTGATG-TT-CACCTAAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGCCAAGAAAAGTCC-ATT
* * ** * * * *
259259 TATAGTCACACATTCTTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTTAGTGCATTTATAACTTTTTAAACA
127 TATAGCCACTCAAGCCTTC-AAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTG-GTTTATAAC-TTTTAAATA
* *
259324 ATTTTAAATTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGATCATATTATGATGTTTGCATCAAGA
189 ATTTTAAATTAATTTTTTTCAAATTTTTGGTTCAAACAGATCATATTATGATGTTTGCATCAAGA
* ** * * *
259389 AACATGAAGTAAAAGGCATCCATTGTGAAGAAATATCTATTTATAGTCGCTCAAGCCTTTAGAAG
254 AACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGCAAAGAAATATCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTTAGAAG
* * **
259454 CCTTGTTACTCACTTTAAATGGGTTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAAATTTGATTTGTTTTGC
319 CCTTGTTACTCACTTTAAATGGATTTATAACATTTTAAATGATTTTAAAATTTGATTTGTTTCAC
** ** * *
259519 ATTTTTAGTTCAAACGGATCATAATATGGTGTTTGCACCAAGAAATGTGAAGTAAAAGTCATCCA
384 ATTTTTAGTTCAAAC-GATCATAATATCATGTTTGCACCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
* * * * *
259584 TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGG
448 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTTATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCCTTAAGTGA
** * * * ** * *
259649 ATTTTTAACTTTTTAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAATTGGATCTTAAT
513 ATTTACAACTTCTTAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTACACTTTTAGTTAAAAAGGACCCTAAT
* *
259714 TTGATGTTTGCATAGAGAAACATGAAGTAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
578 TTGATGTTTGCATAGAGAAACATAAAGTAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAACTCCATTTATAGT
**
259779 CACTCATACCTTCGAAAGCCTTGTTACTTGCTTTTAATGGATTTATAACATTTTAATTGATTTTA
643 CACTCATACCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTTAATGGATTTATAACATTTTAATTGATTTTA
* * * * *
259844 GATTATTTTTTAACATTTTTTCTTGAAACAGATCATTATTCAATGTTTGCATTAGGAAACATGAA
708 GATAATTTTTTAACATTTTTTCTTAAAACAAATCATAATTCAATGTTTGCATTAGGAAACATAAA
* * * * *
259909 GCAAAAGTAATCTATT-GACAAGAAAAGTCCATTTA-CAGTCACCCATGT-CTTCAAAAGGCTTG
773 GCAAAAGCAATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTATC-GTCACACAT-TCCTTCAAAAGCCTTC
*
259971 TTACTTGA-TTTAACTAA
835 TTAC-TCATTTTAACTAA
* * *
259988 ATTTACAACTTTTTAAATGATTTTAAAACTGGAT-TTGTTTTGCATTTTTAGTTAAAACGGATCA
1 ATTTACAACTTTTTAAACGATTTT-AAACTGAATATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACGGATCA
* * * * * * *
260052 TTATTTGATGTTTTCATC-AAG-CAACATGAAGCAAAAG-CA-CTTATTGCCAAGTAAATTTCAT
64 TAATTTGATG--TTCACCTAAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATC-CATTGCCAAGAAAAGTCCAT
* **** *
260113 TTCTAGTTTTTTAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTAGGTTTATAACTTTTGAAAT
126 TTATAGCCACTCAAGCCTTC-AAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGT-GGTTTATAACTTTT-AAAT
* **
260178 GATTTTAAATTAATTTTTTTCAAATTTTTGGTT-AAATGGAATCATAATT-TGATGTTTGCATCA
188 AATTTTAAATTAATTTTTTTCAAATTTTTGGTTCAAACAG-ATCAT-ATTATGATGTTTGCATCA
* * * *
260241 AGAAGCATGCAGTAAAAGCCATCCATTGACAAAGAAA-GTCCATTTACAGTCACTCATGCCTTT-
251 AGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTG-CAAAGAAATATCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTTA
* * * *
260304 GAAAG-TTTGATTGCTCACTTTTAATGGATTTATAACATTTTAATTGATTTT-AAA-TTGA-TT-
315 G-AAGCCTTG-TTACTCACTTTAAATGGATTTATAACATTTTAAATGATTTTAAAATTTGATTTG
* * * * *
260364 TTTCACATTTTT-GCTTGAATA-GATCATTAT-TCCATGTTTGCATCAGGAAACATGAAGCGAAA
378 TTTCACATTTTTAG-TTCAA-ACGATCATAATAT-CATGTTTGCACCAAGAAACATGAAGCAAAA
** * * *
260426 GCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTTATACCTTCAAAAGGCTTGTTATTTGCC
440 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTTATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCC
* ** **
260491 TTAAGTGAATTTACAGCTTCTTAAATGATTTTAAAATTGGGTTTGTTTTGTACTTTTAGTTAAAA
505 TTAAGTGAATTTACAACTTCTTAAATGATTTT-AAATT-AATTT-TTTTACACTTTTAGTTAAAA
* * *
260556 AGGACCCTAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACATAAAGTAAAA-ATCATCCATTGACAAGAAAAC
567 AGGACCCTAATTTGATGTTTGCATAGAGAAACATAAAGTAAAAGCT-ATCCATTGACAAGAAAAC
* * * * *
260620 TCTATTTATAGTCACTCATGTCC-TCTAAAGGCTTGTTACTCAC-TTTAAGTGGATTTATAACTT
631 TCCATTTATAGTCACTCAT-ACCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTTAA-TGGATTTATAAC-A
* ** * **
260683 TTTTCA-TGATTTTAGATAAAATATTTTT-GTATTTTTTGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTT
693 TTTTAATTGATTTTAGAT--AAT-TTTTTAACATTTTTTCTTAAAACAAATCATAATTCAATGTT
* ** * * * * *
260746 TGCATTAGGAAACGTAAAGTGAAAGCCATCCATTAGCAAGAAACGTCTATTTATCGTCGCATATT
755 TGCATTAGGAAACATAAAGCAAAAGCAATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATCGTCACACATT
* **
260811 CCTTCAAAAGCCTTCTTACTCATTTTAAGTGG
820 CCTTCAAAAGCCTTCTTACTCATTTTAACTAA
* * * *
260843 ATTTATAACTTTTTAAACGATTTTAGATTGAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACGGATCATA
1 ATTTACAACTTTTTAAACGATTTTAAACTGAATATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACGGATCATA
** *
260908 ATTTGATGTTCACCTTGGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGCTAAGAAAAGTCCATTTATA
66 ATTTGATGTTCACCTAAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATA
*
260973 GCCACTCAAGCCTTCAGAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGATTTATAACCTTTTAAATAATTT
131 GCCACTCAAGCCTTCA-AAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGG-TTTATAA-CTTTTAAATAATTT
261038 TAAATTAATTTTTTT
193 TAAATTAATTTTTTT
261053 ACATTTTCAG
Statistics
Matches: 870, Mismatches: 157, Indels: 75
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
849 1 0.00
850 113 0.13
851 19 0.02
852 17 0.02
853 131 0.15
854 106 0.12
855 406 0.47
856 74 0.09
857 3 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (851 bp):
ATTTACAACTTTTTAAACGATTTTAAACTGAATATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACGGATCATA
ATTTGATGTTCACCTAAGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGCCAAGAAAAGTCCATTTATA
GCCACTCAAGCCTTCAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTATAACTTTTAAATAATTTTAA
ATTAATTTTTTTCAAATTTTTGGTTCAAACAGATCATATTATGATGTTTGCATCAAGAAACATGA
AGTAAAAGCCATCCATTGCAAAGAAATATCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTTAGAAGCCTTGTT
ACTCACTTTAAATGGATTTATAACATTTTAAATGATTTTAAAATTTGATTTGTTTCACATTTTTA
GTTCAAACGATCATAATATCATGTTTGCACCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAG
AAAAGTCCATTTATAATCACTTATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCCTTAAGTGAATTTACAA
CTTCTTAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTACACTTTTAGTTAAAAAGGACCCTAATTTGATGTT
TGCATAGAGAAACATAAAGTAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCATA
CCTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTTAATGGATTTATAACATTTTAATTGATTTTAGATAATTT
TTTAACATTTTTTCTTAAAACAAATCATAATTCAATGTTTGCATTAGGAAACATAAAGCAAAAGC
AATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATCGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCATTTT
AACTAA
Found at i:261005 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 258790--261084 Score: 1744
Period size: 343 Copynumber: 6.7 Consensus size: 339
258780 TCTCTTTTCA
* * * * * * *
258790 TGGATTTATAACATTTGAATTGATTTTAAATT-TATTTTTATACATTTTT-GCTTGAAACAGATC
1 TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACGGATC
* * ** * * *
258853 ATTATTTGATGTTTGCATC-AAGAAACATGAAACGAAAGCCATCCATTGACAATAAAAGTCCATT
65 ATAATTTGATG-TT-CACCTTGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT
* * * ** * *
258917 TATAGTCA-TCCATTCCTTCAAAAGGCTTGTTGCTTGCTTTAAGTGGATTTACAACTTTCTAAAT
128 TATAGTCACT-CATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAAT
* ** * * * *
258981 TATTTTAAAACTGGATTTATTTT-TATTTTTGGTTAAAA-AGATCATAATTTGATGTTAGAAT-A
192 GATTTT-AAA-TAAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCA
** * ** * * * * * *
259043 GCGAAATGTAAAACAAAAGCCATCCCTTAACAAGAGAACTCCATTTATAGTCATTCACTCCCTT-
254 G-GAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-A-TACCTTC
* ** *
259107 GAAAGTTTTGTTACTTACTTTAAG
316 AAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAG
* * * **
259131 TGGATTTATAACTTTTTAAATAATTTTAAATAGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATCA
1 TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACGGATCA
* ** * * * * * * *
259196 TAATTTAATGTTTGCATCGAGAAACATAAAGCGAAGGCCATCCATTGATAATAAAAG-CCTATTT
66 TAATTTGATGTTCACCTTG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTT
* * * * * **
259260 ATAGTCACACATTCTTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTTAGTGCATTTATAACTTTTTAAACAA
129 ATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGA
* * * *
259325 TTTTAAATTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGATCAT-ATTATGATGTTTGCATCAAGA
194 TTTTAAA-TAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATT-TGATGTTTGCATCAGGA
* ** * * * *
259389 AACATGAAGTAAAAGGCATCCATTGTGAAGAAATA-TCTATTTATAGTCGCTCA-AGCCTTTAGA
257 AACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACT-ATA-CCTTCAAA
*
259452 AGCCTTGTTACTCACTTTAAA
319 AGCCTTGTTACTCACTTTAAG
* * *
259473 TGGGTTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAAATTTG-ATTTGTTTTGCATTTTTAGTTCAAACGGA
1 TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTT-AAA-TTGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACGGA
* * ** ** * * *
259537 TCATAATATGGTGTTTGCACC-AAGAAATGTGAAGTAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCTA
63 TCATAATTTGATG-TT-CACCTTGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * *
259601 TTTATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTTTAACTTTTTAAA
126 TTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAA
* * *** *
259666 TGATTTTAAATTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAATTGGATCTTAATTTGATGTTTGCAT-AGA
191 TGATTTTAAATAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAG-
* *
259730 GAAACATGAAGTAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAA
255 GAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-ATACCTTCAAA
**
259795 AGCCTTGTTACTTGCTTTTAA-
319 AGCCTTGTTACTCAC-TTTAAG
* * * * ** * *
259816 TGGATTTATAACATTTTAATTGATTTTAGATT--ATTTTTTAACATTTTTTCTTGAAACAGATCA
1 TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACGGATCA
* ** ** * ** *
259879 TTATTCAATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGTAATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
66 TAATTTGATGTTCACCTT-GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * * ** *
259944 CAGTCACCCATGTCTTCAAAAGGCTTGTTACTTGA-TTTAACTAAATTTACAACTTTTTAAATGA
130 TAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTAC-TCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGA
** * * * * *
260008 TTTTAAAACTGGATTTGTTTTGCATTTTTAGTTAAAACGGATCATTATTTGATGTTTTCATCAAG
194 TTTT-AAA-TAAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGG
* * * * * * * * ** * *
260073 CAACATGAAGCAAAAG-CA-CTTATTGCCAAGTAAATTTCATTTCTAGT-TTTTTAAGCCTTCGA
256 AAACATGAAGTAAAAGCCATC-CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAT-A-CCTTCAA
260135 AAGCCTTGTTACTCACTTTAAG
318 AAGCCTTGTTACTCACTTTAAG
* * * *
260157 TAGG-TTTATAACTTTTGAAATGATTTTAAATT-AATTTTTTTCAAATTTTTGGTT-AAATGGAA
1 T-GGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACGG-A
* ** * * *
260219 TCATAATTTGATGTTTGCATC-AAGAAGCATGCAGTAAAAGCCATCCATTGACAA-AGAAAGTCC
63 TCATAATTTGATG-TT-CACCTTGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGA-AAAGTCC
* ** * * *
260282 ATTTACAGTCACTCATGCCTTTGAAAG-TTTGATTGCTCACTTTTAA-TGGATTTATAACATTTT
125 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTG-TTACTCAC-TTTAAGTGGATTTATAACTTTTT
* ** * * * * **
260345 AATTGATTTTAAATTGA-TTTTTCACATTTTT-GCTT-GAATAGATCATTATTCCATGTTTGCAT
188 AAATGATTTTAAATAAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCAT
** ** *
260407 CAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTTATACCTTC
252 CAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TATACCTTC
* * ** *
260472 AAAAGGCTTGTTATTTGCCTTAAG
316 AAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAG
* * * * ** ** * * *
260496 TGAATTTACAGCTTCTTAAATGATTTTAAAATTGGGTTTGTTTTGTACTTTTAGTTAAAAAGGAC
1 TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTT-AAATTGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACGGAT
* ** * * * ** * *
260561 CCTAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACATAAAGTAAAAATCATCCATTGACAAGAAAACTCTATT
64 CATAATTTGATGTTCACCTT-GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT
* * **
260626 TATAGTCACTCATGTCC-TCTAAAGGCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTTCAT
128 TATAGTCACTCATG-CCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAAT
* * ** * * *
260690 GATTTTAGATAAAATATTTTTGTATTTTTTGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATTAGG
192 GATTTTAAAT-AAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGG
* * * * * * * *
260755 AAACGTAAAGTGAAAGCCATCCATT-AGCAAGAAACGTCTATTTATCGTCGCATATTCCTTCAAA
256 AAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TATACCTTCAAA
* *
260819 AGCCTTCTTACTCATTTTAAG
319 AGCCTTGTTACTCACTTTAAG
* * *
260840 TGGATTTATAACTTTTTAAACGATTTTAGATTGAATATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACGGATC
1 TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACGGATC
260905 ATAATTTGATGTTCACCTTGGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG-CTAAGAAAAGTCCATT
65 ATAATTTGATGTTCACCTTGG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC-AAGAAAAGTCCATT
* * * * * *
260969 TATAGCCACTCAAGCCTTCAGAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGATTTATAACCTTTTAAATA
128 TATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATG
* * *
261034 ATTTTAAATTAATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAACATATCATAATTTGAT
193 ATTTTAAATAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTGAT
261085 ATTTTTGTCA
Statistics
Matches: 1526, Mismatches: 358, Indels: 139
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 42 0.03
339 196 0.13
340 36 0.02
341 246 0.16
342 359 0.24
343 387 0.25
344 255 0.17
345 3 0.00
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
TGGATTTATAACTTTTTAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACGGATCA
TAATTTGATGTTCACCTTGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTGGATTTATAACTTTTTAAATGATT
TTAAATAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACA
TGAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTATACCTTCAAAAGCCTTG
TTACTCACTTTAAG
Found at i:261821 original size:168 final size:167
Alignment explanation
Indices: 261153--261867 Score: 594
Period size: 168 Copynumber: 4.2 Consensus size: 167
261143 GCTTTCAGTG
*
261153 AATTTCTAACCTTTTAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTATATTTTTGGC-T-AAACTAGATCA
1 AATTTATAA-CTTTTAAATGATTTTAAATTGA--TTTTTTATATTTTT-GCTTAAAAC-AGATCA
* * * * *
261216 TAATTTGATGTTTGCAT-TAGGAGACATAAAGCAAAAGCCATCCATTG-TCAAGAAAAGTCTATT
61 TAATTTGATATTTACATCGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAT-AAGAAAAGTCTATT
** *
261279 TATAGTC-CTTCATA-CTTTCAAAAGTCTTGTTACTTTCTTTTAATG
124 TATAGTCAC-TCATACCTTTCAAAAG-CTTGTTACTCAC-TTTAATC
* * * * *
261324 GATTTATAACTTTTTACAA-GA---TAAATTTATTTTTTCACATTTTTTCTTAAAACGGATCATA
1 AATTTATAAC-TTTTA-AATGATTTTAAATTGATTTTTT-ATATTTTTGCTTAAAACAGATCATA
* * * * * *
261385 ATTTTATATTTACATCAAGAAACGTGAAGCTAAAGCCAGCCATTGATAAGAAAAGTCTATTGATA
63 ATTTGATATTTACATCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATA
* * * * *
261450 ATCACTCATACCTTT-GAAAGCTTTGTTGCTCGCTTTAAGC
128 GTCACTCATACCTTTCAAAAGC-TTGTTACTCACTTTAATC
* * ** * * *
261490 GAATCTCTAACCTTTTAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTATATTTTTTATTCAACCATATCAT
1 -AATTTATAA-CTTTTAAATGATTTTAAATTGA--TTTTTTATATTTTTGCTTAAAACAGATCAT
* ** * * * * *
261555 AATTTGATGTTTACATCGAGAAATGTGAAGTGAAATG-CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTAA
62 AATTTGATATTTACATCGAGAAACATGAAG-CAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTA
* * * **** * *
261619 TTGTCCCTTATACCTTTGGTTACCTTGGTACTCACTTTGAATC
126 TAGTCACTCATACCTTTCAAAAGCTTGTTACTCACTTT-AATC
*
261662 AATTTATAACTTCTTAAATGATTTTAAATTGATTTTTTATAATTTTGCTTAAAACAG-TCATAAT
1 AATTTATAACTT-TTAAATGATTTTAAATTGATTTTTTATATTTTTGCTTAAAACAGATCATAAT
* * * *
261726 TTGATATTTACATTGAGAAAAATGAAGCAAAAGCCATCTATTGATAAGTAAAGTCTATTTATAGT
65 TTGATATTTACATCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGT
*
261791 CACTCATACCTTT-AAAAGACTTGTTACTCACTTTAAGTG
130 CACTCATACCTTTCAAAAG-CTTGTTACTCACTTTAA-TC
* * *
261830 GATTTATAGCTTTTTAAATAATTTTAAATTGATTTTTT
1 AATTTATAAC-TTTTAAATGATTTTAAATTGATTTTTT
261868 TACATTTTGG
Statistics
Matches: 432, Mismatches: 86, Indels: 55
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 15 0.03
167 105 0.24
168 132 0.31
169 21 0.05
170 11 0.03
171 131 0.30
172 17 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (167 bp):
AATTTATAACTTTTAAATGATTTTAAATTGATTTTTTATATTTTTGCTTAAAACAGATCATAATT
TGATATTTACATCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
ACTCATACCTTTCAAAAGCTTGTTACTCACTTTAATC
Found at i:265595 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 265582--265631 Score: 55
Period size: 8 Copynumber: 5.9 Consensus size: 8
265572 TTTTTCTTCG
265582 TCCTTTCT
1 TCCTTTCT
265590 TCCTTTCT
1 TCCTTTCT
*
265598 CTCTTTTCT
1 -TCCTTTCT
*
265607 TTCTTTCT
1 TCCTTTCT
265615 TCCTTTTCT
1 TCC-TTTCT
265624 CTCCTTTC
1 -TCCTTTC
265632 CCCTATCTCC
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 5
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
8 16 0.46
9 16 0.46
10 3 0.09
ACGTcount: A:0.00, C:0.36, G:0.00, T:0.64
Consensus pattern (8 bp):
TCCTTTCT
Found at i:265602 original size:33 final size:34
Alignment explanation
Indices: 265560--265632 Score: 89
Period size: 32 Copynumber: 2.2 Consensus size: 34
265550 CCAACCTTTT
*
265560 CTTTCCTCTTCTTTTTTC-TTCGTCC-TTTCT-TC
1 CTTTCCTCTT-TTCTTTCTTTCGTCCTTTTCTCTC
*
265592 CTTTCTCTCTTTTCTTTCTTTCTTCCTTTTCTCTC
1 CTTTC-CTCTTTTCTTTCTTTCGTCCTTTTCTCTC
265627 CTTTCC
1 CTTTCC
265633 CCTATCTCCT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 6
0.81 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
32 11 0.31
33 11 0.31
34 6 0.17
35 7 0.20
ACGTcount: A:0.00, C:0.36, G:0.01, T:0.63
Consensus pattern (34 bp):
CTTTCCTCTTTTCTTTCTTTCGTCCTTTTCTCTC
Found at i:265607 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 265585--265631 Score: 60
Period size: 17 Copynumber: 2.7 Consensus size: 17
265575 TTCTTCGTCC
265585 TTTCTTCCTTTC-TCTCT
1 TTTCTTCCTTTCTTC-CT
*
265602 TTTCTTTCTTTCTTCCT
1 TTTCTTCCTTTCTTCCT
265619 TTTCTCTCCTTTC
1 TTTCT-TCCTTTC
265632 CCCTATCTCC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
17 18 0.69
18 8 0.31
ACGTcount: A:0.00, C:0.34, G:0.00, T:0.66
Consensus pattern (17 bp):
TTTCTTCCTTTCTTCCT
Found at i:266845 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 266532--266868 Score: 396
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 172
266522 CTAAAAAAGT
* * *
266532 AAACAAATTTAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTT
1 AAACAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATAATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTT
* ** * *
266597 AGAAGGCTTAAGTGATTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGGGTGGCTTTTGCTTCATATTTTCT
66 AGAAGGC-TAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTACTTCAGATTTTCT
* * *
266662 AAGGTAGACATTCAATTGTAATATATTTTAGCCAAAAATGTAA
130 AAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAA
* * * * *
266705 AAAC-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATTTACAGTGGGTAATAATGCTTC
1 AAACAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATAATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTT-
* *
266769 T-GAAGG-TACGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-TCCAATGAATGGCTTTTACTTCAG-GTT
65 TAGAAGGCTA--AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAT-CAATGAATGGCTTTTACTTCAGATTT
* * *
266830 TCTTGAGGCAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACCAA
127 TC-TAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAA
266869 CAATATNNNN
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 21, Indels: 11
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 5 0.04
172 126 0.91
173 5 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
AAACAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATAATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTT
AGAAGGCTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTACTTCAGATTTTCTA
AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAA
Done.