Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401953.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5052.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 951
Length: 1585
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.08, T:0.30
Warning! 365 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:436 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 259--1000 Score: 601
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 169
249 NNNNNNNNNN
* * *
259 TTTATAGTCACCCATTCCATTAAAAGCTTTATTGCTCGCTTTAAATTGTTTTCTAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAAT
* *
324 TGACTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTCTACCTCAA
66 TGA-TTTAAGTA-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATGGAATGTCTACCTCAA
********** *
389 AAAANNNNNNNNNNAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
129 AAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
** *
430 TTTATAGTCACATATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATAC-CATAA
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATTGTTTTATAAT-CTCATAA
* * * ********** *
494 CTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACTNNNNNNNNNNGTCTACCTTA
65 TTGA-TTTAAG-TAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATGGAATGTCTACCTCA
* * * *
559 AGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTTGTAAGAAAAGTCCA
128 AAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* ** * *
601 TTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTGCTCAATTTAAATTATTTTATAATCTCCTAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
666 TGATTGTAAGTTCAATTTTGTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATGGAATGTCTACCTTAA
66 TGATT-TAAG-TAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATGGAATGTCTACCTCAA
* * ** * * *
731 GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCTA
129 AAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
** * * * *
772 TTTATAGTC-CAGTATTCCTTCAACAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAT-TTTTATAATCTCATA
1 TTTATAGTCAC-CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAAT-TGTTTTATAATCTCATA
******** * * * * *
835 ATTGATNNNNNNNNNNATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACATACTAAAATTGAATGTCTACCTC
64 ATTGAT--TTAAGTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATGGAATGTCTACCTC
* * * * * *
900 AAAAAACATGAAGAAAAGGCCATTCATTAGTAATAAAAGCCCA
127 AAAAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
* * * * * * *
943 -TTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATTATTTTATAATCT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCT
1001 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 458, Mismatches: 103, Indels: 21
0.79 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 53 0.12
171 400 0.87
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTAAGTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATGGAATGTCTACCTCAAAA
AACATAAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCA
Found at i:897 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 259--1000 Score: 783
Period size: 342 Copynumber: 2.2 Consensus size: 342
249 NNNNNNNNNN
* * * * *
259 TTTATAGTCACCCATTCCATTAAAAGCTTTATTGCTCGCTTTAAATTGTTTTCTAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCGATTTAAATTATTTTATAATCTCATAAT
* * *
324 TGACTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATCTCTACCTCAA
66 TGACTTTAAGTACAATTTTGTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATGGAATCTCTACCTCAA
********** * *
389 AAAANNNNNNNNNNAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACATATTCCTTTAAA
131 AAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACATATTCCTTCAAA
454 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATACCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
196 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATACCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
* ********** * *
519 ATTTTTGGTTAAAATAGACTNNNNNNNNNNGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCA
261 ATTTTTGGTTAAAACAGACTAAAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATAAAGAAAAAGACATTCA
* *
584 TTTGTAAGAAAAGTCCA
326 TTAGTAAGAAAAGCCCA
* * *
601 TTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTGCTCAATTTAAATTATTTTATAATCTCCTAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCGATTTAAATTATTTTATAATCTCATAAT
* * *
666 TGA-TTGTAAGTTCAATTTTGTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATGGAATGTCTACCTTA
66 TGACTT-TAAGTACAATTTTGTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATGGAATCTCTACCTCA
* * * *
730 AGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-CAGTATTCCTTCA
130 AAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACA-TATTCCTTCA
* * * **********
794 ACAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAT-TTTTATAAT-CTCATAATTGATNNNNNNNNNNATTTTT
194 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-TGTTTTATAATAC-CATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTT
* * * * *
857 TTATATTTTTGGTTAAAACATACTAAAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAGGCCA
257 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAAAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATAAAGAAAAAGACA
*
922 TTCATTAGTAATAAAAGCCCA
322 TTCATTAGTAAGAAAAGCCCA
* * * * * *
943 -TTACAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAATTATTTTATAATCT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCGATTTAAATTATTTTATAATCT
1001 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 324, Mismatches: 72, Indels: 9
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
341 55 0.17
342 268 0.83
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
TTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCGATTTAAATTATTTTATAATCTCATAAT
TGACTTTAAGTACAATTTTGTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATGGAATCTCTACCTCAA
AAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACATATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATACCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
ATTTTTGGTTAAAACAGACTAAAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATAAAGAAAAAGACATTCA
TTAGTAAGAAAAGCCCA
Done.