Tandem Repeats Finder Program written by: Gary Benson Program in Bioinformatics Boston University Version 4.09 Sequence: NW_018401959.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5058.0, whole genome shotgun sequence Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000 Pmatch=0.80,Pindel=0.10 tuple sizes 0,4,5,7 tuple distances 0, 29, 159, 1000 Length: 2968 ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.10, T:0.34 Warning! 388 characters in sequence are not A, C, G, or T Found at i:1204 original size:343 final size:340 Alignment explanation
Indices: 513--2420 Score: 1464 Period size: 343 Copynumber: 5.6 Consensus size: 340 503 NNNNNNNNNN * * * * * ** * 513 AAAGCCTTATCACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTAAATTT-TT 1 AAAGCCTTATTACTCACATTAAATGA-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTCAATTTGTT * ** * * * * * * 576 TTATATTTTTGGTTTGAGTAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATATGAAGAAAAAAAGT 65 GTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAATGC * * * * 641 ATTTATTGGCA-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAGAAGCCGTATTACTCACTT 129 ATTCATT-G-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT * * * 705 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTCAGTTGAATTTTTTTACATTCCTAGG-TAAAACA 192 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGGTTAAAACA * * * * * * * 769 TATTATAATTGAATGTCTACCTCAGAAAATATGAAGGAAAATGCATTCTTTGGCAAGAAAAGTTC 255 TAATATAATTGAATGTCTACCTGAG-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC * * 834 ATTTATAGTCACCTATACCTTCA 319 ATTTATAGTCACCAAT-TCTTCA * * ********** 857 AAAGCCTAATTACTCGC-TCTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNN 1 AAAGCCTTATTACTCACAT-TAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA-TTTCAATTTGT * * 921 T-TATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGT 64 TGTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGC * * *********** 985 ATTCATTGATGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAANNNNNNNNNNCACTTTA 129 ATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA * * * * * * 1050 AATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGATTCAATTTTTTTACATTTGTGGTTAGAACAGAA 194 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATAA * * * 1115 TATAATTGAATGTTTGCTCTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT 258 TATAATTGAATGTCTAC-CTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT * 1180 TATAGTCAACAATTCCTTCA 322 TATAGTCACCAATT-CTTCA ** * * * 1200 AAAGCCTTATTACTCACATTAAAAAATTTTCTAATCACAAAATTGATTTTAATTTCAATTTTTTG 1 AAAGCCTTATTACTCACATTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTCAATTTGTTG * * * * 1265 TACATTTTTAGTTGAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCAT 66 TATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCAT ***************** * * 1330 TCATTGGNNNNNNNNNNNNNNNNATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA 131 TCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA * * * 1395 TGGTTTTATAA-CATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGACCA-AAT 196 TGGTTTTATAATC-TCAAAATTGATTTTA-GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATAA- * * * * 1458 TATAATTGAATGTTTACCTTTGA-AAACATGCAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCAT 258 TATAATTGAATGTCTACC--TGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT * 1522 TTATAGTCACCCATTCTTCCA 321 TTATAGTCACCAATTCTT-CA ** * * 1543 AAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATTTTGAATTTGTTG 1 AAAGCCTTATTACTCACATTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTCAATTTGTTG * * * * * * 1608 TATATTTTTTGTTAAAACAAATTATATTTGAA-AGTTTAACTTGAGAAACA-GAAAGAAAAATGC 66 TATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATA-TCTACCTTGAGAAACATG-AAGAAAAATGC * * * * * 1671 ATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCA-TCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTGACTTT 129 ATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT * * * 1735 AAATGGTTCTATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCTTTATACATTTTTAGTTAAAACAT 193 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAG-TTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAT * * * * 1800 ATTATAATTGAATGTCTACCTGGAGAAATATGAAGAAAAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA 256 AATATAATTGAATGTCTACCT-GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA * * * * 1865 TTTATAGTCAGCTAGTTTTTTA 320 TTTATAGTCA-CCAATTCTTCA * * * * * 1887 AAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAGTTTGAATTCT-TT 1 AAAGCCTTATTACTCACATTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTCAATT-TGTT * * * * * * * ** * * * 1951 GTACATTTTTAGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACATGATG-AAAAGGTA 65 GTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCA * * * *********** * 2015 TTTATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATTCCTTTNNNNNNNNNNTTACTCGCTTTA 130 TTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA * * * ** * * * 2079 AATGGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTACATTGAATTGTTTTACATTTTTTCTTGAAATAGA 194 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTA-GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATA * * ** * * 2143 TTATAATTAAATG-CATGGCTTAGGAAACATGTAGAAAAA-GCTATTCATTTGG-AAGAAAAGTC 257 ATATAATTGAATGTC-TACCTGA-GAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCA-TTGGCAAGAAAAGTC * * * * * 2205 CATTTATACTCTCCTACTCCTTCG 318 CATTTATAGTCACC-AATTCTTCA * * * * * * * 2229 AAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGAAAATTGATTTTAGTTTGAATTAT-TT 1 AAAGCCTTATTACTCACATTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTCAATT-TGTT * * * * * ** * ** * * 2293 GTACATTTTTTGTTCAAACATATTATAATTGAATGGCAACCTTGAGAAATGTGAAG-AAATTACA 65 GTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCA * * * * * * * 2357 TTTATTGGTAAGAAAATTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGTCTTATTACTCACTTTA 130 TTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA 2421 NNNNNNNNNN Statistics Matches: 1249, Mismatches: 276, Indels: 80 0.78 0.17 0.05 Matches are distributed among these distances: 341 5 0.00 342 246 0.20 343 693 0.55 344 246 0.20 345 58 0.05 346 1 0.00 ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.38 Consensus pattern (340 bp): AAAGCCTTATTACTCACATTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTCAATTTGTTG TATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCAT TCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATAATAT AATTGAATGTCTACCTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA GTCACCAATTCTTCA Found at i:2123 original size:15 final size:16 Alignment explanation
Indices: 2098--2127 Score: 53 Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16 2088 ATAATCTCAT 2098 AATTAGTTTTACATTG 1 AATTAGTTTTACATTG 2114 AATT-GTTTTACATT 1 AATTAGTTTTACATT 2128 TTTTCTTGAA Statistics Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1 0.93 0.00 0.07 Matches are distributed among these distances: 15 10 0.71 16 4 0.29 ACGTcount: A:0.30, C:0.07, G:0.10, T:0.53 Consensus pattern (16 bp): AATTAGTTTTACATTG Found at i:2372 original size:171 final size:169 Alignment explanation
Indices: 513--2420 Score: 1343 Period size: 172 Copynumber: 11.1 Consensus size: 169 503 NNNNNNNNNN * * * * * * * * 513 AAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAGGTTAAATTTTTTT 1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTTTTGT * * * ** * * * * * 578 ATATTTTTGGTTTGAGTAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAATATGAAGAAAAAAAGTAT 66 ACATTTTTTG-TTAAACAAATTATAATTGAATGTCAACCTTGAGAAATATGAAG--AAAATGCAT * * * * 643 TTATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCA 128 TCATTGG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTTA * * * * 686 GAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTCAG-TTGAATTTTTT 1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AGTTTGAATTTTTG * ** * * * * 750 TACATTCCTAGGTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC-TCAGAAAATATGAAGGAAAATGCA 65 TACATT-TTTTGTTAAACAAATTATAATTGAATGTCAACCTTGAG-AAATATGAA-GAAAATGCA * * * * * 814 TTCTTTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATACCTTCA 127 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTA * * * * ********* 857 AAAGCCTAATTACTCGCTCTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNT 1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AGT-TTGAATTTTT * * * * * * * 922 -TATATTTTTGGTTAAA-ATAGATTATAATTGAATATCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGT 64 GTACATTTTTTGTTAAACA-A-ATTATAATTGAATGTCAACCTTGAGAAATATGAAG-AAAATGC * * * * 985 ATTCATTGATGAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCA 126 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTTA *********** * * * * * 1029 AAAANNNNNNNNNNCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAGATTCAATTTTTTT 1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTTTTGT * * *** * * * 1094 ACATTTGTGGTTAGAACAGAA-TATAATTGAATGT-TTGCTCTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTA 66 ACATTTTTTGTTA-AACA-AATTATAATTGAATGTCAACCT-TGAGAAATATGAAG-AAAATGCA * * * * 1157 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACAATTCCTTCA 127 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTA * *** * * * * 1200 AAAGCCTTATTACTCACATTAAAAAATTTTCTAATCACAAAATTGATTTTAATTTCAATTTTTTG 1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAA-TTTTTG * * * * * 1265 TACATTTTTAGTTGAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCAT 65 TACATTTTTTGTT-AAACAAATTATAATTGAATGTCAACCTTGAGAAATATGAAG-AAAATGCAT **************** * 1330 TCATTGGNNNNNNNNNNNNNNNNATAGTCACCCATTCCTTTA 128 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTA * * * 1372 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-CATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTT 1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTTTTG * * ** * * * * 1436 TACATTTTTGGTTAGACCAAATTATAATTGAATGTTTACCTTTGA-AAACATGCAGAAAAAGGTA 65 TACATTTTTTGTTA-AACAAATTATAATTGAATGTCAACC-TTGAGAAATATGAAG-AAAATGCA * * * * 1500 TTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATT-CTTCCA 127 TTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTT-TA * * * 1543 AAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATTTTGAATTTGTTG 1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTT-TTG * * * * * 1608 TATATTTTTTGTTAAAACAAATTATATTTGAAAGTTTAA-CTTGAGAAACA-GAAAGAAAAATGC 65 TACATTTTTTGTT-AAACAAATTATAATTGAATG-TCAACCTTGAGAAATATG-AAG-AAAATGC * * * * 1671 ATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCATCAATTCCTTTA 126 ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTA * * * 1715 AAAGCCTTATTACTGACTTTAAATGGTTCTATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCTTTA 1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATT-TTTG * * * * 1780 TACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTGGAGAAATATGAAGAAAAATGCAT 65 TACATTTTTTGTT-AAACAAATTATAATTGAATGTCAACCTTGAGAAATATGAAG-AAAATGCAT * * 1845 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGCTAGTT-TTTTA 128 TCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA-TTCCTTTA * * * 1887 AAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAGTTTGAATTCTTTG 1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATT-TTTG * * * ** * * * * 1952 TACATTTTTAGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACATGATGAAAAGGTATT 65 TACATTTTTTGTTA-AACAAATTATAATTGAATGTCAACCTTGAGAAATATGAAGAAAATGCATT * ** * * 2017 TATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTTN 129 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTA ********* * * ** 2058 NNNNNNNNNTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTACATTGAATTGTTT 1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTAGTTTGAATT-TTT * * * * ** * * * 2122 -TACATTTTTTCTTGAAATAGATTATAATTAAATG-CATGGCTT-AGGAAACATGTAGAAAAAGC 64 GTACATTTTTTGTT-AAACAAATTATAATTGAATGTCA-ACCTTGA-GAAATATGAAGAAAATGC * * * ** 2184 TATTCATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATACTCTCCTACTCCTTCG 126 -ATTCA-TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTA * * * 2229 AAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGAAAATTGATTTTAGTTTGAATTATTTG 1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATT-TTTG * * * * * 2294 TACATTTTTTGTTCAAACATATTATAATTGAATGGCAACCTTGAGAAATGTGAAGAAATTACATT 65 TACATTTTTTGTT-AAACAAATTATAATTGAATGTCAACCTTGAGAAATATGAAGAAAATGCATT * * * * 2359 TATTGGTAAGAAAATTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTTA 129 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTA * 2400 AAAGTCTTATTACTCACTTTA 1 AAAGCCTTATTACTCACTTTA 2421 NNNNNNNNNN Statistics Matches: 1366, Mismatches: 320, Indels: 100 0.76 0.18 0.06 Matches are distributed among these distances: 169 2 0.00 170 60 0.04 171 558 0.41 172 625 0.46 173 115 0.08 174 6 0.00 ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.38 Consensus pattern (169 bp): AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTTTTGT ACATTTTTTGTTAAACAAATTATAATTGAATGTCAACCTTGAGAAATATGAAGAAAATGCATTCA TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTA Found at i:2872 original size:172 final size:169 Alignment explanation
Indices: 2453--2958 Score: 500 Period size: 172 Copynumber: 2.9 Consensus size: 169 2443 NNNNTGTATT * * * 2453 TTTTTAGTTAAAAAAAATTATAATTGAAT-TTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCA 1 TTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTT-TACCTTGAGAAACGTAAAGAAAATGACATTCA * * 2517 TTAGCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCATCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCCTTTTAAATGG 65 TTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-TCCATTCTTTAAAAAGCCTTATTACTCC-TTTAAATGG * * ** * 2582 TTTTATAATCTCATAATGGATTTTAATTTGAATTTTTTTACA 128 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCCTTGTACA * ** * ** * * 2624 TTTTCTA-TTAAAATAGGCTATAATTGAATGCTTGTCTTGAGAAACGAGTACA-AAAAT-CCATT 1 TTTT-TAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAAC--GTAAAGAAAATGACATT ** * 2686 CATTTTCGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA 63 CATTAGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCTC-CATTCTTTAAAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAA * * * * 2751 T-ATGTTTAAAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGACCTCCTTGTACA 125 TGGT-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATCCTTGTACA * * * * 2797 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACTTAAAGAAAATGGCATTCAT 1 TTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAATGACATTCAT * * * ** * ** * * 2862 TGGCAAGAAAAATTTATTTATAACCACCCATTCCATCAAAAGCCTTATTACATTCTTTAAATGGT 66 TAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-TCCATTCTTTAAAAAGCCTTATTAC-TCCTTTAAATGGT * 2927 TTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGTTGAAT 129 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT 2959 TTTTTTACAT Statistics Matches: 268, Mismatches: 52, Indels: 30 0.77 0.15 0.09 Matches are distributed among these distances: 171 49 0.18 172 161 0.60 173 58 0.22 ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39 Consensus pattern (169 bp): TTTTTAGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAATGACATTCAT TAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCATTCTTTAAAAAGCCTTATTACTCCTTTAAATGGTTT TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATCCTTGTACA Done.