Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401961.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_506.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 4358 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3684 original size:171 final size:171
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* ** * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * *
3369 TTTTACAATCTCAAAATTGATTATAAGTTTAATTTTTTAAAAAAATTTT-AGTTAAAACAGATTA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT--TACATTTTTGA-TTAAAACAGACTA
* * * * *
3433 TAGTTGAATGTTTACCTC-GAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAATCCATTT
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* * * *
3497 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGA
127 ATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * *
3542 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTAAAATAAACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAA
* * * *
3607 TTGAATGCCTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAATGGCATTCATTGGTAAAAAAAGTCCACTTATAG
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* * *
3672 TCTCCTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTAAAAT-G
131 TCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * * *
3712 TTTTTTAATGTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAATTTTT-AGTTAAAAAAGGCTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTGA-TTAAAACAGACTAT
* * * ** * * * *
3776 AATTGAATGTTTGCCT-AAGAGAAGGTGAAGTGAAAGCCATCCATTGGCACGAAAAA-T-GATTT
64 AATTGAATGCTTGCCTCAGGA-AACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCA-AAAAAAGTCCATTT
* * ** * * * * **
3838 ATAGTCACTTAAACCTTCGAAAGCCTAATTACTTGCTCTAAATAA
127 ATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* ** * * * * * *
3883 TTTTATAAGCGAATAATTAATTTTAAGTTAAATTATTTTATATTTATGGTTAAAACAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAA
* * * * * * * * *
3948 TTGAAAGTTTTCCT-TGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA
66 TTGAATGCTTGCCTCAG-GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATA
* * * *
4012 GTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGG
130 GTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
4054 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTATTAATACAAATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAA
* * * * * * ** * *
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66 TTGAATGCTTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAG
* * * *
4184 TCTTCTGTTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
131 TCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * * *
4225 TTTTATAATGTCAAAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTAAAAAATTTTTTATTAAAAAATG-CTA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT--TACATTTTTGATTAAAACA-GACTA
* ** * * ** *
4288 TAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAA-GC-TATCTATTGACACGAAAAGTCAATT
63 TAATTGAATGCTTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCAT-TC-ATTGGCAAAAAAAGTCCATT
* * * ** * ** * * * *
4351 TATTGTCACTTAAGCTTTGGAAAGTCTTATTACTTGCTCTAAGTGG
126 TATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * *
4397 TTGTT-TAAGCTAATAGTTGATTTTAAGTTGAACTCTTTTACATTTAT-AGTTAAAACAGACTAT
1 TT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAGACTAT
* * * * * * *
4460 AATTGAAAGCCTT-CCTC-GAAAACGGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAACAGTCCATCT
64 AATTGAATG-CTTGCCTCAGGAAAC-GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTT
* * * * * * * *
4523 ATAGTCACCCATTCTTTTAAAAACATTATTACTCACTTTAAATAG
127 ATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * * * * *
4568 TTTTATTATCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAGTTTTTCTTACA-TTTTGGTTAAAATAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTGATTAAAACAGACTATA
* * ** ** * *
4632 ATTTAATGCCTGCCTCAAAAAAAAT-ATAGAAAAAGGCACTCATT-G-AGAAGAAAGT-C-----
65 ATTGAATGCTTGCCTCAGGAAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCATTGGCA-AAAAAAGTCCATTTA
* * * *
4688 -A--C-CC-ATTCCTTTAAAAGCCTTATAGCCACTCAAGCCTTCAGAA-GC
128 TAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTAT---TACTC--G-CTTTA-AATGG
* * * * **
4733 TTTCTA-ATTCTCTTTAAATAGTTTTATAAACCAAT-AATTGATTTAAGTT-CAATTTTT--TTA
1 TTT-TATAATCTC-AT-AATTGATTT-T-AA--GTTGAATT--TTT---TTAC-ATTTTTGATTA
* *** ** * ** ** ** *** * * **
4793 TATTTGTTGGTTTAAACAGACTATAATTG-AACA-TCTACCTCG-AGAAACATGATG-AAACATA
53 AAACAG--ACTAT-AATTGA--ATGCTTGCCTCAGGAAACGT-GAAGAAA-A--AGGCATTCAT-
* * *
4854 TAGAAAAAACCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CTCATTCTTTCAAATGCCTTA
108 T-G---------------GCAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCTCCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTA
* ** *
4918 TCACTTTCTTTAAAAGG
155 TTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
4935 TTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATGTTTTTACATCTTTT-ATTAACACAGACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGATTAAAACAGACTATA
* * * * *
4999 ATTGAATGCTTGCCTTAGGAAACATGTAAG-AAATGTCATTCATTAG-AAAGAAAAGTCCATTTA
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* * *
5062 TAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGTCTTATCACAT-GCTTTAAATGG
128 TAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGG
* * * *
5106 TTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTATAATTTTT-ATTAAAACAAACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGATTAAAACAGACTATA
* * * * * * *
5170 ATTAAATGCCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATAGGAAAAAAAAAATCCATTTAT
65 ATTGAATGCTTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGG-CAAAAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
5235 AGTCTCATATTCTTTCAAAAGCCTTGTTACCCACTTTAAATGG
129 AGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * ** * * * *
5278 TTTTATGATATCAAAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTTTTAAAATTTTTGGTTAAAAAAGGCTA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTT-ACATTTTTGATTAAAACAGACTA
* * * ** ** **
5343 TAATTGAATGTTTGCCTTAGGGAACGTGAAGCGAAATCCA-TCTATTGGCATGAAAAGTCCATTT
63 TAATTGAATGCTTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTC-ATTGGCAAAAAAAGTCCATTT
* * ** * * *
5407 ATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATAG
127 ATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
5452 TTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAA
* * * * * * * * *
5517 TAGAAAGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTTATTGACAGAAAAAGTCTATTTATAG
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** * *
5582 TGACAC-ATTCTTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGG
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* * * * * * *
5623 TTTTATTATTTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTCCTACATTTTTGATTCAAACAGATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTGATTAAAACAGACTATA
* * * ** * * * *
5688 ATTGAATGCTTGTCTCAAGAAACATTTAGAAAAAGCCATTCATTAGG-AAGAGAGGTCCATTTAT
65 ATTGAATGCTTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GGCAAAAAAAGTCCATTTAT
* * *
5752 AGTCT-CTCATTCCATT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGA
129 AGTCTCCT-ATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
5795 TTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTCTCTTACATTTTTTTG-TTAAAACAGATTA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACA--TTTTTGATTAAAACAGACTA
* * * * * * * *
5859 TAATTTAATGCTTGTCTTAGAAAACAT-ATAGAAAAAGGCATTCATTGAG-AAGAAAGGTCTATT
63 TAATTGAATGCTTGCCTCAGGAAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCATTG-GCAAAAAAAGTCCATT
* * * *
5922 TATACTCTCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGG
126 TATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * *
5968 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTCATTAAAACAAACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAA
* * * * * * * * *
6033 GTAAATGCCTACCTCAGGAAATGTGAAGGAAAAGGTATTCATTGACAAAAAGAA-TTCATTTATA
66 TTGAATGCTTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAA-AAGTCCATTTATA
* * * * *
6097 GTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCCCACTTTAAATGA
130 GTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
6139 TTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTAAATTTTTGATTATAAA-AGGCTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTA-AAACAGACTATA
* * * * ** ** * ** *
6203 ATTGAATGTTTGCCTTAGGGAACATGAAGCGAAAGATATCCATTGGCACGAAAAGTTCATTTATA
65 ATTGAATGCTTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATA
* * ** * * *
6268 GTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGG
130 GTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
6310 TTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTATAA
6375 TTGAA
66 TTGAA
6380 AGTCTACATC
Statistics
Matches: 2411, Mismatches: 619, Indels: 304
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
159 16 0.01
160 2 0.00
161 1 0.00
162 4 0.00
163 1 0.00
165 10 0.00
166 4 0.00
167 7 0.00
168 1 0.00
169 8 0.00
170 169 0.07
171 1257 0.52
172 375 0.16
173 274 0.11
174 101 0.04
175 52 0.02
176 10 0.00
177 3 0.00
178 8 0.00
179 3 0.00
188 1 0.00
189 9 0.00
190 3 0.00
191 9 0.00
192 8 0.00
193 5 0.00
194 4 0.00
195 3 0.00
196 4 0.00
197 9 0.00
198 2 0.00
199 1 0.00
200 7 0.00
201 4 0.00
202 13 0.01
204 1 0.00
205 4 0.00
206 2 0.00
208 16 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
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TTGAATGCTTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAG
TCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
Found at i:5659 original size:517 final size:512
Alignment explanation
Indices: 3027--6231 Score: 1859
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* * * * * * * **
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* * * * * * * *
3091 ATTAAATGCTTGCTTTGGGAAATATGTAGAAAATGCCATTCATTTA--AAAGAAAAGTTCATTTA
65 ATTGAATGCTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTAGGAAA-AAAAATCCATTTA
* * ** * * * * * * *
3154 TTGTCTCTCATT--ATTTCAAAAGCTTTATCGCTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTA
128 TAGTCTCTCATTCCA-TT-AAAAGCCTTATTACCCACTTTAAAAGATTTTATGATATCAAAATTG
* * * * * * *
3217 ATTGT-AGATTAAATGTT-T-TT-ACATCTTTT-GTTAAGATAGACTATAATTAAATGCCTGCCT
191 ATTTTAAG-TTCAAT-TTCTCTTAAAAT-TTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCTTGCCT
* ** *
3277 T-GAAAAACATGTAGAAAGTGCCATTCATTTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATATCT
253 TAG-AAAACATATAGAAAAAGCCATTCA-TTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCAT-TCT
* * **** ** * * * *
3340 TT-AAAAGCCATATTACCCATTTTAAACGGTTTTACAATCTCAAAATTGATTATAAGTTTAAT-T
315 TTCAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT
* * * * *
3403 TTTTAAAAAAATTTT-AGTTAAAACAGATTATAGTTGAATGTTTACCTC-GAGAAACGTGAAGAA
380 TTTT----ACATTTTCA-TTAAAACAGACTATAATAGAATGCTTACCTCAG-GAAACGTGAAG-A
* * * * *
3466 AAAGGCATTCATTGACAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTC
438 AAAGGCATTCATTGACAGAAAAAGT-CATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
*
3531 GCTTTAAATGA
502 GCTTTAAATGG
* * * * * *
3542 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTCATTAAAATAAACTATAA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAGACTATAA
* * * * * * *
3607 TTGAATGCCTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAATGGCATTCATT-GGTAAAAAAAGTCCACTTATA
66 TTGAATGCTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGG-AAAAAAAATCCATTTATA
* * * * * *
3671 GTCTC-CTATTCC-TTCAAAAACCTTATTACTCAC-TTAAAATG-TTTTTTAATGTTAAAATTGA
130 GTCTCTC-ATTCCATT-AAAAGCCTTATTACCCACTTTAAAA-GATTTTATGATATCAAAATTGA
* * * * * *
3732 TTTTAAGTTGAATTT-TTTTAAAATTTTTAGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTTTGCCTAAGA
192 TTTTAAGTTCAATTTCTCTTAAAATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTAGA
* ** ** * * * * * * ** * *
3796 GAAGGTGA-AGTGAAAGCCATCCATTG-GCACGAAAAAT-GATTTATAGTCACTTAAACCTTCGA
257 AAACAT-ATAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAA
* * * * * ** * *
3858 AAGCCTAATTACTTGCTCTAAATAATTTTATAAGCGAATAATTAATTTTAAGTTAAAT-TATTTT
320 AAGCCTTATCACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT-TTTT
* ** * * * * * * *
3922 ATATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTTTTCCT-TGAGAAACGTAAAGAAAAAAGCAT
384 ACATTT-TCATTAAAACAGACTATAATAGAATGCTTACCTCAG-GAAACGTGAAG-AAAAGGCAT
* * * * *
3986 TTATTGGTA-AG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATCACTCGCTTTA
446 TCATT-G-ACAGAAAAAGT-CATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
4049 AATGG
508 AATGG
* * * * * * *
4054 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTTTATTAATACAAATTATAA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAGACTATAA
* * * * * * * *** * *
4119 ATGAATGCCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAG-AATTTATTATCCAAAAAAGTCTATTTATA
66 TTGAATGCTTGCCTTAGGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTAGGAAAAAAAATCCATTTATA
* * * * * * * *
4183 GTCT-TCTGTTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTAATT
130 GTCTCTC-ATTCCATTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAAAGATTTTATGATATCAAAATTGATT
** * *
4247 TTAAGTT-AATTT-T-TTAAAAAATTTTTTATTAAAAAATG-CTATAATTGAATGTTTGCCTTGG
194 TTAAGTTCAATTTCTCTT--AAAATTTTTGGTTAAAAAA-GACTATAATTGAATGCTTGCCTTAG
* * * * * * * * * * ** **
4308 GAAACGTGA-AGCAAAAGCTA-TCTATTGACACGAAAAGTCAATTTATTGTCACTTAAGCTTTGG
256 AAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTC-ATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCA
* * * * * * * * *
4371 AAAGTCTTATTACTTGCTCTAAGTGGTTGTT-TAAGCTAATAGTTGATTTTAAGTTGAACT-CTT
319 AAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATAGTT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TATTT
* * *
4434 TTACATTTAT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGCCTT-CCTC-GAAAACGGTGAAGAAAAAG
382 TTACATTT-TCA-TTAAAACAGACTATAATAGAATG-CTTACCTCAGGAAAC-GTGAAG-AAAAG
* * * * * * * * * *
4496 GTATTCATTGGTA-AG-AACAGTCCATCTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAACATTATTACTCAC
442 GCATTCATT-G-ACAGAAAAAGT-CATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
*
4559 TTTAAATAG
504 TTTAAATGG
* * * * * * * *
4568 TTTTATTATCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAGTTTTTCTTACA-TTTTGGTTAAAATAGATTATA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTAAATTTTTGATTAAAACAGACTATA
* * * ** * * * *
4632 ATTTAATGCCTGCCTCAAAAAAAAT-ATAGAAAAAGGCACTCATT-GAGAAGAAAGTCACCCATT
65 ATTGAATGCTTGCCTTAGGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTAG-GAA-AAA---A---AAT
* * * * * * * * * ** *
4695 CC-TTTAAAAGCCTTATAGCCACTCAAGCCTTCAGAAGCTTTCTAATTCTCTTTAAATAG-TTTT
121 CCATTT-ATAGTC-TCT---CATTC---CATT-AAAAGCCTTATTACCCACTTTAAA-AGATTTT
* * * * * *
4758 AT-AAACCAATAATTGA-TTTAAGTTCAATTT-T-TTTATATTTGTTGGTTTAAACAGACTATAA
176 ATGATATCAA-AATTGATTTTAAGTTCAATTTCTCTTAAAATTT-TTGGTTAAAAAAGACTATAA
* * *
4819 TTGAA--CATCTACCTCGAGAAACATGATGAAACATATAGAAAAAACCATTCATTG-GAAAGAAA
239 TTGAATGC-T-TGCCT-------TA-GA--AAACATATAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAA
* * *
4881 AGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAATGCCTTATCACTTTCTTTAAA-AGGTTTTCTAATC
291 AGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATA-GTTTTATAATC
* * * * * *
4945 TCATAATTGATTTTAGGTTAAATGTTTTTACATCTTTTATTAACACAGACTATAATTGAATGCTT
355 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACAT-TTTCATTAAAACAGACTATAATAGAATGCTT
* * * * * * *
5010 GCCTTAGGAAACATGTAAGAAATGTCATTCATTAGAAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATT
419 ACCTCAGGAAACGTG-AAGAAAAGGCATTCATT-GACAGAAAAAGT-CATTTATAGTCTCACATT
* *
5074 CCTTCAAAAGTCTTATCACAT-GCTTTAAATGG
481 CCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGG
* * * *
5106 TTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTATAATTTTT-ATTAAAACAAACTATA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-AATTTTTGATTAAAACAGACTATA
* * *
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* * * *
5234 TAGTCTCAT-ATT-CTTTCAAAAGCCTTGTTACCCACTTTAAATGGTTTTATGATATCAAAATTG
128 TAGTCTC-TCATTCCATT-AAAAGCCTTATTACCCACTTTAAAAGATTTTATGATATCAAAATTG
* * * *
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191 ATTTTAAGTTC-AA-TTTCTCTTAAAATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCTTGCCTT
** * ** * * * * ** *
5361 AGGGAACGTGA-AGCGAAATCCA-TCTATTG-GCATGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCT
254 AGAAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTC-ATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTT
* * * *
5423 TCAAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATAGTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
316 TCAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATT
** * * *
5488 TTTACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATAGAAAGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGC
381 TTTACATTT-TCATTAAAACAGACTATAATAGAATGCTTACCTCAGGAAACGTGAAG-AAAAGGC
* ** * *
5553 ATTTATTGACAGAAAAAGTCTATTTATAGTGACACATTCTTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTA
444 ATTCATTGACAGAAAAAGTC-ATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
5618 AATGG
508 AATGG
* * * * * * *
5623 TTTTATTATTTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTCCTACATTTTTGATTCAAACAGATTATA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTAAATTTTTGATTAAAACAGACTATA
* * * ** * * **
5688 ATTGAATGCTTGTCTCAAGAAACATTTAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAGAGAGGTCCATTTATA
65 ATTGAATGCTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAAAAAAATCCATTTATA
* * *
5753 GTCTCTCATTCCATTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGATTTTATTATCTCAAAATTGATTT
130 GTCTCTCATTCCATTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAAAGATTTTATGATATCAAAATTGATTT
* * * * * * *
5818 TAAGTTCAATTTCTCTTACATTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTTAATGCTTGTCTTAGAAAA
195 TAAGTTCAATTTCTCTTAAAATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTAGAAAA
* * * * *
5883 CATATAGAAAAAGGCATTCATTGAGAAGAAAGGTCTATTTATACTCTCCCATTCTTTCAAAAGCC
260 CATATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCC
* * * *
5948 TTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTT
325 TTATCACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACA-TT
* * * *
6013 TTCATTAAAACAAACTATAAGTA-AATGCCTACCTCAGGAAATGTGAAGGAAAAGGTATTCATTG
389 TTCATTAAAACAGACTATAA-TAGAATGCTTACCTCAGGAAACGTGAA-GAAAAGGCATTCATTG
* * ** * * * *
6077 ACAAAAAGAATTCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCCCACTTTAAATGA
452 ACAGAAA-AAGTCATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
6139 TTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTAAATTTTTGATTATAAA-AGGCTATA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTA-AAACAGACTATA
* *
6203 ATTGAATGTTTGCCTTAGGGAACATGAAG
65 ATTGAATGCTTGCCTTAGGAAACATGAAG
6232 CGAAAGATAT
Statistics
Matches: 2115, Mismatches: 444, Indels: 262
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
511 7 0.00
512 247 0.12
513 121 0.06
514 352 0.17
515 229 0.11
516 287 0.14
517 315 0.15
518 57 0.03
519 5 0.00
520 4 0.00
521 7 0.00
522 1 0.00
523 2 0.00
524 35 0.02
525 15 0.01
526 4 0.00
527 34 0.02
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529 37 0.02
530 1 0.00
531 1 0.00
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533 3 0.00
535 1 0.00
536 1 0.00
537 13 0.01
538 258 0.12
539 21 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (512 bp):
TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAGACTATAA
TTGAATGCTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAGGAAAAAAAATCCATTTATAG
TCTCTCATTCCATTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAAAGATTTTATGATATCAAAATTGATTTT
AAGTTCAATTTCTCTTAAAATTTTTGGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTAGAAAAC
ATATAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCT
TATCACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTT
CATTAAAACAGACTATAATAGAATGCTTACCTCAGGAAACGTGAAGAAAAGGCATTCATTGACAG
AAAAAGTCATTTATAGTCTCACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
Found at i:8452 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7656--8844 Score: 512
Period size: 171 Copynumber: 7.0 Consensus size: 170
7646 NNNNNNNNNN
* * * * ** * * *
7656 AGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTTTAAATGGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGTGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * *
7721 TTTCTT-TCTAATGAATGGCATTTTCTACATGTTTCTCGAGTTAGGCATTCAAATATAGTCTGTC
66 TTTCTTATC-AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG-CT-TT
* * * * * *
7785 TT-AAC-AAAGGATG-AAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATA
128 TTAAACTAAA-AATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTTTG
********** * ** * * * *
7826 AGATTNNNNNNNNNNTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGATTATAAACGGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGTGTGACTATAAATGGACT
** * * *
7891 TTTCTT-TCAAATGAATGGGTTTTTCTAT-ACGTTT-TCCAGGGTA-AGCATTCAATTCTAGTCT
66 TTTCTTATC-AATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTTCT-CAAGGTAGA-CATTCAATTATAG-CT
* * * * *
7952 GTTTT-AACGAAAAATATAAAAAAATTCAA-CTGAAAATTAATTATA
126 -TTTTAAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTTTG
* * ********** ** ** * *
7997 AGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGNNNNNNNNNNTTCGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGTGTGACTATAAATGGACT
* ** * * *
8062 TTTCTTATCGATGAATGCCTTTTTCAACATGGTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTT
66 TTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG-CTTTTT
*
8127 AAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAAT-
130 AAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT-TTG
* * * * * * *
8168 AGTTTATAAAACTATTTAAAGTGAATTAGAAGGCTTCTAAAGGCTTGTGTGGCTATAAGA-GGAC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGTGTGACTATAA-ATGGAC
* * ** * *
8232 TTTTCGTATCAATGGATAG-CTTTCGCTTCATGTTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTTT
65 TTTTCTTATCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG-CTTT
* *
8296 TTCAACTAAAAATGTAAAAAAATACAACCTAAAATCAATTTTG
128 TTAAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTTTG
* **********
8339 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGTGTAATAAGGCTTTTANNNNNNNNNNTGACTATAAATGGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGTGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
8404 TTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCACT-TTTCTCGAGATAGACATTCAACTATA-ATTTGT
66 TTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGCTTT-T
* * * * *
8467 TGTAACCAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTTTG
129 T-AAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTTTG
* * ** * *** * * * *
8510 AAATTATAAAACCATTGAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGAGGCTATAAATGGACC
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGTGTGACTATAAATGGACT
* * * * ** * *
8575 TTTCTT-CCTAATGAATGGCTTTTTCTAT-ATGTGTCTCGAGACATG-CATTCAATTATAATCTG
66 TTTCTTATC-AATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTTCTCAAGGTA-GACATTCAATTAT-AGCTT
* *************
8637 TTTGAA-TAAAAAATGTAGAANNNNNNNNNNNNNAAATCAATTTTG
127 TTTAAACT-AAAAATGTA-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTTTG
* * * *** **
8682 AAATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGTGTGACTATAAAAAGACT
1 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGTGTGACTATAAATGGACT
* * ** * *
8747 TTT-TCTATCAATAAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAAACTTTCAATTATAGTCTGTT
66 TTTCT-TATCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAG-CT-TT
* * * *
8811 TT-AACCATAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
128 TTAAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAAT
8845 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 757, Mismatches: 226, Indels: 71
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 116 0.15
171 496 0.66
172 135 0.18
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGTGTGACTATAAATGGACT
TTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGCTTTTTA
AACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTTTG
Found at i:9323 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 8979--10420 Score: 1135
Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 168
8969 CTTCACGTTC
** * * * * *
8979 CCTAAGGCAAACATTCAATTATAGACTTTTTTAACCAAAAATTTTAAAAAAAAATCGACTTAAAA
1 CCTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTC-TGTTTAA-CAAAAA-TGT-AAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * * * *
9044 TCCAATTTTGATATCATAAAACCATTTAAAGTG-GGGAATACGGCTTTTGAAAGAATAGGAGACT
62 T-CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTG-ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACT
* * *
9108 ATAAATGGATTTTTTTTTCCT-ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT
125 ATAAATGGACTTTTCTTT-CTAATGAATG-CTTTTTCTACATGTTT
* * * * *
9153 CCTGAGGCAGGCATTCAATTATAGTTTGTAGTAACAAAAACGATAAAAAAATTCAACTTAAAATT
1 CCTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGT-TTAACAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATC
*
9218 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAA
64 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAA
9283 ATGGACTTTTCTTTCTAATGAATGGCATTTTT-TACATGTTT
129 ATGGACTTTTCTTTCTAATGAAT-GC-TTTTTCTACATGTTT
* * * *
9324 CCTGAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTATTAACAAAAGATGTAAAAACATTTAACCTAAAATC
1 CCTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGT-TTAACAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * ** *
9389 AATTATGAGATTAAAAAACCTTTTAAAGAAAGTGATAAGG-TATTTGAAAGAATGGGAGACTATA
64 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCT-TTTGAAGGAATGGGAGACTATA
* *
9453 AATGGACTTTTCTTTCCAATGAATAGTTTTTTCTACATGTTT
128 AATGGACTTTTCTTTCTAATGAAT-GCTTTTTCTACATGTTT
* * * * *
9495 CCCAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTCTTAACAAAGGATGTAAAAACATTTAACCTAAAATC
1 CCTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGT-TTAACAAA-AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * *
9560 AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGATTATAA
64 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAA
* *
9625 ATGGACTTTTCTTTCAAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTT
129 ATGGACTTTTCTTTCTAATGAAT-GCTTTTTCTACATGTTT
* * * * * *
9666 CCCAAGGCATGCTTTCAATTCTAGCCTGTTTAAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
1 CCTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTT-AA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* *
9731 AATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAG-GAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATA
64 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTG-ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATA
*
9795 AATGGAGTTTTCTTGT-TGAA-GAATGCTTTTT-TCATCATGTTT
128 AATGGACTTTTCTT-TCT-AATGAATGCTTTTTCT-A-CATGTTT
* ** * * *
9837 -CTCGAGATA-G-ATGCTCAATTATAGTCCGTTTAAACCAAAAAATATAAAAAAATTGAACTT-A
1 CCT-AAGGCAGGCAT--TCAATTATAGTCTGTTT-AA-C-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * * ** * * *
9898 AATCAATTATTG-GTTTATAAAACTATTTAAAGCGAATTAAAAGGCTTCTGAAGGCTTGAGTGCC
60 AATCAATTA-TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGAC
* * * * * * * *
9962 TATAAGTTGACTTTTCATGCCAATGGATAGCTTTTGCGTCACA--TTC
124 TATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGAAT-GCTTTTTC-T-ACATGTTT
** * * * *
10008 CCTAAGGCAGATATTCAATTATAGCTTTTTTTTAACCAAAATGTAAAAAAAAATACAACTTAAAA
1 CCTAAGGCAGGCATTCAATTATAG--TCTGTTTAACAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * * *
10073 TCAATTTTGGGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGACT-T
62 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTAT
*
10137 ---T---C--TTC--TC-AATGAATGCCTTTTTCTATATGTTT
127 AAATGGACTTTTCTTTCTAATGAATG-CTTTTTCTACATGTTT
* * * * * * * * *
10169 TCTGAGACAGGCATTAAATTATAATCTATTTTAACCAAAATGTAAGAAAAACTGAACTTAAAATC
1 CCTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCT-GTTTAACAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * * * * *
10234 AATTTTGAGATAATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAA
64 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAA
* * *
10299 ATGGACTGTTCTTACTAATGAATATCTTTTTCTTTACAT-TTT
129 ATGGACTTTTCTTTCTAATGAAT-GCTTTTTC--TACATGTTT
* * * * * * *
10341 TC-GAGG-ATGACTTTCAATTATAGTCCGTTTTAACCATAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAAT
1 CCTAAGGCA-GGCATTCAATTATAGTCTG-TTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
* *
10404 CAATTATTAGCTTATAA
63 CAATTATGAGATTATAA
10421 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1037, Mismatches: 170, Indels: 125
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
158 2 0.00
159 74 0.07
160 18 0.02
161 31 0.03
162 1 0.00
163 1 0.00
164 3 0.00
166 2 0.00
168 3 0.00
169 3 0.00
170 30 0.03
171 673 0.65
172 98 0.09
173 71 0.07
174 27 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
CCTAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAAT
GGACTTTTCTTTCTAATGAATGCTTTTTCTACATGTTT
Found at i:13982 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13684--14072 Score: 410
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
13674 NNNNNNNNNN
** * * *
13684 CAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGTCTATA
1 CAATTTTGAGAAAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGAGACTATA
* ** **
13749 AATGGACCTTTCTTCCCAACGAATGGGTTTTTCTATATGTTTCCCAAGATAGGCAGTCAATTATA
66 AATGGACCTTTCTTCCCAACGAATGGCTTTTTCTATACATTTCCCAAGATAAACAGTCAATTATA
*
13814 ATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAAATTA-ATCTTAAAAT
131 ATCTATTTGAACC-AAAATGT-AAAAAAATTATA-CTTAAAAT
* * *
13856 CAATTTTGAGAAAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTGAAGAAATGGGTGACTATA
1 CAATTTTGAGAAAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGAGACTATA
* * * * * * * **
13920 AATGGACTTTTTTTCCCAATGAATGTCTTTTTCT-TCACATTTCTCGAGGTAAACTTTCAATTAT
66 AATGGACCTTTCTTCCCAACGAATGGCTTTTTCTAT-ACATTTCCCAAGATAAACAGTCAATTAT
* * *
13984 AGTCTATTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCTACTTAAAAT
130 AATCTATTTGAACCAAAATGTAAAAAAATTATACTTAAAAT
*** * * *
14025 CAATTATT-AGCTTATAAAACTA-TTAGAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAA
1 CAATT-TTGAGAAAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
14073 AGCTTAAGTG
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 33, Indels: 11
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 16 0.09
169 38 0.21
170 11 0.06
171 77 0.43
172 38 0.21
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CAATTTTGAGAAAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGAGAGACTATA
AATGGACCTTTCTTCCCAACGAATGGCTTTTTCTATACATTTCCCAAGATAAACAGTCAATTATA
ATCTATTTGAACCAAAATGTAAAAAAATTATACTTAAAAT
Found at i:14327 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13826--14355 Score: 473
Period size: 173 Copynumber: 3.1 Consensus size: 171
13816 CTGTTTGAAC
* * ** *
13826 CAAAAATGTAAAAAAAATT-AATCTTAAAATCAATTTTGAGAAAATAAAACCATTTAAAGTGAGT
1 CAAAAATGT-AAAAAAATTCAA-CCTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGTGAGT
* * * *
13890 AATAAGGC-TTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTTTTCCCAATGAATGTCTTTTTC
64 AATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGATTTTTTTTTACCAATGAATGTCTTTTTC
* *
13953 TTCACATTT-CTCGAGGTAAAC-TTTCAATTATAGTCTATTTTAA
129 TTCACATTTCCT-GAGGCAAACATTT-AATTATAGCCTATTTTAA
* * * * **
13996 CCAAAATGTAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTATT-AGC-TTATAAAACTA-TTAGAGCAAGT
1 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT-TTGA-CATTATAAAACTATTTAAAGTGAGT
* ** * ** * * *
14058 AATAAGGCTTTTGAAAGCTTAAGTGACTATAAATGGATTTTTTCGTACCAATGGATGGCTTTTGC
64 AATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGATTTTTTTTTACCAATGAATGTCTTTTTC
* * ** * * * *
14123 TTTACGTACCCTAAGCCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAA
129 TTCACATTTCCTGAGGCAAACATTTAATTATAGCCTATTTTAA
* * * * * *
14166 CTAAAAAGTTTACAAAAATTCAACCTAAAATCAATTTTGACATTATAAAATTATTTAAAATGGGC
1 C-AAAAA-TGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGTGAGT
* * * *
14231 AATAAGACTTTTGAAGGAATAGGAGACAATAAATGGATTTTTTTTTGCCAATGAATGTCTTTTTC
64 AATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGATTTTTTTTTACCAATGAATGTCTTTTTC
** ** *
14296 TTCACATTTCCTGAGGCAGGCATTTAATTATAGTTTGTTTTAA
129 TTCACATTTCCTGAGGCAAACATTTAATTATAGCCTATTTTAA
*
14339 TGAAAAATGTAAAAAAA
1 -CAAAAATGTAAAAAAA
14356 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 275, Mismatches: 72, Indels: 24
0.74 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 16 0.06
169 53 0.19
170 59 0.21
171 11 0.04
172 43 0.16
173 93 0.34
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGATTTTTTTTTACCAATGAATGTCTTTTTCTT
CACATTTCCTGAGGCAAACATTTAATTATAGCCTATTTTAA
Done.