Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401964.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5062.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2316
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Found at i:2305 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--2316 Score: 1986
Period size: 171 Copynumber: 13.6 Consensus size: 171
* * ** *
1 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
66 CCCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
** * * * *
131 TG-CTTGTGAAACATGAAGAAAAATCTATTTATTTG-CACGA
131 TGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGA
* * * * *
171 AAAGCCCATTCATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
235 TTTATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACTTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
** *
300 TGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGAGAAGA
131 TGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* * * * ** * ***
340 AAAGTCCATTTATAGTTATCCAAGCATTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTCGGAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * *
405 CTCATAATTAACTTTAGGTTGAATTATTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGACT-AC
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * *
469 TGCCTTTAGAAATATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAATA
131 TGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* * * * * *
510 AAAGTCTATTTACAGTCACCTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAAC
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
** *** * * *
575 CTCCA-AATTGATATGAAAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCACTAAAATATATTGTAATTGAAT
66 CT-CATAATTGAT-T-TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * *** *
639 GTTTACCTCAGGATATGCGAAGAAAAACCCATTCATT-AGCAAGA
128 GTCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGA
* * * * *
683 AAAGCCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTGTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * *
748 CTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGATTAACATATATTCTAATTAAATG-C
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * * * *
812 TTTCCTTGAA-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATGA
131 -TGCCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* *** ** *
854 AAAGTGCATTTATAGTCGTTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
** * * * *
919 CTCATAATTGATTTTAAGTTTTATTTTTTTATATTTTGGGTTAAAACAGATTATAATTAAATCTC
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* * ** * *
984 TACCTCT-GGAAACATGAAGAAAACCCCA-TCATTGGCAACA
131 TGCCT-TAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* ** *
1024 AAAGTCCATTTGTAGT-ACCCATGCCTTCAAAA-CCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTCTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
** * * *
1087 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTATTTTTAGTTAAAACAGATTATAACTAAATGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * * *
1152 TTGCCTTGAA-AAACATGAGGAAAAATCTATTTATTTG-CAAGA
130 CTGCCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGA
* * * ** * * *
1194 AAAGCCCATTTATAGTCTCCCAAGTGTTCAAAAGCCTTGTTACT-AGCTTTAAATAGCTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * *
1258 TTTCATAATTAATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTAAATAT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * ** *
1323 CTACCTCATGAAATGTGCAA-AAAAAGTCATTCATTGACAAGA
130 CTGCCTTAAGAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
** * * * * * * *
1365 AAAGTTTATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGGCC-TGTTGCTCGCTTTAAATGGTTCTACAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA-GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * ** *
1429 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTGTACATTTTTGGTGGAAATAGATTATAATTGAATGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * *
1494 CTGTC-TCAGAAA-ATGTGAAGAAAAAGACAATCATTGACAAGA
130 CTGCCTTAAGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* * * * *
1536 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATACTTTGAAAAGCCTTATTAC-CAACTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAA
*
1600 TCTCATAATTGA--TTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
* * * *
1662 -TAACCTTGAGAAGCATGAAG-AAAAGCCATTCATTGGCAAGA
130 CT-GCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
** * *** * * ** * **
1703 AAAACCCATTTACAGTCAGTTAAGACTTTGAAAG-CTATATTGCTCACTTTAAATAATTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
1767 TCTCATAATTGATTTTAAATT-ATATTTTTTT-CTTGTTTTGATGAAAA-TGTATTATAATTGAA
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAG-ATTATAATTGAA
** * * * *
1829 TGTCTG-CTTGGGGAAACATGAAGCAAAAGCC-GTCTATTGATATGA
127 TGTCTGCCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACAAGA
* * * *
1874 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * *
1939 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
* ** *
2004 TACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
131 TGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* * * ** * * * *
2045 AAACTCCAATTATATTCACTTATCCCTTCAAAATCCTTAATTACTCACTTTCAATAGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * * *
2110 ACTCATAATTGATTTT-AGCTTGAATTTTCTTACATTCTTGGTTACAATAGGTTATAGTTCAGTG
65 TCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * *
2174 TCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCA-TAATAACGA
129 TCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAA-GA
*
2217 AAA-TCCATTTATATTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTC-CTTTAAATGGTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATGGTTTTATAA
* *
2280 TCTCATAATGGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
Statistics
Matches: 1713, Mismatches: 373, Indels: 120
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 75 0.04
168 48 0.03
169 285 0.17
170 344 0.20
171 702 0.41
172 166 0.10
173 91 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTC
TGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
Done.