Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401970.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5068.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 587 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1438 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 954--2358 Score: 1149
Period size: 171 Copynumber: 8.2 Consensus size: 170
944 NNNNNNNNNN
* * * * * ** * *
954 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATACAATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTAAAT
** * * * *
1019 GT-ATGGTT-TGAAAAATCTGTAGCAAAAGCCACTT-ATT-AGCAAGAAAAGTTCATTTCTAGTC
65 GTCA-ACTTCAG-AAAATATGAAG-AAAAGCCA-TTCATTGA-CAAGAAAAGTTCATTTATAGTC
* * * ** * * * *
1080 ACTC-AAGCCTCCAAAAGTTTTATTACACACTTTAAATGGTTTTAC
125 ACTCTATGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
** * *
1125 AATCTTTTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTAAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTAAA
* * *
1190 TGTCTACCTCAGAAAATATGAAGATAAATCCATTCATTGACAAGAAAAG-TCGATTTATAGTCAC
64 TGTCAACTTCAGAAAATATGAAGA-AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCAC
* * *
1254 -CTACGCCTTTGAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
127 TCTATGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * ** * *
1297 AATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTAAAT
*** * * * ** *
1362 GTTTTCTTCAAAAAACATGAAGTAAAAGTCACCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAATCACTC
65 GTCAACTTCAGAAAATATGAAG-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTC
* * * * * *
1427 AAAG-TTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTAT
129 TATGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * ** *
1468 AATGTCATAATTGATTTTATGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTAAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTAAAT
** ** * * * *
1533 GTCTGTCTT-AGAAAATATGAAGAAAAAGCC-TATCATTTCCTAGAAAAATCCGTTTATAGTCAC
65 GTC-AACTTCAGAAAATATGAAG-AAAAGCCAT-TCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
* * * * * * *
1596 -CCATGCCGTCGGAACCCTTATTACTCGCTTAAAATGGGTTTAT
127 TCTATGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
1639 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTAAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTAAAT
* ** * * * *
1704 GTCAACTTCAGGAAATGGGAAGAAAAAGCTATTCATTTACAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
65 GTCAACTTCAGAAAATATGAAG-AAAAGCCATTCATTGAC--AAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
* * * *
1769 T-TTTGCCTTCGAAAGCTTTATCAGTTGCTTTAAATGGTTTTAT
127 TCTATGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* *
1812 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTAAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTAAAT
* * * *
1877 GTCAACTTCATG-AAATGTGAAGATAAAGCCATTCATTTACAAAAAAAGCTCATTTATAGTCA-T
65 GTCAACTTCA-GAAAATATGAAGA-AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACT
* * * *
1940 CTTTACCTTCGAAAGACTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
128 CTATGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * ** * *
1983 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAATATACCATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTAAAT
** * * ** * * * * *
2048 GT-ATGGTT-TGAAAAATGTGTACCAAAAGCCACTGATTGGCAAGAAAACTTAATTTATAGTCAC
65 GTCA-ACTTCAG-AAAATATG-AAGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
** * * * * * * *
2111 TC-AACCCTCCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAC
127 TCTATGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
** * * * *
2154 AATCTCATAAGCGATTTTAAGTTAAATTTTTTAAATATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTTAAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT--ATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTAAA
* * * *
2219 TGTCTACCTT-TGAAAATATGAAGATAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTATAATCAC
64 TGTC-AACTTCAGAAAATATGAAGA-AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
*
2283 -CTATGCCTTCG-AAGCCTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
127 TCTATGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* *
2325 AATCTCATAAATAATTTTAAGTTGAATTATTTTA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTA
2359 CATTNNNNNN
Statistics
Matches: 1005, Mismatches: 190, Indels: 79
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 21 0.02
171 609 0.61
172 215 0.21
173 157 0.16
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTAAATG
TCAACTTCAGAAAATATGAAGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCTA
TGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
Found at i:1932 original size:515 final size:513
Alignment explanation
Indices: 954--2362 Score: 1501
Period size: 515 Copynumber: 2.7 Consensus size: 513
944 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
954 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATACAATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACCATAATTAAAT
* * * * *
1019 GTATGGTTTGAAAAATCTGTAGC-AAAAGCCACTTATTAG-CAAGAAAAGTTC-ATTTCTAGTCA
66 GTATGGTTTGAAAAATATG-AACAAAAAGCCACTCATT-GCCAAGAAAA-ATCAATTTATAGTCA
* * *** * ** *
1081 CTCAAGCCTCCAAAAGTTTTATTACACACTTTAAATGGTTTTACAATCTTTTAATTAATTTTAAG
128 CCCAACCCTCCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * *
1146 TTGAATTTTTTAATATTTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTAAATGTCTACCTCAGAAAATATGA
193 TTGAATTTTTTAATA-TTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTAAATGTCAACTTCAGAAAATATGA
* * * *
1211 AGATAAATCCATTCATTGACAAGAAAAGTCGATTTATAGTCACCTACGCCTTTGAAAGCCTTATC
257 AGATAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATC
* * *
1276 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTATATTTTTAGT
322 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGT
* ** * *** * *
1341 TAAAATATGTTATAATTGAATGTTTTCTTCAAAAAACATGAAGTAAAAGTCACCCATTGACAAGA
387 TAAAACAAATTATAATTAAATGTCAACTTCAAAAAACATGAAGTAAAAGCCACCCATTGACAAAA
* ** * * *
1406 AAAGTTCATTTATAATCA-CTCAAAGTTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTAT
452 AAAGCTCATTTATAATCATCT-AAACCTTCGAAAGACTTATCACTCCCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * ***
1468 AATGTCATAATTGATTTTATGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTAAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACCATAATTAAAT
* * * * **
1533 GTCT-GTCTT-AGAAAATATGAAGAAAAAGCCTA-TCATTTCCTAGAAAAATCCGTTTATAGTCA
66 GTATGGT-TTGA-AAAATATGAACAAAAAGCC-ACTCATTGCCAAGAAAAATCAATTTATAGTCA
* * ** * * * *
1595 CCCATGCCGT-CGGAACCCTTATTACTCGCTTAAAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
128 CCCA-ACCCTCCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAA
* * **
1659 GTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTAAATGTCAACTTCAGGAAATGGGA
192 GTTGAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTAAATGTCAACTTCAGAAAATATGA
* * * * * * *
1724 AGAAAAAGCTATTCATTTACAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTTTGCCTTCGAAAGCTTTA
257 AGATAAAGCCATTCATTGAC--AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTA
* * *
1789 TCAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
320 TCACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTA
* ** ** ** *
1854 GTTAAAACAAATTATATTTAAATGTCAACTTCATGAAATGTGAAG-ATAAAGCCATTCATTTACA
385 GTTAAAACAAATTATAATTAAATGTCAACTTCAAAAAACATGAAGTA-AAAGCCACCCATTGACA
* ** **
1918 AAAAAAGCTCATTTATAGTCATCTTTACCTTCGAAAGACTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
449 AAAAAAGCTCATTTATAATCATCTAAACCTTCGAAAGACTTATCACTCCCTTTAAATGGTTTTAT
* * * *
1983 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAATATACCATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACCATAATTAAAT
* * * * * * * *
2048 GTATGGTTTGAAAAATGTGTACCAAAAGCCACTGATTGGCAAGAAAACTTAATTTATAGTCACTC
66 GTATGGTTTGAAAAATATGAACAAAAAGCCACTCATTGCCAAGAAAAATCAATTTATAGTCACCC
* * * ** *
2113 AACCCTCCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGATTTTACAATCTCATAAGCGATTTTAAGTTA
131 AACCCTCCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * *
2178 AATTTTTTAAATATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTTAAATGTCTACCTT-TGAAAATATGAAG
196 AATTTTTT-AATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTAAATGTC-AACTTCAGAAAATATGAAG
*
2242 ATAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-CTCATTTATAATCACCTATGCCTTCG-AAGCCTTATCA
259 ATAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATCA
* * * *
2305 CTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTTGAATTATTTTACATT
323 CTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATT
2363 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 725, Mismatches: 152, Indels: 37
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
513 128 0.18
514 184 0.25
515 348 0.48
516 61 0.08
517 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (513 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACCATAATTAAAT
GTATGGTTTGAAAAATATGAACAAAAAGCCACTCATTGCCAAGAAAAATCAATTTATAGTCACCC
AACCCTCCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTAAATGTCAACTTCAGAAAATATGAAGAT
AAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATCACTT
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAA
ACAAATTATAATTAAATGTCAACTTCAAAAAACATGAAGTAAAAGCCACCCATTGACAAAAAAAG
CTCATTTATAATCATCTAAACCTTCGAAAGACTTATCACTCCCTTTAAATGGTTTTAT
Found at i:2417 original size:686 final size:683
Alignment explanation
Indices: 1109--2544 Score: 1565
Period size: 686 Copynumber: 2.1 Consensus size: 683
1099 TTATTACACA
* ** * *
1109 CTTTAAATGGTTTTACAATCTTTTAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTGGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACA-TTTTTGGTTAAA
* * *
1174 ACAAATTATATTTAAATGTCTACCTCAGAAAATATGAAGATAAATCCATTCATTGACAAGAAAAG
65 ACAAATTATATTTAAATGTCAACCTCAGAAAATATGAAGATAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAG
* * *
1239 TCGATTTATAGTCACCTACGCCTTTGAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
130 TCGATTTATAGTCACCTACACCTTCGAAAGACTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* *** * *
1304 TAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTTCT
195 TAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATATACCATAATTGAATGTATGCT
** * * * ** *
1369 TCAAAAAACATGAAGTAAAAGTCACCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAATCACTCAAAGTTT
260 TCAAAAAACATGAACCAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAACTTAATTTATAATCACTCAAACCTC
** * * * * ** * *
1434 TGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTATGTTGAATGTTT
325 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTACAATCTCATAAGCGATTTTAAGTTAAATGTTT
* **
1499 TTATATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTAAATGTCTGTCTTAGAAAATATGAAGAAAAAGCCT
390 TTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAGAAAATATGAAGAAAAAGCCT
** * * * *
1564 ATCATTTCCTAGAAAAATCCGTTTATAGTCACCCATGCCGTCGGAACCCTTATTACTCGCTTAAA
455 ATCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAATCACCCATGCCGTCGGAACCCTTATCACTCGCTTAAA
* * * * *
1629 ATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATT
520 ATAGGTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATT
* * ** * *
1694 ATATTTAAATGTCAACTTCAGGAAATGGGAAGAAAAAGCTATTCATTTACAAAAAAAAAGTCCAT
585 ATAATTAAATGTCAACTTAAAAAAAT-GGAAGAAAAAGCCATT-AATTAC-AAAAAAAAGTCCAT
*** *
1759 TTATAGTCACTTTTGCCTTCGAAAGCTTTATCAGTTG
647 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATCAGTTG
*
1796 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAA
* * *
1861 CAAATTATATTTAAATGTCAACTTCATG-AAATGTGAAGATAAAGCCATTCATTTACAAAAAAAG
66 CAAATTATATTTAAATGTCAACCTCA-GAAAATATGAAGATAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAG
* **
1925 CTC-ATTTATAGTCATCTTTACCTTCGAAAGACTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
130 -TCGATTTATAGTCACCTACACCTTCGAAAGACTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* *
1989 ATAATTGATTTTAAGTTGAATAT-TTTTACATTTTTTGTTAAAATATACCATAATTGAATGTATG
194 ATAATTGATTTTAAGCTGAAT-TGTTTTACATTTTTAGTTAAAATATACCATAATTGAATGTATG
* ** ** * ** * * *
2053 GTTTGAAAAATGTGTACCAAAAGCCACTGATTGGCAAGAAAACTTAATTTATAGTCACTCAACCC
258 CTTCAAAAAACATGAACCAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAACTTAATTTATAATCACTCAAACC
*
2118 TCCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGATTTTACAATCTCATAAGCGATTTTAAGTTAAAT-T
323 TCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTACAATCTCATAAGCGATTTTAAGTTAAATGT
* * * * *
2182 TTTTAAATATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTTAAATGTCTACCTTTGAAAATATGAAGATAAA
388 TTTT--ATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAGAAAATATGAAGAAAAA
* * * *
2247 GCC-ATTCATTGACAAG-AAAAGCTCATTTATAATCACCTATGCCTTC-GAAGCCTTATCACTCG
451 GCCTA-TCATTGACAAGAAAAATC-CATTTATAATCACCCATGCCGTCGGAACCCTTATCACTCG
* * **********
2309 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTNNNNNNNNNNA
514 CTTAAAATAGGTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * * * * * * *
2374 TAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACAT-GAGGAAAAAGCCATTAATTGCCAAGAAAAG
579 CAAATTATAATTAAATG-TCAACTTAAAAAA-ATGGAAGAAAAAGCCATTAATTACAAAAAAAAG
* * ********
2438 TCCATTTGTAGTCACCCATGCCTTCGGAAGCCTTNNNNNNNN
642 TCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATCAGTTG
** * * * *
2480 NNTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTCTTTAACATTTTTTGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAA
2545 TATAATATAA
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 127, Indels: 21
0.81 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
684 93 0.15
685 9 0.01
686 370 0.60
687 139 0.23
688 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (683 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAA
CAAATTATATTTAAATGTCAACCTCAGAAAATATGAAGATAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGT
CGATTTATAGTCACCTACACCTTCGAAAGACTTATCACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAATATACCATAATTGAATGTATGCTT
CAAAAAACATGAACCAAAAGCCACCCATTGACAAGAAAACTTAATTTATAATCACTCAAACCTCC
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTACAATCTCATAAGCGATTTTAAGTTAAATGTTTT
TATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAGAAAATATGAAGAAAAAGCCTA
TCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAATCACCCATGCCGTCGGAACCCTTATCACTCGCTTAAAA
TAGGTTTATAATCTCATAAATAATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTA
TAATTAAATGTCAACTTAAAAAAATGGAAGAAAAAGCCATTAATTACAAAAAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATCAGTTG
Found at i:2419 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 954--2452 Score: 1420
Period size: 342 Copynumber: 4.4 Consensus size: 340
944 NNNNNNNNNN
* * * * **
954 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATACAATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
*** ** * * * *
1019 GTATGGTTTGAAAAATCTGTAGCAAAAGCCACTTATT-AGCAAGAAAAGTTCATTTCTAGTCACT
66 GT-TTACTT-AAAAAAATGAAGAAAAAGCCACTCATTGA-CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACT
* * ** *
1083 CAAGCCTCCAAAAGTTTTATTACACACTTTAAATGGTTTTACAATCTTTTAATTAATTTTAAGTT
128 CAAGCCTCCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
*
1148 GAATTTTTTAATATTTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTAAATGTCTACCTCAGAAAATATGAAG
193 GAATTTTTTAATATTTTTT-GTTAAAACAAATTATATTTAAATGTCTACCTTAGAAAATATGAAG
* * *
1213 ATAAATCCATTCATTGACAAGAAAAG-TCGATTTATAGTCACCTACGCCTTTGAAAGCCTTATCA
257 ATAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCTC-ATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATCA
*
1277 CTTGCTTTAAATGGTTTTAT
321 CTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
1297 AATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAAAATATG-TTATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAATA-GATTATAATTGAA
* * * * *
1361 TGTTTTCTTCAAAAAACATGAAGTAAAAGTCACCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAATCACT
65 TGTTTACTT-AAAAAA-ATGAAGAAAAAGCCACTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACT
* *** * * * * *
1426 CAAAG-TTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTATGT
128 C-AAGCCTCCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* ** * **
1490 TGAATGTTTTT-ATATTTTTAGTTAAAACAGGTTATAATTAAATGTCTGTCTTAGAAAATATGAA
192 TGAAT-TTTTTAATATTTTTTGTTAAAACAAATTATATTTAAATGTCTACCTTAGAAAATATGAA
* ** * * * * * * *
1554 GAAAAAGCC-TATCATTTCCTAGAAAA-ATCCGTTTATAGTCACCCATGCCGTCGGAACCCTTAT
256 GATAAAGCCAT-TCATTGACAAGAAAAGCT-CATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTAT
* * *
1617 TACTCGCTTAAAATGGGTTTAT
319 CACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * * *
1639 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTAAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
** * ** * * * * *
1704 GTCAACTTCAGGAAATGGGAAGAAAAAGCTATTCATTTACAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
66 GTTTACTTAAAAAAAT--GAAGAAAAAGCCACTCATTGAC--AAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
*** * * * * ** *
1769 TTTTGCCTTCGAAAGCTTTATCAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
127 TCAAGCCTCCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
1834 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATATTTAAATGTC-AACTTCATG-AAATGTGA
192 TGAATTTTTTAATATTTTTTGTTAAAACAAATTATATTTAAATGTCTACCTT-A-GAAAATATGA
* * * * * *
1897 AGATAAAGCCATTCATTTACAAAAAAAGCTCATTTATAGTCATCTTTACCTTCGAAAGACTTATC
255 AGATAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATC
*
1962 ACTTGCTTTAAATGGTTTTAT
320 ACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * **
1983 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TATTTTTACATTTTTTGTTAAAATATACCATAATTGAA
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTA-TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA
* ** ** * * * * *
2047 TGTATGGTTTGAAAAATG-TGTACCAAAAGCCACTGATTGGCAAGAAAACTTAATTTATAGTCAC
65 TGTTTACTTAAAAAAATGAAG-A--AAAAGCCACTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
* * **
2111 TCAACCCTCCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGATTTTACAATCTCATAAGCGATTTTAAGT
127 TCAAGCCTCCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * *
2176 TAAATTTTTTAAATATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTTAAATGTCTACCTTTGAAAATATGAA
192 TGAATTTTTT-AATATTTTTTGTTAAAACAAATTATATTTAAATGTCTACCTTAGAAAATATGAA
*
2241 GATAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTATAATCACCTATGCCTTCG-AAGCCTTATCA
256 GATAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATCA
*
2305 CTCGCTTTAAATAGTTTTAT
321 CTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * **********
2325 AATCTCATAAATAATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTNNNNNNNNNNATAGATTATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
* * * * * *
2390 GTTTACCTTAAAAAACATGAGGAAAAAGCCATTAATTGCCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCAC
66 GTTTA-CTTAAAAAA-ATGAAGAAAAAGCCACTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCAC
2453 CCATGCCTTC
Statistics
Matches: 922, Mismatches: 204, Indels: 61
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 5 0.01
342 382 0.41
343 260 0.28
344 269 0.29
345 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAT
GTTTACTTAAAAAAATGAAGAAAAAGCCACTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAA
GCCTCCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
TTTTTTAATATTTTTTGTTAAAACAAATTATATTTAAATGTCTACCTTAGAAAATATGAAGATAA
AGCCATTCATTGACAAGAAAAGCTCATTTATAGTCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGC
TTTAAATGGTTTTAT
Done.