Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397725.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1023.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6931
ACGTcount: A:0.31, C:0.09, G:0.10, T:0.29
Warning! 1464 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:298 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--2706 Score: 2527
Period size: 171 Copynumber: 15.9 Consensus size: 170
* * * *
1 GTAATAAGGCTTTCTAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAAATCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
* * * * * * * * *
66 CTTCATGTTTCTCAAGGGAGATATACAATTATACTCTTTTTTAACAAAAATTATTAAAAAATTTA
66 CTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA-TATAAAAAAATTCA
* **********
131 AATAAAAATCAATTATGAGGNNNNNNNNNNATTTAAAGCGA
130 AATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGA
* ** * * * *
172 GTAATAATGCTTTCGAAGGTTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGAATATCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
* * *
237 CTTGACGTTTCTCAAGACAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTCA
66 CTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AATAAAAATATAAAAAAATTCA
* *
302 AATTAAAATCAATTATCAGATTATAAAATCATTTAAAGCGA
130 AATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGA
* * * * * ** *
343 GTAATGATGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATGAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATATCTTTGT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
* * * * * * *
408 CTTTACGTTTCTCGAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATTAAAAAATTTA
66 CTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCA
* * * *
473 ACTAAAAATCAATTATGAGGCTATAAAAACATTT-AAGCCGA
130 AATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAG-CGA
* * * *
514 GTAATAAGGCTTCCGAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAGATCTATTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
* ** * * *** *
579 CTTCTCGTTTCTTGAGGTAGACATTCTATTATAATCCAATTTAATAAAAAATATAAAAACATTCA
66 CTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCA
* *************
644 AATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAANNNNNNNNNNNNN
130 AATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGA
*********************** *
685 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATATTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
* * *
750 CTTCACGTTTCT-AGAGGTAGATATTCAATTATAAT-TTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAA-TC
66 CTTCACGTTTCTCA-AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTC
* * *
812 AAAATTAAAATCAATTACGAGGTTATAAAATCATTTTAAGTGA
129 -AAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGA
* * * *
855 CTAATAAGGCTTTCGAAGG-ACTGGATGACTATAAATGGACTATTCTTGCCAATGAATATCTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTT
* * * *
919 TCATT-ATGTTTGCT-AAGGTC-GACATTCAACTATAATCTGTGTTAATAAAAATGTAAAAAAAT
65 TC-TTCACGTTT-CTCAAGG-CAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAAT
* ********** * * * *
981 TCAACTNNNNNNNNNNTATAAGATCATAAAACCATTTAAAGCGA
127 TCAAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGA
* * * * *
1025 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACAATAAATGGACTTTTCTTGCTAATAGATATCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
* * * * * *
1090 CTTCACGTTTCTCTCA-GCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTACACAAAATTATAAAAAAATTT
66 CTTCACGTTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAAAAATATAAAAAAATTC
* * *
1154 AAATTTAAATTAATTATAAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGA
129 AAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGA
* * *
1196 GTAATAAGGTTTTCTAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
* * * * *
1261 CTTCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCT-TTTTAAACAAAAATTATTAAAAAATTC
66 CTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AATAAAAA-TATAAAAAAATTC
* * *
1325 AAATTAAAATCAATAATGAGGCTATAAAAACATTT-AAGCCGA
129 AAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAG-CGA
* * * * * * *
1367 GTAATAAGGGTTTCGAAGGCATGGATGACTATATATAGACTTTTCTTACCAATAGATATCTATTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
** * * * * *
1432 CTTGTCATTTCTCAAGGTAGACATT-ATATTATAATTTG-ATT--T----A-ATAAAAAAATTTA
66 CTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCA-ATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCA
*
1488 AATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGA
130 AATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGA
* * * * *
1529 GTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGGATATCTATCT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
* * *
1594 CTTCATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTTATAAAAAATATAAAAAAACTC-
66 CTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTCA
* *
1658 AATTAAATTCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCAA
130 AATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGA
* * * *
1699 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATCGATATCTTTTC
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
* * * * * * *
1764 CCTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTCATAAAAATATTAAAAGATTCAA
66 CTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAA
* *
1829 ATTAAAATCAATTATGAGGTTATCAAATCATTTAAATCGA
131 ATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGA
* * ** * * *
1869 GTAATAAGGCTTTTGAAGGTATCCGTGACTATAAATGCACTTGTCTT-ACAAGTGGATATC-TTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGGATATCTTTT
* * * * * * *
1932 TCTTTCACGTTTCTCGAGACAAACATTCAATTACAATTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAGTT
65 TC-TTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATT
* * * * * *
1997 C-AACTAAAAACTAATTATAAGATTACAAAA-CTATTTAAAGCAA
128 CAAATTAAAATC-AATTATGAGGTTATAAAATC-ATTTAAAGCGA
* * * * * *
2040 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACAACAATTGGACTTCTCTTGCCAATGGATATCATTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
* * ** * *
2105 CTTTACGTTTTTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCAGTTTTAATAAAAAAATAAAAAAATTCAA
66 CTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAA
*
2170 ATTAAAATCAATTATGAGGTTGT-AAATACATTTAAAGCGA
131 ATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAT-CATTTAAAGCGA
* ** * * *
2210 GTAATAAAGCTTTTTAAGGCATTGGTGACTATATATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCATTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
* * * *
2275 CTTTACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATTATAAAACAATTTA
66 CTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA-TATAAAAAAATTCA
* * *
2340 AATTAAAATTAATTTTGAGGTTATAAAATCATTTAAACCGA
130 AATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGA
* * * * * **
2381 GTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGATTATAAATGAACTTTTCTGGCCAATGGATATAATTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
* * ** * *
2446 CTTTACGTTTTTTGAGACAGACATTCAATTATAATC-GTTTTAATAAAAATATAAAAAAGTTCAA
66 CTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * * *
2510 CTTCAAA-CTAATTATGAGATTAAAAAAGCATTTAAAGGGA
131 ATTAAAATC-AATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGA
* * *
2550 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATTGATATCTTCTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
* * *
2615 CTTCACGTTTCT-AGAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATTAAAAAATTT
66 CTTCACGTTTCTCA-AGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATTC
2679 AAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAA
129 AAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAA
2707 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2040, Mismatches: 442, Indels: 106
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
162 131 0.06
163 6 0.00
164 1 0.00
165 1 0.00
169 159 0.08
170 671 0.33
171 1051 0.52
172 20 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
CTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAA
ATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGA
Found at i:1147 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 1--2706 Score: 2335
Period size: 341 Copynumber: 8.0 Consensus size: 338
* * * *
1 GTAATAAGGCTTTCTAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAAAATCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
* * * * * * * * * *
66 CTTCATGTTTCTC-AAGGGAGATATACAATTATACTCTTTTTTAACAAAAATTATTAAAAAATTT
66 CTTCACGTTTCTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA-TA-TAAAAAAATC
* ********** * **
130 AAATAAAAATCAATTATGAGGNNNNNNNNNNATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCGAAGGTTTA
129 AAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-
* * * * *
195 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGAATATCTTTTTCTTGACGTTTCTCAAGACAGACA
193 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACA
* * *
260 TTCAATTATAATATGTTTTAAATAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATCAGATTA
258 TTCAATTATAATCTGTTTT-AATAAAAAT-TAAAAAAATTCAAATTAAAATTAATTATAAGATTA
*
325 TAAAATCATTTAAAGCGA
321 TAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * ** *
343 GTAATGATGCTTTCGAAGGCATGGGTAACTATGAATGGACTTTTCTTGTCAATAAATATCTTTGT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
* * * * * *
408 CTTTACGTTTCTC-GAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATTAAAAAATTT
66 CTTCACGTTTCTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATA-TAAAAAAATC
* * * * *
472 AACTAAAAATCAATTATGAGGCTATAAAAACATTT-AAGCCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCAT
129 AAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT
* * * ** *
536 GGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAGATCTATTTCTTCTCGTTTCTTGAGGTAGAC
193 GG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGAC
* *** * * *
601 ATTCTATTATAATCCAATTTAATAAAAAATATAAAAACATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATT
257 ATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAT-TAAAAAAATTCAAATTAAAATTAATTATAAGATT
*************
666 ATAAAANNNNNNNNNNNNN
320 ATAAAACCATTTAAAGCGA
*********************** *
685 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATATTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
* * * *
750 CTTCACGTTTCT-AGAGGTAGATATTCAATTATAAT-TTTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATCA
66 CTTCACGTTTCTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAAATC-
* * * *
813 AAATTAAAATCAATTACGAGGTTATAAAATCATTTTAAGTGACTAATAAGGCTTTCGAAGG-ACT
129 AAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-T
* * *
877 GGATGACTATAAATGGACTATTCTTGCCAATGAATATCTTTTTCATT-ATGTTTGCT-AAGGTC-
193 GG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTC-TTCACGTTT-CTCAAGG-CA
* * * **********
939 GACATTCAACTATAATCTGTGTTAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTNNNNNNNNNNTATAAGA
254 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAT-TAAAAAAATTCAAATTAAAATTAATTATAAGA
*
1004 TCATAAAACCATTTAAAGCGA
318 TTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * *
1025 GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACAATAAATGGACTTTTCTTGCTAATAGATATCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
* * * * * *
1090 CTTCACGTTTCTCTCA-GCAAACATTTAATTATAATCTGTTTTACACAAAATTATAAAAAAATTT
66 CTTCACGTTTCTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ATAAAAATATAAAAAAA-TC
* * * * *
1154 AAATTTAAATTAATTATAAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCTAAGGCATG
129 AAATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-
* * * *
1219 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAGACA
193 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACA
* * * * **
1284 TTCAATTATAATCT-TTTTAAACAAAAATTATTAAAAAATTCAAATTAAAATCAATAATGAGGCT
258 TTCAATTATAATCTGTTTT-AATAAAAATTA--AAAAAATTCAAATTAAAATTAATTATAAGATT
*
1348 ATAAAAACATTT-AAGCCGA
320 ATAAAACCATTTAAAG-CGA
* * * * * * *
1367 GTAATAAGGGTTTCGAAGGCATGGATGACTATATATAGACTTTTCTTACCAATAGATATCTATTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
** * * * * * * *
1432 CTTGTCATTTCTC-AAGGTAGACATT-ATATTATAATTTG-ATT--T---AATA-AAAAAATTTA
66 CTTCACGTTTCTCTGAGGCAGACATTCA-ATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATCA
* *
1488 AATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCATGG
130 AATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGG
* * * *
1553 ATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGGATATCTATCTCTTCATGTTTCTCAAGGCAGACAT
195 -TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAT
* * * *
1618 TCAATTATAATCTGTTTTTATAAAAAATATAAAAAAACTC-AATT-AAATTCAATTATGAGGTTA
259 TCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAT-TAAAAAAATTCAAATTAAAATT-AATTATAAGATTA
* *
1681 TAAAATCATTTAAAGCAA
321 TAAAACCATTTAAAGCGA
* * * *
1699 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATCGATATCTTTTC
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
* * * * * * * *
1764 CCTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTCATAAAAATATTAAAAGATTCA
66 CTTCACGTTTCTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATA-TAAAAAAATCA
* * * * *
1828 AATTAAAATCAATTATGAGGTTATCAAATCATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATCC
130 AATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-G
* * * * * *
1893 GTGACTATAAATGCACTTGTCTT-ACAAGTGGATATC-TTTTCTTTCACGTTTCTCGAGACAAAC
194 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGGATATCTTTTTC-TTCACGTTTCTCAAGGCAGAC
* * * * * * *
1956 ATTCAATTACAATTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAGTTCAACTAAAAACTAATTATAAGATT
257 ATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAT-TAAAAAAATTCAAATTAAAATTAATTATAAGATT
* * *
2021 ACAAAACTATTTAAAGCAA
320 ATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * *
2040 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACAACAATTGGACTTCTCTTGCCAATGGATATCATTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
* * * *
2105 CTTTACGTTT-TTTGAGGCAGACATTCAATTATAATCAGTTTTAATAAAAAAATAAAAAAATTCA
66 CTTCACGTTTCTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAA-TCA
* * **
2169 AATTAAAATCAATTATGAGGTTGT-AAATACATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTTAAGGCATT
130 AATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAAT-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-T
* * *
2233 GGTGACTATATATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCATTTTCTTTACGTTTCTCAAGGCAGACA
193 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACA
* * * * *
2298 TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATTATAAAACAATTTAAATTAAAATTAATTTTGAGGTTA
258 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATTA-AAAA-AATTCAAATTAAAATTAATTATAAGATTA
* *
2363 TAAAATCATTTAAACCGA
321 TAAAACCATTTAAAGCGA
* * * * * **
2381 GTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGATTATAAATGAACTTTTCTGGCCAATGGATATAATTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
* * * *
2446 CTTTACGTTT-TTTGAGACAGACATTCAATTATAATC-GTTTTAATAAAAATATAAAAAAGTTCA
66 CTTCACGTTTCTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAA-ATCA
* * * * * *
2509 ACTTCAAA-CTAATTATGAGATTAAAAAAGCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATG
130 AATTAAAATC-AATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-
* * *
2573 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATTGATATCTTCTTCTTCACGTTTCT-AGAGGCAGAC
193 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCA-AGGCAGAC
* * * * * *
2637 ATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATATTAAAAAATTTAAATTAAAATCAATTATGAGGTT
257 ATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAT-TAAAAAAATTCAAATTAAAATTAATTATAAGATT
2702 ATAAA
320 ATAAA
2707 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1902, Mismatches: 401, Indels: 124
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
331 4 0.00
332 116 0.06
333 146 0.08
334 16 0.01
335 6 0.00
338 4 0.00
339 10 0.01
340 459 0.24
341 673 0.35
342 463 0.24
343 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
GTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTT
CTTCACGTTTCTCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATCAA
ATTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGT
GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTC
AATTATAATCTGTTTTAATAAAAATTAAAAAAATTCAAATTAAAATTAATTATAAGATTATAAAA
CCATTTAAAGCGA
Found at i:3570 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3150--3665 Score: 522
Period size: 170 Copynumber: 3.0 Consensus size: 170
3140 NNAATTATAA
* * ** *
3150 GGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATCCGTTACTATAAATGGACTT
1 GGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * * *
3215 TTCTTACTAGTAGATATCTTTTTCTTCATGTTTCTGGAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTG
66 TTCTTGCTAATGGATATCATTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTT
*
3280 AATAAAATATATAAAAAAATTCAACTTAAAACTAATTATGC
131 AATAAAA-ATATAAAAAAATTCAAATTAAAACTAATTATGC
* ** * ** * *
3321 GATTGCAAAA-CTATTTAAAGTGAACAGA-AAGAATTTTGAAGGCATGGGTGACAATAAATGGAC
1 GGTTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTA-ATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * *
3384 TTCTCTTG-TCAATGGATATCATTTTCTTTACGTTTTTTGAGGTAGACATT-ATATTATAATATG
64 TTTTCTTGCT-AATGGATATCATTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTCA-ATTATAATATG
* **********
3447 TTTTAATAAAAAAATAAAAAAATTCAAATTAAAANNNNNNNNNN
127 TTTTAATAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAACTAATTATGC
* *
3491 GGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTTAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTT
1 GGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
3556 TTCTTGCTAATGGATAT-AATTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATATTCTGTTTT
66 TTCTTGCTAATGGATATCATTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTT
*
3620 AATAAAAATTATAAAAAAATTCAAATTAAAA-TCAATTATGA
131 AATAAAAA-TATAAAAAAATTCAAATTAAAACT-AATTATGC
3661 GGTTA
1 GGTTA
3666 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 66, Indels: 21
0.76 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 47 0.17
170 116 0.43
171 105 0.39
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
GGTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT
TTCTTGCTAATGGATATCATTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTT
AATAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAACTAATTATGC
Found at i:4688 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4332--4793 Score: 547
Period size: 170 Copynumber: 2.7 Consensus size: 169
4322 NNNNNNNAGT
* * * *
4332 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATTGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTA
1 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCA
* * *******
4397 GACATTCAATTATAATTTATTTTAATAAAAA-ATANNNNNNNNNNTAAATTAAAAT-TAATTATG
65 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATA---AAAAAATTAAATTAAAATCTAATTATG
* *
4460 AGGTTATAAAATCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
127 AGGTTATAAAATCATTTAAAGCTAGTAATAACGCTTTCGAAGA
* * * * **
4503 CATAGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTGAAAATCTTTTTCTTCGTGTTTCTTAAGGCA
1 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCA
*
4568 GGCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAAGTTAAATTAAAATCT-ATTATGAG
65 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAA-TTAAATTAAAATCTAATTATGAG
*
4632 GTTATAAAATCATTTAAAG-TGAGTAATAACGCTTTTGAAGA
129 GTTATAAAATCATTTAAAGCT-AGTAATAACGCTTTCGAAGA
* * *
4673 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATCGATATCTTTTTCTTAACGTTTCTCAAGGCA
1 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCA
*
4738 AACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-AGAAAATTATAAAAAAATTCAAATTAAAATC
65 GACATTCAATTATAATCTGTTTTAATA-AAAA-TATAAAAAAATT-AAATTAAAATC
4794 ANNNNNNNNN
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 34, Indels: 18
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 140 0.56
171 103 0.42
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATATCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAG
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAAATTAAATTAAAATCTAATTATGAGGT
TATAAAATCATTTAAAGCTAGTAATAACGCTTTCGAAGA
Done.