Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401973.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5070.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 957
Length: 1596
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.11, T:0.33
Warning! 188 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:486 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 173--1225 Score: 1101
Period size: 170 Copynumber: 6.2 Consensus size: 168
163 AAACGTGCAG
* *
173 TAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTCACA-TTTTGGTTAAAACAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG-TTGAATTTTTT-ACAGTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * * * ** * *
237 ATTATAATTGAATATTTACCTCGATAAACGTAAAAAAAATAACCATTCATTGATAAAAAAATTCT
64 ATTATAATTGAATGTTTGCCTC-AGAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCC
* **
302 ATTTATAATCACCCATGCCTTC-AAAATCTCTATTACTCGCTT
127 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCT-TATTACTCGCTT
* * * * * * *
344 TAAATGGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTACTTTCAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAATAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GTTGAAT-TTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * * * * *
409 ATTATAACTGATTGTGTGTCTCAGAAACGTGGAGAAAAAGCTATGCATTGGCAAAAAAAGTCTAT
64 ATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCAT
* * *
474 TTATAGTCACCCATACCTT-TAAAGTACTTATTACTCGCTT
129 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG-CCTTATTACTCGCTT
* *
514 TAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAGTTGAATTTTTT-ACAGTTTTGGTTAAAACAG
* * * *
579 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAA-AAATAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCA
64 ATTATAATTGAATGTTTGCC-TCAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCA
* * *
643 TTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTA
128 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* *
684 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCGTTTTGGTTAAAACAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAA-TTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * * **
749 AATATAATTGAATGTTAGCCTCGAGAAACATGAAAAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTTAA
64 ATTATAATTGAATGTTTGCCTC-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCA
* * *
814 TTTATAGTCACCAATGCCTTCGAAAGCCTTATTATTTGCTT
128 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
855 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTCTTGTATAGTTTTGATTAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GTTGAATT-TTTTACAGTTTTGGTTAAAACAG
* * **
920 ATTATAA-TGAAATGTTTGTCTCAGGAAACATGAAGCAAAA-CCATTCATTTACAAAAAAAGTCC
64 ATTATAATTG-AATGTTTGCCTCA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCC
* * *
983 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTGTTATTCGCTT
127 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * *
1025 TAAATAGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACAATTTTAGTCAAAACGG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTGAAT-TTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * * *
1090 ATTATAATTGAATGTCTACATTAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATGCATTGGTAAAAAAAGTCCA
64 ATTATAATTGAATGTTTGCCTCA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCA
* * * * *
1155 TTTATAGCCACCCATGTCTTTGAAGGCCTTATTACTTGCTT
128 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
*
1196 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
1226 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 745, Mismatches: 116, Indels: 42
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
170 394 0.53
171 307 0.41
172 34 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTGAATTTTTTACAGTTTTGGTTAAAACAGAT
TATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
Found at i:847 original size:341 final size:335
Alignment explanation
Indices: 173--1225 Score: 1159
Period size: 341 Copynumber: 3.1 Consensus size: 335
163 AAACGTGCAG
* *
173 TAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTCACATTTTGGTTAAAACATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAG-TTGAATTTTTT-ACATTTTGGTTAAAACAGA
* * * * ** * * *
238 TTATAATTGAATATTTACCTCGATAAACGTAAAAAAAATAACCATTCA-TTGATAAAAAAATTCT
64 TTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAAC--ATGAAAAAT-ACCATTCATTTG-CAAAAAAAGTCC
* * ** * *
302 ATTTATAATCACCCATGCCTTC-AAAATCTCTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATA
125 ATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCT-TATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * * * * * * * *
366 ATTAATTTTACTTTCAATATTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAACTGATTGTGT-GTCT
189 ATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACAATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCCT
* * * * *
430 CAGAAACGTGGAGAAAAAGCTATGCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTTA
254 CAGAAACATGAAGAAAAAGCCATGCATTGGCAAAAAAAGT-TATTTATAGTCACCCATGCCTTGA
* *
495 AAGTACTTATTACTCGCTT
318 AAG-CCTTATTACTTGCTT
*
514 TAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAGTTGAATTTTTT-ACA-TTTTGGTTAAAACAG
* *
579 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAAAATAGCCATTCATTTGCAAGAAAAGTCCAT
63 ATTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAATA-CCATTCATTTGCAAAAAAAGTCCAT
*
644 TTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
127 TTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* ** * *
709 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACCGTTTTGGTTAAAACAAAATATAATTGAATGT-TAGCCTCGA
192 GATTTTAAGTTGAATATTTTTACAATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCCTC-A
* ** * * *
773 GAAACATGAAAAAAAAGCCATTTATTGACAAGAAAAGTTAATTTATAGTCACCAATGCCTTCGAA
256 GAAACATGAAGAAAAAGCCATGCATTGGCAAAAAAAGTT-ATTTATAGTCACCCATGCCTT-GAA
*
838 AGCCTTATTATTTGCTT
319 AGCCTTATTACTTGCTT
* * *
855 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTCTTGTATAGTTTTGATTAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GTTGAATT-TTTTACA-TTTTGGTTAAAACAG
* * *
920 ATTATAA-TGAAATGTTTGTCTCAGGAAACATGAAGCAAA-ACCATTCATTTACAAAAAAAGTCC
63 ATTATAATTG-AATGTTTGCCTCAAGAAACATGAA--AAATACCATTCATTTGCAAAAAAAGTCC
* * *
983 ATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCGAAAGCCTTGTTATTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCACA
125 ATTTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
1047 ATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACAATTTTAGTCAAAACGGATTATAATTGAATGTCTA-CAT
189 ATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACAATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCCT
* * * * * *
1111 TAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATGCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATGTCTTT
254 CA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATGCATTGGCAAAAAAAGT-TATTTATAGTCACCCATG-CCTT
*
1176 GAAGGCCTTATTACTTGCTT
316 GAAAGCCTTATTACTTGCTT
*
1196 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
1226 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 605, Mismatches: 88, Indels: 38
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 132 0.22
341 411 0.68
342 57 0.09
343 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (335 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTGAATTTTTTACATTTTGGTTAAAACAGATT
ATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATGAAAAATACCATTCATTTGCAAAAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
TTAAGTTGAATATTTTTACAATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCCTCAGAAAC
ATGAAGAAAAAGCCATGCATTGGCAAAAAAAGTTATTTATAGTCACCCATGCCTTGAAAGCCTTA
TTACTTGCTT
Done.