Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018402002.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5098.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Length: 6858
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.12, T:0.33
Warning! 735 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:307 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--3232 Score: 2648
Period size: 171 Copynumber: 19.0 Consensus size: 171
** ** ** * **
1 AAAATCAATTATGAGATTCCAAAACCATTTAAAGTTAGTTGTAAGGCTTTTAAAAGAAT-GGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGGTG
* * * * * *
65 GCTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAATGACCTTTTT-TTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTC
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATG--CTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * * *
129 AATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTTAACTT
129 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * *
172 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-TTAGAGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGGTG
* ** * * *
236 ACTATAAATAGACTTTTGATATCAATGGATAGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCG
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
* * * * *
301 ATTATAATATATTCTAATCAAAAAAGTAAAAAAATTCAACTT
130 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* ** * * * * *********
343 AAAATCAATTATTAGATTGCACAACCATATAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGNNNNNNNNN
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGGTG
* * * * * * * * *
407 NCTATAAATGGACTTTTCTTGTAAATGAATGTCTTCTTCTTCATGTTTCCTAAAGAAAATATTCA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
** * *
472 ATTATAATAC-GTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTTAACTT
130 ATTATAAT-CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * *
513 AAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATACA-GCTTTCGAAGGCAT-GGGT
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTTGAAAGCTTAGGGT
* * * * * * * *
576 GACTATAAATGAACTTTTGTTATCAATGAATGACCTTTCCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATAGTA
65 GACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * * *
641 AATTAAAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAACTT-AACCT
129 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACTT
* ** * * * *
684 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATA-GGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGGTG
* * * *
748 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTT-TCTAAGGCAGATATTC
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATTC
* **
812 AATTATAATTTGTTTTAACTTAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
129 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* ** *** **
855 AAAATCAATTATGAGATT-TCAAAACCATTTAAAGTGAGCGATAAGGCTTTTGTGGGAATA-GGT
1 AAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGGT
* * * * * * *
918 GACTGTAATTGGACTTTTCTTATCAATGAATGCGTTTTCCTCATATTTTTTAAAGTAGACATTCA
65 GACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
* ** *
983 ATTAAAATCTGTTTTAGTCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
130 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * *
1025 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-GGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGGTG
* * * ** * *
1089 ACTATAAATGGACTTTTC-CAACAAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACACTC
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * * * *
1153 AAGTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACCT
129 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * *
1196 AAAATCTATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCAT-GGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGGTG
* * * * *
1260 ACTATAAATTGACATTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCCTT---GTGGATATTC
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTT-CTTAAGGTAGACATTC
* * *
1322 AATTATAATATGTTTTAACCAGAAATGTAAAAAATTTCAACTT
129 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* *
1365 AAAATCAATTAT--G-------AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-GGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGGTG
* * * * *
1420 ACT-TAAATGGGCTTTTCCTA-CAAATGAATGGGTTTTTCTTTATGTTT-TCTAAGGTAAACATT
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATT
* * * *
1482 TAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT
128 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * *
1526 AAAATCAATTATGAAATTATAAGACCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGTATA-GGT
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCT-TAGGGT
* * ** * * * * * * *
1589 GACTATAAATAGACCTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTTTTCATATTTCTCAAGGTAAATAGTC
65 GACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * ** * * * * * * *
1654 AATCATAATCCGTTTTGGCTAGAATTGCAAAACAATTCATCCT
129 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * ** * ** **
1697 AAGATAAATTATGAGATTGTAAAATCACCTAAAGCGAGTAATATGATTTTTGAAAGCGCA-GGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGGTG
* * * * *
1761 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTGTCTTCATGTTTCCTATGGCAGACATTCA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
* **
1826 ATTATAAACTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTGACTT
130 ATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* ** * * *
1868 AAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTTGAGGAA--AT-GAG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA--AAGCTTAGGG
* *
1930 TGACTATAAATGGACTTTTC-TAGACAAT-ATATGCCTTTTTCTTCATGGTTTC-CAAGGTAGAC
64 TGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGA-ATG-CTTTTTCTTCAT-GTTTCTTAAGGTAGAC
* *
1992 ATTCAATTACAATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
125 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * * *
2039 TAAATCAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGCCAGTAATAAGGCATTCGAAGGCTT-GAGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGGTG
* * * * * * * *
2103 ACCATAAGTGAAACTTTT-ATACCAACGGATGACTTTTGCTTCATGTTT-TTCAAGGTAGACATT
66 ACTATAAATG-GACTTTTCTTATCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAGACATT
* * ** * * * *
2166 CAATTATAATATATTTTATTCAAAAATGTAAGAAAACTCTAGTT
128 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * * * *
2210 AAAATCAATTATGAGTTTGTAAAATCAAATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGGACGCTTA-GGT
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGGT
* * * * * * *
2274 GACTATAGATGGACTTTTCTTATCAACGAATGGATTTTACTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTC
65 GACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTC
* * *
2339 AATTATAATTTGTTTT-ACTTAAAAATGTAAAAAAATTTAACTT
129 AATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * ** ** ** *
2382 AAAATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTT-AAGTGAGCGATAAGGCTTTTGAGGGAAT-GGTTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGGTG
* * * * *
2445 ACTGTAATTGGACTTTTCTT-GCTAATGAATGCTTTTTCCTGACAT-TTTC-CAAGGTAGACATT
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGCTTTTT-CT-TCATGTTTCTTAAGGTAGACATT
* * * *
2507 CAATTATAATATGTTTTAGCTAAAAATGTAAAAAATTTCAACTT
128 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* ** *
2551 -AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAACACTTTTGAAGGCTT-GGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGGTG
* * * * *
2614 ACTATAAATGGGCTTTTCTTTTAAATGAATGGACTTTTT-TTTATGTTTGC-TAAGGTAAACATT
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-G-CTTTTTCTTCATGTTT-CTTAAGGTAGACATT
** * * *
2677 CAAGCATAATCTGCTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTCAACCT
128 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * *
2721 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCAT-GGGTA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGGTG
* * * * * *
2785 ATTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCA
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCA
* *
2850 ATTATAA-CATGTTCTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTT
130 ATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* ** * *
2891 AAAATTAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT-GGGCG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGGTG
* * * * * * **
2955 ACTATAAATGAACATTTCTTGTCAATGAATGACCTTTTCTTCATATTTCTCAAGACAGACAGTT-
66 ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACA-TTC
* * * * *
3019 AATTATAATATGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTTAACCT
129 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * *
3062 AAAATCAATTATGAGCTTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCAAAG-GTATGGGT
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTA-GGGT
* * * * * * ** * * *
3125 TAGTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAAATGCCTTTACCTTCATGTTT-TCCAACGTAAACATT
65 GACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAGGTAGACATT
* ** *
3189 TAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTT
128 CAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
3233 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2464, Mismatches: 509, Indels: 176
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
157 1 0.00
158 2 0.00
159 33 0.01
160 43 0.02
161 57 0.02
167 1 0.00
168 29 0.01
169 166 0.07
170 583 0.24
171 1397 0.57
172 148 0.06
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTAGGGTG
ACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAA
TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
Found at i:625 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1--3232 Score: 2896
Period size: 341 Copynumber: 9.5 Consensus size: 341
** ** ** ** * * *
1 AAAATCAATTATGAGATTCCAAAACCATTTAAAGTTAGTTGTAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * *
66 CTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAATGACCTTTTT-TTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCA
* * * *
130 ATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
130 ATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * **
195 ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-TTAGAGTGACTATAAAT-AGACTTTTGATAT
194 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCAT-GGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTAT
* * * * * * *
258 CAATGGAT-AGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCGATTATAATATATTCTAATCAA
257 CAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
*
322 AAAAGTAAAAAAATTCAACTT
321 AAATGTAAAAAAATTCAACTT
* ** * * * **********
343 AAAATCAATTATTAGATTGCACAACCATATAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGNNNNNNNNNN
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * * * *
408 CTATAAATGGACTTTTCTTGTAAATGAATGTCTTCTTCTTCATGTTTCCTAAAGAAAATATTCAA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAA
* * * *
473 TTATAATACGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAAC
131 TTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * *
538 CATTTAAAGCAAGTAATACA-GCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTGTTATCAA
196 CATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAA
* * * * * * * *
602 TGAATGACCTTTCCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATAGTAAATTAAAATCTGTTTTAACTAAAAAT
260 TGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* *
667 CTAAAAAAACTT-AACCT
325 GTAAAAAAA-TTCAACTT
* ** * *
684 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * * *
749 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGCAGATATTCAA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAA
* * *
814 TTATAATTTGTTTTAA-CTTAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT-TCAA
131 TTATAATATGTTTTAATC-AAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AA
* ** ** * * * * *
877 AACCATTTAAAGTGAGCGATAAGGCTTTTGTGGGAATAGGTGACTGTAATTGGACTTTTCTTATC
193 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATC
* * * * * * **
942 AATGAATG-CGTTTTCCTCATATTTTTTAAAGTAGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAGTCAAAA
258 AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
*
1006 ATATAAAAAAATTCAACTT
323 ATGTAAAAAAATTCAACTT
* *
1025 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
*** * * * *
1090 CTATAAATGGACTTTTC-CAACAAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACACTCA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCA
* * * * * *
1154 AGTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATATAAAAGAATTCAACCTAAAATCTATTATGAGATTATAA
130 ATTATAATATGTTTTAATC-AAAAATGTAAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
1218 AACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATTG-ACATTTCTTGT
193 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAA-TGAACTTTTCTTAT
* * *
1282 CAATGAATG-CTTTTTTCTTCATGTTTCCTT---GTGGATATTCAATTATAATATGTTTTAACCA
257 CAATGAATGAC-TTTTTCTTCATGTTT-CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* *
1343 GAAATGTAAAAAATTTCAACTT
320 AAAATGTAAAAAAATTCAACTT
*
1365 AAAATCAATTAT--G-------AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * * * * * *
1421 CT-TAAATGGGCTTTTCCT-ACAAATGAATGGGTTTTTCTTTATGTTTTCTAAGGTAAACATTTA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCA
* * * *
1484 ATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAG
130 ATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * **
1549 ACCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAAT-AGACCTTTCTTGCC
194 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTATC
** * * * * * * * * ** * *
1613 AATGAATGGTTTTTTTTTCATATTTCTCAAGGTAAATAGTCAATCATAATCCGTTTTGGCTAGAA
258 AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * * *
1678 TTGCAAAACAATTCATCCT
323 ATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * ** * ** *
1697 AAGATAAATTATGAGATTGTAAAATCACCTAAAGCGAGTAATATGATTTTTGAAAGCGCA--GGT
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAG-GCATGGGT
* * * *
1760 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTGTCTTCATGTTTCCTATGGCAGACATTC
64 GACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTC
* * *
1825 AATTATAA-ACTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTACA
129 AATTATAATA-TGTTTTAATCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
** * * * *
1889 AAACCATTTAAAATGAGTAATAAGACTTTTG-AGGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TA
192 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-CATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
* * * * *
1952 GACAAT-ATATGCCTTTTTCTTCATGGTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTACAATCTGTTTGAAC
256 -TCAATGA-ATGACTTTTTCTTCAT-GTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
2015 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
318 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * *
2039 TAAATCAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGCCAGTAATAAGGCATTCGAAGGCTTGAGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * * ** * * * * * * *
2104 CCATAAGTGAAACTTTT-ATACCAACGGATGACTTTTGCTTCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTC
66 CTATAAATG-GACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATTC
* * * * * *
2167 AATTATAATATATTTTATTCAAAAATGTAAGAAAACTCT-AGTTAAAATCAATTATGAGTTTGTA
129 AATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAA-AAAA-TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * * * * *
2231 AAATCAAATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGGACGCTTAGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTA
192 AAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
* * * * * * *
2296 TCAACGAATGGA-TTTTACTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTT-ACTT
256 TCAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-C
*
2359 AAAAATGTAAAAAAATTTAACTT
319 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * ** * * * *
2382 AAAATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTT-AAGTGAGCGATAAGGCTTTTGAGGGAATGGTTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * * *
2446 CTGTAATTGGACTTTTCTTG-CTAATGAAT-GCTTTTTCCTGACAT-TTTCC-AAGGTAGACATT
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTT-CT-TCATGTTTCCTAAGGCAAACATT
*
2507 CAATTATAATATGTTTT-AGCTAAAAATGTAAAAAATTTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTAT
128 CAATTATAATATGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAATTT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * ** *
2570 AAAACCATTTAAAACGAGTAATAACACTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTT
191 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTA
* * * ** *
2635 TAAATGAATGGACTTTTT-TTTATGTTTGC-TAAGGTAAACATTCAAGCATAATCTGCTTTAACC
256 TCAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTT-CTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* *
2698 AAAAACGTAAAAAAATTCAACCT
319 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * *
2721 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGGTAA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* *
2786 TTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAA
* * * *
2851 TTATAACATGTTCTAA-CAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA
131 TTATAATATGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** * * * *
2915 TTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGCGACTATAAATGAACATTTCTTGTCAA
195 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAA
* * * ** * *
2980 TGAATGACCTTTTCTTCATATTTCTCAAGACAGACAGTT-AATTATAATATGTTTTAACAAAAAA
260 TGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
* * *
3044 TCTAAAAAAATTTAACCT
324 TGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * *
3062 AAAATCAATTATGAGCTTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTTA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * * * ** * * *
3127 GTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATAAATGCCTTTACCTTCATGTTTTCC-AACGTAAACATTTA
66 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGCAAACATTCA
* * *
3191 ATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACTT
130 ATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAA-AATTTAACTT
3233 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2347, Mismatches: 460, Indels: 166
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
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330 181 0.08
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332 48 0.02
334 1 0.00
338 1 0.00
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344 6 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAA
TTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATCAAT
GAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
TAAAAAAATTCAACTT
Found at i:1017 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 1--3230 Score: 3002
Period size: 512 Copynumber: 6.3 Consensus size: 512
** ** ** ** * * *
1 AAAATCAATTATGAGATTCCAAAACCATTTAAAGTTAGTTGTAAGGCTTTTAAAAGAATGGGTGG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * * * *
66 CTATAAATGGACTTTTCTTATCAATAAATGACCTTTTTTTCATGTTTCCTGAGGCAAACATTCAA
66 CTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGACCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAA
* * * * * *
131 TTATAATCTTTTTTAACCAAAAATATAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
131 TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * ** *
196 CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-TTAGAGTGACTATAAATAGACTTTTGATATCA
196 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
* * * * *
260 ATGGAT-AGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGACATTCGATTATAATATATTCTAA-TCAAA
260 ATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACT-AAA
* * * * *
323 AAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATTAGATTGCACAACCATATAAAGTGAGTAATAAG
323 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* ********* * * * * *
388 GCTTTCGAAGNNNNNNNNNNCTATAAATGGACTTTTCTTGTAAATGAATGTC-TTCTTCTTCATG
388 GCTTTTGAAG-GAATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACGTT-TTCCTCATA
* * * * * * * *
452 TTTCCTAAAGAAAATATTCAATTATAATACGTTTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTTAACTT
451 TTTTCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
*
513 AAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGCAAGTAATACA-GCTTTCGAAGGCATGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCATGGGTG
* * * * * * *
577 ACTATAAATGAACTTTTGTTATCAATGAATGACCTTTCCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATAGTAA
65 ACTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGACCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCA
*
642 ATTAAAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAACTT-AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
130 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* ** *
706 AACTATTTAAAATGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
194 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * *
771 AATGAATGACTTTTTCTTCATATTTTCTAAGGCAGATATTCAATTATAATTTGTTTTAACTTAAA
259 AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAA
* **
836 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTTCAAAACCATTTAAAGTGAGCGATAAGG
324 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
** * *
901 CTTTTGTGGGAATAGGTGACTGTAATTGGACTTTTCTTATCAATGAATG-CGTTTTCCTCATATT
389 CTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACGTTTTCCTCATATT
* * * * *
965 TTTTAAAGTAGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAGTCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
453 TTCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
*
1025 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * *** ** *
1090 CTATAAATGGACTTTTC-CAACAAATGAATGGGTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACACTCA
66 CTATAAATGAACTTTTCTTATC-AATGAATGACCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCA
* * * *
1154 AGTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAGAATTCAACCTAAAATCTATTATGAGATTATAAA
130 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * *
1219 ACCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATTGACATTTCTTGTCA
195 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
* * * *
1284 ATGAATG-CTTTTTTCTTCATGTTTCCT-TGTG--GATATTCAATTATAATATGTTTTAACCAGA
260 ATGAATGAC-TTTTTCTTCATGTTTCCTAAG-GCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAA
* *
1345 AATGTAAAAAATTTCAACTTAAAATCAATTAT--G-------AACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
323 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* ** * * * * *
1401 GCTTTCGAAGGCTTGGGTGACT-TAAATGGGCTTTTCCTA-CAAATGAATG-GGTTTTTCTTTAT
388 GCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGACG-TTTTCCTCAT
* * * * *
1463 GTTTTCTAAGGTAAACATTTAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT
450 ATTTTCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * * *
1526 AAAATCAATTATGAAATTATAAGACCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* ** *** * * * * *
1591 CTATAAAT-AGACCTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTTTTCATATTTCTCAAGGTAAATAGTCA
66 CTATAAATGA-ACTTTTCTTATCAATGAATGACCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCA
* * ** * * * * * * *
1655 ATCATAATCCGTTTTGGCTAGAATTGC-AAAACAATTCATCCTAAGATAAATTATGAGATTGTAA
130 ATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT-CTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* ** * ** * * **
1719 AATCACCTAAAGCGAGTAATATGATTTTTGAAAGCGCAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
194 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * *
1784 AATGAATGTCTTTGTCTTCATGTTTCCTATGGCAGACATTCAATTATAA-ACTGTTTTAACCAAA
259 AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATA-TGTTTTAACTAAA
** *
1848 AATGTAAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAG
323 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * *
1913 ACTTTTG-AGGAAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TAGACAAT-ATATGCCTTTTTCTTCA
388 GCTTTTGAAGG-AATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGA-ATGACGTTTTCCTCA
** * * * * * *
1975 TGGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTACAATCTGTTTGAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
449 TATTTTCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * *
2039 TAAATCAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGCCAGTAATAAGGCATTCGAAGGCTTGAGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * * * * *
2104 CCATAAGTGAAACTTTT-ATACCAACGGATGA-CTTTTGCTTCATGTTT-TTCAAGGTAGACATT
66 CTATAAATG-AACTTTTCTTATCAATGAATGACCTTTT-CTTCATGTTTCTT-AAGGTAAACATT
* * * * * * * ** * *
2166 CAATTATAATATATTTT-ATTCAAAAATGTAAGAAAACTCTAGTTAAAATCAATTATGAGTTTGT
128 CAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
2230 AAAATCAAATTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGGACGCTTAGGTGACTATAGATGGACTTTTCTT
192 AAAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * * *
2295 ATCAACGAATGGA-TTTTACTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTT-ACT
256 GTCAATGAAT-GACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-
* * **
2358 TAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTT-AAGTGAGCGA
319 TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * *
2422 TAAGGCTTTTGAGGGAATGGTTGACTGTAATTGGACTTTTCTT-GCTAATGAATG-CTTTTTCCT
384 TAAGGCTTTTGAAGGAATGG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGACGTTTTCCT
* * * * * *
2485 GACATTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTT-AGCTAAAAATGTAAAAAATTTCAAC
447 CATATTTTCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAAC
2549 TT
511 TT
* * ** * *
2551 -AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAACACTTTTGAAGGCTTGGGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
** * * * *
2615 CTATAAATGGGCTTTTCTTTTAAATGAATGGA-CTTTTTTTTATGTTTGC-TAAGGTAAACATTC
66 CTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAAT-GACCTTTTCTTCATGTTT-CTTAAGGTAAACATTC
** * *
2678 AAGCATAATCTGCTTTAACCAAAAA-CGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
129 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATC-TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * *
2742 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAGGCATGGGTAATTATAAATGGACTTTTCTTGT
193 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
* * * * * *
2807 CAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAACATGTTCTAACAAAA
258 CAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAA
* * ** *
2872 AATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAG
323 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
** * * * * * *
2936 GCTTTTGAAGGCTTGGGCGACTATAAATGAACATTTCTTGTCAATGAATGACCTTTTCTTCATA-
388 GCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACGTTTTCCTCATAT
* * * * *
3000 TTTCTCAAGACAGACAGTT-AATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAATCTAAAAAAATTTAACCT
452 TTTCTAAAG-TAGACA-TTCAATTATAATATGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * *
3062 AAAATCAATTATGAGCTTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTTA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
* * * * * * *
3127 GTATAAAT-AGACTTTTTTTGTCAATAAATG-CCTTTACCTTCATGTTT-TCCAACGTAAACATT
66 CTATAAATGA-ACTTTTCTTATCAATGAATGACCTTT-TCTTCATGTTTCT-TAAGGTAAACATT
* * *
3189 TAATTATAATCTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAACAATTCAAC
128 CAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATCTAAAAAAATTCAAC
3231 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2216, Mismatches: 424, Indels: 156
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
499 1 0.00
500 23 0.01
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502 5 0.00
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508 1 0.00
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514 156 0.07
515 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGA
CTATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGACCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAA
TTATAATCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
TGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAAT
GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
TTTGAAGGAATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGACGTTTTCCTCATATTTTC
TAAAGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
Found at i:3978 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 3661--5217 Score: 1278
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 168
3651 AAACCCATTA
* * * *
3661 CTTCGAAAACTTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAGTT
1 CTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT
** * * * * * * *
3726 TTTTTGTATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTCTGTCTTTCGAAACGTGAAGGTAAAA
66 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGGAAACATGAA-GAAAAA
* * * * * * **
3791 -CTACTCATTGGCAACAAAATTCTATTTGTAGCCACTCAAAC
129 GCCATTCATT-GCAAGAAAATTC-ATTTATAGTCACCCATGC
* * * * **
3832 CTTCGAAAACCTTTTTGCTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT-ATTCGATTTTAACTTGAAT
1 CTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-GATTTTAGGTTGAAT
* * * * * *
3896 ATTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTCAATGTCTACCTCTGGAAACATAAAGAAAAC
65 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGAAACATGAAGAAAAA
* * * *
3961 CCCATTCATTAGCAACAAAAGTCCATTTATAGGT-ACCCATCC
129 GCCATTCATT-GCAAGAAAA-TTCATTTATA-GTCACCCATGC
* *
4003 CTTCGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT
1 CTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-T
* * * * ** *
4067 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTGTCTTGAGAAATATGAAGAAAAA
65 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAA
* * **
4132 GTCATTTATTGTCAAGAAAAGTTCATTTATAAACACCCATGC
129 GCCATTCATTG-CAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * * * *
4174 CTTC-AAAAGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTAT-GTCCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAA-
1 CTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
* * * * * * *
4236 TTTTTTGCATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTTCTTCTGAAAACATAAAGAAAAA
65 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGAAACATGAAGAAAAA
* * * * *
4301 GCCATCCATTGGCAACAAAAGTTCATTAATAGTCACTCATCC
129 GCCATTCATT-GCAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACCCATGC
* * * ** *
4343 CTTC-AAAAGCATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAAATCATAATTGATTTTAGGTT-TAT
1 CTTCGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
* * * * * *** * *
4406 TTGTTTTACATTTTTAGTTCAAACGGATTATAATTGAATATTTACCTCAAAAAATATGGAGAAAA
65 TT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGAAACATGAAGAAAA
* * ** *
4471 ACCCATTCATTTGCAGGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGC
128 AGCCATTCA-TTGCAAG-AAAATTCATTTATAGTCACCCATGC
* * * * * *
4514 CTTTGAAAGCCTTATTATTCGCTTGAAATGGTTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--
1 CTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT
* ** * * *
4577 TTGTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACATGAAGACAAAG
66 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGG-AAACATGAAGAAAAAG
* * * * **
4642 GCATTCATTG-ATAAAAAAGTCTGTTTATAGTCACCCATAT
130 CCATTCATTGCA-AGAAAATTC-ATTTATAGTCACCCATGC
* * * * *
4682 CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTTAAGCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATT
1 CTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT
* * * * ** * *
4747 TTTTTAGATTTTTGGTTAAAACATATTAAAATT-AACTATCTGTCTTGAGAAACGTGAAGAAAAT
66 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAA
* * * * *
4811 GTCATTCATTGACAAGAAATGTTCGTTTATAGTCGCCCAAGC
129 GCCATTCATTG-CAAGAAA-ATTCATTTATAGTCACCCATGC
* * *
4853 CTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-
1 CTTCGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
* * *
4916 TGTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAA
65 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGG-AAACATGAAGAAAAA
* * *
4981 GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATTACCCATGC
129 GCCATTCATTG-CAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACCCATGC
* * *
5023 CTT-TAAAAGCGTTATTACTCGCTTTAAATGGTATTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
1 CTTCGAAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAT
** * * * * *
5087 TTTTTTATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATAAAG-AAAA
65 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGAAACATGAAGAAAAA
* * ** * *
5151 GTCCATTTATTTACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGC
129 G-CCATTCA-TTGCAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACCCATGC
5194 CTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTT
1 CTTCGAAAA-CCTTATTACTCGCTT
5218 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1111, Mismatches: 233, Indels: 84
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 6 0.01
168 72 0.06
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170 310 0.28
171 555 0.50
172 20 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
CTTCGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT
TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAACATGAAGAAAAAGC
CATTCATTGCAAGAAAATTCATTTATAGTCACCCATGC
Found at i:4370 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 3675--5213 Score: 1491
Period size: 340 Copynumber: 4.5 Consensus size: 340
3665 GAAAACTTTG
* * *
3675 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAGGTTG-AGTTTTTTTGTATTTTT
1 TTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTTATATTTTT
* * * * ** * * * * *
3739 GGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTCTGTCTTTCGAAACGTGAAGGTAAAACT-ACTCATTGGC
65 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGTCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAGTCATTCATTGTC
* * * * * * * *
3803 AACAAAA-TTCTATTTGTAGCCACTCAAACCTTCGAAAA-CCTTTTTGCT-AGCTTTAAATAGTT
129 AAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTT
* * * * *
3865 TTATAATCTC-ATATTCGATTTTAACTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAAT
191 CTATAATCTCAAAATT-GATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAAT
* **
3929 TCAATGTCTACCTCTGG-AAACATAAAGAAAACCCCATTCATT-AGCAACAAAAGTCCATTTATA
254 TCAATGTCT-TCT-TGGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAACAAAAGTCCATTTATA
* *
3992 GGT-ACCCATCCCTTCGAAAGCCTTT
316 -GTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTA
4017 TTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTTATATTTTTA
1 TTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTTATATTTTTA
* * *
4082 GTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTGTCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGTCATTTATTGTCAA
66 GTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGTCAA
** *
4147 GAAAAGTTCATTTATAAACACCCATGCCTTCAAAAG-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTAT-
131 GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATA
* * * *
4210 GTCCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGCATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTCAATG
196 AT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATG
* * * * * *
4275 TCTTCTTCTGAAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAACAAAAGTTCATTAATAGTCACTCA
260 TCTTCTT-GGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
*
4340 TCCCTTCAAAAGCATTA
324 TCCCTTCAAAAGCCTTA
* * ** * * *
4357 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAAATCATAATTGATTTTAGGTT-TATTTGTTTTACATTTTT
1 TTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTTATATTTTT
* * * ** ** * * * **
4421 AGTTCAAACGGATTATAATTGAATATTTACCTCAAAAAATATGGAGAAAAACCCATTCATT-TGC
65 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGT-C
* *** ** * * * * *
4485 AGGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTATTCGCTTGAAATGGTTTTC
129 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTA
* * ** *
4550 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAAT
194 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAAT
* * * * **
4614 GT-TTGCCTTGGAAAACATGAAGACAAAGGCATTCATTGATAA-AAAAGTCTGTTTATAGTCACC
259 GTCTT--CTTGGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACC
** *
4677 CATATCTTCGAAAGCCTTA
322 CATCCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * *
4696 TTACTCGCTTTAAATGATTTTTTAAGCTCATAATTGATTTTAGGTT-AAATTTTTTTAGATTTTT
1 TTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTTATATTTTT
* * * * * *
4760 GGTTAAAACATATTAAAATT-AACTATCTGTCTTGAGAAACGTGAAGAAAATGTCATTCATTGAC
65 AGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TATCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGTC
* * * * * *
4824 AAGAAATGTTCGTTTATAGTCGCCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTA
129 AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTA
* * * * * *
4889 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTGTAATTGAAT
194 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAAT
* * * * *
4954 GTCTACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATTACCC
259 GTCT-TCTTGGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * *
5019 ATGCCTTTAAAAGCGTTA
323 ATCCCTTCAAAAGCCTTA
*
5037 TTACTCGCTTTAAATGGTATTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTTATGTTTTT
1 TTACTCGCTTTAAATGGT-TTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTTATATTTTT
* * * ** * * * *
5101 AGTTAAAACAGATTATACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATAAAG-AAAAGTCCATTTATT-TA
65 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGT-CATTCATTGT-
** *
5164 CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
128 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
5214 GCTTNNNNNN
Statistics
Matches: 977, Mismatches: 191, Indels: 59
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 4 0.00
339 213 0.22
340 334 0.34
341 316 0.32
342 107 0.11
343 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
TTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTTATATTTTTA
GTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGTCAA
GAAAAGTTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATA
ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGT
CTTCTTGGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATC
CCTTCAAAAGCCTTA
Found at i:4984 original size:680 final size:682
Alignment explanation
Indices: 3852--5217 Score: 1678
Period size: 680 Copynumber: 2.0 Consensus size: 682
3842 CTTTTTGCTA
* * **
3852 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTCGATTTTAACTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAAA
1 GCTTGAAATAGTTTTATAATCTCATATTCGATTTTAACTTGAATATTGTTACATTTTTCATTAAA
* * *
3917 ATATATTATAATTCAATGTCTACCTCTGGAAACATAAAGAAAACCCCATTCATTAGCAACAAAAG
66 ACAGATTATAATTCAATGTCTACCTCTGGAAACATAAAGAAAACCCCATTCATTAGCAAAAAAAG
* * *
3982 TCCATTTATAGGTACCCATCCCTTCGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTCAT
131 TCCATTTATAGGTACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAAGCTCAT
* * * *
4047 AATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTGTC
196 AATTGATTTTAGGTTGAAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGATTAAAATTGAATATCTGTC
* * * *
4112 TTGAGAAATATGAAGAAAAAGTCATTTATTGTCAAGAAAAGTTCATTTATAAACACCCATGCCTT
261 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAAACACCCAAGCCTT
* * * * *
4177 CAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATGTCCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
326 CAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATGATTCTATATCCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTT
* * * *
4242 GCATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTTCTTCTGAAAACATAAAGAAAAAGCCATC
391 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTCCTTCGGAAAACATAAAGAAAAAGCCATC
* * * *
4307 CATTGGCAACAAAAGTTCATTAATAGTCACTCATCCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAAT
456 CATTGACAACAAAAGTCCATTAATAATCACCCATCCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAAT
* * * *
4372 AGTTTTATAAAATCATAATTGATTTTAGGTT-TATTTGTTTTACATTTTTAGTTCAAACGGATTA
521 AGTATTATAAAATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
* ** * *
4436 TAATTGAATATTTACCTCAAAAAATATGGAGAAAAACCCATTCATTTGCAGGAAAAACCCATTTA
585 TAATTGAATATTTACCTCAAAAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTTACAAGAAAAACCCATTTA
** *
4501 TAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTATTC
650 TAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * *
4534 GCTTGAAATGGTTTTCTAATCTCATAATT-GATTTTAAGTTG-A-ATTGTTACATTTTTCATTAA
1 GCTTGAAATAGTTTTATAATCTCAT-ATTCGATTTTAACTTGAATATTGTTACATTTTTCATTAA
* * * * **
4596 AACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGGAAAACATGAAGACAAA-GGCATTCATT-G-ATAAA
65 AACAGATTATAATTCAATGTCTACCTCTGG-AAACATAAAGA-AAACCCCATTCATTAGCA-AAA
** * * *
4657 AAAGTCTGTTTATA-GTCACCCATATCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTTAA
127 AAAGTCCATTTATAGGT-ACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAA
* *
4721 GCTCATAATTGATTTTAGGTT-AAATTTTTTTAGATTTTTGGTTAAAACATATTAAAATT-AACT
190 GCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGATTAAAATTGAA-T
* * * * ** *
4784 ATCTGTCTTGAGAAACGTGAAGAAAATGTCATTCATTGACAAGAAATGTTCGTTTATAGTCGCCC
254 ATCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAAACACCC
* * *
4849 AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT-CTCATAATTAATTTTAAGTT
319 AAGCCTTCAAAAG-CTTATTACTCACTTTAAATGATTCTAT-ATCCTCAAAATTAATTTTAAGTT
* * * *
4913 GAATGTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTT-GGAAAACATGAAGA
382 GAATGTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCT-CCTTCGGAAAACATAAAGA
* * * * * * *
4977 AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATTACCCATGCCTTTAAAAGCGTTATTACT
446 AAAAGCCATCCATTGACAACAAAAGTCCATTAATAATCACCCATCCCTTCAAAAGCATTATTACT
* * ** **
5042 CGCTTTAAATGGTATTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATGTTTTTAGTTAA
511 CACTTTAAATAGTATTATAAAATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA
* * *** ** *
5107 AACAGATTATACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATAAAGAAAAGTCCATTTATTTACAAGAAAA
576 AACAGATTATAATTGAATATTTACCTCAAAAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTTACAAGAAAA
* *
5172 GCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
641 ACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
5214 GCTT
1 GCTT
5218 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 577, Mismatches: 96, Indels: 24
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
678 5 0.01
679 153 0.27
680 371 0.64
681 12 0.02
682 33 0.06
683 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (682 bp):
GCTTGAAATAGTTTTATAATCTCATATTCGATTTTAACTTGAATATTGTTACATTTTTCATTAAA
ACAGATTATAATTCAATGTCTACCTCTGGAAACATAAAGAAAACCCCATTCATTAGCAAAAAAAG
TCCATTTATAGGTACCCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAAGCTCAT
AATTGATTTTAGGTTGAAATTTTTTTAGATTTTTAGTTAAAACAGATTAAAATTGAATATCTGTC
TTGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAAACACCCAAGCCTT
CAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATGATTCTATATCCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATGTTTT
ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTCTCCTTCGGAAAACATAAAGAAAAAGCCATC
CATTGACAACAAAAGTCCATTAATAATCACCCATCCCTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTAAAT
AGTATTATAAAATCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
AATTGAATATTTACCTCAAAAAACATAAAGAAAAACCCATTCATTTACAAGAAAAACCCATTTAT
AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
Found at i:5899 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 5551--5905 Score: 387
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 172
5541 AAAGTCCATC
* * * *
5551 TATAGTCAC-CTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAATTTGGTTTTACGAACTCATAAT
1 TATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAATATCGTTTTACGAACTCATAAT
* * * *
5615 TGATTTTAACTAGAATTTTTTTACATTTTTGAATAAAATACATTATAATTGAATGTCTACCTTGG
65 TGATTTGAACTAGAATTTTTTTAAATTTTTGAATAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGG
* * * * * * * **
5680 GAGACATGATGCAAAAGTCATCCATTGGTATAAAAGTTTCACT
130 AAAACATGAAGAAAAAGGCATACATTGATATAAAAAATTCACT
* * *
5723 TATAGTCACTCAAGCCTTCGAATGCCTTATTACTAGTTTTAA-ATCGTTTTA-TAATCTCATAAT
1 TATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAATATCGTTTTACGAA-CTCATAAT
* * * *
5786 TGGTTTGAAGTTA-AATTTTTTTAAATTTTTGGATAAAACAAATTGTAATTGAATGTCTACCTTG
65 TGATTTGAA-CTAGAATTTTTTTAAATTTTTGAATAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * *
5850 GAAAATATGAAGAAAAAGGCATATATT-ATCTAGAAAAATTCATT
129 GAAAACATGAAGAAAAAGGCATACATTGATATA-AAAAATTCACT
5894 TATAGTCACTCA
1 TATAGTCACTCA
5906 TTCCCTCAAA
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 28, Indels: 9
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.03
171 107 0.71
172 38 0.25
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
TATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAATATCGTTTTACGAACTCATAATT
GATTTGAACTAGAATTTTTTTAAATTTTTGAATAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGGA
AAACATGAAGAAAAAGGCATACATTGATATAAAAAATTCACT
Done.