Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397728.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1026.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 20345
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.08, T:0.28
Warning! 5556 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:414 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 232--566 Score: 415
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 172
222 NNNTGTCTTC
* *
232 AAAAGCCTTATTACGTGCCTAAAATGTTTTTAGAATCTTG-TAATTGATTTTAACTTCAATTTTT
1 AAAAGCCTTATTACGTGCCTAAAATATTTTTAGAATC-TGATAATTGATTTTAAATTCAATTTTT
* * * * * * *
296 ATACATTTTTTCTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGGGATACGTGAAGAAAAATATA
65 ACACATTTTTGCTTAAAATAGATAACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATA
* *
361 TCCATTGGTAAG-AAAAGTATATTTATAGTCACCCAAACCTTTG
130 TCCATTGG-AAGAAAAAGTACATTTATAGTAACCCAAACCTTTG
* * * * * *
404 AAAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAATCTGATAATTGATTTTAAATTTAATTTTTG
1 AAAAGCCTTATTACGTGCCTAAAATATTTTTAGAATCTGATAATTGATTTTAAATTCAATTTTTA
* * * *
468 CATATTTTTGGTTAAAATAGATAACAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGGAGAAAAAGATAT
66 CACATTTTTGCTTAAAATAGATAACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
* * *
533 TCATTGGCAGAAAAAGTCCATTTATAGTAACCCA
131 CCATTGGAAGAAAAAGTACATTTATAGTAACCCA
567 TGCCCTCAAA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 24, Indels: 5
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.03
171 129 0.94
172 4 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
AAAAGCCTTATTACGTGCCTAAAATATTTTTAGAATCTGATAATTGATTTTAAATTCAATTTTTA
CACATTTTTGCTTAAAATAGATAACAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGATAT
CCATTGGAAGAAAAAGTACATTTATAGTAACCCAAACCTTTG
Found at i:5827 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4537--6121 Score: 889
Period size: 171 Copynumber: 9.3 Consensus size: 170
4527 NNNNNTATTT
** * * * * *
4537 GCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT-ATATTATTTATTGAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTATTAAA
* ** * * * * * *
4601 ACAGATTATAATAAAATGTCTACTTCATGAAATGTGAAGAAAAATATATCCATTTGTAAGAAAAG
66 ACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCACGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
* * *
4666 TCTATTTACAATTTC-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
131 TCCATTTA-TA-GTCACCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * ** *
4707 ACTTTAATTGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAATTGAACTTTTTT-GCATTTTTGATTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAATATTTTTTATTAA
* * * ** ** * **********
4771 AATAAATAATAGTTGAATGTCTGTCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGATATCNNNNNNNNNNAAAA
65 AACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCACGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAA
* * *
4836 GTCCATTTATAGTCACAATGCCTTCAAAAGTCTTATTACTC
130 GTCCATTTATAGTCACCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * * *
4877 GCTTTAAATGGCTGTATAATCTCATATTTCATTTTAGGTTGAATTTTTTTATGTTTTCTGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTATTAAA
* * *
4942 ACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAA-AGTATTCATTGGCAAGAAAA
66 ACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCACGAAACGTGAAGAAAAAGA-TATCCATTGGCAAGAAAA
* *
5006 GCCCATTTATAGTCACCCATGCCCTT-GAAAGTCTTATTACTC
130 GTCCATTTATAGTCA-CCATG-CCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* ********** * * * * * *
5048 ACTTTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTCAAGCTGAATTTTTT-TTCATTTTTAATTGA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAT-ATTTTTTATTAA
** * * * * * * * * *
5112 AGTAAATAATAACTGAATGTTTGCCT-A-GAAAAACCTGAAGAAAAA-ACCATTCATTGGTAGGA
65 AACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCACG--AAACGTGAAGAAAAAGA-TATCCATTGGCAAGA
********* * *
5174 AAAGTCCATTTNNNNNNNNNNATGTCTTCAAAAGCCTTATTACGT-
127 AAAGTCCATTT-ATAGTCACCATGCCTTCGAAAGCCTTATTAC-TC
* * * * * * * * * *
5219 GCTTAAAATGTTTTTAGAATCTCGTAATTAATTTTAACTTGAA-TTTTTATACATTTTTTCTCAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA-ATATTTTTTATTAA
* *** * * * * *
5283 AA-ATAGATAATAATTGAATGTCTACCTTGGGATACATGAAGAAAAATATATCCATTGGTAAAAA
65 AACA-A-ATTATAATTGAATGTCTACCTCACGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAA
** * * * *
5347 AAGTATATTTATAGTTACCCATGCCTTTGAAAACCTTATTACTT
128 AAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
********* * * * ** *
5391 GCTTTAAAT-GTTTNNNNNNNNNNATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTGCATATTTTTGATTAA
1 GCTTTAAATGGTTT-TATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTATTAA
* * * * ** * * *
5455 AACAGATAACAATTGAATGTCTGCCTCGGGAAACGTGAAGAAAAACATATTCATTGAC-AGAAAA
65 AACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCACGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAG-AAA
* * * * * * *
5519 AATCCATTTATAGTAACCCATGCCCTCAAAAGCATTATTATTT
129 AGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * * * *
5562 GCTTTAAAAGTTTTTCTATTCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTATTAAA
********** * * *
5627 ACAAATTATAATTNNNNNNNNNNCTCACGAAACTTGAAGAAGAAGATATCCATTGGCAAGAAAAA
66 ACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCACGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
* * *
5692 TCTATTTATAATCACCATTGCCTTCGAGAGCCTTATTACTC
131 TCCATTTATAGTCACCA-TGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
********** *
5733 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATNNNNNNNNNNAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTATTAAA
* * * *
5798 ACAAATTGTAATTGAATGTCTACCTCACGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAGGAAAGG
66 ACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCACGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
* *** *
5863 TCCA-TTACAGTCACCAATATTTTCAAAAGCCTTATTACTC
131 TCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * *
5903 GCTTTAAATGGCTTCATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTTAATTTTTTAATATTTTTTATTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTATTAAA
* * ** * * *
5968 ATAAATTATAATTGAATGTCTATCTCGGGAAACGTGAAGAAAAACATATTCATTGGCAATAAAAG
66 ACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCACGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * *
6033 TCCATCTATAGTCACCCACGCCTT-GAAAAGCCTTTTTGCTC
131 TCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTC
** * *
6074 GCTTTAAATAATTTTATAATCTCATACTGGATTTTAAGTTGAATTTTT
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTT
6122 ATACATTTNN
Statistics
Matches: 1037, Mismatches: 346, Indels: 63
0.72 0.24 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 10 0.01
170 310 0.30
171 593 0.57
172 117 0.11
173 6 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATATTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTTATTAAA
ACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCACGAAACGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
Found at i:6602 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6288--6828 Score: 417
Period size: 169 Copynumber: 3.2 Consensus size: 170
6278 AGAAAAGGCC
*
6288 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATATTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
6353 TTGCTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTGATTAAAATAGATAACAATTGAATGTTACCTTGT
66 TTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATATTTGATTAAAATAGATAACAATTGAATGTTACATCGC
* ** ** *
6418 GAAATGTTTAGAAAAAGATATCCATTGGCAA-AAAAGTAT
131 AAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTAT
* * * *
6457 ATTTATAGTCACCTATGCTTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTTATAA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAA
********** * * * *
6522 TTGATTTNNNNNNNNNNGTTTTTATATTTTTTATTAAAA-AGATTATAATTGAATGTCTACATCG
66 TTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATATTTGATTAAAATAGATAACAATTGAATGT-TACATCG
**
6586 CAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCC
130 CAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTAT
********** * *
6627 ATNNNNNNNNNNCCATGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * *
6691 ATTGGTTTTAAGTTTAATTTTTTTACAT-TTTCTATTAAAAGAGATTATAATTGAATGTCTACCT
65 ATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATATTT-GATTAAAATAGATAACAATTGAATGT-TA-CA
* * * * * * * **
6755 TAG-AAAACGTAAAGAAAAATATATTCATTGGCAATAAAAGTCC
127 TCGCAAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTAT
* * *
6798 ATTTATAGTCACCCACGTCTTTAAAAGCCTT
1 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTT
6829 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 283, Mismatches: 82, Indels: 12
0.75 0.22 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 15 0.05
169 118 0.42
170 76 0.27
171 71 0.25
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATATTTGATTAAAATAGATAACAATTGAATGTTACATCGC
AAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTAT
Found at i:8722 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 8038--9122 Score: 827
Period size: 171 Copynumber: 6.4 Consensus size: 172
8028 NNNNNNNNNN
** *
8038 CCCAT-GCCTTCGAAAA-CCTTATTACTTGCTTTAAAT-ATTTTAATAATCTCATAA-TGAATTT
1 CCCATAGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTG-ATTT
* * * * * * * **
8099 TAAATTGAATTTTTCTATATTTTTAATTAAAACAAATAATAATTGAATGTTGACCTCGTGAAACA
63 TAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTCACGAAACA
* * ********** *
8164 TGAAGAAAAAGATATTCNNNNNNNNNNAAAGTCCATTTATAGTCA
128 CGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCA
* * * ** * ** * *
8209 CCCATA-CCTTCAAAAGTCTTATTATTTGCTTTTAATATTTTTATAATTTTATAATTGATTTTAA
1 CCCATAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * ********** * * ** *
8273 ATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTGAANNNNNNNNNNATTGAATGTCTACCTTGCGAAACATGA
66 GTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTCACGAAACACGA
* * * * * *
8338 AAAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCA
131 AGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCA
* **********
8380 TCCAT-GCCTTTG-AAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNATTGATTTT
1 CCCATAGCC-TTGAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
* * ** * * * * * * *
8442 AAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTGACTGTTTGCCTCAGGAAACAT
64 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTCACGAAACAC
* *
8507 GAAGAAAAATATATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCA
129 GAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCA
* * * * *
8551 CCCATAG-CTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGTTTTTGTAATCTTATAATTGATTTTAA
1 CCCATAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
8615 GTTGAATTTTTTTATATTTTCTCTTAAAA-ACATTATAATTGAGTGTCTATCTCTCGAAATACGA
66 GTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTCACGAAACACGA
*
8679 AGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAGGTCCATTTGTAGTCA
131 AGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCA
* * * ****
8721 CCCAT-GCCTTGAAATGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTNNNN
1 CCCATAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
****** * *
8785 NNNNNNTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAC-AAA-ACGT
66 GTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTCACGAAACACG-
* * *
8848 AAAGAAAAAGATATCCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTCTAGTCA
130 -AAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCA
* * * * * *
8892 CCCA-AGCCTTTAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAAT-ATTTTGGTAATCTTATAATTCATTTTA
1 CCCATAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTA
** *
8955 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAA-AGATTATAATTGAGTGTTTACCTCGTGAAACATG
65 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTCACGAAACACG
* * *
9019 AAGAACAAGATATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
130 AAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCA
* * *
9062 CCCATA-CCTTGGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
1 CCCATAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
9123 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 711, Mismatches: 183, Indels: 41
0.76 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 253 0.36
171 442 0.62
172 12 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (172 bp):
CCCATAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
GTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAGTGTTTACCTCACGAAACACGA
AGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCA
Found at i:8856 original size:341 final size:331
Alignment explanation
Indices: 8191--9122 Score: 931
Period size: 341 Copynumber: 2.8 Consensus size: 331
8181 NNNNNNNNNN
* * ** * **
8191 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAAAAGTCTTATTATTTGCTTTTAATATTTTTATAA
1 AAAGTCCATTTCTAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATATTTTGGTAA
* * * * ********** *
8255 TTTTATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTGAANNNNNNNNNNATTGAATGT
65 TCTTATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCTATT-AAAAACATTATAATTGAGTGT
* * * * * * * * *
8320 CTACCTTGCGAAACATGAAAAAAAAGATATCCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAATCATCCAT
129 CTACCTCGTGAAACACGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * * ** *
8385 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTANNNNNNNNNNAT-TGATTTTAAATTGA
194 ACCTTGGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTA--------TAATCTCA---T-AATTGA
* * * * ** *
8449 -ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTGACTGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAA
247 TTTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATAATAATTGAATGTTTGCCTCACAAAACATAAAGAA
* *
8513 AAATATATCCATTGGCAAGA
312 AAAGATATCCATTGGCAAAA
* * *
8533 AAAGTCCATTTGTAGTCACCCATAG-CTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGTTTTTGTAA
1 AAAGTCCATTTCTAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATATTTTGGTAA
* *
8597 TCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCTCTTAAAAACATTATAATTGAGTGTC
65 TCTTATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCTATTAAAAACATTATAATTGAGTGTC
* * * *
8662 TATCTC-TCGAAATACGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAGGTCCATTTGTAGTCACCCAT
130 TACCTCGT-GAAACACGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
*
8726 GCCTT-GAAATGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTNNNNNNNNN
194 ACCTTGGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATT---------
* * * * *
8790 NTTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCACAAAACGTAAAGAAA
249 -TTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATAATAATTGAATGTTTGCCTCACAAAACATAAAGAAA
*
8855 AAGATATCCATTGGGAAAA
313 AAGATATCCATTGGCAAAA
*
8874 AAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATATTTTGGTAAT
1 AAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATATTTTGGTAAT
* * *
8939 CTTATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAAAGATTATAATTGAGTGTTT
66 CTTATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCTATTAAAAACATTATAATTGAGTGTCT
* * *
9004 ACCTCGTGAAACATGAAGAACAAGATATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
131 ACCTCGTGAAACACGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
**
9069 CTTGGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
196 CTTGGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
9123 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 498, Mismatches: 74, Indels: 47
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
330 6 0.01
331 2 0.00
333 2 0.00
334 2 0.00
340 6 0.01
341 380 0.76
342 100 0.20
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (331 bp):
AAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATATTTTGGTAAT
CTTATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTCTATTAAAAACATTATAATTGAGTGTCT
ACCTCGTGAAACACGAAGAAAAAGATATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
CTTGGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTTTTTACATT
TTTGATTAAAACAAATAATAATTGAATGTTTGCCTCACAAAACATAAAGAAAAAGATATCCATTG
GCAAAA
Found at i:9837 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9317--10306 Score: 647
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 170
9307 NNNNNNNNNN
** *
9317 TTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT-ACATTTTTAAG-TAAAA
1 TTAAAT-GTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTAAAATTTTT--GTTAAAA
* * * **
9379 CAAATAATAACTGAATGTTTG-CCTAGGAAA-ATCTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAA
63 CAGATAATAATTGAATGTTTGCCCTAGGAAACA--TGAGGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * * **
9442 GTCCATTTA-A--C-C-CATGTCTTCAAAAGCCTTATTA-TGTGNN
126 GTCCATTTATAGTCACTCACGCCTTTAAAAGCCTTTTTACT-CGAT
******** * * * * * * *
9482 NNNNNNNNTTTTAGAATCTCGTAATTGATTTTAACTTAAATTTTTGTACATTTTTTCTTAAAACA
1 TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTT-TAAAATTTTTGTTAAAACA
* * * * * * * * * **
9547 AATAATAATTAAATGTTTACCTTGGGATACATGAAGAAAAAGATATCCATTGACAAGAAAAGTAT
65 GATAATAATTGAATGTTTGCCCTAGGAAACATGAGGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
** ** * * ******
9612 ATTTATAGTC-CTTCATACCTTCGAATGCCTTATTANNNNNN
130 ATTTATAGTCAC-TCACGCCTTTAAAAGCCTTTTTACTCGAT
**** *
9653 NNNNATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTAAAATTTTTGATTAAAACA
1 TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTAAAATTTTTG-TTAAAACA
* * *
9718 GATAATATTTGAATGTTTG-CTTTGGAAAACATGAGGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
65 GATAATAATTGAATGTTTGCCCTAGG-AAACATGAGGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* *
9782 TATTTATAGTCACTCACGCCTTTAAAAGCCTTTTTACTCGTT
129 CATTTATAGTCACTCACGCCTTTAAAAGCCTTTTTACTCGAT
********** * *
9824 TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATNNNNNNNNNNATATTTTTACATTTTTTGTTAAAACA
1 TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAAT-TTTTTAAAATTTTTGTTAAAACA
** * * *
9889 GATAATAATTGAATG-TTAACCTCA-GAAA-ATGGAAAGAAAAAAATATTCATTGGCAAGAAAAC
65 GATAATAATTGAATGTTTGCCCT-AGGAAACAT-G-AGGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAG
* *
9951 TCCATTTATAGTCACCCACGCCTTTAAAAAG-CTTTTCACTC-ACT
127 TCCATTTATAGTCACTCACGCCTTT-AAAAGCCTTTTTACTCGA-T
* * * *
9995 TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTATTTTATATTTTTTATTAAAAT
1 TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TT-TTTTAAAATTTTTGTTAAAAC
* * * * ** * * *
10060 AAATAATAATTGAATCTCTGCCCTAGGAAACGTG-GAGAAAACTATTTTCATTGTCAAAAAAAGT
64 AGATAATAATTGAATGTTTGCCCTAGGAAACATGAG-GAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * *
10124 CCATTTACAGTTA-TCCATGCCTTCAAAACCCTTATTACTTGAT
128 CCATTTATAGTCACT-CACGCCTTTAAAAGCCTTTTTACTCGAT
* * ** * *
10167 TTAAATGTTTTTATGATCTCATAATTGATTTTCAATTGAATTTTTTAACGTTTTAGTTAAAATAG
1 TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTAAAATTTTTGTTAAAACAG
* *
10232 ATAATAATTGAATGTTTG-CCTCACGAAACATGAGG-AAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
66 ATAATAATTGAATGTTTGCCCT-AGGAAACATGAGGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
10295 ATTTATAGTCAC
130 ATTTATAGTCAC
10307 CCATGCTTTC
Statistics
Matches: 640, Mismatches: 151, Indels: 63
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 32 0.05
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167 12 0.02
168 1 0.00
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173 10 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTAAAATTTTTGTTAAAACAG
ATAATAATTGAATGTTTGCCCTAGGAAACATGAGGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACTCACGCCTTTAAAAGCCTTTTTACTCGAT
Found at i:11261 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 10793--11604 Score: 539
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 168
10783 NNNNNNNNNN
* * * * * *
10793 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACC-TCGAGAAA-TATAA-AAAAA
1 TTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTACCTTTG-GAAACTA-AAGAAAAG
* * * * ** * * ** ** *
10855 AAATCCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCATGTTTTTGAAAGCCTTATTGCTCGCTT
64 ATATTCATTAGTAA-AAAAGTCCATTTATAGTTACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* ** * *
10920 TAAATGGTTTTATAATCTCACGATTGATTTTATA-TTTAA--
128 TAAATGTTTTTATAATCTCATAATGGATTTTA-AGTTAAATT
* * * ** * * ** * *
10959 TTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTTTAATTTACTGTCTACCTTAAGAAACATGAAGGACAAG
1 TTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAAC-T-AAAGAAAAG
* * * * * * * ** **
11024 ATATCCAGTGGCATAAAAAGTCTATGTATAGTCT-CTCATACCTTTGAAAGCCTTATTA-TGCGC
64 ATATTCATTAGTA-AAAAAGTCCATTTATAGT-TACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CGC
** * * **
11087 TTTAAATGGCTTTATAATATCATATTTTATTTTAAGTTAAATT
126 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATT
* * * * * *
11130 TTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGACTGTGTACCTTTGGAAACGTAAAGAAACAG
1 TTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAAC-TAAAGAAA-AG
* * *
11195 ATATTCATTAGTAAAAAAGGTCCATTTATAGTTGCCCACGCCTTCAAATGCCTTTTTACTCGCTT
64 ATATTCATTAGTAAAAAA-GTCCATTTATAGTTACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
*
11260 TAAATGTTTTTA-AATTCTCATAATGGATTTTACGTTAAATT
128 TAAATGTTTTTATAA-TCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATT
** * **
11301 TTTTTACATTTTTTGTTAAAATCCATAATAATTAAATGTCCGCC-TTGGAAAACTGAAAGAAAAA
1 TTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTACCTTTGG-AAACT-AAAG-AAAA
* ** *
11365 GATATTCATGACAAAAAAAGTCCATTTATA-TTCACCCACGCTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
63 GATATTCATTAGTAAAAAAGTCCATTTATAGTT-ACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
********** *
11429 TTAAATGTTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTCAAATT
127 TTAAATGTTTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATT
* * * ** *
11471 TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTTTACATCAGGAAACATGAAGAAAACG
1 TTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAAC-TAAAGAAAA-G
* * * *
11536 ATATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
64 ATATTCATTAGTAA-AAAAGTCCATTTATAGTTACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
11601 TAAA
128 TAAA
11605 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 513, Mismatches: 107, Indels: 47
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 40 0.08
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172 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAACTAAAGAAAAGAT
ATTCATTAGTAAAAAAGTCCATTTATAGTTACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
ATGTTTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATT
Found at i:13455 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 12437--13847 Score: 973
Period size: 343 Copynumber: 4.1 Consensus size: 339
12427 NNNNNNNNNN
* * * * * ** * *
12437 TTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCGATTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTCAAATTATTTTACA-TT
* * ** * * ** * **
12502 TTTA-TTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAACAAAAAG-TATTCATTG
65 TTTAGTTAAAATAAATAATAATTCAATATCTA-CTCATGAAACATGAAGAAAAAGATACCCATTG
* ** ** * *
12565 GCAAG-GAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCCTTATTACGTGC--CTAAAATAT
129 GCAAGAAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTAC-T-CAATTTAAATAT
* * * * * ** *
12627 TTTTAAAATCTCATAATTGACTTTAACTTGAATTTTTATACATTTTCAGTTAAAACAAATAATAA
192 TTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAA
* ** * * * **
12692 TTGAATGTC-GACCTTGGGAAATGTGAGGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATA
256 TTGAATGTCTG-TCTCAGGAAA-CTGAAGAAAAAGATAT-CAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
12756 GTCACTCATGCTTTCGAAAGCA
318 GTCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * ********** * * *
12778 TTATTAATCGCTTTAAATAGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTAAATTTTTTTTA-TTT
1 TTATTACTCGATTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTCAAA-TTATTTTACATT
** * * * * *****
12842 TTTA-TTAAAGCAGATTATAATT-AATTGTCTAC-CTTGAAAAACATGAAGAAAAAGATANNNNN
65 TTTAGTTAAAATAAATAATAATTCAA-TATCTACTCATG--AAACATGAAGAAAAAGATACCCAT
***** * *** * *
12904 NNNNNAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGTCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTTAAATAT
127 TGGCAAGAAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAT
* * *
12968 TTTTATAATCTCATAATGGATTGTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATAATAAT
192 TTTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAAT
** * *
13033 TGAATGTCTG-CTTTGGGAAACTGGAAGAAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
257 TGAATGTCTGTC-TCAGGAAACT-GAAGAAAAAGATA-TCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* *
13097 CCACCCACGCCTTCAAAAGCC
319 TCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * ** *
13118 TTTTTAGTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTTATAATTGATTTTATA-TCAAATTGTTTTACATT
1 TTATTACTCGATTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTGATTTTA-AGTCAAATTATTTTACATT
* * * * * * * * *
13182 TTTGGTTAAACTAAATAATAATTGAATGTCT-GTCATAGGAAACGTGAAGAGAAAGATATCTATT
65 TTTAGTTAAAATAAATAATAATTCAATATCTACTCAT--GAAACATGAAGAAAAAGATACCCATT
* * *** * *
13246 GGC-AGGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATACCTTTAAAAGCCTTATTGCTCAATTTAAATATT
128 GGCAAGAAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATATT
* * * * * * * *
13310 TTTATAACCTTATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACGTGTTTGGTTAAAAATAGATAATGA
193 TTTATAATCTCATAATGGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAAACAGATAATAA
13375 TTGAATGTCTGTCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCGAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
256 TTGAATGTCTGTCTCAGGAAAC-TGAAGAAAAAGATATC-AATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
*
13440 TCACCCATGCCTTCAAAAGTC
319 TCACCCATGCCTTCAAAAGCC
* * * * * * * * **
13461 ATATTACCCGTTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATAGGTTTTAAGTTATTTTATTTTACATTT
1 TTATTACTCGATTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTCAAATTATTTTACATTT
* *
13526 TTAGTTAAAATAGATAATAATTCAATATCTACCTCATGAAACATGAAGAAAAATATACCCATTGG
66 TTAGTTAAAATAAATAATAATTCAATATCTA-CTCATGAAACATGAAGAAAAAGATACCCATTGG
* * * * * *
13591 CAATAAAAAGTATATTTGTTGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
130 CAAGAAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATATTTT
********** * ** * *
13656 TATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTA
195 TATAATCTCATAATGGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTG
* * * * *
13721 AATGTCTATAATGA-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
259 AATGTCTGT-CTCAGGAAAC-TGAAGAAAAAGATAT-CAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
13785 ACCCATACTTTCAAAAGCC
321 ACCCATGCCTTCAAAAGCC
*
13804 TTATTACTCGATTTAAATTATTTTATAATCTTATAATTGATTTT
1 TTATTACTCGATTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTGATTTT
13848 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 839, Mismatches: 201, Indels: 58
0.76 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 13 0.02
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345 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
TTATTACTCGATTTAAATAATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTCAAATTATTTTACATTT
TTAGTTAAAATAAATAATAATTCAATATCTACTCATGAAACATGAAGAAAAAGATACCCATTGGC
AAGAAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATATTTTT
ATAATCTCATAATGGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAA
TGTCTGTCTCAGGAAACTGAAGAAAAAGATATCAATGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
TGCCTTCAAAAGCC
Found at i:13478 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12437--13847 Score: 996
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 170
12427 NNNNNNNNNN
** * * *
12437 TTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTATATT
1 TTATTACTCAATTTAAAT-ATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATT
** * ** ** ** * *
12501 TTTTATTAAAACAGATTGTAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAACAAAAAG-TATTCATTG
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* * **
12565 GCAAGGAAAGCCCATTTATAGTCACCCATGTCTTCAAAAGCC
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCC
* * * * * *
12607 TTATTACGTGC--CTAAAATATTTTTAAAATCTCATAATTGACTTTAACTTGAATTTTTATACAT
1 TTATTAC-T-CAATTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACAT
** * * * ** ** *
12670 TTTCAGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTC-GACCTTGGGAAATGTGAGGAAAAAGATATCCAT
63 TTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTG-TCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCAT
** * * * * *
12734 TGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCATGCTTTCGAAAGCA
127 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCC
* ** * ********** *
12778 TTATTAATCGCTTTAAATAGTTTTATAATCNNNNNNNNNNTTTTAAGTTAAATTTTTTT-TATTT
1 TTATTACTCAATTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTT
** ** * ** * * ******
12842 TTTATTAAAGCAGATTATAATT-AATTGTCTACCT-TGAAAAACATGAAGAAAAAGATANNNNNN
65 TTGGTTAAAATAGATAATAATTGAA-TGTCTGTCTCAG-GAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
**** ***
12905 NNNNAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGTCTTCAAAAGCC
128 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCC
* * * * *
12948 TTTTTACTCATTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATGGATTGTAAGTTAAATTTTTTACATTTT
1 TTATTACTCAATTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTT
* * ** * *
13013 TGGCTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTG-CTTTGGGAAAC-TGGAAGAAAAAGTTATTCATTG
66 TGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGTC-TCAGGAAACAT-GAAGAAAAAGATATCCATTG
* **
13076 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCACGCCTTCAAAAGCC
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCC
* * ** ** * * *
13118 TTTTTAGTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTTATAATTGATTTTATA-TCAAATTGTTTTACATT
1 TTATTACTCAATTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGT-TAATTTTTTTACATT
* * * * *
13182 TTTGGTTAAACTAAATAATAATTGAATGTCTGTCAT-AGGAAACGTGAAGAGAAAGATATCTATT
64 TTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGTC-TCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATT
* *** *
13246 GGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATACCTTTAAAAGCC
128 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCC
* * * * * *
13289 TTATTGCTCAATTTAAATATTTTTATAACCTTATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACGTGT
1 TTATTACTCAATTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTT
* * *
13354 TTGGTTAAAAATAGATAATGATTGAATGTCTGTCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCGAATG
65 TTGGTT-AAAATAGATAATAATTGAATGTCTGTCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* *
13419 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGTC
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCC
* * ** * * *
13461 ATATTACCCGTTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATAGGTTTTAAGTTATTTTATTTTACATTT
1 TTATTACTCAATTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTT-TTTTACATTT
* * * ** * * *
13526 TTAGTTAAAATAGATAATAATTCAATATCTACCTCATGAAACATGAAGAAAAATATACCCATTGG
65 TTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGTCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGG
* ** * *
13591 CAATAAAAAGTATATTTGTTGTCACCCATACCTTCAAAAGCC
130 CAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCC
* * ********** *
13633 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCNNNNNNNNNNTTAAGTTAAATTTTTTTATATTT
1 TTATTACTCAATTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTT
** * * * * * * * *
13698 TTTATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTATAATGA-GAAACGTGAAGAAAAAGATATCCACTG
65 TTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGT-CTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTG
* *
13762 GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACTTTCAAAAGCC
129 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCC
* *
13804 TTATTACTCGATTTAAAT-TATTTTATAATCTTATAATTGATTTT
1 TTATTACTCAATTTAAATAT-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT
13848 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 955, Mismatches: 258, Indels: 55
0.75 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 15 0.02
170 315 0.33
171 353 0.37
172 266 0.28
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTATTACTCAATTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTT
TGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTGTCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGATATCCATTGGC
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCC
Found at i:16808 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 16458--16922 Score: 483
Period size: 170 Copynumber: 2.7 Consensus size: 170
16448 NNNNNNNNNN
* *
16458 TAATTGATTTTAATTTGAAGTTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTAAATGTTTACC
1 TAATTGATTTTAATTTGAA-TTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATAATAATTAAATGTTTACC
* * * *
16523 TTGAAAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-TCCATGTCT
65 TAGAAAAATCTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CACGTCT
** * * ********
16587 TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATNNNNNNN
129 TCAAAAGCCTTATTACTCGCCTAAAATAGTTTTAGAATCTCG
*** ** * * * * * *
16629 NNNTTGATTTTAAGCTGAATTTTTTATATTTTTAATTAAAACAAATAATAACTGAATTTTTGCCT
1 TAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATAATAATTAAATGTTTACCT
16694 AGAAAAATCTGAAGAAAAAG-TCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACGTCTT
66 AGAAAAATCTGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACGTCTT
16758 CAAAAGCCTTATTACGT-GCCTAAAAT-GCTTTTAGAATCTCG
130 CAAAAGCCTTATTAC-TCGCCTAAAATAG-TTTTAGAATCTCG
* * *
16799 TAATTGATTTTAATTTAAATTTTTGTACATTTTTTCTTAAAATAAATAATAATTAAATGTTTACC
1 TAATTGATTTTAATTTGAATTTTT-TATATTTTTTATTAAAATAAATAATAATTAAATGTTTACC
* * * **
16864 TTAG-GATA-CGTGAAGAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCA
65 -TAGAAAAATC-TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
16923 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 48, Indels: 16
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 138 0.58
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172 4 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTATATTTTTTATTAAAATAAATAATAATTAAATGTTTACCT
AGAAAAATCTGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACGTCTTC
AAAAGCCTTATTACTCGCCTAAAATAGTTTTAGAATCTCG
Found at i:17317 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 17028--17564 Score: 474
Period size: 170 Copynumber: 3.2 Consensus size: 171
17018 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * *
17028 TTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTGTTTTAGAAAACGTGAGGAAAAAGATATTCATTGGTAAG
1 TTAAAACAGATAATAATTGAACGTCTATCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGAAATTCATTCGTAAA
* **
17093 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCACGCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCGTTTTAAATATTTTTATAA
66 AAAAGTCTATTTATAGTCACTCACGCCTTTGAAAGCCTTTTCACTCACTTTAAATATTTTTATAA
17158 T-CTCATAATTGATTTGAAATCGAATTCTTTTATATTTTTTA
131 TCCT-ATAATTGATTTGAAATCGAATTCTTTTATATTTTTTA
*
17199 TTAAAACAGATAATAATTGAACGTTTATCTCAGAAAAC-TGGAAGAAAAA-AAATTCATTCGTAA
1 TTAAAACAGATAATAATTGAACGTCTATCTCAGAAAACGT-GAAGAAAAAGAAATTCATTCGTAA
* *
17262 AAAAACT-TCATTTATAGTCACTCACGTCTTT--AAGCAGCTTTTCACTCACTTTAAATATTTTT
65 AAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCACGCCTTTGAAAGC--CTTTTCACTCACTTTAAATATTTTT
* * *
17324 ATAATCCTATAATTGATTTTAAATCGAATTTTTTTATATTTTTTG
127 ATAATCCTATAATTGATTTGAAATCGAATTCTTTTATATTTTTTA
* * * * * ** *
17369 TTAAAATAAATAATAATTGAATC-TCTA-CCCTATG-AAACATGAAGAAAAATATTTTTATT-GT
1 TTAAAACAGATAATAATTGAA-CGTCTATCTC-A-GAAAACGTGAAGAAAAAGAAATTCATTCGT
* * * * * * ** *
17430 CAAAAAAAGTCCATTTACAATTACACATGCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTTGA-TTTAAATATTT
63 -AAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCACGCCTTTGAAAGCCTT-TTCAC-TCACTTTAAATATTT
* ** * *
17493 TTATGAT-CTCATAATTGATTTTCAATTGAATT-TTTT-TATGTTTTA
125 TTATAATCCT-ATAATTGATTTGAAATCGAATTCTTTTATATTTTTTA
* *
17538 GTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCT
1 -TTAAAACAGATAATAATTGAACGTCT
17565 GCCTCACAAA
Statistics
Matches: 305, Mismatches: 42, Indels: 39
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 10 0.03
170 167 0.55
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Consensus pattern (171 bp):
TTAAAACAGATAATAATTGAACGTCTATCTCAGAAAACGTGAAGAAAAAGAAATTCATTCGTAAA
AAAAGTCTATTTATAGTCACTCACGCCTTTGAAAGCCTTTTCACTCACTTTAAATATTTTTATAA
TCCTATAATTGATTTGAAATCGAATTCTTTTATATTTTTTA
Found at i:18612 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 17957--18971 Score: 756
Period size: 170 Copynumber: 6.0 Consensus size: 171
17947 NNNNNNNNNN
* * * * ***
17957 TTAAGTT-GAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTATC-TCAAGAA
1 TTAAGTTAG-ATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTA-CATTTGGAA
* * * * * * ** **
18020 ACGTAAAGAAAAA-AAATCTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCTTACCTTTGAAAGC
64 ATGTAAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCACACCTTCAAAAGC
** ********** *
18084 CTTATTACTTGCTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTAATT
129 CTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATT
* ** * * * *
18127 TTAAATT-GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTGC-CTCGAGAA
1 TTAAGTTAG-ATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACATTTG-G-A
* * * ** * * **
18190 ACATG-AAA-AAACAGATA-CCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCATACCTTTGAAA
63 A-ATGTAAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCACACCTTCAAAA
* * *
18252 GCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AGATTGATT
127 GCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATA-ATTGATT
* * * * *
18297 TTATGTTTA-A-TTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTAC-TTTGAGAA
1 TTAAG-TTAGATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACATTTG-GAA
* * * * * * * ** * *
18359 ACGTGAAGGAAAAGATATCCAGTGGCATA-AAAAGTCTATTTATAGTCT-CTTATACCTTCGAAA
64 ATGTAAAGAAAAAGATATCCATTAGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGT-TACCCACACCTTCAAAA
* * ** * * *
18422 GCCTTATTATTCGCTTTAAATGGCTTTATAATTTCATATTTTATT
127 GCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
18467 TTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTTACTAAAATAGATTATAATTGACTGTGTACATTTGGAAAT
1 TTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACATTTGGAAAT
* * * *
18532 GTAAAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTTACCCACGCCTTCAAAGGCCT
66 GTAAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCACACCTTCAAAAGCCT
* *
18597 TTTTACTCACTTTAAATGTTTTTA-AATTCTCATAATAGATT
131 TATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAA-TCTCATAATTGATT
* * * * *
18638 TTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATCGATAATAATTGAATGTCCACCTTGGGAAA
1 TTAAGTTAG-ATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACATTTGGAAA
* * * *
18702 CTG-AAAGAAAAAGATATTCATGA-TAAAAAAAGTCCATTTATA-TTCACCCACACTTTCAAAAG
65 -TGTAAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTT-ACCCACACCTTCAAAAG
* * * * *
18764 CCTTTTTACACGCTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTAATT
128 CCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * ***
18808 TTAAGTAAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATCA-ATAATAATTGAATGTCTACATCAAGAAA
1 TTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAT-AGATAATAATTGAATGTCTACATTTGGAAA
** * * * * **
18872 AATGAAGAAAATGATATCCGTTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTCAAAAGCC
65 TGTAAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCACACCTTCAAAAGCC
18937 TTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATA
130 TTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATA
18972 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 684, Mismatches: 133, Indels: 55
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 4 0.01
169 56 0.08
170 343 0.50
171 269 0.39
172 10 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACATTTGGAAAT
GTAAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCACACCTTCAAAAGCCT
TATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATT
Found at i:18766 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 18111--18971 Score: 905
Period size: 341 Copynumber: 2.5 Consensus size: 342
18101 NNNNNNNNNN
* ** ***
18111 AATCTCATAATTAATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-CAGATAATAATTGAA
1 AATCTCATAATTAATTTTAAGTAAAATTTTTTTACATTTTTTACTAAAATCA-ATAATAATTGAA
* * * * * * * ** *
18175 TGTCTGCCTCGAGAAACATGAAA-AAACAGATA-CCATTGGCAAGAAAAGTATATTTATAGTCAC
65 TGTCTACATCAAGAAAAAT-AAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAC
** ** * * * * *
18238 CCATACCTTTGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AGATTGATTTTATG
129 CCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAGATAGATTTTAAG
* * * * * *
18302 TTTAATTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGACTGTCTACTTTGAGAAACGTGAAG
194 TTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCCACCTTGAGAAACGTGAAG
* * * * * ** * * *
18367 GAAAAGATATCCAGTGGCATAAAAAGTCTATTTATAGTCTCTTATACCTTCGAAAGCCTTATTAT
259 AAAAAGATATCCAGTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTAC
* *
18432 TCGCTTTAAATGGCTTTAT
324 ACGCTTTAAATAGCTTTAT
* * * * * * * *
18451 AATTTCATATTTTATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTTACTAAAAT-AGATTATAATTGAC
1 AATCTCATAATTAATTTTAAGTAAAATTTTTTTACATTTTTTACTAAAATCA-ATAATAATTGAA
* *** ** * *
18515 TGTGTACATTTGGAAATGTAAAGAAAAAGATATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTTACC
65 TGTCTACATCAAGAAAAATAAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACC
* *
18580 CACGCCTTCAAAGGCCTTTTTACTCACTTTAAATGTTTTTA-AATTCTCATA-ATAGATTTTAAG
130 CACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAA-TCTCATAGATAGATTTTAAG
* *
18643 TTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATC-GATAATAATTGAATGTCCACCTTGGGAAAC-TGA
194 TTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAA-CAGATAATAATTGAATGTCCACCTTGAGAAACGTG-
* * * * *
18706 AAGAAAAAGATATTCA-TGATAAAAAAAGTCCATTTATATTCACCCACACTTTCAAAAGCCTTTT
256 AAGAAAAAGATATCCAGTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTAT
**
18770 TACACGCTTTAAATATTTTTAT
321 TACACGCTTTAAATAGCTTTAT
*
18792 AATCTCATAATTAATTTTAAGTAAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATCAATAATAATTGAAT
1 AATCTCATAATTAATTTTAAGTAAAATTTTTTTACATTTTTTACTAAAATCAATAATAATTGAAT
* * * *
18857 GTCTACATCAAGAAAAATGAAGAAAATGATATCCGTTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCT
66 GTCTACATCAAGAAAAATAAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCC
*
18922 ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATA
131 ACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATA
18972 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 421, Mismatches: 90, Indels: 19
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.01
340 72 0.17
341 282 0.67
342 63 0.15
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (342 bp):
AATCTCATAATTAATTTTAAGTAAAATTTTTTTACATTTTTTACTAAAATCAATAATAATTGAAT
GTCTACATCAAGAAAAATAAAGAAAAAGATATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCC
ACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAGATAGATTTTAAGTT
GAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCCACCTTGAGAAACGTGAAGAA
AAAGATATCCAGTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACAC
GCTTTAAATAGCTTTAT
Done.